lowQualScore : 111 111 33333333333333333333 1 8888888888888888888888888888 111111111 33333333333333333333333 1111111111 22222222 111111111 222222222 11
lowQualScore : 444 22 222 66 1 88888888 11 1 6666666666 66666666666666666666 222 11 1 33333 222 33 33333 3 888 1 666666 22 22 222 4444444 2 33 3 8888888888888888888888888888 0 1 7777777777 2 44444 1 3333 555555555 4444 22 333 666 2 00000000000000000000000 33 5 5 33 2 0000000000 0 22222222 7 2 7 777777 2 2 5555 555555555 2 888888888 555 55 2 555 2 3 3
lowQualScore : ... .. ... .. . ........ .. . .......... .................... ... .. . ..... ... .. ..... . ... . ...... .. .. ... ....... . .. . ............................ . . .......... . ..... . .... ......... .... .. ... ... . ....................... .. . . .. . .......... . ........ . . . ...... . . .... ......... . ......... ... .. . ... . . .
lowQualScore : 222 88 888 11 5 44444444 99 4 0000000000 44444444444444444444 444 99 4 44444 444 66 66666 0 777 5 999999 00 00 666 8888888 4 22 1 2222222222222222222222222222 7 7 3333333333 3 33333 7 7777 000000000 0000 66 333 000 0 66666666666666666666666 44 0 0 44 5 3333333333 1 88888888 6 9 9 777777 7 7 7777 333333333 9 999999999 000 77 7 000 9 1 6
consensus : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATGACGTCA-----------GN-------TT---GTATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----TCAAGA-GCG--GATCCA-G--NA-TGT--AGC--TA---A-------ATACTGGTGAC-ATTG---AT----AATACT------------CTGAAT-AGT----------TGGAAA-----TA-T----T---T----NA----AG--T---CA---G-A------NAAT--------A---TAA--T-T-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTAACC--C-T---AATAGTTGAA-TTTGTTAGTGGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
Reference ( gi|108997 ) : AAAATACA---AT--TCACCCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATGACGTCA-----------TT-------TT---GTATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----TCAAGA-GCA--GATCCA-G--CA-TGT--AGC--TA---A-------ATACTTGTGAC-ATTG--CATT---AATAGT------------CTGAAT-AGT----------TGGAAA-----TA-T----T---T----AA----AG--T---CA---G-A------TTAT--------A---TAA--T-T-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTAACC--C-A---AATAGATGAA-TTTGTTGGTGGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108999 : AAAATACA---AT--TCACCCATTTTTGACAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AA----------AATGACGTCA-----------TG-------TT---GTATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTCTGA-----CCAAGA-GCG--GATCCA-G--CA-TGA--CGC--TA---A-------ATACTGATGAT-ATTG-----------TACT------------TTGAAT-AGT----------TGGAAA-----TA-T----T---T----AA----AG--T---CA---G-A------TAAT--------A---TAA--T-T-A--TGAA-GG----------TTAGAAATGTAACC--C-T---AATAGATGAA-TTTGTTTTTGGAGAACAGACA------TACAAATACTAC-G--A----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|109001 : AAAAAAAA---GT--TCACCCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA--TTAT----------AATGACGTCAGGTTGGTCATGTTGGTCATGTT---GTATA--CGTATTGGCATTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----TCAATA-GTG--GGTCCA-G--CA-TGT--AGC--TA---A-------ATACTGGTGAC-ATTG-----------TACT------------TTGAAT-AGT----------TCGAAA-----TA-T----T---T----AA----AG--T---CA---G-A------TAAT--------A---TAA--T-T-A--TGAA-GG----------CTAGGAATGTAACC--C-T---AATAGATGAA-CTTGTTAGTGGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATGATTAAGTG-AGATGAAAA-ACTTT-CACTTCTt
gi|108998 : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATGACGTCA-----------GG-------TT---GTATA--CGTATTGGCGCTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----TCAAGA-GCG--GATCCA-G--CA-GGT--AGC--TA---A-------ATACTGGTTAC-ATTG-----------TACT------------TTGAAT-AGT----------TGGAAA-----TATT----T---T----TA----AG--T---CA---G-A------GAAT--------A---TAA--T-T-A--TGAA-GG----------ATAGGAATGTAACC--C-T---AATAGATTAA-TTTATTAGTGAAGAACAGACA------TACAAAGGCTAA-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCATTTCACACCTCTGTT--AAAA-TGCAGCGAAAGTATGAATA---ATTTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCTt
gi|109004 : AAAATACA---AT--TCAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATGACGTCA-----------GG-------TT---GTATA--CGTATTGGCGTTGATG-T-----AGC---T-GTTTTGA-----CCAAGA-GCG--GATCCA-G--CA-TGT--AGC--TA---A-------ATACTGGTAAC-ATTG--TACTTTGAATAGTGATCATTGTACTTTGAAT-AGTGATCAATAGTCGGAAA-----TA-T----T---T----TA----AG--G---CACA-G-A------ACAT--------AAATTAA--T-T-A--TAAA-GG----------TTAGGAATGTAACC--T-T---AATAGTTGAA-TTTGT--ATGGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----ACAT------AA-A---------A---TGTTTTTCACACCTCTGTTTAAAAA-TGCAATGGAAGTATGAACG---AGGTG-AGGGGAAAA-ACTTC-TACTTCTt
gi|109002 : AAAATTAA---AT--TAAACTATTTCCCGCAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AA----------AATGACGTCA-----------GG-------TT---GTACA--CGTATAGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----TCAAGA-GCG--GATCCA-G--CA-TGT--AGC--TT---A-------ATACTGGTGAC-ATTG--TACT----------------------TTAAT-AGT----------TGGAAA-----TA-T----T---T----CA----AG--T---C---------------AT--------A---GAA--TAT-A--TGAA-GG----------TTGGGAATGTAATC--A-T---AATAGTTGAA-TTTGTTAGCAGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACTGCTCTGTTAAAAAA-CGCAGTGCAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTCAAAC-ACTTT-TAt
gi|109003 : AAGATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACAGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATGATGTCC-----------GG-------TT---GTATA--CGCATTGGCATTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----ACAAGA-GCG--GATCCA-G--AA-TGT--AGC--TG---A-------ATACTGGTGACAAATG--TAT---------T------------TTGAAT-AGA----------TGGAAA-----TT-T----T---T----TA----AG--T---CA---G-A-----------------------AG--T-T-AGGTGAA-GG----------TTAGGAATGTAGGC--T-T---AATAGTTGAA-ATTGTTAGTGGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-GA----A---------AA-AAAATTGAATA---TGCTTTTCACACCTCTGTTAAAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATA---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTT
gi|109000 : AAAATACA---AT--TAAACCAATTTCTACAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATGACGTCA-----------GG-------TT---GTATA--CATATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTCTGA-----TCAAGA-GCG--TATCCA-G--CA-TGT--AGC--TA---A-------ATACTGGTGAC-ATTG-----------TACT------------TTTAAT-AGC----------TGGAAA-----TA-T----T---T----TA----AG--T---CA---G-A------GAAT--------G---TAA--T-T-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTAACC--G-T---AATAGCTAAA-TTGGTTAGTGGAGAACAGAAA------TACAAAGGCTAC-GAAA----A---------AA-A---------A---TGCTTTGCACACCTCTGTA-AAAAA-
gi|109005 : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAAC----A--T-GT----G---TA--T-AT----------AATGACGTCA-----------GG-------TT---GTATA--CGTATTTGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----TAAAGA-GCG--GATCCA-G--CA-TGT--AGC--TA---A-------ATACTGGTGAC-AGTGTACATTG--AAT-------------------AT-AGT----------TGG-AC-----TA-T----T---T----TA----GG--T---CA---G-A------GAAT--------A---TAA--T-T-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTTACC--CTATATAATAGTTGAA-TTTGTTAGTGGAGAACAGACA------TACAAAGGATAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TG--------------------------CAGTAAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCTa
gi|109006 : AAAATACA---GT--TAAACCATTT-CCACAACTGATA--T-GA----T---TA--T-AT----------AATGACGTCA-----------GG-------TT---GTATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----TCAAGA-GCG--GGTCCA-G--CA-TGT--AGC--TA---A-------ATACTGGTGAC-ATTG-----------TACT------------TTTAAC-AGT----------TGGAAA-----TA-T----T---T----TA----AG--T---CA---G-A------GAAT--------G---TAA--T-T-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA
gi|109007 : AAAATGTA---AC--TAAACCATTTCCCACAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATAACGTCA-----------GG-------TT---GTATA--CGTATTGGCGTTGGTG-A-----CGT---T-GTTTTGA-----GCAAGA-GCG--GATCCA-G--AA-TGT--AGC--TA---A-------ATACTGGTGAC-ATTG-----------TACT------------TTGAAT-AGC----------TGGAAA-----TA-T----T---T-----A----AG--T---CA---G-A--------A--------------AA--TGT-A--TGAA-GG----------TCAgaaaaggctttgcacacctctgttaaaaaatgcagcgaaagtatgaatgatgtgaggtgaaaaacttttttttctt
gi|109008 : AAAATATA---AT--TAAACCATTTTCCACAAATGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATGACTTCT-----------TG-------TT---GTATA--TGTATTGGC--------------CGT---T-ATGCTGA-----TC--GA-GTG--GATCCA-A--AA-TGTAGAGC--TA---A-------ATACTGGTGAC-ATTT--CAC---------T------------CTGAAT-AGT----------TGGAAA-----TA-T----T---G----TA----AG--T---TG---G-T------TCGT-----------------------------GG----------TTAGAAATGTAAGC--C-T---TATAGTGGAA-TTGGTTCTTGGAGA
gi|109009 : AAAATACAT--AC--TTAACCATTCTCCACAACAGACG--T-AT----C---AA--T-AT----------AGTGATGTCA-----------AT-------TT---ATGTA--CATATGGACGTTGATA-A-----TGT---C-CATTTGC-----TCAAAT-TCA--AATCAAGG--CA--GT--AGT--TG---A-------ATACTGGAGAA-AT----CA-----AACA-----------------------T----------TAAAAA-----TA-T----T---TACC-AA----AG--T---CACTGG-A------TTCT--------A---TAA--T-TCA--T----TG----------TTAGGAGTGTAActtcacacctctgttataacgcagtgaaagttttaatgaagtgtaggtggggaaccttatac
gi|109010 : AAAATACAT--AC--TGAACCATCCTCCACAACTGATA--T-GT----C---TA--T-GT----------AATAACATCA-----------AC-------TT---TTAAA--CGTTTTGATGTTGATG-A-----GAC---A-ATTTTG------TTAA-A-GCATGGATCCA-G----------------A---G-------GTACATGTG----CTG---GTG---AA-ACT------------CTGAGT-GGT----------TA----------A-T----T---T----AA----AGCAT---CT---A-A------TTAT--------
gi|109013 : AAATACA---AT--TAAAACACTTTC-ACAACTGATA--C-GT----T---TA--T-AT----------AATGACGTCA-----------GG-------CT---GTATA--CGTACTGGCATTGATG-A-----CAT---T-ATTTTGA-----TCAAGA-GCG--TATCCA-G--CA-TGT--AGC--TT---A-------ATACTGGTGAC-AATG-----------TACT------------TTGAAT-AGT----------TGGAAA-----TA-T----T---A----TA----AG--T---CA---A-A------GAAT--------A---TAC--T-T-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTAACC--C-T---AATAGTTGAA-TATGTTAGTGGAGAAAAGCCA------TACAACGGCTAC-G-AA----A---------AA-AATAGAT---A---TGCTTTTCACACCTCTGTTAAAAAA-TGCATTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGATGAAAA-ACTTC-TA
gi|109014 : AAATATA---AT--GAAAGCATTTTCCACAACTAATT--T-GT---------A--A-AC----------AATGACGTCAGATTGTTTGT-TT-------TT---TTATA--CGCATTGGCGTTGATT-A-----TGT---T----TTGA-----TCAAGA-GCG--GATCCA-G--AA-TGT--AGC--TA---A-------ATACTTGTGAC-ATTG--CAC---------T------------CTGAAA-AGT----------TCGAAA-----TA-T----T---T----TA----AG--T---GA---G-A------GAAT--------A----------T-A--TGAA-GGCAATTCATCTTTAGGAATGTAGGC--C-C---AACAGTTGAA-TTTGTTAGTGGAAAACACACATATATCTACAATGGCCAA-G-AA----A---------AA-ATATGAAT--A---TGCCTTTTACACCTCTCTT--AAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGGGA
gi|109016 : AAATACATA-ATAATGAATCGTTTTCTTCAATTGATA--T-GTGT--C---TA--A-AT----------AATGACGTCA-----------CA-------TT---GTTTA--CATGTTGATGCTGATG-ACTTCGCAT---T-GTTTTGC-----TCAAGT-GCA--GATCAA-G--GA-GGT--GACAGTG---A-------AT-CATAAAAC-A-----CATT---TAT----------------TAAA--AGC----------TGCAAATTCTTTA-T----T---A----AA----GA--TATGCA---G-G------TGAT------------TCA--T-C-A-------------------TTAGGAAT--------C-G---AACAAACGGA-ATTATTACAGGAGAACGGACA------TTCAAAGGTTAC-A-AA----A---------
gi|109015 : AAATATA---AT--TAAATTATTTTCCACTAATGATG--T-GT---------A--T-AT----------AACGACATCA-----------GC-------TT---GTATA--TGCTTTGGCGTCGATA-A-----CGT---T-CTTTAGA-----TCAAGT-GT-------------CA-T-T--AAA--AA---AAAAACGCATATCGGTGAC-ATTG-----------TACT------------CTGAAT-AGT----------TTGAA
gi|109018 : AAATACATATAC--TGAACAGTTCTTCACAACTGATG--C-AT----T---GA--T-AT----------AATGACATCAG----------TT-------TTAAAATATA--TGCATTGACATTGATG-A-----TGT---T-
gi|109019 : AAATACAT--AT--TTAACCATTCTCCACAATTCATA--T-TT----TTTCTG--T-AT----------AATGATGTCA-----------GT-------CT---A-AAA--CATAATGATATTGATG-G-----TGT---CAATATTGC-----TCACAC-GC---GGTCAA-G--GA-GGT--AGT--TAGTTG-------ATACTttaaaaaagctga
gi|109021 : AATGCAT--AC--TGAACCATTATCTACAATTATTA--T-GT----G---TA--T-ATCACTCTGTATGATGATGTCA-----------GT-------TT---ACATA--CATATTGACGTTGGCG-A-----TAT---T-GTTATGC-----T--ACA-GCAACGATCCT-G--GA-GGT--AGT--TA---A-------CTTTTGGTGA--A------ATT---AAAAA-------------CTGAGA-ACT----------TAAAAA-----TA-T----TTACT----AA----AG--T---TA---G-
gi|109022 : ACCTATTCTTCACAATTCGTACTT-GT----T----A--T-AT----------AATGGTGTCA-------------------------GTCTA--A--AATGACGTTGATG-A-----TGT---C-AATAT-A-----CCAAGACGTG--GGTCCA-G--GG-GAT--ACT--TA---A-------ATGCCAGTGAA-ATTA---A-----AATAGA------------GTTAATAAGT---------------A-----TA-T----T---TTATAAA----AG--T---CA---G-
gi|109012 : taCCATTCTCCATAACTGATA--T-GT---------A--T-AT----------AATGATGGCG-----------GT-------TT---ATATA--TGTATTGACATTGGTG-A-----CAC---T-GTTCTGA-----
gi|109011 : aaaatatgtagtgagCCATTCTCTACAGCTAATA--T-ATGTATC---TA--T-GT----------AATGACGT-----------------------T---GTATATTCATATTGACATTTATG-A-----TGT---C-GATTTGC-----TCAAGA-GTG--AATTAA-G--GA--GT---GC--TA---C-------AT-----TGGC-A------A-----AAT----------------TAAGT-AGT----------TAAAAA-----TA-TCAACT---T-----A----AG--T---CA---
gi|109023 : aaattgcatactaaaCCATTCTCCACTATCAATACTT-GT----T----A--T-TT----------AATGACATTG-----------GT-------CT---GTAGA--CATAATGTTGTTGATG-A-----CGTCGAT-AT----A-----CTAAGGCGTG--GATCCA-G--AA-GGT-------TA---A-------ATAGCAGTGAA-AT------TT---AAC--T------------CTTAGT-AGT----------T--AAA-----TA-T----ataa
gi|109020 : CCATTCTCCATAATTCATGCTT-GT----G---TA--T-AT----------AATGACACTA------------G-------TT---ATATA--C--ATTA----TGATGCA-----AGT---C-CCACTGATACGCTCAAGT-GCA--GATCCA-G--TT-CG---AGT--TA---A-------ATACTGGTGAA-ATTgtt
gi|109017 : aaatttaatatggaATTCTCCACAATTCATG--TAGA----T---CAAAT-AT----------AATGACATCA-----------GT-------TT---ACATA--TATGTCGAAATTGATG-A-----TGT---T-GGTTTGC-----TCAGGT-GTA--GATCTT-G--GG-GGT--AGT--TA---A-------ATACCGGAGA--A------ATT---AA-ACT------------CCCAGT-TGT----------TAGAAA-----TA-T----T---T----A
gi|109024 : aaatacatacagaacaAACTG-----T-GT----T---TA--T-AT----------AATGATGTCA-----------GC-------TT---ACATA--GGTGTTGACATTAATG-A-----CAG---T-CTTTTGT-----TCAAGC-ACA--AATCCT-G--GA-GGA--AGT--TA---A-------AAA---GT-----CTG--C------------------------CAGAGT-AGT----------T-AAAA-----TA-T----TAACT----AA----AG--C---CA---G-cttaactca
gi|109025 : ----T---CA--T-AT----------AATGATATCA-----------GC-------TC---ATATT--CATAT--ACGTTT-TG-G-----CGT---T----TTGA-----TCAGGC-CCG--GATCCA-GATCATTGT--A-----A---A-------ATACCAGTGAA-ATTG---ATT---AATAAT------------C----T-AGT----------TAGAAA-----TA-T----C---T----AGCTATAG--T---TA---GCAAATGCTTTATTTCAAGAAA---TAAAGT-TAA--TGCATTG----------TTAGGAGTGTAAC---------AATA
gi|109026 : ---TA--T-AT----------AATGATGTCA-----------GT-------TT---ATACA--CATATTAACATTGATG-A-----CAT---C-GGTTTGT-----CTAGGA-GCG--GGTGTA-G--GC-GAT--AGT--TA---A-------ATA
gi|109028 : ----------TTAGGAATGTAGGCATT-A---A--AGTTAAA-TTTGTTAGTGGAAAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AACA---------ATTTTGCTTT-------TCTGTTAAAAAA-AGCAGTCAAACTATGAATG---AAGTG-GGG-GAAAACACATT-
gi|109027 : ATGAAATTTCCTAGTGGAGAACAGACA------TACTATTGCTAC-G-AA----ATTTTTTTTGAA-T---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT--AATA-TACAGTGAAAGTATGATTG---AAGTG-A---GAAAA-A
gi|109029 : gataataaataccaattatgatggtaattcattgttaggaCA------AACAAGGATTTCAG-TA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TTCAGTGGATGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|109006 : ------TATGAAGGTTAG-G-AATGTAG---------AA-A---------A---GGCTTTGCACACCTCTGTT-AAAAAATGCAGCGAAAGTATGAATG---ATGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TTTTTCTt
gi|109008 : aaaatacagttaaaccatttccacaactgatatgattatataatgacgtcaggttgtatacgtattggcgttgatgacgttattttgatcaagagcgggtccagcatgtagctaaatactggtgacattgtacttttaacagttggaaatattttaagtcagagaatgtaatTTCACACCTCTGTT-ATAA--CGCAGTGAAAGTTTTAATG---AAGTGTAGGTGGGGA-ACCTTATACt
Alignments
lowQualScore : 111 111111111111111111 666666666666666666666666 11111111111111 11111111111111 222222222 11
lowQualScore : 666 33 0 55 1 77777777 7777777777 1 2 222222222222222222 5555555555 11 1 33333 222 33 33333 1 2 1 444 66 22 222 0 555555555555555555555555 44444 1 44444 22 77777777777 1 7777777777 0 1 1 333 333 99999 333 4 2 00000000000000 6 22 2 9999999999 2 5555 0 33 2 2 777777 2 2 44444444444444 2 777777777 444 22 2 444 2 2 3
lowQualScore : ... .. . .. . ........ .......... . . .................. .......... .. . ..... ... .. ..... . . . ... .. .. ... . ........................ ..... . ..... .. ........... . .......... . . . ... ... ..... ... . . .............. . .. . .......... . .... . .. . . ...... . . .............. . ......... ... .. . ... . . .
lowQualScore : 222 77 7 99 4 88888888 7777777777 3 8 777777777777777777 8888888888 88 3 33333 333 66 33333 4 8 4 444 00 00 555 6 000000000000000000000000 22222 1 22222 33 99999999999 7 3333333333 2 7 7 000 222 99999 333 5 0 33333333333333 3 99 2 2222222222 1 0000 1 44 5 5 222222 5 5 77777777777777 7 000000000 777 77 5 777 7 9 3
consensus : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGNTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAG--NA-TGT--AGCTA---AATACTGGTGACATTG------------A-T---------AC-----TCT-----GA--A-----------T-AGT----------TGG-AAATA-T---T---T----TAAGTCA---GAGA-AT----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
Reference ( family-612 ) : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGNTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAG--NA-TGT--AGCTA---AATACTGGTGACATTG--------A-T-AAT---------AC-----TCT-----GA--A-----------T-AGT----------TGG-AAATA-T---T---T----NAAGTCA---GANA-AT----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108997 : AAAATACA---AT--TCACCCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCATTTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CAGATCCAG--CA-TGT--AGCTA---AATACTTGTGACATTGC-------A-TTAAT---------AG-----TCT-----GA--A-----------T-AGT----------TGG-AAATA-T---T---T----AAAGTCA---GATT-AT----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----AAATAGATG--AATTTGTTG-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108998 : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGCTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAG--CA-GGT--AGCTA---AATACTGGTTACATTG--------------T---------AC-----TTT-----GA--A-----------T-AGT----------TGG-AAATATT---T---T----TAAGTCA---GAGA-AT----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------ATAGGAATGTA-ACCC----TAATAGATT--AATTTATTA-GT-GAAGAACAGACA------TACAAAGGCTAA-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCATTTCACACCTCTGTT--AAAA-TGCAGCGAAAGTATGAATA---ATTTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108999 : AAAATACA---AT--TCACCCATTTTTGACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-AAAATGACGTCATGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTCTGA-----C-CAAGA-G-CGGATCCAG--CA-TGA--CGCTA---AATACTGATGATATTG--------------T---------AC-----TTT-----GA--A-----------T-AGT----------TGG-AAATA-T---T---T----AAAGTCA---GATA-AT----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGAAATGTA-ACCC----TAATAGATG--AATTTGTTT-TT-GGAGAACAGACA------TACAAATACTAC-G--A----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCTt
gi|109000 : AAAATACA---AT--TAAACCAATTTCTACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CATATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTCTGA-----T-CAAGA-G-CGTATCCAG--CA-TGT--AGCTA---AATACTGGTGACATTG--------------T---------AC-----TTT-----TA--A-----------T-AGC----------TGG-AAATA-T---T---T----TAAGTCA---GAGA-AT----GT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCG----TAATAGCTA--AATTGGTTA-GT-GGAGAACAGAAA------TACAAAGGCTAC-GAAA----A---------AA-A---------A---TGCTTTGCACACCTCTGTA-AAAAA-t
gi|109001 : AAAAAAAA---GT--TCACCCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------TTATAATGACGTCAGGTTGGTCATGTTGGTCATGTTGT----------ATA--CGTATTGGCATTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAATA-G-TGGGTCCAG--CA-TGT--AGCTA---AATACTGGTGACATTG--------------T---------AC-----TTT-----GA--A-----------T-AGT----------TCG-AAATA-T---T---T----AAAGTCA---GATA-AT----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------CTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGATG--AACTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATGATTAAGTG-AGATGAAAA-ACTTT-CACTTCTa
gi|109002 : AAAATTAA---AT--TAAACTATTTCCCGCAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-AAAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ACA--CGTATAGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAG--CA-TGT--AGCTT---AATACTGGTGACATTG--------------T---------AC-----TTT------A--A-----------T-AGT----------TGG-AAATA-T---T---T----CAAGTCA---TAGA-AT----A----------T-A--TGAA-GG----------TTGGGAATGTA-ATCA----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GC-AGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACTGCTCTGTTAAAAAA-CGCAGTGCAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTCAAAC-ACTTT-TAt
gi|109003 : AAGATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACAGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGATGTCCGGTT------------------GT----------ATA--CGCATTGGCATTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----A-CAAGA-G-CGGATCCAG--AA-TGT--AGCTG---AATACTGGTGACA--A--------A-T--GT---------AT-----TTT-----GA--A-----------T-AGA----------TGG-AAATT-T---T---T----TAAGTCA---GA------------AG-----TT-AGGTGAA-GG----------TTAGGAATGTA-GGCT----TAATAGTTG--AAATTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-GA----A---------AA-AAAATTGAATA---TGCTTTTCACACCTCTGTTAAAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATA---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTT
gi|109004 : AAAATACA---AT--TCAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-T-----AGC---T-GTTTTGA-----C-CAAGA-G-CGGATCCAG--CA-TGT--AGCTA---AATACTGGTAACATTGTACTTTGAA-T-AGTGATCATTGTAC-----TTT-----GA--A-----------T-AGTGATCAATAGTCGG-AAATA-T---T---T----TAAGGCA---CAGA-AC----AT-AAATTAATT-A--TAAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCT----TAATAGTTG--AATTTGT---AT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----ACAT------AA-A---------A---TGTTTTTCACACCTCTGTTTAAAAA-TGCAATGGAAGTATGAACG---AGGTG-AGGGGAAAA-ACTTC-TACTTCT
gi|109005 : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAAC----A--T-GT----G---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTTGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-AAAGA-G-CGGATCCAG--CA-TGT--AGCTA---AATACTGGTGACAGTG--------------T---------AC-----ATT-----GAATA-----------T-AGT----------TGG--ACTA-T---T---T----TAGGTCA---GAGA-AT----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTT-ACCCTATATAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGATAC-G-AA---------------------------------------------------AAAAA-TGCAGTAAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCTt
gi|109006 : AAAATACA---GT--TAAACCATTT-CCACAACTGATA--T-GA----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGGTCCAG--CA-TGT--AGCTA---AATACTGGTGACATTG--------------T---------AC-----TTT-----TA--A-----------C-AGT----------TGG-AAATA-T---T---T----TAAGTCA---GAGA-AT----GT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-
gi|109006 : TGTA-CTTT----TAACAGTTGGAAATATTTTAAGTCAGAGAATGTAAT------TATGAAGGTTAG-G-AATGTAG---------AA-A---------A---GGCTTTGCACACCTCTGTT-AAAAAATGCAGCGAAAGTATGAATG---ATGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TTTTTCTgaaaaggctttgcacacctctgttaaaaaatgcagcgaaagtatgaatgatgtgaggtgaaaaacttttttttctt
gi|109007 : aaaatacagttaaaccatttccacaactgatatgattatataatgacgtcaggttgtatacgtattggcgttgatgacgttattttgatcaagagcgggtccagcatgtagctaaatactggtgacatAAAATGTA---AC--TAAACCATTTCCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATAACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGGTG-A-----CGT---T-GTTTTGA-----G-CAAGA-G-CGGATCCAG--AA-TGT--AGCTA---AATACTGGTGACATTG--------------T---------AC-----TTT-----GA--A-----------T-AGC----------TGG-AAATA-T---T---T-----AAGTCA---GAAA-AT----G----------T-A--TGAA-GG----------TCAt
gi|109008 : AAAATATA---AT--TAAACCATTTTCCACAAATGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACTTCTTGTT------------------GT----------ATA--TGTATTGGC--------------CGT---T-ATGCTGA-----T-C--GA-G-TGGATCCAA--AA-TGTAGAGCTA---AATACTGGTGACATT-----------T---C---------AC-----TCT-----GA--A-----------T-AGT----------TGG-AAATA-T---T---G----TAAGTTG---G-----T--------------TC-G--T----GG----------TTAGAAATGTA-AGCC----TTATAGTGG--AATTGGTTC-TT-GGAGA
gi|109008 : TTCACACCTCTGTT-ATAA--CGCAGTGAAAGTTTTAATG---AAGTGTAGGTGGGGA-ACCTTATACcttcacacctctgttataacgcagtgaaagttttaatgaagtgtaggtggggaaccttatac
gi|109009 : aaaatataattaaaccattttccacaaatgatatgtttatataatgacttcttgttgtatatgtattggccgttatgctgatcgagtggatccaaaatgtagagctaaatactggtgacatttcactctgaatagttggaaatattgtaagttggttcgtggttagaaatgtaagccttatagtggaattggttcttggagacAAAATACAT--AC--TTAACCATTCTCCACAACAGACG--T-AT----C---AA----------T-ATAGTGATGTCAATTT------------------AT----------GTA--CATATGGACGTTGATA-A-----TGT---C-CATTTGC-----T-CAAAT-T-CAAATCAAG--GC-AGT--AGTTG---AATACTGGAGA-----------------AAT------------------C-----AA--A-----------C-A-T----------TAA-AAATA-T---T---TACC-AAAGTCACTGGATT-CT----AT-AA-----TTCA--T----TG----------TTAGGAGTGTA-A
gi|109010 : AAAATACAT--AC--TGAACCATCCTCCACAACTGATA--T-GT----C---TA----------T-GTAATAACATCAACTT------------------TT----------AAA--CGTTTTGATGTTGATG-A-----GAC---A-ATTTTGT-----T-AAAGC-A-TGGATCCAG---A-GGT--A--CA---TGTGCTGGTGA-A---------------------------AC-----TCT-----GA--G-----------T-GGT----------TA------A-T---T---T----AAAGC----------AT----CT-AA-----TT-A--T
gi|109011 : AAATTGCAT--AC--TAAACCATTCTCTACAGCTAATA--T-ATGTATC---TA----------T-GTAATGACGT-----T------------------GT----------ATATTCATATTGACATTTATG-A-----TGT---C-GATTTGC-----T-CAAGA-G-TGAATTAAG--GA--GT---GCT--------------ACATTG--------G-C-AAA---------A-------TT-----AA--G-----------T-AGT----------TAA-AAATA-TCAAC---T----TAAGTCA----ATA-A
gi|109012 : AAAATATGT--AG--TGAGCCATTCTCCATAACTGATA--T-GT---------A----------T-ATAATGATGGCGGTTT------------------AT----------ATA--TGTATTGACATTGGTG-A-----CAC---T-GTTCTGA-----
gi|109013 : AAATACA---AT--TAAAACACTTTC-ACAACTGATA--C-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGCT------------------GT----------ATA--CGTACTGGCATTGATG-A-----CAT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGTATCCAG--CA-TGT--AGCTT---AATACTGGTGACAATG--------------T---------AC-----TTT-----GA--A-----------T-AGT----------TGG-AAATA-T---T---A----TAAGTCA---AAGA-AT----AT-AC-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATATGTTA-GT-GGAGAAAAGCCA------TACAACGGCTAC-G-AA----A---------AA-AATAGAT---A---TGCTTTTCACACCTCTGTTAAAAAA-TGCATTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGATGAAAA-ACTTC-TA
gi|109014 : AAATATA---AT--GAAAGCATTTTCCACAACTAATT--T-GT---------A----------A-ACAATGACGTCAGATT------------------GTTTGTTTTTTTATA--CGCATTGGCGTTGATT-A-----TGT---T----TTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAG--AA-TGT--AGCTA---AATACTTGTGACATTG--------------C---------AC-----TCT-----GA--A-----------A-AGT----------TCG-AAATA-T---T---T----TAAGTGA---GAGA-AT----A----------T-A--TGAA-GGCAATTCATCTTTAGGAATGTA-GGCC----CAACAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAAAACACACATATATCTACAATGGCCAA-G-AA----A---------AA-ATATGAAT--A---TGCCTTTTACACCTCTCTT--AAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGGGA
gi|109015 : AAATATA---AT--TAAATTATTTTCCACTAATGATG--T-GT---------A----------T-ATAACGACATCAGCTT------------------GT----------ATA--TGCTTTGGCGTCGATA-A-----CGT---T-CTTTAGA-----T-CAAGT-GTC--ATTAAA--AA-AAA--AAC-G---CATATCGGTGACATTG--------------T---------AC-----TCT-----GA--A-----------T-AGT----------TTG-AA
gi|109016 : AAATACATA-ATAATGAATCGTTTTCTTCAATTGATA--T-GTGT--C---TA----------A-ATAATGACGTCACATT------------------GT----------TTA--CATGTTGATGCTGATG-ACTTCGCAT---T-GTTTTGC-----T-CAAGT-G-CAGATCAAG--GA--------------------GGTGACAGTGAATC----A-T-AAA---------ACACATTTAT-----TA--A-----------A-AGC----------TGC-AAATT-C---T---T----TA--TTA---AAGATATGCAGGT-GA-----TTCA--TCA--------------TTAGGAAT-------C----GAACAAACG--GAATTATTA-CA-GGAGAACGGACA------TTCAAAGGTTAC-A-AA----A---------
gi|109017 : AAATACAT--AC--AGAACAATTCTCCACAATTCATG--TAGA----T---CAAA--------T-ATAATGACATCAGTTT------------------AC----------ATA--TATGTCGAAATTGATG-A-----TGT---T-GGTTTGC-----T-CAGGT-G-TAGATCTTG--GG-GGT--AGTTA---AATACCGGAGAAATTA--------A---------------AC-----TCC-----CA--G-----------T-TGT----------TAG-AAATA-T---T---T----
gi|109018 : AAATACATATAC--TGAACAGTTCTTCACAACTGATG--C-AT----T---GA----------T-ATAATGACATCAGTTTTAAA--------------AT----------ATA--TGCATTGACATTGATG-A-----TG-------TTTTAA--------AAAA-G-CTGAacttaactca
gi|109019 : AAATACAT--AT--TTAACCATTCTCCACAATTCATA--T-TT----TTTCTG----------T-ATAATGATGTCAGTCT------------------A-----------AAA--CATAATGATATTGATG-G-----TGT---CAATATTGC-----T-CACAC-G-CGG-TCAAG--GA-GGT--AGTTAGTTGATACT
gi|109020 : AAATTTA---ATA-TGGACCATTCTCCATAATTCATGCTT-GT----G---TA----------T-ATAATGACACTAG-TT------------------AT----------ATA--C--ATTA----TGATGCA-----AGT---C-CCACTGATACGCT-CAAGT-G-CAGATCCAG--TT-CG---AGTTA---AATACTGGTGAAATT
gi|109021 : AATGCAT--AC--TGAACCATTATCTACAATTATTA--T-GT----G---TATATCACTCTGT-ATGATGATGTCAGTTT------------------AC----------ATA--CATATTGACGTTGGCG-A-----TAT---T-GTTATGC-----TACAGCA-A-C-GATCCTG--GA-GGT--AGTTA---ACTTTTGGTGAAATTA--------A-A-AA------------------CT-----GA--G-----------A-ACT----------TAA-AAATA-T---TTACT----AAAGTTA---G
gi|109022 : --TAACCTATTCTTCACAATTCGTACTT-GT----T----A----------T-ATAATGGTGTCAGTCT------------------AA----------A-------AT-GACGTTGATG-A-----TGT---C-AATAT-A-----C-CAAGACG-TGGGTCCAG--GG-GAT--ACTTA---AATGCCAGTGAAATTA--------A---AAT---------AG-----AGT-----TA--A-----------TAAGT----------------ATA-T---T---TTATAAAAGTCA---G
gi|109023 : CCATTCTCCACTATCAATACTT-GT----T----A----------T-TTAATGACATTGGTCT------------------GT----------AGA--CATAATGTTGTTGATG-A-----CGTCGAT-AT----A-----C-TAAGGCG-TGGATCCAG--AA-GGT-----TA---AATAGCAGTGAAATT-----------T-A-----------AC-----TCT-----TA--G-----------T-AGT----------T---AAATA-T---
gi|109024 : AACTG-----T-GT----T---TA----------T-ATAATGATGTCAGCTT------------------AC----------ATA--GGTGTTGACATTAATG-A-----CAG---T-CTTTTGT-----T-CAAGC-A-CAAATCCTG--GA-GGA--AGTTA---AAgtt
gi|109025 : ----T---CA----------T-ATAATGATATCAGCTC------------------AT----------ATT--CATAT--ACGTTT-TG-G-----CGT---T----TTGA-----T-CAGGC-C-CGGATCCAGATCATTGT--A---A---AATACCAGTGAAATTG--------ATT-AAT---------AA-----TCTAGTTAGA--AATATCTAGCTAT-AGT----------TAGCAAATG-C---T---T----TATTTCA---AGAA-AT----AA-AG-----TTAA--TGCATTG----------TTAGGAGTGTA-AC-------AATAaagtctgccagagtagttaaaatattaactaaagccag
gi|109026 : ---TA----------T-ATAATGATGTCAGTTT------------------AT----------ACA--CATATTAACATTGATG-A-----CAT---C-GGTTTGT-----C-TAGGA-G-CGGGTGTAG--GC-GAT--AGTTA---AATA
gi|109027 : A-AT----ACCAA-----TT-A--TGAT-GG----------T----AATTCA-TTGT----TAGGAATGA--AATTTCCTA-GT-GGAGAACAGACA------TACTATTGCTAC-G-AA----ATTTTTTTTGAA-T---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT--AATA-TACAGTGAAAGTATGATTG---AAGTG-A---GAAAA-A
gi|109028 : gataata----------TTAGGAATGTAGGCAT----TAA-AGTTA--AATTTGTTA-GT-GGAAAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AACA---------ATTTTGCTTT-------TCTGTTAAAAAA-AGCAGTCAAACTATGAATG---AAGTG-GGG-GAAAACACATT-
gi|109029 : CA------AACAAGGATTTCAG-TA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TTCAGTGGATGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
Alignments
lowQualScore : 111 111111111111111111 44444444444444444444 11111111111111 11111111111111 222222222 11
lowQualScore : 666 33 0 55 1 77777777 7777777777 1 2 222222222222222222 5555555555 11 1 33333 222 33 33333 1 2 1 444 55 22 22 222 444444 22 5555555 00000000000000000000 1 44444 22 77777777777 22 7777777777 1 3 22 1 333 333 77777777 0 2 333 00000000000000 6 22 2 9999999999 2 5555 0 33 2 2 777777 2 2 44444444444444 2 777777777 444 22 2 444 2 2 3
lowQualScore : ... .. . .. . ........ .......... . . .................. .......... .. . ..... ... .. ..... . . . ... .. .. .. ... ...... .. ....... .................... . ..... .. ........... .. .......... . . .. . ... ... ........ . . ... .............. . .. . .......... . .... . .. . . ...... . . .............. . ......... ... .. . ... . . .
lowQualScore : 222 77 7 99 4 88888888 7777777777 3 8 777777777777777777 8888888888 88 3 33333 333 66 33333 4 8 4 444 11 00 00 555 333333 22 2222222 99999999999999999999 5 22222 33 99999999999 33 3333333333 3 3 33 7 000 000 00000000 1 1 777 33333333333333 3 99 2 2222222222 1 0000 1 44 5 5 222222 5 5 77777777777777 7 000000000 777 77 5 777 7 9 3
consensus : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGNTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAG--NA-NGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-----A-------------TACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
Reference ( family-612 ) : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGNTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAG--NA-TGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-----A-------------TACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108997 : AAAATACA---AT--TCACCCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCATTTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CAGATCCAG--CA-TGT--AGC--TA---AAT------ACTTGTGAC-A-------TTGCATTAA-------------TAGTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---A----AAGTCAGATT-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----AAATAGATG--AATTTGTTG-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108998 : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGCTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAG--CA-GGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTTAC-A-------TTG-------------------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATATT---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------ATAGGAATGTA-ACCC----TAATAGATT--AATTTATTA-GT-GAAGAACAGACA------TACAAAGGCTAA-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCATTTCACACCTCTGTT--AAAA-TGCAGCGAAAGTATGAATA---ATTTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108999 : AAAATACA---AT--TCACCCATTTTTGACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-AAAATGACGTCATGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTCTGA-----C-CAAGA-G-CGGATCCAG--CA-TGA--CGC--TA---AAT------ACTGATGAT-A-------TTG-------------------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---A----AAGTCAGATA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGAAATGTA-ACCC----TAATAGATG--AATTTGTTT-TT-GGAGAACAGACA------TACAAATACTAC-G--A----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCTt
gi|109000 : AAAATACA---AT--TAAACCAATTTCTACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CATATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTCTGA-----T-CAAGA-G-CGTATCCAG--CA-TGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTTT-----TA--A-----------T--AGC----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----GT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCG----TAATAGCTA--AATTGGTTA-GT-GGAGAACAGAAA------TACAAAGGCTAC-GAAA----A---------AA-A---------A---TGCTTTGCACACCTCTGTA-AAAAA-t
gi|109001 : AAAAAAAA---GT--TCACCCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------TTATAATGACGTCAGGTTGGTCATGTTGGTCATGTTGT----------ATA--CGTATTGGCATTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAATA-G-TGGGTCCAG--CA-TGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TCG-AA--ATA-T---T---T---A----AAGTCAGATA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------CTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGATG--AACTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATGATTAAGTG-AGATGAAAA-ACTTT-CACTTCTa
gi|109002 : AAAATTAA---AT--TAAACTATTTCCCGCAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-AAAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ACA--CGTATAGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAG--CA-TGT--AGC--TT---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTTT------A--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---C----AAGTCATAGA-A---T----A----------T-A--TGAA-GG----------TTGGGAATGTA-ATCA----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GC-AGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACTGCTCTGTTAAAAAA-CGCAGTGCAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTCAAAC-ACTTT-TAt
gi|109003 : AAGATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACAGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGATGTCCGGTT------------------GT----------ATA--CGCATTGGCATTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----A-CAAGA-G-CGGATCCAG--AA-TGT--AGC--TG---AAT------ACTGGTGACAA-------ATG-------------------TATTTT-----GA--A-----------T--AGA----------TGG-AA--ATT-T---T---T---T----AAGTCAGA---------------AG-----TT-AGGTGAA-GG----------TTAGGAATGTA-GGCT----TAATAGTTG--AAATTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-GA----A---------AA-AAAATTGAATA---TGCTTTTCACACCTCTGTTAAAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATA---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTT
gi|109004 : AAAATACA---AT--TCAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-T-----AGC---T-GTTTTGA-----C-CAAGA-G-CGGATCCAG--CA-TGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTAAC-ATTGTACTTTG-----AATAGTGATCATTGTACTTT-----GA--A-----------T--AGTGATCAATAGTCGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGGCACAGA-A---C----AT-AAATTAATT-A--TAAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCT----TAATAGTTG--AATTTGT---AT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----ACAT------AA-A---------A---TGTTTTTCACACCTCTGTTTAAAAA-TGCAATGGAAGTATGAACG---AGGTG-AGGGGAAAA-ACTTC-TACTTCT
gi|109005 : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAAC----A--T-GT----G---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTTGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-AAAGA-G-CGGATCCAG--CA-TGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------GTG-------------------TACATT-----GAATA-----------T--AGT----------TGG--A--CTA-T---T---T---T----AGGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTT-ACCCTATATAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGATAC-G-AA---------------------------------------------------AAAAA-TGCAGTAAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCTt
gi|109006 : AAAATACA---GT--TAAACCATTT-CCACAACTGATA--T-GA----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGGTCCAG--CA-TGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTTT-----TA--A-----------C--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----GT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-
gi|109006 : TGTA-CTTT----TAACAGTTGGAAATATTTTAAGTCAGAGAATGTAAT------TATGAAGGTTAG-G-AATGTAG---------AA-A---------A---GGCTTTGCACACCTCTGTT-AAAAAATGCAGCGAAAGTATGAATG---ATGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TTTTTCTgaaaaggctttgcacacctctgttaaaaaatgcagcgaaagtatgaatgatgtgaggtgaaaaacttttttttctt
gi|109007 : aaaatacagttaaaccatttccacaactgatatgattatataatgacgtcaggttgtatacgtattggcgttgatgacgttattttgatcaagagcgggtccagcatgtagctaaatactggtgacatAAAATGTA---AC--TAAACCATTTCCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATAACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGGTG-A-----CGT---T-GTTTTGA-----G-CAAGA-G-CGGATCCAG--AA-TGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTTT-----GA--A-----------T--AGC----------TGG-AA--ATA-----T---T---T----AAGTCAGAAA-A---T----G----------T-A--TGAA-GG----------TCAt
gi|109008 : AAAATATA---AT--TAAACCATTTTCCACAAATGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACTTCTTGTT------------------GT----------ATA--TGTATTGGC--------------CGT---T-ATGCTGA-----T-C--GA-G-TGGATCCAA--AA-TGTAGAGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTT-------------------CACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---G---T----AAGTTGG--------T--------------TC-G--T----GG----------TTAGAAATGTA-AGCC----TTATAGTGG--AATTGGTTC-TT-GGAGA
gi|109008 : TTCACACCTCTGTT-ATAA--CGCAGTGAAAGTTTTAATG---AAGTGTAGGTGGGGA-ACCTTATACcttcacacctctgttataacgcagtgaaagttttaatgaagtgtaggtggggaaccttatac
gi|109009 : aaaatataattaaaccattttccacaaatgatatgtttatataatgacttcttgttgtatatgtattggccgttatgctgatcgagtggatccaaaatgtagagctaaatactggtgacatttcactctgaatagttggaaatattgtaagttggttcgtggttagaaatgtaagccttatagtggaattggttcttggagacAAAATACAT--AC--TTAACCATTCTCCACAACAGACG--T-AT----C---AA----------T-ATAGTGATGTCAATTT------------------AT----------GTA--CATATGGACGTTGATA-A-----TGT---C-CATTTGC-----T-CAAAT-T-CAAATCAAG--GC-AGT--AGT--TG---AAT------ACTGGAGAA-A-------TCA-----A--------------AC----------------------------AT----------TAA-AA--ATA-T---T---TACCA----AAGTCACTGG-ATTCT----AT-AA-----TTCA--T----TG----------TTAGGAGTGTA-A
gi|109010 : AAAATACAT--AC--TGAACCATCCTCCACAACTGATA--T-GT----C---TA----------T-GTAATAACATCAACTT------------------TT----------AAA--CGTTTTGATGTTGATG-A-----GAC---A-ATTTTGT-----T-AAAGC-A-TGGATCCAG---A-GGT--A----CA---TGT------GCTGGTGA--A------------------------------ACTCT-----GA--G-----------T--GGT----------T---AA----------T---T---T----AA-----AGC-A---T----CT-AA-----TT-A--T
gi|109011 : AAATTGCAT--AC--TAAACCATTCTCTACAGCTAATA--T-ATGTATC---TA----------T-GTAATGACGT-----T------------------GT----------ATATTCATATTGACATTTATG-A-----TGT---C-GATTTGC-----T-CAAGA-G-TGAATTAAG--GA--GT---GC--TA---CAT--------TGGCAAA-A-------T--------------------------T-----AA--G-----------T--AGT----------TAA-AA--ATA-TCAAC---T---T----AAGTCA
gi|109012 : AAAATATGT--AG--TGAGCCATTCTCCATAACTGATA--T-GT---------A----------T-ATAATGATGGCGGTTT------------------AT----------ATA--TGTATTGACATTGGTG-A-----CAC---T-GTTCTGA-----ataa
gi|109013 : AAATACA---AT--TAAAACACTTTC-ACAACTGATA--C-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGCT------------------GT----------ATA--CGTACTGGCATTGATG-A-----CAT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGTATCCAG--CA-TGT--AGC--TT---AAT------ACTGGTGAC-A-------ATG-------------------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---A---T----AAGTCAAAGA-A---T----AT-AC-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATATGTTA-GT-GGAGAAAAGCCA------TACAACGGCTAC-G-AA----A---------AA-AATAGAT---A---TGCTTTTCACACCTCTGTTAAAAAA-TGCATTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGATGAAAA-ACTTC-TA
gi|109014 : AAATATA---AT--GAAAGCATTTTCCACAACTAATT--T-GT---------A----------A-ACAATGACGTCAGATT------------------GTTTGTTTTTTTATA--CGCATTGGCGTTGATT-A-----TGT---T----TTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAG--AA-TGT--AGC--TA---AAT------ACTTGTGAC-A-------TTG-------------------CACTCT-----GA--A-----------A--AGT----------TCG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTGAGAGA-A---T----A----------T-A--TGAA-GGCAATTCATCTTTAGGAATGTA-GGCC----CAACAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAAAACACACATATATCTACAATGGCCAA-G-AA----A---------AA-ATATGAAT--A---TGCCTTTTACACCTCTCTT--AAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGGGA
gi|109015 : AAATATA---AT--TAAATTATTTTCCACTAATGATG--T-GT---------A----------T-ATAACGACATCAGCTT------------------GT----------ATA--TGCTTTGGCGTCGATA-A-----CGT---T-CTTTAGA-----T-CAAGT-GTC--ATTAAA--AA-AAA--AAC---G---CAT------ATCGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TTG-AA--
gi|109016 : AAATACATA-ATAATGAATCGTTTTCTTCAATTGATA--T-GTGT--C---TA----------A-ATAATGACGTCACATT------------------GT----------TTA--CATGTTGATGCTGATG-ACTTCGCAT---T-GTTTTGC-----T-CAAGT-G-CAGATCAAG--GA-GGT--GACAGTG---AATCATAAAAC-----AC-A-------TTT-----A-------------T----T-----AA--A--------------AGC----------TGC-AA--ATT-C---T---T---T----A--TTAAAGATA---TGCAGGT-GA-----TTCA--TCA--------------TTAGGAAT-------C----GAACAAACG--GAATTATTA-CA-GGAGAACGGACA------TTCAAAGGTTAC-A-AA----A---------
gi|109017 : AAATACAT--AC--AGAACAATTCTCCACAATTCATG--TAGA----T---CAAA--------T-ATAATGACATCAGTTT------------------AC----------ATA--TATGTCGAAATTGATG-A-----TGT---T-GGTTTGC-----T-CAGGT-G-TAGATCTTG--GG-GGT--AGT--TA---AAT------ACCGGAGAA-A-------TTA-----A--------------ACTCC-----CA--G-----------T--TGT----------TAG-AA--ATA-T---TTACT---T----AACTCA
gi|109018 : AAATACATATAC--TGAACAGTTCTTCACAACTGATG--C-AT----T---GA----------T-ATAATGACATCAGTTTTAAA--------------AT----------ATA--TGCATTGACATTGATG-A-----TG-------TTTTAA--------AAAA-G-CTGA
gi|109019 : AAATACAT--AT--TTAACCATTCTCCACAATTCATA--T-TT----TTTCTG----------T-ATAATGATGTCAGTCT------------------A-----------AAA--CATAATGATATTGATG-G-----TGT---CAATATTGC-----T-CACAC-G-CGG-TCAAG--GA-GGT--AGT--TAGTTGAT------ACT
gi|109020 : AAATTTA---ATA-TGGACCATTCTCCATAATTCATGCTT-GT----G---TA----------T-ATAATGACACTAG-TT------------------AT----------ATA--C--ATTA----TGATGCA-----AGT---C-CCACTGATACGCT-CAAGT-G-CAGATCCAG--TT-CG---AGT--TA---AAT------ACTGGTGAA-A-------TT
gi|109021 : AATGCAT--AC--TGAACCATTATCTACAATTATTA--T-GT----G---TATATCACTCTGT-ATGATGATGTCAGTTT------------------AC----------ATA--CATATTGACGTTGGCG-A-----TAT---T-GTTATGC-----TACAGCA-A-C-GATCCTG--GA-GGT--AGT--TA---ACT------TTTGGTGAA-A-------TTA-----A--------------AAACT-----GA--G-----------A--ACT----------TAA-AA--ATA-T---T---TAC-TA---AAGTTAG
gi|109022 : --TAACCTATTCTTCACAATTCGTACTT-GT----T----A----------T-ATAATGGTGTCAGTCT------------------AA----------A-------AT-GACGTTGATG-A-----TGT---C-AATAT-A-----C-CAAGACG-TGGGTCCAG--GG-GAT--ACT--TA---AAT------GCCAGTGAA-A-------TTA-----A-------------------------A--A-----------TAGAGT----------TAATAAGTATA-T---T---T---TATAAAAGTCAG
gi|109023 : CCATTCTCCACTATCAATACTT-GT----T----A----------T-TTAATGACATTGGTCT------------------GT----------AGA--CATAATGTTGTTGATG-A-----CGTCGAT-AT----A-----C-TAAGGCG-TGGATCCAG--AA-GGT-------TA---AAT------AGCAGTGAA-A-------TTT-----A--------------ACTCT-----TA--G-----------T--AGT----------T---AA--ATA-T---G---T---T----
gi|109024 : AACTG-----T-GT----T---TA----------T-ATAATGATGTCAGCTT------------------AC----------ATA--GGTGTTGACATTAATG-A-----CAG---T-CTTTTGT-----T-CAAGC-A-CAAATCCTG--GA-GGA--AGT--TA---AA
gi|109025 : ----T---CA----------T-ATAATGATATCAGCTC------------------AT----------ATT--CATAT--ACGTTT-TG-G-----CGT---T----TTGA-----T-CAGGC-C-CGGATCCAGATCATTGT--A-----A---AAT------ACCAGTGAA-A-------TTGATTA-A-------------TAATCTAGTTAGA--AATATCTAGCTAT--AGT----------TAGCAA--ATG-C---T---T---T----ATTTCAAGAA-A---T----AA-AG-----TTAA--TGCATTG----------TTAGGAGTGTA-AC-------AATAaagtctgccagagtagttaaaatattaactaaagccag
gi|109026 : ---TA----------T-ATAATGATGTCAGTTT------------------AT----------ACA--CATATTAACATTGATG-A-----CAT---C-GGTTTGT-----C-TAGGA-G-CGGGTGTAG--GC-GAT--AGT--TA---AAT------A
gi|109027 : A-A---T----ACCAA-----TT-A--TGAT-GG----------T----AATTCA-TTGT----TAGGAATGA--AATTTCCTA-GT-GGAGAACAGACA------TACTATTGCTAC-G-AA----ATTTTTTTTGAA-T---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT--AATA-TACAGTGAAAGTATGATTG---AAGTG-A---GAAAA-A
gi|109028 : gataata----------TTAGGAATGTAGGCAT----TAA-AGTTA--AATTTGTTA-GT-GGAAAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AACA---------ATTTTGCTTT-------TCTGTTAAAAAA-AGCAGTCAAACTATGAATG---AAGTG-GGG-GAAAACACATT-
gi|109029 : CA------AACAAGGATTTCAG-TA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TTCAGTGGATGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
Alignments
lowQualScore : 111 111111111111111111 44444444444444444444 11111111111111 11111111111111 222222222 11
lowQualScore : 666 33 0 55 1 77777777 7777777777 1 2 222222222222222222 5555555555 11 1 33333 222 33 33333 1 2 1 2 2 22 22 222 444444 22 5555555 00000000000000000000 1 44444 22 77777777777 22 7777777777 1 3 22 1 333 333 77777777 0 2 333 00000000000000 6 22 2 9999999999 2 5555 0 33 2 2 777777 2 2 44444444444444 2 777777777 444 22 2 444 2 2 3
lowQualScore : ... .. . .. . ........ .......... . . .................. .......... .. . ..... ... .. ..... . . . . . .. .. ... ...... .. ....... .................... . ..... .. ........... .. .......... . . .. . ... ... ........ . . ... .............. . .. . .......... . .... . .. . . ...... . . .............. . ......... ... .. . ... . . .
lowQualScore : 222 77 7 99 4 88888888 7777777777 3 8 777777777777777777 8888888888 88 3 33333 333 66 33333 4 8 4 4 4 00 00 555 333333 22 2222222 99999999999999999999 5 22222 33 99999999999 33 3333333333 3 3 33 7 000 000 00000000 1 1 777 33333333333333 3 99 2 2222222222 1 0000 1 44 5 5 222222 5 5 77777777777777 7 000000000 777 77 5 777 7 9 3
consensus : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGNTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGNANGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-----A-------------TACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
Reference ( family-612 ) : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGNTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGNANGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-----A-------------TACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108997 : AAAATACA---AT--TCACCCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCATTTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CAGATCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTTGTGAC-A-------TTGCATTAA-------------TAGTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---A----AAGTCAGATT-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----AAATAGATG--AATTTGTTG-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108998 : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGCTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGCAGGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTTAC-A-------TTG-------------------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATATT---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------ATAGGAATGTA-ACCC----TAATAGATT--AATTTATTA-GT-GAAGAACAGACA------TACAAAGGCTAA-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCATTTCACACCTCTGTT--AAAA-TGCAGCGAAAGTATGAATA---ATTTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108999 : AAAATACA---AT--TCACCCATTTTTGACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-AAAATGACGTCATGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTCTGA-----C-CAAGA-G-CGGATCCAGCATGA--CGC--TA---AAT------ACTGATGAT-A-------TTG-------------------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---A----AAGTCAGATA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGAAATGTA-ACCC----TAATAGATG--AATTTGTTT-TT-GGAGAACAGACA------TACAAATACTAC-G--A----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCTt
gi|109000 : AAAATACA---AT--TAAACCAATTTCTACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CATATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTCTGA-----T-CAAGA-G-CGTATCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTTT-----TA--A-----------T--AGC----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----GT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCG----TAATAGCTA--AATTGGTTA-GT-GGAGAACAGAAA------TACAAAGGCTAC-GAAA----A---------AA-A---------A---TGCTTTGCACACCTCTGTA-AAAAA-t
gi|109001 : AAAAAAAA---GT--TCACCCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------TTATAATGACGTCAGGTTGGTCATGTTGGTCATGTTGT----------ATA--CGTATTGGCATTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAATA-G-TGGGTCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TCG-AA--ATA-T---T---T---A----AAGTCAGATA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------CTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGATG--AACTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATGATTAAGTG-AGATGAAAA-ACTTT-CACTTCTa
gi|109002 : AAAATTAA---AT--TAAACTATTTCCCGCAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-AAAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ACA--CGTATAGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGCATGT--AGC--TT---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTTT------A--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---C----AAGTCATAGA-A---T----A----------T-A--TGAA-GG----------TTGGGAATGTA-ATCA----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GC-AGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACTGCTCTGTTAAAAAA-CGCAGTGCAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTCAAAC-ACTTT-TAt
gi|109003 : AAGATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACAGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGATGTCCGGTT------------------GT----------ATA--CGCATTGGCATTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----A-CAAGA-G-CGGATCCAGAATGT--AGC--TG---AAT------ACTGGTGACAA-------ATG-------------------TATTTT-----GA--A-----------T--AGA----------TGG-AA--ATT-T---T---T---T----AAGTCAGA---------------AG-----TT-AGGTGAA-GG----------TTAGGAATGTA-GGCT----TAATAGTTG--AAATTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-GA----A---------AA-AAAATTGAATA---TGCTTTTCACACCTCTGTTAAAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATA---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTT
gi|109004 : AAAATACA---AT--TCAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-T-----AGC---T-GTTTTGA-----C-CAAGA-G-CGGATCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTAAC-ATTGTACTTTG-----AATAGTGATCATTGTACTTT-----GA--A-----------T--AGTGATCAATAGTCGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGGCACAGA-A---C----AT-AAATTAATT-A--TAAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCT----TAATAGTTG--AATTTGT---AT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----ACAT------AA-A---------A---TGTTTTTCACACCTCTGTTTAAAAA-TGCAATGGAAGTATGAACG---AGGTG-AGGGGAAAA-ACTTC-TACTTCT
gi|109005 : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAAC----A--T-GT----G---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTTGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-AAAGA-G-CGGATCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------GTG-------------------TACATT-----GAATA-----------T--AGT----------TGG--A--CTA-T---T---T---T----AGGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTT-ACCCTATATAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGATAC-G-AA---------------------------------------------------AAAAA-TGCAGTAAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCTt
gi|109006 : AAAATACA---GT--TAAACCATTT-CCACAACTGATA--T-GA----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGGTCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTTT-----TA--A-----------C--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----GT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-
gi|109006 : TGTA-CTTT----TAACAGTTGGAAATATTTTAAGTCAGAGAATGTAAT------TATGAAGGTTAG-G-AATGTAG---------AA-A---------A---GGCTTTGCACACCTCTGTT-AAAAAATGCAGCGAAAGTATGAATG---ATGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TTTTTCTgaaaaggctttgcacacctctgttaaaaaatgcagcgaaagtatgaatgatgtgaggtgaaaaacttttttttctt
gi|109007 : aaaatacagttaaaccatttccacaactgatatgattatataatgacgtcaggttgtatacgtattggcgttgatgacgttattttgatcaagagcgggtccagcatgtagctaaatactggtgacatAAAATGTA---AC--TAAACCATTTCCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATAACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGGTG-A-----CGT---T-GTTTTGA-----G-CAAGA-G-CGGATCCAGAATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTTT-----GA--A-----------T--AGC----------TGG-AA--ATA-----T---T---T----AAGTCAGAAA-A---T----G----------T-A--TGAA-GG----------TCAt
gi|109008 : AAAATATA---AT--TAAACCATTTTCCACAAATGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACTTCTTGTT------------------GT----------ATA--TGTATTGGC--------------CGT---T-ATGCTGA-----T-C--GA-G-TGGATCCAAAATGTAGAGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTT-------------------CACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---G---T----AAGTTGG--------T--------------TC-G--T----GG----------TTAGAAATGTA-AGCC----TTATAGTGG--AATTGGTTC-TT-GGAGA
gi|109008 : TTCACACCTCTGTT-ATAA--CGCAGTGAAAGTTTTAATG---AAGTGTAGGTGGGGA-ACCTTATACcttcacacctctgttataacgcagtgaaagttttaatgaagtgtaggtggggaaccttatac
gi|109009 : aaaatataattaaaccattttccacaaatgatatgtttatataatgacttcttgttgtatatgtattggccgttatgctgatcgagtggatccaaaatgtagagctaaatactggtgacatttcactctgaatagttggaaatattgtaagttggttcgtggttagaaatgtaagccttatagtggaattggttcttggagacAAAATACAT--AC--TTAACCATTCTCCACAACAGACG--T-AT----C---AA----------T-ATAGTGATGTCAATTT------------------AT----------GTA--CATATGGACGTTGATA-A-----TGT---C-CATTTGC-----T-CAAAT-T-CAAATCAAGGCAGT--AGT--TG---AAT------ACTGGAGAA-A-------TCA-----A--------------AC----------------------------AT----------TAA-AA--ATA-T---T---TACCA----AAGTCACTGG-ATTCT----AT-AA-----TTCA--T----TG----------TTAGGAGTGTA-A
gi|109010 : AAAATACAT--AC--TGAACCATCCTCCACAACTGATA--T-GT----C---TA----------T-GTAATAACATCAACTT------------------TT----------AAA--CGTTTTGATGTTGATG-A-----GAC---A-ATTTTGT-----T-AAAGC-A-TGGATCCAG-AGGT--A----CA---TGT------GCTGGTGA--A------------------------------ACTCT-----GA--G-----------T--GGT----------T---AA----------T---T---T----AA-----AGC-A---T----CT-AA-----TT-A--T
gi|109011 : AAATTGCAT--AC--TAAACCATTCTCTACAGCTAATA--T-ATGTATC---TA----------T-GTAATGACGT-----T------------------GT----------ATATTCATATTGACATTTATG-A-----TGT---C-GATTTGC-----T-CAAGA-G-TGAATTAAGGA-GT---GC--TA---CAT--------TGGCAAA-A-------T--------------------------T-----AA--G-----------T--AGT----------TAA-AA--ATA-TCAAC---T---T----AAGTCA
gi|109012 : AAAATATGT--AG--TGAGCCATTCTCCATAACTGATA--T-GT---------A----------T-ATAATGATGGCGGTTT------------------AT----------ATA--TGTATTGACATTGGTG-A-----CAC---T-GTTCTGA-----ataa
gi|109013 : AAATACA---AT--TAAAACACTTTC-ACAACTGATA--C-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGCT------------------GT----------ATA--CGTACTGGCATTGATG-A-----CAT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGTATCCAGCATGT--AGC--TT---AAT------ACTGGTGAC-A-------ATG-------------------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---A---T----AAGTCAAAGA-A---T----AT-AC-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATATGTTA-GT-GGAGAAAAGCCA------TACAACGGCTAC-G-AA----A---------AA-AATAGAT---A---TGCTTTTCACACCTCTGTTAAAAAA-TGCATTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGATGAAAA-ACTTC-TA
gi|109014 : AAATATA---AT--GAAAGCATTTTCCACAACTAATT--T-GT---------A----------A-ACAATGACGTCAGATT------------------GTTTGTTTTTTTATA--CGCATTGGCGTTGATT-A-----TGT---T----TTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGAATGT--AGC--TA---AAT------ACTTGTGAC-A-------TTG-------------------CACTCT-----GA--A-----------A--AGT----------TCG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTGAGAGA-A---T----A----------T-A--TGAA-GGCAATTCATCTTTAGGAATGTA-GGCC----CAACAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAAAACACACATATATCTACAATGGCCAA-G-AA----A---------AA-ATATGAAT--A---TGCCTTTTACACCTCTCTT--AAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGGGA
gi|109015 : AAATATA---AT--TAAATTATTTTCCACTAATGATG--T-GT---------A----------T-ATAACGACATCAGCTT------------------GT----------ATA--TGCTTTGGCGTCGATA-A-----CGT---T-CTTTAGA-----T-CAAGT-GTC--ATTAAAAAAAA--AAC---G---CAT------ATCGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TTG-AA--
gi|109016 : AAATACATA-ATAATGAATCGTTTTCTTCAATTGATA--T-GTGT--C---TA----------A-ATAATGACGTCACATT------------------GT----------TTA--CATGTTGATGCTGATG-ACTTCGCAT---T-GTTTTGC-----T-CAAGT-G-CAGATCAAGGAGGT--GACAGTG---AATCATAAAAC-----AC-A-------TTT-----A-------------T----T-----AA--A--------------AGC----------TGC-AA--ATT-C---T---T---T----A--TTAAAGATA---TGCAGGT-GA-----TTCA--TCA--------------TTAGGAAT-------C----GAACAAACG--GAATTATTA-CA-GGAGAACGGACA------TTCAAAGGTTAC-A-AA----A---------
gi|109017 : AAATACAT--AC--AGAACAATTCTCCACAATTCATG--TAGA----T---CAAA--------T-ATAATGACATCAGTTT------------------AC----------ATA--TATGTCGAAATTGATG-A-----TGT---T-GGTTTGC-----T-CAGGT-G-TAGATCTTGGGGGT--AGT--TA---AAT------ACCGGAGAA-A-------TTA-----A--------------ACTCC-----CA--G-----------T--TGT----------TAG-AA--ATA-T---TTACT---T----AACTCA
gi|109018 : AAATACATATAC--TGAACAGTTCTTCACAACTGATG--C-AT----T---GA----------T-ATAATGACATCAGTTTTAAA--------------AT----------ATA--TGCATTGACATTGATG-A-----TG-------TTTTAA--------AAAA-G-CTGA
gi|109019 : AAATACAT--AT--TTAACCATTCTCCACAATTCATA--T-TT----TTTCTG----------T-ATAATGATGTCAGTCT------------------A-----------AAA--CATAATGATATTGATG-G-----TGT---CAATATTGC-----T-CACAC-G-CGG-TCAAGGAGGT--AGT--TAGTTGAT------ACT
gi|109020 : AAATTTA---ATA-TGGACCATTCTCCATAATTCATGCTT-GT----G---TA----------T-ATAATGACACTAG-TT------------------AT----------ATA--C--ATTA----TGATGCA-----AGT---C-CCACTGATACGCT-CAAGT-G-CAGATCCAGTTCG---AGT--TA---AAT------ACTGGTGAA-A-------TT
gi|109021 : AATGCAT--AC--TGAACCATTATCTACAATTATTA--T-GT----G---TATATCACTCTGT-ATGATGATGTCAGTTT------------------AC----------ATA--CATATTGACGTTGGCG-A-----TAT---T-GTTATGC-----TACAGCA-A-C-GATCCTGGAGGT--AGT--TA---ACT------TTTGGTGAA-A-------TTA-----A--------------AAACT-----GA--G-----------A--ACT----------TAA-AA--ATA-T---T---TAC-TA---AAGTTAG
gi|109022 : --TAACCTATTCTTCACAATTCGTACTT-GT----T----A----------T-ATAATGGTGTCAGTCT------------------AA----------A-------AT-GACGTTGATG-A-----TGT---C-AATAT-A-----C-CAAGACG-TGGGTCCAGGGGAT--ACT--TA---AAT------GCCAGTGAA-A-------TTA-----A-------------------------A--A-----------TAGAGT----------TAATAAGTATA-T---T---T---TATAAAAGTCAG
gi|109023 : CCATTCTCCACTATCAATACTT-GT----T----A----------T-TTAATGACATTGGTCT------------------GT----------AGA--CATAATGTTGTTGATG-A-----CGTCGAT-AT----A-----C-TAAGGCG-TGGATCCAGAAGGT-------TA---AAT------AGCAGTGAA-A-------TTT-----A--------------ACTCT-----TA--G-----------T--AGT----------T---AA--ATA-T---G---T---T----
gi|109024 : AACTG-----T-GT----T---TA----------T-ATAATGATGTCAGCTT------------------AC----------ATA--GGTGTTGACATTAATG-A-----CAG---T-CTTTTGT-----T-CAAGC-A-CAAATCCTGGAGGA--AGT--TA---AA
gi|109025 : ----T---CA----------T-ATAATGATATCAGCTC------------------AT----------ATT--CATAT--ACGTTT-TG-G-----CGT---T----TTGA-----T-CAGGC-C-CGGATCCAGATCAT--TGT--AA---AAT------ACCAGTGAA-A-------TTGATTA-A-------------TAATCTAGTTAGA--AATATCTAGCTAT--AGT----------TAGCAA--ATG-C---T---T---T----ATTTCAAGAA-A---T----AA-AG-----TTAA--TGCATTG----------TTAGGAGTGTA-AC-------AATAaagtctgccagagtagttaaaatattaactaaagccag
gi|109026 : ---TA----------T-ATAATGATGTCAGTTT------------------AT----------ACA--CATATTAACATTGATG-A-----CAT---C-GGTTTGT-----C-TAGGA-G-CGGGTGTAGGCGAT--AGT--TA---AAT------A
gi|109027 : A-A---T----ACCAA-----TT-A--TGAT-GG----------T----AATTCA-TTGT----TAGGAATGA--AATTTCCTA-GT-GGAGAACAGACA------TACTATTGCTAC-G-AA----ATTTTTTTTGAA-T---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT--AATA-TACAGTGAAAGTATGATTG---AAGTG-A---GAAAA-A
gi|109028 : gataata----------TTAGGAATGTAGGCAT----TAA-AGTTA--AATTTGTTA-GT-GGAAAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AACA---------ATTTTGCTTT-------TCTGTTAAAAAA-AGCAGTCAAACTATGAATG---AAGTG-GGG-GAAAACACATT-
gi|109029 : CA------AACAAGGATTTCAG-TA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TTCAGTGGATGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
Alignments
lowQualScore : 111 111111111111111111 44444444444444444444 11111111111111 11111111111111 222222222 11
lowQualScore : 666 33 0 55 1 77777777 7777777777 1 2 222222222222222222 5555555555 11 1 33333 222 33 33333 1 2 1 2 2 22 22 222 444444 22 5555555 00000000000000000000 1 44444 22 77777777777 22 7777777777 1 3 22 1 333 333 77777777 0 2 333 00000000000000 6 22 2 9999999999 2 5555 0 33 2 2 777777 2 2 44444444444444 2 777777777 444 22 2 444 2 2 3
lowQualScore : ... .. . .. . ........ .......... . . .................. .......... .. . ..... ... .. ..... . . . . . .. .. ... ...... .. ....... .................... . ..... .. ........... .. .......... . . .. . ... ... ........ . . ... .............. . .. . .......... . .... . .. . . ...... . . .............. . ......... ... .. . ... . . .
lowQualScore : 222 77 7 99 4 88888888 7777777777 3 8 777777777777777777 8888888888 88 3 33333 333 66 33333 4 8 4 4 4 00 00 555 333333 22 2222222 99999999999999999999 5 22222 33 99999999999 33 3333333333 3 3 33 7 000 000 00000000 1 1 777 33333333333333 3 99 2 2222222222 1 0000 1 44 5 5 222222 5 5 77777777777777 7 000000000 777 77 5 777 7 9 3
consensus : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGNTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGNANGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-----A-------------TACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
Reference ( family-612 ) : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGNTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGNANGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-----A-------------TACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108997 : AAAATACA---AT--TCACCCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCATTTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CAGATCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTTGTGAC-A-------TTGCATTAA-------------TAGTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---A----AAGTCAGATT-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----AAATAGATG--AATTTGTTG-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108998 : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGCTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGCAGGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTTAC-A-------TTG-------------------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATATT---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------ATAGGAATGTA-ACCC----TAATAGATT--AATTTATTA-GT-GAAGAACAGACA------TACAAAGGCTAA-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCATTTCACACCTCTGTT--AAAA-TGCAGCGAAAGTATGAATA---ATTTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108999 : AAAATACA---AT--TCACCCATTTTTGACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-AAAATGACGTCATGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTCTGA-----C-CAAGA-G-CGGATCCAGCATGA--CGC--TA---AAT------ACTGATGAT-A-------TTG-------------------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---A----AAGTCAGATA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGAAATGTA-ACCC----TAATAGATG--AATTTGTTT-TT-GGAGAACAGACA------TACAAATACTAC-G--A----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCTt
gi|109000 : AAAATACA---AT--TAAACCAATTTCTACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CATATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTCTGA-----T-CAAGA-G-CGTATCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTTT-----TA--A-----------T--AGC----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----GT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCG----TAATAGCTA--AATTGGTTA-GT-GGAGAACAGAAA------TACAAAGGCTAC-GAAA----A---------AA-A---------A---TGCTTTGCACACCTCTGTA-AAAAA-t
gi|109001 : AAAAAAAA---GT--TCACCCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------TTATAATGACGTCAGGTTGGTCATGTTGGTCATGTTGT----------ATA--CGTATTGGCATTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAATA-G-TGGGTCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TCG-AA--ATA-T---T---T---A----AAGTCAGATA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------CTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGATG--AACTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATGATTAAGTG-AGATGAAAA-ACTTT-CACTTCTa
gi|109002 : AAAATTAA---AT--TAAACTATTTCCCGCAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-AAAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ACA--CGTATAGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGCATGT--AGC--TT---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTTT------A--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---C----AAGTCATAGA-A---T----A----------T-A--TGAA-GG----------TTGGGAATGTA-ATCA----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GC-AGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACTGCTCTGTTAAAAAA-CGCAGTGCAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTCAAAC-ACTTT-TAt
gi|109003 : AAGATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACAGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGATGTCCGGTT------------------GT----------ATA--CGCATTGGCATTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----A-CAAGA-G-CGGATCCAGAATGT--AGC--TG---AAT------ACTGGTGACAA-------ATG-------------------TATTTT-----GA--A-----------T--AGA----------TGG-AA--ATT-T---T---T---T----AAGTCAGA---------------AG-----TT-AGGTGAA-GG----------TTAGGAATGTA-GGCT----TAATAGTTG--AAATTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-GA----A---------AA-AAAATTGAATA---TGCTTTTCACACCTCTGTTAAAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATA---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTT
gi|109004 : AAAATACA---AT--TCAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-T-----AGC---T-GTTTTGA-----C-CAAGA-G-CGGATCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTAAC-ATTGTACTTTG-----AATAGTGATCATTGTACTTT-----GA--A-----------T--AGTGATCAATAGTCGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGGCACAGA-A---C----AT-AAATTAATT-A--TAAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCT----TAATAGTTG--AATTTGT---AT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----ACAT------AA-A---------A---TGTTTTTCACACCTCTGTTTAAAAA-TGCAATGGAAGTATGAACG---AGGTG-AGGGGAAAA-ACTTC-TACTTCT
gi|109005 : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAAC----A--T-GT----G---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTTGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-AAAGA-G-CGGATCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------GTG-------------------TACATT-----GAATA-----------T--AGT----------TGG--A--CTA-T---T---T---T----AGGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTT-ACCCTATATAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGATAC-G-AA---------------------------------------------------AAAAA-TGCAGTAAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCTt
gi|109006 : AAAATACA---GT--TAAACCATTT-CCACAACTGATA--T-GA----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGGTCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTTT-----TA--A-----------C--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----GT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-
gi|109006 : TGTA-CTTT----TAACAGTTGGAAATATTTTAAGTCAGAGAATGTAAT------TATGAAGGTTAG-G-AATGTAG---------AA-A---------A---GGCTTTGCACACCTCTGTT-AAAAAATGCAGCGAAAGTATGAATG---ATGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TTTTTCTgaaaaggctttgcacacctctgttaaaaaatgcagcgaaagtatgaatgatgtgaggtgaaaaacttttttttctt
gi|109007 : aaaatacagttaaaccatttccacaactgatatgattatataatgacgtcaggttgtatacgtattggcgttgatgacgttattttgatcaagagcgggtccagcatgtagctaaatactggtgacatAAAATGTA---AC--TAAACCATTTCCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATAACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGGTG-A-----CGT---T-GTTTTGA-----G-CAAGA-G-CGGATCCAGAATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTTT-----GA--A-----------T--AGC----------TGG-AA--ATA-----T---T---T----AAGTCAGAAA-A---T----G----------T-A--TGAA-GG----------TCAt
gi|109008 : AAAATATA---AT--TAAACCATTTTCCACAAATGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACTTCTTGTT------------------GT----------ATA--TGTATTGGC--------------CGT---T-ATGCTGA-----T-C--GA-G-TGGATCCAAAATGTAGAGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTT-------------------CACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---G---T----AAGTTGG--------T--------------TC-G--T----GG----------TTAGAAATGTA-AGCC----TTATAGTGG--AATTGGTTC-TT-GGAGA
gi|109008 : TTCACACCTCTGTT-ATAA--CGCAGTGAAAGTTTTAATG---AAGTGTAGGTGGGGA-ACCTTATACcttcacacctctgttataacgcagtgaaagttttaatgaagtgtaggtggggaaccttatac
gi|109009 : aaaatataattaaaccattttccacaaatgatatgtttatataatgacttcttgttgtatatgtattggccgttatgctgatcgagtggatccaaaatgtagagctaaatactggtgacatttcactctgaatagttggaaatattgtaagttggttcgtggttagaaatgtaagccttatagtggaattggttcttggagacAAAATACAT--AC--TTAACCATTCTCCACAACAGACG--T-AT----C---AA----------T-ATAGTGATGTCAATTT------------------AT----------GTA--CATATGGACGTTGATA-A-----TGT---C-CATTTGC-----T-CAAAT-T-CAAATCAAGGCAGT--AGT--TG---AAT------ACTGGAGAA-A-------TCA-----A--------------AC----------------------------AT----------TAA-AA--ATA-T---T---TACCA----AAGTCACTGG-ATTCT----AT-AA-----TTCA--T----TG----------TTAGGAGTGTA-A
gi|109010 : AAAATACAT--AC--TGAACCATCCTCCACAACTGATA--T-GT----C---TA----------T-GTAATAACATCAACTT------------------TT----------AAA--CGTTTTGATGTTGATG-A-----GAC---A-ATTTTGT-----T-AAAGC-A-TGGATCCAG-AGGT--A----CA---TGT------GCTGGTGA--A------------------------------ACTCT-----GA--G-----------T--GGT----------T---AA----------T---T---T----AA-----AGC-A---T----CT-AA-----TT-A--T
gi|109011 : AAATTGCAT--AC--TAAACCATTCTCTACAGCTAATA--T-ATGTATC---TA----------T-GTAATGACGT-----T------------------GT----------ATATTCATATTGACATTTATG-A-----TGT---C-GATTTGC-----T-CAAGA-G-TGAATTAAGGA-GT---GC--TA---CAT--------TGGCAAA-A-------T--------------------------T-----AA--G-----------T--AGT----------TAA-AA--ATA-TCAAC---T---T----AAGTCA
gi|109012 : AAAATATGT--AG--TGAGCCATTCTCCATAACTGATA--T-GT---------A----------T-ATAATGATGGCGGTTT------------------AT----------ATA--TGTATTGACATTGGTG-A-----CAC---T-GTTCTGA-----ataa
gi|109013 : AAATACA---AT--TAAAACACTTTC-ACAACTGATA--C-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGGCT------------------GT----------ATA--CGTACTGGCATTGATG-A-----CAT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGTATCCAGCATGT--AGC--TT---AAT------ACTGGTGAC-A-------ATG-------------------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---A---T----AAGTCAAAGA-A---T----AT-AC-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATATGTTA-GT-GGAGAAAAGCCA------TACAACGGCTAC-G-AA----A---------AA-AATAGAT---A---TGCTTTTCACACCTCTGTTAAAAAA-TGCATTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGATGAAAA-ACTTC-TA
gi|109014 : AAATATA---AT--GAAAGCATTTTCCACAACTAATT--T-GT---------A----------A-ACAATGACGTCAGATT------------------GTTTGTTTTTTTATA--CGCATTGGCGTTGATT-A-----TGT---T----TTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGAATGT--AGC--TA---AAT------ACTTGTGAC-A-------TTG-------------------CACTCT-----GA--A-----------A--AGT----------TCG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTGAGAGA-A---T----A----------T-A--TGAA-GGCAATTCATCTTTAGGAATGTA-GGCC----CAACAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAAAACACACATATATCTACAATGGCCAA-G-AA----A---------AA-ATATGAAT--A---TGCCTTTTACACCTCTCTT--AAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGGGA
gi|109015 : AAATATA---AT--TAAATTATTTTCCACTAATGATG--T-GT---------A----------T-ATAACGACATCAGCTT------------------GT----------ATA--TGCTTTGGCGTCGATA-A-----CGT---T-CTTTAGA-----T-CAAGT-GTC--ATTAAAAAAAA--AAC---G---CAT------ATCGGTGAC-A-------TTG-------------------TACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TTG-AA--
gi|109016 : AAATACATA-ATAATGAATCGTTTTCTTCAATTGATA--T-GTGT--C---TA----------A-ATAATGACGTCACATT------------------GT----------TTA--CATGTTGATGCTGATG-ACTTCGCAT---T-GTTTTGC-----T-CAAGT-G-CAGATCAAGGAGGT--GACAGTG---AATCATAAAAC-----AC-A-------TTT-----A-------------T----T-----AA--A--------------AGC----------TGC-AA--ATT-C---T---T---T----A--TTAAAGATA---TGCAGGT-GA-----TTCA--TCA--------------TTAGGAAT-------C----GAACAAACG--GAATTATTA-CA-GGAGAACGGACA------TTCAAAGGTTAC-A-AA----A---------
gi|109017 : AAATACAT--AC--AGAACAATTCTCCACAATTCATG--TAGA----T---CAAA--------T-ATAATGACATCAGTTT------------------AC----------ATA--TATGTCGAAATTGATG-A-----TGT---T-GGTTTGC-----T-CAGGT-G-TAGATCTTGGGGGT--AGT--TA---AAT------ACCGGAGAA-A-------TTA-----A--------------ACTCC-----CA--G-----------T--TGT----------TAG-AA--ATA-T---TTACT---T----AACTCA
gi|109018 : AAATACATATAC--TGAACAGTTCTTCACAACTGATG--C-AT----T---GA----------T-ATAATGACATCAGTTTTAAA--------------AT----------ATA--TGCATTGACATTGATG-A-----TG-------TTTTAA--------AAAA-G-CTGA
gi|109019 : AAATACAT--AT--TTAACCATTCTCCACAATTCATA--T-TT----TTTCTG----------T-ATAATGATGTCAGTCT------------------A-----------AAA--CATAATGATATTGATG-G-----TGT---CAATATTGC-----T-CACAC-G-CGG-TCAAGGAGGT--AGT--TAGTTGAT------ACT
gi|109020 : AAATTTA---ATA-TGGACCATTCTCCATAATTCATGCTT-GT----G---TA----------T-ATAATGACACTAG-TT------------------AT----------ATA--C--ATTA----TGATGCA-----AGT---C-CCACTGATACGCT-CAAGT-G-CAGATCCAGTTCG---AGT--TA---AAT------ACTGGTGAA-A-------TT
gi|109021 : AATGCAT--AC--TGAACCATTATCTACAATTATTA--T-GT----G---TATATCACTCTGT-ATGATGATGTCAGTTT------------------AC----------ATA--CATATTGACGTTGGCG-A-----TAT---T-GTTATGC-----TACAGCA-A-C-GATCCTGGAGGT--AGT--TA---ACT------TTTGGTGAA-A-------TTA-----A--------------AAACT-----GA--G-----------A--ACT----------TAA-AA--ATA-T---T---TAC-TA---AAGTTAG
gi|109022 : --TAACCTATTCTTCACAATTCGTACTT-GT----T----A----------T-ATAATGGTGTCAGTCT------------------AA----------A-------AT-GACGTTGATG-A-----TGT---C-AATAT-A-----C-CAAGACG-TGGGTCCAGGGGAT--ACT--TA---AAT------GCCAGTGAA-A-------TTA-----A-------------------------A--A-----------TAGAGT----------TAATAAGTATA-T---T---T---TATAAAAGTCAG
gi|109023 : CCATTCTCCACTATCAATACTT-GT----T----A----------T-TTAATGACATTGGTCT------------------GT----------AGA--CATAATGTTGTTGATG-A-----CGTCGAT-AT----A-----C-TAAGGCG-TGGATCCAGAAGGT-------TA---AAT------AGCAGTGAA-A-------TTT-----A--------------ACTCT-----TA--G-----------T--AGT----------T---AA--ATA-T---G---T---T----
gi|109024 : AACTG-----T-GT----T---TA----------T-ATAATGATGTCAGCTT------------------AC----------ATA--GGTGTTGACATTAATG-A-----CAG---T-CTTTTGT-----T-CAAGC-A-CAAATCCTGGAGGA--AGT--TA---AA
gi|109025 : ----T---CA----------T-ATAATGATATCAGCTC------------------AT----------ATT--CATAT--ACGTTT-TG-G-----CGT---T----TTGA-----T-CAGGC-C-CGGATCCAGATCAT--TGT--AA---AAT------ACCAGTGAA-A-------TTGATTA-A-------------TAATCTAGTTAGA--AATATCTAGCTAT--AGT----------TAGCAA--ATG-C---T---T---T----ATTTCAAGAA-A---T----AA-AG-----TTAA--TGCATTG----------TTAGGAGTGTA-AC-------AATAaagtctgccagagtagttaaaatattaactaaagccag
gi|109026 : ---TA----------T-ATAATGATGTCAGTTT------------------AT----------ACA--CATATTAACATTGATG-A-----CAT---C-GGTTTGT-----C-TAGGA-G-CGGGTGTAGGCGAT--AGT--TA---AAT------A
gi|109027 : A-A---T----ACCAA-----TT-A--TGAT-GG----------T----AATTCA-TTGT----TAGGAATGA--AATTTCCTA-GT-GGAGAACAGACA------TACTATTGCTAC-G-AA----ATTTTTTTTGAA-T---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT--AATA-TACAGTGAAAGTATGATTG---AAGTG-A---GAAAA-A
gi|109028 : gataata----------TTAGGAATGTAGGCAT----TAA-AGTTA--AATTTGTTA-GT-GGAAAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AACA---------ATTTTGCTTT-------TCTGTTAAAAAA-AGCAGTCAAACTATGAATG---AAGTG-GGG-GAAAACACATT-
gi|109029 : CA------AACAAGGATTTCAG-TA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TTCAGTGGATGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
blockSeqs : TAT AA CT A GTATC TATCACTCTG T G GGTCATGTTGGTCATGTT TTGTTTTTTT TT C CTTCG CGA AA TACGC A C T C G AG AG GTT CATAAA CA TTGTACT AATAGTGATCATTGT T AGTTA AT ATATCTAGCTA AG GATCAATAGT G T GT T CAA TAC TATAA T TTC ATAAATTAA C GG T CAATTCATCT G TATA GA A C TATATC A A ATTTTTTTTG C AAATTGAAT TTT AA A ATT T C A
blockSeqs : TA A CT . TTTC AA . G TAAA . . . . . A . . C . C T . . . . C . ATTAAT T . . . . . G C . . . . ACCA . . GCAGGTGA C . . . . . . . . . . . TGTAG . TATGAAT . AA . . . . .
blockSeqs : T . CT . GTC . . G . . . . . . A . . . . C T . . . . T . AT T . . . . . G . . . . . ACTA . . ACCAA A . . . . . . . . . . . ACAT . ATAGAT . TA . . . . .
blockSeqs : T . . . T . . G . . . . . . A . . . . C T . . . . C . T T . . . . . C . . . . . T . . ATAA . . . . . . . . . . . . A . . . AA . . . . .
blockSeqs : T . . . T . . G . . . . . . A . . . . C T . . . . C . T T . . . . . G . . . . . A . . ATAA . . . . . . . . . . . . A . . . AA . . . . .
blockSeqs : T . . . T . . G . . . . . . A . . . . A T . . . . C . T T . . . . . G . . . . . T . . GTAA . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . .
blockSeqs : T . . . T . . G . . . . . . A . . . . C T . . . . C . T T . . . . . G . . . . . A . . ATAA . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . .
blockSeqs : T . . . T . . G . . . . . . G . . . . C T . . . . C . T T . . . . . G . . . . . C . . ATAA . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . .
blockSeqs : T . . . T . . G . . . . . . A . . . . C T . . . . C . T T . . . . . G . . . . . T . . GTAA . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . G . . . . . . A . . . . A T . . . . C . T T . . . . . G . . . . . T . . ATAA . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . G . . . . . . G . . . . A T . . . . C . T C . . . . . G . . . . . T . . CTAA . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . T . . . . . . A . . . . G A . . . . A . T C . . . . . A . . . . . T . . ATAC . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . T . . C . . . . . . C . . . . G G . . . . A . C T . . . . . A . . . . . T . . AAAG . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . T . . . . . . A . . . . C T . . . . C . A C . . . . . G . . . . . T . . AG . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . G . . . . . . G . . . . A T . . . . C . T C . . . . . C . . . . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . A . . . . . . G . . . . A A . . . . C . C C . . . . . T . . . . . T . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . C . . . . . . A . . . . G G . . . . C . T C . . . . . G . . . . . T . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . A . . . . . . C . . . . G G . . . . A . A C . . . . . A . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . T . . . . . . G . . . . G G . . . . A . A C . . . . . A . . . . . T
blockSeqs : . . . . G . . T . . . . . . G . . . . T C . . . . A . A . . . . . . A . . . . . T
blockSeqs : . . . . G . . T . . . . . . C . . . . G G . . . . A . A . . . . . . A . . . . . T
blockSeqs : . . . . T . . T . . . . . . G . . . . G G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . T . . T . . . . . . A . . . . A G . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . T . . . . . . A . . . . G G . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . C . . . . . . C . . . . A C . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . G . . . . G G . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : T*******************
originalCons : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGNTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGNANGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTG-----A-------------TACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
finalCons : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA----------T-ATAATGACGTCAGNTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGNANGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGAC-A-------TTGT-------------------ACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
Alignments
lowQualScore : 111 111111111111111111 11111111111111111111111 11111111111111 11111111111111 222222222 11
lowQualScore : 666 33 0 55 1 77777777 11 1 5555555555 2 222222222222222222 5555555555 11 1 33333 222 33 33333 1 2 1 2 2 22 22 222 444444 44444444444444444444444 9999999 3 44444 22 77777777777 22 7777777777 2 3 22 1 222 555 77777777 0 2 333 00000000000000 6 22 2 9999999999 2 5555 0 33 2 2 777777 2 2 44444444444444 2 777777777 444 22 2 444 2 2 3
lowQualScore : ... .. . .. . ........ .. . .......... . .................. .......... .. . ..... ... .. ..... . . . . . .. .. ... ...... ....................... ....... . ..... .. ........... .. .......... . . .. . ... ... ........ . . ... .............. . .. . .......... . .... . .. . . ...... . . .............. . ......... ... .. . ... . . .
lowQualScore : 222 77 7 99 4 88888888 88 3 8888888888 8 777777777777777777 8888888888 88 3 33333 333 66 33333 4 8 4 4 4 00 00 555 111111 88888888888888888888888 7777777 0 00000 22 66666666666 22 0000000000 8 2 22 7 999 888 55555555 1 1 777 33333333333333 3 99 2 2222222222 1 0000 1 44 5 5 222222 5 5 77777777777777 7 000000000 777 77 5 777 7 9 3
consensus : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATGACGTCAGNTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGNANGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGA---------------------C-ATTG------TACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
Reference ( family-612 ) : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATGACGTCAGNTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGNANGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGA---------------------C-ATTG------TACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108997 : AAAATACA---AT--TCACCCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATGACGTCATTTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CAGATCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTTGTGA---------------------C-ATTGCATTAATAGTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---A----AAGTCAGATT-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----AAATAGATG--AATTTGTTG-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108998 : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGCTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGCAGGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTTA---------------------C-ATTG------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATATT---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------ATAGGAATGTA-ACCC----TAATAGATT--AATTTATTA-GT-GAAGAACAGACA------TACAAAGGCTAA-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCATTTCACACCTCTGTT--AAAA-TGCAGCGAAAGTATGAATA---ATTTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT
gi|108999 : AAAATACA---AT--TCACCCATTTTTGACAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AA----------AATGACGTCATGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTCTGA-----C-CAAGA-G-CGGATCCAGCATGA--CGC--TA---AAT------ACTGATGA---------------------T-ATTG------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---A----AAGTCAGATA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGAAATGTA-ACCC----TAATAGATG--AATTTGTTT-TT-GGAGAACAGACA------TACAAATACTAC-G--A----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCTt
gi|109000 : AAAATACA---AT--TAAACCAATTTCTACAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CATATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTCTGA-----T-CAAGA-G-CGTATCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGA---------------------C-ATTG------TACTTT-----TA--A-----------T--AGC----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----GT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCG----TAATAGCTA--AATTGGTTA-GT-GGAGAACAGAAA------TACAAAGGCTAC-GAAA----A---------AA-A---------A---TGCTTTGCACACCTCTGTA-AAAAA-t
gi|109001 : AAAAAAAA---GT--TCACCCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA--TTAT----------AATGACGTCAGGTTGGTCATGTTGGTCATGTTGT----------ATA--CGTATTGGCATTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAATA-G-TGGGTCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGA---------------------C-ATTG------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TCG-AA--ATA-T---T---T---A----AAGTCAGATA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------CTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGATG--AACTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATGATTAAGTG-AGATGAAAA-ACTTT-CACTTCTa
gi|109002 : AAAATTAA---AT--TAAACTATTTCCCGCAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AA----------AATGACGTCAGGTT------------------GT----------ACA--CGTATAGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGCATGT--AGC--TT---AAT------ACTGGTGA---------------------C-ATTG------TACTTT------A--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---C----AAGTCATAGA-A---T----A----------T-A--TGAA-GG----------TTGGGAATGTA-ATCA----TAATAGTTG--AATTTGTTA-GC-AGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACTGCTCTGTTAAAAAA-CGCAGTGCAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTCAAAC-ACTTT-TAt
gi|109003 : AAGATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAACAGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATGATGTCCGGTT------------------GT----------ATA--CGCATTGGCATTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----A-CAAGA-G-CGGATCCAGAATGT--AGC--TG---AAT------ACTGGTGA---------------------CAAATG------TATTTT-----GA--A-----------T--AGA----------TGG-AA--ATT-T---T---T---T----AAGTCAGA---------------AG-----TT-AGGTGAA-GG----------TTAGGAATGTA-GGCT----TAATAGTTG--AAATTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-GA----A---------AA-AAAATTGAATA---TGCTTTTCACACCTCTGTTAAAAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATA---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTT
gi|109004 : AAAATACA---AT--TCAACCATTTTCCACAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-T-----AGC---T-GTTTTGA-----C-CAAGA-G-CGGATCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTAACATTGTACTTTGAATAGTGATC-ATTG------TACTTT-----GA--A-----------T--AGTGATCAATAGTCGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGGCACAGA-A---C----AT-AAATTAATT-A--TAAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCT----TAATAGTTG--AATTTGT---AT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----ACAT------AA-A---------A---TGTTTTTCACACCTCTGTTTAAAAA-TGCAATGGAAGTATGAACG---AGGTG-AGGGGAAAA-ACTTC-TACTTCT
gi|109005 : AAAATACA---AT--TAAACCATTTTCCACAAC----A--T-GT----G---TA--T-AT----------AATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTTGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-AAAGA-G-CGGATCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGA---------------------C-AGTG------TACATT-----GAATA-----------T--AGT----------TGG--A--CTA-T---T---T---T----AGGTCAGAGA-A---T----AT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTT-ACCCTATATAATAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAGAACAGACA------TACAAAGGATAC-G-AA---------------------------------------------------AAAAA-TGCAGTAAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCTt
gi|109006 : AAAATACA---GT--TAAACCATTT-CCACAACTGATA--T-GA----T---TA--T-AT----------AATGACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGATG-A-----CGT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGGGTCCAGCATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGA---------------------C-ATTG------TACTTT-----TA--A-----------C--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTCAGAGA-A---T----GT-AA-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-
gi|109006 : TGTA-CTTT----TAACAGTTGGAAATATTTTAAGTCAGAGAATGTAAT------TATGAAGGTTAG-G-AATGTAG---------AA-A---------A---GGCTTTGCACACCTCTGTT-AAAAAATGCAGCGAAAGTATGAATG---ATGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TTTTTCTgaaaaggctttgcacacctctgttaaaaaatgcagcgaaagtatgaatgatgtgaggtgaaaaacttttttttctt
gi|109007 : aaaatacagttaaaccatttccacaactgatatgattatataatgacgtcaggttgtatacgtattggcgttgatgacgttattttgatcaagagcgggtccagcatgtagctaaatactggtgacatAAAATGTA---AC--TAAACCATTTCCCACAACTGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATAACGTCAGGTT------------------GT----------ATA--CGTATTGGCGTTGGTG-A-----CGT---T-GTTTTGA-----G-CAAGA-G-CGGATCCAGAATGT--AGC--TA---AAT------ACTGGTGA---------------------C-ATTG------TACTTT-----GA--A-----------T--AGC----------TGG-AA--ATA-----T---T---T----AAGTCAGAAA-A---T----G----------T-A--TGAA-GG----------TCAt
gi|109008 : AAAATATA---AT--TAAACCATTTTCCACAAATGATA--T-GT----T---TA--T-AT----------AATGACTTCTTGTT------------------GT----------ATA--TGTATTGGC--------------CGT---T-ATGCTGA-----T-C--GA-G-TGGATCCAAAATGTAGAGC--TA---AAT------ACTGGTGA---------------------C-ATTT------CACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---G---T----AAGTTGG--------T--------------TC-G--T----GG----------TTAGAAATGTA-AGCC----TTATAGTGG--AATTGGTTC-TT-GGAGA
gi|109008 : TTCACACCTCTGTT-ATAA--CGCAGTGAAAGTTTTAATG---AAGTGTAGGTGGGGA-ACCTTATACcttcacacctctgttataacgcagtgaaagttttaatgaagtgtaggtggggaaccttatac
gi|109009 : aaaatataattaaaccattttccacaaatgatatgtttatataatgacttcttgttgtatatgtattggccgttatgctgatcgagtggatccaaaatgtagagctaaatactggtgacatttcactctgaatagttggaaatattgtaagttggttcgtggttagaaatgtaagccttatagtggaattggttcttggagacAAAATACAT--AC--TTAACCATTCTCCACAACAGACG--T-AT----C---AA--T-AT----------AGTGATGTCAATTT------------------AT----------GTA--CATATGGACGTTGATA-A-----TGT---C-CATTTGC-----T-CAAAT-T-CAAATCAAGGCAGT--AGT--TG---AAT------ACTGGAGA---------------------A-AT-------------C-----AA--A-----------C--A-T----------TAA-AA--ATA-T---T---TACCA----AAGTCACTGG-ATTCT----AT-AA-----TTCA--T----TG----------TTAGGAGTGTA-A
gi|109010 : AAAATACAT--AC--TGAACCATCCTCCACAACTGATA--T-GT----C---TA--T-GT----------AATAACATCAACTT------------------TT----------AAA--CGTTTTGATGTTGATG-A-----GAC---A-ATTTTGT-----T-AAAGC-A-TGGATCCAG-AGGT--A----CA---TGT------GCTGGTGA-----------------------A----------ACTCT-----GA--G-----------T--GGT----------T---AA----------T---T---T----AA-----AGC-A---T----CT-AA-----TT-A--T
gi|109011 : AAATTGCAT--AC--TAAACCATTCTCTACAGCTAATA--T-ATGTATC---TA--T-GT----------AATGACGT-----T------------------GT----------ATATTCATATTGACATTTATG-A-----TGT---C-GATTTGC-----T-CAAGA-G-TGAATTAAGGA-GT---GC--TA---CAT--------TGGCAA---------------------A-AT-------------T-----AA--G-----------T--AGT----------TAA-AA--ATA-TCAAC---T---T----AAGTCA
gi|109012 : AAAATATGT--AG--TGAGCCATTCTCCATAACTGATA--T-GT---------A--T-AT----------AATGATGGCGGTTT------------------AT----------ATA--TGTATTGACATTGGTG-A-----CAC---T-GTTCTGA-----ataa
gi|109013 : AAATACA---AT--TAAAACACTTTC-ACAACTGATA--C-GT----T---TA--T-AT----------AATGACGTCAGGCT------------------GT----------ATA--CGTACTGGCATTGATG-A-----CAT---T-ATTTTGA-----T-CAAGA-G-CGTATCCAGCATGT--AGC--TT---AAT------ACTGGTGA---------------------C-AATG------TACTTT-----GA--A-----------T--AGT----------TGG-AA--ATA-T---T---A---T----AAGTCAAAGA-A---T----AT-AC-----TT-A--TGAA-GG----------TTAGGAATGTA-ACCC----TAATAGTTG--AATATGTTA-GT-GGAGAAAAGCCA------TACAACGGCTAC-G-AA----A---------AA-AATAGAT---A---TGCTTTTCACACCTCTGTTAAAAAA-TGCATTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGATGAAAA-ACTTC-TA
gi|109014 : AAATATA---AT--GAAAGCATTTTCCACAACTAATT--T-GT---------A--A-AC----------AATGACGTCAGATT------------------GTTTGTTTTTTTATA--CGCATTGGCGTTGATT-A-----TGT---T----TTGA-----T-CAAGA-G-CGGATCCAGAATGT--AGC--TA---AAT------ACTTGTGA---------------------C-ATTG------CACTCT-----GA--A-----------A--AGT----------TCG-AA--ATA-T---T---T---T----AAGTGAGAGA-A---T----A----------T-A--TGAA-GGCAATTCATCTTTAGGAATGTA-GGCC----CAACAGTTG--AATTTGTTA-GT-GGAAAACACACATATATCTACAATGGCCAA-G-AA----A---------AA-ATATGAAT--A---TGCCTTTTACACCTCTCTT--AAAA-TGCAGTGAAAGTATGAATG---AAGTG-AGGGGA
gi|109015 : AAATATA---AT--TAAATTATTTTCCACTAATGATG--T-GT---------A--T-AT----------AACGACATCAGCTT------------------GT----------ATA--TGCTTTGGCGTCGATA-A-----CGT---T-CTTTAGA-----T-CAAGT-GTC--ATTAAAAAAAA--AAC---G---CAT------ATCGGTGA---------------------C-ATTG------TACTCT-----GA--A-----------T--AGT----------TTG-AA--
gi|109016 : AAATACATA-ATAATGAATCGTTTTCTTCAATTGATA--T-GTGT--C---TA--A-AT----------AATGACGTCACATT------------------GT----------TTA--CATGTTGATGCTGATG-ACTTCGCAT---T-GTTTTGC-----T-CAAGT-G-CAGATCAAGGAGGT--GACAGTG---AATCATAAAAC-----A---------------------C-ATT-------TATT--------A--A-----------A--AGC----------TGC-AA--ATT-C---T---T---T----A--TTAAAGATA---TGCAGGT-GA-----TTCA--TCA--------------TTAGGAAT-------C----GAACAAACG--GAATTATTA-CA-GGAGAACGGACA------TTCAAAGGTTAC-A-AA----A---------
gi|109017 : AAATACAT--AC--AGAACAATTCTCCACAATTCATG--TAGA----T---CAAAT-AT----------AATGACATCAGTTT------------------AC----------ATA--TATGTCGAAATTGATG-A-----TGT---T-GGTTTGC-----T-CAGGT-G-TAGATCTTGGGGGT--AGT--TA---AAT------ACCGGAGA---------------------A-ATTA------AACTCC-----CA--G-----------T--TGT----------TAG-AA--ATA-T---TTACT---T----AACTCA
gi|109018 : AAATACATATAC--TGAACAGTTCTTCACAACTGATG--C-AT----T---GA--T-AT----------AATGACATCAGTTTTAAA--------------AT----------ATA--TGCATTGACATTGATG-A-----TG-------TTTTAA--------AAAA-G-CTGA
gi|109019 : AAATACAT--AT--TTAACCATTCTCCACAATTCATA--T-TT----TTTCTG--T-AT----------AATGATGTCAGTCT------------------A-----------AAA--CATAATGATATTGATG-G-----TGT---CAATATTGC-----T-CACAC-G-CGG-TCAAGGAGGT--AGT--TAGTTGAT------ACT
gi|109020 : AAATTTA---ATA-TGGACCATTCTCCATAATTCATGCTT-GT----G---TA--T-AT----------AATGACACTAG-TT------------------AT----------ATA--C--ATTA----TGATGCA-----AGT---C-CCACTGATACGCT-CAAGT-G-CAGATCCAGTTCG---AGT--TA---AAT------ACTGGTGA---------------------A-ATT
gi|109021 : AATGCAT--AC--TGAACCATTATCTACAATTATTA--T-GT----G---TA--T-ATCACTCTGTATGATGATGTCAGTTT------------------AC----------ATA--CATATTGACGTTGGCG-A-----TAT---T-GTTATGC-----TACAGCA-A-CG-ATCCTGGAGGT--AGT--TA---ACT------TTTGGTGA---------------------A-ATTA------AAAACT-----GA--G-----------A--ACT----------TAA-AA--ATA-T---T---TAC-TA---AAGTTAG
gi|109022 : --TAACCTATTCTTCACAATTCGTACTT-GT----T----A--T-AT----------AATGGTGTCAGTCT------------------AA----------A-------AT-GACGTTGATG-A-----TGT---C-AATAT-A-----C-CAAGACG-TGGGTCCAGGGGAT--ACT--TA---AAT------GCCAGTGA---------------------A-ATTA-----------------AA--A-----------TAGAGT----------TAATAAGTATA-T---T---T---TATAAAAGTCAG
gi|109023 : CCATTCTCCACTATCAATACTT-GT----T----A--T-TT----------AATGACATTGGTCT------------------GT----------AGA--CATAATGTTGTTGATG-A-----CGTCGAT-AT----A-----C-TAAGGCG-TGGATCCAGAAGGT-------TA---AAT------AGCAGTGA---------------------A-ATTT------AACTCT-----TA--G-----------T--AGT----------T---AA--ATA-T---G---T---T----
gi|109024 : AACTG-----T-GT----T---TA--T-AT----------AATGATGTCAGCTT------------------AC----------ATA--GGTGTTGACATTAATG-A-----CAG---T-CTTTTGT-----T-CAAGC-A-CAAATCCTGGAGGA--AGT--TA---AAA------AGT-CTGC---------------------C-A--------------------GA--G-----------T--AGT----------T-A-AA--ATA-T---TAACT---A----AAGCCAG
gi|109025 : ----T---CA--T-AT----------AATGATATCAGCTC------------------AT----------ATT--CATAT--ACGTTT-TG-G-----CGT---T----TTGA-----T-CAGGC-C-CGGATCCAGATCAT--TGT--AA---AAT------ACCAGTGA---------------------A-ATTGATTAA-TAATCTAGTTAGA--AATATCTAGCTAT--AGT----------TAGCAA--ATG-C---T---T---T----ATTTCAAGAA-A---T----AA-AG-----TTAA--TGCATTG----------TTAGGAGTGTA-AC-------AATA
gi|109026 : ---TA--T-AT----------AATGATGTCAGTTT------------------AT----------ACA--CATATTAACATTGATG-A-----CAT---C-GGTTTGT-----C-TAGGA-G-CGGGTGTAGGCGAT--AGT--TA---AAT------A
gi|109027 : A-A---T----ACCAA-----TT-A--TGAT-GG----------T----AATTCA-TTGT----TAGGAATGA--AATTTCCTA-GT-GGAGAACAGACA------TACTATTGCTAC-G-AA----ATTTTTTTTGAA-T---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT--AATA-TACAGTGAAAGTATGATTG---AAGTG-A---GAAAA-A
gi|109028 : gataata----------TTAGGAATGTAGGCAT----TAA-AGTTA--AATTTGTTA-GT-GGAAAACAGACA------TACAAAGGCTAC-G-AA----A---------AACA---------ATTTTGCTTT-------TCTGTTAAAAAA-AGCAGTCAAACTATGAATG---AAGTG-GGG-GAAAACACATT-
gi|109029 : CA------AACAAGGATTTCAG-TA----A---------AA-A---------A---TGCTTTTCACACCTCTGTT-AAAAA-TTCAGTGGATGTATGAATG---AAGTG-AGGTGAAAA-ACTTT-TACTTCT