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lowQualScore                  :        .  ...............   .  .    ....  ... .. .... .... .... .. ............   ... .     .    ..   .....     ...           .     .    
lowQualScore                  :        3  555555555555555   6  6    4444  888 00 4444 6666 4444 55 111111111111   666 2     8    00   99999     777           7     9    
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Reference ( gi|36312 )        : GTAATTGATA---------TA-T--GTT-TT-ACAT----AG---A--A----A----A----A--T------------ACA---C-CAAAAGCCCC--TGAT----AATGC---ACCATTGGTCA-TTTAC-ATTT
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gi|36314                      : GTAATTGACA---------TA-T--GTT-TTTACAT----AG---A--A----A----G----A--T------------ACA---C-ACAAAGTTCC--TGAT----AATGC---ACCATTGGTCA-TTTAC-ATTT
gi|36318                      : GTAATTGATA---------TA-T--ATT-TT-ACAT----AG---A--A----A----C----A--T------------ACA---C-AAAAAGACCC--TGAT----AATGC---CCCGTTGGTCA-TTAAC-ATT
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Alignments
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lowQualScore                  :        .   ............   .  .    ....  ... .. .... .... .. ................     ..     .    ..  .... .     ...           .     .    
lowQualScore                  :        0   222222222222   5  5    1111  999 77 4444 3333 55 4444444444444444     00     4    00  0000 0     666           7     8    
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Reference ( family-665 )      : GTAATTGGTATA-T---------GTT-TT-ACAT----AG---A--A----A----A--A---T------------ACACA--CAAAA-CCCC--TG----ANAATGC---ACCATTGGTCA-TTTAC-ATTT
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gi|36314                      : GTAATTGACATA-T---------GTT-TTTACAT----AG---A--A----A----G--A---T------------ACACA--CAAAG-TTCC--TG----ATAATGC---ACCATTGGTCA-TTTAC-ATTT
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gi|36334                      :   AATTGGTATA-C-----------T-TT-ACAT----AG---ATAA----A----A--A---T------------ACAAA--CAAAA-TCCG--GG----AGAATGC---ACCATTGGCTA-CTTAC-AT
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gi|36336                      :          ATA-C---------GTT-TT-ACAT----AGAA-A--A----A----A--A---TA-----------ATACC--CAAAA-CCCC--TG----AG--TGC---ATCATTAGCCA-TTT
gi|36337                      :          ATA-T---------GTAATT-ACAT----AG---A--A----A----ATAA---T------------ACACA--AAAAA-C-----TG----AGAATGA---ACCAGTGGTCA-TTT
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Alignments
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lowQualScore                  :        .   ............   .  .    ....  ... .. .... .... .. ................     ..     .    ..  .... .     ...           .     .    
lowQualScore                  :        0   222222222222   5  5    1111  999 77 4444 3333 55 4444444444444444     00     4    00  0000 0     666           7     8    
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Reference ( family-665 )      : GTAATTGGTATA-T---------GTT-TT-ACAT----AG---A--A----A----A--A---T------------ACACA--CAAAA-CCCC--TG----AGAATGC---ACCATTGGTCA-TTTAC-ATTT
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gi|36325                      : GTAATTGGTAT------------GTT-TT-ACAT----AG---A--AAAATA----A--A---T------------ACACG--CTAAA-TCCC--TAACACAAAATCCCTGACCATTGGCCA-TTTAC-ATTT
gi|36326                      : GTAATTAGT-T--T---------GTT-TT-ACAT----AA---A--A----A----A--A---T------------ACACT--TAA---CTCC--TG----AGAATGC---AGCAATGGTCC-TTTAC-ATTT
gi|36327                      : GTAATTGATAGA-T---------GTT-TT-ACAT----AG---AT-A----A----A--A---T------------ACACA--CAAAA-ACTC--TG----A
gi|36328                      : GTAAATGTT-TA-T---------GTT-TA-ACTT----TG---A--A----A----A--A---T------------ACACA--AAAAA-GCCT--CG----AGAATGC---ACCGTTGGCCA-TTTATAATTTt
gi|36329                      : GTAAGTGGTAT------------GTT-TT-ATAT----AG---A--A----A----A--AAAAC------------ACACA--CAAAA-CCGT--TG----AGAATTC---ACAATTGG
gi|36330                      :  TAATTG-T-TA-T---------GTC-GT-ATATTTAAAA---A--A----A----A--A---T------------ACACA--CAAAA-CC----TG----AGGATGC---ACTATTGGTCA-TTTAC-ATTT
gi|36331                      :  TAATTGGTAT------------GTT-CT-ACAA----AG---A--A----ATAATA--A---TTATTATATTTGTACACA--CGAAA-CCCC--TG----AAAATGC---ATGATTGGCCA-TTTAC-ATTT
gi|36332                      :  TAATTGGTAT------------GTT-TT-ACATGA--AG---G--A----A----A--A---T------------ACACA--CAAAC-ACCA--TC----AGAATGC---ACTGTTGGT
gi|36333                      :   AATTGGTAT------------GTT-TT-ACATTGG-AC---A--A----A----A--A---T------------ACACA--CAAAA-CCCT--TG----AGATTGC---ACTATTGGGCA-ATTAC-ATTT
gi|36334                      :   AATTGGTATA-C-----------T-TT-ACAT----AG---ATAA----A----A--A---T------------ACAAA--CAAAA-TCCG--GG----AGAATGC---ACCATTGGCTA-CTTAC-AT
gi|36335                      :   AATTG-T-TA-T---------GAT-TT-ACAT----CG---A--A----C----A--A---A------------ACAAAACCAAAA-CCTC--TG----AGAATGC---ACCATTGACCATTTTTC-ATTT
gi|36336                      :          ATA-C---------GTT-TT-ACAT----AGAA-A--A----A----A--A---TA-----------ATACC--CAAAA-CCCC--TG----AG--TGC---ATCATTAGCCA-TTT
gi|36337                      :          ATA-T---------GTAATT-ACAT----AG---A--A----A----ATAA---T------------ACACA--AAAAA-C-----TG----AGAATGA---ACCAGTGGTCA-TTT
gi|36338                      :                                                          --A---T------------ACACA--CAAAA-CCCA--TG----ATAATGC---ACCATTGCTCA-TTTAC-ATTT
gi|36339                      :                                                             ---T------------ACACA--TAAAA-CCCC--TT----TGAA-GC---ACCATTGGTCA-TTTAC-ATTT


blockSeqs                     :        A   ATAATTATTAT    A  T    TTAA  GAA TA AAAT TAAT TA TTATTATATTTGT        AC     .    AT  ACAC T     CTG           T     A
blockSeqs                     :        A   AATAG          .  .    TGG   AT  T  AC   .    A  AAAC                 .      .    .   .    T     .             .     .
blockSeqs                     :        A   AT             .  .    GA    AA  .  .    .    .  AAT                  .      .    .   .    T     .             .     .
blockSeqs                     :        A   AT             .  .    .     .   .  .    .    .  GAT                  .      .    .   .    C     .             .     .
blockSeqs                     :        A   AT             .  .    .     .   .  .    .    .  TA                   .      .    .   .    T     .             .     .
blockSeqs                     :        A   AT             .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    T     .             .     .
blockSeqs                     :        A   AT             .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    T     .             .     .
blockSeqs                     :        A   AT             .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    T     .             .     .
blockSeqs                     :        G   AT             .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    T     .             .     .
blockSeqs                     :        G   AC             .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    G     .             .     .
blockSeqs                     :        G   AT             .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    G     .             .     .
blockSeqs                     :        G   AT             .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    A     .             .     .
blockSeqs                     :        G   AT             .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    A     .             .     .
blockSeqs                     :        A   AC             .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    G     .             .     .
blockSeqs                     :        T   AT             .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    G     .             .     .
blockSeqs                     :        G   AC             .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    G     .             .     .
blockSeqs                     :        G   AT             .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    G     .             .     .
blockSeqs                     :        G   A              .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    A     .             .     .
blockSeqs                     :        G   T              .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    G     .             .     .
blockSeqs                     :        G   .              .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    G     .             .     .
blockSeqs                     :        .   .              .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    G     .             .     .
blockSeqs                     :        .   .              .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    G     .             .      
blockSeqs                     :        .   .              .  .    .     .   .  .    .    .  A                    .      .    .   .    G     .             .      
blockSeqs                     :            .              .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    G     .                    
blockSeqs                     :            .              .  .    .     .   .  .    .    .  T                    .      .    .   .    T     .                    
blockSeqs                     :                                                          .  T                    .      .    .   .    G     .                    
blockSeqs                     :                                                             .                    .      .    .   .                               


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GTAATTGGTATA-T---------GTT-TT-ACAT----AG---A--A----A----A--A---T------------ACACA--CAAAA-CCCC--TG----AGAATGC---ACCATTGGTCA-TTTAC-ATTT
finalCons                     : GTAATTGGTATA-T---------GTT-TT-ACAT----AG---A--A----A----A--A---T------------ACACA--CAAAA-CCCC--TG----AGAATGC---ACCATTGGTCA-TTTAC-ATTT





Alignments
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lowQualScore                  :        4   444444444444   1  1    8888  666 33 5555 3333 33 9999999999999999     22     1    22  3333 2     222           1     1    
lowQualScore                  :        .   ............   .  .    ....  ... .. .... .... .. ................     ..     .    ..  .... .     ...           .     .    
lowQualScore                  :        0   222222222222   5  5    1111  999 77 4444 3333 55 4444444444444444     00     4    00  0000 0     666           7     8    
consensus                     : GTAATTGGTATA-T---------GTT-TT-ACAT----AG---A--A----A----A--A---T------------ACACA--CAAAA-CCCC--TG----AGAATGC---ACCATTGGTCA-TTTAC-ATTT
Reference ( family-665 )      : GTAATTGGTATA-T---------GTT-TT-ACAT----AG---A--A----A----A--A---T------------ACACA--CAAAA-CCCC--TG----AGAATGC---ACCATTGGTCA-TTTAC-ATTT
gi|36312                      : GTAATTGATATA-T---------GTT-TT-ACAT----AG---A--A----A----A--A---T------------ACAC---CAAAAGCCCC--TG----ATAATGC---ACCATTGGTCA-TTTAC-ATTT
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gi|36314                      : GTAATTGACATA-T---------GTT-TTTACAT----AG---A--A----A----G--A---T------------ACACA--CAAAG-TTCC--TG----ATAATGC---ACCATTGGTCA-TTTAC-ATTT
gi|36315                      : GTAATTGATATA-TAATTATTATGTT-CT-ACAT----AG---A--A----A----A--AAA-T------------ATACA--CAAA--CCCC--TG----ATAATGC---ACCATTGGTCA-TTTAC-ATTT
gi|36316                      : GTAATTGATATAATAG-------GTT-TT-ACAT----AG---A--A----A----A--A----------------ACACA--CAACA-CCCC--TG----GCAATGC---ACCATTGGTCA-TTTAC-
gi|36317                      : GTAAGTGATAAA-T---------GTT-TT-ACAT----AG---A--A----A----A--A---T------------AAACA--CAAAA-TCCC--TG----ATAAAGC---ATCATCGGTCA-TTTTC-ATTT
gi|36318                      : GTAATTGATATA-T---------ATT-TT-ACAT----AG---A--A----A----C--A---T------------ACACA--AAAAG-ACCC--TG----ATAATGC---CCCGTTGGTCA-TTAAC-ATT
gi|36319                      : GTAATTGATATA-T---------GTT-TT-ACAT----AG---A--A----A----A--A---T------------ATATA--CAAAT-TCCC--TG----ATAATGC---ACCGTTTTTGA-TTAAC-ATTT
gi|36320                      : GTAAATGATAAA-T---------GTT-TT-ACAT----AT---A--A----A----A--A---T------------ATACA--CAAAA-TCTA--TG----ATAAAGC---ACCATCGGTCA-TTTAC-ATTT
gi|36321                      : GTAATTGG--TA-T---------GTT-TT-ACAT----AGAT-A--A----A----A--A---T------------ACACA--AAAAA-CCAC--TG----ATAATGC---ATCATTAGCCA-TTTAT-ATTT
gi|36322                      : GTAATTCGTAT------------GTT-TT-ACAT----AGGAAA--A----A----A--A---T------------ACACA--CAAAA-CCCC--TG----AGAATGC---ACCATTGACCA-CTTAT-ATTT
gi|36323                      : GTAATAG--ATA-C---------GTT-TT-ACAT----AT---A--A----A----A--AGA-T------------ACACA--CAAA--CCCCATTG----AGAATGC---ACCATTGACCA-TTTAC-ATTT
gi|36324                      : GTAATTGGTATA------------TT-TT-ACAT----AG---A--AAC--A----A--A---T------------ACACA--CAAAA-CCCC--TG----AAAATGC---CCCATT
gi|36325                      : GTAATTGGTAT------------GTT-TT-ACAT----AG---A--AAAATA----A--A---T------------ACACG--CTAAA-TCCC--TAACACAAAATCCCTGACCATTGGCCA-TTTAC-ATTT
gi|36326                      : GTAATTAGT-T--T---------GTT-TT-ACAT----AA---A--A----A----A--A---T------------ACACT--TAA---CTCC--TG----AGAATGC---AGCAATGGTCC-TTTAC-ATTT
gi|36327                      : GTAATTGATAGA-T---------GTT-TT-ACAT----AG---AT-A----A----A--A---T------------ACACA--CAAAA-ACTC--TG----A
gi|36328                      : GTAAATGTT-TA-T---------GTT-TA-ACTT----TG---A--A----A----A--A---T------------ACACA--AAAAA-GCCT--CG----AGAATGC---ACCGTTGGCCA-TTTATAATTTt
gi|36329                      : GTAAGTGGTAT------------GTT-TT-ATAT----AG---A--A----A----A--AAAAC------------ACACA--CAAAA-CCGT--TG----AGAATTC---ACAATTGG
gi|36330                      :  TAATTG-T-TA-T---------GTC-GT-ATATTTAAAA---A--A----A----A--A---T------------ACACA--CAAAA-CC----TG----AGGATGC---ACTATTGGTCA-TTTAC-ATTT
gi|36331                      :  TAATTGGTAT------------GTT-CT-ACAA----AG---A--A----ATAATA--A---TTATTATATTTGTACACA--CGAAA-CCCC--TG----AAAATGC---ATGATTGGCCA-TTTAC-ATTT
gi|36332                      :  TAATTGGTAT------------GTT-TT-ACATGA--AG---G--A----A----A--A---T------------ACACA--CAAAC-ACCA--TC----AGAATGC---ACTGTTGGT
gi|36333                      :   AATTGGTAT------------GTT-TT-ACATTGG-AC---A--A----A----A--A---T------------ACACA--CAAAA-CCCT--TG----AGATTGC---ACTATTGGGCA-ATTAC-ATTT
gi|36334                      :   AATTGGTATA-C-----------T-TT-ACAT----AG---ATAA----A----A--A---T------------ACAAA--CAAAA-TCCG--GG----AGAATGC---ACCATTGGCTA-CTTAC-AT
gi|36335                      :   AATTG-T-TA-T---------GAT-TT-ACAT----CG---A--A----C----A--A---A------------ACAAAACCAAAA-CCTC--TG----AGAATGC---ACCATTGACCATTTTTC-ATTT
gi|36336                      :          ATA-C---------GTT-TT-ACAT----AGAA-A--A----A----A--A---TA-----------ATACC--CAAAA-CCCC--TG----AG--TGC---ATCATTAGCCA-TTT
gi|36337                      :          ATA-T---------GTAATT-ACAT----AG---A--A----A----ATAA---T------------ACACA--AAAAA-C-----TG----AGAATGA---ACCAGTGGTCA-TTT
gi|36338                      :                                                          --A---T------------ACACA--CAAAA-CCCA--TG----ATAATGC---ACCATTGCTCA-TTTAC-ATTT
gi|36339                      :                                                             ---T------------ACACA--TAAAA-CCCC--TT----TGAA-GC---ACCATTGGTCA-TTTAC-ATTT