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lowQualScore                  :   .         .            ...... . ................. . . ................... ........              .  ..   .        
lowQualScore                  :   1         5            000000 0 22222222222222222 4 4 2222222222222222222 22222222              1  11   2        
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Reference ( gi|133396 )       : TTATTATGCCCC-CGCCATTTTCAA------T-G--------G--------G-G-G------------T------G--------CATATAGTATCACCACT--GTCTGTACGTAC
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Alignments
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Reference ( family-654 )      : TTNTTATGCCCC-CGCCATTTTCAA------T-G-------G------G-GG----------------N------G--------CA-----TATAGTATCACCGC-T--GTCCGTACGTAC
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Alignments
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Reference ( family-654 )      : TTNTTATGCCCC-CGCCATTTTCAA------TG-------G------G-GG----------------G-G--------CA-----TATA----GTATCACCGC-T--GTCCGTACGTAC
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gi|133424                     :                                                 -GG----------------G-G--------CA-----TATA----GTAGCATCGC-T--ATCCGTACGTAC





Alignments
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lowQualScore                  :   1         1            777777  7777777 444444 2  555555555555555555 55555555  33333    2222          1 33            
lowQualScore                  :   .         .            ......  ....... ...... .  .................. ........  .....    ....          . ..            
lowQualScore                  :   0         4            777777  7777777 111111 8  777777777777777777 00000000  44444    9999          4 99            
consensus                     : TTNTTATGCCCC-CGCCATTTTCAA------TG-------G------G-GG----------------G-G--------CA-----TATA----GTATCACCGC-T--GTCCGTACGTAC
Reference ( family-654 )      : TTNTTATGCCCC-CGCCATTTTCAA------TG-------G------G-GG----------------G-G--------CA-----TATA----GTATCACCGC-T--GTCCGTACGTAC
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gi|133421                     :      ATGCCCC--GCCATTTTCAA------TG-------G------G-GG----------------G-G--------CA-----TATA----GTATCACCGC-T--GTC
gi|133422                     :       TGCCCC-CGCCATTTTCAA------TG-------G------G-GGTAGGGG----------G-G--------GA-----TATA----GTATCACCGC-T--GTCCGTACGTA
gi|133423                     :           CC-CGCAATTTTTAA------TGTGGGGGAA------G-GG----------------G-G--------CA-----TATA----GTATCACCAC-T--GTCCGTAAGTAC
gi|133424                     :                                                 -GG----------------G-G--------CA-----TATA----GTAGCATCGC-T--ATCCGTACGTAC


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blockSeqs                     :             .            .       .       .      .  G                  .         .        .             . . 
blockSeqs                     :             .            .       .       .      .  A                  .         .        .             . . 
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blockSeqs                     :             .            .       .       .      .  G                  .         .        .             . . 
blockSeqs                     :             .            .       .       .      .  G                  .         .        .             . . 
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gi|133408                     : TTTTTA-GCCCC-CGCCATTTTCAA------TA-------T------A-GT----------------G-G--------CA-----TAAA----GTATCACCGC-T--GTTCGTACGTAC
gi|133409                     : TTATTATGACC---GCCATTTTCAA------TT-------G------G-GG----------------GTG--------CA-----TATA----GAATCACCGA-T--GTCCGTACG
gi|133410                     : TTTTTATGCCCC-CGTCATTTTCAA------TG-------G------G-GG----------------G-G--------TGGGTGCTAT-----GTATCACCGC-T--GTCTGTATGAAC
gi|133411                     : TCATTATGCCCC-TGCCATTTTCAA------T--------T------A-GG----------------G-G--------CA-----TATA----GTGTCGCCGA-T--TTTCGTATATAC
gi|133412                     : TTTTTATGCTCC-CGCCATTTTCA---------------------------------------------G--------TA-----TATA----GTATCACTGC-T--GTCTG
gi|133413                     : TTATTATGCTCC-C-CCA-----AA------GG-------G------G-GA----------------A-G--------CA-----TATA----G--TCACCGC-TTCGTCCGTCCGTGC
gi|133414                     : TTTTTATGCTCC-C-CCAT----AG------GG-------G------G-GA----------------A-G--------CA-----TATA----G--TCGCCGC-TTCGTCCGTGCGTGC
gi|133415                     :  TATGATGCCCT-CGCCATTATCAA------TG-------G------G-GG---------------------------CA-----TAGA----GTATCACCAC-T--GTCCGTACGTAC
gi|133416                     :    TTATGCCCC--GCCATTTTTAA------TG-------G------G-GG----------------G-GGGGGGGGGCT-----TATA----GTATCACCGC-T--GTCCGTACGTAC
gi|133417                     :   aTTATGCCCC-CGCCATTTGCGA------TT-------A------G-GG----------------A-C--------CA-----TATA----GTATCACCGT-T--GTCCGTACGTAC
gi|133418                     :   aTTATGCCCC-TGCCATTTTCAG------TGGGGT---G------G-GG----------------G-G--------CA-----TATA----GTATCACCGTAT--GTGCGTACGT
gi|133419                     :    TTATGCCCC-CGCCATTTTCAATTGGG-TG-------G------G-GG----------------G-G---------------TATA----GTATCAC
gi|133420                     :     TATGCCCC-CGACATTTTCAAGGTGGGTG-------G------G-GGGGGGGGGGGGCATATAG-G--------CA-----TATA----GTAT-ACCGC-T--CTCCGTACG
gi|133421                     :      ATGCCCC--GCCATTTTCAA------TG-------G------G-GG----------------G-G--------CA-----TATA----GTATCACCGC-T--GTC
gi|133422                     :       TGCCCC-CGCCATTTTCAA------TG-------G------G-GGTAGGGG----------G-G--------GA-----TATA----GTATCACCGC-T--GTCCGTACGTA
gi|133423                     :           CC-CGCAATTTTTAA------TGTGGGGGAA------G-GG----------------G-G--------CA-----TATA----GTATCACCAC-T--GTCCGTAAGTAC
gi|133424                     :                                                 -GG----------------G-G--------CA-----TATA----GTAGCATCGC-T--ATCCGTACGTAC