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Reference ( gi|130318 )       : TTT-TTA---CA--AAA-A----C-AC-TA--A--T---AA----AGATGTGAACCTCCACATATTCTACAGGAGGCAAGTGC-CCTACATA--TT-TTACAGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAGTGTGGCTA
gi|130312                     : TTT-TTA---CA--AAA-A----C-AC-TA--A--T---AA----ACATGTGAAACTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGC-C
gi|130322                     : TTT-TTA---CA--AAA-A----CCAC-TA--A--T---AC----ATATGTGAATCTCCACATATTCTACAGGAGGCAAGTGC-Ctccgtctgcctcggtgctgcta
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Alignments
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lowQualScore                  :                                              ...  ..   . .... .    .. .. ...  ....   .      ..      . .                   .                              .                  
lowQualScore                  :                                              444  11   5 1111 5    00 00 777  9999   4      33      8 4                   8                              5                  
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Reference ( family-616 )      :                                        TTTTTA---CA--AAA-A----C-ACTA--A--T---AA----ACA-TGTGAACCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAGTGTGGCTA
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gi|130321                     :                                                                                                                         CTCCACAAATTATATAGAAAGGAAGTGCCTCTG-TTTGTCTAAGTGTTGCTAtgtttgtctaagtgttgcta
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gi|130323                     :                                                                                                                                        AGGAAACAAGTGCCTCCG-TTTGCGTCAGTGTGGCTAcgtttgcgtcagtgtggcta
gi|130324                     :       tttttacaaaaccactaataaacatgtgaacaaTTTTCA---CACTGAA-A----G-ACTA--A--TTCAAA----ACA-TCTAAAC-TCGACCAATTCTATAGGAGGCAAGTGCACC
gi|130324                     :                                                                                                                             ACCAATTCTATAGGAGGCAAGTGCACCTG-TTTGCCTCAGTGTGGCTAtgtttgcctcagtgtggcta
gi|130325                     : ttttcacactgaaagactaattcaaaacatctaaactcgTCTTCA---CA--AAA-A----T-ACTA--A--T---CA----AAA----G----TTCACATATTTTATAGGAGGCAAGTTCCTC
gi|130325                     :                                                                                                                            CACATATTTTATAGGAGGCAAGTTCCTCCA-TTTGCCTTAGTGTGGCTAcatttgccttagtgtggcta
gi|130326                     :             tcttcacaaaaatactaatcaaaagttTTTTTA---CA--AAA-A----T-ACTT--A--T---TA----ACAATTCGAAC--------AT-----------CAA------CATAA--TCTACAGAAGACAGGTTCCTCCG-GTTGTCTCAGGATGGCCA
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gi|130330                     :                                                                                                                         CTCCACAAATTCCATAGGAGGCAAGTGCCTCCG-GTTGCCTCAGTGTGACTAcggttgcctcagtgtgacta
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gi|130335                     :                                                                                                                            CGCAAATTCTACAGGAGACAAGTGCCTCCG-TTTGCATCTGTTTGACTAcgtttgcatctgtttgacta
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gi|130337                     :                                                                                                                           CCACATATATTACAGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTTAGTGTAGCTAcgtttgccttagtgtagcta
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gi|130340                     :                                                                                                                         CTCCACAAATTCTTAAAGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAATGAGGCTAcgtttgcctcaatgaggcta
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|130329 ): TTTATTACAAAAATATTAATTATAAATTTGAATTTCCACAAATTCTACACTTGCCTCAGTGTAGCTA






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Reference ( family-616 )      :                                        TTTTTA---CA--AAA-A----C-ACTA--A--T---AA----ACA-TGTGAACCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAGTGTGGCTA
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gi|130319                     :                                                                                                                            CACAAATTCTACAGGAGACAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCATTGTGGCTAcgtttgcctcattgtggcta
gi|130320                     :        tttctacaaaatacgtataatatgtgaacctaTTTTTAA--CA--AAA-A----C-ACTACCG--T---AAGTTTAAA-TGTGAATCTCCACA--------------------------AAAT-CTACAGGAGGCAAGTGCCACCG-TTAGCCTCAGTGTGGCTA
gi|130321                     :                                        TTCTTATTTCA--AAA-A----C-ACTA--A--T---AA----ACA-TGTGAACCTCCACAAATTATATAGAAAGGAAGTGCCTC
gi|130321                     :                                                                                                                         CTCCACAAATTATATAGAAAGGAAGTGCCTCTG-TTTGTCTAAGTGTTGCTAtgtttgtctaagtgttgcta
gi|130322                     :      ttcttatttcaaaaacactaataaacatgtgaacTTTTTA---CA--AAA-A----CCACTA--A--T---AC----ATA-TGTGAATCTCCACATATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTC
gi|130323                     :                                        TTTTTA---CA--AAA-C----C-ACTA--A--T---AA----ACA-TGTGAAC-------AA------AGGAAACAAGTGCCTCtgtttgcct
gi|130323                     :                                                                                                                                        AGGAAACAAGTGCCTCCG-TTTGCGTCAGTGTGGCTAcgtttgcgtcagtgtggcta
gi|130324                     :       tttttacaaaaccactaataaacatgtgaacaaTTTTCA---CACTGAA-A----G-ACTA--A--TTCAAA----ACA-TCTAAAC-TCGACCAATTCTATAGGAGGCAAGTGCACC
gi|130324                     :                                                                                                                             ACCAATTCTATAGGAGGCAAGTGCACCTG-TTTGCCTCAGTGTGGCTAtgtttgcctcagtgtggcta
gi|130325                     : ttttcacactgaaagactaattcaaaacatctaaactcgTCTTCA---CA--AAA-A----T-ACTA--A--T---CA----AAA----G----TTCACATATTTTATAGGAGGCAAGTTCCTC
gi|130325                     :                                                                                                                            CACATATTTTATAGGAGGCAAGTTCCTCCA-TTTGCCTTAGTGTGGCTAcatttgccttagtgtggcta
gi|130326                     :             tcttcacaaaaatactaatcaaaagttTTTTTA---CA--AAA-A----T-ACTT--A--T---TA----ACAATTCGAAC--------AT-----------CAA------CATAA--TCTACAGAAGACAGGTTCCTCCG-GTTGTCTCAGGATGGCCA
gi|130327                     :                                        TTTTTA---TA--AAA-A----T-ACTA--G--T---AA----ACA-TGTGAACCTCCACAAATTCTA
gi|130328                     :                                        TTTTTA---CA--AAAAA----C-ACTA--A--T---AA----ACA-TGTGAATCTCCACA
gi|130330                     :                                         TTTTA---CA--AAA-T----A-ACTA--A--T---AT----ACG-TGCGAACCTCCACAAATTCCATAGGAGGCAAGTGCCTC
gi|130330                     :                                                                                                                         CTCCACAAATTCCATAGGAGGCAAGTGCCTCCG-GTTGCCTCAGTGTGACTAcggttgcctcagtgtgacta
gi|130331                     :           ttttacaaaataactaatatacgtgcgaacTTTTA---CA--AAA-A----C-ACAA--A--T---AA----ACA-AGTGAA---CCAC------------------------CACAAAATCTACAGGAGGCAAGTGTTTCCGTTTTGCCTCAGTGTTGCTA
gi|130332                     :                                         TTTTA---CA--AAA-A----C-ATT-----------------TA-TGTGAATCTCCACAAAGTCTACAGGAGGCAAGTGCCTC
gi|130332                     :                                                                                                                         CTCCACAAAGTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCG-TCTGCCTCAGTGTGGCTAcgtctgcctcagtgtggcta
gi|130333                     :                 ttttacaaaaacatttatgtgaatTTTTA---CA--AGA-A----T-ACTA--A--TTA-AA----ACA-TTTGAATCGCCAAACATTTTACTGGAGGCAAGTGCCTC
gi|130333                     :                                                                                                                           CCAAACATTTTACTGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAGTGTGGCTAcgtttgcctcagtgtggcta
gi|130334                     :       ttttacaagaatactaattaaaacatttgaatcgTTTCA---CA--AAA-A----C-ACTA--A--A---AA----ACA-TGTG-ATATCCGTAAATTCTATAGGAGGCAAGTACCTC
gi|130334                     :                                                                                                                           CCGTAAATTCTATAGGAGGCAAGTACCTCCT-TTTGCCTCAGTGAGGCTActtttgcctcagtgaggcta
gi|130335                     :          tttcacaaaaacactaaaaaacatgtgatatTTTTA---CA--ACA-A----T-ATTA--AATC---AA----AAA-T-TAAATTTTCGCAAATTCTACAGGAGACAAGTGCCTC
gi|130335                     :                                                                                                                            CGCAAATTCTACAGGAGACAAGTGCCTCCG-TTTGCATCTGTTTGACTAcgtttgcatctgtttgacta
gi|130336                     :       ttttacaacaatattaaatcaaaaattaaattttTTTTA---CA--AAA-C----C-ACTT--A--T---AA----ACA-TGTGAACCTCCATAAA----AC--GAGACAAGTGTC
gi|130337                     :                                                  A--AAA-A----T-ACTA--A--T---CA----AAA-T-------TCCACATATATTACAGGAGGCAAGTGCCTCaccgtt
gi|130337                     :                                                                                                                           CCACATATATTACAGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTTAGTGTAGCTAcgtttgccttagtgtagcta
gi|130338                     :                                     aaaaatactaatcaaaatt-A----C-ACTA--A--T---AA----ACA-TGTG---------AAA------------------CTCCACACATT--ACAGGAGGCAACTGCCTCCG-TCTGCCCCAGTGTGGCTA
gi|130339                     :                                                                    --A--T---AA----TGA-TTCGAATATCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTC
gi|130339                     :                                                                                                                           CCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCA-TTTGTCTCAGTGTTGCTAcatttgtctcagtgttgcta
gi|130340                     :                                                          ataatgattcgaatat---AA----ACA-TGCGAACCTCCACAAATTCTTAAAGAGGCAAGTGCCTC
gi|130340                     :                                                                                                                         CTCCACAAATTCTTAAAGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAATGAGGCTAcgtttgcctcaatgaggcta
gi|130341                     :                                                                                                               aaacatgcgaacCCACAAATTCTACAGGAGCCAAGTACTTCCG-TTTGCCACAGTATGGCTA
gi|130342                     :                                                                                                                          tCCACATATTCTACAGGAGACAAGTGCCTGCG-TTCGCCTCAGTGTGGCTA
gi|130343                     :                                                                                                                                  TTCTACAGGAGGCAAGTGCCCCCA-TTTGCCTCAGTGTGGATA


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blockSeqs                     :                                              .    .    . .    .    .  .  .    .      .      CC        T                   C                              .
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blockSeqs                     :                                              .    .    . .    .    .  .  .    .      .      C         .                   T                              .
blockSeqs                     :                                              .    .    . .    .    .  .  .    .      .      .         .                   T                              .
blockSeqs                     :                                              .    .    . .    .    .  .  .    .      .      .         .                   C                              .
blockSeqs                     :                                                   .    . .    .    .  .  .    .      .      .         .                   C                              .
blockSeqs                     :                                                        . .    .    .  .  .    .      .      .         .                   T                              .
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blockSeqs                     :                                                                                                                           .                               
blockSeqs                     :                                                                                                                           .                               


blockSeqCons                  :                                        
originalCons                  :                                        TTTTTA---CA--AAA-A----C-ACTA--A--T---AA----ACA-TGTGAACCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAGTGTGGCTA
finalCons                     :                                        TTTTTA---CA--AAA-A----C-ACTA--A--T---AA----ACA-TGTGAACCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAGTGTGGCTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|130329 ): TTTATTACAAAAATATTAATTATAAATTTGAATTTCCACAAATTCTACACTTGCCTCAGTGTAGCTA






Alignments
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lowQualScore                  :                                              ...  ..   . .... .    .. .. ...  ....   .      ..      . .                   .                              .                  
lowQualScore                  :                                              444  11   5 1111 5    00 00 777  9999   4      33      8 4                   8                              5                  
consensus                     :                                        TTTTTA---CA--AAA-A----C-ACTA--A--T---AA----ACA-TGTGAACCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAGTGTGGCTA
Reference ( family-616 )      :                                        TTTTTA---CA--AAA-A----C-ACTA--A--T---AA----ACA-TGTGAACCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAGTGTGGCTA
gi|130311                     :                                        TTTTTA---AA--AAA-A----C-ACCA--A--T---AA----ACT-TGTGAACCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTC
gi|130311                     :                                                                                                                         CTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAGTGTGGCTAcgtttgcctcagtgtggcta
gi|130312                     :         tttttaaaaaaacaccaataaacttgtgaacTTTTTA---CA--AAA-A----C-ACTA--A--T---AA----ACA-TGTGAAACTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTC
gi|130313                     :                                        TTTTTA---CA--AAA-A----C-ACTA--A-------A----ACA-TGTGAACCTCCACAAATTTTACAGGAGGCACGTGCCTCcgtctgcctcggtgctgcta
gi|130313                     :                                                                                                                         CTCCACAAATTTTACAGGAGGCACGTGCCTCCG-TTTGCCTCAATGTGGCTAcgtttgcctcaatgtggcta
gi|130314                     :           tttttacaaaaacactaaaacatgtgaacTTATTA---CA--AAA-A----C-ACTT--A--T---AA----ACA-TGTGAACTTCGACAAATTATACAAGAGGCAAGTGCCTC
gi|130314                     :                                                                                                                             ACAAATTATACAAGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAGTGTGGCTAcgtttgcctcagtgtggcta
gi|130315                     :     ttattacaaaaacacttataaacatgtgaacttcgTTTTTT---CA--AAA-A----C-ACTA--A--TT--AA----AAA-TCTGA------ACA---TCTACA------------------AATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAGTGTGGCTA
gi|130316                     :                                        TTTTTA---CA--AAA-G----T-ACTA--T--T---AA----ACA-TGTGA---------AA--CTACA----------------CAAATTCTACCGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCCCAGTGTAGCT
gi|130317                     :                                        TTTTTA---CA--AAA-AAAAAC-ACTT--A--T---AA----ACA-TGTGAAACTCCACAAATTCTAACGGAGGCAAGTGCC-------TTC--------------------G-TTTGCCTCAGTGTGGGTA
gi|130318                     :                                        TTTTTA---CA--AAA-A----C-ACTA--A--T---AA----AGA-TGTGAACCTCCACATATTCTACAGGAGGCAAGTGCCCTACATATTTTACAGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAGTGTGGCTA
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gi|130319                     :                                                                                                                            CACAAATTCTACAGGAGACAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCATTGTGGCTAcgtttgcctcattgtggcta
gi|130320                     :        tttctacaaaatacgtataatatgtgaacctaTTTTTAA--CA--AAA-A----C-ACTACCG--T---AAGTTTAAA-TGTGAATCTCCACA--------------------------AAAT-CTACAGGAGGCAAGTGCCACCG-TTAGCCTCAGTGTGGCTA
gi|130321                     :                                        TTCTTATTTCA--AAA-A----C-ACTA--A--T---AA----ACA-TGTGAACCTCCACAAATTATATAGAAAGGAAGTGCCTC
gi|130321                     :                                                                                                                         CTCCACAAATTATATAGAAAGGAAGTGCCTCTG-TTTGTCTAAGTGTTGCTAtgtttgtctaagtgttgcta
gi|130322                     :      ttcttatttcaaaaacactaataaacatgtgaacTTTTTA---CA--AAA-A----CCACTA--A--T---AC----ATA-TGTGAATCTCCACATATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTC
gi|130323                     :                                        TTTTTA---CA--AAA-C----C-ACTA--A--T---AA----ACA-TGTGAAC-------AA------AGGAAACAAGTGCCTCtgtttgcct
gi|130323                     :                                                                                                                                        AGGAAACAAGTGCCTCCG-TTTGCGTCAGTGTGGCTAcgtttgcgtcagtgtggcta
gi|130324                     :       tttttacaaaaccactaataaacatgtgaacaaTTTTCA---CACTGAA-A----G-ACTA--A--TTCAAA----ACA-TCTAAAC-TCGACCAATTCTATAGGAGGCAAGTGCACC
gi|130324                     :                                                                                                                             ACCAATTCTATAGGAGGCAAGTGCACCTG-TTTGCCTCAGTGTGGCTAtgtttgcctcagtgtggcta
gi|130325                     : ttttcacactgaaagactaattcaaaacatctaaactcgTCTTCA---CA--AAA-A----T-ACTA--A--T---CA----AAA----G----TTCACATATTTTATAGGAGGCAAGTTCCTC
gi|130325                     :                                                                                                                            CACATATTTTATAGGAGGCAAGTTCCTCCA-TTTGCCTTAGTGTGGCTAcatttgccttagtgtggcta
gi|130326                     :             tcttcacaaaaatactaatcaaaagttTTTTTA---CA--AAA-A----T-ACTT--A--T---TA----ACAATTCGAAC--------AT-----------CAA------CATAA--TCTACAGAAGACAGGTTCCTCCG-GTTGTCTCAGGATGGCCA
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gi|130328                     :                                        TTTTTA---CA--AAAAA----C-ACTA--A--T---AA----ACA-TGTGAATCTCCACA
gi|130330                     :                                         TTTTA---CA--AAA-T----A-ACTA--A--T---AT----ACG-TGCGAACCTCCACAAATTCCATAGGAGGCAAGTGCCTC
gi|130330                     :                                                                                                                         CTCCACAAATTCCATAGGAGGCAAGTGCCTCCG-GTTGCCTCAGTGTGACTAcggttgcctcagtgtgacta
gi|130331                     :           ttttacaaaataactaatatacgtgcgaacTTTTA---CA--AAA-A----C-ACAA--A--T---AA----ACA-AGTGAA---CCAC------------------------CACAAAATCTACAGGAGGCAAGTGTTTCCGTTTTGCCTCAGTGTTGCTA
gi|130332                     :                                         TTTTA---CA--AAA-A----C-ATT-----------------TA-TGTGAATCTCCACAAAGTCTACAGGAGGCAAGTGCCTC
gi|130332                     :                                                                                                                         CTCCACAAAGTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCG-TCTGCCTCAGTGTGGCTAcgtctgcctcagtgtggcta
gi|130333                     :                 ttttacaaaaacatttatgtgaatTTTTA---CA--AGA-A----T-ACTA--A--TTA-AA----ACA-TTTGAATCGCCAAACATTTTACTGGAGGCAAGTGCCTC
gi|130333                     :                                                                                                                           CCAAACATTTTACTGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAGTGTGGCTAcgtttgcctcagtgtggcta
gi|130334                     :       ttttacaagaatactaattaaaacatttgaatcgTTTCA---CA--AAA-A----C-ACTA--A--A---AA----ACA-TGTG-ATATCCGTAAATTCTATAGGAGGCAAGTACCTC
gi|130334                     :                                                                                                                           CCGTAAATTCTATAGGAGGCAAGTACCTCCT-TTTGCCTCAGTGAGGCTActtttgcctcagtgaggcta
gi|130335                     :          tttcacaaaaacactaaaaaacatgtgatatTTTTA---CA--ACA-A----T-ATTA--AATC---AA----AAA-T-TAAATTTTCGCAAATTCTACAGGAGACAAGTGCCTC
gi|130335                     :                                                                                                                            CGCAAATTCTACAGGAGACAAGTGCCTCCG-TTTGCATCTGTTTGACTAcgtttgcatctgtttgacta
gi|130336                     :       ttttacaacaatattaaatcaaaaattaaattttTTTTA---CA--AAA-C----C-ACTT--A--T---AA----ACA-TGTGAACCTCCATAAA----AC--GAGACAAGTGTC
gi|130337                     :                                                  A--AAA-A----T-ACTA--A--T---CA----AAA-T-------TCCACATATATTACAGGAGGCAAGTGCCTCaccgtt
gi|130337                     :                                                                                                                           CCACATATATTACAGGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTTAGTGTAGCTAcgtttgccttagtgtagcta
gi|130338                     :                                     aaaaatactaatcaaaatt-A----C-ACTA--A--T---AA----ACA-TGTG---------AAA------------------CTCCACACATT--ACAGGAGGCAACTGCCTCCG-TCTGCCCCAGTGTGGCTA
gi|130339                     :                                                                    --A--T---AA----TGA-TTCGAATATCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTC
gi|130339                     :                                                                                                                           CCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCA-TTTGTCTCAGTGTTGCTAcatttgtctcagtgttgcta
gi|130340                     :                                                          ataatgattcgaatat---AA----ACA-TGCGAACCTCCACAAATTCTTAAAGAGGCAAGTGCCTC
gi|130340                     :                                                                                                                         CTCCACAAATTCTTAAAGAGGCAAGTGCCTCCG-TTTGCCTCAATGAGGCTAcgtttgcctcaatgaggcta
gi|130341                     :                                                                                                               aaacatgcgaacCCACAAATTCTACAGGAGCCAAGTACTTCCG-TTTGCCACAGTATGGCTA
gi|130342                     :                                                                                                                          tCCACATATTCTACAGGAGACAAGTGCCTGCG-TTCGCCTCAGTGTGGCTA
gi|130343                     :                                                                                                                                  TTCTACAGGAGGCAAGTGCCCCCA-TTTGCCTCAGTGTGGATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|130329 ): TTTATTACAAAAATATTAATTATAAATTTGAATTTCCACAAATTCTACACTTGCCTCAGTGTAGCTA