lowQualScore                  :                                          1                          1       333333    111                                    1                                                                                           11111                                        
lowQualScore                  :              22  5          1    444444  2    6        6 2222    11 9  33 1 000000 1  000    444444                          3   33333  1    11      11 1 11  2222            1      1  2222  1 33333     66666666666    00000  1            2222    11 11            
lowQualScore                  :              ..  .          .    ......  .    .        . ....    .. .  .. . ...... .  ...    ......                          .   .....  .    ..      .. . ..  ....            .      .  ....  . .....     ...........    .....  .            ....    .. ..            
lowQualScore                  :              22  3          5    333333  5    4        0 9999    99 7  00 4 000000 4  333    000000                          4   33333  3    88      88 3 88  7777            2      3  8888  3 33333     33333333333    33333  3            8888    88 88            
consensus                     : ATAACCCTAAATA--CTNCAATTGCATG-ACTA------GAATAATATAAGTTGGTC----AAGC--AATATCA-AG--AAAT-ACT--AATT------AAACATTACCTGAAATAATTCCAGCAAGAA-----TT-TAAA--ATATAG--T-G--TA----AGCTATAGTTGA-GATGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-N---TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
Reference ( gi|83195 )        : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATG-ACTA------GACTAATGTAAGTTGGCC----AAGC--AATACTA-AT--A--T-ACA--AATT------AAACATTACCTGAAATAATTCCAGCATGAA-----TT-TAAA--ATATAG--T-G--TA----AGCTATAGTTGA-GATGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-T---TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATACA
gi|83196                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATG-ACTA------GAATAATATAAATTGGTC----AAAC--AATACTA-AT--A--T-ACA--AATT------AAACATTACCTGAAATAATTCCAGCAGGAA-----TT-TAAA--ATATAG--T-G--TA----AGCTGTAGTTGA-GATGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-A---TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATAAGTGATACA
gi|83199                      : ATAACCCTAAATA--TTTCAATTGCATG-ACTA------GTATAATATAAGTTGGTC----AAGC--AATACTA-AC--A--C-AAA--AATT------AAACATTACCTGAAATAATTCCAGCAAGAA-----TT-TAAA--ACAAAT--T-T--TA----AGCTATAGTTGA-GATGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-T---TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGTGATACAt
gi|83200                      : ATAACTCTAAATA--CTTCAATTGCATG-ACTA------GAATAATATAAGTTGGTC----AAGC--AATACTA-AA--A--T-ACA--AATT------AAACATAACTTGATCTAATTCCAGCAAGAA-----AT-TAAA--CTATTG--T-G--TA----AGCTATAGTTGA-GATGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-T---TA-GTTTAACAATGT----TTTA--C--ATATGTGATACA
gi|83202                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATG-ACTG------GAATAATATAAATAAGTC----AAGC--AATACTA-AT--T--T-ACA--AATT------AAACATTACCTGAAATAATTCCAACAAGAA------A-AAAA--ATATAG--T-G--TA----AGCTATAGTTGA-GATGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-A---TA-GCTTATCAATGT----TTTA--C--ATAAGCGAT
gi|83206                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGAATG-GCAA------GAATAATATAAATTGGTC----AACC--AATACTA-AT--A--T-ACA--AATT------AATCATAACCCAATGTAATTCCAGCAAGAA-----TT-TAAA--ATATAG--T-G--AA----AGCTATAGTTGA-ATTGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-T---TT-GCTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATACA
gi|83193                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTACATG-ACTA------GACTAATATAAGTTGGTC----AAGC--AATACCA-AT--A--T-ACA--AATT------AAACATTACCTGAAATAATTCCAGCAAGAA-----TT-TAAA--ATATAG--T-G--TA----AGCTACAGTTGA-GATGAT-TT----TC--------ATTC-----------AA--------A-GTTGTTCAGTTT----TATA--C--ATAT
gi|83198                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATCGCATG-ACTA------GGTTGATATTAGTTTATC----AAGC--A-TGTCA-AG--AAAT-ACT--AATT------AAACATTACCTGAAATAATTCCAGTAAGAA-----TT-TTAA--ATACAG--T-G--TA----AGCTATAGTTGA-GATGA--------TC-T-----GTTTC-----------AAGA-T---TA-GTTTATCAATGT----TTTA--T--ATATGCGATACAatgtata
gi|83192                      : ACAACCCTAAATA--TTTCAATTGCATG-ACTA------AAACAATATAAATTGGTC----AAGC--A-TATCG-AG--AAAT-ACT--AATT------TAACATTATCTGAAATAATTCCAGCAATAA-----TT-TAAA--ATATAG--T-G--TA----AGTCATAGTTGA-GATGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGAGT---TACGTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83194                      : ATAATCCTAAATA--TTACAATTGCATG-AATA------GAATAATGTAAGTAGGTC----AAGC--A-TATCA-AG--AAAT-ACT--AATT------AAACATTATCTGAAATAAGTCTAGCAAGAA-----TT-TAAA--ATATAG--T-G--TA----AGCTGTAGTTCA-GATGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-G---TA-GTTTATCAATGT----TTTA--CATATATGCGATATAt
gi|83197                      : ATTACCCTAAATA--CTACAATTGCATG-ACAG------GAATAAAATAAGTTGGTC----AAGC--A-TATCA-AG--AAAT-ACT--AATC------AAACATTACCTGAAATAATTCTAGCAAGAA-----TT--AAA--ATAAAT--T-A--TA----AGCTATAGTTGA-GATGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-G---TA-GTGTATCAATG-----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83201                      : ATAGCCCTAAATA--CTGCAACTGCATA-ACTA------GAATAATATAACTTGGTC----AAACTTAACAAAA-AT-----T-ACC--ATTT------AAACATTAGCTGAAATAATATCAACAAGTA-----TT-TAAA--ATATAG--T-G--TA----ATCTATAGTTGA-GATGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AGGA-G---TA-GTTTATCGATGT----TTTA--C--ATATGCGATATAt
gi|83203                      : ATTACCCTAAATA--CTATAAATGCAGG-ACTA------GAATAATATAAGTTGGTC----AAGC--A-TATCA-AG--A--A-ACACTAATT------AAACATTATCTAAAACAATTCAAGCAAGAA-----TT-TAAA--ATATCT--T-G--TA----AGCCATAGTTCA-GATGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-G---TA-GTT-----ATGC----TTGA--C--ATATGCAATATAt
gi|83205                      : ATGATCCTTAATA--CTGCAATTGCATG-AATA------GAATAACATAAGTTGGTC----AAGC--A-TACAAGAA--A--T-ATT--AATT------AAACATTACATGAAATAATTCCAGCAAGAA-----TT-TAAA--ATATAG--T-G--TA----AGCTAGAGTTGA-AATGAT-CT----TC---------------------------------A-GTT-ATCAATGT----TTTA--C--ACATGTGATAt
gi|83204                      : ATAACCCTAAATA--CTACAACTGCATG-ACTA------AAATAATATAAGTTGGTA----AAGC--A-TATCA-AG--AATT-TCT--AATT------AAACATGACCTGAATTAATTCCAGCAAGAA-----TT-TAAA--ATAAAG--T-G--CA----AG------------ATGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-G---TA-ATTTATCAATGT----TTTA--C--ATATAC
gi|83208                      : ATAACTCCAAATA--CTTCAGTTGCATG-TCAA------GAATAATATACGTTGGTC----AAGC--AATACT-------------------T------A--CATTACCTGAAATTATTCCACCAGAGA-----TT-TAAA--ATATAG--T-G--TA----AGCTATAGTTGA-GATGAT-TT----TG-T-----GTTTC-----------AAG-------A-GT-------TGG----TTTA--C--ATGTGCGATACA
gi|83207                      : ATTACCCTAAATA--CTACAGTTGCATG-ACTA------GAATAATAGAAGTTGTTC----AAGC--A-TATCA-AG--AAAT-ACT--AATT------AAACATTATCTGAAATAATTCCAGCAAGAA-----GT-TAAA--ATAT-----------------TTATAGT--A-----------------------GTTT----------------------------ATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83209                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATG-ACGA------AACCAATATAAGTTGGTC----AAGC--AATATTA-At
gi|83210                      : ATAACCCTAAATA--TTGCAATTGCATG-AATA------GAATAATTTA
gi|83211                      :  TAACC-TAAATA--CTACAATTACATT-ACTA------GAATAATATAAGTTGGTC----AAGC--A--------T--A--TCACT--AATT------AAACATTACCTGAAATAAATCCAGCAAGAA-----TT-TAAA--ATATAG--T-G--TA----AGTTATAGTTGA-GATAA--------TC-T-----GTTTCAAAACAGAAGAAAAA-T---TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATAgtcgaggatatcacgaagaactaatttaata
gi|83212                      :  TAACCCTTATTA--CTACAATTGCA-----------------------AG---GTC----AAGC--A-TATCA-AG--AAAT-ACC--AATT------AAACATTACCTGAAATTATTCCAGCAAGAA-----TT-AAAA--ATATAG--T-G--TA----AGCCATAGTTAA-GACGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-C---TA-GTTTATCAATGT----TTTA--T--AAATACGATATAt
gi|83213                      :    ACCCTAAATA--CTACAATTGCATG-ACTA------GAATGATATAA-----TC----AAGC--A-TATTA-AG--AAAT-GCT--AATT------AAATGTTATTTGAAATAGTTCCAGCAAGAA-----TT-TAAA--ATATAG--T-G--TA----AGC-ATTGTTGA-GAt
gi|83214                      :       CTAAATA--TTACAATTGCATG-GATA------GAATGATATATGTTAGTC----AAGT--A-TATCA-AG--AAAT-ACT--AATT------AAACATTTCCTGAAATAATACCAGCAAGAA-----TT-TAAA--ATATAG--T-T--TA----AGCTATTGCTGA-GCTGA--------TT-T-----GTTTC-----------AGGA-G---TA-GGTTATCAATGT----TTTA--C--ATAT
gi|83215                      :       CTTAATA--CCACAATTGCAT----TA------G-TTGGTCT----TGGTC----AAGC--C-TATCA-AG--AAAT-ACT--AATT------AAACATTACCTGAATTAACTCCAGCAAGAA-----TT-TGAA--ATAAAG--T-G--TA----AGCCAAAGTTAA-CATatatat
gi|83216                      :        TAAATA--CTACAATTGCACG-ACTACCAGTAGAAAAATATAAGTTGGTC----AAGC--A-TATCA-AG--AAAT-ACT--AATT------AAACATTACCTGAAATAATTCCAGCAAGAA-----TT--AAA--ACATAG--T-G--TA----AGCTATAGTTGA-GAAGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-G---TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83217                      :          AATAACCTTAAATTGCATG-AATA------CAATAATATAAGTTGGTC----GAGC--A-TATCA-AG--AAAT-ACT--AATT------AAACATTACCTAAAATAATTGCAGCAAGAA-----TT-TAAA--ATATAG--T-G--TA----AGCTATAGTTGA-GATGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-T---TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCAATATAt
gi|83218                      :                     ATTGCATG-ACTA------GAATAATATAAGTTTGTA----AAGC--AATACTA-AT--A--T-ACA--AATA------AAACATTACCTGAAATAATGCAATTATGCACTACCTT-CGAATCATATGG--TAA--TATACCAGTTCTTGTTAATG--GAT-CTGTAGTCTT-----GTTCC-----------AACA-CATACA-GTTTATCAATGC----TTAA--T--ATt
gi|83219                      :                      TTGCATGAATTA------GAA-AATATAGGTTGCTC----AAGC---ATATCA-AGAAA--T-ACT--AATT------AAAGATTTCAAGAAA-AATT
gi|83220                      :                                           TAATAAAAATTGGTC----AAGC--A-TATCA-AG--A---------AATTCTTTTTAAACATTACCTAAAATAATTCCAGCAAGAA-----TT-TAAA--TTATAG--T-A--TC----AGCTATAGTTGA-GAtatcaaagttttacatat
gi|83222                      :                                              TATAAGTTAGTCTTGAAAGC--A-TATCA-AG--AAAT-ACT--AATT------AAACATTACCTGAAATAATT---ACAT------------------------------TA----AGCTAAAGTTGA-TATGAT-TT----TC-T-----TTATG-----------AAGA-G---TA-GTTTATCAATGT----TTTA--T--ATATGCGATATA
gi|83221                      :                                                 AAGTTGGTC----AATC--AATACTT-AT--A--A-ACA--AATT------AAACATTACCTGAAATAATTCCAGTAAGAA-----TT-TGAA--ATATAA--T-G--TA----AGCTATAGTTGA-GATGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-T---AA-GTGTATCAATGT----TTTA--C--ATATGTGGTACAt
gi|83223                      :                                                                                         aataT------AAACATTACCCGAAATAATTCAAGAAAGAA-----TT-TAAA--ATATAG--T-G--TA----AGCTATAGTTGA-GATGA--------TC-T-----GTTTC-----------AAGA-T---TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATA
gi|83224                      :                                                                                                             taaAAATAATTCCA--AT-AA-----TT-TAAA---TATAG--C-G--TA----AGTTGAAGTTGA-GATGAT-AT----CC-C-----ATTTC-----------AAAA-G---TA-GTTTATCAATGTAACATTTAATC--ATATG
gi|83219                      :                                                                                                                           GCATGAA-----TTAGAAA--ATATAGGTT-GCTCA----AGC-ATA-TCAA-GA-AATACT----AA-TTAAAGATTTC-----------AAGA-A---AA-ATTTATCAAAGT----TTTA--C--ATAT
gi|83225                      :                                                                                                                                         ttAAA--ATATAG--T-G--TA----AGTTATAGCTGA-GAGGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-G---AA-GCTT----ATG-----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83226                      :                                                                                                                                                                      TATAGTTGA-GATGAT-AT----TT-T-----ATTTC-----------AAGA-T---TA-GTTTATCAATGT----TTTG--T--ATATGCGATACAt
gi|83227                      :                                                                                                                                                                            TGA-GATGAT-CT----TC-T-----GTTTC-----------AAGA-G---TA-GTTTCTCAATGT----TTCA--C--ATATACAATA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                     2                                                                                                                    111111111111111                                        
lowQualScore                  :              22  1           1   444444             11     2222     1      0 2    0                           2222               1               555555555     1        2222  1          222222222222222  1            2222    11 11            
lowQualScore                  :              ..  .           .   ......             ..     ....     .      . .    .                           ....               .               .........     .        ....  .          ...............  .            ....    .. ..            
lowQualScore                  :              11  0           4   111111             88     7777     0      5 4    2                           7777               2               000000000     2        8888  3          444444444444444  3            8888    88 88            
consensus                     : ATAACCCTAAATA--CTNCAATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---N-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
Reference ( family-588 )      : ATAACCCTAAATA--CTNCAATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---N-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83192                      : ACAACCCTAAATA--TTTCAATTGCATGA-CTA------AAACAATATAAAT--TGGTC----AAGCA-TATCGAGAAATACTAATTTAACATTATCTGAAATAATTCCA----GCAATAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGTCATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGAG--T-----------TACGTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83193                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTACATGA-CTA------GACTAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATACCAATA--TACAAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTACA---------GTTGA-GATGATTT----TC---ATTCAA------------------A-GTTGTTCAGTTT----TATA--C--ATATATG-TATAt
gi|83194                      : ATAATCCTAAATA--TTACAATTGCATGA-ATA------GAATAATGTAAGT--AGGTC----AAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTATCTGAAATAAGTCTA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTGTA---------GTTCA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---G-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--CATATATGCGATATA
gi|83195                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATGA-CTA------GACTAATGTAAGT--TGGCC----AAGCAATACTAATA--TACAAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCATGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---T-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATACA
gi|83196                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAAT--TGGTC----AAACAATACTAATA--TACAAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAGGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTGTA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---A-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATAAGTGATACA
gi|83197                      : ATTACCCTAAATA--CTACAATTGCATGA-CAG------GAATAAAATAAGT--TGGTC----AAGCA-TATCAAGAAATACTAATCAAACATTACCTGAAATAATTCTA----GCAAGAATT-AAAAT-AAATTATAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---G-----------TA-GTGTATCAATG-----TTTA--C--ATATGCGATATAt
gi|83198                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATCGCATGA-CTA------GGTTGATATTAGT--TTATC----AAGCA-TGTCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GTAAGAATTTTAAAT-ACAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGA-------TC-TGTTTCAAGA---T-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--T--ATATGCGATACAt
gi|83199                      : ATAACCCTAAATA--TTTCAATTGCATGA-CTA------GTATAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATACTAACACAAA--AATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAC-AAATTTTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---T-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGTGATACA
gi|83200                      : ATAACTCTAAATA--CTTCAATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATACTAA--AATACAAATTAAACATAACTTGATCTAATTCCA----GCAAGAAATTAAACT-ATTGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---T-----------TA-GTTTAACAATGT----TTTA--C--ATATGTGATACA
gi|83201                      : ATAGCCCTAAATA--CTGCAACTGCATAA-CTA------GAATAATATAACT--TGGTC----AAACT-TAACAAAAATTACCATTTAAACATTAGCTGAAATAATATCA----ACAAGTATTTAAAAT-ATAGTGTAATCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAGGA---G-----------TA-GTTTATCGATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83202                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATGA-CTG------GAATAATATAAAT--AAGTC----AAGCAATACTAATT--TACAAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----ACAAGAAAA-AAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---A-----------TA-GCTTATCAATGT----TTTA--C--ATAAGCGATt
gi|83203                      : ATTACCCTAAATA--CTATAAATGCAGGA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCA-TATCAAGAAACACTAATTAAACATTATCTAAAACAATTCAA----GCAAGAATTTAAAAT-ATCTTGTAAGCCATA---------GTTCA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---G-----------TA-GTT-----ATGC----TTGA--C--ATATGCAATATA
gi|83204                      : ATAACCCTAAATA--CTACAACTGCATGA-CTA------AAATAATATAAGT--TGGTA----AAGCA-TATCAAGAATTTCTAATTAAACATGACCTGAATTAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-AAAGTGCA--------------------A-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---G-----------TA-ATTTATCAATGT----TTTA--C--ATATACt
gi|83205                      : ATGATCCTTAATA--CTGCAATTGCATGA-ATA------GAATAACATAAGT--TGGTC----AAGCA-TA-CAAGAAATATTAATTAAACATTACATGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTAGA---------GTTGA-AATGATCT----TC---------------------------A-GTT-ATCAATGT----TTTA--C--ACATGTGATA
gi|83206                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGAATGG-CAA------GAATAATATAAAT--TGGTC----AACCAATACTAATA--TACAAATTAATCATAACCCAATGTAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGAAAGCTATA---------GTTGA-ATTGATCT----TC-TGTTTCAAGA---T-----------TT-GCTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATACA
gi|83207                      : ATTACCCTAAATA--CTACAGTTGCATGA-CTA------GAATAATAGAAGT--TGTTC----AAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTATCTGAAATAATTCCA----GCAAGAAGTTAAAAT-AT--------TTATA---------GT--A-----------------GTTT---------------------------ATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83208                      : ATAACTCCAAATA--CTTCAGTTGCATGT-CAA------GAATAATATACGT--TGGTC----AAGCAATAC-------------TTA--CATTACCTGAAATTATTCCA----CCAGAGATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATTT----TG-TGTTTCAAGA---G-----------T-----------TGG----TTTA--C--ATGTGCGATACAt
gi|83209                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATGA-CGA------AACCAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATATTAA
gi|83210                      : ATAACCCTAAATA--TTGCAATTGCATGA-ATA------GAATAAT-----T--TAGTC----GAG-GATATCACGAAGAACTAATTTAATA
gi|83211                      :  TAACC-TAAATA--CTACAATTACATTA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCA-TATCA-------CTAATTAAACATTACCTGAAATAAATCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGTTATA---------GTTGA-GATAATCT--------GTTTCAAAA---CAGAAGAAAAATTA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83212                      :  TAACCCTTATTA--CTACAATTGCA-----------------------AG-----GTC----AAGCA-TATCAAGAAATACCAATTAAACATTACCTGAAATTATTCCA----GCAAGAATTAAAAAT-ATAGTGTAAGCCATA---------GTTAA-GACGATCT----TC-TGTTTCAAGA---C-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--T--AAATACGATATAt
gi|83213                      :    ACCCTAAATA--CTACAATTGCATGA-CTA------GAATGATATAA-------TC----AAGCA-TATTAAGAAATGCTAATTAAATGTTATTTGAAATAGTTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGC-ATT---------GTTGA-GAt
gi|83214                      :       CTAAATA--TTACAATTGCATGG-ATA------GAATGATATATGT--TAGTC----AAGTA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTTCCTGAAATAATACCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTTTAAGCTATT---------GCTGA-GCTGA-------TT-TGTTTCAGGA---G-----------TA-GGTTATCAATGT----TTTA--C--ATAT---ATATA
gi|83215                      :       CTTAATA--CCACAATTGCAT----TA------G-------TTGGTCTTGGTC----AAGCC-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAATTAACTCCA----GCAAGAATTTGAAAT-AAAGTGTAAGCCAAA---------GTTAA-CATt
gi|83216                      :        TAAATA--CTACAATTGCACGA-CTACCAGTAGAAAAATATAAGT--TGGTC----AAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATT-AAAAC-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GAAGATCT----TC-TGTTTCAAGA---G-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83217                      :          AATAACCTTAAATTGCATGA-ATA------CAATAATATAAGT--TGGTC----GAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTAAAATAATTGCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---T-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCAATATAt
gi|83218                      :                     ATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAGT--TTGTA----AAGCAATACTAAT--ATACAAATAAAACATTACCTGAAATAATGCAATTATGCACTACCTTCGAATCATATGGTAA--TATACCAGTTCTTGTTAATG--GATCTGTAGTCTTGTTCCAACACATA-----------CA-GTTTATCAATGC----TTAA--T--ATt
gi|83219                      :                      TTGCATGAATTA------GAA-AATATAGGT--TGCTC----AAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAAGATTTCAAGAAA-AATT-TA----TCAA-AGTTTTACAT-AT
gi|83220                      :                                           TAATAAAAAT--TGGTC----AAGCA-TATCAAGAAATTCTTTTTAAACATTACCTAAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAATT-ATAGTATCAGCTATA---------GTTGA-GA
gi|83221                      :                                            AATA-AAGT--TGGTC----AATCAATACTTATAAACA--AATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GTAAGAATTTGAAAT-ATAATGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---T-----------AA-GTGTATCAATGT----TTTA--C--ATATGTGGTACA
gi|83222                      :                                              TATAAGT--TAGTCTTGAAAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATT--------------------AC-AT----TAAGCTAAA---------GTTGA-TATGATTT----TC-TTTATGAAGA---G-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--T--ATATGCGATATA
gi|83223                      :                                                                                   TAAT-AAACATTACCCGAAATAATTCAA----GAAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGA-------TC-TGTTTCAAGA---T-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATAt
gi|83224                      :                                                                                                    AAATAATTCCA-------ATAATTTAAA-T-ATAGCGTAAGTTGAA---------GTTGA-GATGATAT----CC-CATTTCAAAA---G-----------TA-GTTTATCAATGTAACATTTAATC--ATATG
gi|83225                      :                                                                                                                             AAAAT-ATAGTGTAAGTTATA---------GCTGA-GAGGATCT----TC-TGTTTCAAGA---G-----------AA-GCTT----ATG-----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83226                      :                                                                                                                                              TATA---------GTTGA-GATGATAT----TT-TATTTCAAGA---T-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTG--T--ATATGCGATACAt
gi|83227                      :                                                                                                                                                             TGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---G-----------TA-GTTTCTCAATGT----TTCA--C--ATATACAATA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                     2                                                                                                                    111111111111111                                        
lowQualScore                  :              22  1           1   444444             11     2222     1      0 2    0                           2222               1               555555555     1        2222  1          222222222222222  1            2222    11 11            
lowQualScore                  :              ..  .           .   ......             ..     ....     .      . .    .                           ....               .               .........     .        ....  .          ...............  .            ....    .. ..            
lowQualScore                  :              11  0           4   111111             88     7777     0      5 4    2                           7777               2               000000000     2        8888  3          444444444444444  3            8888    88 88            
consensus                     : ATAACCCTAAATA--CTNCAATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---N-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
Reference ( family-588 )      : ATAACCCTAAATA--CTNCAATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---N-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83192                      : ACAACCCTAAATA--TTTCAATTGCATGA-CTA------AAACAATATAAAT--TGGTC----AAGCA-TATCGAGAAATACTAATTTAACATTATCTGAAATAATTCCA----GCAATAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGTCATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGAG--T-----------TACGTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83193                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTACATGA-CTA------GACTAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATACCAATA--TACAAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTACA---------GTTGA-GATGATTT----TC---ATTCAA------------------A-GTTGTTCAGTTT----TATA--C--ATATATG-TATAt
gi|83194                      : ATAATCCTAAATA--TTACAATTGCATGA-ATA------GAATAATGTAAGT--AGGTC----AAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTATCTGAAATAAGTCTA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTGTA---------GTTCA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---G-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--CATATATGCGATATA
gi|83195                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATGA-CTA------GACTAATGTAAGT--TGGCC----AAGCAATACTAATA--TACAAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCATGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---T-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATACA
gi|83196                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAAT--TGGTC----AAACAATACTAATA--TACAAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAGGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTGTA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---A-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATAAGTGATACA
gi|83197                      : ATTACCCTAAATA--CTACAATTGCATGA-CAG------GAATAAAATAAGT--TGGTC----AAGCA-TATCAAGAAATACTAATCAAACATTACCTGAAATAATTCTA----GCAAGAATT-AAAAT-AAATTATAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---G-----------TA-GTGTATCAATG-----TTTA--C--ATATGCGATATAt
gi|83198                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATCGCATGA-CTA------GGTTGATATTAGT--TTATC----AAGCA-TGTCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GTAAGAATTTTAAAT-ACAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGA-------TC-TGTTTCAAGA---T-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--T--ATATGCGATACAt
gi|83199                      : ATAACCCTAAATA--TTTCAATTGCATGA-CTA------GTATAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATACTAACACAAA--AATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAC-AAATTTTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---T-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGTGATACA
gi|83200                      : ATAACTCTAAATA--CTTCAATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATACTAA--AATACAAATTAAACATAACTTGATCTAATTCCA----GCAAGAAATTAAACT-ATTGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---T-----------TA-GTTTAACAATGT----TTTA--C--ATATGTGATACA
gi|83201                      : ATAGCCCTAAATA--CTGCAACTGCATAA-CTA------GAATAATATAACT--TGGTC----AAACT-TAACAAAAATTACCATTTAAACATTAGCTGAAATAATATCA----ACAAGTATTTAAAAT-ATAGTGTAATCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAGGA---G-----------TA-GTTTATCGATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83202                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATGA-CTG------GAATAATATAAAT--AAGTC----AAGCAATACTAATT--TACAAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----ACAAGAAAA-AAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---A-----------TA-GCTTATCAATGT----TTTA--C--ATAAGCGATt
gi|83203                      : ATTACCCTAAATA--CTATAAATGCAGGA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCA-TATCAAGAAACACTAATTAAACATTATCTAAAACAATTCAA----GCAAGAATTTAAAAT-ATCTTGTAAGCCATA---------GTTCA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---G-----------TA-GTT-----ATGC----TTGA--C--ATATGCAATATA
gi|83204                      : ATAACCCTAAATA--CTACAACTGCATGA-CTA------AAATAATATAAGT--TGGTA----AAGCA-TATCAAGAATTTCTAATTAAACATGACCTGAATTAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-AAAGTGCA--------------------A-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---G-----------TA-ATTTATCAATGT----TTTA--C--ATATACt
gi|83205                      : ATGATCCTTAATA--CTGCAATTGCATGA-ATA------GAATAACATAAGT--TGGTC----AAGCA-TA-CAAGAAATATTAATTAAACATTACATGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTAGA---------GTTGA-AATGATCT----TC---------------------------A-GTT-ATCAATGT----TTTA--C--ACATGTGATA
gi|83206                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGAATGG-CAA------GAATAATATAAAT--TGGTC----AACCAATACTAATA--TACAAATTAATCATAACCCAATGTAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGAAAGCTATA---------GTTGA-ATTGATCT----TC-TGTTTCAAGA---T-----------TT-GCTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATACA
gi|83207                      : ATTACCCTAAATA--CTACAGTTGCATGA-CTA------GAATAATAGAAGT--TGTTC----AAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTATCTGAAATAATTCCA----GCAAGAAGTTAAAAT-AT--------TTATA---------GT--A-----------------GTTT---------------------------ATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83208                      : ATAACTCCAAATA--CTTCAGTTGCATGT-CAA------GAATAATATACGT--TGGTC----AAGCAATAC-------------TTA--CATTACCTGAAATTATTCCA----CCAGAGATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATTT----TG-TGTTTCAAGA---G-----------T-----------TGG----TTTA--C--ATGTGCGATACAt
gi|83209                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATGA-CGA------AACCAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATATTAA
gi|83210                      : ATAACCCTAAATA--TTGCAATTGCATGA-ATA------GAATAAT-----T--TAGTC----GAG-GATATCACGAAGAACTAATTTAATA
gi|83211                      :  TAACC-TAAATA--CTACAATTACATTA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCA-TATCA-------CTAATTAAACATTACCTGAAATAAATCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGTTATA---------GTTGA-GATAATCT--------GTTTCAAAA---CAGAAGAAAAATTA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83212                      :  TAACCCTTATTA--CTACAATTGCA-----------------------AG-----GTC----AAGCA-TATCAAGAAATACCAATTAAACATTACCTGAAATTATTCCA----GCAAGAATTAAAAAT-ATAGTGTAAGCCATA---------GTTAA-GACGATCT----TC-TGTTTCAAGA---C-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--T--AAATACGATATAt
gi|83213                      :    ACCCTAAATA--CTACAATTGCATGA-CTA------GAATGATATAA-------TC----AAGCA-TATTAAGAAATGCTAATTAAATGTTATTTGAAATAGTTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGC-ATT---------GTTGA-GAt
gi|83214                      :       CTAAATA--TTACAATTGCATGG-ATA------GAATGATATATGT--TAGTC----AAGTA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTTCCTGAAATAATACCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTTTAAGCTATT---------GCTGA-GCTGA-------TT-TGTTTCAGGA---G-----------TA-GGTTATCAATGT----TTTA--C--ATAT---ATATA
gi|83215                      :       CTTAATA--CCACAATTGCAT----TA------G-------TTGGTCTTGGTC----AAGCC-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAATTAACTCCA----GCAAGAATTTGAAAT-AAAGTGTAAGCCAAA---------GTTAA-CATt
gi|83216                      :        TAAATA--CTACAATTGCACGA-CTACCAGTAGAAAAATATAAGT--TGGTC----AAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATT-AAAAC-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GAAGATCT----TC-TGTTTCAAGA---G-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83217                      :          AATAACCTTAAATTGCATGA-ATA------CAATAATATAAGT--TGGTC----GAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTAAAATAATTGCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---T-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCAATATAt
gi|83218                      :                     ATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAGT--TTGTA----AAGCAATACTAAT--ATACAAATAAAACATTACCTGAAATAATGCAATTATGCACTACCTTCGAATCATATGGTAA--TATACCAGTTCTTGTTAATG--GATCTGTAGTCTTGTTCCAACACATA-----------CA-GTTTATCAATGC----TTAA--T--ATt
gi|83219                      :                      TTGCATGAATTA------GAA-AATATAGGT--TGCTC----AAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAAGATTTCAAGAAA-AATT-TA----TCAA-AGTTTTACAT-AT
gi|83220                      :                                           TAATAAAAAT--TGGTC----AAGCA-TATCAAGAAATTCTTTTTAAACATTACCTAAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAATT-ATAGTATCAGCTATA---------GTTGA-GA
gi|83221                      :                                            AATA-AAGT--TGGTC----AATCAATACTTATAAACA--AATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GTAAGAATTTGAAAT-ATAATGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---T-----------AA-GTGTATCAATGT----TTTA--C--ATATGTGGTACA
gi|83222                      :                                              TATAAGT--TAGTCTTGAAAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATT--------------------AC-AT----TAAGCTAAA---------GTTGA-TATGATTT----TC-TTTATGAAGA---G-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--T--ATATGCGATATA
gi|83223                      :                                                                                   TAAT-AAACATTACCCGAAATAATTCAA----GAAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGA-------TC-TGTTTCAAGA---T-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATAt
gi|83224                      :                                                                                                    AAATAATTCCA-------ATAATTTAAA-T-ATAGCGTAAGTTGAA---------GTTGA-GATGATAT----CC-CATTTCAAAA---G-----------TA-GTTTATCAATGTAACATTTAATC--ATATG
gi|83225                      :                                                                                                                             AAAAT-ATAGTGTAAGTTATA---------GCTGA-GAGGATCT----TC-TGTTTCAAGA---G-----------AA-GCTT----ATG-----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83226                      :                                                                                                                                              TATA---------GTTGA-GATGATAT----TT-TATTTCAAGA---T-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTG--T--ATATGCGATACAt
gi|83227                      :                                                                                                                                                             TGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---G-----------TA-GTTTCTCAATGT----TTCA--C--ATATACAATA


blockSeqs                     :              AC  T           A   CCAGTA             CT     TTGA     A        A                                TTAT               C               CCAGTTCTT     T        GTAG  T          CAGAAGAAAAAT     .            AACA    AT AT
blockSeqs                     :              .   A           .   .                  .      .        A        A                                .                  .               .             .        .     .          CATA             .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   T           .   .                  .      .        A        A                                .                  .               .             .        .     .          G                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   T           .   .                  .      .        A        C                                .                  .               .             .        .     .          T                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   A           .   .                  .      .        A        A                                .                  .               .             .        .     .          A                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   T           .   .                  .      .        A        A                                .                  .               .             .        .     .          G                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   T           .   .                  .      .        A        A                                .                  .               .             .        .     .          T                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   T           .   .                  .      .        A        A                                .                  .               .             .        .     .          T                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   G           .   .                  .      .        A        A                                .                  .               .             .        .     .          T                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   T           .   .                  .      .        A        A                                .                  .               .             .        .     .          G                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   A           .   .                  .      .        A        A                                .                  .               .             .        .     .          A                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   A           .   .                  .      .        A        A                                .                  .               .             .        .     .          G                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   G           .   .                  .      .        .        A                                .                  .               .             .        .     .          G                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   T           .   .                  .      .        .        A                                .                  .               .             .        .     .          T                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   A           .   .                  .      .        .        A                                .                  .               .             .        .     .          G                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   T           .   .                  .      .        .        A                                .                  .               .             .        .     .          C                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   T           .   .                  .      .        .        A                                .                  .               .             .        .     .          G                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   G           .   .                  .      .        .        A                                .                  .               .             .        .     .          G                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   A           .   .                  .      .        .        A                                .                  .               .             .        .     .          T                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   A           .   .                  .      .        .        A                                .                  .               .             .        .     .          T                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   A           .   .                  .      .        .        A                                .                  .               .             .        .     .          G                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   A           .   .                  .      .        .        .                                .                  .               .             .        .     .          T                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   A           .   .                  .      .        .        .                                .                  .               .             .        .     .          G                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   A           .   .                  .      .        .        .                                .                  .               .             .        .     .          G                .            .       .  . 
blockSeqs                     :              .   T           .   .                  .      .        .        .                                .                  .               .             .        .     .          T                .            .       .  . 
blockSeqs                     :                              .   .                  .      .        .        .                                .                  .               .             .        .     .          G                .            .       .  . 
blockSeqs                     :                              .   .                  .      .        .        .                                .                  .               .             .        .     .          .                .            .       .  . 
blockSeqs                     :                                                     .      .        .        .                                .                  .               .             .        .     .          .                .            .       .  . 
blockSeqs                     :                                                     .      .        .        .                                .                  .               .             .        .     .          .                .            .       .  . 
blockSeqs                     :                                                     .      .        .                                         .                  .               .             .                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .               .             .                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                .                                                                    


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                          G**************
originalCons                  : ATAACCCTAAATA--CTNCAATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA---N-----------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
finalCons                     : ATAACCCTAAATA--CTNCAATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGAG--------------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                     2                                                                                                                    111111111111                                        
lowQualScore                  :              22  1           1   444444             11     2222     1      0 2    0                           2222               1               555555555     1        2222  1          111111111111  1            2222    11 11            
lowQualScore                  :              ..  .           .   ......             ..     ....     .      . .    .                           ....               .               .........     .        ....  .          ............  .            ....    .. ..            
lowQualScore                  :              11  0           4   111111             88     7777     0      5 4    2                           7777               2               000000000     2        8888  3          666666666666  3            8888    88 88            
consensus                     : ATAACCCTAAATA--CTNCAATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----G------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
Reference ( family-588 )      : ATAACCCTAAATA--CTNCAATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----G------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83192                      : ACAACCCTAAATA--TTTCAATTGCATGA-CTA------AAACAATATAAAT--TGGTC----AAGCA-TATCGAGAAATACTAATTTAACATTATCTGAAATAATTCCA----GCAATAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGTCATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----GT-----TACGTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83193                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTACATGA-CTA------GACTAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATACCAATA--TACAAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTACA---------GTTGA-GATGATTT----TC---ATTCAA-A-----G------TT-GT---TCAGTTT----TATA--C--ATATATG-TATAt
gi|83194                      : ATAATCCTAAATA--TTACAATTGCATGA-ATA------GAATAATGTAAGT--AGGTC----AAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTATCTGAAATAAGTCTA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTGTA---------GTTCA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----G------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--CATATATGCGATATA
gi|83195                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATGA-CTA------GACTAATGTAAGT--TGGCC----AAGCAATACTAATA--TACAAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCATGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----T------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATACA
gi|83196                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAAT--TGGTC----AAACAATACTAATA--TACAAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAGGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTGTA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----A------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATAAGTGATACA
gi|83197                      : ATTACCCTAAATA--CTACAATTGCATGA-CAG------GAATAAAATAAGT--TGGTC----AAGCA-TATCAAGAAATACTAATCAAACATTACCTGAAATAATTCTA----GCAAGAATT-AAAAT-AAATTATAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----G------TA-GTGTATCAATG-----TTTA--C--ATATGCGATATAt
gi|83198                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATCGCATGA-CTA------GGTTGATATTAGT--TTATC----AAGCA-TGTCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GTAAGAATTTTAAAT-ACAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGA-------TC-TGTTTCAAGA-----T------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--T--ATATGCGATACAt
gi|83199                      : ATAACCCTAAATA--TTTCAATTGCATGA-CTA------GTATAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATACTAACACAAA--AATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAC-AAATTTTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----T------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGTGATACA
gi|83200                      : ATAACTCTAAATA--CTTCAATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATACTAA--AATACAAATTAAACATAACTTGATCTAATTCCA----GCAAGAAATTAAACT-ATTGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----T------TA-GTTTAACAATGT----TTTA--C--ATATGTGATACA
gi|83201                      : ATAGCCCTAAATA--CTGCAACTGCATAA-CTA------GAATAATATAACT--TGGTC----AAACT-TAACAAAAATTACCATTTAAACATTAGCTGAAATAATATCA----ACAAGTATTTAAAAT-ATAGTGTAATCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAGGA-----G------TA-GTTTATCGATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83202                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATGA-CTG------GAATAATATAAAT--AAGTC----AAGCAATACTAATT--TACAAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----ACAAGAAAA-AAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----A------TA-GCTTATCAATGT----TTTA--C--ATAAGCGATt
gi|83203                      : ATTACCCTAAATA--CTATAAATGCAGGA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCA-TATCAAGAAACACTAATTAAACATTATCTAAAACAATTCAA----GCAAGAATTTAAAAT-ATCTTGTAAGCCATA---------GTTCA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----G------TA-GTT-----ATGC----TTGA--C--ATATGCAATATA
gi|83204                      : ATAACCCTAAATA--CTACAACTGCATGA-CTA------AAATAATATAAGT--TGGTA----AAGCA-TATCAAGAATTTCTAATTAAACATGACCTGAATTAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-AAAGTGCA--------------------A-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----G------TA-ATTTATCAATGT----TTTA--C--ATATACt
gi|83205                      : ATGATCCTTAATA--CTGCAATTGCATGA-ATA------GAATAACATAAGT--TGGTC----AAGCA-TA-CAAGAAATATTAATTAAACATTACATGAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTAGA---------GTTGA-AATGATCT----TC------------------------A-GTT-ATCAATGT----TTTA--C--ACATGTGATA
gi|83206                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGAATGG-CAA------GAATAATATAAAT--TGGTC----AACCAATACTAATA--TACAAATTAATCATAACCCAATGTAATTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGAAAGCTATA---------GTTGA-ATTGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----T------TT-GCTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATACA
gi|83207                      : ATTACCCTAAATA--CTACAGTTGCATGA-CTA------GAATAATAGAAGT--TGTTC----AAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTATCTGAAATAATTCCA----GCAAGAAGTTAAAAT-AT--------TTATA---------GT----------------------------A-----G------T----TTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83208                      : ATAACTCCAAATA--CTTCAGTTGCATGT-CAA------GAATAATATACGT--TGGTC----AAGCAATAC-------------TTA--CATTACCTGAAATTATTCCA----CCAGAGATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATTT----TG-TGTTTCAAGA-----G------T-----------TGG----TTTA--C--ATGTGCGATACAt
gi|83209                      : ATAACCCTAAATA--CTTCAATTGCATGA-CGA------AACCAATATAAGT--TGGTC----AAGCAATATTAA
gi|83210                      : ATAACCCTAAATA--TTGCAATTGCATGA-ATA------GAATAAT-----T--TAGTC----GAG-GATATCACGAAGAACTAATTTAATA
gi|83211                      :  TAACC-TAAATA--CTACAATTACATTA-CTA------GAATAATATAAGT--TGGTC----AAGCA-TATCA-------CTAATTAAACATTACCTGAAATAAATCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGTTATA---------GTTGA-GATAATCT--------GTTTCAAAACAGAAGAAAAATTA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83212                      :  TAACCCTTATTA--CTACAATTGCA-----------------------AG-----GTC----AAGCA-TATCAAGAAATACCAATTAAACATTACCTGAAATTATTCCA----GCAAGAATTAAAAAT-ATAGTGTAAGCCATA---------GTTAA-GACGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----C------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--T--AAATACGATATAt
gi|83213                      :    ACCCTAAATA--CTACAATTGCATGA-CTA------GAATGATATAA-------TC----AAGCA-TATTAAGAAATGCTAATTAAATGTTATTTGAAATAGTTCCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGC-ATT---------GTTGA-GAt
gi|83214                      :       CTAAATA--TTACAATTGCATGG-ATA------GAATGATATATGT--TAGTC----AAGTA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTTCCTGAAATAATACCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTTTAAGCTATT---------GCTGA-GCTGA-------TT-TGTTTCAGGA-----G------TA-GGTTATCAATGT----TTTA--C--ATAT---ATATA
gi|83215                      :       CTTAATA--CCACAATTGCAT----TA------G-------TTGGTCTTGGTC----AAGCC-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAATTAACTCCA----GCAAGAATTTGAAAT-AAAGTGTAAGCCAAA---------GTTAA-CATt
gi|83216                      :        TAAATA--CTACAATTGCACGA-CTACCAGTAGAAAAATATAAGT--TGGTC----AAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GCAAGAATT-AAAAC-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GAAGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----G------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83217                      :          AATAACCTTAAATTGCATGA-ATA------CAATAATATAAGT--TGGTC----GAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTAAAATAATTGCA----GCAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----T------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCAATATAt
gi|83218                      :                     ATTGCATGA-CTA------GAATAATATAAGT--TTGTA----AAGCAATACTAAT--ATACAAATAAAACATTACCTGAAATAATGCAATTATGCACTACCTTCGAATCATATGGTAA--TATACCAGTTCTTGTTAATG--GATCTGTAGTCTTGTTCCAACACAT--A------CA-GTTTATCAATGC----TTAA--T--ATt
gi|83219                      :                      TTGCATGAATTA------GAA-AATATAGGT--TGCTC----AAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAAGATTTCAAGAAA-AATT-TA----TCAA-AGTTTTACAT-AT
gi|83220                      :                                           TAATAAAAAT--TGGTC----AAGCA-TATCAAGAAATTCTTTTTAAACATTACCTAAAATAATTCCA----GCAAGAATTTAAATT-ATAGTATCAGCTATA---------GTTGA-GA
gi|83221                      :                                            AATA-AAGT--TGGTC----AATCAATACTTATAAACA--AATTAAACATTACCTGAAATAATTCCA----GTAAGAATTTGAAAT-ATAATGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----T------AA-GTGTATCAATGT----TTTA--C--ATATGTGGTACA
gi|83222                      :                                              TATAAGT--TAGTCTTGAAAGCA-TATCAAGAAATACTAATTAAACATTACCTGAAATAATT--------------------AC-AT----TAAGCTAAA---------GTTGA-TATGATTT----TC-TTTATGAAGA-----G------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--T--ATATGCGATATA
gi|83223                      :                                                                                   TAAT-AAACATTACCCGAAATAATTCAA----GAAAGAATTTAAAAT-ATAGTGTAAGCTATA---------GTTGA-GATGA-------TC-TGTTTCAAGA-----T------TA-GTTTATCAATGT----TTTA--C--ATATGCGATAt
gi|83224                      :                                                                                                    AAATAATTCCA-------ATAATTTAAA-T-ATAGCGTAAGTTGAA---------GTTGA-GATGATAT----CC-CATTTCAAAA-----G------TA-GTTTATCAATGTAACATTTAATC--ATATG
gi|83225                      :                                                                                                                             AAAAT-ATAGTGTAAGTTATA---------GCTGA-GAGGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----G------AA-GCTT----ATG-----TTTA--C--ATATGCGATATA
gi|83226                      :                                                                                                                                              TATA---------GTTGA-GATGATAT----TT-TATTTCAAGA-----T------TA-GTTTATCAATGT----TTTG--T--ATATGCGATACAt
gi|83227                      :                                                                                                                                                             TGA-GATGATCT----TC-TGTTTCAAGA-----G------TA-GTTTCTCAATGT----TTCA--C--ATATACAATA