lowQualScore                  :                                           11               1                       33333333333     1111111111111111                   11111111111111111111111                                               1                                      
lowQualScore                  :             88  2  1 999999    1   6 1    88 3     4  1    0            7  1   66  11111111111  1  9999999999999999 1     1  2222     99999999999999999999999  2222  55  11 11   1  66666666 33333  8       5     2   2  2   333      55555        
lowQualScore                  :             ..  .  . ......    .   . .    .. .     .  .    .            .  .   ..  ...........  .  ................ .     .  ....     .......................  ....  ..  .. ..   .  ........ .....  .       .     .   .  .   ...      .....        
lowQualScore                  :             33  4  2 333333    1   7 1    88 6     2  1    1            1  0   55  55555555555  0  6666666666666666 0     0  2222     44444444444444444444444  3333  99  55 55   1  11111111 00000  3       0     0   0  0   555      00000        
consensus                     :       ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCGGC-AA-ACATATGCCTTTGGCCATTT-ACA--AT-GTT-------TT-TA-----A---AT---C-A-TATGG-CA----AAGACA--TGACA----ANT--------AC----AT--AT--T--ACA-AT------C-A-----ATACATTTTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
Reference ( gi|91183 )        :       ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGC-AA-ACATATGCCTTTGGCCACTT-ACA--AT-CTC-------TT-TA-----A---AT---C-A-TATGG-CA----AAGACA--TGACA----AAT--------AC----AT--AT--T--ACA-AT------C-A-----ATGCATTTTGCATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91179                      :       ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAAC-AA-AAATATGCCTTTGGCCATTT-ACA--AT-ATT-------TT-TA-----A---AT---C-A-TATGG-CA----AAGACA--TAACA----ATT--------AC----AT--AT--T--ACA-AT------C-A-----ATACATTTTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91180                      :       ATTCAA--TT-CA-A------ATTT-ATT-G-GCAAACTATCAGC-AA-AAATATGCCTTTGGCCATTT-ACA--AT-ATT-------TT-TA-----A---AT---C-A-TACGG-CA----AAGACA--TAACA----ATT--------AC----AT--AT--T--ACA-AT------C-A-----ATACATTTTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATAAATAA
gi|91181                      :       ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-AT--G-GCAAACTATCAGC-AC-AAATATGCCTTTGGCCATTT-ACA--AT-ATT-------TT-TA-----A---AT---C-A-TATGG-CA----AAGACA--TAACA----ATT--------AC----AT--AT--T--ACA-AT------T-A-----ATACATTTTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAAT-----ATATATAA
gi|91185                      :       ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGC-AA-ACATATGCCTTTGACCATTT-ACAATAT-TTT-------TT-TA-----A---AT---C-A-TATGG-CA----AAGACA--TGAC-----AAT--------A-----AC--AT--T--GCA-GT------C-A-----ATACATTTTGAATTGT-TAA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91186                      :       ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGC-AA-ACATATACCTTTGGTTATTT-ACA--AT-ATC-------TT-TA-----A---AT---C-A-TATGG-CA----ACGGCA--TGACA----ATA--------AG----AT--AT--T--ACA-AT------C-A-----ATATATTTTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----TTATATAA
gi|91182                      :       ATTAAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGC-AA-AAATATGCCTTTGGCCATTT-ATA--AT-AT--------TT-TA-----A---AT---C-A-TATGG-CA----AAGACA--TAACA----ATT--------AC----AT--AT--T--ACA-AT------C-A-----ATACATTTTGAATTGT-TTA-AA-GAT---AATAGT-----ATATATAA
gi|91187                      :       ATGCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGC-AA-ACATATGCCTTTGATCATTT-ACA--AT-ATT-------TC-TA-----A---AT---C-A-TATGA-CA----AAGACA--TGACA----ATA--------AC----AT--AT--T--ACA-AT------C-------ATACATTTTGAATTG--TTA-AA-TGT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91184                      :       ATCCAA--TT-CA-A------CTTT--TT-G-GCAAACTATCAGC-AA-ACATATGCCTTTGGCCATTT-ACA--AT-AAT-------TT-T------A---AC---C-A-TGTGG-CA----AAGACA--TGACA----ATA--------AC----AT--AT--T--ACA-ATTACATGT-A-----ATACATTTTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGC-----ATATATAA
gi|91188                      :       ATTCAA--TTTCA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGT-GA-ACATATTCATTTGGCTATTT-AAA--AC-ATT-------TT-TA-----A---AT---C-A-TGTGG-CA----AAGAAA--TGACA----ATA--------AA----AT--TT--T--AAA-AT------A-A-----ATACATTCTGAATGGT-TTA-AG-AAT---CGTATT-----ATGTGTAA
gi|91189                      :       ATTAAA--TT-CA-A------TTTT-ATA-A-GCAAACTATCAGC-AA-ACATATCAGGTTGACCATTT-ATA--AC-GTT-------TT-TA-----A---AT---C-A-TATGG-CA----AAGACA--TG------------------GC----AT--AT--T--ATT-AT------C-A-----ACACATTTTGAATTGT-T--------T---TATAAT-----ATATATAA
gi|91190                      :       ATTCAA--TT-CA-A------CTTT-ATT-G-ATAAGTTTTCAGC------------CTTCGGCCATTT-ACA--AT-ATA-------TT-TA-----A---AG-----A-CATGG-CA----CAGACA--TGGCA----ATA--------AC----AT--AT--T--ACA-AT------C-A-----ATACAGTTTGAATGGT-TAA-GG-TAT---CAAAGA-----ATACATAA
gi|91191                      :       ATTCAA--TT-CA-G------TTGT-ATT-G-TCAAACTTTCACC-AA-ACATA-GCTTTTGGCAATTC-ACA--TT-ATA--------T-TA-----A---AT---C-A-TATGG-CA----AATATA--TGACA----ACT--------AT----TT--AT--T--CCA-AG------G-C-----ATACATTGTAAAAAGT-TTAGAA-TAT----ATAGTACTGAATATGTAA
gi|91192                      :       ATTCAAGTTT-CA-AA-----GTTT-ATT-A-GCAA-CT--CGGC-AACACATTTGCCTTTGACCATTT-ACA--AT-GAT-------TA-TA-----G---A----A-A-TATGG-CA----AAGACA--T
gi|91194                      :        TTCAA--TTTCA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGC-AA-ACATATGCCTTTGGCCATTT-ACA--CT-ATT-------TT-TA-----A---AT---C-A-TATGG-CA----AAGACA--TAAAC----ATT--------AC----AT--AT--T--ACA-AC------C-A-----ATACATTTTGAATTTT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAAtaatatagagttgaatacaacaaataca
gi|91195                      :        TTTAA--TT-TA-A------TTTTTATT-T-ACAAACTATCAGC-AA-ACATATGCCTTTGGCCG-TT-ACA--AC-ATG-------TT-CA-----A---AT---C-A-TTTGG-CA----AAGACA--TCACA----ATA--------AC----AT--AT--T--TAA-AT------C-A-----ATACAGTTTGAATTGT-TCA-AG-TAT---CATAGT-----ATACATAA
gi|91197                      :        TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAAA-ACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACAC-AT--TCAAATTAATT-TA-----A----------A-TATGG-CA----TAGACA--T-ACA----ATT--------AT----ATGAAA--T--ACA-AA------CAA-----ATACAT
gi|91196                      :        TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAAA-ACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACAC-AT--TCAAATTAATT-TA-----A----------A-TATGG-CA----TAGACA--T-ACA----ATT--------AT----ATGAAA--T--ACA-AA------CAA-----ATACAT
gi|91199                      :        TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAAA-ACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACAC-AT--TCAA-----AT-TA-----ATTTAT-----A-TATGG-CA----TAGACA--T-ACA----ATT--------AT----ATGAAA--T--ACA-AA------CAA-----ATACAT
gi|91198                      :        TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATTCA-GCAA----TTGGC-AA-AT-TATGCCTTTGGCCTTTT-ACA--AA-GT--------TT-TACAAAGA---A------A-TATGG-CA----AATACA--ATACA----AATTGTAACAAAC----AT--A---T--AAA-AT------A-A-----A--CATT
gi|91200                      :         TCAA--TT-CA-G------TTTT-ACT-G-GCAAACTATCAGC-AA-ACATATACCTTT-------T-ACA--AT-TTT-------TT-TA-----A---AT---C-A-TATGG-CA----AAGATA--TGACA----ATA--------AC----AT--AT--T--ACA-AT------A-A-----GTACATTTTGAATTGT-TTT-AG-TAT---TATAGT-----ATTTATGAacttaaat
gi|91202                      :         TCAA--AT-CA-AG-----TTTT-ATT-G-GCAA--TTTTGGC-AA-ACATTTGCCTTTGGCCATTT-ACA--AA-GTT-------TT-TA-----A---ATA--A-A-TATGG-CC----AAGACA--C--------AAT--------AC----AC--A------ACA-A
gi|91193                      :    tcaaaTCAA--AT-CACA------TTTT-ATT-G-GCA---TTTCGAC-AA-ACATTTGCCTTTGGCCATTT-GCA--AA-ATT-------TT-GA-----A---ATA--G-A-TATGG-CC----AAGAC------CC----AAT--------AC----AC--AA--C--AAA-AT------C-A-----
gi|91203                      : attacaaaTCAA--AT-CA-AA-----TTTT-ATT-G-GCAA--TTTCGGT-CA-ACATTTGCCTTTAGACATTT-ACA--AT-GTT-------TT-TA-----A---ATA--A-A-TATGG-TC----AAGACA--C--------AAT--------AC----AC--A------ACA-Ataaatatcatt
gi|91205                      :         TCAA--TT-CA-AAACAAATTAT-ATT-G-ACAA--TTTCGGC-AA-ACATTTGCCTTTGGCAATTT-ACA--ATGTTT-------TT-TA-----A---ATA--A-A-TATGGCCAATACAATACA--CAACA----AA---------------AT--AT--TAAACA-A---------A-----AT-CATTTaataa
gi|91201                      :         TCAA--TC----A------TTTT-ATTCA-GCAA----TCAGT-AA-ATTT-TGCCTTTGGCCATTT-ACA--AG-GTT-------TTATA-----A---ATA--A-A-TATTG-CA----AAGAC------------AAT--------AC----AT--AT--T--GTA-AT------A-A-----A
gi|91204                      :     tcaaTCAA--AT-CA-A------GTTC-ATTCA-GCAA----TCGGC-AA-ATTT-TGTCTTCGGCCATTT-ACA--AA-GT--------TT-TACAAAGA---A------A-TATGG-CA----AAGAC------------AAT--------AC----AT--AT--T--ATA-AT------A-A-----A---------CATTAT---------------ATAGC-----ATATATAAcata
gi|91206                      :      tcaagAA--TC-AA-A------TTTT-ATT-T-GCAG--TGTCGGC-AA-ACATTTGCATTTGGCCTTTT-ACA--AT-GTT-------AT-TA-----A---AT---CAA-TATGG-CC----AAGA-----GACAAAATAAT--------AA----AT--ATCAT--ACA-
gi|91207                      :           ca--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGC-AA-AAATATGCCTTTGGCCATTT-ACA--AT-ATT-------TT-TA-----A---AT---C-A-TATGG-CA----AAGACA--TAAAA----ATT--------AC----AT--AT--T--ACA-AT------C-A-----ATACATTTTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAAcacaaa
gi|91208                      :             --TT-CA-AA-----TTTT-TTT-G-GCAA--TTTCGGC-AA-ACATTTGCCTTTGGCCATTT-ACA--AA-GTT-------TT-TA-----A---ATA--A-A-TATGG-CC----AAGACA--C--------AAT--------AC----AC--AA--C--AAA-AT------C-A-----
gi|91211                      :             --TT-CA-AA-----TTTT-ATT-G-GCAA--TTTCGGC-AA-ACATTTGCCTTTGGTCATTT-ACA--AA-GTA--------T-TA-----A---ATA--A-A-TATGG-CC----AAGACA--C--------ATT--------AC----AC--AA--C--AAA-AT------C-A-----taaatatcatt
gi|91212                      :             --TT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAAA-ACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACAC-AT--TCAAATTAATT-TA-----A----------A-TATGG-CA----TAGACA--T-ACA----ATT--------AT----TTGAAA--T--ACA-AA------CAA-----ATACATtaaatatcatt
gi|91210                      :             --TT-CA-A------GTTT-ATTCA-GCAA----TCGGC-AA-AT-TATGCCTTTTGCCATTT-ACA--AA-GT--------TT-TACAAAGA---A------A-TATGG-CA----AAGAC------------AAT--------AC----AT--AT--T--GTA-A
gi|91209                      :             --TT-CA-A------GTTT-ATTCA-GCAA----TCAGC-AA-ATTT-TGCCTTTGGCCATTTAAAA--AG-GTT-------TA-TA-----A---GA---A-A-TATGG-CA----AAGAC------------AAT--------AC----AT--AT--T--GTA-AT------A-A-----Acacacatat
gi|91213                      :                   A-A------TGTT-ATT-G-GCAA--TTTCGGC-AA-ATATTTGCCTTTGGCCATTT-ACA--AT-GTT-------TC-TC-----A---ATA--A-A-TATGG-CC----AATACA--CGAAA----CAC--------ACCAAAAT--AT--T--AAATAT------C-ATACACATACATGTTA---TGTATTA-AGCTATACACATATT-----GAATATAAcatat
gi|91214                      :                           caTTT-ATTCA-GCAA----TCGGC-AA-ATTT-TGCCCTTGGCCATTT-AC---AT-AGT-------TT-TACAAAGA---A------A-TATGG-TA----AAGACAATT---------AT--------AC----AT--AT--A--ATA-AA------C-A-----TTACAT
gi|91215                      :                             TTT-ATT-GAGCAA----TCGGC-AA-TTTT-TGCCTTTAGCCGTTT-ACA--AA-GT--------TT-TACAAAGA---A------A-TATGG-CA----AAGAC------------AAT--------AT----AT--AT--T--GTA-A-------C-A-----A
gi|91216                      :                                              ATGAGC-AA-ACATATTCCTTTGGCCATTT-ACA--AT-ATA-------AT-TA-----A---AT---C-A-TAATG-CA----AAGACG--GGGCA----ATG--------AC----AC--AT--T--ACA-AT------C-T-----ATATATTAAGAACAGT-TCA-AC-TAA---CATAGG-----ATATATAagatat
gi|91217                      :                                               TCGGC-AA-ACATTCGCCTTTGGCCATTT-AAA--AT-GTT-------TT-TA-----A---ATAAAC-A-TAT---CC----AAGACA--
gi|91218                      :                                                             TGGCCTTGGCTATTT-ACAC-AG-TTT-------TA-CA-----A---AG---A-AATATGG-CA----AAGAC------------AAT--------AC----AT--AT--T--GTA-AT------A-A-----A--CAT-----ATAAA-TCA-A--TAT---TATAGT-----A-ATATAAcattacacaacaaaaccatacgt





Alignments
lowQualScore                  :                                            11                                                               11111              11111                                  11111111111                                                          
lowQualScore                  :              88  2  1 999999    1   6 1    77 3       1 4   9               1   3 88888888  44 111 7   111  99999 1            66666    9999999999  2222  55 0 11   2 22222222222 22222   3    22         1   1  1   333      44444        
lowQualScore                  :              ..  .  . ......    .   . .    .. .       . .   .               .   . ........  .. ... .   ...  ..... .            .....    ..........  ....  .. . ..   . ........... .....   .    ..         .   .  .   ...      .....        
lowQualScore                  :              11  4  1 000000    1   5 1    88 6       0 1   6               0   0 22222222  11 888 0   888  55555 0            33333    3333333333  2222  66 8 44   1 99999999999 66666   2    11         9   9  9   333      88888        
consensus                     :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCGGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----G--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGCAAAGAC-ATG-ACAATT--------AC----AT--ATT--ACA-AT------C---A-----ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
Reference ( family-544 )      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCGGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----G--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGCAAAGAC-ATG-ACAANT--------AC----AT--ATT--ACA-AT------C---A-----ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91179                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAACAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGCAAAGAC-ATA-ACAATT--------AC----AT--ATT--ACA-AT------C---A-----ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91180                      :        ATTCAA--TT-CA-A------ATTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TACGGCAAAGAC-ATA-ACAATT--------AC----AT--ATT--ACA-AT------C---A-----ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATAAATAA
gi|91181                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-AT--G-GCAAACTATCAGCAC-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGCAAAGAC-ATA-ACAATT--------AC----AT--ATT--ACA-AT------T---A-----ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAAT-----ATATATAA
gi|91182                      :        ATTAAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ATA-AT----A--TT--T---T--AA---AT---C-A-TATGGCAAAGAC-ATA-ACAATT--------AC----AT--ATT--ACA-AT------C---A-----ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AA-GAT---AATAGT-----ATATATAA
gi|91183                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCACTT-ACA-AT----C--TC--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGCAAAGAC-ATG-ACAAAT--------AC----AT--ATT--ACA-AT------C---A-----ATG-CATT--TTGCATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91184                      :        ATCCAA--TT-CA-A------CTTT--TT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--AT--T---T-T-A---AC---C-A-TGTGGCAAAGAC-ATG-ACAATA--------AC----AT--ATT--ACA-ATTACATGT---A-----ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGC-----ATATATAA
gi|91185                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGACCATTT-ACA-AT----ATTTT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGCAAAGAC-ATG-ACAA-T--------A-----AC--ATT--GCA-GT------C---A-----ATA-CATT--TTGAATTGT-TAA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91186                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATACCTTTGGTTATTT-ACA-AT----A--TC--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGCAACGGC-ATG-ACAATA--------AG----AT--ATT--ACA-AT------C---A-----ATA-TATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----TTATATAA
gi|91187                      :        ATGCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGATCATTT-ACA-AT----A--TT--T---C-TAA---AT---C-A-TATGACAAAGAC-ATG-ACAATA--------AC----AT--ATT--ACA-AT------C---------ATA-CATT--TTGAATTG--TTA-AA-TGT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91188                      :        ATTCAA--TTTCA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGTGA-A-CATATTCATTTGGCTATTT-AAA-AC----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TGTGGCAAAGAA-ATG-ACAATA--------AA----AT--TTT--AAA-AT------A---A-----ATA-CATT--CTGAATGGT-TTA-AG-AAT---CGTATT-----ATGTGTAA
gi|91189                      :        ATTAAA--TT-CA-A------TTTT-ATA-A-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATCAGGTTGACCATTT-ATA-AC----G--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGCAAAGAC-ATG---------------GC----AT--ATT--ATT-AT------C---A-----ACA-CATT--TTGAATTGT-T--------T---TATAAT-----ATATATAA
gi|91190                      :        ATTCAA--TT-CA-A------CTTT-ATT-G-ATAAGTTTTCA------------GCCTTCGGCCATTT-ACA-AT----A--TA--T---T-TAA---A----G-A-CATGGCACAGAC-ATG-GCAATA--------AC----AT--ATT--ACA-AT------C---A-----ATA-CAGT--TTGAATGGT-TAA-GG-TAT---CAAAGA-----ATACATAA
gi|91191                      :        ATTCAA--TT-CA-G------TTGT-ATT-G-TCAAACTTTCACCAA-A-CATA-GCTTTTGGCAATTC-ACA-TT----A--TA--T---T--AA---AT---C-A-TATGGCAAATAT-ATG-ACAACT--------AT----TT--ATT--CCA-AG------G---C-----ATA-CATT--GTAAAAAGT-TTAGAA-TAT----ATAGTACTGAATATGTAA
gi|91192                      :        ATTCAAGTTT-CA-AA-----GTTT-ATT-A-GCAA-CT--CGGCAACA-CATTTGCCTTTGACCATTT-ACA-AT----G--AT--T---A-TAG---A----A-A-TATGGCAAAGAC-AT
gi|91193                      :          TCAA--AT-CACA------TTTT-ATT-G-GCA---TTTCGACAA-A-CATTTGCCTTTGGCCATTT-GCA-AA----A--TT--T---T-GAA---ATA--G-A-TATGGCCAAGAC------CCAAT--------AC----AC--AAC--AAA-AT------CATAA-----ATATCATT--taatatagagttgaatacaacaaataca
gi|91194                      : attacaaaTTCAA--TTTCA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-CT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGCAAAGAC-ATA-AACATT--------AC----AT--ATT--ACA-AC------C---A-----ATA-CATT--TTGAATTTT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91195                      :         TTTAA--TT-TA-A------TTTTTATT-T-ACAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCGTT--ACA-AC----A--TG--T---T-CAA---AT---C-A-TTTGGCAAAGAC-ATC-ACAATA--------AC----AT--ATT--TAA-AT------C---A-----ATA-CAGT--TTGAATTGT-TCA-AG-TAT---CATAGT-----ATACATAA
gi|91196                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACACATTCAAA--TTAAT---T-TAA----------A-TATGGCATAGAC-AT--ACAATT--------AT----ATGAAAT--ACA-AA------CA--A-----ATA-CAT
gi|91197                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACACATTCAAA--TTAAT---T-TAA----------A-TATGGCATAGAC-AT--ACAATT--------AT----ATGAAAT--ACA-AA------CA--A-----ATA-CAT
gi|91198                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATTCA-GCAA----TTGGCAA-A-T-TATGCCTTTGGCCTTTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGCAAATAC-AAT-ACAAATTGTAACAAAC----AT--A-T--AAA-AT----------A-----A-A-CATTACTTAAAT
gi|91199                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-AC--AC----A--TT--CAAAT-TAATTTAT-----A-TATGGCATAGAC-AT--ACAATT--------AT----ATGAAAT--ACA-AA------CA--A-----ATA-CAT
gi|91200                      :          TCAA--TT-CA-G------TTTT-ACT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATACCTTT-------T-ACA-AT----T--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGCAAAGAT-ATG-ACAATA--------AC----AT--ATT--ACA-AT------A---A-----GTA-CATT--TTGAATTGT-TTT-AG-TAT---TATAGT-----ATTTATGA
gi|91201                      :          TCAA--TC----A------TTTT-ATTCA-GCAA----TCAGTAA-A-TTT-TGCCTTTGGCCATTT-ACA-AG----G--TT--T---TATAA---ATA--A-A-TATTGCAAAGAC--------AAT--------AC----AT--ATT--GTA-AT------A---A-----ACA-TA
gi|91202                      :      tcaaTCAA--AT-CA-AG-----TTTT-ATT-G-GCAA--TTTTGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGCCAAGAC-----ACAA-T--------AC----AC--A----ACA-A
gi|91203                      :     tcaaaTCAA--AT-CA-AA-----TTTT-ATT-G-GCAA--TTTCGGTCA-A-CATTTGCCTTTAGACATTT-ACA-AT----G--TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGTCAAGAC-----ACAA-T--------AC----AC--A----ACA-A-----------A-----ATA-
gi|91204                      :          TCAA--AT-CA-A------GTTC-ATTCA-GCAA----TCGGCAA-A-TTT-TGTCTTCGGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGCAAAGAC--------AAT--------AC----AT--ATT--ATA-AT----------A-----A-A-CATT------AT------------------ATAGC-----ATATATAAa
gi|91205                      :     tcaagTCAA--TT-CA-AAACAAATTAT-ATT-G-ACAA--TTTCGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGCAATTT-ACA-AT----GT-TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGCCAATACAATACACAACA--------AA----AT--ATTAAACA-A-----------A-----AT--CATT--T
gi|91206                      :            AA--TC-AA-A------TTTT-ATT-T-GCAG--TGTCGGCAA-A-CATTTGCATTTGGCCTTTT-ACA-AT----G--TT--A---T-TAA---AT---CAA-TATGGCCAAGA----G-ACAAA---------------AT--AAT--AAATAT------C---------ATA-CA
gi|91207                      :            ca--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGCAAAGAC-ATA-AAAATT--------AC----AT--ATT--ACA-AT------C---A-----ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAAcacaaa
gi|91208                      :              --TT-CA-AA-----TTTT-TTT-G-GCAA--TTTCGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGCCAAGAC-----ACAA-T--------AC----AC--AAC--AAA-AT------CATAA-----ATATCATT--
gi|91209                      :              --TT-CA-A------GTTT-ATTCA-GCAA----TCAGCAA-A-TTT-TGCCTTTGGCCATTTAAAA-AG----G--TT--T---A-TAA---GA---A-A-TATGGCAAAGAC--------AAT--------AC----AT--ATT--GTA-AT------A---A-----ACA-TAT
gi|91210                      :              --TT-CA-A------GTTT-ATTCA-GCAA----TCGGCAA-A-T-TATGCCTTTTGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGCAAAGAC--------AAT--------AC----AT--ATT--GTA-AC----------------ACA-CAT
gi|91211                      :              --TT-CA-AA-----TTTT-ATT-G-GCAA--TTTCGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGTCATTT-ACA-AA----G---T--A---T-TAA---ATA--A-A-TATGGCCAAGAC-AC-----ATT--------AC----AC--AAC--AAA-AT------CATAA-----ATATCATT--at
gi|91212                      :              --TT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACACATTCAAA--TTAAT---T-TAA----------A-TATGGCATAGAC-AT--ACAATT--------AT----TTGAAAT--ACA-AA------CA--A-----ATA-CAT
gi|91213                      :                    A-A------TGTT-ATT-G-GCAA--TTTCGGCAA-A-TATTTGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----G--TT--T---C-TCA---ATA--A-A-TATGGCCAATAC-ACG-AAACAC--------ACCAAAAT--ATT--AAATAT------C---ATACACATA-CATG--TTA---TGTATTA-AGCTATACACATATT-----GAATATAA
gi|91214                      :                            caTTT-ATTCA-GCAA----TCGGCAA-A-TTT-TGCCCTTGGCCATTT-ACA-TA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGTAAAGAC-A---ATTA-T--------AC----AT--ATA--ATA-AA------C---A-----TTA-CAT
gi|91215                      :                              TTT-ATT-GAGCAA----TCGGCAA-T-TTT-TGCCTTTAGCCGTTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGCAAAGAC--------AAT--------AT----AT--ATT--GTA-A-------C---A-----A
gi|91216                      :                                                   GCAA-A-CATATTCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TA--A---T-TAA---AT---C-A-TAATGCAAAGAC-GGG-GCAATG--------AC----AC--ATT--ACA-AT------C---T-----ATA-TATT--AAGAACAGT-TCA-AC-TAA---CATAGG-----ATATATAagatat
gi|91217                      :                                            atgaTCGGCAA-A-CATTCGCCTTTGGCCATTT-AAA-AT----G--TT--T---T-TAA---ATAAAC-A-TAT--CCAAGAC-AC-----ATT--------AC----AC--AAC--AAA-AC------C---------ATA-CGT
gi|91218                      :                                                              TGGCCTTGGCTATTT-ACA-CA----G--TT--T---TACAA---AG---A-AATATGGCAAAGAC--------AAT--------AC----AT--ATT--GTA-AT------A---A-----ACA-TA-----TAAATC-------AA-TAT---TATAGT-----A-ATATAA





Alignments
lowQualScore                  :                                            11                                                               11111                  11111111111111111111111111111                  11111111111                                                      
lowQualScore                  :              88  2  1 999999    1   6 1    77 3       1 4   9               1   3 88888888  44 111 7   111  99999 1      11      1 66666666666666666666666666666   1 66 111 11    44444444444 1   3    22         1   1  1   333      44444        
lowQualScore                  :              ..  .  . ......    .   . .    .. .       . .   .               .   . ........  .. ... .   ...  ..... .      ..      . .............................   . .. ... ..    ........... .   .    ..         .   .  .   ...      .....        
lowQualScore                  :              11  4  1 000000    1   5 1    88 6       0 1   6               0   0 22222222  11 888 0   888  55555 0      44      0 66666666666666666666666666666   0 99 999 44    66666666666 1   2    11         9   9  9   333      88888        
consensus                     :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCGGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----G--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
Reference ( family-544 )      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCGGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----G--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91179                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAACAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATA--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91180                      :        ATTCAA--TT-CA-A------ATTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TACGGC--AAAGAC-ATA--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATAAATAA
gi|91181                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-AT--G-GCAAACTATCAGCAC-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATA--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------T---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAAT-----ATATATAA
gi|91182                      :        ATTAAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ATA-AT----A--TT--T---T--AA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATA--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AA-GAT---AATAGT-----ATATATAA
gi|91183                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCACTT-ACA-AT----C--TC--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AA--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATG-CATT--TTGCATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91184                      :        ATCCAA--TT-CA-A------CTTT--TT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--AT--T---T-T-A---AC---C-A-TGTGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--A-------ACA-T--AT--T--ACAATTACATGT---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGC-----ATATATAA
gi|91185                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGACCATTT-ACA-AT----ATTTT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--A-------AC-----AT--T--GCAGT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TAA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91186                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATACCTTTGGTTATTT-ACA-AT----A--TC--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AACGGC-ATG--AC-A---------AT--A-------AGA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-TATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----TTATATAA
gi|91187                      :        ATGCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGATCATTT-ACA-AT----A--TT--T---C-TAA---AT---C-A-TATGAC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--A-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C-----ATA-CATT--TTGAATTG--TTA-AA-TGT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91188                      :        ATTCAA--TTTCA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGTGA-A-CATATTCATTTGGCTATTT-AAA-AC----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TGTGGC--AAAGAA-ATG--AC-A---------AT--A-------AAA-T--TT--T--AAAAT------A---A-ATA-CATT--CTGAATGGT-TTA-AG-AAT---CGTATT-----ATGTGTAA
gi|91189                      :        ATTAAA--TT-CA-A------TTTT-ATA-A-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATCAGGTTGACCATTT-ATA-AC----G--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG---------------------------GCA-T--AT--T--ATTAT------C---A-ACA-CATT--TTGAATTGT-T--------T---TATAAT-----ATATATAA
gi|91190                      :        ATTCAA--TT-CA-A------CTTT-ATT-G-ATAAGTTTTCA------------GCCTTCGGCCATTT-ACA-AT----A--TA--T---T-TAA---A----G-A-CATGGC--ACAGAC-ATG--GC-A---------AT--A-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CAGT--TTGAATGGT-TAA-GG-TAT---CAAAGA-----ATACATAA
gi|91191                      :        ATTCAA--TT-CA-G------TTGT-ATT-G-TCAAACTTTCACCAA-A-CATA-GCTTTTGGCAATTC-ACA-TT----A--TA--T---T--AA---AT---C-A-TATGGC--AAATAT-ATG--AC-A---------AC--T-------ATT-T--AT--T--CCAAG------G---C-ATA-CATT--GTAAAAAGT-TTAGAA-TAT----ATAGTACTGAATATGTAA
gi|91192                      :        ATTCAAGTTT-CA-AA-----GTTT-ATT-A-GCAA-CT--CGGCAACA-CATTTGCCTTTGACCATTT-ACA-AT----G--AT--T---A-TAG---A----A-A-TATGGC--AAAGAC-AT----T-A---------ATA-T-------AGAGTTGAA--T--ACAAC------A---A-ATA-CA
gi|91193                      :          TCAA--AT-CACA------TTTT-ATT-G-GCA---TTTCGACAA-A-CATTTGCCTTTGGCCATTT-GCA-AA----A--TT--T---T-GAA---ATA--G-A-TATGGC--CAAGAC------CC-A---------A---T-------ACA-C--AA--C--AAAAT------CATAA-ATATCATT--
gi|91194                      : attacaaaTTCAA--TTTCA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-CT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATA--AA-C---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAC------C---A-ATA-CATT--TTGAATTTT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91195                      :         TTTAA--TT-TA-A------TTTTTATT-T-ACAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCGTT--ACA-AC----A--TG--T---T-CAA---AT---C-A-TTTGGC--AAAGAC-ATC--AC-A---------AT--A-------ACA-T--AT--T--TAAAT------C---A-ATA-CAGT--TTGAATTGT-TCA-AG-TAT---CATAGT-----ATACATAA
gi|91196                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACACATTCAAA--TTAAT---T-TAA----------A-TATGGC--ATAGAC-AT---AC-A---------AT--T-------ATA-TGAAA--T--ACAAA------CA--A-ATA-CAT
gi|91197                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACACATTCAAA--TTAAT---T-TAA----------A-TATGGC--ATAGAC-AT---AC-A---------AT--T-------ATA-TGAAA--T--ACAAA------CA--A-ATA-CAT
gi|91198                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATTCA-GCAA----TTGGCAA-A-T-TATGCCTTTGGCCTTTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGC--AAATAC-AAT--ACAA---------AT--TGTAACAAACA-T--A---T--AAAAT----------A-A-A-CATTACTTAAAT
gi|91199                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-AC--AC----A--TT--CAAAT-TAATTTAT-----A-TATGGC--ATAGAC-AT---AC-A---------AT--T-------ATA-TGAAA--T--ACAAA------CA--A-ATA-CAT
gi|91200                      :          TCAA--TT-CA-G------TTTT-ACT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATACCTTT-------T-ACA-AT----T--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAT-ATG--AC-A---------AT--A-------ACA-T--AT--T--ACAAT------A---A-GTA-CATT--TTGAATTGT-TTT-AG-TAT---TATAGT-----ATTTATGA
gi|91201                      :          TCAA--TC----A------TTTT-ATTCA-GCAA----TCAGTAA-A-TTT-TGCCTTTGGCCATTT-ACA-AG----G--TT--T---TATAA---ATA--A-A-TATTGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ACA-T--AT--T--GTAAT------A---A-ACA-TA
gi|91202                      :      tcaaTCAA--AT-CA-AG-----TTTT-ATT-G-GCAA--TTTTGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGC--CAAGAC------AC-A---------A---T-------ACA-C--A------ACAA
gi|91203                      :     tcaaaTCAA--AT-CA-AA-----TTTT-ATT-G-GCAA--TTTCGGTCA-A-CATTTGCCTTTAGACATTT-ACA-AT----G--TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGT--CAAGAC------AC-A---------A---T-------ACA-C--A------ACAA-----------A-ATA-
gi|91204                      :          TCAA--AT-CA-A------GTTC-ATTCA-GCAA----TCGGCAA-A-TTT-TGTCTTCGGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ACA-T--AT--T--ATAAT----------A-A-A-CATT------AT------------------ATAGC-----ATATATAAa
gi|91205                      :     tcaagTCAA--TT-CA-AAACAAATTAT-ATT-G-ACAA--TTTCGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGCAATTT-ACA-AT----GT-TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGC--CAATACAATAC-AC-A---------AC--A-------AAA-T--AT--TAAACAA-----------A-AT--CATT--T
gi|91206                      :            AA--TC-AA-A------TTTT-ATT-T-GCAG--TGTCGGCAA-A-CATTTGCATTTGGCCTTTT-ACA-AT----G--TT--A---T-TAA---AT---CAA-TATGGCCAAGAGAC-AAA--AT-A---------A---T-------AAA-T--ATCAT--ACA
gi|91207                      :            ca--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATA--AA-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAAcacaaa
gi|91208                      :              --TT-CA-AA-----TTTT-TTT-G-GCAA--TTTCGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGC--CAAGAC------AC-A---------A---T-------ACA-C--AA--C--AAAAT------CATAA-ATATCATT--
gi|91209                      :              --TT-CA-A------GTTT-ATTCA-GCAA----TCAGCAA-A-TTT-TGCCTTTGGCCATTTAAAA-AG----G--TT--T---A-TAA---GA---A-A-TATGGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ACA-T--AT--T--GTAAT------A---A-ACA-TAT
gi|91210                      :              --TT-CA-A------GTTT-ATTCA-GCAA----TCGGCAA-A-T-TATGCCTTTTGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ACA-T--AT--T--GTAAC------------ACA-CAT
gi|91211                      :              --TT-CA-AA-----TTTT-ATT-G-GCAA--TTTCGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGTCATTT-ACA-AA----G---T--A---T-TAA---ATA--A-A-TATGGC--CAAGAC-AC----------------AT--T-------ACA-C--AA--C--AAAAT------CATAA-ATATCATT--at
gi|91212                      :              --TT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACACATTCAAA--TTAAT---T-TAA----------A-TATGGC--ATAGAC-AT---AC-A---------AT--T-------ATT-TGAAA--T--ACAAA------CA--A-ATA-CAT
gi|91213                      :                    A-A------TGTT-ATT-G-GCAA--TTTCGGCAA-A-TATTTGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----G--TT--T---C-TCA---ATA--A-A-TATGGC--CAATAC-ACGAAAC-ACACCAAAATAT--T-------AAA-T--AT--C--ATA--------C---ACATA-CATG--TTA---TGTATTA-AGCTATACACATATT-----GAATATAA
gi|91214                      :                            caTTT-ATTCA-GCAA----TCGGCAA-A-TTT-TGCCCTTGGCCATTT-ACA-TA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGT--AAA------G--AC-A---------ATTAT-------ACA-T--AT--A--ATAAA------C---A-TTA-CAT
gi|91215                      :                              TTT-ATT-GAGCAA----TCGGCAA-T-TTT-TGCCTTTAGCCGTTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ATA-T--AT--T--GTAA-------C---A-A
gi|91216                      :                                                   GCAA-A-CATATTCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TA--A---T-TAA---AT---C-A-TAATGC--AAAGAC-GGG--GC-A---------AT--G-------ACA-C--AT--T--ACAAT------C---T-ATA-TATT--AAGAACAGT-TCA-AC-TAA---CATAGG-----ATATATAagatat
gi|91217                      :                                            atgaTCGGCAA-A-CATTCGCCTTTGGCCATTT-AAA-AT----G--TT--T---T-TAA---ATAAAC-A-TAT--C--CAAGAC-AC----------------AT--T-------ACA-C--AA--C--AAAAC------C-----ATA-CGT
gi|91218                      :                                                              TGGCCTTGGCTATTT-ACA-CA----G--TT--T---TACAA---AG---A-AATATGGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ACA-T--AT--T--GTAAT------A---A-ACA-TA-----TAAATC-------AA-TAT---TATAGT-----A-ATATAA





Alignments
lowQualScore                  :                                            11                                                               11111                  11111111111111111111111111111                  11111111111                                                      
lowQualScore                  :              88  2  1 999999    1   6 1    77 3       1 4   9               1   3 88888888  44 111 7   111  99999 1      11      1 66666666666666666666666666666   1 66 111 11    44444444444 1   3    22         1   1  1   333      44444        
lowQualScore                  :              ..  .  . ......    .   . .    .. .       . .   .               .   . ........  .. ... .   ...  ..... .      ..      . .............................   . .. ... ..    ........... .   .    ..         .   .  .   ...      .....        
lowQualScore                  :              11  4  1 000000    1   5 1    88 6       0 1   6               0   0 22222222  11 888 0   888  55555 0      44      0 66666666666666666666666666666   0 99 999 44    66666666666 1   2    11         9   9  9   333      88888        
consensus                     :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCGGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----G--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
Reference ( family-544 )      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCGGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----G--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91179                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAACAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATA--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91180                      :        ATTCAA--TT-CA-A------ATTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TACGGC--AAAGAC-ATA--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATAAATAA
gi|91181                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-AT--G-GCAAACTATCAGCAC-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATA--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------T---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAAT-----ATATATAA
gi|91182                      :        ATTAAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ATA-AT----A--TT--T---T--AA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATA--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AA-GAT---AATAGT-----ATATATAA
gi|91183                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCACTT-ACA-AT----C--TC--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AA--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATG-CATT--TTGCATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91184                      :        ATCCAA--TT-CA-A------CTTT--TT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--AT--T---T-T-A---AC---C-A-TGTGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--A-------ACA-T--AT--T--ACAATTACATGT---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGC-----ATATATAA
gi|91185                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGACCATTT-ACA-AT----ATTTT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--A-------AC-----AT--T--GCAGT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TAA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91186                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATACCTTTGGTTATTT-ACA-AT----A--TC--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AACGGC-ATG--AC-A---------AT--A-------AGA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-TATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----TTATATAA
gi|91187                      :        ATGCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGATCATTT-ACA-AT----A--TT--T---C-TAA---AT---C-A-TATGAC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--A-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C-----ATA-CATT--TTGAATTG--TTA-AA-TGT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91188                      :        ATTCAA--TTTCA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGTGA-A-CATATTCATTTGGCTATTT-AAA-AC----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TGTGGC--AAAGAA-ATG--AC-A---------AT--A-------AAA-T--TT--T--AAAAT------A---A-ATA-CATT--CTGAATGGT-TTA-AG-AAT---CGTATT-----ATGTGTAA
gi|91189                      :        ATTAAA--TT-CA-A------TTTT-ATA-A-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATCAGGTTGACCATTT-ATA-AC----G--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG---------------------------GCA-T--AT--T--ATTAT------C---A-ACA-CATT--TTGAATTGT-T--------T---TATAAT-----ATATATAA
gi|91190                      :        ATTCAA--TT-CA-A------CTTT-ATT-G-ATAAGTTTTCA------------GCCTTCGGCCATTT-ACA-AT----A--TA--T---T-TAA---A----G-A-CATGGC--ACAGAC-ATG--GC-A---------AT--A-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CAGT--TTGAATGGT-TAA-GG-TAT---CAAAGA-----ATACATAA
gi|91191                      :        ATTCAA--TT-CA-G------TTGT-ATT-G-TCAAACTTTCACCAA-A-CATA-GCTTTTGGCAATTC-ACA-TT----A--TA--T---T--AA---AT---C-A-TATGGC--AAATAT-ATG--AC-A---------AC--T-------ATT-T--AT--T--CCAAG------G---C-ATA-CATT--GTAAAAAGT-TTAGAA-TAT----ATAGTACTGAATATGTAA
gi|91192                      :        ATTCAAGTTT-CA-AA-----GTTT-ATT-A-GCAA-CT--CGGCAACA-CATTTGCCTTTGACCATTT-ACA-AT----G--AT--T---A-TAG---A----A-A-TATGGC--AAAGAC-AT----T-A---------ATA-T-------AGAGTTGAA--T--ACAAC------A---A-ATA-CA
gi|91193                      :          TCAA--AT-CACA------TTTT-ATT-G-GCA---TTTCGACAA-A-CATTTGCCTTTGGCCATTT-GCA-AA----A--TT--T---T-GAA---ATA--G-A-TATGGC--CAAGAC------CC-A---------A---T-------ACA-C--AA--C--AAAAT------CATAA-ATATCATT--
gi|91194                      : attacaaaTTCAA--TTTCA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-CT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATA--AA-C---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAC------C---A-ATA-CATT--TTGAATTTT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91195                      :         TTTAA--TT-TA-A------TTTTTATT-T-ACAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCGTT--ACA-AC----A--TG--T---T-CAA---AT---C-A-TTTGGC--AAAGAC-ATC--AC-A---------AT--A-------ACA-T--AT--T--TAAAT------C---A-ATA-CAGT--TTGAATTGT-TCA-AG-TAT---CATAGT-----ATACATAA
gi|91196                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACACATTCAAA--TTAAT---T-TAA----------A-TATGGC--ATAGAC-AT---AC-A---------AT--T-------ATA-TGAAA--T--ACAAA------CA--A-ATA-CAT
gi|91197                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACACATTCAAA--TTAAT---T-TAA----------A-TATGGC--ATAGAC-AT---AC-A---------AT--T-------ATA-TGAAA--T--ACAAA------CA--A-ATA-CAT
gi|91198                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATTCA-GCAA----TTGGCAA-A-T-TATGCCTTTGGCCTTTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGC--AAATAC-AAT--ACAA---------AT--TGTAACAAACA-T--A---T--AAAAT----------A-A-A-CATTACTTAAAT
gi|91199                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-AC--AC----A--TT--CAAAT-TAATTTAT-----A-TATGGC--ATAGAC-AT---AC-A---------AT--T-------ATA-TGAAA--T--ACAAA------CA--A-ATA-CAT
gi|91200                      :          TCAA--TT-CA-G------TTTT-ACT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATACCTTT-------T-ACA-AT----T--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAT-ATG--AC-A---------AT--A-------ACA-T--AT--T--ACAAT------A---A-GTA-CATT--TTGAATTGT-TTT-AG-TAT---TATAGT-----ATTTATGA
gi|91201                      :          TCAA--TC----A------TTTT-ATTCA-GCAA----TCAGTAA-A-TTT-TGCCTTTGGCCATTT-ACA-AG----G--TT--T---TATAA---ATA--A-A-TATTGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ACA-T--AT--T--GTAAT------A---A-ACA-TA
gi|91202                      :      tcaaTCAA--AT-CA-AG-----TTTT-ATT-G-GCAA--TTTTGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGC--CAAGAC------AC-A---------A---T-------ACA-C--A------ACAA
gi|91203                      :     tcaaaTCAA--AT-CA-AA-----TTTT-ATT-G-GCAA--TTTCGGTCA-A-CATTTGCCTTTAGACATTT-ACA-AT----G--TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGT--CAAGAC------AC-A---------A---T-------ACA-C--A------ACAA-----------A-ATA-
gi|91204                      :          TCAA--AT-CA-A------GTTC-ATTCA-GCAA----TCGGCAA-A-TTT-TGTCTTCGGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ACA-T--AT--T--ATAAT----------A-A-A-CATT------AT------------------ATAGC-----ATATATAAa
gi|91205                      :     tcaagTCAA--TT-CA-AAACAAATTAT-ATT-G-ACAA--TTTCGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGCAATTT-ACA-AT----GT-TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGC--CAATACAATAC-AC-A---------AC--A-------AAA-T--AT--TAAACAA-----------A-AT--CATT--T
gi|91206                      :            AA--TC-AA-A------TTTT-ATT-T-GCAG--TGTCGGCAA-A-CATTTGCATTTGGCCTTTT-ACA-AT----G--TT--A---T-TAA---AT---CAA-TATGGCCAAGAGAC-AAA--AT-A---------A---T-------AAA-T--ATCAT--ACA
gi|91207                      :            ca--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATA--AA-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAAcacaaa
gi|91208                      :              --TT-CA-AA-----TTTT-TTT-G-GCAA--TTTCGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGC--CAAGAC------AC-A---------A---T-------ACA-C--AA--C--AAAAT------CATAA-ATATCATT--
gi|91209                      :              --TT-CA-A------GTTT-ATTCA-GCAA----TCAGCAA-A-TTT-TGCCTTTGGCCATTTAAAA-AG----G--TT--T---A-TAA---GA---A-A-TATGGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ACA-T--AT--T--GTAAT------A---A-ACA-TAT
gi|91210                      :              --TT-CA-A------GTTT-ATTCA-GCAA----TCGGCAA-A-T-TATGCCTTTTGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ACA-T--AT--T--GTAAC------------ACA-CAT
gi|91211                      :              --TT-CA-AA-----TTTT-ATT-G-GCAA--TTTCGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGTCATTT-ACA-AA----G---T--A---T-TAA---ATA--A-A-TATGGC--CAAGAC-AC----------------AT--T-------ACA-C--AA--C--AAAAT------CATAA-ATATCATT--at
gi|91212                      :              --TT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACACATTCAAA--TTAAT---T-TAA----------A-TATGGC--ATAGAC-AT---AC-A---------AT--T-------ATT-TGAAA--T--ACAAA------CA--A-ATA-CAT
gi|91213                      :                    A-A------TGTT-ATT-G-GCAA--TTTCGGCAA-A-TATTTGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----G--TT--T---C-TCA---ATA--A-A-TATGGC--CAATAC-ACGAAAC-ACACCAAAATAT--T-------AAA-T--AT--C--ATA--------C---ACATA-CATG--TTA---TGTATTA-AGCTATACACATATT-----GAATATAA
gi|91214                      :                            caTTT-ATTCA-GCAA----TCGGCAA-A-TTT-TGCCCTTGGCCATTT-ACA-TA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGT--AAA------G--AC-A---------ATTAT-------ACA-T--AT--A--ATAAA------C---A-TTA-CAT
gi|91215                      :                              TTT-ATT-GAGCAA----TCGGCAA-T-TTT-TGCCTTTAGCCGTTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ATA-T--AT--T--GTAA-------C---A-A
gi|91216                      :                                                   GCAA-A-CATATTCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TA--A---T-TAA---AT---C-A-TAATGC--AAAGAC-GGG--GC-A---------AT--G-------ACA-C--AT--T--ACAAT------C---T-ATA-TATT--AAGAACAGT-TCA-AC-TAA---CATAGG-----ATATATAagatat
gi|91217                      :                                            atgaTCGGCAA-A-CATTCGCCTTTGGCCATTT-AAA-AT----G--TT--T---T-TAA---ATAAAC-A-TAT--C--CAAGAC-AC----------------AT--T-------ACA-C--AA--C--AAAAC------C-----ATA-CGT
gi|91218                      :                                                              TGGCCTTGGCTATTT-ACA-CA----G--TT--T---TACAA---AG---A-AATATGGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ACA-T--AT--T--GTAAT------A---A-ACA-TA-----TAAATC-------AA-TAT---TATAGT-----A-ATATAA


blockSeqs                     :              GT  T  C AACAAA    T   C A    AC A       C A   A               A   C TTCAAA    AA AAA A   TTT  AAAC  A      CA      A CGAAACACACCAAAATATT             G TG TCA AA    TTACATGT    C   T    AC         A   G  C   ACA      ACTGA
blockSeqs                     :              GT  T  . A         .   C .    AC A       . A   A               .   C TTCAAA    AA .   A   .    AG    .      .       . ATACAAATTGTAACAA                . GA T   .     TCATA       .   T    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              GT  .  . G         .   C .    AC A       . A   A               .   C TTCAAA    AA .   A   .    AA    .      .       . TACACAACA                       . GA T   .     TCATA       .   T    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              GT  .  . A         .   C .    AC A       . A   A               .   . TATT      .  .   A   .    AA    .      .       . GACAATTAT                       . GA T   .     TCATA       .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              GT  .  . A         .   C .    AC A       . .   A               .   . TGT       .  .   A   .    AA    .      .       . TAACAATT                        . GA T   .     ACA         .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . A         .   C .    AC A       . .   A               .   . TA        .  .   A   .    AA    .      .       . TAACAATT                        . .  T   .     ACA         .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    AC A       . .   A               .   . TA        .  .   A   .    AA    .      .       . TAACAATT                        . .  T   .     ACA         .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    AC A       . .   A               .   . TA        .  .   .   .    AA    .      .       . TGACAAAT                        . .  T   .     ACA         .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    AC A       . .   A               .   . TC        .  .   .   .    CA    .      .       . TGACAATA                        . .  T   .     TC          .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    AC A       . .   A               .   . TA        .  .   .   .    AA    .      .       . TGACAATA                        . .  T   .     TT          .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    GT T       . .   A               .   . TA        .  .   .   .    AA    .      .       . TGACAATA                        . .  T   .     TC          .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    AC T       . .   T               .   . TA        .  .   .   .    AA    .      .       . TGACAATA                        . .  T   .     TC          .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    AC T       . .   T               .   . CA        .  .   .   .    AA    .      .       . TGACAATA                        . .  T   .     TC          .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    AC A       . .   A               .   . CG        .  .   .   .    AA    .      .       . TGGCAATA                        . .  A   .     TC          .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    AC A       . .   A               .   . TA        .  .   .   .    AA    .      .       . TGACAACT                        . .  A   .     TC          .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    AC A       . .   A               .   . TA        .  .   .   .    C     .      .       . TAAACATT                        . .  T   .     TA          .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    C  A       . .   A               .   . TG        .  .   .   .    C     .      .       . TCACAATA                        . .  T   .     TC          .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  A       . .   T               .   . AA        .  .   .   .    C     .      .       . TGACAATA                        . .  A   .     TC          .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  A       . .   T               .   . TA        .  .   .   .    C     .      .       . TAAAAATT                        . .  A   .     GG          .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  T       . .   T               .   . CA        .  .   .   .    C     .      .       . GGGCAATG                        . .  A   .     CA          .   .    .          .   .  .   .        .    
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  T       . .   T               .   . AG        .  .   .   .    C     .      .       . TTAATAT                         . .  T   .     CC          .   .    .                                   
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  T       . .   A               .   . CA        .  .   .   .    C     .      .       . TACAATT                         . .  T   .     TC          .   .    .                                   
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  G       . .   T               .   . TT        .  .   .   .    C     .      .       . TACAATT                         . .  T   .     TA          .   .    .                                   
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  A       . .   A               .   . GG        .  .   .   .    C     .      .       . TACAATT                         . .  T   .     TA          .   .    .                                   
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  T       . .   T               .   . AG        .  .   .   .    C     .      .       . AAATAAT                         . .  T   .     TC          .   .    .                                   
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  T       . .   T               .   . TG        .  .   .   .    G     .      .       . TACAATT                         . .  A   .     TA          .   .                                        
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  A       . .   A               .   . AG        .  .   .   .    C     .      .       . CCAAT                           . .  T   .     AC          .   .                                        
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  T       . .   T               .   . TG        .  .   .   .    A     .      .       . ACAAT                           . .  T   .     TC          .   .                                        
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  .       . .   .               .   . TA        .  .   .   .    C     .      .       . ACAAT                           . .  A   .     CC          .   .                                        
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  .       . .   .               .   . AG        .  .   .   .    C     .      .       . ACAAT                           . .  A   .     TA          .   .                                        
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  .       . .   .               .   . GG        .  .   .   .    C     .      .       . CATT                            . .  T   .     T           .   .                                        
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  .       . .   .               .   . AG        .  .   .   .    C     .      .       . CATT                            . .  T   .     T           .   .                                        
blockSeqs                     :              .   .  . .         .   . .    .  .       . .   .               .   . AG        .  .   .   .    A     .      .       . TG                              . .  T   .     C           .   .                                        
blockSeqs                     :                     . .         .   . .    .  .       . .   .               .   . TG        .  .   .   .    C     .      .       . AT                              . .  T   .     C           .   .                                        
blockSeqs                     :                                 .   . .    .  .       . .   .               .   . AG        .  .   .   .    A     .      .       . AT                              . .  A   .     C           .   .                                        
blockSeqs                     :                                 .   . .    .  .       . .   .               .   . AG        .  .   .   .    .     .      .       . AT                              . .  T   .     .           .   .                                        
blockSeqs                     :                                                       . .   .               .   . TA        .  .   .   .    .     .      .       . AT                              . .  .   .     .           .                                            
blockSeqs                     :                                                       . .   .               .   . TG        .  .   .   .    .     .      .       . AT                              . .  .   .                                                              
blockSeqs                     :                                                                             .   . AG        .  .   .   .    .     .      .       . AT                              . .  .   .                                                              


blockSeqCons                  :                                            **
originalCons                  :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCGGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----G--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
finalCons                     :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAA--TATCGGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----G--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAAT------C---A-ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA





Alignments
lowQualScore                  :                                            2222                                                             11111                  11111111111111111111111111111                  11111                                                           
lowQualScore                  :              88  2  1 999999    1   6 1    5555       1 4   9               1   3 88888888  44 111 7   111  99999 1      11      1 66666666666666666666666666666   1 66 111 11    11111 444444   3    22         1   1  1   333      44444        
lowQualScore                  :              ..  .  . ......    .   . .    ....       . .   .               .   . ........  .. ... .   ...  ..... .      ..      . .............................   . .. ... ..    ..... ......   .    ..         .   .  .   ...      .....        
lowQualScore                  :              11  4  1 000000    1   5 1    2222       0 1   6               0   0 22222222  11 888 0   888  55555 0      44      0 66666666666666666666666666666   0 99 999 44    66666 111111   2    11         9   9  9   333      88888        
consensus                     :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCGGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----G--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAATC---A------ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
Reference ( family-544 )      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAA--TATCGGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----G--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAATC---A------ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91179                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAACAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATA--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAATC---A------ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91180                      :        ATTCAA--TT-CA-A------ATTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TACGGC--AAAGAC-ATA--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAATC---A------ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATAAATAA
gi|91181                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-AT--G-GCAAACTATCAGCAC-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATA--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAATT---A------ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAAT-----ATATATAA
gi|91182                      :        ATTAAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ATA-AT----A--TT--T---T--AA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATA--AC-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAATC---A------ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AA-GAT---AATAGT-----ATATATAA
gi|91183                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCACTT-ACA-AT----C--TC--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AA--T-------ACA-T--AT--T--ACAATC---A------ATG-CATT--TTGCATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91184                      :        ATCCAA--TT-CA-A------CTTT--TT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--AT--T---T-TAA----C---C-A-TGTGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--A-------ACA-T--AT--T--ACAATT---ACATGTAATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGC-----ATATATAA
gi|91185                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGACCATTT-ACA-AT----ATTTT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--A-------AC-----AT--T--GCAGTC---A------ATA-CATT--TTGAATTGT-TAA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91186                      :        ATTCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATACCTTTGGTTATTT-ACA-AT----A--TC--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AACGGC-ATG--AC-A---------AT--A-------AGA-T--AT--T--ACAATC---A------ATA-TATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----TTATATAA
gi|91187                      :        ATGCAA--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGATCATTT-ACA-AT----A--TT--T---C-TAA---AT---C-A-TATGAC--AAAGAC-ATG--AC-A---------AT--A-------ACA-T--AT--T--ACAATC----------ATA-CATT--TTGAATTG--TTA-AA-TGT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91188                      :        ATTCAA--TTTCA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGTGA-A-CATATTCATTTGGCTATTT-AAA-AC----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TGTGGC--AAAGAA-ATG--AC-A---------AT--A-------AAA-T--TT--T--AAAATA---A------ATA-CATT--CTGAATGGT-TTA-AG-AAT---CGTATT-----ATGTGTAA
gi|91189                      :        ATTAAA--TT-CA-A------TTTT-ATA-A-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATCAGGTTGACCATTT-ATA-AC----G--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATG---------------------------GCA-T--AT--T--ATTATC---A------ACA-CATT--TTGAATTGT-T--------T---TATAAT-----ATATATAA
gi|91190                      :        ATTCAA--TT-CA-A------CTTT-ATT-G-ATAA---GTTTTCA---------GCCTTCGGCCATTT-ACA-AT----A--TA--T---T-TAA---A----G-A-CATGGC--ACAGAC-ATG--GC-A---------AT--A-------ACA-T--AT--T--ACAATC---A------ATA-CAGT--TTGAATGGT-TAA-GG-TAT---CAAAGA-----ATACATAA
gi|91191                      :        ATTCAA--TT-CA-G------TTGT-ATT-G-TCAAACTTTCACCAA-A-CATA-GCTTTTGGCAATTC-ACA-TT----A--TA--T---T--AA---AT---C-A-TATGGC--AAATAT-ATG--AC-A---------AC--T-------ATT-T--AT--T--CCAAGG---C------ATA-CATT--GTAAAAAGT-TTAGAA-TAT----ATAGTACTGAATATGTAA
gi|91192                      :        ATTCAAGTTT-CA-AA-----GTTT-ATT-A-GCAA--C-TCGGCAACA-CATTTGCCTTTGACCATTT-ACA-AT----G--AT--T---A-TAG---A----A-A-TATGGC--AAAGAC-AT----T-A---------ATA-T-------AGAGTTGAA--T--ACAACA---A------ATA-CA
gi|91193                      :          TCAA--AT-CACA------TTTT-ATT-G-GCAT--T-TCGACAA-A-CATTTGCCTTTGGCCATTT-GCA-AA----A--TT--T---T-GAA---ATA--G-A-TATGGC--CAAGAC------CC-A---------A---T-------ACA-C--AA--C--AAAATCATAA------ATATCATT--
gi|91194                      : attacaaaTTCAA--TTTCA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-CT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATA--AA-C---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAACC---A------ATA-CATT--TTGAATTTT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAA
gi|91195                      :         TTTAA--TT-TA-A------TTTTTATT-T-ACAAACTATCAGCAA-A-CATATGCCTTTGGCCGTT--ACA-AC----A--TG--T---T-CAA---AT---C-A-TTTGGC--AAAGAC-ATC--AC-A---------AT--A-------ACA-T--AT--T--TAAATC---A------ATA-CAGT--TTGAATTGT-TCA-AG-TAT---CATAGT-----ATACATAA
gi|91196                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACACATTCAAA--TTAAT---T-TAA----------A-TATGGC--ATAGAC-AT---AC-A---------AT--T-------ATA-TGAAA--T--ACAAACA--A------ATA-CAT
gi|91197                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACACATTCAAA--TTAAT---T-TAA----------A-TATGGC--ATAGAC-AT---AC-A---------AT--T-------ATA-TGAAA--T--ACAAACA--A------ATA-CAT
gi|91198                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATTCA-GCAA--T--TGGCAA-A-T-TATGCCTTTGGCCTTTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGC--AAATAC-AAT--ACAA---------AT--TGTAACAAACA-T--A---T--AAAAT----A------A-A-CATTACTTAAAT
gi|91199                      :         TTCAAGTTT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-AC--AC----A--TT--CAAAT-TAATTTAT-----A-TATGGC--ATAGAC-AT---AC-A---------AT--T-------ATA-TGAAA--T--ACAAACA--A------ATA-CAT
gi|91200                      :          TCAA--TT-CA-G------TTTT-ACT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-CATATACCTTT-------T-ACA-AT----T--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAT-ATG--AC-A---------AT--A-------ACA-T--AT--T--ACAATA---A------GTA-CATT--TTGAATTGT-TTT-AG-TAT---TATAGT-----ATTTATGA
gi|91201                      :          TCAA--TC----A------TTTT-ATTCA-GCAA--T--CAGTAA-A-TTT-TGCCTTTGGCCATTT-ACA-AG----G--TT--T---TATAA---ATA--A-A-TATTGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ACA-T--AT--T--GTAATA---A------ACA-TA
gi|91202                      :      tcaaTCAA--AT-CA-AG-----TTTT-ATT-G-GCAA--TTTTGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGC--CAAGAC------AC-A---------A---T-------ACA-C--A------ACAA
gi|91203                      :     tcaaaTCAA--AT-CA-AA-----TTTT-ATT-G-GCAA--TTTCGGTCA-A-CATTTGCCTTTAGACATTT-ACA-AT----G--TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGT--CAAGAC------AC-A---------A---T-------ACA-C--A------ACAA-----A------ATA-
gi|91204                      :          TCAA--AT-CA-A------GTTC-ATTCA-GCAA--T--CGGCAA-A-TTT-TGTCTTCGGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ACA-T--AT--T--ATAAT----A------A-A-CATT------AT------------------ATAGC-----ATATATAAa
gi|91205                      :     tcaagTCAA--TT-CA-AAACAAATTAT-ATT-G-ACAA--TTTCGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGCAATTT-ACA-AT----GT-TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGC--CAATACAATAC-AC-A---------AC--A-------AAA-T--AT--TAAACAA-----A------AT--CATT--T
gi|91206                      :            AA--TC-AA-A------TTTT-ATT-T-GCAG--TGTCGGCAA-A-CATTTGCATTTGGCCTTTT-ACA-AT----G--TT--A---T-TAA---AT---CAA-TATGGCCAAGAGAC-AAA--AT-A---------A---T-------AAA-T--ATCAT--ACA
gi|91207                      :            ca--TT-CA-A------TTTT-ATT-G-GCAAACTATCAGCAA-A-AATATGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TT--T---T-TAA---AT---C-A-TATGGC--AAAGAC-ATA--AA-A---------AT--T-------ACA-T--AT--T--ACAATC---A------ATA-CATT--TTGAATTGT-TTA-AG-TAT---CATAGT-----ATATATAAcacaaa
gi|91208                      :              --TT-CA-AA-----TTTT-TTT-G-GCAA--TTTCGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---T-TAA---ATA--A-A-TATGGC--CAAGAC------AC-A---------A---T-------ACA-C--AA--C--AAAATCATAA------ATATCATT--
gi|91209                      :              --TT-CA-A------GTTT-ATTCA-GCAA--T--CAGCAA-A-TTT-TGCCTTTGGCCATTTAAAA-AG----G--TT--T---A-TAA---GA---A-A-TATGGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ACA-T--AT--T--GTAATA---A------ACA-TAT
gi|91210                      :              --TT-CA-A------GTTT-ATTCA-GCAA--T--CGGCAA-A-T-TATGCCTTTTGCCATTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ACA-T--AT--T--GTAAC-----------ACA-CAT
gi|91211                      :              --TT-CA-AA-----TTTT-ATT-G-GCAA--TTTCGGCAA-A-CATTTGCCTTTGGTCATTT-ACA-AA----G---T--A---T-TAA---ATA--A-A-TATGGC--CAAGAC-AC----------------AT--T-------ACA-C--AA--C--AAAATCATAA------ATATCATT--at
gi|91212                      :              --TT-CA-A------GTTT-ATT-G-GCA---TATCAGCAA-AACAT-TGCCTATGGCCATTT-ACACATTCAAA--TTAAT---T-TAA----------A-TATGGC--ATAGAC-AT---AC-A---------AT--T-------ATT-TGAAA--T--ACAAACA--A------ATA-CAT
gi|91213                      :                    A-A------TGTT-ATT-G-GCAA--TTTCGGCAA-A-TATTTGCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----G--TT--T---C-TCA---ATA--A-A-TATGGC--CAATAC-ACGAAAC-ACACCAAAATAT--T-------AAA-T--AT--C--ATA--C---AC-----ATA-CATG--TTA---TGTATTA-AGCTATACACATATT-----GAATATAA
gi|91214                      :                            caTTT-ATTCA-GCAA--T--CGGCAA-A-TTT-TGCCCTTGGCCATTT-ACA-TA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGT--AAA------G--AC-A---------ATTAT-------ACA-T--AT--A--ATAAAC---A------TTA-CAT
gi|91215                      :                              TTT-ATT-GAGCAA--T--CGGCAA-T-TTT-TGCCTTTAGCCGTTT-ACA-AA----G--TT--T---TACAA---AGA--A-A-TATGGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ATA-T--AT--T--GTAA-C---A------A
gi|91216                      :                                                   GCAA-A-CATATTCCTTTGGCCATTT-ACA-AT----A--TA--A---T-TAA---AT---C-A-TAATGC--AAAGAC-GGG--GC-A---------AT--G-------ACA-C--AT--T--ACAATC---T------ATA-TATT--AAGAACAGT-TCA-AC-TAA---CATAGG-----ATATATAagatat
gi|91217                      :                                            atgaTCGGCAA-A-CATTCGCCTTTGGCCATTT-AAA-AT----G--TT--T---T-TAA---ATAAAC-A-TAT--C--CAAGAC-AC----------------AT--T-------ACA-C--AA--C--AAAACC----------ATA-CGT
gi|91218                      :                                                              TGGCCTTGGCTATTT-ACA-CA----G--TT--T---TACAA---AG---A-AATATGGC--AAAGAC-A----A----------------T-------ACA-T--AT--T--GTAATA---A------ACA-TA-----TAAATC-------AA-TAT---TATAGT-----A-ATATAA