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Reference ( gi|147325 )       : TTCTAACACC-CTTCAGAAATTTCCTGTGA-TTTCAT---T-----GGTT----GGTG----CGCTTAGA-------TTTGT-GGGTATT--AAAAA-CTGCA----T----A---TA-ACT-TA--GGTAAAATCACCACG-T-----TTTTTG-CG-TT-C---ATG-T-ATT-ACTACGCGATTTGT
gi|147324                     : TTCTAACACC-CTTCAGAAATTTCCTGTGA-TTTCAT---T-----GGTT----GGTG----CTCTTAGG-------TTTGG-GGGTATG--AAAAT-CTGCA----A----A---TA-CCA-TT--GGTAGAATCACCACG-------TTTTTG-CATTT-T---ATG-T-ATT-ATTACGTCATTTGT
gi|147327                     : TTCTAATACA-CTTCAGAAAATTCCAGTGA-TTTCAT---T-----GGTT----GGTT----TTCTTAGA-------TTTGT-GGGTATT--AAAAC-CTACA----T----A---TA-CCG-TT--GGTAAAATCACCACG--------TTTTGATG-TT-CT--AAA-T-ATT-ACTACATCATTTGTttac
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gi|147352                     :     AACACAATTTCATCAATTTCCTGTGT-TTTAAT---T-----GTTT----GATG----TAATTGGA-------TTTGT-GAATATC--AAAAA-CTGCG----TTTGGA---TACACTGCA--GGTTAAATTACCACG-C-----Tt
gi|147353                     :      ACGCA-CTTCAGTAATTTCCTGTGA-TTTTAA---T-----GGTT----GGTG----CTCTTAGA-------TTTGA-GGGTATT--TAAAA-CTAC----------------------A--GGTACGGTAACCAAG-------TGTTTG-CG-TT-CTTTATG-TCATT-atattcattactgggtcgtttgtttac
gi|147354                     :                    ATATCCTCTGA-CTTCAT---T-----GGTT----G------------ACA-------TTT-C-AGGTATT--AAAAA-TTACA----T----G---TC-A--------GTAAAATGACCAtgtttac
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lowQualScore                  :                                         3                   1      111 99999    5555    6666        1111111        2    77     2    444444 55555 2  99 666                 666666 22          3  3   3 88                 
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Reference ( family-573 )      :                               TTCTAACACC-CTTCAGAAATTTCCTGTGA-TTTCAT---T-----GGTT----GGTG----CTCTTAGA-------TTTGCGGG-TATT--AAAAA-CTGC------A-----T-AT--ANC-GTCGGTAAAATCACCAC------G--TTTTCGCGTT-CT-ATG-T--ATTACTACGTCATTTGT
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gi|147344                     :                               TTCCAATGGC-CTTCAGAAATTTCCTGTGA-TTTTAT---T-----GGTTGGTGGGTG----CTCTTAGA-------TATGTTGG-TATC--AAAAA-CTGC------ATTAT-T-AT--ACT-GTCGGTAAAAttac
gi|147345                     :                               TTCTAACACC-CTTAAGAAATTTCCT-TGA-TTTCAT---T-----GGTT----GGTG----CTC
gi|147346                     :                               TTCTAACACC-CTTCAGAAATTTCATGTGA-
gi|147346                     :                                                                                                                               A-CTGT------A-----T-AT--ACA-GTCAGTAAAATCGCCAT------G--CTTTCCAATT-CT-ATG-C--ATTGCTTCGTCATTTGcactgtatatacagtcagtaaaatcgccatgctttccaattctatgcattgcttcgtcatttggctac
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gi|147352                     :                                   AACACAATTTCATCAATTTCCTGTGT-TTTAAT---T-----GTTT----GATG----TAATTGGA-------TTTGTGAA-TATC--AAAAA-CTGCGTTTGGA-----T-AC--ACT-GCAGGTTAAATTACCAC------G-------------CT-ATA-TTCATTACTGGGTCGTTTGT
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gi|147357                     :                                                        TGCGA-CTCCAT---T-----GGCT----GACG----CACTTATA-------TTTGCAGG-TATT--AAAAA-CTGA------A-----T-AT--ACT-GTCTGTAAGATCATCAC------A--TTATAATGTTACT-ATT-T--GTTcagtttcttt
gi|147358                     :                                                         GTGA-TTTCAT---T-----GGTT----GATG----C------A-------TTTTTGGC-AATT--AAACA-CAGC------A-----T-------C-GTCGGT-AAATCACAAT------G--T------GT---A-ATG-T--ATTACTACGCCGTTTGTtac
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lowQualScore                  :                                         3                   1      111 99999    5555    6666        1111111        2    77     2    444444 55555 2  99 2 1                 666666 22          3  3   3 88                 
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Reference ( family-573 )      :                               TTCTAACACC-CTTCAGAAATTTCCTGTGA-TTTCAT---T-----GGTT----GGTG----CTCTTAGA-------TTTGCGGG-TATT--AAAAA-CTGC------A-----T-AT--A-CCGTCGGTAAAATCACCAC------G--TTTTCGCGTT-CT-ATG-T--ATTACTACGTCATTTGT
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gi|147357                     :                                                        TGCGA-CTCCAT---T-----GGCT----GACG----CACTTATA-------TTTGCAGG-TATT--AAAAA-CTGA------A-----T-AT--A-CTGTCTGTAAGATCATCAC------A--TTATAATGTTACT-ATT-T--GTTcagtttcttt
gi|147358                     :                                                         GTGA-TTTCAT---T-----GGTT----GATG----C------A-------TTTTTGGC-AATT--AAACA-CAGC------A-----T--------CGTCGGT-AAATCACAAT------G--T------GT---A-ATG-T--ATTACTACGCCGTTTGTtac
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lowQualScore                  :                                         3                   1      111 99999    5555    6666        1111111        2    77     2    444444 55555 2  99 2 1                 666666 22          3  3   3 88                 
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Reference ( family-573 )      :                               TTCTAACACC-CTTCAGAAATTTCCTGTGA-TTTCAT---T-----GGTT----GGTG----CTCTTAGA-------TTTGCGGG-TATT--AAAAA-CTGC------A-----T-AT--A-CCGTCGGTAAAATCACCAC------G--TTTTCGCGTT-CT-ATG-T--ATTACTACGTCATTTGT
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gi|147346                     :                                                                                                                               A-CTGT------A-----T-AT--A-CAGTCAGTAAAATCGCCAT------G--CTTTCCAATT-CT-ATG-C--ATTGCTTCGTCATTTGcactgtatatacagtcagtaaaatcgccatgctttccaattctatgcattgcttcgtcatttggctac
gi|147347                     : ttctaacacccttcagaaatttcatgtgacTTTTAACACC-CTTTAGAAATGTCTTGTGA-TTTCAC---T-----GGAT----GGTgctac
gi|147348                     :                                  TAACACC-CTTCAGGCATTTCCTGTGA-TTACAT---TTAAATGGTC----GGTG----CTCTTAGA-------TGTGCGGG-TATT--ATCAA-CTGC------A-----T-AT--A-CCGTTGGTGAAATCATCAC------GT-TTTTCGCGTT-AT-ATG-T--ATTACTACGTCATTTGT
gi|147349                     :                                  TAACAAC-CTTCAGAAATTTTCTATTA-TTTCAT---T-----GATT----GGTG----GTCTTGAA-------TATACAGG-TATT--ACAAA-CTTT------A-----T-ATACA-CCGTCGGTAAAATCACCAC------G--TTTTCGTGTT-CT-AT------TCATTACGTCATTTGTtgac
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gi|147355                     :                                                    TCCCTGTGA-TTTTAT---T-----GGTT----AATGAATGCTCTTGGAGTTGTGGTTTGTGGA-TATT--AAAAA-CTGT------A-----TAATAAA-TTGTCGGTAAAACCATAAT------A--TTTTtcattgctgtttgtttctgatagagaatgattatgtca
gi|147356                     :                                                     TCCTGTAA-TTTCTT---T---------------------CTCTCACG-------TGAAGGGG-TATC--AAAAA-CTAC------A-----T-AT--A-CCATCGATAGAGCCA----------------TCACGTT-CT-GTG-T--ATCACTGCG
gi|147357                     :                                                        TGCGA-CTCCAT---T-----GGCT----GACG----CACTTATA-------TTTGCAGG-TATT--AAAAA-CTGA------A-----T-AT--A-CTGTCTGTAAGATCATCAC------A--TTATAATGTTACT-ATT-T--GTTcagtttcttt
gi|147358                     :                                                         GTGA-TTTCAT---T-----GGTT----GATG----C------A-------TTTTTGGC-AATT--AAACA-CAGC------A-----T--------CGTCGGT-AAATCACAAT------G--T------GT---A-ATG-T--ATTACTACGCCGTTTGTtac
gi|147359                     :                                                                                                                 GGG-TGTT--AAAAAACAAC------A-----T-TT--A-CCGTCGGTAAAATCACCAC------A--TGTTCGCGTT-CT-ATG-T--ATTAGT--GTCATTTGTttac
gi|147360                     :                                                                                                                                     ------A-----T-AA--A-CCGTCGGTAAAATCACCAC------G--TTTTCGCGTT-CC-ATG-T--TTCACTACGTCATTTGTtta


blockSeqs                     :                                         A                   A      ATT AAAAT    GGTG    AATG        GTTGTGG        G    TA     A    GTTTGG TAAAT A  AC A C                 GTTTTT TT          A  A   T TC
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   TAAAT    .       .           .              .    .      .    .      TTAT  .  AC . C                 .      T           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      TAT   .  AA . C                 .      T           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . C                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . C                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . A                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . C                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . T                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . C                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . T                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . T                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . C                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . C                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . A                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . T                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . A                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . C                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . C                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . C                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . T                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . T                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . T                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . C                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . T                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . C                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . C                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . C                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . .                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                         .                   .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . .                 .      .           .  .   . . 
blockSeqs                     :                                                             .      .   .        .       .           .              .    .      .    .      .     .  .  . .                 .      .                      
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blockSeqs                     :                                                             .      .   .        .       .                          .    .      .    .      .     .  .  . .                                               
blockSeqs                     :                                                             .      .   .        .                                                   .      .     .  .  . .                                               
blockSeqs                     :                                                             .                                                                                                                                            


blockSeqCons                  :                               
originalCons                  :                               TTCTAACACC-CTTCAGAAATTTCCTGTGA-TTTCAT---T-----GGTT----GGTG----CTCTTAGA-------TTTGCGGG-TATT--AAAAA-CTGC------A-----T-AT--A-CCGTCGGTAAAATCACCAC------G--TTTTCGCGTT-CT-ATG-T--ATTACTACGTCATTTGT
finalCons                     :                               TTCTAACACC-CTTCAGAAATTTCCTGTGA-TTTCAT---T-----GGTT----GGTG----CTCTTAGA-------TTTGCGGG-TATT--AAAAA-CTGC------A-----T-AT--A-CCGTCGGTAAAATCACCAC------G--TTTTCGCGTT-CT-ATG-T--ATTACTACGTCATTTGT





Alignments
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Reference ( family-573 )      :                               TTCTAACACC-CTTCAGAAATTTCCTGTGA-TTTCAT---T-----GGTT----GGTG----CTCTTAGA-------TTTGCGGG-TATT--AAAAA-CTGC------A-----T-AT--A-CCGTCGGTAAAATCACCAC------G--TTTTCGCGTT-CT-ATG-T--ATTACTACGTCATTTGT
gi|147324                     :                               TTCTAACACC-CTTCAGAAATTTCCTGTGA-TTTCAT---T-----GGTT----GGTG----CTCTTAGG-------TTTGGGGG-TATG--AAAAT-CTGC------A-----A-AT--A-CCATTGGTAGAATCACCAC------G--TTTTTGCATT-TT-ATG-T--ATTATTACGTCATTTGT
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gi|147346                     :                                                                                                                               A-CTGT------A-----T-AT--A-CAGTCAGTAAAATCGCCAT------G--CTTTCCAATT-CT-ATG-C--ATTGCTTCGTCATTTGcactgtatatacagtcagtaaaatcgccatgctttccaattctatgcattgcttcgtcatttggctac
gi|147347                     : ttctaacacccttcagaaatttcatgtgacTTTTAACACC-CTTTAGAAATGTCTTGTGA-TTTCAC---T-----GGAT----GGTgctac
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gi|147355                     :                                                    TCCCTGTGA-TTTTAT---T-----GGTT----AATGAATGCTCTTGGAGTTGTGGTTTGTGGA-TATT--AAAAA-CTGT------A-----TAATAAA-TTGTCGGTAAAACCATAAT------A--TTTTtcattgctgtttgtttctgatagagaatgattatgtca
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gi|147357                     :                                                        TGCGA-CTCCAT---T-----GGCT----GACG----CACTTATA-------TTTGCAGG-TATT--AAAAA-CTGA------A-----T-AT--A-CTGTCTGTAAGATCATCAC------A--TTATAATGTTACT-ATT-T--GTTcagtttcttt
gi|147358                     :                                                         GTGA-TTTCAT---T-----GGTT----GATG----C------A-------TTTTTGGC-AATT--AAACA-CAGC------A-----T--------CGTCGGT-AAATCACAAT------G--T------GT---A-ATG-T--ATTACTACGCCGTTTGTtac
gi|147359                     :                                                                                                                 GGG-TGTT--AAAAAACAAC------A-----T-TT--A-CCGTCGGTAAAATCACCAC------A--TGTTCGCGTT-CT-ATG-T--ATTAGT--GTCATTTGTttac
gi|147360                     :                                                                                                                                     ------A-----T-AA--A-CCGTCGGTAAAATCACCAC------G--TTTTCGCGTT-CC-ATG-T--TTCACTACGTCATTTGTtta