lowQualScore : 1 1111 11 111111111 111 2 111111111
lowQualScore : 4 2 222 1 7777 1 2 1 222 77 1 11 0 2 11 0 222 1 1 7 77 1 66666 333333333 66666 2222 444 2 1 1 9 111111111 444 1 1 0
lowQualScore : . . ... . .... . . . ... .. . .. . . .. . ... . . . .. . ..... ......... ..... .... ... . . . . ......... ... . . .
lowQualScore : 1 2 444 4 6666 3 7 3 333 66 3 88 5 4 66 7 000 2 1 0 11 2 55555 666666666 77777 9999 000 9 4 4 6 111111111 666 7 7 3
consensus : AGATTTACAACATTA---G-CAA---AA-A-C-GTTAA---TAAAT-GTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-TAAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCA-AAATTG-CAA-TTA-C---TTCAACACA---N--AN-ATAA-----A----GAAACT--T-AC-A-TGACATTATTTAAC----A----AA---A-CAACA-AGAACAAAATAAAA
Reference ( gi|163244 ) : AGATTGATAACATTA---G-CAA---TA-A-T-GTTAA---TAAAA-GTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-TAAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCA-AAGTTG-TAA-TTA-T---TTCAACACA---A--AA-ATAA-----A----GAAACG--T-AC-A-TGA-ATTATTTAAC----A----AA---A-CAACA-AGAACAAAATAAAA
gi|163251 : AGATTTACAGCATTA---G-CAA---TA-A-T-GTTAA---TAAAT-GTT-A--AGAAATACTCAGCCTAA-TAAGGCTTATC--TGTCATTATTT----------AAATT--TAATTTA-T---TT--ACACA---A--AT-ATAA-----A----GAAACT--T-AA-A-TAACATTATTTAGC----A----AA---A-TAACA-AGAACAAAATAAAA
gi|163250 : AGATTAACAACATAA---A-CAA---AA-A-T-GTAAA---TAAAT-GTT-A--AGAAGTATCCAGCCTAA-CAAGGCTTATC--AGTCACTATGT---AA-TCA-AAATTG-GTA-TTA-C---TTCAACACA---A--AT-ATAA-----T----GAAACT--T-AC-A-TGACACTATTTTAC----A----AA---A-CAATA-AGTACAAAATAAAA
gi|163248 : AGATTTATAACA---------AA----A-A-T-TTTAG---TAAAT-GTT-A--AGAAATACCCAGCCTAG-CAAGGCTTATCTGAGTCAATATTT---TA-TAA-AAATTG-CAA-TTT-C---TTCAACAAA---A--AT-ATAA-----A----GGAACT--T-AC-A-TGACATTATTTAAC----A----AA---A-CAACA-AGAACAAAATAAAA
gi|163253 : AGATTTATACCATAA---A-CAA---AA-A-T-GGTCA---TAATG-TTT-T--AGAAATATCCAGCCTTA-TAAGGCGTTTC--AGTCACTATTT---TA-TCA-AGATTA-GAA-TTA-T---TTCAACATA---A--AT-GTAA-----A----GAAACG--T-AC-A-TGACATTATTTAAC----A----AA---A-CAACA-ATAACAAATTAAAA
gi|163245 : AGATTTATAAC-TTA---GGCAG---AA-A-T-GTTAG---TAACT-GTT-A--AGAAAT-CGCAGCCTAA-TAAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TTA-AAAATG-CAA-TTG-C---TTCAACACA---A--AT-ATAA-----A----GAACCT--T-AC-A-TAACATTAGTTAAC----ATCGGAG---A-CAAAA-AGA
gi|163246 : AGATTTACAACATTA---G-CAA---AA-A-T-GTTA-----------------AGAAATACTCAGCCTAA-TAAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-ACC-AAATTG-CAA-TTT-C---TTCAACATA---T--AT-ATAA-----A----GAAACT--T-AC-A-TGACATTGTTT-------------A---A-CATTG-AAGACAAAATAAAga
gi|163254 : AGAATTACACCATTA---G-CAA---TA-A-T-GTTAA---TACAT-GT-----------------CGTAA---AGGCGTATT--AGTCACTATTT---TA-TCA-AAACTG-GAA-TTA-T---TTCAACACA---A--AC-ACAA-----A----GAAACT--T-AC-A-TGACATTATTTAAG----A----AA---A-CAACA-AGATCAAAATAAA
gi|163247 : AGATATACAACATTA---G-CAA---AA-C-T-GTTAA---TAAAT-GTTTA--AGAAATATTCAGCCTAATTAAGG-TTATT--AATCACTATGT---TG-TCA-AAATTG-CAA-TTA-C---TCCAACACA---T--AT-GTAA-----A----GAAACT--T-GC-A-TAACATTATTTAAC----A----
gi|163249 : AGATGTACAACAATA---G-CAA---AC-A-T-TATAA---TAATT-GTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-TAAGGCTGATC--TGTCGCTATTT---TA-TCA-AGATTG-CAA-TTA-C---TTCAACAAA---T--AC-AT-A-----A----GATACT--T-AC-A-TGACATTGTTTAACATCGA----AG---A-CAAAA-AAAtcgaagccagaaaa
gi|163252 : AGATTTACAATTTTG---G-CAA---AA-A-T-CTAAG---TAAAT-GTT-A--AGAAATACCTAGCCTAA-TAAGGC----C--AGTAACTATTT---TA-TTA-AAATTG-CAA-TTA-C---TTAGACACAT--ATTAT-ATAA-----A----GACACT--T-ATAA-TAT-ATTATTGAACTTCGA----AG---A-CAA-A-AGAga
gi|163256 : AGATTTACAACATTA---G-CAA---AA-A-C-GTTAA---TAAAA-AGT-A--A-AAATACAAATCCTAA--AAGGCTTGTC--AGTCACTATTT---TA-CCA-AAGTTgaa
gi|163255 : AAATTTACAGCATTA---G-CA----TACA-C-GTTAA---TAAGT-GTT-A--AGATATACC-AGCCTTA-TAAGGTTTATC--AGTCACTAT--------------ATTG-CAA-TTA-T---ATCAACACA---T--AC-ATAA-----A----GAAAAG--A-AC-ATTTC-TTTATTTAAC----ccaaatcagatacatgtataattaacttagatgacagtatccaacatcaaatccaaaaaaaga
gi|163258 : AAATTAACAACATTA---G-CAAAA-TA-A-T--CTAA---TAAAT-GCG-A--ATAAATACCAAGCCAAA-TGAGGCTTATC--AGGC-TTATTC---Tgtaggaggtaaaaacaa
gi|163257 : AAATTTACAACATTAATAG-CAA---AA-A-T-GTTAA---GAAGT-GTT-A--AGAAATACCCAGTCTAACTAAtgtatt
gi|163259 : GATTTACAACAATA---G-CAA---AC-A-T-GTTAA---TAAAT-GTT-A--AGAA-TATCAAGCTTAA-TAAGGCTTATC--AGCCACTATTT---AA-CCA-AAATTG-CAA-TTA-C---TCCAACACA---A--AATATAA-----A----GAAACT--T-AC-A-TGACATTATTTAAC----A----AA---A-CATCA-AGAACAAAATAAAA
gi|163260 : ATTTACATCATTA---G-CAAAAATA-AAT-GTTAA---TAAAT-GTA-A--AGAAATACCCAGCATAA-TAAGGCTTATC--ATTT----TTT---TA-TCA-GAATTG-CAA-TTA-TGTATTTAACGCA---A--AT-ACAA-----A----AAAACACTT-GC-A-CGACATTTTTTAAC----A----AA---A-CAACA-AAAAGAA
gi|163261 : ATTTACAACATTA---G-CAA---AA-A-T-GTTAA---TACAT-GCT-A--AGAAATGCCCAGCCTAA-TAAGACTTCTT--TGTCACTATTT---TT-TCA-AAATTG-CAA-TTG-C---TTCAACAAG---T--AA-ATAA-----
gi|163263 : ATTTATAGCATTA---G-TAA---AA-A-C-GTTAT---TAATC-ATT-A--AGGAATACC-AGCCTAA-TAAGGCTTATC--AGTCAT----------------AATTG-CAA-TTA-T---TTCAAAACA---T--CA-ATAG-----ATATGGACACT--T-AC-A-TGACATAATTTAAC----A----AAT--A-AGACA-ACAACAAcatttatcaaccaatgcaatgacaaatataaa
gi|163266 : ATTTACAATATGA---G-CAA---AA-A-CCGTTTA---TAAAT-GTT-T--ATAACTACCCAGCCTTA-TTAGTCGCATC--AGT----ATGT---TT-TTA-AAATTG-CAA-TCA-C---TTCAAGCCA---T--AA-ATAA-----A----TAAGTT--TAAC-A-T----CTATTCAACA---A----AA---A-CCACA---AACAA
gi|163267 : ATTTATAACATAA---G-CAA---AC-A-C-GTTCA---TTAAT-GTT-T--AGATAAATTCAACCTAA-CAAGG----TC--ACTAACTATCG---TA-TTA-GAAATG-TAG-TTA-C---TTTAAC-CA---A--A
gi|163268 : TTTATAACATAA---G-CAA---AA-T-T-GTTAA---TAAA---TT-----------CCCAACATGA-TTAGACATATC--AGTCACTA-TT---TA-TCA-AAATAG-CAA-TTA-G---TTta
gi|163274 : ACAACTTTA---G-CAA---AA-C-T-GTTAA---TTAAT-GGT-A--AGAACTACCCTGCCTTA-TAAGGCTTTTC--TGTCACTATTT---TA-TCA-AAATTG-AAA-TAA-C---TTCAGCGCA---A--AC-ATAA-----T----GAAACT--TGAC-A-TGA---CATTTAAC----A----AA---A-CAACA-AGAATAAAATAAAA
gi|163270 : ACAACATTT---G-CAA---AA-G-C-GTTAG---TACAT-GCA-A--AGAAATACCCAGTCTAG-TAAGGCTTATC--AGTCACTATGT---TA-TCA-AAATTT-TAC-TAACT---TTAAACACA---T--AA-ATAA-----T----GATATG----GC-A-T---ATTTCATAAC----G----GA---G-AAACA-
gi|163264 : ttACAAAATTA---G-CAA---AA-A-G-GTTAA---TAAAT-GTT-C--AGAAATACCTAGCCTAA-TAAGGCTTTTC--AGGTACTATTT---CA-TAA-AAATC--CAA-TTA--------ATCACA---T--AA-AT--------------AAC--------------ATTATTGTAC----A----A-------AACA-AGAACAAAAa
gi|163265 : acttACAACACTA---G-CAA---AA-AAT-GTTTA---TAAAT-GTT-A--AGAAATACCTATCCTAT-TTATGCTTATC--AGTTATCATGC---TC-TTG-AAATTGCCAA-TT--C---TTCAACACA---T--AA-ATAA-----C----GAAAAT--T-AT-A-CAA-AGAAT---AC----A----AA---ATTAATA-ACAACGAA
gi|163271 : atatACAACCTTT---G-CAA---AA-G-C-GTTAG---TACAT-GCA-A--AGAAATACCCAGCCTAG-TAAACTTTATC--AGTCACTATGT---TA-TCA-AA-----------A-T---TTAAACACA---T--AA-ATAATGATGA----AAAATT--T--C-A-TGACATTG-TTAAC----C----AT---A-TAAGATAAAACAA
gi|163272 : ttACAATATTT---G-CAA---AA-G-C-GTTAG---TACAT-ACA-A--AGAAATACCCTGCCTAG-TAAGGCTTATC--AGTCACTAT---------------------A-TAA-C---TTTAACACA---T--AA-ATAATGATGA----AAAATG--T--C-A-TGGCATTGTTAACC----ATAT-AATATA-CAACA-ACAGCAAAATAAAA
gi|163273 : ttTAGCTTTA---G-CAA---AA-A-C-CTTAA---TAAAT-ATT-A--AAAAACACCCAATCTAA-TAAGGCTAATC--GGTCACTACGT---TACTTA-AAATTT-CAA-TTA-
gi|163269 : tgAACATTT---G-CAA---AA-G-C-GTTAG---TATA----T-G--CAAAATACCAAGCCTAG-TAAGGTTTATC--AGTCACTATGT---TA-TTA-AAATTT-CAA-TAA-C---TTTAACACA---T--AA-ATAA-----T----GA
gi|163275 : ttag-A-T-GTTAAATTTAAAATATT-AGCAGAAATACTCAGTCTAA-TATGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCA-GAATTG-CAA-TTT-C---TTTAAGATA---A--AT-ATAA-----A----GAAACT--T-AC-A-TGATATTATTTAAC----A----AA---A-TAACA-AGAACAAAAtgaaaaaatttaatggcact
gi|163276 : -GTT-A--AGATGTACCAAGCTTAA-AAAGGCTTATC--AGTCACAATTA---TA-TAATAATTTA-T-C-TTA-T---CTCAACATA---A--AT-ATAA-----A----GAAACT--T-AC-A-TGATAGTATTT-------------A---A-CATCA-AAGACAAAAAAAAAa
gi|163262 : atGAAATGCC-AGTCTAT-TAAAACTTATC--AGTTATTATTT---TA-TCA-AAATTG-CAA-TTA-C---TACAACATA---T--AT-ATAA-----A----TACACT--T-AC-C-TGACATTATTTAAC----A----
gi|163277 : atttacaacataagcaaaaacCCCAGCCTAA-TAAGGCTGATC--AGTTAATATTT---TA-TTA-AAATTG-CAA-TTA-C---TTCAACACA---T--AT-ATGA-----A----GAAGCT--T-AC-A-TGGCATTATTAAAC----ATC--GA---A--GACA-AAAACAAAttgaagacattgaaaagaaa
gi|163278 : CTTATC--AGTCATTATTT---TA-TCA-AAATTG-CAA-TTA-C---TGCACCACATATA--AA-A
gi|163279 : TATC--AGTAACTATTTATTTT-TAA-AAATTG-CAA-TTA-C---T--AACACAC--A--AATATAA-----A----GAAACT--T-AC-A-TGa
gi|163280 : ---TA-TCA-AAATAG-CAA-TTA-C---TTCAACACA---AT-AT-GTAA-----A----GAAACT--T-AC-A-TGACATAATT-------------AA---A-TGTCA-AAGACAAAACAAGAccatnnnnnnnnnnaaaa
gi|163281 : A-AAATTG-CAA-TTA-C---T--AACACAC--A--AATATAA-----A----GAAACT--T-AC-A-TGCCATTGTTCAAC----A----AA---A-CAACA-AGAACAAAATAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111
lowQualScore : 222 1 1 777777 1 33 1 1 11 0 222 1 1 222 1 1 2 3333 1 333333 66666 2222 11 1 1 222 111111111 444 33 1 0
lowQualScore : ... . . ...... . .. . . .. . ... . . ... . . . .... . ...... ..... .... .. . . ... ......... ... .. . .
lowQualScore : 333 3 3 111111 2 00 2 2 66 2 000 2 1 111 2 2 4 1111 0 555555 11111 7777 88 3 3 333 333333333 111 55 5 1
consensus : AGATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-C----GTTAATAAATGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TTC-A-ACAC-A---NATATA------A-----A----GAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
Reference ( family-566 ) : AGATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-C----GTTAATAAATGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TTC-A-ACAC-A---NANATA------A-----A----GAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
gi|163244 : AGATTGATAACATTA---G-CAATA-A-T----GTTAATAAAAGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAAAGTTG-TAATTAT---TTC-A-ACAC-A---AAAATA------A-----A----GAA--ACGT-ACATGA-AT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
gi|163245 : AGATTTATAAC-TTA---GGCAGAA-A-T----GTTAGTAACTGTT-A--AGAAAT-CGCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TTAAAAATG-CAATTGC---TTC-A-ACAC-A---AATATA------A-----A----GAA--CCTT-ACATAACAT-TAGT---TAAC----ATCGGAG---A--CAAAA-AGA
gi|163246 : AGATTTACAACATTA---G-CAA----------------AAATGTT-A--AGAAATACTCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-ACCAAATTG-CAATTTC---TTC-A-ACAT-A---TATATA------A-----A----GAA--ACTT-ACATGACAT-TGTT---T-------------A---A--CATTG-AAGACAAAATAAAga
gi|163247 : AGATATACAACATTA---G-CAAAA-C-T----GTTAATAAATGTTTA--AGAAATATTCAGCCTAA-TTAAGG-TTATT--AATCACTATGT---TG-TCAAAATTG-CAATTAC---TCC-A-ACAC-A---TATGTA------A-----A----GAA--ACTT-GCATAACAT-TATT---TAAC----A----
gi|163248 : AGATTTATAACA----------AAA-A-T----TTTAGTAAATGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAG-C-AAGGCTTATCTGAGTCAATATTT---TA-TAAAAATTG-CAATTTC---TTC-A-ACAA-A---AATATA------A-----A----GGA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAAtcgaagccagaaaa
gi|163249 : AGATGTACAACAATA---G-CAAAC-A-T----TATAATAATTGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTGATC--TGTCGCTATTT---TA-TCAAGATTG-CAATTAC---TTC-A-ACAA-A---TACAT-------A-----A----GAT--ACTT-ACATGACAT-TGTT---TAACATCGA----AG---A--CAAAA-AAA
gi|163250 : AGATTAACAACATAA---A-CAAAA-A-T----GTAAATAAATGTT-A--AGAAGTATCCAGCCTAA-C-AAGGCTTATC--AGTCACTATGT---AA-TCAAAATTG-GTATTAC---TTC-A-ACAC-A---AATATA------A-----T----GAA--ACTT-ACATGACAC-TATT---TTAC----A----AA---A--CAATA-AGTACAAAATAAAAga
gi|163251 : AGATTTACAGCATTA---G-CAATA-A-T----GTTAATAAATGTT-A--AGAAATACTCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--TGTCATTATTT---------AAATTT-AATTTAT---TT----ACAC-A---AATATA------A-----A----GAA--ACTT-AAATAACAT-TATT---TAGC----A----AA---A--TAACA-AGAACAAAATAAAA
gi|163252 : AGATTTACAATTTTG---G-CAAAA-A-T----CTAAGTAAATGTT-A--AGAAATACCTAGCCTAA-T-AAGGC----C--AGTAACTATTT---TA-TTAAAATTG-CAATTAC---TTA-G-ACAC-ATATTATATA------A-----A----GAC--ACTT-ATAATATAT-TATT---GAACTTCGA----AG---A--CAA-A-AGA
gi|163253 : AGATTTATACCATAA---A-CAAAA-A-T----GGTCATAA-TGTT-TT-AGAAATATCCAGCCTTA-T-AAGGCGTTTC--AGTCACTATTT---TA-TCAAGATTA-GAATTAT---TTC-A-ACAT-A---AATGTA------A-----A----GAA--ACGT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-ATAACAAATTAAAAgaa
gi|163254 : AGAATTACACCATTA---G-CAATA-A-T----GTTAATACATGT-----------------CGTAA----AGGCGTATT--AGTCACTATTT---TA-TCAAAACTG-GAATTAT---TTC-A-ACAC-A---AACACA------A-----A----GAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAG----A----AA---A--CAACA-AGATCAAAATAAA
gi|163255 : AAATTTACAGCATTA---G-CATAC-A-C----GTTAATAAGTGTT-A--AGATATA-CCAGCCTTA-T-AAGGTTTATC--AGTCACTAT-------------ATTG-CAATTAT---ATC-A-ACAC-A---TACATA------A-----A----GAA--AAGA-ACATTTCTT-TATT---TAAC----
gi|163256 : AGATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-C----GTTAATAAAAAGT-A--A-AAATACAAATCCTAA---AAGGCTTGTC--AGTCACTATTT---TA-CCAAAGTTC-CAA--A-----TC-AGATAC-A---TGTAT-------A-----A----TTA--ACTT-AGATGACAG-TATC---CAAC----ATC--AA---ATCCAAAA-AAAgtaggaggtaaaaacaa
gi|163257 : AAATTTACAACATTAATAG-CAAAA-A-T----GTTAAGAAGTGTT-A--AGAAATACCCAGTCTAACT-AAga
gi|163258 : AAATTAACAACATTA---G-CAAAATA-A----TCTAATAAATGCG-A--ATAAATACCAAGCCAAA-T-GAGGCTTATC--AGGC-TTATTC---T
gi|163259 : GATTTACAACAATA---G-CAAAC-A-T----GTTAATAAATGTT-A--AGAA-TATCAAGCTTAA-T-AAGGCTTATC--AGCCACTATTT---AA-CCAAAATTG-CAATTAC---TCC-A-ACACAA---AATATA------A-----A----GAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CATCA-AGAACAAAATAAAAtgtatt
gi|163260 : ATTTACATCATTA---G-CAAAA-A-TAAATGTTAATAAATGTA-A--AGAAATACCCAGCATAA-T-AAGGCTTATC--ATTT----TTT---TA-TCAGAATTG-CAATTATGTATTT-A-ACGC-A---AATACA------A-----A----AAAACACTT-GCACGACAT-TTTT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AAAAGAA
gi|163261 : ATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-T----GTTAATACATGCT-A--AGAAATGCCCAGCCTAA-T-AAGACTTCTT--TGTCACTATTT---TT-TCAAAATTG-CAATTGC---TTC-A-ACAA-G---TAAATA------A-----
gi|163262 : ATTTACAACATAA---G-CAAAA-A-C----G-----AAATG--------------CCAGTCTAT-T-AAAACTTATC--AGTTATTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TAC-A-ACAT-A---TATATA------A-----A----TAC--ACTT-ACCTGACAT-TATT---TAAC----A----catttatcaaccaatgcaatgacaaatataaa
gi|163263 : ATTTATAGCATTA---G-TAAAA-A-C----GTTATTAATCATT-A--AGGAATA-CCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCAT---------------AATTG-CAATTAT---TTC-A-AAAC-A---TCAATA------G-----ATATGGAC--ACTT-ACATGACAT-AATT---TAAC----A----AAT--A--AGACA-ACAACAAttgaagacattgaaaagaaa
gi|163264 : ACTTACAAAATTA---G-CAAAA-A-G----GTTAATAAATGTT-C--AGAAATACCTAGCCTAA-T-AAGGCTTTTC--AGGTACTATTT---CA-TAAAAATC--CAATTAA---T------CAC-A---TAAATA--------------------------------ACAT-TATT---GTAC----A----A--------AACA-AGAACAAAA
gi|163265 : ATATACAACACTA---G-CAAAA-AAT----GTTTATAAATGTT-A--AGAAATACCTATCCTAT-T-TATGCTTATC--AGTTATCATGC---TC-TTGAAATTGCCAATT-C---TTC-A-ACAC-A---TAAATA------A-----C----GAA--AATT-ATACAA-AG-AAT------AC----A----AA---AT-TAATA-ACAACGAA
gi|163266 : ATTTACAATATGA---G-CAAAA-A-CC---GTTTATAAATGTT-T--ATAACTACCCAGCCTTA-T-TAGTCGCATC--AG----TATGT---TT-TTAAAATTG-CAATCAC---TTC-A-AGCC-A---TAAATA------A-----A----TAA--GTTT-A----ACATCTATT---CAACA---A----AA---A--CCACA---AACAA
gi|163268 : TTTATAACATAA---G-CAAAA-T-T----GTTAATAAAT------------T-CCCAACATGA-T-TAGACATATC--AGTCACTA-TT---TA-TCAAAATAG-CAATTAG---TT
gi|163269 : TTAGAACATTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTATATGC------AAAATACCAAGCCTAG-T-AAGGTTTATC--AGTCACTATGT---TA-TTAAAATTT-CAATAAC---TTT-A-ACAC-A---TAAATAATGATGA-----A----AAA--ATTT-A-ATGGCAC-T
gi|163270 : TTACAACATTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTACATGCA-A--AGAAATACCCAGTCTAG-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATGT---TA-TCAAAATTT-TACTAAC---TTTAA-ACAC-A---TAAATA------A-----------------TG-ATATGGCA--TATTTCATAAC----G----GA---G--AAACA-
gi|163271 : TTACAACCTTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTACATGCA-A--AGAAATACCCAGCCTAG-T-AAACTTTATC--AGTCACTATGT---TA-TCAAAAT------TTA--------A-ACAC-A---TAAATA------ATGATGA----AAA--ATTT--CATGACAT-TG-T---TAAC----C----AT---A--TAAGATAAAACAAa
gi|163272 : TTACAATATTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTACATACA-A--AGAAATACCCTGCCTAG-T-AAGGCTTATC--AGTCACTAT--------------------ATAAC---TTT-A-ACAC-A---TAAATA------ATGATGA----AAA--ATGT--CATGGCAT-TGTT---AACC----ATAT-AATATA--CAACA-ACAGCAAAATAAAA
gi|163273 : TTA---G-CAAAA-A-C----CTTAATAAATATT-A--AAAAACACCCAATCTAA-T-AAGGCTAATC--GGTCACTACGT---TACTTAAAATTT-CAATTA
gi|163274 : tgtagctACAACTTTA---G-CAAAA-C-T----GTTAATTAATGGT-A--AGAACTACCCTGCCTTA-T-AAGGCTTTTC--TGTCACTATTT---TA-TCAAAATTG-AAATAAC---TTC-A-GCGC-A---AACATA------A-----T----GAA--ACTTGACATGAC----ATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAATAAAATAAAA
gi|163275 : AAATATT-AGCAGAAATACTCAGTCTAA-T-ATGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAGAATTG-CAATTTC---TTT-A-AGAT-A---AATATA------A-----A----GAA--ACTT-ACATGATAT-TATT---TAAC----A----AA---A--TAACA-AGAACAAAA
gi|163276 : atgttaaatttaATGTT-A--AGATGTACCAAGCTTAA-A-AAGGCTTATC--AGTCACAATTA---TA-TAATAATTT-ATCTTAT---CTC-A-ACAT-A---AATATA------A-----A----GAA--ACTT-ACATGATAG-TATT---T-------------A---A--CATCA-AAGACAAAAAAAAAa
gi|163277 : CCCAGCCTAA-T-AAGGCTGATC--AGTTAATATTT---TA-TTAAAATTG-CAATTAC---TTC-A-ACAC-A---TATATG------A-----A----GAA--GCTT-ACATGGCAT-TATT---AAAC----ATC--GA---A---GACA-AAAACAAA
gi|163278 : CTTATC--AGTCATTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TGC-A-CCAC-A---TATAAA------A-----A----
gi|163279 : TATC--AGTAACTATTTATTTT-TAAAAATTG-CAATTAC---TAA-C-ACAC-A---AATATA------A-----A----GAA--ACTT-ACATGCCAT-NNNN---NNNN----N----NA---A--
gi|163280 : ---TA-TCAAAATAG-CAATTAC---TTC-A-ACACAA---TATGTA------A-----A----GAA--ACTT-ACATGACAT-AATT----------------AA---A--TGTCA-AAGACAAAACAAGAaa
gi|163281 : AAAATTG-CAATTAC---TAA-C-ACAC-A---AATATA------A-----A----GAA--ACTT-ACATGCCAT-TGTT---CAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|163267 ): ATTTATAACATAAGCAAACACGTTCATTAATGTTTAGATAAATTCAACCTAACAAGGTCACTAACTATCGTATTAGAAATGTAGTTACTTTAACCAAATA
Alignments
lowQualScore : 111111111
lowQualScore : 222 1 1 777777 1 33 1 1 11 0 222 1 1 222 1 1 5555 2222 333333 66666 11 1 1 222 111111111 444 33 1 0
lowQualScore : ... . . ...... . .. . . .. . ... . . ... . . .... .... ...... ..... .. . . ... ......... ... .. . .
lowQualScore : 333 3 3 111111 2 00 2 2 66 2 000 2 1 111 2 2 2222 4444 555555 11111 88 3 3 333 333333333 111 55 5 1
consensus : AGATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-C----GTTAATAAATGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TTCA-ACAC-A---NA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
Reference ( family-566 ) : AGATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-C----GTTAATAAATGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TTCA-ACAC-A---NA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
gi|163244 : AGATTGATAACATTA---G-CAATA-A-T----GTTAATAAAAGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAAAGTTG-TAATTAT---TTCA-ACAC-A---AA-A--ATA------A-----AGAA--ACGT-ACATGA-AT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
gi|163245 : AGATTTATAAC-TTA---GGCAGAA-A-T----GTTAGTAACTGTT-A--AGAAAT-CGCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TTAAAAATG-CAATTGC---TTCA-ACAC-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--CCTT-ACATAACAT-TAGT---TAAC----ATCGGAG---A--CAAAA-AGA
gi|163246 : AGATTTACAACATTA---G-CAA----------------AAATGTT-A--AGAAATACTCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-ACCAAATTG-CAATTTC---TTCA-ACAT-A---TA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TGTT---T-------------A---A--CATTG-AAGACAAAATAAAga
gi|163247 : AGATATACAACATTA---G-CAAAA-C-T----GTTAATAAATGTTTA--AGAAATATTCAGCCTAA-TTAAGG-TTATT--AATCACTATGT---TG-TCAAAATTG-CAATTAC---TCCA-ACAC-A---TA-T--GTA------A-----AGAA--ACTT-GCATAACAT-TATT---TAAC----A----
gi|163248 : AGATTTATAACA----------AAA-A-T----TTTAGTAAATGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAG-C-AAGGCTTATCTGAGTCAATATTT---TA-TAAAAATTG-CAATTTC---TTCA-ACAA-A---AA-T--ATA------A-----AGGA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAAtcgaagccagaaaa
gi|163249 : AGATGTACAACAATA---G-CAAAC-A-T----TATAATAATTGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTGATC--TGTCGCTATTT---TA-TCAAGATTG-CAATTAC---TTCA-ACAA-A---TA-C--AT-------A-----AGAT--ACTT-ACATGACAT-TGTT---TAACATCGA----AG---A--CAAAA-AAA
gi|163250 : AGATTAACAACATAA---A-CAAAA-A-T----GTAAATAAATGTT-A--AGAAGTATCCAGCCTAA-C-AAGGCTTATC--AGTCACTATGT---AA-TCAAAATTG-GTATTAC---TTCA-ACAC-A---AA-T--ATA------A-----TGAA--ACTT-ACATGACAC-TATT---TTAC----A----AA---A--CAATA-AGTACAAAATAAAAga
gi|163251 : AGATTTACAGCATTA---G-CAATA-A-T----GTTAATAAATGTT-A--AGAAATACTCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--TGTCATTATTT---------AAATTT-AATTTAT---TT---ACAC-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-AAATAACAT-TATT---TAGC----A----AA---A--TAACA-AGAACAAAATAAAA
gi|163252 : AGATTTACAATTTTG---G-CAAAA-A-T----CTAAGTAAATGTT-A--AGAAATACCTAGCCTAA-T-AAGGC----C--AGTAACTATTT---TA-TTAAAATTG-CAATTAC---TTAG-ACAC-ATATTA-T--ATA------A-----AGAC--ACTT-ATAATATAT-TATT---GAACTTCGA----AG---A--CAA-A-AGA
gi|163253 : AGATTTATACCATAA---A-CAAAA-A-T----GGTCATAA-TGTT-TT-AGAAATATCCAGCCTTA-T-AAGGCGTTTC--AGTCACTATTT---TA-TCAAGATTA-GAATTAT---TTCA-ACAT-A---AA-T--GTA------A-----AGAA--ACGT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-ATAACAAATTAAAAgaa
gi|163254 : AGAATTACACCATTA---G-CAATA-A-T----GTTAATACATGT-----------------CGTAA----AGGCGTATT--AGTCACTATTT---TA-TCAAAACTG-GAATTAT---TTCA-ACAC-A---AA-C--ACA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAG----A----AA---A--CAACA-AGATCAAAATAAA
gi|163255 : AAATTTACAGCATTA---G-CATAC-A-C----GTTAATAAGTGTT-A--AGATATA-CCAGCCTTA-T-AAGGTTTATC--AGTCACTAT-------------ATTG-CAATTAT---ATCA-ACAC-A---TA-C--ATA------A-----AGAA--AAGA-ACATTTCTT-TATT---TAAC----
gi|163256 : AGATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-C----GTTAATAAAAAGT-A--A-AAATACAAATCCTAA---AAGGCTTGTC--AGTCACTATTT---TA-CCAAAGTTC-CAA--A-----TCAGATAC-A---TG-T--AT-------A-----ATTA--ACTT-AGATGACAG-TATC---CAAC----ATC--AA---ATCCAAAA-AAAgtaggaggtaaaaacaa
gi|163257 : AAATTTACAACATTAATAG-CAAAA-A-T----GTTAAGAAGTGTT-A--AGAAATACCCAGTCTAACT-AAga
gi|163258 : AAATTAACAACATTA---G-CAAAATA-A----TCTAATAAATGCG-A--ATAAATACCAAGCCAAA-T-GAGGCTTATC--AGGC-TTATTC---T
gi|163259 : GATTTACAACAATA---G-CAAAC-A-T----GTTAATAAATGTT-A--AGAA-TATCAAGCTTAA-T-AAGGCTTATC--AGCCACTATTT---AA-CCAAAATTG-CAATTAC---TCCA-ACAC-A---AAAT--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CATCA-AGAACAAAATAAAAtgtatt
gi|163260 : ATTTACATCATTA---G-CAAAA-A-TAAATGTTAATAAATGTA-A--AGAAATACCCAGCATAA-T-AAGGCTTATC--ATTT----TTT---TA-TCAGAATTG-CAATTATGTATTTA-ACGC-A---AA-T--ACA------A-----AAAAACACTT-GCACGACAT-TTTT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AAAAGAA
gi|163261 : ATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-T----GTTAATACATGCT-A--AGAAATGCCCAGCCTAA-T-AAGACTTCTT--TGTCACTATTT---TT-TCAAAATTG-CAATTGC---TTCA-ACAA-G---TA-A--ATA------A-----
gi|163262 : ATTTACAACATAA---G-CAAAA-A-C----G-----AAATG--------------CCAGTCTAT-T-AAAACTTATC--AGTTATTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TACA-ACAT-A---TA-T--ATA------A-----ATAC--ACTT-ACCTGACAT-TATT---TAAC----A----catttatcaaccaatgcaatgacaaatataaa
gi|163263 : ATTTATAGCATTA---G-TAAAA-A-C----GTTATTAATCATT-A--AGGAATA-CCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCAT---------------AATTG-CAATTAT---TTCA-AAAC-ATC-AA-TAGATA------T-----GGAC--ACTT-ACATGACAT-AATT---TAAC----A----AAT--A--AGACA-ACAACAAttgaagacattgaaaagaaa
gi|163264 : ACTTACAAAATTA---G-CAAAA-A-G----GTTAATAAATGTT-C--AGAAATACCTAGCCTAA-T-AAGGCTTTTC--AGGTACTATTT---CA-TAAAAATC--CAATTAA---T-----CAC-----------ATA------A------------------ATAACAT-TATT---GTAC----A----A--------AACA-AGAACAAAA
gi|163265 : ATATACAACACTA---G-CAAAA-AAT----GTTTATAAATGTT-A--AGAAATACCTATCCTAT-T-TATGCTTATC--AGTTATCATGC---TC-TTGAAATTGCCAATT-C---TTCA-ACAC-A---TA-A--ATA------A-----CGAA--AATT-ATACAA-AG-AAT------AC----A----AA---AT-TAATA-ACAACGAA
gi|163266 : ATTTACAATATGA---G-CAAAA-A-CC---GTTTATAAATGTT-T--ATAACTACCCAGCCTTA-T-TAGTCGCATC--AG----TATGT---TT-TTAAAATTG-CAATCAC---TTCA-AGCC-A---TA-A--ATA------A-----ATAA--GTTT-A----ACATCTATT---CAACA---A----AA---A--CCACA---AACAA
gi|163268 : TTTATAACATAA---G-CAAAA-T-T----GTTAATAAAT------------T-CCCAACATGA-T-TAGACATATC--AGTCACTA-TT---TA-TCAAAATAG-CAATTAG---TT
gi|163269 : TTAGAACATTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTATATGC------AAAATACCAAGCCTAG-T-AAGGTTTATC--AGTCACTATGT---TA-TTAAAATTT-CAATAAC---TTTA-ACAC-A---TA-A--ATAATGATGA-----AAAA--ATTT-A-ATGGCAC-T
gi|163270 : TTACAACATTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTACATGCA-A--AGAAATACCCAGTCTAG-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATGT---TA-TCAAAATTT-TACTAAC---TTTA-A----A---CA-C--ATA------A-----ATAA----TG-ATATGGCA--TATTTCATAAC----G----GA---G--AAACA-
gi|163271 : TTACAACCTTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTACATGCA-A--AGAAATACCCAGCCTAG-T-AAACTTTATC--AGTCACTATGT---TA-TCAAAAT------TTA-------A-ACAC-A---TA-A--ATA------ATGATGAAAA--ATTT--CATGACAT-TG-T---TAAC----C----AT---A--TAAGATAAAACAAa
gi|163272 : TTACAATATTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTACATACA-A--AGAAATACCCTGCCTAG-T-AAGGCTTATC--AGTCACTAT--------------------ATAAC---TTTA-ACAC-A---TA-A--ATA------ATGATGAAAA--ATGT--CATGGCAT-TGTT---AACC----ATAT-AATATA--CAACA-ACAGCAAAATAAAA
gi|163273 : TTA---G-CAAAA-A-C----CTTAATAAATATT-A--AAAAACACCCAATCTAA-T-AAGGCTAATC--GGTCACTACGT---TACTTAAAATTT-CAATTA
gi|163274 : tgtagctACAACTTTA---G-CAAAA-C-T----GTTAATTAATGGT-A--AGAACTACCCTGCCTTA-T-AAGGCTTTTC--TGTCACTATTT---TA-TCAAAATTG-AAATAAC---TTCA-GCGC-A---AA-C--ATA------A-----TGAA--ACTTGACATGAC----ATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAATAAAATAAAA
gi|163275 : AAATATT-AGCAGAAATACTCAGTCTAA-T-ATGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAGAATTG-CAATTTC---TTTA-AGAT-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGATAT-TATT---TAAC----A----AA---A--TAACA-AGAACAAAA
gi|163276 : atgttaaatttaATGTT-A--AGATGTACCAAGCTTAA-A-AAGGCTTATC--AGTCACAATTA---TA-TAATAATTT-ATCTTAT---CTCA-ACAT-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGATAG-TATT---T-------------A---A--CATCA-AAGACAAAAAAAAAa
gi|163277 : CCCAGCCTAA-T-AAGGCTGATC--AGTTAATATTT---TA-TTAAAATTG-CAATTAC---TTCA-ACAC-A---TA-T--ATG------A-----AGAA--GCTT-ACATGGCAT-TATT---AAAC----ATC--GA---A---GACA-AAAACAAA
gi|163278 : CTTATC--AGTCATTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TGCA-CCAC-A---TA-T--AAA------A-----A
gi|163279 : TATC--AGTAACTATTTATTTT-TAAAAATTG-CAATTAC---TAAC-ACAC-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGCCAT-NNNN---NNNN----N----NA---A--
gi|163280 : ---TA-TCAAAATAG-CAATTAC---TTCA-ACACAA---TA-T--GTA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-AATT----------------AA---A--TGTCA-AAGACAAAACAAGAaa
gi|163281 : AAAATTG-CAATTAC---TAAC-ACAC-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGCCAT-TGTT---CAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|163267 ): ATTTATAACATAAGCAAACACGTTCATTAATGTTTAGATAAATTCAACCTAACAAGGTCACTAACTATCGTATTAGAAATGTAGTTACTTTAACCAAATA
Alignments
lowQualScore : 111111111
lowQualScore : 222 1 1 777777 1 33 1 1 11 0 222 1 1 222 1 1 5555 2222 333333 66666 11 1 1 222 111111111 444 33 1 0
lowQualScore : ... . . ...... . .. . . .. . ... . . ... . . .... .... ...... ..... .. . . ... ......... ... .. . .
lowQualScore : 333 3 3 111111 2 00 2 2 66 2 000 2 1 111 2 2 2222 4444 555555 11111 88 3 3 333 333333333 111 55 5 1
consensus : AGATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-C----GTTAATAAATGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TTCA-ACAC-A---NA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
Reference ( family-566 ) : AGATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-C----GTTAATAAATGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TTCA-ACAC-A---NA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
gi|163244 : AGATTGATAACATTA---G-CAATA-A-T----GTTAATAAAAGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAAAGTTG-TAATTAT---TTCA-ACAC-A---AA-A--ATA------A-----AGAA--ACGT-ACATGA-AT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
gi|163245 : AGATTTATAAC-TTA---GGCAGAA-A-T----GTTAGTAACTGTT-A--AGAAAT-CGCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TTAAAAATG-CAATTGC---TTCA-ACAC-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--CCTT-ACATAACAT-TAGT---TAAC----ATCGGAG---A--CAAAA-AGA
gi|163246 : AGATTTACAACATTA---G-CAA----------------AAATGTT-A--AGAAATACTCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-ACCAAATTG-CAATTTC---TTCA-ACAT-A---TA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TGTT---T-------------A---A--CATTG-AAGACAAAATAAAga
gi|163247 : AGATATACAACATTA---G-CAAAA-C-T----GTTAATAAATGTTTA--AGAAATATTCAGCCTAA-TTAAGG-TTATT--AATCACTATGT---TG-TCAAAATTG-CAATTAC---TCCA-ACAC-A---TA-T--GTA------A-----AGAA--ACTT-GCATAACAT-TATT---TAAC----A----
gi|163248 : AGATTTATAACA----------AAA-A-T----TTTAGTAAATGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAG-C-AAGGCTTATCTGAGTCAATATTT---TA-TAAAAATTG-CAATTTC---TTCA-ACAA-A---AA-T--ATA------A-----AGGA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAAtcgaagccagaaaa
gi|163249 : AGATGTACAACAATA---G-CAAAC-A-T----TATAATAATTGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTGATC--TGTCGCTATTT---TA-TCAAGATTG-CAATTAC---TTCA-ACAA-A---TA-C--AT-------A-----AGAT--ACTT-ACATGACAT-TGTT---TAACATCGA----AG---A--CAAAA-AAA
gi|163250 : AGATTAACAACATAA---A-CAAAA-A-T----GTAAATAAATGTT-A--AGAAGTATCCAGCCTAA-C-AAGGCTTATC--AGTCACTATGT---AA-TCAAAATTG-GTATTAC---TTCA-ACAC-A---AA-T--ATA------A-----TGAA--ACTT-ACATGACAC-TATT---TTAC----A----AA---A--CAATA-AGTACAAAATAAAAga
gi|163251 : AGATTTACAGCATTA---G-CAATA-A-T----GTTAATAAATGTT-A--AGAAATACTCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--TGTCATTATTT---------AAATTT-AATTTAT---TT---ACAC-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-AAATAACAT-TATT---TAGC----A----AA---A--TAACA-AGAACAAAATAAAA
gi|163252 : AGATTTACAATTTTG---G-CAAAA-A-T----CTAAGTAAATGTT-A--AGAAATACCTAGCCTAA-T-AAGGC----C--AGTAACTATTT---TA-TTAAAATTG-CAATTAC---TTAG-ACAC-ATATTA-T--ATA------A-----AGAC--ACTT-ATAATATAT-TATT---GAACTTCGA----AG---A--CAA-A-AGA
gi|163253 : AGATTTATACCATAA---A-CAAAA-A-T----GGTCATAA-TGTT-TT-AGAAATATCCAGCCTTA-T-AAGGCGTTTC--AGTCACTATTT---TA-TCAAGATTA-GAATTAT---TTCA-ACAT-A---AA-T--GTA------A-----AGAA--ACGT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-ATAACAAATTAAAAgaa
gi|163254 : AGAATTACACCATTA---G-CAATA-A-T----GTTAATACATGT-----------------CGTAA----AGGCGTATT--AGTCACTATTT---TA-TCAAAACTG-GAATTAT---TTCA-ACAC-A---AA-C--ACA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAG----A----AA---A--CAACA-AGATCAAAATAAA
gi|163255 : AAATTTACAGCATTA---G-CATAC-A-C----GTTAATAAGTGTT-A--AGATATA-CCAGCCTTA-T-AAGGTTTATC--AGTCACTAT-------------ATTG-CAATTAT---ATCA-ACAC-A---TA-C--ATA------A-----AGAA--AAGA-ACATTTCTT-TATT---TAAC----
gi|163256 : AGATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-C----GTTAATAAAAAGT-A--A-AAATACAAATCCTAA---AAGGCTTGTC--AGTCACTATTT---TA-CCAAAGTTC-CAA--A-----TCAGATAC-A---TG-T--AT-------A-----ATTA--ACTT-AGATGACAG-TATC---CAAC----ATC--AA---ATCCAAAA-AAAgtaggaggtaaaaacaa
gi|163257 : AAATTTACAACATTAATAG-CAAAA-A-T----GTTAAGAAGTGTT-A--AGAAATACCCAGTCTAACT-AAga
gi|163258 : AAATTAACAACATTA---G-CAAAATA-A----TCTAATAAATGCG-A--ATAAATACCAAGCCAAA-T-GAGGCTTATC--AGGC-TTATTC---T
gi|163259 : GATTTACAACAATA---G-CAAAC-A-T----GTTAATAAATGTT-A--AGAA-TATCAAGCTTAA-T-AAGGCTTATC--AGCCACTATTT---AA-CCAAAATTG-CAATTAC---TCCA-ACAC-A---AAAT--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CATCA-AGAACAAAATAAAAtgtatt
gi|163260 : ATTTACATCATTA---G-CAAAA-A-TAAATGTTAATAAATGTA-A--AGAAATACCCAGCATAA-T-AAGGCTTATC--ATTT----TTT---TA-TCAGAATTG-CAATTATGTATTTA-ACGC-A---AA-T--ACA------A-----AAAAACACTT-GCACGACAT-TTTT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AAAAGAA
gi|163261 : ATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-T----GTTAATACATGCT-A--AGAAATGCCCAGCCTAA-T-AAGACTTCTT--TGTCACTATTT---TT-TCAAAATTG-CAATTGC---TTCA-ACAA-G---TA-A--ATA------A-----
gi|163262 : ATTTACAACATAA---G-CAAAA-A-C----G-----AAATG--------------CCAGTCTAT-T-AAAACTTATC--AGTTATTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TACA-ACAT-A---TA-T--ATA------A-----ATAC--ACTT-ACCTGACAT-TATT---TAAC----A----catttatcaaccaatgcaatgacaaatataaa
gi|163263 : ATTTATAGCATTA---G-TAAAA-A-C----GTTATTAATCATT-A--AGGAATA-CCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCAT---------------AATTG-CAATTAT---TTCA-AAAC-ATC-AA-TAGATA------T-----GGAC--ACTT-ACATGACAT-AATT---TAAC----A----AAT--A--AGACA-ACAACAAttgaagacattgaaaagaaa
gi|163264 : ACTTACAAAATTA---G-CAAAA-A-G----GTTAATAAATGTT-C--AGAAATACCTAGCCTAA-T-AAGGCTTTTC--AGGTACTATTT---CA-TAAAAATC--CAATTAA---T-----CAC-----------ATA------A------------------ATAACAT-TATT---GTAC----A----A--------AACA-AGAACAAAA
gi|163265 : ATATACAACACTA---G-CAAAA-AAT----GTTTATAAATGTT-A--AGAAATACCTATCCTAT-T-TATGCTTATC--AGTTATCATGC---TC-TTGAAATTGCCAATT-C---TTCA-ACAC-A---TA-A--ATA------A-----CGAA--AATT-ATACAA-AG-AAT------AC----A----AA---AT-TAATA-ACAACGAA
gi|163266 : ATTTACAATATGA---G-CAAAA-A-CC---GTTTATAAATGTT-T--ATAACTACCCAGCCTTA-T-TAGTCGCATC--AG----TATGT---TT-TTAAAATTG-CAATCAC---TTCA-AGCC-A---TA-A--ATA------A-----ATAA--GTTT-A----ACATCTATT---CAACA---A----AA---A--CCACA---AACAA
gi|163268 : TTTATAACATAA---G-CAAAA-T-T----GTTAATAAAT------------T-CCCAACATGA-T-TAGACATATC--AGTCACTA-TT---TA-TCAAAATAG-CAATTAG---TT
gi|163269 : TTAGAACATTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTATATGC------AAAATACCAAGCCTAG-T-AAGGTTTATC--AGTCACTATGT---TA-TTAAAATTT-CAATAAC---TTTA-ACAC-A---TA-A--ATAATGATGA-----AAAA--ATTT-A-ATGGCAC-T
gi|163270 : TTACAACATTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTACATGCA-A--AGAAATACCCAGTCTAG-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATGT---TA-TCAAAATTT-TACTAAC---TTTA-A----A---CA-C--ATA------A-----ATAA----TG-ATATGGCA--TATTTCATAAC----G----GA---G--AAACA-
gi|163271 : TTACAACCTTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTACATGCA-A--AGAAATACCCAGCCTAG-T-AAACTTTATC--AGTCACTATGT---TA-TCAAAAT------TTA-------A-ACAC-A---TA-A--ATA------ATGATGAAAA--ATTT--CATGACAT-TG-T---TAAC----C----AT---A--TAAGATAAAACAAa
gi|163272 : TTACAATATTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTACATACA-A--AGAAATACCCTGCCTAG-T-AAGGCTTATC--AGTCACTAT--------------------ATAAC---TTTA-ACAC-A---TA-A--ATA------ATGATGAAAA--ATGT--CATGGCAT-TGTT---AACC----ATAT-AATATA--CAACA-ACAGCAAAATAAAA
gi|163273 : TTA---G-CAAAA-A-C----CTTAATAAATATT-A--AAAAACACCCAATCTAA-T-AAGGCTAATC--GGTCACTACGT---TACTTAAAATTT-CAATTA
gi|163274 : tgtagctACAACTTTA---G-CAAAA-C-T----GTTAATTAATGGT-A--AGAACTACCCTGCCTTA-T-AAGGCTTTTC--TGTCACTATTT---TA-TCAAAATTG-AAATAAC---TTCA-GCGC-A---AA-C--ATA------A-----TGAA--ACTTGACATGAC----ATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAATAAAATAAAA
gi|163275 : AAATATT-AGCAGAAATACTCAGTCTAA-T-ATGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAGAATTG-CAATTTC---TTTA-AGAT-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGATAT-TATT---TAAC----A----AA---A--TAACA-AGAACAAAA
gi|163276 : atgttaaatttaATGTT-A--AGATGTACCAAGCTTAA-A-AAGGCTTATC--AGTCACAATTA---TA-TAATAATTT-ATCTTAT---CTCA-ACAT-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGATAG-TATT---T-------------A---A--CATCA-AAGACAAAAAAAAAa
gi|163277 : CCCAGCCTAA-T-AAGGCTGATC--AGTTAATATTT---TA-TTAAAATTG-CAATTAC---TTCA-ACAC-A---TA-T--ATG------A-----AGAA--GCTT-ACATGGCAT-TATT---AAAC----ATC--GA---A---GACA-AAAACAAA
gi|163278 : CTTATC--AGTCATTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TGCA-CCAC-A---TA-T--AAA------A-----A
gi|163279 : TATC--AGTAACTATTTATTTT-TAAAAATTG-CAATTAC---TAAC-ACAC-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGCCAT-NNNN---NNNN----N----NA---A--
gi|163280 : ---TA-TCAAAATAG-CAATTAC---TTCA-ACACAA---TA-T--GTA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-AATT----------------AA---A--TGTCA-AAGACAAAACAAGAaa
gi|163281 : AAAATTG-CAATTAC---TAAC-ACAC-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGCCAT-TGTT---CAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
blockSeqs : ATA G T TAAAT T GC C T TG ATT C C GTA G A TATT TAG ATGATG TGATG AC G C TCA ATCGG TAT TC T
blockSeqs : . . . AT . T . . . . . . . . . TCA AT . TGATG . . . . ATCGA T T .
blockSeqs : . . . CC . . . . . . . . . . . A T . . . . . . TTCGA . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . T T . . . . . . ATAT . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . T T . . . . . . ATC . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . A T . . . . . . ATC . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . T C . . . . . . AA . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . A T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . A T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . A T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . A T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . T C . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . T C . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . A T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . A T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . T A . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . T T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . T A . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . T A . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . T A . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . C C . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . T A . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . T A . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . A C . . . . . . N . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . A T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . T T . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . T T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : AGATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-C----GTTAATAAATGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TTCA-ACAC-A---NA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
finalCons : AGATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-C----GTTAATAAATGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TTCA-ACAC-A---NA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|163267 ): ATTTATAACATAAGCAAACACGTTCATTAATGTTTAGATAAATTCAACCTAACAAGGTCACTAACTATCGTATTAGAAATGTAGTTACTTTAACCAAATA
Alignments
lowQualScore : 111111111
lowQualScore : 222 1 1 777777 1 33 1 1 11 0 222 1 1 222 1 1 5555 2222 333333 66666 11 1 1 222 111111111 444 33 1 0
lowQualScore : ... . . ...... . .. . . .. . ... . . ... . . .... .... ...... ..... .. . . ... ......... ... .. . .
lowQualScore : 333 3 3 111111 2 00 2 2 66 2 000 2 1 111 2 2 2222 4444 555555 11111 88 3 3 333 333333333 111 55 5 1
consensus : AGATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-C----GTTAATAAATGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TTCA-ACAC-A---NA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
Reference ( family-566 ) : AGATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-C----GTTAATAAATGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TTCA-ACAC-A---NA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
gi|163244 : AGATTGATAACATTA---G-CAATA-A-T----GTTAATAAAAGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAAAGTTG-TAATTAT---TTCA-ACAC-A---AA-A--ATA------A-----AGAA--ACGT-ACATGA-AT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
gi|163245 : AGATTTATAAC-TTA---GGCAGAA-A-T----GTTAGTAACTGTT-A--AGAAAT-CGCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TTAAAAATG-CAATTGC---TTCA-ACAC-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--CCTT-ACATAACAT-TAGT---TAAC----ATCGGAG---A--CAAAA-AGA
gi|163246 : AGATTTACAACATTA---G-CAA----------------AAATGTT-A--AGAAATACTCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-ACCAAATTG-CAATTTC---TTCA-ACAT-A---TA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TGTT---T-------------A---A--CATTG-AAGACAAAATAAAga
gi|163247 : AGATATACAACATTA---G-CAAAA-C-T----GTTAATAAATGTTTA--AGAAATATTCAGCCTAA-TTAAGG-TTATT--AATCACTATGT---TG-TCAAAATTG-CAATTAC---TCCA-ACAC-A---TA-T--GTA------A-----AGAA--ACTT-GCATAACAT-TATT---TAAC----A----
gi|163248 : AGATTTATAACA----------AAA-A-T----TTTAGTAAATGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAG-C-AAGGCTTATCTGAGTCAATATTT---TA-TAAAAATTG-CAATTTC---TTCA-ACAA-A---AA-T--ATA------A-----AGGA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAAtcgaagccagaaaa
gi|163249 : AGATGTACAACAATA---G-CAAAC-A-T----TATAATAATTGTT-A--AGAAATACCCAGCCTAA-T-AAGGCTGATC--TGTCGCTATTT---TA-TCAAGATTG-CAATTAC---TTCA-ACAA-A---TA-C--AT-------A-----AGAT--ACTT-ACATGACAT-TGTT---TAACATCGA----AG---A--CAAAA-AAA
gi|163250 : AGATTAACAACATAA---A-CAAAA-A-T----GTAAATAAATGTT-A--AGAAGTATCCAGCCTAA-C-AAGGCTTATC--AGTCACTATGT---AA-TCAAAATTG-GTATTAC---TTCA-ACAC-A---AA-T--ATA------A-----TGAA--ACTT-ACATGACAC-TATT---TTAC----A----AA---A--CAATA-AGTACAAAATAAAAga
gi|163251 : AGATTTACAGCATTA---G-CAATA-A-T----GTTAATAAATGTT-A--AGAAATACTCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--TGTCATTATTT---------AAATTT-AATTTAT---TT---ACAC-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-AAATAACAT-TATT---TAGC----A----AA---A--TAACA-AGAACAAAATAAAA
gi|163252 : AGATTTACAATTTTG---G-CAAAA-A-T----CTAAGTAAATGTT-A--AGAAATACCTAGCCTAA-T-AAGGC----C--AGTAACTATTT---TA-TTAAAATTG-CAATTAC---TTAG-ACAC-ATATTA-T--ATA------A-----AGAC--ACTT-ATAATATAT-TATT---GAACTTCGA----AG---A--CAA-A-AGA
gi|163253 : AGATTTATACCATAA---A-CAAAA-A-T----GGTCATAA-TGTT-TT-AGAAATATCCAGCCTTA-T-AAGGCGTTTC--AGTCACTATTT---TA-TCAAGATTA-GAATTAT---TTCA-ACAT-A---AA-T--GTA------A-----AGAA--ACGT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-ATAACAAATTAAAAgaa
gi|163254 : AGAATTACACCATTA---G-CAATA-A-T----GTTAATACATGT-----------------CGTAA----AGGCGTATT--AGTCACTATTT---TA-TCAAAACTG-GAATTAT---TTCA-ACAC-A---AA-C--ACA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAG----A----AA---A--CAACA-AGATCAAAATAAA
gi|163255 : AAATTTACAGCATTA---G-CATAC-A-C----GTTAATAAGTGTT-A--AGATATA-CCAGCCTTA-T-AAGGTTTATC--AGTCACTAT-------------ATTG-CAATTAT---ATCA-ACAC-A---TA-C--ATA------A-----AGAA--AAGA-ACATTTCTT-TATT---TAAC----
gi|163256 : AGATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-C----GTTAATAAAAAGT-A--A-AAATACAAATCCTAA---AAGGCTTGTC--AGTCACTATTT---TA-CCAAAGTTC-CAA--A-----TCAGATAC-A---TG-T--AT-------A-----ATTA--ACTT-AGATGACAG-TATC---CAAC----ATC--AA---ATCCAAAA-AAAgtaggaggtaaaaacaa
gi|163257 : AAATTTACAACATTAATAG-CAAAA-A-T----GTTAAGAAGTGTT-A--AGAAATACCCAGTCTAACT-AAga
gi|163258 : AAATTAACAACATTA---G-CAAAATA-A----TCTAATAAATGCG-A--ATAAATACCAAGCCAAA-T-GAGGCTTATC--AGGC-TTATTC---T
gi|163259 : GATTTACAACAATA---G-CAAAC-A-T----GTTAATAAATGTT-A--AGAA-TATCAAGCTTAA-T-AAGGCTTATC--AGCCACTATTT---AA-CCAAAATTG-CAATTAC---TCCA-ACAC-A---AAAT--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-TATT---TAAC----A----AA---A--CATCA-AGAACAAAATAAAAtgtatt
gi|163260 : ATTTACATCATTA---G-CAAAA-A-TAAATGTTAATAAATGTA-A--AGAAATACCCAGCATAA-T-AAGGCTTATC--ATTT----TTT---TA-TCAGAATTG-CAATTATGTATTTA-ACGC-A---AA-T--ACA------A-----AAAAACACTT-GCACGACAT-TTTT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AAAAGAA
gi|163261 : ATTTACAACATTA---G-CAAAA-A-T----GTTAATACATGCT-A--AGAAATGCCCAGCCTAA-T-AAGACTTCTT--TGTCACTATTT---TT-TCAAAATTG-CAATTGC---TTCA-ACAA-G---TA-A--ATA------A-----
gi|163262 : ATTTACAACATAA---G-CAAAA-A-C----G-----AAATG--------------CCAGTCTAT-T-AAAACTTATC--AGTTATTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TACA-ACAT-A---TA-T--ATA------A-----ATAC--ACTT-ACCTGACAT-TATT---TAAC----A----catttatcaaccaatgcaatgacaaatataaa
gi|163263 : ATTTATAGCATTA---G-TAAAA-A-C----GTTATTAATCATT-A--AGGAATA-CCAGCCTAA-T-AAGGCTTATC--AGTCAT---------------AATTG-CAATTAT---TTCA-AAAC-ATC-AA-TAGATA------T-----GGAC--ACTT-ACATGACAT-AATT---TAAC----A----AAT--A--AGACA-ACAACAAttgaagacattgaaaagaaa
gi|163264 : ACTTACAAAATTA---G-CAAAA-A-G----GTTAATAAATGTT-C--AGAAATACCTAGCCTAA-T-AAGGCTTTTC--AGGTACTATTT---CA-TAAAAATC--CAATTAA---T-----CAC-----------ATA------A------------------ATAACAT-TATT---GTAC----A----A--------AACA-AGAACAAAA
gi|163265 : ATATACAACACTA---G-CAAAA-AAT----GTTTATAAATGTT-A--AGAAATACCTATCCTAT-T-TATGCTTATC--AGTTATCATGC---TC-TTGAAATTGCCAATT-C---TTCA-ACAC-A---TA-A--ATA------A-----CGAA--AATT-ATACAA-AG-AAT------AC----A----AA---AT-TAATA-ACAACGAA
gi|163266 : ATTTACAATATGA---G-CAAAA-A-CC---GTTTATAAATGTT-T--ATAACTACCCAGCCTTA-T-TAGTCGCATC--AG----TATGT---TT-TTAAAATTG-CAATCAC---TTCA-AGCC-A---TA-A--ATA------A-----ATAA--GTTT-A----ACATCTATT---CAACA---A----AA---A--CCACA---AACAA
gi|163268 : TTTATAACATAA---G-CAAAA-T-T----GTTAATAAAT------------T-CCCAACATGA-T-TAGACATATC--AGTCACTA-TT---TA-TCAAAATAG-CAATTAG---TT
gi|163269 : TTAGAACATTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTATATGC------AAAATACCAAGCCTAG-T-AAGGTTTATC--AGTCACTATGT---TA-TTAAAATTT-CAATAAC---TTTA-ACAC-A---TA-A--ATAATGATGA-----AAAA--ATTT-A-ATGGCAC-T
gi|163270 : TTACAACATTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTACATGCA-A--AGAAATACCCAGTCTAG-T-AAGGCTTATC--AGTCACTATGT---TA-TCAAAATTT-TACTAAC---TTTA-A----A---CA-C--ATA------A-----ATAA----TG-ATATGGCA--TATTTCATAAC----G----GA---G--AAACA-
gi|163271 : TTACAACCTTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTACATGCA-A--AGAAATACCCAGCCTAG-T-AAACTTTATC--AGTCACTATGT---TA-TCAAAAT------TTA-------A-ACAC-A---TA-A--ATA------ATGATGAAAA--ATTT--CATGACAT-TG-T---TAAC----C----AT---A--TAAGATAAAACAAa
gi|163272 : TTACAATATTT---G-CAAAA-G-C----GTTAGTACATACA-A--AGAAATACCCTGCCTAG-T-AAGGCTTATC--AGTCACTAT--------------------ATAAC---TTTA-ACAC-A---TA-A--ATA------ATGATGAAAA--ATGT--CATGGCAT-TGTT---AACC----ATAT-AATATA--CAACA-ACAGCAAAATAAAA
gi|163273 : TTA---G-CAAAA-A-C----CTTAATAAATATT-A--AAAAACACCCAATCTAA-T-AAGGCTAATC--GGTCACTACGT---TACTTAAAATTT-CAATTA
gi|163274 : tgtagctACAACTTTA---G-CAAAA-C-T----GTTAATTAATGGT-A--AGAACTACCCTGCCTTA-T-AAGGCTTTTC--TGTCACTATTT---TA-TCAAAATTG-AAATAAC---TTCA-GCGC-A---AA-C--ATA------A-----TGAA--ACTTGACATGAC----ATT---TAAC----A----AA---A--CAACA-AGAATAAAATAAAA
gi|163275 : AAATATT-AGCAGAAATACTCAGTCTAA-T-ATGGCTTATC--AGTCACTATTT---TA-TCAGAATTG-CAATTTC---TTTA-AGAT-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGATAT-TATT---TAAC----A----AA---A--TAACA-AGAACAAAA
gi|163276 : atgttaaatttaATGTT-A--AGATGTACCAAGCTTAA-A-AAGGCTTATC--AGTCACAATTA---TA-TAATAATTT-ATCTTAT---CTCA-ACAT-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGATAG-TATT---T-------------A---A--CATCA-AAGACAAAAAAAAAa
gi|163277 : CCCAGCCTAA-T-AAGGCTGATC--AGTTAATATTT---TA-TTAAAATTG-CAATTAC---TTCA-ACAC-A---TA-T--ATG------A-----AGAA--GCTT-ACATGGCAT-TATT---AAAC----ATC--GA---A---GACA-AAAACAAA
gi|163278 : CTTATC--AGTCATTATTT---TA-TCAAAATTG-CAATTAC---TGCA-CCAC-A---TA-T--AAA------A-----A
gi|163279 : TATC--AGTAACTATTTATTTT-TAAAAATTG-CAATTAC---TAAC-ACAC-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGCCAT-NNNN---NNNN----N----NA---A--
gi|163280 : ---TA-TCAAAATAG-CAATTAC---TTCA-ACACAA---TA-T--GTA------A-----AGAA--ACTT-ACATGACAT-AATT----------------AA---A--TGTCA-AAGACAAAACAAGAaa
gi|163281 : AAAATTG-CAATTAC---TAAC-ACAC-A---AA-T--ATA------A-----AGAA--ACTT-ACATGCCAT-TGTT---CAAC----A----AA---A--CAACA-AGAACAAAATAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|163267 ): ATTTATAACATAAGCAAACACGTTCATTAATGTTTAGATAAATTCAACCTAACAAGGTCACTAACTATCGTATTAGAAATGTAGTTACTTTAACCAAATA