lowQualScore : 11 1111 111111111 111111111 222222222 11111 1 333333333333333 22222222 1111 2222
lowQualScore : 77 333 6666 1 22 1 77 1 4 888888 4 1111 0 222 3 66666666 0 22 66 111111111 1 777777777 222 9 4 4 3 1 66 1 11 1 33 999 333333333 444 1 1 6666666666 33 11111 3 0 44 3 9 2 6 3 3 8 111111111111111 4 11 0 999 00000000 444 7777 444 4 444 7777
lowQualScore : .. ... .... . .. . .. . . ...... . .... . ... . ........ . .. .. ......... . ......... ... . . . . . .. . .. . .. ... ......... ... . . .......... .. ..... . . .. . . . . . . . ............... . .. . ... ........ ... .... ... . ... ....
lowQualScore : 55 000 3333 5 11 5 77 5 6 111111 6 5555 9 777 1 88888888 9 00 88 000000000 4 333333333 333 3 4 1 6 3 00 3 99 4 33 000 666666666 888 4 0 2222222222 99 00000 5 3 66 1 7 9 8 4 3 3 000000000000000 8 66 1 444 22222222 111 9999 111 7 111 7777
consensus : CCTGTTTGATCTTCATTAAT-AA---TAC--GTGGTA-A--AAC-ATNT-TTT-ATT----CT-TTGT--GCTAT---A-CNTGC---TGATG--CT-A-N-------TT-TATA----NGAC-AC---A-TTTAANAGNGANA-TTGGN-CG-CCAG--TT-TTT--T---AA--ANA-CTGTTTA---TCT-TTGTTTCCTTTTG----------G--TA-N---GCATGTNATGACNCCTTGTTTTTGCGNAATNGACA-GTTCNCCTTT-AA-T--A-ANA---CCNTCGTTTATAG--CACG-AAN---TAAG---AAAT-N-NCC---T-A---TGTCATN-CCAAAAGAA
Reference ( gi|136017 ) : CCTGTTTGATCTTCATTAAA-AA---TAT--GTGGTA-A--AAC-ATGT-TTT-ATC----CT-TTGT--GCTAT---A-CTTGC---TGATG--CC-A-G-------TT-TGTA----AGAC-AC---A-TTTAAAAGAGATA-TTGGA-CG-CCAG--TT-TTT--T---AA--ATG-TTGTTTA---TCT-TTATTTCCTTTTG----------G--TA-A---ACATGTAATGACTCCTTGTGTTTGGGAAATGGACA-GTTCACCTTT-GA-T--A-ATA---CCTTCGTTTATAG--CACG-AAT---TAAG---AAAT-C-CCC---T-A---TATCGTA-CCAGAAAAA
gi|136015 : CCTGTTTGATCTTCATTAGT-AA---TAT--GTGGTA-A--AAC-ATGT-TTT-ATC----TT-TTGT--GTTAT---A-CTTGC---TCATG--CC-A-G-------TT-TGTA----TGAC-AC---A-TTTAAAAGAGATA-TTGGA-CG-CCAG--TTCTTT--T---AA--A-G-TTGTTTA---TCT-TTATTTCCTTTTG----------G--TA-A---ACATGTAATGACTCCTTGTCTTTGGGAAATGGACA-GTTCACCTTT-GA-T--A-AGA---CATTCGTTTATAG--CACA-AAT---TAAG---AAAT-C-CCC---T-A---TGTCATA-CCAGAAA
gi|136018 : CCTGTTTGATCTTCATTAAT-AA---TAT--GTGTTA-A--AAC-ATGT-TTT-ATC----CT-TTGT--GTTAT---A-CATG----TGATG--CA-A-A-------TG-TGTA----TGAC-AC---A-TTTAAAACAGATA-TTGGA-CG-CCAG--TT-TTT--TTTTAA--AAG-TTATTTA---TCT-TTATTTCTCTTTG----------G--TA-A---ACATGTAATGACTCCTTGTTTTAGGGAAATGGACA-GTTCACCTTT-GA-T--A-AGA---CCTTCATTTATAG--CACG-AAT---TAAG---AAAT-C-CCC---T-G---TATCATA-CCAGAAAAA
gi|136019 : CCTGTTTGATCTTCATTAAA-AA---TAT--GTGGTA-A--AAC-ATGT-TTT-ATC----CT-CTGT--GTTAT---A-CTTGG---TGATG--CC-A-G-------TT-TGTA----TGAA-AC---A-TTTAAAATAGATA-TTGGA-CG-CCAG--TT-TTT--TT--AA--AAG-TTGTTCA---TCT-TTATTTCCTTTTG----------G--TT-A---AAAAGTAATGACTACTTGTCTTTGGGAAATGGGCA-GTTCACCTTT-GA-T--A-AGA---CCTTAGTTAATAG--CACG-AAA---TAAG---AAAT-C-CGC---T-A---AATTATA-CCAGAAAAA
gi|136020 : CCTGTCTGGTCCTCATTAAT-AA---TAA--ATGGTA-A--AAT-ATCT-TTC-ATT----CT-TTTG--GCTAT---A-CATCC---AGATG--CT-A-A-------CT-TGTA----AGAA-AC---A-TTTAAAAGTGAAA-TTGGA-CG-CCAA--TT-TTT--T---AA--AAA-CGATTTA---TCT-TTGTTTCCCTTTG----------G--TA-A---ACATGTAATGACCCCTTGCTTTTGTGAAATTGAAA-GTTCTCCCTT-AG-T--ATAT----CCCTCATTTATAG--CACG-CAG---TAAA---AAAT-G-TCC---T-A---CGTC-TATCCAAAAGAA
gi|136021 : CCTGTCTGATCCTCATTAAT-AA---TAA--ATGGTA-A--AAT-ATCT-TTC-ATT----CG-TTG---GCTAA---A-CATCC---AGATG--CT-A-A-------CT-TGTA----AGAA-AC---A-TTTAAAAGTGAAA-TTGGA-CG-CCAA--TT-TTT--T---AA--AAA-CGATTTA---TCT-TTGTTCCCCTTTG----------G--TA-A---ACATGTTATGACCCCTTGCTTTTGTGAAATTGAAA-GTTCTCCCTT-AG-T--ATAT----CCCTCATTTATAG--CACG-CAG---TAAA---AAAT-G-TCC---T-A---CGTC-TATCCAAAAGAA
gi|136025 : CCTGTTTGATCTTCATTAAT-AA---TAT--ATCCCA-A--AAT-ATTT-TTT-ATT----CT-ATTC--GCAAT---A-CTTGC---T-ATG--CA-A-T-------TT-TATA----AGAC-AC---A-TTTAGTAATGAAA-TGGGA-CG-CCAA--TT-TTT--T---AA--GTA-TTTTTCA---TCT-TTGTTTCCCTTTG----------G--GA-T---ACATGTTATTACACCTTGTGTTTGTGTTATAGACA-ATTCTCCTTT-AT-T--G-AAA---CCTGCATAAATAG--ATCT-TAC---AAAA---ATAT-G-TCC---T-A---TATCACG-CCAAAA
gi|136023 : CCTGTCTGATCCTTACTAAT-AA---AAG--ATGGTA-A--AAT-ATCT-TTC-ATT----CT-TTTG--GCTAT---A-CATCC---AGATG--CT-A-A-------CT-TGTA----AGAA-AC---A-TTTAAAAGTGAAA-TCGAAGCG-CCAA--TT-TTT--T---AA--AAA-CGATTCA---TCT-TTGTTACCCTTCG----------G--TA-A---ACACGTTATGACCCCTTGCTTTTGTGAAACTGA-A-ATTATTCTCT----T--A-GTATATCCCTCATTTATAG--CACG-CAG---TAAA---AAAT-A-TCC---T-A---TGT
gi|136022 : CCTGTTTAATCTTCATTTAT-AA---TTA--AAGGTA-A--AAA-ACGT-TTC-AAT----CT-GTTT--GCTAT---A-CAGAC---TGATG--CT-A-A-------TG-TATA----TGTT-AT---G-TTTAAAAGTGAAA-TCGAT-CG-CCAG--TT-CTT--T---AAGAATG-TT--TCG---TCT-TTATTTCCTTTTG----------G--AA-T---GCATGTAATGACTCCTTGTCGTTGTGAAATAGACA-ATTCGCCTTT-TT-C--A-ACA---GCTTCATTTACAG--AGCGTAA-----AAC---AAAT-TGAAC---T-A---TATC-TATCCAAAATAA
gi|136024 : CCTGTTTGGTCTTCATTGAT-AA---TTA--AAGGTA-A--AAC-ATTT-TTC-AAT----CT-GTTT--GCTAT---A-CTGGC---TGATG--CT-A-A-------TT-TATA----TGTT-AT---G-TTTAAAAGTGGCA-TTTGT-CG-CCAG--TT-CTT--G---AAGAATG-TT--TTG---TCT-TTGTTTCCTTTTG----------G--AA-T---GCATGTAATGACTCCTTGTCGTTGTGAAAAAGAC----TCGCCTTT-TT-C--A-ACT---GCTTCATTTACAG--AGCGTAA-----AAC---AAAT-TGACC---T-A---TATTTTT-CTAAAAGAA
gi|136026 : CCTGTCTGATCCTCATTAAT-AA---TAA--ATGGTA-A--AAT-ATCT-TTC-ATT----CT-TTTG--GCTAT---A-CATCC---AGATG--CT-A-A-------CT-TGTA----AGAA-AC---A-TTTAAAAGTGAAA-TTGGG-CG-CCAA--TT-TTT--T---AA--AAA-CGATTTA---TCT-TTGTTCCCCT
gi|136027 : CCTGTCTGATCATCATTTAT-AA---CAC--TTGGTA-G--TAC-CTTT-TTT-AGA----CG-CTGT--GCAAT---A-CAGGT---AGAAA--CT-A-A-------TT-TATA----AGA--AC---AATTTAATAAAGAAA-TAGAC-CT-CCAT--TT-TTT--TT--AA--AAA-CTGTCTG---TCT-TTATTAGCTTTGG----------G--AA-T---ACATGTAATAATACCTTCTTTTTGTGTAATTGAAA-GTTCTCCTTTCAA-T--A-A-A---CCGTAGTTTATGG---AC---CT---CAAGAGAAAAA-C-ACC---T-A---TATCAAT-CCAAAAGAA
gi|136028 : CCTGTCTGATCATCATTAAT-AA---CAC--TTGGTA-G--TAC-CTTT-TTT-AGA----CG-CTGT--GCAAT---A-CAGGC---AGAAA--TT-A-A-------TT-TATA----AGA--AC---AATGTAATAAAGAAA-TAGGC-CT-CCAT--TT-TTT--T---AA--AAA-CTATCTG---TCT-TTA------TTAG----------G--AA-T---ACATGTAATAATACCTTCTTTTTGTGTAATTGAAA-GATTTCCTTTCAA-T--A-A-A---CCGTAGTTTATGGACCTCA-AG-----AGG---AAAA-C-ACC---T-A---TATCAAT-CCAAAAGAA
gi|136029 : CCGGTTTGGTCCTCATTAAT-AT---TTT--TTGATA-A--AAC-TAAT-TTT-AAA----CG-TTGA--GCAAT---A-CATGC---AGAGG--CTTA-G-------TTATATG----A-AC-A----A-GTTAATAAAGATA-TAGGT-CT-CCGA--TT-TTTC-T---AA--ATA-CTGTTTA---TCT-TTGTTTGATTTTG----------G--TA-T---GCATGTTATTATTCCTTCTTTTTG
gi|136030 : CCAGTTTGATCTCTATTTAT-AAGGTTAC--ATAGT------AC-A-GT-TTTCATT----CTGTTG---GCTAC---C-GAGGC---TGAAG--CC-A-T-------TT-TGT-------AC-ACAGTA-TTTAATAGGGTTA-TTGGG-CG-ATAG--TT-TTT--T---AG--AAA-ATGTCTG---TCT-TTATTTTCTTTTG----------G--TA-
gi|136031 : CCTGACTGACTCTCATTAATTAG---TTTTGGTAGTA-T--TAC----T-TTT-AAT----CT-ATTT--GC------A-ATTGCACCTGAAG--CA-A-T-------CT-TATA-----GAC-AC---AATTTAATAAAGATA-TTGGA-CG-ATAG--TT-TTT--TAA-AA--ATC-TTCTTGG---TTTGTTAT---CTTTAG----------GGATA-A---GC--GTAATGATACCCTCTTTTTGTGTGACTGATA-GTTCACCTTT-taagagttacggatgccttgtctct
gi|136016 : CCTGTATGATCTTCATTAAT-AA---TAT--GTGGTA-A--AAC-ATGT-TTC-ATT----C
gi|136033 : CCTGTCTGACTGTCATTGAT-AA---TGT--CTGGTA-A--TAC-G-GT-TTTCATT----CTGTTG---GCTAT---GGCTT-T---TGTTG--CA-A-T-------TT-TATA-----GTCGAC---A-TTTAATAGTCTTA-TTGGT-CT-CCAG--TT-TGT--C---AA------TAGTGAAAGGTCT-TTGTCTTTTTTTG----------G--TA-G---AAGTGTTATAATTCCTTGCTTCTG
gi|136032 : CCAGTTTGATCTT-------------TAT--GTGTT-------T-ATTTATTT-AGCACAACT-TT-T--AATAT---A-TTTGC---TATTGTACC-A-GAGGCAATTT-TGTA-----TAC-AC---A-ACTAAGAAA-ATAATTGGT-CT-ATAG--TT-TTTCAT---AA--AAA---GTCTA---AAT-TAATTGTCTTTTG----------G--TATA---AC-TGTAATGATTCCCTCCCTTTGCGTTATTGATA-GTTC-CCTTT-TC-TTCA-AT----CCATAATTTAAAG--ATCG-AAC---TATA---AAAT-G-CCC---T-A---ATTTTTC-CCAGAA
gi|136034 : CTGTTCGGTCTTCATTAAT-AA---CTT--TTGATA-ATTAA-----T-TTT-AAA----CG-TTGA--GCAAT---A-CATGC---AGAGG--CT-A-A-------TT-TATA----TGA--AC---AATTTAATAAAGATA-TAGGT-CT-CCAA--TT-TTT--T---AA--GTA-CTGTTTA---TCT-TTGTTTGATTTTG----------G--GA-T---GCATGTTATAA-TCCTTCTTTTTGCTTGATTGAAA-GTTCCCCTTT-AAGT--A-AC----CCATAGTTAATGG---ACC-AAC---AAAG---AAATACACCCAAGT-A---TAT-----CCAGAAAAA
gi|136035 : TGTTTGATCTTTATGTAT-AA---CGG--GCTGTAGA--AGC-A-GT-GTT-AAT----CT-TCGA--GCAAC---A-CAATC---AGAGG--TT-A-G-------TT-CATA----AGAT-AC---A-TTAAAAAGTTATA-TTGGG-CGATCGGGTTT-TTT--T---AA--GAA-TCATTTA---TC---TATCTCCATTTG----------A--CATACTTACATGTTATTACACCTTGAGATTGGGAGGTAGACA-
gi|136036 : GTTTGGTCTTCATTAAT-AA---CTT--TTGATA-A--AAC-TAAT-TAT-AAA----CG-TTGA--GCAAT---A-CATGC---AGAGG--CT-A-A-------TT-TATA----TGA--AC---AATTTAATAAAGATA-TAGGT-CT-CCAA--TT-TTT--T---AA--GTA-CTGTTTA---TCT-TTGTTTGATTTTG----------G--GA-T---GCATGTTATTATTCCTTCTTTTTGCGTGATTGAAA-GTTCCCCTTT-AAGT--A-A
gi|136037 : TCATTGAT-AA---TGT--CTGGTA-A--TAC-A-GT-TTTCATT----CTGTTG---GCTAT---GGCTT-T---TGTTG--CA-A-T-------TT-TATA-----GTCGAC---A-TTTAATAGGCGTA-TTGGT-CT-CCAG--TT-TGT--C---AA------TAGTGAAAGGTCT-TTGTCTTTTTTTG----------G--TA-G---AAGTATTATAATTCCTTGTccaatagtaaattgatctacaaagaaatacacccaagtttatccagaaaaa
gi|136038 : TAAT-AA---TAT--GTGGTA-A--AAC-ATGT-TTT-ATC----CT-TTGA--TCTAT---A-CTTGC---TGATG--CC-A-G-------TT-TGTA----TGAC-AC---A-TTTAAAAGAGGTA-TTGGA-CG-TCAtcctg
gi|136039 : TGGTA-A--TACTATTT-TTA-ATC----TT-TT-T--GCAATGGCA-C---C---TGAAG--CA-A-T-------CT-TATATAATAGAC-AC---AATTTAATAAAGATA-TTGGA-CG-ATAG--TT-TTT--TAA-AA--ATC-TTCTTGG---TTG-TTATT---TTTAG----------GGATA-A---GC--GTAATGATACCCTCTTTTTATGTGACTGATA-GTTCACCTTT-
gi|136041 : TA-A--AAC-ATTT-TTT-ATT----CT-ATTT--GCTAT---G-GTTTT---CGATG--CT-A-T-------TT-TATA----GTCT-AC---A-TTTAACAGACTAA-TCGGA-CG-CCAA--TT-TTC--T---AAC-ATA-ATATT-A---TCT-TTACCTTGCTTTG----------G--TA-T---TAATGTTATTAAACTTTGTTTTTGCAAAGCAGTCATGTT----TTTAGA-TTCA-AGA---GAGTAATTTA------AAG-AGTTGATAAG---AAAT-T-GCT---TCA---TGTCGTT-CCAAAAAA
gi|136040 : TA-A--AAC-ATTT-TTT-ATT----CT-ATTT--GCTAT---G-GTTTT---CGATG--CT-A-T-------TT-TATA----GTCT-AC---A-TTTAACAGACTAA-TCGGA-CG-CCAA--TT-TTC--T---AAC-ATA-ATATT-A---TCT-TTACCTTGCTTTG----------G--TA-T---TAATGTTATTAAACTTTGTTTTTGCAAAGCAGTCATGTT----TTTAGA-TTCA-AGA---GAGTAATTTA------AAG-AGTTGATAAG---AAAT-T-GCT---TCA---TGTCGTT-CCAAAAAA
gi|136042 : T-TTGTTTACTAT---A-CTGGC---TGAAG--CT-AAG-------TA-TATAT---A----AT---G-TTTAAAATTGAAA-TCAGG-TG-CCAG--TT-TTG--T---AAGAACG-TT--TTG---TCT-TCATTTCCTTTTG----------G--TA-T---GCGTGTAGTGACTCAATGTCGCTGTGAAATAGACA-CCCCGCCTTT-
gi|136043 : ---TGAGG--CG-A-T-------TT-TATA-----TAC-AC---AATTTAAAAGTGAAA-TTGGT-CT-ATAA--TT-TTT--C---AT--CTG-GAATCTA---CTT-TTATTTTCTTTAG----------G--AA-T---GCAAGTTATAATACCCTCTTTTTGAGTAACAAATA-ATTCTCCTTT-AT-T--A-AAA---CCAGCATTTATTG--AACG-TAC---AACG---AAAT-G-TCC---T-AATTTATC----CCAGAAAA
gi|136044 : GATG--CT-A-A-------CA-TGTA----AGAA-AC---A-TTTACAAGTGAAA-TTGGG-TG-CCA---TA-TTT--T---AA--AAA-CGATTTA---TCT-TTGTTCCCCTTTGTTCCCCTTTAG--TC-A---ACATGTTATGACCCCTTGCTTTTGTGAAATTGAAA-GTTCTCCCTT-AG-T--A--TAT--CCCTCATTTATAG--CACG-CAG---TAAA---AAAT-G-TCC---G-A---CGTCAAT-CCAAAAGAA
gi|136046 : GAT-AT---A-TTTAATAATGTAA-TTGGT-CT-CCAG--TT-TTT--T---AA--AAGACTGCGTG---ACA-TT-TTTTCTCTGG----------G--TA-T---GCATGTAATAATACCTTGCCGCTGAGTTATGGATA-GTGTACCTTT-
gi|136045 : -AT---A-TTTAATAATGTTA-TTGGT-CT-CCAG--TT-TTT--C---AA--AAGACTGCGTG---AC--TTATTTTCTTTGG----------G--TA-T---GCATGTAATAATACCTTGCCGCTGAGTTATGGATA-GTGTACCTTT-tttaagccc
Alignments
lowQualScore : 111 11111 111111
lowQualScore : 44444 1 222 111 1 22 4444 1 4 8888 555 444 33 1 0 1 1 55555 77 444 2 1 1 1 22 1 33 33 666 2 1 55 222 2 5555 1 0 2222 6666666666 11 444444 1 1 11 5 1 1 2 3 2 1 22222 55 88 1 11 555555 5555 4 444 4 0 6 99
lowQualScore : ..... . ... ... . .. .... . . .... ... ... .. . . . . ..... .. ... . . . . .. . .. .. ... . . .. ... . .... . . .... .......... .. ...... . . .. . . . . . . . ..... .. .. . .. ...... .... . ... . . . ..
lowQualScore : 22222 7 999 777 5 00 6666 4 4 5555 222 333 33 3 7 0 4 22222 44 555 6 0 0 0 33 3 22 22 333 7 5 44 333 7 7777 3 9 9999 0000000000 99 555555 0 4 66 7 0 0 8 2 2 7 22222 55 22 0 55 111111 8888 2 111 2 7 7 77
consensus : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATNTGGTA-A--AAC-ATNTTTTATTCT-TTGT--GCTAT---ACNTGCN-GATGCTANTT-TATAN----GA-CA-C-A-TTTAANAGNGANATTGGN-CG-CCAG--TTTTT--T---AA-AAA-CTG---TTT-A----TCTTTGTT-TCCTTTT----G----------G--TA----TACATGTNAT-GACNCCTTGTTTTTGCGNAATNGACA-GTTCNCCT-TT-A-N-T--AAGACCNTCGTTTATAG--CA--CGNANTAAGAAA-T-NNCCT-ATGTC-AT-TCCAAAAGAA
Reference ( family-618 ) : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TACGTGGTA-A--AAC-ATNTTTTATTCT-TTGT--GCTAT---ACNTGCT-GATGCTANTT-TATAN----GA-CA-C-A-TTTAANAGNGANATTGGN-CG-CCAG--TTTTT--T---AA-ANA-CTG---TTT-A----TCTTTGTT-TCCTTTT----G----------G--TA----NGCATGTNAT-GACNCCTTGTTTTTGCGNAATNGACA-GTTCNCCT-TT-A-A-T--AANACCNTCGTTTATAG--CA--CGAANTAAGAAA-T-NNCCT-ATGTC-AT-NCCAAAAGAA
gi|136015 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAGT-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCTT-TTGT--GTTAT---ACTTGCT-CATGCCAGTT-TGTAT----GA-CA-C-A-TTTAAAAGAGATATTGGA-CG-CCAG--TTCTT--T---TA-AAG-TTG---TTT-A----TCTTTATT-TCCTTTT----G----------G--TA----AACATGTAAT-GACTCCTTGTCTTTGGGAAATGGACA-GTTCACCT-TT-G-A-T--AAGACATTCGTTTATAG--CA--CAAATTAAGAAA-T-CCCCT-ATGTC-AT-ACCAGAA
gi|136016 : CCTGTATGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTCATTCa
gi|136017 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAA-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-TTGT--GCTAT---ACTTGCT-GATGCCAGTT-TGTAA----GA-CA-C-A-TTTAAAAGAGATATTGGA-CG-CCAG--TTTTT--T---AA-ATG-TTG---TTT-A----TCTTTATT-TCCTTTT----G----------G--TA----AACATGTAAT-GACTCCTTGTGTTTGGGAAATGGACA-GTTCACCT-TT-G-A-T--AATACCTTCGTTTATAG--CA--CGAATTAAGAAA-T-CCCCT-ATATC-GT-ACCAGAAAAA
gi|136018 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATGTGTTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-TTGT--GTTAT---ACATG-T-GATGCAAATG-TGTAT----GA-CA-C-A-TTTAAAACAGATATTGGA-CG-CCAG--TTTTT--TTTTAA-AAG-TTA---TTT-A----TCTTTATT-TCTCTTT----G----------G--TA----AACATGTAAT-GACTCCTTGTTTTAGGGAAATGGACA-GTTCACCT-TT-G-A-T--AAGACCTTCATTTATAG--CA--CGAATTAAGAAA-T-CCCCT-GTATC-AT-ACCAGAAAAA
gi|136019 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAA-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-CTGT--GTTAT---ACTTGGT-GATGCCAGTT-TGTAT----GA-AA-C-A-TTTAAAATAGATATTGGA-CG-CCAGT-TTTTT--T---AA-AAG-TTG---TTC-A----TCTTTATT-TCCTTTT----G----------G--TT----AAAAAGTAAT-GACTACTTGTCTTTGGGAAATGGGCA-GTTCACCT-TT-G-A-T--AAGACCTTAGTTAATAG--CA--CGAAATAAGAAA-T-CCGCT-AAATT-AT-ACCAGAAAAA
gi|136020 : CCTGTCTGGTCCTCAT-----TAAT-AA---TAAATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCT-TTTG--GCTAT---ACATCCA-GATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATTGGA-CG-CCAA--TTTTT--T---AA-AAA-CGA---TTT-A----TCTTTGTT-TCCCTTT----G----------G--TA----AACATGTAAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAATTGAAA-GTTCTCCC-TT-A-G-T--ATATCCCTCATTTATAG--CA--CGCAGTAAAAAA-T-GTCCT-ACGTCTAT--CCAAAAGAA
gi|136021 : CCTGTCTGATCCTCAT-----TAAT-AA---TAAATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCG-TTG---GCTAA---ACATCCA-GATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATTGGA-CG-CCAA--TTTTT--T---AA-AAA-CGA---TTT-A----TCTTTGTT-CCCCTTT----G----------G--TA----AACATGTTAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAATTGAAA-GTTCTCCC-TT-A-G-T--ATATCCCTCATTTATAG--CA--CGCAGTAAAAAA-T-GTCCT-ACGTCTAT--CCAAAAGAA
gi|136022 : CCTGTTTAATCTTCAT-----TTAT-AA---TTAAAGGTA-A--AAA-ACGTTTCAATCT-GTTT--GCTAT---ACAGACT-GATGCTAATG-TATAT----GT-TA-T-G-TTTAAAAGTGAAATCGAT-CG-CCAG--TTCTT--T---AA-GAA--TG---TTTCG----TCTTTATT-TCCTTTT----G----------G--AA----TGCATGTAAT-GACTCCTTGTCGTTGTGAAATAGACA-ATTCGCCT-TT-T-T-C--AACAGCTTCATTTACAG--AG--CGTAA-AACAAATT-GAACT-ATATCTAT--CCAAAATAA
gi|136023 : CCTGTCTGATCCTTAC-----TAAT-AA---AAGATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCT-TTTG--GCTAT---ACATCCA-GATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATCGAAGCG-CCAA--TTTTT--T---AA-AAA-CGA---TTC-A----TCTTTGTT-ACCCTTC----G----------G--TA----AACACGTTAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAACTGA-A-ATTATTCTCTT-A-G-T--ATATCCCTCATTTATAG--CA--CGCAGTAAAAAA-T-ATCCT-ATGT
gi|136024 : CCTGTTTGGTCTTCAT-----TGAT-AA---TTAAAGGTA-A--AAC-ATTTTTCAATCT-GTTT--GCTAT---ACTGGCT-GATGCTAATT-TATAT----GT-TA-T-G-TTTAAAAGTGGCATTTGT-CG-CCAG--TTCTT--G---AA-GAA--TG---TTTTG----TCTTTGTT-TCCTTTT----G----------G--AA----TGCATGTAAT-GACTCCTTGTCGTTGTGAAAAAGAC----TCGCCT-TT-T-T-C--AACTGCTTCATTTACAG--AG--CGTAA-AACAAATT-GACCT-ATATT-TT-TCTAAAAGAA
gi|136025 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATATCCCA-A--AAT-ATTTTTTATTCT-ATTC--GCAAT---ACTTGCT--ATGCAATTT-TATAA----GA-CA-C-A-TTTAGTAATGAAATGGGA-CG-CCAA--TTTTT--T---AA-GTA-TTT---TTC-A----TCTTTGTT-TCCCTTT----G----------G--GA----TACATGTTAT-TACACCTTGTGTTTGTGTTATAGACA-ATTCTCCT-TT-A-T-T--GAAACCTGCATAAATAG--AT--CTTACAAAAATA-T-GTCCT-ATATC-AC-GCCAAAA
gi|136026 : CCTGTCTGATCCTCAT-----TAAT-AA---TAAATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCT-TTTG--GCTAT---ACATCCA-GATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATTGGG-CG-CCAA--TTTTT--T---AA-AAA-CGA---TTT-A----TCTTTGTT-CCCCT
gi|136027 : CCTGTCTGATCATCAT-----TTAT-AA---CACTTGGTA-G--TAC-CTTTTTTAGACG-CTGT--GCAAT---ACAGGTA-GAAACTAATT-TATAA----GAACA---A-TTTAATAAAGAAATAGAC-CT-CCAT--TTTTT--TT--AA-AAA-CTG---TCT-G----TCTTTATT-AGCTTTG----G----------G--AA----TACATGTAAT-AATACCTTCTTTTTGTGTAATTGAAA-GTTCTCCT-TTCA-A-T--AA-ACCGTAGTTTATGGACCT--CAAGAGAAAAA----CACCT-ATATC-AA-TCCAAAAGAA
gi|136028 : CCTGTCTGATCATCAT-----TAAT-AA---CACTTGGTA-G--TAC-CTTTTTTAGACG-CTGT--GCAAT---ACAGGCA-GAAATTAATT-TATAA----GAACA---A-TGTAATAAAGAAATAGGC-CT-CCAT--TTTTT--T---AA-AAA-CTA---TCT-G----TCTTTATT-A----------G----------G--AA----TACATGTAAT-AATACCTTCTTTTTGTGTAATTGAAA-GATTTCCT-TTCA-A-T--AA-ACCGTAGTTTATGG--AC--CTCAAGAGGAAA-A-CACCT-ATATC-AA-TCCAAAAGAA
gi|136029 : CCGGTTTGGTCCTCAT-----TAAT-AT---TTTTTGATA-A--AAC-TAATTTTAAACG-TTGA--GCAAT---ACATGCA-GAGGCTTAGT-TATAT----GAACA---A-GTTAATAAAGATATAGGT-CT-CCGA--TTTTTC-T---AA-ATA-CTG---TTT-A----TCTTTGTT-TGATTTT----G----------G--TA----TGCATGTTAT-TATTCCTTCTTTTTG
gi|136030 : CCAGTTTGATCTCTAT-----TTAT-AAGGTTACATAGT------AC-AGTTTTCATTCTGTTG---GCTAC---CGAGGCT-GAAGCCATTT-TGTAC-----A-CAGT-A-TTTAATAGGGTTATTGGG-CG-ATAG--TTTTT--T---AG-AAA-ATG---TCT-G----TCTTTATT-TTCTTTT----G----------G--TA----TAAGAGTTACGGATGCCTTGTCTCT
gi|136031 : CCTGACTGACTCTCAT-----TAATTAG---T-TTTGGTA-G--TAT-TACTTTTAATCT-ATTT--GCAATTGCAC---CT-GAAGCAATCT-TATA-----GA-CA-C-AATTTAATAAAGATATTGGA-CG-ATAG--TTTTT--T---AA-AAATCTT---CTT-G-----GTTTGTT-ATCTTTA----G----------GGATA----AGC--GTAAT-GATACCCTCTTTTTGTGTGACTGATA-GTTCACCT-TT-
gi|136032 : CCAGTTTGATCTTTATGTGTTTATT------TATTTAGCA-C--AAC----TTTTAATAT-ATTT--GCTAT----TGTACCAGAGGCAATTT-TGTAT-----A-CA-C-A-ACTAAGAAAATAATTGGT-CT-ATAG--TTTTTCAT---AA-AAA---G---TCT-A----AATTAATT-GTCTTTT----G----------G--TA----TAACTGTAAT-GATTCCCTCCCTTTGCGTTATTGATA-GTTCCCTT-TT-C-T-T--CAATCCATAATTTAAAG--AT--CGAACTATAAAA-T-GCCCT-AATTT-TT-CCCAGAA
gi|136033 : CCTGTCTGACTGTCAT-----TGAT-AA---TGTCTGGTA-A--TAC-GGTTTTCATTCTGTTG---GCTAT---GGCTTTT-GTTGCAATTT-TATAG----TC-GA-C-A-TTTAATAGTCTTATTGGT-CT-CCAG--TTTGT--C----A-ATA-GTG-------AAAGGTCTTTGTC-TTTTTTT----G----------G--TA----GAAGTGTTAT-AATTCCTTGCTTCTG
gi|136034 : CTGTTCGGTCTTCAT-----TAAT-AA---CTTTTGATA-ATTAA-----TTTTAAACG-TTGA--GCAAT---ACATGCA-GAGGCTAATT-TATAT----GAACA---A-TTTAATAAAGATATAGGT-CT-CCAA--TTTTT--T---AA-GTA-CTG---TTT-A----TCTTTGTT-TGATTTT----G----------G--GA----TGCATGTTAT-AA-TCCTTCTTTTTGCTTGATTGAAA-GTTCCCCT-TT-A-AGT--AAC-CCATAGTTAATGG---A--CCAACAAAGAAA-TACACCC-AAGT--ATATCCAGAAAAA
gi|136035 : TGTTTGATCTTTAT-----GTAT-AA---CGGGCTGTAGA--AGC-A-GTGTTAATCT-TCGA--GCAAC---ACAATCA-GAGGTTAGTT-CATAA----GA-TA-C-A-TTAAAAAGTTATATTGGG-CGATCGGGTTTTTT--T---AA-GAA-TCA---TTT-A----TC--TATC-TCCATTT----G----------A--CATACTTACATGTTAT-TACACCTTGAGATTGGGAGGTAGACA-
gi|136036 : GTTTGGTCTTCAT-----TAAT-AA---CTTTTGATA-A--AAC-TAATTATAAACG-TTGA--GCAAT---ACATGCA-GAGGCTAATT-TATAT----GA--A-CAA-TTTAATAAAGATATAGGT-CT-CCAA--TTTTT--T---AA-GTA-CTG---TTT-A----TCTTTGTT-TGATTTT----G----------G--GA----TGCATGTTAT-TATTCCTTCTTTTTGCGTGATTGAAA-GTTCCCCT-TT-A-AGT--AA
gi|136037 : TCAT-----TGAT-AA---TGTCTGGTA-A--TAC-AGTTTTCATTCTGTTG---GCTAT---GGCTTTT-GTTGCAATTT-TATAG----TC-GA-C-A-TTTAATAGGCGTATTGGT-CT-CCAG--TTTGT--C----A-ATA-GTG-------AAAGGTCTTTGTC-TTTTTTT----G----------G--TA----GAAGTATTAT-AATTCCTTGTTCCTGccaatagtaaattgatctacaaagaaatacacccaagtttatccagaaaaa
gi|136038 : -----TAAT-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-TTGA--TCTAT---ACTTGCT-GATGCCAGTT-TGTAT----GA-CA-C-A-TTTAAAAGAGGTATTGGA-CG-TCA
gi|136039 : TGGTA-A--TACTAT-TTTTAATCT-TTTT--GCAATGGCAC---CT-GAAGCAATCT-TATATAATAGA-CA-C-AATTTAATAAAGATATTGGA-CG-ATAG--TTTTT--T---AA-AAA-------TCT------TCTTGGTTGTTATTTTTAGGG----------A--TA----AGC--GTAAT-GATACCCTCTTTTTATGTGACTGATA-GTTCACCT-TT-
gi|136040 : TA-A--AAC-ATTTTTTATTCT-ATTT--GCTAT---GGTTTTC-GATGCTATTT-TATAG----TC-TA-C-A-TTTAACAGACTAATCGGA-CG-CCAA--TTTTC--T---AACATA-ATA---TT--A----TCTTTACC-TTGCTTT----G----------G--TA----TTAATGTTAT-TAAACTTTGTTTTTGCAAAGCAGTCATGTT----T-TT-AGA-TTCAAGAGAGTAATTTAAAG---AGTTGA--TAAGAAA-T-TGCTTCATGTC-GT-TCCAAAAAA
gi|136041 : TA-A--AAC-ATTTTTTATTCT-ATTT--GCTAT---GGTTTTC-GATGCTATTT-TATAG----TC-TA-C-A-TTTAACAGACTAATCGGA-CG-CCAA--TTTTC--T---AACATA-ATA---TT--A----TCTTTACC-TTGCTTT----G----------G--TA----TTAATGTTAT-TAAACTTTGTTTTTGCAAAGCAGTCATGTT----T-TT-AGA-TTCAAGAGAGTAATTTAAAG---AGTTGA--TAAGAAA-T-TGCTTCATGTC-GT-TCCAAAAAA
gi|136042 : T-TTGTTTACTAT---ACTGGCT-GAAGCTAAGTATATAT----AA-TG-----TTTAAAATTGAAATCAGG-TG-CCAG--TTTTG--T---AA-GAA-CGT---TTT-G----TCTTCATT-TCCTTTT----G----------G--TA----TGCGTGTAGT-GACTCAATGTCGCTGTGAAATAGACA-CCCCGCCT-TT-
gi|136043 : T-GAGGCGATTT-TATAT-----A-CA-CAA-TTTAAAAGTGAAATTGGT-CT-ATAA--TTTTT--C---A----T-CTGGAATCT-A----CTTTTATT-TTCTTTA----G----------G--AA----TGCAAGTTAT-AATACCCTCTTTTTGAGTAACAAATA-ATTCTCCT-TT-A-T-T--AAAACCAGCATTTATTG--AA--CGTACAACGAAA-T-GTCCT-AATTT-AT-CCCAGAAAA
gi|136044 : -GATGCTAACA-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTACAAGTGAAATTGGG-TG-CCA---TATTT--T---AA-AAA-CGA---TTT-A----TCTTTGTT-CCCCTTT----GTTCCCCTTTAG--TC----AACATGTTAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAATTGAAA-GTTCTCCC-TT-A-G-T--ATATCCCTCATTTATAG--CA--CGCAGTAAAAAA-T-GTCCG-ACGTC-AA-TCCAAAAGAA
gi|136045 : A-T-A-TTTAATAATGTTATTGGT-CT-CCAG--TTTTT--CA--AA-AGA-CTG---CGT-G----AC-TTATT-TTCTTTG----G----------G--TA----TGCATGTAAT-AATACCTTGCCGCTGAGTTATGGATA-GTGTACCT-TT-T-T-T--AAGCCCAAAATTGATGG--AT--CTGACTACAAAG-T-GTCCT-ATTTT-AT-TCCAAAA
gi|136046 : ttgtataca----GA-TA-T-A-TTTAATAATGTAATTGGT-CT-CCAG--TTTTT--TA--AA-AGA-CTG---CGT-G----ACATT-TT-TTCTCTG----G----------G--TA----TGCATGTAAT-AATACCTTGCCGCTGAGTTATGGATA-GTGTACCT-TT-
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 44444 1 222 111 1 22 4444 1 4 8888 777 777 1 1 0 1 1 55555 77 444 2 1 1 1 22 1 33 1 33 222 66666 5 7777777 2 222 6666666666 0 2222 1 1 11 5 1 1 2 3 2 1 444444 99 1 11 8 11 33 4 444 4 33
lowQualScore : ..... . ... ... . .. .... . . .... ... ... . . . . . ..... .. ... . . . . .. . .. . .. ... ..... . ....... . ... .......... . .... . . .. . . . . . . . ...... .. . .. . .. .. . ... . ..
lowQualScore : 22222 7 999 666 5 00 6666 4 4 5555 888 000 0 3 7 0 4 22222 44 555 6 0 0 0 33 3 22 3 22 333 77777 3 5555555 7 333 0000000000 1 9999 0 4 66 7 0 0 8 2 2 7 333333 22 0 55 4 11 88 2 111 2 44
consensus : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATNTGGTA-A--AAC-ATNTTTTATTCT-TTGT--GCTAT---ACNTGCNGATGCTANTT-TATAN----GA-CA-C-A-TTTAANAGNGANATTGGN-CG-CCAG--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTCCTTTTG----------GTA----TACATGTNAT-GACNCCTTGTTTTTGCGNAATNGACA-GTTCNCCT-TT-A---NTAAGNCCNTCGTTTATAGNACGNANTAAGAAA-T-NNCCT-ATGTCAT-TCCAAAAGAA
Reference ( family-618 ) : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATNTGGTA-A--AAC-ATNTTTTATTCT-TTGT--GCTAT---ACNTGCNGATGCTANTT-TATAN----GA-CA-C-A-TTTAANAGNGANATTGGN-CG-CCAG--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTCCTTTTG----------GTA----TACATGTNAT-GACNCCTTGTTTTTGCGNAATNGACA-GTTCNCCT-TT-A---NTAAGACCNTCGTTTATAGCACGNANTAAGAAA-T-NNCCT-ATGTCAT-TCCAAAAGAA
gi|136015 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAGT-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCTT-TTGT--GTTAT---ACTTGCTCATGCCAGTT-TGTAT----GA-CA-C-A-TTTAAAAGAGATATTGGA-CG-CCAG--TTCT-T--T---TA-----AA-G-TTG---TTT-ATCT---TTATTTCCTTTTG----------GTA----AACATGTAAT-GACTCCTTGTCTTTGGGAAATGGACA-GTTCACCT-TT-G---ATAAGACATTCGTTTATAGCACAAATTAAGAAA-T-CCCCT-ATGTCAT-ACCAGAA
gi|136016 : CCTGTATGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTCATTCa
gi|136017 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAA-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-TTGT--GCTAT---ACTTGCTGATGCCAGTT-TGTAA----GA-CA-C-A-TTTAAAAGAGATATTGGA-CG-CCAG--TTTT-T--T---AA-----AT-G-TTG---TTT-ATCT---TTATTTCCTTTTG----------GTA----AACATGTAAT-GACTCCTTGTGTTTGGGAAATGGACA-GTTCACCT-TT-G---ATAATACCTTCGTTTATAGCACGAATTAAGAAA-T-CCCCT-ATATCGT-ACCAGAAAAA
gi|136018 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATGTGTTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-TTGT--GTTAT---ACATG-TGATGCAAATG-TGTAT----GA-CA-C-A-TTTAAAACAGATATTGGA-CG-CCAG--TTTT-T--TTTTAA-----AA-G-TTA---TTT-ATCT---TTATTTCTCTTTG----------GTA----AACATGTAAT-GACTCCTTGTTTTAGGGAAATGGACA-GTTCACCT-TT-G---ATAAGACCTTCATTTATAGCACGAATTAAGAAA-T-CCCCT-GTATCAT-ACCAGAAAAA
gi|136019 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAA-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-CTGT--GTTAT---ACTTGGTGATGCCAGTT-TGTAT----GA-AA-C-A-TTTAAAATAGATATTGGA-CG-CCAGT-TTTT-T--T---AA-----AA-G-TTG---TTC-ATCT---TTATTTCCTTTTG----------GTT----AAAAAGTAAT-GACTACTTGTCTTTGGGAAATGGGCA-GTTCACCT-TT-G---ATAAGACCTTAGTTAATAGCACGAAATAAGAAA-T-CCGCT-AAATTAT-ACCAGAAAAA
gi|136020 : CCTGTCTGGTCCTCAT-----TAAT-AA---TAAATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCT-TTTG--GCTAT---ACATCCAGATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATTGGA-CG-CCAA--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CGA---TTT-ATCT---TTGTTTCCCTTTG----------GTA----AACATGTAAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAATTGAAA-GTTCTCCC-TT-A---GTATATCCCTCATTTATAGCACGCAGTAAAAAA-T-GTCCT-ACGTCTA-TCCAAAAGAA
gi|136021 : CCTGTCTGATCCTCAT-----TAAT-AA---TAAATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCG-TTG---GCTAA---ACATCCAGATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATTGGA-CG-CCAA--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CGA---TTT-ATCT---TTGTTCCCCTTTG----------GTA----AACATGTTAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAATTGAAA-GTTCTCCC-TT-A---GTATATCCCTCATTTATAGCACGCAGTAAAAAA-T-GTCCT-ACGTCTA-TCCAAAAGAA
gi|136022 : CCTGTTTAATCTTCAT-----TTAT-AA---TTAAAGGTA-A--AAA-ACGTTTCAATCT-GTTT--GCTAT---ACAGACTGATGCTAATG-TATAT----GT-TA-T-G-TTTAAAAGTGAAATCGAT-CG-CCAG--TTCT-T--T---AA-----GA-A--TG---TTTCGTCT---TTATTTCCTTTTG----------GAA----TGCATGTAAT-GACTCCTTGTCGTTGTGAAATAGACA-ATTCGCCT-TT-T---TCAACAGCTTCATTTACAGAGCGTAA-AACAAATT-GAACT-ATATCTA-TCCAAAATAA
gi|136023 : CCTGTCTGATCCTTAC-----TAAT-AA---AAGATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCT-TTTG--GCTAT---ACATCCAGATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATCGAAGCG-CCAA--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CGA---TTC-ATCT---TTGTTACCCTTCG----------GTA----AACACGTTAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAACTGA-A-ATTATTCTCTT-A---GTATATCCCTCATTTATAGCACGCAGTAAAAAA-T-ATCCT-ATGT
gi|136024 : CCTGTTTGGTCTTCAT-----TGAT-AA---TTAAAGGTA-A--AAC-ATTTTTCAATCT-GTTT--GCTAT---ACTGGCTGATGCTAATT-TATAT----GT-TA-T-G-TTTAAAAGTGGCATTTGT-CG-CCAG--TTCT-T--G---AA-----GA-A--TG---TTTTGTCT---TTGTTTCCTTTTG----------GAA----TGCATGTAAT-GACTCCTTGTCGTTGTGAAAAAGAC----TCGCCT-TT-T---TCAACTGCTTCATTTACAGAGCGTAA-AACAAATT-GACCT-ATATTTT-TCTAAAAGAA
gi|136025 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATATCCCA-A--AAT-ATTTTTTATTCT-ATTC--GCAAT---ACTTGCT-ATGCAATTT-TATAA----GA-CA-C-A-TTTAGTAATGAAATGGGA-CG-CCAA--TTTT-T--T---AA-----GT-A-TTT---TTC-ATCT---TTGTTTCCCTTTG----------GGA----TACATGTTAT-TACACCTTGTGTTTGTGTTATAGACA-ATTCTCCT-TT-A---TTGAAACCTGCATAAATAGATCTTACAAAAATA-T-GTCCT-ATATCAC-GCCAAAA
gi|136026 : CCTGTCTGATCCTCAT-----TAAT-AA---TAAATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCT-TTTG--GCTAT---ACATCCAGATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATTGGG-CG-CCAA--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CGA---TTT-ATCT---TTGTTCCCCT
gi|136027 : CCTGTCTGATCATCAT-----TTAT-AA---CACTTGGTA-G--TAC-CTTTTTTAGACG-CTGT--GCAAT---ACAGGTAGAAACTAATT-TATAA----GAACA---A-TTTAATAAAGAAATAGAC-CT-CCAT--TTTTTT--T---AA-----AA-A-CTG---TCT-GTCT---TTATTAGCTTTGG----------GAA----TACATGTAAT-AATACCTTCTTTTTGTGTAATTGAAA-GTTCTCCT-TTCA---ATAA-ACCGTAGTTTATGGACCTCAAGAGAAAA-A-CACCT-ATATCAA-TCCAAAAGAA
gi|136028 : CCTGTCTGATCATCAT-----TAAT-AA---CACTTGGTA-G--TAC-CTTTTTTAGACG-CTGT--GCAAT---ACAGGCAGAAATTAATT-TATAA----GAACA---A-TGTAATAAAGAAATAGGC-CT-CCAT--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CTA---TCT-GTCT---TTA------TTAG----------GAA----TACATGTAAT-AATACCTTCTTTTTGTGTAATTGAAA-GATTTCCT-TTCA---ATAA-ACCGTAGTTTATGGACCTCAAGAGGAAA-A-CACCT-ATATCAA-TCCAAAAGAA
gi|136029 : CCGGTTTGGTCCTCAT-----TAAT-AT---TTTTTGATA-A--AAC-TAATTTTAAACG-TTGA--GCAAT---ACATGCAGAGGCTTAGT-TATAT----GAACA---A-GTTAATAAAGATATAGGT-CT-CCGA--TTTT-TC-T---AA-----AT-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTGATTTTG----------GTA----TGCATGTTAT-TATTCCTTCTTTTTG
gi|136030 : CCAGTTTGATCTCTAT-----TTAT-AAGGTTACATAGTA------C-AGTTTTCATTCTGTTG---GCTAC---CGAGGCTGAAGCCATTT-TGTAC-----A-CAGT-A-TTTAATAGGGTTATTGGG-CG-ATAG--TTTT-T--T---AG-----AA-A-ATG---TCT-GTCT---TTATTTTCTTTTG----------GTA----TAAGAGTTACGGATGCCTTGTCTCT
gi|136031 : CCTGACTGACTCTCAT-----TAATTAG---T-TTTGGTA-G--TAT-TACTTTTAATCT-ATTT--GCAATTGCAC---CTGAAGCAATCT-TATA-----GA-CA-C-AATTTAATAAAGATATTGGA-CG-ATAG--TTTT-T--T---AA-----AA-ATCTT---CTT-G-GT---TTGTTATCTTTAG----------GGA----TAAGCGTAAT-GATACCCTCTTTTTGTGTGACTGATA-GTTCACCT-TT-
gi|136032 : CCAGTTTGATCTTTATGTGTTTATT------TATTTAGCA-C--AAC----TTTTAATAT-ATTT--GCTATTGTAC---CAGAGGCAATTT-TGTAT-----A-CA-C-A-ACTAAGAAAATAATTGGT-CT-ATAG--TTTT-TCAT---AA-----AA-A---G---TCT-AAAT---TAATTGTCTTTTG----------GTA----TAACTGTAAT-GATTCCCTCCCTTTGCGTTATTGATA-GTTCCCTT-TT-C---TTCAATCCATAATTTAAAGATCGAACTATAAAA-T-GCCCT-A
gi|136033 : CCTGTCTGACTGTCAT-----TGAT-AA---TGTCTGGTA-A--TAC-GGTTTTCATTCTGTTG---GCTAT---GGCTTTTGTTGCAATTT-TATAG----TC-GA-C-A-TTTAATAGTCTTATTGGT-CT-CCAG--TTTG-T--C---AATAGTGAA-A---G-------GTCT---TTGTCTTTTTTTG----------GTA----GAAGTGTTAT-AATTCCTTGCTTCTGatttttcccagaa
gi|136034 : CTGTTCGGTCTTCAT-----TAAT-AA---CTTTTGATA-ATTAA-----TTTTAAACG-TTGA--GCAAT---ACATGCAGAGGCTAATT-TATAT----GAACA---A-TTTAATAAAGATATAGGT-CT-CCAA--TTTT-T--T---AA-----GT-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTGATTTTG----------GGA----TGCATGTTAT-AA-TCCTTCTTTTTGCTTGATTGAAA-GTTCCCCT-TTAA---GTAA-CCCATAGTTAATGG-ACCAACAAAGAAA-TACACCC-AAGT-ATATCCAGAAAAA
gi|136035 : TGTTTGATCTTTAT-----GTAT-AA---CGGGCTGTAGA--AGC-A-GTGTTAATCT-TCGA--GCAAC---ACAATCAGAGGTTAGTT-CATAA----GA-TA-C-A-TTAAAAAGTTATATTGGG-CGATCGGGTTTTT-T--T---AA-----GA-A-TCA---TTT-ATC-----TATCTCCATTTG----------ACATACTTACATGTTAT-TACACCTTGAGATTGGGAGGTAGACA-
gi|136036 : GTTTGGTCTTCAT-----TAAT-AA---CTTTTGATA-A--AAC-TAATTATAAACG-TTGA--GCAAT---ACATGCAGAGGCTAATT-TATAT----GA--A-CAA-TTTAATAAAGATATAGGT-CT-CCAA--TTTT-T--T---AA-----GT-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTGATTTTG----------GGA----TGCATGTTAT-TATTCCTTCTTTTTGCGTGATTGAAA-GTTCCCCT-TTAA---GTAA
gi|136037 : TCAT-----TGAT-AA---TGTCTGGTA-A--TAC-AGTTTTCATTCTGTTG---GCTAT---GGCTTTTGTTGCAATTT-TATAG----TC-GA-C-A-TTTAATAGGCGTATTGGT-CT-CCAG--TTTG-T--C---AATAGTGAA-A---G-------GTCT---TTGTCTTTTTTTG----------GTA----GAAGTATTAT-AATTCCTTGTTCCTGccaatagtaaattgatctacaaagaaatacacccaagtttatccagaaaaa
gi|136038 : -----TAAT-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-TTGA--TCTAT---ACTTGCTGATGCCAGTT-TGTAT----GA-CA-C-A-TTTAAAAGAGGTATTGGA-CG-TCA
gi|136039 : TGGTA-A--TACTAT-TTTTAATCT-TTTT--GCAATGGCAC---CTGAAGCAATCT-TATATAATAGA-CA-C-AATTTAATAAAGATATTGGA-CG-ATAG--TTTT-T--T---AA-----AA-A-------TCT--TCTTGGTTGTTATTTTTAG----------GGA----TAAGCGTAAT-GATACCCTCTTTTTATGTGACTGATA-GTTCACCT-TT-
gi|136040 : TA-A--AAC-ATTTTTTATTCT-ATTT--GCTAT---GGTTTTCGATGCTATTT-TATAG----TC-TA-C-A-TTTAACAGACTAATCGGA-CG-CCAA--TTTT-C--T---AA-----CATA-ATA---TT--ATCT---TTACCTTGCTTTG----------GTA----TTAATGTTAT-TAAACTTTGTTTTTGCAAAGCAGTCATGTT----T-TT-AGATTCAAGAGAGTAATTTAAAG-AGTTGATAAGAAA-T-TGCTTCATGTCGT-TCCAAAAAA
gi|136041 : TA-A--AAC-ATTTTTTATTCT-ATTT--GCTAT---GGTTTTCGATGCTATTT-TATAG----TC-TA-C-A-TTTAACAGACTAATCGGA-CG-CCAA--TTTT-C--T---AA-----CATA-ATA---TT--ATCT---TTACCTTGCTTTG----------GTA----TTAATGTTAT-TAAACTTTGTTTTTGCAAAGCAGTCATGTT----T-TT-AGATTCAAGAGAGTAATTTAAAG-AGTTGATAAGAAA-T-TGCTTCATGTCGT-TCCAAAAAA
gi|136042 : T-TTGTTTACTAT---ACTGGCTGAAGCTAAGTATATAT----AA-TG-----TTTAAAATTGAAATCAGG-TG-CCAG--TTTT-G--T---AA-----GA-A-CGT---TTT-GTCT---TCATTTCCTTTTG----------GTA----TGCGTGTAGT-GACTCAATGTCGCTGTGAAATAGACA-CCCCGCCT-TT-
gi|136043 : GAGGCGATTT-TATAT-----A-CA-CAA-TTTAAAAGTGAAATTGGT-CT-ATAA--TTTT-T--C-----------A-T-CTGGAATCT-ACTT---TTATTTTCTTTAG----------GAA----TGCAAGTTAT-AATACCCTCTTTTTGAGTAACAAATA-ATTCTCCT-TT-A---TTAAAACCAGCATTTATTGAACGTACAACGAAA-T-GTCCT-AATTTAT-CCCAGAAAA
gi|136044 : tGATGCTAACA-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTACAAGTGAAATTGGG-TG-CCA---TATT-T--T---AA-----AA-A-CGA---TTT-ATCT---TTGTTCCCCTTTGTTCCCCTTTAGTC----AACATGTTAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAATTGAAA-GTTCTCCC-TT-A---GTATATCCCTCATTTATAGCACGCAGTAAAAAA-T-GTCCG-ACGTCAA-TCCAAAAGAA
gi|136045 : A-T-A-TTTAATAATGTTATTGGT-CT-CCAG--TTTT-T--C---AA-----AAGA-CTG---CGT-GAC----TTATTTTCTTTGG----------GTA----TGCATGTAAT-AATACCTTGCCGCTGAGTTATGGATA-GTGTACCT-TT-T---TTAAGCCCAAAATTGATGGATCTGACTACAAAG-T-GTCCT-ATTTTAT-TCCAAAA
gi|136046 : ttgtataca----GA-TA-T-A-TTTAATAATGTAATTGGT-CT-CCAG--TTTT-T--T---AA-----AAGA-CTG---CGT-GACA---TT-TTTTCTCTGG----------GTA----TGCATGTAAT-AATACCTTGCCGCTGAGTTATGGATA-GTGTACCT-TT-T---TTAAGCCC
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 44444 1 222 111 1 22 4444 1 4 8888 777 777 1 1 0 1 1 55555 77 444 2 1 1 1 22 1 33 1 33 222 66666 5 7777777 2 222 6666666666 0 2222 1 1 11 5 1 1 2 3 2 1 444444 77 1 11 11 11 77 4 444 4 33
lowQualScore : ..... . ... ... . .. .... . . .... ... ... . . . . . ..... .. ... . . . . .. . .. . .. ... ..... . ....... . ... .......... . .... . . .. . . . . . . . ...... .. . .. .. .. .. . ... . ..
lowQualScore : 22222 7 999 666 5 00 6666 4 4 5555 888 000 0 3 7 0 4 22222 44 555 6 0 0 0 33 3 22 3 22 333 77777 3 5555555 7 333 0000000000 1 9999 0 4 66 7 0 0 8 2 2 7 333333 99 0 55 88 11 99 2 111 2 44
consensus : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATNTGGTA-A--AAC-ATNTTTTATTCT-TTGT--GCTAT---ACNTGCNGATGCTANTT-TATAN----GA-CA-C-A-TTTAANAGNGANATTGGN-CG-CCAG--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTCCTTTTG----------GTA----TACATGTNAT-GACNCCTTGTTTTTGCGNAATNGACA-GTTCNCCT-TT-A---NTAAGNCCNTCGTTTATAGNACGNANTAAGAAA-T-NNCCT-ATGTCAT-TCCAAAAGAA
Reference ( family-618 ) : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATNTGGTA-A--AAC-ATNTTTTATTCT-TTGT--GCTAT---ACNTGCNGATGCTANTT-TATAN----GA-CA-C-A-TTTAANAGNGANATTGGN-CG-CCAG--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTCCTTTTG----------GTA----TACATGTNAT-GACNCCTTGTTTTTGCGNAATNGACA-GTTCNCCT-TT-A---NTAAGNCCNTCGTTTATAGNACGNANTAAGAAA-T-NNCCT-ATGTCAT-TCCAAAAGAA
gi|136015 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAGT-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCTT-TTGT--GTTAT---ACTTGCTCATGCCAGTT-TGTAT----GA-CA-C-A-TTTAAAAGAGATATTGGA-CG-CCAG--TTCT-T--T---TA-----AA-G-TTG---TTT-ATCT---TTATTTCCTTTTG----------GTA----AACATGTAAT-GACTCCTTGTCTTTGGGAAATGGACA-GTTCACCT-TT-G---ATAAGACATTCGTTTATAGCACAAATTAAGAAA-T-CCCCT-ATGTCAT-ACCAGAA
gi|136016 : CCTGTATGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTCATTCa
gi|136017 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAA-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-TTGT--GCTAT---ACTTGCTGATGCCAGTT-TGTAA----GA-CA-C-A-TTTAAAAGAGATATTGGA-CG-CCAG--TTTT-T--T---AA-----AT-G-TTG---TTT-ATCT---TTATTTCCTTTTG----------GTA----AACATGTAAT-GACTCCTTGTGTTTGGGAAATGGACA-GTTCACCT-TT-G---ATAATACCTTCGTTTATAGCACGAATTAAGAAA-T-CCCCT-ATATCGT-ACCAGAAAAA
gi|136018 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATGTGTTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-TTGT--GTTAT---ACATG-TGATGCAAATG-TGTAT----GA-CA-C-A-TTTAAAACAGATATTGGA-CG-CCAG--TTTT-T--TTTTAA-----AA-G-TTA---TTT-ATCT---TTATTTCTCTTTG----------GTA----AACATGTAAT-GACTCCTTGTTTTAGGGAAATGGACA-GTTCACCT-TT-G---ATAAGACCTTCATTTATAGCACGAATTAAGAAA-T-CCCCT-GTATCAT-ACCAGAAAAA
gi|136019 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAA-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-CTGT--GTTAT---ACTTGGTGATGCCAGTT-TGTAT----GA-AA-C-A-TTTAAAATAGATATTGGA-CG-CCAGT-TTTT-T--T---AA-----AA-G-TTG---TTC-ATCT---TTATTTCCTTTTG----------GTT----AAAAAGTAAT-GACTACTTGTCTTTGGGAAATGGGCA-GTTCACCT-TT-G---ATAAGACCTTAGTTAATAGCACGAAATAAGAAA-T-CCGCT-AAATTAT-ACCAGAAAAA
gi|136020 : CCTGTCTGGTCCTCAT-----TAAT-AA---TAAATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCT-TTTG--GCTAT---ACATCCAGATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATTGGA-CG-CCAA--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CGA---TTT-ATCT---TTGTTTCCCTTTG----------GTA----AACATGTAAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAATTGAAA-GTTCTCCC-TT-A---GTATATCCCTCATTTATAGCACGCAGTAAAAAA-T-GTCCT-ACGTCTA-TCCAAAAGAA
gi|136021 : CCTGTCTGATCCTCAT-----TAAT-AA---TAAATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCG-TTG---GCTAA---ACATCCAGATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATTGGA-CG-CCAA--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CGA---TTT-ATCT---TTGTTCCCCTTTG----------GTA----AACATGTTAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAATTGAAA-GTTCTCCC-TT-A---GTATATCCCTCATTTATAGCACGCAGTAAAAAA-T-GTCCT-ACGTCTA-TCCAAAAGAA
gi|136022 : CCTGTTTAATCTTCAT-----TTAT-AA---TTAAAGGTA-A--AAA-ACGTTTCAATCT-GTTT--GCTAT---ACAGACTGATGCTAATG-TATAT----GT-TA-T-G-TTTAAAAGTGAAATCGAT-CG-CCAG--TTCT-T--T---AA-----GA-A--TG---TTTCGTCT---TTATTTCCTTTTG----------GAA----TGCATGTAAT-GACTCCTTGTCGTTGTGAAATAGACA-ATTCGCCT-TT-T---TCAACAGCTTCATTTACAGAGCGTAA-AACAAATT-GAACT-ATATCTA-TCCAAAATAA
gi|136023 : CCTGTCTGATCCTTAC-----TAAT-AA---AAGATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCT-TTTG--GCTAT---ACATCCAGATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATCGAAGCG-CCAA--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CGA---TTC-ATCT---TTGTTACCCTTCG----------GTA----AACACGTTAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAACTGA-A-ATTATTCTCTT-A---GTATATCCCTCATTTATAGCACGCAGTAAAAAA-T-ATCCT-ATGT
gi|136024 : CCTGTTTGGTCTTCAT-----TGAT-AA---TTAAAGGTA-A--AAC-ATTTTTCAATCT-GTTT--GCTAT---ACTGGCTGATGCTAATT-TATAT----GT-TA-T-G-TTTAAAAGTGGCATTTGT-CG-CCAG--TTCT-T--G---AA-----GA-A--TG---TTTTGTCT---TTGTTTCCTTTTG----------GAA----TGCATGTAAT-GACTCCTTGTCGTTGTGAAAAAGAC----TCGCCT-TT-T---TCAACTGCTTCATTTACAGAGCGTAA-AACAAATT-GACCT-ATATTTT-TCTAAAAGAA
gi|136025 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATATCCCA-A--AAT-ATTTTTTATTCT-ATTC--GCAAT---ACTTGCT-ATGCAATTT-TATAA----GA-CA-C-A-TTTAGTAATGAAATGGGA-CG-CCAA--TTTT-T--T---AA-----GT-A-TTT---TTC-ATCT---TTGTTTCCCTTTG----------GGA----TACATGTTAT-TACACCTTGTGTTTGTGTTATAGACA-ATTCTCCT-TT-A---TTGAAACCTGCATAAATAGATCTTACAAAAATA-T-GTCCT-ATATCAC-GCCAAAA
gi|136026 : CCTGTCTGATCCTCAT-----TAAT-AA---TAAATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCT-TTTG--GCTAT---ACATCCAGATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATTGGG-CG-CCAA--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CGA---TTT-ATCT---TTGTTCCCCT
gi|136027 : CCTGTCTGATCATCAT-----TTAT-AA---CACTTGGTA-G--TAC-CTTTTTTAGACG-CTGT--GCAAT---ACAGGTAGAAACTAATT-TATAA----GAACA---A-TTTAATAAAGAAATAGAC-CT-CCAT--TTTTTT--T---AA-----AA-A-CTG---TCT-GTCT---TTATTAGCTTTGG----------GAA----TACATGTAAT-AATACCTTCTTTTTGTGTAATTGAAA-GTTCTCCT-TTCA---ATAA-ACCGTAGTTTATGGACCTCAAGAGAAAA-A-CACCT-ATATCAA-TCCAAAAGAA
gi|136028 : CCTGTCTGATCATCAT-----TAAT-AA---CACTTGGTA-G--TAC-CTTTTTTAGACG-CTGT--GCAAT---ACAGGCAGAAATTAATT-TATAA----GAACA---A-TGTAATAAAGAAATAGGC-CT-CCAT--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CTA---TCT-GTCT---TTA------TTAG----------GAA----TACATGTAAT-AATACCTTCTTTTTGTGTAATTGAAA-GATTTCCT-TTCA---ATAA-ACCGTAGTTTATGGACCTCAAGAGGAAA-A-CACCT-ATATCAA-TCCAAAAGAA
gi|136029 : CCGGTTTGGTCCTCAT-----TAAT-AT---TTTTTGATA-A--AAC-TAATTTTAAACG-TTGA--GCAAT---ACATGCAGAGGCTTAGT-TATAT----GAACA---A-GTTAATAAAGATATAGGT-CT-CCGA--TTTT-TC-T---AA-----AT-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTGATTTTG----------GTA----TGCATGTTAT-TATTCCTTCTTTTTG
gi|136030 : CCAGTTTGATCTCTAT-----TTAT-AAGGTTACATAGTA------C-AGTTTTCATTCTGTTG---GCTAC---CGAGGCTGAAGCCATTT-TGTAC-----A-CAGT-A-TTTAATAGGGTTATTGGG-CG-ATAG--TTTT-T--T---AG-----AA-A-ATG---TCT-GTCT---TTATTTTCTTTTG----------GTA----TAAGAGTTACGGATGCCTTGTCTCT
gi|136031 : CCTGACTGACTCTCAT-----TAATTAG---T-TTTGGTA-G--TAT-TACTTTTAATCT-ATTT--GCAATTGCAC---CTGAAGCAATCT-TATA-----GA-CA-C-AATTTAATAAAGATATTGGA-CG-ATAG--TTTT-T--T---AA-----AA-ATCTT---CTT-G-GT---TTGTTATCTTTAG----------GGA----TAAGCGTAAT-GATACCCTCTTTTTGTGTGACTGATA-GTTCACCT-TT-
gi|136032 : CCAGTTTGATCTTTATGTGTTTATT------TATTTAGCA-C--AAC----TTTTAATAT-ATTT--GCTATTGTAC---CAGAGGCAATTT-TGTAT-----A-CA-C-A-ACTAAGAAAATAATTGGT-CT-ATAG--TTTT-TCAT---AA-----AA-A---G---TCT-AAAT---TAATTGTCTTTTG----------GTA----TAACTGTAAT-GATTCCCTCCCTTTGCGTTATTGATA-GTTCCCTT-TT-C---TTCAATCCATAATTTAAAGATCGAACTATAAAA-T-GCCCT-A
gi|136033 : CCTGTCTGACTGTCAT-----TGAT-AA---TGTCTGGTA-A--TAC-GGTTTTCATTCTGTTG---GCTAT---GGCTTTTGTTGCAATTT-TATAG----TC-GA-C-A-TTTAATAGTCTTATTGGT-CT-CCAG--TTTG-T--C---AATAGTGAA-A---G-------GTCT---TTGTCTTTTTTTG----------GTA----GAAGTGTTAT-AATTCCTTGCTTCTGatttttcccagaa
gi|136034 : CTGTTCGGTCTTCAT-----TAAT-AA---CTTTTGATA-ATTAA-----TTTTAAACG-TTGA--GCAAT---ACATGCAGAGGCTAATT-TATAT----GAACA---A-TTTAATAAAGATATAGGT-CT-CCAA--TTTT-T--T---AA-----GT-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTGATTTTG----------GGA----TGCATGTTAT-AA-TCCTTCTTTTTGCTTGATTGAAA-GTTCCCCT-TTAA---GTAA-CCCATAGTTAAT-GGACCAACAAAGAAA-TACACCC-AAGT-ATATCCAGAAAAA
gi|136035 : TGTTTGATCTTTAT-----GTAT-AA---CGGGCTGTAGA--AGC-A-GTGTTAATCT-TCGA--GCAAC---ACAATCAGAGGTTAGTT-CATAA----GA-TA-C-A-TTAAAAAGTTATATTGGG-CGATCGGGTTTTT-T--T---AA-----GA-A-TCA---TTT-ATC-----TATCTCCATTTG----------ACATACTTACATGTTAT-TACACCTTGAGATTGGGAGGTAGACA-
gi|136036 : GTTTGGTCTTCAT-----TAAT-AA---CTTTTGATA-A--AAC-TAATTATAAACG-TTGA--GCAAT---ACATGCAGAGGCTAATT-TATAT----GA--A-CAA-TTTAATAAAGATATAGGT-CT-CCAA--TTTT-T--T---AA-----GT-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTGATTTTG----------GGA----TGCATGTTAT-TATTCCTTCTTTTTGCGTGATTGAAA-GTTCCCCT-TTAA---GTAA
gi|136037 : TCAT-----TGAT-AA---TGTCTGGTA-A--TAC-AGTTTTCATTCTGTTG---GCTAT---GGCTTTTGTTGCAATTT-TATAG----TC-GA-C-A-TTTAATAGGCGTATTGGT-CT-CCAG--TTTG-T--C---AATAGTGAA-A---G-------GTCT---TTGTCTTTTTTTG----------GTA----GAAGTATTAT-AATTCCTTGTTCCTGccaatagtaaattgatctacaaagaaatacacccaagtttatccagaaaaa
gi|136038 : -----TAAT-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-TTGA--TCTAT---ACTTGCTGATGCCAGTT-TGTAT----GA-CA-C-A-TTTAAAAGAGGTATTGGA-CG-TCA
gi|136039 : TGGTA-A--TACTAT-TTTTAATCT-TTTT--GCAATGGCAC---CTGAAGCAATCT-TATATAATAGA-CA-C-AATTTAATAAAGATATTGGA-CG-ATAG--TTTT-T--T---AA-----AA-A-------TCT--TCTTGGTTGTTATTTTTAG----------GGA----TAAGCGTAAT-GATACCCTCTTTTTATGTGACTGATA-GTTCACCT-TT-
gi|136040 : TA-A--AAC-ATTTTTTATTCT-ATTT--GCTAT---GGTTTTCGATGCTATTT-TATAG----TC-TA-C-A-TTTAACAGACTAATCGGA-CG-CCAA--TTTT-C--T---AA-----CATA-ATA---TT--ATCT---TTACCTTGCTTTG----------GTA----TTAATGTTAT-TAAACTTTGTTTTTGCAAAGCAGTCATGTT----T-TT-AGATTCAAGAGAGTAATTTAAAGAGTTGA-TAAGAAA-T-TGCTTCATGTCGT-TCCAAAAAA
gi|136041 : TA-A--AAC-ATTTTTTATTCT-ATTT--GCTAT---GGTTTTCGATGCTATTT-TATAG----TC-TA-C-A-TTTAACAGACTAATCGGA-CG-CCAA--TTTT-C--T---AA-----CATA-ATA---TT--ATCT---TTACCTTGCTTTG----------GTA----TTAATGTTAT-TAAACTTTGTTTTTGCAAAGCAGTCATGTT----T-TT-AGATTCAAGAGAGTAATTTAAAGAGTTGA-TAAGAAA-T-TGCTTCATGTCGT-TCCAAAAAA
gi|136042 : T-TTGTTTACTAT---ACTGGCTGAAGCTAAGTATATAT----AA-TG-----TTTAAAATTGAAATCAGG-TG-CCAG--TTTT-G--T---AA-----GA-A-CGT---TTT-GTCT---TCATTTCCTTTTG----------GTA----TGCGTGTAGT-GACTCAATGTCGCTGTGAAATAGACA-CCCCGCCT-TT-
gi|136043 : GAGGCGATTT-TATAT-----A-CA-CAA-TTTAAAAGTGAAATTGGT-CT-ATAA--TTTT-T--C-----------A-T-CTGGAATCT-ACTT---TTATTTTCTTTAG----------GAA----TGCAAGTTAT-AATACCCTCTTTTTGAGTAACAAATA-ATTCTCCT-TT-A---TTAAAACCAGCATTTATTGAACGTACAACGAAA-T-GTCCT-AATTTAT-CCCAGAAAA
gi|136044 : tGATGCTAACA-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTACAAGTGAAATTGGG-TG-CCA---TATT-T--T---AA-----AA-A-CGA---TTT-ATCT---TTGTTCCCCTTTGTTCCCCTTTAGTC----AACATGTTAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAATTGAAA-GTTCTCCC-TT-A---GTATATCCCTCATTTATAGCACGCAGTAAAAAA-T-GTCCG-ACGTCAA-TCCAAAAGAA
gi|136045 : A-T-A-TTTAATAATGTTATTGGT-CT-CCAG--TTTT-T--C---AA-----AAGA-CTG---CGT-GAC----TTATTTTCTTTGG----------GTA----TGCATGTAAT-AATACCTTGCCGCTGAGTTATGGATA-GTGTACCT-TT-T---TTAAGCCCAAAATTGATGGATCTGACTACAAAG-T-GTCCT-ATTTTAT-TCCAAAA
gi|136046 : ttgtataca----GA-TA-T-A-TTTAATAATGTAATTGGT-CT-CCAG--TTTT-T--T---AA-----AAGA-CTG---CGT-GACA---TT-TTTTCTCTGG----------GTA----TGCATGTAAT-AATACCTTGCCGCTGAGTTATGGATA-GTGTACCT-TT-T---TTAAGCCC
blockSeqs : GTGTT T GGT ATG G TT ATG T G GTTT TGC TTG T T G A TAATA AC GT A A A T AG A GT T CA TTT TAGTG T CTGGAA C TGG TTCCCCTTTA TACT A G CT G A G C T A C AGATT TA T CG CA GA TT T ACA C TA
blockSeqs : . . . ATG . . ATG T G GT TGT ATG T T A . A AC CA A A A T A . T . C . TAGTG T TCTT T . . . A . CT G A G C T A . AGATT GA T CA CA GA TT T CC C T
blockSeqs : . . . ATG . . ATG T G GT GGC TTG T T G . T AC CA . A A T A . . . . . . G TTG . . . . A . CT G A G C . A . CAA GA T AG CA GA AT . CC . T
blockSeqs : . . . ATG . . ATG T . GT . ATC A T A . T AC C . A T A A . . . . . . G TTA . . . . A . CC T A T A . T . CAA AT C CA CA GC GT . CC . T
blockSeqs : . . . AAA . . ATC T . TG . ATC A T A . A C C . A T A A . . . . . . . TTG . . . . T . CC T A T A . T . AAG AT C CA CA GC GT . GT . A
blockSeqs : . . . AAA . . ATC T . TT . AGA T T A . A C C . A T A A . . . . . . . CGA . . . . A . CT T A A C . G . AAG CA T CA AG GT GT . GT . A
blockSeqs : . . . TAA . . ACG A . TG . ATC A T A . T A C . A T A T . . . . . . . CGA . . . . T . CC T A T C . T . GA AT C CA CA GC CA . GA . A
blockSeqs : . . . AGA . . ATC T . TT . TGG T T A . A A C . A T C T . . . . . . . CGA . . . . A . CT T A A C . G . GA CT T CA AG GT AG . AT . T
blockSeqs : . . . TAA . . ATT A . TC . TTG T T T . T A T . T T A A . . . . . . . TTT . . . . T . CA T T A A . T . GA AA T CA AT TT AG . GA . C
blockSeqs : . . . ATA . . ATT T . TG . ATC A T A . A T C . A T A G . . . . . . . CGA . . . . A . TA T T T A . T . AG AT G AG AC TC CT . GT . A
blockSeqs : . . . AAA . . ATC T . GT . AGG A A A . A A T . T A A C . . . . . . . CTG . . . . A . TA T T T T . T . AG GA G AG AC TC CA . CA . A
blockSeqs : . . . ACT . . CTT G . GT . AGG A A A . A T C . T A A C . . . . . . . CTA . . . . T . TT T T T T . A . TT GA A AA AT GA CA . CA . T
blockSeqs : . . . ACT . . CTT G . GA . ATG A G A . A C C . T A T T . . . . . . . CTG . . . . T . TG C T T A . C . AG AA A AG GA CA GT . GC . T
blockSeqs : . . . TTT . . TAA A . TT . AGG T A T . T A C . T G T G . . . . . . . ATG . . . . A . TA C T T C . C . TT AT G AA AG TG CT . TG . T
blockSeqs : . . . ACA . . AGT T . TT . CTT T A T . C C C . T A T A . . . . . . . CTG . . . . A . TT G A A A . C . AT GC G AA AG TG A . TG . A
blockSeqs : . . . ATT . . TAC A . GA . ATG A G T . T C C . G A A T . . . . . . . TCA . . . . T . TT C T T T . A . CT GC A CA AA GT A . GT . T
blockSeqs : . . . GTC . . GGT A . GA . AAT T T T . G C C . T T T T . . . . . . . CTG . . . . T . CA T T T C . G . AT A C CA CA GC T . GT .
blockSeqs : . . . TTT . . TAA T . GA . ATG A G A . T G C . T A T T . . . . . . . ATA . . . . T . TT C A A C . T . AG A A AA AT TG T . GT .
blockSeqs : . . . GGG . . AGT A . GA . CTT A G G . A T C . A T T G . . . . . . . ATA . . . . T . TT C A A C . T . TT C
blockSeqs : . . . TTT . . ATG A . TT . TTG A G A . T G C . T A T T . . . . . . . CGT . . . . T . TA T A A T . A . TT
blockSeqs : . . . GTC . . TAT A . TT . TTT T T T . G C C . T G T T . . . . . . . CGA . . . . A . AA A T A A . A .
blockSeqs : . . . ATG . . ATT T . TT . TTT T T G . T C C . A A T A . . . . . . . CTG . . . . T . AA T A T T . . .
blockSeqs : . . . TT . . ATT T . G . TGG T A T . G T C . T A T A . . . . . . . CTG . . . . T . CT A T G T . . .
blockSeqs : . . AG A . G . . C T T . G T T . C A A A . . . . . . . TG . . . . A . TA A T G . .
blockSeqs : . . . T . G . . C T T . T T T . C A A A . . . . . . . TG . . . . T . CC
blockSeqs : . . . T . G . . T A A . T C . . A T A G . . . . . . . G . . . . T . TA
blockSeqs : G T . A A . . A T A T . . . . . . . G . . . . A . TA
blockSeqs : T A . . T . . A T A G . . . . . . . G . . . . A . T
blockSeqs : . . . T T T T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T T A T .
blockSeqCons :
originalCons : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATNTGGTA-A--AAC-ATNTTTTATTCT-TTGT--GCTAT---ACNTGCNGATGCTANTT-TATAN----GA-CA-C-A-TTTAANAGNGANATTGGN-CG-CCAG--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTCCTTTTG----------GTA----TACATGTNAT-GACNCCTTGTTTTTGCGNAATNGACA-GTTCNCCT-TT-A---NTAAGNCCNTCGTTTATAGNACGNANTAAGAAA-T-NNCCT-ATGTCAT-TCCAAAAGAA
finalCons : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATNTGGTA-A--AAC-ATNTTTTATTCT-TTGT--GCTAT---ACNTGCNGATGCTANTT-TATAN----GA-CA-C-A-TTTAANAGNGANATTGGN-CG-CCAG--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTCCTTTTG----------GTA----TACATGTNAT-GACNCCTTGTTTTTGCGNAATNGACA-GTTCNCCT-TT-A---NTAAGNCCNTCGTTTATAGNACGNANTAAGAAA-T-NNCCT-ATGTCAT-TCCAAAAGAA
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 44444 1 222 111 1 22 4444 1 4 8888 777 777 1 1 0 1 1 55555 77 444 2 1 1 1 22 1 33 1 33 222 66666 5 7777777 2 222 6666666666 0 2222 1 1 11 5 1 1 2 3 2 1 444444 77 1 11 11 11 77 4 444 4 33
lowQualScore : ..... . ... ... . .. .... . . .... ... ... . . . . . ..... .. ... . . . . .. . .. . .. ... ..... . ....... . ... .......... . .... . . .. . . . . . . . ...... .. . .. .. .. .. . ... . ..
lowQualScore : 22222 7 999 666 5 00 6666 4 4 5555 888 000 0 3 7 0 4 22222 44 555 6 0 0 0 33 3 22 3 22 333 77777 3 5555555 7 333 0000000000 1 9999 0 4 66 7 0 0 8 2 2 7 333333 99 0 55 88 11 99 2 111 2 44
consensus : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATNTGGTA-A--AAC-ATNTTTTATTCT-TTGT--GCTAT---ACNTGCNGATGCTANTT-TATAN----GA-CA-C-A-TTTAANAGNGANATTGGN-CG-CCAG--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTCCTTTTG----------GTA----TACATGTNAT-GACNCCTTGTTTTTGCGNAATNGACA-GTTCNCCT-TT-A---NTAAGNCCNTCGTTTATAGNACGNANTAAGAAA-T-NNCCT-ATGTCAT-TCCAAAAGAA
Reference ( family-618 ) : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATNTGGTA-A--AAC-ATNTTTTATTCT-TTGT--GCTAT---ACNTGCNGATGCTANTT-TATAN----GA-CA-C-A-TTTAANAGNGANATTGGN-CG-CCAG--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTCCTTTTG----------GTA----TACATGTNAT-GACNCCTTGTTTTTGCGNAATNGACA-GTTCNCCT-TT-A---NTAAGNCCNTCGTTTATAGNACGNANTAAGAAA-T-NNCCT-ATGTCAT-TCCAAAAGAA
gi|136015 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAGT-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCTT-TTGT--GTTAT---ACTTGCTCATGCCAGTT-TGTAT----GA-CA-C-A-TTTAAAAGAGATATTGGA-CG-CCAG--TTCT-T--T---TA-----AA-G-TTG---TTT-ATCT---TTATTTCCTTTTG----------GTA----AACATGTAAT-GACTCCTTGTCTTTGGGAAATGGACA-GTTCACCT-TT-G---ATAAGACATTCGTTTATAGCACAAATTAAGAAA-T-CCCCT-ATGTCAT-ACCAGAA
gi|136016 : CCTGTATGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTCATTCa
gi|136017 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAA-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-TTGT--GCTAT---ACTTGCTGATGCCAGTT-TGTAA----GA-CA-C-A-TTTAAAAGAGATATTGGA-CG-CCAG--TTTT-T--T---AA-----AT-G-TTG---TTT-ATCT---TTATTTCCTTTTG----------GTA----AACATGTAAT-GACTCCTTGTGTTTGGGAAATGGACA-GTTCACCT-TT-G---ATAATACCTTCGTTTATAGCACGAATTAAGAAA-T-CCCCT-ATATCGT-ACCAGAAAAA
gi|136018 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATGTGTTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-TTGT--GTTAT---ACATG-TGATGCAAATG-TGTAT----GA-CA-C-A-TTTAAAACAGATATTGGA-CG-CCAG--TTTT-T--TTTTAA-----AA-G-TTA---TTT-ATCT---TTATTTCTCTTTG----------GTA----AACATGTAAT-GACTCCTTGTTTTAGGGAAATGGACA-GTTCACCT-TT-G---ATAAGACCTTCATTTATAGCACGAATTAAGAAA-T-CCCCT-GTATCAT-ACCAGAAAAA
gi|136019 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAA-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-CTGT--GTTAT---ACTTGGTGATGCCAGTT-TGTAT----GA-AA-C-A-TTTAAAATAGATATTGGA-CG-CCAGT-TTTT-T--T---AA-----AA-G-TTG---TTC-ATCT---TTATTTCCTTTTG----------GTT----AAAAAGTAAT-GACTACTTGTCTTTGGGAAATGGGCA-GTTCACCT-TT-G---ATAAGACCTTAGTTAATAGCACGAAATAAGAAA-T-CCGCT-AAATTAT-ACCAGAAAAA
gi|136020 : CCTGTCTGGTCCTCAT-----TAAT-AA---TAAATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCT-TTTG--GCTAT---ACATCCAGATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATTGGA-CG-CCAA--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CGA---TTT-ATCT---TTGTTTCCCTTTG----------GTA----AACATGTAAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAATTGAAA-GTTCTCCC-TT-A---GTATATCCCTCATTTATAGCACGCAGTAAAAAA-T-GTCCT-ACGTCTA-TCCAAAAGAA
gi|136021 : CCTGTCTGATCCTCAT-----TAAT-AA---TAAATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCG-TTG---GCTAA---ACATCCAGATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATTGGA-CG-CCAA--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CGA---TTT-ATCT---TTGTTCCCCTTTG----------GTA----AACATGTTAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAATTGAAA-GTTCTCCC-TT-A---GTATATCCCTCATTTATAGCACGCAGTAAAAAA-T-GTCCT-ACGTCTA-TCCAAAAGAA
gi|136022 : CCTGTTTAATCTTCAT-----TTAT-AA---TTAAAGGTA-A--AAA-ACGTTTCAATCT-GTTT--GCTAT---ACAGACTGATGCTAATG-TATAT----GT-TA-T-G-TTTAAAAGTGAAATCGAT-CG-CCAG--TTCT-T--T---AA-----GA-A--TG---TTTCGTCT---TTATTTCCTTTTG----------GAA----TGCATGTAAT-GACTCCTTGTCGTTGTGAAATAGACA-ATTCGCCT-TT-T---TCAACAGCTTCATTTACAGAGCGTAA-AACAAATT-GAACT-ATATCTA-TCCAAAATAA
gi|136023 : CCTGTCTGATCCTTAC-----TAAT-AA---AAGATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCT-TTTG--GCTAT---ACATCCAGATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATCGAAGCG-CCAA--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CGA---TTC-ATCT---TTGTTACCCTTCG----------GTA----AACACGTTAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAACTGA-A-ATTATTCTCTT-A---GTATATCCCTCATTTATAGCACGCAGTAAAAAA-T-ATCCT-ATGT
gi|136024 : CCTGTTTGGTCTTCAT-----TGAT-AA---TTAAAGGTA-A--AAC-ATTTTTCAATCT-GTTT--GCTAT---ACTGGCTGATGCTAATT-TATAT----GT-TA-T-G-TTTAAAAGTGGCATTTGT-CG-CCAG--TTCT-T--G---AA-----GA-A--TG---TTTTGTCT---TTGTTTCCTTTTG----------GAA----TGCATGTAAT-GACTCCTTGTCGTTGTGAAAAAGAC----TCGCCT-TT-T---TCAACTGCTTCATTTACAGAGCGTAA-AACAAATT-GACCT-ATATTTT-TCTAAAAGAA
gi|136025 : CCTGTTTGATCTTCAT-----TAAT-AA---TATATCCCA-A--AAT-ATTTTTTATTCT-ATTC--GCAAT---ACTTGCT-ATGCAATTT-TATAA----GA-CA-C-A-TTTAGTAATGAAATGGGA-CG-CCAA--TTTT-T--T---AA-----GT-A-TTT---TTC-ATCT---TTGTTTCCCTTTG----------GGA----TACATGTTAT-TACACCTTGTGTTTGTGTTATAGACA-ATTCTCCT-TT-A---TTGAAACCTGCATAAATAGATCTTACAAAAATA-T-GTCCT-ATATCAC-GCCAAAA
gi|136026 : CCTGTCTGATCCTCAT-----TAAT-AA---TAAATGGTA-A--AAT-ATCTTTCATTCT-TTTG--GCTAT---ACATCCAGATGCTAACT-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTAAAAGTGAAATTGGG-CG-CCAA--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CGA---TTT-ATCT---TTGTTCCCCT
gi|136027 : CCTGTCTGATCATCAT-----TTAT-AA---CACTTGGTA-G--TAC-CTTTTTTAGACG-CTGT--GCAAT---ACAGGTAGAAACTAATT-TATAA----GAACA---A-TTTAATAAAGAAATAGAC-CT-CCAT--TTTTTT--T---AA-----AA-A-CTG---TCT-GTCT---TTATTAGCTTTGG----------GAA----TACATGTAAT-AATACCTTCTTTTTGTGTAATTGAAA-GTTCTCCT-TTCA---ATAA-ACCGTAGTTTATGGACCTCAAGAGAAAA-A-CACCT-ATATCAA-TCCAAAAGAA
gi|136028 : CCTGTCTGATCATCAT-----TAAT-AA---CACTTGGTA-G--TAC-CTTTTTTAGACG-CTGT--GCAAT---ACAGGCAGAAATTAATT-TATAA----GAACA---A-TGTAATAAAGAAATAGGC-CT-CCAT--TTTT-T--T---AA-----AA-A-CTA---TCT-GTCT---TTA------TTAG----------GAA----TACATGTAAT-AATACCTTCTTTTTGTGTAATTGAAA-GATTTCCT-TTCA---ATAA-ACCGTAGTTTATGGACCTCAAGAGGAAA-A-CACCT-ATATCAA-TCCAAAAGAA
gi|136029 : CCGGTTTGGTCCTCAT-----TAAT-AT---TTTTTGATA-A--AAC-TAATTTTAAACG-TTGA--GCAAT---ACATGCAGAGGCTTAGT-TATAT----GAACA---A-GTTAATAAAGATATAGGT-CT-CCGA--TTTT-TC-T---AA-----AT-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTGATTTTG----------GTA----TGCATGTTAT-TATTCCTTCTTTTTG
gi|136030 : CCAGTTTGATCTCTAT-----TTAT-AAGGTTACATAGTA------C-AGTTTTCATTCTGTTG---GCTAC---CGAGGCTGAAGCCATTT-TGTAC-----A-CAGT-A-TTTAATAGGGTTATTGGG-CG-ATAG--TTTT-T--T---AG-----AA-A-ATG---TCT-GTCT---TTATTTTCTTTTG----------GTA----TAAGAGTTACGGATGCCTTGTCTCT
gi|136031 : CCTGACTGACTCTCAT-----TAATTAG---T-TTTGGTA-G--TAT-TACTTTTAATCT-ATTT--GCAATTGCAC---CTGAAGCAATCT-TATA-----GA-CA-C-AATTTAATAAAGATATTGGA-CG-ATAG--TTTT-T--T---AA-----AA-ATCTT---CTT-G-GT---TTGTTATCTTTAG----------GGA----TAAGCGTAAT-GATACCCTCTTTTTGTGTGACTGATA-GTTCACCT-TT-
gi|136032 : CCAGTTTGATCTTTATGTGTTTATT------TATTTAGCA-C--AAC----TTTTAATAT-ATTT--GCTATTGTAC---CAGAGGCAATTT-TGTAT-----A-CA-C-A-ACTAAGAAAATAATTGGT-CT-ATAG--TTTT-TCAT---AA-----AA-A---G---TCT-AAAT---TAATTGTCTTTTG----------GTA----TAACTGTAAT-GATTCCCTCCCTTTGCGTTATTGATA-GTTCCCTT-TT-C---TTCAATCCATAATTTAAAGATCGAACTATAAAA-T-GCCCT-A
gi|136033 : CCTGTCTGACTGTCAT-----TGAT-AA---TGTCTGGTA-A--TAC-GGTTTTCATTCTGTTG---GCTAT---GGCTTTTGTTGCAATTT-TATAG----TC-GA-C-A-TTTAATAGTCTTATTGGT-CT-CCAG--TTTG-T--C---AATAGTGAA-A---G-------GTCT---TTGTCTTTTTTTG----------GTA----GAAGTGTTAT-AATTCCTTGCTTCTGatttttcccagaa
gi|136034 : CTGTTCGGTCTTCAT-----TAAT-AA---CTTTTGATA-ATTAA-----TTTTAAACG-TTGA--GCAAT---ACATGCAGAGGCTAATT-TATAT----GAACA---A-TTTAATAAAGATATAGGT-CT-CCAA--TTTT-T--T---AA-----GT-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTGATTTTG----------GGA----TGCATGTTAT-AA-TCCTTCTTTTTGCTTGATTGAAA-GTTCCCCT-TTAA---GTAA-CCCATAGTTAAT-GGACCAACAAAGAAA-TACACCC-AAGT-ATATCCAGAAAAA
gi|136035 : TGTTTGATCTTTAT-----GTAT-AA---CGGGCTGTAGA--AGC-A-GTGTTAATCT-TCGA--GCAAC---ACAATCAGAGGTTAGTT-CATAA----GA-TA-C-A-TTAAAAAGTTATATTGGG-CGATCGGGTTTTT-T--T---AA-----GA-A-TCA---TTT-ATC-----TATCTCCATTTG----------ACATACTTACATGTTAT-TACACCTTGAGATTGGGAGGTAGACA-
gi|136036 : GTTTGGTCTTCAT-----TAAT-AA---CTTTTGATA-A--AAC-TAATTATAAACG-TTGA--GCAAT---ACATGCAGAGGCTAATT-TATAT----GA--A-CAA-TTTAATAAAGATATAGGT-CT-CCAA--TTTT-T--T---AA-----GT-A-CTG---TTT-ATCT---TTGTTTGATTTTG----------GGA----TGCATGTTAT-TATTCCTTCTTTTTGCGTGATTGAAA-GTTCCCCT-TTAA---GTAA
gi|136037 : TCAT-----TGAT-AA---TGTCTGGTA-A--TAC-AGTTTTCATTCTGTTG---GCTAT---GGCTTTTGTTGCAATTT-TATAG----TC-GA-C-A-TTTAATAGGCGTATTGGT-CT-CCAG--TTTG-T--C---AATAGTGAA-A---G-------GTCT---TTGTCTTTTTTTG----------GTA----GAAGTATTAT-AATTCCTTGTTCCTGccaatagtaaattgatctacaaagaaatacacccaagtttatccagaaaaa
gi|136038 : -----TAAT-AA---TATGTGGTA-A--AAC-ATGTTTTATCCT-TTGA--TCTAT---ACTTGCTGATGCCAGTT-TGTAT----GA-CA-C-A-TTTAAAAGAGGTATTGGA-CG-TCA
gi|136039 : TGGTA-A--TACTAT-TTTTAATCT-TTTT--GCAATGGCAC---CTGAAGCAATCT-TATATAATAGA-CA-C-AATTTAATAAAGATATTGGA-CG-ATAG--TTTT-T--T---AA-----AA-A-------TCT--TCTTGGTTGTTATTTTTAG----------GGA----TAAGCGTAAT-GATACCCTCTTTTTATGTGACTGATA-GTTCACCT-TT-
gi|136040 : TA-A--AAC-ATTTTTTATTCT-ATTT--GCTAT---GGTTTTCGATGCTATTT-TATAG----TC-TA-C-A-TTTAACAGACTAATCGGA-CG-CCAA--TTTT-C--T---AA-----CATA-ATA---TT--ATCT---TTACCTTGCTTTG----------GTA----TTAATGTTAT-TAAACTTTGTTTTTGCAAAGCAGTCATGTT----T-TT-AGATTCAAGAGAGTAATTTAAAGAGTTGA-TAAGAAA-T-TGCTTCATGTCGT-TCCAAAAAA
gi|136041 : TA-A--AAC-ATTTTTTATTCT-ATTT--GCTAT---GGTTTTCGATGCTATTT-TATAG----TC-TA-C-A-TTTAACAGACTAATCGGA-CG-CCAA--TTTT-C--T---AA-----CATA-ATA---TT--ATCT---TTACCTTGCTTTG----------GTA----TTAATGTTAT-TAAACTTTGTTTTTGCAAAGCAGTCATGTT----T-TT-AGATTCAAGAGAGTAATTTAAAGAGTTGA-TAAGAAA-T-TGCTTCATGTCGT-TCCAAAAAA
gi|136042 : T-TTGTTTACTAT---ACTGGCTGAAGCTAAGTATATAT----AA-TG-----TTTAAAATTGAAATCAGG-TG-CCAG--TTTT-G--T---AA-----GA-A-CGT---TTT-GTCT---TCATTTCCTTTTG----------GTA----TGCGTGTAGT-GACTCAATGTCGCTGTGAAATAGACA-CCCCGCCT-TT-
gi|136043 : GAGGCGATTT-TATAT-----A-CA-CAA-TTTAAAAGTGAAATTGGT-CT-ATAA--TTTT-T--C-----------A-T-CTGGAATCT-ACTT---TTATTTTCTTTAG----------GAA----TGCAAGTTAT-AATACCCTCTTTTTGAGTAACAAATA-ATTCTCCT-TT-A---TTAAAACCAGCATTTATTGAACGTACAACGAAA-T-GTCCT-AATTTAT-CCCAGAAAA
gi|136044 : tGATGCTAACA-TGTAA----GA-AA-C-A-TTTACAAGTGAAATTGGG-TG-CCA---TATT-T--T---AA-----AA-A-CGA---TTT-ATCT---TTGTTCCCCTTTGTTCCCCTTTAGTC----AACATGTTAT-GACCCCTTGCTTTTGTGAAATTGAAA-GTTCTCCC-TT-A---GTATATCCCTCATTTATAGCACGCAGTAAAAAA-T-GTCCG-ACGTCAA-TCCAAAAGAA
gi|136045 : A-T-A-TTTAATAATGTTATTGGT-CT-CCAG--TTTT-T--C---AA-----AAGA-CTG---CGT-GAC----TTATTTTCTTTGG----------GTA----TGCATGTAAT-AATACCTTGCCGCTGAGTTATGGATA-GTGTACCT-TT-T---TTAAGCCCAAAATTGATGGATCTGACTACAAAG-T-GTCCT-ATTTTAT-TCCAAAA
gi|136046 : ttgtataca----GA-TA-T-A-TTTAATAATGTAATTGGT-CT-CCAG--TTTT-T--T---AA-----AAGA-CTG---CGT-GACA---TT-TTTTCTCTGG----------GTA----TGCATGTAAT-AATACCTTGCCGCTGAGTTATGGATA-GTGTACCT-TT-T---TTAAGCCC