lowQualScore : 1 1111 1111 111111111 22 11 22222222222222 1111 111 11
lowQualScore : 1 33 2 777777777 2 2 4444 4 22 1 0 0000 333 0 1 1 11 8888 1 1 1 2 8 777777777 222 1 11 33 11 11 222 777 3 1 22 1 44 222 6 1 88 22222222222222 0000 2 222 22222 7777 111 33 4 3333 1 44444 3333
lowQualScore : . .. . ......... . . .... . .. . . .... ... . . . .. .... . . . . . ......... ... . .. .. .. .. ... ... . . .. . .. ... . . .. .............. .... . ... ..... .... ... .. . .... . ..... ....
lowQualScore : 6 11 2 222222222 2 2 5555 4 99 7 5 5555 999 5 3 3 88 3333 2 3 2 5 8 000000000 222 2 77 77 88 00 333 777 2 4 22 4 44 444 3 4 11 66666666666666 5555 2 555 88888 6666 888 00 2 3333 5 22222 5555
consensus : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAA---NGTT-T-GCAC-AT-GA--AN--ACATTC-CCAAAA-CAAA-TGATT----NAT--T---GT-TTCTATATG-CC--A--T--TACA---AAA--NTCACACA-GA-TTTGAAT-T-NACT--ANT-TTAC-ATTT---CA--T-----NAANG--ACTTGTTT---GT---T-GG---NATTATTCNCAT-NANGTA----TTTG-TATTGGAANTT--TC----TTAATTTT
Reference ( gi|158322 ) : ATATATATATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAA---TGTT-T-GCAC-AT-GA--AA--GCATTC-CCAGAA-CAAA-TGATT----AGT--T---GT-TTCTATATAACC--A--T--TACA---AAA--TTCACACA-AG-TTTGAAT-T-TACT--ATT-TTAA-ATTT---CA--T-----CAATG--ACTTATTT---GT---T-GG---GATTATGCGCAT-CAAGTA----TTTG-TATTGGAAGTT--TC----TTAATTTT
gi|158323 : ATATATATATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAA---TGTT-T-GCAC-AT-GA--AA--GCATTC-CCAGAA-CAAA-TGATT----AGT--T---GT-TTCTATATAACC--A--T--TACA---AAA--TTCACACA-AG-TTTGAAT-T-TACT--ATT-TTAA-ATTT---CA--T-----CAATG--ACTTATTT---GT---T-GG---GATTATGCGCAT-CAAGTA----TTTG-TATTGGAAGTT--TC----TTAATTTT
gi|158324 : ATATTTTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAA---TGTT-T-GCAC-AT-GA--AA--GCTTTC-CCAGAA-CAAA-TGATT----AGT--T---GT-TTCTATATAACC--A--T--TACA---AAA--TTCACACA-AA-TTTGAAT-T-TACT--ATT-TAAA-ATTT---CA--T-----CAATG--ACTTATTT---GT---T-GG---GATTATGCGCAT-CAAGTA----TTTG-TATTGGAAGTT--TC----TTAATTTT
gi|158325 : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AGTAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAG---TGTT-T-ACAC-AT-GA--AA--GCATTC-CCAGAA-CAAA-TGATT----AGT--T---GT-TTCTATATAACC--A--T--TACA---TAA--TTCACACA-AG-TTTGAAT-T-TACT--ATT-TTAA-ATTT---CA--T-----CAATT--ACTTAATT---GT---T-GG---GATTATGCGCAT-CAAGTA----TTTG-TATTGGAAGTT--TC----TTAATTTT
gi|158326 : ATATATTTATATT-AAAGTTT-AAAT------C-GTTT-A-AATAT----ATCCTT--AGT-TCTTTCCAGAT---TGTT-T-GCAC-AT-GA--AA--GCATTC-CCAGGT-CAAA-TGATT----AGT--T---GT-TACTATTAAACC--A--T--TTCA---AAA--TTCACACA-AA-TTTGAAT-T-TACT--ATT-TTAA-ATTT---CA--T-----CAATT--ACTTATTT---GT---T-GG---GATTTTGCGCAT-CAAGTC----TATG-TATCGGAAGTT--TC----TTATTTTT
gi|158327 : ATATATTTATATT-AAATTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----ATCCT---AGT-TCAGTCCAGTA---TGTT-T-GCAC-AT-GA--AA--GCATTC-CCAGAA-CAAA-TGATA----AAT--A---AT-TTCGATATAACC--A--T--TACA---AAA--TT---ACA-AT-TTT--AT-T-TACA--ATT-TCAA-ATTT---CA--T-----CAATG--ACTTATTT---GT---T-GG---GACTATGCGCAT-CAAGTA----TTTG-TATTGGAAGTT--TC----TTATTTTT
gi|158328 : TATGTTTATATT-TAAATTTGATA--------------A-AAAA-----GTTTTG--AGT-TCTGACCAAAAC--TGTT-GAGTAT-TT-GA--A----CATTC-CCAAAA-CATA-TGGTT----TAC--T---GT-TTCTATATAACT--A--T--TGCA---AAA--ATCACACA-GA-TTTGATT-G-TACA--AGT-TTGC-ATTTG--TA--C-----AGAT---ATTTGTTT---GT---A-GG---TATTACACGCAT-AATGAA----CTTG-TATTGGAATTC--GC----GTAGTTTT
gi|158329 : ATTTATGTT-TATATTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--AAC-TTATTCCAGAA---GGTT-T-GCGC-AT-GT--AT--ACATTC-CCAAAA-AAGG-TGGTT----TAT--T---GT-TTCTATAT--CCGTA--T--TGCA---AAA--ATTGCAAA-GG-TTTAAAT-T-GACT--AAA-TTGC-ATTT---CA--A-----AAGCG--ATTTGTTT---GT---T-GG---TACTATTCTCAT-AAGATA----TTTG-TACTGAAAATT--TC----TT-ATTTT
gi|158330 : ATTTATATT-TATGTTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--ATC-TTATTCCGGAA---GGTT-T-GCGC-AT-GT--AT--ACATTC-CCTAAA-AAGG-TGATT----TAT--T---GT-TTCTATAT--CCATA--T--TGCA---AAA--ATTGCAAA-GG-TTTCAGT-T-GACT--AAA-TTAC-ATTT---CA--T-----AAGAG--ATTTGTTT---GT---T-GG---TGGTATTCTCAG-AAGATG----TTTG-TACT-GAAATT--TC----TT-ATTTT
gi|158333 : ATCTATATG-AATATCT-ATATGTTGTTC-ATTT-A-AGAAT----AATTTG--AAC-TCAACCCAAAA---ACTT-T-GAATGAT-GA--T---GCATTT-CC-----CAAAGTGATT----GAC--A---GT-TTCGATTT--TC--A--TACTACA---AAA--TTGACA-A-AGCTTTGAAT-T-TGTT--AAT-TTTT-GTTT---CA--C-----CAGTA--GTTTACTT---GT---T-AG---TAGTATTTGTTT-GATGTAAAATCTTA-TTTTGAAAATT--TC----ATAATTTT
gi|158331 : ATGTATGCT-TATATTC-ATAT------T-TCTT-A-GATGT----GTTGTT--AAC-TTATTCTAGAA---CGTT-T-GCGC-AT-GT--AT--ACATTC-CCAAAA-AAGG-TGATT----TAA--T---AT-TTTTACAT
gi|158332 : ATTTATGTT-TATATTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--AAC-TTATTCCAGAA---GGTT-T-GCAC-AT-GT--AT--ACATTC-CCAAAA-AAGA-TA------------T---GT-TTTTAT
gi|158334 : ATATATA-AAAGTTG-ATAC------C-GTTT-G-AATAT----ATCCTT--AAT-TCTGTCCAGAA---TGTA-T-GCAC-AT-GA--AA--GCTTTC-CAAGAA-CACA-CAATG----AGT--T---GT-TCCTATATAACC--T--T--TACA---AAA--TTATCGCA-AA-TTTAAAT-T-AAAT--ATT-TTAA-ATTT---CA--T-----TAAAGA-AATTATAT---G----T-AA---GATTA
gi|158335 : TATATT-AAAGTTG-AAAT------C-GCTT-A-GATAT----ATCCTT--AA--TTATATCAAAA---TGTC-T-TTAC-AT-GA--AA--CCATTC-ACAGAA-CAAA------------C--T---G------ATATAACC--A--T--TACA---ACA--TCCTTACA-AA-TTTGAAT-T-AACT--A-----------G---CA--T-----CGATT--ATGCGTTT---GT---T-CA---GGTCATTCGTAT-TAAGTT----TTTA-CATTGAACG-T--TC----TAAATGTT
gi|158336 : ATGTTGAAAGGTT-G-AT------T-GTTTGA-AATACAAAAGTTATG--AACATGAGTCCAAAA---GGCT----CTT-AT-AA--AATGACATTC-CCAAAA-TAAA-TG-TT------T--TAAAGT-TTCTGGATATCC--C--T--CACA---AAA--TTCACATA-GA-CTTGAAT-T-AACT--ATT-TTAC-ATTT---AG--A-----TAAAA--ACGTGTTA---GT---A-GG---TAAAATTCTCAT-AATGTA----TTTG-TATTGAAACGA--TC----TTAGTTTT
gi|158337 : AAGTTT--T-T------C-ATTT-A-GATAC----A--CTTCAAGT-TCTGCCCAAAAACCTCTT-G-AAAT-GT-GA-------CACTC-CTAAAA-TAAA-TGTTT----GTT--T---GT-TTCAACATGCCT--A--T--TGCA---AAA--ATTGCATA-AA-CTTGTAT-TATA----AAT-ATAACATTTATACA--G-----AAATT--CATTATTA---GG---T-AA---GATT---CTCAT-TATGTA----TTTG-TATTGGAATGC--TC----TTAATTTT
gi|158338 : GTTC-ATAT------TAGTTT-ATAACAT----GTT-TT--AGT-TTGACCAACAG---TGTTGT-GTA--ATAGG--AA----ATTC-ACAGAATCAA-----TT----ATT--T---AC-TTCTCTATGTCC--A--TGATACA---AAA--GTCATATA-CG-TTTGAAC-T-CACC--ATT-TTAT-ATTT---AA--A-----CAGTT--AAGTGTTT---GT---T-G
gi|158339 : TTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--AAC-TTATTCCAGAA---GGTT-T-GCGC-AT-GT--AT--ACATTCTCCAAAA-AAGG-TGATT----TAT--T---GT-TTCTGTATACAT--A--T--TGCA---AAA--ATTGCAAA-GG-TTTGAAT-G-TACT--AAA-TTAC-AGTT---CA--A-----AAGAG--ATGTGTTT---GT---T-GG---TACTATTCTCAT-AAGATA----TTGG-TACTGGAAGTT--AT----TT-ATTTT
gi|158340 : TTT-GT-T------C-ATTA-A-AGAAT----GACTTT--AAC-TCAACTCAAAA---TCTT-T---AA-AT-GAGCAT--ACATTC-CCAAAA-CAAG-TGACT----TAT--A---GT-TTCGATAT--TC--A--TACTACA---AAA--ATCACAAA-GA-TTTCAAT-T-TGTTAAATT-TT---GTTT---CA--T-----TAATA--GTTAATTT---GT---T-GA---AATTATTTG-ATGTAAA-A----CTTG-TATTGAGAGTT--CC----TTAATTTT
gi|158341 : TAT----GTTGTT--GAC-TTATTCCAGAA---AGTT-T-GCGC-GT-GT--AT--ACATTC-CCAAAA-AAAGGTGATT----TAT--T---GT-TTCTATAT--CC--A--TATTGCA---AAAAATT-GCAAA-GG-TTTGAAT-T-GACT--AAA-TTAC-ATTT---CA--T-----AAAAG--ATTTGTTT---GT---T-GG---TACTATTCTCAT-AAGATA----TTTG-TACTGAAAATT--TC----TT-ATTTT
gi|158342 : C-TGAGTCCAAAA---GGCT-C-TTAC-GT-AG--TG--ACATTT-CCAAAA-TAAA-TG-TTCTAAAGT--T----T-TTGGATAT--CT--C--T--CACA---AAA--TTCACATA-GA-CTTGAGT-T-AACT--ATT-TTAC-ATTT---AG--A-----TAAAA--ACTTGTTA---GTAGGT-GA---AATT---CTCAT-TATGTA----TTTG-TATTGAAATGA--TC----TTAGTTTT
gi|158343 : -TCATTTCAAAA---GGCT-C-TTAC-A---A--AATGACATTC-CCAAAA-CAAA-TATTT----TAT--A---GT-TTCCGTATGTCT--A--T--CGCA---AAA--CTCACATA-GA-CTTGAAT-T-AACT--ATT-TTAC-ATTTA--TA--T-----AAAAA--ACTGGTTA---GT---A-GG---TAAAATTCTCAT-TATGTA----TTTA-TATTGAAATGA--TC----TTAGTTTT
gi|158344 : -TCTGTCCAAAA---AGTT-C-TTAC-A---A--AATGACACTC-CCAAAA-CAAA-TGTTT----CAT--A---GT-TTCAGGATGTCT--A--T--CACA---AAA--ATCACATA-GA-CTTGAAT-T-AACT--AAT-TTAC-ATTT---AG--A-----TAAAA--ACTGGTTA---GT---A-GG---TAAAATTCTCAT-AATGTA----TTTG-TATTGAAATGA--TC----TTAGTTTT
gi|158345 : -TCTGTCCAAAA---AGTT-C-TTAC-A---A--AATGACACTC-CCAAAA-CAAG-TGTTT----CAT--A---GT-TTCAGGATGTCT--A--T--CACA---AAA--ATCATATA-GA-CCTGAAT-T-AACT--AAT-TTAC-ATTT---AG--A-----TAAAA--ACTGGTTA---GT---A-GGTAAAATTAT---CAT-AATGTA----TTTG-TATTGAAATGA--TC----TTAACTTT
gi|158346 : -TCTGTCCAAAA---AGTT-C-TTAC-A---A--AATGACACTC-CCAAAA-CAAA-TGTTT----CAT--A---GT-TTCAGGATGTCT--A--T--CACA---AAA--ATCACTTA-GA-CTTGAAT-T-AACT--AAT-TTAC-ATTT---AG--A-----TAAAA--ATTGGTCA---GT---A-GG---TAAAATTCTCAT-AATGTA----TTTG-TATTGAAATGA--TC----TTAGTTTT
gi|158347 : GTCCAAAAA--TGTT---GTAC-AT-GA--GC--ACAGTC-CCAAAA-TAAA-TG-TT-----GTACT---GT-TTCTACATGCAT--A--T--TGCA---GAA--TTGACATA-AA-CTTGAAT-T-TAC--------GAA-ATGG---CA--TTTGTGTAAGA--ATTTATTT---GT---G-GG---TATAATTC-TATATAAATA----TTTA-TATTGAAA
gi|158348 : GTCCAGAAA--TGTT---GTAC-AT-GA--GC--ACAGTC-CCAAAA-TAAA-TG-TT-----GTACT---GT-TTCTACATGCAT--A--T--TGCA---GAA--TTGCCATA-AA-CTTGAAT-T-TAC--------GAA-ATGG---CA--TTTGTGTAAGA--ATTTATTT---GT---G-GG---TATAATTC-TATATAAATA----TTTGTTGTTGTATGTT--TCATGTTTAAGTTT
gi|158349 : TCCAAAAA--TGTT---GTAC-AT-GA--GC--ACAGTC-CCAAAA-TAAA-TG-TT-----GTACT---GT-TTCTACATGCAT--A--T--TGCA---GAA--TTGACATA-AA-CTTGAAT-T-TAC--------GAA-ATGG---CA--TTTGTGTAAGA--ATTTATTTGTGGT---T-AA---AATTCT--ATAT--AAATA----TTTA-TATTGAAA
gi|158350 : TCAAGAA---CATT-T-GAAT-TT-GA-------CATTC-CCAAAA-TAGG-TGTTT----A-T--T---ACATTCTACAT--CC--A--TAATGCA---GAA--ATCACACA-AA-CTTG--TGT-TATT--AATATTAC-ATTT----A---------AATAGAAGTTAGTT---GT---TTGA---GATTATTCTCCG-CAAGTA----TTTA-TATTGAA--TTGCTC----TTAATTTT
gi|158351 : CCAGAA---TGTT-T-GTAT-AT-GA--AA--ACATTT-CCAAAA-TAAA-TGGTT----CAC--A---GT-TTCCATAT--CC--A--T--TACACATAAA---TCACA
gi|158352 : CCAGAA---AGTT-T-GTGT-AT-GA--AC--ACATTC-CCAAAA-TAAA-TATTT----AAT--T---GT-TTCTGTGC--CC--A--TAGCATA---AAA----CACACATAG-TTCGGAT-
gi|158353 : -T-GTAT-GT-GA--TT--GCATTC-CCAGAA-CGTA-TGAGA----AAC--T---GT-GTCTATATTCAT--A--T--TACA---AAA--GTCAAATA-GA-TTCGAGT-T-AGCA--AGT-TTGC-ATTTA--TA--TGA---TAATA--AGTTA------GT---C-GA---TACAACACACAT-TATATA----TTTG-TATTGGAATTT--TC----TCAGTTT
gi|158354 : --GCATTC-CCAGAA-TAAA-TGATT----TAC--T---GT-CTCTATGT--CC--ATGT--TACA---AAA--GTCACATA-AG-TTTGAAT-T-CACT--ATT-TTAT-ATTTAAACAGTT-----TAGTG----TTTTTT---GC---T-AC---AATTCTAAGAAT----ATA----TTTG-TGTTGGCAGTT--TC----TTAATTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222 11 11111111
lowQualScore : 2 0 2 666666666 2 2 4444 3 22 1 0 22 1 1 0 1 99999999 1 3 4 1 1 33 1 55555555 00 1 1 22 2 3 222 1 11111111 11 44 1 222 33 1 66 1 55 1 222 3333 1 1 1 3333
lowQualScore : . . . ......... . . .... . .. . . .. . . . . ........ . . . . . .. . ........ .. . . .. . . ... . ........ .. .. . ... .. . .. . .. . ... .... . . . ....
lowQualScore : 7 6 1 333333333 1 1 2222 7 88 6 1 33 2 2 1 2 66666666 2 6 0 8 2 33 2 44444444 66 3 3 33 5 7 222 4 99999999 99 88 9 555 55 0 99 5 44 0 666 1111 5 0 6 4444
consensus : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAN-GTT-T-GCAC-ATGA--AN----ACATTC-CCAAAACAAA-TGATTNATTGT-TTCT--A-TAT-G-C-C--AT--TACA-A-AAN-TCACACAGATTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT---CA-TNA--ANGACTT---GTTTGTT-GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGGAANT-TTC----TTAATTTT
Reference ( family-613 ) : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAN-GTT-T-GCAC-ATGA--AN----ACATTC-CCAAAACAAA-TGATTNATTGT-TTCT--A-TAT-G-C-C--AT--TACA-A-AAN-TCACACAGATTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT---CA-TNA--ANGACTT---GTTTGTT-GGNATTATTCNCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGGAANT-TTC----TTAATTTT
gi|158322 : ATATATATATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-A-AAT-TCACACAAGTTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATGACTT---ATTTGTT-GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158323 : ATATATATATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-A-AAT-TCACACAAGTTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATGACTT---ATTTGTT-GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158324 : ATATTTTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCTTTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-A-AAT-TCACACAAATTTGAATTTACTATT-TAA-AATTT---CA-TCA--ATGACTT---ATTTGTT-GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158325 : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AGTAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAGT-GTT-T-ACAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-T-AAT-TCACACAAGTTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATTACTT---AATTGTT-GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158326 : ATATATTTATATT-AAAGTTT-AAAT------C-GTTT-A-AATAT----ATCCTT--AGT-TCTTTCCAGATT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGGTCAAA-TGATTAGTTGT-TACT--ATTAA-A-C-C--AT--TTCA-A-AAT-TCACACAAATTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATTACTT---ATTTGTT-GGGATTTTGCGCAT-CAAGT---C----TATG-TATCGGAAGT-TTC----TTATTTTT
gi|158327 : ATATATTTATATT-AAATTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----ATCCT---AGT-TCAGTCCAGTAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATAAATAAT-TTCG--A-TAT-AAC-C--AT--TACA-A-AAT-T---ACAATTTT--ATTTACAATT-TCA-AATTT---CA-TCA--ATGACTT---ATTTGTT-GGGACTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTATTTTT
gi|158328 : TATGTTTATATT-TAAATTTGATA--------------A-AAAA-----GTTTTG--AGT-TCTGACCAAAACTGTT-GAGTAT-TTGA--A------CATTC-CCAAAACATA-TGGTTTACTGT-TTCT--A-TAT-AAC-T--AT--TGCA-A-AAA-TCACACAGATTTGATTGTACAAGT-TTG-CATTTG--TA-CAG--AT-ATTT---GTTTGTA-GGTATTACACGCAT-AATGA---A----CTTG-TATTGGAATT-CGC----GTAGTTTT
gi|158329 : ATTTATGTT-TATATTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--AAC-TTATTCCAGAAG-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAGG-TGGTTTATTGT-TTCT--A-TAT---C-CGTAT--TGCA-A-AAA-TTGCAAAGGTTTAAATTGACTAAA-TTG-CATTT---CA-AAA--GCGATTT---GTTTGTT-GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAAT-TTC----TT-ATTTT
gi|158330 : ATTTATATT-TATGTTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--ATC-TTATTCCGGAAG-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTC-CCTAAAAAGG-TGATTTATTGT-TTCT--A-TAT---C-CATAT--TGCA-A-AAA-TTGCAAAGGTTTCAGTTGACTAAA-TTA-CATTT---CA-TAA--GAGATTT---GTTTGTT-GGTGGTATTCTCAG-AAGAT---G----TTTG-TACT-GAAAT-TTC----TT-ATTTT
gi|158331 : TATGCTTATATT-CA----T-ATTT------C---TT-A-GATGT----GTTGTT--AAC-TTATTCTAGAAC-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAGG-TGATTTAATAT-TTTT--A-CAT-
gi|158332 : atgATTTATGTT-TATATTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--AAC-TTATTCCAGAAG-GTT-T-GCAC-ATGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAGA-TA------TGT-TTTT--A-T
gi|158333 : ATCTATATG-AATATCT-ATATGTTGTTC-ATTT-A-AGAAT----AATTTG--AAC-TCAACCCAAAAA-CTT-T-GAATGATGA---T----GCATTT-CC----CAAAGTGATTGACAGT-TTCG--A-T-T-T-T-C--ATACTACA-A-AAT-TGACAAAGCTTTGAATTTGTTAAT-TTT-TGTTT---CA-CCA--GTAGTTT---ACTTGTT-AGTAGTATTTGTTT-GATGT---AAAATCTTA-TTTTGAAAAT-TTC----ATAATTTT
gi|158334 : TATATA-AAAGTTG-ATAC------C-GTTT-G-AATAT----ATCCTT--AAT-TCTGTCCAGAAT-GTA-T-GCAC-ATGA--AA----GCTTTC-CAAGAACACA-CAATGAGTTGT-TCCT--A-TATAA-C-C--TT--TACA-A-AAT-TATCGCAAATTTAAATTAAATATT-TTA-AATTT---CA-TTA--AAGA
gi|158335 : aTATATT-AAAGTTG-AAAT------C-GCTT-A-GATAT----ATCCTT--AA--TTATATCAAAAT-GTC-T-TTAC-ATGA--AA----CCATTC-ACAGAACAAACTGA------------T--A-TA--A-C-C--AT--TACA-A-CAT-CCTTACAAATTTGAATTAACTAG--------------CA-TCG--ATTATGC---GTTTGTT-CAGGTCATTCGTAT-TAAGT---T----TTTA-CATT-GAACG-TTC----TAAATGTTaattatatgtaagatta
gi|158336 : ATGTTGAAAGGTT-G-AT------T-GTTTGA-AATACAAAAGTTATG--AACATGAGTCCAAAAG-GCT----CTT-ATAA--AATG--ACATTC-CCAAAATAAA-TGTTTTAAAGT-TTCTGGA-TAT-C-C-C---T--CACA-A-AAT-TCACATAGACTTGAATTAACTATT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAAACGT---GTTAGTA-GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAACG-ATC----TTAGTTTT
gi|158337 : AAGTTT--T-T------C-ATTT-A-GATAC----A--CTTCAAGT-TCTGCCCAAAAA-CCT------C-TTGA--AATGTGACACTC-CTAAAATAAA-TGTTTGTTTGT-TTCA--A-CAT-G-C-CT-AT--TGCA-A-AAA-TTGCATAAACTTGTATT-ATAAAT-ATAACATTT----A-TAC--AGAAATT---CATTATTAGGTAAGATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGGAATG-CTC----TTAATTTT
gi|158338 : GTTC-ATAT------TAGTTT-ATAACAT----GTT-TT--AGT-TTGACCAACAGT-GTTGT-GTA--AT-A--GG----AAATTC-ACAGAATCAA-TTATTTACT-T-CTCT--A-TGT---C-C--ATGATACA-A-AAG-TCATATACGTTTGAACTCACCATT-TTA-TATTTAAACAGTTA--AG----T---GTTTGTT-G
gi|158339 : TTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--AAC-TTATTCCAGAAG-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTCTCCAAAAAAGG-TGATTTATTGT-TTCT--G-TAT-A-CAT--AT--TGCA-A-AAA-TTGCAAAGGTTTGAATGTACTAAA-TTA-CAGTT---CA-AAA--GAGATGT---GTTTGTT-GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTGG-TACTGGAAGT-TAT----TT-ATTTT
gi|158340 : TTT-GT-T------C-ATTA-A-AGAAT----GACTTT--AAC-TCAACTCAAAAT-CTT-T---AA-ATGAGCAT----ACATTC-CCAAAACAAG-TGACTTATAGT-TTCG--A-TAT-T-CAT--AC--TACA-A-AAA-TCACAAAGATTTCAATTTGTTAAA-TTT-TGTTT---CA-TTA--ATAGTTA---ATTTGTT-GAAATTATT----T-GATGTAAAA----CTTG-TATTGAGAGT-TCC----TTAATTTT
gi|158341 : TAT----GTTGTT--GAC-TTATTCCAGAAA-GTT-T-GCGC-GTGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAAGGTGATTTATTGT-TTCT--A-TAT---C-C--ATATTGCA-A-AAAATTGCAAAGGTTTGAATTGACTAAA-TTA-CATTT---CA-TAA--AAGATTT---GTTTGTT-GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAAT-TTC----TT-ATTTT
gi|158342 : C-TGAGTCCAAAAG-GCT-C-TTAC-GTAG--TG----ACATTT-CCAAAATAAA-TGTTCTAAAGT-TTTTGGA-TAT-C-T-C---T--CACA-A-AAT-TCACATAGACTTGAGTTAACTATT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAAACTT---GTTAGTA-GGTGAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158343 : -TCATTTCAAAAG-GCT-C-TTAC-AAAA--TG----ACATTC-CCAAAACAAA-TATTTTATAGT-TTCC--G-TAT-G-T-CT-AT--CGCA-A-AAC-TCACATAGACTTGAATTAACTATT-TTA-CATTTA--TA-TAA--AAAACTG---GTTAGTA-GGTAAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTA-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158344 : -TCTGTCCAAAAA-GTT-C-TTAC-AAAA--TG----ACACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATAGT-TTCA--G-GAT-G-T-CT-AT--CACA-A-AAA-TCACATAGACTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAAACTG---GTTAGTA-GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158345 : -TCTGTCCAAAAA-GTT-C-TTAC-AAAA--TG----ACACTC-CCAAAACAAG-TGTTTCATAGT-TTCA--G-GAT-G-T-CT-AT--CACA-A-AAA-TCATATAGACCTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAAACTG---GTTAGTA-GGTAAAATTATCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAACTTT
gi|158346 : -TCTGTCCAAAAA-GTT-C-TTAC-AAAA--TG----ACACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATAGT-TTCA--G-GAT-G-T-CT-AT--CACA-A-AAA-TCACTTAGACTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAAATTG---GTCAGTA-GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158347 : GTCCAAAAA-TGT-T-GTAC-ATGA--GC----ACAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACTGT-TTCT--A-CAT-G-CAT--AT--TGCA-G-AAT-TGACATAAACTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT---GT-GTA--AGAATTT---ATTTGTG-GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAA
gi|158348 : GTCCAGAAA-TGT-T-GTAC-ATGA--GC----ACAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACTGT-TTCT--A-CAT-G-CAT--AT--TGCA-G-AAT-TGCCATAAACTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT---GT-GTA--AGAATTT---ATTTGTG-GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTGTTGTTGTATGT-TTCATGTTTAAGTTT
gi|158349 : TCCAAAAA-TGT-T-GTAC-ATGA--GC----ACAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACTGT-TTCT--A-CAT-G-CAT--AT--TGCA-G-AAT-TGACATAAACTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT---GT-GTA--AGAATTT---ATTTGTG-GTTAAAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAA
gi|158350 : TCAAGAAC-ATT-T-GAAT-TTGA---------CATTC-CCAAAATAGG-TG-TTTATTACATTCT--A-CAT---C-C--ATAATGCA-G-AAA-TCACACAAACTTGTGTT-ATTAATATTA-CATTT---AAATAG--AAG--TT---AGTTGTTTGAGATTATTCTCCG-CAAGT---A----TTTA-TATTG-AATTGCTC----TTAATTTT
gi|158351 : CCAGAAT-GTT-T-GTAT-ATGA--AA----ACATTT-CCAAAATAAA-TGGTTCACAGT-TTCC--A-TAT---C-C--AT--TACACATAAA-TCACA
gi|158352 : CCAGAAA-GTT-T-GTGT-ATGA--AC----ACATTC-CCAAAATAAA-TATTTAATTGT-TTCT--G-TGC---C-C--ATAGCATA-A-AAC-ACACATAG-TTCGGAT
gi|158353 : -T-GTAT-GTGA--TT----GCATTC-CCAGAACGTA-TGAGAAACTGT-GTCT--A-TAT-T-CAT--AT--TACA-A-AAG-TCAAATAGATTCGAGTTAGCAAGT-TTG-CATTTA--TA-TGATAATAA------GTTAGTC-GATACAACACACAT-TATAT---A----TTTG-TATTGGAATT-TTC----TCAGTTT
gi|158354 : CATTC-CCAGAATAAA-TGATTTACTGT-CTCT--A-TGT---C-C--ATGTTACA-A-AAG-TCACATAAGTTTGAATTCACTATT-TTA-TATTT-------AA--ACAGTTTAGTGTTTTTT-GCTACAATTCTAAG-AATAT---A----TTTG-TGTTGGCAGT-TTC----TTAATTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222 11 11111111
lowQualScore : 2 0 2 666666666 2 2 4444 3 22 1 0 22 1 1 0 1 99999999 1 3 4 1 1 33 1 55555555 00 1 1 22 2 3 222 1 11111111 11 6666 1 222 444 22 0 55 1 222 3333 1 1 1 3333
lowQualScore : . . . ......... . . .... . .. . . .. . . . . ........ . . . . . .. . ........ .. . . .. . . ... . ........ .. .... . ... ... .. . .. . ... .... . . . ....
lowQualScore : 7 6 1 333333333 1 1 2222 7 88 6 1 33 2 2 1 2 66666666 2 6 0 8 2 33 2 44444444 66 3 3 33 5 7 222 4 99999999 99 7777 9 555 999 55 9 44 0 666 1111 5 0 6 4444
consensus : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAN-GTT-T-GCAC-ATGA--AN----ACATTC-CCAAAACAAA-TGATTNATTGT-TTCT--A-TAT-G-C-C--AT--TACA-A-AAN-TCACACAGATTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT---CA-TNA--ANG--ACTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGGAANT-TTC----TTAATTTT
Reference ( family-613 ) : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAN-GTT-T-GCAC-ATGA--AN----ACATTC-CCAAAACAAA-TGATTNATTGT-TTCT--A-TAT-G-C-C--AT--TACA-A-AAN-TCACACAGATTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT---CA-TNA--ANG--ACTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGGAANT-TTC----TTAATTTT
gi|158322 : ATATATATATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-A-AAT-TCACACAAGTTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATG--ACTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158323 : ATATATATATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-A-AAT-TCACACAAGTTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATG--ACTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158324 : ATATTTTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCTTTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-A-AAT-TCACACAAATTTGAATTTACTATT-TAA-AATTT---CA-TCA--ATG--ACTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158325 : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AGTAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAGT-GTT-T-ACAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-T-AAT-TCACACAAGTTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATT--ACTT---AATTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158326 : ATATATTTATATT-AAAGTTT-AAAT------C-GTTT-A-AATAT----ATCCTT--AGT-TCTTTCCAGATT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGGTCAAA-TGATTAGTTGT-TACT--ATTAA-A-C-C--AT--TTCA-A-AAT-TCACACAAATTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATT--ACTT---ATTTGTT--GGGATTTTGCGCAT-CAAGT---C----TATG-TATCGGAAGT-TTC----TTATTTTT
gi|158327 : ATATATTTATATT-AAATTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----ATCCT---AGT-TCAGTCCAGTAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATAAATAAT-TTCG--A-TAT-AAC-C--AT--TACA-A-AAT-T---ACAATTTT--ATTTACAATT-TCA-AATTT---CA-TCA--ATG--ACTT---ATTTGTT--GGGACTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTATTTTT
gi|158328 : TATGTTTATATT-TAAATTTGATA--------------A-AAAA-----GTTTTG--AGT-TCTGACCAAAACTGTT-GAGTAT-TTGA--A------CATTC-CCAAAACATA-TGGTTTACTGT-TTCT--A-TAT-AAC-T--AT--TGCA-A-AAA-TCACACAGATTTGATTGTACAAGT-TTG-CATTTG--TA-CAG--AT---ATTT---GTTTGTA--GGTATTACACGCAT-AATGA---A----CTTG-TATTGGAATT-CGC----GTAGTTTT
gi|158329 : ATTTATGTT-TATATTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--AAC-TTATTCCAGAAG-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAGG-TGGTTTATTGT-TTCT--A-TAT---C-CGTAT--TGCA-A-AAA-TTGCAAAGGTTTAAATTGACTAAA-TTG-CATTT---CA-AAA--GCG--ATTT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAAT-TTC----TT-ATTTT
gi|158330 : ATTTATATT-TATGTTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--ATC-TTATTCCGGAAG-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTC-CCTAAAAAGG-TGATTTATTGT-TTCT--A-TAT---C-CATAT--TGCA-A-AAA-TTGCAAAGGTTTCAGTTGACTAAA-TTA-CATTT---CA-TAA--GAG--ATTT---GTTTGTT--GGTGGTATTCTCAG-AAGAT---G----TTTG-TACT-GAAAT-TTC----TT-ATTTT
gi|158331 : TATGCTTATATT-CA----T-ATTT------C---TT-A-GATGT----GTTGTT--AAC-TTATTCTAGAAC-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAGG-TGATTTAATAT-TTTT--A-CAT-
gi|158332 : atgATTTATGTT-TATATTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--AAC-TTATTCCAGAAG-GTT-T-GCAC-ATGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAGA-TA------TGT-TTTT--A-T
gi|158333 : ATCTATATG-AATATCT-ATATGTTGTTC-ATTT-A-AGAAT----AATTTG--AAC-TCAACCCAAAAA-CTT-T-GAATGATGA---T----GCATTT-CC----CAAAGTGATTGACAGT-TTCG--A-T-T-T-T-C--ATACTACA-A-AAT-TGACAAAGCTTTGAATTTGTTAAT-TTT-TGTTT---CA-CCA--GTA--GTTT---ACTTGTT--AGTAGTATTTGTTT-GATGT---AAAATCTTA-TTTTGAAAAT-TTC----ATAATTTT
gi|158334 : TATATA-AAAGTTG-ATAC------C-GTTT-G-AATAT----ATCCTT--AAT-TCTGTCCAGAAT-GTA-T-GCAC-ATGA--AA----GCTTTC-CAAGAACACA-CAATGAGTTGT-TCCT--A-TATAA-C-C--TT--TACA-A-AAT-TATCGCAAATTTAAATTAAATATT-TTA-AATTT---CA-TTA--AAG--A
gi|158335 : aTATATT-AAAGTTG-AAAT------C-GCTT-A-GATAT----ATCCTT--AA--TTATATCAAAAT-GTC-T-TTAC-ATGA--AA----CCATTC-ACAGAACAAACTGA------------T--A-TA--A-C-C--AT--TACA-A-CAT-CCTTACAAATTTGAATTAACTAG--------------CA-TCG--ATT--ATGC---GTTTGTTCAGGT--CATTCGTAT-TAAGT---T----TTTA-CATT-GAACG-TTC----TAAATGTTaattatatgtaagatta
gi|158336 : ATGTTGAAAGGTT-G-AT------T-GTTTGA-AATACAAAAGTTATG--AACATGAGTCCAAAAG-GCT----CTT-ATAA--AATG--ACATTC-CCAAAATAAA-TGTTTTAAAGT-TTCTGGA-TAT-C-C-C---T--CACA-A-AAT-TCACATAGACTTGAATTAACTATT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAA--ACGT---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAACG-ATC----TTAGTTTT
gi|158337 : AAGTTT--T-T------C-ATTT-A-GATAC----A--CTTCAAGT-TCTGCCCAAAAA-CCT------C-TTGA--AATGTGACACTC-CTAAAATAAA-TGTTTGTTTGT-TTCA--A-CAT-G-C-CT-AT--TGCA-A-AAA-TTGCATAAACTTGTATT-ATAAAT-ATAACATTT----A-TAC--AGA--AATT---CATTATTA-GGTAAGATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGGAATG-CTC----TTAATTTT
gi|158338 : GTTC-ATAT------TAGTTT-ATAACAT----GTT-TT--AGT-TTGACCAACAGT-GTTGT-GTA--AT-A--GG----AAATTC-ACAGAATCAA-TTATTTACT-T-CTCT--A-TGT---C-C--ATGATACA-A-AAG-TCATATACGTTTGAACTCACCATT-TTA-TATTTAAACAGTTA--AG------T---GTTTGTT--G
gi|158339 : TTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--AAC-TTATTCCAGAAG-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTCTCCAAAAAAGG-TGATTTATTGT-TTCT--G-TAT-A-CAT--AT--TGCA-A-AAA-TTGCAAAGGTTTGAATGTACTAAA-TTA-CAGTT---CA-AAA--GAG--ATGT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTGG-TACTGGAAGT-TAT----TT-ATTTT
gi|158340 : TTT-GT-T------C-ATTA-A-AGAAT----GACTTT--AAC-TCAACTCAAAAT-CTT-T---AA-ATGAGCAT----ACATTC-CCAAAACAAG-TGACTTATAGT-TTCG--A-TAT-T-CAT--AC--TACA-A-AAA-TCACAAAGATTTCAATTTGTTAAA-TTT-TGTTT---CA-TTA--ATA--GTTA---ATTTGTT--GAAATTATT----T-GATGTAAAA----CTTG-TATTGAGAGT-TCC----TTAATTTT
gi|158341 : TAT----GTTGTT--GAC-TTATTCCAGAAA-GTT-T-GCGC-GTGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAAGGTGATTTATTGT-TTCT--A-TAT---C-C--ATATTGCA-A-AAAATTGCAAAGGTTTGAATTGACTAAA-TTA-CATTT---CA-TAA--AAG--ATTT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAAT-TTC----TT-ATTTT
gi|158342 : C-TGAGTCCAAAAG-GCT-C-TTAC-GTAG--TG----ACATTT-CCAAAATAAA-TGTTCTAAAGT-TTTTGGA-TAT-C-T-C---T--CACA-A-AAT-TCACATAGACTTGAGTTAACTATT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAA--ACTT---GTTAGTA--GGTGAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158343 : -TCATTTCAAAAG-GCT-C-TTAC-AAAA--TG----ACATTC-CCAAAACAAA-TATTTTATAGT-TTCC--G-TAT-G-T-CT-AT--CGCA-A-AAC-TCACATAGACTTGAATTAACTATT-TTA-CATTTA--TA-TAA--AAA--ACTG---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTA-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158344 : -TCTGTCCAAAAA-GTT-C-TTAC-AAAA--TG----ACACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATAGT-TTCA--G-GAT-G-T-CT-AT--CACA-A-AAA-TCACATAGACTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAA--ACTG---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158345 : -TCTGTCCAAAAA-GTT-C-TTAC-AAAA--TG----ACACTC-CCAAAACAAG-TGTTTCATAGT-TTCA--G-GAT-G-T-CT-AT--CACA-A-AAA-TCATATAGACCTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAA--ACTG---GTTAGTA--GGTAAAATTATCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAACTTT
gi|158346 : -TCTGTCCAAAAA-GTT-C-TTAC-AAAA--TG----ACACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATAGT-TTCA--G-GAT-G-T-CT-AT--CACA-A-AAA-TCACTTAGACTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAA--ATTG---GTCAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158347 : GTCCAAAAA-TGT-T-GTAC-ATGA--GC----ACAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACTGT-TTCT--A-CAT-G-CAT--AT--TGCA-G-AAT-TGACATAAACTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT---GT-GTA--AGA--ATTT---ATTTGTG--GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAA
gi|158348 : GTCCAGAAA-TGT-T-GTAC-ATGA--GC----ACAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACTGT-TTCT--A-CAT-G-CAT--AT--TGCA-G-AAT-TGCCATAAACTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT---GT-GTA--AGA--ATTT---ATTTGTG--GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTGTTGTTGTATGT-TTCATGTTTAAGTTT
gi|158349 : TCCAAAAA-TGT-T-GTAC-ATGA--GC----ACAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACTGT-TTCT--A-CAT-G-CAT--AT--TGCA-G-AAT-TGACATAAACTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT---GT-GTA--AGA--ATTT---ATTTGTG--GTTAAAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAA
gi|158350 : TCAAGAAC-ATT-T-GAAT-TTGA---------CATTC-CCAAAATAGG-TG-TTTATTACATTCT--A-CAT---C-C--ATAATGCA-G-AAA-TCACACAAACTTGTGTT-ATTAATATTA-CATTT---AAATAG--AAGTTAGTT---GTTTG----AG-ATTATTCTCCG-CAAGT---A----TTTA-TATTG-AATTGCTC----TTAATTTT
gi|158351 : CCAGAAT-GTT-T-GTAT-ATGA--AA----ACATTT-CCAAAATAAA-TGGTTCACAGT-TTCC--A-TAT---C-C--AT--TACACATAAA-TCACA
gi|158352 : CCAGAAA-GTT-T-GTGT-ATGA--AC----ACATTC-CCAAAATAAA-TATTTAATTGT-TTCT--G-TGC---C-C--ATAGCATA-A-AAC-ACACATAG-TTCGGAT
gi|158353 : -T-GTAT-GTGA--TT----GCATTC-CCAGAACGTA-TGAGAAACTGT-GTCT--A-TAT-T-CAT--AT--TACA-A-AAG-TCAAATAGATTCGAGTTAGCAAGT-TTG-CATTTA--TA-TGATAATA--A------GTTAGTC--GATACAACACACAT-TATAT---A----TTTG-TATTGGAATT-TTC----TCAGTTT
gi|158354 : CATTC-CCAGAATAAA-TGATTTACTGT-CTCT--A-TGT---C-C--ATGTTACA-A-AAG-TCACATAAGTTTGAATTCACTATT-TTA-TATTT-------AA--ACA--GTTTAGTGTTTTTT--GCTACAATTCTAAG-AATAT---A----TTTG-TGTTGGCAGT-TTC----TTAATTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222 11 11111111
lowQualScore : 2 0 2 666666666 2 2 4444 3 22 1 0 22 1 1 0 1 99999999 1 3 4 1 1 33 1 55555555 00 1 1 22 2 3 222 1 11111111 11 6666 1 222 444 22 0 55 1 222 3333 1 1 1 3333
lowQualScore : . . . ......... . . .... . .. . . .. . . . . ........ . . . . . .. . ........ .. . . .. . . ... . ........ .. .... . ... ... .. . .. . ... .... . . . ....
lowQualScore : 7 6 1 333333333 1 1 2222 7 88 6 1 33 2 2 1 2 66666666 2 6 0 8 2 33 2 44444444 66 3 3 33 5 7 222 4 99999999 99 7777 9 555 999 55 9 44 0 666 1111 5 0 6 4444
consensus : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAN-GTT-T-GCAC-ATGA--AN----ACATTC-CCAAAACAAA-TGATTNATTGT-TTCT--A-TAT-G-C-C--AT--TACA-A-AAN-TCACACAGATTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT---CA-TNA--ANG--ACTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGGAANT-TTC----TTAATTTT
Reference ( family-613 ) : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAN-GTT-T-GCAC-ATGA--AN----ACATTC-CCAAAACAAA-TGATTNATTGT-TTCT--A-TAT-G-C-C--AT--TACA-A-AAN-TCACACAGATTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT---CA-TNA--ANG--ACTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGGAANT-TTC----TTAATTTT
gi|158322 : ATATATATATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-A-AAT-TCACACAAGTTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATG--ACTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158323 : ATATATATATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-A-AAT-TCACACAAGTTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATG--ACTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158324 : ATATTTTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCTTTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-A-AAT-TCACACAAATTTGAATTTACTATT-TAA-AATTT---CA-TCA--ATG--ACTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158325 : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AGTAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAGT-GTT-T-ACAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-T-AAT-TCACACAAGTTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATT--ACTT---AATTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158326 : ATATATTTATATT-AAAGTTT-AAAT------C-GTTT-A-AATAT----ATCCTT--AGT-TCTTTCCAGATT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGGTCAAA-TGATTAGTTGT-TACT--ATTAA-A-C-C--AT--TTCA-A-AAT-TCACACAAATTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATT--ACTT---ATTTGTT--GGGATTTTGCGCAT-CAAGT---C----TATG-TATCGGAAGT-TTC----TTATTTTT
gi|158327 : ATATATTTATATT-AAATTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----ATCCT---AGT-TCAGTCCAGTAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATAAATAAT-TTCG--A-TAT-AAC-C--AT--TACA-A-AAT-T---ACAATTTT--ATTTACAATT-TCA-AATTT---CA-TCA--ATG--ACTT---ATTTGTT--GGGACTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTATTTTT
gi|158328 : TATGTTTATATT-TAAATTTGATA--------------A-AAAA-----GTTTTG--AGT-TCTGACCAAAACTGTT-GAGTAT-TTGA--A------CATTC-CCAAAACATA-TGGTTTACTGT-TTCT--A-TAT-AAC-T--AT--TGCA-A-AAA-TCACACAGATTTGATTGTACAAGT-TTG-CATTTG--TA-CAG--AT---ATTT---GTTTGTA--GGTATTACACGCAT-AATGA---A----CTTG-TATTGGAATT-CGC----GTAGTTTT
gi|158329 : ATTTATGTT-TATATTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--AAC-TTATTCCAGAAG-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAGG-TGGTTTATTGT-TTCT--A-TAT---C-CGTAT--TGCA-A-AAA-TTGCAAAGGTTTAAATTGACTAAA-TTG-CATTT---CA-AAA--GCG--ATTT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAAT-TTC----TT-ATTTT
gi|158330 : ATTTATATT-TATGTTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--ATC-TTATTCCGGAAG-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTC-CCTAAAAAGG-TGATTTATTGT-TTCT--A-TAT---C-CATAT--TGCA-A-AAA-TTGCAAAGGTTTCAGTTGACTAAA-TTA-CATTT---CA-TAA--GAG--ATTT---GTTTGTT--GGTGGTATTCTCAG-AAGAT---G----TTTG-TACT-GAAAT-TTC----TT-ATTTT
gi|158331 : TATGCTTATATT-CA----T-ATTT------C---TT-A-GATGT----GTTGTT--AAC-TTATTCTAGAAC-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAGG-TGATTTAATAT-TTTT--A-CAT-
gi|158332 : atgATTTATGTT-TATATTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--AAC-TTATTCCAGAAG-GTT-T-GCAC-ATGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAGA-TA------TGT-TTTT--A-T
gi|158333 : ATCTATATG-AATATCT-ATATGTTGTTC-ATTT-A-AGAAT----AATTTG--AAC-TCAACCCAAAAA-CTT-T-GAATGATGA---T----GCATTT-CC----CAAAGTGATTGACAGT-TTCG--A-T-T-T-T-C--ATACTACA-A-AAT-TGACAAAGCTTTGAATTTGTTAAT-TTT-TGTTT---CA-CCA--GTA--GTTT---ACTTGTT--AGTAGTATTTGTTT-GATGT---AAAATCTTA-TTTTGAAAAT-TTC----ATAATTTT
gi|158334 : TATATA-AAAGTTG-ATAC------C-GTTT-G-AATAT----ATCCTT--AAT-TCTGTCCAGAAT-GTA-T-GCAC-ATGA--AA----GCTTTC-CAAGAACACA-CAATGAGTTGT-TCCT--A-TATAA-C-C--TT--TACA-A-AAT-TATCGCAAATTTAAATTAAATATT-TTA-AATTT---CA-TTA--AAG--A
gi|158335 : aTATATT-AAAGTTG-AAAT------C-GCTT-A-GATAT----ATCCTT--AA--TTATATCAAAAT-GTC-T-TTAC-ATGA--AA----CCATTC-ACAGAACAAACTGA------------T--A-TA--A-C-C--AT--TACA-A-CAT-CCTTACAAATTTGAATTAACTAG--------------CA-TCG--ATT--ATGC---GTTTGTTCAGGT--CATTCGTAT-TAAGT---T----TTTA-CATT-GAACG-TTC----TAAATGTTaattatatgtaagatta
gi|158336 : ATGTTGAAAGGTT-G-AT------T-GTTTGA-AATACAAAAGTTATG--AACATGAGTCCAAAAG-GCT----CTT-ATAA--AATG--ACATTC-CCAAAATAAA-TGTTTTAAAGT-TTCTGGA-TAT-C-C-C---T--CACA-A-AAT-TCACATAGACTTGAATTAACTATT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAA--ACGT---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAACG-ATC----TTAGTTTT
gi|158337 : AAGTTT--T-T------C-ATTT-A-GATAC----A--CTTCAAGT-TCTGCCCAAAAA-CCT------C-TTGA--AATGTGACACTC-CTAAAATAAA-TGTTTGTTTGT-TTCA--A-CAT-G-C-CT-AT--TGCA-A-AAA-TTGCATAAACTTGTATT-ATAAAT-ATAACATTT----A-TAC--AGA--AATT---CATTATTA-GGTAAGATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGGAATG-CTC----TTAATTTT
gi|158338 : GTTC-ATAT------TAGTTT-ATAACAT----GTT-TT--AGT-TTGACCAACAGT-GTTGT-GTA--AT-A--GG----AAATTC-ACAGAATCAA-TTATTTACT-T-CTCT--A-TGT---C-C--ATGATACA-A-AAG-TCATATACGTTTGAACTCACCATT-TTA-TATTTAAACAGTTA--AG------T---GTTTGTT--G
gi|158339 : TTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--AAC-TTATTCCAGAAG-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTCTCCAAAAAAGG-TGATTTATTGT-TTCT--G-TAT-A-CAT--AT--TGCA-A-AAA-TTGCAAAGGTTTGAATGTACTAAA-TTA-CAGTT---CA-AAA--GAG--ATGT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTGG-TACTGGAAGT-TAT----TT-ATTTT
gi|158340 : TTT-GT-T------C-ATTA-A-AGAAT----GACTTT--AAC-TCAACTCAAAAT-CTT-T---AA-ATGAGCAT----ACATTC-CCAAAACAAG-TGACTTATAGT-TTCG--A-TAT-T-CAT--AC--TACA-A-AAA-TCACAAAGATTTCAATTTGTTAAA-TTT-TGTTT---CA-TTA--ATA--GTTA---ATTTGTT--GAAATTATT----T-GATGTAAAA----CTTG-TATTGAGAGT-TCC----TTAATTTT
gi|158341 : TAT----GTTGTT--GAC-TTATTCCAGAAA-GTT-T-GCGC-GTGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAAGGTGATTTATTGT-TTCT--A-TAT---C-C--ATATTGCA-A-AAAATTGCAAAGGTTTGAATTGACTAAA-TTA-CATTT---CA-TAA--AAG--ATTT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAAT-TTC----TT-ATTTT
gi|158342 : C-TGAGTCCAAAAG-GCT-C-TTAC-GTAG--TG----ACATTT-CCAAAATAAA-TGTTCTAAAGT-TTTTGGA-TAT-C-T-C---T--CACA-A-AAT-TCACATAGACTTGAGTTAACTATT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAA--ACTT---GTTAGTA--GGTGAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158343 : -TCATTTCAAAAG-GCT-C-TTAC-AAAA--TG----ACATTC-CCAAAACAAA-TATTTTATAGT-TTCC--G-TAT-G-T-CT-AT--CGCA-A-AAC-TCACATAGACTTGAATTAACTATT-TTA-CATTTA--TA-TAA--AAA--ACTG---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTA-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158344 : -TCTGTCCAAAAA-GTT-C-TTAC-AAAA--TG----ACACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATAGT-TTCA--G-GAT-G-T-CT-AT--CACA-A-AAA-TCACATAGACTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAA--ACTG---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158345 : -TCTGTCCAAAAA-GTT-C-TTAC-AAAA--TG----ACACTC-CCAAAACAAG-TGTTTCATAGT-TTCA--G-GAT-G-T-CT-AT--CACA-A-AAA-TCATATAGACCTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAA--ACTG---GTTAGTA--GGTAAAATTATCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAACTTT
gi|158346 : -TCTGTCCAAAAA-GTT-C-TTAC-AAAA--TG----ACACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATAGT-TTCA--G-GAT-G-T-CT-AT--CACA-A-AAA-TCACTTAGACTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAA--ATTG---GTCAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158347 : GTCCAAAAA-TGT-T-GTAC-ATGA--GC----ACAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACTGT-TTCT--A-CAT-G-CAT--AT--TGCA-G-AAT-TGACATAAACTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT---GT-GTA--AGA--ATTT---ATTTGTG--GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAA
gi|158348 : GTCCAGAAA-TGT-T-GTAC-ATGA--GC----ACAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACTGT-TTCT--A-CAT-G-CAT--AT--TGCA-G-AAT-TGCCATAAACTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT---GT-GTA--AGA--ATTT---ATTTGTG--GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTGTTGTTGTATGT-TTCATGTTTAAGTTT
gi|158349 : TCCAAAAA-TGT-T-GTAC-ATGA--GC----ACAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACTGT-TTCT--A-CAT-G-CAT--AT--TGCA-G-AAT-TGACATAAACTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT---GT-GTA--AGA--ATTT---ATTTGTG--GTTAAAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAA
gi|158350 : TCAAGAAC-ATT-T-GAAT-TTGA---------CATTC-CCAAAATAGG-TG-TTTATTACATTCT--A-CAT---C-C--ATAATGCA-G-AAA-TCACACAAACTTGTGTT-ATTAATATTA-CATTT---AAATAG--AAGTTAGTT---GTTTG----AG-ATTATTCTCCG-CAAGT---A----TTTA-TATTG-AATTGCTC----TTAATTTT
gi|158351 : CCAGAAT-GTT-T-GTAT-ATGA--AA----ACATTT-CCAAAATAAA-TGGTTCACAGT-TTCC--A-TAT---C-C--AT--TACACATAAA-TCACA
gi|158352 : CCAGAAA-GTT-T-GTGT-ATGA--AC----ACATTC-CCAAAATAAA-TATTTAATTGT-TTCT--G-TGC---C-C--ATAGCATA-A-AAC-ACACATAG-TTCGGAT
gi|158353 : -T-GTAT-GTGA--TT----GCATTC-CCAGAACGTA-TGAGAAACTGT-GTCT--A-TAT-T-CAT--AT--TACA-A-AAG-TCAAATAGATTCGAGTTAGCAAGT-TTG-CATTTA--TA-TGATAATA--A------GTTAGTC--GATACAACACACAT-TATAT---A----TTTG-TATTGGAATT-TTC----TCAGTTT
gi|158354 : CATTC-CCAGAATAAA-TGATTTACTGT-CTCT--A-TGT---C-C--ATGTTACA-A-AAG-TCACATAAGTTTGAATTCACTATT-TTA-TATTT-------AA--ACA--GTTTAGTGTTTTTT--GCTACAATTCTAAG-AATAT---A----TTTG-TGTTGGCAGT-TTC----TTAATTTT
blockSeqs : G G GTTGTTCA G T AAAA C CA A CT G A G AATGTG T G A A A GG T AACC AC C T AA C T ATA A AAACAGTT TA AGTT C AGT TCA TT AT A AAA AAAT T G G ATGT
blockSeqs : . . TAG . . . C . . T . . . AATG . C A A . GG . AACC GA . . T C T TT . GTACA . TG C . TA TT AT A . . . G . .
blockSeqs : . . CG . . . C . . T . . . GCAT . G A A . . . AACC AT . . T C T TT . ATATA . TG C . T TT AT A . . . G . .
blockSeqs : . . CG . . . C . . T . . . AA . . A A . . . AACC AA . . T C T TT . AAATA . TT C . T TT C A . . . G . .
blockSeqs : . . CG . . . C . . T . . . AA . . A A . . . AACT AG . . T C T TT . ATATG . TT C . T CT C A . . . G . .
blockSeqs : . . CG . . . T . . T . . . AA . . G T . . . CCGT GT . . T C T TT . CATC . TG T . T TT C T . . . T . .
blockSeqs : . . CG . . . G . . G . . . AA . . G T . . . CCAT . . . A A G GT . CATC . CG T . T CT C G . . . A . .
blockSeqs : . . TT . . . G . . G . . . AA . . A T . . . AACC . . . A A G AA . CATC . AG T . A GT C G . . . A . .
blockSeqs : . . TT . . . G . . C . . . AT . . A T . . . GCCT . . . A A T AA . CATC . TA T . T GT A T . . . A . .
blockSeqs : . . TT . . . G . . G . . . AT . . A G . . . ACAT . . . T C A AT . CATC . AG T . T AA A A . . . C . .
blockSeqs : . . CG . . . T . . A . . . AT . . A A . . . TCAT . . . T C A TT . CAAA . TT C . T AG A T . . . C . .
blockSeqs : . . CG . . . C . . T . . . AT . . A T . . . GTCT . . . T T A TT . CATA . AA A . A CT G T . . . T . .
blockSeqs : . . TG . . . C . . T . . . AA . . T G . . . GTCT . . . T T C AT . CACC . GA T . T TT T G . . . G . .
blockSeqs : . . CA . . . A . . G . . . AA . . T T . . . GTCT . . . A T T TT . CATT . AG T . T CT A T . . . G . .
blockSeqs : . TT . . . C . . A . . . GG . . A T . . . GTCT . . . G A T AA . CATC . TA T . T AA T G . . . A . .
blockSeqs : . CA . . . G . . T . . . AT . . A T . . . GCAT . . . A A G AA . AGAT . AG C . T AA A T . . . T . .
blockSeqs : . C . . . T . . G . . . AT . . A T . . . GCAT . . . A A A AA . CAAA . AA C . A AA G T . . . T . .
blockSeqs : . . . . . G . . T . . . TG . . A T . . . GCAT . . . T T A TT . CATT . AA C . A AA A T . . . T . .
blockSeqs : . . . . A . . . TG . . T T . . . TCAT . . . C T A TT . CATA . AA C . A AA T T . . . T . .
blockSeqs : . G . . . TG . . T C . . . ACC . . . A T A AT . AGAT . AA T . A TA T T . . . T . .
blockSeqs : . G . . . TG . . T C . . . TTC . . . A T A AT . AGAT . AA T . A TA A A . . . G . .
blockSeqs : . A . . . TG . . T C . . . ACC . . . A T T AT . AGAT . GA T . G AA A A . . . T . .
blockSeqs : . A . . . GC . . T T . . . CCC . . . T T T AA . AGAT . GA T . G TT A A . . . T . .
blockSeqs : . A . . . GC . . T T . . . CTC . . . T T T AA . GTGT . GA G . G CA C A . . . G . .
blockSeqs : A . . . GC . . T T . . . CC . . . T T A AA . GTGT . TA T . C CA T T . . .
blockSeqs : A . . . AA . . T T . . . CC . . . A C C GT . GTGT . CA . . T C A T . . .
blockSeqs : A . . . AC . . G C . . . CC . . . A T . TT . ATA . T . . .
blockSeqs : C . . . TT . . T A . . . CC . . . C T . G . A . G
blockSeqs : T . . . A . . A A . . . CC . . . G T
blockSeqs : A . . . T . . A T . . . CC . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAN-GTT-T-GCAC-ATGA--AN----ACATTC-CCAAAACAAA-TGATTNATTGT-TTCT--A-TAT-G-C-C--AT--TACA-A-AAN-TCACACAGATTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT---CA-TNA--ANG--ACTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGGAANT-TTC----TTAATTTT
finalCons : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAN-GTT-T-GCAC-ATGA--AN----ACATTC-CCAAAACAAA-TGATTNATTGT-TTCT--A-TAT-G-C-C--AT--TACA-A-AAN-TCACACAGATTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT---CA-TNA--ANG--ACTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGGAANT-TTC----TTAATTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222 11 11111111
lowQualScore : 2 0 2 666666666 2 2 4444 3 22 1 0 22 1 1 0 1 99999999 1 3 4 1 1 33 1 55555555 00 1 1 22 2 3 222 1 11111111 11 6666 1 222 444 22 0 55 1 222 3333 1 1 1 3333
lowQualScore : . . . ......... . . .... . .. . . .. . . . . ........ . . . . . .. . ........ .. . . .. . . ... . ........ .. .... . ... ... .. . .. . ... .... . . . ....
lowQualScore : 7 6 1 333333333 1 1 2222 7 88 6 1 33 2 2 1 2 66666666 2 6 0 8 2 33 2 44444444 66 3 3 33 5 7 222 4 99999999 99 7777 9 555 999 55 9 44 0 666 1111 5 0 6 4444
consensus : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAN-GTT-T-GCAC-ATGA--AN----ACATTC-CCAAAACAAA-TGATTNATTGT-TTCT--A-TAT-G-C-C--AT--TACA-A-AAN-TCACACAGATTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT---CA-TNA--ANG--ACTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGGAANT-TTC----TTAATTTT
Reference ( family-613 ) : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAN-GTT-T-GCAC-ATGA--AN----ACATTC-CCAAAACAAA-TGATTNATTGT-TTCT--A-TAT-G-C-C--AT--TACA-A-AAN-TCACACAGATTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT---CA-TNA--ANG--ACTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGGAANT-TTC----TTAATTTT
gi|158322 : ATATATATATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-A-AAT-TCACACAAGTTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATG--ACTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158323 : ATATATATATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-A-AAT-TCACACAAGTTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATG--ACTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158324 : ATATTTTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCTTTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-A-AAT-TCACACAAATTTGAATTTACTATT-TAA-AATTT---CA-TCA--ATG--ACTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158325 : ATATATTTATATT-AAAGTTT-ATAT------C-GTTT-A-AGTAT----GTCCTT--AGC-TCAGTCCAGAGT-GTT-T-ACAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTTGT-TTCT--A-TATAA-C-C--AT--TACA-T-AAT-TCACACAAGTTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATT--ACTT---AATTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTAATTTT
gi|158326 : ATATATTTATATT-AAAGTTT-AAAT------C-GTTT-A-AATAT----ATCCTT--AGT-TCTTTCCAGATT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGGTCAAA-TGATTAGTTGT-TACT--ATTAA-A-C-C--AT--TTCA-A-AAT-TCACACAAATTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT---CA-TCA--ATT--ACTT---ATTTGTT--GGGATTTTGCGCAT-CAAGT---C----TATG-TATCGGAAGT-TTC----TTATTTTT
gi|158327 : ATATATTTATATT-AAATTTT-ATAT------C-GTTT-A-AATAT----ATCCT---AGT-TCAGTCCAGTAT-GTT-T-GCAC-ATGA--AA----GCATTC-CCAGAACAAA-TGATAAATAAT-TTCG--A-TAT-AAC-C--AT--TACA-A-AAT-T---ACAATTTT--ATTTACAATT-TCA-AATTT---CA-TCA--ATG--ACTT---ATTTGTT--GGGACTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGT-TTC----TTATTTTT
gi|158328 : TATGTTTATATT-TAAATTTGATA--------------A-AAAA-----GTTTTG--AGT-TCTGACCAAAACTGTT-GAGTAT-TTGA--A------CATTC-CCAAAACATA-TGGTTTACTGT-TTCT--A-TAT-AAC-T--AT--TGCA-A-AAA-TCACACAGATTTGATTGTACAAGT-TTG-CATTTG--TA-CAG--AT---ATTT---GTTTGTA--GGTATTACACGCAT-AATGA---A----CTTG-TATTGGAATT-CGC----GTAGTTTT
gi|158329 : ATTTATGTT-TATATTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--AAC-TTATTCCAGAAG-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAGG-TGGTTTATTGT-TTCT--A-TAT---C-CGTAT--TGCA-A-AAA-TTGCAAAGGTTTAAATTGACTAAA-TTG-CATTT---CA-AAA--GCG--ATTT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAAT-TTC----TT-ATTTT
gi|158330 : ATTTATATT-TATGTTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--ATC-TTATTCCGGAAG-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTC-CCTAAAAAGG-TGATTTATTGT-TTCT--A-TAT---C-CATAT--TGCA-A-AAA-TTGCAAAGGTTTCAGTTGACTAAA-TTA-CATTT---CA-TAA--GAG--ATTT---GTTTGTT--GGTGGTATTCTCAG-AAGAT---G----TTTG-TACT-GAAAT-TTC----TT-ATTTT
gi|158331 : TATGCTTATATT-CA----T-ATTT------C---TT-A-GATGT----GTTGTT--AAC-TTATTCTAGAAC-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAGG-TGATTTAATAT-TTTT--A-CAT-
gi|158332 : atgATTTATGTT-TATATTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--AAC-TTATTCCAGAAG-GTT-T-GCAC-ATGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAGA-TA------TGT-TTTT--A-T
gi|158333 : ATCTATATG-AATATCT-ATATGTTGTTC-ATTT-A-AGAAT----AATTTG--AAC-TCAACCCAAAAA-CTT-T-GAATGATGA---T----GCATTT-CC----CAAAGTGATTGACAGT-TTCG--A-T-T-T-T-C--ATACTACA-A-AAT-TGACAAAGCTTTGAATTTGTTAAT-TTT-TGTTT---CA-CCA--GTA--GTTT---ACTTGTT--AGTAGTATTTGTTT-GATGT---AAAATCTTA-TTTTGAAAAT-TTC----ATAATTTT
gi|158334 : TATATA-AAAGTTG-ATAC------C-GTTT-G-AATAT----ATCCTT--AAT-TCTGTCCAGAAT-GTA-T-GCAC-ATGA--AA----GCTTTC-CAAGAACACA-CAATGAGTTGT-TCCT--A-TATAA-C-C--TT--TACA-A-AAT-TATCGCAAATTTAAATTAAATATT-TTA-AATTT---CA-TTA--AAG--A
gi|158335 : aTATATT-AAAGTTG-AAAT------C-GCTT-A-GATAT----ATCCTT--AA--TTATATCAAAAT-GTC-T-TTAC-ATGA--AA----CCATTC-ACAGAACAAACTGA------------T--A-TA--A-C-C--AT--TACA-A-CAT-CCTTACAAATTTGAATTAACTAG--------------CA-TCG--ATT--ATGC---GTTTGTTCAGGT--CATTCGTAT-TAAGT---T----TTTA-CATT-GAACG-TTC----TAAATGTTaattatatgtaagatta
gi|158336 : ATGTTGAAAGGTT-G-AT------T-GTTTGA-AATACAAAAGTTATG--AACATGAGTCCAAAAG-GCT----CTT-ATAA--AATG--ACATTC-CCAAAATAAA-TGTTTTAAAGT-TTCTGGA-TAT-C-C-C---T--CACA-A-AAT-TCACATAGACTTGAATTAACTATT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAA--ACGT---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAACG-ATC----TTAGTTTT
gi|158337 : AAGTTT--T-T------C-ATTT-A-GATAC----A--CTTCAAGT-TCTGCCCAAAAA-CCT------C-TTGA--AATGTGACACTC-CTAAAATAAA-TGTTTGTTTGT-TTCA--A-CAT-G-C-CT-AT--TGCA-A-AAA-TTGCATAAACTTGTATT-ATAAAT-ATAACATTT----A-TAC--AGA--AATT---CATTATTA-GGTAAGATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGGAATG-CTC----TTAATTTT
gi|158338 : GTTC-ATAT------TAGTTT-ATAACAT----GTT-TT--AGT-TTGACCAACAGT-GTTGT-GTA--AT-A--GG----AAATTC-ACAGAATCAA-TTATTTACT-T-CTCT--A-TGT---C-C--ATGATACA-A-AAG-TCATATACGTTTGAACTCACCATT-TTA-TATTTAAACAGTTA--AG------T---GTTTGTT--G
gi|158339 : TTC-ATAT------T-TCTT-A-GGTGT----GTTGTT--AAC-TTATTCCAGAAG-GTT-T-GCGC-ATGT--AT----ACATTCTCCAAAAAAGG-TGATTTATTGT-TTCT--G-TAT-A-CAT--AT--TGCA-A-AAA-TTGCAAAGGTTTGAATGTACTAAA-TTA-CAGTT---CA-AAA--GAG--ATGT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTGG-TACTGGAAGT-TAT----TT-ATTTT
gi|158340 : TTT-GT-T------C-ATTA-A-AGAAT----GACTTT--AAC-TCAACTCAAAAT-CTT-T---AA-ATGAGCAT----ACATTC-CCAAAACAAG-TGACTTATAGT-TTCG--A-TAT-T-CAT--AC--TACA-A-AAA-TCACAAAGATTTCAATTTGTTAAA-TTT-TGTTT---CA-TTA--ATA--GTTA---ATTTGTT--GAAATTATT----T-GATGTAAAA----CTTG-TATTGAGAGT-TCC----TTAATTTT
gi|158341 : TAT----GTTGTT--GAC-TTATTCCAGAAA-GTT-T-GCGC-GTGT--AT----ACATTC-CCAAAAAAAGGTGATTTATTGT-TTCT--A-TAT---C-C--ATATTGCA-A-AAAATTGCAAAGGTTTGAATTGACTAAA-TTA-CATTT---CA-TAA--AAG--ATTT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAAT-TTC----TT-ATTTT
gi|158342 : C-TGAGTCCAAAAG-GCT-C-TTAC-GTAG--TG----ACATTT-CCAAAATAAA-TGTTCTAAAGT-TTTTGGA-TAT-C-T-C---T--CACA-A-AAT-TCACATAGACTTGAGTTAACTATT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAA--ACTT---GTTAGTA--GGTGAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158343 : -TCATTTCAAAAG-GCT-C-TTAC-AAAA--TG----ACATTC-CCAAAACAAA-TATTTTATAGT-TTCC--G-TAT-G-T-CT-AT--CGCA-A-AAC-TCACATAGACTTGAATTAACTATT-TTA-CATTTA--TA-TAA--AAA--ACTG---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTA-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158344 : -TCTGTCCAAAAA-GTT-C-TTAC-AAAA--TG----ACACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATAGT-TTCA--G-GAT-G-T-CT-AT--CACA-A-AAA-TCACATAGACTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAA--ACTG---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158345 : -TCTGTCCAAAAA-GTT-C-TTAC-AAAA--TG----ACACTC-CCAAAACAAG-TGTTTCATAGT-TTCA--G-GAT-G-T-CT-AT--CACA-A-AAA-TCATATAGACCTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAA--ACTG---GTTAGTA--GGTAAAATTATCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAACTTT
gi|158346 : -TCTGTCCAAAAA-GTT-C-TTAC-AAAA--TG----ACACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATAGT-TTCA--G-GAT-G-T-CT-AT--CACA-A-AAA-TCACTTAGACTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT---AG-ATA--AAA--ATTG---GTCAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATG-ATC----TTAGTTTT
gi|158347 : GTCCAAAAA-TGT-T-GTAC-ATGA--GC----ACAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACTGT-TTCT--A-CAT-G-CAT--AT--TGCA-G-AAT-TGACATAAACTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT---GT-GTA--AGA--ATTT---ATTTGTG--GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAA
gi|158348 : GTCCAGAAA-TGT-T-GTAC-ATGA--GC----ACAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACTGT-TTCT--A-CAT-G-CAT--AT--TGCA-G-AAT-TGCCATAAACTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT---GT-GTA--AGA--ATTT---ATTTGTG--GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTGTTGTTGTATGT-TTCATGTTTAAGTTT
gi|158349 : TCCAAAAA-TGT-T-GTAC-ATGA--GC----ACAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACTGT-TTCT--A-CAT-G-CAT--AT--TGCA-G-AAT-TGACATAAACTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT---GT-GTA--AGA--ATTT---ATTTGTG--GTTAAAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAA
gi|158350 : TCAAGAAC-ATT-T-GAAT-TTGA---------CATTC-CCAAAATAGG-TG-TTTATTACATTCT--A-CAT---C-C--ATAATGCA-G-AAA-TCACACAAACTTGTGTT-ATTAATATTA-CATTT---AAATAG--AAGTTAGTT---GTTTG----AG-ATTATTCTCCG-CAAGT---A----TTTA-TATTG-AATTGCTC----TTAATTTT
gi|158351 : CCAGAAT-GTT-T-GTAT-ATGA--AA----ACATTT-CCAAAATAAA-TGGTTCACAGT-TTCC--A-TAT---C-C--AT--TACACATAAA-TCACA
gi|158352 : CCAGAAA-GTT-T-GTGT-ATGA--AC----ACATTC-CCAAAATAAA-TATTTAATTGT-TTCT--G-TGC---C-C--ATAGCATA-A-AAC-ACACATAG-TTCGGAT
gi|158353 : -T-GTAT-GTGA--TT----GCATTC-CCAGAACGTA-TGAGAAACTGT-GTCT--A-TAT-T-CAT--AT--TACA-A-AAG-TCAAATAGATTCGAGTTAGCAAGT-TTG-CATTTA--TA-TGATAATA--A------GTTAGTC--GATACAACACACAT-TATAT---A----TTTG-TATTGGAATT-TTC----TCAGTTT
gi|158354 : CATTC-CCAGAATAAA-TGATTTACTGT-CTCT--A-TGT---C-C--ATGTTACA-A-AAG-TCACATAAGTTTGAATTCACTATT-TTA-TATTT-------AA--ACA--GTTTAGTGTTTTTT--GCTACAATTCTAAG-AATAT---A----TTTG-TGTTGGCAGT-TTC----TTAATTTT