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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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Reference ( family-641 )      :        ATAATA--A--ATAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGNC-TTTATTTAAAG-A-GGN-AACACAGTTGG--A--AC----AATCTCCAATCTTCCCTGTGGTCCTC--T---ATTATATA
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gi|32126                      :        ATAATA--AT-ATAATAAT-A-ATA---ATGATAAAGAC-TTTCATTAAGG-A-GAT-AACTCA-TTTA--A--AT----AA-ATTCAATCTTCCATGAGGCCCT---T---AACATAT
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Alignments
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lowQualScore                  :              .. ...       . .   ...         . .           . .  ..         .... ..  .... ..  .                    .. ...        
lowQualScore                  :              22 666       6 3   333         9 3           3 6  55         2222 22  8888 99  6                    11 222        
consensus                     :        ATAATA--A--ATAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGNC-TTTATTTAAAG-A-GGN-AACACAGTTGG--A--AC----AATCTCCAATCTTCCCTGTGGTCCTC--T---ATTATATA
Reference ( family-641 )      :        ATAATA--A--ATAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGNC-TTTATTTAAAG-A-GGN-AACACAGTTGG--A--AC----AATCTCCAATCTTCCCTGTGGTCCTC--T---ATTATATA
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blockSeqs                     :              .  TGA       . .   .           T .           . .  G          AG   .   .    TT  C                    .  .  
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blockSeqs                     :              .  A         . .   .           T .           . .  A          TG   .   .    AT  C                    .  .  
blockSeqs                     :              .  A         . .   .           T .           . .  A          AG   .   .    AT  C                    .  .  
blockSeqs                     :              .  A         . .   .           T .           . .  A          TG   .   .    AT  T                    .  .  
blockSeqs                     :              .  A         . .   .           T .           . .  T          GG   .   .    AT  C                    .  .  
blockSeqs                     :              .  A         . .   .           A .           . .  G          GG   .   .    AT  C                    .  .  
blockSeqs                     :              .  A         . .   .           T .           . .  A          TG   .   .    AC  C                    .  .  
blockSeqs                     :              .  A         . .   .           T .           . .  A          GG   .   .    AT  T                    .  .  
blockSeqs                     :              .  A         . .   .           A .           . .  A          TA   .   .    AT  T                    .  .  
blockSeqs                     :              .  A         . .   .           A .           . .  G          GG   .   .    AT  T                    .  .  
blockSeqs                     :              .  A         . .   .           T .           . .  A          GG   .   .    AT  C                    .  .  
blockSeqs                     :              .  .         . .   .           A .           . .  T          GG   .   .    AT  C                    .  .  
blockSeqs                     :              .  .         . .   .           A .           . .  T          GG   .   .    TG  C                    .  .  
blockSeqs                     :              .  .         . .   .           T .           . .  A          AG   .   .    TG  C                    .  .  
blockSeqs                     :              .  .         . .   .           T .           . .  A          CC   .   .    AG  C                    .  .  
blockSeqs                     :              .  .         . .   .           T .           . .  A          GG   .   .    TG  C                    .  .  
blockSeqs                     :              .  .         . .   .           T .           . .  A          C    .   .    AT  C                    .     
blockSeqs                     :              .  .         . .   .           A .           . .  T          C    .   .    A   G                    .     
blockSeqs                     :              .  .         . .   .           A .           . .  T          C    .   .    A   C                    .     
blockSeqs                     :                 .         . .   .           A .           . .  T          G    .   .    A   .                    .     
blockSeqs                     :                 .         . .   .           A .           . .  T          T    .   .    .   .                    .     
blockSeqs                     :                           . .   .           A .           . .  T          C    .   .    .   .                          
blockSeqs                     :                           . .   .           T .           . .  T          C    .   .    .   .                          
blockSeqs                     :                           . .   .           . .           . .  A          C    .   .    .                              
blockSeqs                     :                           . .   .           . .           . .  .                                                       


blockSeqCons                  :                                                                           GG**                                   **
originalCons                  :        ATAATA--A--ATAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGNC-TTTATTTAAAG-A-GGN-AACACAGTTGG--A--AC----AATCTCCAATCTTCCCTGTGGTCCTC--T---ATTATATA
finalCons                     :        ATAATA--A--ATAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGNC-TTTATTTAAAG-A-GGN-AACACAGTTGG--A--AC----AATCTCCAATCTTCCCTGTGGTCCTC--T---ATTATATA





Alignments
lowQualScore                  :                 222                                                       1111                                                 
lowQualScore                  :              22 222       2 1   222         1 1           1 2  33         2222 33  2222 77  2                    66 333        
lowQualScore                  :              .. ...       . .   ...         . .           . .  ..         .... ..  .... ..  .                    .. ...        
lowQualScore                  :              22 666       6 3   333         9 3           3 6  55         2222 22  8888 99  6                    11 222        
consensus                     :        ATAATA--A--ATAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGNC-TTTATTTAAAG-A-GGN-AACACAGTTGG--A--AC----AATCTCCAATCTTCCCTGTGGTCCTC--T---ATTATATA
Reference ( family-641 )      :        ATAATA--A--ATAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGNC-TTTATTTAAAG-A-GGN-AACACAGTTGG--A--AC----AATCTCCAATCTTCCCTGTGGTCCTC--T---ATTATATA
gi|32109                      :        ATAATA--A---TAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGAC-TTTATTTCAAG-A-GGT-TACACAGTC-C--A--AC----ATGCT-GGATCTTCCCTGTGTGCCTCCAT---ATTATACA
gi|32110                      :       aATAATA--A---TAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGAC-TTTATTTCAAG-A-TGT-TACACAGTC-C--A--AC----AAGCT-GGATCTTCCCTGTGTGCCTCCAT---ATTATACA
gi|32111                      :             a--A--ATA-TAAT-A-ATA---ATAATAATGAT-TTTATTTCAAG-A-GGT-TACACAGTC-C--A--AC----ATGCT-GGATCATCCCTGTGTGCCTC--C---ACCATAT
gi|32112                      :    aagagtAATA--ACAATAATAAT-G-ATA---CTAATGCATGC-TTTATTTCAAG-A-GAG-TACACAGCC-C--A--AC-----ATGCCGCATCTTCCCTGTGTGCCTC--C---ATAGTATAt
gi|32113                      :        ATAATA--A---TATTAAT-G-ATA---ATAATAAAGTC-TTTATTTAAAG-A-GG--AACACAGTTGG--A--AT----ATTCTCTAATCTTCCCTGTAGTCCTC--T---ATTATATAca
gi|32114                      :       aATAATA--A---TAATAAT-A-ATA---ATAATAATGTC-TTTATTTAAAG-A-GGA-AACACAGTATA--A--AC----ACTCTCCAATCTCCCCTGTGGTCGTC--T---ATTATATA
gi|32115                      :       aATAATA--A---TAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGTC-TTTATTTAAAG-A-GAA-AACACAGATAG--A--AT----AATCTCCAATCTTCTCTGTGGTCCTC--T---ATTATATA
gi|32116                      :       aATAATA--A---TAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGTC-TTTATTTAAAT-A-AGA-AACACAGTTGA--A--AC----AATCAACAATCTTCCCTGTGGTCCTC--T---ATTATATA
gi|32117                      :       aATAATA--A---TAATAATTA-ATA---AAAATAAAGTC-TTTATTTAAAG-A-GGA-AACACAGTTGG--A--AC----AATCTCCAATCTTCCCTGTGGTCCTC--T---
gi|32118                      :       aATAATA--A---TAATGAT-A-ATA---ATAATAAATTA-TTTATTTAAAG-A-GGA-AACACAGTTTG--A--AC----AATCTCCAATCTTCCCTGTGGTCCTC--TCAAATTA
gi|32119                      :          aATT--A--ATAATAAT-A-ATA---ATAATAAAATC-TTTATTTAAAG-A-GGT-AACACAGTTAG--A--AT----AATTTCCAATCTTCCCTGTGGTCCTC--T---TTTATATA
gi|32120                      :     agtATAATA--A---TAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGAC-TTTAATTAACG-A-GAG-AACTCA-TTTG--A--AT----AA-ATTCAGTCTTCCATGAGGCCCTC--
gi|32121                      :         aAATAGTA--ATAATAAT-G-ATA---ATAATTAAGTC-CTTATTTAAAG-A-AGA-AACACAGCTGG--A--A--------CTCCAATCTTCCCTGGGGTCCTC--C---aacatatttaca
gi|32122                      :                 --ATAATAAT-A-ATA---ATAATAAAATC-ATTATTTAAAG-T-GGA-AACACAGTTGG--A--ACAAAGAATGTCCAATCTTCCATGTGGTCCTC--T---ATTATATA
gi|32123                      : aaaaatgATAATA--A---TAATAAT-A-ATA---ATAATAATGAC-TTTATTTTACG-A-GAA-AATTAAGT--G--G--AC----TACGTCCAATCTTCCCTG
gi|32124                      :         aAATA--ACAATAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGACATTTA-TTAACT-A-GAG-AACTCA-TTTG--A--AT----AA-ATTCAATCTTCCATGAGGCCCTC--
gi|32125                      :          AATA--ATGATAATAAT-A-ATACCAATAATAATATA-TTTATTTAAAG-A-GGA-AACATAGCTGG--A--GC----GATATTTCATCTTCCCTGTGGTTCTC--T---ATTATATAaacatatttaca
gi|32126                      :        ATAATA--AT-ATAATAAT-A-ATA---ATGATAAAGAC-TTTCATTAAGG-A-GAT-AACTCA-TTTA--A--AT----AA-ATTCAATCTTCCATGAGGCCCT---T---AACATAT
gi|32127                      :         aAATA--ATGATGATAAT-A-ATA---ATAATATAAAC-TTTATTTCAAGAA-GGT-AACACAATttaca
gi|32128                      :        ATAATA--A--ATAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGTC-TTTATTTAAAG-A-GGA-AACACAGTTGG--A--AC----AATCTCCAATCTTCCCTGTGGTCCTC--T---ATTATATA
gi|32129                      :        ATAGTA--A---TAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGTC-TTTATTTAAAG-A-GAA-AACACAGTTGG--A--AC----AATCTCCAATCTTCCCTGTGGTCCTC--T---ATTGTATA
gi|32130                      :        ATAATA--ATGATATAAAT-A-ATA---ATGATAAAGTC-TTTATTTAAAG-A-GGA-AACACAGTTGG--A--AC----AATCACCAATCTTCCCTGTGGTCCTC--T---ATTATATAca
gi|32131                      :        ATAATA--A--ATAATAATTATATA---ATAATAAAGTA-TTTATTTAAAG-A-GAA-AACACAGTTGG--A--AC----AATCTCCAATCTTCCCTGTGGTCCTC--T---ATTATATA
gi|32132                      :              --A--ATAATAAT-A-ATA---ATAAT-AATAC-TTTAATTAATG-AGGGT-AACAAAGTAAGTTA--AC----A----CTAATCTTCCCTGTGGCCCTC--
gi|32133                      :             t--A--ATAATAAT-A-ATA---ATAATA----C-TATATTTAATG-AGGGT-AACACAATT-T--ATTAC----A----CTAATCTTCCCTGTGGCCCTC--aacaatcataca
gi|32134                      :                   tTAATAAT-A-ATA---ATAATA----C-TTTATTTAATG-A-GGGTAACACAGTTAG--TT-AC----A----CTAATCTTCCCTGTGGCCCTC--aacaatcataca
gi|32135                      :            agtac--ATAATAAT-A-ATA---ATAATAAAGAC-TTTATTTTAAG-A-GGT-TACACAGTC-C--A--AC----ATGCT-GGATCTTCCCaacaatcataca
gi|32136                      :           atg--A--ATAATTAT-A-ATA---ATAATAAAGAC-TTTATTTCAAG-A-AGT-TACACA-TTCC--A--AC----GTGCT-GGATCTTCCCTGTGTGCCTCCAT---ATTATACA
gi|32137                      :                     tATAAT-A-ATA---ATAGTACAGAC-ATTATTTCAAG-A-AGT-TCCACTGTC-C--A--AC----AAGCT
gi|32138                      :                        AAT-A-TTA---ATAATAAAGAT-TTAATTTCAAG-T-GGT-CGCACAGTC-C--A--AC----ATGCTGGAA-ATTCCATGTGTGCCTC--C---ATtgattgtctccatatgtata
gi|32139                      :                         AT-A-ATA---ATAATAAAGTC-TTTATT-ATAG-A-GGA-GACACAGTTGG--A--AC----AATCTCCAATCTTCCCCGTGGTCATC--T---ATTATACAgttat