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lowQualScore                  :           . .     ....   .               .   .      .                 ... .  .    .        .. .................      ...  ....     .............  .         .   .. .         ...... ..    .. .           . ...          ......... ..  ......................    ....  . . ..  ....              
lowQualScore                  :           4 1     5555   4               4   4      3                 555 8  2    5        55 77777777777777777      111  5555     8888888888888  1         0   77 2         999999 33    77 0           5 333          333333333 00  7777777777777777777777    1111  6 0 22  7777              
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Reference ( gi|21928 )        :   TGCCTAATAC-CAAAA----GTTCAAACAACTCGTGCAGACGTCCTACTT-GACACACAGTTAAAAGC---TCGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---A-----G---CGGCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA-----GG--TGTT-CGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------C--CG--AA--------A---------AGGC-T--CC-CAA--GCG---TCGCCGGTTCGCCC
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gi|21926                      :        AAAAC-AAAAA----GTTTAAACAACTCGTACAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTTAAAACC---TTGCTCTTT-TAAAT-TA-CC-----------------CCAGACTGAAT-T--CT-TT-------------CGCCTGAAAATGAGCCCAA-AAGA--CCA-----AG--TGTT-TGGCAAGGGGGTGT-A---ATAGTTTGTG---------C--AG--TG--------A---------AGGC-
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gi|21921                      :   cttgcAACACACAAAA----GTT-AAACAACTCGTACGGGCGTTCTGTTC-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-TCTC-TAAGTGTA-GA-----------------CCAG-T---A-----CTACT---ATTTTGG---C--CTGGAAGAGGACC--C-TAGAACCAA-----AG--AGTT-TGGAAAGGGGGTGTCA---TTT-TGGGTG---------C--CA--GG--------A---------AGAC-ggcggcgcaggc
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gi|21936                      :             -CAAAA----GTT-AAACAACTCGTACAGGCGTTCTGTTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-AC-----------------CCAGAC---TG-T--CTACT---A-----G---CGTCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA-----GG--TGTT-CGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------C--CG--CG--------A---------AGGC-C--CCACAA--GC
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gi|21938                      :             -CAAAA----GTT-AAACAACTCGTACAGGCGATCTGTTT-GACACACAATCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGA----ACGA--CTACTTTCG-----A---CGACTGGGAGTGTGTC--A-TAGAACCCA-----AG--TGTT-TGGCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGAGCG---------C--CGC-AAAGACCGGGA---------AGGC-TGGCC-CAG--GCG---TCGCCTGTT
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gi|21945                      :               AAAA----GT-AAAATAAGTGTTGCAGGCGTTCTATTT-GACACACAGTCAAACGC---AGGT-TCTC-TA------------------------------AC---AC-A--CTACT---T-----G---CGCCCGGAAGTGAACC--A-AAGAATCCGAGAATGG--TGCT------AGGGGATGC-A---TTTGTGTGTG---------ctgcagtgaatgcagcgcaggc
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Reference ( family-600 )      :        TGCCTAATAC-CAAAA----GTTCAAACAACTCGTGCAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---NGCGCCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--AG--TGTTCGNCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGNGA---------AGGC-T--CC-CAA--GCG---TCGCCGGTTCGCCC
gi|21916                      :        TGCCTAATAC-CAAAA----ATTCAAACAAATCGTGCAGACGTCCTACTT-GACACACAGTTAAAAGCAGCTTGC-CCTC-TGAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---AGCGGCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGCAA---------AGGC-A--CC-AAA--GCG---TCGCCGGTTCGCCC
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gi|21919                      :      ccTGCCTAATAT-CAAAA----ATTCAAACAACTCGTGGAGACGTCCTACTT-GACACACAGTTAAAAGCAGCTTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---AGCGTCTGGGTGTGCGCC--A-AAGAACCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGCAA---------AGGC-G--CC-CGA--GCC---TC
gi|21920                      :      ccTGGCTTATAA-CAAAA----AGTTAAACAAGTCGTGTAGGCGTCCTACTA-GACACACAGTTAAAAGC---TCGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGCC---AC-T--CTTCA---AGCGTCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--AG--TGTTTGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGCGCCGCAAAGACCGGGA---------AGGC-TGGCC-CAG--GTG---TCGCC
gi|21921                      :           ccAACACACAAAA----GTT-AAACAACTCGTACGGGCGTTCTGTTC-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-TCTC-TAAGTGTA-GA-----------------CCAG-T---AC-TA-CTATT---TTGGCCTGGAAGAGGACC--C-TAGAACCAA--AG--AGTTTGGAAAGGGGGTGTCA---TTT-TGGGTG---------CCAGGA---------AGAC-
gi|21922                      : cttgcaaTGCTTAAT-C-CAAAAAAAAGT-CAAACAAGTCGTGCAGGCGTCCTACTA-GACACACAGTTAAAAGC---TTGT-TCTC-TAATTGTA-GC-----------------CCCGAT---AC-C--CTGCT---AGCGCCTGGGAGTGCGCC--A-ACGAACCCA--AG--AGTTTGGCAAGCGGGTGT-A---TTTGTATGTG---------CCGTGA---------AGGC-G--CT-CCA--GCC---TCGCCGATCCGCCCcgctcagg
gi|21923                      :       ctGCATAATCC-CAAAA----TGTCAAACAACTGGTGCAGGCGTTCTATTT-GACACAAAGTCATACGC---TTGC-TCTC-TAAATGTA-CG-----------------CCAAAC---AC-C--ATCCT---TGCGCCCGGGAGTGCACC--A-AAGAATCCA--AGAATGCT-GCC-AGGGGGTGT-A---TTGATGTGTG---------CTGGGA---------AGGC-G--TA-CAG--GCC---TCGCCGGTTCACCC
gi|21924                      :      ccgGCCTATTCC-CAAAA----AGTCAAACAACTGGTGAAGGCGTTCTATTT-GACACATAGTCAAACGC---TTGC-TCTC-TAAATGTA-TG-----------------CCAGAC---AC-C--GCCCT---TGCGCCCGGGCGTGCACA--A-AAGAACCCG--AGAATGCT-GCCA-GGGGGTGT-A---TTTATGTGTA---------CCATGA---------AGTC-G--TA-CTG--GCC---TCGCCGGTTCGCCC
gi|21925                      :      ccgGCCTAATCC-TTAAA----GT-CAAACAACTGGTGCAGGCATCTTATTT-GACACACAGTCAAACGC---TTGC-TCTC-TATATGTA-CG-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---TGC-CCCGGAAGTGCACC--A-AAGAACCCG--AGAACGCT-GCC-AGGTGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCTGGA---------AGTCGT--AC-TGA---CC---TCGCCGGTTCGCCC
gi|21926                      :          ccaAAAAC-AAAAA----GTTTAAACAACTCGTACAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTTAAAACC---TTGCTCTTT-TAAAT-TA-CC-----------------CCAGACTGAA------TTCT---TTCGCCTGAAAATGAGCCCAA-AAGA--CCA--AG--TGTTTGGCAAGGGGGTGT-A---ATAGTTTGTG---------CAGTGA---------AGGC-
gi|21927                      :        cttgcAAAAC-AAAAA----GTTTAAACAACTCGTACAATTGTTCTACTT-GACACACAGTTAAAAAT---TTGA-TCTC-TAAAATTA-AC-----------------CCAGAC---CG-A--CTGTT---TTCGCTTGGGAGTAAGCC--C-AAGAGCCCA--AG--TGTTTGGCAAGGGGGTAT-AAATTTTG-GTGTA-----------GTGA---------AGGC-ggcgcagactggcc
gi|21928                      :   cttgcTGCCTAATAC-CAAAA----GTTCAAACAACTCGTGCAGACGTCCTACTT-GACACACAGTTAAAAGC---TCGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---AGCGGCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGAAA---------AGGC-T--CC-CAA--GCG---TCGCCGGTTCGCCCggcgcaggc
gi|21929                      :          CCTAATCC-CAAAA----AGTCAAACGACTGGTGCAGGCGTTCTATTT-GACACACAGTCAAACAC---TTGC-TCTC-TAAATGTACGCCACACACTAAATGTACGCCAGAC---AC-C--CTCCT---TGCGCCCGGGCCTGTAGC--A-AAGAACCCG--AGAATGCT-GAC-AGGGGGTGC-A---TTTGTGTGTG---------CCAGGA---------AGGCGT-------A--GCGGCCGCGCCGGTTCGCCC
gi|21930                      :          CCTAATCG-CAAAA----AGTCAAACAACAGGTGAAGGCGTTCTATTT-GACACACAGTCAACCGC---TTGT-TCTC-TAAATGTA-CG-----------------CCAAAC---AC-C--CTTCT---TGCACCCAGGAGTACATA--A-AAGAACCCG--AG--TATGATGCCAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCTGGA---------AGG-----CG-TAACGGCC---TCGCCGGTACGCC
gi|21931                      :             AACACACAAAA----GTT-AAACAACACGTACAGGCATTCTATTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-TCTC-TAAATGTA-GA-----------------CCAGAT---CG-A--CTACT---TTCGCCTGGGAGTGCGCC--A-TAGAACCCA--AG--AGTTTGGCAAGGGGGTTTCA---TTT-TGGGTG---------CCGGGAAGACCAAGCAGGC-TGGCT-CAA--GTG---TCGCCTGTT
gi|21932                      :             AAAAC-AAAAA----GTTTAAACAACTCGTACAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTTAGACGT---TTGC-TCTC-CAAAATTA-CC-----------------TCAGAC---CG-A--CTACT---TTCGCCTGGGCGTGAGCC--T-AAGAGCTCA--AA--TGTTTGGCAACGGGATGTAA---TTTTTG-GTG---------CAGTGAAGACGGCGCAGGC-TGGCC-CAA--GCC---TCACCTGTT
gi|21933                      :              ATAC--AAAA----GTT-AAACAACTCAAACAGGCGTTCTGTTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---TG-C--ATACT---AGCGGCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTT---------CCGCGA---------AGGC-CA-CA-CAA--GCC---TCGATGGTTCGCCC
gi|21934                      :               TAC-CGACA-----TTCAAACAACTCGTGCAGGCGTCTTATTA-GACACGCAGTTAAAAGC---TTGC-CCTC-AAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--GTACT---AGCGCCTGGGAGTGGGCC--A-AAGAATCCA--GG--TATTTGGCAAAGGAGTGT-A---TTTGTGTGTG---------
gi|21935                      :                  -CAAAA----GTT-AAACAACTCGTACAGGCGTTCTGTTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---TG-C--CTACA---AGCGGTTGGGAGTGCGCC--A-AAGAATCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGCGA---------AGGC-CA-CA-CAA--GCA---TCGACGGTTTGCCC
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Reference ( family-600 )      :        TGCCTAATAC-CAAAA----GTTCAAACAACTCGTGCAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---NGCGCCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--AG--TGTTCGGCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGNGA---------AGGC-T--CC-CAA--GCG---TCGCCGGTTCGCCC
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gi|21927                      :        cttgcAAAAC-AAAAA----GTTTAAACAACTCGTACAATTGTTCTACTT-GACACACAGTTAAAAAT---TTGA-TCTC-TAAAATTA-AC-----------------CCAGAC---CG-A--CTGTT---TTCGCTTGGGAGTAAGCC--C-AAGAGCCCA--AG--TGTTTGGCAAGGGGGTAT-AAATTTTG-GTGTA-----------GTGA---------AGGC-ggcgcagactggcc
gi|21928                      :   cttgcTGCCTAATAC-CAAAA----GTTCAAACAACTCGTGCAGACGTCCTACTT-GACACACAGTTAAAAGC---TCGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---AGCGGCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGAAA---------AGGC-T--CC-CAA--GCG---TCGCCGGTTCGCCCggcgcaggc
gi|21929                      :          CCTAATCC-CAAAA----AGTCAAACGACTGGTGCAGGCGTTCTATTT-GACACACAGTCAAACAC---TTGC-TCTC-TAAATGTACGCCACACACTAAATGTACGCCAGAC---AC-C--CTCCT---TGCGCCCGGGCCTGTAGC--A-AAGAACCCG--AGAATGCT-GAC-AGGGGGTGC-A---TTTGTGTGTG---------CCAGGA---------AGGCGT-------A--GCGGCCGCGCCGGTTCGCCC
gi|21930                      :          CCTAATCG-CAAAA----AGTCAAACAACAGGTGAAGGCGTTCTATTT-GACACACAGTCAACCGC---TTGT-TCTC-TAAATGTA-CG-----------------CCAAAC---AC-C--CTTCT---TGCACCCAGGAGTACATA--A-AAGAACCCG--AG--TATGATGCCAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCTGGA---------AGG-----CG-TAACGGCC---TCGCCGGTACGCC
gi|21931                      :             AACACACAAAA----GTT-AAACAACACGTACAGGCATTCTATTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-TCTC-TAAATGTA-GA-----------------CCAGAT---CG-A--CTACT---TTCGCCTGGGAGTGCGCC--A-TAGAACCCA--AG--AGTTTGGCAAGGGGGTTTCA---TTT-TGGGTG---------CCGGGAAGACCAAGCAGGC-TGGCT-CAA--GTG---TCGCCTGTT
gi|21932                      :             AAAAC-AAAAA----GTTTAAACAACTCGTACAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTTAGACGT---TTGC-TCTC-CAAAATTA-CC-----------------TCAGAC---CG-A--CTACT---TTCGCCTGGGCGTGAGCC--T-AAGAGCTCA--AA--TGTTTGGCAACGGGATGTAA---TTTTTG-GTG---------CAGTGAAGACGGCGCAGGC-TGGCC-CAA--GCC---TCACCTGTT
gi|21933                      :              ATAC--AAAA----GTT-AAACAACTCAAACAGGCGTTCTGTTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---TG-C--ATACT---AGCGGCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTT---------CCGCGA---------AGGC-CA-CA-CAA--GCC---TCGATGGTTCGCCC
gi|21934                      :               TAC-CGACA-----TTCAAACAACTCGTGCAGGCGTCTTATTA-GACACGCAGTTAAAAGC---TTGC-CCTC-AAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--GTACT---AGCGCCTGGGAGTGGGCC--A-AAGAATCCA--GG--TATTTGGCAAAGGAGTGT-A---TTTGTGTGTG---------
gi|21935                      :                  -CAAAA----GTT-AAACAACTCGTACAGGCGTTCTGTTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---TG-C--CTACA---AGCGGTTGGGAGTGCGCC--A-AAGAATCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGCGA---------AGGC-CA-CA-CAA--GCA---TCGACGGTTTGCCC
gi|21936                      :                  -CAAAA----GTT-AAACAACTCGTACAGGCGTTCTGTTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-AC-----------------CCAGAC---TG-T--CTACT---AGCGTCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGCGA---------AGGC-C--CCACAA--GC
gi|21937                      :                  -CAAAA----GTT-AAACAACTCGTACAGGCGTTCTGTTTTGACACACACTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---TG-C--CTATT---AGCGGCTTGGAGTGTGCC--A-AAGAATCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGAGTGT-A---TTTGTGTGTA---------CTGCGA---------AGGC-C--CA-CAA--GCA---TCGACGGTTTGCCCcttg
gi|21938                      :                  -CAAAA----GTT-AAACAACTCGTACAGGCGATCTGTTT-GACACACAATCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGA----ACGA--CTACTTTCGACGACTGGGAGTGTGTC--A-TAGAACCCA--AG--TGTTTGGCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGAGCGCCGCAAAGACCGGGA---------AGGC-TGGCC-CAG--GCG---TCGCCTGTT
gi|21939                      :                  -CAAAA----GTT-AAACAACTCGTACAGGCGATCTGTTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGA----ACGA--TTACT---TTCGACTGGGCGTG-GTC--A-TAGAACCCA--AG--TGTTTGGCAAGGGGGTGT-A---TTTATGTGCGCCGCAAAGACCGGGA---------AGGC-TGGCC-CAG--GTG---TCGCC
gi|21940                      :                  -CAAAA----GTT-AAACAACTCGTAAAGGCGATCTGTTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-AATC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGA----ACGA--ATAAT---TTCGACTGGGAGTGTGTC--A-TAGAACCCA--AG--TGTTTGGCAAGGGAATGT-A---TATGTGTGCGCCGCAAAGACCGGGA---------AGGC-TGGCC-CAG--GCG---TCGCCTGTT
gi|21941                      :                  -CAAAC----GTT-AAACAACTCGTACAGGCGATCTGTTT-GACATACACTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGA----ACGA--CTTCT---TTCGACTGGTAGTGTATC--A-TAGAATCCT--AG--TGTTTGGCAAGGGGGTGT-C---TTTGTGTGCGCTGCAAACACCGGGA---------AGGC-TGGCC-CAG--GCG---TCGCCTGTT
gi|21942                      :                  -CAAAAC---GTTTAAACAACTCGTACAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTTAAAAGC---TTGC-TCTCTTAAAT-TA-CC-----------------CCAGAC---CG-A--ATACT---TTCGCCTGGAAGTTAGCC--C-AAGAGACCA--AG--TGTTTGGCAAGGGGGTG
gi|21943                      :                                AAAAAACTCGTACAGGCGTTCTACTT-GACAAAAAGTTAAACGC---TTGC-TCTC-TAAATG-A-ACG----------------CCAGAC---AA-C--ATACT---CGCGCCCGGGATTGCATC--A-AAGAACACA--AGAATGAT--GCCAGGGGATGA-A---TTTGTGTGTG---------CCGGGA---------AGGCGT--AC-C-G--GCC---TTGCCGGTTCGTCC
gi|21944                      :               aaaaaAAAA----GTTTAAACAACTCGTACATGCGTTCTAGTT-GACACACAGTTAAAAGC---TTGG-TCTC-TAAAATTA-AT-----------------TCAGAC---CA-A--CTTCT---TTCGCCTGAGCGTG-ATC--ACAAGAGCCCA--AG--TATTTGGCAAGGGGGTTTAA---TTTTTGC-TG---------CAGTGA---------ATGC-
gi|21945                      :                    AAAA----GT-AAAATAAGTGTTGCAGGCGTTCTATTT-GACACACAGTCAAACGC---AGGT-TCTC-TA------------------------------AC---AC-A--CTACT---TGCGCCCGGAAGTGAACC--A-AAGAATCCG--AGAATGGT--GCTAGGGGATGC-A---TTTGTGTGTG---------agcgcaggc
gi|21946                      :                            aTTCAAACAACTCGTGCAGGCGTCCTACTA-GACACAGAGTTAAAAGT---TTGC-CCTT-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---AGCGCCTGTGATTTGGCC--A-AAGAACCCA--GG--TATATAGCAAGGGAGTGT-A---TTTGTGTGTA---------CCGTGA---------AGGCGT--CC-C-A--GCC---TCGACGGTTCGCCCtgtcgtagcgtaagggcgaac
gi|21947                      :                            aacaAAATAACTCATACAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTTAAAAAC---TTGC-TCTCTTAAAT-TA--C-----------------CCA-AT---AC-CGACTACT---TACGCCTGGGAGTGAGCA--C-AAGAGCCCA--AG--TGTTTGGCAAGGTGATGTAA---TTTTTG-GTG---------CAGTGA---------AG--------------GCG---GCGCTGGCTGGCCC
gi|21948                      :                                                                         AGC---TTGC---------ATTTA-GC-----------------CCAGA----AC-GA-CTACT---TTCGCCTGGGAGTGCGCC--A-TAGAACTC
gi|21949                      :                                                                                 GC-TCTC-TAAATGTA-CG-----------------CCAGAC---AC-T--CGACT---TGCGCCCAGGTGTGCACC--A-AAGAATCCGATAA--TGCT--GCCAGGGGTTGT-A---TTTATGTGTG---------CTGGGA---------AGGCGT--AC-C-G--GCC---TCGCAAGTTCACCCcgg


blockSeqs                     :                  A     AAAA   C                          T                 AGC    T    T        C  CACACACTAAATGTACG      TGA  CGA      TTCG             C   CA C         AT  AA    A             C AAT          CCGCAAAGA   C  AGACCAAGC    TGG   A A CG  GGCC
blockSeqs                     :                  A     C      C                          .                 .      .    T        .  G                      .    TA       A                A   .  .         .   AA    C             C .            CCGCAAAGA   C  AGACGGCGC    TGG   . A .   G   
blockSeqs                     :                  .     .      C                          .                 .      .    .        .  .                      .    GA       A                C   .  .         .   AA    C             A .            CCGCAAAGA   C  .            TGG   . G .   G   
blockSeqs                     :                  .     .      T                          .                 .      .    .        .  .                      .    GA       A                C   .  .         .   .     T             A .            CCGCAAAGA   G  .            TGG   . A .   C   
blockSeqs                     :                  .     .      C                          .                 .      .    .        .  .                      .    GA       A                G   .  .         .   .     T             A .            CTGCAAACA   G  .            TGG   . C .   G   
blockSeqs                     :                  .     .      C                          .                 .      .    .        .  .                      .    GA       T                C   .  .         .   .     T             . .            .           T  .            TGG   . A .   C   
blockSeqs                     :                  .     .      C                          .                 .      .    .        .  .                      .    GA       A                C   .  .         .   .     C             . .            .           G  .            TGG   . T .   C   
blockSeqs                     :                  .     .      C                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        T                C   .  .         .   .     C             . .            .           T  .            GT    . G .   C   
blockSeqs                     :                  .     .      T                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        T                C   .  .         .   .     C             . .            .           G  .            GT    . A .   C   
blockSeqs                     :                  .     .      T                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        T                A   .  .         .   .     T             . .            .           T  .            CA    . A .   G   
blockSeqs                     :                  .     .      C                          .                 .      .    .        .  .                      .    T        T                A   .  .         .   .     T             . .            .           T  .            CA    . A .   C   
blockSeqs                     :                  .     .      C                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        T                C   .  .         .   .     C             . .            .           A  .            GT    . A .   G   
blockSeqs                     :                  .     .      C                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        A                T   .  .         .   .     A             . .            .           G  .            GT    . A .   C   
blockSeqs                     :                  .     .      T                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        T                C   .  .         .   .     T             . .            .           G  .            GT    . A .   C   
blockSeqs                     :                  .     .      C                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        T                C   .  .         .   .     T             . .            .           G  .            G     . A .   A   
blockSeqs                     :                  .     .      T                          .                 .      .    .        .  .                      .    A        T                A   .  .         .   .     C             . .            .           T  .            G     . A .   A   
blockSeqs                     :                  .     .      T                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        T                C   .  .         .   .     T             . .            .           C  .            G     . A .   G   
blockSeqs                     :                  .     .      A                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        A                G   .  .         .   .     C             . .            .           C  .            G     . A .   G   
blockSeqs                     :                  .     .      C                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        A                C   .  .         .   .     C             . .            .           C  .            G     . A .   G   
blockSeqs                     :                  .     .      .                          .                 .      .    .        .  .                      .    A        A                C   .  .         .   .     C             . .            .           C  .            G     . A .   G   
blockSeqs                     :                  .     .      .                          .                 .      .    .        .  .                      .    A        A                T   .  .         .   .     T             . .            .           G  .            T     . . .   C   
blockSeqs                     :                  .     .      .                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        A                T   .  .         .   .     T             . .            .           G  .            C     . . .   C   
blockSeqs                     :                  .     .      .                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        T                T   .  .         .   .     T             . .            .           G  .            C     . . .   G   
blockSeqs                     :                  .     .      .                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        T                T   .  .         .   .     T             . .            .           G  .            .     . . .   C   
blockSeqs                     :                  .     .      .                          .                 .      .    .        .  .                      .    T        T                A   .  .         .   .     T             . .            .           G  .            .     . . .       
blockSeqs                     :                  .     .      .                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        T                C   .  .         .   .     T             . .            .           T  .                              
blockSeqs                     :                        .      .                          .                 .      .    .        .  .                      .    A        C                A   .  .         .   .     T             . .            .           T  .                              
blockSeqs                     :                        .      .                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        T                G   .  .         .   .     T             . .            .           T  .                              
blockSeqs                     :                               .                          .                 .      .    .        .  .                      .    A        T                A   .  .         .   .     .             . .            .           G  .                              
blockSeqs                     :                                                          .                 .      .    .        .  .                      .    A        A                C   .  .         .   .     .             . .            .                                             
blockSeqs                     :                                                          .                 .      .    .        .  .                      .    C        T                C   .  .         .   .     .             . .            .                                             
blockSeqs                     :                                                                            .      .    .        .  .                      .    T        T                .   .  .         .   .     .                                                                          
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blockSeqCons                  :                                                                            ***
originalCons                  :        TGCCTAATAC-CAAAA----GTTCAAACAACTCGTGCAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---NGCGCCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--AG--TGTTCGGCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGNGA---------AGGC-T--CC-CAA--GCG---TCGCCGGTTCGCCC
finalCons                     :        TGCCTAATAC-CAAAA----GTTCAAACAACTCGTGCAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---NGCGCCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--AG--TGTTCGGCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGNGA---------AGGC-T--CC-CAA--GCG---TCGCCGGTTCGCCC





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lowQualScore                  :                  .     ....   .                          .                 ...    .    .        .  .................      ...  ....     ....             .   .. .         ..  ..    .             . ...          .........   .  .........    ....  . . ..  ....              
lowQualScore                  :                  0     3333   7                          2                 222    2    4        2  44444444444444444      111  4444     1111             6   66 2         77  00    3             2 222          000000000   0  777777777    2222  5 6 11  1111              
consensus                     :        TGCCTAATAC-CAAAA----GTTCAAACAACTCGTGCAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---NGCGCCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--AG--TGTTCGGCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGNGA---------AGGC-T--CC-CAA--GCG---TCGCCGGTTCGCCC
Reference ( family-600 )      :        TGCCTAATAC-CAAAA----GTTCAAACAACTCGTGCAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---NGCGCCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--AG--TGTTCGGCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGNGA---------AGGC-T--CC-CAA--GCG---TCGCCGGTTCGCCC
gi|21916                      :        TGCCTAATAC-CAAAA----ATTCAAACAAATCGTGCAGACGTCCTACTT-GACACACAGTTAAAAGCAGCTTGC-CCTC-TGAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---AGCGGCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGCAA---------AGGC-A--CC-AAA--GCG---TCGCCGGTTCGCCC
gi|21917                      :      ccTGCCTAATAC-CAAAA----ATTCAAACAACTCGTGCAGACGTCCTACTT-GACACTCAGTTAAAAGC---TTGC-CCTC-TAATTGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTTCT---AGCTTCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--GG--TGTTAGTCAAAGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGCAA---------AGGC-G--CC-AAA--GCG---TCGCCGGTTCGCCC
gi|21918                      :      ccTGCCTAATAA-CAAAA----GTTCAAACAACTCGTGCAGACGTCCTACTT-GACACACAGCTAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---AGCGGCTGGGCGTGAGCA--A-AAGAACCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGTGTGT-A---TTTGTGTGCG---------CCGCAA---------AGGC-G--CC-CAA--GCG---TCGCCGATTCGCCC
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gi|21920                      :      ccTGGCTTATAA-CAAAA----AGTTAAACAAGTCGTGTAGGCGTCCTACTA-GACACACAGTTAAAAGC---TCGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGCC---AC-T--CTTCA---AGCGTCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--AG--TGTTTGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGCGCCGCAAAGACCGGGA---------AGGC-TGGCC-CAG--GTG---TCGCC
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gi|21922                      : cttgcaaTGCTTAAT-C-CAAAAAAAAGT-CAAACAAGTCGTGCAGGCGTCCTACTA-GACACACAGTTAAAAGC---TTGT-TCTC-TAATTGTA-GC-----------------CCCGAT---AC-C--CTGCT---AGCGCCTGGGAGTGCGCC--A-ACGAACCCA--AG--AGTTTGGCAAGCGGGTGT-A---TTTGTATGTG---------CCGTGA---------AGGC-G--CT-CCA--GCC---TCGCCGATCCGCCCcgctcagg
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gi|21924                      :      ccgGCCTATTCC-CAAAA----AGTCAAACAACTGGTGAAGGCGTTCTATTT-GACACATAGTCAAACGC---TTGC-TCTC-TAAATGTA-TG-----------------CCAGAC---AC-C--GCCCT---TGCGCCCGGGCGTGCACA--A-AAGAACCCG--AG--AATGCTGCCAGGGGGTGT-A---TTTATGTGTA---------CCATGA---------AGTC-G--TA-CTG--GCC---TCGCCGGTTCGCCC
gi|21925                      :      ccgGCCTAATCC-TTAAA----GT-CAAACAACTGGTGCAGGCATCTTATTT-GACACACAGTCAAACGC---TTGC-TCTC-TATATGTA-CG-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---TGC-CCCGGAAGTGCACC--A-AAGAACCCG--AG--AACGCTGCCAGGTGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCTGGA---------AGTCGT--AC-TGA---CC---TCGCCGGTTCGCCC
gi|21926                      :          ccaAAAAC-AAAAA----GTTTAAACAACTCGTACAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTTAAAACC---TTGCTCTTT-TAAAT-TA-CC-----------------CCAGACTGAA------TTCT---TTCGCCTGAAAATGAGCCCAA-AAGA--CCA--AG--TGTTTGGCAAGGGGGTGT-A---ATAGTTTGTG---------CAGTGA---------AGGC-
gi|21927                      :        cttgcAAAAC-AAAAA----GTTTAAACAACTCGTACAATTGTTCTACTT-GACACACAGTTAAAAAT---TTGA-TCTC-TAAAATTA-AC-----------------CCAGAC---CG-A--CTGTT---TTCGCTTGGGAGTAAGCC--C-AAGAGCCCA--AG--TGTTTGGCAAGGGGGTAT-AAATTTTG-GTGTA-----------GTGA---------AGGC-ggcgcagactggcc
gi|21928                      :   cttgcTGCCTAATAC-CAAAA----GTTCAAACAACTCGTGCAGACGTCCTACTT-GACACACAGTTAAAAGC---TCGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---AGCGGCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGAAA---------AGGC-T--CC-CAA--GCG---TCGCCGGTTCGCCCggcgcaggc
gi|21929                      :          CCTAATCC-CAAAA----AGTCAAACGACTGGTGCAGGCGTTCTATTT-GACACACAGTCAAACAC---TTGC-TCTC-TAAATGTACGCCACACACTAAATGTACGCCAGAC---AC-C--CTCCT---TGCGCCCGGGCCTGTAGC--A-AAGAACCCG--AGAATGCT-GAC-AGGGGGTGC-A---TTTGTGTGTG---------CCAGGA---------AGGCGT-------A--GCGGCCGCGCCGGTTCGCCC
gi|21930                      :          CCTAATCG-CAAAA----AGTCAAACAACAGGTGAAGGCGTTCTATTT-GACACACAGTCAACCGC---TTGT-TCTC-TAAATGTA-CG-----------------CCAAAC---AC-C--CTTCT---TGCACCCAGGAGTACATA--A-AAGAACCCG--AG--TATGATGCCAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCTGGA---------AGG-----CG-TAACGGCC---TCGCCGGTACGCC
gi|21931                      :             AACACACAAAA----GTT-AAACAACACGTACAGGCATTCTATTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-TCTC-TAAATGTA-GA-----------------CCAGAT---CG-A--CTACT---TTCGCCTGGGAGTGCGCC--A-TAGAACCCA--AG--AGTTTGGCAAGGGGGTTTCA---TTT-TGGGTG---------CCGGGAAGACCAAGCAGGC-TGGCT-CAA--GTG---TCGCCTGTT
gi|21932                      :             AAAAC-AAAAA----GTTTAAACAACTCGTACAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTTAGACGT---TTGC-TCTC-CAAAATTA-CC-----------------TCAGAC---CG-A--CTACT---TTCGCCTGGGCGTGAGCC--T-AAGAGCTCA--AA--TGTTTGGCAACGGGATGTAA---TTTTTG-GTG---------CAGTGAAGACGGCGCAGGC-TGGCC-CAA--GCC---TCACCTGTT
gi|21933                      :              ATAC--AAAA----GTT-AAACAACTCAAACAGGCGTTCTGTTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---TG-C--ATACT---AGCGGCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTT---------CCGCGA---------AGGC-CA-CA-CAA--GCC---TCGATGGTTCGCCC
gi|21934                      :               TAC-CGACA-----TTCAAACAACTCGTGCAGGCGTCTTATTA-GACACGCAGTTAAAAGC---TTGC-CCTC-AAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--GTACT---AGCGCCTGGGAGTGGGCC--A-AAGAATCCA--GG--TATTTGGCAAAGGAGTGT-A---TTTGTGTGTG---------
gi|21935                      :                  -CAAAA----GTT-AAACAACTCGTACAGGCGTTCTGTTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---TG-C--CTACA---AGCGGTTGGGAGTGCGCC--A-AAGAATCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGCGA---------AGGC-CA-CA-CAA--GCA---TCGACGGTTTGCCC
gi|21936                      :                  -CAAAA----GTT-AAACAACTCGTACAGGCGTTCTGTTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-AC-----------------CCAGAC---TG-T--CTACT---AGCGTCTGGGAGTGCGCC--A-AAGAACCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGTGTG---------CCGCGA---------AGGC-C--CCACAA--GC
gi|21937                      :                  -CAAAA----GTT-AAACAACTCGTACAGGCGTTCTGTTTTGACACACACTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---TG-C--CTATT---AGCGGCTTGGAGTGTGCC--A-AAGAATCCA--GG--TGTTCGCCAAGGGAGTGT-A---TTTGTGTGTA---------CTGCGA---------AGGC-C--CA-CAA--GCA---TCGACGGTTTGCCCcttg
gi|21938                      :                  -CAAAA----GTT-AAACAACTCGTACAGGCGATCTGTTT-GACACACAATCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGA----ACGA--CTACTTTCGACGACTGGGAGTGTGTC--A-TAGAACCCA--AG--TGTTTGGCAAGGGGGTGT-A---TTTGTGAGCGCCGCAAAGACCGGGA---------AGGC-TGGCC-CAG--GCG---TCGCCTGTT
gi|21939                      :                  -CAAAA----GTT-AAACAACTCGTACAGGCGATCTGTTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGA----ACGA--TTACT---TTCGACTGGGCGTG-GTC--A-TAGAACCCA--AG--TGTTTGGCAAGGGGGTGT-A---TTTATGTGCGCCGCAAAGACCGGGA---------AGGC-TGGCC-CAG--GTG---TCGCC
gi|21940                      :                  -CAAAA----GTT-AAACAACTCGTAAAGGCGATCTGTTT-GACACACACTCAAAAGC---TTGC-AATC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGA----ACGA--ATAAT---TTCGACTGGGAGTGTGTC--A-TAGAACCCA--AG--TGTTTGGCAAGGGAATGT-A---TATGTGTGCGCCGCAAAGACCGGGA---------AGGC-TGGCC-CAG--GCG---TCGCCTGTT
gi|21941                      :                  -CAAAC----GTT-AAACAACTCGTACAGGCGATCTGTTT-GACATACACTCAAAAGC---TTGC-CCTC-TAAATGTA-GC-----------------CCAGA----ACGA--CTTCT---TTCGACTGGTAGTGTATC--A-TAGAATCCT--AG--TGTTTGGCAAGGGGGTGT-C---TTTGTGTGCGCTGCAAACACCGGGA---------AGGC-TGGCC-CAG--GCG---TCGCCTGTT
gi|21942                      :                  -CAAAAC---GTTTAAACAACTCGTACAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTTAAAAGC---TTGC-TCTCTTAAAT-TA-CC-----------------CCAGAC---CG-A--ATACT---TTCGCCTGGAAGTTAGCC--C-AAGAGACCA--AG--TGTTTGGCAAGGGGGTG
gi|21943                      :                                AAAAAACTCGTACAGGCGTTCTACTT-GACAAAAAGTTAAACGC---TTGC-TCTC-TAAATG-A-ACG----------------CCAGAC---AA-C--ATACT---CGCGCCCGGGATTGCATC--A-AAGAACACA--AGAATGAT--GCCAGGGGATGA-A---TTTGTGTGTG---------CCGGGA---------AGGCGT--AC-C-G--GCC---TTGCCGGTTCGTCC
gi|21944                      :               aaaaaAAAA----GTTTAAACAACTCGTACATGCGTTCTAGTT-GACACACAGTTAAAAGC---TTGG-TCTC-TAAAATTA-AT-----------------TCAGAC---CA-A--CTTCT---TTCGCCTGAGCGTG-ATC--ACAAGAGCCCA--AG--TATTTGGCAAGGGGGTTTAA---TTTTTGC-TG---------CAGTGA---------ATGC-
gi|21945                      :                    AAAA----GT-AAAATAAGTGTTGCAGGCGTTCTATTT-GACACACAGTCAAACGC---AGGT-TCTC-TA------------------------------AC---AC-A--CTACT---TGCGCCCGGAAGTGAACC--A-AAGAATCCG--AGAATGGT--GCTAGGGGATGC-A---TTTGTGTGTG---------agcgcaggc
gi|21946                      :                            aTTCAAACAACTCGTGCAGGCGTCCTACTA-GACACAGAGTTAAAAGT---TTGC-CCTT-TAAATGTA-GC-----------------CCAGAC---AC-C--CTACT---AGCGCCTGTGATTTGGCC--A-AAGAACCCA--GG--TATATAGCAAGGGAGTGT-A---TTTGTGTGTA---------CCGTGA---------AGGCGT--CC-C-A--GCC---TCGACGGTTCGCCCtgtcgtagcgtaagggcgaac
gi|21947                      :                            aacaAAATAACTCATACAGGCGTTCTACTT-GACACACAGTTAAAAAC---TTGC-TCTCTTAAAT-TA--C-----------------CCA-AT---AC-CGACTACT---TACGCCTGGGAGTGAGCA--C-AAGAGCCCA--AG--TGTTTGGCAAGGTGATGTAA---TTTTTG-GTG---------CAGTGA---------AG--------------GCG---GCGCTGGCTGGCCC
gi|21948                      :                                                                         AGC---TTGC---------ATTTA-GC-----------------CCAGA----AC-GA-CTACT---TTCGCCTGGGAGTGCGCC--A-TAGAACTC
gi|21949                      :                                                                                 GC-TCTC-TAAATGTA-CG-----------------CCAGAC---AC-T--CGACT---TGCGCCCAGGTGTGCACC--A-AAGAATCCGATAA--TGCT--GCCAGGGGTTGT-A---TTTATGTGTG---------CTGGGA---------AGGCGT--AC-C-G--GCC---TCGCAAGTTCACCCcgg