lowQualScore : 22 2 2 1 1111111 111111111 4444444444444444444444 111 1 111111111111 1
lowQualScore : 99 33 5 1 5555 0 2 0 77 99 0 9 2 0 55 22 1 1 1 99 1 22 3 44 3333 3333 1 7777 2 1 0 4 0000000 55 0 66666 1 555555555 77 22 1 1 4 1 5555555555555555555555 44 1 888 111 11 3 55 6 11 11 1 1 1 88 88 111 1 4 22 11 1 7777777777777777 2 111 888888888888 11 2 2 1 3333333 444 11 1 2 4 5
lowQualScore : .. .. . . .... . . . .. .. . . . . .. .. . . . .. . .. . .. .... .... . .... . . . . ....... .. . ..... . ......... .. .. . . . . ...................... .. . ... ... .. . .. . .. .. . . . .. .. ... . . .. .. . ................ . ... ............ .. . . . ....... ... .. . . . .
lowQualScore : 66 22 4 3 7777 1 5 1 99 55 1 4 5 1 22 66 0 8 8 88 8 55 6 33 9999 7777 7 1111 5 7 5 2 7777777 88 9 99999 5 111111111 00 00 4 4 3 4 4444444444444444444444 77 1 555 888 55 2 77 4 55 55 1 1 1 44 33 999 1 6 66 55 1 8888888888888888 1 888 666666666666 44 0 6 1 6666666 888 11 1 0 5 3
consensus : AGTTTACTTT-GGG-AAGGCCAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AATT-AAGTCAGTT--AACAT-TGGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTA----GAAATGCG----A-G----TTGA-GTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AN-A--CTA-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTT-A-GAAACGT-GCAT--A--T-GTGTT-AAAT--AG--AATTC-A-TTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGTAA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-A---A---A--T--CN-T--GCGTTNTGT-GTT-------AG--TGAT-GTGCGATGNTGAAACA
Reference ( gi|85978 ) : AGTTTACTT--GAA-AAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAGGAATT-AAGGCAGTT--AACAT-GGGGGACACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTA----GAAATGCA----A-G----TTTA-GTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AA-A--CTA-AA-A-T-GGG-AG-CGTATTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTT-A-GAAAC-T-GCAC--A--T-GTGTT-AAAT--AG--AATTC-A-TTAAAGTT-T-AAAACGACA---G-TTGTAACAATGTTA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-A---A---A--A--CG-T--GCGTTATGT-GTT-------AA--TGAT-GTTCGATGGTAAAACA
gi|85980 : AGTTTACTTT-GAA-TAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AATA-AAGTCAGTT--AACAT-TGGGGAGACCAGCTGTTATG--A--TGGGTTT-T-AC--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTA----GAAATGCG----G-A----TTAA-GTAACATGGAC-T-T-TA--GA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----CG--AA-A--CTA-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAATCGTAT-TTTGAAATATATTTT-A-GAAAC-T-GCAC--A--T-GTGTT-AAAT--AG--AATTC-A-TTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGTAA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-A---A---A--T--CG-T--TTGTTATGT-GTT-------AA--TAAT-GTGCGATGGTGAAACA
gi|85979 : AGTTTACTTT-GGA-AAGGCCAGGTGTACGGTCA----TGTAGGAATT-AAGGCAATT--GAC-T-AAGGGAGA---GGTGTTAAG--A--TGGGATT-T-AG--ATAGTTGG-G--T-GTT--GTA----GAA-TGCA----A-G----TTGA-GTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----CG--AA-A--CTA-AA-A-T-GGG-AG-CATACTTTGAACCGTAT-TTTGA-CTATATTTT-A-GAAAC-T-GCAC--A--T-GTGTT-AAAA--AG--AATTC-A-TTAAAGTT-T-AAAATGGCA---G-TTGTAACACTGTAA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-A---A---A--T--CG-T--GCGTTATGT-GTT-------AC--TGAT-GTACGATGATGTAACA
gi|85981 : AGTTTACTT--TAAGAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAGAATTT-CAGACAGTT--AACAC-TAGGTAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGTTTT-T-AG--ATGGTTGT-G--T-GTT--GTA----GATATGCA----A-G----TTGG-GTTGCATGA---T-T-GATTAT-GATAATGGTT-GGTGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AA-A--CTA-AA-AAT-GGG-AA-TGTACTTTGAATCGTAT-TTTGAACTATATTTT-A-GAAAC-T-GCAC--A--T-GTGTT-AAAT--AG--AATTC-A-TTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAATAATGTAA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-A---A---T--T--CG-T--GCATTATGT-GTT-------AA--TGAT-GTGCGATGGTGAAATA
gi|85982 : AGTTTACTTT-GAG-AAGGTCAGGTGGACGGTCA----TGTAA-AATT-AAG--AGTT--AACAT-TAGGTAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTA----GAAATGCA----A-G----TTGG-GTTGCATGA---T-T-GATTGT-GATAATGATT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AT-A--TAA-AA-A-T-GGG-AA-CATACTTTGAATCGTA--ATTGAACTATATTTT-A-GAAAC-T-GCGC--A--T-GTGTT-AAAT--AG--AATTC-A-TTAAAGTT-TAAAAATGACA---A-TTGTAAAAATGTAA--AAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-A---A---A--T--CG-T--GCGTTATGT-GTT-------AA--AGAT-GTTCGATGGTGAAACA
gi|85984 : AGTTGACTAA-GGA-CAGGCGAGGTGTACAGTCA----TATAA-AATT-AAGTCAGTT--AACAT-TAGGGAGACCAGCTGTTAGG--A--TGGCTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTA----GAAATGCG----G-A----TTAA-CTTGCA-GGAACT-T-TA--GA-GATAATGGTT-GATGTTA-AAGTAGGAAC-----CG--AA-A--CTA-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTCTGAATAGTAT-TTTGAACTATATTTT-A-GAAAC-G-GCAC--A--T-GTGTT-AAAT--AG--AATTC-A-TTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGTAA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-A---A---A--T--CG-T--GTGTTATGT-GTT-------AA--TGAT-GTACGATGGTGAAACA
gi|85983 : AGTTTACTTT-GAG-AAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAA-AATT-AAG--AGTT--AACAT-TAGGTAGACCAGCTGCTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTA----GAAATGCA----A-G----TTGG-GTTGCATGC---T-T-GATTAT-GATAATGATT-GATGTTT-AAGTAGCAAC-----TG--AT-A--TAA-AA-A-T-GGG-AA-CATACTTTGACTCGTAT-TTTGAACTATATTTT-A-TAAAC-T-GCGC--A--T-GTGTT-AAAT--AG--AATTC-A-TTAACGTT-TAAAAATGATA---G-TTGTAATAATGTAA--AAAAT--AA-ATGTATAT----------------AAA-A---A---A--AATCG-T--GCGTTATGT-GTT-------AA--TGAT-GTGCGATGGTGAAACA
gi|85986 : AGTTTACTTTGGAA-AAG---AGGTGTACGGTCA----TGTAGTAATT-AAGCCAGTT--AACAT-TAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGTTTTT-T-AG--ACGGTTGG-G--T-GTT--GTA----GAAATGCG----A-G----TTGA-GTTGCATGA---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTA-AAGTAGG-------------A-A--CTA-AA-A-T-GAG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTT-A-GAAAC-T-GCAT--A--T-GTGTT-AAAT-------ATTC-A-TTAAAGTT-T--AAATGACA---GTTTGTATCAATGTTA--GAAAT--AA-ATGTTTAT----------------AGA-A---A---A--T--CG-T--GTGTTATGT-GTT-------AA--TGAT-G
gi|85985 : AGTTTACTTT-GGA-TAGGCGAGGTGTACAGTCA----TGTAG-AATT-AAGTCAGTT--AACAT-TGGGGAGACCAGCTGTTAAA--A--TGGGTTT-A-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTA----GAAATGCAGATTA-G----ATTAAGTTGCATGG--------ACTTATGATAATGGTT-GATGTTT-ATGTAGGAAC-----CG--AA-A--CTA-AA-A-T-GAG-AG-CGTACTATGAATCGTAT-TTTAAACTATATTTT-A-GAAAC-T-G--------T-GT-TT-CAAG--A---AATTC-A-TTAAA-TT-T-AAAA-GACA---G-TTGTAACAATGTAA--GAATT--AA-ATGTATAT----------------AGA-A---A---A--T--CG-T--GTGTTATGT-GTT-------AA--TGAT-GTGCGATGGTGAAACA
gi|85987 : AGTTTACTTT-GGG-AAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAGAATTT-CAGTCAGTT--AACAT-TAGGTAGACCAGCTGTT-------------TT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTA----GAAATGCA----A-G----TTGG-GTTGCATGG---T-T-GATTAT-GATAATG-------------------AAC-----TG--AA-A--CTA-AA-AAT-GGG-AA-CGTACTTTGAATCATAT-TTTGAATTATATTTT-A-GAAAC-T-GCAC--A--TTGTGTT-TAAT--AA--AATTC-A-CTAAGATT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATATAA--AAAAT--AA-ATGTTTAT----------------AGA-A---A---A--T--CG-T--GCGTTATGT-GTA-------AA--TGAT-GTGCGATAGTGAAACA
gi|85990 : TTTACTTT-GAT-AAGGCAAGGTATACGGTCA----TGTAGGAATTTAAG--AGTT--AACAT-TAGGTAAACCAGCTGTTATG--A--TGTGTTT-T-AG--ATGGTTTG-G--T-GTT--GTA----GAAATGCA----A-A----ATAG-GTTGCATGG---T-T-GATTAT-GATAACGATT-GGTGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AA-A--CTA-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGTACCGTAT-TTTTAACTATATTTTAA-AAAAC-T-GTAC--A--T-GTGTT-AAAT--TG--AATTC-A-TTAAAGTT-TAAAAATGAAA---G-TCGTAACAATGTAA--GAAAT--AA-ATGTATAG----------------AGA-A---A---ATTA--T--T--GTTTTATAT-GT
gi|85991 : TTTATTT--TGG-AAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAATA-TT-AAG--AGTT--AACAT-GGGAAAGACGGGTTGTTCAG--A--TTGGTTT-T-AG--A-GGTTGG-G--T-GAT--ATA----GAAATGCA----A-A----TTGA-GTTGCATGA---TAT-GATCGA-GATGATGGGT-AATATTT-AAATAGGAAC-----TG--AT-A--CAA-AA-A-T-GGG-GA-CATATTTTG-------------AACTATATTTT-A-GAAAC-T-GCAC--A--T-GTGTT-GAAT--AG--AATTC-A-TTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGTAA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AG--A---A---A--A--CG-T--GTGTTATGT-GTT-------AA--TGAA-ATGCGATGGTGAAACA
gi|85992 : TTTACTTT-GAG-AAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAG-AACT-AAGTCAGT---AACAT-GGAGAAGACAGGTTGTTCAG--A--TGGGTTT-T--G--ATGGTTGG-G--T-GAT--ATA----GAAATGCA----A-G----TTGA-GTTGCATGA---TAT-GATCGA-GATGATGGGT-AATATTT-AAATAGAAAC-----TG--AT-A--CAA-AA-A-T-GGG------------GA--CATAT-TTTTAACTATATTTT-A-GA-------CAC--A--T-GTGTT-GAAT--AG--AATTC-A-TTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATATAA--GAAAT--GA-ATGTATAT----------------AGA-A---A---A--A--CG-T--GTGTTATGT-GTT-------AA--TGAT-GTGCGATGGTGAA
gi|85993 : TTTACTT--TGG-CGGGCGAGATGTTAAGTCA----AGTTTTAGTT-TAG--AGTTTTAATTT-GGAAGGCA--AGATGGAAAG--T--CGAGTTT-T-AG--TTTATGGA-GCTT-ACT--TTA----GGA-CGCG----ACA----TTAA-GTTGCATGG---T-TTGATTGA-GATAATGGTT-GGTGTTA-AAGTAGGAAC-----TG--AT-A--CTA-AACA-T-G-------------TGAAC-ATGT-TTTGAACTATATTT--A-GAAACGT-GTAT--A--T-GTGTT-AA-T--AA--AATGT-A-TTCAAGTT-T-AAA-TGATG---G-TTGCAACAATGTAA--AAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-A---A---G--T--CC-T--TCTTTCTGC-GTT-------AG--TTAT-GTATGATGTTGAAACA
gi|85989 : TTTACTT--TGG-CAGGCGAGATGTTAAGTCAAGTTTTTAG---TT-TAGAGAGTTT-GACTTTGGGAGGCA--AGATGTGAAG--A--AGCGTTTAT-AGT-ATGGTTTG-G--TTGAT--TTA----GAAATGCG------G----ATTA-AATGCA--G---T--------------GTGGTT------TT-AAATAGGAAC-----TGTTAT-A--CTA-AA-A-T-GGG-A-----------AA---TATGTTTGAACTATATTT--A-GAAACGT-GCAT--A--T-ATGTT-AA-T--AG--AATTT-A-TTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAACAATG-TA--AAAA----------ATAT----------------TGA-A---A---G--T--CC-T--GCTTTCTGT-GTT-------AG--TTAT-GT
gi|85994 : ----TGTAGTAATT-AAGTCAGTT--AACAT-TAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GT---GTA----GAAATGCA----G-G----TGGA-GTTGCATGG---T-T-GATTAA-GATAATGGTT-GGTGTTT-AAGTAAGGAC-----TG--AA-A--CTA-AA-A-T-GGG-AG-CTTATTTTGAACCGTAT-TTTTAACTATATTTT-A-TAAAC-A-GTAC--A--T-GTGTA-AAAT--AG--AATAC-A-TTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGTAA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-A---A---A--T--C--T--TTGTTATGT-GTT-------AA--TGAT-GTGCGATg
gi|85995 : AGGAAGA-AAGTCAGTT--TACTT-CGGGCAGGCGAGATGTGAAGTCA--TA--TTT-T-AG---T--TTAGCG--A-GTT--TTACTTTGGGATGCA----A----------------ATGG--------GTTAA-GGCA---GTT--AGGTTTCAAGTAGGAACAG---TT--AT-A--CTA-AA-A-T-GGG------------GAAC-GTAT-TT-GAACTATATTTT-A-GAAGTGT-GCAT--A--T-GTGTT--AAT--AG--AATTT-A-TTAAAGTT-T-AAAGTGACA---A-TTGTAACAATGTAA--GAAAT--AA-ATATAAAT----------------AGA-A---A---G--T--CT-T--GCTTTCTGT-GTT-------AG--TTGT-GTGTGACGTTGAAACtctgagac
gi|85996 : CAGTTC-AATCT-GGGAGTC--CAGGTATTAAG--AGCTGGGATT-G-AG----GCTTGG-G--C-AGA--GTA----GGAAC-------A-G----TTT----TGGATGG--------------GATA--GGCA-GAA---C-AAG-------------G--AG-A--CTA-AG-A-T-GGG-AG-----TTTTG---------TTTGAACTATG-TTT-A-AAAGCGT-GCAT--A--T-GTGTT--AAT--AA--AATTC-A-TGTAAG-T-T-AAAACGAAA---G-ATGCAATAATG-TA--G-AAT--AA-ATGTATAT----------------CGA-A---AAGGA--A--C--T--GCGCTTTCT-GTT-------AGTTTG-T-GTGTGATGTTGGAATA
gi|85997 : GGAGGCA--AGATGTTAAG--A--CGGGTTT-C-AGT-ATGGTTTG-A--TTGTT--GTA----GAAATGAG----G-G----TTAA-AATGCA--G---T-T-G-TTG----------TT---TTTTT-AAATATGAAC-----TATTAT-A--CTA-AA-A-T-GAG-A-----------AA-CGTG--TTTGAACTATA-TTT-A-TAAACGT-TCAT--A--T-GGGTT--TAC--AG--AATTTGA-TTAAAGTT-T--AAATGACA---G-TTGTAACAATGTAA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-A---A---G--T--CC-T--GCTTTCTGT-GTT-------AG--TTAT-GTGTGACGTTGAAACA
gi|85998 : GTTAAG--A--CGCGTTT-T-AGT-GTGGCCGG-G--T-TTTCAGTA----GAAATGCG----G-G----TTAA-GATGCA-----------ATTG-------------GAT-TTT-AAATAGGAAC-----TGTTAT-G--CTA-AA-A-TTGGG-AA-CGTGTTT--------------GAACTATGTT---ACGAAGCGT-GAAT--A--T-GTGTT-GA-C--AT--AATTT-A-TTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTACTAAAGTAA--GAAAT---A-ATATATAT----------------AGA-A---A---G--T--TC-T--TCTTTATGT-GTT-------GG--TTGT-CTGTGATGTTGAAACA
gi|85988 : TTAAG--A--CGCGTTT-TTAGTAAAGTTTGG-C--T-GTT--GTT----GAAATACG----G-G----TTAA-AATGCA--G---T-T-GTTT-----------TT-----TTA-AAAAAGGAAC-----TGT-AATA--CTA-AA-A-T-AGG-AA--ATA-----------AG-TTTGAACTATATTTT-A-GAAACGT-GCAT--A--T-GTGTT--AAT--AG--AATTT-A-TTAAAGTT-T--AAATGACA---G-TGTTAACAATGTAA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-A---A---A--T--CC-T--GCTTTCTGT-GTT-------AG--TTAT-GTGTAATGTTGAAACA
gi|85999 : agattactttgggccggtgagatgaaaggtctggttttagtttagatagaatacttttgaaagttgggcgaTAAGTTA--TGAGTTT-T-AA--GTGGCAGA-A--T-ACT---TC----GGGATGTG----A-GGATGTTAA-G--ACGGGA---T-T-TATTGA-GAGGATGTTT-GG-GTTT-AAGTAGGAACAG---TT--AG-A--TTA-AG-ATT-GGG-GG------TCTG------GT-TTT-AACTATG-TTT-A-GAAGCGT-GCAT--A--T-GTGTT-AAAT--GG--AATTC-A-TTAAAGTT-T--AAACGAAA------TGTAATAATGTAA--GAAA---AA-ATATATAT----------------AGA-A---A---G--T--CC-TACGCGTTGTGTAGTT-----------TG-T-GTGTGATGTTGGAACA
gi|86000 : GTTT-C-AGT-ATGGTTTG-G--T-TTTC-GTA----TAAATACG----G-G----TTAA-AATGCA-----------ATTGG-G--------------TTT-AAATAGGAAC-----TGTTAT-A---TA-AA-A-T-GGG-AA----AT--------GTGT-TT-GAACGATATTTT---GAAACGT-CCAT--A--T-GTGTT--GAT--AG--AATTT-A-TAAAAGAT-T-AAA
gi|86001 : AAATGCA----A-GAGGGTTAA-GTTGCATGG---T-TTGATCAA-GATG-CAGTT-GGGTTTT-AAATAGGAAC-----CGTTAT-A--CTA-AA-A-T-GGGGAA-CG--------ACTGT----TTGAACTATGTTT--A-GAAACGT-GCAT--A--C-GTGTT-AA-T--AG--CATTT-A-TCAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGCAACACTGTAA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AAA-A---A---T--T--CC-T--GCTTTCTGT-GAT-------AG--TTAT-GTGTGATGTTGAAACAtga
gi|86002 : ----TTCA-GTTGCATGA---T-TTGATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAATAGAAAC-----TG--AT-A--CTACAA-A-T-GGG-AC-TGTACTTTGATCTAGAT-TTAGAA----------A-AAAA-----CAT--A--T-GTGTT-AAAC--AG--AATTC-A-TTAAAGTTCT---AATGACA---G-TTATAACAATGTAA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-A---A---A--T--CC-T--GCTTTACGT-GTT-------AA--TAAT-GTGCAATAGTGAAACA
gi|86004 : aATGATGGTTTGGT-TTT-AAGTAGGAACAG---TT--AT-A--CTA-AG-A-T-GGG-GGACGTGTTT--------------GAACTATGCTT--A-GAAGC---GTGC--A--T-GTGTT-AA-T--AG--AATGT-A-TTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAATAATGTAA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-A---A---G--T--CC-T--GCTTTCTGT-GCA-------AG--TTGT-GTGTGATGTTGGAACA
gi|86003 : ATGGTT-GCGTTTT-GAGTAGAAATGTGTTTGTTAA-GGTCTG-AG-A-T-GGG-AA-C----TTTG---------TTTGAACTATGTTT--A-AAAGCGT-GCAT--A--T-GTGTT-AA-T--AG--AATTC-A-TTAAAGTT-T--AAATGACA---G-TTGTAATAATGTAAAGAAAAA--AA-ATATATAT----------------GGA-A---A---G--T--CA-T--GCTTTATGT-GT---------G--CGAT-GTTGGA
gi|86005 : gttgtttttagtGTT-GGTTTTT-AAGTAGGAAAG----TT--AT-A--CTA-AG-A-T-GGA------------GAAC-GTGT-TTTGAACTATATTT--A-GAAACGT-GCAT--A--T-GTGTT-AA-T--AG--AATTT-A-TTAAAGTT-T-AAAGTGACA---G-TTGTAAAAATGTAA--GATAT--AT-ATATATATATATATATATATATAAAGA-A---A---G--T--CT-T--GTATTCGGT-GTT-------AG--TTAT-GTGTGATGTTGAAACaca
gi|86006 : G--AG-A--CTA-AG-A-T-GGG-AG-----TTTTG---------TTTGAACTATG-TTT-A-AAAGCGT-GCAT--A--T-GTGTT--AAT--AG--AATTC-A-TTTCAGTT-T--AAACGAAA---G-ATGTAATAATA-TA--G-AAT--AA-ATGTATAT----------------CGATA---AGG-A--A--C--T--GCGCTTTCT-GTT-------AGTTTG-T-GTTTGATG
gi|86009 : -TTCGAACTATGTTTT---GAAGCGT-ATAC--A--T-GTGTT-AA-T--AG--AATTC-A-TTAAAGTT-T--AAATGAAA---G-TTGTAATAATG-TA--G-AAT--AA-ATATATATC---------------GGA-A---AGG-A--A--C--T--GCGTTTTCT-GTT-------AGTCTG-T-GTGTGATGTTGGAACAt
gi|86012 : -TTTGAACTATGTTTT-A--AAGC---GCACAAA--T-GTGTT--AAT--AG--AATTC-A-TTAAAGTA-T--GAACGATATATG-TTATAAGAATG-TA--GAAGTAAAA-ATCTGTAT----------------AGA-T---A---A--A--CATT--GCGTTTTGT-GTT-------AG--T
gi|86010 : -TTGGAACTATGTTA--A-GAAGCCT-ACAT--A--T-GTGCT-AA-T--AG--AAAGC-A-TAAAAGTT-T-AAA-CGACA---G-TTGTAAAAATGT----GGAAT--AA-ATATATAC----------------AGA-A---A---G--T--CC-T--GCTTTCTGT-GTTAGTTGAGAG--TGAT-GTTGGAtctgtg
gi|86011 : -TTTGAACTCTGTTTT---GAAGCGT-ACAT--A--T-GTGTT-AA-T--AG--AATTC-A-TTAAAGTT-T--AAATGAAA---G-ATGTTAGTATGT----AAAAT--AA-ATATATAT----------------CGA-A---A---A--aca
gi|86007 : -TCTGAACTACATTTT---GAAGC---GTAT--A--TCGTGTTTAAGT--AG--TGACA-A-TTACAGAT-T-TAAATGAAA---G-ATGTAATAATGTAA--GAA-T--AATATATATAT----------------AGA-A---A---G--T--CC-T--GCGCGCTGT-GTT-------AG--TTGT-GTGCGATGTTAGAAC
gi|86008 : tgggaactttg-TTTGAATTATGCTTT-A--AAGC---GTAT--A--TCGTGTTTAAGT--AG--AGACA-A-TTGCAATT-T-AAAATGAAA---G-ATGAAATAATGT-----AAA---AA-ATATATAT----------------AGA-A---A---G--T--CC-T--GAGCACTGT-GTT-------AG--TG-T-GTGCGATG
gi|86013 : gaaactttgGGACTATGTTA--A-CAAGC-TTGCGT--A--T-GTGTT-AA-T--AG--AATGT-A-TTAAAGTT-T-AAA-TAACA---G-TTGTAATACTGTAA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-A---A---G--T--CC-T--GCTTTCTTT-GTT-------AG--T--T-GTCTG-TGATAttg
gi|86014 : AAAC-C-GCAG--AAAC-GTTTT-TAAT--AT--AATT--A-TTTAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAATAATGTAAA-GAAAT--AA-ATATATAT----------------GGA-A---A---G--T--CA-T--GCTTTctggaaca
gi|86015 : --A--T-GTGTT-AAATTCAGTCACTTC-ACTTAAAGT---------GACA---G-TTGTAACAATGCAA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-A---A---G--T--CT-T--GCATTCTGT-GTT-------AG--TTAT-GTGTGATGTTTAAACActatccttgtttgtgcgtgatgttggaaca
gi|86016 : -AAAAAAATG---G-TTG-----ATGTAA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------ATATATATA---A--A--TGCT--GCTTTATGT-GTT-------AA--TAATGGTGCGATAGTGAAACA
gi|86017 : ttgaTATAT----------------AGA-A---A---A--T--CG-T--GCATTATGT-GTT-------AA--TGAT-GTGCAATGTTGAAACA
gi|86018 : TATAT----------------AGA-A---A---A--T--CA-T--GCATTATGT-GTT-------AA--TGAT-GTGCAATGTTGAAACA
Alignments
lowQualScore : 11111 111111111 4444444444444444444444 11 1111111111111111
lowQualScore : 555 4 1 5555 9 33 4 00000 2 4444 2 0 55 22 0 1 1 99 1 22 3 44 7777777777 3333 1 8888888888 55 0 55555 1 222222222 1 2222 1 1 1 1 2 8888888888888888888888 8 1 7 3 2 00 11 11 1 1 44 6 111 1 1 11 11 1 0000000000000000 33333 22 22 11 1 1 2222 1 33 11 1 1
lowQualScore : ... . . .... . .. . ..... . .... . . .. .. . . . .. . .. . .. .......... .... . .......... .. . ..... . ......... . .... . . . . . ...................... . . . . . .. .. .. . . .. . ... . . .. .. . ................ ..... .. .. .. . . .... . .. .. . .
lowQualScore : 111 1 6 0000 4 22 4 22222 1 5555 8 7 00 55 5 7 7 33 7 44 5 11 8888888888 4444 7 0000000000 22 6 22222 4 555555555 5 9999 4 4 4 3 7 2222222222222222222222 0 1 6 2 1 99 44 44 1 1 88 0 888 1 1 44 44 1 5555555555555555 55555 88 00 44 7 0 2222 0 99 77 1 0
consensus : AGTTTACTTTGG-GAAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GA----G----TTGAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AAG--AAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-NT--GCGTTNTG----T-GTTAG--TGAT-GTGCGATGTTGAAACA
Reference ( family-539 ) : AGTTTACTTTGG-GAAGGCCAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTGGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GA----G----TTGAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--ANA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AAG--AAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-NT--GCGTTNTG----T-GTTAG--TGAT-GTGCGATGNTGAAACA
gi|85978 : AGTTTACTT-GA-AAAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAGGAA--TT-AAGGC---AGTT-A----ACATGGGGGACACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTTAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTATTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAACGACA---G-TTGTAACAATGT-TAG--AAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAA--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTTCGATGGTAAAACA
gi|85979 : AGTTTACTTTGG-AAAGGCCAGGTGTACGGTCA----TGTAGGAA--TT-AAGGC---AATT-G----AC-TAAGGGAGA---GGTGTTAAG--A--TGGGATT-T-AG--ATAGTTGG-G--T-GTT--GTAGAA-TGC----AA----G----TTGAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CATACTTTGAACCGTAT-TTTGA-CTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AA--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGGCA---G-TTGTAACACTGT-AAG--AAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAC--TGAT-GTACGATGATGTAACA
gi|85980 : AGTTTACTTTGA-ATAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AA--TA-AAGTC---AGTT-A----ACATTGGGGAGACCAGCTGTTATG--A--TGGGTTT-T-AC--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GG----A----TTAAGTAACATGGAC-T-T-TA--GA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAATCGTAT-TTTGAAATATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AAG--AAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--TTGTTATG----T-GTTAA--TAAT-GTGCGATGGTGAAACA
gi|85981 : AGTTTACTTTAA-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAG-AA--TTTCAGAC---AGTT-A----ACACTAGGTAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGTTTT-T-AG--ATGGTTGT-G--T-GTT--GTAGATATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGA---T-T-GATTAT-GATAATGGTT-GGTGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AAA----CTAA-AA-A-T-GGG-AA-TGTACTTTGAATCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAATAATGT-AAG--AAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AATT--C-GT--GCATTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAAATA
gi|85982 : AGTTTACTTTGA-GAAGGTCAGGTGGACGGTCA----TGTAA-AA--TT-AAG-----AGTT-A----ACATTAGGTAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGA---T-T-GATTGT-GATAATGATT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----TA-A-AA-A-T-GGG-AA-CATACTTTGAATCGTA--ATTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCGCAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-TAAAAATGACA---A-TTGTAAAAATGT-AAA--AAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAA--AGAT-GTTCGATGGTGAAACA
gi|85983 : AGTTTACTTTGA-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAA-AA--TT-AAG-----AGTT-A----ACATTAGGTAGACCAGCTGCTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGC---T-T-GATTAT-GATAATGATT-GATGTTT-AAGTAGCAAC-----TG--ATA----TA-A-AA-A-T-GGG-AA-CATACTTTGACTCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-TAAAC-TGCGCAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAACGTT-TAAAAATGATA---G-TTGTAATAATGT-AAA--AAAT--AA-ATGTATATAA--------------AAA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAAACA
gi|85984 : AGTTGACTAAGG-ACAGGCGAGGTGTACAGTCA----TATAA-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAGG--A--TGGCTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GG----A----TTAACTTGCA-GGAACT-T-TA--GA-GATAATGGTT-GATGTTA-AAGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTCTGAATAGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAACG-GCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AAG--AAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTACGATGGTGAAACA
gi|85985 : AGTTTACTTTGG-ATAGGCGAGGTGTACAGTCA----TGTAG-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTGGGGAGACCAGCTGTTAAA--A--TGGGTTT-A-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGCA---GATTAGA----TTAAGTTGCATG--------GACTTATGATAATGGTT-GATGTTT-ATGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GAG-AG-CGTACTATGAATCGTAT-TTTAAACTATATTTTA-GAAAC-----TGT-GT-TT-CA-AG--A---AATTC-ATTAAA-TT-T-AAAA-GACA---G-TTGTAACAATGT-AAG--AATT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAAACA
gi|85986 : AGTTTACTTTGG-AAAAG--AGGTGTACGGTCA----TGTAGTAA--TT-AAGCC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGTTTTT-T-AG--ACGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GA----G----TTGAGTTGCATGA---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTA-AAGTAGGA-------------A----CT-A-AA-A-T-GAG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCATAT-GTGTT-AA-AT-------ATTC-ATTAAAGTT-T--AAATGACA---GTTTGTATCAATGT-TAG--AAAT--AA-ATGTTTAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-G
gi|85987 : AGTTTACTTTGG-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAG-AA--TTTCAGTC---AGTT-A----ACATTAGGTAGACCAGCTGTT-------------TT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGG---T-T-GATTAT-GATAATG-------------------AAC-----TG--AAA----CT-A-AA-AAT-GGG-AA-CGTACTTTGAATCATAT-TTTGAATTATATTTTA-GAAAC-TGCACATTGTGTT-TA-AT--AA--AATTC-ACTAAGATT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATAT-AAA--AAAT--AA-ATGTTTAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTAAA--TGAT-GTGCGATAGTGAAACA
gi|85988 : AGATTACTTTGG-GCCGGTGAGATGAAAGGTC-------TGG-TT--TT-AGTTT---AGAT-AGAATACTTTTGAAAGTTGGGCGATTAAG--A--CGCGTTT-TTAGTAAAGTTTGG-C--T-GTT--GTTGAAATAC----GG----G----TTAAAATGCA--G---T-T-GTTT-----------TT-----TTA-AAAAAGGAAC-----TGTAATA----CT-A-AA-A-T-AGG-AA--ATA-----------AG-TTTGAACTATATTTTA-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TGTTAACAATGT-AAG--AAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAAT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTGTAATGTTGAAACA
gi|85989 : TTTACTTTGG-CA-GGCGAGATGTTAAGTCAAGTTTTTAG-----TT-TAGAG---AGTTTG----AC-TTTGGGAGGCAAGATGTGAAG--A--AGCGTTTAT-AGT-ATGGTTTG-G--TTGAT--TTAGAAATGC----GG----A----TTAAAT-GCA--G---T--------------GTGGTT------TT-AAATAGGAAC-----TGTTATA----CT-A-AA-A-T-GGG-A-----------AA---TATGTTTGAACTATATTT-A-GAAACGTGCATAT-ATGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAACAATGT-AAA--AA-----------ATAT----------------TGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTG
gi|85990 : TTTACTTTGA-TAAGGCAAGGTATACGGTCA----TGTAG-GAATTT-AAG-----AGTT-A----ACATTAGGTAAACCAGCTGTTATG--A--TGTGTTT-T-AG--ATGGTTTG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----A----ATAGGTTGCATGG---T-T-GATTAT-GATAACGATT-GGTGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGTACCGTAT-TTTTAACTATATTTTA-AAAAACTGTACAT-GTGTT-AA-AT--TG--AATTC-ATTAAAGTT-TAAAAATGAAA---G-TCGTAACAATGT-AAG--AAAT--AA-ATGTATAG----------------AGA-----AAAT--TATT--GTTTTATA----T-GT
gi|85991 : TTTATTTTGG--AAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAA-TA--TT-AAG-----AGTT-A----ACATGGGAAAGACGGGTTGTTCAG--A--TTGGTTT-T-AG--A-GGTTGG-G--T-GAT--ATAGAAATGC----AA----A----TTGAGTTGCATGA---TAT-GATCGA-GATGATGGGT-AATATTT-AAATAGGAAC-----TG--ATA----CA-A-AA-A-T-GGG------------GA--CATAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-GA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AAG--AAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAA---C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAA-ATGCGATGGTGAAACA
gi|85992 : TTTACTTTGA-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAG-AA--CT-AAGTC---AGT--A----ACATGGAGAAGACAGGTTGTTCAG--A--TGGGTTT-T--G--ATGGTTGG-G--T-GAT--ATAGAAATGC----AA----G----TTGAGTTGCATGA---TAT-GATCGA-GATGATGGGT-AATATTT-AAATAGAAAC-----TG--ATA----CA-A-AA-A-T-GGG------------GA--CATAT-TTTTAACTATATTTTA-GA------CACAT-GTGTT-GA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATAT-AAG--AAAT--GA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAA--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAA
gi|85993 : TTTACTTTGGCG--GGCGAGATGTTAAGTCA----AGT-------TT-TAGTTTAGAGTT-T----TAATTTGGAAGGCAAGATGGAAAG--T--CGAGTTT-T-AG--TTTATGGA-GCTT-ACT--TTAGGA-CGC----GAC---A----TTAAGTTGCATGG---T-TTGATTGA-GATAATGGTT-GGTGTTA-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----CT-A-AACA-T-G-------------TGAAC-ATGT-TTTGAACTATATTT-A-GAAACGTGTATAT-GTGTT-AA--T--AA--AATGT-ATTCAAGTT-T-AAA-TGATG---G-TTGCAACAATGT-AAA--AAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--TCTTTCTG----C-GTTAG--TTAT-GTATGATGTTGAAACA
gi|85994 : ----TGTAGTAA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GT---GTAGAAATGC----AG----G----TGGAGTTGCATGG---T-T-GATTAA-GATAATGGTT-GGTGTTT-AAGTAAGGAC-----TG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CTTATTTTGAACCGTAT-TTTTAACTATATTTTA-TAAACA-GTACAT-GTGTA-AA-AT--AG--AATAC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AAG--AAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-TT---TGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATTCTGAGAC
gi|85995 : -AAGTC---AGTT-T----ACTTCGGGCAGGCGAGATGTGAAGTCA--TA--TTT-T-AG---T--TTAGCG--A-GTT--TTA------C----T----------TTGGGATGCA-AA---T-G-GGTTAA-GGCA---GTT--AGGTTTCAAGTAGGAACAG---TT--ATA----CT-A-AA-A-T-GGG------------GAAC-GTAT-TT-GAACTATATTTTA-GAAGTGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAAGTGACA---A-TTGTAACAATGT-AAG--AAAT--AA-ATATAAAT----------------AGA-----AAGT--C-TT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTGT-GTGTGACGTTGAAAC
gi|85996 : aggaagaC---AGTT-C----A-ATCTGGGAGTCCAGGTATTAAG--AGCTGGGATT-G-AG----GCTTGG-G--C-AGA--GTAGGAAC-------A----G----TT---TTGGATGG--------------GATA--GGCA-GAA---C-AAG-------------G--AGA----CT-A-AG-A-T-GGG-AG-T----TTTG---------TTTGAACTATGTTT-A-AAAGCGTGCATAT-GTGTT--A-AT--AA--AATTC-ATGTAAG-T-T-AAAACGAAA---G-ATGCAATAATGT-A----GAAT--AA-ATGTATAT----------------CGA-----AAAGGAA-CT--GCGCTTTC----T-GTTAGTTTG-T-GTGTGATGTTGGAATA
gi|85997 : GGAGGCAAGATGTTAAG--A--CGGGTTT-C-AGT-ATGGTTTG-A--TTGTT--GTAGAAATGA----GG----G----TTAAAATGCA--G---T-T-G-TTG----------TT---TTTTT-AAATATGAAC-----TATTATA----CT-A-AA-A-T-GAG-A-----------AAC-GTGT-TT-GAACTATATTT-A-TAAACGTTCATAT-GGGTT-TA--C--AG--AATTTGATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAACAATGT-AAG--AAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTGTGACGTTGAAACA
gi|85998 : GTTAAG--A--CGCGTTT-T-AGT-GTGGCCGG-G--T-TTTCAGTAGAAATGC----GG----G----TTAAGATGCA-----------ATTG-------------GAT-TTT-AAATAGGAAC-----TGTTATG----CT-A-AA-A-TTGGG-AA-CGTG--------------TTTGAACTATGTT--ACGAAGCGTGAATAT-GTGTT-GACAT--A----ATTT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTACTAAAGT-AAG--AAAT--AA--TATATAT----------------AGA-----AAGT--T-CT--TCTTTATG----T-GTTGG--TTGT-CTGTGATGTTGAAACA
gi|85999 : TAAGTTA--TGAGTTT-T-AA--GTGGCAGA-A--T-ACT---TCGGGATGT----GA----GGATGTTAAG--ACGGGA---T-T-TATTGA-GAGGATGTTT-GG-GTTT-AAGTAGGAACAG---TT--AGA----TT-A-AG-A-TTGGG-GG------TCTGG------T-TTT-AACTATGTTT-A-GAAGCGTGCATAT-GTGTT-AA-AT--GG--AATTC-ATTAAAGTT-T--AAACGAAA------TGTAATAATGT-AAG--AAA---AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CTACGCGTTGTG----TAGTT----TG-T-GTGTGATGTTGGAACA
gi|86000 : GTTT-C-AGT-ATGGTTTG-G--T-TTTC-GTATAAATAC----GG----G----TTAAAATGCA-----------ATTGG-G--------------TTT-AAATAGGAAC-----TGTTATA-----T-A-AA-A-T-GGG-A-----AATGTG---------TTTGAACGATATTTT--GAAACGTCCATAT-GTGTT--G-AT--AG--AATTT-ATAAAAGAT-T--AAATGA
gi|86001 : AAATGCAAGAGG----G----TTAAGTTGCATGG---T-TTGATCAA-GATG-CAGTT-GGGTTTT-AAATAGGAAC-----CGTTATA----CT-A-AA-A-T-GGGGAA-CG--------ACTGT----TTGAACTATGTTT-A-GAAACGTGCATAC-GTGTT-AA--T--AG--CATTT-ATCAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGCAACACTGT-AAG--AAAT--AA-ATATATAT----------------AAA-----AATT--C-CT--GCTTTCTG----T-GATAG--TTAT-GTGTGATGTTGAAACA
gi|86002 : ----TTCAGTTGCATGA---T-TTGATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAATAGAAAC-----TG--ATA----CT-ACAA-A-T-GGG-AC-TGTACTTTG------AT-CTAGA-------TTTA-GAAAAAAACATAT-GTGTT-AA-AC--AG--AATTC-ATTAAAGTTCT---AATGACA---G-TTATAACAATGT-AAG--AAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAAT--C-CT--GCTTTACG----T-GTTAA--TAAT-GTGCAATAGTGAAACA
gi|86003 : aATGGTT-GCGTTTT-GAGTAGAAATGTGTTTG--TTAAGGTCT-G-AG-A-T-GGG-A-----ACTTTG---------TTTGAACTATGTTT-A-AAAGCGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAATAATGT-AAAGAAAAA--AA-ATATATAT----------------GGA-----AAGT--C-AT--GCTTTATG----T-GT------------GCGATGTTGGAACA
gi|86004 : gttgtttttagtATGATGGTTTGGT-TTT-AAGTAGGAACAG---TT--ATA----CT-A-AG-A-T-GGG-GGACGTG--------------TTTGAACTATGCTT-A-GAAGCGTGCAT---GTGTT-AA--T--AG--AATGT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAATAATGT-AAG--AAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GCAAG--TTGT-GTGTGATGTTGGAACA
gi|86005 : GTT-GGTTTTT-AAGTAGGAAAG----TT--ATA----CT-A-AG-A-T-GGA------------GAAC-GTGT-TTTGAACTATATTT-A-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAAGTGACA---G-TTGTAAAAATGT-AAG--ATAT--AT-ATATATATATATATATATATATAAAGA-----AAGT--C-TT--GTATTCGG----T-GTTAG--TTAT-GTGTGATGTTGAAAC
gi|86006 : G--AGA----CT-A-AG-A-T-GGG-AG-T----TTTG---------TTTGAACTATGTTT-A-AAAGCGTGCATAT-GTGTT--A-AT--AG--AATTC-ATTTCAGTT-T--AAACGAAA---G-ATGTAATAATAT-A----GAAT--AA-ATGTATATCGATA-----------AGG-----AA------CT--GCGCTTTC----T-GTTAG--T
gi|86007 : -T-GGG-A-----ACTTTG---------TCTGAACTACATTTT--GAAGCGT--ATATCGTGTTTAA-GT--AG--TGACA-ATTACAGAT-T-TAAATGAAA---G-ATGTAATAATGT-AAG---AAT--AATATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCGCGCTG----T-GTTAG--TTGT-GTGCGATGTTAGAACttgtgtttgatgt
gi|86008 : -TTTGAATTATGCTTTA--AAGCGT--ATATCGTGTTTAA-GT--AG--AGACA-ATTGCAATT-T-AAAATGAAA---G-ATGAAATAATGT-AAA--AAAT--A-----TATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GAGCACTG----T-GTTAG--TG-T-GTGCGATGTTG
gi|86009 : gaaactttg-TTCGAACTATGTTTT--GAAGCGTATACAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T--AAATGAAA---G-TTGTAATAATGT-A----GAAT--AA-ATATATAT----------------CGG-----AAAGGAA-CT--GCGTTTTC----T-GTTAGTCTG-T-GTGTGATGTTGGAACA
gi|86010 : -TTGGAACTATGTTA-A-GAAGCCTACATAT-GTGCT-AA--T--AG--AAAGC-ATAAAAGTT-T-AAA-CGACA---G-TTGTAAAAATGT---G--GAAT--AA-ATATATAC----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAGT-TGA--GAGTGATGTTGGAACA
gi|86011 : -TTTGAACTCTGTTTT--GAAGCGTACATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T--AAATGAAA---G-ATGTTAGTATGT-A----AAAT--AA-ATATATAT----------------CGA-----AAA
gi|86012 : -TTTGAACTATGTTTTA--AAGCGCACAAAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTA-T--GAACGATATATG-TTATAAGAATGT--AG--AAGTAAAA-ATCTGTAT----------------AGAT----AAAC--A-TT--GCGTTTTG----T-GTTAG--TTCT-GTG
gi|86013 : GGACTATGTTA-A-CAAGCTTGCGTAT-GTGTT-AA--T--AG--AATGT-ATTAAAGTT-T-AAA-TAACA---G-TTGTAATACTGT-AAG--AAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTT----T-GTTAG--TTGT-CTGTGATACTGGAACA
gi|86014 : AC-GTTTT-TA-AT--AT--AATT--ATTTAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAATAATGTAAAG--AAAT--AA-ATATATAT----------------GGA-----AAGT--C-AT--GCTTTCTATCCTT-GTT----TG-T-GCGTGATGTTGGAACA
gi|86015 : aaaccgcagaaAT-GTGTT-AA-ATTCAGTCACTTC-ACT-------T-AAAGTGACA---G-TTGTAACAATGC-AAG--AAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-TT--GCATTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTGTGATGTTTAAACA
gi|86016 : -AAAATG------G-TTG-----ATGT-AAG--AAAT--AA-ATATATAT----------------ATATATATAAAT--G-CT--GCTTTATG----T-GTTAA--TAATGGTGCGATAGTGAAACA
gi|86017 : ttgaaaaTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCATTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCAATGTTGAAACA
gi|86018 : TATAT----------------AGA-----AAAT--C-AT--GCATTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCAATGTTGAAACA
Alignments
lowQualScore : 11111 111111111 4444444444444444444444 11 1111111111111111
lowQualScore : 555 3 1 5555 9 33 4 00000 2 4444 2 0 55 22 0 1 1 99 1 22 3 44 7777777777 3333 1 8888888888 55 0 55555 1 333333333 2 2222 1 1 1 1 2 8888888888888888888888 8 1 7 3 2 00 11 11 1 1 33 7 111 1 1 11 11 1 0000000000000000 33333 22 22 11 1 1 2222 1 55 22 1 0
lowQualScore : ... . . .... . .. . ..... . .... . . .. .. . . . .. . .. . .. .......... .... . .......... .. . ..... . ......... . .... . . . . . ...................... . . . . . .. .. .. . . .. . ... . . .. .. . ................ ..... .. .. .. . . .... . .. .. . .
lowQualScore : 111 5 6 0000 4 22 4 22222 1 5555 4 7 00 55 5 7 7 33 7 44 5 11 8888888888 4444 7 0000000000 22 6 22222 4 444444444 4 9999 4 4 4 3 7 2222222222222222222222 0 1 6 2 1 99 44 44 1 1 55 2 888 1 1 44 44 1 5555555555555555 55555 88 00 44 7 0 2222 0 44 44 1 8
consensus : AGTTTACTTTGG-GAAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GA----G----TTGAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-NT--GCGTTNTG----T-GTTAG--TGAT-GTGCGATGTTGAAACA
Reference ( family-539 ) : AGTTTACTTTGG-GAAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GA----G----TTGAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-NT--GCGTTNTG----T-GTTAG--TGAT-GTGCGATGTTGAAACA
gi|85978 : AGTTTACTT-GA-AAAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAGGAA--TT-AAGGC---AGTT-A----ACATGGGGGACACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTTAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTATTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAACGACA---G-TTGTAACAATGT-TA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAA--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTTCGATGGTAAAACA
gi|85979 : AGTTTACTTTGG-AAAGGCCAGGTGTACGGTCA----TGTAGGAA--TT-AAGGC---AATT-G----AC-TAAGGGAGA---GGTGTTAAG--A--TGGGATT-T-AG--ATAGTTGG-G--T-GTT--GTAGAA-TGC----AA----G----TTGAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CATACTTTGAACCGTAT-TTTGA-CTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AA--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGGCA---G-TTGTAACACTGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAC--TGAT-GTACGATGATGTAACA
gi|85980 : AGTTTACTTTGA-ATAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AA--TA-AAGTC---AGTT-A----ACATTGGGGAGACCAGCTGTTATG--A--TGGGTTT-T-AC--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GG----A----TTAAGTAACATGGAC-T-T-TA--GA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAATCGTAT-TTTGAAATATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--TTGTTATG----T-GTTAA--TAAT-GTGCGATGGTGAAACA
gi|85981 : AGTTTACTTTAA-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAG-AA--TTTCAGAC---AGTT-A----ACACTAGGTAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGTTTT-T-AG--ATGGTTGT-G--T-GTT--GTAGATATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGA---T-T-GATTAT-GATAATGGTT-GGTGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AAA----CTAA-AA-A-T-GGG-AA-TGTACTTTGAATCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAATAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AATT--C-GT--GCATTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAAATA
gi|85982 : AGTTTACTTTGA-GAAGGTCAGGTGGACGGTCA----TGTAA-AA--TT-AAG-----AGTT-A----ACATTAGGTAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGA---T-T-GATTGT-GATAATGATT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----TA-A-AA-A-T-GGG-AA-CATACTTTGAATCGTA--ATTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCGCAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-TAAAAATGACA---A-TTGTAAAAATGT-AA--AAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAA--AGAT-GTTCGATGGTGAAACA
gi|85983 : AGTTTACTTTGA-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAA-AA--TT-AAG-----AGTT-A----ACATTAGGTAGACCAGCTGCTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGC---T-T-GATTAT-GATAATGATT-GATGTTT-AAGTAGCAAC-----TG--ATA----TA-A-AA-A-T-GGG-AA-CATACTTTGACTCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-TAAAC-TGCGCAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAACGTT-TAAAAATGATA---G-TTGTAATAATGT-AA--AAAAT--AA-ATGTATATAA--------------AAA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAAACA
gi|85984 : AGTTGACTAAGG-ACAGGCGAGGTGTACAGTCA----TATAA-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAGG--A--TGGCTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GG----A----TTAACTTGCA-GGAACT-T-TA--GA-GATAATGGTT-GATGTTA-AAGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTCTGAATAGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAACG-GCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTACGATGGTGAAACA
gi|85985 : AGTTTACTTTGG-ATAGGCGAGGTGTACAGTCA----TGTAG-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTGGGGAGACCAGCTGTTAAA--A--TGGGTTT-A-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGCA---GATTAGA----TTAAGTTGCATG--------GACTTATGATAATGGTT-GATGTTT-ATGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GAG-AG-CGTACTATGAATCGTAT-TTTAAACTATATTTTA-GAAAC-----TGT-GT-TT-CA-AG--A---AATTC-ATTAAA-TT-T-AAAA-GACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAATT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAAACA
gi|85986 : AGTTTACTTTGG-AAAAG--AGGTGTACGGTCA----TGTAGTAA--TT-AAGCC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGTTTTT-T-AG--ACGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GA----G----TTGAGTTGCATGA---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTA-AAGTAGGA-------------A----CT-A-AA-A-T-GAG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCATAT-GTGTT-AA-AT-------ATTC-ATTAAAGTT-T--AAATGACA---GTTTGTATCAATGT-TA--GAAAT--AA-ATGTTTAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-
gi|85987 : AGTTTACTTTGG-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAG-AA--TTTCAGTC---AGTT-A----ACATTAGGTAGACCAGCTGTT-------------TT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGG---T-T-GATTAT-GATAATG-------------------AAC-----TG--AAA----CT-A-AA-AAT-GGG-AA-CGTACTTTGAATCATAT-TTTGAATTATATTTTA-GAAAC-TGCACATTGTGTT-TA-AT--AA--AATTC-ACTAAGATT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATAT-AA--AAAAT--AA-ATGTTTAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTAAA--TGAT-GTGCGATAGTGAAACA
gi|85988 : AGATTACTTTGG-GCCGGTGAGATGAAAGGTC-------TGG-TT--TT-AGTTT---AGAT-AGAATACTTTTGAAAGTTGGGCGATTAAG--A--CGCGTTT-TTAGTAAAGTTTGG-C--T-GTT--GTTGAAATAC----GG----G----TTAAAATGCA--G---T-T-GTTT-----------TT-----TTA-AAAAAGGAAC-----TGTAATA----CT-A-AA-A-T-AGG-AA--ATA-----------AG-TTTGAACTATATTTTA-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TGTTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAAT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTGTAATGTTGAAACA
gi|85989 : TTTACTTTGG-CA-GGCGAGATGTTAAGTCAAGTTTTTAG-----TT-TAGAG---AGTTTG----ACTTT-GGGAGGCAAGATGTGAAG--A--AGCGTTTAT-AGT-ATGGTTTG-G--TTGAT--TTAGAAATGC----GG----A----TTAAAT-GCA--G---T--------------GTGGTT------TT-AAATAGGAAC-----TGTTATA----CT-A-AA-A-T-GGG-A-----------AA---TATGTTTGAACTATATTT-A-GAAACGTGCATAT-ATGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--AAA-----------ATAT----------------TGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTG
gi|85990 : TTTACTTTGA-TAAGGCAAGGTATACGGTCA----TGTAG-GAATTT-AAG-----AGTT-A----ACATTAGGTAAACCAGCTGTTATG--A--TGTGTTT-T-AG--ATGGTTTG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----A----ATAGGTTGCATGG---T-T-GATTAT-GATAACGATT-GGTGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGTACCGTAT-TTTTAACTATATTTTA-AAAAACTGTACAT-GTGTT-AA-AT--TG--AATTC-ATTAAAGTT-TAAAAATGAAA---G-TCGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAG----------------AGA-----AAAT--TATT--GTTTTATA----T-GT
gi|85991 : TTTATTTTGG--AAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAA-TA--TT-AAG-----AGTT-A----ACATGGGAAAGACGGGTTGTTCAG--A--TTGGTTT-T-AG--A-GGTTGG-G--T-GAT--ATAGAAATGC----AA----A----TTGAGTTGCATGA---TAT-GATCGA-GATGATGGGT-AATATTT-AAATAGGAAC-----TG--ATA----CA-A-AA-A-T-GGG------------GA--CATAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-GA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAA---C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAA-ATGCGATGGTGAAACA
gi|85992 : TTTACTTTGA-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAG-AA--CT-AAGTC---AGT--A----ACATGGAGAAGACAGGTTGTTCAG--A--TGGGTTT-T--G--ATGGTTGG-G--T-GAT--ATAGAAATGC----AA----G----TTGAGTTGCATGA---TAT-GATCGA-GATGATGGGT-AATATTT-AAATAGAAAC-----TG--ATA----CA-A-AA-A-T-GGG------------GA--CATAT-TTTTAACTATATTTTA-GA------CACAT-GTGTT-GA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATAT-AA--GAAAT--GA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAA--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAA
gi|85993 : TTTACTTTGGCG--GGCGAGATGTTAAGTCA----AGT-------TT-TAGTTTAGAGTT-T----TAATTTGGAAGGCAAGATGGAAAG--T--CGAGTTT-T-AG--TTTATGGA-GCTT-ACT--TTAGGA-CGC----GAC---A----TTAAGTTGCATGG---T-TTGATTGA-GATAATGGTT-GGTGTTA-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----CT-A-AACA-T-G-------------TGAAC-ATGT-TTTGAACTATATTT-A-GAAACGTGTATAT-GTGTT-AA--T--AA--AATGT-ATTCAAGTT-T-AAA-TGATG---G-TTGCAACAATGT-AA--AAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--TCTTTCTG----C-GTTAG--TTAT-GTATGATGTTGAAACA
gi|85994 : ----TGTAGTAA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GT---GTAGAAATGC----AG----G----TGGAGTTGCATGG---T-T-GATTAA-GATAATGGTT-GGTGTTT-AAGTAAGGAC-----TG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CTTATTTTGAACCGTAT-TTTTAACTATATTTTA-TAAACA-GTACAT-GTGTA-AA-AT--AG--AATAC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-TT---TGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATTCTGAGAC
gi|85995 : -AAGTC---AGTT-T----ACTTCGGGCAGGCGAGATGTGAAGTCA--TA--TTT-T-AG---T--TTAGCG--A-GTT--TTA------C----T----------TTGGGATGCA-AA---T-G-GGTTAA-GGCA---GTT--AGGTTTCAAGTAGGAACAG---TT--ATA----CT-A-AA-A-T-GGG------------GAAC-GTAT-TT-GAACTATATTTTA-GAAGTGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAAGTGACA---A-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATATAAAT----------------AGA-----AAGT--C-TT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTGT-GTGTGACGTTGAAAC
gi|85996 : aggaagaC---AGTT-C----A-ATCTGGGAGTCCAGGTATTAAG--AGCTGGGATT-G-AG----GCTTGG-G--C-AGA--GTAGGAAC-------A----G----TT---TTGGATGG--------------GATA--GGCA-GAA---C-AAGGAG---------------A----CT-A-AG-A-T-GGG-AG-T----TTTG---------TTTGAACTATGTTT-A-AAAGCGTGCATAT-GTGTT--A-AT--AA--AATTC-ATGTAAG-T-T-AAAACGAAA---G-ATGCAATAATGT-A----GAAT--AA-ATGTATAT----------------CGA-----AAAGGAA-CT--GCGCTTTC----T-GTTAGTTTG-T-GTGTGATGTTGGAATA
gi|85997 : GGAGGCAAGATGTTAAG--A--CGGGTTT-C-AGT-ATGGTTTG-A--TTGTT--GTAGAAATGA----GG----G----TTAAAATGCA--G---T-T-G-TTG----------TT---TTTTT-AAATATGAAC-----TATTATA----CT-A-AA-A-T-GAG-A-----------AAC-GTGT-TT-GAACTATATTT-A-TAAACGTTCATAT-GGGTT-TA--C--AG--AATTTGATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTGTGACGTTGAAACA
gi|85998 : GTTAAG--A--CGCGTTT-T-AGT-GTGGCCGG-G--T-TTTCAGTAGAAATGC----GG----G----TTAAGATGCA-----------ATTG-------------GAT-TTT-AAATAGGAAC-----TGTTATG----CT-A-AA-A-TTGGG-AA-CGTG--------------TTTGAACTATGTT--ACGAAGCGTGAATAT-GTGTT-GACAT--A----ATTT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTACTAAAGT-AA--GAAAT--AA--TATATAT----------------AGA-----AAGT--T-CT--TCTTTATG----T-GTTGG--TTGT-CTGTGATGTTGAAACA
gi|85999 : TAAGTTA--TGAGTTT-T-AA--GTGGCAGA-A--T-ACT---TCGGGATGT----GA----GGATGTTAAG--ACGGGA---T-T-TATTGA-GAGGATGTTT-GG-GTTT-AAGTAGGAACAG---TT--AGA----TT-A-AG-A-TTGGG-GG------TCTGG------T-TTT-AACTATGTTT-A-GAAGCGTGCATAT-GTGTT-AA-AT--GG--AATTC-ATTAAAGTT-T--AAACGAAA------TGTAATAATGT-AA--GAAA---AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CTACGCGTTGTG----TAGTT----TG-T-GTGTGATGTTGGAACA
gi|86000 : GTTT-C-AGT-ATGGTTTG-G--T-TTTC-GTATAAATAC----GG----G----TTAAAATGCA-----------ATTGG-G--------------TTT-AAATAGGAAC-----TGTTATA-----T-A-AA-A-T-GGG-A-----AATGTG---------TTTGAACGATATTTT--GAAACGTCCATAT-GTGTT--G-AT--AG--AATTT-ATAAAAGAT-T--AAATGA
gi|86001 : AAATGCAAGAGG----G----TTAAGTTGCATGG---T-TTGATCAA-GATG-CAGTT-GGGTTTT-AAATAGGAAC-----CGTTATA----CT-A-AA-A-T-GGGGAA-CG--------ACTGT----TTGAACTATGTTT-A-GAAACGTGCATAC-GTGTT-AA--T--AG--CATTT-ATCAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGCAACACTGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AAA-----AATT--C-CT--GCTTTCTG----T-GATAG--TTAT-GTGTGATGTTGAAACA
gi|86002 : ----TTCAGTTGCATGA---T-TTGATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAATAGAAAC-----TG--ATA----CT-ACAA-A-T-GGG-AC-TGTACTTTG------AT-CTAGA-------TTTA-GAAAAAAACATAT-GTGTT-AA-AC--AG--AATTC-ATTAAAGTTCT---AATGACA---G-TTATAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAAT--C-CT--GCTTTACG----T-GTTAA--TAAT-GTGCAATAGTGAAACA
gi|86003 : aATGGTT-GCGTTTT-GAGTAGAAATGTGTTTG--TTAAGGTCT-G-AG-A-T-GGG-A-----ACTTTG---------TTTGAACTATGTTT-A-AAAGCGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAATAATGT-AAAGAAAAA--AA-ATATATAT----------------GGA-----AAGT--C-AT--GCTTTATG----------------T-GTGCGATGTTGGAACA
gi|86004 : gttgtttttagtATGATGGTTTGGT-TTT-AAGTAGGAACAG---TT--ATA----CT-A-AG-A-T-GGG-GGACGTG--------------TTTGAACTATGCTT-A-GAAGCGTGCAT---GTGTT-AA--T--AG--AATGT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAATAATGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GCAAG--TTGT-GTGTGATGTTGGAACA
gi|86005 : GTT-GGTTTTT-AAGTAGGAAAG----TT--ATA----CT-A-AG-A-T-GGA------------GAAC-GTGT-TTTGAACTATATTT-A-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAAGTGACA---G-TTGTAAAAATGT-AA--GATAT--AT-ATATATATATATATATATATATAAAGA-----AAGT--C-TT--GTATTCGG----T-GTTAG--TTAT-GTGTGATGTTGAAAC
gi|86006 : G--AGA----CT-A-AG-A-T-GGG-AG-T----TTTG---------TTTGAACTATGTTT-A-AAAGCGTGCATAT-GTGTT--A-AT--AG--AATTC-ATTTCAGTT-T--AAACGAAA---G-ATGTAATAATAT-A----GAAT--AA-ATGTATATCGATA-----------AGG-----AA------CT--GCGCTTTC----T-GTTAGTTTG-T-GTTTGATGT
gi|86007 : -T-GGG-A-----ACTTTG---------TCTGAACTACATTTT--GAAGCGT--ATATCGTGTTTAA-GT--AG--TGACA-ATTACAGAT-T-TAAATGAAA---G-ATGTAATAATGT-AA--GAA-T--AATATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCGCGCTG----T-GTTAG--TTGT-GTGCGATGTTAGAAC
gi|86008 : -TTTGAATTATGCTTTA--AAGCGT--ATATCGTGTTTAA-GT--AG--AGACA-ATTGCAATT-T-AAAATGAAA---G-ATGAAATAATGT-AA--AAAAT--A-----TATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GAGCACTG----T-GTTAG--TG-T-GTGCGATGTTG
gi|86009 : gaaactttg-TTCGAACTATGTTTT--GAAGCGTATACAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAA-TGAAA---G-TTGTAATAATGT-A----GAAT--AA-ATATATAT----------------CGG-----AAAGGAA-CT--GCGTTTTC----T-GTTAGTCTG-T-GTGTGATGTTGGAACA
gi|86010 : -TTGGAACTATGTTA-A-GAAGCCTACATAT-GTGCT-AA--T--AG--AAAGC-ATAAAAGTT-T-AAA-CGACA---G-TTGTAAAAATGT-----GGAAT--AA-ATATATAC----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAGT-TGA--GAGTGATGTTGGAACA
gi|86011 : -TTTGAACTCTGTTTT--GAAGCGTACATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T--AAATGAAA---G-ATGTTAGTATGT-A----AAAT--AA-ATATATAT----------------CGA-----AAA
gi|86012 : -TTTGAACTATGTTTTA--AAGCGCACAAAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTA-T--GAACGATATATG-TTATAAGAATGT--A--GAAGTAAAA-ATCTGTAT----------------AGAT----AAAC--A-TT--GCGTTTTG----T-GTTAG--TTCT-GTG
gi|86013 : GGACTATGTTA-A-CAAGCTTGCGTAT-GTGTT-AA--T--AG--AATGT-ATTAAAGTT-T-AAA-TAACA---G-TTGTAATACTGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTT----T-GTTAG--TTGT-CTGTGATACTGGAACA
gi|86014 : AC-GTTTT-TA-AT--AT--AATT--ATTTAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAATAATGTAAA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------GGA-----AAGT--C-AT--GCTTTCTATCCTT-GTT----TG-T-GCGTGATGTTGGAACA
gi|86015 : aaaccgcagaaAT-GTGTT-AA-ATTCAGTCACTTC-ACT-------T-AAAGTGACA---G-TTGTAACAATGC-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-TT--GCATTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTGTGATGTTTAAACA
gi|86016 : -AAAATG------G-TTG-----ATGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------ATATATATAAAT--G-CT--GCTTTATG----T-GTTAA--TAATGGTGCGATAGTGAAACA
gi|86017 : ttgaaaaTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCATTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCAATGTTGAAACA
gi|86018 : TATAT----------------AGA-----AAAT--C-AT--GCATTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCAATGTTGAAACA
Alignments
lowQualScore : 11111 111111111 4444444444444444444444 11 1111111111111111
lowQualScore : 555 3 1 5555 9 33 4 00000 2 4444 2 0 55 22 0 1 1 99 1 22 3 44 7777777777 3333 1 8888888888 55 0 55555 1 333333333 2 2222 1 1 1 1 2 8888888888888888888888 8 1 7 3 2 00 11 11 1 1 33 7 111 1 1 11 11 1 0000000000000000 33333 22 22 11 1 1 2222 1 55 22 1 0
lowQualScore : ... . . .... . .. . ..... . .... . . .. .. . . . .. . .. . .. .......... .... . .......... .. . ..... . ......... . .... . . . . . ...................... . . . . . .. .. .. . . .. . ... . . .. .. . ................ ..... .. .. .. . . .... . .. .. . .
lowQualScore : 111 5 6 0000 4 22 4 22222 1 5555 4 7 00 55 5 7 7 33 7 44 5 11 8888888888 4444 7 0000000000 22 6 22222 4 444444444 4 9999 4 4 4 3 7 2222222222222222222222 0 1 6 2 1 99 44 44 1 1 55 2 888 1 1 44 44 1 5555555555555555 55555 88 00 44 7 0 2222 0 44 44 1 8
consensus : AGTTTACTTTGG-GAAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GA----G----TTGAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-NT--GCGTTNTG----T-GTTAG--TGAT-GTGCGATGTTGAAACA
Reference ( family-539 ) : AGTTTACTTTGG-GAAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GA----G----TTGAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-NT--GCGTTNTG----T-GTTAG--TGAT-GTGCGATGTTGAAACA
gi|85978 : AGTTTACTT-GA-AAAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAGGAA--TT-AAGGC---AGTT-A----ACATGGGGGACACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTTAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTATTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAACGACA---G-TTGTAACAATGT-TA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAA--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTTCGATGGTAAAACA
gi|85979 : AGTTTACTTTGG-AAAGGCCAGGTGTACGGTCA----TGTAGGAA--TT-AAGGC---AATT-G----AC-TAAGGGAGA---GGTGTTAAG--A--TGGGATT-T-AG--ATAGTTGG-G--T-GTT--GTAGAA-TGC----AA----G----TTGAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CATACTTTGAACCGTAT-TTTGA-CTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AA--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGGCA---G-TTGTAACACTGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAC--TGAT-GTACGATGATGTAACA
gi|85980 : AGTTTACTTTGA-ATAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AA--TA-AAGTC---AGTT-A----ACATTGGGGAGACCAGCTGTTATG--A--TGGGTTT-T-AC--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GG----A----TTAAGTAACATGGAC-T-T-TA--GA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAATCGTAT-TTTGAAATATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--TTGTTATG----T-GTTAA--TAAT-GTGCGATGGTGAAACA
gi|85981 : AGTTTACTTTAA-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAG-AA--TTTCAGAC---AGTT-A----ACACTAGGTAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGTTTT-T-AG--ATGGTTGT-G--T-GTT--GTAGATATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGA---T-T-GATTAT-GATAATGGTT-GGTGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AAA----CTAA-AA-A-T-GGG-AA-TGTACTTTGAATCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAATAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AATT--C-GT--GCATTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAAATA
gi|85982 : AGTTTACTTTGA-GAAGGTCAGGTGGACGGTCA----TGTAA-AA--TT-AAG-----AGTT-A----ACATTAGGTAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGA---T-T-GATTGT-GATAATGATT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----TA-A-AA-A-T-GGG-AA-CATACTTTGAATCGTA--ATTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCGCAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-TAAAAATGACA---A-TTGTAAAAATGT-AA--AAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAA--AGAT-GTTCGATGGTGAAACA
gi|85983 : AGTTTACTTTGA-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAA-AA--TT-AAG-----AGTT-A----ACATTAGGTAGACCAGCTGCTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGC---T-T-GATTAT-GATAATGATT-GATGTTT-AAGTAGCAAC-----TG--ATA----TA-A-AA-A-T-GGG-AA-CATACTTTGACTCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-TAAAC-TGCGCAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAACGTT-TAAAAATGATA---G-TTGTAATAATGT-AA--AAAAT--AA-ATGTATATAA--------------AAA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAAACA
gi|85984 : AGTTGACTAAGG-ACAGGCGAGGTGTACAGTCA----TATAA-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAGG--A--TGGCTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GG----A----TTAACTTGCA-GGAACT-T-TA--GA-GATAATGGTT-GATGTTA-AAGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTCTGAATAGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAACG-GCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTACGATGGTGAAACA
gi|85985 : AGTTTACTTTGG-ATAGGCGAGGTGTACAGTCA----TGTAG-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTGGGGAGACCAGCTGTTAAA--A--TGGGTTT-A-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGCA---GATTAGA----TTAAGTTGCATG--------GACTTATGATAATGGTT-GATGTTT-ATGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GAG-AG-CGTACTATGAATCGTAT-TTTAAACTATATTTTA-GAAAC-----TGT-GT-TT-CA-AG--A---AATTC-ATTAAA-TT-T-AAAA-GACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAATT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAAACA
gi|85986 : AGTTTACTTTGG-AAAAG--AGGTGTACGGTCA----TGTAGTAA--TT-AAGCC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGTTTTT-T-AG--ACGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GA----G----TTGAGTTGCATGA---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTA-AAGTAGGA-------------A----CT-A-AA-A-T-GAG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCATAT-GTGTT-AA-AT-------ATTC-ATTAAAGTT-T--AAATGACA---GTTTGTATCAATGT-TA--GAAAT--AA-ATGTTTAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-
gi|85987 : AGTTTACTTTGG-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAG-AA--TTTCAGTC---AGTT-A----ACATTAGGTAGACCAGCTGTT-------------TT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGG---T-T-GATTAT-GATAATG-------------------AAC-----TG--AAA----CT-A-AA-AAT-GGG-AA-CGTACTTTGAATCATAT-TTTGAATTATATTTTA-GAAAC-TGCACATTGTGTT-TA-AT--AA--AATTC-ACTAAGATT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATAT-AA--AAAAT--AA-ATGTTTAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTAAA--TGAT-GTGCGATAGTGAAACA
gi|85988 : AGATTACTTTGG-GCCGGTGAGATGAAAGGTC-------TGG-TT--TT-AGTTT---AGAT-AGAATACTTTTGAAAGTTGGGCGATTAAG--A--CGCGTTT-TTAGTAAAGTTTGG-C--T-GTT--GTTGAAATAC----GG----G----TTAAAATGCA--G---T-T-GTTT-----------TT-----TTA-AAAAAGGAAC-----TGTAATA----CT-A-AA-A-T-AGG-AA--ATA-----------AG-TTTGAACTATATTTTA-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TGTTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAAT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTGTAATGTTGAAACA
gi|85989 : TTTACTTTGG-CA-GGCGAGATGTTAAGTCAAGTTTTTAG-----TT-TAGAG---AGTTTG----ACTTT-GGGAGGCAAGATGTGAAG--A--AGCGTTTAT-AGT-ATGGTTTG-G--TTGAT--TTAGAAATGC----GG----A----TTAAAT-GCA--G---T--------------GTGGTT------TT-AAATAGGAAC-----TGTTATA----CT-A-AA-A-T-GGG-A-----------AA---TATGTTTGAACTATATTT-A-GAAACGTGCATAT-ATGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--AAA-----------ATAT----------------TGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTG
gi|85990 : TTTACTTTGA-TAAGGCAAGGTATACGGTCA----TGTAG-GAATTT-AAG-----AGTT-A----ACATTAGGTAAACCAGCTGTTATG--A--TGTGTTT-T-AG--ATGGTTTG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----A----ATAGGTTGCATGG---T-T-GATTAT-GATAACGATT-GGTGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGTACCGTAT-TTTTAACTATATTTTA-AAAAACTGTACAT-GTGTT-AA-AT--TG--AATTC-ATTAAAGTT-TAAAAATGAAA---G-TCGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAG----------------AGA-----AAAT--TATT--GTTTTATA----T-GT
gi|85991 : TTTATTTTGG--AAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAA-TA--TT-AAG-----AGTT-A----ACATGGGAAAGACGGGTTGTTCAG--A--TTGGTTT-T-AG--A-GGTTGG-G--T-GAT--ATAGAAATGC----AA----A----TTGAGTTGCATGA---TAT-GATCGA-GATGATGGGT-AATATTT-AAATAGGAAC-----TG--ATA----CA-A-AA-A-T-GGG------------GA--CATAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-GA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAA---C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAA-ATGCGATGGTGAAACA
gi|85992 : TTTACTTTGA-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAG-AA--CT-AAGTC---AGT--A----ACATGGAGAAGACAGGTTGTTCAG--A--TGGGTTT-T--G--ATGGTTGG-G--T-GAT--ATAGAAATGC----AA----G----TTGAGTTGCATGA---TAT-GATCGA-GATGATGGGT-AATATTT-AAATAGAAAC-----TG--ATA----CA-A-AA-A-T-GGG------------GA--CATAT-TTTTAACTATATTTTA-GA------CACAT-GTGTT-GA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATAT-AA--GAAAT--GA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAA--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAA
gi|85993 : TTTACTTTGGCG--GGCGAGATGTTAAGTCA----AGT-------TT-TAGTTTAGAGTT-T----TAATTTGGAAGGCAAGATGGAAAG--T--CGAGTTT-T-AG--TTTATGGA-GCTT-ACT--TTAGGA-CGC----GAC---A----TTAAGTTGCATGG---T-TTGATTGA-GATAATGGTT-GGTGTTA-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----CT-A-AACA-T-G-------------TGAAC-ATGT-TTTGAACTATATTT-A-GAAACGTGTATAT-GTGTT-AA--T--AA--AATGT-ATTCAAGTT-T-AAA-TGATG---G-TTGCAACAATGT-AA--AAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--TCTTTCTG----C-GTTAG--TTAT-GTATGATGTTGAAACA
gi|85994 : ----TGTAGTAA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GT---GTAGAAATGC----AG----G----TGGAGTTGCATGG---T-T-GATTAA-GATAATGGTT-GGTGTTT-AAGTAAGGAC-----TG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CTTATTTTGAACCGTAT-TTTTAACTATATTTTA-TAAACA-GTACAT-GTGTA-AA-AT--AG--AATAC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-TT---TGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATTCTGAGAC
gi|85995 : -AAGTC---AGTT-T----ACTTCGGGCAGGCGAGATGTGAAGTCA--TA--TTT-T-AG---T--TTAGCG--A-GTT--TTA------C----T----------TTGGGATGCA-AA---T-G-GGTTAA-GGCA---GTT--AGGTTTCAAGTAGGAACAG---TT--ATA----CT-A-AA-A-T-GGG------------GAAC-GTAT-TT-GAACTATATTTTA-GAAGTGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAAGTGACA---A-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATATAAAT----------------AGA-----AAGT--C-TT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTGT-GTGTGACGTTGAAAC
gi|85996 : aggaagaC---AGTT-C----A-ATCTGGGAGTCCAGGTATTAAG--AGCTGGGATT-G-AG----GCTTGG-G--C-AGA--GTAGGAAC-------A----G----TT---TTGGATGG--------------GATA--GGCA-GAA---C-AAGGAG---------------A----CT-A-AG-A-T-GGG-AG-T----TTTG---------TTTGAACTATGTTT-A-AAAGCGTGCATAT-GTGTT--A-AT--AA--AATTC-ATGTAAG-T-T-AAAACGAAA---G-ATGCAATAATGT-A----GAAT--AA-ATGTATAT----------------CGA-----AAAGGAA-CT--GCGCTTTC----T-GTTAGTTTG-T-GTGTGATGTTGGAATA
gi|85997 : GGAGGCAAGATGTTAAG--A--CGGGTTT-C-AGT-ATGGTTTG-A--TTGTT--GTAGAAATGA----GG----G----TTAAAATGCA--G---T-T-G-TTG----------TT---TTTTT-AAATATGAAC-----TATTATA----CT-A-AA-A-T-GAG-A-----------AAC-GTGT-TT-GAACTATATTT-A-TAAACGTTCATAT-GGGTT-TA--C--AG--AATTTGATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTGTGACGTTGAAACA
gi|85998 : GTTAAG--A--CGCGTTT-T-AGT-GTGGCCGG-G--T-TTTCAGTAGAAATGC----GG----G----TTAAGATGCA-----------ATTG-------------GAT-TTT-AAATAGGAAC-----TGTTATG----CT-A-AA-A-TTGGG-AA-CGTG--------------TTTGAACTATGTT--ACGAAGCGTGAATAT-GTGTT-GACAT--A----ATTT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTACTAAAGT-AA--GAAAT--AA--TATATAT----------------AGA-----AAGT--T-CT--TCTTTATG----T-GTTGG--TTGT-CTGTGATGTTGAAACA
gi|85999 : TAAGTTA--TGAGTTT-T-AA--GTGGCAGA-A--T-ACT---TCGGGATGT----GA----GGATGTTAAG--ACGGGA---T-T-TATTGA-GAGGATGTTT-GG-GTTT-AAGTAGGAACAG---TT--AGA----TT-A-AG-A-TTGGG-GG------TCTGG------T-TTT-AACTATGTTT-A-GAAGCGTGCATAT-GTGTT-AA-AT--GG--AATTC-ATTAAAGTT-T--AAACGAAA------TGTAATAATGT-AA--GAAA---AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CTACGCGTTGTG----TAGTT----TG-T-GTGTGATGTTGGAACA
gi|86000 : GTTT-C-AGT-ATGGTTTG-G--T-TTTC-GTATAAATAC----GG----G----TTAAAATGCA-----------ATTGG-G--------------TTT-AAATAGGAAC-----TGTTATA-----T-A-AA-A-T-GGG-A-----AATGTG---------TTTGAACGATATTTT--GAAACGTCCATAT-GTGTT--G-AT--AG--AATTT-ATAAAAGAT-T--AAATGA
gi|86001 : AAATGCAAGAGG----G----TTAAGTTGCATGG---T-TTGATCAA-GATG-CAGTT-GGGTTTT-AAATAGGAAC-----CGTTATA----CT-A-AA-A-T-GGGGAA-CG--------ACTGT----TTGAACTATGTTT-A-GAAACGTGCATAC-GTGTT-AA--T--AG--CATTT-ATCAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGCAACACTGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AAA-----AATT--C-CT--GCTTTCTG----T-GATAG--TTAT-GTGTGATGTTGAAACA
gi|86002 : ----TTCAGTTGCATGA---T-TTGATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAATAGAAAC-----TG--ATA----CT-ACAA-A-T-GGG-AC-TGTACTTTG------AT-CTAGA-------TTTA-GAAAAAAACATAT-GTGTT-AA-AC--AG--AATTC-ATTAAAGTTCT---AATGACA---G-TTATAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAAT--C-CT--GCTTTACG----T-GTTAA--TAAT-GTGCAATAGTGAAACA
gi|86003 : aATGGTT-GCGTTTT-GAGTAGAAATGTGTTTG--TTAAGGTCT-G-AG-A-T-GGG-A-----ACTTTG---------TTTGAACTATGTTT-A-AAAGCGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAATAATGT-AAAGAAAAA--AA-ATATATAT----------------GGA-----AAGT--C-AT--GCTTTATG----------------T-GTGCGATGTTGGAACA
gi|86004 : gttgtttttagtATGATGGTTTGGT-TTT-AAGTAGGAACAG---TT--ATA----CT-A-AG-A-T-GGG-GGACGTG--------------TTTGAACTATGCTT-A-GAAGCGTGCAT---GTGTT-AA--T--AG--AATGT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAATAATGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GCAAG--TTGT-GTGTGATGTTGGAACA
gi|86005 : GTT-GGTTTTT-AAGTAGGAAAG----TT--ATA----CT-A-AG-A-T-GGA------------GAAC-GTGT-TTTGAACTATATTT-A-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAAGTGACA---G-TTGTAAAAATGT-AA--GATAT--AT-ATATATATATATATATATATATAAAGA-----AAGT--C-TT--GTATTCGG----T-GTTAG--TTAT-GTGTGATGTTGAAAC
gi|86006 : G--AGA----CT-A-AG-A-T-GGG-AG-T----TTTG---------TTTGAACTATGTTT-A-AAAGCGTGCATAT-GTGTT--A-AT--AG--AATTC-ATTTCAGTT-T--AAACGAAA---G-ATGTAATAATAT-A----GAAT--AA-ATGTATATCGATA-----------AGG-----AA------CT--GCGCTTTC----T-GTTAGTTTG-T-GTTTGATGT
gi|86007 : -T-GGG-A-----ACTTTG---------TCTGAACTACATTTT--GAAGCGT--ATATCGTGTTTAA-GT--AG--TGACA-ATTACAGAT-T-TAAATGAAA---G-ATGTAATAATGT-AA--GAA-T--AATATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCGCGCTG----T-GTTAG--TTGT-GTGCGATGTTAGAAC
gi|86008 : -TTTGAATTATGCTTTA--AAGCGT--ATATCGTGTTTAA-GT--AG--AGACA-ATTGCAATT-T-AAAATGAAA---G-ATGAAATAATGT-AA--AAAAT--A-----TATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GAGCACTG----T-GTTAG--TG-T-GTGCGATGTTG
gi|86009 : gaaactttg-TTCGAACTATGTTTT--GAAGCGTATACAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAA-TGAAA---G-TTGTAATAATGT-A----GAAT--AA-ATATATAT----------------CGG-----AAAGGAA-CT--GCGTTTTC----T-GTTAGTCTG-T-GTGTGATGTTGGAACA
gi|86010 : -TTGGAACTATGTTA-A-GAAGCCTACATAT-GTGCT-AA--T--AG--AAAGC-ATAAAAGTT-T-AAA-CGACA---G-TTGTAAAAATGT-----GGAAT--AA-ATATATAC----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAGT-TGA--GAGTGATGTTGGAACA
gi|86011 : -TTTGAACTCTGTTTT--GAAGCGTACATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T--AAATGAAA---G-ATGTTAGTATGT-A----AAAT--AA-ATATATAT----------------CGA-----AAA
gi|86012 : -TTTGAACTATGTTTTA--AAGCGCACAAAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTA-T--GAACGATATATG-TTATAAGAATGT--A--GAAGTAAAA-ATCTGTAT----------------AGAT----AAAC--A-TT--GCGTTTTG----T-GTTAG--TTCT-GTG
gi|86013 : GGACTATGTTA-A-CAAGCTTGCGTAT-GTGTT-AA--T--AG--AATGT-ATTAAAGTT-T-AAA-TAACA---G-TTGTAATACTGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTT----T-GTTAG--TTGT-CTGTGATACTGGAACA
gi|86014 : AC-GTTTT-TA-AT--AT--AATT--ATTTAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAATAATGTAAA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------GGA-----AAGT--C-AT--GCTTTCTATCCTT-GTT----TG-T-GCGTGATGTTGGAACA
gi|86015 : aaaccgcagaaAT-GTGTT-AA-ATTCAGTCACTTC-ACT-------T-AAAGTGACA---G-TTGTAACAATGC-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-TT--GCATTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTGTGATGTTTAAACA
gi|86016 : -AAAATG------G-TTG-----ATGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------ATATATATAAAT--G-CT--GCTTTATG----T-GTTAA--TAATGGTGCGATAGTGAAACA
gi|86017 : ttgaaaaTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCATTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCAATGTTGAAACA
gi|86018 : TATAT----------------AGA-----AAAT--C-AT--GCATTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCAATGTTGAAACA
blockSeqs : AA C T AGTT G AT T TTTAG T GAAT A TC GC A T TA C CT T CA AGATTAG GATG G TGGACTT AT GATG C GTGTTTG A AGGT A C C A T AGCATACTTTGAACCGTAT T C G T T CA TC TC G C AA A TAT T A AG AA T ATATATATATATATAA TATAT GA AT AC G A TCCT A TT GA G
blockSeqs : AT G T . T . T GC . . G TT . . . T . . T C AAGAGG . A GGAACTT A GATG . TGTA A . . . . . T AGCGTACTTTGAATCGTAT T . G C T A . . . . AA A . . . . . . CGATA T GA G . G A . . TT AA .
blockSeqs : GA C G . T . . TC . . A . . . . T . . . . GAC . G TGATAT A GGTG . TGTT A . . . . . . AATGTACTTTGAATCGTAT T . G C . A . . . . AA A . . . . . . AA . . G . A A . . TC GA .
blockSeqs : GA C G . . . . AC . . A . . . . T . . . . AA . G TGATAT T GATG . AGTT T . . . . . . AACATACTTTGACTCGTAT T . C . . A . . . . A A . . . . . . . . . G . G A . . T GA .
blockSeqs : GA C G . . . . TC . . A . . . . T . . . . GG . G TGGTTT T GATG . TATT T . . . . . . AGCGTACTCTGAATAGTAT T . G . . A . . . . A A . . . . . . . . . G . G A . . . GA .
blockSeqs : AC G T . . . . TC . . A . . . . . . . . . AA . A TGGTTT T GATG . TGTT A . . . . . . AGCGTACTATGAATCGTAT T . A . . A . . . . A A . . . . . . . . . G . G A . . . GA .
blockSeqs : AT G T . . . . CC . . G . . . . . . . . . AA . A TGATTT A GATG . AGTT A . . . . . . AGCGTACTTTGAACCGTAT T . G . . A . . . . A A . . . . . . . . . G . G A . . . GA .
blockSeqs : AA C T . . . . TC . . A . . . . . . . . . AA . G TGGTT A GATG . TGTT A . . . . . . AACGTACTTTGAATCATAT T . G . . A . . . . A A . . . . . . . . . G . G A . . . GA .
blockSeqs : GA G G . . . . TT . . A . . . . . . . . . GG . G TGATT T GGTG . CGTT T . . . . . . AGCGTACTTTGTACCGTAT T . G . . A . . . . A A . . . . . . . . . G . G A . . . GA .
blockSeqs : GC G A . . . . AG . . T . . . . . . . . . GA . A TGATT T AATA . AGTT T . . . . . . AGCTTATTTTGAACCGTAT T . G . . A . . . . A A . . . . . . . . . G . T C . . . TA .
blockSeqs : CA A T . . . . TC . . A . . . . . . . . . AA . A TGCTT A AATA . GTT A . . . . . . AACATACTTTGAATCGTA T . G . . A . . . . A A . . . . . . . . . C . T C . . . TA .
blockSeqs : TA C T . . . . TC . . G . . . . . . . . . GG . A TGATT A GGTG . CG T . . . . . . ACTGTACTTTGAT T . G . . A . . . . A A . . . . . . . . . C . T A . . . GA .
blockSeqs : GA C G . . . . TC . . G . . . . . . . . . GG . G TGGTT A GGTG . CG T . . . . . . GAACGACTGT T . G . . A . . . . A A . . . . . . . . . G . G A . . . GA .
blockSeqs : CG G G . . . . . . . T . . . . . . . . . AA . G TGGTT A GGGT . TG T . . . . . . TGAACATGT T . A . . A . . . . A G . . . . . . . . . G . G A . . . TA .
blockSeqs : A . T . . . . . . . A . . . . . . . . . AA . A TGGTT A GATG . TG A . . . . . . GAACGTAT T . G . . A . . . . A A . . . . . . . . . C . T C . . . GA .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . AA . G GGATT A GCGT . TG T . . . . . . AAACGTGT T . G . . A . . . . A A . . . . . . . . . T . G A . . . TG .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . AG . G AATG G TGGT . CG T . . . . . . GGTCTGGT T . G . . A . . . . A A . . . . . . . . . T . T C . . . TA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GG . A GTT A GGTT . CG T . . . . . . GAACGTGT T . G . . A . . . . A A . . . . . . . . . C . G T . . . TG .
blockSeqs : . . . . . . . . . GG . A TGG A AGG . TG G . . . . . . AAATAAG T . G . . A . . . . A G . . . . . . . . . C . T C . . . TA .
blockSeqs : . . . . . . . . . GA . A GTT . GAA . TG T . . . . . . AAATATG T . G . . G . . . . A A . . . . . . . . . C . T A . . . AA .
blockSeqs : . . . . . . . . . GG . A TG . GAT . TG T . . . . . . GACATAT T . G . . G . . . . A A . . . . . . . . . C . G G . . . TG .
blockSeqs : . . . . . . . T . A GT . GGG . TG T . . . . . . GACATAT T . C . . A . . . . A A . . . . . . . . . C . T C . . . TA .
blockSeqs : A . C . . TT . TG T . . . . . . AGTTTTG . . G . . A . . . . A A . . . . . . . . . C . T A . . . TG .
blockSeqs : . . . . . . TG T . . . . . . AAATGTG . . G . . . . . . . T A . . . . . . . . . A . T A . . . GA .
blockSeqs : . . TG T . . . . . . AACTTTG . . T . . . . . . . A G . . . . . . . . . C . T C . . . TC .
blockSeqs : . . . G . . . . . . GGACGTG . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . T . A C . . . TG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AGTTTTG . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C . G T . . . TA .
blockSeqs : . . . . . . . AACTTTG . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C . G C . . . AA .
blockSeqs : . . AACGTG . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C . G C . . . GA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C . G T . . . GA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C . T C . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . G T . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . T C . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . T C . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A C . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . T A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A A . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . A A . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : AGTTTACTTTGG-GAAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GA----G----TTGAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-NT--GCGTTNTG----T-GTTAG--TGAT-GTGCGATGTTGAAACA
finalCons : AGTTTACTTTGG-GAAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GA----G----TTGAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-NT--GCGTTNTG----T-GTTAG--TGAT-GTGCGATGTTGAAACA
Alignments
lowQualScore : 11111 111111111 4444444444444444444444 11 1111111111111111
lowQualScore : 555 3 1 5555 9 33 4 00000 2 4444 2 0 55 22 0 1 1 99 1 22 3 44 7777777777 3333 1 8888888888 55 0 55555 1 333333333 2 2222 1 1 1 1 2 8888888888888888888888 8 1 7 3 2 00 11 11 1 1 33 7 111 1 1 11 11 1 0000000000000000 33333 22 22 11 1 1 2222 1 55 22 1 0
lowQualScore : ... . . .... . .. . ..... . .... . . .. .. . . . .. . .. . .. .......... .... . .......... .. . ..... . ......... . .... . . . . . ...................... . . . . . .. .. .. . . .. . ... . . .. .. . ................ ..... .. .. .. . . .... . .. .. . .
lowQualScore : 111 5 6 0000 4 22 4 22222 1 5555 4 7 00 55 5 7 7 33 7 44 5 11 8888888888 4444 7 0000000000 22 6 22222 4 444444444 4 9999 4 4 4 3 7 2222222222222222222222 0 1 6 2 1 99 44 44 1 1 55 2 888 1 1 44 44 1 5555555555555555 55555 88 00 44 7 0 2222 0 44 44 1 8
consensus : AGTTTACTTTGG-GAAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GA----G----TTGAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-NT--GCGTTNTG----T-GTTAG--TGAT-GTGCGATGTTGAAACA
Reference ( family-539 ) : AGTTTACTTTGG-GAAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GA----G----TTGAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-NT--GCGTTNTG----T-GTTAG--TGAT-GTGCGATGTTGAAACA
gi|85978 : AGTTTACTT-GA-AAAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAGGAA--TT-AAGGC---AGTT-A----ACATGGGGGACACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTTAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTATTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAACGACA---G-TTGTAACAATGT-TA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAA--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTTCGATGGTAAAACA
gi|85979 : AGTTTACTTTGG-AAAGGCCAGGTGTACGGTCA----TGTAGGAA--TT-AAGGC---AATT-G----AC-TAAGGGAGA---GGTGTTAAG--A--TGGGATT-T-AG--ATAGTTGG-G--T-GTT--GTAGAA-TGC----AA----G----TTGAGTTGCATGG---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CATACTTTGAACCGTAT-TTTGA-CTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AA--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGGCA---G-TTGTAACACTGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAC--TGAT-GTACGATGATGTAACA
gi|85980 : AGTTTACTTTGA-ATAGGCGAGGTGTACGGTCA----TGTAG-AA--TA-AAGTC---AGTT-A----ACATTGGGGAGACCAGCTGTTATG--A--TGGGTTT-T-AC--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GG----A----TTAAGTAACATGGAC-T-T-TA--GA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGAATCGTAT-TTTGAAATATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--TTGTTATG----T-GTTAA--TAAT-GTGCGATGGTGAAACA
gi|85981 : AGTTTACTTTAA-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAG-AA--TTTCAGAC---AGTT-A----ACACTAGGTAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGTTTT-T-AG--ATGGTTGT-G--T-GTT--GTAGATATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGA---T-T-GATTAT-GATAATGGTT-GGTGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AAA----CTAA-AA-A-T-GGG-AA-TGTACTTTGAATCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAATAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AATT--C-GT--GCATTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAAATA
gi|85982 : AGTTTACTTTGA-GAAGGTCAGGTGGACGGTCA----TGTAA-AA--TT-AAG-----AGTT-A----ACATTAGGTAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGA---T-T-GATTGT-GATAATGATT-GATGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----TA-A-AA-A-T-GGG-AA-CATACTTTGAATCGTA--ATTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCGCAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-TAAAAATGACA---A-TTGTAAAAATGT-AA--AAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAA--AGAT-GTTCGATGGTGAAACA
gi|85983 : AGTTTACTTTGA-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAA-AA--TT-AAG-----AGTT-A----ACATTAGGTAGACCAGCTGCTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGC---T-T-GATTAT-GATAATGATT-GATGTTT-AAGTAGCAAC-----TG--ATA----TA-A-AA-A-T-GGG-AA-CATACTTTGACTCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-TAAAC-TGCGCAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAACGTT-TAAAAATGATA---G-TTGTAATAATGT-AA--AAAAT--AA-ATGTATATAA--------------AAA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAAACA
gi|85984 : AGTTGACTAAGG-ACAGGCGAGGTGTACAGTCA----TATAA-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAGG--A--TGGCTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GG----A----TTAACTTGCA-GGAACT-T-TA--GA-GATAATGGTT-GATGTTA-AAGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTCTGAATAGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAACG-GCACAT-GTGTT-AA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTACGATGGTGAAACA
gi|85985 : AGTTTACTTTGG-ATAGGCGAGGTGTACAGTCA----TGTAG-AA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTGGGGAGACCAGCTGTTAAA--A--TGGGTTT-A-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGCA---GATTAGA----TTAAGTTGCATG--------GACTTATGATAATGGTT-GATGTTT-ATGTAGGAAC-----CG--AAA----CT-A-AA-A-T-GAG-AG-CGTACTATGAATCGTAT-TTTAAACTATATTTTA-GAAAC-----TGT-GT-TT-CA-AG--A---AATTC-ATTAAA-TT-T-AAAA-GACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAATT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAAACA
gi|85986 : AGTTTACTTTGG-AAAAG--AGGTGTACGGTCA----TGTAGTAA--TT-AAGCC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGTTTTT-T-AG--ACGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----GA----G----TTGAGTTGCATGA---T-T-GATTGA-GATAATGGTT-GATGTTA-AAGTAGGA-------------A----CT-A-AA-A-T-GAG-AG-CGTACTTTGAACCGTAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCATAT-GTGTT-AA-AT-------ATTC-ATTAAAGTT-T--AAATGACA---GTTTGTATCAATGT-TA--GAAAT--AA-ATGTTTAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-
gi|85987 : AGTTTACTTTGG-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAG-AA--TTTCAGTC---AGTT-A----ACATTAGGTAGACCAGCTGTT-------------TT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----G----TTGGGTTGCATGG---T-T-GATTAT-GATAATG-------------------AAC-----TG--AAA----CT-A-AA-AAT-GGG-AA-CGTACTTTGAATCATAT-TTTGAATTATATTTTA-GAAAC-TGCACATTGTGTT-TA-AT--AA--AATTC-ACTAAGATT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATAT-AA--AAAAT--AA-ATGTTTAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCGTTATG----T-GTAAA--TGAT-GTGCGATAGTGAAACA
gi|85988 : AGATTACTTTGG-GCCGGTGAGATGAAAGGTC-------TGG-TT--TT-AGTTT---AGAT-AGAATACTTTTGAAAGTTGGGCGATTAAG--A--CGCGTTT-TTAGTAAAGTTTGG-C--T-GTT--GTTGAAATAC----GG----G----TTAAAATGCA--G---T-T-GTTT-----------TT-----TTA-AAAAAGGAAC-----TGTAATA----CT-A-AA-A-T-AGG-AA--ATA-----------AG-TTTGAACTATATTTTA-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TGTTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAAT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTGTAATGTTGAAACA
gi|85989 : TTTACTTTGG-CA-GGCGAGATGTTAAGTCAAGTTTTTAG-----TT-TAGAG---AGTTTG----ACTTT-GGGAGGCAAGATGTGAAG--A--AGCGTTTAT-AGT-ATGGTTTG-G--TTGAT--TTAGAAATGC----GG----A----TTAAAT-GCA--G---T--------------GTGGTT------TT-AAATAGGAAC-----TGTTATA----CT-A-AA-A-T-GGG-A-----------AA---TATGTTTGAACTATATTT-A-GAAACGTGCATAT-ATGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--AAA-----------ATAT----------------TGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTG
gi|85990 : TTTACTTTGA-TAAGGCAAGGTATACGGTCA----TGTAG-GAATTT-AAG-----AGTT-A----ACATTAGGTAAACCAGCTGTTATG--A--TGTGTTT-T-AG--ATGGTTTG-G--T-GTT--GTAGAAATGC----AA----A----ATAGGTTGCATGG---T-T-GATTAT-GATAACGATT-GGTGTTT-AAGTAGGAAC-----TG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CGTACTTTGTACCGTAT-TTTTAACTATATTTTA-AAAAACTGTACAT-GTGTT-AA-AT--TG--AATTC-ATTAAAGTT-TAAAAATGAAA---G-TCGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAG----------------AGA-----AAAT--TATT--GTTTTATA----T-GT
gi|85991 : TTTATTTTGG--AAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAA-TA--TT-AAG-----AGTT-A----ACATGGGAAAGACGGGTTGTTCAG--A--TTGGTTT-T-AG--A-GGTTGG-G--T-GAT--ATAGAAATGC----AA----A----TTGAGTTGCATGA---TAT-GATCGA-GATGATGGGT-AATATTT-AAATAGGAAC-----TG--ATA----CA-A-AA-A-T-GGG------------GA--CATAT-TTTGAACTATATTTTA-GAAAC-TGCACAT-GTGTT-GA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAA---C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAA-ATGCGATGGTGAAACA
gi|85992 : TTTACTTTGA-GAAGGCCAGGTGGACGGTCA----TGTAG-AA--CT-AAGTC---AGT--A----ACATGGAGAAGACAGGTTGTTCAG--A--TGGGTTT-T--G--ATGGTTGG-G--T-GAT--ATAGAAATGC----AA----G----TTGAGTTGCATGA---TAT-GATCGA-GATGATGGGT-AATATTT-AAATAGAAAC-----TG--ATA----CA-A-AA-A-T-GGG------------GA--CATAT-TTTTAACTATATTTTA-GA------CACAT-GTGTT-GA-AT--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATAT-AA--GAAAT--GA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAA--C-GT--GTGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATGGTGAA
gi|85993 : TTTACTTTGGCG--GGCGAGATGTTAAGTCA----AGT-------TT-TAGTTTAGAGTT-T----TAATTTGGAAGGCAAGATGGAAAG--T--CGAGTTT-T-AG--TTTATGGA-GCTT-ACT--TTAGGA-CGC----GAC---A----TTAAGTTGCATGG---T-TTGATTGA-GATAATGGTT-GGTGTTA-AAGTAGGAAC-----TG--ATA----CT-A-AACA-T-G-------------TGAAC-ATGT-TTTGAACTATATTT-A-GAAACGTGTATAT-GTGTT-AA--T--AA--AATGT-ATTCAAGTT-T-AAA-TGATG---G-TTGCAACAATGT-AA--AAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--TCTTTCTG----C-GTTAG--TTAT-GTATGATGTTGAAACA
gi|85994 : ----TGTAGTAA--TT-AAGTC---AGTT-A----ACATTAGGGAGACCAGCTGTTAAG--A--TGGGTTT-T-AG--ATGGTTGG-G--T-GT---GTAGAAATGC----AG----G----TGGAGTTGCATGG---T-T-GATTAA-GATAATGGTT-GGTGTTT-AAGTAAGGAC-----TG--AAA----CT-A-AA-A-T-GGG-AG-CTTATTTTGAACCGTAT-TTTTAACTATATTTTA-TAAACA-GTACAT-GTGTA-AA-AT--AG--AATAC-ATTAAAGTT-T-AAAATGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAAT--C-TT---TGTTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCGATTCTGAGAC
gi|85995 : -AAGTC---AGTT-T----ACTTCGGGCAGGCGAGATGTGAAGTCA--TA--TTT-T-AG---T--TTAGCG--A-GTT--TTA------C----T----------TTGGGATGCA-AA---T-G-GGTTAA-GGCA---GTT--AGGTTTCAAGTAGGAACAG---TT--ATA----CT-A-AA-A-T-GGG------------GAAC-GTAT-TT-GAACTATATTTTA-GAAGTGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAAGTGACA---A-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATATAAAT----------------AGA-----AAGT--C-TT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTGT-GTGTGACGTTGAAAC
gi|85996 : aggaagaC---AGTT-C----A-ATCTGGGAGTCCAGGTATTAAG--AGCTGGGATT-G-AG----GCTTGG-G--C-AGA--GTAGGAAC-------A----G----TT---TTGGATGG--------------GATA--GGCA-GAA---C-AAGGAG---------------A----CT-A-AG-A-T-GGG-AG-T----TTTG---------TTTGAACTATGTTT-A-AAAGCGTGCATAT-GTGTT--A-AT--AA--AATTC-ATGTAAG-T-T-AAAACGAAA---G-ATGCAATAATGT-A----GAAT--AA-ATGTATAT----------------CGA-----AAAGGAA-CT--GCGCTTTC----T-GTTAGTTTG-T-GTGTGATGTTGGAATA
gi|85997 : GGAGGCAAGATGTTAAG--A--CGGGTTT-C-AGT-ATGGTTTG-A--TTGTT--GTAGAAATGA----GG----G----TTAAAATGCA--G---T-T-G-TTG----------TT---TTTTT-AAATATGAAC-----TATTATA----CT-A-AA-A-T-GAG-A-----------AAC-GTGT-TT-GAACTATATTT-A-TAAACGTTCATAT-GGGTT-TA--C--AG--AATTTGATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATGTATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTGTGACGTTGAAACA
gi|85998 : GTTAAG--A--CGCGTTT-T-AGT-GTGGCCGG-G--T-TTTCAGTAGAAATGC----GG----G----TTAAGATGCA-----------ATTG-------------GAT-TTT-AAATAGGAAC-----TGTTATG----CT-A-AA-A-TTGGG-AA-CGTG--------------TTTGAACTATGTT--ACGAAGCGTGAATAT-GTGTT-GACAT--A----ATTT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTACTAAAGT-AA--GAAAT--AA--TATATAT----------------AGA-----AAGT--T-CT--TCTTTATG----T-GTTGG--TTGT-CTGTGATGTTGAAACA
gi|85999 : TAAGTTA--TGAGTTT-T-AA--GTGGCAGA-A--T-ACT---TCGGGATGT----GA----GGATGTTAAG--ACGGGA---T-T-TATTGA-GAGGATGTTT-GG-GTTT-AAGTAGGAACAG---TT--AGA----TT-A-AG-A-TTGGG-GG------TCTGG------T-TTT-AACTATGTTT-A-GAAGCGTGCATAT-GTGTT-AA-AT--GG--AATTC-ATTAAAGTT-T--AAACGAAA------TGTAATAATGT-AA--GAAA---AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CTACGCGTTGTG----TAGTT----TG-T-GTGTGATGTTGGAACA
gi|86000 : GTTT-C-AGT-ATGGTTTG-G--T-TTTC-GTATAAATAC----GG----G----TTAAAATGCA-----------ATTGG-G--------------TTT-AAATAGGAAC-----TGTTATA-----T-A-AA-A-T-GGG-A-----AATGTG---------TTTGAACGATATTTT--GAAACGTCCATAT-GTGTT--G-AT--AG--AATTT-ATAAAAGAT-T--AAATGA
gi|86001 : AAATGCAAGAGG----G----TTAAGTTGCATGG---T-TTGATCAA-GATG-CAGTT-GGGTTTT-AAATAGGAAC-----CGTTATA----CT-A-AA-A-T-GGGGAA-CG--------ACTGT----TTGAACTATGTTT-A-GAAACGTGCATAC-GTGTT-AA--T--AG--CATTT-ATCAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGCAACACTGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AAA-----AATT--C-CT--GCTTTCTG----T-GATAG--TTAT-GTGTGATGTTGAAACA
gi|86002 : ----TTCAGTTGCATGA---T-TTGATTGA-GATAATGGTT-GATGTTT-AAATAGAAAC-----TG--ATA----CT-ACAA-A-T-GGG-AC-TGTACTTTG------AT-CTAGA-------TTTA-GAAAAAAACATAT-GTGTT-AA-AC--AG--AATTC-ATTAAAGTTCT---AATGACA---G-TTATAACAATGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAAT--C-CT--GCTTTACG----T-GTTAA--TAAT-GTGCAATAGTGAAACA
gi|86003 : aATGGTT-GCGTTTT-GAGTAGAAATGTGTTTG--TTAAGGTCT-G-AG-A-T-GGG-A-----ACTTTG---------TTTGAACTATGTTT-A-AAAGCGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAATAATGT-AAAGAAAAA--AA-ATATATAT----------------GGA-----AAGT--C-AT--GCTTTATG----------------T-GTGCGATGTTGGAACA
gi|86004 : gttgtttttagtATGATGGTTTGGT-TTT-AAGTAGGAACAG---TT--ATA----CT-A-AG-A-T-GGG-GGACGTG--------------TTTGAACTATGCTT-A-GAAGCGTGCAT---GTGTT-AA--T--AG--AATGT-ATTAAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAATAATGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GCAAG--TTGT-GTGTGATGTTGGAACA
gi|86005 : GTT-GGTTTTT-AAGTAGGAAAG----TT--ATA----CT-A-AG-A-T-GGA------------GAAC-GTGT-TTTGAACTATATTT-A-GAAACGTGCATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTT-ATTAAAGTT-T-AAAGTGACA---G-TTGTAAAAATGT-AA--GATAT--AT-ATATATATATATATATATATATAAAGA-----AAGT--C-TT--GTATTCGG----T-GTTAG--TTAT-GTGTGATGTTGAAAC
gi|86006 : G--AGA----CT-A-AG-A-T-GGG-AG-T----TTTG---------TTTGAACTATGTTT-A-AAAGCGTGCATAT-GTGTT--A-AT--AG--AATTC-ATTTCAGTT-T--AAACGAAA---G-ATGTAATAATAT-A----GAAT--AA-ATGTATATCGATA-----------AGG-----AA------CT--GCGCTTTC----T-GTTAGTTTG-T-GTTTGATGT
gi|86007 : -T-GGG-A-----ACTTTG---------TCTGAACTACATTTT--GAAGCGT--ATATCGTGTTTAA-GT--AG--TGACA-ATTACAGAT-T-TAAATGAAA---G-ATGTAATAATGT-AA--GAA-T--AATATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCGCGCTG----T-GTTAG--TTGT-GTGCGATGTTAGAAC
gi|86008 : -TTTGAATTATGCTTTA--AAGCGT--ATATCGTGTTTAA-GT--AG--AGACA-ATTGCAATT-T-AAAATGAAA---G-ATGAAATAATGT-AA--AAAAT--A-----TATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GAGCACTG----T-GTTAG--TG-T-GTGCGATGTTG
gi|86009 : gaaactttg-TTCGAACTATGTTTT--GAAGCGTATACAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T-AAA-TGAAA---G-TTGTAATAATGT-A----GAAT--AA-ATATATAT----------------CGG-----AAAGGAA-CT--GCGTTTTC----T-GTTAGTCTG-T-GTGTGATGTTGGAACA
gi|86010 : -TTGGAACTATGTTA-A-GAAGCCTACATAT-GTGCT-AA--T--AG--AAAGC-ATAAAAGTT-T-AAA-CGACA---G-TTGTAAAAATGT-----GGAAT--AA-ATATATAC----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTG----T-GTTAGT-TGA--GAGTGATGTTGGAACA
gi|86011 : -TTTGAACTCTGTTTT--GAAGCGTACATAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTT-T--AAATGAAA---G-ATGTTAGTATGT-A----AAAT--AA-ATATATAT----------------CGA-----AAA
gi|86012 : -TTTGAACTATGTTTTA--AAGCGCACAAAT-GTGTT-AA--T--AG--AATTC-ATTAAAGTA-T--GAACGATATATG-TTATAAGAATGT--A--GAAGTAAAA-ATCTGTAT----------------AGAT----AAAC--A-TT--GCGTTTTG----T-GTTAG--TTCT-GTG
gi|86013 : GGACTATGTTA-A-CAAGCTTGCGTAT-GTGTT-AA--T--AG--AATGT-ATTAAAGTT-T-AAA-TAACA---G-TTGTAATACTGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-CT--GCTTTCTT----T-GTTAG--TTGT-CTGTGATACTGGAACA
gi|86014 : AC-GTTTT-TA-AT--AT--AATT--ATTTAAGTT-T-AAA-TGACA---G-TTGTAATAATGTAAA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------GGA-----AAGT--C-AT--GCTTTCTATCCTT-GTT----TG-T-GCGTGATGTTGGAACA
gi|86015 : aaaccgcagaaAT-GTGTT-AA-ATTCAGTCACTTC-ACT-------T-AAAGTGACA---G-TTGTAACAATGC-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------AGA-----AAGT--C-TT--GCATTCTG----T-GTTAG--TTAT-GTGTGATGTTTAAACA
gi|86016 : -AAAATG------G-TTG-----ATGT-AA--GAAAT--AA-ATATATAT----------------ATATATATAAAT--G-CT--GCTTTATG----T-GTTAA--TAATGGTGCGATAGTGAAACA
gi|86017 : ttgaaaaTATAT----------------AGA-----AAAT--C-GT--GCATTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCAATGTTGAAACA
gi|86018 : TATAT----------------AGA-----AAAT--C-AT--GCATTATG----T-GTTAA--TGAT-GTGCAATGTTGAAACA