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lowQualScore                  :    .       ......   ....  ...     ...      ..   ....   . .          .. .... ... .  ...   ..   .  ....  . . ........   .  ...  .       .. .  ...         ....  .  .......  ...    .... ... ......  .    .   .       ..     
lowQualScore                  :    6       333333   4444  999     333      55   3333   1 1          44 6666 999 1  999   44   1  9999  1 1 33333333   1  777  1       66 5  333         3333  5  3333333  222    4444 999 777777  0    7   9       66     
consensus                     : AGAACAGAACAN-----ATA----TT---TTATTTCAGACTTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTC--A-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT----AC-A-A-------CACA-TA---AT-ATCACGT--A-AA---ATATATCGT----TA-AT------TAA---TACA----TNATTN-----GT-ACCGCCATTTTTCATTACCATTT
Reference ( gi|20649 )        : AGATCAGAACAG-----ATA----TT---TTATTTCAGACTTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTC--A-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT----AC-A-A-------TACA-TA---AT-ATCACGT--A-AA---ATATATTGT----TA-AT------TAA---TACA----TAAATT-----GT-ACCGCCATTTTTCATTTACATTT
gi|20652                      : AGAACAGAATAG-----ATA----TT---TTATTTCACACTTG--TAC----GTA-A-ATACATCGTC--A-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT----AC-A-A-------TACA-TA---AT-ATCACGT--A-AA---GTATATTAT----TA-AT------AAA---TACA----TAATTT-----GT-ACCGCCATTTTTCATTTACATTT
gi|20651                      : AGAACAGAACAT-----ATA----TT---TTATTTCAGTCTTG--TAC----ATA-A-ATACACCGTC--A-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT----AC-A-A-------CACA-TA---AT-ATCACGT--A-AA---ATATATTGT----TA-AT------TAA---TACA----TAATTT-----GT-ACCGCCATTTGTCATTAACATTT
gi|20654                      : AGAACAGAACAT-----ATA----TT---TTATTTCAGTCTTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTT--A-T--A---A-TG---ACA--TAT-TT----AC-A-A-------TACA-TA---AT-ATCACG---A--------ATATTGT----TA-AT------TAA---TACA----TAAATT-----GT-ACCGCCACTTTTCATTTACATTT
gi|20653                      : AGAACTGAACAG-----ATA----TT---TTATTTCAAACTTG--TAC----ATA-G-ATACATCGTC--A-T--T---A-TA---ACA--TAT-TT----AC-A-A-------CACA-TA---CT-ATCACGT--A-AA---ATATATTGT----TA-AT------TAA---TACA----TAATTT-----GT-ACCTTCATTTTCCA
gi|20656                      : AGAACATAACAG-----ATA----TT---TTATTTCAGATTTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTC--A-T--A---A-TA---ACA--CAT-TT----AA-A-A-------CACA-TA---AT-ATCACGT--T-AT---ATATATTGT----TA-AT------TAA---TACA----T-AATT-----TT-ACCGCCATTT
gi|20657                      : AGAACAGAACAG-----ATAAGAGTTATGCTATTTC-GACTTG--TAC----ACA-A-ATACATCGTT--A-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT----AC-A-A-------CATA-TA---AC-ATCACGT--A-AA---ATATATTGTTTAGTA-AT------TAA---TACA----TTATTT-----GT-ACCGCCATTTTCCATTAACATTT
gi|20658                      : AGAACAAAACCG-----ATA----TT---TTATTTCAGATTTA--TAC----ATA-A-ATACATCGTC--A-T--T---A-TA---ACA--TAT-TA----AC-A-A-------CTCA-TA---AT-ATCACGT--A-AA---CTATATCGT----TA-AT------TAA---TATT----TAATTA-----GT-AC
gi|20659                      : AGAACAGAGCAG-----AT-----CT---TTATTTCAGACTTG--TAC----ATA-A-ATACATTGTC--A-T--A---A-TA---ACA--TAT-TC----AC-A-A-------CTTA-TA---AA-ATCACGT--A-AA---CTATATCGT----TA-AT------AAG---TGCC----T-CATT-----ATAACCGTCATACTTCATT
gi|20662                      : AGAACAGAACCG-----ATT----TT---TTATTTCAGACTTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTC--A-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT----AT-A-A-------CTCA-TA---AT-ACCACGT--A-AA---CCATTCCGT----TA-AC------TAG---TATA----TCAGTT------T-ACCG---TTTT
gi|20663                      : AGACCAGAACAG-----ATA----TT---TTGTTTGAGACATG--TACGTACATA-A-ACACATTATC--A-T--G---A-T-------------TT----AC-A-A-------CACA-TA---AT-AACACGA--A-AG---ATATATTGT----TA-AC------TAA---TACATTGTTTAATA-----GT-ACTGCAATTTTTCATTTCCATTT
gi|20661                      : AGAACAAAACAT-----ATA----TT---TTATTTCAGACTTAAATAC----ATA-A-ATACATCGTC--A-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT----AA-A-A-------CTCA-TA---AT-ATCCCTT--T-AA---CTATATCGT----TA-AT------AAA---AACA----TAATAA-----GA-ATCGTCATATTTCAT
gi|20664                      : AGAACAGAACAG-----ATA----TT---TCATTTCAGACTTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTC--A-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT----AC-A-A-------TA
gi|20665                      : AGAACAGAACAT-----ATA----TT---TTATTCCAGACTTG--TAC----ATA-ATATACATCGTC--A-T--A---A-AA---ACA--TAC-AT----AC-A-A-------CACA--A---ATCATCACGT--A-
gi|20667                      : AGAACAGAACAG-----ATA----TT---TTATTTCAGACTTG--TAC----ATA-A-ATAAATCGGC--A-T--A---A-TA---AT-----C-CT----AA-A-A----------A-TA---AT-A-CAC----A-AA---ATACAATG
gi|20668                      : AGAACAGAACGT-----ATA----TT---TTATTT--GACTTA--TAC----AT--A-GTACATCGTC--A-T--ATCTA-TAC--ACA--TGT-TA----ACGA-A-------TATATTT---AG-ATCACGT--
gi|20669                      : AGAACAGAACAT-----ATA----TT---TTATTT--GACTTA--TAC----AT--A-GTACATCGTC--A-T--A---ACTAT--ACA--TTT-TTTA--AC-A-AATATATTTAGA-TC---AT-GTCACGT--G-GA---A
gi|20670                      : AGAACAGAACAT-----ATA----TT---TTATTTT-GACTTA--TAC----ATACA-GTATCTCATC--A-T--G---A-CATATACA--TAT-AT----AC-ATA-------TTCA-TT---AT-AACACGT--G-AA---A
gi|20675                      : AGAACAGAACAT-----ATA----TT---TTATTT--GACTTA--TAC----AT--A-GTATATCGTC--A-T--GT--A-TAT--ACA--TATGTTA---AC-A-AATATATTTAGA-TC---AT-GTCACGT--G-AA---AAATA
gi|20674                      : AGAACAGAACAT-----ATA----TT---TTA-TTAGGATTTG--TAC----A-A-A-GTACATCATC--A-T--A---A-T------A--TA---T----AC-A-A-------TATA-CA------ATCA-AT--ATAA---ACATATAGT----CA-CT------TAA---CAgataaagcacattttata
gi|20671                      : AGAACAGAACAT-----ATA----TT---TTATT---GATTTG--CAC----ATA-A-GTACATCATCAAA-C--A---A-T----ACA--TAC-AT----AT-A-A-------TA
gi|20676                      : AGAACAGAACAT-----AAA----TT---TTATT---GATTTG--CAC----ATA-A-GTACATCATC--A-T--A---C-TA-------------T----AC---A-------TACA-TA---AT-A
gi|20673                      : AGAACAGAACAT-----ATA----TT---TTATT---GATTTG--CAC----ATA-A-GTACATCATC--A-------------------------T----AC-A-A-------TACA-TAC--AT-AT-AC-T--A-GA---ACAT
gi|20672                      : AGAACAGAACAT-----ATA----TT---TTATT---GATTTG--CAC----ATA-A-GTACATCATC--A-TACA---A-TACATACA--TATACT----AG-A-A-------CATT-TAT--AT-AT-ATAT--ATAA---ATATATACA----TA---------TAA---TACA----Tttatatat
gi|20678                      : AGAACAGAACAT-----ATA----TT---TTATT---GATTTG--CAC----ATA-A-GTACATCATC--A-------------------------T----AC-A-A-------TACA-TAC--AT-AT-AC-T--A-GA---ACAT-TTAT-------AT--------A---TATA----TATAT
gi|20677                      : AGAACAGAACAT-----ATA----TT---TTATT---GATTTG--CAC----ATA-A-GTACATCATC--A-------------------------T----AC-A-A-------TACA-TAC--AT-AT-AC-T--A-GA---ACAT-TTAT-------AT--------A---TATA----TATATatatat
gi|20679                      : AGAACAGAACAT-----ATA----TT---TTATT---GATGTG--CAC----ATA-A-GTACATCATC--A-------------------------T----AC-A-A-------TACA-TAC--AT-AT-AC-T--A-GA---ACAT-TTAT-----------------A---TACA----TAatatat
gi|20680                      :  GAACAGGACAG-----GTA----TT---TTATTTTAGACTTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTC--A-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT----AG-A-A-------CTCA-TA---AT-ATCACGT--A-AT---CTATATCGT----TA-ATACAATGTAAG--TACG----TTATTA-----GT-ACCGACATATTCCATCACCATTT
gi|20681                      :  GAACAGAACAG-----ATA----TT---TTATTTCAGATTTG--TAC----ATA-A-ATTCATCG-C--ACT--A---A-TA---ACA--TAT-TT----AC-A-A-------CTCA-TA---AT-ATCACGT--A-AA---CTATATCG---------T------TAG---TACA----TCATTA-----GT-ACTGTCGTATT
gi|20682                      :  GAACAGAACAG-----ACA----TT---TTATTTCAGATTTG--TAA----ACT-A-ATACATCATC-----------A-TA---ACA--TAT-TC----AT-A-A-------CACA-TA---AT-ATCACGT--G-AA---ATA-ACC---------AT------TAA---TACA----TCATTA-----AT-ACCACCATATTTCATTACCATTT
gi|20683                      :  GAACAGAACAGGGCATATA----TT---TTATTT--GACTTA--TAC----ATA-A--TACATCGTC--A-T--A---A-CT---ATA--CAT-TTGTTAAC-A-AATATATTTAGA-TC---AT-GTCACGTGGA-AACACACACATGGT----TATGT------T-A---TA-A----TAAA
gi|20655                      :     CAGAACAG-----ATA----TT---TTATTTCAGATTTG--TGC----ATA-A-ATACATCGTC--A-T--A---A-TA---ACC--TAT-TT----AC-A-A-------CATA-CA---AT-ATCACGT--A-AA---ATAAATTGT----TA-AC------TAA---TACG----TCATTT-----GT-GCCGCCATTTTCCATTatttg
gi|20666                      : aaaaCAGAACAG-----ATA----TT---TCGTTACAGACGTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTC--A-T--A---A-TA---ACA--TAT-
gi|20684                      : aaaaCAGAACAG-----ATA----TT---TTATTTCAGATTTG--CAT----ACA-A-ATACATC--------------A-TA---AAT--TAT-TT----AA-A-A-------CTCA-TA---AT-TTGACAT--A-AA---ATATATCGT----TT-ATACG---TAG---AACA----T-CATTAATAAGT-ACTGTCATAATTCATTACCATTT
gi|20685                      :    aCAGAACAT-----ATA----TT---TTATTTT--ACTTA--TAC----AT--A-GTACATCGTC--A-T--A---ACTAT--ACATGTAT-TA----AC-A-A--------ATA-TATTTAG-ATCATGT--
gi|20650                      :     aAGAACAG-----ATA----TT---TTATTTCAGACTTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTT--A-T--A---A-TA---ACA--TAT-TG----AC-A-A-------CACA-TA---AT-ATCACGT--A-AA---ATATATTGT----TA-AT------TAA---TACA----TAATTT-----AT-ACCGCCATTTCTCATTTACATTT
gi|20660                      :    agaaaACAT-----ATA----TT---TTATTTCAGACTTG--TAT----ATA-A-ATATATCGTC--G-T--A---A-TA---ACA--TAT-GT----AC-A-A-------CTCA-TA---AT-ATCACGT--T-AA---CTATATCGT----TA-ATA-----TGAATGTACA----TCGTTA-----GT-ACCGTCATATTTCAATACCATTT
gi|20686                      :                       agaacagaactgtgAAACTTG--TAC----ATA-A-ATACATTGTC--A-T--A---A-TA---ACA--TAT-CT----AC-A-A-------CCCA-TA---CT-ATCACGT--A-AA---CTAGAACGT----TA-AT------AAA---TACA----TCATTA-----GA-ACCGTCTTATTGCATTACCATTT
gi|20687                      :                                                              CATCTTC--A--------A-TA---A--------TT----AC-A-A-------CTCA-TA---AT-ATCACGC--A-AA---CTATATCTT----TA-AT------AAA---TAAA----TCATTA-----GT-ACCGTCATTT





Alignments
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lowQualScore                  :            333333 1   2222  111     666      11   2222   1 1           1 77 222 2  444   11   6  22 1  1       0000000000  1       11 5  222      1   3333    999999   444     1  4444 55555      0   1       44     
lowQualScore                  :            ...... .   ....  ...     ...      ..   ....   . .           . .. ... .  ...   ..   .  .. .  .       ..........  .       .. .  ...      .   ....    ......   ...     .  .... .....      .   .       ..     
lowQualScore                  :            111111 0   3333  999     444      44   2222   1 1           0 11 888 1  999   44   2  55 1  1       7777777777  1       66 0  333      5   5555    888888   888     0  0000 00000      1   4       33     
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Reference ( family-552 )      :  AGAACAGAAC------ANATA----TT---TTATTTCAGACTTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTCA-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT--A-CA-ACACATA----------AT-ATCACGT--A-AA---ATATAT-CGT----TAAT------TAA---TACATNAT----T----NGTACCGCCATTTTTCATTACCATTT
gi|20649                      :  AGATCAGAAC------AGATA----TT---TTATTTCAGACTTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTCA-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT--A-CA-ATACATA----------AT-ATCACGT--A-AA---ATATAT-TGT----TAAT------TAA---TACATAAA----T----TGTACCGCCATTTTTCATTTACATTT
gi|20650                      :  AGAAAAGAAC------AGATA----TT---TTATTTCAGACTTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTTA-T--A---A-TA---ACA--TAT-TG--A-CA-ACACATA----------AT-ATCACGT--A-AA---ATATAT-TGT----TAAT------TAA---TACATAAT----T----TATACCGCCATTTCTCATTTACATTT
gi|20651                      :  AGAACAGAAC------ATATA----TT---TTATTTCAGTCTTG--TAC----ATA-A-ATACACCGTCA-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT--A-CA-ACACATA----------AT-ATCACGT--A-AA---ATATAT-TGT----TAAT------TAA---TACATAAT----T----TGTACCGCCATTTGTCATTAACATTT
gi|20652                      :  AGAACAGAAT------AGATA----TT---TTATTTCACACTTG--TAC----GTA-A-ATACATCGTCA-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT--A-CA-ATACATA----------AT-ATCACGT--A-AA---GTATAT-TAT----TAAT------AAA---TACATAAT----T----TGTACCGCCATTTTTCATTTACATTT
gi|20653                      :  AGAACTGAAC------AGATA----TT---TTATTTCAAACTTG--TAC----ATA-G-ATACATCGTCA-T--T---A-TA---ACA--TAT-TT--A-CA-ACACATA----------CT-ATCACGT--A-AA---ATATAT-TGT----TAAT------TAA---TACATAAT----T----TGTACCTTCATTTTCCA
gi|20654                      :  AGAACAGAAC------ATATA----TT---TTATTTCAGTCTTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTTA-T--A---A-TG---ACA--TAT-TT--A-CA-ATACATA----------AT-ATCACG---A--------ATAT-TGT----TAAT------TAA---TACATAAA----T----TGTACCGCCACTTTTCATTTACATTT
gi|20655                      :  AAAACAGAAC------AGATA----TT---TTATTTCAGATTTG--TGC----ATA-A-ATACATCGTCA-T--A---A-TA---ACC--TAT-TT--A-CA-ACATACA----------AT-ATCACGT--A-AA---ATAAAT-TGT----TAAC------TAA---TACGTCAT----T----TGTGCCGCCATTTTCCATT
gi|20656                      :  AGAACATAAC------AGATA----TT---TTATTTCAGATTTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTCA-T--A---A-TA---ACA--CAT-TT--A-AA-ACACATA----------AT-ATCACGT--T-AT---ATATAT-TGT----TAAT------TAA---TACATAAT----T----T-TACCGCCATTT
gi|20657                      :  AGAACAGAAC------AGATAAGAGTTATGCTATTTC-GACTTG--TAC----ACA-A-ATACATCGTTA-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT--A-CA-ACATATA----------AC-ATCACGT--A-AA---ATATAT-TGTTTAGTAAT------TAA---TACATTAT----T----TGTACCGCCATTTTCCATTAACATTT
gi|20658                      :  AGAACAAAAC------CGATA----TT---TTATTTCAGATTTA--TAC----ATA-A-ATACATCGTCA-T--T---A-TA---ACA--TAT-TA--A-CA-ACTCATA----------AT-ATCACGT--A-AA---CTATAT-CGT----TAAT------TAA---TATTTAAT----T----AGTAC
gi|20659                      :  AGAACAGAGC------AGAT-----CT---TTATTTCAGACTTG--TAC----ATA-A-ATACATTGTCA-T--A---A-TA---ACA--TAT-TC--A-CA-ACTTATA----------AA-ATCACGT--A-AA---CTATAT-CGT----TAAT------AAG---TGCCTCAT----T----ATAACCGTCATACTTCATT
gi|20660                      :  AGAACAGAACTGTGACATATA----TT---TTATTTCAGACTTG--TAT----ATA-A-ATATATCGTCG-T--A---A-TA---ACA--TAT-GT--A-CA-ACTCATA----------AT-ATCACGT--T-AA---CTATAT-CGT----TAATA-----TGAATGTACATCGT----T----AGTACCGTCATATTTCAATACCATTT
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Alignments
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Reference ( family-552 )      :  AGAACAGAAC------ANATA----TT---TTATTTCAGACTTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTCA-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT--A-CA-ACACATA----------AT-ATCACGT--A-AA---ATATAT-CGT----TAAT------TAA---TACATNAT----T----NGTACCGCCATTTTTCATTANCATTT
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gi|20686                      :                                       AAACTTG--TAC----ATA-A-ATACATTGTCA-T--A---A-TA---ACA--TAT-CT--A-CA-ACCCATA----------CT-ATCACGT--A-AA---CTAGAA-CGT----TAAT------AAA---TACATCAT----T----AGAACCGTCTTATTGCATTACCATTT
gi|20687                      :                                                                CATCTTCA--------A-TA---A--------TT--A-CA-ACTCATA----------AT-ATCACGC--A-AA---CTATAT-CTT----TAAT------AAA---TAAATCAT----T----AGTACCGTCATTT


blockSeqs                     :            TGTGAC G   AGAG  ATG     TCA      AA   GTAC   C T           C AC TCT C  TAT   TG   A  TA T  T       TATTTAGATC  C       GG T  CAC      A   TTAG    ACAATG   ATG     A  TTAA AATAA          T       TA
blockSeqs                     :            .      T   .     .       TCA      .    .      . .           . AC T   C  CAT   .    A  A  .  .       TTTAGATC    .       .  T  .        .   .       ACG      G       A  .    T              T       AA
blockSeqs                     :            .      G   .     .       TCA      .    .      . .           . AC .   .  CAT   .    G  .  .  .       TTTAGATC    .       .  T  .        .   .       A        .       A  .    T              T       TA
blockSeqs                     :            .      G   .     .       TCA      .    .      . .           . AC .   .  CAT   .    A  .  .  .       TTT         .       .  T  .        .   .       .        .       A  .    T              T       TA
blockSeqs                     :            .      T   .     .       TCA      .    .      . .           . AC .   .  CAT   .    A  .  .  .       TTT         .       .  .  .        .   .       .        .       A  .    T              T       AA
blockSeqs                     :            .      G   .     .       TCA      .    .      . .           . .  .   .  CAT   .    A  .  .  .       T           .       .  .  .        .   .       .        .       C  .    T              T       AC
blockSeqs                     :            .      G   .     .       TCA      .    .      . .           . .  .   .  C     .    .  .  .  .       T           .       .  .  .        .   .       .        .       A  .    T              T       TC
blockSeqs                     :            .      G   .     .       TCA      .    .      . .           . .  .   .  T     .    .  .  .  .       T           .       .  .  .        .   .       .        .       T  .    T              T       AC
blockSeqs                     :            .      G   .     .       TCA      .    .      . .           . .  .   .  T     .    .  .  .  .       T           .       .  .  .        .   .       .        .       A  .    T              A       AC
blockSeqs                     :            .      G   .     .       TCA      .    .      . .           . .  .   .  T     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .   .       .        .       C  .    A              A       AC
blockSeqs                     :            .      T   .     .       TCA      .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .   .       .        .       C  .    A              A       AC
blockSeqs                     :            .      T   .     .       TCA      .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .   .       .        .       A  .    A              T         
blockSeqs                     :            .      G   .     .       TGA      .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .   .       .        .       C  .    A              T         
blockSeqs                     :            .      G   .     .       TCA      .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .   .       .        .       T  .    T              A         
blockSeqs                     :            .      G   .     .       CCA      .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .   .       .        .       T  .    A              A         
blockSeqs                     :            .      T   .     .       ACA      .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .   .       .        .       C  .    A              A         
blockSeqs                     :            .      G   .     .       TCA      .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .   .       .        .       C  .    A              A         
blockSeqs                     :            .      G   .     .       TAG      .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .   .       .        .       C  .    A              A         
blockSeqs                     :            .      T   .     .       TTA      .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .   .       .        .       C  .    A              T         
blockSeqs                     :            .      T   .     .       TCA      .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .   .       .        .       C  .    A                        
blockSeqs                     :            .      T   .     .       TCA      .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .   .       .        .                                        
blockSeqs                     :            .      T   .     .       TCA      .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .   .       .        .                                        
blockSeqs                     :            .      T   .     .       TC       .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .   .                                                         
blockSeqs                     :            .      T   .     .       TT       .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .                                                             
blockSeqs                     :            .      T   .     .       TT       .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .        .                                                             
blockSeqs                     :            .      T   .     .       T        .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .                                                                      
blockSeqs                     :            .      T   .     .       T        .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .                                                                      
blockSeqs                     :            .      T   .     .       T        .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .                                                                      
blockSeqs                     :            .      T   .     .       T        .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .  .                                                                      
blockSeqs                     :            .      T   .     .       .        .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .                                                                         
blockSeqs                     :            .      G   .     .       .        .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .  .                                                                         
blockSeqs                     :            .      G   .     .       .        .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .                                                                            
blockSeqs                     :            .      G   .     .       .        .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .       .                                                                            
blockSeqs                     :            .      T   .     .       .        .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .                                                                                    
blockSeqs                     :            .      G   .     .       .        .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .                                                                                    
blockSeqs                     :            .      T   .     .       .        .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .       .           .                                                                                    
blockSeqs                     :                                              .    .      . .           . .  .   .  .     .    .  .  .  .                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                        . .  .   .  .     .    .                                                                                                                 


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originalCons                  :  AGAACAGAAC------ANATA----TT---TTATTTCAGACTTG--TAC----ATA-A-ATACATCGTCA-T--A---A-TA---ACA--TAT-TT--A-CA-ACACATA----------AT-ATCACGT--A-AA---ATATAT-CGT----TAAT------TAA---TACATNAT----T----NGTACCGCCATTTTTCATTANCATTT
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