lowQualScore : 1111 1 1111
lowQualScore : 6 66 1 22 22 1 9999 1 555 1 1 3 222 2 6 1 333 11 9999999 33333 4444444 2 5555
lowQualScore : . .. . .. .. . .... . ... . . . ... . . . ... .. ....... ..... ....... . ....
lowQualScore : 0 00 5 11 11 5 5555 4 000 4 3 0 333 4 4 3 666 88 9999999 33333 8888888 8 4444
consensus : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-T-TT-TTT--GAGAA-AA-GCACC---AAACTTGGCACAAACATA-G--TA--CAAG----G-----TT------AACTGATTA-TTT---TAACACCGAGACCCACTTTCAA
Reference ( gi|133592 ) : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-T-GT-TTT--GAGAA-AA-GCATC---AAACTTTGCACAAGCATA-G--TA--CGAA----G-----TC------AACTGATTA-TTT---AAACACCGAGACCCACTTTCAA
gi|133595 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-T-GT-TTT--GAGAA-AA-GCATC---AAAATTTGCACAAACTTA-G--TA--CAAA----G-----TC------AACTGATTA-TTTA--AAACACCGAGACCCACTTTCAA
gi|133594 : ATATGGTGCTCT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-T-TT-TTT--GAGAA-AA-GCATC---AAACTTGGCACAAACATA-G--TG--CAAG----G-----TT------AACTGAATA-TTT---AAACACCAAGACCGACTTTTAA
gi|133596 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-T-TT-TTT--GAAAA-TA-GCATC---AAACTTGGCACAAACATA-G--TA--CAAG----G-----TC------AACTAATTA-TTT---TTAGACCGAGACCAACa
gi|133593 : ATATTTTGTAGT-CTAT--TGAGAGA-A--G--TGTGC-C-TTAT-TTT--GAGAA-AA-GCACC---AAACTTGGCACAAACATA-G--TA--CAAG----G-----TT------AACTGATTA-TTT---TAACACCGAGTGCCACTTTCAAcatgagactttcaaa
gi|133597 : ATACGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--AGTGC-C-C-TT-TTT--TAGAA-AA-GCACC---AAACTTGGCACAAACATA-G--TA--CAAG----G-----TC------AACTTATTA-TTT---GATGACCAAAACCCACa
gi|133598 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGT-C---ATATTT--GAGAA---------------CTTGGCAAAGACATA-G--TA--CAAT----G-----TT------AACTGATTA-TTT---TTACACCGAGACCCACTTTCAA
gi|133601 : ATATGGTACAGT-ATTT--TGAGAAA-A--G--TTTGC-C-T-TT-TTC--TAGAA-AA-TCATC---AAACTTGGCACAAACAT-----T-----------G-----TC------AACTGATTA-TTT---TAAAACCGAGACCCACa
gi|133599 : ATATGGTGAAGT-ATAG--TGAGAGA-A--T--TGTGC-T-T-TT-TTT---AGAA-AA-GCACC---AAACTTAGCACAAAGATA-G--AA--CAAG----G-----TT------AACTTATTA-TTTTTAAGACA--GAGACTCAC
gi|133600 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-G--T--TGTGC-C-T-TT-TTC--GAGAA-AA-GCATC---AAACTCGGCACAAAAACA-G--TA--CAAG----G-----TT------AACcgcgagactttcaaa
gi|133603 : ATATCGTGCAGT-ATAT--TAAAAGA-A--T--TTTGC-C-T--T-TTT-----------GCACC---AAACTTTGCACAAACATA-G--TA--
gi|133605 : ACATTGTGAAGC-ATAT--TGAAAGA-A--T--TGTGC------------------------ACC---AA-CTTCGCACAAATATA-G--TA--CAAT----G-----TC------AACTAATTGTTTT---TAAGACCGGCACCCGCgacaagatttgttgttgttt
gi|133604 : ATATGGTGCAGT-AATT--TGAGAGA-A--A--TAT-----T-AC-TT----AGCACAA-GCTTA---ACACTAAGCACAAGCAAA-A--TA--CAAG----A-----TC------AACAACTTA-TTT---GAAGACCTAAACCTA-TTGCAA
gi|133602 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTAC-C-T-TT-TTa
gi|133606 : ATATGGTGAAATCATATCGTGAAAGA-A--T--TG-AA-C-G-AT-TTTCCAAAAA-AA-ACA-----AAACTTCCAAAAAATATA-G--AA--CAAT----A-----TT------ACTTAATTG-TTT---AT-CACCGAGACCAACT
gi|133607 : TATTGTGCACT-ATAT--TATTAAA-A--T--TGTGC-C-T-TT-TTT--GA-AA-AA-GCATT---AAATTTGGCACAAACAAA-G--TA--CAAG----G-----CT------AACGGATTA-TAT---TAACACCAAGATCCACGTTCAAattgaaa
gi|133608 : ATAGTGGAGTCATTTCGTGACAAA-A--T--TATGC-CAT-TT-TTT--TAGAA-AA-GCACC---AAACTTGGCACAAACATA-G--AA--AAAT----G-----CT------AACTGATTA-TTT---TAACGCCGAGGCCCACTTTTAAa
gi|133609 : TAGTGGAGCCATCT--CGTGAAA-A--T--TATTC-C-A-TT-TTT--GAAAA-AA-ATAT---------TGGCACAAACAAA-G--AA--CAAT----G-----TG------ATCTGGTTA-TTT---TAACACTGATACC-ACTTTTAAa
gi|133610 : TGGAGCAG--ATTTG-TGAGATA-A--TCTTGTGCAT-T-TT-TTT--TACAA-AA-GCACC---GAACTTGACACAATGAGA-G---A--C-AA----GACTTTTCCAGCAAAACTGGGTA-TT-------------GATCCACTTTCAAa
gi|133611 : GGTGCAGA-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTAC-C-T-TT-TTT--GTGAA-AAAGCACA---AAACTTGGCACAAACATA-G--TA--CAAG----G-----TT------AACTGATTT-TCT---TAACACTGAGACCCACTTTCAAa
gi|133612 : -ATTT--TGTGAAA-ACTT--TATTC-C-A-TT-TTT--GAGAA-AC-GCACC---AAACTTGGCACAAACATATG--T---CAAG----G-----TT------AACTGATTA-TAT---TGACACCTAGACCCACTTTCGAa
gi|133613 : TAT--TGAAAAT-A--G--TGTGC-CAT-TT-TTT--GAGAA-AA-GCACC---GAA-----------CATA-GAATA--TG------G-----TT------AACTAATT--T--------------GACCCACTTTCAAa
gi|133614 : T--TGAAAAA-A--T--TGTGC-C-A-TT-TTT--GAGAA-AT-GCACC---AAACTTGGCAAAAACATC-A--AA--CAAG----G-----CT------TACTTATTATTTT---TAACACCGAGACCCACTTTCAAa
gi|133615 : --TGAAAAA-A--A--TGTAA-C-A-TT-TTT--GAGAA-AA-GCATC---AAACTTCGCACAAACATA-G--AA--CAAG----G-----TT------GACTGATTA-TTT---TAACACCGAGACCCACTTTCAAa
gi|133616 : --TGAAAAA-A--T--TGTGC-C-A-TT-TTT--TAGAA-AA-CCACT---TAACTTGGCACAAACATA-G--AA--CAAG----G-----TT------AGCTGATTA-TTT---TAACACCGAGACCCACATTCAAa
gi|133617 : --TGAAAAATA--T--TGTGC-C-A-TT-TTT--GAGAA-AA-GTAGCCCAAAACTTGGCACAAACATA-GG-TAAGCAAG----G-----TT------AGCTGATTA-TTT---TAACACCGAGACa
gi|133619 : -A--T--TGTGC-C-T-TT-TTT---AGAA-AA-GTACC---AAACTTGGCACA----TA-G--TA--CAAG----G-----TC------AAATAATTA-TTT---AAAGACCGAA----ACTTTCAA
gi|133618 : T-TTT--GAGAA-AA-GCATC---AAACTTCGCACAAACATA-G--AC--CAAG----G-----TT------GACTGATTA-TTT---TAACACCGAGACCCACTTTCAAa
gi|133621 : aaaaaaatgtaacatT-TTT--TAGAA-AA-GCACC---A--CT-------AACAGA-A--TA--AAAATTAGG-----CC------AACTGATTA-TTT---TAAGACCATGACCCACa
gi|133620 : tt-TTT--GAGAA-AA-----------ATTTGGCATAAACATA-G--TA--CATG----G-----TT------GACTGATTA-TTT---TAACACCGAGACCCACTTTCAAcacgagactttcaaa
gi|133622 : cttgAA-AA-TCACC---AAACTTGGTACCAACGTA-T--TT--CGAA----G-----AC------AACTCATTA-TTT---TAAGACCAAGACCAACa
gi|133623 : -GCACC---AAACTTAGCACAAACATA-G--AA--CAAG----G-----TT------AACTGATTA-TTT---TAACACCGAGACCCATTTTAAAcctgagactttcaaa
gi|133624 : AG----G-----TT------AACTAATTA-TTT---TACCACCAAGACCCACTTTCAAa
Alignments
lowQualScore : 5 55 1 22 22 1 4 1 1 1 1 11 11 1 1 4444 11 5555555555 3 1
lowQualScore : . .. . .. .. . . . . . . .. .. . . .... .. .......... . .
lowQualScore : 7 88 4 00 00 4 0 3 8 3 3 88 88 3 3 0000 88 5555555555 9 3
consensus : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTT----------AACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAA
Reference ( family-610 ) : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTT----------AACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAA
gi|133592 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TG-TTTTGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-CTTTGCACAAGCATA-G-T--A--CGAAGTC----------AACTGATTA-TTT-AAACACCGAGACCCACTTTCAA
gi|133593 : ATATTTTGTAGT-CTAT--TGAGAGA-A--G--TGTGC-C-TTATTTTGAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTT----------AACTGATTA-TTT-TAACACCGAGTGCCACTTTCAA
gi|133594 : ATATGGTGCTCT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--G--CAAGGTT----------AACTGAATA-TTT-AAACACCAAGACCGACTTTTAAa
gi|133595 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TG-TTTTGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-ATTTGCACAAACTTA-G-T--A--CAAAGTC----------AACTGATTA-TTTAAAACACCGAGACCCACTTTCAAa
gi|133596 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGAA-AATA-GCA--TCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTC----------AACTAATTA-TTT-TTAGACCGAGACCAAC
gi|133597 : ATACGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--AGTGC-C-CT-TTTTTAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTC----------AACTTATTA-TTT-GATGACCAAAACCCACcatgagactttcaaa
gi|133598 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGT-C-AT-ATTTGAG-AA----------------CTTGGCAAAGACATA-G-T--A--CAATGTT----------AACTGATTA-TTT-TTACACCGAGACCCACTTTCAA
gi|133599 : ATATGGTGAAGT-ATAG--TGAGAGA-A--T--TGTGC-T-TT-TTTT-AG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTAGCACAAAGATA-G-A--A--CAAGGTT----------AACTTATTATTTT-TAAGACAGAGACTCACa
gi|133600 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-G--T--TGTGC-C-TT-TTTCGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-CTCGGCACAAAAACA-G-T--A--CAAGGTT----------AACcgcgagactttcaaa
gi|133601 : ATATGGTACAGT-ATTT--TGAGAAA-A--G--TTTGC-C-TT-TTTCTAG-AAAA-TCA--TCA--AA-CTTGGCACAAACAT----T---------GTC----------AACTGATTA-TTT-TAAAACCGAGACCCAC
gi|133602 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTAC-C-TT-TTT
gi|133603 : ATATCGTGCAGT-ATAT--TAAAAGA-A--T--TTTGC-C-TT-TTT----------GCA--CCA--AA-CTTTGCACAAACATA-G-TAGA--CAAGATT----------TGTTG-TTG-TTT-
gi|133604 : ATATGGTGCAGT-AATT--TGAGAGA-A--A--TATTA-C-TT------AGCACAA-GCT--TAA--CA-CTAAGCACAAGCAAA-A-T--A--CAAGATC----------AACAACTTA-TTT-GAAGACCTAAACCTA-TTGCAA
gi|133605 : ACATTGTGAAGC-ATAT--TGAAAGA-A--T--TGTGC---------------------A--CCA--A--CTTCGCACAAATATA-G-T--A--CAATGTC----------AACTAATTGTTTT-TAAGACCGGCACCCGCa
gi|133606 : ATATGGTGAAATCATATCGTGAAAGA-A--T--TGAAC-GATT-TTCCAAA-AAAA-ACA----A--AA-CTTCCAAAAAATATA-G-A--A--CAATATT----------ACTTAATTG-TTT--ATCACCGAGACCAACT
gi|133607 : TATTGTGCACT-ATAT--TATTAAA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGA--AAAA-GCA--TTA--AA-TTTGGCACAAACAAA-G-T--A--CAAGGCT----------AACGGATTA-TAT-TAACACCAAGATCCACGTTCAAattgaaa
gi|133608 : ATAGTGGAGTCATTTCGTGACAAA-A--T--TATGC-CATT-TTTTTAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-A--A--AAATGCT----------AACTGATTA-TTT-TAACGCCGAGGCCCACTTTTAAa
gi|133609 : TAGTGGAGCCATCT--CGTGAAA-A--T--TATTC-C-AT-TTTTGAA-AAAA-ATA-----------TTGGCACAAACAAA-G-A--A--CAATGTG----------ATCTGGTTA-TTT-TAACACTGATA-CCACTTTTAAa
gi|133610 : TGGAGCAG--ATTTG-TGAGATA-A--TCTTGTGCAT-TT-TTTTTAC-AAAA-GCA--CCG--AA-CTTGACACAATGAGA-G----A--CAAGACTTTTCCAGCAAAACTGGGTA-TT-----------GATCCACTTTCAAa
gi|133611 : GGTGCAGA-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTAC-C-TT-TTTTGTG-AAAAAGCA--CAA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTT----------AACTGATTT-TCT-TAACACTGAGACCCACTTTCAAa
gi|133612 : -ATTT--TGTGAAA-ACTT--TATTC-C-AT-TTTTGAG-AAAC-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATATG-T-----CAAGGTT----------AACTGATTA-TAT-TGACACCTAGACCCACTTTCGAa
gi|133613 : TAT--TGAAAAT-A--G--TGTGC-CATT-TTTTGAG-AAAA-GCA--C--------------CGAACATA-G-A--A--TATGGTT----------AACTAATT--T------------GACCCACTTTCAAa
gi|133614 : T--TGAAAAA-A--T--TGTGC-C-AT-TTTTGAG-AAAT-GCA--CCA--AA-CTTGGCAAAAACATC-A-A--A--CAAGGCT----------TACTTATTATTTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAAa
gi|133615 : --TGAAAAA-A--A--TGTAA-C-AT-TTTTGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-CTTCGCACAAACATA-G-A--A--CAAGGTT----------GACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAAa
gi|133616 : --TGAAAAA-A--T--TGTGC-C-AT-TTTTTAG-AAAA-CCA--CTT--AA-CTTGGCACAAACATA-G-A--A--CAAGGTT----------AGCTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACATTCAAa
gi|133617 : --TGAAAAATA--T--TGTGC-C-AT-TTTTGAG-AAAA-GTAGCCCA--AAACTTGGCACAAACATA-GGT--AAGCAAGGTT----------AGCTGATTA-TTT-TAACACCGAGACa
gi|133618 : AAAAA-A--A--TGTAA-C-AT-TTTTGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-CTTCGCACAAACATA-G-A--C--CAAGGTT----------GACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAA
gi|133619 : -A--T--TGTGC-C-TT-TTTT-AG-AAAA-GTA--CCA--AA-CTTGGCACA----TA-G-T--A--CAAGGTC----------AAATAATTA-TTT-AAAGACCGAA----ACTTTCAAa
gi|133620 : -C-TT-GTTTGAG-AAAA------------A-TTTGGCATAAACATA-G-T--A--CATGGTT----------GACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAAa
gi|133621 : -TT-TTTTTAG-AAAA-GCA--CCACTAA-C--AGAATAAAAAT----T--A-----GGCC----------AACTGATTA-TTT-TAAGACCATGACCCACa
gi|133622 : -AAAA-TCA--CCA--AA-CTTGGTACCAACGTA-T-T--T--CGAAGAC----------AACTCATTA-TTT-TAAGACCAAGACCAACcacgagactttcaaa
gi|133623 : -GCA--CCA--AA-CTTAGCACAAACATA-G-A--A--CAAGGTT----------AACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCATTTTAAAcctgagactttcaaa
gi|133624 : AAGGTT----------AACTAATTA-TTT-TACCACCAAGACCCACTTTCAAa
Alignments
lowQualScore : 5 55 1 22 22 1 4 1 1 1 1 11 11 1 1 4444 11 5555555555 3 1
lowQualScore : . .. . .. .. . . . . . . .. .. . . .... .. .......... . .
lowQualScore : 7 88 4 00 00 4 0 3 8 3 3 88 88 3 3 0000 88 5555555555 9 3
consensus : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTT----------AACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAA
Reference ( family-610 ) : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTT----------AACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAA
gi|133592 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TG-TTTTGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-CTTTGCACAAGCATA-G-T--A--CGAAGTC----------AACTGATTA-TTT-AAACACCGAGACCCACTTTCAA
gi|133593 : ATATTTTGTAGT-CTAT--TGAGAGA-A--G--TGTGC-C-TTATTTTGAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTT----------AACTGATTA-TTT-TAACACCGAGTGCCACTTTCAA
gi|133594 : ATATGGTGCTCT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--G--CAAGGTT----------AACTGAATA-TTT-AAACACCAAGACCGACTTTTAAa
gi|133595 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TG-TTTTGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-ATTTGCACAAACTTA-G-T--A--CAAAGTC----------AACTGATTA-TTTAAAACACCGAGACCCACTTTCAAa
gi|133596 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGAA-AATA-GCA--TCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTC----------AACTAATTA-TTT-TTAGACCGAGACCAAC
gi|133597 : ATACGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--AGTGC-C-CT-TTTTTAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTC----------AACTTATTA-TTT-GATGACCAAAACCCACcatgagactttcaaa
gi|133598 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGT-C-AT-ATTTGAG-AA----------------CTTGGCAAAGACATA-G-T--A--CAATGTT----------AACTGATTA-TTT-TTACACCGAGACCCACTTTCAA
gi|133599 : ATATGGTGAAGT-ATAG--TGAGAGA-A--T--TGTGC-T-TT-TTTT-AG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTAGCACAAAGATA-G-A--A--CAAGGTT----------AACTTATTATTTT-TAAGACAGAGACTCACa
gi|133600 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-G--T--TGTGC-C-TT-TTTCGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-CTCGGCACAAAAACA-G-T--A--CAAGGTT----------AACcgcgagactttcaaa
gi|133601 : ATATGGTACAGT-ATTT--TGAGAAA-A--G--TTTGC-C-TT-TTTCTAG-AAAA-TCA--TCA--AA-CTTGGCACAAACAT----T---------GTC----------AACTGATTA-TTT-TAAAACCGAGACCCAC
gi|133602 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTAC-C-TT-TTT
gi|133603 : ATATCGTGCAGT-ATAT--TAAAAGA-A--T--TTTGC-C-TT-TTT----------GCA--CCA--AA-CTTTGCACAAACATA-G-TAGA--CAAGATT----------TGTTG-TTG-TTT-
gi|133604 : ATATGGTGCAGT-AATT--TGAGAGA-A--A--TATTA-C-TT------AGCACAA-GCT--TAA--CA-CTAAGCACAAGCAAA-A-T--A--CAAGATC----------AACAACTTA-TTT-GAAGACCTAAACCTA-TTGCAA
gi|133605 : ACATTGTGAAGC-ATAT--TGAAAGA-A--T--TGTGC---------------------A--CCA--A--CTTCGCACAAATATA-G-T--A--CAATGTC----------AACTAATTGTTTT-TAAGACCGGCACCCGCa
gi|133606 : ATATGGTGAAATCATATCGTGAAAGA-A--T--TGAAC-GATT-TTCCAAA-AAAA-ACA----A--AA-CTTCCAAAAAATATA-G-A--A--CAATATT----------ACTTAATTG-TTT--ATCACCGAGACCAACT
gi|133607 : TATTGTGCACT-ATAT--TATTAAA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGA--AAAA-GCA--TTA--AA-TTTGGCACAAACAAA-G-T--A--CAAGGCT----------AACGGATTA-TAT-TAACACCAAGATCCACGTTCAAattgaaa
gi|133608 : ATAGTGGAGTCATTTCGTGACAAA-A--T--TATGC-CATT-TTTTTAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-A--A--AAATGCT----------AACTGATTA-TTT-TAACGCCGAGGCCCACTTTTAAa
gi|133609 : TAGTGGAGCCATCT--CGTGAAA-A--T--TATTC-C-AT-TTTTGAA-AAAA-ATA-----------TTGGCACAAACAAA-G-A--A--CAATGTG----------ATCTGGTTA-TTT-TAACACTGATA-CCACTTTTAAa
gi|133610 : TGGAGCAG--ATTTG-TGAGATA-A--TCTTGTGCAT-TT-TTTTTAC-AAAA-GCA--CCG--AA-CTTGACACAATGAGA-G----A--CAAGACTTTTCCAGCAAAACTGGGTA-TT-----------GATCCACTTTCAAa
gi|133611 : GGTGCAGA-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTAC-C-TT-TTTTGTG-AAAAAGCA--CAA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTT----------AACTGATTT-TCT-TAACACTGAGACCCACTTTCAAa
gi|133612 : -ATTT--TGTGAAA-ACTT--TATTC-C-AT-TTTTGAG-AAAC-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATATG-T-----CAAGGTT----------AACTGATTA-TAT-TGACACCTAGACCCACTTTCGAa
gi|133613 : TAT--TGAAAAT-A--G--TGTGC-CATT-TTTTGAG-AAAA-GCA--C--------------CGAACATA-G-A--A--TATGGTT----------AACTAATT--T------------GACCCACTTTCAAa
gi|133614 : T--TGAAAAA-A--T--TGTGC-C-AT-TTTTGAG-AAAT-GCA--CCA--AA-CTTGGCAAAAACATC-A-A--A--CAAGGCT----------TACTTATTATTTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAAa
gi|133615 : --TGAAAAA-A--A--TGTAA-C-AT-TTTTGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-CTTCGCACAAACATA-G-A--A--CAAGGTT----------GACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAAa
gi|133616 : --TGAAAAA-A--T--TGTGC-C-AT-TTTTTAG-AAAA-CCA--CTT--AA-CTTGGCACAAACATA-G-A--A--CAAGGTT----------AGCTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACATTCAAa
gi|133617 : --TGAAAAATA--T--TGTGC-C-AT-TTTTGAG-AAAA-GTAGCCCA--AAACTTGGCACAAACATA-GGT--AAGCAAGGTT----------AGCTGATTA-TTT-TAACACCGAGACa
gi|133618 : AAAAA-A--A--TGTAA-C-AT-TTTTGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-CTTCGCACAAACATA-G-A--C--CAAGGTT----------GACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAA
gi|133619 : -A--T--TGTGC-C-TT-TTTT-AG-AAAA-GTA--CCA--AA-CTTGGCACA----TA-G-T--A--CAAGGTC----------AAATAATTA-TTT-AAAGACCGAA----ACTTTCAAa
gi|133620 : -C-TT-GTTTGAG-AAAA------------A-TTTGGCATAAACATA-G-T--A--CATGGTT----------GACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAAa
gi|133621 : -TT-TTTTTAG-AAAA-GCA--CCACTAA-C--AGAATAAAAAT----T--A-----GGCC----------AACTGATTA-TTT-TAAGACCATGACCCACa
gi|133622 : -AAAA-TCA--CCA--AA-CTTGGTACCAACGTA-T-T--T--CGAAGAC----------AACTCATTA-TTT-TAAGACCAAGACCAACcacgagactttcaaa
gi|133623 : -GCA--CCA--AA-CTTAGCACAAACATA-G-A--A--CAAGGTT----------AACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCATTTTAAAcctgagactttcaaa
gi|133624 : AAGGTT----------AACTAATTA-TTT-TACCACCAAGACCCACTTTCAAa
blockSeqs : C CG T CT CT A A A G C A GC CT A T TAG AG TTTCCAGCAA T A
blockSeqs : C CG . . . . A . G . . . . . . GT . . T .
blockSeqs : C G . . . . A . G . . . . . . T . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTT----------AACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAA
finalCons : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTT----------AACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAA
Alignments
lowQualScore : 5 55 1 22 22 1 4 1 1 1 1 11 11 1 1 4444 11 5555555555 3 1
lowQualScore : . .. . .. .. . . . . . . .. .. . . .... .. .......... . .
lowQualScore : 7 88 4 00 00 4 0 3 8 3 3 88 88 3 3 0000 88 5555555555 9 3
consensus : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTT----------AACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAA
Reference ( family-610 ) : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTT----------AACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAA
gi|133592 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TG-TTTTGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-CTTTGCACAAGCATA-G-T--A--CGAAGTC----------AACTGATTA-TTT-AAACACCGAGACCCACTTTCAA
gi|133593 : ATATTTTGTAGT-CTAT--TGAGAGA-A--G--TGTGC-C-TTATTTTGAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTT----------AACTGATTA-TTT-TAACACCGAGTGCCACTTTCAA
gi|133594 : ATATGGTGCTCT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--G--CAAGGTT----------AACTGAATA-TTT-AAACACCAAGACCGACTTTTAAa
gi|133595 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TG-TTTTGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-ATTTGCACAAACTTA-G-T--A--CAAAGTC----------AACTGATTA-TTTAAAACACCGAGACCCACTTTCAAa
gi|133596 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGAA-AATA-GCA--TCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTC----------AACTAATTA-TTT-TTAGACCGAGACCAAC
gi|133597 : ATACGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--AGTGC-C-CT-TTTTTAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTC----------AACTTATTA-TTT-GATGACCAAAACCCACcatgagactttcaaa
gi|133598 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTGT-C-AT-ATTTGAG-AA----------------CTTGGCAAAGACATA-G-T--A--CAATGTT----------AACTGATTA-TTT-TTACACCGAGACCCACTTTCAA
gi|133599 : ATATGGTGAAGT-ATAG--TGAGAGA-A--T--TGTGC-T-TT-TTTT-AG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTAGCACAAAGATA-G-A--A--CAAGGTT----------AACTTATTATTTT-TAAGACAGAGACTCACa
gi|133600 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-G--T--TGTGC-C-TT-TTTCGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-CTCGGCACAAAAACA-G-T--A--CAAGGTT----------AACcgcgagactttcaaa
gi|133601 : ATATGGTACAGT-ATTT--TGAGAAA-A--G--TTTGC-C-TT-TTTCTAG-AAAA-TCA--TCA--AA-CTTGGCACAAACAT----T---------GTC----------AACTGATTA-TTT-TAAAACCGAGACCCAC
gi|133602 : ATATGGTGCAGT-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTAC-C-TT-TTT
gi|133603 : ATATCGTGCAGT-ATAT--TAAAAGA-A--T--TTTGC-C-TT-TTT----------GCA--CCA--AA-CTTTGCACAAACATA-G-TAGA--CAAGATT----------TGTTG-TTG-TTT-
gi|133604 : ATATGGTGCAGT-AATT--TGAGAGA-A--A--TATTA-C-TT------AGCACAA-GCT--TAA--CA-CTAAGCACAAGCAAA-A-T--A--CAAGATC----------AACAACTTA-TTT-GAAGACCTAAACCTA-TTGCAA
gi|133605 : ACATTGTGAAGC-ATAT--TGAAAGA-A--T--TGTGC---------------------A--CCA--A--CTTCGCACAAATATA-G-T--A--CAATGTC----------AACTAATTGTTTT-TAAGACCGGCACCCGCa
gi|133606 : ATATGGTGAAATCATATCGTGAAAGA-A--T--TGAAC-GATT-TTCCAAA-AAAA-ACA----A--AA-CTTCCAAAAAATATA-G-A--A--CAATATT----------ACTTAATTG-TTT--ATCACCGAGACCAACT
gi|133607 : TATTGTGCACT-ATAT--TATTAAA-A--T--TGTGC-C-TT-TTTTGA--AAAA-GCA--TTA--AA-TTTGGCACAAACAAA-G-T--A--CAAGGCT----------AACGGATTA-TAT-TAACACCAAGATCCACGTTCAAattgaaa
gi|133608 : ATAGTGGAGTCATTTCGTGACAAA-A--T--TATGC-CATT-TTTTTAG-AAAA-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-A--A--AAATGCT----------AACTGATTA-TTT-TAACGCCGAGGCCCACTTTTAAa
gi|133609 : TAGTGGAGCCATCT--CGTGAAA-A--T--TATTC-C-AT-TTTTGAA-AAAA-ATA-----------TTGGCACAAACAAA-G-A--A--CAATGTG----------ATCTGGTTA-TTT-TAACACTGATA-CCACTTTTAAa
gi|133610 : TGGAGCAG--ATTTG-TGAGATA-A--TCTTGTGCAT-TT-TTTTTAC-AAAA-GCA--CCG--AA-CTTGACACAATGAGA-G----A--CAAGACTTTTCCAGCAAAACTGGGTA-TT-----------GATCCACTTTCAAa
gi|133611 : GGTGCAGA-ATAT--TGAGAGA-A--T--TGTAC-C-TT-TTTTGTG-AAAAAGCA--CAA--AA-CTTGGCACAAACATA-G-T--A--CAAGGTT----------AACTGATTT-TCT-TAACACTGAGACCCACTTTCAAa
gi|133612 : -ATTT--TGTGAAA-ACTT--TATTC-C-AT-TTTTGAG-AAAC-GCA--CCA--AA-CTTGGCACAAACATATG-T-----CAAGGTT----------AACTGATTA-TAT-TGACACCTAGACCCACTTTCGAa
gi|133613 : TAT--TGAAAAT-A--G--TGTGC-CATT-TTTTGAG-AAAA-GCA--C--------------CGAACATA-G-A--A--TATGGTT----------AACTAATT--T------------GACCCACTTTCAAa
gi|133614 : T--TGAAAAA-A--T--TGTGC-C-AT-TTTTGAG-AAAT-GCA--CCA--AA-CTTGGCAAAAACATC-A-A--A--CAAGGCT----------TACTTATTATTTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAAa
gi|133615 : --TGAAAAA-A--A--TGTAA-C-AT-TTTTGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-CTTCGCACAAACATA-G-A--A--CAAGGTT----------GACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAAa
gi|133616 : --TGAAAAA-A--T--TGTGC-C-AT-TTTTTAG-AAAA-CCA--CTT--AA-CTTGGCACAAACATA-G-A--A--CAAGGTT----------AGCTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACATTCAAa
gi|133617 : --TGAAAAATA--T--TGTGC-C-AT-TTTTGAG-AAAA-GTAGCCCA--AAACTTGGCACAAACATA-GGT--AAGCAAGGTT----------AGCTGATTA-TTT-TAACACCGAGACa
gi|133618 : AAAAA-A--A--TGTAA-C-AT-TTTTGAG-AAAA-GCA--TCA--AA-CTTCGCACAAACATA-G-A--C--CAAGGTT----------GACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAA
gi|133619 : -A--T--TGTGC-C-TT-TTTT-AG-AAAA-GTA--CCA--AA-CTTGGCACA----TA-G-T--A--CAAGGTC----------AAATAATTA-TTT-AAAGACCGAA----ACTTTCAAa
gi|133620 : -C-TT-GTTTGAG-AAAA------------A-TTTGGCATAAACATA-G-T--A--CATGGTT----------GACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCACTTTCAAa
gi|133621 : -TT-TTTTTAG-AAAA-GCA--CCACTAA-C--AGAATAAAAAT----T--A-----GGCC----------AACTGATTA-TTT-TAAGACCATGACCCACa
gi|133622 : -AAAA-TCA--CCA--AA-CTTGGTACCAACGTA-T-T--T--CGAAGAC----------AACTCATTA-TTT-TAAGACCAAGACCAACcacgagactttcaaa
gi|133623 : -GCA--CCA--AA-CTTAGCACAAACATA-G-A--A--CAAGGTT----------AACTGATTA-TTT-TAACACCGAGACCCATTTTAAAcctgagactttcaaa
gi|133624 : AAGGTT----------AACTAATTA-TTT-TACCACCAAGACCCACTTTCAAa