lowQualScore                  :                     222             111                                                                                                        111111                                      11                                                  1                                                              
lowQualScore                  :      1      2    1  111 1  1  1  22 222  0  77 1           3  1           1 1     2      1    11  11 33   11                       1   11 222  000000 22               6  222         2222 11  1 44444 11 1  4444 22222 11              0    1 7 2222 44444444   2222           66       1        4  2        
lowQualScore                  :      .      .    .  ... .  .  .  .. ...  .  .. .           .  .           . .     .      .    ..  .. ..   ..                       .   .. ...  ...... ..               .  ...         .... ..  . ..... .. .  .... ..... ..              .    . . .... ........   ....           ..       .        .  .        
lowQualScore                  :      8      5    6  444 6  6  6  22 000  5  00 5           1  5           3 3     8      3    88  88 11   88                       1   66 111  999999 77               8  000         4444 33  1 44444 66 1  4444 99999 66              6    2 0 6666 44444444   6666           77       2        6  5        
consensus                     : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT-TA-TT-AA-TT--A--CGATAATAC-GGCCCTTGAGA-TT-TGAACTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATT---AGAAATTTC----T-AAA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAATTGTCATGAACTATT-TAT----G--------TAT----CAATATGTCTG-NTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
Reference ( gi|13218 )        : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT-TA-TT-AA-TT--A--TGATAATAC-GGCCCTTGAGA-TT-TAAACTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTGTT---AGAAATTTC----T-TAA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAATTGTCATGAACTATT-T-T----G--------TAT----CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAACTG-AAATAAAA
gi|13216                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TCT--A-TT-AA-TC--A--CGATAATAC-AGCCCTTGAGA-TT-TAAACTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATT---AGAAATTTC----T-AAA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAATTGTCATGAACTATT-T-T----G--------TGT----CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13219                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TC--T--TGATAATAC-AGCCCTTGAGA-TT-TAAACTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATT---AGAAATTTA----T-AAA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAATTGTCATGAACTATT-T-T----G--------TAT----CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13217                      : ATTTCTGTTTGAACAGT-TTT--A-TT-AA-TC--A--CGATAATAC-AGCCCTTGAGA-TT-TAAACTACACA-A-ACAA----TCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATT---AGAAATTTC----T-AAA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAATTGTCATGAACTATT-T-T----G--------TAT----CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13220                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TTT--A-TT-AA-TC--T--CGATAATAC-AGCCCTTGAGA-TT-TAAACTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--CC-TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATT---AGAAATTTC----T-AAA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAATTGTCATGAACTATT-T-T----G--------TAT----CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13223                      : ATTTCTGATTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TT--A--CGATAATAA-GTCCCTTGGGA-TT-TAAACTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTATTACTCATTCAGT-TCC--C---AAAGACAGTG-AGCCAGTCAATGGCTATT---AGAAATTTC----T-TAA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAATTGTCATGAACTATT-T-T----G--------TAT----CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTTAATTG-AAATAAAA
gi|13222                      : ATTTCTGTTTGACCA-T-TTT-TA-TT-AA-TT--A--CGATAATAC-GGCCCTTGATATTT-TAACCTACACA-A-ACAAACTGTCTG-GATT--TA--G--TGA--GTACTGTTTATTACTCATTCAAT-TAC--C---ATAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATT---AGAAATTTT----T-AAA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAACTGTCATGAACTATT-T-T----G--------TAT----CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13221                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT--A-TT-AA-TC--A--CGATAATAC-AGCCCTTGAGA-TT-TAAACTACACA-A-ACAA----TCTG-GATT---A--G--TGG--GCACTGTCTGTTACTCATTCTAT-CCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATTGCTATT---AAAAATTTC----T-AAA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAATTGTCATGAACTATT-T-T----G--------CAT----CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13226                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT--A-TT-AA-T---A--CAATAATAC-GGTTCTTGTGA-TT-TAAACTACACA-A-AC----TGTCTG-GATT--TT--G--TTG--GTACTGTTTACTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTACT---AGAAATTTC----T-TAA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAATTGTCATGAACTATT-T-T----G--------TAT----CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAACAAAA
gi|13224                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TT--A--CGATAAAAC-GACCCTTGCGA-TT-TAAACTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCCAACACAACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATT---AGATATTTC----T-AAA-T-----G----------------T--ATAATTGTCATGAACTATT-T-T----G--------TAT----CAATATGTCTG-TTTTTGTA-AAACAAAATTG-AAAAAAAA
gi|13225                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TC--A--CGATAATAC-AGCCCTTGAGA-TT-TAAACTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG---------------CTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATT---AGAAATTTC----T-AAA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAATTGTCATGAACTATT-T-T----G--------TAT----CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13227                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TCT--A-TT-A--TT--A--CGATAATCC-GGCACTTGGGA-TT-TAAACTACACA-A-ATAAACTA-----AACT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATT---AGAAAATTC----T-AAA-T-----G--T-AT----A-----T--ACAATTGTCATGAAATATT-T-G----G--------TAT----TAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAACTG-AAATAAAA
gi|13230                      : ATTTCTGTTGGAACATT-TTC--A-TT-AA-TT--A--CGATAATCC-GTGCCTTGAAA-TT-GTAACTACACA-A-ATAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTTATTTAAT-TCC--C---ACAGACAGTT-AGACACTCAATGGCTATT---AG--------------AA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAA-----------TATT-T-T----G--------TAT----CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTA-AAATAAAA
gi|13229                      : ATGTCTGTTTAAATAGT-TTT--A-TT-AA-TT--A--CGATAATCC-GGCTCTTGAGA-TT-TAAAGTACTCA-A-ATAAACTATTTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTATTTGTTACTCATTAAAT-TCC--C---A-----------------CAATGGCTATT---AGAAATTTC----T-GAA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAATTGTCATGAAATATT-T-T----G--------TAT----CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAAATAAATTG-AAATAAAA
gi|13228                      : ATTTCTGTTTGAGCATT-TT---A-CT-AA-T---A--CAATAA-ACTGGCCCTTGAGC-TT-TGAACTACACA-A-ATAAATTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCT--C---AC------T---GACACTCAATGGCTATT---AGAAATTTC----T-AAA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAATTGTAATGAACAATT-TGT----G--------TAT----CAATATGTCTG-ATTTTGTA-TAATTAAATTG-AATTAAAA
gi|13232                      : ATTTCAGTTTGACCATT-T----A-TT-AA-TT--AGGCGA-AAT-C-GGCCCTTGAGC-TT-TGAGCGACACC-T-ATACATTATCTT-GAAT--C---G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCAGTCAAT-TCT---------GAC-----AGACACTTAATGGCTATTAGAAGAAATTAC----T-TAT-T-----G--A-AT----A-----T--ATACTTGTCATGAAATATT-TAT----G--------TAT----CAGAATTTCAG-ATTTTGTA-CCAC-AAAATGTAAATAAAA
gi|13233                      : ATTTCAGTTTGT-TATT-ATT-TAATT-AA-TT--ACGTGA-AAC-C-GGCTCCT-AGACTT-TGACCTGCACG-A-ATAAATGATCTG-AATT--TA--G--TGG--GCACTGCTTGTTACTTTTTCAAT-CGT--C---AC---------AGACACTCAATTGCTATT---TAAAA-TTA----T-TAATT-----G--C-ATGAACA-----TGAATAATTGTCATGAAATATT-TAT----A--------TAC----CAACATGTCTGATTTTTATA-AAA
gi|13234                      : ATTTCAGATTGA-TATTATTTATA-TT-CA-TT--ACGTGA-AAT-C-GGCCCTTGAGC-TT-TGCGCCGCACA-A-ATACATTATCTG-GAAT--GA--G--TGG--GCACTGCTCGTTACTTATTCAAT-Taaaaat
gi|13235                      : ATCTCAGTTT---TACT-TTT-TA-TTGAA-TT--AG-TGAAACTAA-AACC--TGGGT-TC-TGAGGGGCACATA-ATACATTTTTTTTAATT--GA--G--TGG--GGACTGCTCGCTATTTAACCATT-TCT--C-----------TC-AGACACTTAAGGGCTAA----AGAAATTTC----T-AAA-TTA---A--T-ATCAA-A-----T--ATAAGTGTCATGAAATGTT-T-TATATG--------TAC----CAGCTTGTCTG-ATTGTGTG-TAACTGATTTG-AAATAAAA
gi|13236                      : ATCTCAGTTTGAGAATT-TTT--G-TT-AAATT--AG-TGACAC--C-CGCCTCTG-GA-TTATGAGTGGCATA-A--CA---TACATG-TATTAATA--GAATGG--GCACTGCCCGCTACTCAACCATT-TCT--C-----------TC-AGACACTTTATAGCTATC---AGAAATTAC----T-AAA-TCAACAA--C-AA----A-----T--ATAATGATAATGA
gi|13237                      :  TTCCTGTATGATCATT-TT--TA-TT-AA-TT--A--TGTTAAACC-GGCCCTTGAGT-CT-TGAGCCACACA-A-ATAAAATATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTTAAT-TCT--C---A-----------------CAATGGCTATC---AAATATTTC----T-AAA-T-----G--C-AA----A-----T--ATAATTGTCATGAACTATT-TAT----G--------TAT----CAACAGGTCTG-ATTATGTA-AAATTAAATTG-AAACAA
gi|13238                      :   TCCTGTTTCATCATT-TT--TA-TT-AA-TT--A--CATTAAACC-GGCCCTTGAGC-CT-TGAACCACACA-A-ATAAAACATCTA-GATT--TA--G--TGA--GCACTTTTCGTTACTCATTCAAT-TCT--C---ACATACATTT-AGACACTCAATGGCTATT---AA------C----T-AAA-T-----G--C-AA----A-----T--ATGATTGTCATGAACTATT-TAT----G--------TAT----CAACATGTCTG-ATTATTTA-AAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13239                      :          TGAACATT-TTA--A-TT-AA-CC--A--CGATAATGC-AGCCCTTGAGA-TT-TAAACTACACA-A-AC----TATCTG-GATT--GA--G--TGG--GCACTGTTTGTTAGTCATTCAAT-TCC--C---ACA--CAGTG-AGACACTAAATGGCTATT---AGAAATTTC----T-AAA-T-----T--T-AT----A-----T--ATAATTGTCATGAACTATT-T-T----G--------TAT----CAATATATCTG--TTTTGTA-CAACTTAATAG-AAATAAAA
gi|13243                      :                 T-TTT-TA-TT-AA-TT--A--CGATAATGT-GGCCTTTGAGA-TT-TAAACTATATA-A-ACAAACTATCTT-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTCTATTACTCATTTAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACACAATGGCTATT---AGAAATTTC----T-TAA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAATTGTCATGAACTATT-T-T----G--------TAT----CAATATGTCTG-TTTGTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13242                      :                 T-TTT-TA-TT-AA-TTACA--TGA-AAC-C-GGCCACTGAAC-TT-TGAGCCCCACA-A-ATACATTATCTG-GATC--TA--A--TGG--GCACTACTCGTTACTCAATCAAT-TCT--C---ACA-----TGTAGACACTTAATGGCTATC---AGAAATTAC----A-ACA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAATTGCCATGAAATATT-CAT----G--------TAT----CAACATATCTG-ATTTTGTA-CCATTAAACTG-AAATAAAA
gi|13241                      :               caT-TTT-TA-CT-AA-TT--A--GGATAAACC-GGGGCTTGAGC-TC-TGAACTACACA-A-TTAAATTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTATTCGCTACTCATTCAAT-TCT--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATT---AGAAACTTT----T-AAA-T-----G--T-AT----A-----T--A
gi|13231                      :                                             caC-GGCCCCTG-GC-TT-TGAGCCGCACA-A-ATACATTATCTG-GACT--GA--G--TGG--GTACTGCTCGTTACTCAATCAAT-TCT--C---AC---------AGACACTTAATGGCTATC---AGAAATCAC----T-GAA-T-----A--C-AT----A-----T--ATATTTGTCATGAAATATT-GAT----C--------TAT----CAACATGTCTG-ATTTTGTA-CAACTAAGTTG-AAATAAA
gi|13244                      :                            atttcagattgataatctctagtaaaatacgtgaaacAAACTGAA-A-A-ATAAAATGCTTG-GATT--TA--G--TG---------TTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGATAGTG-AGAGACTCAATGGCTATT---AAAAATTTC----T-TAT-T-----G--T-AT----A-----T--ATAATTGTCATGAACTATT-T-T----G--------TAT----CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAAATGAATTA-
gi|13240                      :                                                                  AACTACACA-A-ATAAATTATCTG-GATT--TA--G--TAG--GCATTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCT--C---TCAGACAGTG-AGACACTCAATGGATATT---AGAAACTTC----TAAAA-T-----G--T-AT----A-----C--ATAATTGTCATGAACTATT-TAT----G--------TAA----CAATATGTCTG-ATTTTG-------TAAATTG-AAATAAA
gi|13245                      :                            aacattatttttttacgattcgagagctattaacattgtcatACTCA-A-ATACATTATCTT-GATT--TA--G--TGG--GCAC---TCGTTACTCATTCAAT-TCA--C---AC---------AAACACTTAA------TT---AGAAATTAC----T-AAA-T-----GCAT-AT----G-----T--ATAACTGCCATGGTATATT-TAT----G--------CAT----TGACATGTCTGATTTTTTTA-AAACTAAACTG-AAATAAAA
gi|13246                      :                                                                      ACATA-ATACAA--TTTTTT-AATT--GA--G--TAG--GCACTGCTCGTTATTCAACCATT-TCT--C-----------TC-AGACACTTAAAGGCTAAC---ACATATTAC----T-AAA-T-----T--C-AT----ACCAAAT--GTAATTGTCATGCAATGCG-T-T----A--------TATATGCCAGCATGTCTG-ATTTTGTA-TAACTAATTGG-AAATAAAA
gi|13247                      :                                                                                             TT--TATTG--TGGATGTACTGCTCGT-ACTCAACCAAT-CCC--A---AC----------GACACTTAATGGCTTAC---AGAAATTAC----T-AAA-T-----G--C-AT----A-----T--ATAATTGTCATGAAATATG-TAT----G--------TAT----CAACATGTCTG-ATTTTGTA-AAACTAAATTA-TAATA
gi|13248                      :                                                                                                                 TGATCGTAACGCATTCAAT-TCT--G---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGTTATT---AAATATTTC----T-AAA-T-----G--C-AA----A-----T--ATAATTGCCATGAAC-ATTATAT----G--------TAT----CAACATGTCTG-ATCATGTA-AAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13249                      :                                                                                                                     TGTTAGTCATTTGAT-TCT--C----------TTA-AGACACTTAATGGCTATA---AGAAATTTC----T-TTA-T-----A--C-AT----A-----T--ATAATTGTTATAAAATATT-TAT----GTATAAACATAT----CAACATGTCTG-ATTTTGCA-CAACTAA---G-AAACAAA
gi|13250                      :                                                                                                                             ATGCAATATGC--T---GCAAATAGTT-A---ACTTAATGGCTTTT---TGAAACTTC----T-AAA-T-----G--T-AT----A-----T--ATAGCTGTCATGAACTA---------------------------AATATGTCTG-ATTTTGTA-TAACTAAACTA-AAATAAAA
gi|13251                      :                                                                                                                             ATTCAAT-TAT--T---ACA-----TG----CTCTTAATGGCTATT---AGAA-TAAC----T-TAA-T-----G--C-AT----A-----T--AAAATTGTCATGAAATATT-TAT----G--------TAT----CAACATGTCTG-ATTTTATA-CAAATACATTGAAAATAAAA
gi|13252                      :                                                                                                                                                          GACACTTGATGTCGATC---AGAAATTACAAACT-TCA-T-----A--TCAC----A-----T--ATAATTGTCATGAAATACT-TAT----G--------TAC----CAACATGTCTG-AATTTGTATTAACTAATTTG-AAATAAAA





Alignments
lowQualScore                  :                     111                                                                                                                                                                                                                           1111                                                        
lowQualScore                  :      2      2    1  888 1  1  1   33  22    33 2 1          1  1  3333  1       1 1     2      1    11  11 33   11                       1   11 222   3   1  1                      333      1  4444  44444  1  111 22222 33              0   1 1 7777  44444444   11           33       1           1        
lowQualScore                  :      .      .    .  ... .  .  .   ..  ..    .. . .          .  .  ....  .       . .     .      .    ..  .. ..   ..                       .   .. ...   .   .  .                      ...      .  ....  .....  .  ... ..... ..              .   . . ....  ........   ..           ..       .           .        
lowQualScore                  :      0      1    4  111 4  4  4   44  00    11 9 4          4  4  0000  4       3 3     4      3    77  77 00   77                       1   66 000   1   4  1                      555      1  7777  33333  1  999 88888 11              3   2 2 7777  33333333   66           33       2           2        
consensus                     : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT-TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATAC-G-GCCCTTGAGA-TT-TG----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAT--CAATATGTCTG-NTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
Reference ( family-571 )      : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT-TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATAC-G-GCCCTTGAGA-TT-TG----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAT--CAATATGTCTG-NTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13216                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TCT--A-TT-AA-TCA--CG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TGT--CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13217                      : ATTTCTGTTTGAACAGT-TTT--A-TT-AA-TCA--CG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAA----TCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13218                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT-TA-TT-AA-TTA--TG--ATAATAC-G-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTGTTAGAA---ATTTCT-TA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAACTG-AAATAAAA
gi|13219                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TCT--TG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTAT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13220                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TTT--A-TT-AA-TCT--CG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--CC-TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13221                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT--A-TT-AA-TCA--CG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAA----TCTG-GATT---A--G--TGG--GCACTGTCTGTTACTCATTCTAT-CCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATTGCTATTAAAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------CAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13222                      : ATTTCTGTTTGACCA-T-TTT-TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATAC-G-GCCCTTGATA-TT-TT----AACCTACACA-A-ACAAACTGTCTG-GATT--TA--G--TGA--GTACTGTTTATTACTCATTCAAT-TAC--C---ATAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTTT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAACTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13223                      : ATTTCTGATTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATAA-G-TCCCTTGGGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTATTACTCATTCAGT-TCC--C---AAAGACAGTG-AGCCAGTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-TA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTTAATTG-AAATAAAA
gi|13224                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TTA--CG--ATAAAAC-G-ACCCTTGCGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCCAACACAACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAT---ATTTCT-AA----AT-----G-------------T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-AAACAAAATTG-AAAAAAAA
gi|13225                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TCA--CG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG---------------CTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13226                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT--A-TT-AA-T-A--CA--ATAATAC-G-GTTCTTGTGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-AC----TGTCTG-GATT--TT--G--TTG--GTACTGTTTACTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTACTAGAA---ATTTCT-TA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAACAAAA
gi|13227                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TCT--A-TT-A--TTA--CG--ATAATCC-G-GCACTTGGGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ATAAACTA-----AACT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---AATTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ACAATTGTCATGAAATAT-T-T---G-G--------TAT--TAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAACTG-AAATAAAA
gi|13228                      : ATTTCTGTTTGAGCATT-TT---A-CT-AA-T-A--CA--ATAA-ACTG-GCCCTTGAGC-TT-TG----AA-CTACACA-A-ATAAATTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCT--C---AC------TG-A--CACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTAATGAACAAT-T-T---GTG--------TAT--CAATATGTCTG-ATTTTGTA-TAATTAAATTG-AATTAAAA
gi|13229                      : ATGTCTGTTTAAATAGT-TTT--A-TT-AA-TTA--CG--ATAATCC-G-GCTCTTGAGA-TT-TA----AA-GTACTCA-A-ATAAACTATTTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTATTTGTTACTCATTAAAT-TCC--C---ACA-----------------ATGGCTATTAGAA---ATTTCT-GA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAAATAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAAATAAATTG-AAATAAAA
gi|13230                      : ATTTCTGTTGGAACATT-TTC--A-TT-AA-TTA--CG--ATAATCC-G-TGCCTTGAAA-TT-GT----AA-CTACACA-A-ATAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTTATTTAAT-TCC--C---ACAGACAGTT-AGACACTCAATGGCTATTAG-------------A----AT-----GT-AT---A-----T--ATAA-----------TAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTA-AAATAAAA
gi|13231                      : ATTTCAGATTGATAATC-TCT-AG-TA-AA-ATA--CG--TGAAACC-G-GCCCCTG-GC-TT-TG----AG-CCGCACA-A-ATACATTATCTG-GACT--GA--G--TGG--GTACTGCTCGTTACTCAATCAAT-TCT--C---ACAGACA---------CTTAATGGCTATCAGAA---ATCACT-GA----AT-----AC-AT---A-----T--ATATTTGTCATGAAATAT-T-G---ATC--------TAT--CAACATGTCTG-ATTTTGTA-CAACTAAGTTG-AAATAAA
gi|13232                      : ATTTCAGTTTGACCATT-T----A-TT-AA-TTAGGCG--A-AAT-C-G-GCCCTTGAGC-TT-TG----AG-CGACACC-T-ATACATTATCTT-GAAT--C---G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCAGTCAAT-TCT---------GACAG-----ACACTTAATGGCTATTAGAAGAAATTACT-TA----TT-----GA-AT---A-----T--ATACTTGTCATGAAATAT-T-T---ATG--------TAT--CAGAATTTCAG-ATTTTGTA-CCACAAAATGT-AAATAAAA
gi|13233                      : ATTTCAGTTTGT-TATT-ATT-TAATT-AA-TTA--CG--TGAAACC-G-GCTCCT-AGACTT-TG----AC-CTGCACG-A-ATAAATGATCTG-AATT--TA--G--TGG--GCACTGCTTGTTACTTTTTCAAT-CGT--C---AC---------AGACACTCAATTGCTATTTAAA---ATTATT-AATTGCAT-----GA-AC---A-----TGAATAATTGTCATGAAATAT-T-T---ATA--------TAC--CAACATGTCTG-ATTTT-TA-TAA
gi|13234                      : ATTTCAGATTGA-TATTATTTATA-TT-CA-TTA--CGTGA-AAT-C-G-GCCCTTGAGC-TT-TG----CG-CCGCACA-A-ATACATTATCTG-GAAT--GA--G--TGG--GCACTGCTCGTTACTTATTCAAT-Taaaaaaat
gi|13235                      : ATCTCAGTTT---TACT-TTT-TA-TTGAA-TTAG-TG--AAACTAA-A-ACC--TGGGT-TC-TG----AG-GGGCACATA-ATACATTTTTTTTAATT--GA--G--TGG--GGACTGCTCGCTATTTAACCATT-TCT--C-----------TC-AGACACTTAAGGGCTAA-AGAA---ATTTCT-AA----ATTA---AT-ATCAAA-----T--ATAAGTGTCATGAAATGT-T-TTATATG--------TAC--CAGCTTGTCTG-ATTGTGTG-TAACTGATTTG-AAATAAAA
gi|13236                      : ATCTCAGTTTGAGAATT-TTT--G-TT-AAATTA------GTGACAC-CCGCCTCTG-GA-TTATG----AG-TGGCATA-A--CA---TACATG-TATTAATA--GAATGG--GCACTGCCCGCTACTCAACCATT-TCT--C-----------TC-AGACACTTTATAGCTATCAGAA---ATTACT-AA----ATCAACAAC-AA---A-----T--ATAATGATAATGA
gi|13237                      :  TTCCTGTATGATCATT-TT--TA-TT-AA-TTA--TG--TTAAACC-G-GCCCTTGAGT-CT-TG----AG-CCACACA-A-ATAAAATATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTTAAT-TCT--C---A-----------------CAATGGCTATCAAAT---ATTTCT-AA----AT-----GC-AA---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAT--CAACAGGTCTG-ATTATGTA-AAATTAAATTG-AAACAA
gi|13238                      :   TCCTGTTTCATCATT-TT--TA-TT-AA-TTA--CA--TTAAACC-G-GCCCTTGAGC-CT-TG----AA-CCACACA-A-ATAAAACATCTA-GATT--TA--G--TGA--GCACTTTTCGTTACTCATTCAAT-TCT--C---ACATACATTT-AGACACTCAATGGCTATTAA---------CT-AA----AT-----GC-AA---A-----T--ATGATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAT--CAACATGTCTG-ATTATTTA-AAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13239                      :          TGAACATT-TTA--A-TT-AA-CCA--CG--ATAATGC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-AC----TATCTG-GATT--GA--G--TGG--GCACTGTTTGTTAGTCATTCAAT-TCC--C---ACA--CAGTG-AGACACTAAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----TT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATATCTG--TTTTGTA-CAACTTAATAG-AAATAAAA
gi|13240                      :            AACATT-ATT-T--TT----TTA--CG--ATTCGAG-A-GCTATTAACA-TT--GTCATAA-CTACACA-A-ATAAATTATCTG-GATT--TA--G--TAG--GCATTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCT--C---TCAGACAGTG-AGACACTCAATGGATATTAGAA---ACTTCTAAA----AT-----GT-AT---A-----C--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAA--CAATATGTCTG-ATTTTG-------TAAATTG-AAATAAA
gi|13241                      :                 T-TTT-TA-CT-AA-TTA--GG--ATAAACC-G-GGGCTTGAGC-TC-TG----AA-CTACACA-A-TTAAATTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTATTCGCTACTCATTCAAT-TCT--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ACTTTT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--A
gi|13242                      :               caT-TTT-TA-TT-AA-TTA--C---ATGAAACCG-GCCACTGAAC-TT-TG----AG-CCCCACA-A-ATACATTATCTG-GATC--TA--A--TGG--GCACTACTCGTTACTCAATCAAT-TCT--C---ACA-----TGTAGACACTTAATGGCTATCAGAA---ATTACA-AC----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGCCATGAAATAT-T-C---ATG--------TAT--CAACATATCTG-ATTTTGTA-CCATTAAACTG-AAATAAAA
gi|13243                      :               caT-TTT-TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATGT-G-GCCTTTGAGA-TT-TA----AA-CTATATA-A-ACAAACTATCTT-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTCTATTACTCATTTAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACACAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-TA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTGTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13244                      :                                                                                A-A-ATAAAATGCTTG-GATT--TA--G--TG---------TTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGATAGTG-AGAGACTCAATGGCTATTAAAA---ATTTCT-TA----TT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAAATGAATTA-
gi|13245                      :                                                                    aaactgaaACTCA-A-ATACATTATCTT-GATT--TA--G--TGG--GCACT---CGTTACTCATTCAAT-TCA--C---ACAAACA---------CTTAAT------TAGAA---ATTACT-AA----AT-----GC-AT---A-----TGTATAACTGCCATGGTATAT-T-T---ATG--------CAT--TGACATGTCTGATTTTTTTA-AAACTAAACTG-AAATAAAA
gi|13246                      :                                                                            ACATA-ATACAA--TTTTTT-AATT--GA--G--TAG--GCACTGCTCGTTATTCAACCATT-TCT--C-----------TC-AGACACTTAAAGGCTAACACAT---ATTACT-AA----AT-----TC-AT---ACCAAAT--GTAATTGTCATGCAATGCGT-T---ATA--------TATGCCAGCATGTCTG-ATTTTGTA-TAACTAATTGG-AAATAAAA
gi|13247                      :                                                                                                   TT--TATTG--TGGATGTACTGCTCGT-ACTCAACCAAT-CCC--A---AC----------GACACTTAATGGCTTACAGAA---ATTACT-AA----AT-----GC-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAAATAT-G-T---ATG--------TAT--CAACATGTCTG-ATTTTGTA-AAACTAAATTA-TAATA
gi|13248                      :                                                                                                                       TGATCGTAACGCATTCAAT-TCT--G---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGTTATTAAAT---ATTTCT-AA----AT-----GC-AA---A-----T--ATAATTGCCATGAAC-AT-TAT---ATG--------TAT--CAACATGTCTG-ATCATGTA-AAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13249                      :                                                                                                                            GTTAGTCATTTGAT-TCT--C----------TTA-AGACACTTAATGGCTATAAGAA---ATTTCT-TT----AT-----AC-AT---A-----T--ATAATTGTTATAAAATAT-T-T---ATGTATAAACATAT--CAACATGTCTG-ATTTTGCA-CAACTAA---G-AAACAAA
gi|13250                      :                                                                                                                                  tATGCAATATGC--T---GCAAATAGTT-A---ACTTAATGGCTTTTTGAA---ACTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAGCTGTCATGAACTA-------------------------AATATGTCTG-ATTTTGTA-TAACTAAACTA-AAATAAAA
gi|13251                      :                                                                                                                                   ATTCAAT-TAT--T---ACA-----TG----CTCTTAATGGCTATTAGAATA-ACTT----A----AT-----GC-AT---A-----T--AAAATTGTCATGAAATAT-T-T---ATG--------TAT--CAACATGTCTG-ATTTTATA-CAAATACATTGAAAATAAAA
gi|13252                      :                                                                                                                                                                GACACTTGATGTCGATCAGAA---ATTACA-AACTTCAT-----ATCAC---A-----T--ATAATTGTCATGAAATAC-T-T---ATG--------TAC--CAACATGTCTG-AATTTGTATTAACTAATTTG-AAATAAAA





Alignments
lowQualScore                  :                     111                                                                                                                                                                                                                           1111                                                        
lowQualScore                  :      2      2    1  888 1  1  1   33  22    33 2 1          1  1  3333  1       1 1     2      1    11  11 33   11                       1   11 222   3   1  1                      333      1  4444  44444  1  111 22222 33              0   1 1 7777  44444444   11           33       1           1        
lowQualScore                  :      .      .    .  ... .  .  .   ..  ..    .. . .          .  .  ....  .       . .     .      .    ..  .. ..   ..                       .   .. ...   .   .  .                      ...      .  ....  .....  .  ... ..... ..              .   . . ....  ........   ..           ..       .           .        
lowQualScore                  :      0      1    4  111 4  4  4   44  00    11 9 4          4  4  0000  4       3 3     4      3    77  77 00   77                       1   66 000   1   4  1                      555      1  7777  33333  1  999 88888 11              3   2 2 7777  33333333   66           33       2           2        
consensus                     : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT-TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATAC-G-GCCCTTGAGA-TT-TG----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAT--CAATATGTCTG-NTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
Reference ( family-571 )      : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT-TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATAC-G-GCCCTTGAGA-TT-TG----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAT--CAATATGTCTG-NTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13216                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TCT--A-TT-AA-TCA--CG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TGT--CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13217                      : ATTTCTGTTTGAACAGT-TTT--A-TT-AA-TCA--CG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAA----TCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13218                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT-TA-TT-AA-TTA--TG--ATAATAC-G-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTGTTAGAA---ATTTCT-TA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAACTG-AAATAAAA
gi|13219                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TCT--TG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTAT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13220                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TTT--A-TT-AA-TCT--CG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--CC-TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13221                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT--A-TT-AA-TCA--CG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAA----TCTG-GATT---A--G--TGG--GCACTGTCTGTTACTCATTCTAT-CCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATTGCTATTAAAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------CAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13222                      : ATTTCTGTTTGACCA-T-TTT-TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATAC-G-GCCCTTGATA-TT-TT----AACCTACACA-A-ACAAACTGTCTG-GATT--TA--G--TGA--GTACTGTTTATTACTCATTCAAT-TAC--C---ATAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTTT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAACTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13223                      : ATTTCTGATTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATAA-G-TCCCTTGGGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTATTACTCATTCAGT-TCC--C---AAAGACAGTG-AGCCAGTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-TA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTTAATTG-AAATAAAA
gi|13224                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TTA--CG--ATAAAAC-G-ACCCTTGCGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCCAACACAACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAT---ATTTCT-AA----AT-----G-------------T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-AAACAAAATTG-AAAAAAAA
gi|13225                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TCA--CG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG---------------CTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13226                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT--A-TT-AA-T-A--CA--ATAATAC-G-GTTCTTGTGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-AC----TGTCTG-GATT--TT--G--TTG--GTACTGTTTACTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTACTAGAA---ATTTCT-TA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAACAAAA
gi|13227                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TCT--A-TT-A--TTA--CG--ATAATCC-G-GCACTTGGGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ATAAACTA-----AACT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---AATTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ACAATTGTCATGAAATAT-T-T---G-G--------TAT--TAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAACTG-AAATAAAA
gi|13228                      : ATTTCTGTTTGAGCATT-TT---A-CT-AA-T-A--CA--ATAA-ACTG-GCCCTTGAGC-TT-TG----AA-CTACACA-A-ATAAATTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCT--C---AC------TG-A--CACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTAATGAACAAT-T-T---GTG--------TAT--CAATATGTCTG-ATTTTGTA-TAATTAAATTG-AATTAAAA
gi|13229                      : ATGTCTGTTTAAATAGT-TTT--A-TT-AA-TTA--CG--ATAATCC-G-GCTCTTGAGA-TT-TA----AA-GTACTCA-A-ATAAACTATTTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTATTTGTTACTCATTAAAT-TCC--C---ACA-----------------ATGGCTATTAGAA---ATTTCT-GA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAAATAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAAATAAATTG-AAATAAAA
gi|13230                      : ATTTCTGTTGGAACATT-TTC--A-TT-AA-TTA--CG--ATAATCC-G-TGCCTTGAAA-TT-GT----AA-CTACACA-A-ATAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTTATTTAAT-TCC--C---ACAGACAGTT-AGACACTCAATGGCTATTAG-------------A----AT-----GT-AT---A-----T--ATAA-----------TAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTA-AAATAAAA
gi|13231                      : ATTTCAGATTGATAATC-TCT-AG-TA-AA-ATA--CG--TGAAACC-G-GCCCCTG-GC-TT-TG----AG-CCGCACA-A-ATACATTATCTG-GACT--GA--G--TGG--GTACTGCTCGTTACTCAATCAAT-TCT--C---ACAGACA---------CTTAATGGCTATCAGAA---ATCACT-GA----AT-----AC-AT---A-----T--ATATTTGTCATGAAATAT-T-G---ATC--------TAT--CAACATGTCTG-ATTTTGTA-CAACTAAGTTG-AAATAAA
gi|13232                      : ATTTCAGTTTGACCATT-T----A-TT-AA-TTAGGCG--A-AAT-C-G-GCCCTTGAGC-TT-TG----AG-CGACACC-T-ATACATTATCTT-GAAT--C---G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCAGTCAAT-TCT---------GACAG-----ACACTTAATGGCTATTAGAAGAAATTACT-TA----TT-----GA-AT---A-----T--ATACTTGTCATGAAATAT-T-T---ATG--------TAT--CAGAATTTCAG-ATTTTGTA-CCACAAAATGT-AAATAAAA
gi|13233                      : ATTTCAGTTTGT-TATT-ATT-TAATT-AA-TTA--CG--TGAAACC-G-GCTCCT-AGACTT-TG----AC-CTGCACG-A-ATAAATGATCTG-AATT--TA--G--TGG--GCACTGCTTGTTACTTTTTCAAT-CGT--C---AC---------AGACACTCAATTGCTATTTAAA---ATTATT-AATTGCAT-----GA-AC---A-----TGAATAATTGTCATGAAATAT-T-T---ATA--------TAC--CAACATGTCTG-ATTTT-TA-TAA
gi|13234                      : ATTTCAGATTGA-TATTATTTATA-TT-CA-TTA--CGTGA-AAT-C-G-GCCCTTGAGC-TT-TG----CG-CCGCACA-A-ATACATTATCTG-GAAT--GA--G--TGG--GCACTGCTCGTTACTTATTCAAT-Taaaaaaat
gi|13235                      : ATCTCAGTTT---TACT-TTT-TA-TTGAA-TTAG-TG--AAACTAA-A-ACC--TGGGT-TC-TG----AG-GGGCACATA-ATACATTTTTTTTAATT--GA--G--TGG--GGACTGCTCGCTATTTAACCATT-TCT--C-----------TC-AGACACTTAAGGGCTAA-AGAA---ATTTCT-AA----ATTA---AT-ATCAAA-----T--ATAAGTGTCATGAAATGT-T-TTATATG--------TAC--CAGCTTGTCTG-ATTGTGTG-TAACTGATTTG-AAATAAAA
gi|13236                      : ATCTCAGTTTGAGAATT-TTT--G-TT-AAATTA------GTGACAC-CCGCCTCTG-GA-TTATG----AG-TGGCATA-A--CA---TACATG-TATTAATA--GAATGG--GCACTGCCCGCTACTCAACCATT-TCT--C-----------TC-AGACACTTTATAGCTATCAGAA---ATTACT-AA----ATCAACAAC-AA---A-----T--ATAATGATAATGA
gi|13237                      :  TTCCTGTATGATCATT-TT--TA-TT-AA-TTA--TG--TTAAACC-G-GCCCTTGAGT-CT-TG----AG-CCACACA-A-ATAAAATATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTTAAT-TCT--C---A-----------------CAATGGCTATCAAAT---ATTTCT-AA----AT-----GC-AA---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAT--CAACAGGTCTG-ATTATGTA-AAATTAAATTG-AAACAA
gi|13238                      :   TCCTGTTTCATCATT-TT--TA-TT-AA-TTA--CA--TTAAACC-G-GCCCTTGAGC-CT-TG----AA-CCACACA-A-ATAAAACATCTA-GATT--TA--G--TGA--GCACTTTTCGTTACTCATTCAAT-TCT--C---ACATACATTT-AGACACTCAATGGCTATTAA---------CT-AA----AT-----GC-AA---A-----T--ATGATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAT--CAACATGTCTG-ATTATTTA-AAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13239                      :          TGAACATT-TTA--A-TT-AA-CCA--CG--ATAATGC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-AC----TATCTG-GATT--GA--G--TGG--GCACTGTTTGTTAGTCATTCAAT-TCC--C---ACA--CAGTG-AGACACTAAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----TT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATATCTG--TTTTGTA-CAACTTAATAG-AAATAAAA
gi|13240                      :            AACATT-ATT-T--TT----TTA--CG--ATTCGAG-A-GCTATTAACA-TT--GTCATAA-CTACACA-A-ATAAATTATCTG-GATT--TA--G--TAG--GCATTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCT--C---TCAGACAGTG-AGACACTCAATGGATATTAGAA---ACTTCTAAA----AT-----GT-AT---A-----C--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAA--CAATATGTCTG-ATTTTG-------TAAATTG-AAATAAA
gi|13241                      :                 T-TTT-TA-CT-AA-TTA--GG--ATAAACC-G-GGGCTTGAGC-TC-TG----AA-CTACACA-A-TTAAATTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTATTCGCTACTCATTCAAT-TCT--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ACTTTT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--A
gi|13242                      :               caT-TTT-TA-TT-AA-TTA--C---ATGAAACCG-GCCACTGAAC-TT-TG----AG-CCCCACA-A-ATACATTATCTG-GATC--TA--A--TGG--GCACTACTCGTTACTCAATCAAT-TCT--C---ACA-----TGTAGACACTTAATGGCTATCAGAA---ATTACA-AC----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGCCATGAAATAT-T-C---ATG--------TAT--CAACATATCTG-ATTTTGTA-CCATTAAACTG-AAATAAAA
gi|13243                      :               caT-TTT-TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATGT-G-GCCTTTGAGA-TT-TA----AA-CTATATA-A-ACAAACTATCTT-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTCTATTACTCATTTAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACACAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-TA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTGTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13244                      :                                                                                A-A-ATAAAATGCTTG-GATT--TA--G--TG---------TTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGATAGTG-AGAGACTCAATGGCTATTAAAA---ATTTCT-TA----TT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAAATGAATTA-
gi|13245                      :                                                                    aaactgaaACTCA-A-ATACATTATCTT-GATT--TA--G--TGG--GCACT---CGTTACTCATTCAAT-TCA--C---ACAAACA---------CTTAAT------TAGAA---ATTACT-AA----AT-----GC-AT---A-----TGTATAACTGCCATGGTATAT-T-T---ATG--------CAT--TGACATGTCTGATTTTTTTA-AAACTAAACTG-AAATAAAA
gi|13246                      :                                                                            ACATA-ATACAA--TTTTTT-AATT--GA--G--TAG--GCACTGCTCGTTATTCAACCATT-TCT--C-----------TC-AGACACTTAAAGGCTAACACAT---ATTACT-AA----AT-----TC-AT---ACCAAAT--GTAATTGTCATGCAATGCGT-T---ATA--------TATGCCAGCATGTCTG-ATTTTGTA-TAACTAATTGG-AAATAAAA
gi|13247                      :                                                                                                   TT--TATTG--TGGATGTACTGCTCGT-ACTCAACCAAT-CCC--A---AC----------GACACTTAATGGCTTACAGAA---ATTACT-AA----AT-----GC-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAAATAT-G-T---ATG--------TAT--CAACATGTCTG-ATTTTGTA-AAACTAAATTA-TAATA
gi|13248                      :                                                                                                                       TGATCGTAACGCATTCAAT-TCT--G---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGTTATTAAAT---ATTTCT-AA----AT-----GC-AA---A-----T--ATAATTGCCATGAAC-AT-TAT---ATG--------TAT--CAACATGTCTG-ATCATGTA-AAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13249                      :                                                                                                                            GTTAGTCATTTGAT-TCT--C----------TTA-AGACACTTAATGGCTATAAGAA---ATTTCT-TT----AT-----AC-AT---A-----T--ATAATTGTTATAAAATAT-T-T---ATGTATAAACATAT--CAACATGTCTG-ATTTTGCA-CAACTAA---G-AAACAAA
gi|13250                      :                                                                                                                                  tATGCAATATGC--T---GCAAATAGTT-A---ACTTAATGGCTTTTTGAA---ACTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAGCTGTCATGAACTA-------------------------AATATGTCTG-ATTTTGTA-TAACTAAACTA-AAATAAAA
gi|13251                      :                                                                                                                                   ATTCAAT-TAT--T---ACA-----TG----CTCTTAATGGCTATTAGAATA-ACTT----A----AT-----GC-AT---A-----T--AAAATTGTCATGAAATAT-T-T---ATG--------TAT--CAACATGTCTG-ATTTTATA-CAAATACATTGAAAATAAAA
gi|13252                      :                                                                                                                                                                GACACTTGATGTCGATCAGAA---ATTACA-AACTTCAT-----ATCAC---A-----T--ATAATTGTCATGAAATAC-T-T---ATG--------TAC--CAACATGTCTG-AATTTGTATTAACTAATTTG-AAATAAAA


blockSeqs                     :      T      A    A  TAT A  G  A   GG  TG    TA T C          C  A  TCAT  C       T T     C      T    AA  TT AA   AT                       A   AA ACA   G   G  T                      GAA      A  TTGC  CAACA  C  CAA CCAAA GA                  G A TATA  TATAAACA   GC           AT       T           A
blockSeqs                     :      T      A    .  TT  .  .  .   G   .     TA C .          .  .  .     .       . .     C      .    .   .  C    .                        .   .  .     G   G  .                      TA       .  CTTC  TA     .  .   .     GT                  . . G     .          .            T        .           .
blockSeqs                     :      G      A    .  TT  .  .  .   .   .     TA . .          .  .  .     .       . .     C      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . G     .          .            T        .           .
blockSeqs                     :      G      A    .  TA  .  .  .   .   .     TA . .          .  .  .     .       . .     C      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . A     .          .            T        .           .
blockSeqs                     :      T      A    .  TT  .  .  .   .   .     TA . .          .  .  .     .       . .     C      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . A     .          .            T        .           .
blockSeqs                     :      T      C    .  TT  .  .  .   .   .     TA . .          .  .  .     .       . .     C      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . A     .          .            T        .           .
blockSeqs                     :      T      A    .  TT  .  .  .   .   .     TA . .          .  .  .     .       . .     C      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . A     .          .            T        .           .
blockSeqs                     :      T      A    .  TT  .  .  .   .   .     AA . .          .  .  .     .       . .     C      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . A     .          .            T        .           .
blockSeqs                     :      G      A    .  TT  .  .  .   .   .     TA . .          .  .  .     .       . .     T      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . A     .          .            T        .           .
blockSeqs                     :      T      A    .  TT  .  .  .   .   .     TA . .          .  .  .     .       . .     C      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . A     .          .            T        .           .
blockSeqs                     :      T      A    .  T   .  .  .   .   .     TC . .          .  .  .     .       . .     C      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . A     .          .            T        .           .
blockSeqs                     :      T      G    .  T   .  .  .   .   .     TC . .          .  .  .     .       . .     T      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . A     .          .            T        .           .
blockSeqs                     :      T      A    .  T   .  .  .   .   .     TC . .          .  .  .     .       . .     T      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . A     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :      T      A    .  T   .  .  .   .   .     AC . .          .  .  .     .       . .     T      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   T  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . A     .          .            T        .           .
blockSeqs                     :      A      T    .  T   .  .  .   .   .     AC . .          .  .  .     .       . .     T      .    .   .  .    .                        .   .  .     T   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . A     .          .            T        .           .
blockSeqs                     :      A      C    .  T   .  .  .   .   .     TA . .          .  .  .     .       . .     T      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . A     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :      A      G    .  T   .  .  .   .   .     CA . .          .  .  .     .       . .     A      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . A     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :      A      T    .  T   .  .  .   .   .     AC . .          .  .  .     .       . .     A      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :      A      T    .  T   .  .  .   .   .     AC . .          .  .  .     .       . .     T      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :      A      A    .  T   .  .  .   .   .     TG . .          .  .  .     .       . .     T      .    .   .  .    .                        .   .  .     A   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :      T      A    .  C   .  .  .   .   .     GA . .          .  .  .     .       . .     T      .    .   .  .    .                        .   .  .     G   T  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :      T      .    .  T   .  .  .   .   .     AC . .          .  .  .     .       . .     C      .    .   .  .    .                        .   .  .     A   G  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :             .    .  T   .  .  .   .   .     AA . .          .  .  .     .       . .     A      .    .   .  .    .                        .   .  .     .   .  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :             .    .  T   .  .  .   .   .     TG . .          .  .  .     .       . .     T      .    .   .  .    .                        .   .  .     .   .  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            T        .           .
blockSeqs                     :                  .  A   .  .  .   .   .     A  . .          .  .  .     .       . .     .      .    .   .  .    .                        .   .  .     .   .  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            T        .           .
blockSeqs                     :                  .  .   .  .  .   .   .     T  . .          .  .  .     .       . .     .      .    .   .  .    .                        .   .  .     .   .  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :                  .  .   .  .  .   .   .     T  . .          .  .  .     .       . .     .      .    .   .  .    .                        .   .  .     .   .  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :                                                                                 . .     .      .    .   .  .    .                        .   .  .     .   .  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :                                                                                 . .     .      .    .   .  .    .                        .   .  .     .   .  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :                                                                                 . .     .      .    .   .  .    .                        .   .  .     .   .  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :                                                                                                     .   .  .    .                        .   .  .     .   .  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .   .  .     .   .  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            A        .           .
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .   .  .     .   .  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                   . . .     .          .            .        .            
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .   .  .     .   .  .                      .        .  .     .      .  .   .     .                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .                                          .        .  .     .      .  .   .     .                                                                           


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                   A***
originalCons                  : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT-TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATAC-G-GCCCTTGAGA-TT-TG----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAT--CAATATGTCTG-NTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
finalCons                     : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT-TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATAC-G-GCCCTTGAGA-TT-TG----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-TA---TG--------TAT--CAATATGTCTG-NTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA





Alignments
lowQualScore                  :                     111                                                                                                                                                                                                                           1111                                                        
lowQualScore                  :      2      2    1  888 1  1  1   33  22    33 2 1          1  1  3333  1       1 1     2      1    11  11 33   11                       1   11 222   3   1  1                      333      1  4444  44444  1  111 22222 33              0   1 1 7777  44444444   11           33       1           1        
lowQualScore                  :      .      .    .  ... .  .  .   ..  ..    .. . .          .  .  ....  .       . .     .      .    ..  .. ..   ..                       .   .. ...   .   .  .                      ...      .  ....  .....  .  ... ..... ..              .   . . ....  ........   ..           ..       .           .        
lowQualScore                  :      0      1    4  111 4  4  4   44  00    11 9 4          4  4  0000  4       3 3     4      3    77  77 00   77                       1   66 000   1   4  1                      555      1  7777  33333  1  999 88888 11              3   2 2 7777  33333333   66           33       2           2        
consensus                     : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT-TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATAC-G-GCCCTTGAGA-TT-TG----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAT--CAATATGTCTG-NTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
Reference ( family-571 )      : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT-TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATAC-G-GCCCTTGAGA-TT-TG----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAT--CAATATGTCTG-NTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13216                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TCT--A-TT-AA-TCA--CG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TGT--CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13217                      : ATTTCTGTTTGAACAGT-TTT--A-TT-AA-TCA--CG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAA----TCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13218                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT-TA-TT-AA-TTA--TG--ATAATAC-G-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTGTTAGAA---ATTTCT-TA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAACTG-AAATAAAA
gi|13219                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TCT--TG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTAT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13220                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TTT--A-TT-AA-TCT--CG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--CC-TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13221                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT--A-TT-AA-TCA--CG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAA----TCTG-GATT---A--G--TGG--GCACTGTCTGTTACTCATTCTAT-CCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATTGCTATTAAAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------CAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13222                      : ATTTCTGTTTGACCA-T-TTT-TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATAC-G-GCCCTTGATA-TT-TT----AACCTACACA-A-ACAAACTGTCTG-GATT--TA--G--TGA--GTACTGTTTATTACTCATTCAAT-TAC--C---ATAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTTT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAACTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13223                      : ATTTCTGATTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATAA-G-TCCCTTGGGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTATTACTCATTCAGT-TCC--C---AAAGACAGTG-AGCCAGTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-TA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTTAATTG-AAATAAAA
gi|13224                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TTA--CG--ATAAAAC-G-ACCCTTGCGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCCAACACAACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAT---ATTTCT-AA----AT-----G-------------T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-AAACAAAATTG-AAAAAAAA
gi|13225                      : ATTTCGGTTTGAACATT-TT--TA-TT-AA-TCA--CG--ATAATAC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ACAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG---------------CTCATTCATT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATTTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13226                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TTT--A-TT-AA-T-A--CA--ATAATAC-G-GTTCTTGTGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-AC----TGTCTG-GATT--TT--G--TTG--GTACTGTTTACTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTACTAGAA---ATTTCT-TA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTG-AAACAAAA
gi|13227                      : ATTTCTGTTTGAACATT-TCT--A-TT-A--TTA--CG--ATAATCC-G-GCACTTGGGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-ATAAACTA-----AACT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---AATTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ACAATTGTCATGAAATAT-T-T---G-G--------TAT--TAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAACTG-AAATAAAA
gi|13228                      : ATTTCTGTTTGAGCATT-TT---A-CT-AA-T-A--CA--ATAA-ACTG-GCCCTTGAGC-TT-TG----AA-CTACACA-A-ATAAATTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCT--C---AC------TG-A--CACTCAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTAATGAACAAT-T-T---GTG--------TAT--CAATATGTCTG-ATTTTGTA-TAATTAAATTG-AATTAAAA
gi|13229                      : ATGTCTGTTTAAATAGT-TTT--A-TT-AA-TTA--CG--ATAATCC-G-GCTCTTGAGA-TT-TA----AA-GTACTCA-A-ATAAACTATTTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTATTTGTTACTCATTAAAT-TCC--C---ACA-----------------ATGGCTATTAGAA---ATTTCT-GA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAAATAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAAATAAATTG-AAATAAAA
gi|13230                      : ATTTCTGTTGGAACATT-TTC--A-TT-AA-TTA--CG--ATAATCC-G-TGCCTTGAAA-TT-GT----AA-CTACACA-A-ATAAACTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTTGTTACTTATTTAAT-TCC--C---ACAGACAGTT-AGACACTCAATGGCTATTAG-------------A----AT-----GT-AT---A-----T--ATAA-----------TAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAACTAAATTA-AAATAAAA
gi|13231                      : ATTTCAGATTGATAATC-TCT-AG-TA-AA-ATA--CG--TGAAACC-G-GCCCCTG-GC-TT-TG----AG-CCGCACA-A-ATACATTATCTG-GACT--GA--G--TGG--GTACTGCTCGTTACTCAATCAAT-TCT--C---ACAGACA---------CTTAATGGCTATCAGAA---ATCACT-GA----AT-----AC-AT---A-----T--ATATTTGTCATGAAATAT-T-G---ATC--------TAT--CAACATGTCTG-ATTTTGTA-CAACTAAGTTG-AAATAAA
gi|13232                      : ATTTCAGTTTGACCATT-T----A-TT-AA-TTAGGCG--A-AAT-C-G-GCCCTTGAGC-TT-TG----AG-CGACACC-T-ATACATTATCTT-GAAT--C---G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCAGTCAAT-TCT---------GACAG-----ACACTTAATGGCTATTAGAAGAAATTACT-TA----TT-----GA-AT---A-----T--ATACTTGTCATGAAATAT-T-T---ATG--------TAT--CAGAATTTCAG-ATTTTGTA-CCACAAAATGT-AAATAAAA
gi|13233                      : ATTTCAGTTTGT-TATT-ATT-TAATT-AA-TTA--CG--TGAAACC-G-GCTCCT-AGACTT-TG----AC-CTGCACG-A-ATAAATGATCTG-AATT--TA--G--TGG--GCACTGCTTGTTACTTTTTCAAT-CGT--C---AC---------AGACACTCAATTGCTATTTAAA---ATTATT-AATTGCAT-----GA-AC---A-----TGAATAATTGTCATGAAATAT-T-T---ATA--------TAC--CAACATGTCTG-ATTTT-TA-TAA
gi|13234                      : ATTTCAGATTGA-TATTATTTATA-TT-CA-TTA--CGTGA-AAT-C-G-GCCCTTGAGC-TT-TG----CG-CCGCACA-A-ATACATTATCTG-GAAT--GA--G--TGG--GCACTGCTCGTTACTTATTCAAT-Taaaaaaat
gi|13235                      : ATCTCAGTTT---TACT-TTT-TA-TTGAA-TTAG-TG--AAACTAA-A-ACC--TGGGT-TC-TG----AG-GGGCACATA-ATACATTTTTTTTAATT--GA--G--TGG--GGACTGCTCGCTATTTAACCATT-TCT--C-----------TC-AGACACTTAAGGGCTAA-AGAA---ATTTCT-AA----ATTA---AT-ATCAAA-----T--ATAAGTGTCATGAAATGT-T-TTATATG--------TAC--CAGCTTGTCTG-ATTGTGTG-TAACTGATTTG-AAATAAAA
gi|13236                      : ATCTCAGTTTGAGAATT-TTT--G-TT-AAATTA------GTGACAC-CCGCCTCTG-GA-TTATG----AG-TGGCATA-A--CA---TACATG-TATTAATA--GAATGG--GCACTGCCCGCTACTCAACCATT-TCT--C-----------TC-AGACACTTTATAGCTATCAGAA---ATTACT-AA----ATCAACAAC-AA---A-----T--ATAATGATAATGA
gi|13237                      :  TTCCTGTATGATCATT-TT--TA-TT-AA-TTA--TG--TTAAACC-G-GCCCTTGAGT-CT-TG----AG-CCACACA-A-ATAAAATATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTTCGTTACTCATTTAAT-TCT--C---A-----------------CAATGGCTATCAAAT---ATTTCT-AA----AT-----GC-AA---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAT--CAACAGGTCTG-ATTATGTA-AAATTAAATTG-AAACAA
gi|13238                      :   TCCTGTTTCATCATT-TT--TA-TT-AA-TTA--CA--TTAAACC-G-GCCCTTGAGC-CT-TG----AA-CCACACA-A-ATAAAACATCTA-GATT--TA--G--TGA--GCACTTTTCGTTACTCATTCAAT-TCT--C---ACATACATTT-AGACACTCAATGGCTATTAA---------CT-AA----AT-----GC-AA---A-----T--ATGATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAT--CAACATGTCTG-ATTATTTA-AAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13239                      :          TGAACATT-TTA--A-TT-AA-CCA--CG--ATAATGC-A-GCCCTTGAGA-TT-TA----AA-CTACACA-A-AC----TATCTG-GATT--GA--G--TGG--GCACTGTTTGTTAGTCATTCAAT-TCC--C---ACA--CAGTG-AGACACTAAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-AA----AT-----TT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATATCTG--TTTTGTA-CAACTTAATAG-AAATAAAA
gi|13240                      :            AACATT-ATT-T--TT----TTA--CG--ATTCGAG-A-GCTATTAACA-TT--GTCATAA-CTACACA-A-ATAAATTATCTG-GATT--TA--G--TAG--GCATTGTTCGTTACTCATTCAAT-TCT--C---TCAGACAGTG-AGACACTCAATGGATATTAGAA---ACTTCTAAA----AT-----GT-AT---A-----C--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T---ATG--------TAA--CAATATGTCTG-ATTTTG-------TAAATTG-AAATAAA
gi|13241                      :                 T-TTT-TA-CT-AA-TTA--GG--ATAAACC-G-GGGCTTGAGC-TC-TG----AA-CTACACA-A-TTAAATTATCTG-GATT--TA--G--TGG--GCACTATTCGCTACTCATTCAAT-TCT--C---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGCTATTAGAA---ACTTTT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--A
gi|13242                      :               caT-TTT-TA-TT-AA-TTA--C---ATGAAACCG-GCCACTGAAC-TT-TG----AG-CCCCACA-A-ATACATTATCTG-GATC--TA--A--TGG--GCACTACTCGTTACTCAATCAAT-TCT--C---ACA-----TGTAGACACTTAATGGCTATCAGAA---ATTACA-AC----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGCCATGAAATAT-T-C---ATG--------TAT--CAACATATCTG-ATTTTGTA-CCATTAAACTG-AAATAAAA
gi|13243                      :               caT-TTT-TA-TT-AA-TTA--CG--ATAATGT-G-GCCTTTGAGA-TT-TA----AA-CTATATA-A-ACAAACTATCTT-GATT--TA--G--TGG--GCACTGTCTATTACTCATTTAAT-TCC--C---ACAGACAGTG-AGACACACAATGGCTATTAGAA---ATTTCT-TA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTGTGTA-CAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13244                      :                                                                                A-A-ATAAAATGCTTG-GATT--TA--G--TG---------TTTGTTACTCATTCAAT-TCC--C---ACAGATAGTG-AGAGACTCAATGGCTATTAAAA---ATTTCT-TA----TT-----GT-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAACTAT-T-T----TG--------TAT--CAATATGTCTG-TTTTTGTA-CAAATGAATTA-
gi|13245                      :                                                                    aaactgaaACTCA-A-ATACATTATCTT-GATT--TA--G--TGG--GCACT---CGTTACTCATTCAAT-TCA--C---ACAAACA---------CTTAAT------TAGAA---ATTACT-AA----AT-----GC-AT---A-----TGTATAACTGCCATGGTATAT-T-T---ATG--------CAT--TGACATGTCTGATTTTTTTA-AAACTAAACTG-AAATAAAA
gi|13246                      :                                                                            ACATA-ATACAA--TTTTTT-AATT--GA--G--TAG--GCACTGCTCGTTATTCAACCATT-TCT--C-----------TC-AGACACTTAAAGGCTAACACAT---ATTACT-AA----AT-----TC-AT---ACCAAAT--GTAATTGTCATGCAATGCGT-T---ATA--------TATGCCAGCATGTCTG-ATTTTGTA-TAACTAATTGG-AAATAAAA
gi|13247                      :                                                                                                   TT--TATTG--TGGATGTACTGCTCGT-ACTCAACCAAT-CCC--A---AC----------GACACTTAATGGCTTACAGAA---ATTACT-AA----AT-----GC-AT---A-----T--ATAATTGTCATGAAATAT-G-T---ATG--------TAT--CAACATGTCTG-ATTTTGTA-AAACTAAATTA-TAATA
gi|13248                      :                                                                                                                       TGATCGTAACGCATTCAAT-TCT--G---ACAGACAGTG-AGACACTCAATGGTTATTAAAT---ATTTCT-AA----AT-----GC-AA---A-----T--ATAATTGCCATGAAC-AT-TAT---ATG--------TAT--CAACATGTCTG-ATCATGTA-AAACTAAATTG-AAATAAAA
gi|13249                      :                                                                                                                            GTTAGTCATTTGAT-TCT--C----------TTA-AGACACTTAATGGCTATAAGAA---ATTTCT-TT----AT-----AC-AT---A-----T--ATAATTGTTATAAAATAT-T-T---ATGTATAAACATAT--CAACATGTCTG-ATTTTGCA-CAACTAA---G-AAACAAA
gi|13250                      :                                                                                                                                  tATGCAATATGC--T---GCAAATAGTT-A---ACTTAATGGCTTTTTGAA---ACTTCT-AA----AT-----GT-AT---A-----T--ATAGCTGTCATGAACTA-------------------------AATATGTCTG-ATTTTGTA-TAACTAAACTA-AAATAAAA
gi|13251                      :                                                                                                                                   ATTCAAT-TAT--T---ACA-----TG----CTCTTAATGGCTATTAGAATA-ACTT----A----AT-----GC-AT---A-----T--AAAATTGTCATGAAATAT-T-T---ATG--------TAT--CAACATGTCTG-ATTTTATA-CAAATACATTGAAAATAAAA
gi|13252                      :                                                                                                                                                                GACACTTGATGTCGATCAGAA---ATTACA-AACTTCAT-----ATCAC---A-----T--ATAATTGTCATGAAATAC-T-T---ATG--------TAC--CAACATGTCTG-AATTTGTATTAACTAATTTG-AAATAAAA