lowQualScore : 11111111111111111111111111 22222222
lowQualScore : 1 1 33333 222 8 1 555555555 8888888888888888 77 33333 44444444444444444444444444 3333333 1 111 11 3333 6 2 55 11 2 55555555 77777 11 2 1 5555
lowQualScore : . . ..... ... . . ......... ................ .. ..... .......................... ....... . ... .. .... . . .. .. . ........ ..... .. . . ....
lowQualScore : 3 3 11111 222 8 2 000000000 3333333333333333 77 11111 88888888888888888888888888 7777777 1 999 55 5555 4 1 00 66 1 88888888 33333 88 6 8 2222
consensus : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTT---------TAA----------------AA-AT-----TATAATTTGATTC-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATNCTNGAAC--AAACAAAAGCAA---T----CTA---A-T--TGAGA-TAGTAACCN---AATGT
Reference ( gi|130736 ) : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTT---------TAA----------------AA-AT-----TATAATTTGATTC-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--AAACAAAAGCAA---A----CTA---A-T--TGAGA-TAGTAACCA---AATGT
gi|130738 : CAC-CC-A-----AATTT---TCAT-A-TTT---------TAA----------------AA-AT-----TATAATTTGATTT-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTGTACAGGAAC--AAAGAAAAGCAA---T----CTA---A-T--TGAGA-TAGTAACCA---AATGT
gi|130737 : CAC-CC-C-----AATTT---TCAC-A-TTT---------TAA----------------AA-ATTAAATTATAATTTGATTC-------------------------TTTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTTTACTGGAAC--AAACAAAAGCAA---T----CTA---A-T--TGAGA-TAGTAACCA---AATGTattttgtaagaa
gi|130741 : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTT---------TAA----------------AA-AT-----TATAATTTGATTC-------------------------TTTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--AAACAAAAGCAA---T----CTA---A-T--TGAGA-TAGTgttttgtaagaa
gi|130740 : CAC-CC-CCATACAATTT---TCAT-A-TTT---------TAA----------------AAAAT-----TATAATTTAATTC-------------------------TCTTCG-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGTAC--AAACAAAAGCAA---T----CTA---A-T--TGAGA-TAGTAAACA---AATGT
gi|130730 : CACACC-C-----AATTT---TCAT-A-TTT---------TAA----------------AA-AT-----TATAATTTGATTA-------------------------TCTTCA-------CTTT-T---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--AAAAAAAAGCAATCTAATATCTA---A-T--TGAGA-AAGTAACCA---AATGTatttt
gi|130739 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTT---------TAA----------------AA-AT-----TATAATTTGATTA-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--AAATAAAAGCAATCTAATATCTA---A-T--TGAGA-Tattttgtaggaa
gi|130742 : CAC-CA-C-----AATTT---TCAT-A-TTT---------TAA----------------AA-AT-----TATAATTTGATTCATTATTTTAAATGATAGCTTAATTATCTTCA-------CTTT-C---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--AAACAAAAGCAA---T----CTA---A-T--AGAGA-CAGTTACCA---AATGT
gi|130731 : CAC-CCAC-----AATTT---TCAT-A-TTT---------TAA----------------AA-AT-----TATAATTTGATTCATTA---------------------TTTTAAATGATAGCTTT-ATTTATCTTACAA--A-CTATACTGGAAC--AAACAAAAGCAA---T----CTA---A-T--TGAGA-TAGTAACCA---AATGTattttgtaagaa
gi|130733 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTT---------TAC----------------AA-AT-----TATAATTTGATTC-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--AAACAAAatttt
gi|130734 : cCAT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTT---------TAA----------------A---T-----GATAGCTTGATTA-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATA--ACAA--A-CTTTACTGGAAC--AAAC-AAAGCAA---T----CTA---A-T--TGAGA-TGGTAACCA---AATGTt
gi|130723 : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTT---------TAA----------------AA-AT-----TATAATTTGATTC-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATTCTCCTAC--AAGCAAAAATTA---T----CTG---C-T--TGAGA-TAATCATCT---AATGTattttgtaagaa
gi|130719 : cCAC-TC-C-----AATTT---TCAT-A-TTT---------TAA----------------AA-AT-----TATAATTTGATTC-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAAC--AAGCA----CAA---A----TTATCGACT--TCAGG-TAGTCATCT---AATGTttttttcaagaaaaaa
gi|130724 : cCAT-CC-C-----AATTT---TCAT-AATTT---------TAA----------------AA-AT-----TATGATTTGATTC-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTTTCCTCCAAC--AAGTACAAATTA---T----CTA---C-T--TCAGA-TAGTCATCT---AATGTttctttcaagaaaaaa
gi|130721 : cCAC-CC-T-----AATTT---TCAT-A-TTT---------TAA----------------AA-AT-----TATAATTTGATTC-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAAC--AAGCACTAATTA---T----CTA---C-T--TCAGATTAGTCATTT---AATGTatcttacaagaaaaaa
gi|130725 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTT---------TAA----------------AA-AT-----TATAATTTGATTC-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAACTTAATCCAAAGttctttcaagaaacaa
gi|130728 : cCAC-CC-C-----AATGT---TCAT-G-TTT---------TAA----------------AA-AA-----TATAATTTGATTC-------------------------TCGTCA-------TTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATTCTCGAAC--AAGC---ACCAA---ATAT-CTA---C-TTCTGATACTAGTAACCATATAATGtttcattattttaaat
gi|130727 : cCAC-GC-C-----AATTT---TCAT-A-TTT---------TAA----------------AA-AT-----TATAATTTGATTA-------------------------ACTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCTTCCAAC--AAGCACAACTTA---T----CTA---C-T--TCAGA-TAATAAattatttcaagaaaaaa
gi|130720 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTT---------AAA----------------AT-AA-----TATAATTTGATTC-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATA--ACAA--T-CTATCCTCCAAC--AAGCA----CAA---A----TTA---tgtaatatctctttcatgaaataa
gi|130729 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTAAGATAATATAATTTGATTTATTATTTTGA-AT-----TATAGCTTGATTA-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--AAACAAAAtcaacttcagaatgtaatgtttctttcaagaaaaaa
gi|130735 : cCAC-CC-T-----TATTT---TCGT-A-TTT---------TAA----------------AA--T-----CAAAATTTGATTC-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--GTAA--T-CTTTCCT----C--CAACAAGAACAA---ATTATCTA---C-T--TTAGA-TAGTCAACT---AATGTtaaatcta
gi|130722 : CGC-CC-T-----AATTT---TCAT-A-TTT---------CAA----------------A--------------TTTGATTC-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-TTATCCTCCAAC--AAGCACAAATGA---T----CTA---C-T--TCAGA-TAGTCATCT---TATGTatctttcaaga
gi|130732 : cCAC-CC-C-----AAATT---TCAT-A-TAT---------TGA----------------AT-AG-----CATGATTTGATTC-------------------------TCTTCA-------CTTT-----------CAA--A-CTATCGTTCAAC--AAGTACAAATAA---T----ATA---C-T--TCAGA-TAGttcttttaagaaaaaa
gi|130747 : cAT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTT---------TAA----------------A---T-----GATAGCTTAATTA-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--AAACAACAGCAA---T----CTA---A-T--TGAGA-TAGTAACCA---AATGTctatctcatgtt
gi|130746 : AT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTT---------TAA----------------A---T-----GATAGCTTGATTA-------------------------TTTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTTGAAC--AAACAAAAACAA---T----TTA---A-T--TGAGA-TAGTAACCA---AATGT
gi|130744 : AT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTT---------TAA----------------A---T-----GATACCTTGATTA-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--AAACATAAGCAA---T----CTT---A-T--TGAGA-TAGTAACCA---AAaatgtactttggaagaataaa
gi|130745 : AT-CC-A-----AAGTT---CCATTA-TTT---------TAA----------------A---T-----GATAAGTTTATTA-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CT--ACTGGAAC--AAACAAAAACAA---T----CTA---A-T--TGACA-TAGTAACCA---AATGTattatgtattttgtaagaa
gi|130743 : AT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTT---------TAC----------------A---T-----GATAGCTTGATTA-------------------------TCTTTA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACCGGAAC--AAACAAAAGCAA---T----CTA---A-T--TGAGA-TAGTAAattttgtaagaa
gi|130749 : AT-CC-C-----AAATT---TCAT-A-TTT---------TGA----------------A---T-----TATAGCTTGATTA-------------------------TCTTCA-------CTAT-A---GTG--ACAA--G-CTATATTTGAAC--AAACAAAAGTAA---T----ATA---A-T--TGAGA-CAGTTACCT---TATGTtattaat
gi|130748 : AC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTT---------CAA----------------AA-AT-----TATAATTTGAT---------------------------TCATTA-------TTTTAA---ATG--ATAattttgtaagaaaa
gi|130726 : C-CC-C-----AATTT---ACAT-A-TTT---------TAA----------------AA-AT-----CATAATTTGATCC-------------------------TTATCA-------CTTT-A---ATG--ACAATGATCTTTCCTCCAAC--AAGCACAAATTA---T----CTA---C-T--TCAGA-TAGTCATCT---AATGT
gi|130750 : ccc-----AATTTGATTCATTA-TTT---------TAA----------------A---T-----TATAGCTTGATTA-------------------------CCTTCA-------CTTC-A---ATG--ACAA--G-CTATACTTGAAC--AAACAAAAGCAA---T----CTA---A-T--TGATA-TAGTAACCA---AATGTttctttcaagaaaaaa
gi|130751 : -----AATTT---TCAT-A-TTT---------TAA----------------AA-AT-----CATAATTTGATTC-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAGC--AAGCACAAATTA---T----CTA---C-T--TCAGA-TAATCGTCT---AATGT
gi|130753 : AATTTGATTC-------------------------TTTTCA-------CTTT-C---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--AAACAAAAGCAA---T----CTA---A-T--TGAGA-TAGTAACCA---AATGTttctttcaagaaataa
gi|130752 : AATTTGATTG-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCTAAC--AAGCA----CAA---A----TTATCGACT--TCAGA-TAGTCATTT---AATGT
gi|130754 : ATTTTATTT-------------------------TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATCCTTCAAT--AAGCACAAATGA---T----CTA---T-T--TCAGA-TAGTCATCT---AATGTatattttca
gi|130756 : -A---ATG--ACAA--A-CTATTCTCCAAC--AAACAAAAATGG---T----CTA---C-T--TGAGA-TAGttctttcaagaaaaaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|130755 ): TTCATTGTACCGACAATCTATTCTCCAACAAGCACAAATTATCTACTTCAGATGCTCATCTAATGTTTCTTTTAAGAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 1 1 22222 444 9 1 99 22222 33333 3333333 1 111 11 3333 1 11 11 11 11 88888888 2 11 2 1 3333
lowQualScore : . . ..... ... . . .. ..... ..... ....... . ... .. .... . .. .. .. .. ........ . .. . . ....
lowQualScore : 3 3 99999 111 1 1 88 99999 33333 6666666 1 999 55 1111 4 44 55 55 55 33333333 0 77 4 6 5555
consensus : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATNCTNGAAC--A--AACA--AAAGCG-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---NAATGT
Reference ( family-558 ) : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATNCTNGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---NAATGT
gi|130719 : CAC-TC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAAC--A--AGCA--CAAATT-------ATCGACT--TCAGG-TAGTCATC---TAATGT
gi|130720 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTAAAAT-AA-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATA--ACAA--T-CTATCCTCCAAC--A--AGCA--CAAATT-------ATCAACT--TCAGA-ATGTAAttctttcaagaaaaaa
gi|130721 : cCAC-CC-T-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAAC--A--AGCA--CTAATT-------ATCTACT--TCAGATTAGTCATT---TAATGTtgtttctttcaagaaaaaa
gi|130722 : cCGC-CC-T-----AATTT---TCAT-A-TTTCAAA--------------TTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-TTATCCTCCAAC--A--AGCA--CAAATG-------ATCTACT--TCAGA-TAGTCATC---TTATGTttctttcaagaaacaa
gi|130723 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATTCTCCTAC--A--AGCA--AAAATT-------ATCTGCT--TGAGA-TAATCATC---TAATGTttcttttaagaaaaaa
gi|130724 : cCAT-CC-C-----AATTT---TCAT-AATTTTAAAA-AT-----TATGATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTTTCCTCCAAC--A--AGTA--CAAATT-------ATCTACT--TCAGA-TAGTCATC---TAATGTttttttcaagaaaaaa
gi|130725 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAACTTA--ATCC--AAAGatcttacaagaaaaaa
gi|130726 : cC-CC-C-----AATTT---ACAT-A-TTTTAAAA-AT-----CATAATTTGATCC----TTATCA-------CTTT-A---ATG--ACAATGATCTTTCCTCCAAC--A--AGCA--CAAATT-------ATCTACT--TCAGA-TAGTCATC---TAATGTtttcattattttaaat
gi|130727 : cccCAC-GC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTA----ACTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCTTCCAAC--A--AGCA--CAACTT-------ATCTACT--TCAGA-TAATAATG---TAATATttctttcaagaaaaaa
gi|130728 : cCAC-CC-C-----AATGT---TCAT-G-TTTTAAAA-AA-----TATAATTTGATTC----TCGTCA-------TTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATTCTCGAAC--A--AGCACCAAAT---------ATCTACTTCTGATACTAGTAACCATATAATGctctttcatgaaataa
gi|130729 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTAAGAT-AA-----TATAATTTGATTattatttcaagaaaaaa
gi|130729 : cT-A-TTTTGAA---T-----TATAGCTTGATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AACA--AAATAA-------ATCTAtattattttgaattatagcttgattatcttcactttaatgacaaactatactggaacaaacaaaataaatcta
gi|130730 : ccaccccaattttcatatttaagataatataatttgatttatCACACC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTA----TCTTCA-------CTTT-T---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AAAA--AAAGCAATCTAATATCTAAT--TGAGA-AAGTAACC---AAATGT
gi|130731 : cCAC-CCAC-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTCATTATTTTAAATGATAGCTTT-ATTTATCTTACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTattttgtaggaa
gi|130732 : cCAC-CC-C-----AAATT---TCAT-A-TATTGAAT-AG-----CATGATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-----------CAA--A-CTATCGTTCAAC--A--AGTA--CAAATA-------ATATACT--TCAGA-TAGCTATC---TCATGTatttt
gi|130733 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTACAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AACA--AAt
gi|130734 : cCAT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTTTAAA---T-----GATAGCTTGATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATA--ACAA--A-CTTTACTGGAAC--A--AAC---AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TGGTAACC---AAATGTt
gi|130735 : CAC-CC-T-----TATTT---TCGT-A-TTTTAAAA--T-----CAAAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--GTAA--T-CTTTCCTCCAAC--AAGAACA--AA--TT-------ATCTACT--TTAGA-TAGTCAAC---TAATGTattttgtaagaa
gi|130736 : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------AACTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTatctttcaaga
gi|130737 : CAC-CC-C-----AATTT---TCAC-A-TTTTAAAA-ATTAAATTATAATTTGATTC----TTTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTTTACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGT
gi|130738 : CAC-CC-A-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTT----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTGTACAGGAAC--A--AAGA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTgttttgtaagaa
gi|130739 : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AATA--AAAGCAATCTAATATCTAAT--TGAGA-Tattttgtaagaa
gi|130740 : CAC-CC-CCATACAATTT---TCAT-A-TTTTAAAAAAT-----TATAATTTAATTC----TCTTCG-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGTAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAAAC---AAATGT
gi|130741 : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TTTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTatttt
gi|130742 : CAC-CA-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----
gi|130742 : -----AATTTGATTCATTA-TTTTAAA---T-----GATAGCTTAATTA----TCTTCA-------CTTT-C---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--AGAGA-CAGTTACC---AAATGTattattttaaatgatagcttaattatcttcactttcatgacaaactgtactggaacaaacaaaagcaatctaatagagacagttaccaaatgtattttgtaagaa
gi|130743 : caccacaattttcatattttaaaaattatAT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTTTACA---T-----GATAGCTTGATTA----TCTTTA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACCGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAAattttgtaagaa
gi|130744 : AT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTTTAAA---T-----GATACCTTGATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AACA--TAAGCA-------ATCTTAT--TGAGA-TAGTAACC---AAAtattaat
gi|130745 : AT-CC-A-----AAGTT---CCATTA-TTTTAAA---T-----GATAAGTTTATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTA--CTGGAAC--A--AACA--AAAACA-------ATCTAAT--TGACA-TAGTAACC---AAATGTattatgtattttgtaagaa
gi|130746 : AT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTTTAAA---T-----GATAGCTTGATTA----TTTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTTGAAC--A--AACA--AAAACA-------ATTTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTattttgtaagaa
gi|130747 : AT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTTTAAA---T-----GATAGCTTAATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AACA--ACAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTaatgtactttggaagaataaa
gi|130748 : AC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTCAAAA-AT-----TATAATTTGAT------TCATTA-------TTTTAA---ATG--ATA
gi|130749 : AT-CC-C-----AAATT---TCAT-A-TTTTGAA---T-----TATAGCTTGATTA----TCTTCA-------CTAT-A---GTG--ACAA--G-CTATATTTGAAC--A--AACA--AAAGTA-------ATATAAT--TGAGA-CAGTTACC---TTATGT
gi|130750 : -----AATTTGATTCATTA-TTTTAAA---T-----TATAGCTTGATTA----CCTTCA-------CTTC-A---ATG--ACAA--G-CTATACTTGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGATA-TAGTAACC---AAATGTattttgtaagaaaa
gi|130751 : -----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----CATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAGC--A--AGCA--CAAATT-------ATCTACT--TCAGA-TAATCGTC---TAATGT
gi|130752 : AATTTGATTG----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCTAAC--A--AGCA--CAAATT-------ATCGACT--TCAGA-TAGTCATT---TAATGTttctttcaagaaataa
gi|130753 : AATTTGATTC----TTTTCA-------CTTT-C---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTatattttca
gi|130754 : ATTTTATTT----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATCCTTCAAT--A--AGCA--CAAATG-------ATCTATT--TCAGA-TAGTCATC---TAATGT
gi|130756 : -A---ATG--ACAA--A-CTATTCTCCAAC--A--AACA--AAAATG-------GTCTACT--TGAGA-TAGttctttcaagaaaaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|130755 ): TTCATTGTACCGACAATCTATTCTCCAACAAGCACAAATTATCTACTTCAGATGCTCATCTAATGTTTCTTTTAAGAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 1 1 22222 444 9 1 99 22222 33333 3333333 1 111 11 3333 1 11 11 11 11 55555555 2 11 2 1 3333
lowQualScore : . . ..... ... . . .. ..... ..... ....... . ... .. .... . .. .. .. .. ........ . .. . . ....
lowQualScore : 3 3 99999 111 1 1 88 99999 33333 6666666 1 999 55 1111 4 44 55 55 55 11111111 0 77 4 6 5555
consensus : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATNCTNGAAC--A--AACA--AAAGCG-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---NAATGT
Reference ( family-558 ) : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATNCTNGAAC--A--AACA--AAAGCG-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---NAATGT
gi|130719 : CAC-TC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAAC--A--AGCA--CAAATT-------ATCGACT--TCAGG-TAGTCATC---TAATGT
gi|130720 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTAAAAT-AA-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATA--ACAA--T-CTATCCTCCAAC--A--AGCA--CAAATT-------ATCAACT--TCAGA-ATGTAAttctttcaagaaaaaa
gi|130721 : cCAC-CC-T-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAAC--A--AGCA--CTAATT-------ATCTACT--TCAGATTAGTCATT---TAATGTtgtttctttcaagaaaaaa
gi|130722 : cCGC-CC-T-----AATTT---TCAT-A-TTTCAAA--------------TTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-TTATCCTCCAAC--A--AGCA--CAAATG-------ATCTACT--TCAGA-TAGTCATC---TTATGTttctttcaagaaacaa
gi|130723 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATTCTCCTAC--A--AGCA--AAAATT-------ATCTGCT--TGAGA-TAATCATC---TAATGTttcttttaagaaaaaa
gi|130724 : cCAT-CC-C-----AATTT---TCAT-AATTTTAAAA-AT-----TATGATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTTTCCTCCAAC--A--AGTA--CAAATT-------ATCTACT--TCAGA-TAGTCATC---TAATGTttttttcaagaaaaaa
gi|130725 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAACTTA--ATCC--AAAGatcttacaagaaaaaa
gi|130726 : cC-CC-C-----AATTT---ACAT-A-TTTTAAAA-AT-----CATAATTTGATCC----TTATCA-------CTTT-A---ATG--ACAATGATCTTTCCTCCAAC--A--AGCA--CAAATT-------ATCTACT--TCAGA-TAGTCATC---TAATGTtttcattattttaaat
gi|130727 : cccCAC-GC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTA----ACTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCTTCCAAC--A--AGCA--CAACTT-------ATCTACT--TCAGA-TAATAATG---TAATATttctttcaagaaaaaa
gi|130728 : cCAC-CC-C-----AATGT---TCAT-G-TTTTAAAA-AA-----TATAATTTGATTC----TCGTCA-------TTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATTCTCGAAC--A--AGCACCAAA--T-------ATCTACTTCTGATACTAGTAACCATATAATGctctttcatgaaataa
gi|130729 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTAAGAT-AA-----TATAATTTGATTattatttcaagaaaaaa
gi|130729 : cT-A-TTTTGAA---T-----TATAGCTTGATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AACA--AAATAA-------ATCTAtattattttgaattatagcttgattatcttcactttaatgacaaactatactggaacaaacaaaataaatcta
gi|130730 : ccaccccaattttcatatttaagataatataatttgatttatCACACC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTA----TCTTCA-------CTTT-T---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AAAA--AAAGCAATCTAATATCTAAT--TGAGA-AAGTAACC---AAATGT
gi|130731 : cCAC-CCAC-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTCATTATTTTAAATGATAGCTTT-ATTTATCTTACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTattttgtaggaa
gi|130732 : cCAC-CC-C-----AAATT---TCAT-A-TATTGAAT-AG-----CATGATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-----------CAA--A-CTATCGTTCAAC--A--AGTA--CAAATA-------ATATACT--TCAGA-TAGCTATC---TCATGTatttt
gi|130733 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTACAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AACA--AAt
gi|130734 : cCAT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTTTAAA---T-----GATAGCTTGATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATA--ACAA--A-CTTTACTGGAAC--A--AAC---AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TGGTAACC---AAATGTt
gi|130735 : CAC-CC-T-----TATTT---TCGT-A-TTTTAAAA--T-----CAAAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--GTAA--T-CTTTCCTCCAAC--AAGAACA--AA--TT-------ATCTACT--TTAGA-TAGTCAAC---TAATGTattttgtaagaa
gi|130736 : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------AACTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTatctttcaaga
gi|130737 : CAC-CC-C-----AATTT---TCAC-A-TTTTAAAA-ATTAAATTATAATTTGATTC----TTTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTTTACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGT
gi|130738 : CAC-CC-A-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTT----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTGTACAGGAAC--A--AAGA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTgttttgtaagaa
gi|130739 : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AATA--AAAGCAATCTAATATCTAAT--TGAGA-Tattttgtaagaa
gi|130740 : CAC-CC-CCATACAATTT---TCAT-A-TTTTAAAAAAT-----TATAATTTAATTC----TCTTCG-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGTAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAAAC---AAATGT
gi|130741 : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TTTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTatttt
gi|130742 : CAC-CA-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----
gi|130742 : -----AATTTGATTCATTA-TTTTAAA---T-----GATAGCTTAATTA----TCTTCA-------CTTT-C---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--AGAGA-CAGTTACC---AAATGTattattttaaatgatagcttaattatcttcactttcatgacaaactgtactggaacaaacaaaagcaatctaatagagacagttaccaaatgtattttgtaagaa
gi|130743 : caccacaattttcatattttaaaaattatAT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTTTACA---T-----GATAGCTTGATTA----TCTTTA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACCGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAAattttgtaagaa
gi|130744 : AT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTTTAAA---T-----GATACCTTGATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AACA--TAAGCA-------ATCTTAT--TGAGA-TAGTAACC---AAAtattaat
gi|130745 : AT-CC-A-----AAGTT---CCATTA-TTTTAAA---T-----GATAAGTTTATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTA--CTGGAAC--A--AACA--AAAACA-------ATCTAAT--TGACA-TAGTAACC---AAATGTattatgtattttgtaagaa
gi|130746 : AT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTTTAAA---T-----GATAGCTTGATTA----TTTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTTGAAC--A--AACA--AAAACA-------ATTTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTattttgtaagaa
gi|130747 : AT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTTTAAA---T-----GATAGCTTAATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AACA--ACAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTaatgtactttggaagaataaa
gi|130748 : AC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTCAAAA-AT-----TATAATTTGAT------TCATTA-------TTTTAA---ATG--ATA
gi|130749 : AT-CC-C-----AAATT---TCAT-A-TTTTGAA---T-----TATAGCTTGATTA----TCTTCA-------CTAT-A---GTG--ACAA--G-CTATATTTGAAC--A--AACA--AAAGTA-------ATATAAT--TGAGA-CAGTTACC---TTATGT
gi|130750 : -----AATTTGATTCATTA-TTTTAAA---T-----TATAGCTTGATTA----CCTTCA-------CTTC-A---ATG--ACAA--G-CTATACTTGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGATA-TAGTAACC---AAATGTattttgtaagaaaa
gi|130751 : -----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----CATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAGC--A--AGCA--CAAATT-------ATCTACT--TCAGA-TAATCGTC---TAATGT
gi|130752 : AATTTGATTG----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCTAAC--A--AGCA--CAAATT-------ATCGACT--TCAGA-TAGTCATT---TAATGTttctttcaagaaataa
gi|130753 : AATTTGATTC----TTTTCA-------CTTT-C---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTatattttca
gi|130754 : ATTTTATTT----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATCCTTCAAT--A--AGCA--CAAATG-------ATCTATT--TCAGA-TAGTCATC---TAATGT
gi|130756 : -A---ATG--ACAA--A-CTATTCTCCAAC--A--AACA--AAAATG-------GTCTACT--TGAGA-TAGttctttcaagaaaaaa
blockSeqs : A A CATAC GAT T A AA TAAAT CATTA ATGATAG A TTT TT TGAT C CC TT AG CC AATCTAAT C TC T A ATAT
blockSeqs : . . . GAT T . T . C . . . . T C CC . . . AATCTAAT C . C C T
blockSeqs : . . . . T . A . C . . . . T C CC . . . T C . . C T
blockSeqs : . . . . T . A . C . . . . T T CC . . . T C . . C T
blockSeqs : . . . . T . A . C . . . . T C CC . . . G C . . C T
blockSeqs : . . . . T . A . C . . . . T C CC . . . T C . . C T
blockSeqs : . . . . T . A . C . . . . T C CC . . . T C . . A T
blockSeqs : . . . . T . A . C . . . . T C CC . . . T C . . A A
blockSeqs : . . . . . . A . A . . . . T T CG . . . T A . . A A
blockSeqs : . . . . . . T . C . . . . A A GG . . . T A . . A T
blockSeqs : . . . . . . A . A . . . . A A GG . . . A C . . T A
blockSeqs : . . . . . . A . A . . . . A A GG . . . A A . . A T
blockSeqs : . . . . . . T . C . . . . A C TC . . . A C . . C A
blockSeqs : . . . . . . A . C . . . . A A GG . . . A A . . A A
blockSeqs : . . . . . . A . A . . . . A A GG . . . T A . . A A
blockSeqs : . . . . . . A . C . . . . T C CC . . . A A . . A A
blockSeqs : . . . . . . A . C . . . . A A GG . . . A A . . A A
blockSeqs : . . . . . . A . C . . . . A A GG . . . A A . . T A
blockSeqs : . . . . . . A . T . . . . A A GG . . . A A . . A A
blockSeqs : . . . . . . A . A . . . . A A GG . . . A A . . A A
blockSeqs : . . . . . . A . C . . . . A A GG . . . A A . . A A
blockSeqs : . . . . . . A . C . . . . A A GG . . . A A . . A T
blockSeqs : . . . . . . A . C . . . . A A GG . . . A A . . A A
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . A A GG . . . A A . . T T
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . A A GG . . . A A . . A T
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . A A GG . . . A A . . C A
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . A A TG . . . A A . . C T
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . A A GG . . . A C . . A
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . G A TG . . . T C . . C
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . G C TG . . . T A . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . T C CC . . . A T . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . T A CT . . . G C . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . A C GG . . . G
blockSeqs : . . . . C . . . . A T TC . . .
blockSeqs : T . . . . A . CC . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATNCTNGAAC--A--AACA--AAAGCG-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---NAATGT
finalCons : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATNCTNGAAC--A--AACA--AAAGCG-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---NAATGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|130755 ): TTCATTGTACCGACAATCTATTCTCCAACAAGCACAAATTATCTACTTCAGATGCTCATCTAATGTTTCTTTTAAGAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 1 1 22222 444 9 1 99 22222 33333 3333333 1 111 11 3333 1 11 11 11 11 55555555 2 11 2 1 3333
lowQualScore : . . ..... ... . . .. ..... ..... ....... . ... .. .... . .. .. .. .. ........ . .. . . ....
lowQualScore : 3 3 99999 111 1 1 88 99999 33333 6666666 1 999 55 1111 4 44 55 55 55 11111111 0 77 4 6 5555
consensus : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATNCTNGAAC--A--AACA--AAAGCG-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---NAATGT
Reference ( family-558 ) : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATNCTNGAAC--A--AACA--AAAGCG-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---NAATGT
gi|130719 : CAC-TC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAAC--A--AGCA--CAAATT-------ATCGACT--TCAGG-TAGTCATC---TAATGT
gi|130720 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTAAAAT-AA-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATA--ACAA--T-CTATCCTCCAAC--A--AGCA--CAAATT-------ATCAACT--TCAGA-ATGTAAttctttcaagaaaaaa
gi|130721 : cCAC-CC-T-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAAC--A--AGCA--CTAATT-------ATCTACT--TCAGATTAGTCATT---TAATGTtgtttctttcaagaaaaaa
gi|130722 : cCGC-CC-T-----AATTT---TCAT-A-TTTCAAA--------------TTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-TTATCCTCCAAC--A--AGCA--CAAATG-------ATCTACT--TCAGA-TAGTCATC---TTATGTttctttcaagaaacaa
gi|130723 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATTCTCCTAC--A--AGCA--AAAATT-------ATCTGCT--TGAGA-TAATCATC---TAATGTttcttttaagaaaaaa
gi|130724 : cCAT-CC-C-----AATTT---TCAT-AATTTTAAAA-AT-----TATGATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTTTCCTCCAAC--A--AGTA--CAAATT-------ATCTACT--TCAGA-TAGTCATC---TAATGTttttttcaagaaaaaa
gi|130725 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAACTTA--ATCC--AAAGatcttacaagaaaaaa
gi|130726 : cC-CC-C-----AATTT---ACAT-A-TTTTAAAA-AT-----CATAATTTGATCC----TTATCA-------CTTT-A---ATG--ACAATGATCTTTCCTCCAAC--A--AGCA--CAAATT-------ATCTACT--TCAGA-TAGTCATC---TAATGTtttcattattttaaat
gi|130727 : cccCAC-GC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTA----ACTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCTTCCAAC--A--AGCA--CAACTT-------ATCTACT--TCAGA-TAATAATG---TAATATttctttcaagaaaaaa
gi|130728 : cCAC-CC-C-----AATGT---TCAT-G-TTTTAAAA-AA-----TATAATTTGATTC----TCGTCA-------TTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATTCTCGAAC--A--AGCACCAAA--T-------ATCTACTTCTGATACTAGTAACCATATAATGctctttcatgaaataa
gi|130729 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTAAGAT-AA-----TATAATTTGATTattatttcaagaaaaaa
gi|130729 : cT-A-TTTTGAA---T-----TATAGCTTGATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AACA--AAATAA-------ATCTAtattattttgaattatagcttgattatcttcactttaatgacaaactatactggaacaaacaaaataaatcta
gi|130730 : ccaccccaattttcatatttaagataatataatttgatttatCACACC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTA----TCTTCA-------CTTT-T---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AAAA--AAAGCAATCTAATATCTAAT--TGAGA-AAGTAACC---AAATGT
gi|130731 : cCAC-CCAC-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTCATTATTTTAAATGATAGCTTT-ATTTATCTTACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTattttgtaggaa
gi|130732 : cCAC-CC-C-----AAATT---TCAT-A-TATTGAAT-AG-----CATGATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-----------CAA--A-CTATCGTTCAAC--A--AGTA--CAAATA-------ATATACT--TCAGA-TAGCTATC---TCATGTatttt
gi|130733 : cCAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTACAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AACA--AAt
gi|130734 : cCAT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTTTAAA---T-----GATAGCTTGATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATA--ACAA--A-CTTTACTGGAAC--A--AAC---AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TGGTAACC---AAATGTt
gi|130735 : CAC-CC-T-----TATTT---TCGT-A-TTTTAAAA--T-----CAAAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--GTAA--T-CTTTCCTCCAAC--AAGAACA--AA--TT-------ATCTACT--TTAGA-TAGTCAAC---TAATGTattttgtaagaa
gi|130736 : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------AACTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTatctttcaaga
gi|130737 : CAC-CC-C-----AATTT---TCAC-A-TTTTAAAA-ATTAAATTATAATTTGATTC----TTTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTTTACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGT
gi|130738 : CAC-CC-A-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTT----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTGTACAGGAAC--A--AAGA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTgttttgtaagaa
gi|130739 : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AATA--AAAGCAATCTAATATCTAAT--TGAGA-Tattttgtaagaa
gi|130740 : CAC-CC-CCATACAATTT---TCAT-A-TTTTAAAAAAT-----TATAATTTAATTC----TCTTCG-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGTAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAAAC---AAATGT
gi|130741 : CAC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----TTTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTatttt
gi|130742 : CAC-CA-C-----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----TATAATTTGATTC----
gi|130742 : -----AATTTGATTCATTA-TTTTAAA---T-----GATAGCTTAATTA----TCTTCA-------CTTT-C---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--AGAGA-CAGTTACC---AAATGTattattttaaatgatagcttaattatcttcactttcatgacaaactgtactggaacaaacaaaagcaatctaatagagacagttaccaaatgtattttgtaagaa
gi|130743 : caccacaattttcatattttaaaaattatAT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTTTACA---T-----GATAGCTTGATTA----TCTTTA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACCGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAAattttgtaagaa
gi|130744 : AT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTTTAAA---T-----GATACCTTGATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AACA--TAAGCA-------ATCTTAT--TGAGA-TAGTAACC---AAAtattaat
gi|130745 : AT-CC-A-----AAGTT---CCATTA-TTTTAAA---T-----GATAAGTTTATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTA--CTGGAAC--A--AACA--AAAACA-------ATCTAAT--TGACA-TAGTAACC---AAATGTattatgtattttgtaagaa
gi|130746 : AT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTTTAAA---T-----GATAGCTTGATTA----TTTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTTGAAC--A--AACA--AAAACA-------ATTTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTattttgtaagaa
gi|130747 : AT-CC-A-----AAGTT---TCATTA-TTTTAAA---T-----GATAGCTTAATTA----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATACTGGAAC--A--AACA--ACAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTaatgtactttggaagaataaa
gi|130748 : AC-CC-C-----AATTT---TCAT-A-TTTCAAAA-AT-----TATAATTTGAT------TCATTA-------TTTTAA---ATG--ATA
gi|130749 : AT-CC-C-----AAATT---TCAT-A-TTTTGAA---T-----TATAGCTTGATTA----TCTTCA-------CTAT-A---GTG--ACAA--G-CTATATTTGAAC--A--AACA--AAAGTA-------ATATAAT--TGAGA-CAGTTACC---TTATGT
gi|130750 : -----AATTTGATTCATTA-TTTTAAA---T-----TATAGCTTGATTA----CCTTCA-------CTTC-A---ATG--ACAA--G-CTATACTTGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGATA-TAGTAACC---AAATGTattttgtaagaaaa
gi|130751 : -----AATTT---TCAT-A-TTTTAAAA-AT-----CATAATTTGATTC----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCCAGC--A--AGCA--CAAATT-------ATCTACT--TCAGA-TAATCGTC---TAATGT
gi|130752 : AATTTGATTG----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--T-CTATCCTCTAAC--A--AGCA--CAAATT-------ATCGACT--TCAGA-TAGTCATT---TAATGTttctttcaagaaataa
gi|130753 : AATTTGATTC----TTTTCA-------CTTT-C---ATG--ACAA--A-CTGTACTGGAAC--A--AACA--AAAGCA-------ATCTAAT--TGAGA-TAGTAACC---AAATGTatattttca
gi|130754 : ATTTTATTT----TCTTCA-------CTTT-A---ATG--ACAA--A-CTATCCTTCAAT--A--AGCA--CAAATG-------ATCTATT--TCAGA-TAGTCATC---TAATGT
gi|130756 : -A---ATG--ACAA--A-CTATTCTCCAAC--A--AACA--AAAATG-------GTCTACT--TGAGA-TAGttctttcaagaaaaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|130755 ): TTCATTGTACCGACAATCTATTCTCCAACAAGCACAAATTATCTACTTCAGATGCTCATCTAATGTTTCTTTTAAGAAAAAA