lowQualScore : 11 2222222 111111 22 11 22222222222222 1111 1 11 111111 222222222222 222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 0 00 888888 1 1 1 0000000 1 1 0 2 8 666666 555555 1 22 33 11 11 222 888 2 1 5555 1 999999 4444 7777 77 55555555555555 2222 2 222 222 222 1 88888 1 6 22 4 2222 1 88888 2222 1 2222 888888 1 1 22222 000000000000 3333333 33333 666666 888 0 666 999999999999999999999999999999999999999 33 0 0 0
lowQualScore : . .. ...... . . . ....... . . . . . ...... ...... . .. .. .. .. ... ... . . .... . ...... .... .... .. .............. .... . ... ... ... . ..... . . .. . .... . ..... .... . .... ...... . . ..... ............ ....... ..... ...... ... . ... ....................................... .. . . .
lowQualScore : 1 00 666666 3 3 3 7777777 2 9 1 4 4 222222 222222 2 55 33 77 77 111 666 8 2 2222 2 000000 2222 7777 99 77777777777777 3333 6 333 333 333 3 22222 6 1 66 2 8888 3 44444 8888 3 8888 555555 5 5 22222 555555555555 3333333 77777 555555 666 4 666 111111111111111111111111111111111111111 22 5 4 8
consensus : CTTAGCTCAGTCCAGAA-NGTTC--GC-AC-A-T-GA--AA--ACATTC-CCAAAACAAA-TGNTT----NAT--T---GT-TTCTATATG-CC--A--T--TACA---AAA--NTCACACA-GA---CTTGAAT-T-----NAC-T--AN-T-TTAC-ATTT---CA--T-----NAANA--ATT---TGTTT---GT---T-GG---N-ATTATTCNCAT-NANGTA----TTTG-TATTGAAANTT--TC----TTA-AT----TTT-NG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGANNG-----G--NA---T---AG----TGTAT------ATTNTTTTCCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGATTCCCA--TTTTATTTCAGGTTTAA
Reference ( gi|47410 ) : CTTAGCTCAGTCCAGAA-TGTTT--GC-AC-A-T-GA--AA--GCATTC-CCAGAACAAA-TGATT----AGT--T---GT-TTCTATATAACC--A--T--TACA---AAA--TTCACACA-AG---TTTGAAT-T-----TAC-T--AT-T-TTAA-ATTT---CA--T-----CAATG--ACT---TATTT---GT---T-GG---G-ATTATGCGCAT-CAAGTA----TTTG-TATTGGAAGTT--TC----TTA-AT----TTT-TG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTG-----G--AA---T---AG----TGTAT------ATTTTTTTCCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47411 : CTTAGCTCAGTCCAGAA-TGTTT--GC-AC-A-T-GA--AA--GCATTC-CCAGAACAAA-TGATT----AGT--T---GT-TTCTATATAACC--A--T--TACA---AAA--TTCACACA-AG---TTTGAAT-T-----TAC-T--AT-T-TTAA-ATTT---CA--T-----CAATG--ACT---TATTT---GT---T-GG---G-ATTATGCGCAT-CAAGTA----TTTG-TATTGGAAGTT--TC----TTA-AT----TTT-TG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTG-----G--AA---T---AG----TGTAT------ATTTTTTTCCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47412 : CTTAGCTCAGTCCAGAA-TGTTT--GC-AC-A-T-GA--AA--GCTTTC-CCAGAACAAA-TGATT----AGT--T---GT-TTCTATATAACC--A--T--TACA---AAA--TTCACACA-AA---TTTGAAT-T-----TAC-T--AT-T-TAAA-ATTT---CA--T-----CAATG--ACT---TATTT---GT---T-GG---G-ATTATGCGCAT-CAAGTA----TTTG-TATTGGAAGTT--TC----TTA-AT----TTT-TG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTG-----G--AA---T---AG----TGTAT------ATTTTCTTCCAGTC--CA----ACTG--AA--TATG-----T--TGAAAG-TCTGA-TCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47413 : CCTAGTTCAGTCCAGTA-TGTTT--GC-AC-A-T-GA--AA--GCATTC-CCAGAACAAA-TGATA----AAT--A---AT-TTCGATATAACC--A--T--TACA---AAA--TT---ACA-AT---TTT--AT-T-----TAC-A--AT-T-TCAA-ATTT---CA--T-----CAATG--ACT---TATTT---GT---T-GG---G-ACTATGCGCAT-CAAGTA----TTTG-TATTGGAAGTT--TC----TTA-TT----TTT-TT-A-TCAAT-TGA--AG-ATTTGATTG-----G--AA---T---TG----TGTAT------ATTTTCTTCCAGTC--CA----ACTG--AA--TATG-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47414 : CTTAGTTCTTTCCAGAT-TGTTT--GC-AC-A-T-GA--AA--GCATTC-CCAGGTCAAA-TGATT----AGT--T---GT-TACTATTAAACC--A--T--TTCA---AAA--TTCACACA-AA---TTTGAAT-T-----TAC-T--AT-T-TTAA-ATTT---CA--T-----CAATT--ACT---TATTT---GT---T-GG---G-ATTTTGCGCAT-CAAGTC----TATG-TATCGGAAGTT--TC----TTATTT----TTT-TT-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTG-----G--AA---T---AG----TGTAT------ATTGTCTTCCAGT---CA----ACTG--AA--TATG-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTATATTGCAGGTTTAA
gi|47415 : CTTAGCTCAGTCCAGAG-TGTTT--AC-AC-A-T-GA--AA--GCATTC-CCAGAACAAA-TGATT----AGT--T---GT-TTCTATATAACC--A--T--TACA---TAA--TTCACACA-AG---TTTGAAT-T-----TAC-T--AT-T-TTAA-ATTT---CA--T-----CAATT--ACT---TAATT---GT---T-GG---G-ATTATGCGCAT-CAAGTA----TTTG-TATTGGAAGTT--TC----TTA-AT----TTT-T
gi|47416 : CTTAATTCTGTCCAGAA-TGTAT--GC-AC-A-T-GA--AA--GCTTTC-CAAGAACACA-CAATG----AGT--T---GT-TCCTATATAACC--T--T--TACA---AAA--TTATCGCA-AA---TTTAAAT-T-----AAA-T--AT-T-TTAA-ATTT---CA--T-----TAAAGA-AAT---TATAT---G----T-AA---G-ATTA
gi|47417 : TTAACTTATTCCAGAA-GGTTT--GC-GC-A-T-GT--AT--ACATTC-CCAAAAAAGG-TGGTT----TAT--T---GT-TTCTATAT--CCGTA--T--TGCA---AAA--ATTGCAAA-GG---TTTAAAT-T-----GAC-T--AA-A-TTGC-ATTT---CA--A-----AAGCG--ATT---TGTTT---GT---T-GG---T-ACTATTCTCAT-AAGATA----TTTG-TACTGAAAATT--TC----TT--AT----TTT-GG-AGTCGAT-TGT--GG-ATCTGAAAG-----G--TA---T---AG----TATAT------ATTTTGTTCCATTC--TA------TA--AAGTTATT-----A--GGAAAA-AATGTCTCCCA--TTT
gi|47418 : TTGACTTATTCCAGAA-AGTTT--GC-GC-G-T-GT--AT--ACATTC-CCAAAAAAAGGTGATT----TAT--T---GT-TTCTATAT--CC--A--TATTGCA---AAAAATT-GCAAA-GG---TTTGAAT-T-----GAC-T--AA-A-TTAC-ATTT---CA--T-----AAAAG--ATT---TGTTT---GT---T-GG---T-ACTATTCTCAT-AAGATA----TTTG-TACTGAAAATT--TC----TTA-------TTT-TG------AT-TGT--CA-ATCTGAAAG-----G--TA---T---AG----TGTAT------ATTGTGTTCCATTCTATA----ACTT------TATT-----A--GGAAAA-AGTGTTTCCCA--TTT
gi|47419 : TTAACTTATTCCAGAA-GGTTT--GC-GC-A-T-GT--AT--ACATTCTCCAAAAAAGG-TGATT----TAT--T---GT-TTCTGTATACAT--A--T--TGCA---AAA--ATTGCAAA-GG---TTTGAAT-G-----TAC-T--AA-A-TTAC-AGTT---CA--A-----AAGAG--ATG---TGTTT---GT---T-GG---T-ACTATTCTCAT-AAGATA----TTGG-TACTGGAAGTT--AT----TTA--T----TTT-GG-AGTCGGT-TGT--AC-ATCTTAAAG-----G--TA---T---AG----TGTAT------ATTTTGTTCCA
gi|47420 : TTATCTTATTCCGGAA-GGTTT--GC-GC-A-T-GT--AT--ACATTC-CCTAAAAAGG-TGATT----TAT--T---GT-TTCTATAT--CCATA--T--TGCA---AAA--ATTGCAAA-GG---TTTCAGT-T-----GAC-T--AA-A-TTAC-ATTT---CA--T-----AAGAG--ATT---TGTTT---GT---T-GG---T-GGTATTCTCAG-AAGATG----TTTG-TACT-GAAATT--TC----TT--AT----TTT-GG-AGTCGAT-TGT--GG-ATCTGAAAG-----G--TA---T---AG----TATAT------ATTTTGTTCCA
gi|47421 : TTAACTCAACTCAAAA-TCTTT-----AA-A-T-GAGCAT--ACATTC-CCAAAACAAG-TGACT----TAT--A---GT-TTCGATAT--TC--A--TACTACA---AAA--ATCACAAA-GA---TTTCAAT-T-----TGT-TAAAT-T-TT---GTTT---CA--T-----TAATA--GTT---AATTT---GT---T-GA---A-ATTATTTG-ATGTAAA-A----CTTG-TATTGAGAGTT--CC----TTA-AT----TTT-AC-G-TCAAT-TGA--AG-TTTCTATTGTTTTTA--AA---------------TAT------ACCCTTTCCCAGTT--TA----ATT-------TAGT-----T--TGAA
gi|47422 : AGTTCTGACCAAAACTGTTGA-GT-AT-T-T-GA--A----CATTC-CCAAAACATA-TGGTT----TAC--T---GT-TTCTATATAACT--A--T--TGCA---AAA--ATCACACA-GA---TTTGATT-G-----TAC-A--AG-T-TTGC-ATTTG--TA--C-----AGAT---ATT---TGTTT---GT---A-GG---T-ATTACACGCAT-AATGAA----CTTG-TATTGGAATTC--GC----GTA-GT----TTT-GG-A-TTAAT-TAT--TGAATTTAAAGG-----C--AA---C---A-----TATAA------AAAAAATTCCAATC--TA----ACTG--GG--GGTTA----T--TGAAAA-ACAG-TTCCCA--TTTT-TTTCTGATTTGA
gi|47423 : AACTCAACCCAAAA-ACTTT--GA-ATGA-T-GA--T---GCATTT-CC----CAAAGTGATT----GAC--A---GT-TTCGATTT--TC--A--TACTACA---AAA--TTGACA-A-AGC--TTTGAAT-T-----TGT-T--AA-T-TTTT-GTTT---CA--C-----CAGTA--GTT---TACTT---GT---T-AG---T-AGTATTTGTTT-GATGTAAAATCTTA-TTTTGAAAATT--TC----ATA-AT----TTT-GC-G-TGAAT-TGT--AG-TTTTTATTGTTTTTA--AA---T---AC----T-----------TTTTTCCCCAGTT--TA----ATT
gi|47424 : CTGAGTCCAAAA-GGCTC--TT-AC-G-T-AG--TG--ACATTT-CCAAAATAAA-TG-TTCTAAAGT--T----T-TTGGATAT--CT--C--T--CACA---AAA--TTCACATA-GA---CTTGAGT-T-----AAC-T--AT-T-TTAC-ATTT---AG--A-----TAAAA--ACT---TGTTA---GTAGGT-GA---A-ATT---CTCAT-TATGTA----TTTG-TATTGAAATGA--TC----TTA-GT----TTT-GT-T-TCAAT-GGT--AC-TTTTGAAAG-----GTAGA---C---AG----TGAAT------G--GTTTTCCAGTC--AAGGTTGTTA--AA--TATT---------------TCT---TCCCA--TTTAAGATGAGATTT
gi|47425 : TCTGTCCAAAA-AGTTC--TT-AC-A----A--AATGACACTC-CCAAAACAAA-TGTTT----CAT--A---GT-TTCAGGATGTCT--A--T--CACA---AAA--ATCACATA-GA---CTTGAAT-T-----AAC-T--AA-T-TTAC-ATTT---AG--A-----TAAAA--ACT---GGTTA---GT---A-GG---T-AAAATTCTCAT-AATGTA----TTTG-TATTGAAATGA--TC----TTA-GT----TTTGTG---TCTAT-TGT--AA-TTTTGAAAG-----GTAGA---C---AA----TGAAT------A--GTTTTCCAGTT--GAGGTTGTTG--AA--TATT-----T--
gi|47426 : TCATTTCAAAA-GGCTC--TT-AC-A----A--AATGACATTC-CCAAAACAAA-TATTT----TAT--A---GT-TTCCGTATGTCT--A--T--CGCA---AAA--CTCACATA-GA---CTTGAAT-T-----AAC-T--AT-T-TTAC-ATTTA--TA--T-----AAAAA--ACT---GGTTA---GT---A-GG---T-AAAATTCTCAT-TATGTA----TTTA-TATTGAAATGA--TC----TTA-GT----TTT-Tcttcccatt
gi|47427 : TCTGTCCAAAA-AATTC--TCGAA-A-T-GT--GA---CATTC-CAAAAATAGG-TGTTT----ATT--A---GA-TTCTACATGCAT--A--T--TGCT---GAA--ATAACACA-AA---CTTGTGT-TATTGATAT-T--ACGT-TTAA-AT------A--T-------AT---ATT---TGTTG---TT---T-GG---G-ATTATTCTCAT-CAAGTA----TTTA-TATTGAAACGC--CC----TTA-ATTTTGTTT-TT-A-TTAA-------AG-ACTTGATTG-----G--TA---A---AG----TGTGC------ACAATTTTCCAGTT--TAT---ACTA--TT--TATT---------------TCTTGTTCCCA--TTTAAT
gi|47428 : TCTGTCCAAAA-AGTTC--TT-AC-A----A--AATGACACTC-CCAAAACAAA-TGTTT----CAT--A---GT-TTCAGGATGTCT--A--T--CACA---AAA--ATCACTTA-GA---CTTGAAT-T-----AAC-T--AA-T-TTAC-ATTT---AG--A-----TAAAA--ATT---GGTCA---GT---A-GG---T-AAAATTCTCAT-AATGTA----TTTG-TATTGAAATGA--TC----TTA-GT----TTTGTG---TCTAT-TGT--AA-TTTTGAAAG-----GTAGA---C---AA----TGAAT------A--GTTTTCCAGTT--GAGGTTGTTG--AA--TATT-----T--
gi|47429 : TCTGTCCAAAA-AGTTC--TT-AC-A----A--AATGACACTC-CCAAAACAAG-TGTTT----CAT--A---GT-TTCAGGATGTCT--A--T--CACA---AAA--ATCATATA-GA---CCTGAAT-T-----AAC-T--AA-T-TTAC-ATTT---AG--A-----TAAAA--ACT---GGTTA---GT---A-GGTAAA-ATTAT---CAT-AATGTA----TTTG-TATTGAAATGA--TC----TTA-AC----TTT-cttcccatt
gi|47430 : AGTCCAAAA-GGCT----C-TT-A-T-AA--AATGACATTC-CCAAAATAAA-TG-TT------T--TAAAGT-TTCTGGATATCC--C--T--CACA---AAA--TTCACATA-GA---CTTGAAT-T-----AAC-T--AT-T-TTAC-ATTT---AG--A-----TAAAA--ACG---TGTTA---GT---A-GG---T-AAAATTCTCAT-AATGTA----TTTG-TATTGAAACGA--TC----TTA-GT----TTTGTG---TCTAT-TGT--AC-CTTTGAAAG-----GTAGA---C---AG----TGAAT------G--GTTTTCCAGTC--AAG---GTTGTTAAT-TATT---------------TCT---TCCCA--TTTTAGATGAGGTTT
gi|47431 : GTCCAAAAATGTT---GT-AC-A-T-GA--GC--ACAGTC-CCAAAATAAA-TG-TT-----GTACT---GT-TTCTACATGCAT--A--T--TGCA---GAA--TTGACATA-AA---CTTGAAT-T-----TAC----------GAA-ATGG---CA--TTTGTGTAAGA--ATT---TATTT---GT---G-GG---T-ATAATTC-TATATAAATA----TTTA-TATTGAAATAA--CC----TCA-AT----CTC-GA-A-TAAAT-AGT--AC-ATGTAATCG-----GT-GA---T---AA-----AAAG------ATTTTTTTCCAGTT--CA-------G--AT--TGTC-----A--TAGGAG-TC--A-TTCCA--TTTTTGTTGAGCTTTA
gi|47433 : GTCCAGAAATGTT---GT-AC-A-T-GA--GC--ACAGTC-CCAAAATAAA-TG-TT-----GTACT---GT-TTCTACATGCAT--A--T--TGCA---GAA--TTGCCATA-AA---CTTGAAT-T-----TAC----------GAA-ATGG---CA--TTTGTGTAAGA--ATT---TATTT---GT---G-GG---T-ATAATTC-TATATAAATA----TTTGTTGTTGTATGTT--TCATGTTTA-AG----TTT-T
gi|47432 : GTCCAAAA-GGCTCTAGA-AC-AAT-GA-------TATTC-CCAAAATAGA-TGTCT----ATT--T---GT-TTCAACAT--TC--A--TGGCACA---AAA--ATCACATA-AA---CTTGTAT-T------ACAT--AT-G-TTGC-ATTT----A--TA----CAGGA--ATT---TGTTG---TT---T-GG---T-ACAATTCGCAT-AATACA----TTTG-TATTGAAAAGC--TC----TT--AT----TTT-TGTA-TCAAT-TAA--GG-ATTTAAAAG-----G--TA---C---GG----TGTGT------ACAACATTCCAGTT--------------AA--TGTTCGTACT--T------TCTGATTCCCA--TTTAAT
gi|47434 : GTCCAGAA-AGCTCTAGA-AA-A-TTGA-------CATTC-TCAAAATAGA-TGTAT----GTT--T---GT-TTCTACAT--TC--A--TAGCACA---AAA--ATCACAAA-AAAAACTTGTAT-T------ACAT--AT-G-TTGC-ATTT----A--T-----ACAGA--ATT---TGGTT---GT---T-AG---GTATAATTCGCAT-TATATA----TTTG-TATTGAAAAGC--GC----GTA-AT----TTT-GT-A-TCTATATGT---G-ACCTGAAAG-----G--TA---C---GG----TGTGT------ACAACTTTCCAG-C--TA----A-TG---------T-----T--TGTATGTTCTAATTCCCA--TTTGATATGAGGTTTGA
gi|47435 : TCCAAAAATGTT---GT-AC-A-T-GA--GC--ACAGTC-CCAAAATAAA-TG-TT-----GTACT---GT-TTCTACATGCAT--A--T--TGCA---GAA--TTGACATA-AA---CTTGAAT-T-----TAC----------GAA-ATGG---CA--TTTGTGTAAGA--ATT---TATTTGTGGT---T-AA---A-ATTCT--ATAT--AAATA----TTTA-TATTGAAATAA--CC----TCA-AT----CTC-GA-A-TAAAT-AGT--AC-ATGTAATCG-----GT-GA---T---AA-----AAAG------ATTTTTTCCCAGTT--CA-------G--AT--TGTC-----A--TAGGAG-TC--A-TTCCA--TTTTTGTTGAGCTTTA
gi|47436 : TCAAGAA-CATTT--GA-AT-T-T-GA-------CATTC-CCAAAATAGG-TGTTT----A-T--T---ACATTCTACAT--CC--A--TAATGCA---GAA--ATCACACA-AA---CTTG--TGT-----TAT-T--AA-TATTAC-ATTT----A---------AATAGAAGT---TAGTT---GT---TTGA---G-ATTATTCTCCG-CAAGTA----TTTA-TATTGAA--TTGCTC----TTA-AT----TTT-GT-A-TTCAT-TA---AA-CCTTGAT-------A--AA---T---A-----TATAC------ATT
gi|47437 : CCAGAA-TGTTT--GT-AT-A-T-GA--AA--ACATTT-CCAAAATAAA-TGGTT----CAC--A---GT-TTCCATAT--CC--A--T--TACACATAAA---TCACA
gi|47438 : CCAGAA-AGTTT--GT-GT-A-T-GA--AC--ACATTC-CCAAAATAAA-TATTT----AAT--T---GT-TTCTGTGC--CC--A--TAGCATA---AAA----CACACATAG---TTCGGAT-
gi|47439 : CAAAA-TGTCT--TT-AC-A-T-GA--AA--CCATTC-ACAGAACAAA-C-------------T---G------ATATAACC--A--T--TACA---ACA--TCCTTACA-AA---TTTGAAT-T-----AAC-T--AG---------------CA--T-----CGATT--ATG---CGTTT---GT---T-CA---G-GTCATTCGTAT-TAAGTT----TTTA-CATTGAACGTT---C----TAA-AT----GTT-TG-A-T------GT--GC-ATTTTATTG-----G--AA---T---AG----TGCAT------ATCTTCTTGTAGTC--CA----ACTG--AA--GATG-----T--TTAAAG-TCTGACTCCAA--TTTAATTTCAG
gi|47440 : T--GT-AT-G-T-GA--TT--GCATTC-CCAGAACGTA-TGAGA----AAC--T---GT-GTCTATATTCAT--A--T--TACA---AAA--GTCAAATA-GA---TTCGAGT-T-----AGC-A--AG-T-TTGC-ATTTA--TA--TGA---TAATA--AGT---TA------GT---C-GA---T-ACAACACACAT-TATATA----TTTG-TATTGGAATTT--TC----TCA-GT----TTCGTG---TCTAT-TGT--TG-ATTTGATTGGCA--G--AA---TGTAAA----TATATAA----ATATTTTTCTATTT--TA----ATTG--TG--TGTCA----T--CAAAAA-AC-AATTCCCAATTTTTGTT
gi|47441 : --GCATTC-CCAGAATAAA-TGATT----TAC--T---GT-CTCTATGT--CC--ATGT--TACA---AAA--GTCACATA-AG---TTTGAAT-T-----CAC-T--AT-T-TTAT-ATTTAAACAGTT-----TAGTG----T---TTTTT---GC---T-AC---A-ATTCTAAGAAT----ATA----TTTG-TGTTGGCAGTT--TC----TTA-AT----TTT-GT-A-TGAGT-TGTTGAA-AT---ATGG-----G--CA---T---AT----AGTAT------ATTTCACTCCA
gi|47442 : CATTC-CCAAAAAAAA-T-ATG----A-C--T---GT-TTCTATATAACT--A--T--TGCA---AAA--ATCCCACA-GA---TTTGACT-G-----TAC-A--AG-T-TTGC-ATTT----G--T-----AAAGA--AATGTGTGTGT---GT---C-CG---T-ACAATCCTCATACTA-TA----CTTG-TATTGGAATTC--GC----GTG-GT----TTT-GT-A-TCAAT-GGT--TG-AGTTAAAAG-----G-------T---AA----CGCATAAAGGGA----TTTCCAATC--TA----ACTG---G--TGGT-----TAATGAAAA-ACAG-TTCCCA--TTCTTTTTCTGGTTTGA
gi|47443 : CACTC-CTAAAATAAA-TGTTT----GTT--T---GT-TTCAACATGCCT--A--T--TGCA---AAA--ATTGCATA-AA---CTTGTAT-TA----TA-----AA-T-ATAACATTTATACA--G-----AAATT--CAT---TATTA---GG---T-AA---G-ATT---CTCAT-TATGTA----TTTG-TATTGGAATGC--TC----TTA-AT----TTT-GT-A-TTTAT---T--AA-AC---ATTG-----A--AAGGGT---AGATTATGTAT------ACTTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 22222222 11 1111111 11111 111 111111111 111111111111111111
lowQualScore : 1 33 88888 1 33 11 4444444444 1 2 2 3 11 1 33 1 55555555 11 1 1 22 1 222 4 444 1 4444444 1 333 222 222 22 1 77 1 44 1 222 2222 1 444 2222 0 11111 2 1 22 1 22 222 22 000000000 22 999999999999999999 9999999999 33 666 33 0 1
lowQualScore : . .. ..... . .. .. .......... . . . . .. . .. . ........ .. . . .. . ... . ... . ....... . ... ... ... .. . .. . .. . ... .... . ... .... . ..... . . .. . .. ... .. ......... .. .................. .......... .. ... .. . .
lowQualScore : 4 88 33333 4 33 99 2222222222 2 4 6 3 33 2 22 2 22222222 33 2 2 22 6 222 7 000 2 9999999 0 444 222 222 77 0 11 5 99 0 333 7777 3 555 7777 5 00000 1 5 00 5 00 111 00 444444444 11 999999999999999999 7777777777 11 333 11 5 8
consensus : CTTAGCTCAGTCCAG-AAN-GTTC--GCAC-A-TGA--AA----A----CATTC-CCAAAACAAA-TGNTTNATT-GT-TTCT--AT-AT-G-C-C--AT--TGCA-A-AAN-TCACACAGA---CTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT-CA-TN-AANA---A---TTT---GTTTGTT-GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGAAANTTTC----TTAATTTTGN-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGANNGG--NATAGTGT--ATAT-T-----NTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGATTCCCA--TTTTATTTCAGGTTTAA
Reference ( family-608 ) : CTTAGCTCAGTCCAG-AAN-GTTC--GCAC-A-TGA--AA----A----CATTC-CCAAAACAAA-TGNTTNATT-GT-TTCT--AT-AT-G-C-C--AT--TACA-A-AAN-TCACACAGA---CTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT-CA-TN-AANA---A---TTT---GTTTGTT-GGNATTATTCNCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGAAANTTTC----TTAATTTTNG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGANNGG--NATAGTGT--ATAT-T-----NTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGATTCCCA--TTTTATTTCAGGTTTAA
gi|47410 : CTTAGCTCAGTCCAG-AAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA-A-AAT-TCACACAAG---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT-GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAATTTTTG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----TTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47411 : CTTAGCTCAGTCCAG-AAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA-A-AAT-TCACACAAG---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT-GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAATTTTTG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----TTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47412 : CTTAGCTCAGTCCAG-AAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CTTTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA-A-AAT-TCACACAAA---TTTGAATTTACTATT-TAA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT-GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAATTTTTG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----TTCTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATG-----T--TGAAAG-TCTGA-TCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47413 : CCTAGTTCAGTCCAG-TAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATAAATA-AT-TTCG--AT-AT-AAC-C--AT--TACA-A-AAT-T---ACAAT---TTT--ATTTACAATT-TCA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT-GGGACTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTATTTTTTT-A-TCAAT-TGA--AG-ATTTGATTGG--AATTGTGT--ATAT-T-----TTCTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATG-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47414 : CTTAGTTCTTTCCAG-ATT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGGTCAAA-TGATTAGTT-GT-TACT--ATTAA-A-C-C--AT--TTCA-A-AAT-TCACACAAA---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATT---A---CTT---ATTTGTT-GGGATTTTGCGCAT-CAAGT---C----TATG-TATCGGAAGTTTC----TTATTTTTTTTA-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----GTCTT--CCAGTC---A----ACTG--AA--TATG-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTATATTGCAGGTTTAA
gi|47415 : CTTAGCTCAGTCCAG-AGT-GTTT--ACAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA-T-AAT-TCACACAAG---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATT---A---CTT---AATTGTT-GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAATTTT
gi|47416 : CTTAATTCTGTCCAG-AAT-GTAT--GCAC-A-TGA--AA----G----CTTTC-CAAGAACACA-CAATGAGTT-GT-TCCT--AT-ATAA-C-C--TT--TACA-A-AAT-TATCGCAAA---TTTAAATTAAATATT-TTA-AATTT-CATTA-AAGA---A---ATT---ATATGTt
gi|47417 : TTAACTTATTCCAG-AAG-GTTT--GCGC-A-TGT--AT----A----CATTC-CCAAAAAAGG-TGGTTTATT-GT-TTCT--AT-AT---C-CGTAT--TGCA-A-AAA-TTGCAAAGG---TTTAAATTGACTAAA-TTG-CATTT-CA-AA-AGCG---A---TTT---GTTTGTT-GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAATTTC----TT-ATTTTGG-AGTCGAT-TGT--GG-ATCTGAAAGG--TATAGTAT--ATAT-T-----TTGTT--CCATTC--TA------TA--AAGTTATT-----A--GGAAAA-AATGTCTCCCA--TTTaagatta
gi|47418 : TTGACTTATTCCAG-AAA-GTTT--GCGC-G-TGT--AT----A----CATTC-CCAAAAAAAGGTGATTTATT-GT-TTCT--AT-AT---C-C--ATATTGCA-A-AAAATTGCAAAGG---TTTGAATTGACTAAA-TTA-CATTT-CA-TA-AAAG---A---TTT---GTTTGTT-GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAATTTC----TTA--TTTTG------AT-TGT--CA-ATCTGAAAGG--TATAGTGT--ATAT-T-----GTGTT--CCATTCTATA----ACTT------TATT-----A--GGAAAA-AGTGTTTCCCA--TTT
gi|47419 : TTAACTTATTCCAG-AAG-GTTT--GCGC-A-TGT--AT----A----CATTCTCCAAAAAAGG-TGATTTATT-GT-TTCT--GT-AT-A-CAT--AT--TGCA-A-AAA-TTGCAAAGG---TTTGAATGTACTAAA-TTA-CAGTT-CA-AA-AGAG---A---TGT---GTTTGTT-GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTGG-TACTGGAAGTTAT----TTA-TTTTGG-AGTCGGT-TGT--AC-ATCTTAAAGG--TATAGTGT--ATAT-T-----TTGTT--CCA
gi|47420 : TTATCTTATTCCGG-AAG-GTTT--GCGC-A-TGT--AT----A----CATTC-CCTAAAAAGG-TGATTTATT-GT-TTCT--AT-AT---C-C--ATATTGCA-A-AAA-TTGCAAAGG---TTTCAGTTGACTAAA-TTA-CATTT-CA-TA-AGAG---A---TTT---GTTTGTT-GGTGGTATTCTCAG-AAGAT---G----TTTG-TACTGAAA-TTTC----TT-ATTTTGG-AGTCGAT-TGT--GG-ATCTGAAAGG--TATAGTAT--ATAT-T-----TTGTT--CCA
gi|47421 : TTAACTCAACTCAA-AAT-CTTT----AA-A-TGAGCAT----A----CATTC-CCAAAACAAG-TGACTTATA-GT-TTCG--AT-AT-T-CAT--AC--TACA-A-AAA-TCACAAAGA---TTTCAATTTGTTAAA-TTT-TGTTT-CA-TT-AATA---G---TTA---ATTTGTT-GAAATTATT----T-GATGTAAAA----CTTG-TATTGAGAGTTCC----TTAATTTTAC-G-TCAAT-TGA--AG-TTTCTATTGT--TTTTAAAT--ATAC-C-----CTTTC--CCAGTT--TA----ATT-------TAGT-----T--TGAA
gi|47422 : A----A----CATTC-CCAAAACATA-TGGTTTACT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-T--AT--TGCA-A-AAA-TCACACAGA---TTTGATTGTACAAGT-TTG-CATTT--G-TA-CAGAT--A---TTT---GTTTGTA-GGTATTACACGCAT-AATGA---A----CTTG-TATTGGAATTCGC----GTAGTTTTGG-A-TTAAT-TAT--TGAATTTAAAGGC--AACA-TAT--AAAA-A-----AAATT--CCAATC--TA----ACTG--GG--GGTTA----T--TGAAAA-ACAG-TTCCCA--TTTT-TTTCTGATTTGA
gi|47423 : agttctgaccaaaactgttgagtatttgAACTCAACCCAA-AAA-CTTT--GAATGA-TGA--TG---------CATTT-CC----CAAAGTGATTGACA-GT-TTCG--AT--T-T-T-C--ATACTACA-A-AAT-TGACAAAGC---TTTGAATTTGTTAAT-TTT-TGTTT-CA-CC-AGTA---G---TTT---ACTTGTT-AGTAGTATTTGTTT-GATGT---AAAATCTTA-TTTTGAAAATTTC----ATAATTTTGC-G-TGAAT-TGT--AG-TTTTTATTGT--TTT--TAA--ATAC-T-----TTTTTCCCCAGTT--TA----ATT
gi|47424 : CTGAGTCCAA-AAG-GCTC--TTAC-G-TAG--TG----A----CATTT-CCAAAATAAA-TGTTCTAAA-GT-TTTTGGAT-AT-C-T-C---T--CACA-A-AAT-TCACATAGA---CTTGAGTTAACTATT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CTT---GTTAGTA-GGTGAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAGTTTTGT-T-TCAAT-GGT--AC-TTTTGAAAGGTAGACAGTGA--ATG--------GTTTT--CCAGTC--AAGGTTGTTA--AA--TATT-----T--C-----------TTCCCA--TTT
gi|47425 : TCTGTCCAA-AAA-GTTC--TTAC-A---A--AATG--A----CACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATA-GT-TTCA--GG-AT-G-T-CT-AT--CACA-A-AAA-TCACATAGA---CTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CTG---GTTAGTA-GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAGTTTTGT-G-TCTAT-TGT--AA-TTTTGAAAGGTAGACAATGA--ATA--------GTTTT--CCAGTT--GAGGTTGTTG--AA--TATT-----T--aagatgagattt
gi|47426 : TCATTTCAA-AAG-GCTC--TTAC-A---A--AATG--A----CATTC-CCAAAACAAA-TATTTTATA-GT-TTCC--GT-AT-G-T-CT-AT--CGCA-A-AAC-TCACATAGA---CTTGAATTAACTATT-TTA-CATTTATA-TA-AAAA---A---CTG---GTTAGTA-GGTAAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTA-TATTGAAATGATC----TTAGTTTTcttcccatt
gi|47427 : TCTGTCCAA-AAA-ATTC--TC------GA--AATGTGA----CATTC-CAAAAATAGG-TGTTT-ATTAGA-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCT-G-AAA-TAACACAAA---CTTGTGTT-ATTGATATTA-CGTTT-----A-AATATATA---TTT---GTTGTTT-GGGATTATTCTCAT-CAAGT---A----TTTA-TATTGAAACGCCC----TTAATTTTGT-T-TTTAT-TAA--AG-ACTTGATTGG--TAAAGTGT--GCAC-A-----ATTTT--CCAGTT--TAT---ACTA--TT--TATT---------------TCTTGTTCCCA--TTTAATt
gi|47428 : TCTGTCCAA-AAA-GTTC--TTAC-A---A--AATG--A----CACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATA-GT-TTCA--GG-AT-G-T-CT-AT--CACA-A-AAA-TCACTTAGA---CTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---TTG---GTCAGTA-GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAGTTTTGT-G-TCTAT-TGT--AA-TTTTGAAAGGTAGACAATGA--ATA--------GTTTT--CCAGTT--GAGGTTGTTG--AA--TATT-----T--
gi|47429 : TCTGTCCAA-AAA-GTTC--TTAC-A---A--AATG--A----CACTC-CCAAAACAAG-TGTTTCATA-GT-TTCA--GG-AT-G-T-CT-AT--CACA-A-AAA-TCATATAGA---CCTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CTG---GTTAGTA-GGTAAAATTATCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAACTTTcttcccatt
gi|47430 : AGTCCAA-AAG-GCTC--TTAT-A---A--AATG--A----CATTC-CCAAAATAAA-TGTTTTAAA-GT-TTCTGGAT-AT-C-C-C---T--CACA-A-AAT-TCACATAGA---CTTGAATTAACTATT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CGT---GTTAGTA-GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAACGATC----TTAGTTTTGT-G-TCTAT-TGT--AC-CTTTGAAAGGTAGACAGTGA--ATG--------GTTTT--CCAGTC--AAG---GTTGTTAAT-TATT-----T--C-----------TTCCCA--TTTTAGATGAGGTTT
gi|47431 : GTCCAA-AAATGTT---GTAC-A-TGA--GC----A----CAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACT-GT-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCA-G-AAT-TGACATAAA---CTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT-GT-GT-AAGA---A---TTT---ATTTGTG-GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAATAACC----TCAATCTCGA-A-TAAAT-AGT--AC-ATGTAATCGGT-GATAA-AA--AGAT-T-----TTTTT--CCAGTT--CA-------G--AT--TGTC-----A--TAGGAG-TC--ATT-CCA--TTTTTGTTGAGCTTTA
gi|47432 : GTCCAA-AAG-GCTCTAGAAC-AATGA-------------TATTC-CCAAAATAGA-TGTCTATTT-GT-TTCA--AC-AT---T-C--ATGGCACA-A-AAA-TCACATAAA---CTTGTATTACATATG-TTG-CATTT--A-TACAGGA---A---TTT---GTTGTTT-GGTACAATTCGCAT-AATAC---A----TTTG-TATTGAAAAGCTC----TTATTTTTGT-A-TCAAT-TAA--GG-ATTTAAAAGG--TACGGTGT--GTAC-A-----ACATT--CCAGTT--------------AA--TGTTCGTACT--T------TCTGATTCCCA--TTTAAT
gi|47433 : GTCCAGAAAT-GTT---GTAC-A-TGA--GC----A----CAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACT-GT-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCA-G-AAT-TGCCATAAA---CTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT-GT-GT-AAGA---A---TTT---ATTTGTG-GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTGTTGTTGTATGTTTCATGTTTAAGTTT
gi|47434 : GTCCAG-AAA-GCTC-----T-A--GA--AA----ATTGACATTC-TCAAAATAGA-TGTATGTTT-GT-TTCT--AC-AT---T-C--ATAGCACA-A-AAA-TCACAAAAAAAACTTGTATTACATATG-TTG-CATTT--A-TA-CAGA---A---TTT---GGTTGTTAGGTATAATTCGCAT-TATAT---A----TTTG-TATTGAAAAGCGC----GTAATTTTGT-A-TCTATATGT---G-ACCTGAAAGG--TACGGTGT--GTAC-A-----ACTTT--CCAG-C--TA----A-TG---------T-----T--TGTATGTTCTAATTCCCA--TTTGATATGAGGTTTGAt
gi|47435 : TCCAA-AAATGTT---GTAC-A-TGA--GC----A----CAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACT-GT-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCA-G-AAT-TGACATAAA---CTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT-GT-GT-AAGA---A---TTT---ATTTGTG-GTTAAAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAATAACC----TCAATCTCGA-A-TAAAT-AGT--AC-ATGTAATCGGT-GATAA-AA--AGAT-T-----TTTTC--CCAGTT--CA-------G--AT--TGTC-----A--TAGGAG-TC--ATT-CCA--TTTTTGTTGAGCTTTA
gi|47436 : TCAAG-AAC-ATTT--GAAT-T-TGA-------------CATTC-CCAAAATAGG-TGTTT-ATT-ACATTCT--AC-AT---C-C--ATAATGCA-G-AAA-TCACACAAA---CTTGTGTT-ATTAATATTA-CATTT-AA-AT-AGAA---G---TTA---GTTGTTT-GAGATTATTCTCCG-CAAGT---A----TTTA-TATTGAATTGCTC----TTAATTTTGT-A-TTCAT-TA---AA-CCTTGATAAA--TATA---T--ACAT-T-----
gi|47437 : CCAG-AAT-GTTT--GTAT-A-TGA--AA----A----CATTT-CCAAAATAAA-TGGTTCACA-GT-TTCC--AT-AT---C-C--AT--TACACATAAA-TCACA
gi|47438 : CCAG-AAA-GTTT--GTGT-A-TGA--AC----A----CATTC-CCAAAATAAA-TATTTAATT-GT-TTCT--GT-GC---C-C--AT--AGCA-T-AAA-ACACACA
gi|47439 : CAA-AAT-GTCT--TTAC-A-TGA--AA----C----CATTC-ACAGAACAAA-C---TGAT-----------AT-A--A-C-C--AT--TACA-A-CAT-CCTTACAAA---TTTGAATTAACTAG------------CA-TC-GATT---A---TGC---GTTTGTT-CAGGTCATTCGTAT-TAAGT---T----TTTA-CATTGAACGTT-C----TAAATGTTTG-A-T------GT--GC-ATTTTATTGG--AATAGTGC--ATAT-C-----TTCTT--GTAGTC--CA----ACTG--AA--GATG-----T--TTAAAG-TCTGACTCCAA--TTTAATTTCAGtagttcggat
gi|47440 : ----CATTC-CCAGAACGTA-TGAGAAACT-GT-GTCT--AT-AT-T-CAT--AT--TACA-A-AAG-TCAAATAGA---TTCGAGTTAGCAAGT-TTG-CATTTATA-TG-A-TA---A---TAA---GTTAGTC-GATACAACACACAT-TATAT---A----TTTG-TATTGGAATTTTC----TCAGTTTCGT-G-TCTAT-TGT--TG-ATTTGATTGG--CAGAATGTAAATATATAAATATTTTT--CTATTT--TA----ATTG--TG--TGTCA----T--CAAAAA-AC-AATTCCCAATTTTTGTT
gi|47441 : tgtatgtgattg----CATTC-CCAGAATAAA-TGATTTACT-GT-CTCT--AT-GT---C-C--ATGTTACA-A-AAG-TCACATAAG---TTTGAATTCACTATT-TTA-TATTT-----A-AACA---G---TTTAGTGTTTTTT-GCTACAATTCTAAG-AATAT---A----TTTG-TGTTGGCAGTTTC----TTAATTTTGT-A-TGAGT-TGTTGAA-AT---ATGGG--CATATAGT--ATAT-T-----TCACT--CCA
gi|47442 : g----CATTC-CCAAAAAAAA-TA--TGACT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-T--AT--TGCA-A-AAA-TCCCACAGA---TTTGACTGTACAAGT-TTG-CATTT--G-TA-AAGA---AATGTGT---GTGTGTC-CGTACAATCCTCAT-ACTAT---A----CTTG-TATTGGAATTCGC----GTGGTTTTGT-A-TCAAT-GGT--TG-AGTTAAAAGG--TAACGCAT--AAAG-G-----GATTT--CCAATC--TA----ACTG---G--TGGT-----TAATGAAAA-ACAG-TTCCCA--TTCTTTTTCTGGTTTGA
gi|47443 : ----CACTC-CTAAAATAAA-TGTTTGTTT-GT-TTCA--AC-AT-G-C-CT-AT--TGCA-A-AAA-TTGCATAAA---CTTGTATT-ATAAAT-ATAACATTT--A-TA-CAGA---A---ATT---CATTATTAGGTAAGATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGGAATGCTC----TTAATTTTGT-A-TTTAT-TAA--AC-ATTGAAAGGG--TAGATTAT--GTAT-A-----CTTTT--CCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 22222222 1111111 111 111111111 111111111111111111
lowQualScore : 1 33 88888 1 33 11 4444444444 1 2 2 3 11 1 33 1 55555555 88 44 1 22 1 222 4 444 1 4444444 1 333 222 222 444 22 1 44 1 222 2222 1 444 2222 1 7777 2 1 22 1 22 222 22 000000000 22 999999999999999999 9999999999 33 666 33 0 1
lowQualScore : . .. ..... . .. .. .......... . . . . .. . .. . ........ .. .. . .. . ... . ... . ....... . ... ... ... ... .. . .. . ... .... . ... .... . .... . . .. . .. ... .. ......... .. .................. .......... .. ... .. . .
lowQualScore : 4 88 33333 4 33 99 2222222222 2 4 6 3 33 2 22 2 22222222 11 44 2 22 6 222 7 000 2 9999999 0 444 222 222 555 55 1 99 0 333 7777 3 555 7777 3 3333 1 5 00 5 00 111 00 444444444 11 999999999999999999 7777777777 11 333 11 5 8
consensus : CTTAGCTCAGTCCAG-AAN-GTTC--GCAC-A-TGA--AA----A----CATTC-CCAAAACAAA-TGNTTNATT-GT-TTCT--AT-AT-G-C-C--AT--TGCA--A-AAN-TCACACAGA---CTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT-CA-TN-AANA---A---TTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGAAANTTTC----TTAAT-TTTGT-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGANNGG--NATAGTGT--ATAT-T-----NTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGATTCCCA--TTTTATTTCAGGTTTAA
Reference ( family-608 ) : CTTAGCTCAGTCCAG-AAN-GTTC--GCAC-A-TGA--AA----A----CATTC-CCAAAACAAA-TGNTTNATT-GT-TTCT--AT-AT-G-C-C--AT--TGCA--A-AAN-TCACACAGA---CTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT-CA-TN-AANA---A---TTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGAAANTTTC----TTAAT-TTTGN-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGANNGG--NATAGTGT--ATAT-T-----NTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGATTCCCA--TTTTATTTCAGGTTTAA
gi|47410 : CTTAGCTCAGTCCAG-AAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA--A-AAT-TCACACAAG---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAAT-TTTTG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----TTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47411 : CTTAGCTCAGTCCAG-AAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA--A-AAT-TCACACAAG---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAAT-TTTTG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----TTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47412 : CTTAGCTCAGTCCAG-AAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CTTTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA--A-AAT-TCACACAAA---TTTGAATTTACTATT-TAA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAAT-TTTTG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----TTCTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATG-----T--TGAAAG-TCTGA-TCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47413 : CCTAGTTCAGTCCAG-TAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATAAATA-AT-TTCG--AT-AT-AAC-C--AT--TACA--A-AAT-T---ACAAT---TTT--ATTTACAATT-TCA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT--GGGACTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTATT-TTTTT-A-TCAAT-TGA--AG-ATTTGATTGG--AATTGTGT--ATAT-T-----TTCTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATG-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47414 : CTTAGTTCTTTCCAG-ATT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGGTCAAA-TGATTAGTT-GT-TACT--ATTAA-A-C-C--AT--TTCA--A-AAT-TCACACAAA---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATT---A---CTT---ATTTGTT--GGGATTTTGCGCAT-CAAGT---C----TATG-TATCGGAAGTTTC----TTATT-TTTTTTA-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----GTCTT--CCAGTC---A----ACTG--AA--TATG-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTATATTGCAGGTTTAA
gi|47415 : CTTAGCTCAGTCCAG-AGT-GTTT--ACAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA--T-AAT-TCACACAAG---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATT---A---CTT---AATTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAAT-TTT
gi|47416 : CTTAATTCTGTCCAG-AAT-GTAT--GCAC-A-TGA--AA----G----CTTTC-CAAGAACACA-CAATGAGTT-GT-TCCT--AT-ATAA-C-C--TT--TACA--A-AAT-TATCGCAAA---TTTAAATTAAATATT-TTA-AATTT-CATTA-AAGA---A---ATT---ATATGTt
gi|47417 : TTAACTTATTCCAG-AAG-GTTT--GCGC-A-TGT--AT----A----CATTC-CCAAAAAAGG-TGGTTTATT-GT-TTCT--AT-AT---C-CGTAT--TGCA--A-AAA-TTGCAAAGG---TTTAAATTGACTAAA-TTG-CATTT-CA-AA-AGCG---A---TTT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAATTTC----TT-AT-TTTGG-AGTCGAT-TGT--GG-ATCTGAAAGG--TATAGTAT--ATAT-T-----TTGTT--CCATTC--TA------TA--AAGTTATT-----A--GGAAAA-AATGTCTCCCA--TTTaagatta
gi|47418 : TTGACTTATTCCAG-AAA-GTTT--GCGC-G-TGT--AT----A----CATTC-CCAAAAAAAGGTGATTTATT-GT-TTCT--AT-AT---C-C--ATATTGCA--A-AAAATTGCAAAGG---TTTGAATTGACTAAA-TTA-CATTT-CA-TA-AAAG---A---TTT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAATTTC----TT-AT-TTTG-------AT-TGT--CA-ATCTGAAAGG--TATAGTGT--ATAT-T-----GTGTT--CCATTCTATA----ACTT------TATT-----A--GGAAAA-AGTGTTTCCCA--TTT
gi|47419 : TTAACTTATTCCAG-AAG-GTTT--GCGC-A-TGT--AT----A----CATTCTCCAAAAAAGG-TGATTTATT-GT-TTCT--GT-AT-A-CAT--AT--TGCA--A-AAA-TTGCAAAGG---TTTGAATGTACTAAA-TTA-CAGTT-CA-AA-AGAG---A---TGT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTGG-TACTGGAAGTTAT----TT-AT-TTTGG-AGTCGGT-TGT--AC-ATCTTAAAGG--TATAGTGT--ATAT-T-----TTGTT--CCA
gi|47420 : TTATCTTATTCCGG-AAG-GTTT--GCGC-A-TGT--AT----A----CATTC-CCTAAAAAGG-TGATTTATT-GT-TTCT--AT-AT---C-C--ATATTGCA--A-AAA-TTGCAAAGG---TTTCAGTTGACTAAA-TTA-CATTT-CA-TA-AGAG---A---TTT---GTTTGTT--GGTGGTATTCTCAG-AAGAT---G----TTTG-TACTGAAA-TTTC----TT-AT-TTTGG-AGTCGAT-TGT--GG-ATCTGAAAGG--TATAGTAT--ATAT-T-----TTGTT--CCA
gi|47421 : TTAACTCAACTCAA-AAT-CTTT----AA-A-TGAGCAT----A----CATTC-CCAAAACAAG-TGACTTATA-GT-TTCG--AT-AT-T-CAT--AC--TACA--A-AAA-TCACAAAGA---TTTCAATTTGTTAAA-TTT-TGTTT-CA-TT-AATA---G---TTA---ATTTGTT--GAAATTATT----T-GATGTAAAA----CTTG-TATTGAGAGTTCC----TTAAT-TTTAC-G-TCAAT-TGA--AG-TTTCTATTGT--TTTTAAAT--ATAC-C-----CTTTC--CCAGTT--TA----ATT-------TAGT-----T--TGAA
gi|47422 : A----A----CATTC-CCAAAACATA-TGGTTTACT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-T--AT--TGCA--A-AAA-TCACACAGA---TTTGATTGTACAAGT-TTG-CATTT--G-TA-CAGAT--A---TTT---GTTTGTA--GGTATTACACGCAT-AATGA---A----CTTG-TATTGGAATTCGC----GTAGT-TTTGG-A-TTAAT-TAT--TGAATTTAAAGGC--AACA-TAT--AAAA-A-----AAATT--CCAATC--TA----ACTG--GG--GGTTA----T--TGAAAA-ACAG-TTCCCA--TTTT-TTTCTGATTTGA
gi|47423 : agttctgaccaaaactgttgagtatttgAACTCAACCCAA-AAA-CTTT--GAATGA-TGA--TG---------CATTT-CC----CAAAGTGATTGACA-GT-TTCG--AT--T-T-T-C--ATACTACA--A-AAT-TGACAAAGC---TTTGAATTTGTTAAT-TTT-TGTTT-CA-CC-AGTA---G---TTT---ACTTGTT--AGTAGTATTTGTTT-GATGT---AAAATCTTA-TTTTGAAAATTTC----ATAAT-TTTGC-G-TGAAT-TGT--AG-TTTTTATTGT--TTT--TAA--ATAC-T-----TTTTTCCCCAGTT--TA----ATT
gi|47424 : CTGAGTCCAA-AAG-GCTC--TTAC-G-TAG--TG----A----CATTT-CCAAAATAAA-TGTTCTAAA-GT-TTTTGGAT-AT-C-T-C---T--CACA--A-AAT-TCACATAGA---CTTGAGTTAACTATT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CTT---GTTAGTA--GGTGAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAGT-TTTGT-T-TCAAT-GGT--AC-TTTTGAAAGGTAGACAGTGA--ATG--------GTTTT--CCAGTC--AAGGTTGTTA--AA--TATT-----T--C-----------TTCCCA--TTT
gi|47425 : TCTGTCCAA-AAA-GTTC--TTAC-A---A--AATG--A----CACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATA-GT-TTCA--GG-AT-G-T-CT-AT--CACA--A-AAA-TCACATAGA---CTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CTG---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAGT-TTTGT-G-TCTAT-TGT--AA-TTTTGAAAGGTAGACAATGA--ATA--------GTTTT--CCAGTT--GAGGTTGTTG--AA--TATT-----T--aagatgagattt
gi|47426 : TCATTTCAA-AAG-GCTC--TTAC-A---A--AATG--A----CATTC-CCAAAACAAA-TATTTTATA-GT-TTCC--GT-AT-G-T-CT-AT--CGCA--A-AAC-TCACATAGA---CTTGAATTAACTATT-TTA-CATTTATA-TA-AAAA---A---CTG---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTA-TATTGAAATGATC----TTAGT-TTTcttcccatt
gi|47427 : TCTGTCCAA-AAA-ATTC--TC------GA--AATGTGA----CATTC-CAAAAATAGG-TGTTT-ATTAGA-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCT--G-AAA-TAACACAAA---CTTGTGTT-ATTGATATTA-CGTTT-----A-AATATATA---TTT---GTTGTTT--GGGATTATTCTCAT-CAAGT---A----TTTA-TATTGAAACGCCC----TTAAT-TTTGT-T-TTTAT-TAA--AG-ACTTGATTGG--TAAAGTGT--GCAC-A-----ATTTT--CCAGTT--TAT---ACTA--TT--TATT---------------TCTTGTTCCCA--TTTAATt
gi|47428 : TCTGTCCAA-AAA-GTTC--TTAC-A---A--AATG--A----CACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATA-GT-TTCA--GG-AT-G-T-CT-AT--CACA--A-AAA-TCACTTAGA---CTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---TTG---GTCAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAGT-TTTGT-G-TCTAT-TGT--AA-TTTTGAAAGGTAGACAATGA--ATA--------GTTTT--CCAGTT--GAGGTTGTTG--AA--TATT-----T--
gi|47429 : TCTGTCCAA-AAA-GTTC--TTAC-A---A--AATG--A----CACTC-CCAAAACAAG-TGTTTCATA-GT-TTCA--GG-AT-G-T-CT-AT--CACA--A-AAA-TCATATAGA---CCTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CTG---GTTAGTA--GGTAAAATTATCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAAC-TTTcttcccatt
gi|47430 : AGTCCAA-AAG-GCTC--TTAT-A---A--AATG--A----CATTC-CCAAAATAAA-TGTTTTAAA-GT-TTCTGGAT-AT-C-C-C---T--CACA--A-AAT-TCACATAGA---CTTGAATTAACTATT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CGT---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAACGATC----TTAGT-TTTGT-G-TCTAT-TGT--AC-CTTTGAAAGGTAGACAGTGA--ATG--------GTTTT--CCAGTC--AAG---GTTGTTAAT-TATT-----T--C-----------TTCCCA--TTTTAGATGAGGTTT
gi|47431 : GTCCAA-AAATGTT---GTAC-A-TGA--GC----A----CAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACT-GT-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCA--G-AAT-TGACATAAA---CTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT-GT-GT-AAGA---A---TTT---ATTTGTG--GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAATAACC----TCAAT-CTCGA-A-TAAAT-AGT--AC-ATGTAATCGGT-GATAA-AA--AGAT-T-----TTTTT--CCAGTT--CA-------G--AT--TGTC-----A--TAGGAG-TC--ATT-CCA--TTTTTGTTGAGCTTTA
gi|47432 : GTCCAA-AAG-GCTCTAGAAC-AATGA-------------TATTC-CCAAAATAGA-TGTCTATTT-GT-TTCA--AC-AT---T-C--AT--GGCACAA-AAA-TCACATAAA---CTTGTATTACATATG-TTG-CATTT--A-TACAGGA---A---TTT---GTTGTTT--GGTACAATTCGCAT-AATAC---A----TTTG-TATTGAAAAGCTC----TTATT-TTTGT-A-TCAAT-TAA--GG-ATTTAAAAGG--TACGGTGT--GTAC-A-----ACATT--CCAGTT--------------AA--TGTTCGTACT--T------TCTGATTCCCA--TTTAAT
gi|47433 : GTCCAGAAAT-GTT---GTAC-A-TGA--GC----A----CAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACT-GT-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCA--G-AAT-TGCCATAAA---CTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT-GT-GT-AAGA---A---TTT---ATTTGTG--GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTGTTGTTGTATGTTTCATGTTTAAG-TTT
gi|47434 : GTCCAG-AAA-GCTC-----T-A--GA--AA----ATTGACATTC-TCAAAATAGA-TGTATGTTT-GT-TTCT--AC-AT---T-C--AT--AGCACAA-AAA-TCACAAAAAAAACTTGTATTACATATG-TTG-CATTT--A-TA-CAGA---A---TTT---GGTTGTTA-GGTATAATTCGCAT-TATAT---A----TTTG-TATTGAAAAGCGC----GTAAT-TTTGT-A-TCTATATGT---G-ACCTGAAAGG--TACGGTGT--GTAC-A-----ACTTT--CCAG-C--TA----A-TG---------T-----T--TGTATGTTCTAATTCCCA--TTTGATATGAGGTTTGAt
gi|47435 : TCCAA-AAATGTT---GTAC-A-TGA--GC----A----CAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACT-GT-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCA--G-AAT-TGACATAAA---CTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT-GT-GT-AAGA---A---TTT---ATTTGTG--GTTAAAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAATAACC----TCAAT-CTCGA-A-TAAAT-AGT--AC-ATGTAATCGGT-GATAA-AA--AGAT-T-----TTTTC--CCAGTT--CA-------G--AT--TGTC-----A--TAGGAG-TC--ATT-CCA--TTTTTGTTGAGCTTTA
gi|47436 : TCAAG-AAC-ATTT--GAAT-T-TGA-------------CATTC-CCAAAATAGG-TGTTT-ATT-ACATTCT--AC-AT---C-C--ATAATGCA--G-AAA-TCACACAAA---CTTGTGTT-ATTAATATTA-CATTT-AA-AT-AGAA---G---TTA---GTTGTTT--GAGATTATTCTCCG-CAAGT---A----TTTA-TATTGAATTGCTC----TTAAT-TTTGT-A-TTCAT-TA---AA-CCTTGATAAA--TATA---T--ACAT-T-----
gi|47437 : CCAG-AAT-GTTT--GTAT-A-TGA--AA----A----CATTT-CCAAAATAAA-TGGTTCACA-GT-TTCC--AT-AT---C-C--AT--TACAC-ATAAA-TCACA
gi|47438 : CCAG-AAA-GTTT--GTGT-A-TGA--AC----A----CATTC-CCAAAATAAA-TATTTAATT-GT-TTCT--GT-GC---C-C--AT--AGCA--T-AAA-ACACACA
gi|47439 : CAA-AAT-GTCT--TTAC-A-TGA--AA----C----CATTC-ACAGAACAAA-C---TGAT-----------AT-A--A-C-C--AT--TACA--A-CAT-CCTTACAAA---TTTGAATTAACTAG------------CA-TC-GATT---A---TGC---GTTTGTTCAGGT--CATTCGTAT-TAAGT---T----TTTA-CATTGAACGTT-C----TAAATGTTTGA---------TGT--GC-ATTTTATTGG--AATAGTGC--ATAT-C-----TTCTT--GTAGTC--CA----ACTG--AA--GATG-----T--TTAAAG-TCTGACTCCAA--TTTAATTTCAGtagttcggat
gi|47440 : ----CATTC-CCAGAACGTA-TGAGAAACT-GT-GTCT--AT-AT-T-CAT--AT--TACA--A-AAG-TCAAATAGA---TTCGAGTTAGCAAGT-TTG-CATTTATA-TG-A-TA---A---TAA---GTTAGTC--GATACAACACACAT-TATAT---A----TTTG-TATTGGAATTTTC----TCAGT-TTCGT-G-TCTAT-TGT--TG-ATTTGATTGG--CAGAATGTAAATATATAAATATTTTT--CTATTT--TA----ATTG--TG--TGTCA----T--CAAAAA-AC-AATTCCCAATTTTTGTT
gi|47441 : tgtatgtgattg----CATTC-CCAGAATAAA-TGATTTACT-GT-CTCT--AT-GT---C-C--ATGTTACA--A-AAG-TCACATAAG---TTTGAATTCACTATT-TTA-TATTT-----A-AACA---G---TTTAGTGTTTTTT--GCTACAATTCTAAG-AATAT---A----TTTG-TGTTGGCAGTTTC----TTAAT-TTTGT-A-TGAGT-TGTTGAA-AT---ATGGG--CATATAGT--ATAT-T-----TCACT--CCA
gi|47442 : g----CATTC-CCAAAAAAAA-TA--TGACT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-T--AT--TGCA--A-AAA-TCCCACAGA---TTTGACTGTACAAGT-TTG-CATTT--G-TA-AAGA---AATGTGT---GTGTGTC--CGTACAATCCTCAT-ACTAT---A----CTTG-TATTGGAATTCGC----GTGGT-TTTGT-A-TCAAT-GGT--TG-AGTTAAAAGG--TAACGCAT--AAAG-G-----GATTT--CCAATC--TA----ACTG---G--TGGT-----TAATGAAAA-ACAG-TTCCCA--TTCTTTTTCTGGTTTGA
gi|47443 : ----CACTC-CTAAAATAAA-TGTTTGTTT-GT-TTCA--AC-AT-G-C-CT-AT--TGCA--A-AAA-TTGCATAAA---CTTGTATT-ATAAAT-ATAACATTT--A-TA-CAGA---A---ATT---CATTATTA-GGTAAGATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGGAATGCTC----TTAAT-TTTGT-A-TTTAT-TAA--AC-ATTGAAAGGG--TAGATTAT--GTAT-A-----CTTTT--CCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 22222222 1111111 111 111111111 111111111111111111
lowQualScore : 1 33 88888 1 33 11 4444444444 1 2 2 3 11 1 33 1 55555555 88 44 1 22 1 222 4 444 1 4444444 1 333 222 222 444 22 1 44 1 222 2222 1 444 2222 1 7777 2 1 22 1 22 222 22 000000000 22 999999999999999999 9999999999 33 666 33 0 1
lowQualScore : . .. ..... . .. .. .......... . . . . .. . .. . ........ .. .. . .. . ... . ... . ....... . ... ... ... ... .. . .. . ... .... . ... .... . .... . . .. . .. ... .. ......... .. .................. .......... .. ... .. . .
lowQualScore : 4 88 33333 4 33 99 2222222222 2 4 6 3 33 2 22 2 22222222 11 44 2 22 6 222 7 000 2 9999999 0 444 222 222 555 55 1 99 0 333 7777 3 555 7777 3 9999 1 5 00 5 00 111 00 444444444 11 999999999999999999 7777777777 11 333 11 5 8
consensus : CTTAGCTCAGTCCAG-AAN-GTTC--GCAC-A-TGA--AA----A----CATTC-CCAAAACAAA-TGNTTNATT-GT-TTCT--AT-AT-G-C-C--AT--TGCA--A-AAN-TCACACAGA---CTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT-CA-TN-AANA---A---TTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGAAANTTTC----TTAAT-TTTGT-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGANNGG--NATAGTGT--ATAT-T-----NTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGATTCCCA--TTTTATTTCAGGTTTAA
Reference ( family-608 ) : CTTAGCTCAGTCCAG-AAN-GTTC--GCAC-A-TGA--AA----A----CATTC-CCAAAACAAA-TGNTTNATT-GT-TTCT--AT-AT-G-C-C--AT--TGCA--A-AAN-TCACACAGA---CTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT-CA-TN-AANA---A---TTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGAAANTTTC----TTAAT-TTTGT-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGANNGG--NATAGTGT--ATAT-T-----NTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGATTCCCA--TTTTATTTCAGGTTTAA
gi|47410 : CTTAGCTCAGTCCAG-AAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA--A-AAT-TCACACAAG---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAAT-TTTTG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----TTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47411 : CTTAGCTCAGTCCAG-AAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA--A-AAT-TCACACAAG---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAAT-TTTTG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----TTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47412 : CTTAGCTCAGTCCAG-AAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CTTTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA--A-AAT-TCACACAAA---TTTGAATTTACTATT-TAA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAAT-TTTTG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----TTCTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATG-----T--TGAAAG-TCTGA-TCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47413 : CCTAGTTCAGTCCAG-TAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATAAATA-AT-TTCG--AT-AT-AAC-C--AT--TACA--A-AAT-T---ACAAT---TTT--ATTTACAATT-TCA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT--GGGACTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTATT-TTTTT-A-TCAAT-TGA--AG-ATTTGATTGG--AATTGTGT--ATAT-T-----TTCTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATG-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47414 : CTTAGTTCTTTCCAG-ATT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGGTCAAA-TGATTAGTT-GT-TACT--ATTAA-A-C-C--AT--TTCA--A-AAT-TCACACAAA---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATT---A---CTT---ATTTGTT--GGGATTTTGCGCAT-CAAGT---C----TATG-TATCGGAAGTTTC----TTATT-TTTTTTA-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----GTCTT--CCAGTC---A----ACTG--AA--TATG-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTATATTGCAGGTTTAA
gi|47415 : CTTAGCTCAGTCCAG-AGT-GTTT--ACAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA--T-AAT-TCACACAAG---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATT---A---CTT---AATTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAAT-TTT
gi|47416 : CTTAATTCTGTCCAG-AAT-GTAT--GCAC-A-TGA--AA----G----CTTTC-CAAGAACACA-CAATGAGTT-GT-TCCT--AT-ATAA-C-C--TT--TACA--A-AAT-TATCGCAAA---TTTAAATTAAATATT-TTA-AATTT-CATTA-AAGA---A---ATT---ATATGTt
gi|47417 : TTAACTTATTCCAG-AAG-GTTT--GCGC-A-TGT--AT----A----CATTC-CCAAAAAAGG-TGGTTTATT-GT-TTCT--AT-AT---C-CGTAT--TGCA--A-AAA-TTGCAAAGG---TTTAAATTGACTAAA-TTG-CATTT-CA-AA-AGCG---A---TTT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAATTTC----TT-AT-TTTGG-AGTCGAT-TGT--GG-ATCTGAAAGG--TATAGTAT--ATAT-T-----TTGTT--CCATTC--TA------TA--AAGTTATT-----A--GGAAAA-AATGTCTCCCA--TTTaagatta
gi|47418 : TTGACTTATTCCAG-AAA-GTTT--GCGC-G-TGT--AT----A----CATTC-CCAAAAAAAGGTGATTTATT-GT-TTCT--AT-AT---C-C--ATATTGCA--A-AAAATTGCAAAGG---TTTGAATTGACTAAA-TTA-CATTT-CA-TA-AAAG---A---TTT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAATTTC----TT-AT-TTTG-------AT-TGT--CA-ATCTGAAAGG--TATAGTGT--ATAT-T-----GTGTT--CCATTCTATA----ACTT------TATT-----A--GGAAAA-AGTGTTTCCCA--TTT
gi|47419 : TTAACTTATTCCAG-AAG-GTTT--GCGC-A-TGT--AT----A----CATTCTCCAAAAAAGG-TGATTTATT-GT-TTCT--GT-AT-A-CAT--AT--TGCA--A-AAA-TTGCAAAGG---TTTGAATGTACTAAA-TTA-CAGTT-CA-AA-AGAG---A---TGT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTGG-TACTGGAAGTTAT----TT-AT-TTTGG-AGTCGGT-TGT--AC-ATCTTAAAGG--TATAGTGT--ATAT-T-----TTGTT--CCA
gi|47420 : TTATCTTATTCCGG-AAG-GTTT--GCGC-A-TGT--AT----A----CATTC-CCTAAAAAGG-TGATTTATT-GT-TTCT--AT-AT---C-C--ATATTGCA--A-AAA-TTGCAAAGG---TTTCAGTTGACTAAA-TTA-CATTT-CA-TA-AGAG---A---TTT---GTTTGTT--GGTGGTATTCTCAG-AAGAT---G----TTTG-TACTGAAA-TTTC----TT-AT-TTTGG-AGTCGAT-TGT--GG-ATCTGAAAGG--TATAGTAT--ATAT-T-----TTGTT--CCA
gi|47421 : TTAACTCAACTCAA-AAT-CTTT----AA-A-TGAGCAT----A----CATTC-CCAAAACAAG-TGACTTATA-GT-TTCG--AT-AT-T-CAT--AC--TACA--A-AAA-TCACAAAGA---TTTCAATTTGTTAAA-TTT-TGTTT-CA-TT-AATA---G---TTA---ATTTGTT--GAAATTATT----T-GATGTAAAA----CTTG-TATTGAGAGTTCC----TTAAT-TTTAC-G-TCAAT-TGA--AG-TTTCTATTGT--TTTTAAAT--ATAC-C-----CTTTC--CCAGTT--TA----ATT-------TAGT-----T--TGAA
gi|47422 : A----A----CATTC-CCAAAACATA-TGGTTTACT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-T--AT--TGCA--A-AAA-TCACACAGA---TTTGATTGTACAAGT-TTG-CATTT--G-TA-CAGAT--A---TTT---GTTTGTA--GGTATTACACGCAT-AATGA---A----CTTG-TATTGGAATTCGC----GTAGT-TTTGG-A-TTAAT-TAT--TGAATTTAAAGGC--AACA-TAT--AAAA-A-----AAATT--CCAATC--TA----ACTG--GG--GGTTA----T--TGAAAA-ACAG-TTCCCA--TTTT-TTTCTGATTTGA
gi|47423 : agttctgaccaaaactgttgagtatttgAACTCAACCCAA-AAA-CTTT--GAATGA-TGA--TG---------CATTT-CC----CAAAGTGATTGACA-GT-TTCG--AT--T-T-T-C--ATACTACA--A-AAT-TGACAAAGC---TTTGAATTTGTTAAT-TTT-TGTTT-CA-CC-AGTA---G---TTT---ACTTGTT--AGTAGTATTTGTTT-GATGT---AAAATCTTA-TTTTGAAAATTTC----ATAAT-TTTGC-G-TGAAT-TGT--AG-TTTTTATTGT--TTT--TAA--ATAC-T-----TTTTTCCCCAGTT--TA----ATT
gi|47424 : CTGAGTCCAA-AAG-GCTC--TTAC-G-TAG--TG----A----CATTT-CCAAAATAAA-TGTTCTAAA-GT-TTTTGGAT-AT-C-T-C---T--CACA--A-AAT-TCACATAGA---CTTGAGTTAACTATT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CTT---GTTAGTA--GGTGAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAGT-TTTGT-T-TCAAT-GGT--AC-TTTTGAAAGGTAGACAGTGA--ATG--------GTTTT--CCAGTC--AAGGTTGTTA--AA--TATT-----T--C-----------TTCCCA--TTT
gi|47425 : TCTGTCCAA-AAA-GTTC--TTAC-A---A--AATG--A----CACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATA-GT-TTCA--GG-AT-G-T-CT-AT--CACA--A-AAA-TCACATAGA---CTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CTG---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAGT-TTTGT-G-TCTAT-TGT--AA-TTTTGAAAGGTAGACAATGA--ATA--------GTTTT--CCAGTT--GAGGTTGTTG--AA--TATT-----T--aagatgagattt
gi|47426 : TCATTTCAA-AAG-GCTC--TTAC-A---A--AATG--A----CATTC-CCAAAACAAA-TATTTTATA-GT-TTCC--GT-AT-G-T-CT-AT--CGCA--A-AAC-TCACATAGA---CTTGAATTAACTATT-TTA-CATTTATA-TA-AAAA---A---CTG---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTA-TATTGAAATGATC----TTAGT-TTTcttcccatt
gi|47427 : TCTGTCCAA-AAA-ATTC--TC------GA--AATGTGA----CATTC-CAAAAATAGG-TGTTT-ATTAGA-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCT--G-AAA-TAACACAAA---CTTGTGTT-ATTGATATTA-CGTTT-----A-AATATATA---TTT---GTTGTTT--GGGATTATTCTCAT-CAAGT---A----TTTA-TATTGAAACGCCC----TTAAT-TTTGT-T-TTTAT-TAA--AG-ACTTGATTGG--TAAAGTGT--GCAC-A-----ATTTT--CCAGTT--TAT---ACTA--TT--TATT---------------TCTTGTTCCCA--TTTAATt
gi|47428 : TCTGTCCAA-AAA-GTTC--TTAC-A---A--AATG--A----CACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATA-GT-TTCA--GG-AT-G-T-CT-AT--CACA--A-AAA-TCACTTAGA---CTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---TTG---GTCAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAGT-TTTGT-G-TCTAT-TGT--AA-TTTTGAAAGGTAGACAATGA--ATA--------GTTTT--CCAGTT--GAGGTTGTTG--AA--TATT-----T--
gi|47429 : TCTGTCCAA-AAA-GTTC--TTAC-A---A--AATG--A----CACTC-CCAAAACAAG-TGTTTCATA-GT-TTCA--GG-AT-G-T-CT-AT--CACA--A-AAA-TCATATAGA---CCTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CTG---GTTAGTA--GGTAAAATTATCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAAC-TTTcttcccatt
gi|47430 : AGTCCAA-AAG-GCTC--TTAT-A---A--AATG--A----CATTC-CCAAAATAAA-TGTTTTAAA-GT-TTCTGGAT-AT-C-C-C---T--CACA--A-AAT-TCACATAGA---CTTGAATTAACTATT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CGT---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAACGATC----TTAGT-TTTGT-G-TCTAT-TGT--AC-CTTTGAAAGGTAGACAGTGA--ATG--------GTTTT--CCAGTC--AAG---GTTGTTAAT-TATT-----T--C-----------TTCCCA--TTTTAGATGAGGTTT
gi|47431 : GTCCAA-AAATGTT---GTAC-A-TGA--GC----A----CAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACT-GT-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCA--G-AAT-TGACATAAA---CTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT-GT-GT-AAGA---A---TTT---ATTTGTG--GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAATAACC----TCAAT-CTCGA-A-TAAAT-AGT--AC-ATGTAATCGGT-GATAA-AA--AGAT-T-----TTTTT--CCAGTT--CA-------G--AT--TGTC-----A--TAGGAG-TC--ATT-CCA--TTTTTGTTGAGCTTTA
gi|47432 : GTCCAA-AAG-GCTCTAGAAC-AATGA-------------TATTC-CCAAAATAGA-TGTCTATTT-GT-TTCA--AC-AT---T-C--AT--GGCACAA-AAA-TCACATAAA---CTTGTATTACATATG-TTG-CATTT--A-TACAGGA---A---TTT---GTTGTTT--GGTACAATTCGCAT-AATAC---A----TTTG-TATTGAAAAGCTC----TTATT-TTTGT-A-TCAAT-TAA--GG-ATTTAAAAGG--TACGGTGT--GTAC-A-----ACATT--CCAGTT--------------AA--TGTTCGTACT--T------TCTGATTCCCA--TTTAAT
gi|47433 : GTCCAGAAAT-GTT---GTAC-A-TGA--GC----A----CAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACT-GT-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCA--G-AAT-TGCCATAAA---CTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT-GT-GT-AAGA---A---TTT---ATTTGTG--GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTGTTGTTGTATGTTTCATGTTTAAG-TTT
gi|47434 : GTCCAG-AAA-GCTC-----T-A--GA--AA----ATTGACATTC-TCAAAATAGA-TGTATGTTT-GT-TTCT--AC-AT---T-C--AT--AGCACAA-AAA-TCACAAAAAAAACTTGTATTACATATG-TTG-CATTT--A-TA-CAGA---A---TTT---GGTTGTTA-GGTATAATTCGCAT-TATAT---A----TTTG-TATTGAAAAGCGC----GTAAT-TTTGT-A-TCTATATGT---G-ACCTGAAAGG--TACGGTGT--GTAC-A-----ACTTT--CCAG-C--TA----A-TG---------T-----T--TGTATGTTCTAATTCCCA--TTTGATATGAGGTTTGAt
gi|47435 : TCCAA-AAATGTT---GTAC-A-TGA--GC----A----CAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACT-GT-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCA--G-AAT-TGACATAAA---CTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT-GT-GT-AAGA---A---TTT---ATTTGTG--GTTAAAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAATAACC----TCAAT-CTCGA-A-TAAAT-AGT--AC-ATGTAATCGGT-GATAA-AA--AGAT-T-----TTTTC--CCAGTT--CA-------G--AT--TGTC-----A--TAGGAG-TC--ATT-CCA--TTTTTGTTGAGCTTTA
gi|47436 : TCAAG-AAC-ATTT--GAAT-T-TGA-------------CATTC-CCAAAATAGG-TGTTT-ATT-ACATTCT--AC-AT---C-C--ATAATGCA--G-AAA-TCACACAAA---CTTGTGTT-ATTAATATTA-CATTT-AA-AT-AGAA---G---TTA---GTTGTTT--GAGATTATTCTCCG-CAAGT---A----TTTA-TATTGAATTGCTC----TTAAT-TTTGT-A-TTCAT-TA---AA-CCTTGATAAA--TATA---T--ACAT-T-----
gi|47437 : CCAG-AAT-GTTT--GTAT-A-TGA--AA----A----CATTT-CCAAAATAAA-TGGTTCACA-GT-TTCC--AT-AT---C-C--AT--TACAC-ATAAA-TCACA
gi|47438 : CCAG-AAA-GTTT--GTGT-A-TGA--AC----A----CATTC-CCAAAATAAA-TATTTAATT-GT-TTCT--GT-GC---C-C--AT--AGCA--T-AAA-ACACACA
gi|47439 : CAA-AAT-GTCT--TTAC-A-TGA--AA----C----CATTC-ACAGAACAAA-C---TGAT-----------AT-A--A-C-C--AT--TACA--A-CAT-CCTTACAAA---TTTGAATTAACTAG------------CA-TC-GATT---A---TGC---GTTTGTTCAGGT--CATTCGTAT-TAAGT---T----TTTA-CATTGAACGTT-C----TAAATGTTTG-------AT--GT--GC-ATTTTATTGG--AATAGTGC--ATAT-C-----TTCTT--GTAGTC--CA----ACTG--AA--GATG-----T--TTAAAG-TCTGACTCCAA--TTTAATTTCAGtagttcggat
gi|47440 : ----CATTC-CCAGAACGTA-TGAGAAACT-GT-GTCT--AT-AT-T-CAT--AT--TACA--A-AAG-TCAAATAGA---TTCGAGTTAGCAAGT-TTG-CATTTATA-TG-A-TA---A---TAA---GTTAGTC--GATACAACACACAT-TATAT---A----TTTG-TATTGGAATTTTC----TCAGT-TTCGT-G-TCTAT-TGT--TG-ATTTGATTGG--CAGAATGTAAATATATAAATATTTTT--CTATTT--TA----ATTG--TG--TGTCA----T--CAAAAA-AC-AATTCCCAATTTTTGTT
gi|47441 : tgtatgtgattg----CATTC-CCAGAATAAA-TGATTTACT-GT-CTCT--AT-GT---C-C--ATGTTACA--A-AAG-TCACATAAG---TTTGAATTCACTATT-TTA-TATTT-----A-AACA---G---TTTAGTGTTTTTT--GCTACAATTCTAAG-AATAT---A----TTTG-TGTTGGCAGTTTC----TTAAT-TTTGT-A-TGAGT-TGTTGAA-AT---ATGGG--CATATAGT--ATAT-T-----TCACT--CCA
gi|47442 : g----CATTC-CCAAAAAAAA-TA--TGACT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-T--AT--TGCA--A-AAA-TCCCACAGA---TTTGACTGTACAAGT-TTG-CATTT--G-TA-AAGA---AATGTGT---GTGTGTC--CGTACAATCCTCAT-ACTAT---A----CTTG-TATTGGAATTCGC----GTGGT-TTTGT-A-TCAAT-GGT--TG-AGTTAAAAGG--TAACGCAT--AAAG-G-----GATTT--CCAATC--TA----ACTG---G--TGGT-----TAATGAAAA-ACAG-TTCCCA--TTCTTTTTCTGGTTTGA
gi|47443 : ----CACTC-CTAAAATAAA-TGTTTGTTT-GT-TTCA--AC-AT-G-C-CT-AT--TGCA--A-AAA-TTGCATAAA---CTTGTATT-ATAAAT-ATAACATTT--A-TA-CAGA---A---ATT---CATTATTA-GGTAAGATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGGAATGCTC----TTAAT-TTTGT-A-TTTAT-TAA--AC-ATTGAAAGGG--TAGATTAT--GTAT-A-----CTTTT--CCA
blockSeqs : A AT CTAGA G AT GC ATGTGA T G A A TA A GG T AACC AT CA T AA C AAA T ATA A CATTA T TAT ATG AGT TCA TT G AT A AAA AAAT T GTT ATGT G TTA A A TG A TT TAG AA TATAAATAT CC AAGGTTGTTAAA CGTACTT TT TGA AT A
blockSeqs : . AT TGC . T . AATTGA . G A A T . GG . AACC AT CA . T C . T ATA . ATATA T T . . TA TT G AT A . . . GTT . . GAG A . . . TT TAG . TTT . GAGGTTGTTGAA TAATG T TGA . A
blockSeqs : . T TGC . T . ATGA . . A A T . . . AACC AC C . T C . T TT . ATATG T . . . TA CT G AT A . . . GTT . . GAG A . . . TT TAG . TTT . GAGGTTGTTGAA ATTG T TGA . A
blockSeqs : . T TGC . T . ATGA . . A A A . . . AACC AA . . T C . T TT . CATC T . . . T TT G C A . . . GTT . . GAG A . . . TT TAG . TTT . AAGGTTGTTAAT ATCA T TGA . G
blockSeqs : . T TGC . T . ATGA . . A A T . . . AACC GT . . T C . T TT . CATC T . . . T TT G C A . . . GTT . . GA G . . . AA TG . TTG . TATACTATT TTG T TGT . A
blockSeqs : . T TAC . T . ATGA . . A A T . . . CCGT . . . T C . A TT . CATC G . . . T CT T C G . . . ATT . . GA G . . . AA TG . TTT . CAACTGAA TTG A TGT . G
blockSeqs : . T TGC . T . ATGA . . G T T . . . ACAT . . . T A . G TT . CATC C . . . T CT T C G . . . ATT . . TA G . . . AA A . TTG . CAACTGAA TTG A TTG . C
blockSeqs : . T TGC . T . AG . . A T T . . . TCAT . . . A A . G TT . CATC A . . . T CT T C G . . . GTT . . CG A . . . AA A . TTT . CAACTGAA TTG A TGA . G
blockSeqs : . G TGC . T . AG . . A T T . . . AACT . . . A A . T AA . CAAA A . . . T GT T A G . . . GTT . . GA A . . . TT A . TTT . TATAAAGT AGG T TAA . C
blockSeqs : . A TGC . T . AG . . A T T . . . GTCT . . . A A . G AA . CATA A . . . T TT G A T . . . TTC . . CG A . . . AG A . CCC . TATAACTT AGG T TGA . G
blockSeqs : . G TGC . T . AG . . A T T . . . GTCT . . . A A . T AA . CAAA T . . . T TT G A T . . . ATT . . TT A . . . TT T . AAA . TAACTGGG TTG T AG .
blockSeqs : . G TGA . T . AG . . G T A . . . GCAT . . . A C . T AA . CATA G . . . T GT T A T . . . TGA . . TG T . . . AA T . CTT . CAACTGAA ATA T AA .
blockSeqs : . T CTT . T . AG . . A G T . . . GTCT . . . T A . T AA . CATT T . . . T AA T G T . . . TGA . . TT T . . . AA T . CAA . TAATTGTG TTG T AG .
blockSeqs : . A CTT . T . TA . . T T A . . . GTCT . . . T T . A GT . CACC A . . . A AA T A T . . . TGA . . TG T . . . TT T . TTT . AACTGAA ATA A A .
blockSeqs : . G CTT . T . TA . . T C A . . . GCAT . . . A T . A AT . AGAT A . . . T AA T G T . . . CGC . . TG T . . . AA T . CAA . TAACTGG TTT A A .
blockSeqs : . A CTC . T . TA . . T T A . . . GCAT . . . C T . A TT . AGAT A . . . A TT T T A . . . TGA . . AA A . . . AA A . CAA . TAATT TC . . .
blockSeqs : . G CTT . T . TA . . T C A . . . GCAT . . . A C . A AT . AGAT T . . . A AA T A T . . . TGA . . TA A . . . TC T . TTT . CAGAT TC . . .
blockSeqs : . A CTT . T . TA . . T C A . . . TCAT . . . A T . A TT . AGAT A . . . A AA T T T . . . CGA . . TA T . . . AA T . TCT . TAATG .
blockSeqs : . A CTT . T . AA . . T T A . . . AACT . . . A T . A AT . AGAT A . . . T AA T C T . . . TAA . . AA A . . . AA T . TTT . CAGAT
blockSeqs : . A TGA . T . GA . . T T A . . . GCCT . . . T T . T AT . GTGT A . . . A TA G A A . . . AGC . . TA C . . . TC T . GGG . AA
blockSeqs : . G TGT . T . CA . . T A T . . . ACC . . . T T . A TT . ATAC G . . . A CA T A T . . . GTT . . TG T . . . TA T . TAC .
blockSeqs : . G TGT . . . CA . . T T T . . . TTC . . . A T . T AA . GTGT G . . . A TA G A A . . . AGC . . TA A . . . TT A . G .
blockSeqs : . T TTT . . . CA . . T G T . . . CTC . . . T T . A TG . GTGT G . . . G TA T A T . . . TAA . . TA A . . . TT C . G .
blockSeqs : . A GT . . . AA . . T T T . . . CCC . . . A A . T AA . AAAT G . . . T AA T T A . . . TGC . . TA T . . . TG C . G .
blockSeqs : . C GT . . . CA . . T C T . . . ACC . . . T T . A TG . CATC G . . . G TT G C A . . . GTT . . . . . . . AA T . G .
blockSeqs : . T GT . . . AC . . T A T . . . CC . . . A C . A AA . GTA A . . . G CA A T A . . . TTT . . . . . . . AG T .
blockSeqs : . A T . . . G . . G G A . . . CC . . . A C . C GT . ATA T . . . T CA T T T . . . GTT . .
blockSeqs : . T C . . . . . . T A T . . . TC . . . A C . T TT . GTA T . . . C CA T A T . . . TTC . .
blockSeqs : . . . A T T . . . TC . . . T T . . GT . ATA C . . . T AG T A T . . . TGC . .
blockSeqs : . . A G T . . . CC . . . G T . . AT . A G . . . C C . T T . . . TT . .
blockSeqs : . . T G T . . . CC . . . G C . . G . A G . . .
blockSeqs : . . . . T . . . CC . . . A T
blockSeqs : . . . . . . . . CC . . . A
blockSeqCons :
originalCons : CTTAGCTCAGTCCAG-AAN-GTTC--GCAC-A-TGA--AA----A----CATTC-CCAAAACAAA-TGNTTNATT-GT-TTCT--AT-AT-G-C-C--AT--TGCA--A-AAN-TCACACAGA---CTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT-CA-TN-AANA---A---TTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGAAANTTTC----TTAAT-TTTGT-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGANNGG--NATAGTGT--ATAT-T-----NTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGATTCCCA--TTTTATTTCAGGTTTAA
finalCons : CTTAGCTCAGTCCAG-AAN-GTTC--GCAC-A-TGA--AA----A----CATTC-CCAAAACAAA-TGNTTNATT-GT-TTCT--AT-AT-G-C-C--AT--TGCA--A-AAN-TCACACAGA---CTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT-CA-TN-AANA---A---TTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGAAANTTTC----TTAAT-TTTGT-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGANNGG--NATAGTGT--ATAT-T-----NTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGATTCCCA--TTTTATTTCAGGTTTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 22222222 1111111 111 111111111 111111111111111111
lowQualScore : 1 33 88888 1 33 11 4444444444 1 2 2 3 11 1 33 1 55555555 88 44 1 22 1 222 4 444 1 4444444 1 333 222 222 444 22 1 44 1 222 2222 1 444 2222 1 7777 2 1 22 1 22 222 22 000000000 22 999999999999999999 9999999999 33 666 33 0 1
lowQualScore : . .. ..... . .. .. .......... . . . . .. . .. . ........ .. .. . .. . ... . ... . ....... . ... ... ... ... .. . .. . ... .... . ... .... . .... . . .. . .. ... .. ......... .. .................. .......... .. ... .. . .
lowQualScore : 4 88 33333 4 33 99 2222222222 2 4 6 3 33 2 22 2 22222222 11 44 2 22 6 222 7 000 2 9999999 0 444 222 222 555 55 1 99 0 333 7777 3 555 7777 3 9999 1 5 00 5 00 111 00 444444444 11 999999999999999999 7777777777 11 333 11 5 8
consensus : CTTAGCTCAGTCCAG-AAN-GTTC--GCAC-A-TGA--AA----A----CATTC-CCAAAACAAA-TGNTTNATT-GT-TTCT--AT-AT-G-C-C--AT--TGCA--A-AAN-TCACACAGA---CTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT-CA-TN-AANA---A---TTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGAAANTTTC----TTAAT-TTTGT-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGANNGG--NATAGTGT--ATAT-T-----NTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGATTCCCA--TTTTATTTCAGGTTTAA
Reference ( family-608 ) : CTTAGCTCAGTCCAG-AAN-GTTC--GCAC-A-TGA--AA----A----CATTC-CCAAAACAAA-TGNTTNATT-GT-TTCT--AT-AT-G-C-C--AT--TGCA--A-AAN-TCACACAGA---CTTGAATTNACTANT-TTA-CATTT-CA-TN-AANA---A---TTT---GTTTGTT--GGTANNATTCTCAT-NANGT---A----TTTG-TATTGAAANTTTC----TTAAT-TTTGT-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGANNGG--NATAGTGT--ATAT-T-----NTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGATTCCCA--TTTTATTTCAGGTTTAA
gi|47410 : CTTAGCTCAGTCCAG-AAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA--A-AAT-TCACACAAG---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAAT-TTTTG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----TTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47411 : CTTAGCTCAGTCCAG-AAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA--A-AAT-TCACACAAG---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAAT-TTTTG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----TTTTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATT-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47412 : CTTAGCTCAGTCCAG-AAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CTTTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA--A-AAT-TCACACAAA---TTTGAATTTACTATT-TAA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAAT-TTTTG-A-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----TTCTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATG-----T--TGAAAG-TCTGA-TCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47413 : CCTAGTTCAGTCCAG-TAT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATAAATA-AT-TTCG--AT-AT-AAC-C--AT--TACA--A-AAT-T---ACAAT---TTT--ATTTACAATT-TCA-AATTT-CA-TC-AATG---A---CTT---ATTTGTT--GGGACTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTATT-TTTTT-A-TCAAT-TGA--AG-ATTTGATTGG--AATTGTGT--ATAT-T-----TTCTT--CCAGTC--CA----ACTG--AA--TATG-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTTTATTTCAGATTTAA
gi|47414 : CTTAGTTCTTTCCAG-ATT-GTTT--GCAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGGTCAAA-TGATTAGTT-GT-TACT--ATTAA-A-C-C--AT--TTCA--A-AAT-TCACACAAA---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATT---A---CTT---ATTTGTT--GGGATTTTGCGCAT-CAAGT---C----TATG-TATCGGAAGTTTC----TTATT-TTTTTTA-TCAAT-TGT--AG-ATTTGATTGG--AATAGTGT--ATAT-T-----GTCTT--CCAGTC---A----ACTG--AA--TATG-----T--TGAAAG-TCTGACTCCCA--TTATATTGCAGGTTTAA
gi|47415 : CTTAGCTCAGTCCAG-AGT-GTTT--ACAC-A-TGA--AA----G----CATTC-CCAGAACAAA-TGATTAGTT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-C--AT--TACA--T-AAT-TCACACAAG---TTTGAATTTACTATT-TTA-AATTT-CA-TC-AATT---A---CTT---AATTGTT--GGGATTATGCGCAT-CAAGT---A----TTTG-TATTGGAAGTTTC----TTAAT-TTT
gi|47416 : CTTAATTCTGTCCAG-AAT-GTAT--GCAC-A-TGA--AA----G----CTTTC-CAAGAACACA-CAATGAGTT-GT-TCCT--AT-ATAA-C-C--TT--TACA--A-AAT-TATCGCAAA---TTTAAATTAAATATT-TTA-AATTT-CATTA-AAGA---A---ATT---ATATGTt
gi|47417 : TTAACTTATTCCAG-AAG-GTTT--GCGC-A-TGT--AT----A----CATTC-CCAAAAAAGG-TGGTTTATT-GT-TTCT--AT-AT---C-CGTAT--TGCA--A-AAA-TTGCAAAGG---TTTAAATTGACTAAA-TTG-CATTT-CA-AA-AGCG---A---TTT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAATTTC----TT-AT-TTTGG-AGTCGAT-TGT--GG-ATCTGAAAGG--TATAGTAT--ATAT-T-----TTGTT--CCATTC--TA------TA--AAGTTATT-----A--GGAAAA-AATGTCTCCCA--TTTaagatta
gi|47418 : TTGACTTATTCCAG-AAA-GTTT--GCGC-G-TGT--AT----A----CATTC-CCAAAAAAAGGTGATTTATT-GT-TTCT--AT-AT---C-C--ATATTGCA--A-AAAATTGCAAAGG---TTTGAATTGACTAAA-TTA-CATTT-CA-TA-AAAG---A---TTT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTTG-TACTGAAAATTTC----TT-AT-TTTG-------AT-TGT--CA-ATCTGAAAGG--TATAGTGT--ATAT-T-----GTGTT--CCATTCTATA----ACTT------TATT-----A--GGAAAA-AGTGTTTCCCA--TTT
gi|47419 : TTAACTTATTCCAG-AAG-GTTT--GCGC-A-TGT--AT----A----CATTCTCCAAAAAAGG-TGATTTATT-GT-TTCT--GT-AT-A-CAT--AT--TGCA--A-AAA-TTGCAAAGG---TTTGAATGTACTAAA-TTA-CAGTT-CA-AA-AGAG---A---TGT---GTTTGTT--GGTACTATTCTCAT-AAGAT---A----TTGG-TACTGGAAGTTAT----TT-AT-TTTGG-AGTCGGT-TGT--AC-ATCTTAAAGG--TATAGTGT--ATAT-T-----TTGTT--CCA
gi|47420 : TTATCTTATTCCGG-AAG-GTTT--GCGC-A-TGT--AT----A----CATTC-CCTAAAAAGG-TGATTTATT-GT-TTCT--AT-AT---C-C--ATATTGCA--A-AAA-TTGCAAAGG---TTTCAGTTGACTAAA-TTA-CATTT-CA-TA-AGAG---A---TTT---GTTTGTT--GGTGGTATTCTCAG-AAGAT---G----TTTG-TACTGAAA-TTTC----TT-AT-TTTGG-AGTCGAT-TGT--GG-ATCTGAAAGG--TATAGTAT--ATAT-T-----TTGTT--CCA
gi|47421 : TTAACTCAACTCAA-AAT-CTTT----AA-A-TGAGCAT----A----CATTC-CCAAAACAAG-TGACTTATA-GT-TTCG--AT-AT-T-CAT--AC--TACA--A-AAA-TCACAAAGA---TTTCAATTTGTTAAA-TTT-TGTTT-CA-TT-AATA---G---TTA---ATTTGTT--GAAATTATT----T-GATGTAAAA----CTTG-TATTGAGAGTTCC----TTAAT-TTTAC-G-TCAAT-TGA--AG-TTTCTATTGT--TTTTAAAT--ATAC-C-----CTTTC--CCAGTT--TA----ATT-------TAGT-----T--TGAA
gi|47422 : A----A----CATTC-CCAAAACATA-TGGTTTACT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-T--AT--TGCA--A-AAA-TCACACAGA---TTTGATTGTACAAGT-TTG-CATTT--G-TA-CAGAT--A---TTT---GTTTGTA--GGTATTACACGCAT-AATGA---A----CTTG-TATTGGAATTCGC----GTAGT-TTTGG-A-TTAAT-TAT--TGAATTTAAAGGC--AACA-TAT--AAAA-A-----AAATT--CCAATC--TA----ACTG--GG--GGTTA----T--TGAAAA-ACAG-TTCCCA--TTTT-TTTCTGATTTGA
gi|47423 : agttctgaccaaaactgttgagtatttgAACTCAACCCAA-AAA-CTTT--GAATGA-TGA--TG---------CATTT-CC----CAAAGTGATTGACA-GT-TTCG--AT--T-T-T-C--ATACTACA--A-AAT-TGACAAAGC---TTTGAATTTGTTAAT-TTT-TGTTT-CA-CC-AGTA---G---TTT---ACTTGTT--AGTAGTATTTGTTT-GATGT---AAAATCTTA-TTTTGAAAATTTC----ATAAT-TTTGC-G-TGAAT-TGT--AG-TTTTTATTGT--TTT--TAA--ATAC-T-----TTTTTCCCCAGTT--TA----ATT
gi|47424 : CTGAGTCCAA-AAG-GCTC--TTAC-G-TAG--TG----A----CATTT-CCAAAATAAA-TGTTCTAAA-GT-TTTTGGAT-AT-C-T-C---T--CACA--A-AAT-TCACATAGA---CTTGAGTTAACTATT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CTT---GTTAGTA--GGTGAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAGT-TTTGT-T-TCAAT-GGT--AC-TTTTGAAAGGTAGACAGTGA--ATG--------GTTTT--CCAGTC--AAGGTTGTTA--AA--TATT-----T--C-----------TTCCCA--TTT
gi|47425 : TCTGTCCAA-AAA-GTTC--TTAC-A---A--AATG--A----CACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATA-GT-TTCA--GG-AT-G-T-CT-AT--CACA--A-AAA-TCACATAGA---CTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CTG---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAGT-TTTGT-G-TCTAT-TGT--AA-TTTTGAAAGGTAGACAATGA--ATA--------GTTTT--CCAGTT--GAGGTTGTTG--AA--TATT-----T--aagatgagattt
gi|47426 : TCATTTCAA-AAG-GCTC--TTAC-A---A--AATG--A----CATTC-CCAAAACAAA-TATTTTATA-GT-TTCC--GT-AT-G-T-CT-AT--CGCA--A-AAC-TCACATAGA---CTTGAATTAACTATT-TTA-CATTTATA-TA-AAAA---A---CTG---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-TATGT---A----TTTA-TATTGAAATGATC----TTAGT-TTTcttcccatt
gi|47427 : TCTGTCCAA-AAA-ATTC--TC------GA--AATGTGA----CATTC-CAAAAATAGG-TGTTT-ATTAGA-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCT--G-AAA-TAACACAAA---CTTGTGTT-ATTGATATTA-CGTTT-----A-AATATATA---TTT---GTTGTTT--GGGATTATTCTCAT-CAAGT---A----TTTA-TATTGAAACGCCC----TTAAT-TTTGT-T-TTTAT-TAA--AG-ACTTGATTGG--TAAAGTGT--GCAC-A-----ATTTT--CCAGTT--TAT---ACTA--TT--TATT---------------TCTTGTTCCCA--TTTAATt
gi|47428 : TCTGTCCAA-AAA-GTTC--TTAC-A---A--AATG--A----CACTC-CCAAAACAAA-TGTTTCATA-GT-TTCA--GG-AT-G-T-CT-AT--CACA--A-AAA-TCACTTAGA---CTTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---TTG---GTCAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAGT-TTTGT-G-TCTAT-TGT--AA-TTTTGAAAGGTAGACAATGA--ATA--------GTTTT--CCAGTT--GAGGTTGTTG--AA--TATT-----T--
gi|47429 : TCTGTCCAA-AAA-GTTC--TTAC-A---A--AATG--A----CACTC-CCAAAACAAG-TGTTTCATA-GT-TTCA--GG-AT-G-T-CT-AT--CACA--A-AAA-TCATATAGA---CCTGAATTAACTAAT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CTG---GTTAGTA--GGTAAAATTATCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAATGATC----TTAAC-TTTcttcccatt
gi|47430 : AGTCCAA-AAG-GCTC--TTAT-A---A--AATG--A----CATTC-CCAAAATAAA-TGTTTTAAA-GT-TTCTGGAT-AT-C-C-C---T--CACA--A-AAT-TCACATAGA---CTTGAATTAACTATT-TTA-CATTT-AG-AT-AAAA---A---CGT---GTTAGTA--GGTAAAATTCTCAT-AATGT---A----TTTG-TATTGAAACGATC----TTAGT-TTTGT-G-TCTAT-TGT--AC-CTTTGAAAGGTAGACAGTGA--ATG--------GTTTT--CCAGTC--AAG---GTTGTTAAT-TATT-----T--C-----------TTCCCA--TTTTAGATGAGGTTT
gi|47431 : GTCCAA-AAATGTT---GTAC-A-TGA--GC----A----CAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACT-GT-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCA--G-AAT-TGACATAAA---CTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT-GT-GT-AAGA---A---TTT---ATTTGTG--GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAATAACC----TCAAT-CTCGA-A-TAAAT-AGT--AC-ATGTAATCGGT-GATAA-AA--AGAT-T-----TTTTT--CCAGTT--CA-------G--AT--TGTC-----A--TAGGAG-TC--ATT-CCA--TTTTTGTTGAGCTTTA
gi|47432 : GTCCAA-AAG-GCTCTAGAAC-AATGA-------------TATTC-CCAAAATAGA-TGTCTATTT-GT-TTCA--AC-AT---T-C--AT--GGCACAA-AAA-TCACATAAA---CTTGTATTACATATG-TTG-CATTT--A-TACAGGA---A---TTT---GTTGTTT--GGTACAATTCGCAT-AATAC---A----TTTG-TATTGAAAAGCTC----TTATT-TTTGT-A-TCAAT-TAA--GG-ATTTAAAAGG--TACGGTGT--GTAC-A-----ACATT--CCAGTT--------------AA--TGTTCGTACT--T------TCTGATTCCCA--TTTAAT
gi|47433 : GTCCAGAAAT-GTT---GTAC-A-TGA--GC----A----CAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACT-GT-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCA--G-AAT-TGCCATAAA---CTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT-GT-GT-AAGA---A---TTT---ATTTGTG--GGTATAATTCT-ATATAAAT---A----TTTGTTGTTGTATGTTTCATGTTTAAG-TTT
gi|47434 : GTCCAG-AAA-GCTC-----T-A--GA--AA----ATTGACATTC-TCAAAATAGA-TGTATGTTT-GT-TTCT--AC-AT---T-C--AT--AGCACAA-AAA-TCACAAAAAAAACTTGTATTACATATG-TTG-CATTT--A-TA-CAGA---A---TTT---GGTTGTTA-GGTATAATTCGCAT-TATAT---A----TTTG-TATTGAAAAGCGC----GTAAT-TTTGT-A-TCTATATGT---G-ACCTGAAAGG--TACGGTGT--GTAC-A-----ACTTT--CCAG-C--TA----A-TG---------T-----T--TGTATGTTCTAATTCCCA--TTTGATATGAGGTTTGAt
gi|47435 : TCCAA-AAATGTT---GTAC-A-TGA--GC----A----CAGTC-CCAAAATAAA-TGTTGTACT-GT-TTCT--AC-AT-G-CAT--AT--TGCA--G-AAT-TGACATAAA---CTTGAATTTACGAAA-TGG-CATTT-GT-GT-AAGA---A---TTT---ATTTGTG--GTTAAAATTCT-ATATAAAT---A----TTTA-TATTGAAATAACC----TCAAT-CTCGA-A-TAAAT-AGT--AC-ATGTAATCGGT-GATAA-AA--AGAT-T-----TTTTC--CCAGTT--CA-------G--AT--TGTC-----A--TAGGAG-TC--ATT-CCA--TTTTTGTTGAGCTTTA
gi|47436 : TCAAG-AAC-ATTT--GAAT-T-TGA-------------CATTC-CCAAAATAGG-TGTTT-ATT-ACATTCT--AC-AT---C-C--ATAATGCA--G-AAA-TCACACAAA---CTTGTGTT-ATTAATATTA-CATTT-AA-AT-AGAA---G---TTA---GTTGTTT--GAGATTATTCTCCG-CAAGT---A----TTTA-TATTGAATTGCTC----TTAAT-TTTGT-A-TTCAT-TA---AA-CCTTGATAAA--TATA---T--ACAT-T-----
gi|47437 : CCAG-AAT-GTTT--GTAT-A-TGA--AA----A----CATTT-CCAAAATAAA-TGGTTCACA-GT-TTCC--AT-AT---C-C--AT--TACAC-ATAAA-TCACA
gi|47438 : CCAG-AAA-GTTT--GTGT-A-TGA--AC----A----CATTC-CCAAAATAAA-TATTTAATT-GT-TTCT--GT-GC---C-C--AT--AGCA--T-AAA-ACACACA
gi|47439 : CAA-AAT-GTCT--TTAC-A-TGA--AA----C----CATTC-ACAGAACAAA-C---TGAT-----------AT-A--A-C-C--AT--TACA--A-CAT-CCTTACAAA---TTTGAATTAACTAG------------CA-TC-GATT---A---TGC---GTTTGTTCAGGT--CATTCGTAT-TAAGT---T----TTTA-CATTGAACGTT-C----TAAATGTTTG-------AT--GT--GC-ATTTTATTGG--AATAGTGC--ATAT-C-----TTCTT--GTAGTC--CA----ACTG--AA--GATG-----T--TTAAAG-TCTGACTCCAA--TTTAATTTCAGtagttcggat
gi|47440 : ----CATTC-CCAGAACGTA-TGAGAAACT-GT-GTCT--AT-AT-T-CAT--AT--TACA--A-AAG-TCAAATAGA---TTCGAGTTAGCAAGT-TTG-CATTTATA-TG-A-TA---A---TAA---GTTAGTC--GATACAACACACAT-TATAT---A----TTTG-TATTGGAATTTTC----TCAGT-TTCGT-G-TCTAT-TGT--TG-ATTTGATTGG--CAGAATGTAAATATATAAATATTTTT--CTATTT--TA----ATTG--TG--TGTCA----T--CAAAAA-AC-AATTCCCAATTTTTGTT
gi|47441 : tgtatgtgattg----CATTC-CCAGAATAAA-TGATTTACT-GT-CTCT--AT-GT---C-C--ATGTTACA--A-AAG-TCACATAAG---TTTGAATTCACTATT-TTA-TATTT-----A-AACA---G---TTTAGTGTTTTTT--GCTACAATTCTAAG-AATAT---A----TTTG-TGTTGGCAGTTTC----TTAAT-TTTGT-A-TGAGT-TGTTGAA-AT---ATGGG--CATATAGT--ATAT-T-----TCACT--CCA
gi|47442 : g----CATTC-CCAAAAAAAA-TA--TGACT-GT-TTCT--AT-AT-AAC-T--AT--TGCA--A-AAA-TCCCACAGA---TTTGACTGTACAAGT-TTG-CATTT--G-TA-AAGA---AATGTGT---GTGTGTC--CGTACAATCCTCAT-ACTAT---A----CTTG-TATTGGAATTCGC----GTGGT-TTTGT-A-TCAAT-GGT--TG-AGTTAAAAGG--TAACGCAT--AAAG-G-----GATTT--CCAATC--TA----ACTG---G--TGGT-----TAATGAAAA-ACAG-TTCCCA--TTCTTTTTCTGGTTTGA
gi|47443 : ----CACTC-CTAAAATAAA-TGTTTGTTT-GT-TTCA--AC-AT-G-C-CT-AT--TGCA--A-AAA-TTGCATAAA---CTTGTATT-ATAAAT-ATAACATTT--A-TA-CAGA---A---ATT---CATTATTA-GGTAAGATTCTCAT-TATGT---A----TTTG-TATTGGAATGCTC----TTAAT-TTTGT-A-TTTAT-TAA--AC-ATTGAAAGGG--TAGATTAT--GTAT-A-----CTTTT--CCA