lowQualScore : 2 555 2 77777 33 2 33 5 22 4 2 33 333 22 1 11 1 5555 4444444 2 1 222 2222 1 0 3333333 1 1 1 11 555 2 333333 222 6666 1 44444 33333 1 2222 2222 999 1 4444444 11 1 1
lowQualScore : . ... . ..... .. . .. . .. . . .. ... .. . .. . .... ....... . . ... .... . . ....... . . . .. ... . ...... ... .... . ..... ..... . .... .... ... . ....... .. . .
lowQualScore : 9 000 9 11111 99 7 44 0 55 4 2 11 777 88 5 77 2 0000 8888888 4 2 222 7777 2 4 9999999 2 2 2 77 555 4 555555 111 8888 2 77777 00000 2 7777 7777 000 3 2222222 88 3 3
consensus : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACA-------AA-A-T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA----AG--AT-ATTC-------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
Reference ( gi|163370 ) : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACA-------AA-A-T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA----AG--GT-ATTC-------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163373 : AATCAATGTTGTTATCTTGTATATTTA-A---CGA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTA--TAT---C--GTGTT-TA--GGAGAGGAACTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAA-A---CT----T-TTGACA-------AA-A-T-TGT--T---G-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA----AG--AT-ATTC-------GAAATAT--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163371 : AATCGATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--CTGTCAT-CATAGTTTTGT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-A----TT--G----T-CTTTCATTCATAT-C---CT----T-TAGACA-------AA-A-T-TGT--T---T-GT------AA---ATC----TGT-A-----AT-----AT-T----GTT----AG--AT-ATTC-------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163372 : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-AA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CAAAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GAAGAAGAATTATAAAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCAAAT-G---TT----T-TTGACA-------AA-AGT-TGT--TATAT-AT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA----AG--AT-ATTC-------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163375 : AATTAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--TCAC-AC--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--TGAAAGGACTTCTTTAAG-C----TT--G----T-CTTTCATGCCAAT-C---CT----T-TTGACA-------AA-C-C-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AA-T----GTA----AG--CT-ATTC-------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163376 : AATCAATGTAGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCAC-AT--TCGTCAT-CACAGTTT-GT-GTAGTTG--TAT---T--GTATC-TATAGTAAAGGAATTCTATAAA-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGATA-------AA-A-T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----CGT-A-----AT-----AT-T----GTA----AG--AT-ATTC-------GAAATTA--AA-TATA-TTTTAACCAA
gi|163374 : AATCAATGTTGTAATCGTGCATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGATGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-ATTTCAT-----T-C---CT----T-TTGACA-------AC-A-T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GCA----AG--AT-ATTC-------TAAATTA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163377 : ATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AC--TTGTTAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TTT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTATATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCAAAT-T---GT----T-TTGACA-------AA-A-T-TGT--TATAT-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA----AG--AT-ATTC-------GAAATAA--AA-TATGTTTTAAACCAA
gi|163378 : ATGTTCTTATCTTGTAAACTAT-A---CTA-GA-----AAC--TGAC-AT--T-GTTAT-AATTTTTTTGT-GTAATTA--TAT---T--GTATC-AA--GGAAAGTAATTCCATAAG-C-------------T-ATTTCGTTCCAAT-C---CC----T-TTGACA-------AA-A-T-TGT--T---T-GT------AT---ATA----TAT-C-----AT-----AT-
gi|163379 : ATGTTGCTATCTTGTATACTAT-A---CTA-AG-----AAT--CCAC-AA--TTTTCAT-CAACTTTT-GT-GTAATCA--TGT---T--GTATT-AC--ACAGAAAAATTGTATAAA-C----GT--G----T-C
gi|163380 : TGTTGTTATCTTGCATACTTA-A---CTT-GA-----AAT--ACAT-AC--ATGTTAT-CACATTTT-GT-GGAATTG--TAT---T--GTATC-TA--TGAGAGAAATTCTATTAT-C----TT--G----A-TTCTAATTCCAAC-C---CT----T-TTGAAA-------AACA-C-AGT--T---T-GTACATAAAA---GTA----TGT-A-----AT-----AT-T----GCA----AG--AT-GTGT-------GAAAGAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163381 : TGTTGTTATTTTTTTTATTTG-ATATCTG-GATTGTAAAT--CCGT-ATGATCTTTATGCATAATA-------AATCA--AATCTCT--GTAT----------AGGAATTCTATAAG-G----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---TT----T-TTGACA-------AA-A-T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA----AG--AT-ATTC-------GCAATAA--AA-TAT--TTTAAA
gi|163382 : TTTTTTTTTATACTAG-A---ATA-GA-----AAT--CCAC-AT--TTGTCAA-ACTA-TTT-AT-GTAGTCA--TAT---T--GTAAT-GG--AGGGGGGAATTCTATAAC-T----TT--G------------------------CT----T-GT---A-------AA-------T--A---T-GT------AA---AT-----T---------AT-----AT-T----GTA----AAATAT-ATTC--------AAATAA--AA-TTTG-TTTAAACC
gi|163383 : ATATTTATA---CTGCGA-----ACTTACCGCTAT--TTA--AT-CATAAC--------AATTG--TAT---T-----CT-T---GGATAAGTACTTTATAAG-A----TTC-A----T-CTTTCGTTCTGAT-CATATT----T-TT--------------A-T-TGT--T---TCAC------AA---ATA----TGT-T-----AT-----AT-T----GTA----AA--G--AGTA-------AAAATAA--GA-TATG-TTTTAACTAA
gi|163384 : A-A---CTA-GA-----AAT--CCAC-AA--GAGCTAT-C----TTT--T-GT--TTT--TAT---T--TTACG-AA--GGAGAGGCATTCTATAAG-C----TT--G----C-CGTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACT-------AA-A-T-TGA--T---T-GT-----------ATA----TGT-A-----AT-----CC-T----GTA----AA--AT-ATTT-------CAATTAA--AA-TATG-TTGAAACCAA
gi|163385 : -AT--TTG--AT-CTTTGTT--GT-GCTATTG--TAG---T--GTATT-TA--GGGGAGGAGTTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAATGG---CT----T-TTGAC--------AA-A-T-TGT--T---T-GT------AC---ATATAC-TGT-A-----AT-----AT-
gi|163386 : T--TTTTCATTCAC--TTT-GTTGTAATCAATTAT---TTCACATT-TC--GGGTAAGAACTCTATACG-A----TTCAA----T-CATTCCTTCTGAT-C---CT----T-T---CC-------AT-A-T-TGT--G---T-AC------AA---ACACAT-TGT-A-----AT-----GT-T----GTA----A----T-ATGC-------GAAATAA--AAATATG-TTTAAACTAAgttcaaa
gi|163387 : GTTT-GT-ATAAGT---TAC---T--G------A--GGAGAGAAACTATATAAG-AAATATT--G----T-CTTTCGTTTCAAT-C---CT----T-TT-ACT-------AA-A-TATGT--TG--T-G-------GA---ATA----TGC-T-----GT-----A--C----ATA----AT--TT-AT----------GAAT-A--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163388 : TT-GT-GTAAGTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGATTTCTATAAG-A----AT--G----T-CTTTTATTCAAAT-C---CT----T-TTGACA-------AC-A-T-TGA--T---C-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-TCGAAATA----AG--AT-ATTC-------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAATCAA
gi|163389 : T---T--GTATTCTT--GGATAAGAACATTATAAG-A----TTTAA----T-TTTTCGTTCTGAT-C---CT----A-TTCTTA------------T-TGT--T---TCAC------AA---ATA----TGTTATT---AT-----AG-T----GTA----AA--G--ATTT-------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163390 : --GTTTT-TA--GGAGAGAAAGTCTATAAG-C----TT--A----T-ACTTCATTCCAAC-C---CT----T-TTGACA-------AA-A-T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----CT-----GT-T----GTA----AG--AT-ATTC-------GTAAT-A--AA-TATA-TTTAAGCCAA
gi|163391 : TATT-TT--GGAGAAGAACTTTATACG-A----AT--GGTATT-TTTTCATTCTAAT-C---CT----T-T------------AT-A-T-T----T---T-GA------AA---A-A----TGT-A-----ATTATTTATCT----GCA----AA---T-ACTG-------GGAATAA--AA-TATC-TTTAAACCAA
gi|163392 : ATC-TA--ACAGGGGAATTATATAAG-C----TT--A----T-CTTTCATGTCAGT-C---AT----T-TCAAC-------------T-TGC--T---T-AT------AA---AT------------------------------------------T-ATTT-------GAAATAG--AA-TATA-TTTAAACTAA
gi|163393 : T-CA--GGAGAGGAATTCTGTAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACT-------AA-A-T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AC-----AT-T----GTA----AG--AT-ATCC-------GAAATAA--AA-TATG-CTTAAACCAA
gi|163394 : T-TA--AGAGAGCAGTTCTAAACG-C----TT--C----T-TATTCATTCCAAT-C---AT----T-CCGACA-------AA-A-T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-T-----AT-----AT-T----GTA----AG--GT-ATTC-------GAAATAA--AA-TATT-TTTAAACC
gi|163395 : T-TA--GGAGAGGAGTTCT-------------------------TCATTCCAAT-C---CT----T-TTCACA-------AA-A-T-TGT--T---G-GT------AA---ATAATTATGT-A-----AT-----AT-T----GTA----AG--AT-ATTT-------GAAATAA--AA-TACG-TTTAAACCAA
gi|163396 : T-TA--AGTGAGGAATTATATAAG-C----CT--G----T-TTTCCAATCCAAT-C---CT----T-TTGACA-------AA-A-T-TGT--T---T-CT------AA---ATA----TGT-T-----CT-----AT-G----GTA----AG--AT-ATTT-------GAAATAT--AA-TATG-TATAAATTAA
gi|163397 : -TA--GAAGAGGAATGATATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTAACA-------AA-A-T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TAT-A-----TT-----AT-T----GTA----AG--AT-AGTC-------GAACT-A--AA-TATG-TTTAATTCAA
gi|163399 : A--GGAGAGGAATTCTACATG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-T-GACA-------AA-A-T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA----AG--AT-ATTT-------GACATAC--AA-TATG-TTTAGA
gi|163400 : A--GGAGAGGAATTCAATAAG-C----TT---------------------T-C---CT----T-TTGACA-------AA-A-T-TCT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA----AG--AT-ATTC-------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163401 : A--GGAGATGAATTATAAAAG-C----TT--G----T-CTTTTATTCCAAT-C---AT----T-TTGACATTTTTTT-----T-TTT--T---T-GC------AA---ATG----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA----AA--AT-CTTC-------G-AATAG--AA-TATG-TTTAGATTAA
gi|163402 : A--GGAAGGGCGCTCAATAAG-CA---TT--A----TGCTTTCGTTCTAAT-C---CTAATAT-TTG---------------T-TGTCAT---T-GT------AA---ATA----TAT-ATACATAC-----AT-T----GTA----AAT-GTCAT----------GAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163403 : A--GGAGAAGAACATCATAAG-CA---TT--A----TGCTTCCGTTCTAAT-C---CT----T-TTTCTA-------TT-A-T-TGT--------AT------AC---ACT----TGT-A-----AT-----AC-T----GTATAAAAT--GT-ACTTATATTGAGAAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163398 : A--GAAAAAAAACTCTATAAGGT----TT--A----T-CTTCCGTTCTAAT-C---CT----TATTTATA-------A----T-TAT--T---C--T------GATTCGTA----TGT-A---------------T----GTA----A------ATTT-------GAAAAAATAAA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163404 : -------AA-A-T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA----AG--AT-ATTC-------TAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
Alignments
lowQualScore : 2 444 2 66666 33 2 33 4 1 4 2 22 333 22 1 11 1 4444 44 2222 2 1 222 2222 1 0 0 1 5555555 1 11 444 2 444444 222 4444 1 44444 22222 1 2222 11 555 444444444 11 1 1
lowQualScore : . ... . ..... .. . .. . . . . .. ... .. . .. . .... .. .... . . ... .... . . . . ....... . .. ... . ...... ... .... . ..... ..... . .... .. ... ......... .. . .
lowQualScore : 7 777 7 77777 77 5 22 7 5 2 1 99 555 66 4 66 2 9999 44 5555 4 2 111 6666 2 1 7 2 0000000 2 66 111 4 666666 111 6666 2 66666 99999 2 6666 77 000 888888888 77 2 2
consensus : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
Reference ( family-598 ) : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163370 : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--GTATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163371 : AATCGATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--CTGTCAT-CATAGTTTTGT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-A----TT--G----T-CTTTCATTCATAT-C---CT----T-TAGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATC----TGT-A-----AT-----AT-T----GTT--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163372 : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-AA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CAAAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GAAGAAGAATTATAAAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCAAAT-G---TT----T-TTGACAAA-AG------T-TGT--TATAT-AT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163373 : AATCAATGTTGTTATCTTGTATATTTA-A---CGA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTA--TAT---C--GTGTT-TA--GGAGAGGAACTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAA-A---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---G-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAT--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163374 : AATCAATGTTGTAATCGTGCATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGATGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-ATTTCAT-----T-C---CT----T-TTGACAAC-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GCA--AG--ATATTC---------TAAATTA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163375 : AATTAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--TCAC-AC--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--TGAAAGGACTTCTTTAAG-C----TT--G----T-CTTTCATGCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-C-------C-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AA-T----GTA--AG--CTATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163376 : AATCAATGTAGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCAC-AT--TCGTCAT-CACAGTTT-GT-GTAGTTG--TAT---T--GTATC-TATAGTAAAGGAATTCTATAAA-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGATAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----CGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATTA--AA-TATA-TTTTAACCAA
gi|163377 : ATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AC--TTGTTAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TTT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTATATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCAAAT-T---GT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--TATAT-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATGTTTTAAACCAA
gi|163378 : ATGTTCTTATCTTGTAAACTAT-A---CTA-GA-----AAC--TGAC-AT--T-GTTAT-AATTTTTTTGT-GTAATTA--TAT---T--GTATC-AA--GGAAAGTAATTCCATAAG-C-------------T-ATTTCGTTCCAAT-C---CC----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AT---ATA----TAT-C-----AT-----AT-
gi|163379 : ATGTTGCTATCTTGTATACTAT-A---CTA-AG-----AAT--CCAC-AA--TTTTCAT-CAACTTTT-GT-GTAATCA--TGT---T--GTATT-AC--ACAGAAAAATTGTATAAA-C----GT--G----T-C
gi|163380 : TGTTGTTATCTTGCATACTTA-A---CTT-GA-----AAT--ACAT-AC--ATGTTAT-CACATTTT-GT-GGAATTG--TAT---T--GTATC-TA--TGAGAGAAATTCTATTAT-C----TT--G----A-TTCTAATTCCAAC-C---CT----T-TTGAAAAACA-------C-AGT--T---T-GTACATAAAA---GTA----TGT-A-----AT-----AT-T----GCA--AG--ATGTGT---------GAAAGAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163381 : TGTTGTTATTTTTTTTATTTG-ATATCTG-GATTGTAAAT--CCGT-ATGATCTTTATGCATAATA-------AATCA--AATCTCT--GTAT----------AGGAATTCTATAAG-G----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---TT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GCAATAA--AA-TAT--TTTAAA
gi|163382 : TTTTTTTTTATACTAG-A---ATA-GA-----AAT--CCAC-AT--TTGTCAA-ACTA-TTT-AT-GTAGTCA--TAT---T--GTAAT-GG--AGGGGGGAATTCTATAAC-T----TT--G------------------------CT----T-GT---AAA-------------T--A---T-GT------AA---AT-----T---------AT-----AT-T----GTA--AAATATATTC----------AAATAA--AA-TTTG-TTTAAACC
gi|163383 : ATATTTATA---CTGCGA-----ACTTACCGCTAT--TTA--AT-CATAAC--------AATTG--TAT---T-----CT-T---GGATAAGTACTTTATAAG-A----TTC-A----T-CTTTCGTTCTGAT-CATATT----T-TT-------A-------T-TGT--T---TCAC------AA---ATA----TGT-T-----AT-----AT-T----GTA--A---AGAGTA---------AAAATAA--GA-TATG-TTTTAACTAA
gi|163384 : A-A---CTA-GA-----AAT--CCAC-AA--GAGCTAT-C----TTT--T-GT--TTT--TAT---T--TTACG-AA--GGAGAGGCATTCTATAAG-C----TT--G----C-CGTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACTAA-A-------T-TGA--T---T-GT-----------ATA----TGT-A-----AT-----CC-T----GTA--AA--ATATTT---------CAATTAA--AA-TATG-TTGAAACCAA
gi|163385 : -AT--TTG--AT-CTTTGTT--GT-GCTATTG--TAG---T--GTATT-TA--GGGGAGGAGTTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAATGG---CT----T-TTGAC-AA-A-------T-TGT--T---T-GT------AC---AT---------------AT-----AC-T----GTA--AT--ATGTTC---------AAA
gi|163386 : T--TTTTCATTCAC--TTT-GTTGTAATCAATTAT---TTCACATT-TC--GGGTAAGAACTCTATACG-A----TTCAA----T-CATTCCTTCTGAT-C---CT----T-T---CCAT-A-------T-TGT--G---T-AC------AA---ACACAT-TGT-A-----AT-----GT-T----GTA--A----TATGC---------GAAATAA--AAATATG-TTTAAACTAA
gi|163387 : GTTT-GT-ATAAGT---TAC---T--G------A--GGAGAGAAACTATATAAG-AAATATT--G----T-CTTTCGTTTCAAT-C---CT----T-TT-ACTAA-A-------TATG---T---T-GTG-----GA---ATA----TGC-T-----GT-----A--C----ATA--AT--TTAT------------GAAT-A--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163388 : TT-GT-GTAAGTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGATTTCTATAAG-A----AT--G----T-CTTTTATTCAAAT-C---CT----T-TTGACAAC-A-------T-TGA--T---C-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-TCGAAATA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAATCAA
gi|163389 : T---T--GTATTCTT--GGATAAGAACATTATAAG-A----TTTAA----T-TTTTCGTTCTGAT-C---CT----A-TTCTTA-----------T-TGT--T---TCAC------AA---ATA----TGTTATT---AT-----AG-T----GTA--A---AGATTT---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163390 : --GTTTT-TA--GGAGAGAAAGTCTATAAG-C----TT--A----T-ACTTCATTCCAAC-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----CT-----GT-T----GTA--AG--ATATTC---------GTAAT-A--AA-TATA-TTTAAGCCAA
gi|163391 : TATT-TT--GGAGAAGAACTTTATACG-A----AT--GGTATT-TTTTCATTCTAAT-C---CT----T-T-----AT-A-------T-T----T---T-GA------AA---A-A----TGT-A-----ATTATTTATCT----GCA--A---ATACTG---------GGAATAA--AA-TATC-TTTAAACCAA
gi|163392 : ATC-TA--ACAGGGGAATTATATAAG-C----TT--A----T-CTTTCATGTCAGT-C---AT----T-TCAAC------------T-TGC--T---T-AT------AA---AT----------------------------------------TATTT---------GAAATAG--AA-TATA-TTTAAACTAA
gi|163393 : T-CA--GGAGAGGAATTCTGTAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACTAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AC-----AT-T----GTA--AG--ATATCC---------GAAATAA--AA-TATG-CTTAAACCAA
gi|163394 : T-TA--AGAGAGCAGTTCTAAACG-C----TT--C----T-TATTCATTCCAAT-C---AT----T-CCGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-T-----AT-----AT-T----GTA--AG--GTATTC---------GAAATAA--AA-TATT-TTTAAACC
gi|163395 : T-TA--GGAGAGGAGTTCT-------------------------TCATTCCAAT-C---CT----T-TTCACAAA-A-------T-TGT--T---G-GT------AA---ATAATTATGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTT---------GAAATAA--AA-TACG-TTTAAACCAA
gi|163396 : T-TA--AGTGAGGAATTATATAAG-C----CT--G----T-TTTCCAATCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-CT------AA---ATA----TGT-T-----CT-----AT-G----GTA--AG--ATATTT---------GAAATAT--AA-TATG-TATAAATTAA
gi|163397 : -TA--GAAGAGGAATGATATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTAACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TAT-A-----TT-----AT-T----GTA--AG--ATAGTC---------GAACT-A--AA-TATG-TTTAATTCAA
gi|163398 : A--GAAAAAAAACTCTATAAGGT----TT--A----T-CTTCCGTTCTAAT-C---CT----TATTTATAA----------T-TAT--T---C--T------GATTCGTA----TGT-A---------------T----GTA--A-----ATTT---------GAAAAAATAAA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163399 : A--GGAGAGGAATTCTACATG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-T-GACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTT---------GACATAC--AA-TATG-TTTAGA
gi|163400 : A--GGAGAGGAATTCAATAAG-C----TT---------------------T-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TCT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163401 : A--GGAGATGAATTATAAAAG-C----TT--G----T-CTTTTATTCCAAT-C---AT----T-TTGAC----ATTTTTTTT-TTT--T---T-GC------AA---ATG----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AA--ATCTTC---------G-AATAG--AA-TATG-TTTAGATTAA
gi|163402 : A--GGAAGGGCGCTCAATAAG-CA---TT--A----TGCTTTCGTTCTAAT-C---CTAATAT-TTG--------------T-TGTCAT---T-GT------AA---ATA----TAT-ATACATAC-----AT-T----GTA--A---ATGTCA---------TGAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163403 : A--GGAGAAGAACATCATAAG-CA---TT--A----TGCTTCCGTTCTAAT-C---CT----T-TTTCTATT-A-------T-TGT--------AT------AC---ACT----TGT-A-----AT-----AC-T----GTATAAA--ATGTACTTATATTGAGAAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163404 : AA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------TAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
Alignments
lowQualScore : 2 444 2 66666 33 2 33 4 1 4 2 22 333 22 1 11 1 4444 44 2222 2 1 222 2222 1 0 0 1 5555555 1 11 444 2 444444 222 4444 1 44444 22222 1 2222 11 555 444444444 11 1 1
lowQualScore : . ... . ..... .. . .. . . . . .. ... .. . .. . .... .. .... . . ... .... . . . . ....... . .. ... . ...... ... .... . ..... ..... . .... .. ... ......... .. . .
lowQualScore : 7 777 7 77777 77 5 22 7 5 2 1 99 555 66 4 66 2 9999 44 5555 4 2 111 6666 2 1 7 2 0000000 2 66 111 4 666666 111 6666 2 66666 99999 2 6666 77 000 888888888 77 2 2
consensus : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
Reference ( family-598 ) : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163370 : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--GTATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163371 : AATCGATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--CTGTCAT-CATAGTTTTGT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-A----TT--G----T-CTTTCATTCATAT-C---CT----T-TAGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATC----TGT-A-----AT-----AT-T----GTT--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163372 : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-AA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CAAAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GAAGAAGAATTATAAAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCAAAT-G---TT----T-TTGACAAA-AG------T-TGT--TATAT-AT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163373 : AATCAATGTTGTTATCTTGTATATTTA-A---CGA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTA--TAT---C--GTGTT-TA--GGAGAGGAACTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAA-A---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---G-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAT--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163374 : AATCAATGTTGTAATCGTGCATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGATGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-ATTTCAT-----T-C---CT----T-TTGACAAC-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GCA--AG--ATATTC---------TAAATTA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163375 : AATTAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--TCAC-AC--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--TGAAAGGACTTCTTTAAG-C----TT--G----T-CTTTCATGCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-C-------C-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AA-T----GTA--AG--CTATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163376 : AATCAATGTAGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCAC-AT--TCGTCAT-CACAGTTT-GT-GTAGTTG--TAT---T--GTATC-TATAGTAAAGGAATTCTATAAA-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGATAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----CGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATTA--AA-TATA-TTTTAACCAA
gi|163377 : ATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AC--TTGTTAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TTT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTATATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCAAAT-T---GT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--TATAT-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATGTTTTAAACCAA
gi|163378 : ATGTTCTTATCTTGTAAACTAT-A---CTA-GA-----AAC--TGAC-AT--T-GTTAT-AATTTTTTTGT-GTAATTA--TAT---T--GTATC-AA--GGAAAGTAATTCCATAAG-C-------------T-ATTTCGTTCCAAT-C---CC----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AT---ATA----TAT-C-----AT-----AT-
gi|163379 : ATGTTGCTATCTTGTATACTAT-A---CTA-AG-----AAT--CCAC-AA--TTTTCAT-CAACTTTT-GT-GTAATCA--TGT---T--GTATT-AC--ACAGAAAAATTGTATAAA-C----GT--G----T-C
gi|163380 : TGTTGTTATCTTGCATACTTA-A---CTT-GA-----AAT--ACAT-AC--ATGTTAT-CACATTTT-GT-GGAATTG--TAT---T--GTATC-TA--TGAGAGAAATTCTATTAT-C----TT--G----A-TTCTAATTCCAAC-C---CT----T-TTGAAAAACA-------C-AGT--T---T-GTACATAAAA---GTA----TGT-A-----AT-----AT-T----GCA--AG--ATGTGT---------GAAAGAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163381 : TGTTGTTATTTTTTTTATTTG-ATATCTG-GATTGTAAAT--CCGT-ATGATCTTTATGCATAATA-------AATCA--AATCTCT--GTAT----------AGGAATTCTATAAG-G----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---TT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GCAATAA--AA-TAT--TTTAAA
gi|163382 : TTTTTTTTTATACTAG-A---ATA-GA-----AAT--CCAC-AT--TTGTCAA-ACTA-TTT-AT-GTAGTCA--TAT---T--GTAAT-GG--AGGGGGGAATTCTATAAC-T----TT--G------------------------CT----T-GT---AAA-------------T--A---T-GT------AA---AT-----T---------AT-----AT-T----GTA--AAATATATTC----------AAATAA--AA-TTTG-TTTAAACC
gi|163383 : ATATTTATA---CTGCGA-----ACTTACCGCTAT--TTA--AT-CATAAC--------AATTG--TAT---T-----CT-T---GGATAAGTACTTTATAAG-A----TTC-A----T-CTTTCGTTCTGAT-CATATT----T-TT-------A-------T-TGT--T---TCAC------AA---ATA----TGT-T-----AT-----AT-T----GTA--A---AGAGTA---------AAAATAA--GA-TATG-TTTTAACTAA
gi|163384 : A-A---CTA-GA-----AAT--CCAC-AA--GAGCTAT-C----TTT--T-GT--TTT--TAT---T--TTACG-AA--GGAGAGGCATTCTATAAG-C----TT--G----C-CGTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACTAA-A-------T-TGA--T---T-GT-----------ATA----TGT-A-----AT-----CC-T----GTA--AA--ATATTT---------CAATTAA--AA-TATG-TTGAAACCAA
gi|163385 : -AT--TTG--AT-CTTTGTT--GT-GCTATTG--TAG---T--GTATT-TA--GGGGAGGAGTTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAATGG---CT----T-TTGAC-AA-A-------T-TGT--T---T-GT------AC---AT---------------AT-----AC-T----GTA--AT--ATGTTC---------AAA
gi|163386 : T--TTTTCATTCAC--TTT-GTTGTAATCAATTAT---TTCACATT-TC--GGGTAAGAACTCTATACG-A----TTCAA----T-CATTCCTTCTGAT-C---CT----T-T---CCAT-A-------T-TGT--G---T-AC------AA---ACACAT-TGT-A-----AT-----GT-T----GTA--A----TATGC---------GAAATAA--AAATATG-TTTAAACTAA
gi|163387 : GTTT-GT-ATAAGT---TAC---T--G------A--GGAGAGAAACTATATAAG-AAATATT--G----T-CTTTCGTTTCAAT-C---CT----T-TT-ACTAA-A-------TATG---T---T-GTG-----GA---ATA----TGC-T-----GT-----A--C----ATA--AT--TTAT------------GAAT-A--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163388 : TT-GT-GTAAGTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGATTTCTATAAG-A----AT--G----T-CTTTTATTCAAAT-C---CT----T-TTGACAAC-A-------T-TGA--T---C-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-TCGAAATA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAATCAA
gi|163389 : T---T--GTATTCTT--GGATAAGAACATTATAAG-A----TTTAA----T-TTTTCGTTCTGAT-C---CT----A-TTCTTA-----------T-TGT--T---TCAC------AA---ATA----TGTTATT---AT-----AG-T----GTA--A---AGATTT---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163390 : --GTTTT-TA--GGAGAGAAAGTCTATAAG-C----TT--A----T-ACTTCATTCCAAC-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----CT-----GT-T----GTA--AG--ATATTC---------GTAAT-A--AA-TATA-TTTAAGCCAA
gi|163391 : TATT-TT--GGAGAAGAACTTTATACG-A----AT--GGTATT-TTTTCATTCTAAT-C---CT----T-T-----AT-A-------T-T----T---T-GA------AA---A-A----TGT-A-----ATTATTTATCT----GCA--A---ATACTG---------GGAATAA--AA-TATC-TTTAAACCAA
gi|163392 : ATC-TA--ACAGGGGAATTATATAAG-C----TT--A----T-CTTTCATGTCAGT-C---AT----T-TCAAC------------T-TGC--T---T-AT------AA---AT----------------------------------------TATTT---------GAAATAG--AA-TATA-TTTAAACTAA
gi|163393 : T-CA--GGAGAGGAATTCTGTAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACTAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AC-----AT-T----GTA--AG--ATATCC---------GAAATAA--AA-TATG-CTTAAACCAA
gi|163394 : T-TA--AGAGAGCAGTTCTAAACG-C----TT--C----T-TATTCATTCCAAT-C---AT----T-CCGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-T-----AT-----AT-T----GTA--AG--GTATTC---------GAAATAA--AA-TATT-TTTAAACC
gi|163395 : T-TA--GGAGAGGAGTTCT-------------------------TCATTCCAAT-C---CT----T-TTCACAAA-A-------T-TGT--T---G-GT------AA---ATAATTATGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTT---------GAAATAA--AA-TACG-TTTAAACCAA
gi|163396 : T-TA--AGTGAGGAATTATATAAG-C----CT--G----T-TTTCCAATCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-CT------AA---ATA----TGT-T-----CT-----AT-G----GTA--AG--ATATTT---------GAAATAT--AA-TATG-TATAAATTAA
gi|163397 : -TA--GAAGAGGAATGATATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTAACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TAT-A-----TT-----AT-T----GTA--AG--ATAGTC---------GAACT-A--AA-TATG-TTTAATTCAA
gi|163398 : A--GAAAAAAAACTCTATAAGGT----TT--A----T-CTTCCGTTCTAAT-C---CT----TATTTATAA----------T-TAT--T---C--T------GATTCGTA----TGT-A---------------T----GTA--A-----ATTT---------GAAAAAATAAA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163399 : A--GGAGAGGAATTCTACATG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-T-GACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTT---------GACATAC--AA-TATG-TTTAGA
gi|163400 : A--GGAGAGGAATTCAATAAG-C----TT---------------------T-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TCT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163401 : A--GGAGATGAATTATAAAAG-C----TT--G----T-CTTTTATTCCAAT-C---AT----T-TTGAC----ATTTTTTTT-TTT--T---T-GC------AA---ATG----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AA--ATCTTC---------G-AATAG--AA-TATG-TTTAGATTAA
gi|163402 : A--GGAAGGGCGCTCAATAAG-CA---TT--A----TGCTTTCGTTCTAAT-C---CTAATAT-TTG--------------T-TGTCAT---T-GT------AA---ATA----TAT-ATACATAC-----AT-T----GTA--A---ATGTCA---------TGAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163403 : A--GGAGAAGAACATCATAAG-CA---TT--A----TGCTTCCGTTCTAAT-C---CT----T-TTTCTATT-A-------T-TGT--------AT------AC---ACT----TGT-A-----AT-----AC-T----GTATAAA--ATGTACTTATATTGAGAAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163404 : AA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------TAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
blockSeqs : T TAT C TTGTA TA T GA G G T T AT CTC TC C TA G AATA CA GTAT G G ATA AATA A C TTTTTTT A CA ATA C ACATAA TTC ATTA T TACAT TATTT C CGAA TA AAT TTATATTGA TA A T
blockSeqs : . . . . . . . T G T . . . . . . . A TA . G . . . . . G . . ATA C G . CAT . TT . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . A C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
finalCons : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
Alignments
lowQualScore : 2 444 2 66666 33 2 33 4 1 4 2 22 333 22 1 11 1 4444 44 2222 2 1 222 2222 1 0 0 1 5555555 1 11 444 2 444444 222 4444 1 44444 22222 1 2222 11 555 444444444 11 1 1
lowQualScore : . ... . ..... .. . .. . . . . .. ... .. . .. . .... .. .... . . ... .... . . . . ....... . .. ... . ...... ... .... . ..... ..... . .... .. ... ......... .. . .
lowQualScore : 7 777 7 77777 77 5 22 7 5 2 1 99 555 66 4 66 2 9999 44 5555 4 2 111 6666 2 1 7 2 0000000 2 66 111 4 666666 111 6666 2 66666 99999 2 6666 77 000 888888888 77 2 2
consensus : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
Reference ( family-598 ) : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163370 : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--GTATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163371 : AATCGATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--CTGTCAT-CATAGTTTTGT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTCTATAAG-A----TT--G----T-CTTTCATTCATAT-C---CT----T-TAGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATC----TGT-A-----AT-----AT-T----GTT--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163372 : AATCAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-AA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CAAAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GAAGAAGAATTATAAAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCAAAT-G---TT----T-TTGACAAA-AG------T-TGT--TATAT-AT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163373 : AATCAATGTTGTTATCTTGTATATTTA-A---CGA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTA--TAT---C--GTGTT-TA--GGAGAGGAACTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAA-A---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---G-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAT--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163374 : AATCAATGTTGTAATCGTGCATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AT--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGATGAATTCTATAAG-C----TT--G----T-ATTTCAT-----T-C---CT----T-TTGACAAC-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GCA--AG--ATATTC---------TAAATTA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163375 : AATTAATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--TCAC-AC--TTGTCAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TAT---T--GTATT-TA--TGAAAGGACTTCTTTAAG-C----TT--G----T-CTTTCATGCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-C-------C-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AA-T----GTA--AG--CTATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163376 : AATCAATGTAGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCAC-AT--TCGTCAT-CACAGTTT-GT-GTAGTTG--TAT---T--GTATC-TATAGTAAAGGAATTCTATAAA-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGATAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----CGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATTA--AA-TATA-TTTTAACCAA
gi|163377 : ATGTTGTTATCTTGTATACTTA-A---CTA-GA-----AAT--CCGC-AC--TTGTTAT-CATAGTTT-GT-GTAATTG--TTT---T--GTATT-TA--GGAGAGGAATTATATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCAAAT-T---GT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--TATAT-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATGTTTTAAACCAA
gi|163378 : ATGTTCTTATCTTGTAAACTAT-A---CTA-GA-----AAC--TGAC-AT--T-GTTAT-AATTTTTTTGT-GTAATTA--TAT---T--GTATC-AA--GGAAAGTAATTCCATAAG-C-------------T-ATTTCGTTCCAAT-C---CC----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AT---ATA----TAT-C-----AT-----AT-
gi|163379 : ATGTTGCTATCTTGTATACTAT-A---CTA-AG-----AAT--CCAC-AA--TTTTCAT-CAACTTTT-GT-GTAATCA--TGT---T--GTATT-AC--ACAGAAAAATTGTATAAA-C----GT--G----T-C
gi|163380 : TGTTGTTATCTTGCATACTTA-A---CTT-GA-----AAT--ACAT-AC--ATGTTAT-CACATTTT-GT-GGAATTG--TAT---T--GTATC-TA--TGAGAGAAATTCTATTAT-C----TT--G----A-TTCTAATTCCAAC-C---CT----T-TTGAAAAACA-------C-AGT--T---T-GTACATAAAA---GTA----TGT-A-----AT-----AT-T----GCA--AG--ATGTGT---------GAAAGAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163381 : TGTTGTTATTTTTTTTATTTG-ATATCTG-GATTGTAAAT--CCGT-ATGATCTTTATGCATAATA-------AATCA--AATCTCT--GTAT----------AGGAATTCTATAAG-G----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---TT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GCAATAA--AA-TAT--TTTAAA
gi|163382 : TTTTTTTTTATACTAG-A---ATA-GA-----AAT--CCAC-AT--TTGTCAA-ACTA-TTT-AT-GTAGTCA--TAT---T--GTAAT-GG--AGGGGGGAATTCTATAAC-T----TT--G------------------------CT----T-GT---AAA-------------T--A---T-GT------AA---AT-----T---------AT-----AT-T----GTA--AAATATATTC----------AAATAA--AA-TTTG-TTTAAACC
gi|163383 : ATATTTATA---CTGCGA-----ACTTACCGCTAT--TTA--AT-CATAAC--------AATTG--TAT---T-----CT-T---GGATAAGTACTTTATAAG-A----TTC-A----T-CTTTCGTTCTGAT-CATATT----T-TT-------A-------T-TGT--T---TCAC------AA---ATA----TGT-T-----AT-----AT-T----GTA--A---AGAGTA---------AAAATAA--GA-TATG-TTTTAACTAA
gi|163384 : A-A---CTA-GA-----AAT--CCAC-AA--GAGCTAT-C----TTT--T-GT--TTT--TAT---T--TTACG-AA--GGAGAGGCATTCTATAAG-C----TT--G----C-CGTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACTAA-A-------T-TGA--T---T-GT-----------ATA----TGT-A-----AT-----CC-T----GTA--AA--ATATTT---------CAATTAA--AA-TATG-TTGAAACCAA
gi|163385 : -AT--TTG--AT-CTTTGTT--GT-GCTATTG--TAG---T--GTATT-TA--GGGGAGGAGTTCTATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAATGG---CT----T-TTGAC-AA-A-------T-TGT--T---T-GT------AC---AT---------------AT-----AC-T----GTA--AT--ATGTTC---------AAA
gi|163386 : T--TTTTCATTCAC--TTT-GTTGTAATCAATTAT---TTCACATT-TC--GGGTAAGAACTCTATACG-A----TTCAA----T-CATTCCTTCTGAT-C---CT----T-T---CCAT-A-------T-TGT--G---T-AC------AA---ACACAT-TGT-A-----AT-----GT-T----GTA--A----TATGC---------GAAATAA--AAATATG-TTTAAACTAA
gi|163387 : GTTT-GT-ATAAGT---TAC---T--G------A--GGAGAGAAACTATATAAG-AAATATT--G----T-CTTTCGTTTCAAT-C---CT----T-TT-ACTAA-A-------TATG---T---T-GTG-----GA---ATA----TGC-T-----GT-----A--C----ATA--AT--TTAT------------GAAT-A--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163388 : TT-GT-GTAAGTG--TAT---T--GTATT-TA--GGAGAGGATTTCTATAAG-A----AT--G----T-CTTTTATTCAAAT-C---CT----T-TTGACAAC-A-------T-TGA--T---C-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-TCGAAATA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAATCAA
gi|163389 : T---T--GTATTCTT--GGATAAGAACATTATAAG-A----TTTAA----T-TTTTCGTTCTGAT-C---CT----A-TTCTTA-----------T-TGT--T---TCAC------AA---ATA----TGTTATT---AT-----AG-T----GTA--A---AGATTT---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163390 : --GTTTT-TA--GGAGAGAAAGTCTATAAG-C----TT--A----T-ACTTCATTCCAAC-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----CT-----GT-T----GTA--AG--ATATTC---------GTAAT-A--AA-TATA-TTTAAGCCAA
gi|163391 : TATT-TT--GGAGAAGAACTTTATACG-A----AT--GGTATT-TTTTCATTCTAAT-C---CT----T-T-----AT-A-------T-T----T---T-GA------AA---A-A----TGT-A-----ATTATTTATCT----GCA--A---ATACTG---------GGAATAA--AA-TATC-TTTAAACCAA
gi|163392 : ATC-TA--ACAGGGGAATTATATAAG-C----TT--A----T-CTTTCATGTCAGT-C---AT----T-TCAAC------------T-TGC--T---T-AT------AA---AT----------------------------------------TATTT---------GAAATAG--AA-TATA-TTTAAACTAA
gi|163393 : T-CA--GGAGAGGAATTCTGTAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTGACTAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AC-----AT-T----GTA--AG--ATATCC---------GAAATAA--AA-TATG-CTTAAACCAA
gi|163394 : T-TA--AGAGAGCAGTTCTAAACG-C----TT--C----T-TATTCATTCCAAT-C---AT----T-CCGACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-T-----AT-----AT-T----GTA--AG--GTATTC---------GAAATAA--AA-TATT-TTTAAACC
gi|163395 : T-TA--GGAGAGGAGTTCT-------------------------TCATTCCAAT-C---CT----T-TTCACAAA-A-------T-TGT--T---G-GT------AA---ATAATTATGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTT---------GAAATAA--AA-TACG-TTTAAACCAA
gi|163396 : T-TA--AGTGAGGAATTATATAAG-C----CT--G----T-TTTCCAATCCAAT-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TGT--T---T-CT------AA---ATA----TGT-T-----CT-----AT-G----GTA--AG--ATATTT---------GAAATAT--AA-TATG-TATAAATTAA
gi|163397 : -TA--GAAGAGGAATGATATAAG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-TTAACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TAT-A-----TT-----AT-T----GTA--AG--ATAGTC---------GAACT-A--AA-TATG-TTTAATTCAA
gi|163398 : A--GAAAAAAAACTCTATAAGGT----TT--A----T-CTTCCGTTCTAAT-C---CT----TATTTATAA----------T-TAT--T---C--T------GATTCGTA----TGT-A---------------T----GTA--A-----ATTT---------GAAAAAATAAA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163399 : A--GGAGAGGAATTCTACATG-C----TT--G----T-CTTTCATTCCAAT-C---CT----T-T-GACAAA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTT---------GACATAC--AA-TATG-TTTAGA
gi|163400 : A--GGAGAGGAATTCAATAAG-C----TT---------------------T-C---CT----T-TTGACAAA-A-------T-TCT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------GAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA
gi|163401 : A--GGAGATGAATTATAAAAG-C----TT--G----T-CTTTTATTCCAAT-C---AT----T-TTGAC----ATTTTTTTT-TTT--T---T-GC------AA---ATG----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AA--ATCTTC---------G-AATAG--AA-TATG-TTTAGATTAA
gi|163402 : A--GGAAGGGCGCTCAATAAG-CA---TT--A----TGCTTTCGTTCTAAT-C---CTAATAT-TTG--------------T-TGTCAT---T-GT------AA---ATA----TAT-ATACATAC-----AT-T----GTA--A---ATGTCA---------TGAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163403 : A--GGAGAAGAACATCATAAG-CA---TT--A----TGCTTCCGTTCTAAT-C---CT----T-TTTCTATT-A-------T-TGT--------AT------AC---ACT----TGT-A-----AT-----AC-T----GTATAAA--ATGTACTTATATTGAGAAATAA--AA-TATG-TTTAAACTAA
gi|163404 : AA-A-------T-TGT--T---T-GT------AA---ATA----TGT-A-----AT-----AT-T----GTA--AG--ATATTC---------TAAATAA--AA-TATG-TTTAAACCAA