lowQualScore                  :     0        111111  0000      0                   00      0000           
lowQualScore                  :     .        ......  ....      .                   ..      ....           
lowQualScore                  :     4        222222  9999      4                   66      9999           
consensus                     : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
Reference ( gi|4086 )         : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4087                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4089                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--GTTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4091                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4090                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGATCTT
gi|4092                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAG----TCTGAGGTCTT
gi|4094                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTTAGGTCTT
gi|4100                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCCGAGGTCTT
gi|4099                       : TCTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGATGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4098                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAC----TCTGAGGTCTT
gi|4109                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4105                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGAAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4111                       : TTTG-CCAGTTAT------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAG----TCTGAGGTCTT
gi|4110                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GAGGAA-GGACGGTGGTCCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4125                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGACGTCTT
gi|4122                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACAGTGGTTCTAATCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4120                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCGG--TTTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4119                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGCTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4114                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCTGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCTT
gi|4127                       : TCTG-CCAGTCAC------TT----GCGGAA-GGGCGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4130                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GAACGGTGGTTCTACTCAG--A-TCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4135                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGACGGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4132                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGATAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4138                       : TTTG-CCATTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--AGTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4136                       : TTTG-CCAGTCAC------TT----GCGGAA-GGACGGTG-TTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4147                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTGAG--ATTAAT----TCTGAGGTCTT
gi|4144                       : TTTG-CCAGTTAA------TT----GCGGAA-GGACTGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4140                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCTG--CTTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4150                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ATGGAA-GGACGGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCT
gi|4153                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GGGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----CCTGAGGCCTT
gi|4161                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGCGA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCTT
gi|4160                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATGCAT----TCTAAAGTCTT
gi|4158                       : TTTG-CCAGTTAC------CT----GCTGAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4157                       : TTTG-CCAGTTAC------TTCAGTGCAGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4154                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGATGGTTCTACTCAT--ACTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4174                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGATGGTGGTTCTACTAAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4171                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ATGGAA-CGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4169                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGGA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGACTT
gi|4167                       : TTTG-CTAGTTAC------TT----GCTGAA-AGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4166                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTTGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTTTT
gi|4164                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCGGAA-GCACGGTGGTTCTACTCAG--ATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4137                       : TTTG-CCAGTAAC------TT----GCGGAA-GGACAGTGATTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4178                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGGCGGCAGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4176                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGACGGTGGTTCTACCCAG--ATTCAT----TTCGAGGTCTT
gi|4191                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGATTCTACTCAG--ATTCAC----TCTAAGGTCTT
gi|4190                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ACTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4188                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GAATGGTGGCTCTACTCAG--ATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4184                       : TTTG-CCAGCTAC------TT----GCGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGATCTT
gi|4181                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGATGGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGGGGTCTT
gi|4197                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GAACAGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4194                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGAAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCTT
gi|4193                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACAATGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4204                       : TTTC-CCAGTTAC------TT----GCGGAG-GGAAGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4199                       : TTTG-CCAGTTAC------TG----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TATAAGGTCTT
gi|4198                       : TTTG-CCAGTTAC------TG----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TATAAGGTCTT
gi|4219                       : TTTG-CCAGTTAC------TA----GCGGAA-GGGCGGTGGTTCTACTCAG--ATTGAT----TCTGAGGTCTT
gi|4216                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GAGGAA-GGACGCTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4215                       : TTTG-CCAGTAAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCATTCAGTCTGAGGTCTT
gi|4213                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGTTGGTTCTATTCAG--ATTAAT----TCTGAGGTCTT
gi|4210                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTGTATTCAG--ATTCAT----TATGAGGTCTT
gi|4209                       : TTTG-CCAGTTACATGTACTT----GCGAAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4231                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGTA-AGAAGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4230                       : TTTC-CCAGTTAC------TA----GCAGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4227                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ACGGAA-GGACGGTGCTTCTACTCTG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4223                       : TTTG-CCATTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTTTT----TCTGAGGTCTT
gi|4221                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTTCTCAG--ATTCAT----CCTGTGGTCTT
gi|4236                       : TTTG-CCAATTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTAGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCT
gi|4234                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGATGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TATGAGGTC
gi|4155                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCGT----TCCGAGGT
gi|4251                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCCGATGTCTT
gi|4249                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGTTTCTATTTAG--ATTCAT----TCCGAGGTCTT
gi|4247                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ACAGAA-GGACGGTGGTTATACTCGG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4242                       : TTTT-TCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACCCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4240                       : TTTGACCAGTTAC------TT----GCAGAA-AGACGGCGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4239                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ATGGAC-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTTTT
gi|4211                       : TTTG-CTAATTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCCACTAAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4265                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGATTCTACTTAG--GTTCAT----TCTGTGGTCTT
gi|4261                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----AGGGAA-GGACGGTGGTTTTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4260                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAAAGGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTTTT
gi|4259                       : TTTG-CCAGTTGC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTTCTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4258                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ACGTAA-GGACGGTGATTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4256                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----CCGGAA-GGTCGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGATCT
gi|4255                       : TTTG-CCATTTAT------TT----GTGGAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4254                       : TTTG-TCAGTTAT------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGATGTCTT
gi|4271                       : TTTA-CCAGTTAC------TT----GCAGTA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4269                       : TTTG-CCAGCTAC------TT----ACGGAA-GGACGGTGGTT-TACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCT
gi|4141                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGATA-GGACGGTGGTTCTATTCAG--ATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4273                       : TTTG-CCAGTAAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTTCTCAG--ATTCAT----TCTGATGTCTT
gi|4272                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGACAGTGGTTCCACTCAG--ACTCGT----TCTGAGGTCTT
gi|4277                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAGATATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4274                       : TTCG-CCAGTTAT------TT----GCGAAA-GGATGGTGGTTCTACCCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4574                       :  TTG-CCATTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4594                       :  TTG-CCAGTTAC------TT----ACGGAA-GGACAATGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTTTT
gi|4595                       :  TTG-CCAGTTAC------TT----GAGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAG----TCTGAGGTCTT
gi|4599                       :  TTG-CCAACTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGGTCTACTCAA--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4589                       :  TTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACAATTGTTCTACTCGG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4683                       :   TG-CTAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTAAG--ATTCAT----TCTGAGGTCT
gi|4685                       :   TG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGATGTATT
gi|4688                       :   TG-CCAGTTAC------TT----GCCGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTC
gi|4726                       :       CAGGTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT





Alignments
lowQualScore                  :     0        111111  0000      0                   00      0000           
lowQualScore                  :     .        ......  ....      .                   ..      ....           
lowQualScore                  :     4        222222  9999      4                   55      8888           
consensus                     : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
Reference ( family-57 )       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4086                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4087                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4089                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--GTTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4090                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGATCTT
gi|4091                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4092                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAG----TCTGAGGTCTT
gi|4094                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTTAGGTCTT
gi|4098                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAC----TCTGAGGTCTT
gi|4099                       : TCTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGATGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4100                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCCGAGGTCTT
gi|4105                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGAAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4109                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4110                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GAGGAA-GGACGGTGGTCCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4111                       : TTTG-CCAGTTAT------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAG----TCTGAGGTCTT
gi|4114                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCTGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCTT
gi|4119                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGCTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4120                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCGG--TTTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4122                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACAGTGGTTCTAATCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4125                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGACGTCTT
gi|4127                       : TCTG-CCAGTCAC------TT----GCGGAA-GGGCGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4130                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GAACGGTGGTTCTACTCAG--A-TCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4132                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGATAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4135                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGACGGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4136                       : TTTG-CCAGTCAC------TT----GCGGAA-GGACGGTG-TTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4137                       : TTTG-CCAGTAAC------TT----GCGGAA-GGACAGTGATTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4138                       : TTTG-CCATTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--AGTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4140                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCTG--CTTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4141                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGATA-GGACGGTGGTTCTATTCAG--ATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4144                       : TTTG-CCAGTTAA------TT----GCGGAA-GGACTGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4147                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTGAG--ATTAAT----TCTGAGGTCTT
gi|4150                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ATGGAA-GGACGGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCT
gi|4153                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GGGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----CCTGAGGCCTT
gi|4154                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGATGGTTCTACTCAT--ACTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4155                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCGT----TCCGAGGT
gi|4157                       : TTTG-CCAGTTAC------TTCAGTGCAGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4158                       : TTTG-CCAGTTAC------CT----GCTGAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4160                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATGCAT----TCTAAAGTCTT
gi|4161                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGCGA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCTT
gi|4164                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCGGAA-GCACGGTGGTTCTACTCAG--ATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4166                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTTGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTTTT
gi|4167                       : TTTG-CTAGTTAC------TT----GCTGAA-AGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4169                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGGA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGACTT
gi|4171                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ATGGAA-CGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4174                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGATGGTGGTTCTACTAAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4176                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGACGGTGGTTCTACCCAG--ATTCAT----TTCGAGGTCTT
gi|4178                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGGCGGCAGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4181                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGATGGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGGGGTCTT
gi|4184                       : TTTG-CCAGCTAC------TT----GCGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGATCTT
gi|4188                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GAATGGTGGCTCTACTCAG--ATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4190                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ACTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4191                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGATTCTACTCAG--ATTCAC----TCTAAGGTCTT
gi|4193                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACAATGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4194                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGAAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCTT
gi|4197                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GAACAGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4198                       : TTTG-CCAGTTAC------TG----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TATAAGGTCTT
gi|4199                       : TTTG-CCAGTTAC------TG----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TATAAGGTCTT
gi|4204                       : TTTC-CCAGTTAC------TT----GCGGAG-GGAAGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4209                       : TTTG-CCAGTTACATGTACTT----GCGAAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4210                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTGTATTCAG--ATTCAT----TATGAGGTCTT
gi|4211                       : TTTG-CTAATTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCCACTAAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4213                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGTTGGTTCTATTCAG--ATTAAT----TCTGAGGTCTT
gi|4215                       : TTTG-CCAGTAAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCATTCAGTCTGAGGTCTT
gi|4216                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GAGGAA-GGACGCTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4219                       : TTTG-CCAGTTAC------TA----GCGGAA-GGGCGGTGGTTCTACTCAG--ATTGAT----TCTGAGGTCTT
gi|4221                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTTCTCAG--ATTCAT----CCTGTGGTCTT
gi|4223                       : TTTG-CCATTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTTTT----TCTGAGGTCTT
gi|4227                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ACGGAA-GGACGGTGCTTCTACTCTG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4230                       : TTTC-CCAGTTAC------TA----GCAGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4231                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGTA-AGAAGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4234                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGATGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TATGAGGTC
gi|4236                       : TTTG-CCAATTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTAGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCT
gi|4239                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ATGGAC-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTTTT
gi|4240                       : TTTGACCAGTTAC------TT----GCAGAA-AGACGGCGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4242                       : TTTT-TCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACCCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4247                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ACAGAA-GGACGGTGGTTATACTCGG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4249                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGTTTCTATTTAG--ATTCAT----TCCGAGGTCTT
gi|4251                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCCGATGTCTT
gi|4254                       : TTTG-TCAGTTAT------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGATGTCTT
gi|4255                       : TTTG-CCATTTAT------TT----GTGGAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4256                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----CCGGAA-GGTCGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGATCT
gi|4258                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ACGTAA-GGACGGTGATTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4259                       : TTTG-CCAGTTGC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTTCTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4260                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAAAGGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTTTT
gi|4261                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----AGGGAA-GGACGGTGGTTTTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4265                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGATTCTACTTAG--GTTCAT----TCTGTGGTCTT
gi|4269                       : TTTG-CCAGCTAC------TT----ACGGAA-GGACGGTGGTT-TACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCT
gi|4271                       : TTTA-CCAGTTAC------TT----GCAGTA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4272                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGACAGTGGTTCCACTCAG--ACTCGT----TCTGAGGTCTT
gi|4273                       : TTTG-CCAGTAAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTTCTCAG--ATTCAT----TCTGATGTCTT
gi|4274                       : TTCG-CCAGTTAT------TT----GCGAAA-GGATGGTGGTTCTACCCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4277                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAGATATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4574                       :  TTG-CCATTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4589                       :  TTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACAATTGTTCTACTCGG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4594                       :  TTG-CCAGTTAC------TT----ACGGAA-GGACAATGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTTTT
gi|4595                       :  TTG-CCAGTTAC------TT----GAGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAG----TCTGAGGTCTT
gi|4599                       :  TTG-CCAACTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGGTCTACTCAA--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4683                       :   TG-CTAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTAAG--ATTCAT----TCTGAGGTCT
gi|4685                       :   TG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGATGTATT
gi|4688                       :   TG-CCAGTTAC------TT----GCCGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTC
gi|4726                       :       CAGGTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT





Alignments
lowQualScore                  :     0        111111  0000      0                   00      0000           
lowQualScore                  :     .        ......  ....      .                   ..      ....           
lowQualScore                  :     4        222222  9999      4                   55      8888           
consensus                     : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
Reference ( family-57 )       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4086                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4087                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4089                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--GTTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4090                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGATCTT
gi|4091                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4092                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAG----TCTGAGGTCTT
gi|4094                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTTAGGTCTT
gi|4098                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAC----TCTGAGGTCTT
gi|4099                       : TCTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGATGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4100                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCCGAGGTCTT
gi|4105                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGAAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4109                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4110                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GAGGAA-GGACGGTGGTCCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4111                       : TTTG-CCAGTTAT------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAG----TCTGAGGTCTT
gi|4114                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCTGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCTT
gi|4119                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGCTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4120                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCGG--TTTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4122                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACAGTGGTTCTAATCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4125                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGACGTCTT
gi|4127                       : TCTG-CCAGTCAC------TT----GCGGAA-GGGCGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4130                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GAACGGTGGTTCTACTCAG--A-TCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4132                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGATAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4135                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGACGGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4136                       : TTTG-CCAGTCAC------TT----GCGGAA-GGACGGTG-TTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4137                       : TTTG-CCAGTAAC------TT----GCGGAA-GGACAGTGATTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4138                       : TTTG-CCATTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--AGTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4140                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCTG--CTTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4141                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGATA-GGACGGTGGTTCTATTCAG--ATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4144                       : TTTG-CCAGTTAA------TT----GCGGAA-GGACTGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4147                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTGAG--ATTAAT----TCTGAGGTCTT
gi|4150                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ATGGAA-GGACGGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCT
gi|4153                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GGGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----CCTGAGGCCTT
gi|4154                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGATGGTTCTACTCAT--ACTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4155                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCGT----TCCGAGGT
gi|4157                       : TTTG-CCAGTTAC------TTCAGTGCAGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4158                       : TTTG-CCAGTTAC------CT----GCTGAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4160                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATGCAT----TCTAAAGTCTT
gi|4161                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGCGA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCTT
gi|4164                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCGGAA-GCACGGTGGTTCTACTCAG--ATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4166                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTTGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTTTT
gi|4167                       : TTTG-CTAGTTAC------TT----GCTGAA-AGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4169                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGGA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGACTT
gi|4171                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ATGGAA-CGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4174                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGATGGTGGTTCTACTAAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4176                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGACGGTGGTTCTACCCAG--ATTCAT----TTCGAGGTCTT
gi|4178                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGGCGGCAGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4181                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGATGGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGGGGTCTT
gi|4184                       : TTTG-CCAGCTAC------TT----GCGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGATCTT
gi|4188                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GAATGGTGGCTCTACTCAG--ATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4190                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ACTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4191                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGATTCTACTCAG--ATTCAC----TCTAAGGTCTT
gi|4193                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACAATGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4194                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGAAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCTT
gi|4197                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GAACAGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4198                       : TTTG-CCAGTTAC------TG----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TATAAGGTCTT
gi|4199                       : TTTG-CCAGTTAC------TG----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TATAAGGTCTT
gi|4204                       : TTTC-CCAGTTAC------TT----GCGGAG-GGAAGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4209                       : TTTG-CCAGTTACATGTACTT----GCGAAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4210                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTGTATTCAG--ATTCAT----TATGAGGTCTT
gi|4211                       : TTTG-CTAATTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCCACTAAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4213                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGTTGGTTCTATTCAG--ATTAAT----TCTGAGGTCTT
gi|4215                       : TTTG-CCAGTAAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCATTCAGTCTGAGGTCTT
gi|4216                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GAGGAA-GGACGCTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4219                       : TTTG-CCAGTTAC------TA----GCGGAA-GGGCGGTGGTTCTACTCAG--ATTGAT----TCTGAGGTCTT
gi|4221                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTTCTCAG--ATTCAT----CCTGTGGTCTT
gi|4223                       : TTTG-CCATTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTTTT----TCTGAGGTCTT
gi|4227                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ACGGAA-GGACGGTGCTTCTACTCTG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4230                       : TTTC-CCAGTTAC------TA----GCAGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4231                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGTA-AGAAGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4234                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGATGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TATGAGGTC
gi|4236                       : TTTG-CCAATTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTAGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCT
gi|4239                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ATGGAC-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTTTT
gi|4240                       : TTTGACCAGTTAC------TT----GCAGAA-AGACGGCGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4242                       : TTTT-TCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACCCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4247                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ACAGAA-GGACGGTGGTTATACTCGG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4249                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGTTTCTATTTAG--ATTCAT----TCCGAGGTCTT
gi|4251                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCCGATGTCTT
gi|4254                       : TTTG-TCAGTTAT------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGATGTCTT
gi|4255                       : TTTG-CCATTTAT------TT----GTGGAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4256                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----CCGGAA-GGTCGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGATCT
gi|4258                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ACGTAA-GGACGGTGATTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4259                       : TTTG-CCAGTTGC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTTCTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4260                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAAAGGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTTTT
gi|4261                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----AGGGAA-GGACGGTGGTTTTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4265                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGATTCTACTTAG--GTTCAT----TCTGTGGTCTT
gi|4269                       : TTTG-CCAGCTAC------TT----ACGGAA-GGACGGTGGTT-TACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCT
gi|4271                       : TTTA-CCAGTTAC------TT----GCAGTA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4272                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGACAGTGGTTCCACTCAG--ACTCGT----TCTGAGGTCTT
gi|4273                       : TTTG-CCAGTAAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTTCTCAG--ATTCAT----TCTGATGTCTT
gi|4274                       : TTCG-CCAGTTAT------TT----GCGAAA-GGATGGTGGTTCTACCCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4277                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAGATATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4574                       :  TTG-CCATTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4589                       :  TTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACAATTGTTCTACTCGG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4594                       :  TTG-CCAGTTAC------TT----ACGGAA-GGACAATGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTTTT
gi|4595                       :  TTG-CCAGTTAC------TT----GAGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAG----TCTGAGGTCTT
gi|4599                       :  TTG-CCAACTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGGTCTACTCAA--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4683                       :   TG-CTAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTAAG--ATTCAT----TCTGAGGTCT
gi|4685                       :   TG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGATGTATT
gi|4688                       :   TG-CCAGTTAC------TT----GCCGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTC
gi|4726                       :       CAGGTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT


blockSeqs                     :              ATGTAC
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     
blockSeqs                     :              .     


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
finalCons                     : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT





Alignments
lowQualScore                  :     0        111111  0000      0                   00      0000           
lowQualScore                  :     .        ......  ....      .                   ..      ....           
lowQualScore                  :     4        222222  9999      4                   55      8888           
consensus                     : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
Reference ( family-57 )       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4086                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4087                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4089                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--GTTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4090                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGATCTT
gi|4091                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4092                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAG----TCTGAGGTCTT
gi|4094                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTTAGGTCTT
gi|4098                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAC----TCTGAGGTCTT
gi|4099                       : TCTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGATGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4100                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCCGAGGTCTT
gi|4105                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGAAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4109                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4110                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GAGGAA-GGACGGTGGTCCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4111                       : TTTG-CCAGTTAT------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAG----TCTGAGGTCTT
gi|4114                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCTGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCTT
gi|4119                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGCTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4120                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCGG--TTTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4122                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACAGTGGTTCTAATCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4125                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGACGTCTT
gi|4127                       : TCTG-CCAGTCAC------TT----GCGGAA-GGGCGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4130                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GAACGGTGGTTCTACTCAG--A-TCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4132                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGATAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4135                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGACGGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4136                       : TTTG-CCAGTCAC------TT----GCGGAA-GGACGGTG-TTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4137                       : TTTG-CCAGTAAC------TT----GCGGAA-GGACAGTGATTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4138                       : TTTG-CCATTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--AGTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4140                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCTG--CTTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4141                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGATA-GGACGGTGGTTCTATTCAG--ATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4144                       : TTTG-CCAGTTAA------TT----GCGGAA-GGACTGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4147                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTGAG--ATTAAT----TCTGAGGTCTT
gi|4150                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ATGGAA-GGACGGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCT
gi|4153                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GGGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----CCTGAGGCCTT
gi|4154                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGATGGTTCTACTCAT--ACTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4155                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCGT----TCCGAGGT
gi|4157                       : TTTG-CCAGTTAC------TTCAGTGCAGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4158                       : TTTG-CCAGTTAC------CT----GCTGAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4160                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATGCAT----TCTAAAGTCTT
gi|4161                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGCGA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCTT
gi|4164                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCGGAA-GCACGGTGGTTCTACTCAG--ATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4166                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTTGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTTTT
gi|4167                       : TTTG-CTAGTTAC------TT----GCTGAA-AGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4169                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGGA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGACTT
gi|4171                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ATGGAA-CGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4174                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGATGGTGGTTCTACTAAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4176                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGACGGTGGTTCTACCCAG--ATTCAT----TTCGAGGTCTT
gi|4178                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGGCGGCAGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4181                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGATGGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGGGGTCTT
gi|4184                       : TTTG-CCAGCTAC------TT----GCGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGATCTT
gi|4188                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GAATGGTGGCTCTACTCAG--ATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4190                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ACTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4191                       : TTTG-TCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGATTCTACTCAG--ATTCAC----TCTAAGGTCTT
gi|4193                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACAATGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4194                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGAAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCTT
gi|4197                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GAACAGTGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4198                       : TTTG-CCAGTTAC------TG----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TATAAGGTCTT
gi|4199                       : TTTG-CCAGTTAC------TG----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TATAAGGTCTT
gi|4204                       : TTTC-CCAGTTAC------TT----GCGGAG-GGAAGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4209                       : TTTG-CCAGTTACATGTACTT----GCGAAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4210                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTGTATTCAG--ATTCAT----TATGAGGTCTT
gi|4211                       : TTTG-CTAATTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCCACTAAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4213                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGTTGGTTCTATTCAG--ATTAAT----TCTGAGGTCTT
gi|4215                       : TTTG-CCAGTAAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCATTCAGTCTGAGGTCTT
gi|4216                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GAGGAA-GGACGCTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4219                       : TTTG-CCAGTTAC------TA----GCGGAA-GGGCGGTGGTTCTACTCAG--ATTGAT----TCTGAGGTCTT
gi|4221                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTTCTCAG--ATTCAT----CCTGTGGTCTT
gi|4223                       : TTTG-CCATTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTTTT----TCTGAGGTCTT
gi|4227                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ACGGAA-GGACGGTGCTTCTACTCTG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4230                       : TTTC-CCAGTTAC------TA----GCAGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4231                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGTA-AGAAGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4234                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGATGGTTCTATTCAG--ATTCAT----TATGAGGTC
gi|4236                       : TTTG-CCAATTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTAGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAAGTCT
gi|4239                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ATGGAC-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTTTT
gi|4240                       : TTTGACCAGTTAC------TT----GCAGAA-AGACGGCGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4242                       : TTTT-TCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACCCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4247                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ACAGAA-GGACGGTGGTTATACTCGG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4249                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGTTTCTATTTAG--ATTCAT----TCCGAGGTCTT
gi|4251                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCCGATGTCTT
gi|4254                       : TTTG-TCAGTTAT------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGATGTCTT
gi|4255                       : TTTG-CCATTTAT------TT----GTGGAA-GGACAGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4256                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----CCGGAA-GGTCGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGATCT
gi|4258                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----ACGTAA-GGACGGTGATTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4259                       : TTTG-CCAGTTGC------TT----GTGGAA-GGACGGTGGTTCTTCTCAG--ATTCAT----TCTAAGGTCTT
gi|4260                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAAAGGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTTTT
gi|4261                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----AGGGAA-GGACGGTGGTTTTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTCTT
gi|4265                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGATTCTACTTAG--GTTCAT----TCTGTGGTCTT
gi|4269                       : TTTG-CCAGCTAC------TT----ACGGAA-GGACGGTGGTT-TACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCT
gi|4271                       : TTTA-CCAGTTAC------TT----GCAGTA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4272                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GCAGAA-GGACAGTGGTTCCACTCAG--ACTCGT----TCTGAGGTCTT
gi|4273                       : TTTG-CCAGTAAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTTCTCAG--ATTCAT----TCTGATGTCTT
gi|4274                       : TTCG-CCAGTTAT------TT----GCGAAA-GGATGGTGGTTCTACCCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4277                       : TTTG-CCAGTTAC------TT----GTGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAGATATTTAT----TCTGAGGTCTT
gi|4574                       :  TTG-CCATTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4589                       :  TTG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACAATTGTTCTACTCGG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4594                       :  TTG-CCAGTTAC------TT----ACGGAA-GGACAATGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTTTT
gi|4595                       :  TTG-CCAGTTAC------TT----GAGGAA-GGATGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAG----TCTGAGGTCTT
gi|4599                       :  TTG-CCAACTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGGTCTACTCAA--ATTCAT----TCTGAGGTCTT
gi|4683                       :   TG-CTAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTAAG--ATTCAT----TCTGAGGTCT
gi|4685                       :   TG-CCAGTTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGATGTATT
gi|4688                       :   TG-CCAGTTAC------TT----GCCGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TTTGAGGTC
gi|4726                       :       CAGGTAC------TT----GCGGAA-GGACGGTGGTTCTACTCAG--ATTCAT----TCTGAGGTCTT