lowQualScore : 111111111
lowQualScore : 6 1 333 1 1 1 7 111 11 3333333 11 7777777 11 222 0 333333 444444444 0
lowQualScore : . . ... . . . . ... .. ....... .. ....... .. ... . ...... ......... .
lowQualScore : 9 4 888 1 1 1 1 999 55 6666666 55 8888888 55 000 7 444444 555555555 9
consensus : GGGGGG-GG---CAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
Reference ( gi|95812 ) : GGAGGG-GG---CAACCTG-AG-G-AGAGAATG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
gi|95816 : GGGGTG-GG---CAACCTG-AG-G-AGAAAATG---TAT--GAG-------AATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATAT
gi|95814 : GGGGGA-GG---CAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAA-TATATG------CTG---------AAACTGAATATTG
gi|95813 : ggggGGGGGT-GG---GGACCTG-AG-G-TGAAAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGA---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACTTGAATATTGGG
gi|95815 : GGTGGG-GG----AACCTG-AG-G-AGAGAGCG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGA----CCCAAAGTATATG------CTG---------AATCTGAATGTAGGG
gi|95831 : gGGGGGG-GA---CC-CCTC-AG-G-AGAAAGTG---TAT--GAA-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAACGTATATG------CTG---------AAACCGAATATTGGG
gi|95829 : GGTGGG-GG-----ACCTGGAGAG-AGAGAGTG---AAA--GAG-------GATA--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATATT
gi|95823 : gGGCGGG-GG---CAAGATG-AG-C-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATGTATA-------CT--TTAAGG---CCCCACAGTATATG------CCG---------CAC
gi|95824 : GGGGGG-AG---CAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TT-------TT--TCCAGG---CTCACAAGT
gi|95825 : GGGGGG-AG---CAACCTG-AG-G-AGAG--TG---TAT--GAG-------GATG--TA------------TGAG--------AAAGTATATG------CTGTTCCCCCC-AACCTGAACATTGG
gi|95826 : GGTGGG-GGT--CAACCAG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TAACACCTACTGCTCCGGGGGTTTGCAAAGTATATG------CT
gi|95827 : gGGGGGG-GG---CAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATA--TA-------------TGGG-------AAAGTATAGG------CTG---------
gi|95822 : GAGGGAGG---CAACATG-AA-G-AGAG-------TAT--GAG-------TATG--TA-------CT--TCCGGG---CTCCAAAA-ATATG------CTG---------AAACTGAATATTAGG
gi|95830 : GAGGG-GG---CAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA------------TGAG--------AAAGAATATG------CTG---------
gi|95836 : GGGGG-GC---CAACCTG-AG-G-AGAGAGTAAAATATTGGAG-----------------------------AGG---CC--AAAGTATATG------CTGGCATTTTC-AACCTGAATATTGGG
gi|95837 : GGG-GC---CAACCTA-AG-G-AGAGAGTG---TAT--AAG-------GATG--TG-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATC------CTG---------AACCTGAATATT
gi|95839 : gGGG-GGACACAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------TT--TCCAGG---CCCCAAATTATATT------CTG---------AAACTGAATATTGG
gi|95820 : GGG-GG---CAACCCG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATT--TA-------CT--TCCAGA-----CCAAAGACTATG------CTG---------AACCTGAGTATTGG
gi|95821 : gagGGT-GG---CAACCTA-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GAT---TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAAGTATATA------CTG---------AAACTAAAAAATGGG
gi|95833 : ggggggctGGG-GG---CAACCTG-AG-G-ACGGAGTG---TAT--G---------------TA-------CA--TCCAGG---CTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATATTGGG
gi|95832 : gGGG-AG---GAGCCTG-AG-A-CGAG--TG---TAT--GAG-------GATA--TA-------CT--TTCAGG---TCCCAATGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTAGG
gi|95842 : gGGG-GT---CAACCTG-AG-G-AGATATTG---TAT--GTC-------GACG--TATA-----CT--TCCAGG---CCCCAAGGTATATG------CTGGCCCAAACCAACCTGAATATTGGG
gi|95835 : gGGG-GG---CAACATA-AA-A-AGAGAGTG---TAT--GTG-------GATG--TA-------CT--TC------------AAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGG
gi|95818 : GG-GG---CAACCTG-AG-G-AGAGAGGG---TAT--AAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAAGTATATA------TTG---------AAACTGAATATTGGG
gi|95840 : gggtGG-GG---CAACCTG-AG-C-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GACG--TA-------CT--TCCAGA---TTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATATAGGG
gi|95838 : GG-AG---GAACCTG-AG-G-AGAG--TA---TAT--GAG-------GATG--TATG-----CT--TCCATG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
gi|95841 : GG-GG---CAACCTG-AG-G-AGAG-------TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCTCAAAGTATATGCTTAACCTG---------AACCTGAATATGGGG
gi|95819 : GG-TG---TAACGTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TAC------CT--TCAAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------TACCTGAATA
gi|95828 : gggtGA-GG---CAACCTG-AG-G-AGAAAGTG---TAT--GAG-------AATG--TA-------CT--TCC
gi|95834 : gggtGG-GG-----ACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA------------TGAG--------AAAGTATATG------C
gi|95817 : gggcAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAA-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CGG---------AACCTGAATA
gi|95843 : ggggtggggaatagatAACCTG-AG-G-AGAGAGTA---TAC--GAG-------GATT--TA-------CT--TCAAAG---CCCAAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATT
gi|95844 : AACCTT-AG-G-TAATAGTG---TAT--GAA-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---GTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGATCATTGGG
gi|95845 : AATCTC-AG-G-AGAGAGTG---TAT--TAT-------GATG--TA-------TT--TCCAGG---CCAGAACGTTAATG------CTG---------AACCTGAATAT
gi|95846 : AATCTG-AG-G-TGAAAGTG---TAT--GCA-------GATG--AA-------CT--TCCAGG---CTTCAAAGTATATG------CT
gi|95847 : CTG-AG-G-AAAAGGTG---TAT--GAGCAATGATGATG--TA-------CT--TTCAGG---CTCCTAAGATTATG------CTG---------AAACTGAATATTGGG
gi|95848 : TG-GG-GCAAAGAGCG---TAT--GGG-------AATA--TA-------CT--TCAAGG---CTCCAAAGTATATG------CTG---------CACCTGAATATTG
Alignments
lowQualScore : 111111111
lowQualScore : 33333 1 1 1 111 11 3333333 11 7777777 11 111 0 333333 444444444 0
lowQualScore : ..... . . . ... .. ....... .. ....... .. ... . ...... ......... .
lowQualScore : 33333 1 1 1 999 55 5555555 55 6666666 55 999 4 333333 111111111 5
consensus : GGGGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
Reference ( family-579 ) : GGGGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
gi|95812 : GGAGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAATG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
gi|95813 : GGGGGT-----GGGGACCTG-AG-G-TGAAAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGA---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACTTGAATATTGGG
gi|95814 : GGGGGA-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAA-TATATG------CTG---------AAACTGAATATTG
gi|95815 : ggggGGGTGG-----GGGAACCTG-AG-G-AGAGAGCG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGA----CCCAAAGTATATG------CTG---------AATCTGAATGTAGGG
gi|95816 : GGGGTG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAAAATG---TAT--GAG-------AATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATAT
gi|95817 : AACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAA-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CGG---------AACCTGAATA
gi|95818 : ggggtggggaatagatGGGTGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGGG---TAT--AAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAAGTATATA------TTG---------AAACTGAATATTGGG
gi|95819 : GGGTGG-----TGTAACGTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TAC------CT--TCAAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------TACCTGAATA
gi|95820 : GAGGGG-----GGCAACCCG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATT--TA-------CT--TCCAGA-----CCAAAGACTATG------CTG---------AACCTGAGTATTGG
gi|95821 : GGGGGGCTGGTGGCAACCTA-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GAT---TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAAGTATATA------CTG---------AAACTAAAAAATGGG
gi|95822 : GAGGGA-----GGCAACATG-AA-G-AGAG-------TAT--GAG-------TATG--TA-------CT--TCCGGG---CTCCAAAA-ATATG------CTG---------AAACTGAATATTAGG
gi|95823 : GGCGGG-----GGCAAGATG-AG-C-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATGTATA-------CT--TTAAGG---CCCCACAGTATATG------CCG---------CAC
gi|95824 : GGGGGG-----AGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TT-------TT--TCCAGG---CTCACAAGT
gi|95825 : GGGGGG-----AGCAACCTG-AG----GAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA------------TGAG--------AAAGTATATG------CTGTTCCCCCC-AACCTGAACATTGG
gi|95826 : GGGG-----GTCAACCAG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TAACACCTACTGCTCCGGGGGTTTGCAAAGTATATG------CT
gi|95827 : gggtGGGGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATA--TA-------------TGGG-------AAAGTATAGG------CTG---------
gi|95828 : GGGTGA-----GGCAACCTG-AG-G-AGAAAGTG---TAT--GAG-------AATG--TA-------CT--TCC
gi|95829 : GGTGGG-----GG--ACCTGGAGAG-AGAGAGTG---AAA--GAG-------GATA--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATATT
gi|95830 : gGAGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA------------TGAG--------AAAGAATATG------CTG---------
gi|95831 : GGGGGG-----GACC-CCTC-AG-G-AGAAAGTG---TAT--GAA-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAACGTATATG------CTG---------AAACCGAATATTGGG
gi|95832 : GGGG-----AGGAGCCTG-AG-A-CGAG--TG---TAT--GAG-------GATA--TA-------CT--TTCAGG---TCCCAATGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTAGG
gi|95833 : GGGG-----GGCAACCTG-AG-G-ACGGAGTG---TAT--G---------------TA-------CA--TCCAGG---CTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATATTGGG
gi|95834 : GGGCGG-----GG--ACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA------------TGAG--------AAAGTATATG------C
gi|95835 : GGG-----GGCAACATA-AA-A-AGAGAGTG---TAT--GTG-------GATG--TA-------CT--TC------------AAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGG
gi|95836 : GGGGG-----GCCAACCTG-AG-G-AGAGAGTAAAATATTGGAG-----------------------------AGG---CC--AAAGTATATG------CTGGCATTTTC-AACCTGAATATTGGG
gi|95837 : GGGG-----GCCAACCTA-AG-G-AGAGAGTG---TAT--AAG-------GATG--TG-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATC------CTG---------AACCTGAATATT
gi|95838 : GG-----AGGAACCTG-AG----GAGAGTA---TAT--GAG-------GATG--TATG-----CT--TCCATG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
gi|95839 : GGGGGA-----CACAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------TT--TCCAGG---CCCCAAATTATATT------CTG---------AAACTGAATATTGG
gi|95840 : GG-----GGCAACCTG-AG-C-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GACG--TA-------CT--TCCAGA---TTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATATAGGG
gi|95841 : GG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAG-------TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCTCAAAGTATATGCTTAACCTG---------AACCTGAATATGGGG
gi|95842 : GGGG-----GTCAACCTG-AG-G-AGATATTG---TAT--GTC-------GACG--TATA-----CT--TCCAGG---CCCCAAGGTATATG------CTGGCCCAAACCAACCTGAATATTGGG
gi|95843 : AACCTG-AG-G-AGAGAGTA---TAC--GAG-------GATT--TA-------CT--TCAAAG---CCCAAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATT
gi|95844 : AACCTT-AG-G-TAATAGTG---TAT--GAA-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---GTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGATCATTGGG
gi|95845 : AATCTC-AG-G-AGAGAGTG---TAT--TAT-------GATG--TA-------TT--TCCAGG---CCAGAACGTTAATG------CTG---------AACCTGAATAT
gi|95846 : AATCTG-AG-G-TGAAAGTG---TAT--GCA-------GATG--AA-------CT--TCCAGG---CTTCAAAGTATATG------CT
gi|95847 : CTG-AG-G-AAAAGGTG---TAT--GAGCAATGATGATG--TA-------CT--TTCAGG---CTCCTAAGATTATG------CTG---------AAACTGAATATTGGG
gi|95848 : TG-GG-GCAAAGAGCG---TAT--GGG-------AATA--TA-------CT--TCAAGG---CTCCAAAGTATATG------CTG---------CACCTGAATATTG
Alignments
lowQualScore : 111111111
lowQualScore : 33333 1 1 1 111 11 3333333 11 7777777 11 111 0 333333 444444444 0
lowQualScore : ..... . . . ... .. ....... .. ....... .. ... . ...... ......... .
lowQualScore : 33333 1 1 1 999 55 5555555 55 6666666 55 999 4 333333 111111111 5
consensus : GGGGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
Reference ( family-579 ) : GGGGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
gi|95812 : GGAGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAATG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
gi|95813 : GGGGGT-----GGGGACCTG-AG-G-TGAAAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGA---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACTTGAATATTGGG
gi|95814 : GGGGGA-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAA-TATATG------CTG---------AAACTGAATATTG
gi|95815 : ggggGGGTGG-----GGGAACCTG-AG-G-AGAGAGCG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGA----CCCAAAGTATATG------CTG---------AATCTGAATGTAGGG
gi|95816 : GGGGTG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAAAATG---TAT--GAG-------AATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATAT
gi|95817 : AACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAA-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CGG---------AACCTGAATA
gi|95818 : ggggtggggaatagatGGGTGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGGG---TAT--AAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAAGTATATA------TTG---------AAACTGAATATTGGG
gi|95819 : GGGTGG-----TGTAACGTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TAC------CT--TCAAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------TACCTGAATA
gi|95820 : GAGGGG-----GGCAACCCG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATT--TA-------CT--TCCAGA-----CCAAAGACTATG------CTG---------AACCTGAGTATTGG
gi|95821 : GGGGGGCTGGTGGCAACCTA-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GAT---TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAAGTATATA------CTG---------AAACTAAAAAATGGG
gi|95822 : GAGGGA-----GGCAACATG-AA-G-AGAG-------TAT--GAG-------TATG--TA-------CT--TCCGGG---CTCCAAAA-ATATG------CTG---------AAACTGAATATTAGG
gi|95823 : GGCGGG-----GGCAAGATG-AG-C-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATGTATA-------CT--TTAAGG---CCCCACAGTATATG------CCG---------CAC
gi|95824 : GGGGGG-----AGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TT-------TT--TCCAGG---CTCACAAGT
gi|95825 : GGGGGG-----AGCAACCTG-AG----GAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA------------TGAG--------AAAGTATATG------CTGTTCCCCCC-AACCTGAACATTGG
gi|95826 : GGGG-----GTCAACCAG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TAACACCTACTGCTCCGGGGGTTTGCAAAGTATATG------CT
gi|95827 : gggtGGGGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATA--TA-------------TGGG-------AAAGTATAGG------CTG---------
gi|95828 : GGGTGA-----GGCAACCTG-AG-G-AGAAAGTG---TAT--GAG-------AATG--TA-------CT--TCC
gi|95829 : GGTGGG-----GG--ACCTGGAGAG-AGAGAGTG---AAA--GAG-------GATA--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATATT
gi|95830 : gGAGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA------------TGAG--------AAAGAATATG------CTG---------
gi|95831 : GGGGGG-----GACC-CCTC-AG-G-AGAAAGTG---TAT--GAA-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAACGTATATG------CTG---------AAACCGAATATTGGG
gi|95832 : GGGG-----AGGAGCCTG-AG-A-CGAG--TG---TAT--GAG-------GATA--TA-------CT--TTCAGG---TCCCAATGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTAGG
gi|95833 : GGGG-----GGCAACCTG-AG-G-ACGGAGTG---TAT--G---------------TA-------CA--TCCAGG---CTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATATTGGG
gi|95834 : GGGCGG-----GG--ACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA------------TGAG--------AAAGTATATG------C
gi|95835 : GGG-----GGCAACATA-AA-A-AGAGAGTG---TAT--GTG-------GATG--TA-------CT--TC------------AAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGG
gi|95836 : GGGGG-----GCCAACCTG-AG-G-AGAGAGTAAAATATTGGAG-----------------------------AGG---CC--AAAGTATATG------CTGGCATTTTC-AACCTGAATATTGGG
gi|95837 : GGGG-----GCCAACCTA-AG-G-AGAGAGTG---TAT--AAG-------GATG--TG-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATC------CTG---------AACCTGAATATT
gi|95838 : GG-----AGGAACCTG-AG----GAGAGTA---TAT--GAG-------GATG--TATG-----CT--TCCATG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
gi|95839 : GGGGGA-----CACAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------TT--TCCAGG---CCCCAAATTATATT------CTG---------AAACTGAATATTGG
gi|95840 : GG-----GGCAACCTG-AG-C-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GACG--TA-------CT--TCCAGA---TTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATATAGGG
gi|95841 : GG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAG-------TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCTCAAAGTATATGCTTAACCTG---------AACCTGAATATGGGG
gi|95842 : GGGG-----GTCAACCTG-AG-G-AGATATTG---TAT--GTC-------GACG--TATA-----CT--TCCAGG---CCCCAAGGTATATG------CTGGCCCAAACCAACCTGAATATTGGG
gi|95843 : AACCTG-AG-G-AGAGAGTA---TAC--GAG-------GATT--TA-------CT--TCAAAG---CCCAAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATT
gi|95844 : AACCTT-AG-G-TAATAGTG---TAT--GAA-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---GTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGATCATTGGG
gi|95845 : AATCTC-AG-G-AGAGAGTG---TAT--TAT-------GATG--TA-------TT--TCCAGG---CCAGAACGTTAATG------CTG---------AACCTGAATAT
gi|95846 : AATCTG-AG-G-TGAAAGTG---TAT--GCA-------GATG--AA-------CT--TCCAGG---CTTCAAAGTATATG------CT
gi|95847 : CTG-AG-G-AAAAGGTG---TAT--GAGCAATGATGATG--TA-------CT--TTCAGG---CTCCTAAGATTATG------CTG---------AAACTGAATATTGGG
gi|95848 : TG-GG-GCAAAGAGCG---TAT--GGG-------AATA--TA-------CT--TCAAGG---CTCCAAAGTATATG------CTG---------CACCTGAATATTG
blockSeqs : CTGGT G A C AAA TG CAATGAT TA ACACCTA GC GGT CTTAAC GCCCAAACC
blockSeqs : . . . . . . . . TG . . . TTCCCCCC
blockSeqs : . . . . . . . . TA . . . GCATTTTC
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GGGGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
finalCons : GGGGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
Alignments
lowQualScore : 111111111
lowQualScore : 33333 1 1 1 111 11 3333333 11 7777777 11 111 0 333333 444444444 0
lowQualScore : ..... . . . ... .. ....... .. ....... .. ... . ...... ......... .
lowQualScore : 33333 1 1 1 999 55 5555555 55 6666666 55 999 4 333333 111111111 5
consensus : GGGGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
Reference ( family-579 ) : GGGGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
gi|95812 : GGAGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAATG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
gi|95813 : GGGGGT-----GGGGACCTG-AG-G-TGAAAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGA---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACTTGAATATTGGG
gi|95814 : GGGGGA-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAA-TATATG------CTG---------AAACTGAATATTG
gi|95815 : ggggGGGTGG-----GGGAACCTG-AG-G-AGAGAGCG---TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGA----CCCAAAGTATATG------CTG---------AATCTGAATGTAGGG
gi|95816 : GGGGTG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAAAATG---TAT--GAG-------AATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATAT
gi|95817 : AACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAA-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATG------CGG---------AACCTGAATA
gi|95818 : ggggtggggaatagatGGGTGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGGG---TAT--AAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAAGTATATA------TTG---------AAACTGAATATTGGG
gi|95819 : GGGTGG-----TGTAACGTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TAC------CT--TCAAGG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------TACCTGAATA
gi|95820 : GAGGGG-----GGCAACCCG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATT--TA-------CT--TCCAGA-----CCAAAGACTATG------CTG---------AACCTGAGTATTGG
gi|95821 : GGGGGGCTGGTGGCAACCTA-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GAT---TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAAGTATATA------CTG---------AAACTAAAAAATGGG
gi|95822 : GAGGGA-----GGCAACATG-AA-G-AGAG-------TAT--GAG-------TATG--TA-------CT--TCCGGG---CTCCAAAA-ATATG------CTG---------AAACTGAATATTAGG
gi|95823 : GGCGGG-----GGCAAGATG-AG-C-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATGTATA-------CT--TTAAGG---CCCCACAGTATATG------CCG---------CAC
gi|95824 : GGGGGG-----AGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TT-------TT--TCCAGG---CTCACAAGT
gi|95825 : GGGGGG-----AGCAACCTG-AG----GAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA------------TGAG--------AAAGTATATG------CTGTTCCCCCC-AACCTGAACATTGG
gi|95826 : GGGG-----GTCAACCAG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TAACACCTACTGCTCCGGGGGTTTGCAAAGTATATG------CT
gi|95827 : gggtGGGGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATA--TA-------------TGGG-------AAAGTATAGG------CTG---------
gi|95828 : GGGTGA-----GGCAACCTG-AG-G-AGAAAGTG---TAT--GAG-------AATG--TA-------CT--TCC
gi|95829 : GGTGGG-----GG--ACCTGGAGAG-AGAGAGTG---AAA--GAG-------GATA--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATATT
gi|95830 : gGAGGG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA------------TGAG--------AAAGAATATG------CTG---------
gi|95831 : GGGGGG-----GACC-CCTC-AG-G-AGAAAGTG---TAT--GAA-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CTCCAACGTATATG------CTG---------AAACCGAATATTGGG
gi|95832 : GGGG-----AGGAGCCTG-AG-A-CGAG--TG---TAT--GAG-------GATA--TA-------CT--TTCAGG---TCCCAATGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTAGG
gi|95833 : GGGG-----GGCAACCTG-AG-G-ACGGAGTG---TAT--G---------------TA-------CA--TCCAGG---CTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATATTGGG
gi|95834 : GGGCGG-----GG--ACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA------------TGAG--------AAAGTATATG------C
gi|95835 : GGG-----GGCAACATA-AA-A-AGAGAGTG---TAT--GTG-------GATG--TA-------CT--TC------------AAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGG
gi|95836 : GGGGG-----GCCAACCTG-AG-G-AGAGAGTAAAATATTGGAG-----------------------------AGG---CC--AAAGTATATG------CTGGCATTTTC-AACCTGAATATTGGG
gi|95837 : GGGG-----GCCAACCTA-AG-G-AGAGAGTG---TAT--AAG-------GATG--TG-------CT--TCCAGG---CCCCAAAGTATATC------CTG---------AACCTGAATATT
gi|95838 : GG-----AGGAACCTG-AG----GAGAGTA---TAT--GAG-------GATG--TATG-----CT--TCCATG---CCCCAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATTGGG
gi|95839 : GGGGGA-----CACAACCTG-AG-G-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GATG--TA-------TT--TCCAGG---CCCCAAATTATATT------CTG---------AAACTGAATATTGG
gi|95840 : GG-----GGCAACCTG-AG-C-AGAGAGTG---TAT--GAG-------GACG--TA-------CT--TCCAGA---TTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGAATATAGGG
gi|95841 : GG-----GGCAACCTG-AG-G-AGAG-------TAT--GAG-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---CCTCAAAGTATATGCTTAACCTG---------AACCTGAATATGGGG
gi|95842 : GGGG-----GTCAACCTG-AG-G-AGATATTG---TAT--GTC-------GACG--TATA-----CT--TCCAGG---CCCCAAGGTATATG------CTGGCCCAAACCAACCTGAATATTGGG
gi|95843 : AACCTG-AG-G-AGAGAGTA---TAC--GAG-------GATT--TA-------CT--TCAAAG---CCCAAAAGTATATG------CTG---------AACCTGAATATT
gi|95844 : AACCTT-AG-G-TAATAGTG---TAT--GAA-------GATG--TA-------CT--TCCAGG---GTCCAAAGTATATG------CTG---------AAACTGATCATTGGG
gi|95845 : AATCTC-AG-G-AGAGAGTG---TAT--TAT-------GATG--TA-------TT--TCCAGG---CCAGAACGTTAATG------CTG---------AACCTGAATAT
gi|95846 : AATCTG-AG-G-TGAAAGTG---TAT--GCA-------GATG--AA-------CT--TCCAGG---CTTCAAAGTATATG------CT
gi|95847 : CTG-AG-G-AAAAGGTG---TAT--GAGCAATGATGATG--TA-------CT--TTCAGG---CTCCTAAGATTATG------CTG---------AAACTGAATATTGGG
gi|95848 : TG-GG-GCAAAGAGCG---TAT--GGG-------AATA--TA-------CT--TCAAGG---CTCCAAAGTATATG------CTG---------CACCTGAATATTG