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Reference ( gi|111095 )       : TTGGTTTAAACAATATTTTATTCA-AGAACTGTACAT--------AG-TATA--T-------T-A-CATA--ACATT---T-A--CA-A-T----TCAT-A-A-A--T-G-ACAA-----AC-A-------A-----T-TCTA-A-G---AAT-T--------G--------GGATTTAG-------AAAA-AA-GCTA------ATT----AGCTTGTATGAATCTAG
gi|111096                     : TTGGTTTAAACAATATTTTATTCA-AGAACTGTACAT--------AG-TATA--T-------T-A-CATA--ACATT---T-G--CA-A-T----TCAT-A-A-A--T-G-ACAG-----AC-A-------A-----T-TCTA-A-G---AAT-T--------G--------GAATTTAG-------AAAA-AA-GCTA------ATT----AGCTTGTATGAATCTAG
gi|111097                     : TTGGTTTAAACAATATTTTATTCA-AGAACTGTACAT--------AG-TATA--T-------T-A-CATA--ACATT---T-G--CA-A-T----TCAT-A-A-A--T-G-ACAA-----AC-A-------G-----T-TCTA-A-G---AAT-T--------G--------GGATTTAG-------AAAA-AA-GCTA------ATT----AGCTTGTATGAATCAAG
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Alignments
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Reference ( family-549 )      : TTGGTTTAAACAATATTTTATTCA-AGAACTGTACAT--------AG-TATA--T-------T-A-CATA--ACA-TTT--GCA-A-T----TCAT-A-A-A--T-GACAA-----AC-A-------A-----T-TCTA-A-G---AAT-T--------G--------GGATTTAG-------AAAA-AA-GCTA------ATT----AGCTTGTATGAATCTAG
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gi|111118                     : TTAGTTTAAACAATATTTTATTCACATAA--GTACAT--------A--TAT---T-------T-AGCAT---ACA-TTTA-ACA-A-TAAAGTCAT-A-C-G--T---TTA-----ACGA-------A-----T-TATGTG-G---AA-----------A--------GGATACAG-------AAAA-AA-GCT--------TTAGA-AGCTTGTGTAAATCT
gi|111119                     : TTAGTTTAAACAATATTTTATTCACATAA--GTACAT--------A--TAT---T-------T-AGCAT---ACA-TTTA-ACA-A-------CA--A-A-G--T---CAT-----AC-G---------------TTTA-ACG---AAT-T--------GTGTGGAAAGGATACAG-------AAAA-AA-ACT--------TTAGA-AGCTTGTGTAAATCT
gi|111120                     : TTAGTTTAAAC-ATATTTTATTCA-CAAATTGTATAC--------AATTATA--T-------T-G-AA-A--ATA--TT--GCATA-T----TAGT--------T-AACAC-----AT-GTGT----A-----T-TC-A-A-T---TAT-TAAA-----G--------GGATTCAG-------AAGA-AA-GCTT------A-C----AGCTTTTGTGAATCT
gi|111121                     : TTAGTTTAAACAATATTTTATTCACATAA--GTACAT--------A--TAT---T-------T-AGCATA--A-A-TTTA-ACA-A-TAAAGTCAT-A-C-G--T---TTA-----ACGA-------A-----T-TATGTG-G---AA-----------A--------GGATACAG-------AAAA-AA-GCT--------TTAGA-AGCTTGTGTAAATCT
gi|111122                     : TTAGTTTAAACAGTATTTTATTCACATAA--GTACATATATTTAGAA-TATA--T-------T-----TA--ACA-ATGAAGCA-A-TAAAGTCAT-A-C-A--T---CTA-----AC-AC------A-----T-TATGTG-G---AAT-------------------GGATACAG-------AAAA-AA-GCT--------TTTGA-AGCTTGTGTGAATCT
gi|111123                     : TTAGTTTAAACAATATTTTATTCACAG---TATACAT--------GG-TA-G--T-----------CAT---ACA-TT----CA-A-T------AT-A-C-A--T-ATTAA--------A-------A-----T-TTCA-A-GGGAAA-----------A--------GGAATCAG-------AAGA-AA-GCTAT-----AAT----AGCTTATATGTATTT
gi|111124                     :  TAGTTTAAACAATATTTTATTCACATAA--GTACAT--------A--TAT---T-------T-AGCAT---ACA-TTTA-ACA-A-TAAAGTCAT-A-C-G--T---TTA-----ACGA-------A-----T-TATGTG-G---AA-----------A--------GGATACAG-------AAAA-AA-GCT--------TTAGA-AGCTTGTGTAAATCT
gi|111125                     :  TAGTTTAAACAATATTTTATTCACATAA--GTACAT--------A--TAT---T-------T-AGCAT---ATATTTT--ACA-A-TAAAGTCAT-A-A-GTTT-AACGA-----AC-T-------A-----TGT----G-G---AA-----------A--------GGATACAG-------AAAA-AA-GCT--------TTAGA-AGCTTGTGTAAATCT
gi|111126                     :   GGGTTAAACAATATTTTATTCA-AAAACTGTACAT--------AG-TATA--T-------T-A-TATA--ACA-TTT--GCA-A-T----TCAT-C-A-A--T-GACAA-----AC-A-------A-----T-TCCT-A-G---AAT-T--------T--------GGATTTAC-------AAAA-CA-GCTA------ATT----AGCTTGTATGAAATTAG
gi|111127                     :   GGTTTAAA-AATATTTTATTCA-AGTACTATATAT-----------------T-------T-A-CATA--AAA-TTT--ACA-A-T----TCAT-G-A-G--TTGACAA-----AC-A-------C-----T-GCTA-A-A---AAT-T--------G--------GGATTTGG-------ATAA-AA-GCTATTTCCGATTTTAAAGCTGGTTTGAATCTAG
gi|111128                     :    GTTTAAACAATATTTTATTCACATAA--GTACAT--------A--TAT---T-------T-AGCAT---ACA-TTTA-ACA-A-TAATCTCAT-A-C-G--T---TAA-----ACGA-------A-----T-TATGTG-G---AA-----------A--------GGATACAG-------AAAA-AA-GCAG------CTTTAGAAGCTTGTGTAAATCT
gi|111129                     :     TTTAAACAATATTTTATTCA-AGAATTGTACAT--------AG-TATA--T-------T-A-CGCA--ACA-TTT--GCA-G-T----TTAT-A-ACA--T-AAAAA-----AA-A-------AATAATT-TCTA-A-G---TAT-A--------A--------GTATTTAG-------GAAA-AA-GCTA------ATT----AGTTTGTATGATTC
gi|111130                     :            AATAGTTTATTCA-AGAACTTTACAA--------TG-CATA--T-------T-A-CATA--ACA-TTT--GCA-A-T----TTAT-A---------ACAC-----AT-G-------A-----T-TTTA-G-G---AATAC--------G--------GAATAAGG-------AAAG-AA-GCTA------GTT----ATCTTGTATTAATCAAG
gi|111131                     :             ATCTTTCATTTA-AGAGCTGTACAA--------AG-TATA--T-------T-A-CATA--ATA-TTT--GCA-G-C-----------A-A--T-T-CAA-----AC-A-------A-----T-ACTT-A-G---AAT-T--------G--------GAATTTTG-------AA
gi|111132                     :                            AACTATACAT--------A----TA--T-------T-G-T---------TTT--GCA-A-T----TCAT-A-A-AA-T-GACAA-----AC-A-------A-----T-TC---A-G---AA---------------------AA---AA-------AAAACAA-GCTA------GTT----AGCTTGAATGAATCTAG
gi|111133                     :                                    AT--------AG-TATA--T-------T-A-AATA--ACA-TTT--GCA-A-T----TCAT-A-A-A--T-GACAA-----GC-A-------A-----T-TCTA-A-G---AAT-T--------G--------GGATTCAG-------AAAA-AA-GCTA------ATT----AGCTTGTATGAATCTAG
gi|111134                     :                                                     --T-------T-A-TATA--ACA-TTT--GCA-A--------AT-G-G-C--T-GAGAACTTTTAC-ATGTCATTAC----T-TTTA-A-G---GAT-T--------G--------TGATTTAG-------AAAA-AATGTTG------ATA----AGCTTGTATAAATCTGG


blockSeqs                     :                         C    C       ATATTTAG AT   ATA AACATAG A G   ATT   T   AA   C C AAAG    A T C TT TG    CTTTT  ATGTCATTAC      G    T C GGA  TTGTGTGGAAA                 AGAGGGA    C  C   ATTTCCG   TTAA
blockSeqs                     :                         C    C       .        G    A   A       . G   A     .   A    T . AAAG    A . . A  G     .      AAATAAT         .    T T .    TTATGTGGAAA                 AAGA       .  T   AT        TAGA
blockSeqs                     :                         C    C       .        G    A   .       . G   A     .   A    . . AAAG    . . . .  G     .      GTGTA           .    T C .    TTGTGTGGAAA                 A          .  .   AT        AGA 
blockSeqs                     :                         C    C       .        G    A   .       . G   A     .   A    . . AAAG    . . . .  A     .      GAA             .    T . .    TTAAAG                      A          .  .   A         AGA 
blockSeqs                     :                         C    C       .        G    A   .       . G   A     .   A    . . AAAG    . . . .  G     .      GAA             .    T . .    TACG                        A          .  .   A         AGA 
blockSeqs                     :                         C    C       .        G    A   .       . G   A     .   A    . . AAAG    . . . .  G     .      GAA             .    T . .    TTG                         .          .  .   A         AGA 
blockSeqs                     :                         C    C       .        G    A   .       . G   A     .   A    . . AATC    . . . .  G     .      ACA             .    . . .    TTG                         .          .  .   A         AGA 
blockSeqs                     :                         C    C       .        G    A   .       . G   A     .   A    . . AAC     . . . .  G     .      GAA             .    . . .    TTG                         .          .  .   A         AGA 
blockSeqs                     :                         C    C       .        G    A   .       . .   A     .   A    . . AAA     . . . .  G     .      GAA             .    . . .    TTG                         .          .  .   A         TGA 
blockSeqs                     :                         C    C       .        G    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  G     .      AA              .    . . .    TTG                         .          .  .   A         AGA 
blockSeqs                     :                         C    C       .        G    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  G     .      AG              .    . . .    TTG                         .          .  .   A         AGA 
blockSeqs                     :                         .    C       .        G    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  G     .      AA              .    . . .    TTG                         .          .  .   A         .   
blockSeqs                     :                         .    C       .        G    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  G     .      AA              .    . . .    TTG                         .          .  .   A         .   
blockSeqs                     :                         .    C       .        G    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  G     .      AA              .    . . .    TTG                         .          .  .   A         .   
blockSeqs                     :                         .    C       .        G    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  G     .      AA              .    . . .    TTA                         .          .  .   T         .   
blockSeqs                     :                         .    C       .        G    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  C     .      AA              .    . . .    TTA                         .          .  .   T         .   
blockSeqs                     :                         .    C       .        G    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  G     .      AA              .    . . .    TTG                         .          .  .   A         .   
blockSeqs                     :                         .    C       .        G    T   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  G     .      AA              .    . . .    TAG                         .          .  .   A         .   
blockSeqs                     :                         .    C       .        G    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  G     .      AA              .    . . .    ATG                         .          .  .   T         .   
blockSeqs                     :                         .    T       .        G    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  G     .      AA              .    . . .    ATG                         .          .  .   A         .   
blockSeqs                     :                         .    C       .        A    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  A     .      AA              .    . . .    ATG                         .          .  .   G         .   
blockSeqs                     :                         .    C       .        G    G   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  A     .      AA              .    . . .    TTT                         .          .  .   A         .   
blockSeqs                     :                         .    T       .        G    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  A     .      AT              .    . . .    TTG                         .          .  .   A         .   
blockSeqs                     :                         .    C       .        G    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  G     .      AA              .    . . .    TAA                         .          .  .   A         .   
blockSeqs                     :                         .    C       .        G    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  A     .      AA              .    . . .    TTG                         .          .  .   A         .   
blockSeqs                     :                         .    C       .        G    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  T     .      TA              .    . . .    TTG                         .          .  .   G         .   
blockSeqs                     :                         .    .       .        G    A   .       . .   A     .   .    . . .       . . . .  G     .      AA              .    . . .    TTG                         .          .  .   .         .   
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gi|111130                     :            AATAGTTTATTCA-AGAACTTTACAA--------TG-CATA--T-------T-A-CATA--ACA-TTT--GCA-A-T----TTAT-A---------ACAC-----AT-G-------A-----T-TTTA-G-G---AATAC--------G--------GAATAAGG-------AAAG-AA-GCTA------GTT----ATCTTGTATTAATCAAG
gi|111131                     :             ATCTTTCATTTA-AGAGCTGTACAA--------AG-TATA--T-------T-A-CATA--ATA-TTT--GCA-G-C-----------A-A--T-T-CAA-----AC-A-------A-----T-ACTT-A-G---AAT-T--------G--------GAATTTTG-------AA
gi|111132                     :                            AACTATACAT--------A----TA--T-------T-G-T---------TTT--GCA-A-T----TCAT-A-A-AA-T-GACAA-----AC-A-------A-----T-TC---A-G---AA---------------------AA---AA-------AAAACAA-GCTA------GTT----AGCTTGAATGAATCTAG
gi|111133                     :                                    AT--------AG-TATA--T-------T-A-AATA--ACA-TTT--GCA-A-T----TCAT-A-A-A--T-GACAA-----GC-A-------A-----T-TCTA-A-G---AAT-T--------G--------GGATTCAG-------AAAA-AA-GCTA------ATT----AGCTTGTATGAATCTAG
gi|111134                     :                                                     --T-------T-A-TATA--ACA-TTT--GCA-A--------AT-G-G-C--T-GAGAACTTTTAC-ATGTCATTAC----T-TTTA-A-G---GAT-T--------G--------TGATTTAG-------AAAA-AATGTTG------ATA----AGCTTGTATAAATCTGG