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Reference ( family-562 )      :                                  AAGATGGCCGCCAAAA-T-GGCCGCCAAAT--A-TT--G---A-AA--T--TC-ATGTTATA-----ATAT---ATAATCTGAT-AG-AA--AACACTG--CAAAGTGTTAAAATTTAGA--TTTAT--TGTG-TTGTTGTAAGTTGTAT
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blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  ACA .  T  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  C   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  C   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           T     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           G     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           T     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           T     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           T     .  .   .  .  .   .        .        .            .  .  .        .                    .      .     .
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .        .        .                                                              
blockSeqs                     :                                                  . .           T     .  .   .  .  .   .        .        .                                                              
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .        .                                                                       
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .                                                                                
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .                                                                                
blockSeqs                     :                                                  . .           A     .  .   .  .  .   .                                                                                
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blockSeqs                     :                                                  . .           .     .  .   .  .  .   .                                                                                
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blockSeqs                     :                                                  . .           .     .  .   .  .  .   .                                                                                
blockSeqs                     :                                                  . .           .     .  .   .  .  .   .                                                                                
blockSeqs                     :                                                  . .           .     .  .   .  .  .   .                                                                                


blockSeqCons                  :                                  
originalCons                  :                                  AAGATGGCCGCCAAAA-T-GGCCGCCAAAT--A-TT--G---A-AA--T--TC-ATGTTATA-----ATAT---ATAATCTGAT-AG-AA--AACACTG--CAAAGTGTTAAAATTTAGA--TTTAT--TGTG-TTGTTGTAAGTTGTAT
finalCons                     :                                  AAGATGGCCGCCAAAA-T-GGCCGCCAAAT--A-TT--G---A-AA--T--TC-ATGTTATA-----ATAT---ATAATCTGAT-AG-AA--AACACTG--CAAAGTGTTAAAATTTAGA--TTTAT--TGTG-TTGTTGTAAGTTGTAT





Alignments
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lowQualScore                  :                                                  . .           ....  .. ... .  .. ..  .        .....    ...          .  .  ..       ..    .    .         ..     ..    .                
lowQualScore                  :                                                  1 1           1111  55 777 1  11 55  1        66666    666          6  2  22       22    5    8         22     22    6                
consensus                     :                                  AAGATGGCCGCCAAAA-T-GGCCGCCAAAT--A-TT--G---A-AA--T--TC-ATGTTATA-----ATAT---ATAATCTGAT-AG-AA--AACACTG--CAAAGTGTTAAAATTTAGA--TTTAT--TGTG-TTGTTGTAAGTTGTAT
Reference ( family-562 )      :                                  AAGATGGCCGCCAAAA-T-GGCCGCCAAAT--A-TT--G---A-AA--T--TC-ATGTTATA-----ATAT---ATAATCTGAT-AG-AA--AACACTG--CAAAGTGTTAAAATTTAGA--TTTAT--TGTG-TTGTTGTAAGTTGTAT
gi|143937                     :                                  AAGATGGCCGCCAAAA-T-GGCCACCAAAT--A-TT--G---A-AA--T--TC-ATGTTATA-----ATAT---ATAATCTGAT-AG-AA--AACACTG--TAAAGAGTTAAAATTTAGA--TTTAT--TGTG-TTGTTGTAAGTTGTAT
gi|143938                     :                                  AAGATGGCCGCCAATA-T-GGCCACCAAAT--A-TT--G---A-AA--T--TC-ATGTTATA-----ATAT---ATAATCTGAT-AG-AA--AACACTG--CAAAGTATTAAAAAATAGA--TTTAT--TGTG-TCGTTGAAAGTTGTA
gi|143939                     :                                  AAGATGGCCACCGAAA-T-GGGCGCCAAAT--A-TT--G---A-AA--T--TC-ACGGTATA-----ATAT---ATAATCTGAT-AT-AA--AACACTG--CAAAGTGTTAAAATTTAGA--ATAAT--TGTG-TTGTTGCAAGTTGTA
gi|143940                     :                                  AAGATGGCCTCCAAAA-T-GGCCGCCAAAT--A-AT--G---A-AA--T--TA-ATGTAACA-----ATAT---ATAATCTGAT-AG-AA--AATAGTT--CAAAGTGTTAAAATTAAGA--TTCAT--TGCG-TTGTTGTAGGTTGTAT
gi|143941                     :                                  AAGATGGCTACCGAAA-T-GGCCCCCAAAT--A-TT--G---G-TA--T--TC-ATGTTATA----------------TCTGAT-AG-AA--AACACTG--CTAGATAATAAAATTTAGA--TTGAT--TGTG-TTGTTGTAGGTTATAT
gi|143942                     :                                  AAGATGGCCTCCAATA-T-GGCCACCATGT--A-AT--G---A-AA--A--TC-AT-TAATATTGCTATAT---ATAATCTGTT----AA--AACACTA--CAGA-TATTAAAATTTAGG--TCTAT--TATG-CTGTTCTTTGTTGTGT
gi|143943                     :                                  AAGATGACCACCAAAA-T-GGCCGCCAAAT--A-TT--G---A-AA--T--TC-ATGTTATT-----ATAT---ATAATCTGAC-AG-TA--AACACTG--CAAAGTGTTAACATTTGGA--TCTAT--TGTG-TTGTTGTAAGTTGTAT
gi|143944                     :                                  AAGATGGCCACCAATA-T-GGCCGCCAGTT--A-TT--G---A-AA--A--TC-AT-CAATA-----ATGCTGAATTATCTGTT----AA--AACAATA--CAGA-TATCAAAATGTATG--TCTAT--TGTG-TTGTTCTTTGTTGT
gi|143945                     :                                  AAGATGGCCGCCAAAA-T-GGCCACAAAAT--T-TT--G---A-AA--T--TC-ATGTTATC-----ATAT---ATAATCTGAT-AG-AA--AACACTG--CAAAGTGTTAAAATTTAGA--TTTAT--TGTG-TTGTTGTCAGTTGTAT
gi|143946                     :                                  AAGATGGCCGCCAAAA-T-GGCAGCCAGAT--G-TT--G---A-AA--T--TC-ATGTTATA-----ATAT---ATAATCTGAT-AG-AA--AACACTG--CAAAGTATTAGAATTTAGA--TATAT--TATG-TTG
gi|143947                     :                                  AAGATGGCCGCCAAAA-T-GCCCGCCAAAT--A-TT--T---A-AA--T--TC-ATATAATA-----ATAT---ATAATCTGGT-AG-AA--AATCCGG--CTAAGTGTT-AGATTTAGA--CTTAT--TGTG-TTGTTGTAAGTTGTAT
gi|143948                     :                                  AAGATGGCTGTCAAAA-T-GGCTGCAAAAT--A-TT--A---A-AA--T--TG-ATAT-ATA-----ATAT---ATAATCGGAT-AT-AA--AACACTG--CAACGTGTT-AAATTTAGA--TTTAT--TGCA-TTGTTGTAAATTGTAT
gi|143949                     :                                  AAAATTGCCACCAACA-T-GGCAGCCAAAT--A-TT--A---A-AA--T--TC-ATGTTTTA-----ATAC---ATAAACTGAT-AGAAA--AAAACAG--TAAAGTGTTAACATTTAGA--TTTGT--T-TG-ATGTTGTAAGATTTAT
gi|143950                     :                                  AAGATGACAACTAAAA-T-GGCCACCAAAT--A-TT--G---T-AA--T--TC-ATGTTATA-----ATAT---AAAATTTGAT-AG-AA--AACACTG--CAACGTTTTCAAATTAAGA--TTTAT--TGTG-TTGTTTGAAGTTGTAT
gi|143951                     :                                  AAAACAGACATCAAAA-TAGGCCGACAAAT--A-TT--G---A-AA--T--TC-ATGTTATA-----AGAT---ATAATTTGAT-AG-AA--ATCACTG--CAAAGGGTT
gi|143952                     :                                  AATATGGCCGCCAAGA-C-GGCCGCCAAAT--A-TT--G---A-AA--T--TC-ATATTATA-----ATAT---ATAATCTGAT-AG-AA--AACACTG--CAAAGTGTTAAAATT------TTTATGATATG-TT
gi|143953                     :                                  AAAATGACCACCAATA-T-GGCCGCCATGT--ATTT--A---A-AA--TAATCAATATTGC-------TGT---ATCATCTGTT----AA--AACGCGA--CAAA-TATCAAAATTAAGG--TCTAT--TGTC-TTGT
gi|143954                     :                                  AAGATGGCTTGCAAAG-T-TGTCGCCTAAT--A-TC--G---A-AA--T--TC-ACATTTTA-----ATAT---ATAATCTGAT-AGAAA--AACACTA--C--------AAAATTTAGA--TTTAT--TGTG-TTGTTGTTAGTCGTAT
gi|143955                     :                                  AAGATGGCCACCACAA-T-GGCTGCCAAAT--A-TT--G---A-AA--T--TT-GTGTTATA-----ATAC---ATAACCTGATCGG-AA--AATGCAG--AAAAATGTT-AAATTTATA--TCTAT--GGTGTTTTTTGTTTGTTGTAT
gi|143956                     :                                  AAGATGGCCACCAAAA-T-GGCCACCAAAT--A-TT--G---A-AA--T--TC-ATGTTATA-----ACAA---ATAATCTG
gi|143957                     :                                  AAGATGGCCACCAAAA-T-GGCCACCAAAT--A-TT--G---A-AG--T--TC-ATGTTATG-----ATAT---AT
gi|143958                     :                                  AAAATGGCCGCCAAAA-T-GGCCGCCAAAT----TT--GACAA-AA--T--CC-ATATT
gi|143959                     :                                  AAGATGGCGACCAAAA-T-GGCCGCC-AAT--T-TT--G---A-AAATT--TT-ATGTT
gi|143960                     :                                  AAGATGGTCGCCAAAA-T-GGCCGCCTAAT--T-TT--AC--A-AAT-T--TC-ACGTT
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gi|143962                     :                                  AAGATGGTCGCCAAAA-T-GGCCGCCTAAT--T-TT--AC--A-AAT-T--TC-ACGTT
gi|143963                     :                                  AAGACGGCCGCCAAAAAT-GGCCCCCAACT--A-TT--G---A-AA--T------TGTTAAA-----A
gi|143963                     :                                                                                                                                        AAATTGTTAAAAGTGAGA--CTTAT--TGTG-TTGTTGTAAGTTATAgtgagacttattgtgttgttgtaagttata
gi|143964                     : aagacggccgccaaaaatggcccccaactattgAAGATGGCCGCCAAAA-T-GGCCGCAAAAT----TT--G---ACAAATT--TC-ACGTT
gi|143965                     :                                  AAGATGGCCGCCAAAA-T-GGCCGCCAAAT----TT--GCCAA-AA--T--
gi|143966                     :                                  AATATGGCCGCTAAAA-T-GGCCGCCAAAT--T-TTACA---A-AA--T--CC-ATATCAT
gi|143967                     :                                  AAGATGGCCGCCAATA-T-GG-CGACAAATGAA-TT--G---A-AA--C--TT-ATGTT
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gi|143969                     :                                    GATGGCCGCAAAAA-T-GGCCGCCAAAT--A-TT--G---A-AA--T--TC-ATGTTATA-----ATAT---ATAATCTGTT-AG-AA--AACCATGCTCAAAGTGTTAAAGTTTAGA--TTTAT--TGTA-TTTTTATAAGTTGAAT
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gi|143972                     :                                           GCCAGAA-C-TGCCGGTAACT--A-TT--C---A-AG--T--TC-ATGATGTA-----ATGT---AACATCTGAT-CG-AAATAATACTG--CAAACTGTTTGAATTTAG---TTTGT--T-TG-TT-TAGTAATTTTTAT
gi|143973                     :                                             CAAAA-T-GGCCGCCAAAT--A-TC--G---A-AA--T--GC-ATGTTATA-----ATAT---ATAATCTGAT-AG-AA--AATACGG--CAAAAAGTTAAAATTTAGA--TTTAT--GGTG-TTGTTGCAATTGGTAT
gi|143974                     :                                                                                      C-ATGTTATA-----ATAG---AAAATCTGAT-AG-AA--AACACTG--CAAAGTGTTAAAATTTAGA--TTTAT--TGTG-TTTTTGTAAGTTGTAT