lowQualScore                  :         1                                                       22222222              111                                                                                                         4444444444444444444          1111111111                               4444444444444444444444                            11     
lowQualScore                  :         3          7      3333       99  1      22 1 11 0 11    22222222  1 222222    444     222222  555555555555555      222    1 4 0  11  1  11  44444444    1   11  1 3       1   1 444444    1111111111111111111   11     0000000000   2  1 33333     444    33333 7777777777777777777777       444444 444   0   22  55     
lowQualScore                  :         .          .      ....       ..  .      .. . .. . ..    ........  . ......    ...     ......  ...............      ...    . . .  ..  .  ..  ........    .   ..  . .       .   . ......    ...................   ..     ..........   .  . .....     ...    ..... ......................       ...... ...   .   ..  ..     
lowQualScore                  :         6          8      0000       88  0      22 9 33 9 22    66666666  0 777777    111     666666  888888888888888      111    2 3 5  66  2  66  33333333    6   66  2 9       7   2 666666    5555555555555555555   77     0000000000   5  2 11111     000    33333 4444444444444444444444       444444 222   7   55  33     
consensus                     :      TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----GAAGATAC-GG-GTTTTC--C-C--C-A--TGGAGG------AA-A------ACTC--TATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTG-ACAGCT--TT-CT--CA--------CATGACCT--GA-CGAAAATCTGGGA-C------TAAA-T--N--ATT---------TTT--TTGTA----------ATC-TA-T-----TTCCT---TATC-----C----------N--CAAA-TC--GTAATCA------T---ATACATT--TTC-ATTTT
Reference ( gi|164735 )       :      TTTATCCCATTTCTACTCATA----GAAGATAT-GG-GTTTTC--C-C--C-A--TGGAAT------AA-A------ACTC--CATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTG-ATAGCT--TT-CT--CA--------CATGGCCT--GA-CAAAAATCTGGGA-C------TAAA-T--G--ATT---------TTT--TTGTA----------ATC-TA-T-----TTCCT---TATC-----C-----T----C--CAAA-T---GTAATCA------T---ATACATT--TTG-ATTTT
gi|164738                     :      TTTATCCCATTTCTGCTCATA----GAAAGTAA-GG-GTTTTC--C-C--C-A--TGGAAA------AA-A------CCTC--TATCTT------CC---------------AAGTCA---CGTG-ACTGCT--TC-CT--CA--------CATGGCCT--GA-CGAAAATTT-GGA-CA-----TAAA-C--A--ATT---------TTT--TTGTA----------ATC-TA-T-----TTCCT---TATC-----C----------A--CAAA-TC--ATAATTT------T---ATATATT--TT
gi|164736                     :      TTTCTTCCATTGCTGCTCATA----GAAGATAC-GG-GTTTTC--C-C--C-A--TGGAGT------AA-A------ACTC--TATA-T------AC---------------ATGTCA---CGTT-ATAGTT--TT-TT--CA--------CATGGCTT--GA-CGAAAATTTGGGA-C------TTAT-T--C--A-T---------TTT--TTGTA----------AGC-TA-T-----TACCT---TATC-----C----------A--CAAA-TC--GTAATCA------T---ATACATT--TTC-ATTTTca
gi|164737                     :      TTTCTCCCTTTTCCGCTCAGG----GAAAATAC-GG-GTTTTC--C-C--C-A--TGGAGA------AA-A------TCTC--TATCTT------CC---------------ATGTCA---CATG-ACAGCT--TT-CT--CA--------CATGGCCT--GA-CGAAAATATAGAA-C------TAAACC--A--ATTTTTTG----TTT--TTGTA----------ATC-TA-T-----TTCTT---TATC-----C----------A--CAAA-TC--GTAAACA------T---AT
gi|164740                     :      TTTCTCCCATTTCTGCTCAAA----GATGATAT-AG-GTTTTC--C-C--C-A--TGAAGG------AA-A------TCTC--TATCTT------TA---------------ATGTCA---C-TG-ACAGCT--TT-CT--CA--------CATGACTT--GA-TGAAAATCTAAGA-C------TAAA-T--C--A-A---------TTT--GTGTT----------ATC-TA-------TTCCA---TATC-----T-----T----C-----A-TGTCGTAATCA------T---ATATATT--TTC-ATTTTgtagattctacattt
gi|164743                     :      TTTCTCACATTTCTTCTCATA----GAAGATAC-GG-ATTTAT--A-C--C-A--TGAAAG------AA-A------ACTT--TATCTT------AA---------------ATGTAA---CGTG-ACAGTT--TT-CT--CA--------GACGACCT--GA-CGAAAATCAAGGA-CTTATTGTAAT-T--GTAATTGTATTGTAATTA--TTGTA----------ATC-TA-T-----ATTCA---TATC-----C----------A--CAAA-TC--GTAATCT------T---ATACATG--ATC-ATTTT
gi|164741                     :      TTTCTCAAATTTCTGTTTATA----TAAGATAT-GG-GTTTTA--T-C--C-A--AGGAGG------AC-A------ACTC--TATCTT------CC---------------ATGTCA---AAGG-ACAGTT--TT-CT--CA--------CATAACCT--GA-TGAAAATCGTGGA-T------TGAA-TCAA--A------------TT--ATATA----------ATA-TA-T-----TTCAT---TATT-----C----------A--CAAA-TC--GTAATCATACATGT---ATATATT--TTC-ATTTT
gi|164742                     :      TTTCTTCTATTTCTGCTAA-A----AAAGATAT-GG-GTTTTC--C-C--C-A--TGG--TG-----GA-A------ACTC--TGTCTT------CC---------------ATGTCA---CATG-----------------A--------CATGA--T--GA--AAATGTCT-AGA-C------TATA-TC-C--ATT---------TTT--C--TA----------ATC-TA-T-----TTCCT---TATC-----C----------A--CAGA-TC--GTAATCA------T---ATATATT--TTT-ATT
gi|164745                     :      TTTCTCCCATTTTTGCTCATA----AAA-ATAT-ACTGTTTCC--C-C--C-A--TGGCAG------AA-A------ACT----ATCTG------CC---------------ATGTCA---CACG-ACAGCT--TT-CT--CT--------CATGACCT--TA-CGAAAAACAGGGA-C------TAAA-------------------------TGTA----------ATC-TA-T-----
gi|164744                     :      TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----TAAGATA---------------------------------------------------CATC---------C---------------ATGTCA---CGTG-ACAGCT--TT-TT--CA--------CATGACCA--GA-CCAAAACCTGGGA---------AAG-T--C--A-T---------TTT--TTATA----------ATC-TT-T-----TTCC------TC-----C-----T----CCACAAA-TC--GTAATCA------T---ATGTATT--TTC-ATTTT
gi|164746                     :      TTTCTCGCATTTCTGCTCATA----GAAGATAC-AA-GTTTTT--C-C--C-A--T-GAGG------AA-A------ATTC--TGTCTT------CCATAAACATATATATTATGTC----CGTG-ACATCT--TT-CT--TATATAATATTATGACTT--GA-CGAAAATCTTGTG-C------GAA--------ATC---------TAT--TTGTGGCATCTAACTATT-TA-T-----TTCCT---TATC-----C----------G--CAAC-TG--GTAATCA------T---A
gi|164756                     :      TTT-TCTTATTTGTACTCATA----GAAAATAT-AG-ATTTTC--C-C--C-A--TGGAGA------AA-A------ACTC--GATCTC------AC---------------ATAATA---CGTG-ATATAT--TT-CTGATA--------TATTGTGTGGGA-AGAAAAT-TGGGA-G------TAA----------T---------TTC--TAGTA------------CATA-C-----TTCTTTTATGTC-----T-----T----T--TAAA-A---CT--TCG------TC--ATACATCAGTTGCATTTT
gi|164749                     :      TTTCTCCCATTTCTGCTCAC-------AGATGC-AG-ATTTT-----C--C-A--TG
gi|164750                     :      TTTCTCTCATTTCTGCTCATA----GAAGATAC-GG-GATTTC--C-CTGC-T--TAGAGG------AA-A------ACTCT-TATCAT------TC---------------ATtcttgtgacaactttctcacatgaccagactaaaatctggatttatgacatccatttccgtatccacaatttgtaattaca
gi|164751                     :      TTTCTCCCATTTCTGCTAATA----GAAGAAAC-AG-GTTTT
gi|164753                     :       TTCTCCCATCCTTGCTCATA----GAAGATAC-CC-CTTTTG--C-C--C-A--TGGAGG------AA-A------ACTC--TATCTT------CC---------------ATGTCA---TGTG-ATAACT--TT-CT--CA--------C--GGTCT--GA-CGTAAAACTGGCA-A------TAAACC--A--ATT---------TTT--TTGTA----------ATT-TA-T-----TTCCT---TATA-----T-----T----CAGCAAA-TC--GTAATCA------T---ATACATT--TTC-AT
gi|164754                     :       TTCTTCAATGTTTGCTTATA----AAAGGAAA-GG-GTTTTC--C-C--T-A--TGGAAC------AA-A-------CTC--TATATT------CC---------------ATGATA---CGTG-ACATAC--TT-CT--TA--------CATGACCT--GG-CAAATATTTGGAA-C------TA
gi|164757                     :       TTATCCCATTTCTTCTTATATATAAAAGATAC-GG-GTTTCC--C-C--C-A--TGAAggtc
gi|164760                     :          TCCCATTTCTGCCTTTA----TACGATAC-AG-GT----------------TG----------AA-A------ACT----ATCTT------TT---------------ATGTCG---CGTG-ATAGCT--TT-CT--TA--------CACGACCT--GA-CGAAAGTCTGGGA-C------TAAA-T--C--ATT---------TTTTCTTGTA----------ATA-TA-T-----TTCTT---TATT-----C----------A--CAGA-T---GTAAggaa
gi|164759                     :          TCCCATTCCTGCTTCTA----AAAGATAC-GG-GTTT---------------------------------------C--TATCTT------CT---------------ATGTCA---CGTG-ACAGCT--TT-CT--CA--------CATAACCT--GA-CAAAAATATTGGA-C------TAAA-T--A--TTT---------TTT--TTTTA----------ATA-TT-G-----TTCCT---TATC-----C----------A--CAAA-T---
gi|164748                     :         cTCACATTTATGCTTACA----AAAGATAC-GG-GTAT-C--C-T--T-A--TGGAGTTGAGACAA-A------A-TC--TATCTT------CC---------------ATGAAT---CGTA-A--GCTCATG-TT--AA--------CATGACTT--GA-CAAATATTTGGGA-C------TAAA-T-----ATA---------TTT--GTGTT----------GTC-TA-T-----TTCTT---AATC-----CACAGTT----C--C----T---TT--TCA------T---GTATATT--TCA-ATTT
gi|164747                     :      ttccTCACATTTTT---CACA----GAAGATAC-AG-GTTTTT--C-T--C-A--CAGAAG------AA-A------AATC--TATCTT------CC---------------ATTTCA---CATG-ACA-CT--TTACT--CA--------CAAGACCT--GATC---AATC--------------AA--------------------TTT--TTATG----------ATC-TA-T-----TTCCT---
gi|164758                     :      tctcTCACATTTCTGCACATA----GACGATACGGG-GGTTTC--C-C--C-C--TGGAGG------AA-AGGATGGACT---CATCTTGAAGACCC---------------ATGTatgaacaaatcttaatcgtgtac
gi|164761                     :         tcCCCATTTCTGCTCATA----TAAGATGT-GG-GTTTTC--C-C--C-A--TGGAGA------AA-A------TCTC--TATCTT------CC---------------GTGTCA---CATG-ACAGCT--TT-CT--TG--------CATGACCT--TA-CGAAAATCTTGGA-C------TAAA-TTAA--A------------TT--TTGTA----------ACC-TA-T-----TTCCT---TATC-----C----------A--CACA-TC--GCAATCA------T---ATAAAAT--TAT-ATTTTgcattagccaaatctcaccccaggggtcgaaattacatgtaggacta
gi|164752                     :           CCCATTTCTGCCCATA----AAAGATAC-GG-GTTT-C--T-C--C-A--TCGAGG------AA-A------ACTA--TATCTT------CC---------------ATTTCA---CGTG-ACAGAT--TT-TT--CA--------CATAGCCT--GA-CGAAAATCTGGAAGT------TAAA-T--C--AAT---------TTT--A-ATA----------AAC-TT-T-----TTCCT---TATC-----A----------A--CAAA-TC--GTAATCA------T---ATACATT--TTC-ATTTT
gi|164762                     :         ttcCCATTTCTGCTCATA----GAAGATAC-CG-GTTTTC--C-C--C-A--TGGACG------AA-A------ACTC--TATCTT------CC---------------ATATCA---CATA-ATAGCT--TT-TT--CA--------CACTGCCT--GA-CGAAAATCTTGGA-C------TTAA-T--C--A-T---------TTT--TTGTA----------ATC-TA-T-----TTCCT---TATC-----C-----A----C--CAAT-C---GTAATCA------A---ATACATT--TTC-AT
gi|164739                     :             CATTTCTCCTCATG----GAAGATAC-GG-GTTTTC--A-T--C-A--TGGAAA------AA-A------ACTC------TT------CC---------------ATGTCATGACGTG-AAAGCT--TT-CT--CA--------CATGACCT--GA-CGAAAATCCGGAA-C------TAAA-T--C--A-A---------TTT--TTGTA----------ATC-TA-T-----TTCCT---TATT-----C-----A----C--AAAC-T---ATAATCA------T---ATATATT--T
gi|164763                     :      tttctgtCATTGCTGTTAGTAA---GAACATAC-AG-TTTTTC--C-T--C-A--T------------------------C--TATTTT------TC---------------GTGACA---TGTG-ACATCT--TT-CT--CA--------CATACCAT--GA-CATA------------------AAA-C--A--ACT---------TGT--T--CC----------ATC-TG-T-----TTCCT---TATC-----CATA--T----CT-CA--------TAATCA------G---GTATATT------ATTTTgtatcat
gi|164755                     :              ATGTTTGCTTATA----AAAGGAAA-GG-GTTTTC--A-C--T-A--TGGAAC------AA-A-------CTC--TATATT------CC---------------ATGATA---CGTA-ACATAC--TT-CT--TA--------CATGACCT--GG-CAAATATTTGGAA-C------TA
gi|164765                     :               ttctttaTCATA----GAAGATAC-AG-GTTTTA--C-C--C-A--TGAAGA------AA-A------ACggtctacttacgtcataattttacatcttataaccatgtattgtcatttt
gi|164739                     :                       CATG----GAAGA-----G-TTTTTT--T-C--C-A--TG--ATG-----AA-A------ACCCG-TATCTT------CC---------------ATGacta
gi|164737                     :      tttctgtcatttctcctCATG----GAAGATAG-AG-ATTTTC--T-C--C-A--TGGGG-------AA-A------ACCCG-TATTTT------CC---------------CTGtcatgacgtgaaagctttctcacatgacctgacgaaaatccggaactaaatcaatttttgtaatctatttccttattcacaaactataatcatatatatttgtatcat
gi|164761                     :      tttctcccttttccgctCACG----GAAGATAG-AG-ATTTTC--T-C--C-A--TGGGG-------AA-A------ACCCA-CATCTT------AT---------------ATGtcacatgacagctttctcacatggcctgacgaaaatatagaactaaaccaattttttgtttttgtaatctatttctttatccacaaatcgtaaacatatgtagattctacattt
gi|164753                     :           cccatttctgctCATG----GAAGATA--GA-GTTTTC--CTC--C-A--TGGGCA------AA-A------GGGG--TATCTT------CT---------------ATGtcacatgacagctttcttgcatgaccttacgaaaatcttggactaaattaaattttgtaacctatttccttatccacacatcgcaatcatataaaattatatttt
gi|164769                     :       ttctcccatccttgctCATG----GAAGATA--GG-GTTTTC--CTC--C-A--TGGtcatgtgataactttctcacggtctgacgtaaaactggcaataaaccaatttttttgtaatttatttccttatattcagcaaatcgtaatcatatacattttcat
gi|164741                     :                tttctacCATG----GAAGATA--GA-GTTGTC--C-T--C-C--TTGGAT------AA-A------ACCCA-TATCTT------tctcgtgatagctttttaacatggcctgacgaaaatctggctaaacaattttttgcaatcttttttcttatccacaattcgtgatcatataaatgttcatttt
gi|164764                     : tttctcaaatttctgtttatatCATA----GAAGATAC-AA-GTTTTT--C-C--C-A--T-GAGG------AA-A------ATTC--TGTCTT------CC---------------ATtcaaaggacagttttctcacataacctgatgaaaatcgtggattgaatcaaattatataatatatttcattattcacaaatcgtaatcatacatgtatatattttcatttt
gi|164762                     :                   tgtttATG----GAAGATA--GA-GTTTTCG-T-C--C-A--TGGGG-------AA-A------AC-CGGTATCTT------CT---------------ATG
gi|164766                     :             ccatttctgctATA----GAAGATAC-AG-GTTTTC--C-C--C-A--TGGAAG------GA-A------ACTC--TACCCT------CC---------------ATGTCA---AGTG-ACAGCT--TT-CT--AA--------CATGACCT--GA-CCAAAATCTGGGA-C------TAAA-T--C--A-T---------TTT--TTGTA----------AAC-CA-T-----ATCCT---TATC-----C----------A--CAAA-TC--GTAATTG------T---ATATATT--TTC-ATTTTatcacataatagctttttcacactgcctgacgaaaatcttggacttaatcattttttgtaatctatttccttatccaccaatcgtaatcaaatacattttcat
gi|164752                     :                        ATG----GAAGATAT--A-GTTTTC--C-T--CGA--TGGA--------GA-A------ACCCG-TATCTT------TT---------------ATG
gi|164738                     :          ttccccatttctgccTG----GAAGATAG-AG-GTTTTT--T-C--C-A--TGGGG-------AA-A------ACCCT-TACTTT------CT---------------ATGttcacgtgacagatttttcacatagcctgacgaaaatctggaagttaaatcaattttaataaactttttccttatcaacaaatcgtaatcatatacattttcatttt
gi|164767                     :          tttatcccatttctgct----GAAGATAC-GG-GGTTTC--C-C--T-A--TGGAG-------GA-A------ACTG--TATATT------TC---------------GTGTTA---GGTG-ACAGCT--TT-CT--CA--------CTTGAACT--GA-CAAAAATATTGGA-C------TAAA-T--A----T---------TTT--TTGTA----------AAC-TA-T-----T--CT---TATT-----C----------A--CAAA-TC--GTAATAA------T---ATagtcacgtgactgcttcctcacatggcctgacgaaaatttggacataaacaatttttttgtaatctatttccttatccacaaatcataattttatatattttca
gi|164768                     :                           ----GAGGA-AT-AG-GTTTCT--C-C--C-AATTGTGAG------AA-A------A-TC--TATCTT------AC---------------ATTGAA---CGTG-ACATCT--TT-CT--CA--------CAAGACCG--GA-TAAAACTATTGAC-C------T-GA-T-----ATA---------CAT--TTGTC----------ACT-TA-T-----TTCAT---TATC-----
gi|164769                     :                                             TTTCTAC-C--C-A--TGGAGG------AA-A------ACCC--TATCTT------CC---------------ATGTCT---CGTG-ATAGCT--TT-TT--AA--------CATGGCCT--GA-CGAAAATCTGG---C------TAAA-C--A--A-T---------TTT--TTGCA----------ATC-TT-T-----TTTCT---TATC-----C-----A----C----AA-TTC-GTGATCA------T---ATAAATG--TTC-ATTTTaacatcttaaacacatttgtactgttattttacattt
gi|164770                     :                                                 --C-T--C-A--TGAAGC------AA-A------TGTC--TATCTT------CC---------------ATG--A---CAT------CT--TT-CT--CA--------CATGATCT--GA-TGAAAATC------C------TAAA-TTAG--ACC---------TAC--TT-------------ATCTTATT-----TTTCT---AATCTGCCAC-----T----C--AAAATT---GTAAT
gi|164771                     :                                                         -A--TGAAAA------AA-A------ATAC--C-----------CC---------------AAATCA---TCCG--TACCT--TT-CT--AA--------CATGACCC--GA-TGAAAATGTGGGA-T------TA------G--ATC---------TAT--CTGTGTTACCGGT--ATC-TA-G-----TCCCT---AATC-----C----------A--CAAA-TC--ATCATCA------T---ATCAATT--TTT-ATTTT
gi|164772                     :                                                              GGAAT------AGCA------AC-C--TATCTT------CC---------------ATGTCG---CGTG-ACAGCT--TT-CT--CA--------CATGACCT--GA-CAAAAA-CTGGGA-C------TGAA-T--C--A-A---------GTT--TTGTG----------ATC-TA-TATGTATTTCTTA-TATC-----C-----A----C--TAAC-T---TTAATTA------T---ATATATT--TTC-ATTTT
gi|164773                     :                                                                                       ggaATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTG-ATAGCT--TT-CT--CA--------CATGGCCT--GA-CGAAAATATGTTA-C------TTAA-T--A--A-T---------TTT--TGGTA----------ATC-TA-T-----TTCCT---TAT------C-----T----A--CAAA-TC--GTATTCA------T---ACACATT--TTC-AT
gi|164749                     :                                                                                          ATTTT------CC---------------ATGTCT---TGTG-ACAACT--TT-CT--CA--------CATGACCA--GA-CTAAAATCTGGA--------------------------------TTT--ATGAC----------ATC-CA-T-----TTCCG---TATC-----C-----A----C--AATT-T---GTAATTA------C---A
gi|164774                     :                                                                   tttctcccatttctgctcacagatgcag------CT---------------ATGACA---CGTA-ACATAT--TT-CT--AA--------TATGGCCT--GA-CGGAAATCTGGGA-T------TAAA-T--G---TA---------TAT--TTGTC----------ATC-TA-T-----TTCCT---TATC-----C-----T----C--AACT-T---GT-TTCG------T---ATACATT--TTT-ATTTT
gi|164775                     :                                                                                                                           A---CATGTACATCT--TT-CT--CA--------CATAATGG--GA-AGAAAATCTGGGA-C------TA------C--ATC---------TAT--ATCTC----------ATC-TG-T-----TTCCT---AATC-----T-----TAGTAA--CAAC-TC--ATAATCA------TTTCAAACACT--TT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                   3333333333333333333333                                                                                                           
lowQualScore                  :                      3333    1    1        11  11  11  1   22222 1 2222 7777777   1      333333  666666666666666      333       0  11  1    44444444       1 2222         11  0 0 1 444444   11 2 5555555555555555555555 2  11  2222 22222  222   1   22222     333  222  1 555555             666666 222 11  555555    222 3      
lowQualScore                  :                      ....    .    .        ..  ..  ..  .   ..... . .... .......   .      ......  ...............      ...       .  ..  .    ........       . ....         ..  . . . ......   .. . ...................... .  ..  .... .....  ...   .   .....     ...  ...  . ......             ...... ... ..  ......    ... .      
lowQualScore                  :                      7777    2    2        66  66  55  1   55555 1 3333 2222222   1      111111  888888888888888      666       9  66  1    11111111       1 4444         66  4 3 1 444444   66 4 1111111111111111111111 4  66  5555 99999  111   2   99999     888  111  2 777777             777777 333 88  222222    777 1      
consensus                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACGAAAAT--CTGGGA-C------TAA--A-T-C-A-------TT---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TA---TC-C-----ACAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
Reference ( family-543 )      : TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACGAAAAT--CTGGGA-C------TAA--A-T-N-A-------TT---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TA---TC-C-----NCAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
gi|164735                     : TTTATCCCATTTCTACTCATA----GAAG-ATAT-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAA----TA-A----A------ACTC-CATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGATAGCT--TT-CTCA--------CATGGCC-T----GACAAAAAT--CTGGGA-C------TAA--A-T-G-A-------TT---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TA---TC-CT----CCAAAT-GTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-GATTTT
gi|164736                     : TTTCTTCCATTGCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----TA-A----A------ACTC-TATA-T------AC---------------ATGTCA---CGTTATAGTT--TT-TTCA--------CATGGCT-T----GACGAAAAT--TTGGGA-C------TTA--T-T-C-A--------T---------T-TT--TT----G-----TA---AGC-TAT-----TACCT---TA---TC-C-----ACAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
gi|164737                     : TTTCTCCCTTTTCCGCTCAGG----GAAA-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----AA-A----A------TCTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---CATGACAGCT--TT-CTCA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--ATAGAA-C------TAA--ACC-A-A-------TTTTTTG----T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCTT---TA---TC-C-----ACAAATCGTAAACA------T---ATGTA-G----ATTC---TACATTT
gi|164738                     : TTTATCCCATTTCTGCTCATA----GAAA-GTAA-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAA----AA-A----A------CCTC-TATCTT------CC---------------AAGTCA---CGTGACTGCT--TC-CTCA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--TT-GGA-CA-----TAA--A-C-A-A-------TT---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TA---TC-C-----ACAAATCATAATTT------T---A--TA-T----ATTT---T-CA
gi|164739                     : TTTCTGTCATTTCTCCTCATG----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--AT--CA--TG-GAA----AA-A----A------ACTC-T----T------CC---------------ATGTCATGACGTGAAAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACGAAAAT--CCGGAA-C------TAA--A-T-C-A--------A---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TA---TT-C-----ACAAACTATAATCA------T---A--TA-T----ATTTGTAT-CAT
gi|164740                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCAAA----GATG-ATAT-AGGTTTTC--CC--CA--TG-AAG----GA-A----A------TCTC-TATCTT------TA---------------ATGTCA---C-TGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACT-T----GATGAAAAT--CTAAGA-C------TAA--A-T-C-A--------A---------T-TT--GT----G-----TT---ATC-TA------TTCCA---TA---TC-T-----TCATGTCGTAATCA------T---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164741                     : TTTCTCAAATTTCTGTTTATA----TAAG-ATAT-GGGTTTTA--TC--CA--AG-GAG----GA-C----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---AAGGACAGTT--TT-CTCA--------CATAACC-T----GATGAAAAT--CGTGGA-T------TGA--A-T-C-A--------A---------A-TT--AT----A-----TA---ATA-TAT-----TTCAT---TA---TT-C-----ACAAATCGTAATCATACATGT---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164742                     : TTTCTTCTATTTCTGCTAA-A----AAAG-ATAT-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GTG----GA-A----A-------CTC-TGTCTT------CC---------------ATGTCA---CATGACA----------------------------T----GATGAAAATGTCTAG-A-C------TAT--A-T-CCA-------TT---------T-TT--CT-----------A---ATC-TAT-----TTCCT---TA---TC-C-----ACAGATCGTAATCA------T---A--TA-T----ATTT---T-TATT
gi|164743                     : TTTCTCACATTTCTTCTCATA----GAAG-ATAC-GGATTTAT--AC--CA--TG-AAA----GA-A----A------ACTT-TATCTT------AA---------------ATGTAA---CGTGACAGTT--TT-CTCA--------GACGACC-T----GACGAAAAT--CAAGGA-CTTATTGTAATTG-T-A-A-------TTGTATTGTAAT-TA--TT----G-----TA---ATC-TAT-----ATTCA---TA---TC-C-----ACAAATCGTAATCT------T---A--TA-C----ATGA---T-CATTTT
gi|164744                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----TAAG-ATAC-A---------TC--CA--TG------------------------------------------------------------TCA---CGTGACAGCT--TT-TTCA--------CATGACC-A----GACCAAAAC--CTGGGA---------AA--G-T-C-A--------T---------T-TT--TT----A-----TA---ATC-TTT-----TTCCT---CC---TC-C-----ACAAATCGTAATCA------T---A--TG-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164745                     : TTTCTCCCATTTTTGCTCATA----AAAATATAC-TG-TTTCC--CC--CA--TG-GCA----GA-A----A------ACT---ATCTG------CC---------------ATGTCA---CACGACAGCT--TT-CTCT--------CATGACC-T----TACGAAAAA--CAGGGA-C------TAA--A-------------------------------T----G-----TA---ATC-TAT-----
gi|164746                     : TTTCTCGCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-AAGTTTTT--CC--CA--T--GAG----GA-A----A------ATTC-TGTCTT------CCATAAACATATATATTATGTC----CGTGACATCT--TT-CTTATATAATATTATGACT-T----GACGAAAAT--CTTGTG-C------GAA--A-T-C---------TA---------T-TT--GT----GGCATCTAACTATT-TAT-----TTCCT---TA---TC-C-----GCAACTGGTAATCA------T---A--
gi|164747                     : TCTCTCACATTTTT---CACA----GAAG-ATAC-AGGTTTTT--CT--CA--CA-GAA----GA-A----A------AATC-TATCTT------CC---------------ATTTCA---CATGACA-CT--TTACTCA--------CAAGACC-T----G------AT--C---------------A--A-T-C-A--------A---------T-TT--TT----A-----TG---ATC-TAT-----TTCC----TA---TG-A-----ACAAATCTTAATCG------T---G--TA-C----
gi|164748                     : TTCCTCACATTTATGCTTACA----AAAG-ATAC-GGGTAT-C--CT--TA--TG-GAGTTGAGACA----A------AATC-TATCTT------CC---------------ATGAAT---CGTA--AGCTCATG-TTAA--------CATGACT-T----GACAAATAT--TTGGGA-C------TAA--A-T---A-------TA---------T-TT--GT----G-----TT---GTC-TAT-----TTCTT---AA---TC-C-----ACAGTTCCTTTTCA------T---G--TA-T----ATTT---C-AATTT
gi|164749                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCACA----G------------------------A--TG-CAG-------------------------ATTTT------CC---------------ATGTCT---TGTGACAACT--TT-CTCA--------CATGACC-A----GACTAAAAT--CTGGA---------------------------------------T-TT--AT----G-----AC---ATC-CAT-----TTCCG---TA---TC-C-----ACAATTTGTAATTA------C---A--
gi|164750                     : TTTCTCTCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGATTTC--CCTGCT--TA-GAG----GA-A----A------ACTCTTATCAT------TC---------------AT
gi|164751                     : TTTCTCCCATTTCTGCTAATA----GAAG-AAAC-AGGTTTT
gi|164752                     :  TTC-CCCATTTCTGCCCATA----AAAG-ATAC-GGGTTT-C--TC--CA--TC-GAG----GA-A----A------ACTA-TATCTT------CC---------------ATTTCA---CGTGACAGAT--TT-TTCA--------CATAGCC-T----GACGAAAAT--CTGGAAGT------TAA--A-T-C-A--------A---------T-TT--TA----A-----TA---AAC-TTT-----TTCCT---TA---TC-A-----ACAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
gi|164753                     :  TTCTCCCATCCTTGCTCATA----GAAG-ATAC-CCCTTTTG--CC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---TGTGATAACT--TT-CTCA--------C--GGTC-T----GACGTAAAA--CTGGCA-A------TAA--ACC-A-A-------TT---------T-TT--TT----G-----TA---ATT-TAT-----TTCCT---TATATTC-A-----GCAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CAT
gi|164754                     :  TTCTTCAATGTTTGCTTATA----AAAG-GAAA-GGGTTTTC--CC--TA--TG-GAA----CA-A----A-------CTC-TATATT------CC---------------ATGATA---CGTGACATAC--TT-CTTA--------CATGACC-T----GGCAAATAT--TTGGAA-C------TA
gi|164755                     :  TTCTTTAATGTTTGCTTATA----AAAG-GAAA-GGGTTTTC--AC--TA--TG-GAA----CA-A----A-------CTC-TATATT------CC---------------ATGATA---CGTAACATAC--TT-CTTA--------CATGACC-T----GGCAAATAT--TTGGAA-C------TAG--G-TCT-A-------CT---------TACG--TC----A-----TA---AT----T-----TTAC-----A---TC------------TTATAACCA------T---G--T-------ATTG---T-CATTTTggtc
gi|164756                     :  TTTTCTTATTTGTACTCATA----GAAA-ATAT-AGATTTTC--CC--CA--TG-GAG----AA-A----A------ACTC-GATCTC------AC---------------ATAATA---CGTGATATAT--TT-CTGA--------TATATTG-TGTGGGAAGAAAAT---TGGGA-G------TAA-----------------T---------T-TC--TA----G-----TA-----CATAC-----TTCTTTTATG---TCTT-----TTAAAACTTCGTCA------T---A--CATC----AGTT---G-CATTTT
gi|164757                     :  TTATCCCATTTCTTCTTATATATAAAAG-ATAC-GGGTTTCC--CC--CA--TG-AAG----GA-A----
gi|164758                     :   TCTCACATTTCTGCACATA----GACG-ATACGGGGGTTTC--CC--CC--TG-GAG----GA-A----AGGATGGACTC--ATCTTGAAGACCC---------------ATGT
gi|164759                     :    CTCCCATTCCTGCTTCTA----AAAG-ATAC-GGGTTT----------------------------------------C-TATCTT------CT---------------ATGTCA---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATAACC-T----GACAAAAAT--ATTGGA-C------TAA--A-T-A-T-------TT---------T-TT--TT----T-----TA---ATA-TTG-----TTCCT---TA---TC-C-----ACAAATgcattagccaaatctcaccccaggggtcgaaattacatgtaggacta
gi|164760                     :     TCCCATTTCTGCCTTTA----TACG-ATAC-AGGTT-----------------------GA-A----A------ACT---ATCTT------TT---------------ATGTCG---CGTGATAGCT--TT-CTTA--------CACGACC-T----GACGAAAGT--CTGGGA-C------TAA--A-T-C-A-------TT---------T-TTTCTT----G-----TA---ATA-TAT-----TTCTT---TA---TT-C-----ACAGAT-GTAA
gi|164761                     :      CCCATTTCTGCTCATA----TAAG-ATGT-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----AA-A----A------TCTC-TATCTT------CC---------------GTGTCA---CATGACAGCT--TT-CTTG--------CATGACC-T----TACGAAAAT--CTTGGA-C------TAA--A-T-T-A--------A---------A-TT--TT----G-----TA---ACC-TAT-----TTCCT---TA---TC-C-----ACACATCGCAATCA------T---A--TA-A----AATT---A-TATTTT
gi|164762                     :       CCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-CGGTTTTC--CC--CA--TG-GAC----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATATCA---CATAATAGCT--TT-TTCA--------CACTGCC-T----GACGAAAAT--CTTGGA-C------TTA--A-T-C-A--------T---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TA---TC-C-----ACCAATCGTAATCA------A---A--TA-C----ATTT---T-CAT
gi|164763                     :        CATTGCTGTTAGTAA---GAAC-ATAC-AGTTTTTC--CT--CA--T---------------------------C-TATTTT------TC---------------GTGACA---TGTGACATCT--TT-CTCA--------CAT-ACCAT----GACATAAA--------A-C-------AA--C-T-T-G-------TT---------C-C--------------------ATC-TGT-----TTCCT---TA---TC-C-----ATATCTCATAATCA------G---G--TA-T----ATT-------ATTTT
gi|164764                     :                  CATA----GAAG-ATAC-AAGTTTTT--CC--CA--T--GAG----GA-A----A------ATTC-TGTCTT------CC---------------AT
gi|164765                     :            tgtttTCATA----GAAG-ATAC-AGGTTTTA--CC--CA--TG-AAG----AA-A----A------ACAC-TA
gi|164766                     :                   ATA----GAAG-ATAC-AGGTTTTC--CC--CA--TG-GAA----GG-A----A------ACTC-TACCCT------CC---------------ATGTCA---AGTGACAGCT--TT-CTAA--------CATGACC-T----GACCAAAAT--CTGGGA-C------TAA--A-T-C-A--------T---------T-TT--TT----G-----TA---AAC-CAT-----ATCCT---TA---TC-C-----ACAAATCGTAATTG------T---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164767                     :                      ----GAAG-ATAC-GGGGTTTC--CC--TA--TG-GAG----GA-A----A-------CTG-TATATT------TC---------------GTGTTA---GGTGACAGCT--TT-CTCA--------CTTGAAC-T----GACAAAAAT--ATTGGA-C------TAA--A-T-A----------T---------T-TT--TT----G-----TA---AAC-TAT-----T--CT---TA---TT-C-----ACAAATCGTAATAA------T---A--T
gi|164768                     :                      ----GAGG-A-AT-AGGTTTCT--CC--CAATTGTGAG----AA-A----A--------TC-TATCTT------AC---------------ATTGAA---CGTGACATCT--TT-CTCA--------CAAGACC-G----GATAAAACT--ATTGAC-C------TGA------T-A-------TA---------C-AT--TT----G-----TC---ACT-TAT-----TTCAT---TA---TC-A-----AC--ATCTTAAACACATT--T---G--TA-CTGTTATTT---TACATTT
gi|164769                     :                                        TTTCTACC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACCC-TATCTT------CC---------------ATGTCT---CGTGATAGCT--TT-TTAA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--CTGG---C------TAA--A-C-A-A--------T---------T-TT--TT----G-----CA---ATC-TTT-----TTTCT---TA---TC-C-----ACAATTCGTGATCA------T---A--TA-A----ATGT---T-CATTTT
gi|164770                     :                                            --CT--CA--TG-AAG----CA-A----A------TGTC-TATCTT------CC---------------ATG----------ACATCT--TT-CTCA--------CATGATC-T----GATGAAAAT--C------C------TAA--A-T-T-AGACCTACTTATCTTA---T-TT--TT----C-----TA---ATC-TG--------CC-----A---CT-C-----A-AAATTGTAAT
gi|164771                     :                                                   A--TG-AAA----AA-A----A------A----TACC--------CC---------------AAATCATC-CGT-AC--CT--TT-CTAA--------CATGACC-C----GATGAAAAT--GTGGGA-T------TAG--A-TCT-A-------TC---------TGTG--TTACCGG-----T----ATC-TAG-----TCCCT---AA---TC-C-----ACAAATCATCATCA------T---A--TC-A----ATTT---T-TATTTT
gi|164772                     :                                                       G-GAG----GA-ATAGCA------AC-C-TATCTT------CC---------------ATGTCG---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACAAAAA---CTGGGA-C------TGA--A-T-C-A--------A---------G-TT--TT----G-----TG---ATC-TATATGTATTTCTTA-TA---TC-C-----ACTAACTTTAATTA------T---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164773                     :                                                                                     ATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGATAGCT--TT-CTCA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--ATGTTA-C------TTA--A-T-A-A--------T---------T-TT--TG----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TA---TC-T-----ACAAATCGTATTCA------T---A--CA-C----ATTT---T-CAT
gi|164774                     :                                                                                          ------CT---------------ATGACA---CGTAACATAT--TT-CTAA--------TATGGCC-T----GACGGAAAT--CTGGGA-T------TAA--A-T-G---------TA---------T-AT--TT----G-----TC---ATC-TAT-----TTCCT---TA---TC-C-----TCAACTTGT-TTCG------T---A--TA-C----ATTT---T-TATTTT
gi|164775                     :                                                                                                                     CA---TGT-ACATCT--TT-CTCA--------CATAATG-G----GAAGAAAAT--CTGGGA-C------TA-------C-A-------TC---------T-AT--AT----C-----TC---ATC-TGT-----TTCCT---AA---TC-TTAGTAACAACTCATAATCA------TTTCA--AA-C----ACTT---T-





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                       33333333333333333                                                                                                         
lowQualScore                  :                      3333    1    1        11  11  11  1   22222 1 2222 7777777   1      333333  666666666666666      333       0  11  1    44444444       1 2222         333333333 0 0 1 2  2222 22  11111111111111111 1  22  2222222222  222   1   22222     555    1 44444 1             666666 222 11  555555    222 3      
lowQualScore                  :                      ....    .    .        ..  ..  ..  .   ..... . .... .......   .      ......  ...............      ...       .  ..  .    ........       . ....         ......... . . . .  .... ..  ................. .  ..  ..........  ...   .   .....     ...    . ..... .             ...... ... ..  ......    ... .      
lowQualScore                  :                      7777    2    2        66  66  55  1   55555 1 3333 2222222   1      111111  888888888888888      666       9  66  1    11111111       1 4444         666666666 1 1 1 3  4444 77  44444444444444444 2  88  9999999999  111   2   99999     555    2 22222 2             777777 333 88  222222    777 1      
consensus                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACGAAAAT--C------TGGGA-C-TA----A--AT-C---ATT---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----A-CAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
Reference ( family-543 )      : TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACGAAAAT--C------TGGGA-C-TA----A--AT-C---ATT---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----A-CAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
gi|164735                     : TTTATCCCATTTCTACTCATA----GAAG-ATAT-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAA----TA-A----A------ACTC-CATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGATAGCT--TT-CTCA--------CATGGCC-T----GACAAAAAT--C------TGGGA-C-TA----A--AT-G---ATT---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-CT----C-CAAAT-GTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-GATTTT
gi|164736                     : TTTCTTCCATTGCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----TA-A----A------ACTC-TATA-T------AC---------------ATGTCA---CGTTATAGTT--TT-TTCA--------CATGGCT-T----GACGAAAAT--T------TGGGA-C-TT----A--TT-C---A-T---------T-TT--TT----G-----TA---AGC-TAT-----TACCT---TATC-C-----A-CAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
gi|164737                     : TTTCTCCCTTTTCCGCTCAGG----GAAA-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----AA-A----A------TCTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---CATGACAGCT--TT-CTCA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--A------TAGAA-C-TA----A--AC-CA--ATTTTTTG----T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCTT---TATC-C-----A-CAAATCGTAAACA------T---ATGTA-G----ATTC---TACATTT
gi|164738                     : TTTATCCCATTTCTGCTCATA----GAAA-GTAA-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAA----AA-A----A------CCTC-TATCTT------CC---------------AAGTCA---CGTGACTGCT--TC-CTCA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--T------T-GGA-CATA----A--AC-A---ATT---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----A-CAAATCATAATTT------T---A--TA-T----ATTT---T-CA
gi|164739                     : TTTCTGTCATTTCTCCTCATG----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--AT--CA--TG-GAA----AA-A----A------ACTC-T----T------CC---------------ATGTCATGACGTGAAAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACGAAAAT--C------CGGAA-C-TA----A--AT-C---A-A---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATT-C-----A-CAAACTATAATCA------T---A--TA-T----ATTTGTAT-CAT
gi|164740                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCAAA----GATG-ATAT-AGGTTTTC--CC--CA--TG-AAG----GA-A----A------TCTC-TATCTT------TA---------------ATGTCA---C-TGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACT-T----GATGAAAAT--C------TAAGA-C-TA----A--AT-C---A-A---------T-TT--GT----G-----TT---ATC-TA------TTCCA---TATC-T-----T-CATGTCGTAATCA------T---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164741                     : TTTCTCAAATTTCTGTTTATA----TAAG-ATAT-GGGTTTTA--TC--CA--AG-GAG----GA-C----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---AAGGACAGTT--TT-CTCA--------CATAACC-T----GATGAAAAT--C------GTGGA-T-TG----A--AT-C---A-A---------A-TT--AT----A-----TA---ATA-TAT-----TTCAT---TATT-C-----A-CAAATCGTAATCATACATGT---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164742                     : TTTCTTCTATTTCTGCTAA-A----AAAG-ATAT-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GTG----GA-A----A-------CTC-TGTCTT------CC---------------ATGTCA---CATGACA----------------------------T----GATGAAAATGTC------TAG-A-C-TA----T--AT-CC--ATT---------T-TT--CT-----------A---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----A-CAGATCGTAATCA------T---A--TA-T----ATTT---T-TATT
gi|164743                     : TTTCTCACATTTCTTCTCATA----GAAG-ATAC-GGATTTAT--AC--CA--TG-AAA----GA-A----A------ACTT-TATCTT------AA---------------ATGTAA---CGTGACAGTT--TT-CTCA--------GACGACC-T----GACGAAAAT--C------AAGGA-CTTATTGTA--AT-TGTAATTGTATTGTAAT-TA--TT----G-----TA---ATC-TAT-----ATTCA---TATC-C-----A-CAAATCGTAATCT------T---A--TA-C----ATGA---T-CATTTT
gi|164744                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----TAAG-ATAC-A---------TC--CA--TG------------------------------------------------------------TCA---CGTGACAGCT--TT-TTCA--------CATGACC-A----GACCAAAAC--C------TGGGA----A----A--GT-C---A-T---------T-TT--TT----A-----TA---ATC-TTT-----TTCCT---CCTC-C-----A-CAAATCGTAATCA------T---A--TG-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164745                     : TTTCTCCCATTTTTGCTCATA----AAAATATAC-TG-TTTCC--CC--CA--TG-GCA----GA-A----A------ACT---ATCTG------CC---------------ATGTCA---CACGACAGCT--TT-CTCT--------CATGACC-T----TACGAAAAA--C------AGGGA-C-TA----A--A-------------------------T----G-----TA---ATC-TAT-----
gi|164746                     : TTTCTCGCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-AAGTTTTT--CC--CA--T--GAG----GA-A----A------ATTC-TGTCTT------CCATAAACATATATATTATGTC----CGTGACATCT--TT-CTTATATAATATTATGACT-T----GACGAAAAT--C------TTGTG-C-GA----A--AT-C----TA---------T-TT--GT----GGCATCTAACTATT-TAT-----TTCCT---TATC-C-----G-CAACTGGTAATCA------T---A--
gi|164747                     : TCTCTCACATTTTT---CACA----GAAG-ATAC-AGGTTTTT--CT--CA--CA-GAA----GA-A----A------AATC-TATCTT------CC---------------ATTTCA---CATGACA-CT--TTACTCA--------CAAGACC-T----G------AT--C--------------------A--AT-C---A-A---------T-TT--TT----A-----TG---ATC-TAT-----TTCC----TATG-A-----A-CAAATCTTAATCG------T---G--TA-C----
gi|164748                     : TTCCTCACATTTATGCTTACA----AAAG-ATAC-GGGTAT-C--CT--TA--TG-GAGTTGAGACA----A------AATC-TATCTT------CC---------------ATGAAT---CGTA--AGCTCATG-TTAA--------CATGACT-T----GACAAATAT--T------TGGGA-C-TA----A--AT-----ATA---------T-TT--GT----G-----TT---GTC-TAT-----TTCTT---AATC-C-----A-CAGTTCCTTTTCA------T---G--TA-T----ATTT---C-AATTT
gi|164749                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCACA----G------------------------A--TG-CAG-------------------------ATTTT------CC---------------ATGTCT---TGTGACAACT--TT-CTCA--------CATGACC-A----GACTAAAAT--C------TGGA--------------------------------T-TT--AT----G-----AC---ATC-CAT-----TTCCG---TATC-C-----A-CAATTTGTAATTA------C---A--
gi|164750                     : TTTCTCTCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGATTTC--CCTGCT--TA-GAG----GA-A----A------ACTCTTATCAT------TC---------------AT
gi|164751                     : TTTCTCCCATTTCTGCTAATA----GAAG-AAAC-AGGTTTT
gi|164752                     :  TTC-CCCATTTCTGCCCATA----AAAG-ATAC-GGGTTT-C--TC--CA--TC-GAG----GA-A----A------ACTA-TATCTT------CC---------------ATTTCA---CGTGACAGAT--TT-TTCA--------CATAGCC-T----GACGAAAAT--C------TGGAAGT-TA----A--AT-C---A-A---------T-TT--TA----A-----TA---AAC-TTT-----TTCCT---TATC-A-----A-CAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
gi|164753                     :  TTCTCCCATCCTTGCTCATA----GAAG-ATAC-CCCTTTTG--CC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---TGTGATAACT--TT-CTCA--------C--GGTC-T----GACGTAAAA--C------TGGCA-A-TA----A--AC-CA--ATT---------T-TT--TT----G-----TA---ATT-TAT-----TTCCTTA-TATT-C-----AGCAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CAT
gi|164754                     :  TTCTTCAATGTTTGCTTATA----AAAG-GAAA-GGGTTTTC--CC--TA--TG-GAA----CA-A----A-------CTC-TATATT------CC---------------ATGATA---CGTGACATAC--TT-CTTA--------CATGACC-T----GGCAAATAT--T------TGGAA-C-TA----G--GT-C---
gi|164755                     :  TTCTTTAATGTTTGCTTATA----AAAG-GAAA-GGGTTTTC--AC--TA--TG-GAA----CA-A----A-------CTC-TATATT------CC---------------ATGATA---CGTAACATAC--TT-CTTA--------CATGACC-T----GGCAAATAT--T------TGGAA-C-TA----G--GT-CT--ACT---------TACG--TC----A-----TA---AT----T-----TTAC-----ATC-------------TTATAACCA------T---G--T-------ATTG---T-CATTTT
gi|164756                     :  TTTTCTTATTTGTACTCATA----GAAA-ATAT-AGATTTTC--CC--CA--TG-GAG----AA-A----A------ACTC-GATCTC------AC---------------ATAATA---CGTGATATAT--TT-CTGA--------TATATTG-TGTGGGAAGAAAAT---------TGGGA-G-TA----A-----------T---------T-TC--TA----G-----TA-----CATAC-----TTCTTTTATGTCTT-----T-TAAAACTTCGTCA------T---A--CATC----AGTT---G-CATTTT
gi|164757                     :  TTATCCCATTTCTTCTTATATATAAAAG-ATAC-GGGTTTCC--CC--CA--TG-AAG----GA-A----
gi|164758                     :   TCTCACATTTCTGCACATA----GACG-ATACGGGGGTTTC--CC--CC--TG-GAG----GA-A----AGGATGGACTC--ATCTTGAAGACCC---------------ATGT
gi|164759                     :    CTCCCATTCCTGCTTCTA----AAAG-ATAC-GGGTTT----------------------------------------C-TATCTT------CT---------------ATGTCA---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATAACC-T----GACAAAAAT--A------TTGGA-C-TA----A--AT-A---TTT---------T-TT--TT----T-----TA---ATA-TTG-----TTCCT---TATC-C-----A-CAAATgcattagccaaatctcaccccaggggtcgaaattacatgtaggacta
gi|164760                     :     TCCCATTTCTGCCTTTA----TACG-ATAC-AGGTT-----------------------GA-A----A------ACT---ATCTT------TT---------------ATGTCG---CGTGATAGCT--TT-CTTA--------CACGACC-T----GACGAAAGT--C------TGGGA-C-TA----A--AT-C---ATT---------T-TTTCTT----G-----TA---ATA-TAT-----TTCTT---TATT-C-----A-CAGAT-GTAA
gi|164761                     :      CCCATTTCTGCTCATA----TAAG-ATGT-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----AA-A----A------TCTC-TATCTT------CC---------------GTGTCA---CATGACAGCT--TT-CTTG--------CATGACC-T----TACGAAAAT--C------TTGGA-C-TA----A--AT-T---A-A---------A-TT--TT----G-----TA---ACC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----A-CACATCGCAATCA------T---A--TA-A----AATT---A-TATTTT
gi|164762                     :       CCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-CGGTTTTC--CC--CA--TG-GAC----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATATCA---CATAATAGCT--TT-TTCA--------CACTGCC-T----GACGAAAAT--C------TTGGA-C-TT----A--AT-C---A-T---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----A-CCAATCGTAATCA------A---A--TA-C----ATTT---T-CAT
gi|164763                     :        CATTGCTGTTAGTAA---GAAC-ATAC-AGTTTTTC--CT--CA--T---------------------------C-TATTTT------TC---------------GTGACA---TGTGACATCT--TT-CTCA--------CAT-ACCAT----GACA----------------------TA----A--AA-C---AAC---------T-TG--TT----------CC---ATC-TGT-----TTCCT---TATC-C-----A-TATCTCATAATCA------G---G--TA-T----ATT-------ATTTT
gi|164764                     :                  CATA----GAAG-ATAC-AAGTTTTT--CC--CA--T--GAG----GA-A----A------ATTC-TGTCTT------CC---------------AT
gi|164765                     :            tgtttTCATA----GAAG-ATAC-AGGTTTTA--CC--CA--TG-AAG----AA-A----A------ACAC-TA
gi|164766                     :                   ATA----GAAG-ATAC-AGGTTTTC--CC--CA--TG-GAA----GG-A----A------ACTC-TACCCT------CC---------------ATGTCA---AGTGACAGCT--TT-CTAA--------CATGACC-T----GACCAAAAT--C------TGGGA-C-TA----A--AT-C---A-T---------T-TT--TT----G-----TA---AAC-CAT-----ATCCT---TATC-C-----A-CAAATCGTAATTG------T---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164767                     :                      ----GAAG-ATAC-GGGGTTTC--CC--TA--TG-GAG----GA-A----A-------CTG-TATATT------TC---------------GTGTTA---GGTGACAGCT--TT-CTCA--------CTTGAAC-T----GACAAAAAT--A------TTGGA-C-TA----A--AT-----A-T---------T-TT--TT----G-----TA---AAC-TAT-----T--CT---TATT-C-----A-CAAATCGTAATAA------T---A--T
gi|164768                     :                      ----GAGG-A-AT-AGGTTTCT--CC--CAATTGTGAG----AA-A----A--------TC-TATCTT------AC---------------ATTGAA---CGTGACATCT--TT-CTCA--------CAAGACC-G----GATAAAACT--A------TTGAC-C-TG----AT-ATAC---A--------------T--TT----G-----TC---ACT-TAT-----TTCAT---TATC-A-----A-C--ATCTTAAACACATT--T---G--TA-CTGTTATTT---TACATTT
gi|164769                     :                                        TTTCTACC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACCC-TATCTT------CC---------------ATGTCT---CGTGATAGCT--TT-TTAA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--C------TGG---C-TA----A--A--C---AAT---------T-TT--TT----G-----CA---ATC-TTT-----TTTCT---TATC-C-----A-CAATTCGTGATCA------T---A--TA-A----ATGT---T-CATTTT
gi|164770                     :                                            --CT--CA--TG-AAG----CA-A----A------TGTC-TATCTT------CC---------------ATG----------ACATCT--TT-CTCA--------CATGATC-T----GATGAAAAT--CCTAAATTAGAC-C-TA----CTTAT-C---TTA---------T-TT--TT----C-----TA---ATC-TG--------CC-----ACT-C-----A--AAATTGTAAT
gi|164771                     :                                                   A--TG-AAA----AA-A----A------A----TACC--------CC---------------AAATCATC-CGT-AC--CT--TT-CTAA--------CATGACC-C----GATGAAAAT--G------TGGGA-T-TA----G--AT-CT--ATC---------T-GTG-TTACCGG-----TA----TC-TAG-----TCCCT---AATC-C-----A-CAAATCATCATCA------T---A--TC-A----ATTT---T-TATTTT
gi|164772                     :                                                       G-GAG----GA-ATAGCA------AC-C-TATCTT------CC---------------ATGTCG---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACAAAAA---C------TGGGA-C-TG----A--AT-C---A-A---------G-TT--TT----G-----TG---ATC-TATATGTATTTCTTA-TATC-C-----A-CTAACTTTAATTA------T---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164773                     :                                                                                     ATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGATAGCT--TT-CTCA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--A------TGTTA-C-TT----A--AT-A---A-T---------T-TT--TG----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-T-----A-CAAATCGTATTCA------T---A--CA-C----ATTT---T-CAT
gi|164774                     :                                                                                          ------CT---------------ATGACA---CGTAACATAT--TT-CTAA--------TATGGCC-T----GACGGAAAT--C------TGGGA-T-TA----A--AT-----GTA---------T-AT--TT----G-----TC---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----T-CAACTTGT-TTCG------T---A--TA-C----ATTT---T-TATTTT
gi|164775                     :                                                                                                                     CA---TGT-ACATCT--TT-CTCA--------CATAATG-G----GAAGAAAAT--C------TGGGA-C-TA----------C---ATC---------T-AT--AT----C-----TC---ATC-TGT-----TTCCT---AATC-TTAGTAA-CAACTCATAATCA------TTTCA--AA-C----ACTT---T-





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                       33333333333333333                                                                                                         
lowQualScore                  :                      3333    1    1        11  11  11  1   22222 1 2222 7777777   1      333333  666666666666666      333       0  11  1    44444444       1 2222         333333333 0 0 1 2  2222 22  11111111111111111 1  22  2222222222  222   1   22222     555    1 44444 1             666666 222 11  555555    222 3      
lowQualScore                  :                      ....    .    .        ..  ..  ..  .   ..... . .... .......   .      ......  ...............      ...       .  ..  .    ........       . ....         ......... . . . .  .... ..  ................. .  ..  ..........  ...   .   .....     ...    . ..... .             ...... ... ..  ......    ... .      
lowQualScore                  :                      7777    2    2        66  66  55  1   55555 1 3333 2222222   1      111111  888888888888888      666       9  66  1    11111111       1 4444         666666666 1 1 1 3  4444 77  44444444444444444 2  88  9999999999  111   2   99999     555    2 22222 2             777777 333 88  222222    777 1      
consensus                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACGAAAAT--C------TGGGA-C-TA----A--AT-C---ATT---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----A-CAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
Reference ( family-543 )      : TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACGAAAAT--C------TGGGA-C-TA----A--AT-C---ATT---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----A-CAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
gi|164735                     : TTTATCCCATTTCTACTCATA----GAAG-ATAT-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAA----TA-A----A------ACTC-CATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGATAGCT--TT-CTCA--------CATGGCC-T----GACAAAAAT--C------TGGGA-C-TA----A--AT-G---ATT---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-CT----C-CAAAT-GTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-GATTTT
gi|164736                     : TTTCTTCCATTGCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----TA-A----A------ACTC-TATA-T------AC---------------ATGTCA---CGTTATAGTT--TT-TTCA--------CATGGCT-T----GACGAAAAT--T------TGGGA-C-TT----A--TT-C---A-T---------T-TT--TT----G-----TA---AGC-TAT-----TACCT---TATC-C-----A-CAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
gi|164737                     : TTTCTCCCTTTTCCGCTCAGG----GAAA-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----AA-A----A------TCTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---CATGACAGCT--TT-CTCA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--A------TAGAA-C-TA----A--AC-CA--ATTTTTTG----T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCTT---TATC-C-----A-CAAATCGTAAACA------T---ATGTA-G----ATTC---TACATTT
gi|164738                     : TTTATCCCATTTCTGCTCATA----GAAA-GTAA-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAA----AA-A----A------CCTC-TATCTT------CC---------------AAGTCA---CGTGACTGCT--TC-CTCA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--T------T-GGA-CATA----A--AC-A---ATT---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----A-CAAATCATAATTT------T---A--TA-T----ATTT---T-CA
gi|164739                     : TTTCTGTCATTTCTCCTCATG----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--AT--CA--TG-GAA----AA-A----A------ACTC-T----T------CC---------------ATGTCATGACGTGAAAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACGAAAAT--C------CGGAA-C-TA----A--AT-C---A-A---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATT-C-----A-CAAACTATAATCA------T---A--TA-T----ATTTGTAT-CAT
gi|164740                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCAAA----GATG-ATAT-AGGTTTTC--CC--CA--TG-AAG----GA-A----A------TCTC-TATCTT------TA---------------ATGTCA---C-TGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACT-T----GATGAAAAT--C------TAAGA-C-TA----A--AT-C---A-A---------T-TT--GT----G-----TT---ATC-TA------TTCCA---TATC-T-----T-CATGTCGTAATCA------T---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164741                     : TTTCTCAAATTTCTGTTTATA----TAAG-ATAT-GGGTTTTA--TC--CA--AG-GAG----GA-C----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---AAGGACAGTT--TT-CTCA--------CATAACC-T----GATGAAAAT--C------GTGGA-T-TG----A--AT-C---A-A---------A-TT--AT----A-----TA---ATA-TAT-----TTCAT---TATT-C-----A-CAAATCGTAATCATACATGT---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164742                     : TTTCTTCTATTTCTGCTAA-A----AAAG-ATAT-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GTG----GA-A----A-------CTC-TGTCTT------CC---------------ATGTCA---CATGACA----------------------------T----GATGAAAATGTC------TAG-A-C-TA----T--AT-CC--ATT---------T-TT--CT-----------A---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----A-CAGATCGTAATCA------T---A--TA-T----ATTT---T-TATT
gi|164743                     : TTTCTCACATTTCTTCTCATA----GAAG-ATAC-GGATTTAT--AC--CA--TG-AAA----GA-A----A------ACTT-TATCTT------AA---------------ATGTAA---CGTGACAGTT--TT-CTCA--------GACGACC-T----GACGAAAAT--C------AAGGA-CTTATTGTA--AT-TGTAATTGTATTGTAAT-TA--TT----G-----TA---ATC-TAT-----ATTCA---TATC-C-----A-CAAATCGTAATCT------T---A--TA-C----ATGA---T-CATTTT
gi|164744                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----TAAG-ATAC-A---------TC--CA--TG------------------------------------------------------------TCA---CGTGACAGCT--TT-TTCA--------CATGACC-A----GACCAAAAC--C------TGGGA----A----A--GT-C---A-T---------T-TT--TT----A-----TA---ATC-TTT-----TTCCT---CCTC-C-----A-CAAATCGTAATCA------T---A--TG-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164745                     : TTTCTCCCATTTTTGCTCATA----AAAATATAC-TG-TTTCC--CC--CA--TG-GCA----GA-A----A------ACT---ATCTG------CC---------------ATGTCA---CACGACAGCT--TT-CTCT--------CATGACC-T----TACGAAAAA--C------AGGGA-C-TA----A--A-------------------------T----G-----TA---ATC-TAT-----
gi|164746                     : TTTCTCGCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-AAGTTTTT--CC--CA--T--GAG----GA-A----A------ATTC-TGTCTT------CCATAAACATATATATTATGTC----CGTGACATCT--TT-CTTATATAATATTATGACT-T----GACGAAAAT--C------TTGTG-C-GA----A--AT-C----TA---------T-TT--GT----GGCATCTAACTATT-TAT-----TTCCT---TATC-C-----G-CAACTGGTAATCA------T---A--
gi|164747                     : TCTCTCACATTTTT---CACA----GAAG-ATAC-AGGTTTTT--CT--CA--CA-GAA----GA-A----A------AATC-TATCTT------CC---------------ATTTCA---CATGACA-CT--TTACTCA--------CAAGACC-T----G------AT--C--------------------A--AT-C---A-A---------T-TT--TT----A-----TG---ATC-TAT-----TTCC----TATG-A-----A-CAAATCTTAATCG------T---G--TA-C----
gi|164748                     : TTCCTCACATTTATGCTTACA----AAAG-ATAC-GGGTAT-C--CT--TA--TG-GAGTTGAGACA----A------AATC-TATCTT------CC---------------ATGAAT---CGTA--AGCTCATG-TTAA--------CATGACT-T----GACAAATAT--T------TGGGA-C-TA----A--AT-----ATA---------T-TT--GT----G-----TT---GTC-TAT-----TTCTT---AATC-C-----A-CAGTTCCTTTTCA------T---G--TA-T----ATTT---C-AATTT
gi|164749                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCACA----G------------------------A--TG-CAG-------------------------ATTTT------CC---------------ATGTCT---TGTGACAACT--TT-CTCA--------CATGACC-A----GACTAAAAT--C------TGGA--------------------------------T-TT--AT----G-----AC---ATC-CAT-----TTCCG---TATC-C-----A-CAATTTGTAATTA------C---A--
gi|164750                     : TTTCTCTCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGATTTC--CCTGCT--TA-GAG----GA-A----A------ACTCTTATCAT------TC---------------AT
gi|164751                     : TTTCTCCCATTTCTGCTAATA----GAAG-AAAC-AGGTTTT
gi|164752                     :  TTC-CCCATTTCTGCCCATA----AAAG-ATAC-GGGTTT-C--TC--CA--TC-GAG----GA-A----A------ACTA-TATCTT------CC---------------ATTTCA---CGTGACAGAT--TT-TTCA--------CATAGCC-T----GACGAAAAT--C------TGGAAGT-TA----A--AT-C---A-A---------T-TT--TA----A-----TA---AAC-TTT-----TTCCT---TATC-A-----A-CAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
gi|164753                     :  TTCTCCCATCCTTGCTCATA----GAAG-ATAC-CCCTTTTG--CC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---TGTGATAACT--TT-CTCA--------C--GGTC-T----GACGTAAAA--C------TGGCA-A-TA----A--AC-CA--ATT---------T-TT--TT----G-----TA---ATT-TAT-----TTCCTTA-TATT-C-----AGCAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CAT
gi|164754                     :  TTCTTCAATGTTTGCTTATA----AAAG-GAAA-GGGTTTTC--CC--TA--TG-GAA----CA-A----A-------CTC-TATATT------CC---------------ATGATA---CGTGACATAC--TT-CTTA--------CATGACC-T----GGCAAATAT--T------TGGAA-C-TA----G--GT-C---
gi|164755                     :  TTCTTTAATGTTTGCTTATA----AAAG-GAAA-GGGTTTTC--AC--TA--TG-GAA----CA-A----A-------CTC-TATATT------CC---------------ATGATA---CGTAACATAC--TT-CTTA--------CATGACC-T----GGCAAATAT--T------TGGAA-C-TA----G--GT-CT--ACT---------TACG--TC----A-----TA---AT----T-----TTAC-----ATC-------------TTATAACCA------T---G--T-------ATTG---T-CATTTT
gi|164756                     :  TTTTCTTATTTGTACTCATA----GAAA-ATAT-AGATTTTC--CC--CA--TG-GAG----AA-A----A------ACTC-GATCTC------AC---------------ATAATA---CGTGATATAT--TT-CTGA--------TATATTG-TGTGGGAAGAAAAT---------TGGGA-G-TA----A-----------T---------T-TC--TA----G-----TA-----CATAC-----TTCTTTTATGTCTT-----T-TAAAACTTCGTCA------T---A--CATC----AGTT---G-CATTTT
gi|164757                     :  TTATCCCATTTCTTCTTATATATAAAAG-ATAC-GGGTTTCC--CC--CA--TG-AAG----GA-A----
gi|164758                     :   TCTCACATTTCTGCACATA----GACG-ATACGGGGGTTTC--CC--CC--TG-GAG----GA-A----AGGATGGACTC--ATCTTGAAGACCC---------------ATGT
gi|164759                     :    CTCCCATTCCTGCTTCTA----AAAG-ATAC-GGGTTT----------------------------------------C-TATCTT------CT---------------ATGTCA---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATAACC-T----GACAAAAAT--A------TTGGA-C-TA----A--AT-A---TTT---------T-TT--TT----T-----TA---ATA-TTG-----TTCCT---TATC-C-----A-CAAATgcattagccaaatctcaccccaggggtcgaaattacatgtaggacta
gi|164760                     :     TCCCATTTCTGCCTTTA----TACG-ATAC-AGGTT-----------------------GA-A----A------ACT---ATCTT------TT---------------ATGTCG---CGTGATAGCT--TT-CTTA--------CACGACC-T----GACGAAAGT--C------TGGGA-C-TA----A--AT-C---ATT---------T-TTTCTT----G-----TA---ATA-TAT-----TTCTT---TATT-C-----A-CAGAT-GTAA
gi|164761                     :      CCCATTTCTGCTCATA----TAAG-ATGT-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----AA-A----A------TCTC-TATCTT------CC---------------GTGTCA---CATGACAGCT--TT-CTTG--------CATGACC-T----TACGAAAAT--C------TTGGA-C-TA----A--AT-T---A-A---------A-TT--TT----G-----TA---ACC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----A-CACATCGCAATCA------T---A--TA-A----AATT---A-TATTTT
gi|164762                     :       CCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-CGGTTTTC--CC--CA--TG-GAC----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATATCA---CATAATAGCT--TT-TTCA--------CACTGCC-T----GACGAAAAT--C------TTGGA-C-TT----A--AT-C---A-T---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----A-CCAATCGTAATCA------A---A--TA-C----ATTT---T-CAT
gi|164763                     :        CATTGCTGTTAGTAA---GAAC-ATAC-AGTTTTTC--CT--CA--T---------------------------C-TATTTT------TC---------------GTGACA---TGTGACATCT--TT-CTCA--------CAT-ACCAT----GACA----------------------TA----A--AA-C---AAC---------T-TG--TT----------CC---ATC-TGT-----TTCCT---TATC-C-----A-TATCTCATAATCA------G---G--TA-T----ATT-------ATTTT
gi|164764                     :                  CATA----GAAG-ATAC-AAGTTTTT--CC--CA--T--GAG----GA-A----A------ATTC-TGTCTT------CC---------------AT
gi|164765                     :            tgtttTCATA----GAAG-ATAC-AGGTTTTA--CC--CA--TG-AAG----AA-A----A------ACAC-TA
gi|164766                     :                   ATA----GAAG-ATAC-AGGTTTTC--CC--CA--TG-GAA----GG-A----A------ACTC-TACCCT------CC---------------ATGTCA---AGTGACAGCT--TT-CTAA--------CATGACC-T----GACCAAAAT--C------TGGGA-C-TA----A--AT-C---A-T---------T-TT--TT----G-----TA---AAC-CAT-----ATCCT---TATC-C-----A-CAAATCGTAATTG------T---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164767                     :                      ----GAAG-ATAC-GGGGTTTC--CC--TA--TG-GAG----GA-A----A-------CTG-TATATT------TC---------------GTGTTA---GGTGACAGCT--TT-CTCA--------CTTGAAC-T----GACAAAAAT--A------TTGGA-C-TA----A--AT-----A-T---------T-TT--TT----G-----TA---AAC-TAT-----T--CT---TATT-C-----A-CAAATCGTAATAA------T---A--T
gi|164768                     :                      ----GAGG-A-AT-AGGTTTCT--CC--CAATTGTGAG----AA-A----A--------TC-TATCTT------AC---------------ATTGAA---CGTGACATCT--TT-CTCA--------CAAGACC-G----GATAAAACT--A------TTGAC-C-TG----AT-ATAC---A--------------T--TT----G-----TC---ACT-TAT-----TTCAT---TATC-A-----A-C--ATCTTAAACACATT--T---G--TA-CTGTTATTT---TACATTT
gi|164769                     :                                        TTTCTACC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACCC-TATCTT------CC---------------ATGTCT---CGTGATAGCT--TT-TTAA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--C------TGG---C-TA----A--A--C---AAT---------T-TT--TT----G-----CA---ATC-TTT-----TTTCT---TATC-C-----A-CAATTCGTGATCA------T---A--TA-A----ATGT---T-CATTTT
gi|164770                     :                                            --CT--CA--TG-AAG----CA-A----A------TGTC-TATCTT------CC---------------ATG----------ACATCT--TT-CTCA--------CATGATC-T----GATGAAAAT--CCTAAATTAGAC-C-TA----CTTAT-C---TTA---------T-TT--TT----C-----TA---ATC-TG--------CC-----ACT-C-----A--AAATTGTAAT
gi|164771                     :                                                   A--TG-AAA----AA-A----A------A----TACC--------CC---------------AAATCATC-CGT-AC--CT--TT-CTAA--------CATGACC-C----GATGAAAAT--G------TGGGA-T-TA----G--AT-CT--ATC---------T-GTG-TTACCGG-----TA----TC-TAG-----TCCCT---AATC-C-----A-CAAATCATCATCA------T---A--TC-A----ATTT---T-TATTTT
gi|164772                     :                                                       G-GAG----GA-ATAGCA------AC-C-TATCTT------CC---------------ATGTCG---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACAAAAA---C------TGGGA-C-TG----A--AT-C---A-A---------G-TT--TT----G-----TG---ATC-TATATGTATTTCTTA-TATC-C-----A-CTAACTTTAATTA------T---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164773                     :                                                                                     ATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGATAGCT--TT-CTCA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--A------TGTTA-C-TT----A--AT-A---A-T---------T-TT--TG----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-T-----A-CAAATCGTATTCA------T---A--CA-C----ATTT---T-CAT
gi|164774                     :                                                                                          ------CT---------------ATGACA---CGTAACATAT--TT-CTAA--------TATGGCC-T----GACGGAAAT--C------TGGGA-T-TA----A--AT-----GTA---------T-AT--TT----G-----TC---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----T-CAACTTGT-TTCG------T---A--TA-C----ATTT---T-TATTTT
gi|164775                     :                                                                                                                     CA---TGT-ACATCT--TT-CTCA--------CATAATG-G----GAAGAAAAT--C------TGGGA-C-TA----------C---ATC---------T-AT--AT----C-----TC---ATC-TGT-----TTCCT---AATC-TTAGTAA-CAACTCATAATCA------TTTCA--AA-C----ACTT---T-


blockSeqs                     :                      TATA    T    G        TA  TG  AT  T   TTGAG C TAGC GGATGGA   T      GAAGAC  ATAAACATATATATT      TGA          CA  A    TATAATAT       A GTGG         CCTAAAT       G A  TTGT TT  TGTAATTGTATTGTAA  A  TC  GGCATC      ACT   A   ATGTA     TTA    T TAGTA G             TACATG TTC TG  CTGTT     GTA A
blockSeqs                     :                      A       .    .        .   .   .   .   T     . .    A         .      .       .                    TC           .   .    .              . .            GTC           . T  .    T   CAATTTTTTG        .  G   ACCGG       .     .   .         TA     . .     .             CATT   .   .   TC        .   A
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   A     . .    T         .      .       .                    .            .   .    .              . .            T             . .  .    .   CCATT             .  .   G           .     .   .         TA     . .     .             .      .   .   C         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   A     . .    C         .      .       .                    .            .   .    .              . .            A             . .  .    .   CAATT             .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   G         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   A     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            T             . .  .    .   CTACT             .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   T         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    T         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   CTATC             .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   T         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   AATT              .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   T         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   ATTT              .  .   A           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   T         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   CATT              .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   T         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   CAAC              .  .   A           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   C         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   CAAT              .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   T         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   CTTA              .  .   A           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   C         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   CATC              .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   T         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            T             . .  .    .   CAT               .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   C         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   CAA               .  .   A           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   C         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   C     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   CAA               .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   A         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   C     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   CAA               .  .   A           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   C         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   A     . .    T         .      .       .                    .            .   .    .              . .            T             . .  .    .   CAT               .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   T         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            T             . .  .    .   CTA               .  .   T           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   T         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            A             . .  .    .   CAA               .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   A         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   ATA               .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   A         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   A     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   CAA               .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   T         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   TAA               .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   C         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    T         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   CAT               .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   C         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   A     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            A             . .  .    .   CAT               .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   C         .   .
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    A         .      .       .                    .            .   .    .              . .            A             . .  .    .   ACA               .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .   .              
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    .         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   CAA               .  .   C           .     .   .         .      . .     .             .      .   .                  
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   A     . .    .         .      .       .                    .            .   .    .              . .            G             . .  .    .   AAT               .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .                  
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    .         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   GTA               .  .   G           .     .   .         .      . .     .             .      .   .                  
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   C     . .    .         .      .       .                    .            .   .    .              . .            A             . .  .    .   AT                .  .   G           .     .   .         .      . .     .                                           
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   A     . .    .         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   T                 .  .   C           .     .   .         .      . .     .                                           
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   G     . .    .         .      .       .                    .            .   .    .              . .            C             . .  .    .   .                 .  .   .           .     .   .         .      . .     .                                           
blockSeqs                     :                      .       .    .        .   .   .   .   .     . .    .         .      .       .                    .            .   .    .              . .            .             . .  .    .   .                 .  .   .           .     .   .                                                                    
blockSeqs                     :                                            .   .   .   .   .     . .    .         .      .       .                    .            .   .    .              . .            .             . .  .    .                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                                    .   .   .     . .    .         .      .       .                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                        .   .     . .                     .       .                                                                                                                                                                                                                        


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                       CAATT************                                                 *****
originalCons                  : TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACGAAAAT--C------TGGGA-C-TA----A--AT-C---ATT---------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----A-CAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
finalCons                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACGAAAAT--C------TGGGA-C-TA----A--ATCAATT------------T-TT--TT----G-----TA---ATC-TAT-----TTCCT---TATC-C-----A-CAAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                22222222222222222                                                                                                           
lowQualScore                  :                      3333    1    1        11  11  11  1   22222 1 2222 7777777   1      333333  666666666666666      333       0  11  1    44444444       1 2222         11  0 0 1 2  2222 1  55555555555555555 1  2 222 2222 222  333   2  1      555   222 1 44444 1 222            666666 222 11  555555    222 3      
lowQualScore                  :                      ....    .    .        ..  ..  ..  .   ..... . .... .......   .      ......  ...............      ...       .  ..  .    ........       . ....         ..  . . . .  .... .  ................. .  . ... .... ...  ...   .  .      ...   ... . ..... . ...            ...... ... ..  ......    ... .      
lowQualScore                  :                      7777    2    2        66  66  55  1   55555 1 3333 2222222   1      111111  888888888888888      666       9  66  1    11111111       1 4444         66  4 3 1 3  4444 1  44444444444444444 2  4 111 5555 111  222   4  2      000   111 2 22222 2 111            777777 333 88  222222    777 1      
consensus                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACGAAAAT--CTGGGA-C-TA----A-AT--CA-ATT---------T-TT-T---T----G---TA---ATC-TA-TTTCCT---TAT---C-C-----A-C---AAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
Reference ( family-543 )      : TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACGAAAAT--CTGGGA-C-TA----A-AT--CA-ATT---------T-TT-T---T----G---TA---ATC-TA-TTTCCT---TAT---C-C-----A-C---AAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
gi|164735                     : TTTATCCCATTTCTACTCATA----GAAG-ATAT-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAA----TA-A----A------ACTC-CATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGATAGCT--TT-CTCA--------CATGGCC-T----GACAAAAAT--CTGGGA-C-TA----A-AT---G-ATT---------T-TT-T---T----G---TA---ATC-TA-TTTCCT---TAT---C-CT----C-C---AAAT-GTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-GATTTT
gi|164736                     : TTTCTTCCATTGCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----TA-A----A------ACTC-TATA-T------AC---------------ATGTCA---CGTTATAGTT--TT-TTCA--------CATGGCT-T----GACGAAAAT--TTGGGA-C-TT----A-TT--CA---T---------T-TT-T---T----G---TA---AGC-TA-TTACCT---TAT---C-C-----A-C---AAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
gi|164737                     : TTTCTCCCTTTTCCGCTCAGG----GAAA-ATAC-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----AA-A----A------TCTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---CATGACAGCT--TT-CTCA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--ATAGAA-C-TA----A-AC--CA-ATTTTTTG----T-TT-T---T----G---TA---ATC-TA-TTTCTT---TAT---C-C-----A-C---AAATCGTAAACA------T---ATGTA-G----ATTC---TACATTT
gi|164738                     : TTTATCCCATTTCTGCTCATA----GAAA-GTAA-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAA----AA-A----A------CCTC-TATCTT------CC---------------AAGTCA---CGTGACTGCT--TC-CTCA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--TT-GGA-CATA----A-A---CA-ATT---------T-TT-T---T----G---TA---ATC-TA-TTTCCT---TAT---C-C-----A-C---AAATCATAATTT------T---A--TA-T----ATTT---T-CA
gi|164739                     : TTTCTGTCATTTCTCCTCATG----GAAG-ATAC-GGGTTTTC--AT--CA--TG-GAA----AA-A----A------ACTC-T----T------CC---------------ATGTCATGACGTGAAAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACGAAAAT--CCGGAA-C-TA----A-AT--CA-A-----------T-TT-T---T----G---TA---ATC-TA-TTTCCT---TAT---T-C-----A-C---AAACTATAATCA------T---A--TA-T----ATTTGTAT-CAT
gi|164740                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCAAA----GATG-ATAT-AGGTTTTC--CC--CA--TG-AAG----GA-A----A------TCTC-TATCTT------TA---------------ATGTCA---C-TGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACT-T----GATGAAAAT--CTAAGA-C-TA----A-AT--CA-A-----------T-TT-G---T----G---TT---ATC-TA--TTCCA---TAT---C-T-----T-C---ATGTCGTAATCA------T---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164741                     : TTTCTCAAATTTCTGTTTATA----TAAG-ATAT-GGGTTTTA--TC--CA--AG-GAG----GA-C----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---AAGGACAGTT--TT-CTCA--------CATAACC-T----GATGAAAAT--CGTGGA-T-TG----A-AT--CA-A-----------A-TT-A---T----A---TA---ATA-TA-TTTCAT---TAT---T-C-----A-C---AAATCGTAATCATACATGT---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164742                     : TTTCTTCTATTTCTGCTAA-A----AAAG-ATAT-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GTG----GA-A----A-------CTC-TGTCTT------CC---------------ATGTCA---CATGACA----------------------------T----GATGAAAATGTCTAG-A-C-TA----T-AT--CC-ATT---------T-TT-C---T---------A---ATC-TA-TTTCCT---TAT---C-C-----A-C---AGATCGTAATCA------T---A--TA-T----ATTT---T-TATT
gi|164743                     : TTTCTCACATTTCTTCTCATA----GAAG-ATAC-GGATTTAT--AC--CA--TG-AAA----GA-A----A------ACTT-TATCTT------AA---------------ATGTAA---CGTGACAGTT--TT-CTCA--------GACGACC-T----GACGAAAAT--CAAGGA-CTTATTGTA-ATTGTA-ATTGTATTGTAAT-TA-T---T----G---TA---ATC-TA-TATTCA---TAT---C-C-----A-C---AAATCGTAATCT------T---A--TA-C----ATGA---T-CATTTT
gi|164744                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCATA----TAAG-ATAC-A---------TC--CA--TG------------------------------------------------------------TCA---CGTGACAGCT--TT-TTCA--------CATGACC-A----GACCAAAAC--CTGGGA----A----A-GT--CA---T---------T-TT-T---T----A---TA---ATC-TT-TTTCCT---CCT---C-C-----A-C---AAATCGTAATCA------T---A--TG-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164745                     : TTTCTCCCATTTTTGCTCATA----AAAATATAC-TG-TTTCC--CC--CA--TG-GCA----GA-A----A------ACT---ATCTG------CC---------------ATGTCA---CACGACAGCT--TT-CTCT--------CATGACC-T----TACGAAAAA--CAGGGA-C-TA----A-A---------------------------T----G---TA---ATC-TA-T
gi|164746                     : TTTCTCGCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-AAGTTTTT--CC--CA--T--GAG----GA-A----A------ATTC-TGTCTT------CCATAAACATATATATTATGTC----CGTGACATCT--TT-CTTATATAATATTATGACT-T----GACGAAAAT--CTTGTG-C-GA----A-AT--CT-ATT---------T-GT-GGCAT----C---TAACTATT-TA-TTTCCT---TAT---C-C-----G-C---AACTGGTAATCA------T---A--
gi|164747                     : TCTCTCACATTTTT---CACA----GAAG-ATAC-AGGTTTTT--CT--CA--CA-GAA----GA-A----A------AATC-TATCTT------CC---------------ATTTCA---CATGACA-CT--TTACTCA--------CAAGACC-T----G------AT--C--------------A-AT--CA-ATT---------T-TT-A---T----G--------ATC-TA-TTTCC----TAT---G-A-----A-C---AAATCTTAATCG------T---G--TA-C----
gi|164748                     : TTCCTCACATTTATGCTTACA----AAAG-ATAC-GGGTAT-C--CT--TA--TG-GAGTTGAGACA----A------AATC-TATCTT------CC---------------ATGAAT---CGTA--AGCTCATG-TTAA--------CATGACT-T----GACAAATAT--TTGGGA-C-TA----A-AT-----ATA---------T-TT-G---T----G---TT---GTC-TA-TTTCTT---AAT---C-C-----A-C---AGTTCCTTTTCA------T---G--TA-T----ATTT---C-AATTT
gi|164749                     : TTTCTCCCATTTCTGCTCACA----G------------------------A--TG-CAG-------------------------ATTTT------CC---------------ATGTCT---TGTGACAACT--TT-CTCA--------CATGACC-A----GACTAAAAT--CTGGA-------------------------------T-TT-A---T----G---AC---ATC-CA-TTTCCG---TAT---C-C-----A-C---AATTTGTAATTA------C---A--
gi|164750                     : TTTCTCTCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-GGGATTTC--CCTGCT--TA-GAG----GA-A----A------ACTCTTATCAT------TC---------------AT
gi|164751                     : TTTCTCCCATTTCTGCTAATA----GAAG-AAAC-AGGTTTT
gi|164752                     :  TTC-CCCATTTCTGCCCATA----AAAG-ATAC-GGGTTT-C--TC--CA--TC-GAG----GA-A----A------ACTA-TATCTT------CC---------------ATTTCA---CGTGACAGAT--TT-TTCA--------CATAGCC-T----GACGAAAAT--CTGGAAGT-TA----A-AT--CA-A-----------T-TT-T---A----A---TA---AAC-TT-TTTCCT---TAT---C-A-----A-C---AAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CATTTT
gi|164753                     :  TTCTCCCATCCTTGCTCATA----GAAG-ATAC-CCCTTTTG--CC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATGTCA---TGTGATAACT--TT-CTCA--------C--GGTC-T----GACGTAAAA--CTGGCA-A-TA----A-AC--CA-ATT---------T-TT-T---T----G---TA---ATT-TA-TTTCCTTA-TAT---T-C-----AGC---AAATCGTAATCA------T---A--TA-C----ATTT---T-CAT
gi|164754                     :  TTCTTCAATGTTTGCTTATA----AAAG-GAAA-GGGTTTTC--CC--TA--TG-GAA----CA-A----A-------CTC-TATATT------CC---------------ATGATA---CGTGACATAC--TT-CTTA--------CATGACC-T----GGCAAATAT--TTGGAA-C-TA----G-GT--C
gi|164755                     :  TTCTTTAATGTTTGCTTATA----AAAG-GAAA-GGGTTTTC--AC--TA--TG-GAA----CA-A----A-------CTC-TATATT------CC---------------ATGATA---CGTAACATAC--TT-CTTA--------CATGACC-T----GGCAAATAT--TTGGAA-C-TA----G-GT--CT-ACT---------TACG-T---C----A---TA---AT-----TTTAC-----AT---C----------------TTATAACCA------T---G--T-------ATTG---T-CATTTT
gi|164756                     :  TTTTCTTATTTGTACTCATA----GAAA-ATAT-AGATTTTC--CC--CA--TG-GAG----AA-A----A------ACTC-GATCTC------AC---------------ATAATA---CGTGATATAT--TT-CTGA--------TATATTG-TGTGGGAAGAAAAT---TGGGA-G-TA----A----------T---------T-TC-T---A----G---TA-----CATA-CTTCTTTTATGT---CTT-----T-T---AAAACTTCGTCA------T---A--CATC----AGTT---G-CATTTT
gi|164757                     :  TTATCCCATTTCTTCTTATATATAAAAG-ATAC-GGGTTTCC--CC--CA--TG-AAG----GA-A----
gi|164758                     :   TCTCACATTTCTGCACATA----GACG-ATACGGGGGTTTC--CC--CC--TG-GAG----GA-A----AGGATGGACTC--ATCTTGAAGACCC---------------ATGT
gi|164759                     :    CTCCCATTCCTGCTTCTA----AAAG-ATAC-GGGTTT----------------------------------------C-TATCTT------CT---------------ATGTCA---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATAACC-T----GACAAAAAT--ATTGGA-C-TA----A-AT---A-TTT---------T-TT-T---T----T---TA---ATA-TT-GTTCCT---TAT---C-C-----A-C---AAATgcattagccaaatctcaccccaggggtcgaaattacatgtaggacta
gi|164760                     :     TCCCATTTCTGCCTTTA----TACG-ATAC-AGGTT-----------------------GA-A----A------ACT---ATCTT------TT---------------ATGTCG---CGTGATAGCT--TT-CTTA--------CACGACC-T----GACGAAAGT--CTGGGA-C-TA----A-AT--CA-TTT---------T-TTCT---T----G---TA---ATA-TA-TTTCTT---TAT---T-C-----A-C---AGAT-GTAA
gi|164761                     :      CCCATTTCTGCTCATA----TAAG-ATGT-GGGTTTTC--CC--CA--TG-GAG----AA-A----A------TCTC-TATCTT------CC---------------GTGTCA---CATGACAGCT--TT-CTTG--------CATGACC-T----TACGAAAAT--CTTGGA-C-TA----A-AT--TA-A-----------A-TT-T---T----G---TA---ACC-TA-TTTCCT---TAT---C-C-----A-C---ACATCGCAATCA------T---A--TA-A----AATT---A-TATTTT
gi|164762                     :       CCATTTCTGCTCATA----GAAG-ATAC-CGGTTTTC--CC--CA--TG-GAC----GA-A----A------ACTC-TATCTT------CC---------------ATATCA---CATAATAGCT--TT-TTCA--------CACTGCC-T----GACGAAAAT--CTTGGA-C-TT----A-AT--CA---T---------T-TT-T---T----G---TA---ATC-TA-TTTCCT---TAT---C-C-----A-C---CAATCGTAATCA------A---A--TA-C----ATTT---T-CAT
gi|164763                     :        CATTGCTGTTAGTAA---GAAC-ATAC-AGTTTTTC--CT--CA--T---------------------------C-TATTTT------TC---------------GTGACA---TGTGACATCT--TT-CTCA--------CAT-ACCAT----GACA----------------TA----A-AA--CA-ACT---------T-GT-T------------CC---ATC-TG-TTTCCT---TAT---C-C-----A-T---ATCTCATAATCA------G---G--TA-T----ATT-------ATTTT
gi|164764                     :                  CATA----GAAG-ATAC-AAGTTTTT--CC--CA--T--GAG----GA-A----A------ATTC-TGTCTT------CC---------------AT
gi|164765                     :            tgtttTCATA----GAAG-ATAC-AGGTTTTA--CC--CA--TG-AAG----AA-A----A------ACAC-TA
gi|164766                     :                   ATA----GAAG-ATAC-AGGTTTTC--CC--CA--TG-GAA----GG-A----A------ACTC-TACCCT------CC---------------ATGTCA---AGTGACAGCT--TT-CTAA--------CATGACC-T----GACCAAAAT--CTGGGA-C-TA----A-AT--CA---T---------T-TT-T---T----G---TA---AAC-CA-TATCCT---TAT---C-C-----A-C---AAATCGTAATTG------T---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164767                     :                      ----GAAG-ATAC-GGGGTTTC--CC--TA--TG-GAG----GA-A----A-------CTG-TATATT------TC---------------GTGTTA---GGTGACAGCT--TT-CTCA--------CTTGAAC-T----GACAAAAAT--ATTGGA-C-TA----A-AT---A---T---------T-TT-T---T----G---TA---AAC-TA-TT--CT---TAT---T-C-----A-C---AAATCGTAATAA------T---A--T
gi|164768                     :                      ----GAGG-A-AT-AGGTTTCT--CC--CAATTGTGAG----AA-A----A--------TC-TATCTT------AC---------------ATTGAA---CGTGACATCT--TT-CTCA--------CAAGACC-G----GATAAAACT--ATTGAC-C-TG----ATATA-CA----------------T-T---T----G---TC---ACT-TA-TTTCAT---TAT---C-A-----A-C-----ATCTTAAACACATT--T---G--TA-CTGTTATTT---TACATTT
gi|164769                     :                                        TTTCTACC--CA--TG-GAG----GA-A----A------ACCC-TATCTT------CC---------------ATGTCT---CGTGATAGCT--TT-TTAA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--CTGG---C-TA----A-A---CA-A-T---------T-TT-T---T----G---CA---ATC-TT-TTTTCT---TAT---C-C-----A-C---AATTCGTGATCA------T---A--TA-A----ATGT---T-CATTTT
gi|164770                     :                                            --CT--CA--TG-AAG----CA-A----A------TGTC-TATCTT------CC---------------ATG----------ACATCT--TT-CTCA--------CATGATC-T----GATGAAAAT--C------C-TA----A-AT--TAGACC---------T-AC-T---T-------------ATCTTATTTTTCT---AATCTGC-C-----A-CTCAAAATTGTAAT
gi|164771                     :                                                   A--TG-AAA----AA-A----A------A----TACC--------CC---------------AAATCATC-CGT-AC--CT--TT-CTAA--------CATGACC-C----GATGAAAAT--GTGGGA-T-TA----G-AT--CT-ATC---------T-GTGT---TACCGG---TA----TC-TA-GTCCCT---AAT---C-C-----A-C---AAATCATCATCA------T---A--TC-A----ATTT---T-TATTTT
gi|164772                     :                                                       G-GAG----GA-ATAGCA------AC-C-TATCTT------CC---------------ATGTCG---CGTGACAGCT--TT-CTCA--------CATGACC-T----GACAAAAA---CTGGGA-C-TG----A-AT--CA-AGT---------T-TT-G---T----GATCTAT--ATG-TA-TTTCTTA--TAT---C-C-----A-C---TAACTTTAATTA------T---A--TA-T----ATTT---T-CATTTT
gi|164773                     :                                                                                     ATCTT------CC---------------ATGTCA---CGTGATAGCT--TT-CTCA--------CATGGCC-T----GACGAAAAT--ATGTTA-C-TT----A-AT---A-A-T---------T-TT-T---G----G---TA---ATC-TA-TTTCCT---TAT---C-T-----A-C---AAATCGTATTCA------T---A--CA-C----ATTT---T-CAT
gi|164774                     :                                                                                          ------CT---------------ATGACA---CGTAACATAT--TT-CTAA--------TATGGCC-T----GACGGAAAT--CTGGGA-T-TA----A-AT-----GTA---------T-AT-T---T----G---TC---ATC-TA-TTTCCT---TAT---C-C-----T-C---AACTTGT-TTCG------T---A--TA-C----ATTT---T-TATTTT
gi|164775                     :                                                                                                                     CA---TGT-ACATCT--TT-CTCA--------CATAATG-G----GAAGAAAAT--CTGGGA-C-TA----C-AT--CT-ATA---------T-CT-C-----------------ATC-TG-TTTCCT---AAT---C-TTAGTAA-C---AACTCATAATCA------TTTCA--AA-C----ACTT---T-