lowQualScore : 11 111 111111 11111 111 1111 111111 1111111111 111
lowQualScore : 0 44 4 0 33 2 000 5 666666 66666 0 5 5 1 8 1 9999 1 000 11 8888 77 666666666 3 6666 1 44 44444 333333 333 1111111111 22 66 1 33 3333 555 444
lowQualScore : . .. . . .. . ... . ...... ..... . . . . . . .... . ... .. .... .. ......... . .... . .. ..... ...... ... .......... .. .. . .. .... ... ...
lowQualScore : 4 66 6 4 77 3 000 4 000000 99999 6 4 0 4 4 4 0000 0 000 99 3333 00 222222222 6 6666 9 55 66666 444444 555 6666666666 88 44 1 33 6666 666 000
consensus : TACCAGATN-TNGAAGGTATNATNAATCACGATC---TNANTGT-NATATC-GNANTGGTCNAAACA-GTGGTTAGTNAATTTCAA-CCC---GAACAAAACN--GAAGCAA--T--TNT-NTTC--A------CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT--CTNA---TCCGTNT------TTA--ATN-TTTGATAATATCCC-A--GTAA--NATTTGTTG---ATCAC
Reference ( gi|34642 ) : TACCAGATT-TAGAAGGTATTCTTAATCACGATC---TTACTGT-CATATC-GCAGTGGTCCAAGCA-GTGGTTAGTAAATTTTAA-CCC---GAACAAAACA--GAAGCAA--T--TAT-GTTC--A------CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT--CTTA---TCCATTT------TTA--ATT-TTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34643 : TACCAGAAT-TAGAAGGTATTCTTAATCACGATC---TTACTGT-CATATC-GCAGTGGTCCAAGCA-GTGGTTAGTAAATTTTAA-CCC---GAACAAAACA--GAAGCAA--T--TAT-GTTC--A------CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT--CTTA---TCCATTT------TTA--ATT-TTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---
gi|34640 : TACCAGATA-CAGAAGGTATTCTTAATCACGATC---TTATTGT-CATATC-GCAGTGGTCTAAGCA-GTGGTTAGTAATTTTTAA-CCC---GAACAAAACA--GAAGCAA--T--TAT-GTTC--A------CATT---AA-ATAAA--AATG----TTT--CTTA---TCCATTT------TTA--ATT-TTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34644 : TACCAGATT-TAGAAGGTATTCTTAATCACGATC---TTACTGT-CATATC-GCAGTGGTCCAAGCA-GTGGTTAGTAAATTTTAA-CCC---GAACAAAACA--GAAGCAA--T--TAT-GTTC--T------CAGT---AA-ATAAAT-TATA----TTT--CTTA---TCCATTT------TTA--ATT-TTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34641 : TACCA-ATT-TAGAAGGTATTCTTAATCACGATC---TTATTGT-CATATC-GCAGTGGTCCAAGCA-GTGGTTAGTAAATTTTAA-CCT---GAACAAAACA--GAAGCAA--T--TAT-GTTC--A------CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT--TTTA---TTCATTT------TTA--ATT-TTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---AT
gi|34645 : TACCAGATT-TAGAAAGTATTCTTAATCACGACC---TAACTGT-CATATT-GCAGCGGTCCAATCA-GTGGTTAATATACTTTAA-CCC---GAACAAAACA--GAAGCAA--T--TAT-GTTCTTACTACGTCACT---AA-ATAAA--AATG----TTT--CTTA---TCCATTT------TTA--ATT-TTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---aatcac
gi|34637 : TAACAGATA-TTGAAGGAATTTTAAATTACGACC---TAAGTAT-GATTTC-AGATTGGTCAAAACA-GTGGTTAGTTAATTTTAA-TCC---AAATAAAACA--GAAGCAA--T--T-T-TTTT--A------CTTT---AA-A-AAA--TATA----T-----GTA---TCCTTCT------TTG--ACG-TTTAATGATA--CC-AATGTCA--AGTTTGTAG---ATCA
gi|34635 : aataTAACAGATT-TAGAAAGTATAATAAACAATAATC---TGATCGT-TATATC-AAAGTGGGCAAAACA-ATGGTTAGTGAAGTTTAA-CCC-----CCAAAACACTGAAGCTA-----TAC-TTTT--A------CTCA---AA-ATAGA--AATG----TTT--CAAA---TCTGAAT------TTA--TTG-TTTGAAAATGTtca
gi|34632 : caaattTATCAGATC-TTGAAGGTATAATAAATCACGATCTAGTTA-TGT---TATCTGC-TTGGACAAAACA-GTGGTTAGTTACGTTCAA-TCCCTTG---AAAACT--GAAGCAA--T--ATT-ATTC--A------CATC---AA-A-ACA--A--G----TTC--GTAA---TCCATCA------CTA--TTG-TTTGAAAATATTCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCACt
gi|34636 : acaaataTATCAGATC-TTGAAGGTATAATAAATCACGATCTAGTTA-TGT---TATCTGC-TTGGTCAAAACA-GTGGTAAGTTACGTTCAA-TCCCTTG---AAAACT--GAAGCAA--T--ATT-ATTC--A------CATC-------TAAA--ACAG----TTC--GTAA---TCC---T------TCACTATTATTTGAAAATATCCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCAC
gi|34631 : aaataTATCAGATC-TTGAAGGTATAATAAATCACGATCTAGTTA-TGT---TATCTGC-TTGGTCAAAACG-GTGGCTAGTTACGTTCAA-TCC---ATTGAAAACT--GAAGCAA-----TATCATTC--A------CATC-------TAAA--AAAG----TTC--GTAA---TCCTTCA------CTA--TTG-TTTGAAAATATTCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCAC
gi|34633 : acaaataTATCAGATC-TTAAAAGTATAATAAATCACGATCTAGTTA-TGT---TATCTGCA-TGGTCAAAACA-GTTGTTAGTTACGTTCAA-TCCCTTGAAC---ACT--GAAGCAA--T--ATT-ATTC--A------CATC-------TAAA--AAAG----TTC--GTAA---TCCTTCA------CTA--TTG-TTTGAAAATAAACC-T--GTAA--CATTTGTTG---
gi|34647 : acaaataCAGATT-TAGAAGGTTTAATAAATAATGATC---TGATCGT-TATATC-AAAGTGGGCAAAACA-ATGGTAAGTGAATTTTAATCCC------CAAAACACTGAAACTA--T--AGT-TTTT--A------CTCT---AA-ATAGA--AATT----TTT--CAAA---TCCGAAT------TTA--TTG-TTTGAAAATGTTTT-A--GTTA--ATTTTGTAG---aaaacac
gi|34638 : CAGAATATAGAGGGAATCATTAATCATAATT---TAAGTAT-TATTTC-TAAGTGGACTAAACA-GTGGTTAGTGAAATTTAA-TCT---AGATAAAACA--GAAGCAA--TGCTAT-TTTC--T------C----------TGAG--ACAG----TCTG-CTGATGTTCCAAAT------TTG--ATA-TTTGACAATGTCCC-T--ATAT--ACTTTGTAG---atatca
gi|34634 : tataAGACT-TTGAAGGCATAATTAATTACGATT---TGATAAC-AATAAC-AGAATGGTCAAAACA-ATGGTTGGTTAATTTCAA-CCC---AAATAAAACT--GAAGCAA--T--GTT-CTTT--A------CCCTTAAAA-ATAAA--AAT-----CTT--C--A---TCCGCAC------TTG--ATT-TTTGATAACACTGA-A--ATAA--TATTTGT
gi|34653 : caaccatttaAGATA-TTGAAGGTATTATCAATCATGAT----TTATTACATATATC-GTGCTGGGCCAACCA-GTGGCTGGTTAATTTTAA-TCC---GAACAAGACA--AAAGC-------TGT-GTTacaaaatca
gi|34650 : AGATC-TTGAAGGTATTATAAACTATGATT---TTGATAT-TATATC-TAAATGGTCTAAACA-ATGAATGGTGAACTTTAA-TCC---GAACAAAACT--GAAGC-------TAT-GTTC--ttttaccttatggaattgtgactcacttcctaaattgttttaatgacattcctcttgaatttgttcaa
gi|34654 : AGATA-TAGAAGGGATTATCAATCATGATT---TGAAAAT-GATCTC-TAATTGGGCCAGTCA-GTAGCTAGTTAAGTTAAA-TCC---AGATAAAACT--GAAGCTA--T--GCT-ATTT--A------CTTT---TA-ATCAA--TGTGAGGCTTTGCCTCA------ACTT-----------ATG-TTTAATAACA-CCC-A--GTCA--CTTTTGTTA---ATttctctttaagaaaacctgatagactacctaatattatatttgaaaatacttctttacaatttg
gi|34646 : AGATA-TTGAAGGAATTATTAACCACGATT---TAAATAT-TATATCTGCA-----------A-GTGGCTAGTTAAGTTCAA-TCC---AGACAAAACT--GAAGCTA--T--TCT-TTTG--T------CATTG--AA-ACA-------G----TT----TGA---TGCACTTCCAAACTTG--ATG-TTCGACAATATTCCGA--TTAA--CATTaattac
gi|34658 : tatccaGATA-TTGAAGGTTTAATTAATCATGATC---TTTTAAT-AATATC-CCAGTGGGCTAAACA-ATGGCTAGTAAATTTCAA-CCC---TAACAAAACC--GAAGC-------TAT-GTT
gi|34657 : GATC-TTGAAGGTATCATAAACTATGATC---TTGATAT-TATAGC-TGAATGGTCTTAACA-ATTGATGGTGATTTTTTA-TCC---GAACAAAATT--GAAGCAA--T--ttt
gi|34652 : T-TA-AAGACATAATTAATTACGATT---TAACAAC-AATAAC-AGAATGTTCAAAACA-ATGGTTGGTTAATTTTAA-TCC---AAATAAAACT--GAAGCAA--T--GTT-CTTT--A------CCCT-------TAAA--AAgttttactctttaagaaaacctgatagactacctaatattatatttgaaaatacttctttacaatttgttaa
gi|34651 : agacaGAAGGCATAATTAATTACGATT---TGATAAC-AATAAC-GGAATGGTCAAAACG-ATGGTTTGTTAATTTCAA-CCC---AAATAAAACT--AAAGCAA--T--GTT-CTTT--A------CCCTTAAAA-ATGAA--AAT-----TTT--ATT----TGCA--T------TTA--ATT-TTTGATAATACTGA-A--ATAA--TATTTGT
gi|34648 : agacattGAAGGCATAATTAATTACGATT---TGATAAC-AATAAC-AGAATGGTCAAAACA-ATGGTTGGTTAATTTCAA-CCC---AAGTAAAACT--GAAGCAA--T--GTT-CTTT--A------CCCTTAAAA-ATGAA--AAT-----CTT--C--A---TCCGCAT------TTG--ATA-TTTGATAATACTGA-A--ATAA--TATTTGTaaaaaaaca
gi|34639 : agacattGAAGGAATTATTAACCACGATT---TAAATAT-TGTATCTGCA-TGGGCTAAACA-GTGGCTAGTTAAGTTCAA-TCC---AGACAAAACT--GAAGCAA--T--TCT-TTTC--T------CATT---GACACAGATCGATG-----CA--CT-----TCCAAAC------TTG--ATG-TTCGACAATACTCC-G--ATTA--ACTTTGTTG---acaaaacca
gi|34659 : tatccaaaatattGAAGGAATTGTAAACAACGATA---TAAGTGT-GATTTC-AGATTGGTCAAAACA--TGGTTGGTTTATTTTAA-CCC---AAATAAAACA--GAAGCAA--T--TTTAATTC---------CGTT---TA-AAAAA--CATG-----------TA---TCCTTCT------TTG--ACT-TAAAATAATA--CC-A--GTGGCTAGTTTGCTG---ATCA
gi|34649 : tGAAGGCATAATTAATTACGATT---TGATAAC-AATAAC-AGAATGGTCAAAACA-ATGGTGGGTTAATTTCAA-CCC---AAATAAAACT--GAAGCAA--T--tca
gi|34655 : agacattGAAGTAATTATCAATTATGATT---TAAATAT-TATCTC-AAATTGGGCCAAACA-ATGGTTAGTGTATTTTAA-TCC---GGAGAAGACT--GAGGCAACGT--TTT-GTTC--attctttacctttaaaaa
gi|34656 : agacattAATTATGATT---TAAATAT-TATCTC-AAATTGGGTCAAACA-ATGGTTAGTACATTTCAT-TCT---GAG-AAGACT--GAGGCAA--T--taagaaactacgaacgataccctaacttatttttcaaaagactaagattaactttgtagaaaatca
gi|34662 : agacattgaaggCAAACACATGGCTAGTTACTTTTAA-TCC---TATGAAAACA--GAATCAA--T--gttttt
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|34660 ): ATGATCAATCGTGACTTAGCCACTATTAACCACTGGGCAACACATGGCTAGTTACTTTTAATCCTATGAAAACTGAATCAATGGTTATTTCGAGGAAAATTAACAAACCTGTTCAC
Unaligned ( gi|34661 ): ATGATCAATCGTGACTTAGCCACTATTAACCACTGGGCAAACACATGGCTAGTTACTTTTAATCCTATGAAAACCGAATCAATGGTTATTTCGAGGAAAATTAACAAACCTGTTCAC
Unaligned ( gi|34663 ): TGGTCAAAACAATGGCTTGTAACTTTTAATCCATCGAAGACTGAATCGCTTCTTATATCTAGGAAACGTAATC
Unaligned ( gi|34664 ): TGGTCAAAACAATGGCTTGTAACTTTTAATCCATCGAAGACTGAATCGCTTCTTATATCTAGGAAACGTAATC
Unaligned ( gi|34665 ): TGGTCAAAACAATGGCTTGTAACTTTTAATCCATCGAAGACTGAATCGCTTCTTATATCTAGGAAACGTAATC
Unaligned ( gi|34666 ): TGGTCAAAACAATGGCTTGTAACTTTTAATCCATCGAAGACTGAATCGCTTCTTATATCTAGGAAACGTAATC
Unaligned ( gi|34667 ): TGGTCAAAACAATGGCTTGTAACTTTCAATCCGTCGAAGACTGAA
Alignments
lowQualScore : 1111 1111111111111111111111 11111 111
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 5555555 1 1 22 999 2 1 1 2 2 1 0 1 6666 6666 1 11 77 22 555555555 4 6666 1 1 33 1 5555 3333333333333333333333 11111 333 1 333 4444 333 222
lowQualScore : . . . . . . ....... . . .. ... . . . . . . . . .... .... . .. .. .. ......... . .... . . .. . .... ...................... ..... ... . ... .... ... ...
lowQualScore : 4 0 0 5 5 5 5555555 0 4 33 666 2 6 4 5 2 0 3 2 0000 7777 0 77 44 44 333333333 1 0000 5 3 77 0 8888 3333333333333333333333 00000 333 5 222 2222 444 444
consensus : TACCAGA-TNTTGAAGGTATNATNAATCACGATCT---N---ANTAT-NATATC-GGANTGGTCNAA-ACAGTGGTTAGTNAATTTTAA-CCC---GAAC---AAAACTGAAGCAA--TNTT-NTTC--A------CNCT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTNA---T------CC--GTNTTTAAT--NTTTGATAATA-TCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
Reference ( family-572 ) : TACCAGA-TNTNGAAGGTATNATNAATCACGATCT---N---ANTGT-NATATC-GNANTGGTCNAA-ACAGTGGTTAGTNAATTTCAA-CCC---GAAC---AAAACNGAAGCAA--TTNT-NTTC--A------CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTNA---T------CC--GTNTTTAAT--NTTTGATAATA-TCCC-A--GTAA--NATTTGTTG---ATCAC
gi|34631 : TATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCT---A---GTTAT-GTTATC-TGCTTGGTCAAA-ACGGTGGCTAGTTACGTTCAA-TCC---ATTG---AAAACTGAAGCAA--TATC-ATTC--A------CATC-------TAAA--AAAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--GTTTGAAAATA-TTCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCAC
gi|34632 : acaaataTATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCT---A---GTTAT-GTTATC-TGCTTGGACAAA-ACAGTGGTTAGTTACGTTCAA-TCC------CTTGAAAACTGAAGCAA--TATT-ATTC--A------CATC---AA-A-ACA--A--G----TTC------GTAA---T------CC--ATCACTATT--GTTTGAAAATA-TTCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCAC
gi|34633 : acaaataTATCAGA-TCTTAAAAGTATAATAAATCACGATCT---A---GTTAT-GTTATC-TGCATGGTCAAA-ACAGTTGTTAGTTACGTTCAA-TCCCTTGAAC------ACTGAAGCAA--TATT-ATTC--A------CATC-------TAAA--AAAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--GTTTGAAAATA-AACC-T--GTAA--CATTTGTTG---
gi|34634 : acaaataAGA-CTTTGAAGGCATAATTAATTACGATTT---G---ATAAC-AATAAC-AGAATGGTCAAA-ACAATGGTTGGTTAATTTCAA-CCC---AAAT---AAAACTGAAGCAA--TGTT-CTTT--A------CCCTTAAAA-ATAAA--AATC----T---------TCA---T------CC--GCACTTGAT--TTTTGATAACA-CTGA-A--ATAA--TATTTGTaaaacac
gi|34635 : caaccatttaTAACAGA-TTTAGAAAGTATAATAAACAATAATCT---G---ATCGT-TATATC-AAAGTGGGCAAA-ACAATGGTTAGTGAAGTTTAA-CCC---CCAA---AACACTGAAGCTA--TACT-TTT---A------CTCA---AA-ATAGA--AATG----TTT------CAAA---T------CT--GAATTTATT--GTTTGAAAATG-Tacaaaatca
gi|34636 : caaattTATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCT---A---GTTAT-GTTATC-TGCTTGGTCAAA-ACAGTGGTAAGTTACGTTCAA-TCC------CTTGAAAACTGAAGCAA--TATT-ATTC--A------CATC-------TAAA--ACAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--ATTTGAAAATA-TCCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCACt
gi|34637 : aaataTAACAGA-TATTGAAGGAATTTTAAATTACGACCT---A---AGTAT-GATTTC-AGATTGGTCAAA-ACAGTGGTTAGTTAATTTTAA-TCC---AAAT---AAAACAGAAGCAA--TTTT-TTT---A------CTTT---AA-A-AAA--TATA----TGT---------A---T------CC--TTCTTTGAC--GTTTAATGATA---CC-AATGTCA--AGTTTGTAG---ATCA
gi|34638 : aataCAGAATATAGAGGGAATCATTAATCATAATTT---A---AGTAT-TATTTC-TAAGTGGACTAA-ACAGTGGTTAGTGAAATTTAA-TCT---AGAT---AAAACAGAAGCAA--TGCT-ATTT--T------CTCTG--AG-ACA-------G----TCTG-----CTGATGTT------CC--AAATTTGAT--ATTTGACAATG-TCCC-T--ATAT--ACTTTGTAG---tca
gi|34639 : tataAAA-TATTGAAGGAATTATTAACCACGATTT---A---AATAT-TGTATC-TGCATGGGCTAA-ACAGTGGCTAGTTAAGTTCAA-TCC---AGAC---AAAACTGAAGCAA--TTCT-TTTC--T------CATT---GACACAGATCGATGCA--CTT------CCAA----------------ACTTGAT--GTTCGACAATACTCCG-A--TTAA--C-TTTGTTG---
gi|34640 : tatccaTACCAGA-TACAGAAGGTATTCTTAATCACGATCT---T---ATTGT-CATATC-GCAGTGGTCTAA-GCAGTGGTTAGTAATTTTTAA-CCC---GAAC---AAAACAGAAGCAA--TTAT-GTTC--A------CATT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATG-TCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34641 : TACCA-A-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCT---T---ATTGT-CATATC-GCAGTGGTCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAA-CCT---GAAC---AAAACAGAAGCAA--TTAT-GTTC--A------CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------TTTA---T------TC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATG-TCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---AT
gi|34642 : TACCAGA-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCT---T---ACTGT-CATATC-GCAGTGGTCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAA-CCC---GAAC---AAAACAGAAGCAA--TTAT-GTTC--A------CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATG-TCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCACaatcac
gi|34643 : TACCAGA-ATTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCT---T---ACTGT-CATATC-GCAGTGGTCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAA-CCC---GAAC---AAAACAGAAGCAA--TTAT-GTTC--A------CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATG-TCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---
gi|34644 : TACCAGA-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCT---T---ACTGT-CATATC-GCAGTGGTCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAA-CCC---GAAC---AAAACAGAAGCAA--TTAT-GTTC--T------CAGT---AA-ATAAAT-TATA----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATG-TCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34645 : TACCAGA-TTTAGAAAGTATTCTTAATCACGACCT---A---ACTGT-CATATT-GCAGCGGTCCAA-TCAGTGGTTAATATACTTTAA-CCC---GAAC---AAAACAGAAGCAA--TTAT-GTTCTTACTACGTCACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATG-TCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---
gi|34646 : AGA-TATTGAAGGAATTATTAACCACGATTT---A---AATAT-TATATCTGCA------------AGTGGCTAGTTAAGTTCAA-TCC---AGAC---AAAACTGAAGCTA--TTCT-TTTG--T------CATTG--AA-ACA-------G----TTTGATGCACT-----T------CC--AAACTTGAT--GTTCGACAATA-TTCCGA--TTAA--CATT
gi|34647 : tatccaCAGA-TTTAGAAGGTTTAATAAATAATGATCT---G---ATCGT-TATATC-AAAGTGGGCAAA-ACAATGGTAAGTGAATTTTAATCCC---CAA----AACACTGAAACTA--TAGT-TTTT--A------CTCT---AA-ATAGA--AATT----TTT------CAAA---T------CC--GAATTTATT--GTTTGAAAATG-TTTT-A--GTTA--ATTTTGTAG---
gi|34648 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTT---G---ATAAC-AATAAC-AGAATGGTCAAA-ACAATGGTTGGTTAATTTCAA-CCC---AAGT---AAAACTGAAGCAA--TGTT-CTTT--A------CCCTTAAAA-ATGAA--AATC----T---------TCA---T------CC--GCATTTGAT--ATTTGATAATA-CTGA-A--ATAA--TATTTGTatatca
gi|34649 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTT---G---ATAAC-AATAAC-AGAATGGTCAAA-ACAATGGTGGGTTAATTTCAA-CCC---AAAT---AAAACTGAAGCAA--TATT-CTTT--A------CCTT-------TAAA--AAacaaaacca
gi|34650 : AGA-TCTTGAAGGTATTATAAACTATGATTT---T---GATAT-TATATC-TAAATGGTCTAA-ACAATGAATGGTGAACTTTAA-TCC---GAAC---AAAACTGAAGCTA--TGTT-CTTC--T------CTTT---AA-G-AAA--A---------C------CTGA---TAGACTACCTAATATT--AT--ATTTGAAAATA-CTTC-T--TTAC--AATTTG
gi|34651 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTT---G---ATAAC-AATAAC-GGAATGGTCAAA-ACGATGGTTTGTTAATTTCAA-CCC---AAAT---AAAACTAAAGCAA--TGTT-CTTT--A------CCCTTAAAA-ATGAA--AAT-----TTT---------A---T------TT--GCATTTAAT--TTTTGATAATA-CTGA-A--ATAA--TATTTGT
gi|34652 : AGA-CATTAAAGACATAATTAATTACGATTT---A---ACAAC-AATAAC-AGAATGTTCAAA-ACAATGGTTGGTTAATTTTAA-TCC---AAAT---AAAACTGAAGCAA--TGTT-CTTT--A------CCCT-------TAAA--AAaaaaaaaca
gi|34653 : AGA-TATTGAAGGTATTATCAATCATGAT-T---T---ATTACATATATC-GTGCTGGGCCAA-CCAGTGGCTGGTTAATTTTAA-TCC---GAAC---AAGACAAAAGCTG--TGTT-TTTT--A------CCTT------ATGGA--ATTG----TGA------CTCA-----------C--TTCCTAAATTGTTTTAATGACA-TTCC-T--CTTG--AATTTGTT
gi|34654 : AGA-TATAGAAGGGATTATCAATCATGATTT---G---AAAAT-GATCTC-TAATTGGGCCAG-TCAGTAGCTAGTTAAGTTAAA-TCC---AGAT---AAAACTGAAGCTA--TGCT-ATTT--A------CTTT---TA-ATCAA--TGTGAGGCTTTGC----CTCA---A------C------TT--AT--GTTTAATAACA--CCC-A--GTCA--CTTTTGTTA---ATcaa
gi|34655 : AGA-CATTGAAGTAATTATCAATTATGATTT---A---AATAT-TATCTC-AAATTGGGCCAA-ACAATGGTTAGTGTATTTTAA-TCC---GGAG---AAGACTGAGGCAACGTTTT-GTTC--aattac
gi|34656 : AGA-CATTGAAGG-------AATTATGATTT---A---AATAT-TATCTC-AAATTGGGTCAA-ACAATGGTTAGTACATTTCAT-TCT---GAG----AAGACTGAGGCAA--TGTT-TTTtaagaaactacgaacgataccctaacttatttttcaaaagactaagattaactttgtagaaaatca
gi|34657 : GA-TCTTGAAGGTATCATAAACTATGATCT---T---GATAT-TATAGC-TGAATGGTCTTA-ACAATTGATGGTGATTTTTTA-TCC---GAAC---AAAATTGAAGCAA--TGTT-TTAC--T------CTTT---AA-G-AAA--A---------C------CTGA---TAGACTACCTAATATT--AT--ATTTGAAAATA-CTTC-T--TTAC--AATTTGTTA---
gi|34658 : GA-TATTGAAGGTTTAATTAATCATGATCT---T---TTAAT-AATATC-CCAGTGGGCTAA-ACAATGGCTAGTAAATTTCAA-CCC---TAAC---AAAACCGAAGCTA--TGTT-TTT
gi|34659 : GAAGGAATTGTAAACAACGATAT---A---AGTGT-GATTTC-AGATTGGTCAAA-ACA-TGGTTGGTTTATTTTAA-CCC---AAAT---AAAACAGAAGCAA--TTTTAATTC---------CGTT---TA-AAAAA--CATG----T-----------A---T------CC--TTCTTTGAC--TTAAAATAATA---CC-A--GTGGCTAGTTTGCTG---ATCA
gi|34660 : tATGATCAATCGTGACTTAGCC---ACTAT-TA-ACC---ACTGGGCAAC-ACA-TGGCTAGTTACTTTTAA-TCC---TATG---AAAACTGAATCAA--Ttca
gi|34661 : ATGATCAATCGTGACTT---AGCCACTAT-TA-ACC---ACTGGGCAAACACA-TGGCTAGTTACTTTTAA-TCC---TATG---AAAACCGAATCAA--Tggttatttcgaggaaaattaacaaacctgttcac
gi|34662 : ACTGGGCAAACACA-TGGCTAGTTACTTTTAA-TCC---TATG---AAAACAGAATCAA--Tggttatttcgaggaaaattaacaaacctgttcac
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34663 ): TGGTCAAAACAATGGCTTGTAACTTTTAATCCATCGAAGACTGAATCGCTTCTTATATCTAGGAAACGTAATC
Unaligned ( gi|34664 ): TGGTCAAAACAATGGCTTGTAACTTTTAATCCATCGAAGACTGAATCGCTTCTTATATCTAGGAAACGTAATC
Unaligned ( gi|34665 ): TGGTCAAAACAATGGCTTGTAACTTTTAATCCATCGAAGACTGAATCGCTTCTTATATCTAGGAAACGTAATC
Unaligned ( gi|34666 ): TGGTCAAAACAATGGCTTGTAACTTTTAATCCATCGAAGACTGAATCGCTTCTTATATCTAGGAAACGTAATC
Unaligned ( gi|34667 ): TGGTCAAAACAATGGCTTGTAACTTTCAATCCGTCGAAGACTGAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111 1111111111111111111111 11111 111
lowQualScore : 1 1 1 1 1 3333 1 22 99 1 1 0 1 1 1111111111 11 22 22 22 444444 1 5555 1 2 33 1 5555 3333333333333333333333 11111 333 1 22 4444 333 222
lowQualScore : . . . . . .... . .. .. . . . . . .......... .. .. .. .. ...... . .... . . .. . .... ...................... ..... ... . .. .... ... ...
lowQualScore : 4 0 5 5 5 3333 0 33 11 5 0 6 0 1 7777777777 88 33 33 00 444444 0 0000 5 2 77 0 8888 3333333333333333333333 00000 333 5 99 8888 000 444
consensus : TACCAGA-TNTTGAAGGTATNATNAATCACGATCTN---ANTAT-NATATCGGANTGGTCAAAACAGTGGTTAGTNAATTTTAA-TCC---GAAC---AAAACTGAAGCAA--T-NTT-NTTC--A------CNCT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTNA---T------CC--GTNTTTAAT--NTTTGATAATATCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
Reference ( family-572 ) : TACCAGA-TNTTGAAGGTATNATNAATCACGATCTN---ANTAT-NATATCGGANTGGTCNAAACAGTGGTTAGTNAATTTTAA-CCC---GAAC---AAAACTGAAGCAA--T-NTT-NTTC--A------CNCT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTNA---T------CC--GTNTTTAAT--NTTTGATAATATCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34631 : TATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCTA---GTTAT-GTTATCTGCTTGGTCAAAACGGTGGCTAGTTACGTTCAA-TCC---ATTG---AAAACTGAAGCAA--T-ATC-ATTC--A------CATC-------TAAA--AAAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--GTTTGAAAATATTCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCAC
gi|34632 : acaaataTATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCTA---GTTAT-GTTATCTGCTTGGACAAAACAGTGGTTAGTTACGTTCAA-TCC------CTTGAAAACTGAAGCAA--T-ATT-ATTC--A------CATC---AA-A-ACA--A--G----TTC------GTAA---T------CC--ATCACTATT--GTTTGAAAATATTCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCAC
gi|34633 : acaaataTATCAGA-TCTTAAAAGTATAATAAATCACGATCTA---GTTAT-GTTATCTGCATGGTCAAAACAGTTGTTAGTTACGTTCAA-TCCCTTGAAC------ACTGAAGCAA--T-ATT-ATTC--A------CATC-------TAAA--AAAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--GTTTGAAAATAAACC-T--GTAA--CATTTGTTG---
gi|34634 : acaaataAGA-CTTTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAAC-AATAACAGAATGGTCAAAACAATGGTTGGTTAATTTCAA-CCC---AAAT---AAAACTGAAGCAA--T-GTT-CTTT--A------CCCTTAAAA-ATAAA--AATC----T---------TCA---T------CC--GCACTTGAT--TTTTGATAACACTGA-A--ATAA--TATTTGTaaaacac
gi|34635 : caaccatttaTAACAGA-TTTAGAAAGTATAATAAACAATAATCTG---ATCGT-TATATCAAAGTGGGCAAAACAATGGTTAGTGAAGTTTAA-CCC---CCAA---AACACTGAAGCTA--T-ACT-TTT---A------CTCA---AA-ATAGA--AATG----TTT------CAAA---T------CT--GAATTTATT--GTTTGAAAATGTacaaaatca
gi|34636 : caaattTATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCTA---GTTAT-GTTATCTGCTTGGTCAAAACAGTGGTAAGTTACGTTCAA-TCCCTTGAA------AACTGAAGCAA--T-ATT-ATTC--A------CATC-------TAAA--ACAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--ATTTGAAAATATCCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCACt
gi|34637 : aaataTAACAGA-TATTGAAGGAATTTTAAATTACGACCTA---AGTAT-GATTTCAGATTGGTCAAAACAGTGGTTAGTTAATTTTAA-TCC---AAAT---AAAACAGAAGCAA--T-TTT-TTT---A------CTTT---AA-A-AAA--TATA----TGT---------A---T------CC--TTCTTTGAC--GTTTAATGATA--CC-AATGTCA--AGTTTGTAG---ATCA
gi|34638 : aataCAGAATATAGAGGGAATCATTAATCATAATTTA---AGTAT-TATTTCTAAGTGGACTAAACAGTGGTTAGTGAAATTTAA-TCT---AGAT---AAAACAGAAGCAA--T-GCT-ATTT--T------CTCTG--AG-ACA-------G----TCTG-----CTGATGTT------CC--AAATTTGAT--ATTTGACAATGTCCC-T--ATAT--ACTTTGTAG---tca
gi|34639 : tataAAA-TATTGAAGGAATTATTAACCACGATTTA---AATAT-TGTATCTGCATGGGCTAAACAGTGGCTAGTTAAGTTCAA-TCC---AGAC---AAAACTGAAGCAA--T-TCT-TTTC--T------CATT---GACACAGATCGATGCA--CTT------CCAA----------------ACTTGAT--GTTCGACAATACTCC-G--ATTA--ACTTTGTTG---
gi|34640 : tatccaTACCAGA-TACAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ATTGT-CATATCGCAGTGGTCTAAGCAGTGGTTAGTAATTTTTAA-CCC---GAAC---AAAACAGAAGCAA--T-TAT-GTTC--A------CATT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34641 : TACCA-A-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ATTGT-CATATCGCAGTGGTCCAAGCAGTGGTTAGTAAATTTTAA-CCT---GAAC---AAAACAGAAGCAA--T-TAT-GTTC--A------CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------TTTA---T------TC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---AT
gi|34642 : TACCAGA-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ACTGT-CATATCGCAGTGGTCCAAGCAGTGGTTAGTAAATTTTAA-CCC---GAAC---AAAACAGAAGCAA--T-TAT-GTTC--A------CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCACaatcac
gi|34643 : TACCAGA-ATTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ACTGT-CATATCGCAGTGGTCCAAGCAGTGGTTAGTAAATTTTAA-CCC---GAAC---AAAACAGAAGCAA--T-TAT-GTTC--A------CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---
gi|34644 : TACCAGA-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ACTGT-CATATCGCAGTGGTCCAAGCAGTGGTTAGTAAATTTTAA-CCC---GAAC---AAAACAGAAGCAA--T-TAT-GTTC--T------CAGT---AA-ATAAAT-TATA----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34645 : TACCAGA-TTTAGAAAGTATTCTTAATCACGACCTA---ACTGT-CATATTGCAGCGGTCCAATCAGTGGTTAATATACTTTAA-CCC---GAAC---AAAACAGAAGCAA--T-TAT-GTTCTTACTACGTCACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---
gi|34646 : AGA-TATTGAAGGAATTATTAACCACGATTTA---AATAT-TATATC----TG--CAA----GTGGCTAGTTAAGTTCAA-TCC---AGAC---AAAACTGAAGCTA--T-TCT-TTTG--T------CATTG--AA-ACA-------G----TTTGATGCACT-----T------CC--AAACTTGAT--GTTCGACAATATTCCGA--TTAA--CATT
gi|34647 : tatccaCAGA-TTTAGAAGGTTTAATAAATAATGATCTG---ATCGT-TATATCAAAGTGGGCAAAACAATGGTAAGTGAATTTTAATCCC---CAA----AACACTGAAACTA--T-AGT-TTTT--A------CTCT---AA-ATAGA--AATT----TTT------CAAA---T------CC--GAATTTATT--GTTTGAAAATGTTTT-A--GTTA--ATTTTGTAG---
gi|34648 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAAC-AATAACAGAATGGTCAAAACAATGGTTGGTTAATTTCAA-CCC---AAGT---AAAACTGAAGCAA--T-GTT-CTTT--A------CCCTTAAAA-ATGAA--AATC----T---------TCA---T------CC--GCATTTGAT--ATTTGATAATACTGA-A--ATAA--TATTTGTatatca
gi|34649 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAAC-AATAACAGAATGGTCAAAACAATGGTGGGTTAATTTCAA-CCC---AAAT---AAAACTGAAGCAA--T-ATT-CTTT--A------CCTT-------TAAA--AAacaaaacca
gi|34650 : AGA-TCTTGAAGGTATTATAAACTATGATTTT---GATAT-TATATCTAAATGGTCTAAACAATGAATGGTGAACTTTAA-TCC---GAAC---AAAACTGAAGCTA--T-GTT-CTTC--T------CTTT---AA-G-AAA--A---------C------CTGA---TAGACTACCTAATATT--AT--ATTTGAAAATACTTC-T--TTAC--AATTTG
gi|34651 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAAC-AATAACGGAATGGTCAAAACGATGGTTTGTTAATTTCAA-CCC---AAAT---AAAACTAAAGCAA--T-GTT-CTTT--A------CCCTTAAAA-ATGAA--AAT-----TTT---------A---T------TT--GCATTTAAT--TTTTGATAATACTGA-A--ATAA--TATTTGT
gi|34652 : AGA-CATTAAAGACATAATTAATTACGATTTA---ACAAC-AATAACAGAATGTTCAAAACAATGGTTGGTTAATTTTAA-TCC---AAAT---AAAACTGAAGCAA--T-GTT-CTTT--A------CCCT-------TAAA--AAaaaaaaaca
gi|34653 : AGA-TATTGAAGGTATTATCAATCATGAT-TT---ATTACATATATCGTGCTGGGCCAACCAGTGGCTGGTTAATTTTAA-TCC---GAAC---AAGACAAAAGCTG--T-GTT-TTTT--A------CCTT------ATGGA--ATTG----TGA------CTCA-----------C--TTCCTAAATTGTTTTAATGACATTCC-T--CTTG--AATTTGTT
gi|34654 : AGA-TATAGAAGGGATTATCAATCATGATTTG---AAAAT-GATCTCTAATTGGGCCAGTCAGTAGCTAGTTAAGTTAAA-TCC---AGAT---AAAACTGAAGCTA--T-GCT-ATTT--A------CTTT---TA-ATCAA--TGTGAGGCTTTGC----CTCA---A------C------TT--AT--GTTTAATAACA-CCC-A--GTCA--CTTTTGTTA---ATcaa
gi|34655 : AGA-CATTGAAGTAATTATCAATTATGATTTA---AATAT-TATCTCAAATTGGGCCAAACAATGGTTAGTGTATTTTAA-TCC---GGAG---AAGACTGAGGCAACGT-TTT-GTTC--aattac
gi|34656 : AGA-CATTGAAGG-------AATTATGATTTA---AATAT-TATCTCAAATTGGGTCAAACAATGGTTAGTACATTTCAT-TCT---GAG----AAGACTGAGGCAA--T-GTT-TTTtaagaaactacgaacgataccctaacttatttttcaaaagactaagattaactttgtagaaaatca
gi|34657 : GA-TCTTGAAGGTATCATAAACTATGATCTT---GATAT-TATAGCTGAATGGTCTTAACAATTGATGGTGATTTTTTA-TCC---GAAC---AAAATTGAAGCAA--T-GTT-TTAC--T------CTTT---AA-G-AAA--A---------C------CTGA---TAGACTACCTAATATT--AT--ATTTGAAAATACTTC-T--TTAC--AATTTGTTA---
gi|34658 : GA-TATTGAAGGTTTAATTAATCATGATCTT---TTAAT-AATATCCCAGTGGGCTAAACAATGGCTAGTAAATTTCAA-CCC---TAAC---AAAACCGAAGCTA--T-GTT-TTT
gi|34659 : TGAAGGAATTGTAAACAACGATATA---AGTGT-GATTTCAGATTGGTCAAAACA-TGGTTGGTTTATTTTAA-CCC---AAAT---AAAACAGAAGCAA--T-TTTAATTC--C------GTTT---AA-A-AAA--CATG----T-----------A---T------CC--TTCTTTGAC--TTAAAATAATA--CC-A--GTGGCTAGTTTGCTG---ATCA
gi|34660 : ATGATCAATCGTGACTTAGCCACTAT-TA-ACC--ACTGGGCAACACA-TGGCTAGTTACTTTTAA-TCC---TATG---AAAACTGAATCAA--TGGTT-ATTtca
gi|34663 : TGGTCAAAACAATGGCTTGTAACTTTTAA-TCC----ATCG--AAGACTGAAtcgaggaaaattaacaaacctgttcac
gi|34664 : TGGTCAAAACAATGGCTTGTAACTTTTAA-TCC----ATCG--AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
gi|34665 : TGGTCAAAACAATGGCTTGTAACTTTTAA-TCC----ATCG--AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
gi|34666 : TGGTCAAAACAATGGCTTGTAACTTTTAA-TCC----ATCG--AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
gi|34667 : TGGTCAAAACAATGGCTTGTAACTTTCAA-TCC---GTCG---AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34661 ): ATGATCAATCGTGACTTAGCCACTATTAACCACTGGGCAAACACATGGCTAGTTACTTTTAATCCTATGAAAACCGAATCAATGGTTATTTCGAGGAAAATTAACAAACCTGTTCAC
Unaligned ( gi|34662 ): AATCGTGACTTAGCCACTATTAACTACTGGGCAAACACATGGCTAGTTACTTTTAATCCTATGAAAACAGAATCAATGGTTATTTCGAGGAAAATTAACTAACCTGTTCAC
Alignments
lowQualScore : 11 1111111111 1111 1111111111111111111111 11111 111
lowQualScore : 1 1 1 1 1 5555 1 22 00 1 1 0 2 2 1 0 4444444444 11 44 22 22 444444 1 5555 1 2 33 1 5555 3333333333333333333333 11111 333 1 22 4444 333 222
lowQualScore : . . . . . .... . .. .. . . . . . . . .......... .. .. .. .. ...... . .... . . .. . .... ...................... ..... ... . .. .... ... ...
lowQualScore : 4 0 5 5 5 5555 0 33 55 4 1 4 2 8 0 2 4444444444 77 88 22 00 444444 0 0000 5 2 77 0 8888 3333333333333333333333 00000 333 5 99 8888 000 444
consensus : TACCAGA-TNTTGAAGGTATNATNAATCACGATCTN---ANTATN-ATATCGGANTGG-TCAAA-ACAGTGGTTAGTNAATTTTAATCC---GAAC---AAAACTGAAGCAA--T-GTT-NTTC--A------CNCT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTNA---T------CC--GTNTTTAAT--NTTTGATAATATCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
Reference ( family-572 ) : TACCAGA-TNTTGAAGGTATNATNAATCACGATCTN---ANTATN-ATATCGGANTGG-TCAAA-ACAGTGGTTAGTNAATTTTAATCC---GAAC---AAAACTGAAGCAA--T-NTT-NTTC--A------CNCT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTNA---T------CC--GTNTTTAAT--NTTTGATAATATCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34631 : TATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCTTGG-TCAAA-ACGGTGGCTAGTTACGTTCAATCC---ATTG---AAAACTGAAGCAA--T-ATC-ATTC--A------CATC-------TAAA--AAAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--GTTTGAAAATATTCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCAC
gi|34632 : acaaataTATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCTTGG-ACAAA-ACAGTGGTTAGTTACGTTCAATCC------CTTGAAAACTGAAGCAA--T-ATT-ATTC--A------CATC---AA-A-ACA--A--G----TTC------GTAA---T------CC--ATCACTATT--GTTTGAAAATATTCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCAC
gi|34633 : acaaataTATCAGA-TCTTAAAAGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCATGG-TCAAA-ACAGTTGTTAGTTACGTTCAATCCCTTGAAC------ACTGAAGCAA--T-ATT-ATTC--A------CATC-------TAAA--AAAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--GTTTGAAAATAAACC-T--GTAA--CATTTGTTG---
gi|34634 : acaaataAGA-CTTTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACAGAATGG-TCAAA-ACAATGGTTGGTTAATTTCAACCC---AAAT---AAAACTGAAGCAA--T-GTT-CTTT--A------CCCTTAAAA-ATAAA--AATC----T---------TCA---T------CC--GCACTTGAT--TTTTGATAACACTGA-A--ATAA--TATTTGTaaaacac
gi|34635 : caaccatttaTAACAGA-TTTAGAAAGTATAATAAACAATAATCTG---ATCGTT-ATATCAAAGTGG-GCAAA-ACAATGGTTAGTGAAGTTTAACCC---CCAA---AACACTGAAGCTA--T-ACT-TTT---A------CTCA---AA-ATAGA--AATG----TTT------CAAA---T------CT--GAATTTATT--GTTTGAAAATGTacaaaatca
gi|34636 : caaattTATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCTTGG-TCAAA-ACAGTGGTAAGTTACGTTCAATCC------CTTGAAAACTGAAGCAA--T-ATT-ATTC--A------CATC-------TAAA--ACAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--ATTTGAAAATATCCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCACt
gi|34637 : aaataTAACAGA-TATTGAAGGAATTTTAAATTACGACCTA---AGTATG-ATTTCAGATTGG-TCAAA-ACAGTGGTTAGTTAATTTTAATCC---AAAT---AAAACAGAAGCAA--T-TTT-TTT---A------CTTT---AA-A-AAA--TATA----TGT---------A---T------CC--TTCTTTGAC--GTTTAATGATA--CC-AATGTCA--AGTTTGTAG---ATCA
gi|34638 : aataCAGAATATAGAGGGAATCATTAATCATAATTTA---AGTATT-ATTTCTAAGTGG-ACTAA-ACAGTGGTTAGTGAAATTTAATCT---AGAT---AAAACAGAAGCAA--T-GCT-ATTT--T------CTCTG--AG-ACA-------G----TCTG-----CTGATGTT------CC--AAATTTGAT--ATTTGACAATGTCCC-T--ATAT--ACTTTGTAG---tca
gi|34639 : tataAAA-TATTGAAGGAATTATTAACCACGATTTA---AATATT-GTATCTGCATGG-GCTAA-ACAGTGGCTAGTTAAGTTCAATCC---AGAC---AAAACTGAAGCAA--T-TCT-TTTC--T------CATT---GACACAGATCGATGCA--CTT------CCAA----------------ACTTGAT--GTTCGACAATACTCC-G--ATTA--ACTTTGTTG---
gi|34640 : tatccaTACCAGA-TACAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ATTGTC-ATATCGCAGTGG-TCTAA-GCAGTGGTTAGTAATTTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCAA--T-TAT-GTTC--A------CATT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34641 : TACCA-A-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ATTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCT---GAAC---AAAACAGAAGCAA--T-TAT-GTTC--A------CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------TTTA---T------TC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---AT
gi|34642 : TACCAGA-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ACTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCAA--T-TAT-GTTC--A------CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCACaatcac
gi|34643 : TACCAGA-ATTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ACTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCAA--T-TAT-GTTC--A------CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---
gi|34644 : TACCAGA-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ACTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCAA--T-TAT-GTTC--T------CAGT---AA-ATAAAT-TATA----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34645 : TACCAGA-TTTAGAAAGTATTCTTAATCACGACCTA---ACTGTC-ATATTGCAGCGG-TCCAA-TCAGTGGTTAATATACTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCAA--T-TAT-GTTCTTACTACGTCACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---
gi|34646 : AGA-TATTGAAGGAATTATTAACCACGATTTA---AATATT-ATATC----TG---CAA-----GTGGCTAGTTAAGTTCAATCC---AGAC---AAAACTGAAGCTA--T-TCT-TTTG--T------CATTG--AA-ACA-------G----TTTGATGCACT-----T------CC--AAACTTGAT--GTTCGACAATATTCCGA--TTAA--CATT
gi|34647 : tatccaCAGA-TTTAGAAGGTTTAATAAATAATGATCTG---ATCGTT-ATATCAAAGTGG-GCAAA-ACAATGGTAAGTGAATTTTAATCC---CCAA---AACACTGAAACTA--T-AGT-TTTT--A------CTCT---AA-ATAGA--AATT----TTT------CAAA---T------CC--GAATTTATT--GTTTGAAAATGTTTT-A--GTTA--ATTTTGTAG---
gi|34648 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACAGAATGG-TCAAA-ACAATGGTTGGTTAATTTCAACCC---AAGT---AAAACTGAAGCAA--T-GTT-CTTT--A------CCCTTAAAA-ATGAA--AATC----T---------TCA---T------CC--GCATTTGAT--ATTTGATAATACTGA-A--ATAA--TATTTGTatatca
gi|34649 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACAGAATGG-TCAAA-ACAATGGTGGGTTAATTTCAACCC---AAAT---AAAACTGAAGCAA--T-ATT-CTTT--A------CCTT-------TAAA--AAacaaaacca
gi|34650 : AGA-TCTTGAAGGTATTATAAACTATGATTTT---GATATT-ATATCTAAATGG-TCTAA-ACAATGAATGGTGAACTTTAATCC---GAAC---AAAACTGAAGCTA--T-GTT-CTTC--T------CTTT---AA-G-AAA--A---------C------CTGA---TAGACTACCTAATATT--AT--ATTTGAAAATACTTC-T--TTAC--AATTTG
gi|34651 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACGGAATGG-TCAAA-ACGATGGTTTGTTAATTTCAACCC---AAAT---AAAACTAAAGCAA--T-GTT-CTTT--A------CCCTTAAAA-ATGAA--AAT-----TTT---------A---T------TT--GCATTTAAT--TTTTGATAATACTGA-A--ATAA--TATTTGT
gi|34652 : AGA-CATTAAAGACATAATTAATTACGATTTA---ACAACA-ATAACAGAATGT-TCAAA-ACAATGGTTGGTTAATTTTAATCC---AAAT---AAAACTGAAGCAA--T-GTT-CTTT--A------CCCT-------TAAA--AAaaaaaaaca
gi|34653 : AGA-TATTGAAGGTATTATCAATCATGAT-TT---ATTACATATATCGTGCTGG-GCCAA-CCAGTGGCTGGTTAATTTTAATCC---GAAC---AAGACAAAAGCTG--T-GTT-TTTT--A------CCTT------ATGGA--ATTG----TGA------CTCA-----------C--TTCCTAAATTGTTTTAATGACATTCC-T--CTTG--AATTTGTT
gi|34654 : AGA-TATAGAAGGGATTATCAATCATGATTTG---AAAATG-ATCTCTAATTGG-GCCAG-TCAGTAGCTAGTTAAGTTAAATCC---AGAT---AAAACTGAAGCTA--T-GCT-ATTT--A------CTTT---TA-ATCAA--TGTGAGGCTTTGC----CTCA---A------C------TT--AT--GTTTAATAACA-CCC-A--GTCA--CTTTTGTTA---ATcaa
gi|34655 : AGA-CATTGAAGTAATTATCAATTATGATTTA---AATATT-ATCTCAAATTGG-GCCAA-ACAATGGTTAGTGTATTTTAATCC---GGAG---AAGACTGAGGCAACGT-TTT-GTTC--aattac
gi|34656 : AGA-CATTGAAGG-------AATTATGATTTA---AATATT-ATCTCAAATTGGGTCAAA--CAATGGTTAGTACATTTCATTCT---GAG----AAGACTGAGGCAA--T-GTT-TTTtaagaaactacgaacgataccctaacttatttttcaaaagactaagattaactttgtagaaaatca
gi|34657 : GA-TCTTGAAGGTATCATAAACTATGATCTT---GATATT-ATAGCTGAATGG-TCTTA-ACAATTGATGGTGATTTTTTATCC---GAAC---AAAATTGAAGCAA--T-GTT-TTAC--T------CTTT---AA-G-AAA--A---------C------CTGA---TAGACTACCTAATATT--AT--ATTTGAAAATACTTC-T--TTAC--AATTTGTTA---
gi|34658 : GA-TATTGAAGGTTTAATTAATCATGATCTT---TTAATA-ATATCCCAGTGG-GCTAA-ACAATGGCTAGTAAATTTCAACCC---TAAC---AAAACCGAAGCTA--T-GTT-TTT
gi|34659 : TGAAGGAATTGTAAACAACGATATA---AGTGTG-ATTTCAGATTGG-TCAAA-ACA-TGGTTGGTTTATTTTAACCC---AAAT---AAAACAGAAGCAA--T-TTTAATTC--C------GTTT---AA-A-AAA--CATG----T-----------A---T------CC--TTCTTTGAC--TTAAAATAATA--CC-A--GTGGCTAGTTTGCTG---ATCA
gi|34660 : ATGATCAATCGTGACTTAGCCACTATT-A-ACC--ACTGG-GCAAC-ACA-TGGCTAGTTACTTTTAATCC---TATG---AAAACTGAATCAA--TGGTT-ATTtca
gi|34661 : ATGATCAATCGTGACTTAGCCACTATT-A-ACC--ACTGG-GCAAACACA-TGGCTAGTTACTTTTAATCC---TATG---AAAACCGAATCAA--TGGTT-ATTtcgaggaaaattaacaaacctgttcac
gi|34662 : ACTGG-GCAAACACA-TGGCTAGTTACTTTTAATCC---TATG---AAAACAGAATCAA--TGGTT-ATTtcgaggaaaattaacaaacctgttcac
gi|34663 : aatcgtgacttagccactattaactTGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgaggaaaattaactaacctgttcac
gi|34664 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
gi|34665 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
gi|34666 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
gi|34667 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTCAATCC---GTCG---AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
Alignments
lowQualScore : 11 1111111111 1111 1111111111111111111111 11111 111
lowQualScore : 1 1 1 1 1 5555 1 22 00 1 1 0 2 2 1 0 4444444444 222 55 22 2222 1 1 5555 1 2 33 1 5555 3333333333333333333333 11111 333 1 22 4444 333 222
lowQualScore : . . . . . .... . .. .. . . . . . . . .......... ... .. .. .... . . .... . . .. . .... ...................... ..... ... . .. .... ... ...
lowQualScore : 4 0 5 5 5 5555 0 33 55 4 1 4 2 8 0 2 4444444444 222 11 22 7777 5 0 0000 5 2 77 0 8888 3333333333333333333333 00000 333 5 99 8888 000 444
consensus : TACCAGA-TNTTGAAGGTATNATNAATCACGATCTN---ANTATN-ATATCGGANTGG-TCAAA-ACAGTGGTTAGTNAATTTTAATCC---GAAC---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-NTT----CA-CNCT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTNA---T------CC--GTNTTTAAT--NTTTGATAATATCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
Reference ( family-572 ) : TACCAGA-TNTTGAAGGTATNATNAATCACGATCTN---ANTATN-ATATCGGANTGG-TCAAA-ACAGTGGTTAGTNAATTTTAATCC---GAAC---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-NTT----CA-CNCT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTNA---T------CC--GTNTTTAAT--NTTTGATAATATCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34631 : TATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCTTGG-TCAAA-ACGGTGGCTAGTTACGTTCAATCC---ATTG---AAAACTGAAGCA---AT-ATC-ATT----CA-CATC-------TAAA--AAAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--GTTTGAAAATATTCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCAC
gi|34632 : acaaataTATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCTTGG-ACAAA-ACAGTGGTTAGTTACGTTCAATCC------CTTGAAAACTGAAGCA---AT-ATT-ATT----CA-CATC---AA-A-ACA--A--G----TTC------GTAA---T------CC--ATCACTATT--GTTTGAAAATATTCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCAC
gi|34633 : acaaataTATCAGA-TCTTAAAAGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCATGG-TCAAA-ACAGTTGTTAGTTACGTTCAATCCCTTGAAC------ACTGAAGCA---AT-ATT-ATT----CA-CATC-------TAAA--AAAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--GTTTGAAAATAAACC-T--GTAA--CATTTGTTG---
gi|34634 : acaaataAGA-CTTTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACAGAATGG-TCAAA-ACAATGGTTGGTTAATTTCAACCC---AAAT---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-CTT----TA-CCCTTAAAA-ATAAA--AATC----T---------TCA---T------CC--GCACTTGAT--TTTTGATAACACTGA-A--ATAA--TATTTGTaaaacac
gi|34635 : caaccatttaTAACAGA-TTTAGAAAGTATAATAAACAATAATCTG---ATCGTT-ATATCAAAGTGG-GCAAA-ACAATGGTTAGTGAAGTTTAACCC---CCAA---AACACTGAAGCT---AT-ACT-TTT-----A-CTCA---AA-ATAGA--AATG----TTT------CAAA---T------CT--GAATTTATT--GTTTGAAAATGTacaaaatca
gi|34636 : caaattTATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCTTGG-TCAAA-ACAGTGGTAAGTTACGTTCAATCC------CTTGAAAACTGAAGCA---AT-ATT-ATT----CA-CATC-------TAAA--ACAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--ATTTGAAAATATCCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCACt
gi|34637 : aaataTAACAGA-TATTGAAGGAATTTTAAATTACGACCTA---AGTATG-ATTTCAGATTGG-TCAAA-ACAGTGGTTAGTTAATTTTAATCC---AAAT---AAAACAGAAGCA---AT--TT-TTT----TA-CTTT---AA-A-AAA--TATA----TGT---------A---T------CC--TTCTTTGAC--GTTTAATGATA--CC-AATGTCA--AGTTTGTAG---ATCA
gi|34638 : aataCAGAATATAGAGGGAATCATTAATCATAATTTA---AGTATT-ATTTCTAAGTGG-ACTAA-ACAGTGGTTAGTGAAATTTAATCT---AGAT---AAAACAGAAGCA---AT-GCT-ATT----TT-CTCTG--AG-ACA-------G----TCTG-----CTGATGTT------CC--AAATTTGAT--ATTTGACAATGTCCC-T--ATAT--ACTTTGTAG---tca
gi|34639 : tataAAA-TATTGAAGGAATTATTAACCACGATTTA---AATATT-GTATCTGCATGG-GCTAA-ACAGTGGCTAGTTAAGTTCAATCC---AGAC---AAAACTGAAGCA---AT-TCT-TTT----CT-CATT---GACACAGATCGATGCA--CTT------CCAA----------------ACTTGAT--GTTCGACAATACTCC-G--ATTA--ACTTTGTTG---
gi|34640 : tatccaTACCAGA-TACAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ATTGTC-ATATCGCAGTGG-TCTAA-GCAGTGGTTAGTAATTTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCA---AT-TAT-GTT----CA-CATT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34641 : TACCA-A-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ATTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCT---GAAC---AAAACAGAAGCA---AT-TAT-GTT----CA-CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------TTTA---T------TC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---AT
gi|34642 : TACCAGA-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ACTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCA---AT-TAT-GTT----CA-CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCACaatcac
gi|34643 : TACCAGA-ATTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ACTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCA---AT-TAT-GTT----CA-CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---
gi|34644 : TACCAGA-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ACTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCA---AT-TAT-GTT----CT-CAGT---AA-ATAAAT-TATA----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34645 : TACCAGA-TTTAGAAAGTATTCTTAATCACGACCTA---ACTGTC-ATATTGCAGCGG-TCCAA-TCAGTGGTTAATATACTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCAATTAT-GTT-CTTACTACGTCACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---
gi|34646 : AGA-TATTGAAGGAATTATTAACCACGATTTA---AATATT-ATATC----TG---CAA-----GTGGCTAGTTAAGTTCAATCC---AGAC---AAAACTGAAGCT---AT-TCT-TTT----GT-CATTG--AA-ACA-------G----TTTGATGCACT-----T------CC--AAACTTGAT--GTTCGACAATATTCCGA--TTAA--CATT
gi|34647 : tatccaCAGA-TTTAGAAGGTTTAATAAATAATGATCTG---ATCGTT-ATATCAAAGTGG-GCAAA-ACAATGGTAAGTGAATTTTAATCC---CCAA---AACACTGAAACT---AT-AGT-TTT----TA-CTCT---AA-ATAGA--AATT----TTT------CAAA---T------CC--GAATTTATT--GTTTGAAAATGTTTT-A--GTTA--ATTTTGTAG---
gi|34648 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACAGAATGG-TCAAA-ACAATGGTTGGTTAATTTCAACCC---AAGT---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-CTT----TA-CCCTTAAAA-ATGAA--AATC----T---------TCA---T------CC--GCATTTGAT--ATTTGATAATACTGA-A--ATAA--TATTTGTatatca
gi|34649 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACAGAATGG-TCAAA-ACAATGGTGGGTTAATTTCAACCC---AAAT---AAAACTGAAGCA---AT-ATT-CTT----TA-CCTT-------TAAA--AAacaaaacca
gi|34650 : AGA-TCTTGAAGGTATTATAAACTATGATTTT---GATATT-ATATCTAAATGG-TCTAA-ACAATGAATGGTGAACTTTAATCC---GAAC---AAAACTGAAGCT---AT-GTT-CTT----CT-CTTT---AA-G-AAA--A---------C------CTGA---TAGACTACCTAATATT--AT--ATTTGAAAATACTTC-T--TTAC--AATTTG
gi|34651 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACGGAATGG-TCAAA-ACGATGGTTTGTTAATTTCAACCC---AAAT---AAAACTAAAGCA---AT-GTT-CTT----TA-CCCTTAAAA-ATGAA--AAT-----TTT---------A---T------TT--GCATTTAAT--TTTTGATAATACTGA-A--ATAA--TATTTGT
gi|34652 : AGA-CATTAAAGACATAATTAATTACGATTTA---ACAACA-ATAACAGAATGT-TCAAA-ACAATGGTTGGTTAATTTTAATCC---AAAT---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-CTT----TA-CCCT-------TAAA--AAaaaaaaaca
gi|34653 : AGA-TATTGAAGGTATTATCAATCATGAT-TT---ATTACATATATCGTGCTGG-GCCAA-CCAGTGGCTGGTTAATTTTAATCC---GAAC---AAGACAAAAGCT---GT-GTT-TTT----TA-CCTT------ATGGA--ATTG----TGA------CTCA-----------C--TTCCTAAATTGTTTTAATGACATTCC-T--CTTG--AATTTGTT
gi|34654 : AGA-TATAGAAGGGATTATCAATCATGATTTG---AAAATG-ATCTCTAATTGG-GCCAG-TCAGTAGCTAGTTAAGTTAAATCC---AGAT---AAAACTGAAGCT---AT-GCT-ATT----TA-CTTT---TA-ATCAA--TGTGAGGCTTTGC----CTCA---A------C------TT--AT--GTTTAATAACA-CCC-A--GTCA--CTTTTGTTA---ATcaa
gi|34655 : AGA-CATTGAAGTAATTATCAATTATGATTTA---AATATT-ATCTCAAATTGG-GCCAA-ACAATGGTTAGTGTATTTTAATCC---GGAG---AAGACTGAGGCA---AC-GTT-TTaattac
gi|34656 : AGA-CATTGAAGG-------AATTATGATTTA---AATATT-ATCTCAAATTGGGTCAAA--CAATGGTTAGTACATTTCATTCT---GAG----AAGACTGAGGCA---AT-GTT-TTT----gttctaagaaactacgaacgataccctaacttatttttcaaaagactaagattaactttgtagaaaatca
gi|34657 : GA-TCTTGAAGGTATCATAAACTATGATCTT---GATATT-ATAGCTGAATGG-TCTTA-ACAATTGATGGTGATTTTTTATCC---GAAC---AAAATTGAAGCA---AT-GTT-TTA----CT-CTTT---AA-G-AAA--A---------C------CTGA---TAGACTACCTAATATT--AT--ATTTGAAAATACTTC-T--TTAC--AATTTGTTA---
gi|34658 : GA-TATTGAAGGTTTAATTAATCATGATCTT---TTAATA-ATATCCCAGTGG-GCTAA-ACAATGGCTAGTAAATTTCAACCC---TAAC---AAAACCGAAGCT---AT-GTT-TTT----
gi|34659 : TGAAGGAATTGTAAACAACGATATA---AGTGTG-ATTTCAGATTGG-TCAAA-ACA-TGGTTGGTTTATTTTAACCC---AAAT---AAAACAGAAGCA---AT-TTTAATT----CC-GTTT---AA-A-AAA--CATG----T-----------A---T------CC--TTCTTTGAC--TTAAAATAATA--CC-A--GTGGCTAGTTTGCTG---ATCA
gi|34660 : ATGATCAATCGTGACTTAGCCACTATT-A-ACC--ACTGG-GCAAC-ACA-TGGCTAGTTACTTTTAATCC---TATG---AAAACTGAATCA---ATGGTT-ATT----tca
gi|34661 : ATGATCAATCGTGACTTAGCCACTATT-A-ACC--ACTGG-GCAAACACA-TGGCTAGTTACTTTTAATCC---TATG---AAAACCGAATCA---ATGGTT-ATT----tcgaggaaaattaacaaacctgttcac
gi|34662 : ACTGG-GCAAACACA-TGGCTAGTTACTTTTAATCC---TATG---AAAACAGAATCA---ATGGTT-ATT----tcgaggaaaattaacaaacctgttcac
gi|34663 : aatcgtgacttagccactattaactTGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgaggaaaattaactaacctgttcac
gi|34664 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
gi|34665 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
gi|34666 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
gi|34667 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTCAATCC---GTCG---AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
Alignments
lowQualScore : 11 1111111111 1111 1111111111111111111111 11111 111
lowQualScore : 1 1 1 1 1 5555 1 22 00 1 1 0 2 2 1 0 4444444444 222 55 22 2222 1 1 5555 1 2 33 1 5555 3333333333333333333333 11111 333 1 22 4444 333 222
lowQualScore : . . . . . .... . .. .. . . . . . . . .......... ... .. .. .... . . .... . . .. . .... ...................... ..... ... . .. .... ... ...
lowQualScore : 4 0 5 5 5 5555 0 33 55 4 1 4 2 8 0 2 4444444444 222 11 22 7777 5 0 0000 5 2 77 0 8888 3333333333333333333333 00000 333 5 99 8888 000 444
consensus : TACCAGA-TNTTGAAGGTATNATNAATCACGATCTN---ANTATN-ATATCGGANTGG-TCAAA-ACAGTGGTTAGTNAATTTTAATCC---GAAC---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-NTT----CA-CNCT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTNA---T------CC--GTNTTTAAT--NTTTGATAATATCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
Reference ( family-572 ) : TACCAGA-TNTTGAAGGTATNATNAATCACGATCTN---ANTATN-ATATCGGANTGG-TCAAA-ACAGTGGTTAGTNAATTTTAATCC---GAAC---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-NTT----CA-CNCT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTNA---T------CC--GTNTTTAAT--NTTTGATAATATCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34631 : TATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCTTGG-TCAAA-ACGGTGGCTAGTTACGTTCAATCC---ATTG---AAAACTGAAGCA---AT-ATC-ATT----CA-CATC-------TAAA--AAAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--GTTTGAAAATATTCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCAC
gi|34632 : acaaataTATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCTTGG-ACAAA-ACAGTGGTTAGTTACGTTCAATCC------CTTGAAAACTGAAGCA---AT-ATT-ATT----CA-CATC---AA-A-ACA--A--G----TTC------GTAA---T------CC--ATCACTATT--GTTTGAAAATATTCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCAC
gi|34633 : acaaataTATCAGA-TCTTAAAAGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCATGG-TCAAA-ACAGTTGTTAGTTACGTTCAATCCCTTGAAC------ACTGAAGCA---AT-ATT-ATT----CA-CATC-------TAAA--AAAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--GTTTGAAAATAAACC-T--GTAA--CATTTGTTG---
gi|34634 : acaaataAGA-CTTTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACAGAATGG-TCAAA-ACAATGGTTGGTTAATTTCAACCC---AAAT---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-CTT----TA-CCCTTAAAA-ATAAA--AATC----T---------TCA---T------CC--GCACTTGAT--TTTTGATAACACTGA-A--ATAA--TATTTGTaaaacac
gi|34635 : caaccatttaTAACAGA-TTTAGAAAGTATAATAAACAATAATCTG---ATCGTT-ATATCAAAGTGG-GCAAA-ACAATGGTTAGTGAAGTTTAACCC---CCAA---AACACTGAAGCT---AT-ACT-TTT-----A-CTCA---AA-ATAGA--AATG----TTT------CAAA---T------CT--GAATTTATT--GTTTGAAAATGTacaaaatca
gi|34636 : caaattTATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCTTGG-TCAAA-ACAGTGGTAAGTTACGTTCAATCC------CTTGAAAACTGAAGCA---AT-ATT-ATT----CA-CATC-------TAAA--ACAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--ATTTGAAAATATCCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCACt
gi|34637 : aaataTAACAGA-TATTGAAGGAATTTTAAATTACGACCTA---AGTATG-ATTTCAGATTGG-TCAAA-ACAGTGGTTAGTTAATTTTAATCC---AAAT---AAAACAGAAGCA---AT--TT-TTT----TA-CTTT---AA-A-AAA--TATA----TGT---------A---T------CC--TTCTTTGAC--GTTTAATGATA--CC-AATGTCA--AGTTTGTAG---ATCA
gi|34638 : aataCAGAATATAGAGGGAATCATTAATCATAATTTA---AGTATT-ATTTCTAAGTGG-ACTAA-ACAGTGGTTAGTGAAATTTAATCT---AGAT---AAAACAGAAGCA---AT-GCT-ATT----TT-CTCTG--AG-ACA-------G----TCTG-----CTGATGTT------CC--AAATTTGAT--ATTTGACAATGTCCC-T--ATAT--ACTTTGTAG---tca
gi|34639 : tataAAA-TATTGAAGGAATTATTAACCACGATTTA---AATATT-GTATCTGCATGG-GCTAA-ACAGTGGCTAGTTAAGTTCAATCC---AGAC---AAAACTGAAGCA---AT-TCT-TTT----CT-CATT---GACACAGATCGATGCA--CTT------CCAA----------------ACTTGAT--GTTCGACAATACTCC-G--ATTA--ACTTTGTTG---
gi|34640 : tatccaTACCAGA-TACAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ATTGTC-ATATCGCAGTGG-TCTAA-GCAGTGGTTAGTAATTTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCA---AT-TAT-GTT----CA-CATT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34641 : TACCA-A-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ATTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCT---GAAC---AAAACAGAAGCA---AT-TAT-GTT----CA-CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------TTTA---T------TC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---AT
gi|34642 : TACCAGA-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ACTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCA---AT-TAT-GTT----CA-CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCACaatcac
gi|34643 : TACCAGA-ATTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ACTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCA---AT-TAT-GTT----CA-CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---
gi|34644 : TACCAGA-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ACTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCA---AT-TAT-GTT----CT-CAGT---AA-ATAAAT-TATA----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34645 : TACCAGA-TTTAGAAAGTATTCTTAATCACGACCTA---ACTGTC-ATATTGCAGCGG-TCCAA-TCAGTGGTTAATATACTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCAATTAT-GTT-CTTACTACGTCACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---
gi|34646 : AGA-TATTGAAGGAATTATTAACCACGATTTA---AATATT-ATATC----TG---CAA-----GTGGCTAGTTAAGTTCAATCC---AGAC---AAAACTGAAGCT---AT-TCT-TTT----GT-CATTG--AA-ACA-------G----TTTGATGCACT-----T------CC--AAACTTGAT--GTTCGACAATATTCCGA--TTAA--CATT
gi|34647 : tatccaCAGA-TTTAGAAGGTTTAATAAATAATGATCTG---ATCGTT-ATATCAAAGTGG-GCAAA-ACAATGGTAAGTGAATTTTAATCC---CCAA---AACACTGAAACT---AT-AGT-TTT----TA-CTCT---AA-ATAGA--AATT----TTT------CAAA---T------CC--GAATTTATT--GTTTGAAAATGTTTT-A--GTTA--ATTTTGTAG---
gi|34648 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACAGAATGG-TCAAA-ACAATGGTTGGTTAATTTCAACCC---AAGT---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-CTT----TA-CCCTTAAAA-ATGAA--AATC----T---------TCA---T------CC--GCATTTGAT--ATTTGATAATACTGA-A--ATAA--TATTTGTatatca
gi|34649 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACAGAATGG-TCAAA-ACAATGGTGGGTTAATTTCAACCC---AAAT---AAAACTGAAGCA---AT-ATT-CTT----TA-CCTT-------TAAA--AAacaaaacca
gi|34650 : AGA-TCTTGAAGGTATTATAAACTATGATTTT---GATATT-ATATCTAAATGG-TCTAA-ACAATGAATGGTGAACTTTAATCC---GAAC---AAAACTGAAGCT---AT-GTT-CTT----CT-CTTT---AA-G-AAA--A---------C------CTGA---TAGACTACCTAATATT--AT--ATTTGAAAATACTTC-T--TTAC--AATTTG
gi|34651 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACGGAATGG-TCAAA-ACGATGGTTTGTTAATTTCAACCC---AAAT---AAAACTAAAGCA---AT-GTT-CTT----TA-CCCTTAAAA-ATGAA--AAT-----TTT---------A---T------TT--GCATTTAAT--TTTTGATAATACTGA-A--ATAA--TATTTGT
gi|34652 : AGA-CATTAAAGACATAATTAATTACGATTTA---ACAACA-ATAACAGAATGT-TCAAA-ACAATGGTTGGTTAATTTTAATCC---AAAT---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-CTT----TA-CCCT-------TAAA--AAaaaaaaaca
gi|34653 : AGA-TATTGAAGGTATTATCAATCATGAT-TT---ATTACATATATCGTGCTGG-GCCAA-CCAGTGGCTGGTTAATTTTAATCC---GAAC---AAGACAAAAGCT---GT-GTT-TTT----TA-CCTT------ATGGA--ATTG----TGA------CTCA-----------C--TTCCTAAATTGTTTTAATGACATTCC-T--CTTG--AATTTGTT
gi|34654 : AGA-TATAGAAGGGATTATCAATCATGATTTG---AAAATG-ATCTCTAATTGG-GCCAG-TCAGTAGCTAGTTAAGTTAAATCC---AGAT---AAAACTGAAGCT---AT-GCT-ATT----TA-CTTT---TA-ATCAA--TGTGAGGCTTTGC----CTCA---A------C------TT--AT--GTTTAATAACA-CCC-A--GTCA--CTTTTGTTA---ATcaa
gi|34655 : AGA-CATTGAAGTAATTATCAATTATGATTTA---AATATT-ATCTCAAATTGG-GCCAA-ACAATGGTTAGTGTATTTTAATCC---GGAG---AAGACTGAGGCA---AC-GTT-TTaattac
gi|34656 : AGA-CATTGAAGG-------AATTATGATTTA---AATATT-ATCTCAAATTGGGTCAAA--CAATGGTTAGTACATTTCATTCT---GAG----AAGACTGAGGCA---AT-GTT-TTT----gttctaagaaactacgaacgataccctaacttatttttcaaaagactaagattaactttgtagaaaatca
gi|34657 : GA-TCTTGAAGGTATCATAAACTATGATCTT---GATATT-ATAGCTGAATGG-TCTTA-ACAATTGATGGTGATTTTTTATCC---GAAC---AAAATTGAAGCA---AT-GTT-TTA----CT-CTTT---AA-G-AAA--A---------C------CTGA---TAGACTACCTAATATT--AT--ATTTGAAAATACTTC-T--TTAC--AATTTGTTA---
gi|34658 : GA-TATTGAAGGTTTAATTAATCATGATCTT---TTAATA-ATATCCCAGTGG-GCTAA-ACAATGGCTAGTAAATTTCAACCC---TAAC---AAAACCGAAGCT---AT-GTT-TTT----
gi|34659 : TGAAGGAATTGTAAACAACGATATA---AGTGTG-ATTTCAGATTGG-TCAAA-ACA-TGGTTGGTTTATTTTAACCC---AAAT---AAAACAGAAGCA---AT-TTTAATT----CC-GTTT---AA-A-AAA--CATG----T-----------A---T------CC--TTCTTTGAC--TTAAAATAATA--CC-A--GTGGCTAGTTTGCTG---ATCA
gi|34660 : ATGATCAATCGTGACTTAGCCACTATT-A-ACC--ACTGG-GCAAC-ACA-TGGCTAGTTACTTTTAATCC---TATG---AAAACTGAATCA---ATGGTT-ATT----tca
gi|34661 : ATGATCAATCGTGACTTAGCCACTATT-A-ACC--ACTGG-GCAAACACA-TGGCTAGTTACTTTTAATCC---TATG---AAAACCGAATCA---ATGGTT-ATT----tcgaggaaaattaacaaacctgttcac
gi|34662 : ACTGG-GCAAACACA-TGGCTAGTTACTTTTAATCC---TATG---AAAACAGAATCA---ATGGTT-ATT----tcgaggaaaattaacaaacctgttcac
gi|34663 : aatcgtgacttagccactattaactTGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgaggaaaattaactaacctgttcac
gi|34664 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
gi|34665 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
gi|34666 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
gi|34667 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTCAATCC---GTCG---AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
blockSeqs : A C T A A AGCC T AT TG T G C G T CTTGAAC ATT GG AA ACTA T A TAAA C T TC A AGGC CCTGATAGACTA TAATA TGT A TT AAT CTA AAA
blockSeqs : . C T A A AGCC T G TG A . C G T CTTG . GG A . . A TAAA . T T A CA CCTGATAGACTA TAATA G A AA GA C AAA
blockSeqs : . T C A T A T G AG A . . A T AAAT . GG A . . C TAAA . T . A . CTGCTGATGTT ATC G T CT T C .
blockSeqs : . T T A A A T A AA G . . A G CCAA . A C . . T GA . T . C . TTGATGCACTT TTC T A TC T T .
blockSeqs : . C T A A G T T TG T . . G T CTTG . A T . . A GA . C . A . TTGCCTCAA GCA G A TC A C .
blockSeqs : . A A T A G G G AG T . . G T AAAT . G A . . T A . C . A . TCGTAAT GAA A T CT T A .
blockSeqs : . A A C T A G G TA G . . G G AGAT . A T . . T A . T . A . TCGTAAT TTC G C TC T A .
blockSeqs : . A A T T A A T TG A . . G T AGAC . A A . . A A . T . A . TTCAAAT TTC A C TC G A .
blockSeqs : . A T T T A T T GC G . . G A GAAC . G T . . A G . T . A . TCGTAAT AAA G T TC A A .
blockSeqs : . T T T T A T C GC G . . G A GAAC . T G . . A A . T . A . TTCTTAT ATT T T TC A A .
blockSeqs : . T T T T T C C GC G . . G A GAAC . T G . . A A . T . A . TTTTTAT ATT T T TC A A .
blockSeqs : . T T T T T C C GC G . . G A GAAC . T G . . A A . T . A . TTCTTAT ATT T T TC A A .
blockSeqs : . T T T T T C C GC G . . G A GAAC . T G . . A A . C . A . TTCTTAT ATT T T TT A A .
blockSeqs : . T T T T T C C GC G . . G A GAAC . T G . . A A . T . A . TTCTTAT ATT T T TT A A .
blockSeqs : . A A T T T A C AA G . . G T AGAC . T C . . A A . T . A . TTCTTAT ATT T C CT A C .
blockSeqs : . T T A A A T T AG A . . A G CCAA . G T . . T A . T . A . TTCAAAT AAA G A CT A A .
blockSeqs : . A C A T A T T AG A . . A T AAGT . T T . . C A . T . A . TTCCAA GAA G T CT T T
blockSeqs : . A C A T G T A TA A . . A T AAAT . A C . . C T . T . T . GACTCA GCA A A TT A A
blockSeqs : . C T T A G A A GG A . . A G GAAC . G C . . T A . T . G . TCAT GCA A T CT T T
blockSeqs : . A C A T G T T AG A . . A T AAAT . A C . . C A . T . A . GTAT TTC T T C A A
blockSeqs : . A C A T T C A GT C . . A T AAAT . G C . . C . . . . . . TCAT TTC G T . T C
blockSeqs : . A T T C G T A TA T . . G T GAAC . G C . . C . . . . . . TTAT A A A . A A
blockSeqs : . A G T C A A G AA T . . G T AGAT . G T . . T . . . . . . AT . T T
blockSeqs : . A A T C T A T AA T . . A G GGAG . G A . . T . . . . .
blockSeqs : . A T C A G A T TG A . . A A GAAC . G T . . T . . . . .
blockSeqs : . C T A T A A T CC G . . A G TAAC . G T .
blockSeqs : . A A T A A T A AG T . . A A AAAT . G T .
blockSeqs : . G C T G G . C . . A T TATG . G T .
blockSeqs : G C T C T . C . . A T TATG . G A .
blockSeqs : . . A C T . C . . A T TATG . T A .
blockSeqs : . . . A T ATCG . . A
blockSeqs : . . A A ATCG
blockSeqs : . . . A ATCG
blockSeqs : . . . A ATCG
blockSeqs : . . . A GTCG
blockSeqs : . . . A GAG
blockSeqCons : A*** ***
originalCons : TACCAGA-TNTTGAAGGTATNATNAATCACGATCTN---ANTATN-ATATCGGANTGG-TCAAA-ACAGTGGTTAGTNAATTTTAATCC---GAAC---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-NTT----CA-CNCT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTNA---T------CC--GTNTTTAAT--NTTTGATAATATCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
finalCons : TACCAGA-TNTTGAAGGTATNATNAATCACGATCTN---ANTATN-ATATCGGANTGG-TCAAA-ACAGTGGTTAGTNAATTTTAATCC---GAAC---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-NTT----CA-CNCTA---A-ATAAA--AATG----TTT------CTNA---T------CC--GTNTTTAAT--NTTTGATAATATCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
Alignments
lowQualScore : 11 1111111111 1111 1111111111111111111111 11111 111
lowQualScore : 1 1 1 1 1 5555 1 22 00 1 1 0 2 2 1 0 4444444444 222 55 22 2222 1 1 5555 1 2 33 1 5555 3333333333333333333333 11111 333 1 22 4444 333 222
lowQualScore : . . . . . .... . .. .. . . . . . . . .......... ... .. .. .... . . .... . . .. . .... ...................... ..... ... . .. .... ... ...
lowQualScore : 4 0 5 5 5 5555 0 33 55 4 1 4 2 8 0 2 4444444444 222 11 22 7777 5 0 0000 5 2 77 0 8888 3333333333333333333333 00000 333 5 99 8888 000 444
consensus : TACCAGA-TNTTGAAGGTATNATNAATCACGATCTN---ANTATN-ATATCGGANTGG-TCAAA-ACAGTGGTTAGTNAATTTTAATCC---GAAC---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-NTT----CA-CNCT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTNA---T------CC--GTNTTTAAT--NTTTGATAATATCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
Reference ( family-572 ) : TACCAGA-TNTTGAAGGTATNATNAATCACGATCTN---ANTATN-ATATCGGANTGG-TCAAA-ACAGTGGTTAGTNAATTTTAATCC---GAAC---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-NTT----CA-CNCT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTNA---T------CC--GTNTTTAAT--NTTTGATAATATCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34631 : TATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCTTGG-TCAAA-ACGGTGGCTAGTTACGTTCAATCC---ATTG---AAAACTGAAGCA---AT-ATC-ATT----CA-CATC-------TAAA--AAAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--GTTTGAAAATATTCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCAC
gi|34632 : acaaataTATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCTTGG-ACAAA-ACAGTGGTTAGTTACGTTCAATCC------CTTGAAAACTGAAGCA---AT-ATT-ATT----CA-CATC---AA-A-ACA--A--G----TTC------GTAA---T------CC--ATCACTATT--GTTTGAAAATATTCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCAC
gi|34633 : acaaataTATCAGA-TCTTAAAAGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCATGG-TCAAA-ACAGTTGTTAGTTACGTTCAATCCCTTGAAC------ACTGAAGCA---AT-ATT-ATT----CA-CATC-------TAAA--AAAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--GTTTGAAAATAAACC-T--GTAA--CATTTGTTG---
gi|34634 : acaaataAGA-CTTTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACAGAATGG-TCAAA-ACAATGGTTGGTTAATTTCAACCC---AAAT---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-CTT----TA-CCCTTAAAA-ATAAA--AATC----T---------TCA---T------CC--GCACTTGAT--TTTTGATAACACTGA-A--ATAA--TATTTGTaaaacac
gi|34635 : caaccatttaTAACAGA-TTTAGAAAGTATAATAAACAATAATCTG---ATCGTT-ATATCAAAGTGG-GCAAA-ACAATGGTTAGTGAAGTTTAACCC---CCAA---AACACTGAAGCT---AT-ACT-TTT-----A-CTCA---AA-ATAGA--AATG----TTT------CAAA---T------CT--GAATTTATT--GTTTGAAAATGTacaaaatca
gi|34636 : caaattTATCAGA-TCTTGAAGGTATAATAAATCACGATCTA---GTTATG-TTATCTGCTTGG-TCAAA-ACAGTGGTAAGTTACGTTCAATCC------CTTGAAAACTGAAGCA---AT-ATT-ATT----CA-CATC-------TAAA--ACAG----TTC------GTAA---T------CC--TTCACTATT--ATTTGAAAATATCCC-T--GTAA--CATTTGTTGAAAATCACt
gi|34637 : aaataTAACAGA-TATTGAAGGAATTTTAAATTACGACCTA---AGTATG-ATTTCAGATTGG-TCAAA-ACAGTGGTTAGTTAATTTTAATCC---AAAT---AAAACAGAAGCA---AT--TT-TTT----TA-CTTT---AA-A-AAA--TATA----TGT---------A---T------CC--TTCTTTGAC--GTTTAATGATA--CC-AATGTCA--AGTTTGTAG---ATCA
gi|34638 : aataCAGAATATAGAGGGAATCATTAATCATAATTTA---AGTATT-ATTTCTAAGTGG-ACTAA-ACAGTGGTTAGTGAAATTTAATCT---AGAT---AAAACAGAAGCA---AT-GCT-ATT----TT-CTCTG--AG-ACA-------G----TCTG-----CTGATGTT------CC--AAATTTGAT--ATTTGACAATGTCCC-T--ATAT--ACTTTGTAG---tca
gi|34639 : tataAAA-TATTGAAGGAATTATTAACCACGATTTA---AATATT-GTATCTGCATGG-GCTAA-ACAGTGGCTAGTTAAGTTCAATCC---AGAC---AAAACTGAAGCA---AT-TCT-TTT----CT-CATT---GACACAGATCGATGCA--CTT------CCAA----------------ACTTGAT--GTTCGACAATACTCC-G--ATTA--ACTTTGTTG---
gi|34640 : tatccaTACCAGA-TACAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ATTGTC-ATATCGCAGTGG-TCTAA-GCAGTGGTTAGTAATTTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCA---AT-TAT-GTT----CA-CATT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34641 : TACCA-A-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ATTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCT---GAAC---AAAACAGAAGCA---AT-TAT-GTT----CA-CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------TTTA---T------TC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---AT
gi|34642 : TACCAGA-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ACTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCA---AT-TAT-GTT----CA-CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCACaatcac
gi|34643 : TACCAGA-ATTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ACTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCA---AT-TAT-GTT----CA-CACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---
gi|34644 : TACCAGA-TTTAGAAGGTATTCTTAATCACGATCTT---ACTGTC-ATATCGCAGTGG-TCCAA-GCAGTGGTTAGTAAATTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCA---AT-TAT-GTT----CT-CAGT---AA-ATAAAT-TATA----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---ATCAC
gi|34645 : TACCAGA-TTTAGAAAGTATTCTTAATCACGACCTA---ACTGTC-ATATTGCAGCGG-TCCAA-TCAGTGGTTAATATACTTTAACCC---GAAC---AAAACAGAAGCAATTAT-GTT-CTTACTACGTCACT---AA-ATAAA--AATG----TTT------CTTA---T------CC--ATTTTTAAT--TTTTGATAATGTCCC-A--GTAA--AATTTGTTG---
gi|34646 : AGA-TATTGAAGGAATTATTAACCACGATTTA---AATATT-ATATC----TG---CAA-----GTGGCTAGTTAAGTTCAATCC---AGAC---AAAACTGAAGCT---AT-TCT-TTT----GT-CATTG--AA-ACA-------G----TTTGATGCACT-----T------CC--AAACTTGAT--GTTCGACAATATTCCGA--TTAA--CATT
gi|34647 : tatccaCAGA-TTTAGAAGGTTTAATAAATAATGATCTG---ATCGTT-ATATCAAAGTGG-GCAAA-ACAATGGTAAGTGAATTTTAATCC---CCAA---AACACTGAAACT---AT-AGT-TTT----TA-CTCT---AA-ATAGA--AATT----TTT------CAAA---T------CC--GAATTTATT--GTTTGAAAATGTTTT-A--GTTA--ATTTTGTAG---
gi|34648 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACAGAATGG-TCAAA-ACAATGGTTGGTTAATTTCAACCC---AAGT---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-CTT----TA-CCCTTAAAA-ATGAA--AATC----T---------TCA---T------CC--GCATTTGAT--ATTTGATAATACTGA-A--ATAA--TATTTGTatatca
gi|34649 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACAGAATGG-TCAAA-ACAATGGTGGGTTAATTTCAACCC---AAAT---AAAACTGAAGCA---AT-ATT-CTT----TA-CCTT-------TAAA--AAacaaaacca
gi|34650 : AGA-TCTTGAAGGTATTATAAACTATGATTTT---GATATT-ATATCTAAATGG-TCTAA-ACAATGAATGGTGAACTTTAATCC---GAAC---AAAACTGAAGCT---AT-GTT-CTT----CT-CTTT---AA-G-AAA--A---------C------CTGA---TAGACTACCTAATATT--AT--ATTTGAAAATACTTC-T--TTAC--AATTTG
gi|34651 : AGA-CATTGAAGGCATAATTAATTACGATTTG---ATAACA-ATAACGGAATGG-TCAAA-ACGATGGTTTGTTAATTTCAACCC---AAAT---AAAACTAAAGCA---AT-GTT-CTT----TA-CCCTTAAAA-ATGAA--AAT-----TTT---------A---T------TT--GCATTTAAT--TTTTGATAATACTGA-A--ATAA--TATTTGT
gi|34652 : AGA-CATTAAAGACATAATTAATTACGATTTA---ACAACA-ATAACAGAATGT-TCAAA-ACAATGGTTGGTTAATTTTAATCC---AAAT---AAAACTGAAGCA---AT-GTT-CTT----TA-CCCT-------TAAA--AAaaaaaaaca
gi|34653 : AGA-TATTGAAGGTATTATCAATCATGAT-TT---ATTACATATATCGTGCTGG-GCCAA-CCAGTGGCTGGTTAATTTTAATCC---GAAC---AAGACAAAAGCT---GT-GTT-TTT----TA-CCTT------ATGGA--ATTG----TGA------CTCA-----------C--TTCCTAAATTGTTTTAATGACATTCC-T--CTTG--AATTTGTT
gi|34654 : AGA-TATAGAAGGGATTATCAATCATGATTTG---AAAATG-ATCTCTAATTGG-GCCAG-TCAGTAGCTAGTTAAGTTAAATCC---AGAT---AAAACTGAAGCT---AT-GCT-ATT----TA-CTTT---TA-ATCAA--TGTGAGGCTTTGC----CTCA---A------C------TT--AT--GTTTAATAACA-CCC-A--GTCA--CTTTTGTTA---ATcaa
gi|34655 : AGA-CATTGAAGTAATTATCAATTATGATTTA---AATATT-ATCTCAAATTGG-GCCAA-ACAATGGTTAGTGTATTTTAATCC---GGAG---AAGACTGAGGCA---AC-GTT-TTaattac
gi|34656 : AGA-CATTGAAGG-------AATTATGATTTA---AATATT-ATCTCAAATTGGGTCAAA--CAATGGTTAGTACATTTCATTCT---GAG----AAGACTGAGGCA---AT-GTT-TTT----gttctaagaaactacgaacgataccctaacttatttttcaaaagactaagattaactttgtagaaaatca
gi|34657 : GA-TCTTGAAGGTATCATAAACTATGATCTT---GATATT-ATAGCTGAATGG-TCTTA-ACAATTGATGGTGATTTTTTATCC---GAAC---AAAATTGAAGCA---AT-GTT-TTA----CT-CTTT---AA-G-AAA--A---------C------CTGA---TAGACTACCTAATATT--AT--ATTTGAAAATACTTC-T--TTAC--AATTTGTTA---
gi|34658 : GA-TATTGAAGGTTTAATTAATCATGATCTT---TTAATA-ATATCCCAGTGG-GCTAA-ACAATGGCTAGTAAATTTCAACCC---TAAC---AAAACCGAAGCT---AT-GTT-TTT----
gi|34659 : TGAAGGAATTGTAAACAACGATATA---AGTGTG-ATTTCAGATTGG-TCAAA-ACA-TGGTTGGTTTATTTTAACCC---AAAT---AAAACAGAAGCA---AT-TTTAATT----CC-GTTT---AA-A-AAA--CATG----T-----------A---T------CC--TTCTTTGAC--TTAAAATAATA--CC-A--GTGGCTAGTTTGCTG---ATCA
gi|34660 : ATGATCAATCGTGACTTAGCCACTATT-A-ACC--ACTGG-GCAAC-ACA-TGGCTAGTTACTTTTAATCC---TATG---AAAACTGAATCA---ATGGTT-ATT----tca
gi|34661 : ATGATCAATCGTGACTTAGCCACTATT-A-ACC--ACTGG-GCAAACACA-TGGCTAGTTACTTTTAATCC---TATG---AAAACCGAATCA---ATGGTT-ATT----tcgaggaaaattaacaaacctgttcac
gi|34662 : ACTGG-GCAAACACA-TGGCTAGTTACTTTTAATCC---TATG---AAAACAGAATCA---ATGGTT-ATT----tcgaggaaaattaacaaacctgttcac
gi|34663 : aatcgtgacttagccactattaactTGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgaggaaaattaactaacctgttcac
gi|34664 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
gi|34665 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
gi|34666 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTTAATCC----ATCG--AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc
gi|34667 : TGG-TCAAA-ACAATGGCTTGTAACTTTCAATCC---GTCG---AAGACTGAAtcgcttcttatatctaggaaacgtaatc