lowQualScore                  :         1  1     1                     111111111111                                         222222                                                                                         11              1111111111                    11                                                                                                111            44444444444444444444444444444444444444444444444444444                       22222222222222222222      111111111      11111                                                 
lowQualScore                  :         6  2     6             22  11  888888888888  22 1   22    1      444444       666   777777  1                 1  1              5            44444      55555  22 1 222 0 3   1 1  00 1     22     1111111111     33   333  0  1 33   2   2                               333           333 0    2    33    4444  1 2 2        5   333  2    2  2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111  333      44  888888  99999999999999999999      111111111  444 11111   4 33       44                           0     
lowQualScore                  :         .  .     .             ..  ..  ............  .. .   ..    .      ......       ...   ......  .                 .  .              .            .....      .....  .. . ... . .   . .  .. .     ..     ..........     ..   ...  .  . ..   .   .                               ...           ... .    .    ..    ....  . . .        .   ...  .    .  . .....................................................  ...      ..  ......  ....................      .........  ... .....   . ..       ..                           .     
lowQualScore                  :         9  0     8             00  99  999999999999  00 5   00    5      333333       777   888888  5                 5  5              6            00000      88888  33 7 999 1 3   9 9  11 9     88     2222222222     22   555  7  2 44   7   0                               999           999 3    2    11    7777  7 1 0        2   888  1    1  1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000  777      77  666666  22222222222222222222      999999999  111 66666   4 11       66                           2     
consensus                     : TTTTCTATATATAAAATACTGCAGACAGACT--GA-GAAA-----------CC--T-ACT--GTAA-AATATT------ACAAACT---AAA-A-CTTTT-AACTATATACACTACAA-AT-GCGCGCGACCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TA-NA-TTTGT--TGTTT--TT----ANAAAAG--GTAG--AAGCACAT-ATTAGCA-ACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTA---GCGTTT-ACAG--GAAT----GAAT-C-TTGTTACAGAATC--GC-AGAG-CG-G----------------T--N---AAAN----------A--------------TAG---AATCGC-AGA------CA-------------A------TTGCGT-------GTAG---A---C-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
Reference ( gi|68972 )        : TTTTCTATTTAAAAAATTCTGCAGACAGACT--GA-AAAC-----------CC--T-ACT--GTAA-AATATT------ACAAACT---AAA-T-CGTTT-AACTATATACACTACAA-AT-GCGCGCGACCACGCACCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TA-CA-TTTGT--TGTTT--TT----AGAAAAG--GTAG--AAGCATAA-ATTGGCA-ACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTA---GCGTTT-ACAG--GAAT----GAGT-C-TTGTTACAAAATG--GC-AGAG-CG-G----------------T--A---AAAT----------A--------------CAG---AATCGC-GGA------CA-------------A------TTGCGT-------GAAG---A---C-GGT-T--TTGTACGCTGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68973                      : TTTTCTATATAAAAAATACTGCAGACAGACT--GA-AAAC-----------CC--T-ACT--GTAA-AATATT------ACAAACT---AAA-T-CGTTT-AACTATATACACTACAA-AT-GCGCACGACCACGCTCCCATAACCCAT-----ATGACC-----GA--A-G---TAT-CCC-A--A-TA-TTTGT--TGTTT--TT----AGAAAAG--GTAG--AATCATAT-ATTGGTA-ACAAGTTGTTAAAATTATTGTGACATACATA---ACACAGAGGTA---GCGTTT-ACAG--GAAT----GAGT-C-TTGTTACAAAATG--GC-AGAG-CG-G----------------T--T---AAAT----------A--------------CAG---AATCGC-GGA------CA-------------A------TTGCGT-------GAAG---A---C-GGT-T--TTGTACGCTGACATTTACTATAAACTTAATATTAGATCAAAA
gi|68971                      : TTTTCCATATATAAAATACAGCAGACAGACT--GA-GAAA-----------CC--T-ACT--GTAA-AATATT------ACAAACT---AAA-A-CCTTT-AACTTTATAAACTACAA-AT-GCGCGCGAACACGCGCCCATAACCCAT-----GTGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TA-CG-TTTGT--TGCTT--TT----AGAAAAT--GAAG--AAGCATAT-ATTAGCA-ACAAATAGTTAAAATTAGTGTGACTTACATA---ACACAGAGGTA---GCGTTT-ACAG--GAAT----GAGT-C-TTGTTACAGAATT--GC-AGAG-CG-A----------------T--T---AAAA----------A--------------TAG---AATCGC-AGA------CA-------------A------TTGCGT-------GAAT---A---C-GGT-T--TTGTACGCCAACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68974                      : TTTTCTATATATAAAATACTGCAGACAGACT--GA-AAAA-----------CC--T-ACT--GTAA-AATATT------ACAAACT---AAA-T-CGTTT-AACTATATGCACTACAA-AT-ACGCGCGACCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--T-A---TAT-CCC-A-TA-CA-TTTGT--TGTTT--AT----AGAAAAG--GTAG--AAGCATAT-ATTGGCA-ACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTA---GCGTTT-ACAG--GAAT----GAGT-T-TTGTTACAGAATG--GC-AGAG-CG-G----------------T--T---AAAC----------A--------------TAG---AAATGC-AGA------CA-------------A------TTGCGT-------GAAG---A---C-GGT-T--TTGTA
gi|68969                      : TTTTCTATATATAAAATACTGCAGACAGACT--GA-GAAA-----------CC--T-ACT--GTAA-AATCGT------ACAAACT---AAA-A-CTTTT-AATTATAAACACTACAA-AT-GCGCGCGACCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----AT--A-G---TAT-CCC-A-TA-GA-TTTGG--TATTT--TT----TTAAAAG--GTAG--AAGTACAT-ATTAACA-ACAAGTAGTTAAAA-TATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTA---GTATTT-CCAG--AAAT----GAAT-C-TTGTTGCAGAATC--GC-AGAG-CA-G----------------T--T---AGAA----------A--------------TAG---AATTGC-AGA------TA----------------------GCGT-------GTAG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCGACATTTATTATAAACTCAATATTAGATCAAAA
gi|68970                      : TTTTCTATATAAAATA--CTGCAGACAGACT--GA-GAAA-----------CC--T-ACT--GTAA-AATCGT------ACAAACT---AAA-A-CTTTT-AATTATAAACACTACAA-AT-GCGCGTGACCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----AT--A-G---TAT-CCC-A-TA-GA-TTTGG--TATTT--TT----TTAAAAG--GAAG--AAGTACAT-ATTAACA-ACAAGTAGTTAAAA-TATTGTGACCTACATA---ATACAGAGGTA---GTATTT-CCAG--AAAT----GAAT-C-TTGTTGCAGAATC--GC-AGAG-CA-G----------------T--T---AGAA----------A--------------TAG---AATTGC-AGA------TA----------------------GCGT-------GTAG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68975                      : TTTTCTGTATATGATATACTGCAGACAAACT--GA-GAAA-----------CC--T-ATT--GTAA-ACTATT------ACAAGCC---AAA-AACTTTT-AACTATATACACTACAA-AT-GCGCGCGATCACGCGCCCATAACCAAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TA-AA-TTTGT--TGTTT--TTTTAAAAAAAAG--GTAG--AATCACGT-ATAAGCA-ACAAGTTGTTAAAGTTAGTGTGACCTTCATA---ACACAGAGGTA---GCGTTT-ACAG--GAAT----GAAT-C-TTGTTACAGAATC--GC-ACAG-CG-G----------------T--T---AAA-----------A--------------CAG---CATCGC-AGA------CA-------------A-------TGCGT-------GTAG---A---A-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACGGTATAT
gi|68977                      : TTTTCTTTATATAAAATACTGCAGACAGACT--GC-AGACATACTGAGAAACC--T-ACT--ATAA---TATT------ACAAACT---TAA-A-CTTTT-AACTATATACACTACAT-AT-GTGCGCGACCACGTGCCCACAACCCAT-----ATGACG-----GC--A-G---TAT-CTC-A-TA-AA-TGTGT--TGTTT--C-----ATAAAAG--GTAG--AAGCAAAT-ATTAGCA-ACAAATAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAAGTA---GCTTTT-ACAG--GAAT----GACT-C-TTGTTACAGAATC--GC-AGAG-CG-G----------------T--T---AAAA----------A--------------TAG---AATCGC-AGA------CA-------------A------TTGCGT-------GTTG---A---G-GGT-T--TTGTACAGCGACATTAATTAT
gi|68978                      : TTTTCTATATATAAAATACTGCAGACAGACT--AA-GAAA-----------CC--C-ACT--GTAA-AATATT------ACAAACT---AAAAT-TGTT--AACGTTATACATTACAA-AT-GCGCGCGACGACGCGC-------CCAT-----A---------------------A--CCC-A-TA------TGA--CGTT---------------G--GTAT--CC-CATAA-----GCA-ACAAGTAGTTTAAAATATTGTGACCTACTTA---GCACTGAGGTA---GTGTTT-ACAG--AAAT----GAAT-A-TTGTTGCAGAATC--GT-AGAG-CG-G----------------T--AGAAAAAA----------A--------------AAG---AATCGC-AGA------CA-------------A------TTGCGT-------GTAG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68976                      : TTTTCTATGTATAAAATACTGCAGACAGACT--GA-GGCA-----------CC--T-ACT--GTAA-AATATA------ACCAACT---AAA-A-CTTTT-AACTATATACACTACAA-AT-GCGTGCTATCACGCGACCATAACCAAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TA-AA-TTTGTAGTATTT--TA----AAAAAAG--GTAG--AAGCACAT-ATAAACA-A-AAGT
gi|68979                      : TTTTCTATATATAAAATACTGCAGACAGACT--TA-AAAA-----------CC--T-ATT--GTAA-AATATT------ACAAACT---AAA-A-CTTTT-AACTATACACACTACAA-AT-GGGTGCGACCACGTGCCCATAACCCAT-----ATGATG-----GT--G-G---TAT-
gi|68980                      : TTTTCTGTATATAAAATACTGAAGACAGACT--GA-GAAA-----------C---T-ACT--GTAA-AATATT------ACAAACT---AAA-A-CTTTT-AACTATATCCACTAGAA-AT-GCGCGCGACCACTCGCCCATAGCCCAT-----ATGACAT----GT--A-----CAT-----A-TA-CA-T
gi|68981                      : TTTTCTATACATCAAATACGGCAGACAGACA--GA-AAAC-----------CC--T-TCT--GTAA-AATATT------ACAAATT---GAA-T-CTTTT-AACTATATACATTACAA-A---CGCGCGACCACGCACACATAACCCTT-----ATGACG-----
gi|68982                      : TTTTCTATATATAAAATACTGCAGACAGACT--GA-GAAA-----------CC--T-ACT--GTAA-AATATT------ACAAACT---AAA-
gi|68983                      : TTTTCTATATATATAATACTGCAGACAAGCT--GA-GAAA-----------TCGGTAACT--GC---AATATT------A
gi|68984                      :  TTTCTATATATAAAATACTGCAGACAGACTATGG-AA-------------CC--T-ACT--GTAA-AATATT------AAAAACT---AAA-A-CTTTTAAATTA-ATATACTACAA-AT-GCGCGCGACCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----AT--A-G---TTT-CCC-A-TA-CT-TTTGT--TGTTT--TT----ATAAA
gi|68985                      :  TTTCTTTATATAAAATACTACAGACAGACA--GA-GAAA-----------CC--T-ATT--GTAA-AATATA------AAAAACT---AAA-A-CTTTA-AACTATATAAACTACAA-AT-GCGCGCGACCTCGCGCTCATAACTTAT-----ATGACG-----GT--A-T---TAT-CC
gi|68986                      :   TTTTATATATAAAATACTGCAGACAGACT--GT-GAAA-----------CC--G-GCT--ATAA---TATT------ACAAACT---AAA-A-CTTTT-AACTATATACGATACAA-AT-GCGCGCGACCATGTGCCCATAACCCAT-----ATGACA-----AT--A-G---TAT-CCC-A-TA-AA-TTTCT--TG-TT--TC----AAAAAAG--GTAG--AAGCACAT-ATTAGCA-ACAACTTGTCCAAA
gi|68987                      :   TTTTATATATATAATACTGCACACAGACT--GA-GAAA-----------CC--T-ATG--GTAA-AATATT------ACAAACT---AAA-aaccggcaattttataaggcctgccaccaagtagttaaaattgttgtgacctacataacacagaggtaatgtttacaggattgaatcttgttacagaatcaaagcggttaaaatagaatcgcagacaattgcgtgtagaaggttttgtacggcaacatttattataaactgaatattagatcaaaa
gi|68988                      :      TATATATATAATACTGCAGACAGACT--GA-AAAA-----------CC--T-ACT--GTAA-AAT--------------------------------------TACGCTACAA-AT-GCGCGTG--------CCCATAACCCA-------------------------------------TA-AA-TTTGT--TGTTT--TT----AAAAAAG--GTAG--AAGCACAT-TTTAGTA-ATAAGTAGTTAAAATTGTTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTA---GTGTAT-ATAT--GAAT----GAAT-A-TTGTAACAGAATC--GC-AGAG-CG-GT---------------T--T---AAAT--------------------------AA---AATCGT-AAA------CA-------------A------TTGTAT-------Gactcaaaggataataccgtcatataagttatgagcgcgaggtcgcgcgc
gi|68989                      :           AAAATATGCTGAAGACAGACT--AA-AAAT-----------CT--T-AC----TAA-AATACTAGACTAACAAACT---AAA------------TATATGCACTACAATTT-ATGCACAGTCACATGACCATACCCCAT-----GTAACT-----GTTCA-GGTTTCC-CCC-A-GA-AG-TTTGT--TGTTT--------------------------CATAA-ATTGACCTAC-ATTACACAGAGCCAATG-----TATAGA---AGAAAGA-ATA----TGT-T-ACA---GAAT----GAACACATGGTTA-AAAATAGTGC-AGA----------------------T--A---AAAA----------A--------------TAA---A------GGA------CATGTTCC-------A------GTGTGTGTGTGTAGAAG---A---C-G---T--TTGAACGCTGACATTTATGACAAACTGAATATTAAA-CAAAA
gi|68990                      :          acAACAATACTGCAGACAGACT--GA-GAAA-----------AC--T-ACT--ATAATAATACT------ACAAACTAC-AAA------TT-AGCTATACACACTACAA-AT---ATGCGACCATGCGCCCATAAACAATATACGATAACA-----GT--A-G---TTTCCCC-A-TA-AA-TTTGT--TGTTCCATT----AAAAA-----TAT--GAGCAAAT-ATTAACA-ACACGTA
gi|68992                      :            tAAGATACTGCAGACAGACT--GA-GAAA-----------CC--T-ACT--ATAA-TATA--------ACAGACG---AAA-A-C--TT-AACTATATAAACAACAA-AT-GCGCGCGATCACGCGCCTATAACACAT-----GTAATA-----AT--A-G---TTTCCCC-A-TA-AA-TTTGT--TGTT
gi|68993                      :             AAGATACTGCAAACATACT--GA-GACA-----------CT--T-GCT----AA-AATATT------ACAAACT---AAA-A-C--TT-AATTATGCACAATACAA-AT-GCGCGCGATCACGCACCCATAA
gi|68994                      :              AGATACTGCAGACAGACT--GA-GGAA-----------TC--T-ACT--GAAA-AATAAT------ACAACCT---AAA-A-CTTTT-AACTATATACACTACAA-AT-GCGCGAGACCACGCGCCAATAACCCAT-----ATGATG-----GT--A-A---TAT-CCC-A-TA-CA-TTTGT--TGTTT--TT----AGAAAAG--GTAT--AAGCATAT-ATTAGCA-ACAAGTATTTAAAATTATTGTGACCTA
gi|68991                      :               AATACTGCAGACAGACT--GA-GAAA-----------CA--T-ACT--TTAA-TTTACT------ACAAACT---AAA-A----TT-AATTTTATACACTACAA-AT-GCGCGCGGCCAAGCGTCCATAACCCAT-----GTAAC
gi|68996                      :                tacCTGCAAACACACT--GAGAAAA-----------CA--T-ACT----------ATT------ACAAACTTA-AAA-T-----T-AACTATATACACTACAA-AT-GCG
gi|68995                      :                   taGCAGACAGACT--AA-AA-----------------T-ACTTAGTTA-AATACT------ACA--CTGAGAAA-A-AACTT-A-CCAAATGAATTACGG-TTTGCGCATATTCACGAGCCCATATCCTAA-----ATATCA-----GT--TTG---TTT-TCC-AAGA-AA-GTTGT--TGTTC--T---------AAGCTGTATTTAACCCTAACACTAACA-ACAAGTATTTGCGACTGATGTGGGCTACATT---ACACAGAGACA---TTG--T-ACAGAAAAAT----GAAT-A--TATTACAGAACG--AC-TGCG-CGAG----------------T--A---AAAA----------A--------------TAG---A
gi|68997                      :                                                                                 ataacT---AAA-T-CA----GAATACATACACTACAA-AT-GCACACAATCATGCGCCAATAAACCAG-----ACAACGCATTTGT--A-G---TGT-----A-TA-TA----GT--TAATT--TT----A
gi|68997                      :                                                                                               attaTT-AACTATATACACTACAA-AT-GCGa
gi|68987                      :                                                             attataaatcagaatacatacactacaaatgcacacaatcatgcgccaataaaccagacaa-GCGCGCGACCTCGCGCTCATAACTTAT-----ATGACG-----GT--A-T---TAT-CCttttaa
gi|69004                      :                                                                         ttttatatatataatactgcacacagactgagaaacctatggtaaaatattacaaactaaaactcaaaATAACACAT-----GTAATA-----AT--A-G---TTT-CCCCA-TA-AA-TTTGT--TGTT
gi|68998                      :                                                                                                                                                                        --A-G---TTT-CCC---TATCAGTTTGT--TG-TT--TC----AAAAACA--GTAT--GAACAATT-ATTGACA-ACACATATTTAATATTGCTGTGCTCCACAGT---ACATAGAGTCATTTGTGTTT-ACA---GAATCGCAGAG-----CGGTA-AAAATA--GC----GTCG-G----------------T--A---AAAT-------------------------C-G---AATAGCAGAA------CAATTCCAAAATTCTA------TTGTGT-------GTAGTATA---C-A---T--TTATACACCGAAGTTTATTATAAACTGAATACTGAACCAAAacagaattgcagagcagttaaaaatagaatcacagacaattgcgtgtagatggcatttgaacaacaacatttattataaactgaatacagtcaaa
gi|68999                      :                                                                                                                                                                                                            atattaaaacAAAAA--GTAC--AGATACAT-ATTAATA-ACACATGTTTAATATTGCTGTGACCTTTATT---ACATAGAGGCA---GGATTT-ACAG--------------------------AATT--GC-AGAG-CG-AAT--------------T--A---AAAT----------A----------------G------CGT-GGTT-----CT-------------A------TTGCGT-------GGAG---AAAACAGGT------GCACGCCGACAGTTATTATAAACTGAGTACTAAACCAAAA
gi|69000                      :                                                                                                                                                                                                                                       ATAA-A----CA-ACACATATTTAAAGTTGCTGTGACCTAAATG---ACACAAATGGA---GTGTGT-ACAG--GAGT----GAAT-C-TTGTTACAGAATA--GCAAGAG-GG-G----------------TTAA---AAATAGCGTGGATAA--------------CAATACAATCGC-ACATACATTCA-------------A------TTGCGT-------GCAG---G-----GGT-CAGTTGTACGCTGACA
gi|68986                      :                                                                                                                                                                                                                                            atTGCCA-CCAAGTAGTTAAAATTGTTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTA---ATGTTT-ACAG--GATT----GAAT-C-TTGTTACAGAAT----C-AAAG-CG-GT---------------T--A---AAAT--------------------------AG---AATCGC-AGA------CA-------------A------TTGCGT-------GTAG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCAACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|69001                      :                                       ttttatatataaaatactgcagacagactgtgaaaccggctataatattacaaactaaaacttttaactatatacgatacaaatgcgcgcgaccatgtgcccataacccatatgacaatagtatcccataaatttcttgtttcaaaaaaggtagaagcacatattagcaacaacttgtccaaaaaccggcaattttataaggcc-ATAAGAAGTTATAATTATTGTTACCTACATA---ACATAGAAGTA---GCATTT-ACAG--GAAT----GAGT-C-TTGTT-----------------------------------------------------------A--------------CTG---AATCGC-AGA------------------------------------------------G---C-GAT-T--TTGTACGCCGACATTTACTATAAATTGAATATTAGATCAAAA
gi|69002                      :                                                                                                                                                                                                                                                            TTAAAATTATTGTTACTTACATA---ACACAGAGGTA---GCGTTT-ACAA--GAAT----GAGT-C-TT
gi|69003                      :                                                                                                                                                                                                                                                                             TATATATTTACATAGAGGTA---TTGTTTTATAG--AAAT----GAAT-C-TTGTGACAGAATC--GC-AGGG-CT-G----------------TTAG---AAAT----------AGCATAGATGAAAAGTAG---AATCGC-AGA------CA-------------AATAGCATTGTGT-------GTAG---A---A-GATAT--TTGTATGTCTACATTTATTATAAACAGAATGTTA
gi|69005                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -C-TTGTTATATAATC--GC-AAAG-CG-GTTATAAATAGCGTGGAT--A---AAA-----------A--------------TAG---AATAGC-AGA------CAAATTCC-------A------TTGCGTTTA----AAAG---A---T--AT-T--TT-TACAACGATATCTATTATTAACTAAATATCAAAAGAAAA
gi|69004                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aggcagtgttga-TTGTTACAGAATT--GC-AGAG-CA-G----------------T--T---AAAA----------A--------------TAG---AATCAC-AGA------CA-------------A------TTGCGT-------GTAG---A---T-GGCAT--TTGAACAACAACATTTATTATAAACTGAATA-CAG-TCAAA
gi|69006                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ataacacatgtaataatagtttccccataaatttg-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAAACCAAAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  1111111111111111          111111111111111  22222222222222    111111111111111         22222222222222222222222                     11111                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                            1    22              66666666666       33 1       1             55555 33   222   1            33333     444  1        22                   44444      44444  22 1 333 0 3   3 1  2      22     22 77777 2          333     22                                        333                2 2    22        1 1 22    2       333  2     3333333333333333 2 2 5555 222222222222222  00000000000000    222222222222222         55555555555555555555555       77777777  333 00000   6 22       0                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                            .    ..              ...........       .. .       .             ..... ..   ...   .            .....     ...  .        ..                   .....      .....  .. . ... . .   . .  .      ..     .. ..... .          ...     ..                                        ...                . .    ..        . . ..    .       ...  .     ................ . . .... ...............  ..............    ...............         .......................       ........  ... .....   . ..       .                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                            5    00              88888888888       44 4       4             00000 44   777   5            77777     111  5        11                   00000      33333  44 7 000 5 5   8 9  9      66     99 44444 6          999     99                                        777                1 1    99        9 9 66    0       555  0     2222222222222222 0 0 2222 555555555555555  55555555555555    555555555555555         44444444444444444444444       55555555  999 99999   3 99       6                                  
consensus                     :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGT--TGTTT--TT----ANAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATTAGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAAT-C-T--TGTT-ACAGAAT--CGC-AGAGC----------------G-G-TT---A---------------AAA-------------ATAG---------------AATCGCAGA-------CA------A-------TTGCGTGT-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
Reference ( family-568 )      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TANATTTGT--TGTTT--TT----ANAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATTAGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAAT-C-T--TGTT-ACAGAAT--CGC-AGAGC----------------G-G-TN---A---------------AAN-------------ATAG---------------AATCGCAGA-------CA------A-------TTGCGTGT-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68969                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATCGTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AATTATAAACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----AT--A-G---TAT-CCC-A-TAGATTTGG--TATTT--TT----TTAAAAGGTAGA---AGTAC--ATATTAACAACAAGTAGTTAAAA-TATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGTATT-T-CCAG--AAATGAAT-C-T--TGTT-GCAGAAT--CGC-AGAGC----------------A-G-TT---A---------------GAA-------------ATAG---------------AATTGCAGA-------TA----------------GCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCGACATTTATTATAAACTCAATATTAGATCAAAA
gi|68970                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATA--TAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATCGTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AATTATAAACAC-----TACAA---AT-GCGCGTGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----AT--A-G---TAT-CCC-A-TAGATTTGG--TATTT--TT----TTAAAAGGAAGA---AGTAC--ATATTAACAACAAGTAGTTAAAA-TATTGTGACCTACATA---ATACAGAGGTAGTATT-T-CCAG--AAATGAAT-C-T--TGTT-GCAGAAT--CGC-AGAGC----------------A-G-TT---A---------------GAA-------------ATAG---------------AATTGCAGA-------TA----------------GCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68971                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCCATATATAA-AATA--CAGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CCTTT-AACTTTATAAAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--ACACGCGCCCATAACCCAT-----GTGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TACGTTTGT--TGCTT--TT----AGAAAATGAAGA---AGCAT--ATATTAGCAACAAATAGTTAAAATTAGTGTGACTTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TGTT-ACAGAAT--TGC-AGAGC----------------G-A-TT---A---------------AAA-------------ATAG---------------AATCGCAGA-------CA------A-------TTGCGTGA-------AT---A---C-GGT-T--TTGTACGCCAACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68972                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATTTAAAA-AATT--CTGCAGACAGACTG-----------AAAACCC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAT-CGTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCACCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TACATTTGT--TGTTT--TT----AGAAAAGGTAGA---AGCAT--AAATTGGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TGTT-ACAAAAT--GGC-AGAGC----------------G-G-TA---A---------------AAT-------------ACAG---------------AATCGCGGA-------CA------A-------TTGCGTGA-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCTGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68973                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATAAAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AAAACCC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAT-CGTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCACGA--CCACGCTCCCATAACCCAT-----ATGACC-----GA--A-G---TAT-CCC-A--ATATTTGT--TGTTT--TT----AGAAAAGGTAGA---ATCAT--ATATTGGTAACAAGTTGTTAAAATTATTGTGACATACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TGTT-ACAAAAT--GGC-AGAGC----------------G-G-TT---A---------------AAT-------------ACAG---------------AATCGCGGA-------CA------A-------TTGCGTGA-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCTGACATTTACTATAAACTTAATATTAGATCAAAA
gi|68974                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AAAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAT-CGTTT-AACTATATGCAC-----TACAA---AT-ACGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--T-A---TAT-CCC-A-TACATTTGT--TGTTT--AT----AGAAAAGGTAGA---AGCAT--ATATTGGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-T-T--TGTT-ACAGAAT--GGC-AGAGC----------------G-G-TT---A---------------AAC-------------ATAG---------------AAATGCAGA-------CA------A-------TTGCGTGA-------AG---A---C-GGT-T--TTGTA
gi|68975                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTGTATATGA-TATA--CTGCAGACAAACTG-----------AGAAACC--T-ATTGTAA-ACTATTACAAGCC-----A--AAAACTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--TCACGCGCCCATAACCAAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGT--TGTTT--TTTTAAAAAAAAGGTAGA---ATCAC--GTATAAGCAACAAGTTGTTAAAGTTAGTGTGACCTTCATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAAT-C-T--TGTT-ACAGAAT--CGC-ACAGC----------------G-G-TT---A---------------AA--------------ACAG---------------CATCGCAGA-------CA------A--------TGCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACGGTATAT
gi|68976                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATGTATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGGCACC--T-ACTGTAA-AATATAACCAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGTGCTA--TCACGCGACCATAACCAAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGTAGTATTT--TA----AAAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATAAACAA-AAGT
gi|68977                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTTTATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTGCAGACATACTGAGAAACC--T-ACTATAA---TATTACAAACT-----T--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAT---AT-GTGCGCGA--CCACGTGCCCACAACCCAT-----ATGACG-----GC--A-G---TAT-CTC-A-TAAATGTGT--TGTTT--C-----ATAAAAGGTAGA---AGCAA--ATATTAGCAACAAATAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAAGTAGCTTT-T-ACAG--GAATGACT-C-T--TGTT-ACAGAAT--CGC-AGAGC----------------G-G-TT---A---------------AAA-------------ATAG---------------AATCGCAGA-------CA------A-------TTGCGTGT-------TG---A---G-GGT-T--TTGTACAGCGACATTAATTAT
gi|68978                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTA-----------AGAAACC--C-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-TTGTT-AACGTTATACAT-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CGACGCGCCCA----------------------------------TAA-CCC-A-TA----TGA--CGTT---------------GGTAT------CCC--ATA--AGCAACAAGTAGTTTAAAATATTGTGACCTACTTA---GCACTGAGGTAGTGTT-T-ACAG--AAATGAAT-A-T--TGTT-GCAGAAT--CGT-AGAGC----------------G-G-TAGAAA---------------AAA-------------AAAG---------------AATCGCAGA-------CA------A-------TTGCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68979                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTT-----------AAAAACC--T-ATTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATACACAC-----TACAA---AT-GGGTGCGA--CCACGTGCCCATAACCCAT-----ATGATG-----GT--G-G---TAT-
gi|68980                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTGTATATAA-AATA--CTGAAGACAGACTG-----------AGAAAC---T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATCCAC-----TAGAA---AT-GCGCGCGA--CCACTCGCCCATAGCCCAT-----ATGAC
gi|68981                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATACATCA-AATA--CGGCAGACAGACAG-----------AAAACCC--T-TCTGTAA-AATATTACAAATT-----G--AAT-CTTTT-AACTATATACAT-----TACAA---A---CGCGCGA--CCACGCACACATAACCCTT-----ATGACG-----atgtacatatacat
gi|68982                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AA
gi|68983                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAT-AATA--CTGCAGACAAGCTG-----------AGAAATCGGTAACTGC---AATATTA
gi|68984                      :                                                                                                                                                                                                               TTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTA-----------TGGAACC--T-ACTGTAA-AATATTAAAAACT-----A--AAA-CTTTTAAATTA-ATATAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----AT--A-G---TTT-CCC-A-TACTTTTGT--TGTTT--TT----ATAAA
gi|68985                      :                                                                                                                                                                                                               TTTCTTTATATAA-AATA--CTACAGACAGACAG-----------AGAAACC--T-ATTGTAA-AATATAAAAAACT-----A--AAA-CTTTA-AACTATATAAAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCTCGCGCTCATAACTTAT-----ATGACG-----GT--A-T---TAT-CC
gi|68986                      :                                                                                                                                                                                                                TTTTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------TGAAACC--G-GCTATAA---TATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACGA-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCATGTGCCCATAACCCAT-----ATGACA-----AT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTCT--TG-TT--TC----AAAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATTAGCAACAACTTGTCCAAA
gi|68986                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CACCAAGTAGTTAAAATTGTTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAATGTT-T-ACAG--GATTGAAT-C-T--TGTT-ACAGAAT--C---AAAGC----------------G-G-TT---A---------------AA--------------ATAG---------------AATCGCAGA-------CA------A-------TTGCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCAACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAAaaccggcaattttataaggcctgccaccaagtagttaaaattgttgtgacctacataacacagaggtaatgtttacaggattgaatcttgttacagaatcaaagcggttaaaatagaatcgcagacaattgcgtgtagaaggttttgtacggcaacatttattataaactgaatattagatcaaaa
gi|68987                      : ttttatatataaaatactgcagacagactgtgaaaccggctataatattacaaactaaaacttttaactatatacgatacaaatgcgcgcgaccatgtgcccataacccatatgacaatagtatcccataaatttcttgtttcaaaaaaggtagaagcacatattagcaacaacttgtccaaaaaccggcaattttataaggcctgcTTTTATATATAT-AATA--CTGCACACAGACTG-----------AGAAACC--T-ATGGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-C-TCA-AAGGATA-ATACCGTCATATAAGTTAT-GAGCGCGAGGTCGCGCGC
gi|68988                      :                                                                                                                                                                                                                   TATATATAT-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AAAAACC--T-ACTGTAA-AAT-----------------------------------TACGC-----TACAA---AT-GCGCGTG----------CCCATAACCCAT-----A--------------------------------AATTTGT--TGTTT--TT----AAAAAAGGTAGA---AGCAC--ATTTTAGTAATAAGTAGTTAAAATTGTTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGTGTA-T-ATAT--GAATGAAT-A-T--TGTA-ACAGAAT--CGC-AGAGC----------------G-G-TT---T---------------AA--------------ATAA---------------AATCGTAAA-------CA------A-------TTGTATG
gi|68989                      :                                                                                                                                                                                                                        ACAA-AATATGCTGAAGACAGACTA-----------AAAATCT--T-AC--TAA-AATACT--AGACT-----AACAAA-C---T-AAATATATGCAC-----TACAAT--TT-ATGCACAG--TCACATGACCATACCCCAT-----GTAACT-----GTTCA-GGTTTCC-CCC-A-GAAGTTTGT--TG-TT--TC----ATAAA---TTGA-----CCT--ACATTA-C-ACAG--AGCCAA------TG-----TATAGA---AGAAAGA-ATA-TGT--T-ACA---GAATGAACACAT--GGTT-A-AAAATAGTGC-AGA----------------------TA---A---------------AAA-------------ATAA---------------A-----GGA-------CATGTTCCA-------GTGTGTGTGTGTAGAAG---A---C-G---T--TTGAACGCTGACATTTATGACAAACTGAATATTAAA-CAAAA
gi|68990                      :                                                                                                                                                                                                                         TAACAATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAAAC--T-ACTATAATAATACTACAAACT-----AC-AAA----TT-AGCTATACACAC-----TACAA---AT---ATGCGA--CCATGCGCCCATAAACAATATACGATAACA-----GT--A-G---TTTCCCC-A-TAAATTTGT--TGTTCCATT----AAAAA---TATG---AGCAA--ATATTAACAACACGTA
gi|68991                      :                                                                                                                                                                                                                         TAC-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACA--T-ACTTTAA-TTTACTACAAACT-----A--AAA----TT-AATTTTATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGG--CCAAGCGTCCATAACCCAT-----GTAAC
gi|68992                      :                                                                                                                                                                                                                          AA-GATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTATAA-TATA--ACAGACG-----A--AAA-CTT---AACTATATAAAC-----AACAA---AT-GCGCGCGA--TCACGCGCCTATAACACAT-----GTAATA-----AT--A-G---TTTCCCC-A-TAAATTTGT--TGTT
gi|68993                      :                                                                                                                                                                                                                          AA-GATA--CTGCAAACATACTG-----------AGACACT--T-GCT--AA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTT---AATTATGCACAA-----TACAA---AT-GCGCGCGA--TCACGCACCCATAA
gi|68994                      :                                                                                                                                                                                                                           A-GATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGGAATC--T-ACTGAAA-AATAATACAACCT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGAGA--CCACGCGCCAATAACCCAT-----ATGATG-----GT--A-A---TAT-CCC-A-TACATTTGT--TGTTT--TT----AGAAAAGGTATA---AGCAT--ATATTAGCAACAAGTATTTAAAATTATTGTGACCTA
gi|68995                      :                                                                                                                                                                                                                              ATA--ACGCAGACAGACTA-----------AAATACT--T-A--GTTA-AATACTACA--CTGAGAAA--AAA-CTT----ACCAAATGAAT-----TACGG---TTTGCGCATAT--TCACGAGCCCATATCCTAA-----ATATCA-----GT--TTG---TTT-TCC-AAGAAAGTTGT--TGTTC--T---------AAGCTGTATTTAACCCTAACACTAACAACAAGTATTTGCGACTGATGTGGGCTACATT---ACACAGAG---ACATTGT-ACAGAAAAATGAAT-A----TATT-ACAGAAC--GAC-TGCGC----------------GAG-TA---A---------------AAA-------------ATAG---------------A
gi|68996                      :                                                                                                                                                                                                                               TA--CTGCAAACACACTG-----------AGAAAACA-T-ACT--------ATTACAAACTT----A--AAA----TT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCG
gi|68997                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTATAAATC-----A--GAA----------TACATACAC-----TACAA---AT-GCACACAA--TCATGCGCCAATAAACCAG-----ACAACGCATTTGT--A-G---TGT-----A-TATA---GT--TAATT--TT----A
gi|68998                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --A-G---TTT-CCCTA-TCAGTTTGT--TGTTT--C-----AAAAACAGTATG---AACAA--TTATTGACAACACATATTTAATATTGCTGTGCTCCACAGT---ACATAGAG-T--CATT-T-G-------------------TGTTTACAGAAT--CGC-AGAGC----------------G-G-TA---A---------------AAATAGCGTCGGTAAAATCG---------------AATAGCAGAACAATTCCA------AAATTCTATTGTGTGT-------AGTATA---C-A---T--TTATACACCGAAGTTTATTATAAACTGAATACTGAACCAAAa
gi|68999                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atattaaaacAAAAAGTACA---GATAC--ATATTAATAACACATGTTTAATATTGCTGTGACCTTTATT---ACATAGAGG-----------CAG--GA------------T-TT-ACAGAAT--TGC-AGAGC----------------G-AATT---A---------------AA--------------ATAG------------------CGTGGTT------CT------A-------TTGCGTGG-------AG---AAAACAGGT------GCACGCCGACAGTTATTATAAACTGAGTACTAAACCAAAA
gi|69000                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --ATATAAACAACACATATTTAAAGTTGCTGTGACCTAAATG---ACACAAATGGAGTGTG-T-ACAG--GAGTGAAT-C-T--TGTT-ACAGAAT--AGCAAGAGG----------------G-G-TT---A---------------AAA-------------ATAGCGTGGATAACAATACAATCGCACATACATT-CA------A-------TTGCGTGC-------AG---G-----GGT-CAGTTGTACGCTGACA
gi|69001                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATAAGAAGTTATAATTATTGTTACCTACATA---ACATAGAAGTAGCATT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TGTT-AC--------------------------------------------------------------------------T-G---------------AATCGCAGA-------------------------------------------G---C-GAT-T--TTGTACGCCGACATTTACTATAAATTGAATATTAGATCAAAA
gi|69002                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTAAAATTATTGTTACTTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAA--GAATGAGT-C-T--T
gi|69003                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATTTACATAGAGGTATTGTT-TTATAG--AAATGAAT-C-T--TGTG-ACAGAAT--CGC-AGGGCTGTTAGAAATAGCATAG-A-TG---A---------------AAA-------------GTAG---------------AATCGCAGA-------CA------AATAGCA-TTGTGTGT-------AG---A---A-GATAT--TTGTATGTCTACATTTATTATAAACAGAATGTTA
gi|69004                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATAACACAT-----GTAATA-----AT--A-G---TTT-CCCCA-TAAATTTGT--TGTT
gi|69004                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATAAAT-T-TGTTGTT-ACAGAAT--TGC-AGAGC----------------A-G-TT---A---------------AAA-------------ATAG---------------AATCACAGA-------CA------A-------TTGCGTGT-------AG---A---T-GGCAT--TTGAACAACAACATTTATTATAAACTGAATA-CAG-TCAAAacagaattgcagagcagttaaaaatagaatcacagacaattgcgtgtagatggcatttgaacaacaacatttattataaactgaatacagtcaaa
gi|69005                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ataacacatgtaataatagtttcccc-C-T--TGTT-ATATAAT--CGC-AAAGC----------------G-G-TT---ATAAATAGCGTGGATAAAA-------------ATAG---------------AATAGCAGA-------CAAATTCCA-------TTGCGTTT-------AA---A---A-GATAT--TTTTACAACGATATCTATTATTAACTAAATATCAAAAGAAAA
gi|69006                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aggcagtgttga-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAAACCAAAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       1111111111111111111      22222222222222222222222222222222                       22222222222222222222                     11111                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                            1    22              66666666666       33 1       1             44444 33   444   1            33333     333  1        22                   44444      44444  22 1 333 0 3   4 2  2      22     33 66666 2          333     22                                        333                2 2    22        1 1 22  2         333  2      2   4444444444444444444      55555555555555555555555555555555    55555    2 888888  77777777777777777777       77777777  333 00000   6 22       0                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                            .    ..              ...........       .. .       .             ..... ..   ...   .            .....     ...  .        ..                   .....      .....  .. . ... . .   . .  .      ..     .. ..... .          ...     ..                                        ...                . .    ..        . . ..  .         ...  .      .   ...................      ................................    .....    . ......  ....................       ........  ... .....   . ..       .                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                            5    00              88888888888       44 4       4             88888 33   666   4            66666     999  4        11                   00000      33333  44 7 000 5 5   0 0  2      88     11 44444 6          999     99                                        777                1 1    99        9 9 66  0         555  0      0   4444444444444444444      33333333333333333333333333333333    33333    1 222222  22222222222222222222       55555555  999 99999   3 99       6                                  
consensus                     :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGT--TGTTT--TT----ANAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATTAGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--CGC-AGAGCG-GTT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
Reference ( family-568 )      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGT--TGTTT--TT----ANAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATTAGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--CGC-AGAGCG-GTT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68969                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATCGTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AATTATAAACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----AT--A-G---TAT-CCC-A-TAGATTTGG--TATTT--TT----TTAAAAGGTAGA---AGTAC--ATATTAACAACAAGTAGTTAAAA-TATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGTATT-T-CCAG--AAATGAAT-C-T--TG-TTGCAGAAT--CGC-AGAGCA-GTT---A---------------GAAATA----------------G---------------AATT-----GCAG-A------TA----------------------GCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCGACATTTATTATAAACTCAATATTAGATCAAAA
gi|68970                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATA--TAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATCGTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AATTATAAACAC-----TACAA---AT-GCGCGTGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----AT--A-G---TAT-CCC-A-TAGATTTGG--TATTT--TT----TTAAAAGGAAGA---AGTAC--ATATTAACAACAAGTAGTTAAAA-TATTGTGACCTACATA---ATACAGAGGTAGTATT-T-CCAG--AAATGAAT-C-T--TG-TTGCAGAAT--CGC-AGAGCA-GTT---A---------------GAAATA----------------G---------------AATT-----GCAG-A------TA----------------------GCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68971                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCCATATATAA-AATA--CAGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CCTTT-AACTTTATAAAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--ACACGCGCCCATAACCCAT-----GTGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TACGTTTGT--TGCTT--TT----AGAAAATGAAGA---AGCAT--ATATTAGCAACAAATAGTTAAAATTAGTGTGACTTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TG-TTACAGAAT--TGC-AGAGCG-ATT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGA-------AT---A---C-GGT-T--TTGTACGCCAACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68972                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATTTAAAA-AATT--CTGCAGACAGACTG-----------AAAACCC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAT-CGTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCACCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TACATTTGT--TGTTT--TT----AGAAAAGGTAGA---AGCAT--AAATTGGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TG-TTACAAAAT--GGC-AGAGCG-GTA---A---------------AATACA----------------G---------------AATC-----GCGG-A------CA-------------A------TTGCGTGA-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCTGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68973                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATAAAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AAAACCC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAT-CGTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCACGA--CCACGCTCCCATAACCCAT-----ATGACC-----GA--A-G---TAT-CCC-A--ATATTTGT--TGTTT--TT----AGAAAAGGTAGA---ATCAT--ATATTGGTAACAAGTTGTTAAAATTATTGTGACATACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TG-TTACAAAAT--GGC-AGAGCG-GTT---A---------------AATACA----------------G---------------AATC-----GCGG-A------CA-------------A------TTGCGTGA-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCTGACATTTACTATAAACTTAATATTAGATCAAAA
gi|68974                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AAAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAT-CGTTT-AACTATATGCAC-----TACAA---AT-ACGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--T-A---TAT-CCC-A-TACATTTGT--TGTTT--AT----AGAAAAGGTAGA---AGCAT--ATATTGGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-T-T--TG-TTACAGAAT--GGC-AGAGCG-GTT---A---------------AACATA----------------G---------------AAAT-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGA-------AG---A---C-GGT-T--TTGTA
gi|68975                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTGTATATGA-TATA--CTGCAGACAAACTG-----------AGAAACC--T-ATTGTAA-ACTATTACAAGCC-----A--AAAACTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--TCACGCGCCCATAACCAAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGT--TGTTT--TTTTAAAAAAAAGGTAGA---ATCAC--GTATAAGCAACAAGTTGTTAAAGTTAGTGTGACCTTCATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--CGC-ACAGCG-GTT-------------------AAAACA----------------G---------------CATC-----GCAG-A------CA-------------A-------TGCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACGGTATAT
gi|68976                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATGTATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGGCACC--T-ACTGTAA-AATATAACCAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGTGCTA--TCACGCGACCATAACCAAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGTAGTATTT--TA----AAAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATAAACAA-AAGT
gi|68977                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTTTATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTGCAGACATACTGAGAAACC--T-ACTATAA---TATTACAAACT-----T--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAT---AT-GTGCGCGA--CCACGTGCCCACAACCCAT-----ATGACG-----GC--A-G---TAT-CTC-A-TAAATGTGT--TGTTT--C-----ATAAAAGGTAGA---AGCAA--ATATTAGCAACAAATAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAAGTAGCTTT-T-ACAG--GAATGACT-C-T--TG-TTACAGAAT--CGC-AGAGCG-GTT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------TG---A---G-GGT-T--TTGTACAGCGACATTAATTAT
gi|68978                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTA-----------AGAAACC--C-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-TTGTT-AACGTTATACAT-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CGACGCGCCCA----------------------------------TAA-CCC-A-TA----TGA--CGTT---------------GGTAT------CCC--ATA--AGCAACAAGTAGTTTAAAATATTGTGACCTACTTA---GCACTGAGGTAGTGTT-T-ACAG--AAATGAAT-A-T--TG-TTGCAGAAT--CGT-AGAGCG-GTAGAAA---------------AAAAAA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68979                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTT-----------AAAAACC--T-ATTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATACACAC-----TACAA---AT-GGGTGCGA--CCACGTGCCCATAACCCAT-----ATGATG-----GT--G-G---TAT-
gi|68980                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTGTATATAA-AATA--CTGAAGACAGACTG-----------AGAAAC---T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATCCAC-----TAGAA---AT-GCGCGCGA--CCACTCGCCCATAGCCCAT-----ATGAC
gi|68981                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATACATCA-AATA--CGGCAGACAGACAG-----------AAAACCC--T-TCTGTAA-AATATTACAAATT-----G--AAT-CTTTT-AACTATATACAT-----TACAA---A---CGCGCGA--CCACGCACACATAACCCTT-----ATGACG-----atgtacatatacat
gi|68982                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AA
gi|68983                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAT-AATA--CTGCAGACAAGCTG-----------AGAAATCGGTAACTGC---AATATTA
gi|68984                      :                                                                                                                                                                                                               TTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTA-----------TGGAACC--T-ACTGTAA-AATATTAAAAACT-----A--AAA-CTTTTAAATTA-ATATAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----AT--A-G---TTT-CCC-A-TACTTTTGT--TGTTT--TT----ATAAA
gi|68985                      :                                                                                                                                                                                                               TTTCTTTATATAA-AATA--CTACAGACAGACAG-----------AGAAACC--T-ATTGTAA-AATATAAAAAACT-----A--AAA-CTTTA-AACTATATAAAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCTCGCGCTCATAACTTAT-----ATGACG-----GT--A-T---TAT-CC
gi|68986                      :                                                                                                                                                                                                                TTTTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------TGAAACC--G-GCTATAA---TATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACGA-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCATGTGCCCATAACCCAT-----ATGACA-----AT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTCT--TG-TT--TC----AAAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATTAGCAACAACTTGTCCAAA
gi|68986                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CACCAAGTAGTTAAAATTGTTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAATGTT-T-ACAG--GATTGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--C---AAAGCG-GTT---A---------------AAA-TA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCAACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAAaaccggcaattttataaggcctgccaccaagtagttaaaattgttgtgacctacataacacagaggtaatgtttacaggattgaatcttgttacagaatcaaagcggttaaaatagaatcgcagacaattgcgtgtagaaggttttgtacggcaacatttattataaactgaatattagatcaaaa
gi|68987                      : ttttatatataaaatactgcagacagactgtgaaaccggctataatattacaaactaaaacttttaactatatacgatacaaatgcgcgcgaccatgtgcccataacccatatgacaatagtatcccataaatttcttgtttcaaaaaaggtagaagcacatattagcaacaacttgtccaaaaaccggcaattttataaggcctgcTTTTATATATAT-AATA--CTGCACACAGACTG-----------AGAAACC--T-ATGGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-C-TCA-AAGGATA-ATACCGTCATATAAGTTAT-GAGCGCGAGGTCGCGCGC
gi|68988                      :                                                                                                                                                                                                                   TATATATAT-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AAAAACC--T-ACTGTAA-AAT-----------------------------------TACGC-----TACAA---AT-GCGCGTG----------CCCATAACCCA-------------------------------------TAAATTTGT--TGTTT--TT----AAAAAAGGTAGA---AGCAC--ATTTTAGTAATAAGTAGTTAAAATTGTTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGTGTA-T-ATAT--GAATGAAT-A-T--TG-TAACAGAAT--CGC-AGAGCG-GTT-------------------TAAATA----------------A---------------AATC-----GTAA-A------CA-------------A------TTGTATG
gi|68989                      :                                                                                                                                                                                                                        ACAA-AATATGCTGAAGACAGACTA-----------AAAATCT--T-AC--TAA-AATACT--AGACT-----AACAAA-C---T-AAATATATGCAC-----TACAAT--TT-ATGCACAG--TCACATGACCATACCCCAT-----GTAACT-----GTTCA-GGTTTCC-CCC-A-GAAGTTTGT--TG-TT--TC----ATAAA---TTGA-----CCT--ACATTA-C-ACAG--AGCCAA------TG-----TATAGA---AGAAAGA-ATA-TGT--T-ACA---GAATGAACACAT--GG-TTA-AAAATAGTGC-AGA-----TA---A---------------AAAATA----------------A---------------A----------GG-A------CATGTTCC-------A------GTGTGTGTGTGTAGAAG---A---C-G---T--TTGAACGCTGACATTTATGACAAACTGAATATTAAA-CAAAA
gi|68990                      :                                                                                                                                                                                                                         TAACAATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAAAC--T-ACTATAATAATACTACAAACT-----AC-AAA----TT-AGCTATACACAC-----TACAA---AT---ATGCGA--CCATGCGCCCATAAACAATATACGATAACA-----GT--A-G---TTTCCCC-A-TAAATTTGT--TGTTCCATT----AAAAA---TATG---AGCAA--ATATTAACAACACGTA
gi|68991                      :                                                                                                                                                                                                                         TAC-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACA--T-ACTTTAA-TTTACTACAAACT-----A--AAA----TT-AATTTTATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGG--CCAAGCGTCCATAACCCAT-----GTAAC
gi|68992                      :                                                                                                                                                                                                                          AA-GATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTATAA-TATA--ACAGACG-----A--AAA-CTT---AACTATATAAAC-----AACAA---AT-GCGCGCGA--TCACGCGCCTATAACACAT-----GTAATA-----AT--A-G---TTTCCCC-A-TAAATTTGT--TGTT
gi|68993                      :                                                                                                                                                                                                                          AA-GATA--CTGCAAACATACTG-----------AGACACT--T-GCT--AA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTT---AATTATGCACAA-----TACAA---AT-GCGCGCGA--TCACGCACCCATAA
gi|68994                      :                                                                                                                                                                                                                           A-GATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGGAATC--T-ACTGAAA-AATAATACAACCT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGAGA--CCACGCGCCAATAACCCAT-----ATGATG-----GT--A-A---TAT-CCC-A-TACATTTGT--TGTTT--TT----AGAAAAGGTATA---AGCAT--ATATTAGCAACAAGTATTTAAAATTATTGTGACCTA
gi|68995                      :                                                                                                                                                                                                                              ATA--ACGCAGACAGACTA-----------AAATACT--T-A--GTTA-AATACTACA--CTGAGAAA--AAA-CTT----ACCAAATGAAT-----TACGG---TTTGCGCATAT--TCACGAGCCCATATCCTAA-----ATATCA-----GT--TTG---TTT-TCC-AAGAAAGTTGT--TGTTC--T---------AAGCTGTATTTAACCCTAACACTAACAACAAGTATTTGCGACTGATGTGGGCTACATT---ACACAGAG---ACATTGT-ACAGAAAAATGAAT-A----TA-TTACAGAAC--GAC-TGCGCGAGTA---A---------------AAAATA----------------G---------------A
gi|68996                      :                                                                                                                                                                                                                               TA--CTGCAAACACACTG-----------AGAAAACA-T-ACT--------ATTACAAACTT----A--AAA----TT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCG
gi|68997                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTATAAATC-----A--GAA----------TACATACAC-----TACAA---AT-GCACACAA--TCATGCGCCAATAAACCAG-----ACAACGCATTTGT--A-G---TGT-
gi|68997                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-----A--AAA----TT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGatatagttaattttaa
gi|68998                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            attataaatcagaatacatacactacaaatgcacacaatcatgcgccaataaaccagacaa--A-G---TTT-CCCTA-TCAGTTTGT--TG-TT--TC----AAAAACAGTATG---AACAA--TTATTGACAACACATATTTAATATTGCTGTGCTCCACAGT---ACATAGA-GT--CATT-T-G-------------------TGTTTACAGAAT--CGC-AGAGCG-G-T---A---------------AAAATA----------------GCGTCGGTAA------AATCGAATAGCAGAA------CAATTCCAAAATTCTA------TTGTGTGT-------AGTATA---C-A---T--TTATACACCGAAGTTTATTATAAACTGAATACTGAACCAAAa
gi|68999                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atattaaaacAAAAAGTACA---GATAC--ATATTAATAACACATGTTTAATATTGCTGTGACCTTTATT---ACATAGAGG-----------CAG--GA------------T--TTACAGAAT--TGC-AGAGCG-AAT---T---------------AAAATA----------------G------------------C-----GTGG-TT-----CT-------------A------TTGCGTGG-------AG---AAAACAGGT------GCACGCCGACAGTTATTATAAACTGAGTACTAAACCAAAA
gi|69000                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --ATATAAACAACACATATTTAAAGTTGCTGTGACCTAAATG---ACACAAATGGAGTGTG-T-ACAG--GAGTGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--AGCAAGAGGG-GTT---A---------------AAAATA----------------GCGTGGATAACAATACAATC-----GCAC-ATACATTCA-------------A------TTGCGTGC-------AG---G-----GGT-CAGTTGTACGCTGACA
gi|69001                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATAAGAAGTTATAATTATTGTTACCTACATA---ACATAGAAGTAGCATT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TG-TTAC--------------------------------------------T-----------------G---------------AATC-----GCAG-A------------------------------------------------G---C-GAT-T--TTGTACGCCGACATTTACTATAAATTGAATATTAGATCAAAA
gi|69002                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTAAAATTATTGTTACTTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAA--GAATGAGT-C-T--T
gi|69003                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATTTACATAGAGGTATTGTT-TTATAG--AAATGAAT-C-T--TG-TGACAGAAT--CGC-AGGGCT-GTT---A---------------GAAATAGCATAGATGAAAAGTAG---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------AATAGCATTGTGTGT-------AG---A---A-GATAT--TTGTATGTCTACATTTATTATAAACAGAATGTTA
gi|69004                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATAACACAT-----GTAATA-----AT--A-G---TTT-CCCCA-TAAATTTGT--TGTT
gi|69004                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATAAAT-T-TGTTG-TTACAGAAT--TGC-AGAGCA-GTT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----ACAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---T-GGCAT--TTGAACAACAACATTTATTATAAACTGAATA-CAG-TCAAAacagaattgcagagcagttaaaaatagaatcacagacaattgcgtgtagatggcatttgaacaacaacatttattataaactgaatacagtcaaa
gi|69005                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ataacacatgtaataatagtttcccc-C-T--TG-TTATATAAT--CGC-AAAGCG-GTT---ATAAATAGCGTGGATAAAAATA----------------G---------------AATA-----GCAG-A------CAAATTCC-------A------TTGCGTTT-------AA---A---A-GATAT--TTTTACAACGATATCTATTATTAACTAAATATCAAAAGAAAA
gi|69006                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aggcagtgttga-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAAACCAAAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       1111111111111111111      22222222222222222222222222222222                       22222222222222222222                     11111                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                            1    22              66666666666       33 1       1             44444 33   444   1            33333     333  1        22                   44444      44444  22 1 333 0 3   4 2  2      22     33 66666 2          333     22                                        333                2 2    22        1 1 22  2         333  2      2   4444444444444444444      55555555555555555555555555555555    55555    2 888888  77777777777777777777       77777777  333 00000   6 22       0                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                            .    ..              ...........       .. .       .             ..... ..   ...   .            .....     ...  .        ..                   .....      .....  .. . ... . .   . .  .      ..     .. ..... .          ...     ..                                        ...                . .    ..        . . ..  .         ...  .      .   ...................      ................................    .....    . ......  ....................       ........  ... .....   . ..       .                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                            5    00              88888888888       44 4       4             88888 33   666   4            66666     999  4        11                   00000      33333  44 7 000 5 5   0 0  2      88     11 44444 6          999     99                                        777                1 1    99        9 9 66  0         555  0      0   4444444444444444444      33333333333333333333333333333333    33333    1 222222  22222222222222222222       55555555  999 99999   3 99       6                                  
consensus                     :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGT--TGTTT--TT----ANAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATTAGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--CGC-AGAGCG-GTT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
Reference ( family-568 )      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGT--TGTTT--TT----ANAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATTAGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--CGC-AGAGCG-GTT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68969                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATCGTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AATTATAAACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----AT--A-G---TAT-CCC-A-TAGATTTGG--TATTT--TT----TTAAAAGGTAGA---AGTAC--ATATTAACAACAAGTAGTTAAAA-TATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGTATT-T-CCAG--AAATGAAT-C-T--TG-TTGCAGAAT--CGC-AGAGCA-GTT---A---------------GAAATA----------------G---------------AATT-----GCAG-A------TA----------------------GCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCGACATTTATTATAAACTCAATATTAGATCAAAA
gi|68970                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATA--TAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATCGTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AATTATAAACAC-----TACAA---AT-GCGCGTGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----AT--A-G---TAT-CCC-A-TAGATTTGG--TATTT--TT----TTAAAAGGAAGA---AGTAC--ATATTAACAACAAGTAGTTAAAA-TATTGTGACCTACATA---ATACAGAGGTAGTATT-T-CCAG--AAATGAAT-C-T--TG-TTGCAGAAT--CGC-AGAGCA-GTT---A---------------GAAATA----------------G---------------AATT-----GCAG-A------TA----------------------GCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68971                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCCATATATAA-AATA--CAGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CCTTT-AACTTTATAAAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--ACACGCGCCCATAACCCAT-----GTGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TACGTTTGT--TGCTT--TT----AGAAAATGAAGA---AGCAT--ATATTAGCAACAAATAGTTAAAATTAGTGTGACTTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TG-TTACAGAAT--TGC-AGAGCG-ATT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGA-------AT---A---C-GGT-T--TTGTACGCCAACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68972                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATTTAAAA-AATT--CTGCAGACAGACTG-----------AAAACCC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAT-CGTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCACCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TACATTTGT--TGTTT--TT----AGAAAAGGTAGA---AGCAT--AAATTGGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TG-TTACAAAAT--GGC-AGAGCG-GTA---A---------------AATACA----------------G---------------AATC-----GCGG-A------CA-------------A------TTGCGTGA-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCTGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68973                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATAAAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AAAACCC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAT-CGTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCACGA--CCACGCTCCCATAACCCAT-----ATGACC-----GA--A-G---TAT-CCC-A--ATATTTGT--TGTTT--TT----AGAAAAGGTAGA---ATCAT--ATATTGGTAACAAGTTGTTAAAATTATTGTGACATACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TG-TTACAAAAT--GGC-AGAGCG-GTT---A---------------AATACA----------------G---------------AATC-----GCGG-A------CA-------------A------TTGCGTGA-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCTGACATTTACTATAAACTTAATATTAGATCAAAA
gi|68974                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AAAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAT-CGTTT-AACTATATGCAC-----TACAA---AT-ACGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--T-A---TAT-CCC-A-TACATTTGT--TGTTT--AT----AGAAAAGGTAGA---AGCAT--ATATTGGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-T-T--TG-TTACAGAAT--GGC-AGAGCG-GTT---A---------------AACATA----------------G---------------AAAT-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGA-------AG---A---C-GGT-T--TTGTA
gi|68975                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTGTATATGA-TATA--CTGCAGACAAACTG-----------AGAAACC--T-ATTGTAA-ACTATTACAAGCC-----A--AAAACTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--TCACGCGCCCATAACCAAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGT--TGTTT--TTTTAAAAAAAAGGTAGA---ATCAC--GTATAAGCAACAAGTTGTTAAAGTTAGTGTGACCTTCATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--CGC-ACAGCG-GTT-------------------AAAACA----------------G---------------CATC-----GCAG-A------CA-------------A-------TGCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACGGTATAT
gi|68976                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATGTATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGGCACC--T-ACTGTAA-AATATAACCAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGTGCTA--TCACGCGACCATAACCAAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGTAGTATTT--TA----AAAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATAAACAA-AAGT
gi|68977                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTTTATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTGCAGACATACTGAGAAACC--T-ACTATAA---TATTACAAACT-----T--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAT---AT-GTGCGCGA--CCACGTGCCCACAACCCAT-----ATGACG-----GC--A-G---TAT-CTC-A-TAAATGTGT--TGTTT--C-----ATAAAAGGTAGA---AGCAA--ATATTAGCAACAAATAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAAGTAGCTTT-T-ACAG--GAATGACT-C-T--TG-TTACAGAAT--CGC-AGAGCG-GTT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------TG---A---G-GGT-T--TTGTACAGCGACATTAATTAT
gi|68978                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTA-----------AGAAACC--C-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-TTGTT-AACGTTATACAT-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CGACGCGCCCA----------------------------------TAA-CCC-A-TA----TGA--CGTT---------------GGTAT------CCC--ATA--AGCAACAAGTAGTTTAAAATATTGTGACCTACTTA---GCACTGAGGTAGTGTT-T-ACAG--AAATGAAT-A-T--TG-TTGCAGAAT--CGT-AGAGCG-GTAGAAA---------------AAAAAA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68979                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTT-----------AAAAACC--T-ATTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATACACAC-----TACAA---AT-GGGTGCGA--CCACGTGCCCATAACCCAT-----ATGATG-----GT--G-G---TAT-
gi|68980                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTGTATATAA-AATA--CTGAAGACAGACTG-----------AGAAAC---T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATCCAC-----TAGAA---AT-GCGCGCGA--CCACTCGCCCATAGCCCAT-----ATGAC
gi|68981                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATACATCA-AATA--CGGCAGACAGACAG-----------AAAACCC--T-TCTGTAA-AATATTACAAATT-----G--AAT-CTTTT-AACTATATACAT-----TACAA---A---CGCGCGA--CCACGCACACATAACCCTT-----ATGACG-----atgtacatatacat
gi|68982                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AA
gi|68983                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAT-AATA--CTGCAGACAAGCTG-----------AGAAATCGGTAACTGC---AATATTA
gi|68984                      :                                                                                                                                                                                                               TTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTA-----------TGGAACC--T-ACTGTAA-AATATTAAAAACT-----A--AAA-CTTTTAAATTA-ATATAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----AT--A-G---TTT-CCC-A-TACTTTTGT--TGTTT--TT----ATAAA
gi|68985                      :                                                                                                                                                                                                               TTTCTTTATATAA-AATA--CTACAGACAGACAG-----------AGAAACC--T-ATTGTAA-AATATAAAAAACT-----A--AAA-CTTTA-AACTATATAAAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCTCGCGCTCATAACTTAT-----ATGACG-----GT--A-T---TAT-CC
gi|68986                      :                                                                                                                                                                                                                TTTTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------TGAAACC--G-GCTATAA---TATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACGA-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCATGTGCCCATAACCCAT-----ATGACA-----AT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTCT--TG-TT--TC----AAAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATTAGCAACAACTTGTCCAAA
gi|68986                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CACCAAGTAGTTAAAATTGTTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAATGTT-T-ACAG--GATTGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--C---AAAGCG-GTT---A---------------AAA-TA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCAACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAAaaccggcaattttataaggcctgccaccaagtagttaaaattgttgtgacctacataacacagaggtaatgtttacaggattgaatcttgttacagaatcaaagcggttaaaatagaatcgcagacaattgcgtgtagaaggttttgtacggcaacatttattataaactgaatattagatcaaaa
gi|68987                      : ttttatatataaaatactgcagacagactgtgaaaccggctataatattacaaactaaaacttttaactatatacgatacaaatgcgcgcgaccatgtgcccataacccatatgacaatagtatcccataaatttcttgtttcaaaaaaggtagaagcacatattagcaacaacttgtccaaaaaccggcaattttataaggcctgcTTTTATATATAT-AATA--CTGCACACAGACTG-----------AGAAACC--T-ATGGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-C-TCA-AAGGATA-ATACCGTCATATAAGTTAT-GAGCGCGAGGTCGCGCGC
gi|68988                      :                                                                                                                                                                                                                   TATATATAT-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AAAAACC--T-ACTGTAA-AAT-----------------------------------TACGC-----TACAA---AT-GCGCGTG----------CCCATAACCCA-------------------------------------TAAATTTGT--TGTTT--TT----AAAAAAGGTAGA---AGCAC--ATTTTAGTAATAAGTAGTTAAAATTGTTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGTGTA-T-ATAT--GAATGAAT-A-T--TG-TAACAGAAT--CGC-AGAGCG-GTT-------------------TAAATA----------------A---------------AATC-----GTAA-A------CA-------------A------TTGTATG
gi|68989                      :                                                                                                                                                                                                                        ACAA-AATATGCTGAAGACAGACTA-----------AAAATCT--T-AC--TAA-AATACT--AGACT-----AACAAA-C---T-AAATATATGCAC-----TACAAT--TT-ATGCACAG--TCACATGACCATACCCCAT-----GTAACT-----GTTCA-GGTTTCC-CCC-A-GAAGTTTGT--TG-TT--TC----ATAAA---TTGA-----CCT--ACATTA-C-ACAG--AGCCAA------TG-----TATAGA---AGAAAGA-ATA-TGT--T-ACA---GAATGAACACAT--GG-TTA-AAAATAGTGC-AGA-----TA---A---------------AAAATA----------------A---------------A----------GG-A------CATGTTCC-------A------GTGTGTGTGTGTAGAAG---A---C-G---T--TTGAACGCTGACATTTATGACAAACTGAATATTAAA-CAAAA
gi|68990                      :                                                                                                                                                                                                                         TAACAATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAAAC--T-ACTATAATAATACTACAAACT-----AC-AAA----TT-AGCTATACACAC-----TACAA---AT---ATGCGA--CCATGCGCCCATAAACAATATACGATAACA-----GT--A-G---TTTCCCC-A-TAAATTTGT--TGTTCCATT----AAAAA---TATG---AGCAA--ATATTAACAACACGTA
gi|68991                      :                                                                                                                                                                                                                         TAC-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACA--T-ACTTTAA-TTTACTACAAACT-----A--AAA----TT-AATTTTATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGG--CCAAGCGTCCATAACCCAT-----GTAAC
gi|68992                      :                                                                                                                                                                                                                          AA-GATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTATAA-TATA--ACAGACG-----A--AAA-CTT---AACTATATAAAC-----AACAA---AT-GCGCGCGA--TCACGCGCCTATAACACAT-----GTAATA-----AT--A-G---TTTCCCC-A-TAAATTTGT--TGTT
gi|68993                      :                                                                                                                                                                                                                          AA-GATA--CTGCAAACATACTG-----------AGACACT--T-GCT--AA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTT---AATTATGCACAA-----TACAA---AT-GCGCGCGA--TCACGCACCCATAA
gi|68994                      :                                                                                                                                                                                                                           A-GATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGGAATC--T-ACTGAAA-AATAATACAACCT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGAGA--CCACGCGCCAATAACCCAT-----ATGATG-----GT--A-A---TAT-CCC-A-TACATTTGT--TGTTT--TT----AGAAAAGGTATA---AGCAT--ATATTAGCAACAAGTATTTAAAATTATTGTGACCTA
gi|68995                      :                                                                                                                                                                                                                              ATA--ACGCAGACAGACTA-----------AAATACT--T-A--GTTA-AATACTACA--CTGAGAAA--AAA-CTT----ACCAAATGAAT-----TACGG---TTTGCGCATAT--TCACGAGCCCATATCCTAA-----ATATCA-----GT--TTG---TTT-TCC-AAGAAAGTTGT--TGTTC--T---------AAGCTGTATTTAACCCTAACACTAACAACAAGTATTTGCGACTGATGTGGGCTACATT---ACACAGAG---ACATTGT-ACAGAAAAATGAAT-A----TA-TTACAGAAC--GAC-TGCGCGAGTA---A---------------AAAATA----------------G---------------A
gi|68996                      :                                                                                                                                                                                                                               TA--CTGCAAACACACTG-----------AGAAAACA-T-ACT--------ATTACAAACTT----A--AAA----TT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCG
gi|68997                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTATAAATC-----A--GAA----------TACATACAC-----TACAA---AT-GCACACAA--TCATGCGCCAATAAACCAG-----ACAACGCATTTGT--A-G---TGT-
gi|68997                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-----A--AAA----TT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGatatagttaattttaa
gi|68998                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            attataaatcagaatacatacactacaaatgcacacaatcatgcgccaataaaccagacaa--A-G---TTT-CCCTA-TCAGTTTGT--TG-TT--TC----AAAAACAGTATG---AACAA--TTATTGACAACACATATTTAATATTGCTGTGCTCCACAGT---ACATAGA-GT--CATT-T-G-------------------TGTTTACAGAAT--CGC-AGAGCG-G-T---A---------------AAAATA----------------GCGTCGGTAA------AATCGAATAGCAGAA------CAATTCCAAAATTCTA------TTGTGTGT-------AGTATA---C-A---T--TTATACACCGAAGTTTATTATAAACTGAATACTGAACCAAAa
gi|68999                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atattaaaacAAAAAGTACA---GATAC--ATATTAATAACACATGTTTAATATTGCTGTGACCTTTATT---ACATAGAGG-----------CAG--GA------------T--TTACAGAAT--TGC-AGAGCG-AAT---T---------------AAAATA----------------G------------------C-----GTGG-TT-----CT-------------A------TTGCGTGG-------AG---AAAACAGGT------GCACGCCGACAGTTATTATAAACTGAGTACTAAACCAAAA
gi|69000                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --ATATAAACAACACATATTTAAAGTTGCTGTGACCTAAATG---ACACAAATGGAGTGTG-T-ACAG--GAGTGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--AGCAAGAGGG-GTT---A---------------AAAATA----------------GCGTGGATAACAATACAATC-----GCAC-ATACATTCA-------------A------TTGCGTGC-------AG---G-----GGT-CAGTTGTACGCTGACA
gi|69001                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATAAGAAGTTATAATTATTGTTACCTACATA---ACATAGAAGTAGCATT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TG-TTAC--------------------------------------------T-----------------G---------------AATC-----GCAG-A------------------------------------------------G---C-GAT-T--TTGTACGCCGACATTTACTATAAATTGAATATTAGATCAAAA
gi|69002                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTAAAATTATTGTTACTTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAA--GAATGAGT-C-T--T
gi|69003                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATTTACATAGAGGTATTGTT-TTATAG--AAATGAAT-C-T--TG-TGACAGAAT--CGC-AGGGCT-GTT---A---------------GAAATAGCATAGATGAAAAGTAG---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------AATAGCATTGTGTGT-------AG---A---A-GATAT--TTGTATGTCTACATTTATTATAAACAGAATGTTA
gi|69004                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATAACACAT-----GTAATA-----AT--A-G---TTT-CCCCA-TAAATTTGT--TGTT
gi|69004                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATAAAT-T-TGTTG-TTACAGAAT--TGC-AGAGCA-GTT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----ACAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---T-GGCAT--TTGAACAACAACATTTATTATAAACTGAATA-CAG-TCAAAacagaattgcagagcagttaaaaatagaatcacagacaattgcgtgtagatggcatttgaacaacaacatttattataaactgaatacagtcaaa
gi|69005                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ataacacatgtaataatagtttcccc-C-T--TG-TTATATAAT--CGC-AAAGCG-GTT---ATAAATAGCGTGGATAAAAATA----------------G---------------AATA-----GCAG-A------CAAATTCC-------A------TTGCGTTT-------AA---A---A-GATAT--TTTTACAACGATATCTATTATTAACTAAATATCAAAAGAAAA
gi|69006                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aggcagtgttga-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAAACCAAAA


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            C    TG              CAGACATACTG       GG A       T             GAGAA AC   ACT   A            CGTCA     GTT  T        GG                   ATACG      CATTT  TC T GTT   C   T A  G      AG     CA TTTAA T          TTT     TA                                        TTT                G T    AA        A A GT  T         AGT  A      A   ATAAATAGCGTGGATA         GCATAGATGAAAAGTAG                   GAATA    A TACATT  ATTCCAAAATTCTA             TGTGTAGA  TAT AAACA   A AG
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 A  .       .             T     C    CT    .            .         T    .        .                    .          .      .  . .     C   C .  C      .      .  T     G          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         C    .      .   GAAA                     GCGTGGATAACAATAC                    .        . T       TGTTCCA                    T         .   A       A . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CC    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  C      .      .  T     G          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         T    .      .   A                        GCGTCGGTAA                          .        . .       AATAGCA                    A         .   C       A . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CG    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  T      .      .  T     G          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         G    .      .   A                        G                                   .        . .       AATTCCA                    A         .   C       . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CG    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  C      .      .  T     G          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         G    .      .   A                        G                                   .        . .       A                          A         .   C       . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CG    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  A      .      .  T     A          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         G    .      .   A                        G                                   .        . .       A                          A         .   C       . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CT    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  A      .      .  A     A          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         C    .      .   A                        G                                   .        . .       A                          T         .   A       . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CT    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  A      .      .  T     T          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         C    .      .   A                        G                                   .        . .       A                          T         .   G       . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    TT    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  C      .      .  C     T          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         C    .      .   A                        G                                   .        . .       A                          T         .   A       . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CT    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  A      .      .  T     A          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         C    .      .   A                        G                                   .        . .       A                          T         .   A       . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CT    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  A      .      .  C     A          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         C    .      .   A                        G                                   .        . .       A                          T         .   C       . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CT    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  A      .      .  T     T          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         G    .      .   A                        G                                   .        . .       A                          G         .   C       . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CT    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  A      .      .  T     A          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         C    .      .   T                        A                                   .        . .       A                          C         .   C       . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CT    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  A      .      .  C     G          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         T    .      .   A                        A                                   .        . .       A                          T         .   A       . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CT    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  C      .      .  .     A          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         A    .      .   A                        G                                   .        . .       A                          T         .   T       . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CT    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  A      .      .  .     .          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         C    .      .   A                        G                                   .        . .       A                          T         .   A       . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CT    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  A      .      .  .     .          .       .                                         .                  . .    .         . . .   .         T    .      .   .                        G                                   .        . .       .                          .         .   .       . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CT    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  A      .                                  .                                         .                  . .    .         . . .   .         C    .      .   .                        G                                   .        . .       .                                                . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    CT    .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .   . .  .      .                                                                                                                . . .   .         .    .      .   .                        G                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    C     .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .                                                                                                                                . . .                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    C     .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    .     .            .         .    .        .                    .          .      .  . .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    .     .            .         .    .        .                    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    .     .            .         .    .        .                    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .    .               .                 .  .       .             .     .    .     .            .         .    .        .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                 .               .                 .  .       .             .     .    .     .            .         .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                 .               .                 .  .       .             .     .    .     .            .         .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                            .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A*******************
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGT--TGTTT--TT----ANAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATTAGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--CGC-AGAGCG-GTT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGT--TGTTT--TT----ANAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATTAGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--CGC-AGAGCG-GTT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CAA-------------------TTGCGTGT-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       1111111111111111111      22222222222222222222222222222222                       22222222222222222222                     11111                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                            1    22              66666666666       33 1       1             44444 33   444   1            33333     333  1        22                   44444      44444  22 1 333 0 3   4 2  2      22     33 66666 2          333     22                                        333                2 2    22        1 1 22  2         333  2      2   4444444444444444444      55555555555555555555555555555555    55555    2 888888  77777777777777777777       77777777  333 00000   6 22       0                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                            .    ..              ...........       .. .       .             ..... ..   ...   .            .....     ...  .        ..                   .....      .....  .. . ... . .   . .  .      ..     .. ..... .          ...     ..                                        ...                . .    ..        . . ..  .         ...  .      .   ...................      ................................    .....    . ......  ....................       ........  ... .....   . ..       .                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                            5    00              88888888888       44 4       4             88888 33   666   4            66666     999  4        11                   00000      33333  44 7 000 5 5   0 0  2      88     11 44444 6          999     99                                        777                1 1    99        9 9 66  0         555  0      0   4444444444444444444      33333333333333333333333333333333    33333    1 222222  22222222222222222222       55555555  999 99999   3 99       6                                  
consensus                     :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGT--TGTTT--TT----ANAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATTAGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--CGC-AGAGCG-GTT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
Reference ( family-568 )      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGT--TGTTT--TT----ANAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATTAGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--CGC-AGAGCG-GTT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68969                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATCGTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AATTATAAACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----AT--A-G---TAT-CCC-A-TAGATTTGG--TATTT--TT----TTAAAAGGTAGA---AGTAC--ATATTAACAACAAGTAGTTAAAA-TATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGTATT-T-CCAG--AAATGAAT-C-T--TG-TTGCAGAAT--CGC-AGAGCA-GTT---A---------------GAAATA----------------G---------------AATT-----GCAG-A------TA----------------------GCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCGACATTTATTATAAACTCAATATTAGATCAAAA
gi|68970                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATA--TAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATCGTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AATTATAAACAC-----TACAA---AT-GCGCGTGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----AT--A-G---TAT-CCC-A-TAGATTTGG--TATTT--TT----TTAAAAGGAAGA---AGTAC--ATATTAACAACAAGTAGTTAAAA-TATTGTGACCTACATA---ATACAGAGGTAGTATT-T-CCAG--AAATGAAT-C-T--TG-TTGCAGAAT--CGC-AGAGCA-GTT---A---------------GAAATA----------------G---------------AATT-----GCAG-A------TA----------------------GCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68971                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCCATATATAA-AATA--CAGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CCTTT-AACTTTATAAAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--ACACGCGCCCATAACCCAT-----GTGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TACGTTTGT--TGCTT--TT----AGAAAATGAAGA---AGCAT--ATATTAGCAACAAATAGTTAAAATTAGTGTGACTTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TG-TTACAGAAT--TGC-AGAGCG-ATT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGA-------AT---A---C-GGT-T--TTGTACGCCAACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68972                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATTTAAAA-AATT--CTGCAGACAGACTG-----------AAAACCC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAT-CGTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCACCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TACATTTGT--TGTTT--TT----AGAAAAGGTAGA---AGCAT--AAATTGGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TG-TTACAAAAT--GGC-AGAGCG-GTA---A---------------AATACA----------------G---------------AATC-----GCGG-A------CA-------------A------TTGCGTGA-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCTGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68973                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATAAAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AAAACCC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAT-CGTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCACGA--CCACGCTCCCATAACCCAT-----ATGACC-----GA--A-G---TAT-CCC-A--ATATTTGT--TGTTT--TT----AGAAAAGGTAGA---ATCAT--ATATTGGTAACAAGTTGTTAAAATTATTGTGACATACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TG-TTACAAAAT--GGC-AGAGCG-GTT---A---------------AATACA----------------G---------------AATC-----GCGG-A------CA-------------A------TTGCGTGA-------AG---A---C-GGT-T--TTGTACGCTGACATTTACTATAAACTTAATATTAGATCAAAA
gi|68974                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AAAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAT-CGTTT-AACTATATGCAC-----TACAA---AT-ACGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----GT--T-A---TAT-CCC-A-TACATTTGT--TGTTT--AT----AGAAAAGGTAGA---AGCAT--ATATTGGCAACAAGTAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAGT-T-T--TG-TTACAGAAT--GGC-AGAGCG-GTT---A---------------AACATA----------------G---------------AAAT-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGA-------AG---A---C-GGT-T--TTGTA
gi|68975                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTGTATATGA-TATA--CTGCAGACAAACTG-----------AGAAACC--T-ATTGTAA-ACTATTACAAGCC-----A--AAAACTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--TCACGCGCCCATAACCAAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGT--TGTTT--TTTTAAAAAAAAGGTAGA---ATCAC--GTATAAGCAACAAGTTGTTAAAGTTAGTGTGACCTTCATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAG--GAATGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--CGC-ACAGCG-GTT-------------------AAAACA----------------G---------------CATC-----GCAG-A------CA-------------A-------TGCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACGGTATAT
gi|68976                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATGTATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGGCACC--T-ACTGTAA-AATATAACCAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGTGCTA--TCACGCGACCATAACCAAT-----ATGACG-----GT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTGTAGTATTT--TA----AAAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATAAACAA-AAGT
gi|68977                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTTTATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTGCAGACATACTGAGAAACC--T-ACTATAA---TATTACAAACT-----T--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAT---AT-GTGCGCGA--CCACGTGCCCACAACCCAT-----ATGACG-----GC--A-G---TAT-CTC-A-TAAATGTGT--TGTTT--C-----ATAAAAGGTAGA---AGCAA--ATATTAGCAACAAATAGTTAAAATTATTGTGACCTACATA---ACACAGAAGTAGCTTT-T-ACAG--GAATGACT-C-T--TG-TTACAGAAT--CGC-AGAGCG-GTT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------TG---A---G-GGT-T--TTGTACAGCGACATTAATTAT
gi|68978                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTA-----------AGAAACC--C-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-TTGTT-AACGTTATACAT-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CGACGCGCCCA----------------------------------TAA-CCC-A-TA----TGA--CGTT---------------GGTAT------CCC--ATA--AGCAACAAGTAGTTTAAAATATTGTGACCTACTTA---GCACTGAGGTAGTGTT-T-ACAG--AAATGAAT-A-T--TG-TTGCAGAAT--CGT-AGAGCG-GTAGAAA---------------AAAAAA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCGACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAA
gi|68979                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTT-----------AAAAACC--T-ATTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATACACAC-----TACAA---AT-GGGTGCGA--CCACGTGCCCATAACCCAT-----ATGATG-----GT--G-G---TAT-
gi|68980                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTGTATATAA-AATA--CTGAAGACAGACTG-----------AGAAAC---T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATCCAC-----TAGAA---AT-GCGCGCGA--CCACTCGCCCATAGCCCAT-----ATGAC
gi|68981                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATACATCA-AATA--CGGCAGACAGACAG-----------AAAACCC--T-TCTGTAA-AATATTACAAATT-----G--AAT-CTTTT-AACTATATACAT-----TACAA---A---CGCGCGA--CCACGCACACATAACCCTT-----ATGACG-----atgtacatatacat
gi|68982                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTGTAA-AATATTACAAACT-----A--AA
gi|68983                      :                                                                                                                                                                                                              TTTTCTATATATAT-AATA--CTGCAGACAAGCTG-----------AGAAATCGGTAACTGC---AATATTA
gi|68984                      :                                                                                                                                                                                                               TTTCTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTA-----------TGGAACC--T-ACTGTAA-AATATTAAAAACT-----A--AAA-CTTTTAAATTA-ATATAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCACGCGCCCATAACCCAT-----ATGACG-----AT--A-G---TTT-CCC-A-TACTTTTGT--TGTTT--TT----ATAAA
gi|68985                      :                                                                                                                                                                                                               TTTCTTTATATAA-AATA--CTACAGACAGACAG-----------AGAAACC--T-ATTGTAA-AATATAAAAAACT-----A--AAA-CTTTA-AACTATATAAAC-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCTCGCGCTCATAACTTAT-----ATGACG-----GT--A-T---TAT-CC
gi|68986                      :                                                                                                                                                                                                                TTTTATATATAA-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------TGAAACC--G-GCTATAA---TATTACAAACT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACGA-----TACAA---AT-GCGCGCGA--CCATGTGCCCATAACCCAT-----ATGACA-----AT--A-G---TAT-CCC-A-TAAATTTCT--TG-TT--TC----AAAAAAGGTAGA---AGCAC--ATATTAGCAACAACTTGTCCAAA
gi|68986                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CACCAAGTAGTTAAAATTGTTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAATGTT-T-ACAG--GATTGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--C---AAAGCG-GTT---A---------------AAA-TA----------------G---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---A-GGT-T--TTGTACGGCAACATTTATTATAAACTGAATATTAGATCAAAAaaccggcaattttataaggcctgccaccaagtagttaaaattgttgtgacctacataacacagaggtaatgtttacaggattgaatcttgttacagaatcaaagcggttaaaatagaatcgcagacaattgcgtgtagaaggttttgtacggcaacatttattataaactgaatattagatcaaaa
gi|68987                      : ttttatatataaaatactgcagacagactgtgaaaccggctataatattacaaactaaaacttttaactatatacgatacaaatgcgcgcgaccatgtgcccataacccatatgacaatagtatcccataaatttcttgtttcaaaaaaggtagaagcacatattagcaacaacttgtccaaaaaccggcaattttataaggcctgcTTTTATATATAT-AATA--CTGCACACAGACTG-----------AGAAACC--T-ATGGTAA-AATATTACAAACT-----A--AAA-C-TCA-AAGGATA-ATACCGTCATATAAGTTAT-GAGCGCGAGGTCGCGCGC
gi|68988                      :                                                                                                                                                                                                                   TATATATAT-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AAAAACC--T-ACTGTAA-AAT-----------------------------------TACGC-----TACAA---AT-GCGCGTG----------CCCATAACCCA-------------------------------------TAAATTTGT--TGTTT--TT----AAAAAAGGTAGA---AGCAC--ATTTTAGTAATAAGTAGTTAAAATTGTTGTGACCTACATA---ACACAGAGGTAGTGTA-T-ATAT--GAATGAAT-A-T--TG-TAACAGAAT--CGC-AGAGCG-GTT-------------------TAAATA----------------A---------------AATC-----GTAA-A------CA-------------A------TTGTATG
gi|68989                      :                                                                                                                                                                                                                        ACAA-AATATGCTGAAGACAGACTA-----------AAAATCT--T-AC--TAA-AATACT--AGACT-----AACAAA-C---T-AAATATATGCAC-----TACAAT--TT-ATGCACAG--TCACATGACCATACCCCAT-----GTAACT-----GTTCA-GGTTTCC-CCC-A-GAAGTTTGT--TG-TT--TC----ATAAA---TTGA-----CCT--ACATTA-C-ACAG--AGCCAA------TG-----TATAGA---AGAAAGA-ATA-TGT--T-ACA---GAATGAACACAT--GG-TTA-AAAATAGTGC-AGA-----TA---A---------------AAAATA----------------A---------------A----------GG-A------CATGTTCC-------A------GTGTGTGTGTGTAGAAG---A---C-G---T--TTGAACGCTGACATTTATGACAAACTGAATATTAAA-CAAAA
gi|68990                      :                                                                                                                                                                                                                         TAACAATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAAAC--T-ACTATAATAATACTACAAACT-----AC-AAA----TT-AGCTATACACAC-----TACAA---AT---ATGCGA--CCATGCGCCCATAAACAATATACGATAACA-----GT--A-G---TTTCCCC-A-TAAATTTGT--TGTTCCATT----AAAAA---TATG---AGCAA--ATATTAACAACACGTA
gi|68991                      :                                                                                                                                                                                                                         TAC-AATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACA--T-ACTTTAA-TTTACTACAAACT-----A--AAA----TT-AATTTTATACAC-----TACAA---AT-GCGCGCGG--CCAAGCGTCCATAACCCAT-----GTAAC
gi|68992                      :                                                                                                                                                                                                                          AA-GATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGAAACC--T-ACTATAA-TATA--ACAGACG-----A--AAA-CTT---AACTATATAAAC-----AACAA---AT-GCGCGCGA--TCACGCGCCTATAACACAT-----GTAATA-----AT--A-G---TTTCCCC-A-TAAATTTGT--TGTT
gi|68993                      :                                                                                                                                                                                                                          AA-GATA--CTGCAAACATACTG-----------AGACACT--T-GCT--AA-AATATTACAAACT-----A--AAA-CTT---AATTATGCACAA-----TACAA---AT-GCGCGCGA--TCACGCACCCATAA
gi|68994                      :                                                                                                                                                                                                                           A-GATA--CTGCAGACAGACTG-----------AGGAATC--T-ACTGAAA-AATAATACAACCT-----A--AAA-CTTTT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGCGAGA--CCACGCGCCAATAACCCAT-----ATGATG-----GT--A-A---TAT-CCC-A-TACATTTGT--TGTTT--TT----AGAAAAGGTATA---AGCAT--ATATTAGCAACAAGTATTTAAAATTATTGTGACCTA
gi|68995                      :                                                                                                                                                                                                                              ATA--ACGCAGACAGACTA-----------AAATACT--T-A--GTTA-AATACTACA--CTGAGAAA--AAA-CTT----ACCAAATGAAT-----TACGG---TTTGCGCATAT--TCACGAGCCCATATCCTAA-----ATATCA-----GT--TTG---TTT-TCC-AAGAAAGTTGT--TGTTC--T---------AAGCTGTATTTAACCCTAACACTAACAACAAGTATTTGCGACTGATGTGGGCTACATT---ACACAGAG---ACATTGT-ACAGAAAAATGAAT-A----TA-TTACAGAAC--GAC-TGCGCGAGTA---A---------------AAAATA----------------G---------------A
gi|68996                      :                                                                                                                                                                                                                               TA--CTGCAAACACACTG-----------AGAAAACA-T-ACT--------ATTACAAACTT----A--AAA----TT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCG
gi|68997                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTATAAATC-----A--GAA----------TACATACAC-----TACAA---AT-GCACACAA--TCATGCGCCAATAAACCAG-----ACAACGCATTTGT--A-G---TGT-
gi|68997                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-----A--AAA----TT-AACTATATACAC-----TACAA---AT-GCGatatagttaattttaa
gi|68998                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            attataaatcagaatacatacactacaaatgcacacaatcatgcgccaataaaccagacaa--A-G---TTT-CCCTA-TCAGTTTGT--TG-TT--TC----AAAAACAGTATG---AACAA--TTATTGACAACACATATTTAATATTGCTGTGCTCCACAGT---ACATAGA-GT--CATT-T-G-------------------TGTTTACAGAAT--CGC-AGAGCG-G-T---A---------------AAAATA----------------GCGTCGGTAA------AATCGAATAGCAGAA------CAATTCCAAAATTCTA------TTGTGTGT-------AGTATA---C-A---T--TTATACACCGAAGTTTATTATAAACTGAATACTGAACCAAAa
gi|68999                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atattaaaacAAAAAGTACA---GATAC--ATATTAATAACACATGTTTAATATTGCTGTGACCTTTATT---ACATAGAGG-----------CAG--GA------------T--TTACAGAAT--TGC-AGAGCG-AAT---T---------------AAAATA----------------G------------------C-----GTGG-TT-----CT-------------A------TTGCGTGG-------AG---AAAACAGGT------GCACGCCGACAGTTATTATAAACTGAGTACTAAACCAAAA
gi|69000                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --ATATAAACAACACATATTTAAAGTTGCTGTGACCTAAATG---ACACAAATGGAGTGTG-T-ACAG--GAGTGAAT-C-T--TG-TTACAGAAT--AGCAAGAGGG-GTT---A---------------AAAATA----------------GCGTGGATAACAATACAATC-----GCAC-ATACATTCA-------------A------TTGCGTGC-------AG---G-----GGT-CAGTTGTACGCTGACA
gi|69001                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATAAGAAGTTATAATTATTGTTACCTACATA---ACATAGAAGTAGCATT-T-ACAG--GAATGAGT-C-T--TG-TTAC--------------------------------------------T-----------------G---------------AATC-----GCAG-A------------------------------------------------G---C-GAT-T--TTGTACGCCGACATTTACTATAAATTGAATATTAGATCAAAA
gi|69002                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTAAAATTATTGTTACTTACATA---ACACAGAGGTAGCGTT-T-ACAA--GAATGAGT-C-T--T
gi|69003                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATTTACATAGAGGTATTGTT-TTATAG--AAATGAAT-C-T--TG-TGACAGAAT--CGC-AGGGCT-GTT---A---------------GAAATAGCATAGATGAAAAGTAG---------------AATC-----GCAG-A------CA-------------AATAGCATTGTGTGT-------AG---A---A-GATAT--TTGTATGTCTACATTTATTATAAACAGAATGTTA
gi|69004                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATAACACAT-----GTAATA-----AT--A-G---TTT-CCCCA-TAAATTTGT--TGTT
gi|69004                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATAAAT-T-TGTTG-TTACAGAAT--TGC-AGAGCA-GTT---A---------------AAAATA----------------G---------------AATC-----ACAG-A------CA-------------A------TTGCGTGT-------AG---A---T-GGCAT--TTGAACAACAACATTTATTATAAACTGAATA-CAG-TCAAAacagaattgcagagcagttaaaaatagaatcacagacaattgcgtgtagatggcatttgaacaacaacatttattataaactgaatacagtcaaa
gi|69005                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ataacacatgtaataatagtttcccc-C-T--TG-TTATATAAT--CGC-AAAGCG-GTT---ATAAATAGCGTGGATAAAAATA----------------G---------------AATA-----GCAG-A------CAAATTCC-------A------TTGCGTTT-------AA---A---A-GATAT--TTTTACAACGATATCTATTATTAACTAAATATCAAAAGAAAA
gi|69006                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aggcagtgttga-T--TTGTACGCCGACATTTATTATAAACTGAATATTAAACCAAAA