lowQualScore : 1 222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 33 2 3 1 2 99999999999 1 222 1 1 11 1 11 55 444 5555555 1 1 4 44444 1 333333 888888 33333 555555555 55555555 0 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 3 1 22
lowQualScore : .. . . . . ........... . ... . . .. . .. .. ... ....... . . . ..... . ...... ...... ..... ......... ........ . . ...................................................... . . . ..
lowQualScore : 55 2 0 3 4 55555555555 3 333 3 0 88 3 88 55 111 0000000 4 2 6 55555 3 777777 888888 33333 333333333 00000000 6 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 1 6 22
consensus : TATATTT--ATGACGTCTTGCTTACCT-ACGAGAAN--A-G-G-G-T-C---A-GGGTAAAAA--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCGGAGAGAT-----T-AAC------AGGTG--TA-----ATTTCTG---------GTACAT--------ACTT-T---CAG--------TATG------TA----------------------CTTT-AAAATG-TCNATTTCTTC-A--TATA
Reference ( gi|113082 ) : TATATTT--ATGATGTCTTGCTTGCCT-ACAAGAAA--A-A-G-A-T-C---A-GAGTAAAAA--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCAGAGAGAT-----T-AAC------ACGTT--TA-----ATTTCTG---------GTACAT--------ACTT-T---CAG--------TATG------TA----------------------CTTT-TAAATG-TCCATTTCTTC-A--TATA
gi|113091 : TATATTT--ACGACGTCTTGCTTACCT-TCAAGAAA--A-AAG-A-TAC---A--AGTAAAAA--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACACTGTGCAGAGAGAT-----T-AAC------AGGTG--TA-----ATTTCTG---------GTACATTATATGTAACTT-T---TAG--------TATG------TA----------------------CTTT-AAAACA-TCCATTTCTTT-A--TATA
gi|113090 : TATATTT--ATGATG--------ACCT-ACAAGAAA--A-A-G-G-T-C---A-GAGTAAAAA--T-TAT--ATTT--GAAGTA-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGTGGAAAGAT-----T-AAC------AAGTG--TA-----ATTTCTG---------GTACAT--------ACTT-T---TAG--------TATG------TATCTTATAATTATGTATATTATGCTTT-AAAATG-TCCATTTCTTT-A--TATA
gi|113097 : TATATTT--ATGACGTCTTGCTTACCT-A-ATGAAA--A-A-G-G-T-C---A-GAGTAAAAT--A-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATC---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCAGAGAGAT-----T-AAC------A-GTG--TA-----ATTTCTG---------GT--------------------------------------------------------------------------ATG-TCCATTTCTTG-A--TATA
gi|113089 : TATTTTT--ATGATGTTTTGCTTACCT-GCAAGAAA--A-A-G-G-T-C---A-GAGTAAAAA--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATC---A---TTT-----AAACAATGTGCGGAGAAAT-----A-AAC------AGGTG--TA-----ATTTCTG---------GTACAT--------ACTT-T---ATG--------TATG------TA----------------------CTTtaatattaagtaaattt
gi|113094 : TATATTT--ATGACATCTCGCTGATCT-ATAAGAAT--A-G-G-G-T-C---A-GGGTAAAAA--A-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTT-----GAACAATGTGCGGAGAGAT-----T-AAC------A-G----------------TG---------GTA-----------ATTT-T-----G--------TATG------TA----------------------CTTT-GAAATG-TCCATGTCTTC-A--TATA
gi|113096 : TATATTT--ATGATGTCTGGTTTACAT-ACAAGAAC--A-A-G-G-T-C---A-GGTTAAATA--T-TAT--ATTT--GAATTG-A-ATT---A---TTT-----AAACAATGTGTTGAGAGAT-----T-AAC------AGGTG--TA-----ATTACT-----------T---T--------ACTT-T---GA--------------------A----------------------CTTT-AAAATG-TCCATTTCTTC-A--TA
gi|113083 : TATTTTT--ATGACGTTTTGCTC-CCT-AT--GACA--CTG-G-G-T-C---A-AGGTAAAAA--T-TAT--ATTT--GAAGTG-T-ATT---G---TTTGAA-CAGGCAATATGTGGGAAGAT-----A-AAC------A-GTTG-TA-----ATTTCTG---------GTACAT--------AATT-T---CAG--------TTTG------TT----------------------CCTT-AGAATG-TCAATTTCCTC-A--TATA
gi|113084 : TATTTTT--ATGACGTTTTGCTC-CCT-AT--GACA--C-T-GCG-T-C---A-GGGTAAAAA--T--AT--ATTT--AAAGTG-T-ATT---G---TTTGAA-CAGGCAATATGTGGGAAGAT-----A-AAC------A-GTTG-TA-----ATTTCTG---------GTACAT--------AATT-T---CAG--------TTTG------TA----------------------CCTT-AGAATG-TCAATTTCCTC-A--TATA
gi|113092 : TATATGT--ATGACGTCTTGCTAACCC-A-GAGAAT--A-G-G-G-T-C---A-AGGTAAAAA--T--AT--ATTC--GAAGTG-A-ATTCTTG---TTTA---CAAACA-CGTGCGGGGATAT-----A-AGT------AGGTG--TA-----ATTTCTG---------GTACAT--------ACTT-C---CAG--------TATG------CA----------------------TTTT-AAAATG-TTGATATCCTT-A--TAT
gi|113095 : TATTTCT--ATGACGTCCTGCTGACCT-ACGAGAAC--A-G-G-A-T-C---A-GGGTAGAAA--G-TAT--ATTT--GAATTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAAGCTTGTGCGGGGAGAC-----T-AGC------AGGTT--TA-----ATT---A---------G-ATAG--------ACT-------GG--------TACG------TA----------------------TACT-GGAATG-TTGATTTTTTC-A--TATA
gi|113098 : TATATCT--ATAATGTTGTGCCTACC--ACAGAAAT--T-A-G-AGT-C---A-GAG--AAAA--TATAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAA----TGCGCGGAGAAAT-----T-ACC------AGGTG--TA-----ACTTCTG---------GTACTT--------ACTTATATACAGTAGGCCCCTATA------TA----------------------CATT-AAAAGG-ACGATTTCTTC-A--TATA
gi|113087 : TATTTTT--ATGACGTTTTGCTC-CTT-ATAACACT--G-G-G---T-C---A-GGGTAAAAT--T-TAT--ATTA--AAAGTG-T-ATT---G---TTTGAA-AAGGCAATATGTGGGAAGAT-----A-AAC------AATTG--TA-----ATTTCTG---------GTACAT--------AATT-T---CAG--------TTTG------TA----------------------CCTT-AGAATG-TCAATTTCCTC-A--TACA
gi|113088 : TATTTTT--ATGACGTTTTGCTC-CCT-AT--GACA--CTG-G-G-T-C---A-GGATAAAAC--T-TAT--ATTT--AAATTG-T-ATT---G---TCTGAA-CAGGTAATATGTGGGAAGAT-----A-AAC------A-GTTG-TA-----ATTTCTG---------GTACAT--------AATT-T---CAG--------TTTG------TG----------------------CTTT-AGAATG-TCAATTTTATC-A--TATA
gi|113100 : TATATTTT-ATGACGTTTCACTTAACT-ATGAGAAC--A-G-G-G-T-TTTGATAAATAAATA--T-TAT--ATTTT-GAAGTG-T-ATT---G---TTTAAA-CAAACACTGTGAAGGAAGGT-----T-AAC------ATGT
gi|113101 : TATATTT--ATGACGTCATGCATACCT-TCAAGAAC--A-A-T-G-T-C---A-GGGTAGAAA--T-TAT--G-TT--GAAGTG-A-ATT-------TCTAGA-CAg
gi|113085 : TGTTT--ATGATGTCGTA-TTACCC-ACAAGAAC--A-G-G-G-T-C---A-GGGTACAAA--C-TAA--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-TAAACAATGTGCGGAGAGAT-----C-AAC------AGGTG--TA-----ATTTCTG---------GTACAT--------ACTT-T---TAG--------TATG------TA----------------------CTTT-ATAATGCTCCATTT
gi|113093 : tattTATTT--TGGACGTCTTGCTTACCT-ACAAGAAA--A-A-G-G-T-C---G-GAGTTAAAA--T-TAT--ATAT--GAAGTG-A-ACT---A---TTT-----AAACAATGTGCGGAGAGAT-----T-ACC------AGGTG--TT-----ATTTCTG---------GTACAT--------AATT-T---TAG--------TATGTACCGATA----------------------CTTT-AAAATG-TCCGTCTCGTC-ACTTATA
gi|113086 : TATTTCCATGACGTTTGGCTC-CCTGACAACAG-------G-G-T-C---A-AGGTAAAAA--T-TAT--ATCT--AAAGTG-A-ATT---G---TTTGAA-CAGGCAATATGTGGGAAGAT-----A-AAC------A-GTTG-TA-----ACTTCTG---------GTACAT--------TATT-T---CAG--------TATG------TT----------------------CCTT-TGAATG-TCAATTTCCTC-A--TAT
gi|113099 : TATAT--ATAACGTCTGACTTACCT-ACAAGAAA--A-A-T-A-T-C---A-AAGTAAAAA--C--AT--ATTT--GAAGTG---------------------------------GAGATAT-----T-A-C------AGGTG--TA-----ATTTCTG---------GTACAT--------ACGT-T---AAG--------TATA------TA-----------------------TTT-TAAATG-TCCATTTCTTC-A--TATA
gi|113107 : tattTTT--AAGGCGTCTTGCTTACCT-ATAAGAAA--A-A-G-G-T-C---A-GAGTAAAAA--T-CAT--ATTT--GAAGTG-A-ATA---A---TTTAAA-CA---AATGAGCGGAGAGAT-----T-AAC------GGGTG--TA-----TTTTCTG---------GTATAA--------ACTT-T---TG----------ATA------AA----------------------CTTT-AAAATG-CCCATTTCTTC-A--TATA
gi|113108 : TTT--ATGATGCCTTGCTTACCT-ACAAAAAC--A-G-G-G-T-C---T-GTGTAAAAA--T-TAT--AGTT--GGAGTG-G-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCGGAGAGAT-----T-TAC------AGGTT--TA-----AATGTTG---------TTACAT-------------------G--------TACA------TA----------------------CT-------------ATTTCTTC-A--TATA
gi|113109 : TTT--ATGACATCTTGCTTAACT-ACAAGAAA--A-A-G-G-T-C---A-GAGTAAAAA--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT--------TTATA-CAAA----GTGCTGAGAGAT-----T-AAT------A-------------------G---------GTACAT--------ACTT-T----A-------------------------------------------------AAATG-TCCATTTCTTC-A--TGTA
gi|113104 : TTT--ATGGCGTTTTGCTC-CCT-GTGACACT--A-A-G---T-C---A-GGGTAAATA--T-TGT--ATTT--AAAATG-T-ATT---G---TTTGAA-CAAGCAATATGTGGGAAGAT-----A-AAC------A-GTTGGTACACTTATTTCTG---------GTACAT--------AATT-T---CAG--------TTTG------TA----------------------CCTT-AGAATG-TCAATTTTCTC-A--TATA
gi|113105 : tTTT--ATGACGTTTTGCCTATTT-TC--GAAATCA-G-G-G-T-C---A-GTGAAAAAA--T--AT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TT-----CAAAAAATGTGCACAGATAT-----T-AAA------AGGTG--TA-----ATTTATG---------GTACAA--------ACTT-T---TA
gi|113102 : tTTT--ATGATGTCCTGCTTATGT-TTTTTGAA--T-G-G-G-T-C---T-TGGTAAAAA--G-TAT--ATTTT-GAAATATATATT---A---TTGAAA-C----AATGTGCGGGAAGAT-----T-AGC------AGGGG--TT-----ATTTCTG---------GTACA
gi|113106 : taatT--ATGACGTCTTATTTACCG-ATGTGAAT--A-G-G-G-T-C---A-GACTGAGCA--T-TAT--ATTT------TG-A-ACT---AG--TTTAAA-C---C--TATGCCGGGAGAT-----T-GAC------G-------G-----A----TG---------G-------------AATT-T---CAG--------TATA------TA----------------------CTTTAAAAATG-T-GATTTCTTC-A--TTTA
gi|113103 : ttgT--ATGACGTCTTGCTTACT---CGTG---------G-G-T-C---A-GGGTAAACA--T-TAT--ATGT--GAAGTG-T-ATT---A---TACAAA-CAAACA
gi|113111 : atttaGACGTCTTGCTTACCT-GCGAGAAC--A-G-G-G-T-C---A-GAGTAAAAA--T-TAT--ATAT--GAAATT-A-ATT---A---TTCAAA-TGAACAACGTGCGTGGAGTC-----T-AACAAACAGACG----TA-----GTTCCTG---------GTAC---------------T---TAG--------TATA------TT----------------------TATT-TAAATG-TATATTTCTTC-A--TATA
gi|113112 : GTCTTGCTTACCT-ACGACAAC--A-A-G-A-----------GTAAAAACAT-TAT--ATTTT-GAAGTC-T-TTT---T---TTTAAC-CAAACAATGTGTGATAAGGTAAAAAT-ACC------AGGTG--TA-----ATTTCTA---------GTACAT--------ACTT-T---TA
gi|113110 : CCT-ACAAAAAC--A-G-G-G-T-C---A-GGGTAAAAA--T-AAG--AATT--GAAGTG-T-ATT---A---TTTAGA-TAGA---------GA-AGAT-----TTAAC------AGATG--TA-----ATTTCTGATACTTTTAGTACAT--------ACTT-T----A-------------------------------------------------AAATG-TTGATTTCTTTGA--TAT
gi|113113 : ttattccgtcctttactaaatAAAAA--G-TATGCATTTCGGAAGTTTA-ATG---AGGCTTTAAA-CAAATGCTGTGCAAATAGTT-----T-AAC------AGGTA--TA-----ATTTCTG---------GTACAT--------ACTT------A-------------------------------------------------AAATA-TTGATTTCTTC-A--TATA
gi|113114 : TTT--TAAGTG-A-ATT---A---TTTAAAGTAAACAATGCGCAAAGAGAT-----T-TAC------ATATG--AA-----ATTGCTG---------GTACAA--------AC-------------------AT-------CA----------------------CTTT-AAAATG-TACACTTCTTC-A--GATA
gi|113115 : AGATG----T-AAC------A-GTTG-TA-----ATTTCTA---------GTACAT--------ATTT-T---T----------TATG------TAGAAA------------------TTTT-TAAATG-TCCATGTCTTC-A--TATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111
lowQualScore : 33 11 222 1 2 1 333 11 1 222 1 11 1 11 55 333 3333333 1 1 2222 1 44444 1 33333 44444444 11 1 9999999999999999 444444 3333 1 1 222222222222222222222 1 1 1 1 22
lowQualScore : .. .. ... . . . ... .. . ... . .. . .. .. ... ....... . . .... . ..... . ..... ........ .. . ................ ...... .... . . ..................... . . . . ..
lowQualScore : 33 88 777 3 1 3 222 88 3 222 2 77 2 77 33 777 8888888 1 2 7777 2 44444 2 22222 88888888 66 3 7777777777777777 111111 0000 4 4 111111111111111111111 5 5 5 6 22
consensus : TATATTT--ATGACGTC--TTGCTTA--C-CTACGA-GAAN--A--GGGTCA-GGGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---C--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCNATTTCTTC-A--TATA
Reference ( family-603 ) : TATATTT--ATGACGTC--TTGCTTA--C-CTACGA-GAAN--A--GGGTCA-GGGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---C--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCNATTTCTTC-A--TATA
gi|113082 : TATATTT--ATGATGTC--TTGCTTG--C-CTACAA-GAAA--A--AGATCA-GAGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCAGAGAG----A-T-----TAACACGT-TTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---C--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-TAAATG-TCCATTTCTTC-A--TATA
gi|113083 : TATTTTT--ATGACGTT--TTGCTC---C-CTATGA-CACT-----GGGTCA-AGGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-T-ATT---G---TTTGAA-CAGGCAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAGTT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---C--AG--------TTTG------T----T-CC-T---------------------T-AGAATG-TCAATTTCCTC-A--TATA
gi|113084 : TATTTTT--ATGACGTT--TTGCTC---C-CTATGA-CACT-----GCGTCA-GGGTAAA---A-A--T--AT--ATTT--AAAGTG-T-ATT---G---TTTGAA-CAGGCAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAGTT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---C--AG--------TTTG------T----A-CC-T---------------------T-AGAATG-TCAATTTCCTC-A--TATA
gi|113085 : TGTTT--ATGATGTC--GTA-TTA--C-CCACAA-GAAC--A--GGGTCA-GGGTACA---A-A--C-TAA--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-TAAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----CAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---T--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-ATAATGCTCCATTT
gi|113086 : tattTATTTCCATGACGTT--TGGCTC---C-CT--GA-CAAC--A--GGGTCA-AGGTAAA---A-A--T-TAT--ATCT--AAAGTG-A-ATT---G---TTTGAA-CAGGCAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAGTT-GTA-----ACTTCTGGTACAT--------TA-TT-T---C--AG--------TATG------T----T-CC-T---------------------T-TGAATG-TCAATTTCCTC-A--TAT
gi|113087 : TATTTTT--ATGACGTT--TTGCTC---C-TTAT----AAC--ACTGGGTCA-GGGTAAA---A-T--T-TAT--ATTA--AAAGTG-T-ATT---G---TTTGAA-AAGGCAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAATT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---C--AG--------TTTG------T----A-CC-T---------------------T-AGAATG-TCAATTTCCTC-A--TACA
gi|113088 : TATTTTT--ATGACGTT--TTGCTC---C-CTATGA-CACT-----GGGTCA-GGATAAA---A-C--T-TAT--ATTT--AAATTG-T-ATT---G---TCTGAA-CAGGTAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAGTT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---C--AG--------TTTG------T----G-CT-T---------------------T-AGAATG-TCAATTTTATC-A--TATA
gi|113089 : TATTTTT--ATGATGTT--TTGCTTA--C-CTGCAA-GAAA--A--AGGTCA-GAGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATC---A---TTT-----AAACAATGTGCGGAGAA----A-T-----AAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---A--TG--------TATG------T----A-CT-T---------------------
gi|113090 : TATATTT--ATGATG----------A--C-CTACAA-GAAA--A--AGGTCA-GAGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTA-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGTGGAAAG----A-T-----TAACAAGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---T--AG--------TATG------T----ATCT-TATAATTATGTATATTATGCTTT-AAAATG-TCCATTTCTTT-A--TATA
gi|113091 : TATATTT--ACGACGTC--TTGCTTA--C-CTTCAA-GAAA--A--AAGATACAAGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACACTGTGCAGAGAG----A-T-----TAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACATTATATGTAAC-TT-T---T--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-AAAACA-TCCATTTCTTT-A--TATA
gi|113092 : TATATGT--ATGACGTC--TTGCTAA--C-CCA-GA-GAAT--A--GGGTCA-AGGTAAA---A-A--T--AT--ATTC--GAAGTG-A-ATTCTTG---TTTA---CAAACA-CGTGCGGGGAT----A-T-----AAGTAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-C---C--AG--------TATG------C----A-TT-T---------------------T-AAAATG-TTGATATCCTT-A--TAT
gi|113093 : TATTT--TGGACGTC--TTGCTTA--C-CTACAA-GAAA--A--AGGTCG-GAGTTAA---A-A--T-TAT--ATAT--GAAGTG-A-ACT---A---TTT-----AAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TACCAGGT-GTT-----ATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---T--AG--------TATGTACCGAT----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCCGTCTCGTC-ACTTATA
gi|113094 : TATATTT--ATGACATC--TCGCTGA--T-CTATAA-GAAT--A--GGGTCA-GGGTAAA---A-A--A-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTT-----GAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TAACAG----------------TGGTA-----------AT-TT-T-------G--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-GAAATG-TCCATGTCTTC-A--TATA
gi|113095 : TATTTCT--ATGACGTC--CTGCTGA--C-CTACGA-GAAC--A--GGATCA-GGGTAGA---A-A--G-TAT--ATTT--GAATTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAAGCTTGTGCGGGGAG----A-C-----TAGCAGGT-TTA-----ATT---AG-ATAG--------AC-T---------GG--------TACG------T----A-TA-C---------------------T-GGAATG-TTGATTTTTTC-A--TATA
gi|113096 : TATATTT--ATGATGTC--TGGTTTA--C-ATACAA-GAAC--A--AGGTCA-GGTTAAA---T-A--T-TAT--ATTT--GAATTG-A-ATT---A---TTT-----AAACAATGTGTTGAGAG----A-T-----TAACAGGT-GTA-----ATTACT--T---T--------AC-TT-T---G--A------------------------A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCCATTTCTTC-A--TA
gi|113097 : TATATTT--ATGACGTC--TTGCTTA--C-CTA--ATGAAA--A--AGGTCA-GAGTAAA---A-T--A-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATC---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCAGAGAG----A-T-----TAACA-GT-GTA-----ATTTCTGGTATGT--------CCATT-T---CTTGA--------TATA------T----A-ATAT---------------------T-AA---G-TAAATTT
gi|113098 : TATATCT--ATAATGTT--GTGCCTA--C-C-AC-A-GAAATTA--GAGTCA-GAG--AA---A-A--TATAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAA----TGCGCGGAGAA----A-T-----TACCAGGT-GTA-----ACTTCTGGTACTT--------AC-TTATATAC--AGTAGGCCCCTATA------T----A-CA-T---------------------T-AAAAGG-ACGATTTCTTC-A--TATA
gi|113099 : TATAT--ATAACGTC--TGACTTA--C-CTACAA-GAAA--A--ATATCA-AAGTAAA---A-A--C--AT--ATTT--GAAGTG---------------------------------GAGAT----A-T-----TA-CAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-GT-T---A--AG--------TATA------T----A-TT-T---------------------T--AAATG-TCCATTTCTTC-A--TATA
gi|113100 : tattTATATTTT-ATGACGTT--TCACTTA--A-CTATGA-GAAC--A--GGGTTT-TGATAAATAAATA--T-TAT--ATTTT-GAAGTG-T-ATT---G---TTTAAA-CAAACACTGTGAAGGAAG----G-T-----TAACATGT-G
gi|113101 : TATATTT--ATGACGTC--ATGCATA--C-CTTCAA-GAAC--A--ATGTCA-GGGTAGA---A-A--T-TAT--G-TT--GAAGTG-A-ATT-------TCTAGA-CA
gi|113102 : TTT--ATGATGTC--CTGCTTA--TGTTTTTT-GAAT-----GGGTCT-TGGTAAA---A-A--G-TAT--ATTTT-GAAATATATATT---A---TTGAAA-C----AATGTGCGGGAAG----A-T-----TAGCAGGG-GTT-----ATTTCTGGTACA
gi|113103 : taatT--ATGACGTC--TTGCTTA--C-T--CGT-G---------GGTCA-GGGTAAA---C-A--T-TAT--ATGT--GAAGTG-T-ATT---A---TACAAA-CAAACA
gi|113104 : atttaTTT--ATGGCGTT--TTGCTC---C-CTGTGA-CACT--A--AG-TCA-GGGTAAA---T-A--T-TGT--ATTT--AAAATG-T-ATT---G---TTTGAA-CAAGCAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAGTTGGTACACTTATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---C--AG--------TTTG------T----A-CC-T---------------------T-AGAATG-TCAATTTTCTC-A--TATA
gi|113105 : tTTT--ATGACGTT--TTGCCTA--T-TTTCGA-AATC--A--GGGTCA-GTGAAAA---A-A--T--AT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TT-----CAAAAAATGTGCACAGAT----A-T-----TAAAAGGT-GTA-----ATTTATGGTACAA--------AC-TT-T---T--A
gi|113106 : tT--ATGACGTC--TTATTTA--C-CGATGT-GAAT--A--GGGTCA-GACTGAG---C-A--T-TAT--ATTT------TG-A-ACT---AG--TTTAAA-C---C--TATGCCGGGAG----A-T-----TGACGGAT-GGA-----A-----------------------TT-T---C--AG--------TATA------T----A-CT-T---------------------TAAAAATG-T-GATTTCTTC-A--TTTA
gi|113107 : ttgTTT--AAGGCGTC--TTGCTTA--C-CTATAA-GAAA--A--AGGTCA-GAGTAAA---A-A--T-CAT--ATTT--GAAGTG-A-ATA---A---TTTAAA-CA---AATGAGCGGAGAG----A-T-----TAACGGGT-GTA-----TTTTCTGGTATAA--------AC-TT-T---T--G----------ATA------A----A-CT-T---------------------T-AAAATG-CCCATTTCTTC-A--TATA
gi|113108 : TTT--ATGATGCC--TTGCTTA--C-CTACAA-AAAC--A--GGGTCT-GTGTAAA---A-A--T-TAT--AGTT--GGAGTG-G-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TTACAGGT-TTA-----AATGTTGTTACAT----------------------G--------TACA------T----A-CT-----------------------------------ATTTCTTC-A--TATA
gi|113109 : TTT--ATGACATC--TTGCTTA--A-CTACAA-GAAA--A--AGGTCA-GAGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-AT--------TTTATA-CAAA----GTGCTGAGAG----A-T-----TAATA------------------GGTACA------------------------------------------T----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCCATTTCTTC-A--TGTA
gi|113110 : TT--ATTCCGTCCTTTACTAAATC-CTACAA-AAAC--A--GGGTCA-GGGTAAA---A-A--T-AAG--AATT--GAAGTG-T-ATT---A---TTTAGA-TAGA---------GA-AG----ATT-----TAACAGAT-GTA-----ATTTCTG----AT--------AC-TT-T---T--AG--------TACA------T----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TTGATTTCTTTGA--TAT
gi|113111 : GACGTC--TTGCTTA--C-CTGCGA-GAAC--A--GGGTCA-GAGTAAA---A-A--T-TAT--ATAT--GAAATT-A-ATT---A---TTCAAA-TGAACAACGTGCGTGGAGTCTAA-C-----AAACAGAC-GTA-----GTTCCTGGTAC----------------T---T--AG--------TATA------T----T-TA-T---------------------T-TAAATG-TATATTTCTTC-A--TATA
gi|113112 : GTC--TTGCTTA--C-CTACGA-CAAC--A-------A-GAGTAAA---A-ACAT-TAT--ATTTT-GAAGTC-T-TTT---T---TTTAAC-CAAACAATGTGTGATAAG----G-TAAAAATACCAGGT-GTA-----ATTTCTAGTACAT--------AC-TT-T---T--A
gi|113113 : AAA---A-A--G-TATGCATTTCGGAAGTTTA-ATG---AGGCTTTAAA-CAAATGCTGTGCAAATAG----T-T-----TAACAGGT-ATA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-----------------------------------------T---------------------T-AAAATA-TTGATTTCTTC-A--TATA
gi|113114 : TTT--TAAGTG-A-ATT---A---TTTAAAGTAAACAATGCGCAAAGAG----A-T-----TTACATAT-GAA-----ATTGCTGGTACAA--------AC----------------------AT-------C----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TACACTTCTTC-A--GATA
gi|113115 : AG----A-TG----TAACAGTT-GTA-----ATTTCTAGTACAT--------AT-TT-T---T------------TATG------TAGAAA-TT-T---------------------T-TAAATG-TCCATGTCTTC-A--TATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111
lowQualScore : 33 11 222 1 2 1 333 11 1 222 1 11 1 11 55 333 3333333 1 1 2222 1 44444 1 33333 44444444 11 1 9999999999999999 444444 3333 1 1 222222222222222222222 1 1 1 1 22
lowQualScore : .. .. ... . . . ... .. . ... . .. . .. .. ... ....... . . .... . ..... . ..... ........ .. . ................ ...... .... . . ..................... . . . . ..
lowQualScore : 33 88 777 3 1 3 222 88 3 222 2 77 2 77 33 777 8888888 1 2 7777 2 44444 2 22222 88888888 66 3 7777777777777777 111111 0000 4 4 111111111111111111111 5 5 5 6 22
consensus : TATATTT--ATGACGTC--TTGCTTA--C-CTACGA-GAAN--A--GGGTCA-GGGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---C--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCNATTTCTTC-A--TATA
Reference ( family-603 ) : TATATTT--ATGACGTC--TTGCTTA--C-CTACGA-GAAN--A--GGGTCA-GGGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---C--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCNATTTCTTC-A--TATA
gi|113082 : TATATTT--ATGATGTC--TTGCTTG--C-CTACAA-GAAA--A--AGATCA-GAGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCAGAGAG----A-T-----TAACACGT-TTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---C--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-TAAATG-TCCATTTCTTC-A--TATA
gi|113083 : TATTTTT--ATGACGTT--TTGCTC---C-CTATGA-CACT-----GGGTCA-AGGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-T-ATT---G---TTTGAA-CAGGCAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAGTT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---C--AG--------TTTG------T----T-CC-T---------------------T-AGAATG-TCAATTTCCTC-A--TATA
gi|113084 : TATTTTT--ATGACGTT--TTGCTC---C-CTATGA-CACT-----GCGTCA-GGGTAAA---A-A--T--AT--ATTT--AAAGTG-T-ATT---G---TTTGAA-CAGGCAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAGTT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---C--AG--------TTTG------T----A-CC-T---------------------T-AGAATG-TCAATTTCCTC-A--TATA
gi|113085 : TGTTT--ATGATGTC--GTA-TTA--C-CCACAA-GAAC--A--GGGTCA-GGGTACA---A-A--C-TAA--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-TAAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----CAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---T--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-ATAATGCTCCATTT
gi|113086 : tattTATTTCCATGACGTT--TGGCTC---C-CT--GA-CAAC--A--GGGTCA-AGGTAAA---A-A--T-TAT--ATCT--AAAGTG-A-ATT---G---TTTGAA-CAGGCAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAGTT-GTA-----ACTTCTGGTACAT--------TA-TT-T---C--AG--------TATG------T----T-CC-T---------------------T-TGAATG-TCAATTTCCTC-A--TAT
gi|113087 : TATTTTT--ATGACGTT--TTGCTC---C-TTAT----AAC--ACTGGGTCA-GGGTAAA---A-T--T-TAT--ATTA--AAAGTG-T-ATT---G---TTTGAA-AAGGCAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAATT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---C--AG--------TTTG------T----A-CC-T---------------------T-AGAATG-TCAATTTCCTC-A--TACA
gi|113088 : TATTTTT--ATGACGTT--TTGCTC---C-CTATGA-CACT-----GGGTCA-GGATAAA---A-C--T-TAT--ATTT--AAATTG-T-ATT---G---TCTGAA-CAGGTAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAGTT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---C--AG--------TTTG------T----G-CT-T---------------------T-AGAATG-TCAATTTTATC-A--TATA
gi|113089 : TATTTTT--ATGATGTT--TTGCTTA--C-CTGCAA-GAAA--A--AGGTCA-GAGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATC---A---TTT-----AAACAATGTGCGGAGAA----A-T-----AAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---A--TG--------TATG------T----A-CT-T---------------------
gi|113090 : TATATTT--ATGATG----------A--C-CTACAA-GAAA--A--AGGTCA-GAGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTA-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGTGGAAAG----A-T-----TAACAAGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---T--AG--------TATG------T----ATCT-TATAATTATGTATATTATGCTTT-AAAATG-TCCATTTCTTT-A--TATA
gi|113091 : TATATTT--ACGACGTC--TTGCTTA--C-CTTCAA-GAAA--A--AAGATACAAGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACACTGTGCAGAGAG----A-T-----TAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACATTATATGTAAC-TT-T---T--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-AAAACA-TCCATTTCTTT-A--TATA
gi|113092 : TATATGT--ATGACGTC--TTGCTAA--C-CCA-GA-GAAT--A--GGGTCA-AGGTAAA---A-A--T--AT--ATTC--GAAGTG-A-ATTCTTG---TTTA---CAAACA-CGTGCGGGGAT----A-T-----AAGTAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-C---C--AG--------TATG------C----A-TT-T---------------------T-AAAATG-TTGATATCCTT-A--TAT
gi|113093 : TATTT--TGGACGTC--TTGCTTA--C-CTACAA-GAAA--A--AGGTCG-GAGTTAA---A-A--T-TAT--ATAT--GAAGTG-A-ACT---A---TTT-----AAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TACCAGGT-GTT-----ATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---T--AG--------TATGTACCGAT----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCCGTCTCGTC-ACTTATA
gi|113094 : TATATTT--ATGACATC--TCGCTGA--T-CTATAA-GAAT--A--GGGTCA-GGGTAAA---A-A--A-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTT-----GAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TAACAG----------------TGGTA-----------AT-TT-T-------G--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-GAAATG-TCCATGTCTTC-A--TATA
gi|113095 : TATTTCT--ATGACGTC--CTGCTGA--C-CTACGA-GAAC--A--GGATCA-GGGTAGA---A-A--G-TAT--ATTT--GAATTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAAGCTTGTGCGGGGAG----A-C-----TAGCAGGT-TTA-----ATT---AG-ATAG--------AC-T---------GG--------TACG------T----A-TA-C---------------------T-GGAATG-TTGATTTTTTC-A--TATA
gi|113096 : TATATTT--ATGATGTC--TGGTTTA--C-ATACAA-GAAC--A--AGGTCA-GGTTAAA---T-A--T-TAT--ATTT--GAATTG-A-ATT---A---TTT-----AAACAATGTGTTGAGAG----A-T-----TAACAGGT-GTA-----ATTACT--T---T--------AC-TT-T---G--A------------------------A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCCATTTCTTC-A--TA
gi|113097 : TATATTT--ATGACGTC--TTGCTTA--C-CTA--ATGAAA--A--AGGTCA-GAGTAAA---A-T--A-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATC---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCAGAGAG----A-T-----TAACA-GT-GTA-----ATTTCTGGTATGT--------CCATT-T---CTTGA--------TATA------T----A-ATAT---------------------T-AA---G-TAAATTT
gi|113098 : TATATCT--ATAATGTT--GTGCCTA--C-C-AC-A-GAAATTA--GAGTCA-GAG--AA---A-A--TATAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAA----TGCGCGGAGAA----A-T-----TACCAGGT-GTA-----ACTTCTGGTACTT--------AC-TTATATAC--AGTAGGCCCCTATA------T----A-CA-T---------------------T-AAAAGG-ACGATTTCTTC-A--TATA
gi|113099 : TATAT--ATAACGTC--TGACTTA--C-CTACAA-GAAA--A--ATATCA-AAGTAAA---A-A--C--AT--ATTT--GAAGTG---------------------------------GAGAT----A-T-----TA-CAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-GT-T---A--AG--------TATA------T----A-TT-T---------------------T--AAATG-TCCATTTCTTC-A--TATA
gi|113100 : tattTATATTTT-ATGACGTT--TCACTTA--A-CTATGA-GAAC--A--GGGTTT-TGATAAATAAATA--T-TAT--ATTTT-GAAGTG-T-ATT---G---TTTAAA-CAAACACTGTGAAGGAAG----G-T-----TAACATGT-G
gi|113101 : TATATTT--ATGACGTC--ATGCATA--C-CTTCAA-GAAC--A--ATGTCA-GGGTAGA---A-A--T-TAT--G-TT--GAAGTG-A-ATT-------TCTAGA-CA
gi|113102 : TTT--ATGATGTC--CTGCTTA--TGTTTTTT-GAAT-----GGGTCT-TGGTAAA---A-A--G-TAT--ATTTT-GAAATATATATT---A---TTGAAA-C----AATGTGCGGGAAG----A-T-----TAGCAGGG-GTT-----ATTTCTGGTACA
gi|113103 : taatT--ATGACGTC--TTGCTTA--C-T--CGT-G---------GGTCA-GGGTAAA---C-A--T-TAT--ATGT--GAAGTG-T-ATT---A---TACAAA-CAAACA
gi|113104 : atttaTTT--ATGGCGTT--TTGCTC---C-CTGTGA-CACT--A--AG-TCA-GGGTAAA---T-A--T-TGT--ATTT--AAAATG-T-ATT---G---TTTGAA-CAAGCAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAGTTGGTACACTTATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---C--AG--------TTTG------T----A-CC-T---------------------T-AGAATG-TCAATTTTCTC-A--TATA
gi|113105 : tTTT--ATGACGTT--TTGCCTA--T-TTTCGA-AATC--A--GGGTCA-GTGAAAA---A-A--T--AT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TT-----CAAAAAATGTGCACAGAT----A-T-----TAAAAGGT-GTA-----ATTTATGGTACAA--------AC-TT-T---T--A
gi|113106 : tT--ATGACGTC--TTATTTA--C-CGATGT-GAAT--A--GGGTCA-GACTGAG---C-A--T-TAT--ATTT------TG-A-ACT---AG--TTTAAA-C---C--TATGCCGGGAG----A-T-----TGACGGAT-GGA-----A-----------------------TT-T---C--AG--------TATA------T----A-CT-T---------------------TAAAAATG-T-GATTTCTTC-A--TTTA
gi|113107 : ttgTTT--AAGGCGTC--TTGCTTA--C-CTATAA-GAAA--A--AGGTCA-GAGTAAA---A-A--T-CAT--ATTT--GAAGTG-A-ATA---A---TTTAAA-CA---AATGAGCGGAGAG----A-T-----TAACGGGT-GTA-----TTTTCTGGTATAA--------AC-TT-T---T--G----------ATA------A----A-CT-T---------------------T-AAAATG-CCCATTTCTTC-A--TATA
gi|113108 : TTT--ATGATGCC--TTGCTTA--C-CTACAA-AAAC--A--GGGTCT-GTGTAAA---A-A--T-TAT--AGTT--GGAGTG-G-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TTACAGGT-TTA-----AATGTTGTTACAT----------------------G--------TACA------T----A-CT-----------------------------------ATTTCTTC-A--TATA
gi|113109 : TTT--ATGACATC--TTGCTTA--A-CTACAA-GAAA--A--AGGTCA-GAGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-AT--------TTTATA-CAAA----GTGCTGAGAG----A-T-----TAATA------------------GGTACA------------------------------------------T----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCCATTTCTTC-A--TGTA
gi|113110 : TT--ATTCCGTCCTTTACTAAATC-CTACAA-AAAC--A--GGGTCA-GGGTAAA---A-A--T-AAG--AATT--GAAGTG-T-ATT---A---TTTAGA-TAGA---------GA-AG----ATT-----TAACAGAT-GTA-----ATTTCTG----AT--------AC-TT-T---T--AG--------TACA------T----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TTGATTTCTTTGA--TAT
gi|113111 : GACGTC--TTGCTTA--C-CTGCGA-GAAC--A--GGGTCA-GAGTAAA---A-A--T-TAT--ATAT--GAAATT-A-ATT---A---TTCAAA-TGAACAACGTGCGTGGAGTCTAA-C-----AAACAGAC-GTA-----GTTCCTGGTAC----------------T---T--AG--------TATA------T----T-TA-T---------------------T-TAAATG-TATATTTCTTC-A--TATA
gi|113112 : GTC--TTGCTTA--C-CTACGA-CAAC--A-------A-GAGTAAA---A-ACAT-TAT--ATTTT-GAAGTC-T-TTT---T---TTTAAC-CAAACAATGTGTGATAAG----G-TAAAAATACCAGGT-GTA-----ATTTCTAGTACAT--------AC-TT-T---T--A
gi|113113 : AAA---A-A--G-TATGCATTTCGGAAGTTTA-ATG---AGGCTTTAAA-CAAATGCTGTGCAAATAG----T-T-----TAACAGGT-ATA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-----------------------------------------T---------------------T-AAAATA-TTGATTTCTTC-A--TATA
gi|113114 : TTT--TAAGTG-A-ATT---A---TTTAAAGTAAACAATGCGCAAAGAG----A-T-----TTACATAT-GAA-----ATTGCTGGTACAA--------AC----------------------AT-------C----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TACACTTCTTC-A--GATA
gi|113115 : AG----A-TG----TAACAGTT-GTA-----ATTTCTAGTACAT--------AT-TT-T---T------------TATG------TAGAAA-TT-T---------------------T-TAAATG-TCCATGTCTTC-A--TATA
blockSeqs : CC CT AAT G G T ATT CT C TAA T CA A GC CG TAT CTTG G G TCTA T AAAAA G CACTT TATATGTA CA A ATACAGTAGGCCCC TACCGA AGAA T A ATAATTATGTATATTATGCTT A C A G CT
blockSeqs : T . A . G . T . . . . . . . T TA AGGC G . . . G . . . A . CTTGA . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . A . A . T . . . . . . . T T AG A . . . . . . . A . CAG . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . A . G . C . . . . . . . T T G G . . . . . . . C . CAG . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . A . G . C . . . . . . . . A G G . . . . . . . A . TAG . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . A . A . C . . . . . . . . A A G . . . . . . . A . CAG . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . A . A . T . . . . . . . . T G A . . . . . . . A . CAG . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . A . A . A . . . . . . . . T G A . . . . . . . C . CAG . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . A . G . A . . . . . . . . A G A . . . . . . . C . ATG . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . A . A . A . . . . . . . . A A A . . . . . . . C . TAG . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . A . A . T . . . . . . . . A A A . . . . . . . C . TAG . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . A . G . A . . . . . . . . A A A . . . . . . . A . CAG . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . A . A . T . . . . . . . . A A A . . . . . . . T . TAG . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . A . A . C . . . . . . . . A A A . . . . . . . C . AAG . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . A . G . C . . . . . . . . A A A . . . . . . . C . CAG . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . A . A . A . . . . . . . . A A A . . . . . . . C . CAG . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . A . T . A . . . . . . . . A A G . . . . . . . C . TAG . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . A . G . C . . . . . . . . A A A . . . . . . . A . TAG . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . A . G . C . . . . . . . . T G A . . . . . . . C . GG . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . A . G . T . . . . . . . . A A A . . . . . . . C . GA . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . A . G . T . . . . . . . . T A A . . . . . . . C . TG . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . A . A . C . . . . . . . . T G A . . . . . . . C . G . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . A . A . T . . . . . . . . A A A . . . . . . . C . G . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . A . A . A . . . . . . . . A A A . . . . . . . C . T . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . A . C . . . . . . . . A A A . . . . . . . T . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . G . A . . . . . . . . G A A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . C . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . T T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . A A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TATATTT--ATGACGTC--TTGCTTA--C-CTACGA-GAAN--A--GGGTCA-GGGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---C--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCNATTTCTTC-A--TATA
finalCons : TATATTT--ATGACGTC--TTGCTTA--C-CTACGA-GAAN--A--GGGTCA-GGGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---C--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCNATTTCTTC-A--TATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111
lowQualScore : 33 11 222 1 2 1 333 11 1 222 1 11 1 11 55 333 3333333 1 1 2222 1 44444 1 33333 44444444 11 1 9999999999999999 444444 3333 1 1 222222222222222222222 1 1 1 1 22
lowQualScore : .. .. ... . . . ... .. . ... . .. . .. .. ... ....... . . .... . ..... . ..... ........ .. . ................ ...... .... . . ..................... . . . . ..
lowQualScore : 33 88 777 3 1 3 222 88 3 222 2 77 2 77 33 777 8888888 1 2 7777 2 44444 2 22222 88888888 66 3 7777777777777777 111111 0000 4 4 111111111111111111111 5 5 5 6 22
consensus : TATATTT--ATGACGTC--TTGCTTA--C-CTACGA-GAAN--A--GGGTCA-GGGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---C--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCNATTTCTTC-A--TATA
Reference ( family-603 ) : TATATTT--ATGACGTC--TTGCTTA--C-CTACGA-GAAN--A--GGGTCA-GGGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---C--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCNATTTCTTC-A--TATA
gi|113082 : TATATTT--ATGATGTC--TTGCTTG--C-CTACAA-GAAA--A--AGATCA-GAGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCAGAGAG----A-T-----TAACACGT-TTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---C--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-TAAATG-TCCATTTCTTC-A--TATA
gi|113083 : TATTTTT--ATGACGTT--TTGCTC---C-CTATGA-CACT-----GGGTCA-AGGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-T-ATT---G---TTTGAA-CAGGCAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAGTT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---C--AG--------TTTG------T----T-CC-T---------------------T-AGAATG-TCAATTTCCTC-A--TATA
gi|113084 : TATTTTT--ATGACGTT--TTGCTC---C-CTATGA-CACT-----GCGTCA-GGGTAAA---A-A--T--AT--ATTT--AAAGTG-T-ATT---G---TTTGAA-CAGGCAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAGTT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---C--AG--------TTTG------T----A-CC-T---------------------T-AGAATG-TCAATTTCCTC-A--TATA
gi|113085 : TGTTT--ATGATGTC--GTA-TTA--C-CCACAA-GAAC--A--GGGTCA-GGGTACA---A-A--C-TAA--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-TAAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----CAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---T--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-ATAATGCTCCATTT
gi|113086 : tattTATTTCCATGACGTT--TGGCTC---C-CT--GA-CAAC--A--GGGTCA-AGGTAAA---A-A--T-TAT--ATCT--AAAGTG-A-ATT---G---TTTGAA-CAGGCAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAGTT-GTA-----ACTTCTGGTACAT--------TA-TT-T---C--AG--------TATG------T----T-CC-T---------------------T-TGAATG-TCAATTTCCTC-A--TAT
gi|113087 : TATTTTT--ATGACGTT--TTGCTC---C-TTAT----AAC--ACTGGGTCA-GGGTAAA---A-T--T-TAT--ATTA--AAAGTG-T-ATT---G---TTTGAA-AAGGCAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAATT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---C--AG--------TTTG------T----A-CC-T---------------------T-AGAATG-TCAATTTCCTC-A--TACA
gi|113088 : TATTTTT--ATGACGTT--TTGCTC---C-CTATGA-CACT-----GGGTCA-GGATAAA---A-C--T-TAT--ATTT--AAATTG-T-ATT---G---TCTGAA-CAGGTAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAGTT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---C--AG--------TTTG------T----G-CT-T---------------------T-AGAATG-TCAATTTTATC-A--TATA
gi|113089 : TATTTTT--ATGATGTT--TTGCTTA--C-CTGCAA-GAAA--A--AGGTCA-GAGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATC---A---TTT-----AAACAATGTGCGGAGAA----A-T-----AAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---A--TG--------TATG------T----A-CT-T---------------------
gi|113090 : TATATTT--ATGATG----------A--C-CTACAA-GAAA--A--AGGTCA-GAGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTA-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGTGGAAAG----A-T-----TAACAAGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-T---T--AG--------TATG------T----ATCT-TATAATTATGTATATTATGCTTT-AAAATG-TCCATTTCTTT-A--TATA
gi|113091 : TATATTT--ACGACGTC--TTGCTTA--C-CTTCAA-GAAA--A--AAGATACAAGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAACACTGTGCAGAGAG----A-T-----TAACAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACATTATATGTAAC-TT-T---T--AG--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-AAAACA-TCCATTTCTTT-A--TATA
gi|113092 : TATATGT--ATGACGTC--TTGCTAA--C-CCA-GA-GAAT--A--GGGTCA-AGGTAAA---A-A--T--AT--ATTC--GAAGTG-A-ATTCTTG---TTTA---CAAACA-CGTGCGGGGAT----A-T-----AAGTAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-TT-C---C--AG--------TATG------C----A-TT-T---------------------T-AAAATG-TTGATATCCTT-A--TAT
gi|113093 : TATTT--TGGACGTC--TTGCTTA--C-CTACAA-GAAA--A--AGGTCG-GAGTTAA---A-A--T-TAT--ATAT--GAAGTG-A-ACT---A---TTT-----AAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TACCAGGT-GTT-----ATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---T--AG--------TATGTACCGAT----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCCGTCTCGTC-ACTTATA
gi|113094 : TATATTT--ATGACATC--TCGCTGA--T-CTATAA-GAAT--A--GGGTCA-GGGTAAA---A-A--A-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTT-----GAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TAACAG----------------TGGTA-----------AT-TT-T-------G--------TATG------T----A-CT-T---------------------T-GAAATG-TCCATGTCTTC-A--TATA
gi|113095 : TATTTCT--ATGACGTC--CTGCTGA--C-CTACGA-GAAC--A--GGATCA-GGGTAGA---A-A--G-TAT--ATTT--GAATTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAAAGCTTGTGCGGGGAG----A-C-----TAGCAGGT-TTA-----ATT---AG-ATAG--------AC-T---------GG--------TACG------T----A-TA-C---------------------T-GGAATG-TTGATTTTTTC-A--TATA
gi|113096 : TATATTT--ATGATGTC--TGGTTTA--C-ATACAA-GAAC--A--AGGTCA-GGTTAAA---T-A--T-TAT--ATTT--GAATTG-A-ATT---A---TTT-----AAACAATGTGTTGAGAG----A-T-----TAACAGGT-GTA-----ATTACT--T---T--------AC-TT-T---G--A------------------------A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCCATTTCTTC-A--TA
gi|113097 : TATATTT--ATGACGTC--TTGCTTA--C-CTA--ATGAAA--A--AGGTCA-GAGTAAA---A-T--A-TAT--ATTT--GAAGTG-A-ATC---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCAGAGAG----A-T-----TAACA-GT-GTA-----ATTTCTGGTATGT--------CCATT-T---CTTGA--------TATA------T----A-ATAT---------------------T-AA---G-TAAATTT
gi|113098 : TATATCT--ATAATGTT--GTGCCTA--C-C-AC-A-GAAATTA--GAGTCA-GAG--AA---A-A--TATAT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TTTAAA-CAA----TGCGCGGAGAA----A-T-----TACCAGGT-GTA-----ACTTCTGGTACTT--------AC-TTATATAC--AGTAGGCCCCTATA------T----A-CA-T---------------------T-AAAAGG-ACGATTTCTTC-A--TATA
gi|113099 : TATAT--ATAACGTC--TGACTTA--C-CTACAA-GAAA--A--ATATCA-AAGTAAA---A-A--C--AT--ATTT--GAAGTG---------------------------------GAGAT----A-T-----TA-CAGGT-GTA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-GT-T---A--AG--------TATA------T----A-TT-T---------------------T--AAATG-TCCATTTCTTC-A--TATA
gi|113100 : tattTATATTTT-ATGACGTT--TCACTTA--A-CTATGA-GAAC--A--GGGTTT-TGATAAATAAATA--T-TAT--ATTTT-GAAGTG-T-ATT---G---TTTAAA-CAAACACTGTGAAGGAAG----G-T-----TAACATGT-G
gi|113101 : TATATTT--ATGACGTC--ATGCATA--C-CTTCAA-GAAC--A--ATGTCA-GGGTAGA---A-A--T-TAT--G-TT--GAAGTG-A-ATT-------TCTAGA-CA
gi|113102 : TTT--ATGATGTC--CTGCTTA--TGTTTTTT-GAAT-----GGGTCT-TGGTAAA---A-A--G-TAT--ATTTT-GAAATATATATT---A---TTGAAA-C----AATGTGCGGGAAG----A-T-----TAGCAGGG-GTT-----ATTTCTGGTACA
gi|113103 : taatT--ATGACGTC--TTGCTTA--C-T--CGT-G---------GGTCA-GGGTAAA---C-A--T-TAT--ATGT--GAAGTG-T-ATT---A---TACAAA-CAAACA
gi|113104 : atttaTTT--ATGGCGTT--TTGCTC---C-CTGTGA-CACT--A--AG-TCA-GGGTAAA---T-A--T-TGT--ATTT--AAAATG-T-ATT---G---TTTGAA-CAAGCAATATGTGGGAAG----A-T-----AAACAGTTGGTACACTTATTTCTGGTACAT--------AA-TT-T---C--AG--------TTTG------T----A-CC-T---------------------T-AGAATG-TCAATTTTCTC-A--TATA
gi|113105 : tTTT--ATGACGTT--TTGCCTA--T-TTTCGA-AATC--A--GGGTCA-GTGAAAA---A-A--T--AT--ATTT--GAAGTG-A-ATT---A---TT-----CAAAAAATGTGCACAGAT----A-T-----TAAAAGGT-GTA-----ATTTATGGTACAA--------AC-TT-T---T--A
gi|113106 : tT--ATGACGTC--TTATTTA--C-CGATGT-GAAT--A--GGGTCA-GACTGAG---C-A--T-TAT--ATTT------TG-A-ACT---AG--TTTAAA-C---C--TATGCCGGGAG----A-T-----TGACGGAT-GGA-----A-----------------------TT-T---C--AG--------TATA------T----A-CT-T---------------------TAAAAATG-T-GATTTCTTC-A--TTTA
gi|113107 : ttgTTT--AAGGCGTC--TTGCTTA--C-CTATAA-GAAA--A--AGGTCA-GAGTAAA---A-A--T-CAT--ATTT--GAAGTG-A-ATA---A---TTTAAA-CA---AATGAGCGGAGAG----A-T-----TAACGGGT-GTA-----TTTTCTGGTATAA--------AC-TT-T---T--G----------ATA------A----A-CT-T---------------------T-AAAATG-CCCATTTCTTC-A--TATA
gi|113108 : TTT--ATGATGCC--TTGCTTA--C-CTACAA-AAAC--A--GGGTCT-GTGTAAA---A-A--T-TAT--AGTT--GGAGTG-G-ATT---A---TTTAAA-CAAACAATGTGCGGAGAG----A-T-----TTACAGGT-TTA-----AATGTTGTTACAT----------------------G--------TACA------T----A-CT-----------------------------------ATTTCTTC-A--TATA
gi|113109 : TTT--ATGACATC--TTGCTTA--A-CTACAA-GAAA--A--AGGTCA-GAGTAAA---A-A--T-TAT--ATTT--GAAGTG-A-AT--------TTTATA-CAAA----GTGCTGAGAG----A-T-----TAATA------------------GGTACA------------------------------------------T----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TCCATTTCTTC-A--TGTA
gi|113110 : TT--ATTCCGTCCTTTACTAAATC-CTACAA-AAAC--A--GGGTCA-GGGTAAA---A-A--T-AAG--AATT--GAAGTG-T-ATT---A---TTTAGA-TAGA---------GA-AG----ATT-----TAACAGAT-GTA-----ATTTCTG----AT--------AC-TT-T---T--AG--------TACA------T----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TTGATTTCTTTGA--TAT
gi|113111 : GACGTC--TTGCTTA--C-CTGCGA-GAAC--A--GGGTCA-GAGTAAA---A-A--T-TAT--ATAT--GAAATT-A-ATT---A---TTCAAA-TGAACAACGTGCGTGGAGTCTAA-C-----AAACAGAC-GTA-----GTTCCTGGTAC----------------T---T--AG--------TATA------T----T-TA-T---------------------T-TAAATG-TATATTTCTTC-A--TATA
gi|113112 : GTC--TTGCTTA--C-CTACGA-CAAC--A-------A-GAGTAAA---A-ACAT-TAT--ATTTT-GAAGTC-T-TTT---T---TTTAAC-CAAACAATGTGTGATAAG----G-TAAAAATACCAGGT-GTA-----ATTTCTAGTACAT--------AC-TT-T---T--A
gi|113113 : AAA---A-A--G-TATGCATTTCGGAAGTTTA-ATG---AGGCTTTAAA-CAAATGCTGTGCAAATAG----T-T-----TAACAGGT-ATA-----ATTTCTGGTACAT--------AC-----------------------------------------T---------------------T-AAAATA-TTGATTTCTTC-A--TATA
gi|113114 : TTT--TAAGTG-A-ATT---A---TTTAAAGTAAACAATGCGCAAAGAG----A-T-----TTACATAT-GAA-----ATTGCTGGTACAA--------AC----------------------AT-------C----A-CT-T---------------------T-AAAATG-TACACTTCTTC-A--GATA
gi|113115 : AG----A-TG----TAACAGTT-GTA-----ATTTCTAGTACAT--------AT-TT-T---T------------TATG------TAGAAA-TT-T---------------------T-TAAATG-TCCATGTCTTC-A--TATA