lowQualScore : 111111111111 2222222222222 2222222 1
lowQualScore : 3 2 6 555 3 444444444444 5 6 3 66 4 8888888 6 6 5555 9999 66666 0 2 5555 4 33 2 1 2 6666666666666 4 2 2 2 1111111 0 5 2 5 11 55 1 1 22
lowQualScore : . . . ... . ............ . . . .. . ....... . . .... .... ..... . . .... . .. . . . ............. . . . . ....... . . . . .. .. . . ..
lowQualScore : 6 0 7 888 3 777777777777 2 0 1 55 0 7777777 1 2 3333 7777 22222 4 4 0000 7 22 4 2 4 5555555555555 6 4 4 4 5555555 7 6 1 0 55 99 1 1 77
consensus : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-TAT---TA-TT-GAA-TTTTCTAACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTAGT-TAAA-TAGTCATGTATATA-------ACATTCTACGCACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATNG----T---AA-AATAAAATGA-CATGTTCGCAT-A-ACATG-GT-ATTTGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTAGAT--ACTTG-AG-A-GAATTGCATTAAGCAAGCACAA
Reference ( gi|134728 ) : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-TAT---TA-TT-AAA-TTTTCTAACTAGTCATGTTATGCAAGAATGTTAGT-TAAA-TAGTCATGCATATA-------ACATTCTACGCATATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATTG----T---GA-AACAAAATGA-CATGTTCGCAT-A-ACAGG-GT-TTTTGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGGTGTGGTTGGCT--ACTTA-AG-A-GAGCTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134729 : TGTGTGGATGTTTA-ATTTAATAACAGAAATG-TAT---T-----------TTCTAACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTAGT-TAAA-TAGTCATGCATATA-------ACATTCTACGCACATTATAATATA----ATG----T-----AATACATT-A----TA-TATT--ATA-TAATAGTCATTT-TATGG----T---AA-AATAAAATGA-CATGTTCACAT-A-ACATG-AT-ATTTGTGTATCGTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAACTGCATATTGATGTGGTTGGAT--ACTTA-AG-A-GAGCTGCATCAAGCAAGCACAA
gi|134730 : TGTGGGAATGTTTA-ATTCAATTACAGAAATG-TAT---TA-TTGAAA-TTTTCTAACTAGCCACGTTATGTAAGAATG-TAGT-TATA-TAGGCATGTAAATA-------ACATTCTACGCACATTGTAATATA----AAG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TAATAGTCATTT-TATGG----T---AC-AATAAAATGA-CATGTTTGCAT-A-ACATG-GT-ATTTGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAAC-ACCTGCATATTGATGTGGTTAGAT--ATTTC-AT-A-GAGCTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134731 : TGTTGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-TAT---TA-TT-GAA--------ACTAGTCATGTTATGTAATAATGTTAGT-TAAA-TAGCCATGTACATC-------ACATTCTACGCACAATATAATATA----ATG----T-----AAACGATT-A----TA-TATT--ACA-TTAAAGTCATTTATATTG--------GACAATAAAATGA-CATGTTCGCAT-A-ACATG-GT-AATTGTGAATCTTATGATTCCCCTTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGCTGGAT--ACTTA-AG-A-GAGCTGCATTAAGCAAGCA
gi|134733 : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAAT-ACAGAAATG-TAT---CA-TTGAAA-TTTTATAACTAGTCATGTTATTTAAGAATGTTAGT-TAAA-TTGTCATGTATATACAATGTAACATTCTACGCTCATTATAGTATA----ATG----C-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-AGATAGTAATTG-GATTG----T---AC-AATAAAATGA-CATGTTCGCAT-C-AGATG-GT-ATTTGTGTGTCTTTTGATTCCCTTTTGAAAAACAAGCTGCATATTAAGATAGTTTGAT--ACGTA-AG-A-GAGCTGCATTAAGTAAGCACAA
gi|134732 : TGTGGAAATGTTTT-ATTTAATTACAGAAAT---AT---CA-TT-ATG-TGTTAT--TT--TTATGTTATGTTCGAATGTTAGT-TAAG-TAGTTATGTAAATA-------ACATTATACGCACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCTTTT-TATGG----T---AC-AGTAAATTGA-CATGTTTGCAT-A-ACATG-GT-ATTTGTGTATCTTTTGATTACCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGAT--ACTGA-AG-A-AAGCTGTATTAAGCAAGCACAA
gi|134734 : TGTGGTAATGTTTG-ATTTAATTACA-AAATGGTAT---TA-TT-AAA--------A-TAGTCATGTAATGTAAGAATGTAAGT-CAAC-TAGTCATTTATATA-------ACGTTTTACTCACATTGTGATATA----ATG----G-----TATCAAAG-A----TA-TATG--ACG-T-ATAGTCATTT-TATCG----T---GA-AATAAAATGA-CATGTTCG-AT-A--CACG-GT-ATTC-TATATCTTTGGGATCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGCT--ACTT---T-A-GAGCTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134735 : TGTGGGAATATTTG-ATTTAATTACAAAAATG-TATAATTA-TT-GAA-TTTTCTAACTTGTCGTATTATGTGAGAATGT--GTGTAAACTAGTCATATATATG-------ATAATCTACTCACATTGTAATGTA----GTGTAT-T-----AATTGATTGA----TT-GATTGAATATTTTTAGTTATTT-T
gi|134736 : TGGGAATGTTTG-ATTTAATTATA-AAATGGTAT---TA-TT-GAA--------A-TAGTCATGTTATGTAAGAATGTTAGT-TTAT-TAGTCATGTATATA-------ACATTCTACTCACATTATAATATA----ATG----T-----AATCAAAG-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATGT-AATGG----T---AA-AATAAAATGA-CATGTTCGCAT-A-TCACA-GTATTCTGTATTTATTTTGATTCCCAGTTACAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGAT--ACTT---T-A-AAGCTGCATTTAGCAA
gi|134738 : GGAATGTTTG-ATATAATTACAGAAATG-TAT---TA-TT-GAA-ATTTCTAACTAGTTATGTTATGTAAGCATTTTAGT-TAAA-TAGTCATGTATATA-------ACATGCTAAGCACATTATAATATATATTATT----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--AAA-TTACAGTCATTT-TATGG----T---AC-AATAAAATGA-CATGTTTGCAT-A-ACGTG-GT-ATTTGTTCCTCTTTTGATTCCCATCTGCAAAACAATCTGCATATTGATGTGACTGGAT--ACTTA-AG-A-GGGCTGCATTAAGCAAGCAGAA
gi|134739 : AATGTTTG-ATTTTATTACAAAAATG-TAT---AA-CT-GAACTTTTCTTATTAGTCATTTTATATTAAAATGTAAGT-GAAC-AAGTCATGTATAAA-------ACATTCTACTCTCATTAT-TTATC----ATA----T-----AATCGAAT-ATAAGTA-TATA--ACT-TTATAGTCATTT-GAT-------------AGCA------------TTGCA--------------TTTGCATATA-TTTGATTCCCATTTGTCAAACAATCACCATACTGATGTGGCTGGATAGAGATATGG-A-GAGATGCATTAGGCAAGCACAA
gi|134740 : ATATTTGTATTTAATTTTAGAAATG-TGT---TA-TTGAAA-TTTTCTTACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTAGT-TAAA-CAGTCATGCATATA-------ACATTCTACACACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATAA----A---AA-AATAAAATGA-CATGTTCGCAT-A-ACATG-GT-ATTTGTGTATCTTTTGA
gi|134737 : -TAT---TAATT-AAC-TATTGCAA-TAGTTATGGTATGTAAGAATGTTAAA-TAAC-GTGTCATGTATATA-------ACATTCTACTCATAT--------A----ATG----T-----AATCAAAG-A----AA-TACT--ACA-TTATAGTCATTT-TATTG----TAT-GA-AATA---TGG-CATTTTCCCAT-A-ACACG-GT-ATTC-TGTATATTTGGATTCCCATTTACAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGAT--AAATA----A-GAGTTGCATTAGGCAAGCAAAA
gi|134742 : gggaatatttAGT-TAG--TAGTCATG-ATATA-------ACACTCTATGTACATTATAATATA----ATG----T-----AA---AGT-A-----A-TATT--ACA-TTATAGTCATT---ATTA---------G-AATAAAATGA-CATGTTCGCAT-A-ACATG-GT-ATTC-TGTATGTTTGGATTTCCATTTACAAAACAAGCTAAGAATTGATATGGTTGTAT--ACTT---T-A-AAGCTGCATCAATCAAGCACAA
gi|134741 : tgtgtgaaCATATT-------ACATGATAC----ATTATAATAAG----GTGATTTT-----AAT-GATT-A----TAATGTT--GC-------GTCATTT-TATAA----AAAAGA-AATAAAATGA-CTTATTCACATAA-ACTGGAG----TCGTGCATTAATTAATTCCCATAT-CAAAACTAGCTTCA
gi|134743 : atataagatgtcaccgggttgtatattgcattttcagtatgacattcaCATATT-------ACATGATAC----ATTATAATAAG----GTG----TTTTATAAT-GATT-A----TAATGTT--GC-------GTCATTT-TATAAAAAAT---AA-AATAAAATGA-CACATTCACAT-ATACTGGAG----TTGCGCATTAATTAATTCCGATAT-CAAAACTAGCTTCAatgatgt
gi|134744 : tatgacattcaTGTAATGTA----GTG----T-----AATCAATT-A----TA-TACA--ACA-TTATGGTCACCT-TATGG----T---AA-AATGAAATGAACTTGTTTGCAA-A-ACATG-GT-ATTTGTGTATATTTTGATTCCCATTTG-AAAACAAGCTGCATATTGGCGTTGTTAGAT--AATTG-AG-A-GA-TTGCATTCAGCAAGCTCAAatgatgt
gi|134745 : ACT-A----TA-AATA--ACA-TTATAAT-------ATAA----T---AA-AAATAAATGA-TATGTTGGCAT-------------TTTGTGTATGATATGATCCCCATTTGCAGAACAAGCTGCATATTGATGTGATTGG----ATTCA-TGCATGAGTTACATTAAGTAAGCACAA
gi|134746 : A-AACAAA-TGA-TATGTTCTCAT-A-ACATG-GT-ATT-GTGTATCTTT-GATTCCCATTGGCAAAAGAAGCTGCGTATTTATCTGGTTAGAA--ACTTG-AG-A-GCGCTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134747 : atttttaaaaATTTTCATAA--AGCTGCATAATAATGTAGTTAGAT--ACTTA-GG-A-AAATTGCATTAAGC
gi|134748 : TTGCATAA--AGCTGCATATTTATGTGGTTAGAT--GCTTA-AG-A-GAATTGCATT
gi|134749 : AAGCTGCATATTGATGTGGTAAGAT--ACTTG-AG-A-GAATTGCATTAAGC
gi|134750 : AAGCTGTATATTGATGTGGTTAGAT--ACTTG-AG-A-GAATTGTATTAAGC
gi|134751 : AAGCTGCATATTGATGAGGTTAGAT--ACTTG-AG-A-GAATTGCATAAAGC
gi|134752 : AAACTGCATATTGATGTGGTTAGAT--ACTTG-AG-A-GAATTTCATAGAGC
gi|134753 : AAATTGCATATTGATGTGGTTAGAT--ACTTG-AG-A-GAATTTCATAAAGC
gi|134756 : AAGCTGCATATTGATGTGATAAGAA--ACTTG-AG-A-GAATTGCATTAA
gi|134754 : AAGCTGCATATTAATTTGGTTATAT--ACTTG-AG-A-GAATTGCATTCAGC
gi|134758 : AAGCTGTATATTGATGTGGTTAGAT--ACTCG-AG-A-GAATGGTATTCAGC
gi|134760 : AAGCTGCATATTGATGTGGTTTGAT--ACTTG-AA-T-AAATTGCATTA
gi|134755 : AAGCTGCATATTAATGTGGTTAGAT--ATTTC-GG-A-GAATTTCATAAAGC
gi|134759 : AAGCTGCATATTGATGTGGTTAGAT--ACTTN-NN-N-NNNNNNTATTGA
gi|134757 : AAGCTGTATATTGATGTTGTTAGAT--ACTTT-AA-A-AAATTAAATTAAGC
gi|134761 : AGCTGCATATTGATGTGGTAAGGT--ACTTA-AG-A-GAATTACATTAAAC
gi|134762 : AGCTGCATATTGACGTGGTTAGAT--ACTTG-AG-A-GAATTGCATAAATC-AGCATA
gi|134763 : AGCTGCATATTGATGTGGTTAGAT--ACTTG-AG-A-TAATTGCATTCAGC
gi|134764 : AGCTGCATATTTATGTGGTTAGAT--ACTTG-AG-T-GAATTGCATTAAGC
gi|134765 : AACTGCATATTGATGTGGTTAGAT--ACTTT-AG-A-GAATGGCATTCAGCA
gi|134766 : AGCTGCATATTAATGTGGTTAAAT--ACTTG-AG-A-GAATTGCTTTGAGC
gi|134767 : AGCTATATATTGATGTGGTTACAT--ACTTA-AG-A-GAATTTCATGAAGC
gi|134768 : TATTGATGTGGTTAGAT--ACTTG-AG-A-GAATTGCATTAAGC
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111
lowQualScore : 3 2 6 3 555 3 33 99999999 4 5555 2 22 2 444 8888888 444444 0 888 5555 9999 55555 2 4444 4 33 2 2 555555 33 333 33 2 2 2 0 22222
lowQualScore : . . . . ... . .. ........ . .... . .. . ... ....... ...... . ... .... .... ..... . .... . .. . . ...... .. ... .. . . . . .....
lowQualScore : 1 1 2 1 444 1 55 11111111 7 7777 7 88 7 777 1111111 444444 8 888 0000 1111 99999 2 7777 4 11 2 1 000000 11 999 11 2 2 2 1 77777
consensus : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TG-AA-TTTTCTAACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGT---ATATA-------ACATTC------TACGC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATNG----TA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATTAAGCAAGCACAA
Reference ( family-540 ) : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TG-AA-TTTTCTAACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGT---ATATA-------ACATTC------TACGC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATNG----TA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134728 : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TA-AA-TTTTCTAACTAGTCATGTTATGCAAGAATGTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGC---ATATA-------ACATTC------TACGC---ATATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATTG----TG--AA---ACAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACAGGGTTTT-TGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGGTGTGGTTGGCTA-----CTTAAGAGAGCTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134729 : TGTGTGGATGTTTA-ATTTAATAACAGAAATG-T-AT---T-----------TTCTAACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGC---ATATA-------ACATTC------TACGC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATACATT-A----TA-TATT--ATA-TAATAGTCATTT-TATGG----TA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCACATA-ACATGATATT-TGTGTATCGTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAACTGCATATTGATGTGGTTGGATA-----CTTAAGAGAGCTGCATCAAGCAAGCACAA
gi|134730 : TGTGGGAATGTTTA-ATTCAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TGAAA-TTTTCTAACTAGCCACGTTATGTAAGAATG-TA----GT-TATA-TAGG-CATGT---AAATA-------ACATTC------TACGC---ACATTGTAATATA----AAG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TAATAGTCATTT-TATGG----TA--CA---ATAA--AATGA-CATGTTTGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAAC-ACCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----TTTCATAGAGCTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134731 : TGTTGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TG-AA--------ACTAGTCATGTTATGTAATAATGTTA----GT-TAAA-TAGC-CATGT---ACATC-------ACATTC------TACGC---ACAATATAATATA----ATG----T-----AAACGATT-A----TA-TATT--ACA-TTAAAGTCATTTATATTG----GA--CA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTAAT-TGTGAATCTTATGATTCCCCTTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGCTGGATA-----CTTAAGAGAGCTGCATTAAGCAAGCA
gi|134732 : TGTGGAAATGTTTT-ATTTAATTACAGAAATA-TCAT---TATGTG----TTATTT------TTATGTTATGTTCGAATGTTA----GT-TAAG-TAGT-TATGT---AAATA-------ACATTA------TACGC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCTTTT-TATGG----TA--CA---GTAA--ATTGA-CATGTTTGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGATTACCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGATA-----CTGAAGAAAGCTGTATTAAGCAAGCACAA
gi|134733 : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAAT-ACAGAAATG-T-AT---CAT-TG-AAATTTTATAACTAGTCATGTTATTTAAGAATGTTA----GT-TAAA-TTGT-CATGT---ATATACAATGTAACATTC------TACGC---TCATTATAGTATA----ATG----C-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-AGATAGTAATTG-GATTG----TA--CA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATC-AGATGGTATT-TGTGTGTCTTTTGATTCCCTTTTGAAAAACAAGCTGCATATTAAGATAGTTTGATA-----CGTAAGAGAGCTGCATTAAGTAAGCACAA
gi|134734 : TGTGGTAATGTTTG-ATTTAATTACA-AAATGGT-AT---TAT-TA-AA--------A-TAGTCATGTAATGTAAGAATGTAA----GT-CAAC-TAGT-CATTT---ATATA-------ACGTTT------TACTC---ACATTGTGATATA----ATG----G-----TATCAAAG-A----TA-TATG--ACG--TATAGTCATTT-TATCG----TG--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCG-AT--ACACGGTATT-C-TATATCTTTGGGATCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGCTA-----CTTTAGAG--CTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134735 : TGTGGGAATATTTG-ATTTAATTACAAAAATG-T-ATAATTAT-TG-AA-TTTTCTAACTTGTCGTATTATGTGAGAATGT------GTGTAAACTAGT-CATAT---ATATG-------ATAATC------TACTC---ACATTGTAATGTA----GTGTAT-T-----AATTGATTGA----TT-GATTGAATATTTTTAGTTATTT-T
gi|134736 : TGGGAATGTTTG-ATTTAATTATA-AAATGGT-AT---TAT-TG-AA--------A-TAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TTAT-TAGT-CATGT---ATATA-------ACATTC------TACTC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCAAAG-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATGT-AATGG----TA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-TCACAGTATTCTGTATTTATTTTGATTCCCAGTTACAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGATA-----CTTTAAAG--CTGCATTTAGCAA
gi|134737 : GGGAATATTTT-ATT-AATTA-----------AC---TAT-TG---------CAA-TAGTTATGGTATGTAAGAATGTTA----AA-TAAC-GTGT-CATGT---ATATA-------ACATTC------TACTC---A--------TATA----ATG----T-----AATCAAAG-A----AA-TACT--ACA-TTATAGTCATTT-TATTG----TATGAA---ATA-----TGG-CATTTTCCCATA-ACACGGTATT-C-TGTATATTTGGATTCCCATTTACAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGATA-----AATAAGAG--TTGCATTAGGCAAGCAAAA
gi|134738 : GGAATGTTTG-ATATAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TG-AA-ATTTCTAACTAGTTATGTTATGTAAGCATTTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGT---ATATA-------ACATGC------TAAGC---ACATTATAATATATATTATT----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--AAA-TTACAGTCATTT-TATGG----TA--CA---ATAA--AATGA-CATGTTTGCATA-ACGTGGTATT-TGTTCCTCTTTTGATTCCCATCTGCAAAACAATCTGCATATTGATGTGACTGGATA-----CTTAAGAGGGCTGCATTAAGCAAGCAGAA
gi|134739 : AATGTTTG-ATTTTATTACAAAAATG-T-AT---AAC-TG-AACTTTTCTTATTAGTCATTTTATATTAAAATGTAA----GT-GAAC-AAGT-CATGT---ATAAA-------ACATTC------TACTC---TCATTAT-TTATC----ATA----T-----AATCGAAT-ATAAGTA-TATA--ACT-TTATAGTCATTT-GATAG---------------------------------------CATTGCATT-TGCATATA-TTTGATTCCCATTTGTCAAACAATCACCATACTGATGTGGCTGGATAGAGATATGGAGAGA--TGCATTAGGCAAGCACAA
gi|134740 : ATATTTGTATTTAATTTTAGAAATG-T-GT---TAT-TG-AAATTTTCTTACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TAAA-CAGT-CATGC---ATATA-------ACATTC------TACAC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATAA----AA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGA
gi|134741 : ATATAAGA-TGTCACCGGGT-TGTA-TATTGCATTTTCAGTATG-------ACATTCACATATTACATGATACATTATAATAAG----GTGATTTT-----AAT-GATT-A----TAATGTT--GC-------GTCATTT-TATAA----AA--AAGAAATAA--AATGA-CTTATTCACATA-AACTGG-AGT-CGTGCATTAATTAATTCCCATAT-CAAAACTAGCTTCA-A-TGATGT
gi|134742 : TGTGTGAAAGTTA----GT-------AGT-CATG----ATATA-------ACACTC------TATGT---ACATTATAATATA----ATG----T-----AA---AGT-A-----A-TATT--ACA-TTATAGTCATT---AT------TA--GA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTATT-C-TGTATGTTTGGATTTCCATTTACAAAACAAGCTAAGAATTGATATGGTTGTATA-----CTTTAAAG--CTGCATCAATCAAGCACAA
gi|134743 : TATG-------ACATTCACATATTACATGATACATTATAATAAG----GTG----TTTTATAAT-GATT-A----TAATGTT--GC-------GTCATTT-TATAAAAAATA--AA---ATAA--AATGA-CACATTCACATATAC-TGG-AGT-TGCGCATTAATTAATTCCGATAT-CAAAACTAGCTTCA-A-TGATGT
gi|134744 : TGTAATGTA----GTG----T-----AATCAATT-A----TA-TACA--ACA-TTATGGTCACCT-TATGG----TA--AA---ATGA--AATGAACTTGTTTGCAAA-ACATGGTATT-TGTGTATATTTTGATTCCCATTTG-AAAACAAGCTGCATATTGGCGTTGTTAGATA-----ATTGAGAG-ATTGCATTCAGCAAGCTCAA
gi|134745 : ACT-A----TA-AATA--ACA-TTATAAT-------ATAA----TA--AA---AATA--AATGA-TATGTTGGCAT----------TT-TGTGTATGATATGATCCCCATTTGCAGAACAAGCTGCATATTGATGTGATTGGATT-----CATGCATGAGTTACATTAAGTAAGCACAA
gi|134746 : ATTT-T--------TA--AA---AAAACAAATGA-TATGTTCTCATA-ACATGGTATT--GTGTATCTTT-GATTCCCATTGGCAAAAGAAGCTGCGTATTTATCTGGTTAGAAA-----CTTGAGAGCGCTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134747 : ATTTTCATAA--AGCTGCATAATAATGTAGTTAGATA-----CTTAGGAAAATTGCATTAAGC
gi|134748 : TTGCATAA--AGCTGCATATTTATGTGGTTAGATG-----CTTAAGAGAATTGCATT
gi|134749 : AAGCTGCATATTGATGTGGTAAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATTAAGC
gi|134750 : AAGCTGTATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGTATTAAGC
gi|134751 : AAGCTGCATATTGATGAGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATAAAGC
gi|134752 : AAACTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTTCATAGAGC
gi|134753 : AAATTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTTCATAAAGC
gi|134754 : AAGCTGCATATTAATTTGGTTATATA-----CTTGAGAGAATTGCATTCAGC
gi|134755 : AAGCTGCATATTAATGTGGTTAGATA-----TTTCGGAGAATTTCATAAAGC
gi|134756 : AAGCTGCATATTGATGTGATAAGAAA-----CTTGAGAGAATTGCATTAA
gi|134757 : AAGCTGTATATTGATGTTGTTAGATA-----CTTTAAAAAATTAAATTAAGC
gi|134758 : AAGCTGTATATTGATGTGGTTAGATA-----CTCGAGAGAATGGTATTCAGC
gi|134759 : AAGCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTNNNNNNNNNNTATTGA
gi|134760 : AAGCTGCATATTGATGTGGTTTGATA-----CTTGAATAAATTGCATTA
gi|134761 : AGCTGCATATTGATGTGGTAAGGTA-----CTTAAGAGAATTACATTAAAC
gi|134762 : AGCTGCATATTGACGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATAAATC-AGCATA
gi|134763 : AGCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGATAATTGCATTCAGC
gi|134764 : AGCTGCATATTTATGTGGTTAGATA-----CTTGAGTGAATTGCATTAAGC
gi|134765 : AACTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTTAGAGAATGGCATTCAGCA
gi|134766 : AGCTGCATATTAATGTGGTTAAATA-----CTTGAGAGAATTGCTTTGAGC
gi|134767 : AGCTATATATTGATGTGGTTACATA-----CTTAAGAGAATTTCATGAAGC
gi|134768 : TATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATTAAGC
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111
lowQualScore : 3 2 6 3 555 3 33 99999999 4 5555 2 22 2 444 8888888 444444 0 888 5555 9999 55555 2 4444 4 33 2 2 555555 33 333 33 2 2 2 0 22222
lowQualScore : . . . . ... . .. ........ . .... . .. . ... ....... ...... . ... .... .... ..... . .... . .. . . ...... .. ... .. . . . . .....
lowQualScore : 1 1 2 1 444 1 55 11111111 7 7777 7 88 7 777 1111111 444444 8 888 0000 1111 99999 2 7777 4 11 2 1 000000 11 999 11 2 2 2 1 77777
consensus : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TG-AA-TTTTCTAACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGT---ATATA-------ACATTC------TACGC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATNG----TA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATTAAGCAAGCACAA
Reference ( family-540 ) : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TG-AA-TTTTCTAACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGT---ATATA-------ACATTC------TACGC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATNG----TA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134728 : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TA-AA-TTTTCTAACTAGTCATGTTATGCAAGAATGTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGC---ATATA-------ACATTC------TACGC---ATATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATTG----TG--AA---ACAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACAGGGTTTT-TGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGGTGTGGTTGGCTA-----CTTAAGAGAGCTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134729 : TGTGTGGATGTTTA-ATTTAATAACAGAAATG-T-AT---T-----------TTCTAACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGC---ATATA-------ACATTC------TACGC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATACATT-A----TA-TATT--ATA-TAATAGTCATTT-TATGG----TA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCACATA-ACATGATATT-TGTGTATCGTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAACTGCATATTGATGTGGTTGGATA-----CTTAAGAGAGCTGCATCAAGCAAGCACAA
gi|134730 : TGTGGGAATGTTTA-ATTCAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TGAAA-TTTTCTAACTAGCCACGTTATGTAAGAATG-TA----GT-TATA-TAGG-CATGT---AAATA-------ACATTC------TACGC---ACATTGTAATATA----AAG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TAATAGTCATTT-TATGG----TA--CA---ATAA--AATGA-CATGTTTGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAAC-ACCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----TTTCATAGAGCTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134731 : TGTTGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TG-AA--------ACTAGTCATGTTATGTAATAATGTTA----GT-TAAA-TAGC-CATGT---ACATC-------ACATTC------TACGC---ACAATATAATATA----ATG----T-----AAACGATT-A----TA-TATT--ACA-TTAAAGTCATTTATATTG----GA--CA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTAAT-TGTGAATCTTATGATTCCCCTTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGCTGGATA-----CTTAAGAGAGCTGCATTAAGCAAGCA
gi|134732 : TGTGGAAATGTTTT-ATTTAATTACAGAAATA-TCAT---TATGTG----TTATTT------TTATGTTATGTTCGAATGTTA----GT-TAAG-TAGT-TATGT---AAATA-------ACATTA------TACGC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCTTTT-TATGG----TA--CA---GTAA--ATTGA-CATGTTTGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGATTACCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGATA-----CTGAAGAAAGCTGTATTAAGCAAGCACAA
gi|134733 : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAAT-ACAGAAATG-T-AT---CAT-TG-AAATTTTATAACTAGTCATGTTATTTAAGAATGTTA----GT-TAAA-TTGT-CATGT---ATATACAATGTAACATTC------TACGC---TCATTATAGTATA----ATG----C-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-AGATAGTAATTG-GATTG----TA--CA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATC-AGATGGTATT-TGTGTGTCTTTTGATTCCCTTTTGAAAAACAAGCTGCATATTAAGATAGTTTGATA-----CGTAAGAGAGCTGCATTAAGTAAGCACAA
gi|134734 : TGTGGTAATGTTTG-ATTTAATTACA-AAATGGT-AT---TAT-TA-AA--------A-TAGTCATGTAATGTAAGAATGTAA----GT-CAAC-TAGT-CATTT---ATATA-------ACGTTT------TACTC---ACATTGTGATATA----ATG----G-----TATCAAAG-A----TA-TATG--ACG--TATAGTCATTT-TATCG----TG--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCG-AT--ACACGGTATT-C-TATATCTTTGGGATCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGCTA-----CTTTAGAG--CTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134735 : TGTGGGAATATTTG-ATTTAATTACAAAAATG-T-ATAATTAT-TG-AA-TTTTCTAACTTGTCGTATTATGTGAGAATGT------GTGTAAACTAGT-CATAT---ATATG-------ATAATC------TACTC---ACATTGTAATGTA----GTGTAT-T-----AATTGATTGA----TT-GATTGAATATTTTTAGTTATTT-T
gi|134736 : TGGGAATGTTTG-ATTTAATTATA-AAATGGT-AT---TAT-TG-AA--------A-TAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TTAT-TAGT-CATGT---ATATA-------ACATTC------TACTC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCAAAG-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATGT-AATGG----TA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-TCACAGTATTCTGTATTTATTTTGATTCCCAGTTACAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGATA-----CTTTAAAG--CTGCATTTAGCAA
gi|134737 : GGGAATATTTT-ATT-AATTA-----------AC---TAT-TG---------CAA-TAGTTATGGTATGTAAGAATGTTA----AA-TAAC-GTGT-CATGT---ATATA-------ACATTC------TACTC---A--------TATA----ATG----T-----AATCAAAG-A----AA-TACT--ACA-TTATAGTCATTT-TATTG----TATGAA---ATA-----TGG-CATTTTCCCATA-ACACGGTATT-C-TGTATATTTGGATTCCCATTTACAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGATA-----AATAAGAG--TTGCATTAGGCAAGCAAAA
gi|134738 : GGAATGTTTG-ATATAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TG-AA-ATTTCTAACTAGTTATGTTATGTAAGCATTTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGT---ATATA-------ACATGC------TAAGC---ACATTATAATATATATTATT----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--AAA-TTACAGTCATTT-TATGG----TA--CA---ATAA--AATGA-CATGTTTGCATA-ACGTGGTATT-TGTTCCTCTTTTGATTCCCATCTGCAAAACAATCTGCATATTGATGTGACTGGATA-----CTTAAGAGGGCTGCATTAAGCAAGCAGAA
gi|134739 : AATGTTTG-ATTTTATTACAAAAATG-T-AT---AAC-TG-AACTTTTCTTATTAGTCATTTTATATTAAAATGTAA----GT-GAAC-AAGT-CATGT---ATAAA-------ACATTC------TACTC---TCATTAT-TTATC----ATA----T-----AATCGAAT-ATAAGTA-TATA--ACT-TTATAGTCATTT-GATAG---------------------------------------CATTGCATT-TGCATATA-TTTGATTCCCATTTGTCAAACAATCACCATACTGATGTGGCTGGATAGAGATATGGAGAGA--TGCATTAGGCAAGCACAA
gi|134740 : ATATTTGTATTTAATTTTAGAAATG-T-GT---TAT-TG-AAATTTTCTTACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TAAA-CAGT-CATGC---ATATA-------ACATTC------TACAC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATAA----AA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGA
gi|134741 : ATATAAGA-TGTCACCGGGT-TGTA-TATTGCATTTTCAGTATG-------ACATTCACATATTACATGATACATTATAATAAG----GTGATTTT-----AAT-GATT-A----TAATGTT--GC-------GTCATTT-TATAA----AA--AAGAAATAA--AATGA-CTTATTCACATA-AACTGG-AGT-CGTGCATTAATTAATTCCCATAT-CAAAACTAGCTTCA-A-TGATGT
gi|134742 : TGTGTGAAAGTTA----GT-------AGT-CATG----ATATA-------ACACTC------TATGT---ACATTATAATATA----ATG----T-----AA---AGT-A-----A-TATT--ACA-TTATAGTCATT---AT------TA--GA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTATT-C-TGTATGTTTGGATTTCCATTTACAAAACAAGCTAAGAATTGATATGGTTGTATA-----CTTTAAAG--CTGCATCAATCAAGCACAA
gi|134743 : TATG-------ACATTCACATATTACATGATACATTATAATAAG----GTG----TTTTATAAT-GATT-A----TAATGTT--GC-------GTCATTT-TATAAAAAATA--AA---ATAA--AATGA-CACATTCACATATAC-TGG-AGT-TGCGCATTAATTAATTCCGATAT-CAAAACTAGCTTCA-A-TGATGT
gi|134744 : TGTAATGTA----GTG----T-----AATCAATT-A----TA-TACA--ACA-TTATGGTCACCT-TATGG----TA--AA---ATGA--AATGAACTTGTTTGCAAA-ACATGGTATT-TGTGTATATTTTGATTCCCATTTG-AAAACAAGCTGCATATTGGCGTTGTTAGATA-----ATTGAGAG-ATTGCATTCAGCAAGCTCAA
gi|134745 : ACT-A----TA-AATA--ACA-TTATAAT-------ATAA----TA--AA---AATA--AATGA-TATGTTGGCAT----------TT-TGTGTATGATATGATCCCCATTTGCAGAACAAGCTGCATATTGATGTGATTGGATT-----CATGCATGAGTTACATTAAGTAAGCACAA
gi|134746 : ATTT-T--------TA--AA---AAAACAAATGA-TATGTTCTCATA-ACATGGTATT--GTGTATCTTT-GATTCCCATTGGCAAAAGAAGCTGCGTATTTATCTGGTTAGAAA-----CTTGAGAGCGCTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134747 : ATTTTCATAA--AGCTGCATAATAATGTAGTTAGATA-----CTTAGGAAAATTGCATTAAGC
gi|134748 : TTGCATAA--AGCTGCATATTTATGTGGTTAGATG-----CTTAAGAGAATTGCATT
gi|134749 : AAGCTGCATATTGATGTGGTAAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATTAAGC
gi|134750 : AAGCTGTATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGTATTAAGC
gi|134751 : AAGCTGCATATTGATGAGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATAAAGC
gi|134752 : AAACTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTTCATAGAGC
gi|134753 : AAATTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTTCATAAAGC
gi|134754 : AAGCTGCATATTAATTTGGTTATATA-----CTTGAGAGAATTGCATTCAGC
gi|134755 : AAGCTGCATATTAATGTGGTTAGATA-----TTTCGGAGAATTTCATAAAGC
gi|134756 : AAGCTGCATATTGATGTGATAAGAAA-----CTTGAGAGAATTGCATTAA
gi|134757 : AAGCTGTATATTGATGTTGTTAGATA-----CTTTAAAAAATTAAATTAAGC
gi|134758 : AAGCTGTATATTGATGTGGTTAGATA-----CTCGAGAGAATGGTATTCAGC
gi|134759 : AAGCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTNNNNNNNNNNTATTGA
gi|134760 : AAGCTGCATATTGATGTGGTTTGATA-----CTTGAATAAATTGCATTA
gi|134761 : AGCTGCATATTGATGTGGTAAGGTA-----CTTAAGAGAATTACATTAAAC
gi|134762 : AGCTGCATATTGACGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATAAATC-AGCATA
gi|134763 : AGCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGATAATTGCATTCAGC
gi|134764 : AGCTGCATATTTATGTGGTTAGATA-----CTTGAGTGAATTGCATTAAGC
gi|134765 : AACTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTTAGAGAATGGCATTCAGCA
gi|134766 : AGCTGCATATTAATGTGGTTAAATA-----CTTGAGAGAATTGCTTTGAGC
gi|134767 : AGCTATATATTGATGTGGTTACATA-----CTTAAGAGAATTTCATGAAGC
gi|134768 : TATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATTAAGC
blockSeqs : T G G C AAT G AA ATTTTATA C CCGG G AC G TCA CAATGTA ACATAT GAT TATT ATTT TTTAT G TAAG A GA T A AAAAAA TG GAA CA A T C GAGAT
blockSeqs : . G G . . . A CTTTTCTT C . . A . . . ACATAT GAT . TAT . . . A . . . GG . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . A ATTTTCTT C . . A . . . . . . . . . . . . . . GG . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . A TTTTCTA C . . A . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . A TTTTCTA C . . G . . . . . . . . . . . . . . GG . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . A ATTTCTA C . . A . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . A TTATTT T . . C . . . . . . . . . . . . . . CG . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . A TTCTA C . . T . . . . . . . . . . . . . . GG . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . A CA . . . C . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . GG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . GG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TTTTCTA*
originalCons : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TG-AA-TTTTCTAACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGT---ATATA-------ACATTC------TACGC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATNG----TA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATTAAGCAAGCACAA
finalCons : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TG-AATTTTCTA-ACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGT---ATATA-------ACATTC------TACGC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATNG----TA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATTAAGCAAGCACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111
lowQualScore : 3 2 6 3 555 3 33 99999999 4 5555 2 22 2 444 8888888 444444 0 888 5555 9999 55555 2 4444 4 33 2 2 555555 33 333 33 2 2 2 0 22222
lowQualScore : . . . . ... . .. ........ . .... . .. . ... ....... ...... . ... .... .... ..... . .... . .. . . ...... .. ... .. . . . . .....
lowQualScore : 1 1 2 1 444 1 55 11111111 7 7777 7 88 7 777 1111111 444444 8 888 0000 1111 99999 2 7777 4 11 2 1 000000 11 999 11 2 2 2 1 77777
consensus : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TG-AA-TTTTCTAACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGT---ATATA-------ACATTC------TACGC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATNG----TA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATTAAGCAAGCACAA
Reference ( family-540 ) : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TG-AA-TTTTCTAACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGT---ATATA-------ACATTC------TACGC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATNG----TA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134728 : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TA-AA-TTTTCTAACTAGTCATGTTATGCAAGAATGTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGC---ATATA-------ACATTC------TACGC---ATATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATTG----TG--AA---ACAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACAGGGTTTT-TGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGGTGTGGTTGGCTA-----CTTAAGAGAGCTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134729 : TGTGTGGATGTTTA-ATTTAATAACAGAAATG-T-AT---T-----------TTCTAACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGC---ATATA-------ACATTC------TACGC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATACATT-A----TA-TATT--ATA-TAATAGTCATTT-TATGG----TA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCACATA-ACATGATATT-TGTGTATCGTTTGATTCCCATTTGCAAAACAAACTGCATATTGATGTGGTTGGATA-----CTTAAGAGAGCTGCATCAAGCAAGCACAA
gi|134730 : TGTGGGAATGTTTA-ATTCAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TGAAA-TTTTCTAACTAGCCACGTTATGTAAGAATG-TA----GT-TATA-TAGG-CATGT---AAATA-------ACATTC------TACGC---ACATTGTAATATA----AAG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TAATAGTCATTT-TATGG----TA--CA---ATAA--AATGA-CATGTTTGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGATTCCCATTTGCAAAAC-ACCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----TTTCATAGAGCTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134731 : TGTTGGAATGTTTG-ATTTAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TG-AA--------ACTAGTCATGTTATGTAATAATGTTA----GT-TAAA-TAGC-CATGT---ACATC-------ACATTC------TACGC---ACAATATAATATA----ATG----T-----AAACGATT-A----TA-TATT--ACA-TTAAAGTCATTTATATTG----GA--CA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTAAT-TGTGAATCTTATGATTCCCCTTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGCTGGATA-----CTTAAGAGAGCTGCATTAAGCAAGCA
gi|134732 : TGTGGAAATGTTTT-ATTTAATTACAGAAATA-TCAT---TATGTG----TTATTT------TTATGTTATGTTCGAATGTTA----GT-TAAG-TAGT-TATGT---AAATA-------ACATTA------TACGC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCTTTT-TATGG----TA--CA---GTAA--ATTGA-CATGTTTGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGATTACCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGATA-----CTGAAGAAAGCTGTATTAAGCAAGCACAA
gi|134733 : TGTGGGAATGTTTG-ATTTAAT-ACAGAAATG-T-AT---CAT-TG-AAATTTTATAACTAGTCATGTTATTTAAGAATGTTA----GT-TAAA-TTGT-CATGT---ATATACAATGTAACATTC------TACGC---TCATTATAGTATA----ATG----C-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-AGATAGTAATTG-GATTG----TA--CA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATC-AGATGGTATT-TGTGTGTCTTTTGATTCCCTTTTGAAAAACAAGCTGCATATTAAGATAGTTTGATA-----CGTAAGAGAGCTGCATTAAGTAAGCACAA
gi|134734 : TGTGGTAATGTTTG-ATTTAATTACA-AAATGGT-AT---TAT-TA-AA--------A-TAGTCATGTAATGTAAGAATGTAA----GT-CAAC-TAGT-CATTT---ATATA-------ACGTTT------TACTC---ACATTGTGATATA----ATG----G-----TATCAAAG-A----TA-TATG--ACG--TATAGTCATTT-TATCG----TG--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCG-AT--ACACGGTATT-C-TATATCTTTGGGATCCCATTTGCAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGCTA-----CTTTAGAG--CTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134735 : TGTGGGAATATTTG-ATTTAATTACAAAAATG-T-ATAATTAT-TG-AA-TTTTCTAACTTGTCGTATTATGTGAGAATGT------GTGTAAACTAGT-CATAT---ATATG-------ATAATC------TACTC---ACATTGTAATGTA----GTGTAT-T-----AATTGATTGA----TT-GATTGAATATTTTTAGTTATTT-T
gi|134736 : TGGGAATGTTTG-ATTTAATTATA-AAATGGT-AT---TAT-TG-AA--------A-TAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TTAT-TAGT-CATGT---ATATA-------ACATTC------TACTC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCAAAG-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATGT-AATGG----TA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-TCACAGTATTCTGTATTTATTTTGATTCCCAGTTACAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGATA-----CTTTAAAG--CTGCATTTAGCAA
gi|134737 : GGGAATATTTT-ATT-AATTA-----------AC---TAT-TG---------CAA-TAGTTATGGTATGTAAGAATGTTA----AA-TAAC-GTGT-CATGT---ATATA-------ACATTC------TACTC---A--------TATA----ATG----T-----AATCAAAG-A----AA-TACT--ACA-TTATAGTCATTT-TATTG----TATGAA---ATA-----TGG-CATTTTCCCATA-ACACGGTATT-C-TGTATATTTGGATTCCCATTTACAAAACAAGCTGCATATTGATGTGGTTGGATA-----AATAAGAG--TTGCATTAGGCAAGCAAAA
gi|134738 : GGAATGTTTG-ATATAATTACAGAAATG-T-AT---TAT-TG-AA-ATTTCTAACTAGTTATGTTATGTAAGCATTTTA----GT-TAAA-TAGT-CATGT---ATATA-------ACATGC------TAAGC---ACATTATAATATATATTATT----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--AAA-TTACAGTCATTT-TATGG----TA--CA---ATAA--AATGA-CATGTTTGCATA-ACGTGGTATT-TGTTCCTCTTTTGATTCCCATCTGCAAAACAATCTGCATATTGATGTGACTGGATA-----CTTAAGAGGGCTGCATTAAGCAAGCAGAA
gi|134739 : AATGTTTG-ATTTTATTACAAAAATG-T-AT---AAC-TG-AACTTTTCTTATTAGTCATTTTATATTAAAATGTAA----GT-GAAC-AAGT-CATGT---ATAAA-------ACATTC------TACTC---TCATTAT-TTATC----ATA----T-----AATCGAAT-ATAAGTA-TATA--ACT-TTATAGTCATTT-GATAG---------------------------------------CATTGCATT-TGCATATA-TTTGATTCCCATTTGTCAAACAATCACCATACTGATGTGGCTGGATAGAGATATGGAGAGA--TGCATTAGGCAAGCACAA
gi|134740 : ATATTTGTATTTAATTTTAGAAATG-T-GT---TAT-TG-AAATTTTCTTACTAGTCATGTTATGTAAGAATGTTA----GT-TAAA-CAGT-CATGC---ATATA-------ACATTC------TACAC---ACATTATAATATA----ATG----T-----AATCGATT-A----TA-TATT--ACA-TTATAGTCATTT-TATAA----AA--AA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTATT-TGTGTATCTTTTGA
gi|134741 : ATATAAGA-TGTCACCGGGT-TGTA-TATTGCATTTTCAGTATG-------ACATTCACATATTACATGATACATTATAATAAG----GTGATTTT-----AAT-GATT-A----TAATGTT--GC-------GTCATTT-TATAA----AA--AAGAAATAA--AATGA-CTTATTCACATA-AACTGG-AGT-CGTGCATTAATTAATTCCCATAT-CAAAACTAGCTTCA-A-TGATGT
gi|134742 : TGTGTGAAAGTTA----GT-------AGT-CATG----ATATA-------ACACTC------TATGT---ACATTATAATATA----ATG----T-----AA---AGT-A-----A-TATT--ACA-TTATAGTCATT---AT------TA--GA---ATAA--AATGA-CATGTTCGCATA-ACATGGTATT-C-TGTATGTTTGGATTTCCATTTACAAAACAAGCTAAGAATTGATATGGTTGTATA-----CTTTAAAG--CTGCATCAATCAAGCACAA
gi|134743 : TATG-------ACATTCACATATTACATGATACATTATAATAAG----GTG----TTTTATAAT-GATT-A----TAATGTT--GC-------GTCATTT-TATAAAAAATA--AA---ATAA--AATGA-CACATTCACATATAC-TGG-AGT-TGCGCATTAATTAATTCCGATAT-CAAAACTAGCTTCA-A-TGATGT
gi|134744 : TGTAATGTA----GTG----T-----AATCAATT-A----TA-TACA--ACA-TTATGGTCACCT-TATGG----TA--AA---ATGA--AATGAACTTGTTTGCAAA-ACATGGTATT-TGTGTATATTTTGATTCCCATTTG-AAAACAAGCTGCATATTGGCGTTGTTAGATA-----ATTGAGAG-ATTGCATTCAGCAAGCTCAA
gi|134745 : ACT-A----TA-AATA--ACA-TTATAAT-------ATAA----TA--AA---AATA--AATGA-TATGTTGGCAT----------TT-TGTGTATGATATGATCCCCATTTGCAGAACAAGCTGCATATTGATGTGATTGGATT-----CATGCATGAGTTACATTAAGTAAGCACAA
gi|134746 : ATTT-T--------TA--AA---AAAACAAATGA-TATGTTCTCATA-ACATGGTATT--GTGTATCTTT-GATTCCCATTGGCAAAAGAAGCTGCGTATTTATCTGGTTAGAAA-----CTTGAGAGCGCTGCATTAAGCAAGCACAA
gi|134747 : ATTTTCATAA--AGCTGCATAATAATGTAGTTAGATA-----CTTAGGAAAATTGCATTAAGC
gi|134748 : TTGCATAA--AGCTGCATATTTATGTGGTTAGATG-----CTTAAGAGAATTGCATT
gi|134749 : AAGCTGCATATTGATGTGGTAAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATTAAGC
gi|134750 : AAGCTGTATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGTATTAAGC
gi|134751 : AAGCTGCATATTGATGAGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATAAAGC
gi|134752 : AAACTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTTCATAGAGC
gi|134753 : AAATTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTTCATAAAGC
gi|134754 : AAGCTGCATATTAATTTGGTTATATA-----CTTGAGAGAATTGCATTCAGC
gi|134755 : AAGCTGCATATTAATGTGGTTAGATA-----TTTCGGAGAATTTCATAAAGC
gi|134756 : AAGCTGCATATTGATGTGATAAGAAA-----CTTGAGAGAATTGCATTAA
gi|134757 : AAGCTGTATATTGATGTTGTTAGATA-----CTTTAAAAAATTAAATTAAGC
gi|134758 : AAGCTGTATATTGATGTGGTTAGATA-----CTCGAGAGAATGGTATTCAGC
gi|134759 : AAGCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTNNNNNNNNNNTATTGA
gi|134760 : AAGCTGCATATTGATGTGGTTTGATA-----CTTGAATAAATTGCATTA
gi|134761 : AGCTGCATATTGATGTGGTAAGGTA-----CTTAAGAGAATTACATTAAAC
gi|134762 : AGCTGCATATTGACGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATAAATC-AGCATA
gi|134763 : AGCTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGATAATTGCATTCAGC
gi|134764 : AGCTGCATATTTATGTGGTTAGATA-----CTTGAGTGAATTGCATTAAGC
gi|134765 : AACTGCATATTGATGTGGTTAGATA-----CTTTAGAGAATGGCATTCAGCA
gi|134766 : AGCTGCATATTAATGTGGTTAAATA-----CTTGAGAGAATTGCTTTGAGC
gi|134767 : AGCTATATATTGATGTGGTTACATA-----CTTAAGAGAATTTCATGAAGC
gi|134768 : TATTGATGTGGTTAGATA-----CTTGAGAGAATTGCATTAAGC