lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1 222222 22222 00000000000000000000000000000000 11111 1
lowQualScore : 1 1 2222 7777 1 2 3 11 2 11 555555 22222 5555 2222 1 7 66666 3 111111 3 55555 0 1 222 7777777777 222 44444444444444444444444444444444 3333 55 8888 44444 1 7777 7777 2 5 2 5 4
lowQualScore : . . .... .... . . . .. . .. ...... ..... .... .... . . ..... . ...... . ..... . . ... .......... ... ................................ .... .. .... ..... . .... .... . . . . .
lowQualScore : 7 7 4444 3333 1 3 4 66 7 66 222222 88888 3333 3333 1 3 22222 3 999999 1 55555 3 7 999 3333333333 444 88888888888888888888888888888888 5555 66 5555 11111 7 7777 7777 0 0 5 0 3
consensus : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--AT--C---G-----GTGTAACGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT-TGAA-AATTNAAGCA--C--TTGTCGG-A---T----------T--TC------------G----T--------------A----G--GAAATATATN---AAAATAATGGAT----TAAA-G----TTAA----ATCAACGATG-A-TAAACCGGTAT
Reference ( gi|31236 ) : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TTT--AT--C---G-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTT-CAAT-AATTTAAACA--C--TTGTCAG-A---T----------T--TC------------A----T--------------A----G--GAAATATATA---AAAATAATGGAT----TAAA-G----TTAA----ATCAACAATG-A-T-AACTGGTAT
gi|31237 : AGTGGATACCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--AT--C---A-----GTGTAATGTACATAT----A----AG-TCCTTGAAAGTGTCAGACAGGTTTATGTCAT-----TTATTTT-CAAA-AATTTAAACA--C--TTGTCAG-A---T----------T--TC------------G----T--------------A----G--GAAATATATA---AAAATAATGGAT----TAAA-G----TTAA----TTCAATGATG-ATT-AACTGGTAT
gi|31239 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAAGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--AT--T---G-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCATTGAAAGTGTCAGACA-GGTTAAGTGAT-----TTATTTT-CAAA-AAATTAAACA--C--TTGTCAG-A---T----------T--TC------------C----T--------------A----G--GAAACATATA---AAAATAATGGAT----AAAA-G----TTAA----GTCAACAATG-A-TAAACCGGTATg
gi|31235 : AGTGGGTATCTTTGAAA-TTTTTG-ATGTAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--AT--C---G-----GTGTAATATACATAA----A----AC-TTCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTT--AATAAAATTAAACG--C--TTGTCAG-A---T----------T--TC------------G----T--------------A----G--GAAATTTATA---AAAATACTGGAT----TAAA-G----TTAA----ATCAAAGATG-A-TAAACCGGTATg
gi|31238 : AGTGGGTATCTTTGACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--TT--C---G-----GTGTAATGTACATAA----A----AC-TCCTTGAAATTGTCAGACATGTT--TGTCATAC---ATATTTT-TAAA-AATTAAAACA--C--TTGTCAG-A---T----------T--TC------------C----T--------------A----G--GAAATTTATA---AAAATAATGGAT----GAAA-G----TTAA----ATCAACGATG-A-TAAACCGGTATg
gi|31241 : AGTGGGCATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----CTGACAAA-G-GA-AT--TTT--AT--T---G-----ATGTAATGAACATAA----A----AG-TCCTTGAACGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TT---------C-AATTTAAACA--CTGTTGTCAG-A---TTTTTAGGGTAT--TC------------A----TAAATGTGG------A----G--AAAATATATAT--AAAAAAATGGAT----TAAA-G----TTAATTATGTCAACAATG-A-TAAACCGGTATg
gi|31240 : AGTGAGTATCTTGGACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAC----A----AAA-G-GA-AT--TCC--AT--C---G-----GTGTAATGTACATAT----A-----T-TCCTTTAAAGTGTCAGACATCTTT---------------TTTT-AAAA-AATTTGAACA--C--TTGTCAG-A---C----------T--TC------------G----T--------------A----G--GAAATATATA---AAAATAATGGCT----TAAA-G----TGAA----GTCAACTATA-A-T-AAg
gi|31242 : AGTGGGCATCTTGGAAAATTTTTG-ATG-AAGGATAT----CTGACAAA-G-GA--C--TTC--AT--T---G-----ATGTAATGAACATAA----A----AG-TCCTTGAACGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TT---------C-AATTTAAACA--CTGTTGTCAG-A---T----------T--TCTAGGGT------A----TTCGTAAATGTGG--A----G--AAAATATATATATAAAAAAATGGAT----TAAA-G----TTAATTATGTCAACAATG-A-TAAACCGGTATaccg
gi|31243 : AATGGGCATCTTGGAAA-TTTTTG-ATAG--GGATAT----CTGACAAA-G-GA-AT--TTC--AT--C---G-----ATGTAATGTACATTA----A----AG-TCCTTGAACGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TT---------C-AATTTAGACA--CTGTTGTCTG-A---T----------T--TCTAGTCT------A----TTCCTAAATGTGG--A----G--GAAATATATT---AAAAAAATGGAT----TAAA-GTTAATTAA----GTTAACAATG-A-T-AAg
gi|31245 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATATCTGAC----AAA-G-GA-AT--TTC--AT--T---G-----ATGTAATGTACATAA----A----A----CTCGAACATGTCAGACATGTT--TGTCAT-----TT---------C-AATTTAAACACTC--TTGCCAG-A---T----------T--TC-----------------T--------------A----G--acaagtatg
gi|31247 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--AT--C---G-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGACtctattcgtaaa
gi|31246 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--AT--C---G-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31248 : AGTTGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--AT--C---G-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31249 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--AT--C---G-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTAGAAAGCGTCAGAC
gi|31250 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--AT--C---G-----GCGTAATGTATATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31251 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--AT--C---C-----ATGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31252 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTATG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--AT--C---G-----GCGTAATGTACATAA----A----TG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31244 : AGTGGGTATCTTTGACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-AA-AT--TCT--AT--C---G-----GTGTAATGTACATAA----A----AT-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31254 : AGTGGGTATCTTGGAAT-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--AT--C---G-----G-----CGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31255 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--AT--C---G-----GTGTAATGTACATAA----A----A
gi|31253 : AATGGGTATCT--GACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-AA-AT--TCT--AT--C---G-----GTGTAATGTTAATAA----A----AT-TCCCTGAAAGCGTCAGAC
gi|31256 : GTGGGTACCTTTGAAA-TTTTTGGATGGAAGTATAT----C----AAT-G-GA-AT--TCT--AT--A---G-----GTGCAATATTCATAA----A----AC-TCCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTT-TAGA-AATTTAAACA--C--TTGTCAG-A---T----------T--TC------------G----T--------------T----G--GAAATTTATA---AAAATAATGGAT----TAAA-G----TGAA----ATCAACGATG-A-T-AA
gi|31257 : GTGGGTATCTTTGAAA-TTTTTG-ATGGGAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--AT--C---G-----GTGTCGTGTACATAA----A----AC-TCCTTGAAAGTGTTAG-------------AT-----TTATTTT-TAAA-AATTTAAACA--C--TTGTCTG-A---T----------T--TC------------C----T--------------A----G--GAAATTTATA---AAAATAATGGTT----TAAA-G----T--------TCAAGGATG-A-T-AAgatgataaaccggtatg
gi|31258 : TGGGTATCTTTGAAA-TTTTTG-ATGTAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--AT--C---G-----GTGTAGTGTACATAA----A----AC-TCCTTAAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTTAAAAA-AATGTGAACA--C--TTGTCAG-A---T----------T--TC------------G----T--------------A----T--GAAATTTTTA---AAAATAATGGAT----TAAA-G----TTAA----ATCAACAATG-A-T-AAaccaatttggtat
gi|31259 : GGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGA----TAC----A----AAA-G-GA-AT--TAC--AT--C---G-----GTGTAATGTGCAT------A----AGTTCTTTGAAAGTGTCAGACATCTTTaccaatatg
gi|31261 : ACAT----C----AAA-GAGATAT--TGT--AC--G---G-----GCGAAACGTACATGATTTCA----AG-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT-TGAA-AATTGAAGCA--TG-TTTTTGG-A---T----------T--TCGAAGTTAGTA--A----TATGG----------A----G--GAAATATATT---AAATTAATGGAT------AA-G----ATAT----ATCAAC
gi|31262 : ACAT----C----AAA-G-GG-ATATTTT--AA--T---G-----GTGAAAC--ACATGATTTCA----AG-TCCTTGAAAGTG----ATGTGTTTATGTCGT-----TTCTTTT-TGAA-AATTGAAGCA--TG-TTGTTGG-A---T----------T--GCGAAGTTAGTA--A----TATGG----------A----G--GAAATATATA---AAAAAAATGGAT------AA-G----CCAA----A-----GATATA-T-AACCGGTATggt
gi|31263 : ACAT----C----AAA-G-GG-AT--TAT--AG--T---GTAAGAGTGAAACATACATGATTTCA----AA-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT-TGAA-AATTGAATCA--TG-TTGTTGG-A---T----------T--GCGAAATTAGTTATA----T--------------A----GACGAAATATATC---AAATTAATGGA-----TAAA-g
gi|31264 : ACAT----C----AAA-G-GG-AT--ATT--GT--AAG-G-----GTGAAACATACATAATTTCA----AG-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGTCCTGTTTCTTTT-TGAA-AGTTGGAGCA--TG-TTGTTGG-AATGT----------TAGTA------------A----T--------------ATGGAG--GAAATATATC---AAATTAATGGGT------AA-G----CCAA----A-----GATATA-T-AACCAGTATccaaagaaagagatataaactgtatg
gi|31268 : ACAT----C----AAA-G-GG-AT--ATTGAAA--G---G-----GTGAAAAGTACATGATTTCA----AG-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTTTGTTGT-----TTCTTTT-TGAA-AATTGAAGCA--TG-TTTTTGG-A---T----------T--GC------------AAAG-TTAGTAATATGG---A----G--GAAATATATC---AAATTAATTGAT------AA-G----ATAT----ATAAACg
gi|31267 : ACAT----C----AAACG-GATAT--TGT--AA--G---G-----GTGAAACGTACATGA----TTTCTAG-TCATTGAAAGTG----ATATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT-TGAA-AATTGAAGCATGT--TTTTCA--A---T----------T--GC------------A----CAGTTAGTAATATGGA----G--GAAATATATC---AAATTAATGGAT------AA-G----ATAT----ATAAACggt
gi|31266 : ACAT----C----AAA-GAGATAT--TGT--AC--G---G-----GTGAAACATACATGATTTCA----AG-TCCTAGAAAGTG----ACATGTTTATGTTGT-----TTCTTTT-TGAA-AATTGAAGCA--TG-TTTTTGG-A---T----------T--GCGAAGTTAGTA--A----TATGG----------A----G--GAAATATATC---AAATTAATGTAT------AA-GATATTTAA----Aggt
gi|31265 : ACAT----C----AAA-G-GG-AT--ATT--GTAAT---G-----ATGAAACGTACATGATTTCA----AG-TTCTTGAAAGTG----GCATGTTTATGTCGC-----TTCTTTT-TGAA-AATTGAAGCA--TG-TTGTTGC-A---T----------T--AC------------G----A--------------A----G--TTAATAT-T------GAT-ATGGAG----GAAATA----TTAA----ATTAATG--G-A-T-AAcggtatg
gi|31269 : ACAT----C----AAA-G-AG-AT--ATT--A---CAAGG-----GTGAAACATACATGATTTCA----AA-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATTTCGT-----TTCTTTT-TGAA-AACTGAAGCA--T--GTTTTTG-A---T----------T--GC------------AAAGTT--------------A----GT-AAAATATGGA---GGAA-AATATAT----CAAA------TT-A----ATGAATAA-G-A-T-Aac
gi|31260 : AT----C----AAA-G-GT-AT--TTC--AT--T---G-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTAAAAAGGTCAGACTTGTTTATGTCAT-----TT-CTTT-CAAA-AATTTAAACAGTG--TTGTCAG-A---T----------T--TT------------G----T--------------A----G--GAA--ATATC---AAAACAATGGAT----TAAA-G----TTAA----ATCAACTATG-A-TAAACCAGTATtataaacggtatg
gi|31270 : tctttgaaattagAT----C----AAA-G-GG-AT--ATT--GT--AAG-G-----GTGAAACATACATGATTTTA----AA-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT-g
gi|31271 : ---G-----GTGAAACGTACATGATTTCA----AG-ACCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTTGT-----TTCTTTT-TGAA-AATTGAAGCA--T--GTTTCTGCA---T----------T--GC------------A----A--------------A----GT-GAAATATATC---AAATTAATGGAT------AA-G----ATAT----ATAAAC
gi|31272 : AACGTATATGAGTTCA----AG-TTCTTGAAAGTG----GCATGTTTATGTTGT-----TTCTTTT-TAAA-AATTGAAGCA--TA-TTGTTGG-A---T----------T--GC------------AAAG-TTAGTAATAATATTGA----G--GAAATATATC---AAATTAATGGATAAACCAAA-G----ATAT----ATAAACGAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 22222 00000000000000000000000000000000000000 11
lowQualScore : 1 1 2222 7777 1 3 4 66 11 22222 1 4444 2222 1 1 6 66666 0 5555 1 1 11111 22 44 1 1 55555555555555555555555555555555555555 7777777777 8888888888 55555 0 44 1 7777 7777 1 66666666 22 4 55555
lowQualScore : . . .... .... . . . .. .. ..... . .... .... . . . ..... . .... . . ..... .. .. . . ...................................... .......... .......... ..... . .. . .... .... . ........ .. . .....
lowQualScore : 6 6 4444 1111 1 3 4 11 55 77777 2 6666 2222 1 9 2 00000 4 4444 0 3 88888 22 33 6 6 88888888888888888888888888888888888888 0000000000 6666666666 66666 8 55 7 1111 1111 7 33333333 33 4 99999
consensus : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAACGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTNAAGCA--C--T--TGTC-GG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATATAT-N---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------GATG-ATA-AACC-----GGTAT
Reference ( family-567 ) : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAACGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTNAAGCA--C--T--TGTC-GG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATATAT-N---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------GATG-ATA-AACC-----GGTAT
gi|31235 : AGTGGGTATCTTTGAAA-TTTTTG-ATGTAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATATACATAA----A----AC-TTCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTTAAT-AAAATTAAA-CG--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATTTAT-A---AAAATACTGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-A--------GATG-ATA-AACC-----GGTAT
gi|31236 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TTT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTT--CAATAATTTAAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------A----T----------------A----------G----------GAAATATAT-A---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------AATG-AT--AACT-----GGTATg
gi|31237 : AGTGGATACCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCA-----GTGTAATGTACATAT----A----AG-TCCTTGAAAGTGTCAGACAGGTTTATGTCAT-----TTATTTT--CAAAAATTTAAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATATAT-A---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----TTCAA-T--------GATG-ATT-AACT-----GGTAT
gi|31238 : AGTGGGTATCTTTGACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--TTCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AC-TCCTTGAAATTGTCAGACATGTT--TGTCATAC---ATATTTT--TAAAAATTAAAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------C----T----------------A----------G----------GAAATTTAT-A---AAAATAATGGATGAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------GATG-ATA-AACC-----GGTATg
gi|31239 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAAGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATTG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCATTGAAAGTGTCAGACA-GGTTAAGTGAT-----TTATTTT--CAAAAAATTAAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------C----T----------------A----------G----------GAAACATAT-A---AAAATAATGGATAAAA-G----TTAA----GTCAA-C--------AATG-ATA-AACC-----GGTATg
gi|31240 : AGTGAGTATCTTGGACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAC----A----AAA-G-GA-AT--TCC--ATCG-----GTGTAATGTACATAT----A-----T-TCCTTTAAAGTGTCAGACATCTTT---------------TTTT--AAAAAATTTGAACA--C--T--TGTC-AG-AC-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATATAT-A---AAAATAATGGCTTAAA-G----TGAA----GTCAA-C--------TATA-ATA-AACC-----g
gi|31241 : AGTGGGCATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----CTGACAAA-G-GA-AT--TTT--ATTG-----ATGTAATGAACATAA----A----AG-TCCTTGAACGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTC----------AATTTAAACA--CTGT--TGTC-AG-AT-TTTTAGG------------G----TATTCATAAATGTGG--A----------G----------AAAATATATAT---AAAAAAATGGATTAAA-G----TTAATTATGTCAA-C--------AATG-ATA-AACC-----GGTAT
gi|31242 : AGTGGGCATCTTGGAAAATTTTTG-ATG-AAGGATAT----CTGACAAA-G-GA-CT--TC---ATTG-----ATGTAATGAACATAA----A----AG-TCCTTGAACGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTC----------AATTTAAACA--C--TGTTGTC-AG-AT-TTCTAGGGTATTCGTAAATG----TGG--------------A----------G----------AAAATATAT-ATATAAAAAAATGGATTAAA-G----TTAATTATGTCAA-C--------AATG-ATA-AACC-----GGTATg
gi|31243 : AATGGGCATCTTGGAAA-TTTTTG-ATAG--GGATAT----CTGACAAA-G-GA-AT--TTC--ATCG-----ATGTAATGTACATTA----A----AG-TCCTTGAACGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTC----------AATTTAGACA--CTGT--TGTC-TG-AT-TTCTA--------------G----TCTATTCCTAAATGTGGA----------G----------GAAATATAT-T---AAAAAAATGGATTAAA-GTTAATTAA----GTTAA-C--------AATG-ATA-AACA-----AGTATg
gi|31244 : AGTGGGTATCTTTGACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-AA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AT-TCCTTGAAAGCGTCAGACg
gi|31245 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATATCTGAC----AAA-G-GA-AT--TTC--ATTG-----ATGTAATGTACATAA----A----A----CTCGAACATGTCAGACATGTT--TGTCAT-----TTC----------AATTTAAACACTC--T--TGCC-AG-AT-TTC---------------------T----------------A----------G----------
gi|31246 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGACtctattcgtaaa
gi|31247 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31248 : AGTTGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31249 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTAGAAAGCGTCAGAC
gi|31250 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GCGTAATGTATATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31251 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCC-----ATGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31252 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTATG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GCGTAATGTACATAA----A----TG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31253 : AATGGGTATCT--GACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-AA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTTAATAA----A----AT-TCCCTGAAAGCGTCAGAC
gi|31254 : AGTGGGTATCTTGGAAT-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----G-----CGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31255 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----A
gi|31256 : GTGGGTACCTTTGAAA-TTTTTGGATGGAAGTATAT----C----AAT-G-GA-AT--TCT--ATAG-----GTGCAATATTCATAA----A----AC-TCCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTT--TAGAAATTTAAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------G----T----------------T----------G----------GAAATTTAT-A---AAAATAATGGATTAAA-G----TGAA----ATCAA-CGATGATAAGATG-ATA-AACC-----GGTAT
gi|31257 : GTGGGTATCTTTGAAA-TTTTTG-ATGGGAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTCGTGTACATAA----A----AC-TCCTTGAAAGTGTTAGA----TTTA--------------TTTT--TAAAAATTTAAACA--C--T--TGTC-TG-AT-TTC----------------C----T----------------A----------G----------GAAATTTAT-A---AAAATAATGGTTTAAA-G----T--------TCAA-G--------GATG-ATA-AACCAATTTGGTATg
gi|31258 : TGGGTATCTTTGAAA-TTTTTG-ATGTAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAGTGTACATAA----A----AC-TCCTTAAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTTA-AAAAAATGTGAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------T----------GAAATTTTT-A---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------AATG-ATA-AACC-----AATAT
gi|31259 : GGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGA----TAC----A----AAA-G-GA-AT--TAC--ATCG-----GTGTAATGTGCAT------A----AGTTCTTTGAAAGTGTCAGACATCTTTg
gi|31260 : AT----C----AAA-G-GT-AT--TTC--ATTG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTAAAAAGGTCAGACTTGTTTATGTCAT-----TTC-TTT--CAAAAATTTAAACAGTG--T--TGTC-AG-AT-TTT----------------G----T----------------A----------G----------GAA--ATAT-C---AAAACAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------TATG-ATA-AACC-----AGTAT
gi|31261 : tctttgaaattagACAT----C----AAA-GAGATAT--TGT--ACGG-----GCGAAACGTACATGATTTCA----AG-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--TG-T--TTTT-GG-AT-TTCGAA-------------G----TTAGTAATATGG-----A----------G----------GAAATATAT-T---AAATTAATGGAT--AA-G----ATAT----ATCAA-C--------GGTg
gi|31262 : ACAT----C----AAA-G-GG-ATATTTT--AATG-----GTGAAAC--ACATGATTTCA----AG-TCCTTGAAAGT----GATGTGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--TG-T--TGTT-GG-AT-TGCGAA-------------G----TTAGTAATATGG-----A----------G----------GAAATATAT-A---AAAAAAATGGAT--AA-G----CCAA----A--------------GAT--ATATAACC-----GGTAT
gi|31263 : ACAT----C----AAA-G-GG-AT--TAT--AGTGTAAGAGTGAAACATACATGATTTCA----AA-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAATCA--TG-T--TGTT-GG-AT-TGC----------------GAAATT----------------A----------GTTATATAGACGAAATATAT-C---AAATTAATGGAT--AA-A----CCAA----AGAAAGA--------GAT--ATA-AACT------GTATg
gi|31264 : ACAT----C----AAA-G-GG-ATATTGT--AAGG-----GTGAAACATACATAATTTCA----AG-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGTCCTGTTTCTTTT--TGAAAGTTGGAGCA--TG-T--TGTT-GGAATGTTA----------------G----TAATATGG---------A----------G----------GAAATATAT-C---AAATTAATGGGT--AA-G----CCAA----A--------------GAT--ATATAACC-----AGTATg
gi|31265 : ACAT----C----AAA-G-GG-ATATTGT--AATG-----ATGAAACGTACATGATTTCA----AG-TTCTTGAAAGTG----GCATGTTTATGTCGC-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--TG-T--TGTT-GC-AT-TAC----------------G----A----------------A----------G----------TTAATAT-T-G------AT-ATGGAGGAAATA----TTAA----ATTAA-T--------G--G-ATA-AACg
gi|31266 : ACAT----C----AAA-GAGATAT--TGT--ACGG-----GTGAAACATACATGATTTCA----AG-TCCTAGAAAGTG----ACATGTTTATGTTGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--TG-T--TTTT-GG-AT-TGCGAA-------------G----TTAGTAATATGG-----A----------G----------GAAATATAT-C---AAATTAATGTAT--AA-GATATTTAA----A
gi|31267 : ACAT----C----AAACG-GATAT--TGT--AAGG-----GTGAAACGTACATGA----TTTCTAG-TCATTGAAAGTG----ATATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCATGT--T--TTTC--A-AT-TGCACA-------------G----TTAGTAATATGG-----A----------G----------GAAATATAT-C---AAATTAATGGAT--AA-G----ATAT----ATAAA-C--------GGTcggtatg
gi|31268 : ACAT----C----AAA-G-GG-AT--ATTGAAAGG-----GTGAAAAGTACATGATTTCA----AG-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTTTGTTGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--TG-T--TTTT-GG-AT-TGCAAA-------------G----TTAGTAATATGG-----A----------G----------GAAATATAT-C---AAATTAATTGAT--AA-G----ATAT----ATAAA-C--------GGT
gi|31269 : ACAT----C----AAA-GAGATAT--TAC--AAGG-----GTGAAACATACATGATTTCA----AA-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATTTCGT-----TTCTTTT--TGAAAACTGAAGCA--T--G--TTTT-TG-AT-TGCAAAGTTA---------G----T----------------AAAATATGGAGG----------AAAATATAT-C---AAATTAATGAAT--AA-G----ATAT----ATAAA-C--------GGT
gi|31270 : AT----C----AAA-G-GG-ATATTGT--AAGG-----GTGAAACATACATGATTTTA----AA-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--atg
gi|31271 : G-----GTGAAACGTACATGATTTCA----AG-ACCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTTGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--T--G--TTTCTGC-AT-TGC----------------A----A----------------A----------GT---------GAAATATAT-C---AAATTAATGGAT--AA-G----ATAT----ATAAA-C--------
gi|31272 : AACGTATATGAGTTCA----AG-TTCTTGAAAGTG----GCATGTTTATGTTGT-----TTCTTTT--TAAAAATTGAAGCA--TA-T--TGTT-GG-AT-TGCAAA-------------G----TTAGTAATAATATTG--A----------G----------GAAATATAT-C---AAATTAATGGA------------TAA----ACCAA-A--------GATATATA-AA-C-----GATAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 22222 00000000000000000000000000000000000000 11
lowQualScore : 1 1 2222 7777 1 3 4 66 11 22222 1 4444 2222 1 6 66666 0 5555 1 1 11111 22 44 1 1 55555555555555555555555555555555555555 7777777777 8888888888 55555 0 44 1 7777 7777 1 66666666 22 4 55555
lowQualScore : . . .... .... . . . .. .. ..... . .... .... . . ..... . .... . . ..... .. .. . . ...................................... .......... .......... ..... . .. . .... .... . ........ .. . .....
lowQualScore : 6 6 4444 1111 1 3 4 11 55 77777 2 6666 2222 1 2 00000 4 4444 0 3 88888 22 33 6 6 88888888888888888888888888888888888888 0000000000 6666666666 66666 8 55 7 1111 1111 7 33333333 33 4 99999
consensus : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAACGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTNAAGCA--C--T--TGTC-GG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATATAT-N---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------GATG-ATA-AACC-----GGTAT
Reference ( family-567 ) : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAACGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTNAAGCA--C--T--TGTC-GG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATATAT-N---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------GATG-ATA-AACC-----GGTAT
gi|31235 : AGTGGGTATCTTTGAAA-TTTTTG-ATGTAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATATACATAA----A----AC-TTCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTTAAT-AAAATTAAA-CG--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATTTAT-A---AAAATACTGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-A--------GATG-ATA-AACC-----GGTAT
gi|31236 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TTT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTT--CAATAATTTAAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------A----T----------------A----------G----------GAAATATAT-A---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------AATG-AT--AACT-----GGTATg
gi|31237 : AGTGGATACCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCA-----GTGTAATGTACATAT----A----AG-TCCTTGAAAGTGTCAGACAGGTTTATGTCAT-----TTATTTT--CAAAAATTTAAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATATAT-A---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----TTCAA-T--------GATG-ATT-AACT-----GGTAT
gi|31238 : AGTGGGTATCTTTGACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--TTCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AC-TCCTTGAAATTGTCAGACATGTT--TGTCATAC---ATATTTT--TAAAAATTAAAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------C----T----------------A----------G----------GAAATTTAT-A---AAAATAATGGATGAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------GATG-ATA-AACC-----GGTATg
gi|31239 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAAGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATTG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCATTGAAAGTGTCAGACA-GGTTAAGTGAT-----TTATTTT--CAAAAAATTAAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------C----T----------------A----------G----------GAAACATAT-A---AAAATAATGGATAAAA-G----TTAA----GTCAA-C--------AATG-ATA-AACC-----GGTATg
gi|31240 : AGTGAGTATCTTGGACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAC----A----AAA-G-GA-AT--TCC--ATCG-----GTGTAATGTACATAT----A-----T-TCCTTTAAAGTGTCAGACATCTTT---------------TTTT--AAAAAATTTGAACA--C--T--TGTC-AG-AC-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATATAT-A---AAAATAATGGCTTAAA-G----TGAA----GTCAA-C--------TATA-ATA-AACC-----g
gi|31241 : AGTGGGCATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----CTGACAAA-G-GA-AT--TTT--ATTG-----ATGTAATGAACATAA----A----AG-TCCTTGAACGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTC----------AATTTAAACA--CTGT--TGTC-AG-AT-TTTTAGG------------G----TATTCATAAATGTGG--A----------G----------AAAATATATAT---AAAAAAATGGATTAAA-G----TTAATTATGTCAA-C--------AATG-ATA-AACC-----GGTAT
gi|31242 : AGTGGGCATCTTGGAAAATTTTTG-ATG-AAGGATAT----CTGACAAA-G-GA-CT--TC---ATTG-----ATGTAATGAACATAA----A----AG-TCCTTGAACGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTC----------AATTTAAACA--C--TGTTGTC-AG-AT-TTCTAGGGTATTCGTAAATG----TGG--------------A----------G----------AAAATATAT-ATATAAAAAAATGGATTAAA-G----TTAATTATGTCAA-C--------AATG-ATA-AACC-----GGTATg
gi|31243 : AATGGGCATCTTGGAAA-TTTTTG-ATAG--GGATAT----CTGACAAA-G-GA-AT--TTC--ATCG-----ATGTAATGTACATTA----A----AG-TCCTTGAACGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTC----------AATTTAGACA--CTGT--TGTC-TG-AT-TTCTA--------------G----TCTATTCCTAAATGTGGA----------G----------GAAATATAT-T---AAAAAAATGGATTAAA-GTTAATTAA----GTTAA-C--------AATG-ATA-AACA-----AGTATg
gi|31244 : AGTGGGTATCTTTGACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-AA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AT-TCCTTGAAAGCGTCAGACg
gi|31245 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATATCTGAC----AAA-G-GA-AT--TTC--ATTG-----ATGTAATGTACATAA----A----A----CTCGAACATGTCAGACATGTT--TGTCAT-----TTC----------AATTTAAACACTC--T--TGCC-AG-AT-TTC---------------------T----------------A----------G----------
gi|31246 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGACtctattcgtaaa
gi|31247 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31248 : AGTTGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31249 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTAGAAAGCGTCAGAC
gi|31250 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GCGTAATGTATATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31251 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCC-----ATGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31252 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTATG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GCGTAATGTACATAA----A----TG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31253 : AATGGGTATCT--GACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-AA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTTAATAA----A----AT-TCCCTGAAAGCGTCAGAC
gi|31254 : AGTGGGTATCTTGGAAT-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----G-----CGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31255 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----A
gi|31256 : GTGGGTACCTTTGAAA-TTTTTGGATGGAAGTATAT----C----AAT-G-GA-AT--TCT--ATAG-----GTGCAATATTCATAA----A----AC-TCCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTT--TAGAAATTTAAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------G----T----------------T----------G----------GAAATTTAT-A---AAAATAATGGATTAAA-G----TGAA----ATCAA-CGATGATAAGATG-ATA-AACC-----GGTAT
gi|31257 : GTGGGTATCTTTGAAA-TTTTTG-ATGGGAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTCGTGTACATAA----A----AC-TCCTTGAAAGTGTTAGA----TTTA--------------TTTT--TAAAAATTTAAACA--C--T--TGTC-TG-AT-TTC----------------C----T----------------A----------G----------GAAATTTAT-A---AAAATAATGGTTTAAA-G----T--------TCAA-G--------GATG-ATA-AACCAATTTGGTATg
gi|31258 : TGGGTATCTTTGAAA-TTTTTG-ATGTAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAGTGTACATAA----A----AC-TCCTTAAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTTA-AAAAAATGTGAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------T----------GAAATTTTT-A---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------AATG-ATA-AACC-----AATAT
gi|31259 : GGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGA----TAC----A----AAA-G-GA-AT--TAC--ATCG-----GTGTAATGTGCAT------A----AGTTCTTTGAAAGTGTCAGACATCTTTg
gi|31260 : AT----C----AAA-G-GT-AT--TTC--ATTG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTAAAAAGGTCAGACTTGTTTATGTCAT-----TTC-TTT--CAAAAATTTAAACAGTG--T--TGTC-AG-AT-TTT----------------G----T----------------A----------G----------GAA--ATAT-C---AAAACAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------TATG-ATA-AACC-----AGTAT
gi|31261 : tctttgaaattagACAT----C----AAA-GAGATAT--TGT--ACGG-----GCGAAACGTACATGATTTCA----AG-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--TG-T--TTTT-GG-AT-TTCGAA-------------G----TTAGTAATATGG-----A----------G----------GAAATATAT-T---AAATTAATGGAT--AA-G----ATAT----ATCAA-C--------GGTg
gi|31262 : ACAT----C----AAA-G-GG-ATATTTT--AATG-----GTGAAAC--ACATGATTTCA----AG-TCCTTGAAAGT----GATGTGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--TG-T--TGTT-GG-AT-TGCGAA-------------G----TTAGTAATATGG-----A----------G----------GAAATATAT-A---AAAAAAATGGAT--AA-G----CCAA----A--------------GAT--ATATAACC-----GGTAT
gi|31263 : ACAT----C----AAA-G-GG-AT--TAT--AGTGTAAGAGTGAAACATACATGATTTCA----AA-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAATCA--TG-T--TGTT-GG-AT-TGC----------------GAAATT----------------A----------GTTATATAGACGAAATATAT-C---AAATTAATGGAT--AA-A----CCAA----AGAAAGA--------GAT--ATA-AACT------GTATg
gi|31264 : ACAT----C----AAA-G-GG-ATATTGT--AAGG-----GTGAAACATACATAATTTCA----AG-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGTCCTGTTTCTTTT--TGAAAGTTGGAGCA--TG-T--TGTT-GGAATGTTA----------------G----TAATATGG---------A----------G----------GAAATATAT-C---AAATTAATGGGT--AA-G----CCAA----A--------------GAT--ATATAACC-----AGTATg
gi|31265 : ACAT----C----AAA-G-GG-ATATTGT--AATG-----ATGAAACGTACATGATTTCA----AG-TTCTTGAAAGTG----GCATGTTTATGTCGC-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--TG-T--TGTT-GC-AT-TAC----------------G----A----------------A----------G----------TTAATAT-T-G------AT-ATGGAGGAAATA----TTAA----ATTAA-T--------G--G-ATA-AACg
gi|31266 : ACAT----C----AAA-GAGATAT--TGT--ACGG-----GTGAAACATACATGATTTCA----AG-TCCTAGAAAGTG----ACATGTTTATGTTGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--TG-T--TTTT-GG-AT-TGCGAA-------------G----TTAGTAATATGG-----A----------G----------GAAATATAT-C---AAATTAATGTAT--AA-GATATTTAA----A
gi|31267 : ACAT----C----AAACG-GATAT--TGT--AAGG-----GTGAAACGTACATGA----TTTCTAG-TCATTGAAAGTG----ATATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCATGT--T--TTTC--A-AT-TGCACA-------------G----TTAGTAATATGG-----A----------G----------GAAATATAT-C---AAATTAATGGAT--AA-G----ATAT----ATAAA-C--------GGTcggtatg
gi|31268 : ACAT----C----AAA-G-GG-AT--ATTGAAAGG-----GTGAAAAGTACATGATTTCA----AG-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTTTGTTGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--TG-T--TTTT-GG-AT-TGCAAA-------------G----TTAGTAATATGG-----A----------G----------GAAATATAT-C---AAATTAATTGAT--AA-G----ATAT----ATAAA-C--------GGT
gi|31269 : ACAT----C----AAA-GAGATAT--TAC--AAGG-----GTGAAACATACATGATTTCA----AA-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATTTCGT-----TTCTTTT--TGAAAACTGAAGCA--T--G--TTTT-TG-AT-TGCAAAGTTA---------G----T----------------AAAATATGGAGG----------AAAATATAT-C---AAATTAATGAAT--AA-G----ATAT----ATAAA-C--------GGT
gi|31270 : AT----C----AAA-G-GG-ATATTGT--AAGG-----GTGAAACATACATGATTTTA----AA-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--atg
gi|31271 : G-----GTGAAACGTACATGATTTCA----AG-ACCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTTGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--T--G--TTTCTGC-AT-TGC----------------A----A----------------A----------GT---------GAAATATAT-C---AAATTAATGGAT--AA-G----ATAT----ATAAA-C--------
gi|31272 : AACGTATATGAGTTCA----AG-TTCTTGAAAGTG----GCATGTTTATGTTGT-----TTCTTTT--TAAAAATTGAAGCA--TA-T--TGTT-GG-AT-TGCAAA-------------G----TTAGTAATAATATTG--A----------G----------GAAATATAT-C---AAATTAATGGA------------TAA----ACCAA-A--------GATATATA-AA-C-----GATAT
blockSeqs : A G CTGA TGAC C A T AT GA TAAGA T TTTC TTCT T T CCTGT AAA T A CTG GT TG A G TAGGGTATTCATAAATGTGG AAATATGGAG TTATATAGAC ATAT TA T TTAA TTAT G GATGATAA AT T AATTT
blockSeqs : . . . TGAC . A T AT . . T TTTC . . T AC CA T A CTG . A . . TAGGGTATTCGTAAATGTGG . T AT TA . ATAT TTAT . . G T .
blockSeqs : . . . TGAC . A T AT . . T TTTC . . T . CA A A CTC . A . . TAGTCTATTCCTAAATGTGG . . A GA . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . T AT . . T TTTC . . T . TA T A GTG . A . . AAAGTTAGTAATAATATTG . . A AA . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T TTTC . . T . CA T A TGT . A . . GAAGTTAGTAATATGG . . A TA . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T TTTC . . T . AA T A TG . A . . GAAGTTAGTAATATGG . . A TA . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T TTTC . . T . TA T A TG . A . . GAAGTTAGTAATATGG . . A TA . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T TTTC . . T . TA T A TG . A . . ACAGTTAGTAATATGG . . T TA . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T TTTT . . T . CA T A TG . T . . AAAGTTAGTAATATGG . . A TA . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T TTTC . . T . TG T A TG . A . . GTAATATGG . . A TA . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T GTTC . . T . TG T A TG . A . . AAAGTTAGT . . A TA . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . T . TG T A TG . T . . GAAATT . . C TA . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . T . TG T A TA . A . . AT . . T GA . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . T . TG G G C . A . . GT . . A . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . T . TG G G C . G . . CT . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . T . TG G T C . G . . CT . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . T . TG G G C . G . . GT . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . T . TG G G C . G . . GT . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . T . TG G G C . G . . CT . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . T . TA G G C . G . . GT . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . T . . G G C . G . . GT . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . T . . G G C . T . . GA . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . T . . G G T . G . . AA . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . T . . G G T . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . C . . . .
blockSeqs : C . .
blockSeqCons : TG**
originalCons : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAACGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTNAAGCA--C--T--TGTC-GG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATATAT-N---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------GATG-ATA-AACC-----GGTAT
finalCons : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAACGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTTTG--AAAATTNAAGCA--C--T--TGTC-GG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATATAT-N---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------GATG-ATA-AACC-----GGTAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 22222 00000000000000000000000000000000000000 11
lowQualScore : 1 1 2222 7777 1 3 4 66 11 22222 1 4444 2222 1 6 66666 0 5555 1 1 11111 22 44 1 1 55555555555555555555555555555555555555 7777777777 8888888888 55555 0 44 1 7777 7777 1 66666666 22 4 55555
lowQualScore : . . .... .... . . . .. .. ..... . .... .... . . ..... . .... . . ..... .. .. . . ...................................... .......... .......... ..... . .. . .... .... . ........ .. . .....
lowQualScore : 6 6 4444 1111 1 3 4 11 55 77777 2 6666 2222 1 2 00000 4 4444 0 3 88888 22 33 6 6 88888888888888888888888888888888888888 0000000000 6666666666 66666 8 55 7 1111 1111 7 33333333 33 4 99999
consensus : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAACGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTNAAGCA--C--T--TGTC-GG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATATAT-N---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------GATG-ATA-AACC-----GGTAT
Reference ( family-567 ) : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAACGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTNAAGCA--C--T--TGTC-GG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATATAT-N---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------GATG-ATA-AACC-----GGTAT
gi|31235 : AGTGGGTATCTTTGAAA-TTTTTG-ATGTAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATATACATAA----A----AC-TTCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTTAAT-AAAATTAAA-CG--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATTTAT-A---AAAATACTGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-A--------GATG-ATA-AACC-----GGTAT
gi|31236 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TTT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTT--CAATAATTTAAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------A----T----------------A----------G----------GAAATATAT-A---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------AATG-AT--AACT-----GGTATg
gi|31237 : AGTGGATACCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCA-----GTGTAATGTACATAT----A----AG-TCCTTGAAAGTGTCAGACAGGTTTATGTCAT-----TTATTTT--CAAAAATTTAAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATATAT-A---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----TTCAA-T--------GATG-ATT-AACT-----GGTAT
gi|31238 : AGTGGGTATCTTTGACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--TTCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AC-TCCTTGAAATTGTCAGACATGTT--TGTCATAC---ATATTTT--TAAAAATTAAAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------C----T----------------A----------G----------GAAATTTAT-A---AAAATAATGGATGAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------GATG-ATA-AACC-----GGTATg
gi|31239 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAAGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATTG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCATTGAAAGTGTCAGACA-GGTTAAGTGAT-----TTATTTT--CAAAAAATTAAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------C----T----------------A----------G----------GAAACATAT-A---AAAATAATGGATAAAA-G----TTAA----GTCAA-C--------AATG-ATA-AACC-----GGTATg
gi|31240 : AGTGAGTATCTTGGACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAC----A----AAA-G-GA-AT--TCC--ATCG-----GTGTAATGTACATAT----A-----T-TCCTTTAAAGTGTCAGACATCTTT---------------TTTT--AAAAAATTTGAACA--C--T--TGTC-AG-AC-TTC----------------G----T----------------A----------G----------GAAATATAT-A---AAAATAATGGCTTAAA-G----TGAA----GTCAA-C--------TATA-ATA-AACC-----g
gi|31241 : AGTGGGCATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----CTGACAAA-G-GA-AT--TTT--ATTG-----ATGTAATGAACATAA----A----AG-TCCTTGAACGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTC----------AATTTAAACA--CTGT--TGTC-AG-AT-TTTTAGG------------G----TATTCATAAATGTGG--A----------G----------AAAATATATAT---AAAAAAATGGATTAAA-G----TTAATTATGTCAA-C--------AATG-ATA-AACC-----GGTAT
gi|31242 : AGTGGGCATCTTGGAAAATTTTTG-ATG-AAGGATAT----CTGACAAA-G-GA-CT--TC---ATTG-----ATGTAATGAACATAA----A----AG-TCCTTGAACGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTC----------AATTTAAACA--C--TGTTGTC-AG-AT-TTCTAGGGTATTCGTAAATG----TGG--------------A----------G----------AAAATATAT-ATATAAAAAAATGGATTAAA-G----TTAATTATGTCAA-C--------AATG-ATA-AACC-----GGTATg
gi|31243 : AATGGGCATCTTGGAAA-TTTTTG-ATAG--GGATAT----CTGACAAA-G-GA-AT--TTC--ATCG-----ATGTAATGTACATTA----A----AG-TCCTTGAACGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTC----------AATTTAGACA--CTGT--TGTC-TG-AT-TTCTA--------------G----TCTATTCCTAAATGTGGA----------G----------GAAATATAT-T---AAAAAAATGGATTAAA-GTTAATTAA----GTTAA-C--------AATG-ATA-AACA-----AGTATg
gi|31244 : AGTGGGTATCTTTGACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-AA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AT-TCCTTGAAAGCGTCAGACg
gi|31245 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATATCTGAC----AAA-G-GA-AT--TTC--ATTG-----ATGTAATGTACATAA----A----A----CTCGAACATGTCAGACATGTT--TGTCAT-----TTC----------AATTTAAACACTC--T--TGCC-AG-AT-TTC---------------------T----------------A----------G----------
gi|31246 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGACtctattcgtaaa
gi|31247 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31248 : AGTTGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31249 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTAGAAAGCGTCAGAC
gi|31250 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GCGTAATGTATATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31251 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCC-----ATGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31252 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTATG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GCGTAATGTACATAA----A----TG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31253 : AATGGGTATCT--GACA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AAA-G-AA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTTAATAA----A----AT-TCCCTGAAAGCGTCAGAC
gi|31254 : AGTGGGTATCTTGGAAT-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----G-----CGTACATAA----A----AG-TCCTTGAAAGCGTCAGAC
gi|31255 : AGTGGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGAAGGATAT----C----AGA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAATGTACATAA----A----A
gi|31256 : GTGGGTACCTTTGAAA-TTTTTGGATGGAAGTATAT----C----AAT-G-GA-AT--TCT--ATAG-----GTGCAATATTCATAA----A----AC-TCCTTGAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTT--TAGAAATTTAAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------G----T----------------T----------G----------GAAATTTAT-A---AAAATAATGGATTAAA-G----TGAA----ATCAA-CGATGATAAGATG-ATA-AACC-----GGTAT
gi|31257 : GTGGGTATCTTTGAAA-TTTTTG-ATGGGAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTCGTGTACATAA----A----AC-TCCTTGAAAGTGTTAGA----TTTA--------------TTTT--TAAAAATTTAAACA--C--T--TGTC-TG-AT-TTC----------------C----T----------------A----------G----------GAAATTTAT-A---AAAATAATGGTTTAAA-G----T--------TCAA-G--------GATG-ATA-AACCAATTTGGTATg
gi|31258 : TGGGTATCTTTGAAA-TTTTTG-ATGTAAGGATAT----C----AAA-G-GA-AT--TCT--ATCG-----GTGTAGTGTACATAA----A----AC-TCCTTAAAAGTGTCAGACATGTTTATGTCAT-----TTATTTTA-AAAAAATGTGAACA--C--T--TGTC-AG-AT-TTC----------------G----T----------------A----------T----------GAAATTTTT-A---AAAATAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------AATG-ATA-AACC-----AATAT
gi|31259 : GGGTATCTTGGAAA-TTTTTG-ATGGA----TAC----A----AAA-G-GA-AT--TAC--ATCG-----GTGTAATGTGCAT------A----AGTTCTTTGAAAGTGTCAGACATCTTTg
gi|31260 : AT----C----AAA-G-GT-AT--TTC--ATTG-----GTGTAATGTACATAA----A----AG-TCCTTAAAAAGGTCAGACTTGTTTATGTCAT-----TTC-TTT--CAAAAATTTAAACAGTG--T--TGTC-AG-AT-TTT----------------G----T----------------A----------G----------GAA--ATAT-C---AAAACAATGGATTAAA-G----TTAA----ATCAA-C--------TATG-ATA-AACC-----AGTAT
gi|31261 : tctttgaaattagACAT----C----AAA-GAGATAT--TGT--ACGG-----GCGAAACGTACATGATTTCA----AG-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--TG-T--TTTT-GG-AT-TTCGAA-------------G----TTAGTAATATGG-----A----------G----------GAAATATAT-T---AAATTAATGGAT--AA-G----ATAT----ATCAA-C--------GGTg
gi|31262 : ACAT----C----AAA-G-GG-ATATTTT--AATG-----GTGAAAC--ACATGATTTCA----AG-TCCTTGAAAGT----GATGTGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--TG-T--TGTT-GG-AT-TGCGAA-------------G----TTAGTAATATGG-----A----------G----------GAAATATAT-A---AAAAAAATGGAT--AA-G----CCAA----A--------------GAT--ATATAACC-----GGTAT
gi|31263 : ACAT----C----AAA-G-GG-AT--TAT--AGTGTAAGAGTGAAACATACATGATTTCA----AA-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAATCA--TG-T--TGTT-GG-AT-TGC----------------GAAATT----------------A----------GTTATATAGACGAAATATAT-C---AAATTAATGGAT--AA-A----CCAA----AGAAAGA--------GAT--ATA-AACT------GTATg
gi|31264 : ACAT----C----AAA-G-GG-ATATTGT--AAGG-----GTGAAACATACATAATTTCA----AG-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGTCCTGTTTCTTTT--TGAAAGTTGGAGCA--TG-T--TGTT-GGAATGTTA----------------G----TAATATGG---------A----------G----------GAAATATAT-C---AAATTAATGGGT--AA-G----CCAA----A--------------GAT--ATATAACC-----AGTATg
gi|31265 : ACAT----C----AAA-G-GG-ATATTGT--AATG-----ATGAAACGTACATGATTTCA----AG-TTCTTGAAAGTG----GCATGTTTATGTCGC-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--TG-T--TGTT-GC-AT-TAC----------------G----A----------------A----------G----------TTAATAT-T-G------AT-ATGGAGGAAATA----TTAA----ATTAA-T--------G--G-ATA-AACg
gi|31266 : ACAT----C----AAA-GAGATAT--TGT--ACGG-----GTGAAACATACATGATTTCA----AG-TCCTAGAAAGTG----ACATGTTTATGTTGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--TG-T--TTTT-GG-AT-TGCGAA-------------G----TTAGTAATATGG-----A----------G----------GAAATATAT-C---AAATTAATGTAT--AA-GATATTTAA----A
gi|31267 : ACAT----C----AAACG-GATAT--TGT--AAGG-----GTGAAACGTACATGA----TTTCTAG-TCATTGAAAGTG----ATATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCATGT--T--TTTC--A-AT-TGCACA-------------G----TTAGTAATATGG-----A----------G----------GAAATATAT-C---AAATTAATGGAT--AA-G----ATAT----ATAAA-C--------GGTcggtatg
gi|31268 : ACAT----C----AAA-G-GG-AT--ATTGAAAGG-----GTGAAAAGTACATGATTTCA----AG-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTTTGTTGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--TG-T--TTTT-GG-AT-TGCAAA-------------G----TTAGTAATATGG-----A----------G----------GAAATATAT-C---AAATTAATTGAT--AA-G----ATAT----ATAAA-C--------GGT
gi|31269 : ACAT----C----AAA-GAGATAT--TAC--AAGG-----GTGAAACATACATGATTTCA----AA-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATTTCGT-----TTCTTTT--TGAAAACTGAAGCA--T--G--TTTT-TG-AT-TGCAAAGTTA---------G----T----------------AAAATATGGAGG----------AAAATATAT-C---AAATTAATGAAT--AA-G----ATAT----ATAAA-C--------GGT
gi|31270 : AT----C----AAA-G-GG-ATATTGT--AAGG-----GTGAAACATACATGATTTTA----AA-TCCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTCGT-----TTCTTTT--atg
gi|31271 : G-----GTGAAACGTACATGATTTCA----AG-ACCTTGAAAGTG----ACATGTTTATGTTGT-----TTCTTTT--TGAAAATTGAAGCA--T--G--TTTCTGC-AT-TGC----------------A----A----------------A----------GT---------GAAATATAT-C---AAATTAATGGAT--AA-G----ATAT----ATAAA-C--------
gi|31272 : AACGTATATGAGTTCA----AG-TTCTTGAAAGTG----GCATGTTTATGTTGT-----TTCTTTT--TAAAAATTGAAGCA--TA-T--TGTT-GG-AT-TGCAAA-------------G----TTAGTAATAATATTG--A----------G----------GAAATATAT-C---AAATTAATGGA------------TAA----ACCAA-A--------GATATATA-AA-C-----GATAT