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Reference ( gi|21856 )        : CCTGCATGTAATTTTGA---C---CCAGA-GGGTGAGAT-TTTTCTATCCCA-----CATGGATGA-ACTC----ATG-AT-GGATTTT
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Reference ( family-565 )      : CCTGCATGTAATTTTGACCCNNC-GGGTGAGAT-TTTTCT-ATCCCA-----CATG-GA--T--ACTC----ATG-AT---GGATTCT
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gi|21865                      : CCTGCAAGTAATTTTGACACTTC-AGGTGAGGT-TTCTCT-ATCCCA-----TATC-AA--T--ACTC----ATA-ATAACAGATTCTt
gi|21866                      : CCTGCATGTAGTTTTGACAAAGA-GGGTGAGAT-TTCTCT-ATCCCACATTGCATG-GATGT--ACTC----ATG-AT---GGATTTTt
gi|21867                      : CCTACATGCAATTTCTACCCAAC-GGGTGTGAC-ATGTCA-AGTCAA-----CACG-GA--T--ACTC----ATG-AT---t
gi|21868                      : CCAGTATGTAATTTTGACCCCTC-GAGTGAGAT-TTTTCT-ATCCTA-----CAAT-AA--C--ACTC----ATA-AA---TAATTCT
gi|21869                      : CCTGAATGTTATTTTGACCCGTT-GAGCGAGAT-ATTTCT-ATCCCA-----TATT-GA--C--GCTCA---ATG-GT---GGATTCt
gi|21870                      : CCTTCATGTAATTTTGACCCCAT-GGGTGAGAT-TTTTC-------------CATG-GA--T--GCTA----ATG-AT---GGTTTCTct
gi|21871                      : CCTGCATGTAATGTTGACCCAGA-GAGCAAGATGTTTTTT-CTCCCA-----CATG-GA--TAAACTC----CTG-AT---GGATt
gi|21872                      : CCTACATGTAATTTCGACCCCTG-GGGTGAGAT-TTGGCT-AATGCA-----CATG-GG--T--CTTC----AAG-AT---GAGTCCcttt
gi|21873                      : CCTGTATGTAATTTTGAGCCAGA-GAGTGAGGT-TTTTCT-ATCCCA-----CATGAAA--TA-ACTC----GTG-AT---
gi|21874                      : CCTGCATATAACAGTCACCCCTT-GGATGAGAT-TTTTTTTATCCTG-----CATG-AA--T--ACTC----ATT-AT---GTTTTCTttattttt
gi|21875                      :  CTGCGTGCAATTTTGATCCTTT-GGGTGAGAT-ATTACC-ATCCCG-----CAAG-GA--T--ACTC----ATG-GT---GGATTCTt
gi|21876                      :  CTGCATGAAGTTCTGACATCGA-GGGTGAGAT-TTTTCT-ATCCCA-----CATG-GA--TCAACTC----ATG-AT---GGATTTTt
gi|21877                      :  CTGCAAGATATTTTGACCCCTT-CGATGAGAT-TTTTCA-ATCTCA-----TATG-GA--T--ACTC----ATGTATC--GGATTCTt
gi|21878                      :   TGCGTGTAATTTCGTCCCCTC-GGGTTAGAT-ATTTCT-ATCCCG-----CATG-GA--T--ACTC----ATG-AT---GGATTCTt
gi|21879                      :   TGCATGTAATTTTGAC------GGGTGAGAT-TTTTCT-ATCCCA-----CATG-GA--T--ACGC----ATG-AT---GAAGTCt
gi|21880                      :   TGCATGTAATTTTGACCTAGA-GGGTGATGT-ATTTCT-AGC--------TATG-GA--T--ACTC----ATT-AT---GG
gi|21881                      :    GCGTGTAATTTTGACCCAGA-GGGTGAGAT-TTTTCT-GTCCCA-----CATG-GA--TGAACTC----GTG-AT---
gi|21882                      :       TGTAATTTTGACCCCTC-AGGTGAGAT-ATTTCT-AT-CCA-----AATG-GA--T--ACTCATGAATG-AT---GGATTCT
gi|21883                      :       TGTAATTTTGACCAAGG-GGGTAAGAT-TTGTCT-ATTCAA-----CATG-GA--TGAACTG----ATG-AT---GGATTTTt
gi|21884                      :       TGTAATTTTGAACC-----------AT-TTTTCT-ATCCTA-----CATG-GA--T--ACTC----ATG-AT---GGATTCT
gi|21885                      :             TTCAACACCTC-GGGTGAGAT-GTTTCT-ATCCCA-----CACT-GA--T--ATTC----ATG-AT---GGATTCTt
gi|21886                      :                        -GGACAAGAT-ATTTCT-ATCCCA-----CATG-GA--T--GCTC----ATA-AT---GGATTCTt
gi|21887                      :                                AT-TTTTCT-ATCCCA-----CATG-GA--T--ACTC----ATG-AT---GGATTCTt


blockSeqs                     :                     AGAA         GT     T      CATTG    A  TG GA    ATGA   T  AAC
blockSeqs                     :                     CTT          T      .      .        .  .  GA    A      .  C  
blockSeqs                     :                     CTC          A      .      .        .  .  AA    .      .  .  
blockSeqs                     :                     AGA          T      .      .        .  .  GA    .      .  .  
blockSeqs                     :                     CTC          T      .      .        .  .  GA    .      .  .  
blockSeqs                     :                     AGA          A      .      .        .  .  GA    .      .  .  
blockSeqs                     :                     CTC          T      .      .        .  .  AA    .      .  .  
blockSeqs                     :                     CTC          A      .      .        .  .  CA    .      .  .  
blockSeqs                     :                     AAA          T      .      .        .  .  GA    .      .  .  
blockSeqs                     :                     CTC          T      .      .        .  .  GA    .      .  .  
blockSeqs                     :                     AGA          A      .      .        .  .  A     .      .  .  
blockSeqs                     :                     AGA          A      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     TTC          T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     AGA          T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     AAC          T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     CTC          T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     GTT          T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     CAT          A      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     AGA          T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     CTG          A      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     AGA          T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     CTT          T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     TTT          T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     CGA          T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     CTT          A      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     CTC          T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     AGA          T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     AGA          A      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     CTC          T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     AGG          A      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     CTC          T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     GA           A      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     TT           T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     .            T      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                     .            G      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                                  A      .      .        .  .  .     .      .  .  
blockSeqs                     :                                  T      .      .        .  .  .     .      .  .  


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CCTGCATGTAATTTTGACCCNNC-GGGTGAGAT-TTTTCT-ATCCCA-----CATG-GA--T--ACTC----ATG-AT---GGATTCT
finalCons                     : CCTGCATGTAATTTTGACCCNNC-GGGTGAGAT-TTTTCT-ATCCCA-----CATG-GA--T--ACTC----ATG-AT---GGATTCT





Alignments
lowQualScore                  :                     1111                                      11                        
lowQualScore                  :                     2222         11     1      22222    1  11 55    3333   1  222       
lowQualScore                  :                     ....         ..     .      .....    .  .. ..    ....   .  ...       
lowQualScore                  :                     3333         66     1      66666    1  44 55    3333   1  999       
consensus                     : CCTGCATGTAATTTTGACCCNNC-GGGTGAGAT-TTTTCT-ATCCCA-----CATG-GA--T--ACTC----ATG-AT---GGATTCT
Reference ( family-565 )      : CCTGCATGTAATTTTGACCCNNC-GGGTGAGAT-TTTTCT-ATCCCA-----CATG-GA--T--ACTC----ATG-AT---GGATTCT
gi|21850                      : CCTGCATGTAATTTCAACCCCTT-GGGTGAGAT-ATTTCT-ATCCCA-----CACG-GA--T--ACTC----ATG-AT---GGATTCT
gi|21851                      : CCTGCATATAATTTTGACACGA--GGGTGAGAT-TTTTCT-ATCCCA-----CACA-GA--T--ACTC----ATG-AT---GGt
gi|21852                      : CCTGCATGTAATTTCAACCCCTT-GGGTGAGAT-ATTTCT-ATCCAA-----CACG-GA--T--ACTT----ATG-AA---GGATTCT
gi|21853                      : CCTGCATGTAATTTCGATCCCTC-AGATGAGAT-TTTTCT-ATCCAA-----CAGA-GA--A--ACTC----ATG-AT---GGATTCTt
gi|21854                      : CCTGCATGTAAGTTTGACCCAGA-TGGTGAGAT-TTTTCT-TTCCCA-----CATG-GA--TGAATTC----ATA-AT---t
gi|21855                      : CCTGCATGTAATTTCGACACCTC-AGGCGAGAT-ATTTTT-ATCCCA-----CACG-GA--A--ACGC----ATG-AT---GGATTCT
gi|21856                      : CCTGCATGTAATTTTGACCCAGA-GGGTGAGAT-TTTTCT-ATCCCA-----CATG-GA--TGAACTC----ATG-AT---GGATTTTt
gi|21857                      : CCTGCATGTAATTTTGACCTCTC-GGGTGAGGT-ATTTAT-ATCCTG-----CATG-GA--T--ACTC----ATC-AT---GAATTCT
gi|21858                      : CTTGCATGTAATTTTAACCCCTC-GGGTGAGAT-TATTTT-AT-TTA-----CACA-GA--T--ACTC----ATG-AT---GGGTTCTt
gi|21859                      : CCTGCATGTAATTTTGGCCCAAA-TGGTTAGAT-TTTTTT-ATACCA-----CATG-GA--TAAACTC----ATG-AT---GTATTTTt
gi|21860                      : CCTGTGTGTAATTTCGACCCCTC-TGGCGAGAT-ATATTT-ATCCCA-----CACG-GA--C--ACTC----ATA-GT---GGATTCTt
gi|21861                      : CCTGCATGTAATTTTGACCCTT--GGGTAAGAT-ATTACT-ATCCCA-----CATG-GA--T--ACTA----ATT-AT---TAATTCTt
gi|21862                      : CCAGTATGTAATTTTGATCCAGAAGGGTGAGAT-TTTTCT-ATCCCA-----CATG-GA--TGAACTC----ATG-AT---GGATTTTt
gi|21863                      : CCTGCATGTTATTTTGATCCAGA-GGATGGGAT-TTTTCT-ATCCAA-----CATG-GA--TGAACTC----ATA-AT---GGATTt
gi|21864                      : CCTGCATGTAATTTTGATCCAGA-GGGTGAGAT-TTTTCT-CTCCTA-----CATG-AA--TGAACTT----GTG-AT---GGATTTTatt
gi|21865                      : CCTGCAAGTAATTTTGACACTTC-AGGTGAGGT-TTCTCT-ATCCCA-----TATC-AA--T--ACTC----ATA-ATAACAGATTCTt
gi|21866                      : CCTGCATGTAGTTTTGACAAAGA-GGGTGAGAT-TTCTCT-ATCCCACATTGCATG-GATGT--ACTC----ATG-AT---GGATTTTt
gi|21867                      : CCTACATGCAATTTCTACCCAAC-GGGTGTGAC-ATGTCA-AGTCAA-----CACG-GA--T--ACTC----ATG-AT---t
gi|21868                      : CCAGTATGTAATTTTGACCCCTC-GAGTGAGAT-TTTTCT-ATCCTA-----CAAT-AA--C--ACTC----ATA-AA---TAATTCT
gi|21869                      : CCTGAATGTTATTTTGACCCGTT-GAGCGAGAT-ATTTCT-ATCCCA-----TATT-GA--C--GCTCA---ATG-GT---GGATTCt
gi|21870                      : CCTTCATGTAATTTTGACCCCAT-GGGTGAGAT-TTTTC-------------CATG-GA--T--GCTA----ATG-AT---GGTTTCTct
gi|21871                      : CCTGCATGTAATGTTGACCCAGA-GAGCAAGATGTTTTTT-CTCCCA-----CATG-GA--TAAACTC----CTG-AT---GGATt
gi|21872                      : CCTACATGTAATTTCGACCCCTG-GGGTGAGAT-TTGGCT-AATGCA-----CATG-GG--T--CTTC----AAG-AT---GAGTCCcttt
gi|21873                      : CCTGTATGTAATTTTGAGCCAGA-GAGTGAGGT-TTTTCT-ATCCCA-----CATGAAA--TA-ACTC----GTG-AT---
gi|21874                      : CCTGCATATAACAGTCACCCCTT-GGATGAGAT-TTTTTTTATCCTG-----CATG-AA--T--ACTC----ATT-AT---GTTTTCTttattttt
gi|21875                      :  CTGCGTGCAATTTTGATCCTTT-GGGTGAGAT-ATTACC-ATCCCG-----CAAG-GA--T--ACTC----ATG-GT---GGATTCTt
gi|21876                      :  CTGCATGAAGTTCTGACATCGA-GGGTGAGAT-TTTTCT-ATCCCA-----CATG-GA--TCAACTC----ATG-AT---GGATTTTt
gi|21877                      :  CTGCAAGATATTTTGACCCCTT-CGATGAGAT-TTTTCA-ATCTCA-----TATG-GA--T--ACTC----ATGTATC--GGATTCTt
gi|21878                      :   TGCGTGTAATTTCGTCCCCTC-GGGTTAGAT-ATTTCT-ATCCCG-----CATG-GA--T--ACTC----ATG-AT---GGATTCTt
gi|21879                      :   TGCATGTAATTTTGAC------GGGTGAGAT-TTTTCT-ATCCCA-----CATG-GA--T--ACGC----ATG-AT---GAAGTCt
gi|21880                      :   TGCATGTAATTTTGACCTAGA-GGGTGATGT-ATTTCT-AGC--------TATG-GA--T--ACTC----ATT-AT---GG
gi|21881                      :    GCGTGTAATTTTGACCCAGA-GGGTGAGAT-TTTTCT-GTCCCA-----CATG-GA--TGAACTC----GTG-AT---
gi|21882                      :       TGTAATTTTGACCCCTC-AGGTGAGAT-ATTTCT-AT-CCA-----AATG-GA--T--ACTCATGAATG-AT---GGATTCT
gi|21883                      :       TGTAATTTTGACCAAGG-GGGTAAGAT-TTGTCT-ATTCAA-----CATG-GA--TGAACTG----ATG-AT---GGATTTTt
gi|21884                      :       TGTAATTTTGAACC-----------AT-TTTTCT-ATCCTA-----CATG-GA--T--ACTC----ATG-AT---GGATTCT
gi|21885                      :             TTCAACACCTC-GGGTGAGAT-GTTTCT-ATCCCA-----CACT-GA--T--ATTC----ATG-AT---GGATTCTt
gi|21886                      :                        -GGACAAGAT-ATTTCT-ATCCCA-----CATG-GA--T--GCTC----ATA-AT---GGATTCTt
gi|21887                      :                                AT-TTTTCT-ATCCCA-----CATG-GA--T--ACTC----ATG-AT---GGATTCTt