lowQualScore                  :                                                                                             2222222222222222222222222            111111                                                     
lowQualScore                  :        6     2  4444          1     888888    1 99999999999999999999 333333    1            7777777777777777777777777 22222  2   111111  222     22   11  0     1 11 11       222 1         
lowQualScore                  :        .     .  ....          .     ......    . .................... ......    .            ......................... .....  .   ......  ...     ..   ..  .     . .. ..       ... .         
lowQualScore                  :        2     1  5555          2     111111    9 00000000000000000000 222222    8            6666666666666666666666666 99999  3   444444  000     66   66  9     2 66 66       111 3         
consensus                     :      TAATTGGCGTG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAATT--------------------A------AGGTTGACGAAACCACT----N-------CCTG-T-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAG-GTA--GACGAACC-G--G--TAGGTTG---ACGAAACCACC
Reference ( gi|124866 )       :      TATTTGGCGTG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAATT--------------------A------AGGTTGACGAAACCACT----T-------CCTG-T-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAA-GTA--GATGAACT-G--G--TAGGTTG---ATGAAACCACC
gi|124865                     :      TATTTGGCGTG----CCACATAACA-TTATAC-----TAAATT--------------------A------AGGCTGACGAAACCACT----A-------CCTGTT-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAA-GTA--GATGAACT-G--G--TAGGTTG---ATGAAACCACC
gi|124867                     :      TATTTGGCGTG----CCACATAACA-TTATAC-----TAAATT--------------------A------AGGTTGACAAAACCACT----A-------CCTGTT-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAA-GTA--GATGAACT-G--G--TAGGATG---ATGAAACCACC
gi|124869                     :      TATTTGGCATG----CCACATAACA-CTATAC-----TAATTT--------------------A------AG-TTGATGAAACCACT----T-------CTTG-T-TTT---T-----AA-ACA------AA---ATTAAA-GTA--AATGAACT-G--G--TAGGTTG---ATGAAATCACC
gi|124868                     :      TATTTGGCGTG----CCACATAGTA-CTATAC-----AAAATT--------------------A------AGGTTGACGAAACCACT----A-------CCTG-T-TTTA--A-----AC-ACA------AA---ATTAAA-GTA--GATGAACT-C--G--AAGGTTT---ACGAAATCACC
gi|124852                     :      TAATTGGCATG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAATT--------------------A------AGGTTGACGAAATCACT----A-------CTTG-T-TTTC--A-----AC-ACA------AA---ATTAAG-GTA--GACGAACT-G--C--TATGTTG---ACGAAACCAC
gi|124853                     : ctggtTAATTGGCATG----CAACATAACA-CTAG-------TAAATT--------------------A------AGGTTGACGAAGCCACT----A-------CCTG-T-TTTTTTA-----AC-ACA------AA---ATTAAA-GTA--GATGAACT-G--G--TAGGTTA---ACGAAATCACC
gi|124856                     : ctggtTAATTGGCATG----CCACAAAACA-CTATAC-----TAAATT--------------------A------AGGTTGATGAA-----T-----------------T-TTC---A-----AA-ACA------AA---ATCGAG-GTA--AACGAACC-G--G--TAGGTTG---ATGAAACCACC
gi|124870                     : ctgatTAATTGGCATG----CCACATAAAT-CTATAC-----TAAATT--------------------A------AGGTAG--------------------------G-T-T-----------AC-ACA------AA---ATTAAA-GTA--GATGAACT-G--G--TAGGTTG---ACGAAACCATC
gi|124857                     :      TAATTGGCATG----CCACA-AAC--CTATAC-----TACATT--------------------A------TGGTTGACGAATCTATT----A-------CCAG-T-TTTC--A-----AC-ACG------AA---ATTAAG-GCT--GACAAACT-G--G--TAGGTTGAAAATGCAACCATC
gi|124858                     : ctagtTAATTGGCATG----TCACATAACA-GTATAC-----TAAATT--------------------A------AGATT
gi|124864                     : ctggtTATCTG-CATG----C-A-ATAACT-ATACAC-----TAAAAT--------------------ACATGAAAGGTTTACGAAACCAAA----T-------TCTG-TAATA---A-----AC-AC-------AA---ATCAGT-GTA--GATGAAATCA--G--TA--TAG---ATGAAATCA
gi|124861                     : tggttTAATTGGCATA----CCACA-AAC--CTATACCACATTAAATT--------------------A------AGGCAGACAAA
gi|124871                     :    ctggtTTGGCTTG----CCATATAACA-CTATAC-----TAATTT--------------------A------AGTTTGCCGAAACCACT----T-------CCTGTT-TTT---A-----AA-ACA------AA---ATTAAA-GTA--GATGAATT-G--G--TAGGTTG---ATGAAACCACC
gi|124854                     :         TTGGCGCG----CCTCA-AAAA-CTATAC-----TAAATT--------------------A------AGGTTGACGAAACCACT----A-------CCTG-T-TTCA--A-----AC-ACA------AA---TTTAAG-GTA--GACAAACT-G--G--TAGGTTG---ACAATACCAC
gi|124855                     : ctggtttaTTGGCATG----CCACATAACA-CTATGC-----TAAATT--------------------A------AGGTTG-----ACCACT----A-------CCTGTT-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAG-GTA--GACGAACT-G--A--TAGGTTG---A
gi|124859                     : ctggtaaaTTGTCATG----CAGCAAAGCA-ATAGAC-----GAAATT--------------------A------AGGCTGACAAAACCACA----T-------TCTG-TCTTT---A-----AG-ACA------AA---ATCAAG-GTA--GATGAACA-G--G--TAGGTAC---ACAAAACCACCc
gi|124860                     : ctggtcaaTTGGCATG----CCACATAACA-TTATAC-----TAAA-C--------------------A------AGGTTT-----ACCACT----A-------CCTG-T-TTTC--A-----AC-ACA------AA---ATTAAG-GTA--GAT
gi|124862                     : ctggtaaaTTGACGTGTGTACCACATATCA-CTATAC-----AAAATTGACATCAGCTTATATAAAATA------AGGTAGACGAAACCACT----CG------TCT--T-TTC---A-----AC-ACT------AA---ATCAAG-GTA--GACGA--T-GCAG---AGGTAG---ACAAAACCACC
gi|124872                     :        ctcgtaaaG----CTACATAACA-ATACAT-----GATATT--------------------A------AGATTGACGAAACCACT----A-------CCTG-T-CTTG--A-----AC-ACA------AA---ATAAAA-GTA--GACAAACC-A--G--TTTGTAG---AAGAAACCACC
gi|124874                     :                       ACATAACA-CTATA------TAAAAT--------------------A------AGGTAGACGAAACCACT----CG------TCT--T-TTC---A-----AC-ACT------AA---ATTAAG-GTA--GACGAACC-G--G--TAGGTAG---ACGAAATCACC
gi|124873                     :                       ATATAGCA-CTAT-T-----TAAAAT--------------------A------AGGTAGACGAAACCACT----T-------A--------T---G-----GC-ACACTATATAA---ATTAAA-GTA--GACGAACT-G--G--TAGGTTG---ACGAAACCACC
gi|124875                     :                         ATTACA-TTATAT-----AAAA----------------------A------AGGTAGACGAAACCACT----TATGGCTCCCTA-T-AT----------------------AA---ATTAAG-GTA--GACGAACA-G--G--TAGGTTG---ACGAAACCAC
gi|124863                     :                         ATGACAATTATAA-----TAA--T--------------------A------AAG---ACGAAACTGCC----TATCC---CCCA-C-T-----------AC-ACA------AA---AT-AAG-GTA--GACGAACC-G--G--TAGGTTG---ATGAAACCAC
gi|124876                     :             tgattaatcaggtTAACA-CTATAC-----TAAATT--------------------A------AGGTTGACGAAACCACT----C-------CCTG-T-TTTT--A-----AC-ACA------AA---ATTAAA-GTA--GATGAACT-G--G--TAGGTTG---ACGAAACCACC
gi|124877                     :                          TAACA-ATACAC-----GAAATT--------------------A------CGATTAACAAA----------T-------CTTG---------A-----AC-ACA------AA---ATTAAG-GTA--AACAAACT-G--GATTA--TAG---ATGAAACCACC
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gi|124884                     :                             CA-CTACAC-----AAAAT---------------------A------AGGTTGAC-AAACAACG----T-------A-TG-G-CTC---A-----AT-ATAT-----AA---ATTAAG-GTA--GACGAACT-G--G--TAGGTTG---ATGAAACCAC
gi|124883                     :                             CA-CAATAT-----CAAAT---------------------A------AGGTAGACGAAACCACT----T--------ATG-G-CTC---A-----AA-ATAT-----AA---ACTAAG-GTA--GACGAACC-G--G--TAGGTTG---ACGAAACCA
gi|124879                     :                             CA-CTATA------TAAAAT--------------------A------AGGTAGACGAAACCACT----T-------ATGG-C-T------------C-ACAATAT--AA---ATTAAG-GTA--GACGAACC-G--G--TACATTG---ACGACACCAC
gi|124880                     :                             CA-CCATA------TAAAAT--------------------A------AGGTAGACGAAACCACT----T-------ATGG----CT---A-----ACAATAT-----AA---ATTAAG-GTA--GACGAACC-G--G--TATATTG---ACAAAACCAC
gi|124881                     :                             CA-CTATA------TAAAAT--------------------A------AGGTAGACGAAACCACTCAAGT-------CTCA-C-TAT---ATATGTAT-ATA------AATAAATTAAG-GTA--GACGAATC-G--G--TAGGTTG---ACGAAACAACC
gi|124878                     :                             CA-TTATA------TAAAAT--------------------A------AGGTAGACGAAACCACT----T-------ATGG-C-T------------C-ACA------A------TA----TA--AATTAA---G--G--TAGGTTG---ATGAAACCAC
gi|124886                     :                             CA-CTATA------TAAAAT--------------------A------AGGTAAACGAAACCACT----T-------ATTG-C-T------------C-CCT------A------TAAAGGTATTGACGAACC-G--G--TAGGTTG---GCGAAACCA
gi|124885                     :                             CG-CTATA------TAAAAT--------------------A------AAGTAGACGAAACCACT----T--------ATG-G-AGT---A-----CT-ATAT-----AA---ATTAAG-GTA--GACGAACC-G--G--TAAGAAG---ACGAAACCAC
gi|124887                     :                                            AAATT--------------------A------AGGTTGACAAAACCACT----A-------CCTG-T-TTTT--A-----AC-ACA------AA---ATTAAG-GTA--GACAAACT-G--A--TAGGTTA---ACGAAACCAC
gi|124888                     :                                                T--------------------A------CGGTTGACGAAACCACT----A-------CCTG-T-TTTC--A-----AC-ACA------AA---CTTAAG-GTA--GACGAACT-G--G--TAGGTTG---ACAAAACCACC
gi|124889                     :                                                                                                                   ---A-----AC-ACA------AA---ATTACG-GTA--GACGAACT-T--G--TAGGTTG---ACGAAACCTCC





Alignments
lowQualScore                  :                                                    111111111111111111111                                           111111111111111      111111                                                  
lowQualScore                  :                   1  4444          1     777777    000000000000000000000  333333    1          3333333 1 9999999   666666666666666  2   111111  111         11    1   0  11       222           
lowQualScore                  :                   .  ....          .     ......    .....................  ......    .          ....... . .......   ...............  .   ......  ...         ..    .   .  ..       ...           
lowQualScore                  :                   4  2222          1     555555    444444444444444444444  111111    5          7777777 1 5555555   444444444444444  2   111111  999         55    1   8  66       000           
consensus                     :           TAATTGGCGTG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-N----CCTG-T-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACCGG--TAGGTTG---ACGAAACCACC
Reference ( family-563 )      :           TAATTGGCGTG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-N----CCTG-T-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACCGG--TAGGTTG---ACGAAACCACC
gi|124852                     :           TAATTGGCATG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAATCA-------C-T-A----CTTG-T-TTTC--A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACTGC--TATGTTG---ACGAAACCAC
gi|124853                     :      ctggtTAATTGGCATG----CAACATAACA-CTAG-------TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAGCCA-------C-T-A----CCTG-T-TTTTTTA-----AC-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AACTGG--TAGGTTA---ACGAAATCACC
gi|124854                     :        ctggtATTGGCGCG----CCTCA-AAAA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-A----CCTG-T-TTCA--A-----AC-ACA------AA---TTTAAGGTA--GACA-AACTGG--TAGGTTG---ACAATACCAC
gi|124855                     :     ctggtttAATTGGCATG----CCACATAACA-CTATGC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTG-----ACCA-------C-T-A----CCTGTT-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACTGA--TAGGTTG---AC
gi|124856                     :     ctggtaTAATTGGCATG----CCACAAAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGATGAA-------------T-----------T-TTC---A-----AA-ACA------AA---ATCGAGGTA--AACG-AACCGG--TAGGTTG---ATGAAACCACC
gi|124857                     :      ctgatTAATTGGCATG----CCACA-AAC--CTATAC-----TACAT--------------------TA------TGGTTGACGAATCTA-------T-T-A----CCAG-T-TTTC--A-----AC-ACG------AA---ATTAAGGCT--GACA-AACTGG--TAGGTTGAAAATGCAACCATC
gi|124858                     :      ctagtTAATTGGCATG----TCACATAACA-GTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGATT
gi|124859                     :       ctggtAATTGTCATG----CAGCAAAGCA-ATAGAC-----GAAAT--------------------TA------AGGCTGACAAAACCA-------C-A-T----TCTG-TCTTT---A-----AG-ACA------AA---ATCAAGGTA--GATG-AACAGG--TAGGTAC---ACAAAACCACC
gi|124860                     :      ctggtcAATTGGCATG----CCACATAACA-TTATAC-----TAAA---------------------CA------AGGTTT-----ACCA-------C-T-A----CCTG-T-TTTC--A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GA
gi|124861                     :     ctggtaTAATTGGCATA----CCACA-AAC--CTATACCACATTAAAT--------------------TA------AGGCAGACAAAt
gi|124862                     :       ctggtAATTGACGTGTGTACCACATATCA-CTATAC-----AAAATTGACATCAGCTTATATAAAATA------AGGTAGACGAAACCA-------C-TCG----TCT--T-TTC---A-----AC-ACT------AA---ATCAAGGTA--GACG-ATGCAG---AGGTAG---ACAAAACCACC
gi|124863                     :                        ctcgtaATGACAATTATAA-----TAA----------------------TA------AAG---ACGAAAC-----------T-G----CCTA-T-CCCCC-ACT---AC-ACA------AA---AT-AAGGTA--GACG-AACCGG--TAGGTTG---ATGAAACCAC
gi|124864                     :    tgattaatcaggtGCATG----C-A-ATAACT-ATACAC-----TAAAA--------------------TACATGAAAGGTTTACGAAACCA-------A-A-T----TCTG-TAATA---A-----AC-AC-------AA---ATCAGTGTA--GATGAAATCAG--TA--TAG---ATGAAATCA
gi|124865                     : tggtttatctTATTTGGCGTG----CCACATAACA-TTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGCTGACGAAACCA-------C-T-A----CCTGTT-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AACTGG--TAGGTTG---ATGAAACCACC
gi|124866                     :           TATTTGGCGTG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-T----CCTG-T-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AACTGG--TAGGTTG---ATGAAACCACC
gi|124867                     :           TATTTGGCGTG----CCACATAACA-TTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACAAAACCA-------C-T-A----CCTGTT-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AACTGG--TAGGATG---ATGAAACCACC
gi|124868                     :           TATTTGGCGTG----CCACATAGTA-CTATAC-----AAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-A----CCTG-T-TTTA--A-----AC-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AACTCG--AAGGTTT---ACGAAATCACC
gi|124869                     :           TATTTGGCATG----CCACATAACA-CTATAC-----TAATT--------------------TA------AG-TTGATGAAACCA-------C-T-T----CTTG-T-TTT---T-----AA-ACA------AA---ATTAAAGTA--AATG-AACTGG--TAGGTTG---ATGAAATCACC
gi|124870                     :           TAATTGGCATG----CCACATAAAT-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTAG----------------------------G-T-T-----------AC-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AACTGG--TAGGTTG---ACGAAACCATC
gi|124871                     :              TTGGCTTG----CCATATAACA-CTATAC-----TAATT--------------------TA------AGTTTGCCGAAACCA-------C-T-T----CCTGTT-TTT---A-----AA-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AATTGG--TAGGTTG---ATGAAACCACC
gi|124872                     :                     G----CTACATAACA-ATACAT-----GATAT--------------------TA------AGATTGACGAAACCA-------C-T-A----CCTG-T-CTTG--A-----AC-ACA------AA---ATAAAAGTA--GACA-AACCAG--TTTGTAG---AAGAAACCACC
gi|124873                     :                            ATATAGCA-CTAT-T-----TAAAA--------------------TA------AGGTAGACGAAACCA-------C-------------T-TAT---G-----GC-ACACTATATAA---ATTAAAGTA--GACG-AACTGG--TAGGTTG---ACGAAACCACC
gi|124874                     :                            ACATAACA-CTATA------TAAAA--------------------TA------AGGTAGACGAAACCA-------C-TCG----TCT--T-TTC---A-----AC-ACT------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACCGG--TAGGTAG---ACGAAATCACC
gi|124875                     :                              ATTACA-TTATAT-----AAAA----------------------A------AGGTAGACGAAACCACTTATGGC-T-C----CCTA-T-AT----------------------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACAGG--TAGGTTG---ACGAAACCAC
gi|124876                     :                               TAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-C----CCTG-T-TTTT--A-----AC-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AACTGG--TAGGTTG---ACGAAACCACC
gi|124877                     :                               TAACA-ATACAC-----GAAAT--------------------TA------CGATTAACAAA---------------T----CTTG---------A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--AACA-AACTGGATTA--TAG---ATGAAACCACC
gi|124878                     :                                  CA-TTATA------TAAAA--------------------TA------AGGTAGACGAAACCA-------C-T-T----ATGG-C-T------------C-ACA------A------TA---TA--AATT-AA--GG--TAGGTTG---ATGAAACCAC
gi|124879                     :                                  CA-CTATA------TAAAA--------------------TA------AGGTAGACGAAACCA-------C-T-T----ATGG-C-T------------C-ACAATAT--AA---ATTAAGGTA--GACG-AACCGG--TACATTG---ACGACACCAC
gi|124880                     :                                  CA-CCATA------TAAAA--------------------TA------AGGTAGACGAAACCA-------C-T-T----ATGG----CT---A-----ACAATAT-----AA---ATTAAGGTA--GACG-AACCGG--TATATTG---ACAAAACCAC
gi|124881                     :                                  CA-CTATA------TAAAA--------------------TA------AGGTAGACGAAACCA-------C-T-CAAGTCTCA-C-TAT---ATATGTAT-ATA------AATAAATTAAGGTA--GACG-AATCGG--TAGGTTG---ACGAAACAACC
gi|124882                     :                                  CG-CTATA------TAAAA--------------------TA------AGGTAGACGAAACCA-------C-T-T----ATTG-C-TT----------ACTATAT-----AA---ATTAAAGTA--GACG-AACCGG--TAGGTAG---ACGAAACCAC
gi|124883                     :                                  CA-CAATAT-----CAAAT---------------------A------AGGTAGACGAAACCA-------C-T-T-----ATG-G-CTC---A-----AA-ATAT-----AA---ACTAAGGTA--GACG-AACCGG--TAGGTTG---ACGAAACCA
gi|124884                     :                                  CA-CTACAC-----AAAAT---------------------A------AGGTTGAC-AAACAA-------CGT-A------TG-G-CTC---A-----AT-ATAT-----AA---ATTAAGGTA--GACG-AACTGG--TAGGTTG---ATGAAACCAC
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gi|124886                     :                                  CA-CTATA------TAAAA--------------------TA------AGGTAAACGAAACCA-------C-T-T----ATTG-C-T------------C-CCT------AT---A--AAGGTATTGACG-AACCGG--TAGGTTG---GCGAAACCA
gi|124887                     :                                                 AAAT--------------------TA------AGGTTGACAAAACCA-------C-T-A----CCTG-T-TTTT--A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACA-AACTGA--TAGGTTA---ACGAAACCAC
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gi|124889                     :                                                                                                                          ---A-----AC-ACA------AA---ATTACGGTA--GACG-AACTTG--TAGGTTG---ACGAAACCTCC





Alignments
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lowQualScore                  :                   .  ....          .     ......    .....................  ......    .          ....... . .......   ...............  .   ......  ...         ..    .   .  ..       ...           
lowQualScore                  :                   4  2222          1     555555    444444444444444444444  111111    5          7777777 1 5555555   444444444444444  2   111111  999         55    1   8  66       000           
consensus                     :           TAATTGGCGTG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-N----CCTG-T-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACCGG--TAGGTTG---ACGAAACCACC
Reference ( family-563 )      :           TAATTGGCGTG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-N----CCTG-T-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACCGG--TAGGTTG---ACGAAACCACC
gi|124852                     :           TAATTGGCATG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAATCA-------C-T-A----CTTG-T-TTTC--A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACTGC--TATGTTG---ACGAAACCAC
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gi|124855                     :     ctggtttAATTGGCATG----CCACATAACA-CTATGC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTG-----ACCA-------C-T-A----CCTGTT-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACTGA--TAGGTTG---AC
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gi|124869                     :           TATTTGGCATG----CCACATAACA-CTATAC-----TAATT--------------------TA------AG-TTGATGAAACCA-------C-T-T----CTTG-T-TTT---T-----AA-ACA------AA---ATTAAAGTA--AATG-AACTGG--TAGGTTG---ATGAAATCACC
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gi|124875                     :                              ATTACA-TTATAT-----AAAA----------------------A------AGGTAGACGAAACCACTTATGGC-T-C----CCTA-T-AT----------------------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACAGG--TAGGTTG---ACGAAACCAC
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blockSeqs                     :                   A  TGTA          A     CCACAT    TTGACATCAGCTTATATAAAA  CATGAA    T          CTTATGG G CAAGTC    CTATATATGT       A   CTATAT  TAA         TT    A      AT       AAA
blockSeqs                     :                   G  .             .     C         T                      .         T          .       . CGT       TCCCCCACT        T   ATAT    .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   A  .             .     C         T                      .         T          .       . CGT       TTTTTTTA         .   T       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   A  .             .     C         T                      .         T          .       . AC        TTTCAA           .   T       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   A  .             .     C         T                      .         T          .       . AC        TTTTTA           .   T       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   A  .             .     C         T                      .         T          .       . AC        TTTTCA           .   T       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   A  .             .     C         T                      .         T          .       . AC        TCTTTA           .   T       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   A  .             .     C         T                      .         T          .       . TT        TTTTCA           .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   A  .             .     C         T                      .         A          .       . AC        TAATAA           .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   G  .             .     A         A                      .         A          .       . GC        TTTTTA           .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   A  .             .     C         T                      .         T          .       . TT        TTTTTA           .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   G  .             .     C         T                      .         T          .       . AC        TTTTAA           .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   G  .             .     C         T                      .         T          .       . TC        TTTTTA           .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   G  .             .     C         T                      .         T          .       . AC        TCTTGA           .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   G  .             .     C         T                      .         T          .       . AC        TTTTTA           .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   A  .             .     C         T                      .         T          .       . TC        TTTTTA           .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   A  .             .     C         T                      .         A          .       . TC        TTTTCA           .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                   T  .             .     C         T                      .         T          .       . AC        TTTCA            .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                      .             .     T         A                      .         T          .       . CC        TTTCA            .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                    .     T         A                      .         A          .       . CC        TTTTA            .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                    .     T         T                      .         A          .       . TC        TTTTT            .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                    .     C         T                      .         A          .       . TA        TTATG            .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                    .     C         A                      .         T          .       . TA        TTTCA            .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                    .     T         A                      .         T          .       . TA        GCTCA            .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                    .     C         A                      .         A          .       . TA        GCTCA            .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                    .     .         A                      .         A          .       . TA        GAGTA            .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                    .     .         A                      .         A          .       . AC        TAT              .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                    .     .         T                      .         A          .       . AC        CTA              .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                    .     .         T                      .         A          .       . T         CTT              .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                    .     .         A                      .         A          .       . A         TT               .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                    .     .         A                      .         T          .       . T         CT               .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                    .     .         T                      .         A          .       . .         CT               .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                    .     .         .                      .         A          .       . .         CT               .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                    .     .         .                      .         T          .       . .         A                .   .       .           .     .      .        .  
blockSeqs                     :                                                    .                      .         T                                               .   .       .           .                        
blockSeqs                     :                                                                           .         .                                                                                                


blockSeqCons                  :           
originalCons                  :           TAATTGGCGTG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-N----CCTG-T-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACCGG--TAGGTTG---ACGAAACCACC
finalCons                     :           TAATTGGCGTG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-N----CCTG-T-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACCGG--TAGGTTG---ACGAAACCACC





Alignments
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lowQualScore                  :                   1  4444          1     777777    000000000000000000000  333333    1          3333333 1 9999999   666666666666666  2   111111  111         11    1   0  11       222           
lowQualScore                  :                   .  ....          .     ......    .....................  ......    .          ....... . .......   ...............  .   ......  ...         ..    .   .  ..       ...           
lowQualScore                  :                   4  2222          1     555555    444444444444444444444  111111    5          7777777 1 5555555   444444444444444  2   111111  999         55    1   8  66       000           
consensus                     :           TAATTGGCGTG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-N----CCTG-T-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACCGG--TAGGTTG---ACGAAACCACC
Reference ( family-563 )      :           TAATTGGCGTG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-N----CCTG-T-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACCGG--TAGGTTG---ACGAAACCACC
gi|124852                     :           TAATTGGCATG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAATCA-------C-T-A----CTTG-T-TTTC--A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACTGC--TATGTTG---ACGAAACCAC
gi|124853                     :      ctggtTAATTGGCATG----CAACATAACA-CTAG-------TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAGCCA-------C-T-A----CCTG-T-TTTTTTA-----AC-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AACTGG--TAGGTTA---ACGAAATCACC
gi|124854                     :        ctggtATTGGCGCG----CCTCA-AAAA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-A----CCTG-T-TTCA--A-----AC-ACA------AA---TTTAAGGTA--GACA-AACTGG--TAGGTTG---ACAATACCAC
gi|124855                     :     ctggtttAATTGGCATG----CCACATAACA-CTATGC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTG-----ACCA-------C-T-A----CCTGTT-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACTGA--TAGGTTG---AC
gi|124856                     :     ctggtaTAATTGGCATG----CCACAAAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGATGAA-------------T-----------T-TTC---A-----AA-ACA------AA---ATCGAGGTA--AACG-AACCGG--TAGGTTG---ATGAAACCACC
gi|124857                     :      ctgatTAATTGGCATG----CCACA-AAC--CTATAC-----TACAT--------------------TA------TGGTTGACGAATCTA-------T-T-A----CCAG-T-TTTC--A-----AC-ACG------AA---ATTAAGGCT--GACA-AACTGG--TAGGTTGAAAATGCAACCATC
gi|124858                     :      ctagtTAATTGGCATG----TCACATAACA-GTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGATT
gi|124859                     :       ctggtAATTGTCATG----CAGCAAAGCA-ATAGAC-----GAAAT--------------------TA------AGGCTGACAAAACCA-------C-A-T----TCTG-TCTTT---A-----AG-ACA------AA---ATCAAGGTA--GATG-AACAGG--TAGGTAC---ACAAAACCACC
gi|124860                     :      ctggtcAATTGGCATG----CCACATAACA-TTATAC-----TAAA---------------------CA------AGGTTT-----ACCA-------C-T-A----CCTG-T-TTTC--A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GA
gi|124861                     :     ctggtaTAATTGGCATA----CCACA-AAC--CTATACCACATTAAAT--------------------TA------AGGCAGACAAAt
gi|124862                     :       ctggtAATTGACGTGTGTACCACATATCA-CTATAC-----AAAATTGACATCAGCTTATATAAAATA------AGGTAGACGAAACCA-------C-TCG----TCT--T-TTC---A-----AC-ACT------AA---ATCAAGGTA--GACG-ATGCAG---AGGTAG---ACAAAACCACC
gi|124863                     :                        ctcgtaATGACAATTATAA-----TAA----------------------TA------AAG---ACGAAAC-----------T-G----CCTA-T-CCCCC-ACT---AC-ACA------AA---AT-AAGGTA--GACG-AACCGG--TAGGTTG---ATGAAACCAC
gi|124864                     :    tgattaatcaggtGCATG----C-A-ATAACT-ATACAC-----TAAAA--------------------TACATGAAAGGTTTACGAAACCA-------A-A-T----TCTG-TAATA---A-----AC-AC-------AA---ATCAGTGTA--GATGAAATCAG--TA--TAG---ATGAAATCA
gi|124865                     : tggtttatctTATTTGGCGTG----CCACATAACA-TTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGCTGACGAAACCA-------C-T-A----CCTGTT-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AACTGG--TAGGTTG---ATGAAACCACC
gi|124866                     :           TATTTGGCGTG----CCACATAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-T----CCTG-T-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AACTGG--TAGGTTG---ATGAAACCACC
gi|124867                     :           TATTTGGCGTG----CCACATAACA-TTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACAAAACCA-------C-T-A----CCTGTT-TTT---A-----AC-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AACTGG--TAGGATG---ATGAAACCACC
gi|124868                     :           TATTTGGCGTG----CCACATAGTA-CTATAC-----AAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-A----CCTG-T-TTTA--A-----AC-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AACTCG--AAGGTTT---ACGAAATCACC
gi|124869                     :           TATTTGGCATG----CCACATAACA-CTATAC-----TAATT--------------------TA------AG-TTGATGAAACCA-------C-T-T----CTTG-T-TTT---T-----AA-ACA------AA---ATTAAAGTA--AATG-AACTGG--TAGGTTG---ATGAAATCACC
gi|124870                     :           TAATTGGCATG----CCACATAAAT-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTAG----------------------------G-T-T-----------AC-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AACTGG--TAGGTTG---ACGAAACCATC
gi|124871                     :              TTGGCTTG----CCATATAACA-CTATAC-----TAATT--------------------TA------AGTTTGCCGAAACCA-------C-T-T----CCTGTT-TTT---A-----AA-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AATTGG--TAGGTTG---ATGAAACCACC
gi|124872                     :                     G----CTACATAACA-ATACAT-----GATAT--------------------TA------AGATTGACGAAACCA-------C-T-A----CCTG-T-CTTG--A-----AC-ACA------AA---ATAAAAGTA--GACA-AACCAG--TTTGTAG---AAGAAACCACC
gi|124873                     :                            ATATAGCA-CTAT-T-----TAAAA--------------------TA------AGGTAGACGAAACCA-------C-------------T-TAT---G-----GC-ACACTATATAA---ATTAAAGTA--GACG-AACTGG--TAGGTTG---ACGAAACCACC
gi|124874                     :                            ACATAACA-CTATA------TAAAA--------------------TA------AGGTAGACGAAACCA-------C-TCG----TCT--T-TTC---A-----AC-ACT------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACCGG--TAGGTAG---ACGAAATCACC
gi|124875                     :                              ATTACA-TTATAT-----AAAA----------------------A------AGGTAGACGAAACCACTTATGGC-T-C----CCTA-T-AT----------------------AA---ATTAAGGTA--GACG-AACAGG--TAGGTTG---ACGAAACCAC
gi|124876                     :                               TAACA-CTATAC-----TAAAT--------------------TA------AGGTTGACGAAACCA-------C-T-C----CCTG-T-TTTT--A-----AC-ACA------AA---ATTAAAGTA--GATG-AACTGG--TAGGTTG---ACGAAACCACC
gi|124877                     :                               TAACA-ATACAC-----GAAAT--------------------TA------CGATTAACAAA---------------T----CTTG---------A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--AACA-AACTGGATTA--TAG---ATGAAACCACC
gi|124878                     :                                  CA-TTATA------TAAAA--------------------TA------AGGTAGACGAAACCA-------C-T-T----ATGG-C-T------------C-ACA------A------TA---TA--AATT-AA--GG--TAGGTTG---ATGAAACCAC
gi|124879                     :                                  CA-CTATA------TAAAA--------------------TA------AGGTAGACGAAACCA-------C-T-T----ATGG-C-T------------C-ACAATAT--AA---ATTAAGGTA--GACG-AACCGG--TACATTG---ACGACACCAC
gi|124880                     :                                  CA-CCATA------TAAAA--------------------TA------AGGTAGACGAAACCA-------C-T-T----ATGG----CT---A-----ACAATAT-----AA---ATTAAGGTA--GACG-AACCGG--TATATTG---ACAAAACCAC
gi|124881                     :                                  CA-CTATA------TAAAA--------------------TA------AGGTAGACGAAACCA-------C-T-CAAGTCTCA-C-TAT---ATATGTAT-ATA------AATAAATTAAGGTA--GACG-AATCGG--TAGGTTG---ACGAAACAACC
gi|124882                     :                                  CG-CTATA------TAAAA--------------------TA------AGGTAGACGAAACCA-------C-T-T----ATTG-C-TT----------ACTATAT-----AA---ATTAAAGTA--GACG-AACCGG--TAGGTAG---ACGAAACCAC
gi|124883                     :                                  CA-CAATAT-----CAAAT---------------------A------AGGTAGACGAAACCA-------C-T-T-----ATG-G-CTC---A-----AA-ATAT-----AA---ACTAAGGTA--GACG-AACCGG--TAGGTTG---ACGAAACCA
gi|124884                     :                                  CA-CTACAC-----AAAAT---------------------A------AGGTTGAC-AAACAA-------CGT-A------TG-G-CTC---A-----AT-ATAT-----AA---ATTAAGGTA--GACG-AACTGG--TAGGTTG---ATGAAACCAC
gi|124885                     :                                  CG-CTATA------TAAAA--------------------TA------AAGTAGACGAAACCA-------C-T-T-----ATG-G-AGT---A-----CT-ATAT-----AA---ATTAAGGTA--GACG-AACCGG--TAAGAAG---ACGAAACCAC
gi|124886                     :                                  CA-CTATA------TAAAA--------------------TA------AGGTAAACGAAACCA-------C-T-T----ATTG-C-T------------C-CCT------AT---A--AAGGTATTGACG-AACCGG--TAGGTTG---GCGAAACCA
gi|124887                     :                                                 AAAT--------------------TA------AGGTTGACAAAACCA-------C-T-A----CCTG-T-TTTT--A-----AC-ACA------AA---ATTAAGGTA--GACA-AACTGA--TAGGTTA---ACGAAACCAC
gi|124888                     :                                                     --------------------TA------CGGTTGACGAAACCA-------C-T-A----CCTG-T-TTTC--A-----AC-ACA------AA---CTTAAGGTA--GACG-AACTGG--TAGGTTG---ACAAAACCACC
gi|124889                     :                                                                                                                          ---A-----AC-ACA------AA---ATTACGGTA--GACG-AACTTG--TAGGTTG---ACGAAACCTCC