lowQualScore                  :                          1111  1111                                         1             
lowQualScore                  :                 5555  1  2222  0000   5    444444 222                1   1  1    333      
lowQualScore                  :                 ....  .  ....  ....   .    ...... ...                .   .  .    ...      
lowQualScore                  :                 7777  7  6666  6666   8    000000 444                4   5  9    777      
consensus                     :           GACGCA----CGCACGN--ACGGACGGACGGAC------G---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC-GCTC--CGCTCTA
Reference ( gi|82815 )        :           GACGCA----TGCACAC--ACACATGGATGGAC------G---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC-GCTC--TGCTCTA
gi|82816                      :           GACGCA----CGCACGC--AC----GGATGGAC------G---CAGCCCATTTCTATAT-CTC-CC-GCTC--TGCTCTA
gi|82819                      :           GACACA----CGGACGC--ACACATGGATGGGC------G---CAGCCCATTTCTATAT-CAC-CC-GCTC--CACTCTA
gi|82813                      :           GACGCA----TGCACGG--ATGGACGCACGGCC------G---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCTGCTC--TGCTCT
gi|82814                      :           GACGCACGAGTGCACGG--ACGGAGAGATGGAC------G---CAGCCCATTCCTATAT-CCC-CC-GCTC--CGCTC
gi|82818                      :           GATGCA----TGGACGG--ACGTACGGACAGAC------G---CAGCCCATTTCTATAT--CC-CC-GCTC--TGC
gi|82820                      :           GACGCA----TGCACGA--ACGGACGCACGGAC------G---CAGCCCATTTCTATA
gi|82825                      :           GACGGA----TGGAAGC--ACA----GACAAAC------A---CAGCTGATTTCTATAT-CCC-CCTGCTC--CGCTCTA
gi|82823                      : atgcacggacgACGCA----GACGCACTGACGGACTGATGGAC------A---CAGCCCATTTTTATAT-CCC-CG-GCTC--TACTCTA
gi|82822                      :            ACGTA----CGCACGG--AAGGACAGACGGAT------G---CAGCCCATTTCTATAT-TCC-CC-GCTC--T
gi|82824                      :            ACGGA----TGGACGC--ACGCA---A-GGAC------A---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCTGCTCCATGCTC
gi|82829                      :    acggatgcACGCA----TGGACGG--ACACACGGA----C------C---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC-cgctcta
gi|82833                      :            ACGCA----TGGACA----------GACGGAC------G---CAGCCCATTTCTACAT-C
gi|82826                      :            ATGCA----CGCACGG--ACAGGCGGATAGAC------G---GAGACCATTACCATAT-CCC-CC-
gi|82827                      :             CGCA----CGGACGT--ACAGATGCACCGAC------A---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCTGCTC--CGCTCTA
gi|82828                      :              GCA----TGCACGC--ACACACGGACAGAT------G---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CT-GCTT--CGCTCTA
gi|82821                      :                        ACGC--GCACACGGACGGAC------T---GAGCCAATTTCTATAT-CCC-CC-ATTC--CCCTCTA
gi|82832                      :                              gCAGATGCACGGAC------G---C-GCCCATTTCTATAT-CCC-CC-ACTC--CACCCT
gi|82839                      :                             acagcACGGACGGAT------G---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCTGCTC--TGCT
gi|82817                      :                                  ATGGACGGAT------G---CAGCCCATTTCTATATACCC-CT-GCTC--CGCTCT
gi|82838                      :                 gacagacgcagggagggACGGACAGAT------G---CAGCCGATTTCTATAT-CCC-CC-GCTT--CGCTCTA
gi|82837                      :                                  ACGGACAGAC------A---CAGCCCATTTCTATAT-TCC-CT-GCTC--CACTCTA
gi|82831                      :                                  ATGCACGGAC------A---CAGTCCATTTCTATAT-CCCACT-GCTC--CGCTCTA
gi|82830                      :                          acgcagggACGGACGGACTGTCATG---TA-CCCTTTTTTATAT-CCC-CC-ACTC--TGCTCTA
gi|82840                      :                              gtacggGGACGCAC------GAGACAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC-GCTC--C
gi|82834                      :                                     GACAGAC------G---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCTACTC--CGCTCT
gi|82835                      :                                 ggacaACGGAC------G---CAGCCCATTTTTATAT-CCC-CC-ACTC--CACTCTA
gi|82842                      :                                ggatacACGGAC------A---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCTGCTC--AGCTCCA
gi|82841                      :                                      ACGGAC------A---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCTGCTC--AGCTCCA
gi|82836                      :                                         GAC------G---CAGCCCACATCTATAT-CCC-CT-GCTC--TGC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                         11111111           
lowQualScore                  :         33  4444    1         44444444   11   222                1   1  55555555           
lowQualScore                  :         ..  ....    .         ........   ..   ...                .   .  ........           
lowQualScore                  :         22  7777    0         88888888   88   333                4   4  22222222           
consensus                     :   GACGCA--CG----CACGGACGGACGGA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTCCGCTCTA
Reference ( family-646 )      :   GACGCA--CG----CACGNACGGACGGA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTCCGCTCTA
gi|82813                      :   GACGCA--TG----CACGGATGGACGCA--------CGG--CCG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCTGCTCT
gi|82814                      :   GACGCA--CGAGTGCACGGACGGAGAGA--------TGG--ACG---CAGCCCATTCCTATAT-CCC-CC--------GCTCCGCTC
gi|82815                      :   GACGCA--TG----CACACACACATGGA--------TGG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTCTGCTCTA
gi|82816                      :        A--CG----CACGCACGCACGGA--------TGG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CTC-CC--------GCTCTGCTCTA
gi|82817                      :  gGACAGA--CG----CAGGGAGGGATGGA--------CGG--ATG---CAGCCCATTTCTATATACCC-CT--------GCTCCGCTCT
gi|82818                      :   GATGCA--TG----GACGGACGTACGGA--------CAG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT--CC-CC--------GCTCTGC
gi|82819                      :   GACACA--CG----GACGCACACATGGA--------TGG--GCG---CAGCCCATTTCTATAT-CAC-CC--------GCTCCACTCTA
gi|82820                      :   GACGCA--TG----CACGAACGGACGCA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTCTATA
gi|82821                      :        A--CG----CGCACACGGACGGA--------CTG---------AGCCAATTTCTATAT-CCC-CC--------ATTCCCCTCTA
gi|82822                      :   gACGTA--CG----CACGGAAGGACAGA--------CGG--ATG---CAGCCCATTTCTATAT-TCC-CC--------GCTCTG
gi|82823                      :    ACGCAGACG----CACTGACGGACTGA--------TGG--ACA---CAGCCCATTTTTATAT-CCC-CG--------GCTCTACTCTA
gi|82824                      :   GATGCA--CG----GATGGACGCACGCA--------AGG--ACA---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCTGCTCCATGCTCCGCTCTA
gi|82825                      : acgATGCA--CG----GACGGACGGATGGAAGCACAGACAA--ACA---CAGCTGATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCCGCTCTA
gi|82826                      :    ATGCA--CG----CACGGACAGGCGGA--------TAG--ACG---GAGACCATTACCATAT-CCC-CC--------
gi|82827                      :     CGCA--CG----GACGTACAGATGCA--------CCG--ACA---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCCGCTCTA
gi|82828                      :      GCA--TG----CACGCACACACGGA--------CAG--ATG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CT--------GCTTCGCTCTA
gi|82829                      :        A--CG----CATGGACGGACACA--------CGG--ACC---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------
gi|82830                      :            G----TACGGACGGACGGA--------CTGTCATG---TA-CCCTTTTTTATAT-CCC-CC--------ACTCTGCTCTA
gi|82831                      :                  ACGCAGGGATGCA--------CGG--ACA---CAGTCCATTTCTATAT-CCCACT--------GCTCCGCTCTA
gi|82832                      :                       CAGATGCA--------CGG--ACG---C-GCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------ACTCCACCCT
gi|82833                      :             acagcACGCATGGACAGA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTCTACAT-C
gi|82834                      :                        GGACAGA--------CAG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------ACTCCGCTCT
gi|82835                      :                        GGATACA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTTTATAT-CCC-CC--------ACTCCACTCTA
gi|82836                      :                        GGACGTA--------CAG--ACG---CAGCCCACATCTATAT-CCC-CT--------GCTCTGC
gi|82837                      :                          ACGGA--------CAG--ACA---CAGCCCATTTCTATAT-TCC-CT--------GCTCCACTCTA
gi|82838                      :                          ACGGA--------CAG--ATG---CAGCCGATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTTCGCTCTA
gi|82839                      :                          ACGGA--------CGG--ATG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCTGCT
gi|82840                      :                            GGA--------CGC--ACGAGACAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTCCG
gi|82841                      :                              A--------CGG--ACA---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCAGCTCCA
gi|82842                      :                              A--------CGG--ACA---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCAGCTCCA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                         11111111           
lowQualScore                  :         33  4444              44444444   11   222                1   1  55555555           
lowQualScore                  :         ..  ....              ........   ..   ...                .   .  ........           
lowQualScore                  :         22  7777              88888888   88   333                4   4  22222222           
consensus                     :   GACGCA--CG----CACGGACGGACGGA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTCCGCTCTA
Reference ( family-646 )      :   GACGCA--CG----CACGGACGGACGGA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTCCGCTCTA
gi|82813                      :   GACGCA--TG----CACGGATGGACGCA--------CGG--CCG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCTGCTCT
gi|82814                      :   GACGCA--CGAGTGCACGGACGGAGAGA--------TGG--ACG---CAGCCCATTCCTATAT-CCC-CC--------GCTCCGCTC
gi|82815                      :   GACGCA--TG----CACACACACATGGA--------TGG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTCTGCTCTA
gi|82816                      :        A--CG----CACGCACGCACGGA--------TGG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CTC-CC--------GCTCTGCTCTA
gi|82817                      :  gGACAGA--CG----CAGGGAGGGATGGA--------CGG--ATG---CAGCCCATTTCTATATACCC-CT--------GCTCCGCTCT
gi|82818                      :   GATGCA--TG----GACGGACGTACGGA--------CAG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT--CC-CC--------GCTCTGC
gi|82819                      :   GACACA--CG----GACGCACACATGGA--------TGG--GCG---CAGCCCATTTCTATAT-CAC-CC--------GCTCCACTCTA
gi|82820                      :   GACGCA--TG----CACGAACGGACGCA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTCTATA
gi|82821                      :   GACGCG--CA----CACGGACGGACTGA---------------------GCCAATTTCTATAT-CCC-CC--------ATTCCCCTCTA
gi|82822                      :    ACGTA--CG----CACGGAAGGACAGA--------CGG--ATG---CAGCCCATTTCTATAT-TCC-CC--------GCTCTG
gi|82823                      :    ACGCAGACG----CACTGACGGACTGA--------TGG--ACA---CAGCCCATTTTTATAT-CCC-CG--------GCTCTACTCTA
gi|82824                      :   GATGCA--CG----GATGGACGCACGCA--------AGG--ACA---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCTGCTCCATGCTCCGCTCTA
gi|82825                      : acgATGCA--CG----GACGGACGGATGGAAGCACAGACAA--ACA---CAGCTGATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCCGCTCTA
gi|82826                      :    ATGCA--CG----CACGGACAGGCGGA--------TAG--ACG---GAGACCATTACCATAT-CCC-CC--------
gi|82827                      :     CGCA--CG----GACGTACAGATGCA--------CCG--ACA---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCCGCTCTA
gi|82828                      :      GCA--TG----CACGCACACACGGA--------CAG--ATG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CT--------GCTTCGCTCTA
gi|82829                      :        A--CG----CATGGACGGACACA--------CGG--ACC---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------
gi|82830                      :            G----TACGGACGGACGGA--------CTGTCATG---TA-CCCTTTTTTATAT-CCC-CC--------ACTCTGCTCTA
gi|82831                      :                  ACGCAGGGATGCA--------CGG--ACA---CAGTCCATTTCTATAT-CCCACT--------GCTCCGCTCTA
gi|82832                      :                  ACAGCCAGATGCA--------CGG--ACG---C-GCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------ACTCCACCCT
gi|82833                      :                  ACGCATGGACAGA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTCTACAT-C
gi|82834                      :                        GGACAGA--------CAG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------ACTCCGCTCT
gi|82835                      :                        GGATACA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTTTATAT-CCC-CC--------ACTCCACTCTA
gi|82836                      :                        GGACGTA--------CAG--ACG---CAGCCCACATCTATAT-CCC-CT--------GCTCTGC
gi|82837                      :                          ACGGA--------CAG--ACA---CAGCCCATTTCTATAT-TCC-CT--------GCTCCACTCTA
gi|82838                      :                          ACGGA--------CAG--ATG---CAGCCGATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTTCGCTCTA
gi|82839                      :                          ACGGA--------CGG--ATG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCTGCT
gi|82840                      :                            GGA--------CGC--ACGAGACAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTCCG
gi|82841                      :                              A--------CGG--ACA---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCAGCTCCA
gi|82842                      :                              A--------CGG--ACA---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCAGCTCCA


blockSeqs                     :         GA  AGTG              AGCACAGA   TC   AGA                A   A  TGCTCCAT
blockSeqs                     :         .   .                 .          .    .                  .   .  T       
blockSeqs                     :         .   .                 .          .    .                  .   .  T       
blockSeqs                     :         .   .                 .          .    .                  .   .  T       
blockSeqs                     :         .   .                 .          .    .                  .   .  T       
blockSeqs                     :         .   .                 .          .    .                  .   .  T       
blockSeqs                     :         .   .                 .          .    .                  .   .  T       
blockSeqs                     :         .   .                 .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :         .   .                 .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :         .   .                 .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :         .   .                 .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :         .   .                 .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :         .   .                 .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :         .   .                 .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :         .   .                 .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :         .   .                 .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :             .                 .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :                               .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :                               .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :                               .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :                               .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :                               .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :                               .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :                               .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :                               .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :                               .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :                               .          .    .                  .   .  .       
blockSeqs                     :                               .          .    .                  .              
blockSeqs                     :                               .          .    .                                 


blockSeqCons                  :                                                                         ********
originalCons                  :   GACGCA--CG----CACGGACGGACGGA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTCCGCTCTA
finalCons                     :   GACGCA--CG----CACGGACGGACGGA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTCCGCTCTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                         11111111           
lowQualScore                  :         33  4444              44444444   11   222                1   1  55555555           
lowQualScore                  :         ..  ....              ........   ..   ...                .   .  ........           
lowQualScore                  :         22  7777              88888888   88   333                4   4  22222222           
consensus                     :   GACGCA--CG----CACGGACGGACGGA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTCCGCTCTA
Reference ( family-646 )      :   GACGCA--CG----CACGGACGGACGGA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTCCGCTCTA
gi|82813                      :   GACGCA--TG----CACGGATGGACGCA--------CGG--CCG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCTGCTCT
gi|82814                      :   GACGCA--CGAGTGCACGGACGGAGAGA--------TGG--ACG---CAGCCCATTCCTATAT-CCC-CC--------GCTCCGCTC
gi|82815                      :   GACGCA--TG----CACACACACATGGA--------TGG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTCTGCTCTA
gi|82816                      :        A--CG----CACGCACGCACGGA--------TGG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CTC-CC--------GCTCTGCTCTA
gi|82817                      :  gGACAGA--CG----CAGGGAGGGATGGA--------CGG--ATG---CAGCCCATTTCTATATACCC-CT--------GCTCCGCTCT
gi|82818                      :   GATGCA--TG----GACGGACGTACGGA--------CAG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT--CC-CC--------GCTCTGC
gi|82819                      :   GACACA--CG----GACGCACACATGGA--------TGG--GCG---CAGCCCATTTCTATAT-CAC-CC--------GCTCCACTCTA
gi|82820                      :   GACGCA--TG----CACGAACGGACGCA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTCTATA
gi|82821                      :   GACGCG--CA----CACGGACGGACTGA---------------------GCCAATTTCTATAT-CCC-CC--------ATTCCCCTCTA
gi|82822                      :    ACGTA--CG----CACGGAAGGACAGA--------CGG--ATG---CAGCCCATTTCTATAT-TCC-CC--------GCTCTG
gi|82823                      :    ACGCAGACG----CACTGACGGACTGA--------TGG--ACA---CAGCCCATTTTTATAT-CCC-CG--------GCTCTACTCTA
gi|82824                      :   GATGCA--CG----GATGGACGCACGCA--------AGG--ACA---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCTGCTCCATGCTCCGCTCTA
gi|82825                      : acgATGCA--CG----GACGGACGGATGGAAGCACAGACAA--ACA---CAGCTGATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCCGCTCTA
gi|82826                      :    ATGCA--CG----CACGGACAGGCGGA--------TAG--ACG---GAGACCATTACCATAT-CCC-CC--------
gi|82827                      :     CGCA--CG----GACGTACAGATGCA--------CCG--ACA---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCCGCTCTA
gi|82828                      :      GCA--TG----CACGCACACACGGA--------CAG--ATG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CT--------GCTTCGCTCTA
gi|82829                      :        A--CG----CATGGACGGACACA--------CGG--ACC---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------
gi|82830                      :            G----TACGGACGGACGGA--------CTGTCATG---TA-CCCTTTTTTATAT-CCC-CC--------ACTCTGCTCTA
gi|82831                      :                  ACGCAGGGATGCA--------CGG--ACA---CAGTCCATTTCTATAT-CCCACT--------GCTCCGCTCTA
gi|82832                      :                  ACAGCCAGATGCA--------CGG--ACG---C-GCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------ACTCCACCCT
gi|82833                      :                  ACGCATGGACAGA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTCTACAT-C
gi|82834                      :                        GGACAGA--------CAG--ACG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------ACTCCGCTCT
gi|82835                      :                        GGATACA--------CGG--ACG---CAGCCCATTTTTATAT-CCC-CC--------ACTCCACTCTA
gi|82836                      :                        GGACGTA--------CAG--ACG---CAGCCCACATCTATAT-CCC-CT--------GCTCTGC
gi|82837                      :                          ACGGA--------CAG--ACA---CAGCCCATTTCTATAT-TCC-CT--------GCTCCACTCTA
gi|82838                      :                          ACGGA--------CAG--ATG---CAGCCGATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTTCGCTCTA
gi|82839                      :                          ACGGA--------CGG--ATG---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCTGCT
gi|82840                      :                            GGA--------CGC--ACGAGACAGCCCATTTCTATAT-CCC-CC--------GCTCCG
gi|82841                      :                              A--------CGG--ACA---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCAGCTCCA
gi|82842                      :                              A--------CGG--ACA---CAGCCCATTTCTATAT-CCC-CCT-------GCTCAGCTCCA