lowQualScore : 11 1 2222 22222222 222 111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111111 222222222222 11111111 4444444444444444444 111111 222222222222 11111 222222222 11111
lowQualScore : 11 7 1111 0 1 7 00000000 99999 5 0 3 1 1 1 2222222 1 2 2 000 1 33 111111 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 11 111 11 1 2222 0 999999999999999999999999999999999999999999 2222 33 1 1 7777777 11111111111111111 222 111111111111 0 222 55555555 1 444 444444 222 2 55 222 55 1 999999 1 2 22 7777777777777777777 2 2 999 2 3 2 44 5 44 3 2 3 44 0 1 333333 666666666666 2 4 44444 6 666666666 66666 99 9
lowQualScore : .. . .... . . . ........ ..... . . . . . . ....... . . . ... . .. ...... . ...................................................................................................... . .. ... .. . .... . .......................................... .... .. . . ....... ................. ... ............ . ... ........ . ... ...... ... . .. ... .. . ...... . . .. ................... . . ... . . . .. . .. . . . .. . . ...... ............ . . ..... . ......... ..... .. .
lowQualScore : 00 0 1111 2 0 3 33333333 99999 7 3 8 2 2 2 5555555 2 4 4 555 1 00 888888 9 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 55 999 66 1 4444 5 555555555555555555555555555555555555555555 7777 00 2 2 1111111 88888888888888888 333 222222222222 4 333 44444444 4 222 000000 333 4 22 666 00 8 777777 8 0 88 1111111111111111111 7 7 333 5 8 7 33 2 77 3 5 5 66 3 1 666666 000000000000 4 4 33333 0 777777777 77777 22 2
consensus : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTATCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATCCAGTTATAGTTCCAAAACACTTT---AACCACGGTA-TACGAATAT---TN---TCTG--C-ACA-GCATGCAAGATT-AA-GAAAT-AA---T---TGCAGT-AA-CTT-AAATNATGACCT-TTACGT--TAATCA--TN-T-A--GA--A--AA----T--T-A--T-CCAAC---AT-G-T-----ATCTGT--N--CG---C----A----T--GG-AG------T---N-----GAAGATGCT-G--AACA---TTA--CTTTT-T----TAAATGCA------T-TCT----TT-TT--GTA-CAA-----------CA----A--A-G-A----A--TTA-N--N--TTA-------TTTC---AA---A---AC---ACGA---G--ATC---GT-TC--CA------TC---CACTN-AATG---T-TAAA-AA--G---CTGT-TATA-TG--G--AT-C-G-G----NCG--A-TC-AT---TCATACGAAGACA-ACATAAATC-TCTTCGAA-AGTGTTCA--AACTTTCATTCACGAATC---CAGAAGATT--------C-C-AATA-ATTAATTTCGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCGCAC-----CATGACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGATAATACTTTATATACG-----TA--TATGTGTGTGTGTGTGT
Reference ( gi|157922 ) : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTATCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAAAACTTGTTTTCATCCAGTTATAGTTCCAAAACACTTA---AACTACGGTA-TACGAATAT---TT---TCTG--C-ACA-GCATGCAAGACT-AA-GAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTT-AATTCATGATCT-TTGCGT--TAATCA--TA-T-A--GA--A--AA----T--T-A--T-CCAAC---AT-G-T-----ATCTGT--A--CG---C----A----T--GG-AG------T---G-----GAAGATGCT-G--AACA---TTA--CTTTT-T----TAACTGCA------T-TCT----TT-TT--GTA-CAA-----------CA----A--A-G-A----A--TTA-A--A--TTA-------TTTC---AA---A---AC---ACAA---G--GTT---GT-TC--CA------TC---CACTC-AATG---T-CAAA-AA--G---CTGT-TATA-TG--G--AT-C-G-T----CTG--A-TC-AT---TCATATGAAGACA-ACATAAATC-TCTTCGAA-AATATTCA--AACTTTCATTCACGAATC---CAGAAGATT--------C-C-AATA-ATTAATTTCGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACAC-----CATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGGCCAACC---------AGATAATACTTTATATACA-----TA--TATATGTGTGTGTGTGT
gi|157921 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTATCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAACATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATCCAGTTATAGTTCCAAAACACTTT---AACTATGGTA-TACGAATAT---TA---TCTG--C-ACA-GCATGCAAGACT-AA-TA--T-AC---T---TGTAGT-AA-CTT-AAATCATGATCT-TTACGT--TAATCA--TA-T-A--GA--A--AA----T--T-A--T-CCAAC---AT-G-T-----ATCTGT--A--CG---C----A----T--GG-AG------T---G-----GAAGATGCT-G--AACA---TTA--CTTTT-T----TAACTGCA------T-TCT----TT-TT--GTA-CAA-----------CA----A--A-G-A----A--TTA-A--A--TTA-------TTTC---AA---A---AC---ACAA---G--GTT---GT-TC--AA------TC---CACTC-AATG---T-CAAA-AA--G---CTGT-TATA-TG--G--AT-C-A-G----ACG--A-TC-AT---TCATATGAAGACA-ACATAAATC-TCTTCGAA-AGTGTTCA--AACTTTCATTCACGAATC---CAGAAGATT--------C-C-AATA-ATTAAATTCGTTTTAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACAC-----CATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGATAATACTTTATATACA-----TA--TATGTGTGTGTGTGTGT
gi|157923 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTATCAG--TTGCTTTCAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATCCAGTTATAGTTCAGAAACACTTT---AACCACGGTA-TACGAATAT---TA---TCTG--C-ACA-GCATGCAAGACT-AA-GAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTG-AAATCATGATCT-TTACGT--TAATAA--TA-T-A--GA--A--AA----T--T-A--T-CCAAC---AT-G-T-----ATCTGT--A--CG---C----A----T--GG-AG------T---A-----GAAGATGCT-G--AACA---TTA--CTTTT-T----TAACTGCA------T-TCT----TT-TT--GTA-CAA-----------CA----A--A-G-A----A--TTA-A--A--TTA-------TTTC---AA---A---AC---ACAA---G--GTT---GT-TT--CA------TC---CGCTC-AATG---T-CAAA-AA--G---ATGT-TATA-TG--G--AT-A-A-G----ACG--A-AC-AT---TCATATGAAGACA-ACATAAATC-TCTTCGAA-AGTGTTCA--AACTTTCATTCACGAATC---CCGAAGATT--------C-C-AATA-ACTAATTTCGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGATTCTGTAACAGCTACCTCAC-----CATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGATAATACTTTATGTTTG-----TG--TGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|157924 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTATCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCCTTATCAATACATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATCCAGTTATAGTTGCAAAACACT
gi|157926 : TTGCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTATCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATGATCAATTTATAAACGAAACATTATAAATACTTGTTTTCATCCATTTATAGTTCCAAAACACTTT---AACCACGGTA-TACGAATAT---TA---TCTG--C-ACA-GCATGCAAGACT-AA-GAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTT-AAATCATGATCT-TTACGT--TAATCA--TA-T-A--GA--A--AT----T--T-A--T-CCAAC---AT-G-T-----ATCTGT--A--CG---C----A----T--TA-AG------T---G-----GAAGATGCT-G--AACA---TTA--CATTT-T-----AACTGCA------T-TAT----TT-TT--GTA-CAA-----------CA----T--A-A-A----A--TTA-A--A--TTA-------TTT----AA---A---AC---CCAA---G--GTT---GT-TC--CA------TT---CACTC-GTTG---T-CAAA-AA--A---CTGT-TATA-TG--G--AT-CCG-A----C-G--A-TC-AT---TCATATGAAGACA-ACATAAATC-TCTTCGAA-AGTGTTCA--AACTTTCATTCACGAATC---CAGAAGATT------------------------TCGTTATAGTATTTTGTTTTCCTCCCCCGACTCTGTAACAGCTACCGCCC-----CATAACCTATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGATGATACTTTAAATACA-----TA--TAT----GTGTGTAT
gi|157927 : ATCAACAGTTTCGTTATGGAATCAACTACCAGAGTAGTTTTAAGAGAAGCACCGTCATTAACAACAAATAAACGGAATCTCCTAAATACTTGTTTCCACCCAGTTACTGTTCAAAATGACTTG---AAACACGGTA-AACGAATAT---TT---T-TGCAC-ACA-TCATGCAAGATT-AA-AAACT-AA---T---TGTAGT-AA-TAC-AAAACATGATGT-TTACGT--TAATCA--AA-T-T--GA--A--AA----T--T-G--C-CGAGC---AA-A-C-----TTCTAA--A--AA---C----A----T--AG-AG------T---G-----G-AGACGCTCGGTAACT---TTA--ATTTCAT----TAA
gi|157928 : TTACAATACCTCAACACTTT---TATTATGGAAATA-GAAAAT---TG---TCAG--TTATA-TTA-GCAAGATT-AA-AATAT-AA---T---TGTAGT-AA-TTT-AAATAATGACTTATTCCG---TAACCA--TATT-A--GA--ACTGA----T--T-C--T----------T-G-T--------TGT--C--CA---C----A----T--TG-TGGTCATAT---T-----GAAGATGCT-G--AGCA---TTA--TTTTT-T----CAAATGCA------CAAC------------ATA-CAGAACC-------CA----A--A-G------A--TTA-AC-A--TTA--------TTC---AA---C---TCT--ACAA---G--ATC---AT-TT--CA------CC---CTCT
gi|157929 : GTCCCAAAATA-TTATTTAAGT--GGTG-TAAGAATTT---CA---TCAA--T-ATA-CCATGCTCGAAT-TA-GAAAT-CA---A---TGTAGT-AA-TTTAAATTCA-GATTT-GTTTAT--AAATCA--CT-TGA--GAC-A--AA---------A--C-TCTAC---AT-G-T-----GACTGT--G---G---T----AG---T--GA-CA------T---T-----GAAGATGCA-G--AGCA---CTA--TTTTT-T----TAAGTGTAAACGC-T-ACG----TT-T----TA-CAA------------A----A--A-C-A--------CA-A--C--CTG-------TTTT---TG---A---CT---ACAA---G--AAT---TT-TC--CA------TC---C-CTT-GA-G---CACAAACAA--A---CTAT-TGTaagtacacatcgccttctatacggagatgaaagactatctcatgttagcaatattattatagtcaaagcggtacaatactatatcaaagaatctaaacgctttgcataatcttatttatgttttcctgtcttgttttt
gi|157930 : AAAATATTTT---AACCACGGTA-TACGAATAT---TA---TCTT--C-ACA-GCATACAAGACT-AA-GAAAT-AA---T---TGTAGA-AA-CTT-AAATCATGACCT-GTACAT--TAATCA--TA-T-A--AA--A--AA----T--T-A--T-CCAAC---AT-G-T-----ATCTCA--A--CG---C----A----T--GT-AG------T---G-----GAAAA
gi|157931 : ACACTTT---TATTATGGAAATA-GAAAAT---TT---TCAG--TTATA-TTA-GCAAGATT-AA-GAAAT-AA---T---TGCAGT-AA-TTT-AAATAATGACTTGTTCCG---TAACCG--TATT-A--GA--ACTGA----T--T-T--T----------T-G-T--------TGT--C--CA---C----ATTG-T--GGTAA------T---ATT---GAAGATGCT-G--AGCA---TTATTTTTTT-T----TAAATGCA------CAAC------------ATA-CAGAACC-------CA----A--A-G------A--TTATC--A--TTA--------TTC---AA---C---TCG--ACAA---G--ATC---AT-TT--CA------CC---CTCTT-AA
gi|157933 : TATGGT--CACAAATAT---ATA--TCTG--C--TATGCATGCAAAATT-GC-GAACCCAA---A---TGGAGC-AA-CTT-GAACAATGACCT-TCACCT--TAATCA--TG-T-A--CA--C--GA----T--G-A--C-CCTTT---TT-G-T-----ACCTGT--T--CA---A----G----T--TC-TA------T---A-----GAAGATGCT-G--TTCA---TTA--CCTTT-T----TAGCTGCA------A-TCT----TT-TT--AGG-AAC-----------CA----G--A-G-A----A--TTG-T--C--TTA-------TTT
gi|157925 : actatagtATGGCA-AACGA---T---TTGTGTCTA--T-ACA-CCATGCTAGATT-GC-GAAAT-GA---T---TGCAGC-AA-CCT-AAATTATGATCT-TTATTT--TAATCA--TCTT-A--G-------A----T--T-AAGT-CCATT---TT-G-T-----AATTGT--A--GT---A----A----C--AC-AG------C---T-----GAAGATGCT-T--AACA---TTT--CTTTT-T----TAAATG----------TCT----TA-TT---TA-CAA-----------AA----A--T-G-AACGTA--TTG-T--C--TTG-------TTCC---AT---T---CT---ATTA---G--AAT---GT-TT--CA------CC---CATTA-AATT---T-AAAT-AA--A---CTGT-TGTG-TGGAG--ATGC-A-T---------A-TC-TC---TCATTTCAACAAA-ACATA
gi|157934 : attccatcaggtgtctttttatggaatcaactagatcatctgcatctttttcaatttttaaacataacatgcgtagtctgaatggaaacaaacatattcctttatattttatgcATGGTA-AACGA-TGTG--TC---TCAG--T-TTA-TCATGCAAGGCTTAA-GAAAC-AA---C---TGTAGT-AA-TCT-AAATGCCGATCT-TTGTAG--AAACCA--TC-T-G------------------C-A--C-CCATC---ACCG-T------TCTGT------------------------G-AG------T---GTTATAGAAGTTGCT-G--AACA---CTA--CTTCT-T----TAAATG--------T-CCT----AG-AT--ATAGCAAT----------CA----A--A-G-A----AACTCA-T--C--TTG-------TTTC---AAAC-A---AC---ACGA---G----C---AT-TA--CA------TC---CATTA-AATA---T-TAAT-CT--A---CTAT-TGAG-TG--G--A--A-G-TGAAACT---A-T--AT---CTATA-GAAGACA-ACATAA
gi|157936 : cACAGATAC---TTA--TCAA--C-TCT-GCATGCTAGAAT-CA-GAAAT-AT---C---TGCAGT-AA-TTT-GAATAGTGATAT-GTATTT--AAACCA--TT-T-A--AA--A--AA----T--A-A--T-CC-----------C-----GTCTGT--A--CT---T----G----T--GG-ATATT---T---GACC--GAAGATGCT-G--AGCA---CTA--CATTT-T----TAAATGTG------A-CTT----AT-AT--GTAGCTT-----------C-----A--A-G-A----A--TTG-A--T--TTT-------TTT---------A---GC---TCAA-------TTAGAGC-TC--AATTAAATTC---CACCC-AATAGGTT-TAAG-GAT-G---ATAT-TATA-TG--GCAAT-----T----CTA--A-TC-TT---GTATACGATGATA-ATA--------CTT---A-AATATTTA--AActattgtagatgctgtccataactttatt
gi|157937 : CGAATATACATTA--TCTG--C--TATGCATGCAGGATT-AC-GAAAC-AA---A---TGAAGC-AA-TTA-GAATAATGAGCT-TTACCT--TAATCAC-CA-T----GG--A--GA----T--G-A--A-CCTTT---TT-G-T-----ACTTGT--T--CA---A----A----T--TC-TA------C---A-----GAGGATGCT-G--AGTA---TTA--CTTTT-T----TAGTTGCA------A-TTT----GT-TTAGGGA-C-------------CA----G--G-G-A----A--CGG-T--C--TTA-------TTT---------A---AC---TCAACTGG--GGA---GT-TT--CA------CC---CATTA-AAgctgtacaacactttaat
gi|157938 : GGATAT---AG---TCTG--T-AGA-ACGAACACGTTT-AA-GAAAT-GG---T---TGCAGT-AG-CCT-AAATTATGATTT-ATGTGT--TAA-CA--AA-T----TA--A--AA----C--T-ATTT-TCAAC---TT-G-TGGAGAATGTGT------G---C----A----T--GA-AA------A---A-----GAGGACGCC-G--AACA---CTA-----TT-T----CA--TGCAATGTCCT-TCT----TT-TT-----------------------------------------TTA-A--A--TGATCGTCCCTTTC---AT---GCT-AC---AC--------GTC---ATCTT--CA------T----CACTTAAATG---T-TAAA-AC--C---TTAT-TACA-CG--G-------G-A----GTG--A-TG-ATATCTCAGACAATGAAA-AAAAAAATTATATTTTAACAATGTCCA--AACTTACATTAAAGA--C---TA-AACATT--------T-T-GATA-AACAAT
gi|157943 : ---TCTG--T--CATGCACGCAAGACT-AA-GAAAC-AA---T---TGTAGC-AC-CCT-AAATAATGACCT-TTACTT--TAACCG--TCTT-A--GG--G--AA-------G-A--T-CCGTT---TT-G-T-----ACATGT--T--CA---A----A----T--TC-TA------T---T-----GAAAACGCT-G--ATCA---TTA--CTCTT-T----C-GCTGTA------C-TCG----TT-AT--AGA-AAC-----------CA----G--A-G-A----A--CTG-T--T--TTA-------TTCC---AATGTA---AT---TAGA---G--A-----AT-TC--CA------TC---CCCTC-AATA---T-TGAT-TT--G---CTTT-TATT-TG--G--A
gi|157944 : ta---TCTG--T-AAT-GCACGCAAGATT-AC-GAAGC-AA---T---TGTTG--AA-CTT-AAT-AATGACCT-TCATCT--TAACCA--TC-T-AAGGG--A--AG---------A--T-CC---------G-T------TTTAT--A--CG---T----G----TTTAA-AT------T---GTTTT-GAAAATGCT-G--AGCA---TTA--CTTCT-T----ACTCTGAA------C-TCA----TT-AA--AGA-AAC-----------CA----G--A-G-A----A--CTG-T--T--TGA-------TTTC---AA---T---GT---AAAA---G--ATA---AT-TA--TA------TC---CACTC-TGTA---T-TAAT-CA--A---CTAT-TA
gi|157940 : taCA-ACATGCCCGTTT-AA-GGAAT-GA---T---TGCAGT-AA-CTG-AAATGGTGATCT-ATATAT--TAACCA--CC-T-A--AG--G--GA----T--A-G--T-CCGTT---TT-G-T-----GTTTGT--G---G---T----AG---T--GA-AC------T---T-----GAAGATGCA-G--AACA---TT
gi|157939 : attagcagtt-GCACACAAGACT-AC-GAAGC-AA---T---TGTAGC-AA-CCT-AAATTATGACCT-TTACCT--TAACCA--TCTT-A--GG--G--TA-------G-A--T-CCATT---TT-G-C-----ACGTGT--T--CA---A----A----T--TC-TA------T---T-----GAAAACACT-G--ATCA---TTA--CTTCT-T----TCACTGTA------C-TCA----TT-AT--AGA-AAC-----------CA----G--A-G-A----A--CTA-G--A--ATA----------C---AA---GCATAC---ACAA---A--GT
gi|157942 : atatgtgtcat-GCATGCTAATTT-AA-GAAAT-TA---C---TGCAGT-AA-TTT-AAATAAAGACTT-TTATAT--AAACAA--TC-T-----A--A--AA----T--TCA--G-CC--C---AT----------TCTGTAAA--TG---CAGCGA----T--AC-AA------T---T-----GAGAATGCA-G--AACA---CTT--TTTCT-T----TAAATG--------T-CCC----AT-TT--ATA-GAATT---------CA----A--A-G-G----C--TTA-T--A--CTC-------TT-----AA---AT--AA---ACTA---T--ATT---GT-TT--CA------CC---CTCTT-AATG---T-TCAA-AA--A---CAAT-TATT-TG--G--A
gi|157932 : ttatctgtttt-GCATGCAAGA-T-AGCGAACC-AA---A---TGTAAC-AA-CTT-GAACAATGACCT-TTACCT--TAATCACCT--T-A--G------------T--C-A----CCTACGCGAT-GAC-----ACCTGT--T--CA---A----A----T--TC-TA------T---A-----GAAGATGCT-G--ATAA---TTA--CCTTT-T----TAAATGCA------A-TCT----TT-
gi|157945 : accctcttaccatagtgatggtcagatatatatagctgctat-GCATGCTAGAAT-CA-GAAAT-AA---C---TGCAGT-AA-TTTGAA--CA-GA--------GA--TATTTA--TT-T-A---A--A--AA----T--A-A--T-CC-----------C-----GTCTGC--A--CT---T----G----T--GG-ATATT---T---GACT--GAAGATGCT-G--AGCA---CTA--CATTT-T----TAAATGTG------A-CTT----AT-AT--GTA-GCT-----------TG----A--A-G-A----A--TTG-A--A--TT
gi|157941 : CATGCAAGGCT-TA-GAAAT-AA---C---TGTAGT-AA-TTT-AAATGCCGATCT-TTGTAG--AAATCA--TC-T-G------------------C-A--C-CCATC---AC-C-T-----TTCTGT--G--AGTGTC----A----T--GA-GG------TTATA-----GAAGATGCT-G--AACA---CTA--CTTCT-T----TAAATG--------T-CCT----AG-AT--ATA-GAAAT---------CA----A--A-G-A----C--TCG-T--C--TTGT------TTTC---AAAC-A---AC---ACGA---G----T---AT-TA--CA------TC---CATTA-AATA---T-TAA
gi|157946 : ttatcgtgcaagtgtatCATTCCAGGTT-AA-GAAAT-AA---C---TGCAGT-TA-TAT-AAATAATGACCT-ATATAT---AACAA--TC-T-A------A--AA----T--TCA--C-CC--C---AT----------TCTGT--AAATG---C----AGCGAT--AC-AG------T---T-----GAGGGCGCA-G--AACA---TTT--TTTCT-T----TAAATG--------T-TCC----AT-TT--ATA-GAAAT---------CA----A--A-G-A----C--TGA-T--A--TTC-------TTTC---AA---T---CA---ACTA---G--ATT---GT-TT--CA------CC---CTCTT-AATG---T-TAAA-AA--A---CTAT-TATT-TG--G--tctactactgagtggaagtgaaactatatctatagcagataacataactattgtagatgctgtccataactgtattaaagatacccatagatttttatataat
gi|157948 : CATGCTAGAAT-TA-GAAAC-AA---T---TGCAGCGAA-CTT-AATAAA-GACCT-TTTTCT--TAATCA--CT-T-A--AG--ACCAA---------A--C-GCTAT---AT-G-T-----GATTGT--T--CA---A----A----C--GG-AG------T---A-----GAAAATGCT-G--AACA---TTT--CTTTT-T----TCAATGCA------G-TCG----TT-----------A-----------CA----G--A-A-A----T--CTA-A--A--ATATTCACT-TTTC---CA---A---TCT--ACGA---G--AGA---AT-TC--TA------TC---TGCTT-AATA---T-TAAcgataaga
gi|157949 : CATGCAAGGCT-TA-GACAC-AA---C---TGTAGT-AA-TTT-AAATGCCGATCT-TTGTAG--AAATCA--TC-T-G------------------C-A--C-CCATC---AC-C-T-----TTCTGT--G--AG---T----G----TCAAG-AGGTTA--T---A-----GAAGAT-CT-G--AACA---CTT--CTTCT-T----TAAATG--------T-CCT----AG-AT--ATAGCAAT----------CA----A--A-G-A----T--TCG-C--C--TTG-------TTTC---AAAT-A---AC---ACGA---G----C---AT-TA--CA------TC---CATTA-AATA---T-TAAtgtattactatttggaaataagaatctaaaattgaatgaaaacattcacat
gi|157947 : CATGCAAGACT-CA-GAAAC-AA---C---TGTAGT-AA-TCT-AAATGCCGACCT-ACGAAG--AAATCA--TC-T-G------------------C-A--T-CCATC---ACCG-T------TCTGT--G--AG---T----A----T--CA-AGAAATTAT---A-----GAAGATGCT-G--AACA---CTA--CTTCT-T----TAAATG--------T-CCT----AG-AT--ATAGCAAT----------CA----A--A-G-A----C--TCG-T--C--TTG-------TTTC---AAAC-A---AC---ACGA---G----C---AA-TA--CA------TC---CGTTA-AATA---T-AAAT-AA--A---CTAT-T-TAGTG--G--A--A-G-T----GTA--ACTCTAT---CTATA-AAAGTTA-ACATAACTA-TTGTTGAT-GCTGTACA--TACTTTTCTTTA------------AAGAT--------------ACACATTAATATGGCTATAGTAtttactactgagtggaagtgaaactatatctatagcagataacatgactattgtagatgttgtccataactttattaaagataccca
gi|157952 : CATGCTAGAAT-TA-GAAAC-AA---T---TGCTGC-AAACTT-AAT-AATGACCT-TTTTCT--TAATCAATTA---A--GACCA--AACGCTT--T-A--T-GTGAT----T-G-T-----TTC-----A------------A----T--GG-AG------T---A-----GAAAATGCT-G--AACA---TTT--CTTTT-T----CAA-TACA------G-TCA----T-------TA-CAG-----------AAATCTA--A-G-AT---A--TTC-A--C--TT--------TTCC---AA---T---CT---ACGA---G--AGA---AT-TT--CA------TC---TGCTT-AATA---T-TAA
gi|157951 : CATGCACGTTT-AA-GAAAT-GG---T---TGTAGT-AA-CCT-AAATTATGATTT-ATTTGT--TAA-CA--AA-T----TA--A--AA----C--T-ATTT-TCAAC---TT-G-TGAA--AAATGT--G--GG---C----A----T--GA-AA------A---A-----GAGGACGCC-G--AACA---CTA-----TT-T----CA--TGCAATGTTCT-TCT----TT-TT---TA--AA-----------TG----AT-C-G-A----C--TTC-G--T--CTC-------TTTC---AT---G---CT---ACAC---GTCATC---GT-----CT------TC---CTTTA-AGTG---T-TAAA-AC--C---TTAT-TACA-CG--G-------G-A----GTG--A-TG-ATATCTCAGACAATGAAA-ATATTAATA-TAGTTAAC-AATGTCCA--AACTTACATTtgtattactatttcgaaagaagaatctaactttggacgaaagtattcaaatatttca
gi|157950 : CATGCACGTTT-AA-GAAAT-GG---T---TACAGT-AACCTT-AATT-ATGATTT-ATTTGT--CAA-CA--AA-T----TA--A--AA----TTGT-A--T-TCAAC---TT-G-TGAA--AAATGT--G--GG---C----A----T--GA-AA------G---A-----GAGGATGCC-A--AACA---CTA-----TT-T----CA--TGCAATGTCCT-TCT----TT-TT---TA--AA-----------CG----A--T-C-G----C--TTT-G--T--CTC-------TTTC---AT---G---CT---ACAC---G--CCA---CC-TT--CA------TC---CTGTA-AGTG---T-TAAA-AAC-C---CTGT-TACA-CG--G--GA-A-A-G----ATG--A-TA-TT---TCAGACGATGAAA-ATATTGCTG-TATTTAAC-AATGTCCA--AACTTATATT
gi|157953 : ATGCTAGATT-AT-GAAAT-AA---T---TACAGC-AA-CCT-AAATTAAAATCT-ATATTT--AAATCA--CC-T-T------A--AA----T--T-A--AACCATT---TT-G-T-----AACTGT--AG-CGA--C----A----C-----AA------C---T-----GAAGACGCT-G--AGCA---TTT--CTTTT-T----TAAATGCC------C-TAT----TT-AT---TA-AAA-----------TG----A--ACG-A----A--TTG-T--C--TTA-------TTCC---A
gi|157935 : TGCTAGAAT-TA-GAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-TTT-AAACAATGA--T-TTGTATAATAATCA--TC-T-----------------T--C-G--T--CAAG---AC-C-T-----ATTTAT--C--CT---C----AT---T--GT-GG------C---T-----GAAGATGCT-G--AACA---TTA--CTTTT-T----CAAATGTA------C-CA---------T--GTA-CAG-----------AA----ATCA-A-AT---A--TTA-ACCA---TG-------TTCC---AT---T---AA---ACAA---G--ACC---TT-TT--CA------TC---CTC-C-AA-G---T--ACT-AA--GTTTTTAT-TATA-TG--G--A----GAT----GTGAAA-AA-AG---ACATATGAAGAAA-ATATA
gi|157954 : acagtatgcgatactaccTGCTAGGTT-AA-GAAAT-AA---C---TGCAGT-CA-TTT-AAATAATGACCT-CT-----------A--TA-T-A--AA--C--AA----T--T-C--T-GTAA----AT-G-C-----AGCGAT--A--C------------------A-AG------T---------GAGGACGCA-G--AACA---TTT--TTTCT-T----TAAATG--------T-TCC----AG-TT---------------------A----A--A-GAA----A--TCA-A--AGGCTG-------TTTC---AGTC-A---AC---TT-----G--ATT---GT-TT--CA------CC---CTCTT-GATG---T-T-AA-AA--G---CTAT-TATT-TG--G--A
gi|157955 : GCAAGATT-AA-GAAGC-AAGTGTACATGTAGT-AA-TTT-AAATAATCATGT-GTTCCT--TTACCA--TA-TCA--GA--ACTAA----T--T-C--T-T-------AT---T-----ATCC----A--CG---CTGTGG----T--GA-AA------T---T-----GAAGATGCT-G--AGCA---TTA--TATTT-T----CAA----A-------------------T--GTA-CAACGAATAGAACCCA----A--A-G-A----T--TAA-A--A--TTA-------TCT---------A---ACTCGACAA---G--AGT---AT-TT--CT------CC---TACTA-AGTA-----CACA-GT--G---CCGTCTATA-TG--G--A
gi|157956 : ATCA--TA-T-T--GA--G--AA----T--T-A--C-CCAAC---AT-G-A-----A-CT---------------------------------------------------TGC-----AACA---TTA--TTTTT-T----TAATTGAA------T-TCT----CT-TT--GTA-CAA-----------CA----A--A-G-A----A--TTA-A--A--CTA-------TTTTTAAAA---A---AA---ACAA---G--GCT---GT-TC--CA------AC---CACTT-AAAG---T-CAAA-AA--T---CTGC-TATA-CG--G--CT-C-A-G----ACG--A-TC-AC---TCATATG-AGACATACATAAACC-TTT--------TATTCACGAA-------TCAAGAATCGGGCA-AAGATT--------CGT-AA-A-ATTAACTTCGTAATGGTATTTTGTTTCTC
gi|157957 : --GA--G--AA----T--T-A--T-CCAAC---A--G-TC----ACGTGT--A--CA---C----A----T--GG-AG------T---G-----GAAGAAGCA-G--AACG---TTA--CATGT-T----TACATGAA------T-TATATATCT-TT--GTA-GAA-----------CA----A--A-A-C----A--TTA-A--A--CTG-------TTTC---AA---A---AC---ATAA---G--ACT---GT-TC--CA------TA---TACTT-AGTG-----GGAA-CA--G---TTGT-TATA-TG--G--A
gi|157958 : AT---AT-G-T-----GATTGT--T--CC---A----A----T--GG-AG------T---A-----GAAAATGCT-G--AACA---TTT--CTTTT-T----TCAATGCA------G-TCT----TT-atcacac
gi|157921 : ---C----A----T--TG-AG------T---G-----GA-----TT-G--AACAACCTTG--TGTTT-TGAAATAATTTAA------T-TCT----TTGTT--GTA-CAA------------A----A--A-G-A----A--TGC-A--G--TTA--------------AA---A---AA---GTAA--------T---GT-TCAGCA------TCTTCCACTC-CATG---
gi|157959 : cattccatcaacagtttcgttgtggaataaactatcagttgctttaagggaagcaccatcattatcaacatataaacgaaaccttataaatacttgttttcatccagttatagttccaaaacactttaactatggtatacgaatattatctgcacagcatgcaagactaatatacttgtagtaacttaaatcatgatctttacgttaatcatatagaaaattatccaacatgtatctgtacgAA---G--GTT---GT-TC--CA------TT---AACTT-AATG---T-CAAA-AAAAG---ACGG-TATA-TG--G--AT-C-A-G----CCG--T-TC-AT---TCATACAAGGACA-ACATAAGTC-TCTTCGAA-AGTGTTCG--AACTTTCATCTACGAAT------------T--------C-C-AACA-ATTAATTTCGATATAGTATTTTGTTTTTCTCTTCTGGCTCTGTAACATCTACCACAA-----TATGACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAAtcaaaaagctgttatatggatcagacgatcattcatatgaagacaacataaatctcttcgaaagtgttcaaactttcattcacgaatccagaagattccaataattaaattcgttttagtattttgtttttctcccctgactctgtaacagctaccacaccataaccgatcgcgtgaatatcagtgaccaaccagataatactttatatacatatatgtgtgtgtgtgtgt
gi|157960 : ---CACTC-AATG---T-CAAA-AA--G---CTGT-TATA-TG--G--AT-C-A-G----ACG--A-TC-AT---TCGTATGAAGACA-ACATAAATT-TATTCGGA-AGTGTTCA--AACTTTCATTCACGAATC---CAGAAGATT--------C-C-AATA-ATTAATTATGTTATAGTATTTTGATTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACAC-----CATAACCGATCGCATGAATATCAGTGATCAACC---------AGATAATACTTTATATACA-----TA--TGTGTATGTGTGTGTAT
gi|157961 : G--A-TC-AT---TCATATGAGGA-A-ATATAAACC-T-TTATAA-AGTGTCCC--AATTTTCATTCACGAATC---AAGAAGATTGGATACAAC-TGAATA-CTTAACTTGGTAAAAGTATCTTGTTTCTCTTTCTTATCTCTGTCATATCTACTGTAG-----CAGGACCGATCGTGCGAATGACAATAACCAATCAGTCGTTAAAGATAGTAC-TTGTGTGCGAGCGTTA---ATGCGTGCGTATGTGT
gi|157962 : cCTATCACACTGTAACATGACCGATCGCATGAATGTCAGTGACCAACC---------AG------CTTTATATATA-----TATGTACATGTGTGTGTGTGT
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 111111 11111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44444444444444444444444444444444444444444 222222 1111111111 1111111 11 222222222222 222222222 11111
lowQualScore : 77 77 0 2222 44 3 6 2 0000 1 2 22 000000 1 1 2222222 0 1 1 1 4444444 44 22222222 1 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11 11 1 2222 66666666666666666666666666666666666666666 2222 33 1 6666666 5555555 1 66 222 11 333333 555 1 3333333333 2 1 1 1 0 9999999 1 1 22 8888888 88 888 9 2 2 33 0 55 6666 33 33 0 00 2 2 3 2 6 666 000000000000 0 3 1 222222222 5 1 44444 0
lowQualScore : .. .. . .... .. . . . .... . . .. ...... . . ....... . . . . ....... .. ........ . .. ................................................................................................ . .. .. . .... ......................................... .... .. . ....... ....... . .. ... .. ...... ... . .......... . . . . . ....... . . .. ....... .. ... . . . .. . .. .... .. .. . .. . . . . . ... ............ . . . ......... . . ..... .
lowQualScore : 99 99 7 1111 66 5 2 2 2222 0 0 88 111111 2 2 1111111 4 2 2 0 6666666 00 33333333 1 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 55 66 1 4444 44444444444444444444444444444444444444444 7777 11 3 8888888 0000000 3 66 444 99 666666 444 6 5555555555 3 5 3 0 2 2222222 5 7 33 0000000 55 222 8 6 4 22 4 55 3333 77 55 2 33 4 4 6 5 7 444 555555555555 4 6 1 999999999 7 4 33333 1
consensus : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGTA-TACGAATA-T----TATC-TG--C-ACA-GCATGCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATNATGA------CCT--TTA--CG--TTAATCA-T-NT-A--GA-A---A-----AT--T-A--TCCAN------C---AT-G-T-----ANCTGT--N--CG---C----A----T--GNAG------TN---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAAATG--CA-----T----TCTTTTT--GTA-CAA-----------CA----A--A-GA----A--TT---A-NNT-TA-TTTC---A--A---A--AC---ACGAGATC------GTTCCATCCAC-TNAATGTTAAA-AA--GCTGT-TATA-TGG--A--TNAGACGATC-AT---TCATACGAAGACA-ACA--TAAATN-TNTTCGAA-AG-TGTCCA--A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG--AAGATT--------C-C-AATA-ATTAATTTCGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCGCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACG-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
Reference ( family-538 ) : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGTA-TACGAATA-T----TNTC-TG--C-ACA-GCATGCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGCAGT-AA-CTTAAATNATGA------CCT--TTA--CG--TTAATCA-T-NT-A--GA-A---A-----AT--T-A--TCCAA------C---AT-G-T-----ATCTGT--N--CG---C----A----T--GGAG------TN---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAAATG--CA-----T----TCTTTTT--GTA-CAA-----------CA----A--A-GA----A--TT---A-NNT-TA-TTTC---A--A---A--AC---ACGAGATC------GTTCCATCCAC-TNAATGTTAAA-AA--GCTGT-TATA-TGG--A--TCGGNCGATC-AT---TCATACGAAGACA-ACA--TAAATC-TCTTCGAA-AG-TGTTCA--A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG--AAGATT--------C-C-AATA-ATTAATTTCGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCGCACCATGACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACG-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
gi|157921 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAACATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACTATGGTA-TACGAATA-T----TATC-TG--C-ACA-GCATGCAAGA-CTAATA--T-AC---T---TGTAGT-AA-CTTAAATCATGA------TCT--TTA--CG--TTAATCA-T-AT-A--GA-A---A-----AT--T-A--TCCAA------C---AT-G-T-----ATCTGT--A--CG---C----A----T--GGAG------TG---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAACTG--CA-----T----TCTTTTT--GTA-CAA-----------CA----A--A-GA----A--TT---A-AAT-TA-TTTC---A--A---A--AC---ACAAGGTT------GTTCAATCCAC-TCAATGTCAAA-AA--GCTGT-TATA-TGG--A--TCAGACGATC-AT---TCATATGAAGACA-ACA--TAAATC-TCTTCGAA-AG-TGTTCA--A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG--AAGATT--------C-C-AATA-ATTAAATTCGTTTTAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACA-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
gi|157922 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAAAACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TAAACTACGGTA-TACGAATA-T----TTTC-TG--C-ACA-GCATGCAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAATTCATGA------TCT--TTG--CG--TTAATCA-T-AT-A--GA-A---A-----AT--T-A--TCCAA------C---AT-G-T-----ATCTGT--A--CG---C----A----T--GGAG------TG---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAACTG--CA-----T----TCTTTTT--GTA-CAA-----------CA----A--A-GA----A--TT---A-AAT-TA-TTTC---A--A---A--AC---ACAAGGTT------GTTCCATCCAC-TCAATGTCAAA-AA--GCTGT-TATA-TGG--A--TCGTCTGATC-AT---TCATATGAAGACA-ACA--TAAATC-TCTTCGAA-AA-TATTCA--A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG--AAGATT--------C-C-AATA-ATTAATTTCGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGGCCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACA-----TATATATGTGTGTGTGTGT
gi|157923 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTCAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCAGAAACACT--TTAACCACGGTA-TACGAATA-T----TATC-TG--C-ACA-GCATGCAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTGAAATCATGA------TCT--TTA--CG--TTAATAA-T-AT-A--GA-A---A-----AT--T-A--TCCAA------C---AT-G-T-----ATCTGT--A--CG---C----A----T--GGAG------TA---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAACTG--CA-----T----TCTTTTT--GTA-CAA-----------CA----A--A-GA----A--TT---A-AAT-TA-TTTC---A--A---A--AC---ACAAGGTT------GTTTCATCCGC-TCAATGTCAAA-AA--GATGT-TATA-TGG--A--TAAGACGAAC-AT---TCATATGAAGACA-ACA--TAAATC-TCTTCGAA-AG-TGTTCA--A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCCG--AAGATT--------C-C-AATA-ACTAATTTCGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGATTCTGTAACAGCTACCTCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATGTTTG-----TGTGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|157924 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCCTTATCAATACATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTGCAAAACACT--
gi|157925 : ATTCCATCAGGTGTCTTTTTATGGAATCAACTAGATCAT--CTGC---------------ATCTTTTTCAATTTTTAAACATAAC---ATGCGTA---GTCTGAATGGAAACAAACATA-TTCCTTTATATT--TTATGCATGGCA-AACGATTT-G----TGTC-TA--T-ACA-CCATGCTAGA-TTGCGAAAT-GA---T---TGCAGC-AA-CCTAAATTATGA------TCT--TTA--TT--TTAATCA-T-CTTA--GA------------T--T-AAGTCCAT------T---TT-G-T-----AATTGT--A--GT---A----A----C--ACAG------CT---GAAGATGCT-T--AACATTT--CTTTT-T----TAAATG--------------TCTTATT---TA-CAA-----------AA----A--T-GAACGTA--TT---G-TCT-TG-TTCC---A--T---T--CT---ATTAGAAT------GTTTCACCCAT-TAAAT-TTAAATAA--ACTGT-TGTG-TGG--A--
gi|157926 : TTGCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATGATCAATTTATAAACGAAACATTATAAATACTTGTTTTCATC----CATTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGTA-TACGAATA-T----TATC-TG--C-ACA-GCATGCAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATCATGA------TCT--TTA--CG--TTAATCA-T-AT-A--GA-A---A-----TT--T-A--TCCAA------C---AT-G-T-----ATCTGT--A--CG---C----A----T--TAAG------TG---GAAGATGCT-G--AACATTA--CATTT-T-----AACTG--CA-----T----TATTTTT--GTA-CAA-----------CA----T--A-AA----A--TT---A-AAT-TA-TTT----A--A---A--AC---CCAAGGTT------GTTCCATTCAC-TCGTTGTCAAA-AA--ACTGT-TATA-TGG--A--TCCGACGATC-AT---TCATATGAAGACA-ACA--TAAATC-TCTTCGAA-AG-TGTTCA--A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG--AAGATT------------------------TCGTTATAGTATTTTGTTTTCCTCCCCCGACTCTGTAACAGCTACCGCCCCATAACCTATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TGATACTTTAAATACA-----TATATGTGT--GTATgatgcatatctctcatttcaacaaaacata
gi|157927 : ATCAACAGTTTCGTTATGGAATCAACTA--CCAGAGTAGTTTTAAGAGAAGCACCGTCATTAACAACAAATAAACGGAATCTCCTAAATACTTGTTTCCACC----CAGTTACTGTTCAAAATGACT--TGAAACACGGTA-AACGAATA-T----TTT--TGCAC-ACA-TCATGCAAGA-TTAAAAACT-AA---T---TGTAGT-AA-TACAAAACATGA------TGT--TTA--CG--TTAATCA-A-AT-T--GA-A---A-----AT--T-G--CCGAG------C---AA-A-C-----TTCTAA--A--AA---C----A----T--AGAG------TG---G-AGACGCTCGGTAACTTTA--ATTTCAT----TAA
gi|157928 : TTACAATACCTCAACACT--TTTATTATGGAAATA-GAAAA-T----TGTC-AG--TTATA-TTA-GCAAGA-TTAAAATAT-AA---T---TGTAGT-AA-TTTAAATAATGA------CTTA-TTC--CG--T-AACCA-T-ATTA--GA-ACT-G-----AT--T-C--T---------------T-G-T--------TGT--C--CA---C----A----T--TGTGGTCATATT---GAAGATGCT-G--AGCATTA--TTTTT-T----CAAATG--CA-----CA---AC-------ATA-CAGAACC-------CA----A--A-GA----T--TA---A-CAT-TA--TTC---A--A---C--TCT--ACAAGATC------ATTTCACCCTC-TAAGT
gi|157929 : GTCCCAAAATATTATTTAA--GTGGTG-TAAGAATT-T----CATC-AA--T-ATA-CCATGCTCGA-ATTAGAAAT-CA---A---TGTAGT-AA-TTTAAATTCAGA------TTTGTTTA------TAAATCA-C-TTGA--GACA---A-----A-----A--CTCTA------C---AT-G-T-----GACTGT--G---G---T----AG---T--GACA------TT---GAAGATGCA-G--AGCACTA--TTTTT-T----TAAGTG--TAAACGCT----ACGTTT----TA-CAA------------A----A--A-CA--------C---A-ACC-TG-TTTT---T--G---A--CT---ACAAGAAT------TTTCCATCCCT-TGAGCACAAAC-AA--ACTAT-TGTacacatcgccttctatacggagatgaaagactatctcatgttagcaatattattatagtcaaagcggtacaatactatatcaaagaatctaaacgctttgcataatcttatttatgttttcctgtcttgttttt
gi|157930 : AAAATATT--TTAACCACGGTA-TACGAATA-T----TATC-TT--C-ACA-GCATACAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGA-AA-CTTAAATCATGA------CCT--GTA--CA--TTAATCA-T-AT-A--AA-A---A-----AT--T-A--TCCAA------C---AT-G-T-----ATCTCA--A--CG---C----A----T--GTAG------TG---GAAAA
gi|157931 : ACACT--TTTATTATGGAAATA-GAAAA-T----TTTC-AG--TTATA-TTA-GCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGCAGT-AA-TTTAAATAATGA------CTTG-TTC--CG---TAACCG-TATT-A--GA-ACT-G-----AT--T-T--T---------------T-G-T--------TGT--C--CA---C----A----T--TGTGGTAATATT---GAAGATGCT-G--AGCATTATTTTTTT-T----TAAATG--CA-----CA---AC-------ATA-CAGAACC-------CA----A--A-G-----A--TT---ATCAT-TA--TTC---A--A---C--TCG--ACAAGATC------ATTTCACCCTC-TTAA
gi|157932 : -GCATGCAAGA-TAGCGAACC-AA---A---TGTAAC-AA-CTTGAACAATGA------CCT--TTA--CC--TTAATCACC-TT-A--G-------------T--C-A---CCTA------CGCGAT-GAC-----ACCTGT--T--CA---A----A----T--TCTA------TA---GAAGATGCT-G--ATAATTA--CCTTT-T----TAAATG--CA-----A----TCTTT
gi|157933 : accctcttaccatagtgatggtcagatatatatagctgctatACT--ATAGTTATGGT--CACAAATA-TA---TATC-TG--CTAT--GCATGCAAAA-TTGCGAACCCAA---A---TGGAGC-AA-CTTGAACAATGA------CCT--TCA--CC--TTAATCA-T-GT-A--CA-C---G-----AT--G-A--CCCTT------T---TT-G-T-----ACCTGT--T--CA---A----G----T--TCTA------TA---GAAGATGCT-G--TTCATTA--CCTTT-T----TAGCTG--CA-----A----TCTTTTT--AGG-AAC-----------CA----G--A-GA----A--TT---G-TCT-TA-TTT
gi|157934 : CATGGTA-AACGA-TG-TG---TCTC-AG--T-TTA-TCATGCAAGGCTTAAGAAAC-AA---C---TGTAGT-AA-TCTAAATGCCGA------TCT--TTG--TA--GAAACCA-T-CT-G-------------------C-A--CCCAT------C---ACCG-T------TCTGT--G--AG-------------T--GTTA------TA---GAAGTTGCT-G--AACACTA--CTTCT-T----TAAATG---------T----CCTAGAT--ATAGCAAT----------CA----A--A-GA----AACTC---A-TCT-TG-TTTC---A--AAC-A--AC---ACGAG--C------ATTACATCCAT-TAAATATTAAT-CT--ACTAT-TGAG-TGG--AAGTGAAACTAT--AT---CTATA-GAAGACA-ACA--TAACTA-TTGTAGAT-GC-TGTCCAT-A-AC-TTT-ATT
gi|157935 : ACAGTA-TGCGA-TA-C----TACC-TG--C----------TAGAA-TTA-GAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-TTTAAACAATGA------TTT--GTA--TA--ATAATCA-T-CT------------------T--C-G--T-CAA------G---AC-C-T-----ATTTAT--C--CT---C----AT---T--GTGG------CT---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----CAAATG--TA-----C----CA----T--GTA-CAG-----------AA----ATCA-AAT---A--TT---A-ACCATG-TTCC---ATTA---A--AC---A--AGACC------TTTTCATCCTC-CAAGTACTAAG-TT--TTTAT-TATA-TGG--A--
gi|157936 : ACAGATACT----TATC-AA--C-TCT-GCATGCTAGA-ATCAGAAAT-AT---C---TGCAGT-AA-TTTGAATAGTGA------TAT--GTA--TT--TAAACCA-T-TT-A--AA-A---A-----AT--A-A--TCCCG------T---CT-G-T-----ACTTGT--G--GA---T----A----T--TTGA------CC---GAAGATGCT-G--AGCACTA--CATTT-T----TAAATG--TG-----A----CTTATAT--GTAGCTT-----------C-----A--A-GA----A--TT---G-ATT-T--TTTT---A--GCTCA--AT---TAGAGCTCAATTAAATTCCACCCAA-TAGGT-TTAAG-GAT-GATAT-TATA-TGGCAA--TT--CTAATC-TT---GTATACGATGATA-ATACTTAAATA-TTT---AA-AGCTGTACA--ACAC-TTTAATgatgtgaaaaaagacatatgaagaaaatata
gi|157937 : CGAATA-TACATTATC-TG--CTAT--GCATGCAGGA-TTACGAAAC-AA---A---TGAAGC-AA-TTAGAATAATGA------GCT--TTA--CC--TTAATCA-C-CA-T--GG-A---G-----AT--G-A--ACCTT------T---TT-G-T-----ACTTGT--T--CA---A----A----T--TCTA------CA---GAGGATGCT-G--AGTATTA--CTTTT-T----TAGTTG--CA-----A----TTTGTTTAGGGA-C-------------CA----G--G-GA----A--CG---G-TCT-TA-TTT----A--ACTCA--AC---TGGGGA--------GTTTCACCCAT-TAAA
gi|157938 : GGATA-T----AGTC-TG--T-AGA-ACGAACACGT-TTAAGAAAT-GG---T---TGCAGT-AG-CCTAAATTATGA------TTT--ATG--TG--TTAACAA-A-TT-----A-A---A-----AC--T-ATTTTCAA------C---TT-G-TGGAGAATGTGT------G---C----A----T--GAAA------AA---GAGGACGCC-G--AACACTA--TTTCA-T----GCAATGT-CC-----T----TCTTTTT--TT-----------------A----A--A-TG----A--TC---G-TCC-C--TTTC---A--T---GCTAC---ACGTCATC--------TTCAT-CACTTAAATGTTAAA-AC--CTTAT-TACA-CGG-------GAGTGATG-ATATCTCAGACAATGAAA-AAA--AAAATTATATTTTAACAA-TGTCCA--A-AC-TTACATTAAAGA---CTA---AACATT--------T-T-GATA-AACAAT
gi|157939 : ATA-TG---TGTCATG--C-ACA------CAAGA-CTACGAAGC-AA---T---TGTAGC-AA-CCTAAATTATGA------CCT--TTA--CC--TTAACCA-TCTT-A--GG-G---T-----A---G-A--TCCAT------T---TT-G-C-----ACGTGT--T--CA---A----A----T--TCTA------TT---GAAAACACT-G--ATCATTA--CTTCT-T----TCACTG--TA-----C----TCATTAT--AGA-AAC-----------CA----G--A-GA----A--CT---A-
gi|157940 : CA-ACATGCCCGT-TTAAGGAAT-GA---T---TGCAGT-AA-CTGAAATGGTGA------TCT--ATA--TA--TTAACCA-C-CT-A--AG-G---G-----AT--A-G--TCCGT------T---TT-G-T-----GTTTGT--G---G---T----AG---T--GAAC------TT---GAAGATGCA-G--AACATTgaatacaagcatacacaaagt
gi|157941 : attagcagttCATGCAAGG-CTTAGAAAT-AA---C---TGTAGT-AA-TTTAAATGCCGA------TCT--TTG--TA--GAAATCA-T-CT-G-------------------C-A--CCCAT------C---AC-C-T-----TTCTGT--G--AGTGTC----A----T--GAGG------TTATAGAAGATGCT-G--AACACTA--CTTCT-T----TAAATG---------T----CCTAGAT--ATA-GAAAT---------CA----A--A-GA----C--TC---G-TCT-TGTTTTC---A--AAC-A--AC---ACGAG--T------ATTACATCCAT-TAAATATTAAT-CT--ACTAC-TGAG-TGG--AAGTGAAACTAT--AT---CTATA-GCAGATA-ACA--TAACTA-TTGTAGAT-GC-TGTCCAT-A-AC-TGT-ATTAAAGATACCCAT---AGATT--------T-T-TATA---TAAT
gi|157942 : ttatcgtgcaagtgtat-T----TATC-TG--T-TTT-GCATGCTAAT-TTAAGAAAT-TA---C---TGCAGT-AA-TTTAAATAAAGA------CTT--TTA--TA--TAAACAA-T-CT-----A-A---A-----AT--TCA--GCC--------C---AT----------TCTGTAAA--TG---CAGCGA----T--ACAA------TT---GAGAATGCA-G--AACACTT--TTTCT-T----TAAATG---------T----CCCATTT--ATA-GAATT---------CA----A--A-GG----C--TT---A-TAC-TC-TT-----A--A---AT-AA---ACTATATT------GTTTCACCCTC-TTAATGTTCAA-AA--ACAAT-TATT-TGG--A--
gi|157943 : ----TATC-TG--T--CATGCACGCAAGA-CTAAGAAAC-AA---T---TGTAGC-AC-CCTAAATAATGA------CCT--TTA--CT--TTAACCG-TCTT-A--GG-G---A-----A---G-A--TCCGT------T---TT-G-T-----ACATGT--T--CA---A----A----T--TCTA------TT---GAAAACGCT-G--ATCATTA--CTCTT-T----C-GCTG--TA-----C----TCGTTAT--AGA-AAC-----------CA----G--A-GA----A--CT---G-TTT-TA-TTCC---A--ATGTA--AT---TAGAGA--------ATTCCATCCCC-TCAATATTGAT-TT--GCTTT-TATT-TGG--A--
gi|157944 : ----TATC-TG--T-AAT-GCACGCAAGA-TTACGAAGC-AA---T---TGTTG--AA-CTTAA-TAATGA------CCT--TCA--TC--TTAACCA-T-CT-AAGGG-A---A-----G-----A--TCCGT------T---TT-A-T-----ACGTGT--T--TA---A----A----T--TGTT------TT---GAAAATGCT-G--AGCATTA--CTTCT-TACTCTGAACT--CA---------------TT--AAA-GAAAC---------CA----G--A-GA----A--CT---G-TTT-GA-TTTC---A--A---T--GT---AAAAGATA------ATTATATCCAC-TCTGTATTAAT-CA--ACTAT-TA
gi|157945 : -GCATGCTAGA-ATCAGAAAT-AA---C---TGCAGT-AA-TTTGAACAGAGA------TAT--TTA--------------T-TT-A---A-A---A-----AT--A-A--TCCCG------T---CT-G-C-----ACTTGT--G--GA---T----A----T--TTGA------CT---GAAGATGCT-G--AGCACTA--CATTT-T----TAAATG--
gi|157946 : CATTCCAGG-TTAAGAAAT-AA---C---TGCAGT-TA-TATAAATAATGA------CCT--ATA--TA--T-AACAA-T-CT-A-----A---A-----AT--TCA--CCC--------C---AT----------TCTGT--AAATG---C----AGCGAT--ACAG------TT---GAGGGCGCA-G--AACATTT--TTTCT-T----TAAATG---------T----TCCATTT--ATA-GAAAT---------CA----A--A-GA----C--TG---A-TAT-TC-TTTC---A--A---T--CA---ACTAGATT------GTTTCACCCTC-TTAATGTTAAA-AA--ACTAT-TATT-TGG--tgacttatatgtagcttgaagaattgaatt
gi|157947 : CATGCAAGA-CTCAGAAAC-AA---C---TGTAGT-AA-TCTAAATGCCGA------CCT----A--CGAAGAAATCA-T-CT-G-------------------C-A--TCCAT------C---ACCG-T------TCTGT--G--AG---T----A----T--CAAGAAATTATA---GAAGATGCT-G--AACACTA--CTTCT-T----TAAATG---------T----CCTAGAT--ATAGCAAT----------CA----A--A-GA----C--TC---G-TCT-TG-TTTC---A--AAC-A--AC---ACGAG--C------AATACATCCGT-TAAATATAAAT-AA--ACTAT-T-TAGTGG--A--AGTGTAACTCTAT---CTATA-AAAGTTA-ACA--TAACTA-TTGTTGAT-GC-TGTACA--T-AC-TTTTCTTTA------------AAGAT--------------ACACATTAATATGGCTATAGTAcgataaga
gi|157948 : CATGCTAGA-ATTAGAAAC-AA---T---TGCAGCGAA-CTTAA-TAAAGA------CCT--TTT--TC--TTAATCA-C-TT-A--AG-ACC-A-----A-----A--CGCTA------T---AT-G-T-----GATTGT--T--CA---A----A----C--GGAG------TA---GAAAATGCT-G--AACATTT--CTTTT-T----TCAATG--CA-----G----TCGT------TA-CAGAAATC------TA----A--A-AT----A--TT---C-ACT-T--TTCC---A--A---T--CT---ACGAGAGA------ATTCTATCTGC-TTAATATTAA
gi|157949 : CATGCAAGG-CTTAGACAC-AA---C---TGTAGT-AA-TTTAAATGCCGA------TCT--TTG--TA--GAAATCA-T-CT-G-------------------C-A--CCCAT------C---AC-C-T-----TTCTGT--G--AG---T----G----TCAAGAGGTTA--TA---GAAGAT-CT-G--AACACTT--CTTCT-T----TAAATG---------T----CCTAGAT--ATAGCAAT----------CA----A--A-GA----T--TC---G-CCT-TG-TTTC---A--AAT-A--AC---ACGAG--C------ATTACATCCAT-TAAATATTAAT-TT--ACTAC-TGAG-TGG--AAGTGAAACTAT--AT---CTATA-GCAGATA-ACA--TGACTA-TTGTAGAT-GT-TGTCCAT-A-AC-TTT-ATTAAAGATACCCAtgtattactatttggaaataagaatctaaaattgaatgaaaacattcacat
gi|157950 : CATGCACGT-TTAAGAAAT-GG---T---TACAGT-AA-CCTTAATTATGA--------T--TTATTTG--TCAACAA-A-TT-----A-A---A-----ATTGT-A--TTCAA------C---TT-G-TGAA--AAATGT--G--GG---C----A----T--GAAA------GA---GAGGATGCC-A--AACACTA--TTTCA-T----GCAATGT-CC-----T----TCTTTTT---TA--AA-----------CG----A--T-CG----C--TT---T-GTC-TC-TTTC---A--T---GCTAC---ACGCCACC--------TTCATCCTG-TAAGTGTTAAA-AAC-CCTGT-TACA-CGG--G--AAAGATGATA-TT---TCAGACGATGAAA-ATA--TTGCTG-TATTTAAC-AA-TGTCCA--A-AC-TTATATT
gi|157951 : CATGCACGT-TTAAGAAAT-GG---T---TGTAGT-AA-CCTAAATTATGA--------T--TTATTTG--TTAACAA-A-TT-----A-A---A-----AC--T-ATTTTCAA------C---TT-G-TGAA--AAATGT--G--GG---C----A----T--GAAA------AA---GAGGACGCC-G--AACACTA--TTTCA-T----GCAATGTTC------T----TCTTTTT---TA--AA-----------TG----AT-C-GA----C--TT---C-GTC-TC-TTTC---A--T---GCTAC---ACGTCATC------GT--CTTCCTT-TAAGTGTTAAA-AC--CTTAT-TACA-CGG-------GAGTGATG-ATATCTCAGACAATGAAA-ATA--TTAATA-TAGTTAAC-AA-TGTCCA--A-AC-TTACATT
gi|157952 : CATGCTAGA-ATTAGAAAC-AA---T---TGCTGC-AAACTTAA-TAATGA------CCT--TTT--TC--TTAATCA-A-TT-A--AG-A-------------------CCAAACGCTTT---AT-G-T-----GATTGT--T--TC---A----A----T--GGAG------TA---GAAAATGCT-G--AACATTT--CTTTT-T----C-AATA--CA-----G----TCAT------TA-CAG-----------AAATCTA--A-GAT---A--TT---C-ACT-T--TTCC---A--A---T--CT---ACGAGAGA------ATTTCATCTGC-TTAATATTAA--------TGT-----------A--TT--ACTAT---T---TCGAAAGAAG--A-ATC--TAACTT-TGGACGAA-AG-TATTCA--A-ATATTTCA
gi|157953 : ATGCTAGA-TTATGAAAT-AA---T---TACAGC-AA-CCTAAATTAAAA------TCT--ATA--TT--TAAATCA-C-CT-----T-A---A-----AT--TAA--ACCAT------T---TT-G-T-----AACTGTA-G--CGA--C----A----C----AA------CT---GAAGACGCT-G--AGCATTT--CTTTT-T----TAAATG--CC-----C----TATTTAT---TA-AAA-----------TG----A--ACGA----A--TT---G-TCT-TA-TTCC---A--
gi|157954 : TGCTAGG-TTAAGAAAT-AA---C---TGCAGT-CA-TTTAAATAATGA------CCT--CT-------------A-T-AT-A--AA-C---A-----AT--T-C--TGTAA----------AT-G-C-----AGCGAT--A--C------------------AAG------T----GAGGACGCA-G--AACATTT--TTTCT-T----TAAATG---------T----TCCAGTT---------------------A----A--A-GA----A--ATCAAA-GGC-TG-TTTC---A--GTC-A--AC---TT--GATT------GTTTCACCCTC-TTGATGTT-AA-AA--GCTAT-TATT-TGG--A--
gi|157955 : GCAAGA-TTAAGAAGC-AAGTGTACATGTAGT-AA-TTTAAATAATCATGTGTTCCT--TTA--C--------CA-T-ATCA--GA-ACTAATTCTTAT--T-A--TCCA------------C-G---------CTGT--G------------G----T--GAAA------TT---GAAGATGCT-G--AGCATTA--TATTT-T----CAAA----------------------T--GTA-CAACGAATAGAACCCA----A--A-GA----T--TA---A-AAT-TA-TCT-----------A--ACTCGACAAGAGT------ATTTCTCCTAC-TAAGTA-CACA-GT--GCCGTCTATA-TGG--A--
gi|157956 : ATCA-T-AT-T--GA-G---A-----AT--T-A--CCCAA------C---AT-G-A-----A-CT---------------------------------------------TGC-----AACATTA--TTTTT-T----TAATTG--AA-----T----TCTCTTT--GTA-CAA-----------CA----A--A-GA----A--TT---A-AAC-TA-TTTTTAAA--A---A--AA---ACAAGGCT------GTTCCAACCAC-TTAAAGTCAAA-AA--TCTGC-TATA-CGG--C--TCAGACGATC-AC---TCATATG-AGACATACA--TAAACC-TTT---------TATTCACGA-A--------TCAAGA-ATCGGGCAAAGATT--------CGT-AA-A-ATTAACTTCGTAATGGTATTTTGTTTCTC
gi|157957 : --GA-G---A-----AT--T-A--TCCAA------C---A--G-TC----ACGTGT--A--CA---C----A----T--GGAG------TG---GAAGAAGCA-G--AACGTTA--CATGT-T----TACATG--AA-----TTATATATCTTT--GTA-GAA-----------CA----A--A-AC----A--TT---A-AAC-TG-TTTC---A--A---A--AC---ATAAGACT------GTTCCATATAC-TTAGTG-GGAA-CA--GTTGT-TATA-TGG--A--
gi|157958 : A------T---AT-G-T-----GATTGT--T--CC---A----A----T--GGAG------TA---GAAAATGCT-G--AACATTT--CTTTT-T----TCAATG--CA-----G----TCTTTatcacac
gi|157959 : AGGTT------GTTCCATTAAC-TTAATGTCAAA-AAAAGACGG-TATA-TGG--A--TCAGCCGTTC-AT---TCATACAAGGACA-ACA--TAAGTC-TCTTCGAA-AG-TGTTCG--A-AC-TTTCATCTACGA-AT-----------T--------C-C-AACA-ATTAATTTCGATATAGTATTTTGTTTTTCTCTTCTGGCTCTGTAACATCTACCACAATATGACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAA
gi|157960 : aCAC-TCAATGTCAAA-AA--GCTGT-TATA-TGG--A--TCAGACGATC-AT---TCGTATGAAGACA-ACA--TAAATT-TATTCGGA-AG-TGTTCA--A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG--AAGATT--------C-C-AATA-ATTAATTATGTTATAGTATTTTGATTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACACCATAACCGATCGCATGAATATCAGTGATCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACA-----TATGTGTATGTGTGTGTAT
gi|157961 : CGATC-AT---TCATATGAGGA-A-ATA--TAAACC-T-TTATAA-AG-TGTCCC--A-AT-TTTCATTCACGA-ATCAAG--AAGATTGGATACAAC-TGAATA-CTTAACTTGGTAAAAGTATCTTGTTTCTCTTTCTTATCTCTGTCATATCTACTGTAGCAGGACCGATCGTGCGAATGACAATAACCAATCAGTCGTTAAAGA-TAGTAC-TTGTGTGCGAGCGTTA-ATGCGTGCGTATGTGT
gi|157962 : ACTGTAACATGACCGATCGCATGAATGTCAGTGACCAACC---------AGCTTTATA---TATATATG-----TACATGTGTGTGTGTGTGT
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 11111111111 11111111 2222222222222222222222222 1111111 2222222222222222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444 222222 1111111111 11111111 11111111 11111 1111111111 2222222222222 222222222 11111
lowQualScore : 77 77 0 2222 44 2 2 5 33 1 0000 22 3 22 66666666666 1 1 2222222 1 1 1 4444444 11 2 22222222 1 55 9999999999999999999999999 44 1 1 99999 2 1 1111111 2222222222222222222222222222 1 11 11 1 2222 888888888888888888888888888888888888888888 5555 1 6666666 5555555 1 66 222 11 333333 555 1 3333333333 2 1 1 1 0 22222222 1 1 66 44 22222222 4444 22222 3 9 3 555 22 33 3 55 22 33 22 2 1 6 4 2 5 0 1 6 0 5555555555 1111111111111 4444 4 1 222222222 5 1 44444 0
lowQualScore : .. .. . .... .. . . . .. . .... .. . .. ........... . . ....... . . . ....... .. . ........ . .. ......................... .. . . ..... . . ....... ............................ . .. .. . .... .......................................... .... . ....... ....... . .. ... .. ...... ... . .......... . . . . . ........ . . .. .. ........ .... ..... . . . ... .. .. . .. .. .. .. . . . . . . . . . . .......... ............. .... . . ......... . . ..... .
lowQualScore : 99 99 7 1111 22 3 9 7 44 9 7777 44 5 44 88888888888 2 2 1111111 2 2 0 6666666 66 4 33333333 1 66 1111111111111111111111111 66 1 1 77777 2 1 3333333 8888888888888888888888888888 1 55 66 1 4444 888888888888888888888888888888888888888888 8888 3 8888888 0000000 3 66 444 99 666666 444 6 5555555555 3 5 3 0 4 00000000 4 5 33 22 77777777 0000 66666 8 1 8 222 66 55 2 66 00 00 77 2 8 7 4 2 2 2 5 2 2 1111111111 0000000000000 2222 0 1 999999999 7 4 33333 1
consensus : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATNATGA------CC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-NT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-NC-NT-G-T---ANC-TGTN-CG---C-A-T-GNAG------TN---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAAATG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-NNT-TA-TTTC---A--A---A--AC---ACGAGATC------GTTCCATCCAC-TNAATGTTAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----NAGACG---ATC----AT-TCATACGAAGACA---ACA--TAAA-TNTNTTCGAA-AG-T-GTCCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCGCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACG-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
Reference ( family-538 ) : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATNATGA------CC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-NT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-NC-AT-G-T---ANC-TGTN-CG---C-A-T-GNAG------TN---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAAATG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-NNT-TA-TTTC---A--A---A--AC---ACGAGATC------GTTCCATCCAC-TNAATGTTAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----NAGACG---ATC----AT-TCATACGAAGACA---ACA--TAAA-TNTNTTCGAA-AG-T-GTCCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCGCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACG-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
gi|157921 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAACATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACTATGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAATA--T-AC---T---TGTAGT-AA-CTTAAATCATGA------TC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-AT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-AC-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-GGAG------TG---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAACTG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAT-TA-TTTC---A--A---A--AC---ACAAGGTT------GTTCAATCCAC-TCAATGTCAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CAGACG---ATC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAAATT-CGTTTTAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACA-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
gi|157922 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAAAACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TAAACTACGGT-A-TA--CGAATA-T----TTT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAATTCATGA------TC--T-TTG--CG--TTAATCA-T-AT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-AC-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-GGAG------TG---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAACTG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAT-TA-TTTC---A--A---A--AC---ACAAGGTT------GTTCCATCCAC-TCAATGTCAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CGTCTG---ATC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AA-T-ATTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGGCCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACA-----TATATATGTGTGTGTGTGT
gi|157923 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTCAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCAGAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTGAAATCATGA------TC--T-TTA--CG--TTAATAA-T-AT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-AC-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-GGAG------TA---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAACTG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAT-TA-TTTC---A--A---A--AC---ACAAGGTT------GTTTCATCCGC-TCAATGTCAAA-AA--G-ATGT-TATA-TG--G--A--T----AAGACG---AAC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCCG---------AAGATT--------C-C-AATA-AC-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGATTCTGTAACAGCTACCTCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATGTTTG-----TGTGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|157924 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCCTTATCAATACATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTGCAAAACACT--
gi|157925 : ATTCCATCAGGTGTCTTTTTATGGAATCAACTAGATCAT--CTGC---------------ATCTTTTTCAATTTTTAAACATAAC---ATGCGTA---GTCTGAATGGAAACAAACATA-TTCCTTTATATT--TTATGCATGGC-A-AA--CGATTT-G----TGT--C-TA--T-ACA-C-----CATGCTAGA-TTGCGAAAT-GA---T---TGCAGC-AA-CCTAAATTATGA------TC--T-TTA--TT--TTAATCA-T-CTTA--GA-------------T--T--AAGT-CC-A-TT-TT-G-T---AAT-TGTA-GT---A-A-C-ACAG------CT---GAAGATGCT-T--AACATTT--CTTTT-T----TAAATG-----------TCT----TATT---TA-CAA-----------AAA----T-GAACGTA--TT---G-TCT-TG-TTCC---A--T---T--CT---ATTAGAAT------GTTTCACCCAT-TAAAT-TTAAATAA--A-CTGT-TGTG-TG--G-----------AGATGCATATC----TC-TCATTTCAACAAA---ACA--TA
gi|157926 : TTGCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATGATCAATTTATAAACGAAACATTATAAATACTTGTTTTCATC----CATTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATCATGA------TC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-AT-A--GA--A---A-----TT--T--A--T-CC-A-AC-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-TAAG------TG---GAAGATGCT-G--AACATTA--CATTT-T-----AACTG--CA-----T-TAT----TTTT--GTA-CAA-----------CAT----A-AA----A--TT---A-AAT-TA-TTT----A--A---A--AC---CCAAGGTT------GTTCCATTCAC-TCGTTGTCAAA-AA--A-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CCGACG---ATC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT-------------------------T-CGTTATAGTATTTTGTTTTCCTCCCCCGACTCTGTAACAGCTACCGCCCCATAACCTATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TGATACTTTAAATACA-----TATATGTGT--GTAT
gi|157927 : ATCAACAGTTTCGTTATGGAATCAACTA--CCAGAGTAGTTTTAAGAGAAGCACCGTCATTAACAACAAATAAACGGAATCTCCTAAATACTTGTTTCCACC----CAGTTACTGTTCAAAATGACT--TGAAACACGGT-A-AA--CGAATA-T----T-T--T-TGCAC-ACA-T-----CATGCAAGA-TTAAAAACT-AA---T---TGTAGT-AA-TACAAAACATGA------TG--T-TTA--CG--TTAATCA-A-AT-T--GA--A---A-----AT--T--G--C-CG-A-GC-AA-A-C---TTC-TAAA-AA---C-A-T-AGAG------TG---G-AGACGCTCGGTAACTTTA--ATTTCAT----TAA
gi|157928 : TTACAATACCTCAACACT--TTTATTATGGA-AATA---GAAAA-T----TGT--C-AG--TTATA-T-----TA-GCAAGA-TTAAAATAT-AA---T---TGTAGT-AA-TTTAAATAATGA------CT--TATTC--CG---TAACCA-TATT-A--GA--ACT-G-----AT--T--C--T----------T-G-T-------TGTC-CA---C-ATT-GTGGTCATA-TT---GAAGATGCT-G--AGCATTA--TTTTT-T----CAAATG--CA-----CAAC-----------ATA-CAGAACC-------CAA----A-GA----T--TA---A-CAT-TA--TTC---A--A---C--TCT--ACAAGATC------ATTTCACCCTC-TAAGTA-CACA-TC--GCCTTC-TATA-CGGAG--A--TGA--AAGACT---ATC-------TCATGTTA--GCA---ATA--TTAT-TATAGTC-AA-AG-CGGTACA-ATAC-TAT-ATCAAAGA-ATCTAA---------ACGCTT--------T-G-CATA-ATCTTATTTATGTTTTCCTGTCTTGTTTTT
gi|157929 : GTCCCAAAATATTATTTAA--GTGGT-G-TA--AGAATT-T----CAT--C-AA--T-ATA-C-----CATGCTCGA-ATTAGAAAT-CA---A---TGTAGT-AA-TTTAAATTCAGA------TTTGT-TTA------TAAATCA-C-TTGA--GAC-A---A-----A------A--C-TC-T-AC-AT-G-T---GAC-TGTG--G---T-AGT-GACA------TT---GAAGATGCA-G--AGCACTA--TTTTT-T----TAAGTG--TAAACGCT-ACG----TTT----TA-CAA------------AA----A-CA--------C---A-ACC-TG-TTTT---T--G---A--CT---ACAAGAAT------TTTCCATCCCT-TGAGCACAAAC-AA--A-CTAT-TGT
gi|157930 : AAAATATT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TT--C-ACA-G-----CATACAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGA-AA-CTTAAATCATGA------CC--T-GTA--CA--TTAATCA-T-AT-A--AA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-AC-AT-G-T---ATC-TCAA-CG---C-A-T-GTAG------TG---GAAAA
gi|157931 : ACACT--TTTATTATGGA-AATA---GAAAA-T----TTT--C-AG--TTATA-T-----TA-GCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGCAGT-AA-TTTAAATAATGA------CT--TGTTC--CG---TAACCG-TATT-A--GA--ACT-G-----AT--T--T--T----------T-G-T-------TGTC-CA---C-ATT-GTGGTAATA-TT---GAAGATGCT-G--AGCATTATTTTTTT-T----TAAATG--CA-----CAAC-----------ATA-CAGAACC-------CAA----A-G-----A--TT---ATCAT-TA--TTC---A--A---C--TCG--ACAAGATC------ATTTCACCCTC-TTAA
gi|157932 : ACCCT--CTTACCATAGTGA-TGGTCAGATA-TA---TATAGC-TG--CTAT--G-----CATGCAAGA-TAGCGAACC-AA---A---TGTAAC-AA-CTTGAACAATGA------CC--T-TTA--CC--TTAATCACC-TT-A--G--------------T--C--A--C-CT-ACGCGAT-GAC---ACC-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------TA---GAAGATGCT-G--ATAATTA--CCTTT-T----TAAATG--CA-----A-TCT----TT
gi|157933 : ACT--ATAGTTATGGT---CA--CAAATA-TA---TAT--C-TG--CTAT--G-----CATGCAAAA-TTGCGAACCCAA---A---TGGAGC-AA-CTTGAACAATGA------CC--T-TCA--CC--TTAATCA-T-GT-A--CA--C---G-----AT--G--A--C-CC-T-TT-TT-G-T---ACC-TGTT-CA---A-G-T-TCTA------TA---GAAGATGCT-G--TTCATTA--CCTTT-T----TAGCTG--CA-----A-TCT----TTTT--AGG-AAC-----------CAG----A-GA----A--TT---G-TCT-TA-TTT
gi|157934 : CATGGT-A-AA--CGA-TG-TG---TCT--C-AG--T-TTA-T-----CATGCAAGGCTTAAGAAAC-AA---C---TGTAGT-AA-TCTAAATGCCGA------TC--T-TTG--TA--GAAACCA-T-CT-G--------------------C--A--C-CC-A-TC-ACCG-T----TC-TGTG-AG-------T-GTTA------TA---GAAGTTGCT-G--AACACTA--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATAGCAAT----------CAA----A-GA----AACTC---A-TCT-TG-TTTC---A--AAC-A--AC---ACGAG--C------ATTACATCCAT-TAAATATTAAT-CT--A-CTAT-TGAG-TG--G--AAGT----GAAACT---AT-----AT-CTATA-GAAGACA---ACA--TAAC-TATTGTAGAT-GC-T-GTCCATA-AC-TTT-ATT
gi|157935 : ACAGT-A-TG--CGA-TA-C----TAC--C-TG--C---------------TAGAA-TTA-GAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-TTTAAACAATGA------TT--T-GTA--TA--ATAATCA-T-CT-------------------T--C--G--T-CA-A-G--AC-C-T---ATT-TATC-CT---C-A-TTGTGG------CT---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----CAAATG--TA-----C-CA--------T--GTA-CAG-----------AAATC--A-AAT---A--TT---A-ACCATG-TTCC---ATTA---A--AC---A--AGACC------TTTTCATCCTC-CAAGTACTAAG-TT--T-TTAT-TATA-TGGAG--A--TGTGAAAAAAG---A----------CATATGAAGAAA---ATA--TA
gi|157936 : A--CAGATACT----TAT--C-AA--C-TCT-G-----CATGCTAGA-ATCAGAAAT-AT---C---TGCAGT-AA-TTTGAATAGTGA------TA--T-GTA--TT--TAAACCA-T-TT-A--AA--A---A-----AT--A--A--T-CC-C-GT-CT-G-T---ACT-TGTG-GA---T-A-T-TTGA------CC---GAAGATGCT-G--AGCACTA--CATTT-T----TAAATG--TG-----A-CTT----ATAT--GTAGCTT-----------C-A----A-GA----A--TT---G-ATT-T--TTTT---A--GCTCA--AT---TAGAGCTCAATTAAATTCCACCCAA-TAGGT-TTAAG-GAT-G-ATAT-TATA-TG--GCAA--T----TCTA-----ATC----TT-GTATACGATGATA---ATACTTAAA-TATTT---AA-AGCT-GTACA-ACAC-TTTAAT
gi|157937 : --CGAATA-TACATTAT--C-TG--C--TATG-----CATGCAGGA-TTACGAAAC-AA---A---TGAAGC-AA-TTAGAATAATGA------GC--T-TTA--CC--TTAATCA-C-CA-T--GG--A---G-----AT--G--A--A-CC-T-TT-TT-G-T---ACT-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------CA---GAGGATGCT-G--AGTATTA--CTTTT-T----TAGTTG--CA-----A-TTT----GTTTAGGGA-C-------------CAG----G-GA----A--CG---G-TCT-TA-TTT----A--ACTCA--AC---TGGGGA--------GTTTCACCCAT-TAAA
gi|157938 : GGATA-T----AGT--C-TG--T-AGA-A-----CGAACACGT-TTAAGAAAT-GG---T---TGCAGT-AG-CCTAAATTATGA------TT--T-ATG--TG--TTAACAA-A-TT-----A--A---A-----AC--T--ATTT-TC-A-AC-TT-G-TGGAGAA-TGTG-TG---C-A-T-GAAA------AA---GAGGACGCC-G--AACACTA--TTTCA-T----GCAATGT-CC-----T-TCT----TTTT--TT-----------------AA----A-TG----A--TC---G-TCC-C--TTTC---A--T---GCTAC---ACGTCATC--------TTCAT-CACTTAAATGTTAAA-AC--C-TTAT-TACA-CG--G--G--A----GTGATG---AT-----ATCTCAGACAATGAAA---AAA--AAAATTATATTTTAACAA-T-GTCCA-A-AC-TTACATTAAAGA---CTA----------AACATT--------T-T-GATA-AA-CAAT
gi|157939 : ATA-TG---TGT--CATG--C-ACA-----------CAAGA-CTACGAAGC-AA---T---TGTAGC-AA-CCTAAATTATGA------CC--T-TTA--CC--TTAACCA-TCTT-A--GG--G---T-----A---G--A--T-CC-A-TT-TT-G-C---ACG-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------TT---GAAAACACT-G--ATCATTA--CTTCT-T----TCACTG--TA-----C-TCA----TTAT--AGA-AAC-----------CAG----A-GA----A--CT---A-
gi|157940 : A-T----TAG--C-AG--T-TCA-A-----CATGCCCGT-TTAAGGAAT-GA---T---TGCAGT-AA-CTGAAATGGTGA------TC--T-ATA--TA--TTAACCA-C-CT-A--AG--G---G-----AT--A--G--T-CC-G-TT-TT-G-T---GTT-TGTG--G---T-AGT-GAAC------TT---GAAGATGCA-G--AACATTgaatacaagcatacacaaagt
gi|157941 : -T----TAT--CGTG--C-A-A-GTGTATCATGCAAGG-CTTAGAAAT-AA---C---TGTAGT-AA-TTTAAATGCCGA------TC--T-TTG--TA--GAAATCA-T-CT-G--------------------C--A--C-CC-A-TC-AC-C-T---TTC-TGTG-AGTGTC-A-T-GAGG------TTATAGAAGATGCT-G--AACACTA--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATA-GAAAT---------CAA----A-GA----C--TC---G-TCT-TGTTTTC---A--AAC-A--AC---ACGAG--T------ATTACATCCAT-TAAATATTAAT-CT--A-CTAC-TGAG-TG--G--AAGT----GAAACT---AT-----AT-CTATA-GCAGATA---ACA--TAAC-TATTGTAGAT-GC-T-GTCCATA-AC-TGT-ATTAAAGATACCCAT----------AGATT--------T-T-TATA----TAAT
gi|157942 : -T----TAT--C-TG--T-TTT-G-----CATGCTAAT-TTAAGAAAT-TA---C---TGCAGT-AA-TTTAAATAAAGA------CT--T-TTA--TA--TAAACAA-T-CT-----A--A---A-----AT--TCAG--C-CC-A-TT-CT-G-T---AAA-TGCA--G---CGA-T-ACAA------TT---GAGAATGCA-G--AACACTT--TTTCT-T----TAAATG---------T-CCC----ATTT--ATA-GAATT---------CAA----A-GG----C--TT---A-TAC-TC-TT-----A--A---AT-AA---ACTATATT------GTTTCACCCTC-TTAATGTTCAA-AA--A-CAAT-TATT-TG--G--A--
gi|157943 : ----TAT--C-TG--T--CATG-----CACGCAAGA-CTAAGAAAC-AA---T---TGTAGC-AC-CCTAAATAATGA------CC--T-TTA--CT--TTAACCG-TCTT-A--GG--G---A-----A---G--A--T-CC-G-TT-TT-G-T---ACA-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------TT---GAAAACGCT-G--ATCATTA--CTCTT-T----C-GCTG--TA-----C-TCG----TTAT--AGA-AAC-----------CAG----A-GA----A--CT---G-TTT-TA-TTCC---A--ATGTA--AT---TAGAGA--------ATTCCATCCCC-TCAATATTGAT-TT--G-CTTT-TATT-TG--G--A--
gi|157944 : ----TAT--C-TG--T-AAT-G-----CACGCAAGA-TTACGAAGC-AA---T---TGTTG--AA-CTTAA-TAATGA------CC--T-TCA--TC--TTAACCA-T-CT-AAGGG--A---A-----G------A--T-CC-G-TT-TT-A-T---ACG-TGTT-TA---A-A-T-TGTT------TT---GAAAATGCT-G--AGCATTA--CTTCT-TACTCTGAACT--CA----------------TT--AAA-GAAAC---------CAG----A-GA----A--CT---G-TTT-GA-TTTC---A--A---T--GT---AAAAGATA------ATTATATCCAC-TCTGTATTAAT-CA--A-CTAT-TA
gi|157945 : -G-----CATGCTAGA-ATCAGAAAT-AA---C---TGCAGT-AA-TTTGAACAGAGA------TA--T-TTA--------------T-TT-A---A--A---A-----AT--A--A--T-CC-C-GT-CT-G-C---ACT-TGTG-GA---T-A-T-TTGA------CT---GAAGATGCT-G--AGCACTA--CATTT-T----TAAATG--
gi|157946 : -----CATTCCAGG-TTAAGAAAT-AA---C---TGCAGT-TA-TATAAATAATGA------CC--T-ATA--TA--T-AACAA-T-CT-A------A---A-----AT--TC-A--C-CCCA-TT-CT-G-T---AAA-TGCAGCG-----A-T-ACAG------TT---GAGGGCGCA-G--AACATTT--TTTCT-T----TAAATG---------T-TCC----ATTT--ATA-GAAAT---------CAA----A-GA----C--TG---A-TAT-TC-TTTC---A--A---T--CA---ACTAGATT------GTTTCACCCTC-TTAATGTTAAA-AA--A-CTAT-TATT-TGGCG--A--T----AAGAtgacttatatgtagcttgaagaattgaatt
gi|157947 : -----CATGCAAGA-CTCAGAAAC-AA---C---TGTAGT-AA-TCTAAATGCCGA------CC--T---A--CGAAGAAATCA-T-CT-G--------------------C--A--T-CC-A-TC-ACCG-T----TC-TGTG-AG---T-A-T-CAAGAAATTATA---GAAGATGCT-G--AACACTA--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATAGCAAT----------CAA----A-GA----C--TC---G-TCT-TG-TTTC---A--AAC-A--AC---ACGAG--C------AATACATCCGT-TAAATATAAAT-AA--A-CTAT-T-TAGTG--G--AAGT----GTAAC-----TCT---AT-CTATA-AAAGTTA---ACA--TAAC-TATTGTTGAT-GC-T-GTACA-T-AC-TTTTCTTTA-------------------AAGAT--------------ACACAT-TAATAT-GGCTATAGTA
gi|157948 : -----CATGCTAGA-ATTAGAAAC-AA---T---TGCAGCGAA-CTTAA-TAAAGA------CC--T-TTT--TC--TTAATCA-C-TT-AA-GACCA---A-----ACGCT--A--T---------AT-G-T---GAT-TGTT-CA---A-A-C-GGAG------TA---GAAAATGCT-G--AACATTT--CTTTT-T----TCAATG--CA-----G-TCG----T------TA-CAGAAATC------TAA----A-AT----A--TT---C-ACT-T--TTCC---A--A---T--CT---ACGAGAGA------ATTCTATCTGC-TTAATATTAAT-GT--A-TTAC-TATT-TG--GAAA--T----AAGA-----ATCTAAAAT-TGA-ATGAAAACATTCACA--T
gi|157949 : -----CATGCAAGG-CTTAGACAC-AA---C---TGTAGT-AA-TTTAAATGCCGA------TC--T-TTG--TA--GAAATCA-T-CT-G--------------------C--A--C-CC-A-TC-AC-C-T---TTC-TGTG-AG---T-G-T-CAAGAGGTTATA---GAAGAT-CT-G--AACACTT--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATAGCAAT----------CAA----A-GA----T--TC---G-CCT-TG-TTTC---A--AAT-A--AC---ACGAG--C------ATTACATCCAT-TAAATATTAAT-TT--A-CTAC-TGAG-TG--G--AAGT----GAAACT---AT-----AT-CTATA-GCAGATA---ACA--TGAC-TATTGTAGAT-GT-T-GTCCATA-AC-TTT-ATTAAAGATACCCA
gi|157950 : -----CATGCACGT-TTAAGAAAT-GG---T---TACAGT-AA-CCTTAATTATGA----------T-TTATTTG--TCAACAA-A-TT-----A--A---A-----ATTGT--A--T-TC-A-AC-TT-G-TGAAAAA-TGTG-GG---C-A-T-GAAA------GA---GAGGATGCC-A--AACACTA--TTTCA-T----GCAATGT-CC-----T-TCT----TTTT---TA--AA-----------CGA----T-CG----C--TT---T-GTC-TC-TTTC---A--T---GCTAC---ACGCCACC--------TTCATCCTG-TAAGTGTTAAA-AAC-C-CTGT-TACA-CG--G--G--A----AAGATG---ATA----TT-TCAGACGATGAAA---ATA--TTGC-TGTATTTAAC-AA-T-GTCCA-A-AC-TTATATT
gi|157951 : -----CATGCACGT-TTAAGAAAT-GG---T---TGTAGT-AA-CCTAAATTATGA----------T-TTATTTG--TTAACAA-A-TT-----A--A---A-----AC--T--ATTT-TC-A-AC-TT-G-TGAAAAA-TGTG-GG---C-A-T-GAAA------AA---GAGGACGCC-G--AACACTA--TTTCA-T----GCAATGTTC------T-TCT----TTTT---TA--AA-----------TGAT---C-GA----C--TT---C-GTC-TC-TTTC---A--T---GCTAC---ACGTCATC------GT--CTTCCTT-TAAGTGTTAAA-AC--C-TTAT-TACA-CG--G--G--A----GTGATG---AT-----ATCTCAGACAATGAAA---ATA--TTAA-TATAGTTAAC-AA-T-GTCCA-A-AC-TTACATT
gi|157952 : -----CATGCTAGA-ATTAGAAAC-AA---T---TGCTGC-AAACTTAA-TAATGA------CC--T-TTT--TC--TTAATCA-A-TT-A--AG--ACC-A-----A------A--C-GC-T-TT-AT-G-T---GAT-TGTT-TC---A-A-T-GGAG------TA---GAAAATGCT-G--AACATTT--CTTTT-T----CAA-TA--CA-----G-TCA----TT------A-CAG-----------AAATCTAA-GAT---A--TT---C-ACT-T--TTCC---A--A---T--CT---ACGAGAGA------ATTTCATCTGC-TTAATATTAA---------TGT-------------A--T----TA--CT---AT------T-TCGAAAGAAGA-----ATC--TAAC-TTTGGACGAA-AG-T-ATTCA-A-ATATTTCA
gi|157953 : ATGCTAGA-TTATGAAAT-AA---T---TACAGC-AA-CCTAAATTAAAA------TC--T-ATA--TT--TAAATCA-C-CT-T------A---A-----AT--T--A--AACC-A-TT-TT-G-T---AAC-TGTAGCG-----A-C-ACAA------CT---GAAGACGCT-G--AGCATTT--CTTTT-T----TAAATG--CC-----C-TAT----TTAT---TA-AAA-----------TGA----ACGA----A--TT---G-TCT-TA-TTCC---A--
gi|157954 : TGCTAGG-TTAAGAAAT-AA---C---TGCAGT-CA-TTTAAATAATGA------CC--T-CT-------------A-T-AT-A--AA--C---A-----AT--T--C--T-GT-A-A--AT-G-C---AGC-GATA-C-----------AAG------T----GAGGACGCA-G--AACATTT--TTTCT-T----TAAATG---------T-TCC----AGTT---------------------AA----A-GA----A--ATCAAA-GGC-TG-TTTC---A--GTC-A--AC---TT--GATT------GTTTCACCCTC-TTGATGTT-AA-AA--G-CTAT-TATT-TG--G--A--
gi|157955 : GCAAGA-TTAAGAAGC-AAGTGTACATGTAGT-AA-TTTAAATAATCATGTGTTCC--T-TTA--C--------CA-T-ATCA--GA--ACTAATTCTTAT--T--A--T-CC-A-C------------GC-TGTG--------G-T-GAAA------TT---GAAGATGCT-G--AGCATTA--TATTT-T----CAAATG-------------------------TA-CAACGAATAGAACCCAA----A-GA----T--TA---A-AAT-TA-TCT-----------A--ACTCGACAAGAGT------ATTTCTCCTAC-TAAGTA-CACA-GT--G-CCGTCTATA-TG--G--A--
gi|157956 : ATCA-T-AT-T--GA--G---A-----AT--T--A--C-CC-A-AC-AT-G-----AAC-T-----------------------------------TGC-----AACATTA--TTTTT-T----TAATTG--AA-----T-TCT----CTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAC-TA-TTTTTAAA--A---A--AA---ACAAGGCT------GTTCCAACCAC-TTAAAGTCAAA-AA--T-CTGC-TATA-CG--G--C--T----CAGACG---ATC----AC-TCATATG-AGACAT--ACA--TAAA-C------------------------C-TTTTATTCACGA-ATCAAGAATCGGGCAAAGATT--------CGT-AA-A-AT-TAACTT-CGTAATGGTATTTTGTTTCTC
gi|157957 : --GA--G---A-----AT--T--A--T-CC-A-AC-A--G-T---CACGTGTA-CA---C-A-T-GGAG------TG---GAAGAAGCA-G--AACGTTA--CATGT-T----TACATG--AA-----T-TATATATCTTT--GTA-GAA-----------CAA----A-AC----A--TT---A-AAC-TG-TTTC---A--A---A--AC---ATAAGACT------GTTCCATATAC-TTAGTG-GGAA-CA--G-TTGT-TATA-TG--G--A--
gi|157958 : -AT-G-T---GAT-TGTT-CC---A-A-T-GGAG------TA---GAAAATGCT-G--AACATTT--CTTTT-T----TCAATG--CA-----G-TCT----TTatcacac
gi|157959 : atAGGTT------GTTCCATTAAC-TTAATGTCAAA-AAAAG-ACGG-TATA-TG--G--A--T----CAGCCG---TTC----AT-TCATACAAGGACA---ACA--TAAG-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCG-A-AC-TTTCATCTACGA-AT------------------T--------C-C-AACA-AT-TAATTT-CGATATAGTATTTTGTTTTTCTCTTCTGGCTCTGTAACATCTACCACAATATGACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAA
gi|157960 : aCAC-TCAATGTCAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CAGACG---ATC----AT-TCGTATGAAGACA---ACA--TAAA-TTTATTCGGA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTA-TGTTATAGTATTTTGATTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACACCATAACCGATCGCATGAATATCAGTGATCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACA-----TATGTGTATGTGTGTGTAT
gi|157961 : CG---ATC----AT-TCATATGAGGA-A---ATA--TAAA-CCT-TTATAA-AG-T-GTCCC-A-AT-TTTCATTCACGA-ATCAAG---------AAGATTGGATACAAC-TGAATA-CT-TAACTT-GGTAAAAGTATCTTGTTTCTCTTTCTTATCTCTGTCATATCTACTGTAGCAGGACCGATCGTGCGAATGACAATAACCAATCAGTCGTTAAAGA-TAGTAC-TTGTGTGCGAGCGTTA-ATGCGTGCGTATGTGT
gi|157962 : ACTGTAACATGACCGATCGCATGAATGTCAGTGACCAACC---------AGCTTTATA---TATATATG-----TACATGTGTGTGTGTGTGT
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 11111111111 11111111 333333333333333333333333333333 1111111 2222222222222222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444 222222 1111111111 11111111 11111111 11111 1111111111 2222222222222 222222222 11111
lowQualScore : 77 77 0 2222 44 2 2 5 33 1 0000 22 3 22 66666666666 1 1 2222222 1 1 1 4444444 11 2 22222222 1 55 000000000000000000000000000000 66666666 2 1 2222222 1111111111111111111111111111 1 11 11 1 2222 666666666666666666666666666666666666666666 5555 1 6666666 5555555 1 5 1 222 11 333333 555 1 3333333333 2 1 1 1 0 22222222 1 1 66 44 22222222 4444 22222 3 9 3 555 22 33 3 55 22 33 22 2 1 6 4 2 5 0 1 6 0 5555555555 1111111111111 4444 4 1 222222222 5 1 44444 0
lowQualScore : .. .. . .... .. . . . .. . .... .. . .. ........... . . ....... . . . ....... .. . ........ . .. .............................. ........ . . ....... ............................ . .. .. . .... .......................................... .... . ....... ....... . . . ... .. ...... ... . .......... . . . . . ........ . . .. .. ........ .... ..... . . . ... .. .. . .. .. .. .. . . . . . . . . . . .......... ............. .... . . ......... . . ..... .
lowQualScore : 99 99 7 1111 22 3 9 7 44 9 7777 44 5 44 88888888888 2 2 1111111 2 2 0 6666666 66 4 33333333 1 66 666666666666666666666666666666 55555555 2 1 0000000 6666666666666666666666666666 1 55 66 1 4444 555555555555555555555555555555555555555555 8888 3 8888888 0000000 3 2 3 444 99 666666 444 6 5555555555 3 5 3 0 4 00000000 4 5 33 22 77777777 0000 66666 8 1 8 222 66 55 2 66 00 00 77 2 8 7 4 2 2 2 5 2 2 1111111111 0000000000000 2222 0 1 999999999 7 4 33333 1
consensus : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATNATGA------CC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-NT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-N-C-NT-G-T---ANC-TGTN-CG---C-A-T-GNAG------TN---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAAATG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-NNT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACGAGATC------GTTCCATCCAC-TNAATGTTAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----NAGACG---ATC----AT-TCATACGAAGACA---ACA--TAAA-TNTNTTCGAA-AG-T-GTCCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCGCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACG-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
Reference ( family-538 ) : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATNATGA------CC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-NT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-N-C-NT-G-T---ANC-TGTN-CG---C-A-T-GNAG------TN---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAAATG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-NNT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACGAGATC------GTTCCATCCAC-TNAATGTTAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----NAGACG---ATC----AT-TCATACGAAGACA---ACA--TAAA-TNTNTTCGAA-AG-T-GTCCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCGCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACG-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
gi|157921 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAACATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACTATGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAATA--T-AC---T---TGTAGT-AA-CTTAAATCATGA------TC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-AT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-A-C-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-GGAG------TG---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAACTG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACAAGGTT------GTTCAATCCAC-TCAATGTCAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CAGACG---ATC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAAATT-CGTTTTAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACA-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
gi|157922 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAAAACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TAAACTACGGT-A-TA--CGAATA-T----TTT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAATTCATGA------TC--T-TTG--CG--TTAATCA-T-AT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-A-C-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-GGAG------TG---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAACTG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACAAGGTT------GTTCCATCCAC-TCAATGTCAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CGTCTG---ATC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AA-T-ATTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGGCCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACA-----TATATATGTGTGTGTGTGT
gi|157923 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTCAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCAGAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTGAAATCATGA------TC--T-TTA--CG--TTAATAA-T-AT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-A-C-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-GGAG------TA---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAACTG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACAAGGTT------GTTTCATCCGC-TCAATGTCAAA-AA--G-ATGT-TATA-TG--G--A--T----AAGACG---AAC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCCG---------AAGATT--------C-C-AATA-AC-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGATTCTGTAACAGCTACCTCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATGTTTG-----TGTGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|157924 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCCTTATCAATACATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTGCAAAACACT--
gi|157925 : ATTCCATCAGGTGTCTTTTTATGGAATCAACTAGATCAT--CTGC---------------ATCTTTTTCAATTTTTAAACATAAC---ATGCGTA---GTCTGAATGGAAACAAACATA-TTCCTTTATATT--TTATGCATGGC-A-AA--CGATTT-G----TGT--C-TA--T-ACA-C-----CATGCTAGA-TTGCGAAAT-GA---T---TGCAGC-AA-CCTAAATTATGA------TC--T-TTA--TT--TTAATCA-T-CTTA--GA-------------T--T--AAGT-CC-A-T-T-TT-G-T---AAT-TGTA-GT---A-A-C-ACAG------CT---GAAGATGCT-T--AACATTT--CTTTT-T----TAAATG-----------TCT----TATT---TA-CAA-----------AAA----T-GAACGTA--TT---G-TCT-TGTTC-C---A--T---T--CT---ATTAGAAT------GTTTCACCCAT-TAAAT-TTAAATAA--A-CTGT-TGTG-TG--G-----------AGATGCATATC----TC-TCATTTCAACAAA---ACA--TA
gi|157926 : TTGCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATGATCAATTTATAAACGAAACATTATAAATACTTGTTTTCATC----CATTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATCATGA------TC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-AT-A--GA--A---A-----TT--T--A--T-CC-A-A-C-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-TAAG------TG---GAAGATGCT-G--AACATTA--CATTT-T-----AACTG--CA-----T-TAT----TTTT--GTA-CAA-----------CAT----A-AA----A--TT---A-AAT-TATTT-----A--A---A--AC---CCAAGGTT------GTTCCATTCAC-TCGTTGTCAAA-AA--A-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CCGACG---ATC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT-------------------------T-CGTTATAGTATTTTGTTTTCCTCCCCCGACTCTGTAACAGCTACCGCCCCATAACCTATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TGATACTTTAAATACA-----TATATGTGT--GTAT
gi|157927 : ATCAACAGTTTCGTTATGGAATCAACTA--CCAGAGTAGTTTTAAGAGAAGCACCGTCATTAACAACAAATAAACGGAATCTCCTAAATACTTGTTTCCACC----CAGTTACTGTTCAAAATGACT--TGAAACACGGT-A-AA--CGAATA-T----T-T--T-TGCAC-ACA-T-----CATGCAAGA-TTAAAAACT-AA---T---TGTAGT-AA-TACAAAACATGA------TG--T-TTA--CG--TTAATCA-A-AT-T--GA--A---A-----AT--T--G--C-CG-A-G-C-AA-A-C---TTC-TAAA-AA---C-A-T-AGAG------TG---G-AGACGCTCGGTAACTTTA--ATTTCAT----TAA
gi|157928 : TTACAATACCTCAACACT--TTTATTATGGA-AATA---GAAAA-T----TGT--C-AG--TTATA-T-----TA-GCAAGA-TTAAAATAT-AA---T---TGTAGT-AA-TTTAAATAATGA------CT--TATTC--CG---TAACCA-TATT-A--GA--ACT-G-----AT--T--------------C-TT-G-T-------TGTC-CA---C-ATT-GTGGTCATA-TT---GAAGATGCT-G--AGCATTA--TTTTT-T----CAAATG--CA-----CAAC-----------ATA-CAGAACC-------CAA----A-GA----T--TA---A-CAT-TA-TT-C---A--A---C--TCT--ACAAGATC------ATTTCACCCTC-TAAGTA-CACA-TC--GCCTTC-TATA-CGGAG--A--TGA--AAGACT---ATC-------TCATGTTA--GCA---ATA--TTAT-TATAGTC-AA-AG-CGGTACA-ATAC-TAT-ATCAAAGA-ATCTAA---------ACGCTT--------T-G-CATA-ATCTTATTTATGTTTTCCTGTCTTGTTTTT
gi|157929 : GTCCCAAAATATTATTTAA--GTGGT-G-TA--AGAATT-T----CAT--C-AA--T-ATA-C-----CATGCTCGA-ATTAGAAAT-CA---A---TGTAGT-AA-TTTAAATTCAGA------TTTGT-TTA------TAAATCA-C-TTGA--GAC-A---A-----A------A--C-TC-T-A-C-AT-G-T---GAC-TGTG--G---T-AGT-GACA------TT---GAAGATGCA-G--AGCACTA--TTTTT-T----TAAGTG--TAAACGCT-ACG----TTT----TA-CAA------------AA----A-CA--------C---A-ACC-TGTTT-T---T--G---A--CT---ACAAGAAT------TTTCCATCCCT-TGAGCACAAAC-AA--A-CTAT-TGT
gi|157930 : AAAATATT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TT--C-ACA-G-----CATACAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGA-AA-CTTAAATCATGA------CC--T-GTA--CA--TTAATCA-T-AT-A--AA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-A-C-AT-G-T---ATC-TCAA-CG---C-A-T-GTAG------TG---GAAAA
gi|157931 : ACACT--TTTATTATGGA-AATA---GAAAA-T----TTT--C-AG--TTATA-T-----TA-GCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGCAGT-AA-TTTAAATAATGA------CT--TGTTC--CG---TAACCG-TATT-A--GA--ACT-G-----AT--T--------------T-TT-G-T-------TGTC-CA---C-ATT-GTGGTAATA-TT---GAAGATGCT-G--AGCATTATTTTTTT-T----TAAATG--CA-----CAAC-----------ATA-CAGAACC-------CAA----A-G-----A--TT---ATCAT-TA-TT-C---A--A---C--TCG--ACAAGATC------ATTTCACCCTC-TTAA
gi|157932 : ACCCT--CTTACCATAGTGA-TGGTCAGATA-TA---TATAGC-TG--CTAT--G-----CATGCAAGA-TAGCGAACC-AA---A---TGTAAC-AA-CTTGAACAATGA------CC--T-TTA--CC--TTAATCACC-TT-A--G--------------T--C--A--C-CT-ACG-CGAT-GAC---ACC-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------TA---GAAGATGCT-G--ATAATTA--CCTTT-T----TAAATG--CA-----A-TCT----TT
gi|157933 : ACT--ATAGTTATGGT---CA--CAAATA-TA---TAT--C-TG--CTAT--G-----CATGCAAAA-TTGCGAACCCAA---A---TGGAGC-AA-CTTGAACAATGA------CC--T-TCA--CC--TTAATCA-T-GT-A--CA--C---G-----AT--G--A--C-CC-T-T-T-TT-G-T---ACC-TGTT-CA---A-G-T-TCTA------TA---GAAGATGCT-G--TTCATTA--CCTTT-T----TAGCTG--CA-----A-TCT----TTTT--AGG-AAC-----------CAG----A-GA----A--TT---G-TCT-TATTT-
gi|157934 : CATGGT-A-AA--CGA-TG-TG---TCT--C-AG--T-TTA-T-----CATGCAAGGCTTAAGAAAC-AA---C---TGTAGT-AA-TCTAAATGCCGA------TC--T-TTG--TA--GAAACCA-T-CT-G--------------------C--A--C-CC-A-T-C-ACCG-T----TC-TGTG-AG-------T-GTTA------TA---GAAGTTGCT-G--AACACTA--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATAGCAAT----------CAA----A-GA----AACTC---A-TCT-TGTTT-C---A--AAC-A--AC---ACGAG--C------ATTACATCCAT-TAAATATTAAT-CT--A-CTAT-TGAG-TG--G--AAGT----GAAACT---AT-----AT-CTATA-GAAGACA---ACA--TAAC-TATTGTAGAT-GC-T-GTCCATA-AC-TTT-ATT
gi|157935 : ACAGT-A-TG--CGA-TA-C----TAC--C-TG--C---------------TAGAA-TTA-GAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-TTTAAACAATGA------TT--T-GTA--TA--ATAATCA-T-CT-------------------T--C--G--T-CA-A-GAC-CT-------ATT-TATC-CT---C-A-TTGTGG------CT---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----CAAATG--TA-----C-CA--------T--GTA-CAG-----------AAATC--A-AAT---A--TT---A-ACCATGTTC-C---ATTA---A--AC---A--AGACC------TTTTCATCCTC-CAAGTACTAAG-TT--T-TTAT-TATA-TGGAG--A--TGTGAAAAAAG---A----------CATATGAAGAAA---ATA--TA
gi|157936 : A--CAGATACT----TAT--C-AA--C-TCT-G-----CATGCTAGA-ATCAGAAAT-AT---C---TGCAGT-AA-TTTGAATAGTGA------TA--T-GTA--TT--TAAACCA-T-TT-A--AA--A---A-----AT--A--A--T-CC-C-G-T-CT-G-T---ACT-TGTG-GA---T-A-T-TTGA------CC---GAAGATGCT-G--AGCACTA--CATTT-T----TAAATG--TG-----A-CTT----ATAT--GTAGCTT-----------C-A----A-GA----A--TT---G-ATT-T-TTT-T---A--GCTCA--AT---TAGAGCTCAATTAAATTCCACCCAA-TAGGT-TTAAG-GAT-G-ATAT-TATA-TG--GCAA--T----TCTA-----ATC----TT-GTATACGATGATA---ATACTTAAA-TATTT---AA-AGCT-GTACA-ACAC-TTTAAT
gi|157937 : --CGAATA-TACATTAT--C-TG--C--TATG-----CATGCAGGA-TTACGAAAC-AA---A---TGAAGC-AA-TTAGAATAATGA------GC--T-TTA--CC--TTAATCA-C-CA-T--GG--A---G-----AT--G--A--A-CC-T-T-T-TT-G-T---ACT-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------CA---GAGGATGCT-G--AGTATTA--CTTTT-T----TAGTTG--CA-----A-TTT----GTTTAGGGA-C-------------CAG----G-GA----A--CG---G-TCT-TATTT-----A--ACTCA--AC---TGGGGA--------GTTTCACCCAT-TAAA
gi|157938 : GGATA-T----AGT--C-TG--T-AGA-A-----CGAACACGT-TTAAGAAAT-GG---T---TGCAGT-AG-CCTAAATTATGA------TT--T-ATG--TG--TTAACAA-A-TT-----A--A---A-----AC--T--ATTT-TC-A-A-C-TT-G-TGGAGAA-TGTG-TG---C-A-T-GAAA------AA---GAGGACGCC-G--AACACTA--TTTCA-T----GCAATGT-CC-----T-TCT----TTTT--TT-----------------AA----A-TG----A--TC---G-TCC-C-TTT-C---A--T---GCTAC---ACGTCATC--------TTCAT-CACTTAAATGTTAAA-AC--C-TTAT-TACA-CG--G--G--A----GTGATG---AT-----ATCTCAGACAATGAAA---AAA--AAAATTATATTTTAACAA-T-GTCCA-A-AC-TTACATTAAAGA---CTA----------AACATT--------T-T-GATA-AA-CAAT
gi|157939 : ATA-TG---TGT--CATG--C-ACA-----------CAAGA-CTACGAAGC-AA---T---TGTAGC-AA-CCTAAATTATGA------CC--T-TTA--CC--TTAACCA-TCTT-A--GG--G---T-----A---G--A--T-CC-A-T-T-TT-G-C---ACG-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------TT---GAAAACACT-G--ATCATTA--CTTCT-T----TCACTG--TA-----C-TCA----TTAT--AGA-AAC-----------CAG----A-GA----A--CT---A-
gi|157940 : A-T----TAG--C-AG--T-TCA-A-----CATGCCCGT-TTAAGGAAT-GA---T---TGCAGT-AA-CTGAAATGGTGA------TC--T-ATA--TA--TTAACCA-C-CT-A--AG--G---G-----AT--A--G--T-CC-G-T-T-TT-G-T---GTT-TGTG--G---T-AGT-GAAC------TT---GAAGATGCA-G--AACATTgaatacaagcatacacaaagt
gi|157941 : -T----TAT--CGTG--C-A-A-GTGTATCATGCAAGG-CTTAGAAAT-AA---C---TGTAGT-AA-TTTAAATGCCGA------TC--T-TTG--TA--GAAATCA-T-CT-G--------------------C--A--C-CC-A-T-C-AC-C-T---TTC-TGTG-AGTGTC-A-T-GAGG------TTATAGAAGATGCT-G--AACACTA--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATA-GAAAT---------CAA----A-GA----C--TC---G-TCT-TGTTTTC---A--AAC-A--AC---ACGAG--T------ATTACATCCAT-TAAATATTAAT-CT--A-CTAC-TGAG-TG--G--AAGT----GAAACT---AT-----AT-CTATA-GCAGATA---ACA--TAAC-TATTGTAGAT-GC-T-GTCCATA-AC-TGT-ATTAAAGATACCCAT----------AGATT--------T-T-TATA----TAAT
gi|157942 : -T----TAT--C-TG--T-TTT-G-----CATGCTAAT-TTAAGAAAT-TA---C---TGCAGT-AA-TTTAAATAAAGA------CT--T-TTA--TA--TAAACAA-T-CT-----A--A---A-----AT--TCAG--C-CC-A-T-T-CT-G-T---AAA-TGCA--G---CGA-T-ACAA------TT---GAGAATGCA-G--AACACTT--TTTCT-T----TAAATG---------T-CCC----ATTT--ATA-GAATT---------CAA----A-GG----C--TT---A-TAC-TCTT------A--A---AT-AA---ACTATATT------GTTTCACCCTC-TTAATGTTCAA-AA--A-CAAT-TATT-TG--G--A--
gi|157943 : ----TAT--C-TG--T--CATG-----CACGCAAGA-CTAAGAAAC-AA---T---TGTAGC-AC-CCTAAATAATGA------CC--T-TTA--CT--TTAACCG-TCTT-A--GG--G---A-----A---G--A--T-CC-G-T-T-TT-G-T---ACA-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------TT---GAAAACGCT-G--ATCATTA--CTCTT-T----C-GCTG--TA-----C-TCG----TTAT--AGA-AAC-----------CAG----A-GA----A--CT---G-TTT-TATTC-C---A--ATGTA--AT---TAGAGA--------ATTCCATCCCC-TCAATATTGAT-TT--G-CTTT-TATT-TG--G--A--
gi|157944 : ----TAT--C-TG--T-AAT-G-----CACGCAAGA-TTACGAAGC-AA---T---TGTTG--AA-CTTAA-TAATGA------CC--T-TCA--TC--TTAACCA-T-CT-AAGGG--A---A-----G------A--T-CC-G-T-T-TT-A-T---ACG-TGTT-TA---A-A-T-TGTT------TT---GAAAATGCT-G--AGCATTA--CTTCT-TACTCTGAACT--CA----------------TT--AAA-GAAAC---------CAG----A-GA----A--CT---G-TTT-GATTT-C---A--A---T--GT---AAAAGATA------ATTATATCCAC-TCTGTATTAAT-CA--A-CTAT-TA
gi|157945 : -G-----CATGCTAGA-ATCAGAAAT-AA---C---TGCAGT-AA-TTTGAACAGAGA------TA--T-TTA--------------T-TT-A---A--A---A-----AT--A--A--T-CC-C-G-T-CT-G-C---ACT-TGTG-GA---T-A-T-TTGA------CT---GAAGATGCT-G--AGCACTA--CATTT-T----TAAATG--
gi|157946 : -----CATTCCAGG-TTAAGAAAT-AA---C---TGCAGT-TA-TATAAATAATGA------CC--T-ATA--TA--T-AACAA-T-CT-A------A---A-----AT--TC-A--C-CCCA-T-T-CT-G-T---AAA-TGCAGCG-----A-T-ACAG------TT---GAGGGCGCA-G--AACATTT--TTTCT-T----TAAATG---------T-TCC----ATTT--ATA-GAAAT---------CAA----A-GA----C--TG---A-TAT-TCTTT-C---A--A---T--CA---ACTAGATT------GTTTCACCCTC-TTAATGTTAAA-AA--A-CTAT-TATT-TGGCG--A--T----AAGAtgacttatatgtagcttgaagaattgaatt
gi|157947 : -----CATGCAAGA-CTCAGAAAC-AA---C---TGTAGT-AA-TCTAAATGCCGA------CC--T---A--CGAAGAAATCA-T-CT-G--------------------C--A--T-CC-A-T-C-ACCG-T----TC-TGTG-AG---T-A-T-CAAGAAATTATA---GAAGATGCT-G--AACACTA--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATAGCAAT----------CAA----A-GA----C--TC---G-TCT-TGTTT-C---A--AAC-A--AC---ACGAG--C------AATACATCCGT-TAAATATAAAT-AA--A-CTAT-T-TAGTG--G--AAGT----GTAAC-----TCT---AT-CTATA-AAAGTTA---ACA--TAAC-TATTGTTGAT-GC-T-GTACA-T-AC-TTTTCTTTA-------------------AAGAT--------------ACACAT-TAATAT-GGCTATAGTA
gi|157948 : -----CATGCTAGA-ATTAGAAAC-AA---T---TGCAGCGAA-CTTAA-TAAAGA------CC--T-TTT--TC--TTAATCA-C-TT-AA-GACCA---A-----ACGCT--A--T----------AT-G-T---GAT-TGTT-CA---A-A-C-GGAG------TA---GAAAATGCT-G--AACATTT--CTTTT-T----TCAATG--CA-----G-TCG----T------TA-CAGAAATC------TAA----A-AT----A--TT---C-ACT-T-TTC-C---A--A---T--CT---ACGAGAGA------ATTCTATCTGC-TTAATATTAAT-GT--A-TTAC-TATT-TG--GAAA--T----AAGA-----ATCTAAAAT-TGA-ATGAAAACATTCACA--T
gi|157949 : -----CATGCAAGG-CTTAGACAC-AA---C---TGTAGT-AA-TTTAAATGCCGA------TC--T-TTG--TA--GAAATCA-T-CT-G--------------------C--A--C-CC-A-T-C-AC-C-T---TTC-TGTG-AG---T-G-T-CAAGAGGTTATA---GAAGAT-CT-G--AACACTT--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATAGCAAT----------CAA----A-GA----T--TC---G-CCT-TGTTT-C---A--AAT-A--AC---ACGAG--C------ATTACATCCAT-TAAATATTAAT-TT--A-CTAC-TGAG-TG--G--AAGT----GAAACT---AT-----AT-CTATA-GCAGATA---ACA--TGAC-TATTGTAGAT-GT-T-GTCCATA-AC-TTT-ATTAAAGATACCCA
gi|157950 : -----CATGCACGT-TTAAGAAAT-GG---T---TACAGT-AA-CCTTAATTATGA----------T-TTATTTG--TCAACAA-A-TT-----A--A---A-----ATTGT--A--T-TC-A-A-C-TT-G-TGAAAAA-TGTG-GG---C-A-T-GAAA------GA---GAGGATGCC-A--AACACTA--TTTCA-T----GCAATGT-CC-----T-TCT----TTTT---TA--AA-----------CGA----T-CG----C--TT---T-GTC-TCTTT-C---A--T---GCTAC---ACGCCACC--------TTCATCCTG-TAAGTGTTAAA-AAC-C-CTGT-TACA-CG--G--G--A----AAGATG---ATA----TT-TCAGACGATGAAA---ATA--TTGC-TGTATTTAAC-AA-T-GTCCA-A-AC-TTATATT
gi|157951 : -----CATGCACGT-TTAAGAAAT-GG---T---TGTAGT-AA-CCTAAATTATGA----------T-TTATTTG--TTAACAA-A-TT-----A--A---A-----AC--T--ATTT-TC-A-A-C-TT-G-TGAAAAA-TGTG-GG---C-A-T-GAAA------AA---GAGGACGCC-G--AACACTA--TTTCA-T----GCAATGTTC------T-TCT----TTTT---TA--AA-----------TGAT---C-GA----C--TT---C-GTC-TCTTT-C---A--T---GCTAC---ACGTCATC------GT--CTTCCTT-TAAGTGTTAAA-AC--C-TTAT-TACA-CG--G--G--A----GTGATG---AT-----ATCTCAGACAATGAAA---ATA--TTAA-TATAGTTAAC-AA-T-GTCCA-A-AC-TTACATT
gi|157952 : -----CATGCTAGA-ATTAGAAAC-AA---T---TGCTGC-AAACTTAA-TAATGA------CC--T-TTT--TC--TTAATCA-A-TT-A--AG--ACC-A-----A------A--C-GC-T-T-T-AT-G-T---GAT-TGTT-TC---A-A-T-GGAG------TA---GAAAATGCT-G--AACATTT--CTTTT-T----CAA-TA--CA-----G-TCA----TT------A-CAG-----------AAATCTAA-GAT---A--TT---C-ACT-T-TTC-C---A--A---T--CT---ACGAGAGA------ATTTCATCTGC-TTAATATTAA---------TGT-------------A--T----TA--CT---AT------T-TCGAAAGAAGA-----ATC--TAAC-TTTGGACGAA-AG-T-ATTCA-A-ATATTTCA
gi|157953 : ATGCTAGA-TTATGAAAT-AA---T---TACAGC-AA-CCTAAATTAAAA------TC--T-ATA--TT--TAAATCA-C-CT-T------A---A-----AT--T--A--AACC-A-T-T-TT-G-T---AAC-TGTAGCG-----A-C-ACAA------CT---GAAGACGCT-G--AGCATTT--CTTTT-T----TAAATG--CC-----C-TAT----TTAT---TA-AAA-----------TGA----ACGA----A--TT---G-TCT-TATTC-C---A--
gi|157954 : TGCTAGG-TTAAGAAAT-AA---C---TGCAGT-CA-TTTAAATAATGA------CC--T-CT-------------A-T-AT-A--AA--C---A-----AT--T----------------CT-G-T---AAA-TGCA--G---CGA-T-ACAA------GT---GAGGACGCA-G--AACATTT--TTTCT-T----TAAATG---------T-TCC----AGTT---------------------AA----A-GA----A--ATCAAA-GGC-TGTTT-C---A--GTC-A--AC---TT--GATT------GTTTCACCCTC-TTGATGTT-AA-AA--G-CTAT-TATT-TG--G--A--
gi|157955 : GCAAGA-TTAAGAAGC-AAGTGTACATGTAGT-AA-TTTAAATAATCATGTGTTCC--T-TTA--C--------CA-T-ATCA--GA--ACTAATTCTTAT--T--A--T-CC-A-C-------------GC-TGTG--------G-T-GAAA------TT---GAAGATGCT-G--AGCATTA--TATTT-T----CAAA-----------------------T--GTA-CAACGAATAGAACCCAA----A-GA----T--TA---A-AAT-TATCT------------A--ACTCGACAAGAGT------ATTTCTCCTAC-TAAGTA-CACA-GT--G-CCGTCTATA-TG--G--A--
gi|157956 : ATCA-T-AT-T--GA--G---A-----AT--T--A--C-CC-A-A-C-AT-G-----AAC-T-----------------------------------TGC-----AACATTA--TTTTT-T----TAATTG--AA-----T-TCT----CTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAC-TATTT-TTAAA--A---A--AA---ACAAGGCT------GTTCCAACCAC-TTAAAGTCAAA-AA--T-CTGC-TATA-CG--G--C--T----CAGACG---ATC----AC-TCATATG-AGACAT--ACA--TAAA-C------------------------C-TTTTATTCACGA-ATCAAGAATCGGGCAAAGATT--------CGT-AA-A-AT-TAACTT-CGTAATGGTATTTTGTTTCTC
gi|157957 : --GA--G---A-----AT--T--A--T-CC-A-A-C-A--G-T---CACGTGTA-CA---C-A-T-GGAG------TG---GAAGAAGCA-G--AACGTTA--CATGT-T----TACATG--AA-----T-TATATATCTTT--GTA-GAA-----------CAA----A-AC----A--TT---A-AAC-TGTTT-C---A--A---A--AC---ATAAGACT------GTTCCATATAC-TTAGTG-GGAA-CA--G-TTGT-TATA-TG--G--A--
gi|157958 : T-G-T---GAT-TGTT-CC---A-A-T-GGAG------TA---GAAAATGCT-G--AACATTT--CTTTT-T----TCAATG--CA-----G-TCT----TTatcacac
gi|157959 : ataAGGTT------GTTCCATTAAC-TTAATGTCAAA-AAAAG-ACGG-TATA-TG--G--A--T----CAGCCG---TTC----AT-TCATACAAGGACA---ACA--TAAG-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCG-A-AC-TTTCATCTACGA-AT------------------T--------C-C-AACA-AT-TAATTT-CGATATAGTATTTTGTTTTTCTCTTCTGGCTCTGTAACATCTACCACAATATGACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAA
gi|157960 : aCAC-TCAATGTCAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CAGACG---ATC----AT-TCGTATGAAGACA---ACA--TAAA-TTTATTCGGA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTA-TGTTATAGTATTTTGATTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACACCATAACCGATCGCATGAATATCAGTGATCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACA-----TATGTGTATGTGTGTGTAT
gi|157961 : CG---ATC----AT-TCATATGAGGA-A---ATA--TAAA-CCT-TTATAA-AG-T-GTCCC-A-AT-TTTCATTCACGA-ATCAAG---------AAGATTGGATACAAC-TGAATA-CT-TAACTT-GGTAAAAGTATCTTGTTTCTCTTTCTTATCTCTGTCATATCTACTGTAGCAGGACCGATCGTGCGAATGACAATAACCAATCAGTCGTTAAAGA-TAGTAC-TTGTGTGCGAGCGTTA-ATGCGTGCGTATGTGT
gi|157962 : ACTGTAACATGACCGATCGCATGAATGTCAGTGACCAACC---------AGCTTTATA---TATATATG-----TACATGTGTGTGTGTGTGT
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 11111111111 11111111 333333333333333333333333333333 1111111 2222222222222222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444 222222 1111111111 11111111 11111111 11111 1111111111 2222222222222 222222222 11111
lowQualScore : 77 77 0 2222 44 2 2 5 33 1 0000 22 3 22 66666666666 1 1 2222222 1 1 1 4444444 11 2 22222222 1 55 000000000000000000000000000000 66666666 2 1 2222222 1111111111111111111111111111 1 11 11 1 2222 666666666666666666666666666666666666666666 5555 1 6666666 5555555 1 5 1 222 11 333333 555 1 3333333333 2 1 1 1 0 22222222 1 1 66 44 22222222 4444 22222 3 9 3 555 22 33 3 55 22 33 22 2 1 6 4 2 5 0 1 6 0 5555555555 1111111111111 4444 4 1 222222222 5 1 44444 0
lowQualScore : .. .. . .... .. . . . .. . .... .. . .. ........... . . ....... . . . ....... .. . ........ . .. .............................. ........ . . ....... ............................ . .. .. . .... .......................................... .... . ....... ....... . . . ... .. ...... ... . .......... . . . . . ........ . . .. .. ........ .... ..... . . . ... .. .. . .. .. .. .. . . . . . . . . . . .......... ............. .... . . ......... . . ..... .
lowQualScore : 99 99 7 1111 22 3 9 7 44 9 7777 44 5 44 88888888888 2 2 1111111 2 2 0 6666666 66 4 33333333 1 66 666666666666666666666666666666 55555555 2 1 0000000 6666666666666666666666666666 1 55 66 1 4444 555555555555555555555555555555555555555555 8888 3 8888888 0000000 3 2 3 444 99 666666 444 6 5555555555 3 5 3 0 4 00000000 4 5 33 22 77777777 0000 66666 8 1 8 222 66 55 2 66 00 00 77 2 8 7 4 2 2 2 5 2 2 1111111111 0000000000000 2222 0 1 999999999 7 4 33333 1
consensus : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATNATGA------CC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-NT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-N-C-NT-G-T---ANC-TGTN-CG---C-A-T-GNAG------TN---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAAATG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-NNT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACGAGATC------GTTCCATCCAC-TNAATGTTAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----NAGACG---ATC----AT-TCATACGAAGACA---ACA--TAAA-TNTNTTCGAA-AG-T-GTCCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCGCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACG-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
Reference ( family-538 ) : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATNATGA------CC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-NT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-N-C-NT-G-T---ANC-TGTN-CG---C-A-T-GNAG------TN---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAAATG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-NNT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACGAGATC------GTTCCATCCAC-TNAATGTTAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----NAGACG---ATC----AT-TCATACGAAGACA---ACA--TAAA-TNTNTTCGAA-AG-T-GTCCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCGCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACG-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
gi|157921 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAACATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACTATGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAATA--T-AC---T---TGTAGT-AA-CTTAAATCATGA------TC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-AT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-A-C-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-GGAG------TG---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAACTG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACAAGGTT------GTTCAATCCAC-TCAATGTCAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CAGACG---ATC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAAATT-CGTTTTAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACA-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
gi|157922 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAAAACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TAAACTACGGT-A-TA--CGAATA-T----TTT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAATTCATGA------TC--T-TTG--CG--TTAATCA-T-AT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-A-C-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-GGAG------TG---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAACTG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACAAGGTT------GTTCCATCCAC-TCAATGTCAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CGTCTG---ATC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AA-T-ATTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGGCCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACA-----TATATATGTGTGTGTGTGT
gi|157923 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTCAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCAGAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTGAAATCATGA------TC--T-TTA--CG--TTAATAA-T-AT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-A-C-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-GGAG------TA---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAACTG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACAAGGTT------GTTTCATCCGC-TCAATGTCAAA-AA--G-ATGT-TATA-TG--G--A--T----AAGACG---AAC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCCG---------AAGATT--------C-C-AATA-AC-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGATTCTGTAACAGCTACCTCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATGTTTG-----TGTGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|157924 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCCTTATCAATACATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTGCAAAACACT--
gi|157925 : ATTCCATCAGGTGTCTTTTTATGGAATCAACTAGATCAT--CTGC---------------ATCTTTTTCAATTTTTAAACATAAC---ATGCGTA---GTCTGAATGGAAACAAACATA-TTCCTTTATATT--TTATGCATGGC-A-AA--CGATTT-G----TGT--C-TA--T-ACA-C-----CATGCTAGA-TTGCGAAAT-GA---T---TGCAGC-AA-CCTAAATTATGA------TC--T-TTA--TT--TTAATCA-T-CTTA--GA-------------T--T--AAGT-CC-A-T-T-TT-G-T---AAT-TGTA-GT---A-A-C-ACAG------CT---GAAGATGCT-T--AACATTT--CTTTT-T----TAAATG-----------TCT----TATT---TA-CAA-----------AAA----T-GAACGTA--TT---G-TCT-TGTTC-C---A--T---T--CT---ATTAGAAT------GTTTCACCCAT-TAAAT-TTAAATAA--A-CTGT-TGTG-TG--G-----------AGATGCATATC----TC-TCATTTCAACAAA---ACA--TA
gi|157926 : TTGCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATGATCAATTTATAAACGAAACATTATAAATACTTGTTTTCATC----CATTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATCATGA------TC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-AT-A--GA--A---A-----TT--T--A--T-CC-A-A-C-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-TAAG------TG---GAAGATGCT-G--AACATTA--CATTT-T-----AACTG--CA-----T-TAT----TTTT--GTA-CAA-----------CAT----A-AA----A--TT---A-AAT-TATTT-----A--A---A--AC---CCAAGGTT------GTTCCATTCAC-TCGTTGTCAAA-AA--A-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CCGACG---ATC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT-------------------------T-CGTTATAGTATTTTGTTTTCCTCCCCCGACTCTGTAACAGCTACCGCCCCATAACCTATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TGATACTTTAAATACA-----TATATGTGT--GTAT
gi|157927 : ATCAACAGTTTCGTTATGGAATCAACTA--CCAGAGTAGTTTTAAGAGAAGCACCGTCATTAACAACAAATAAACGGAATCTCCTAAATACTTGTTTCCACC----CAGTTACTGTTCAAAATGACT--TGAAACACGGT-A-AA--CGAATA-T----T-T--T-TGCAC-ACA-T-----CATGCAAGA-TTAAAAACT-AA---T---TGTAGT-AA-TACAAAACATGA------TG--T-TTA--CG--TTAATCA-A-AT-T--GA--A---A-----AT--T--G--C-CG-A-G-C-AA-A-C---TTC-TAAA-AA---C-A-T-AGAG------TG---G-AGACGCTCGGTAACTTTA--ATTTCAT----TAA
gi|157928 : TTACAATACCTCAACACT--TTTATTATGGA-AATA---GAAAA-T----TGT--C-AG--TTATA-T-----TA-GCAAGA-TTAAAATAT-AA---T---TGTAGT-AA-TTTAAATAATGA------CT--TATTC--CG---TAACCA-TATT-A--GA--ACT-G-----AT--T--------------C-TT-G-T-------TGTC-CA---C-ATT-GTGGTCATA-TT---GAAGATGCT-G--AGCATTA--TTTTT-T----CAAATG--CA-----CAAC-----------ATA-CAGAACC-------CAA----A-GA----T--TA---A-CAT-TA-TT-C---A--A---C--TCT--ACAAGATC------ATTTCACCCTC-TAAGTA-CACA-TC--GCCTTC-TATA-CGGAG--A--TGA--AAGACT---ATC-------TCATGTTA--GCA---ATA--TTAT-TATAGTC-AA-AG-CGGTACA-ATAC-TAT-ATCAAAGA-ATCTAA---------ACGCTT--------T-G-CATA-ATCTTATTTATGTTTTCCTGTCTTGTTTTT
gi|157929 : GTCCCAAAATATTATTTAA--GTGGT-G-TA--AGAATT-T----CAT--C-AA--T-ATA-C-----CATGCTCGA-ATTAGAAAT-CA---A---TGTAGT-AA-TTTAAATTCAGA------TTTGT-TTA------TAAATCA-C-TTGA--GAC-A---A-----A------A--C-TC-T-A-C-AT-G-T---GAC-TGTG--G---T-AGT-GACA------TT---GAAGATGCA-G--AGCACTA--TTTTT-T----TAAGTG--TAAACGCT-ACG----TTT----TA-CAA------------AA----A-CA--------C---A-ACC-TGTTT-T---T--G---A--CT---ACAAGAAT------TTTCCATCCCT-TGAGCACAAAC-AA--A-CTAT-TGT
gi|157930 : AAAATATT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TT--C-ACA-G-----CATACAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGA-AA-CTTAAATCATGA------CC--T-GTA--CA--TTAATCA-T-AT-A--AA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-A-C-AT-G-T---ATC-TCAA-CG---C-A-T-GTAG------TG---GAAAA
gi|157931 : ACACT--TTTATTATGGA-AATA---GAAAA-T----TTT--C-AG--TTATA-T-----TA-GCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGCAGT-AA-TTTAAATAATGA------CT--TGTTC--CG---TAACCG-TATT-A--GA--ACT-G-----AT--T--------------T-TT-G-T-------TGTC-CA---C-ATT-GTGGTAATA-TT---GAAGATGCT-G--AGCATTATTTTTTT-T----TAAATG--CA-----CAAC-----------ATA-CAGAACC-------CAA----A-G-----A--TT---ATCAT-TA-TT-C---A--A---C--TCG--ACAAGATC------ATTTCACCCTC-TTAA
gi|157932 : ACCCT--CTTACCATAGTGA-TGGTCAGATA-TA---TATAGC-TG--CTAT--G-----CATGCAAGA-TAGCGAACC-AA---A---TGTAAC-AA-CTTGAACAATGA------CC--T-TTA--CC--TTAATCACC-TT-A--G--------------T--C--A--C-CT-ACG-CGAT-GAC---ACC-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------TA---GAAGATGCT-G--ATAATTA--CCTTT-T----TAAATG--CA-----A-TCT----TT
gi|157933 : ACT--ATAGTTATGGT---CA--CAAATA-TA---TAT--C-TG--CTAT--G-----CATGCAAAA-TTGCGAACCCAA---A---TGGAGC-AA-CTTGAACAATGA------CC--T-TCA--CC--TTAATCA-T-GT-A--CA--C---G-----AT--G--A--C-CC-T-T-T-TT-G-T---ACC-TGTT-CA---A-G-T-TCTA------TA---GAAGATGCT-G--TTCATTA--CCTTT-T----TAGCTG--CA-----A-TCT----TTTT--AGG-AAC-----------CAG----A-GA----A--TT---G-TCT-TATTT-
gi|157934 : CATGGT-A-AA--CGA-TG-TG---TCT--C-AG--T-TTA-T-----CATGCAAGGCTTAAGAAAC-AA---C---TGTAGT-AA-TCTAAATGCCGA------TC--T-TTG--TA--GAAACCA-T-CT-G--------------------C--A--C-CC-A-T-C-ACCG-T----TC-TGTG-AG-------T-GTTA------TA---GAAGTTGCT-G--AACACTA--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATAGCAAT----------CAA----A-GA----AACTC---A-TCT-TGTTT-C---A--AAC-A--AC---ACGAG--C------ATTACATCCAT-TAAATATTAAT-CT--A-CTAT-TGAG-TG--G--AAGT----GAAACT---AT-----AT-CTATA-GAAGACA---ACA--TAAC-TATTGTAGAT-GC-T-GTCCATA-AC-TTT-ATT
gi|157935 : ACAGT-A-TG--CGA-TA-C----TAC--C-TG--C---------------TAGAA-TTA-GAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-TTTAAACAATGA------TT--T-GTA--TA--ATAATCA-T-CT-------------------T--C--G--T-CA-A-GAC-CT-------ATT-TATC-CT---C-A-TTGTGG------CT---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----CAAATG--TA-----C-CA--------T--GTA-CAG-----------AAATC--A-AAT---A--TT---A-ACCATGTTC-C---ATTA---A--AC---A--AGACC------TTTTCATCCTC-CAAGTACTAAG-TT--T-TTAT-TATA-TGGAG--A--TGTGAAAAAAG---A----------CATATGAAGAAA---ATA--TA
gi|157936 : A--CAGATACT----TAT--C-AA--C-TCT-G-----CATGCTAGA-ATCAGAAAT-AT---C---TGCAGT-AA-TTTGAATAGTGA------TA--T-GTA--TT--TAAACCA-T-TT-A--AA--A---A-----AT--A--A--T-CC-C-G-T-CT-G-T---ACT-TGTG-GA---T-A-T-TTGA------CC---GAAGATGCT-G--AGCACTA--CATTT-T----TAAATG--TG-----A-CTT----ATAT--GTAGCTT-----------C-A----A-GA----A--TT---G-ATT-T-TTT-T---A--GCTCA--AT---TAGAGCTCAATTAAATTCCACCCAA-TAGGT-TTAAG-GAT-G-ATAT-TATA-TG--GCAA--T----TCTA-----ATC----TT-GTATACGATGATA---ATACTTAAA-TATTT---AA-AGCT-GTACA-ACAC-TTTAAT
gi|157937 : --CGAATA-TACATTAT--C-TG--C--TATG-----CATGCAGGA-TTACGAAAC-AA---A---TGAAGC-AA-TTAGAATAATGA------GC--T-TTA--CC--TTAATCA-C-CA-T--GG--A---G-----AT--G--A--A-CC-T-T-T-TT-G-T---ACT-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------CA---GAGGATGCT-G--AGTATTA--CTTTT-T----TAGTTG--CA-----A-TTT----GTTTAGGGA-C-------------CAG----G-GA----A--CG---G-TCT-TATTT-----A--ACTCA--AC---TGGGGA--------GTTTCACCCAT-TAAA
gi|157938 : GGATA-T----AGT--C-TG--T-AGA-A-----CGAACACGT-TTAAGAAAT-GG---T---TGCAGT-AG-CCTAAATTATGA------TT--T-ATG--TG--TTAACAA-A-TT-----A--A---A-----AC--T--ATTT-TC-A-A-C-TT-G-TGGAGAA-TGTG-TG---C-A-T-GAAA------AA---GAGGACGCC-G--AACACTA--TTTCA-T----GCAATGT-CC-----T-TCT----TTTT--TT-----------------AA----A-TG----A--TC---G-TCC-C-TTT-C---A--T---GCTAC---ACGTCATC--------TTCAT-CACTTAAATGTTAAA-AC--C-TTAT-TACA-CG--G--G--A----GTGATG---AT-----ATCTCAGACAATGAAA---AAA--AAAATTATATTTTAACAA-T-GTCCA-A-AC-TTACATTAAAGA---CTA----------AACATT--------T-T-GATA-AA-CAAT
gi|157939 : ATA-TG---TGT--CATG--C-ACA-----------CAAGA-CTACGAAGC-AA---T---TGTAGC-AA-CCTAAATTATGA------CC--T-TTA--CC--TTAACCA-TCTT-A--GG--G---T-----A---G--A--T-CC-A-T-T-TT-G-C---ACG-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------TT---GAAAACACT-G--ATCATTA--CTTCT-T----TCACTG--TA-----C-TCA----TTAT--AGA-AAC-----------CAG----A-GA----A--CT---A-
gi|157940 : A-T----TAG--C-AG--T-TCA-A-----CATGCCCGT-TTAAGGAAT-GA---T---TGCAGT-AA-CTGAAATGGTGA------TC--T-ATA--TA--TTAACCA-C-CT-A--AG--G---G-----AT--A--G--T-CC-G-T-T-TT-G-T---GTT-TGTG--G---T-AGT-GAAC------TT---GAAGATGCA-G--AACATTgaatacaagcatacacaaagt
gi|157941 : -T----TAT--CGTG--C-A-A-GTGTATCATGCAAGG-CTTAGAAAT-AA---C---TGTAGT-AA-TTTAAATGCCGA------TC--T-TTG--TA--GAAATCA-T-CT-G--------------------C--A--C-CC-A-T-C-AC-C-T---TTC-TGTG-AGTGTC-A-T-GAGG------TTATAGAAGATGCT-G--AACACTA--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATA-GAAAT---------CAA----A-GA----C--TC---G-TCT-TGTTTTC---A--AAC-A--AC---ACGAG--T------ATTACATCCAT-TAAATATTAAT-CT--A-CTAC-TGAG-TG--G--AAGT----GAAACT---AT-----AT-CTATA-GCAGATA---ACA--TAAC-TATTGTAGAT-GC-T-GTCCATA-AC-TGT-ATTAAAGATACCCAT----------AGATT--------T-T-TATA----TAAT
gi|157942 : -T----TAT--C-TG--T-TTT-G-----CATGCTAAT-TTAAGAAAT-TA---C---TGCAGT-AA-TTTAAATAAAGA------CT--T-TTA--TA--TAAACAA-T-CT-----A--A---A-----AT--TCAG--C-CC-A-T-T-CT-G-T---AAA-TGCA--G---CGA-T-ACAA------TT---GAGAATGCA-G--AACACTT--TTTCT-T----TAAATG---------T-CCC----ATTT--ATA-GAATT---------CAA----A-GG----C--TT---A-TAC-TCTT------A--A---AT-AA---ACTATATT------GTTTCACCCTC-TTAATGTTCAA-AA--A-CAAT-TATT-TG--G--A--
gi|157943 : ----TAT--C-TG--T--CATG-----CACGCAAGA-CTAAGAAAC-AA---T---TGTAGC-AC-CCTAAATAATGA------CC--T-TTA--CT--TTAACCG-TCTT-A--GG--G---A-----A---G--A--T-CC-G-T-T-TT-G-T---ACA-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------TT---GAAAACGCT-G--ATCATTA--CTCTT-T----C-GCTG--TA-----C-TCG----TTAT--AGA-AAC-----------CAG----A-GA----A--CT---G-TTT-TATTC-C---A--ATGTA--AT---TAGAGA--------ATTCCATCCCC-TCAATATTGAT-TT--G-CTTT-TATT-TG--G--A--
gi|157944 : ----TAT--C-TG--T-AAT-G-----CACGCAAGA-TTACGAAGC-AA---T---TGTTG--AA-CTTAA-TAATGA------CC--T-TCA--TC--TTAACCA-T-CT-AAGGG--A---A-----G------A--T-CC-G-T-T-TT-A-T---ACG-TGTT-TA---A-A-T-TGTT------TT---GAAAATGCT-G--AGCATTA--CTTCT-TACTCTGAACT--CA----------------TT--AAA-GAAAC---------CAG----A-GA----A--CT---G-TTT-GATTT-C---A--A---T--GT---AAAAGATA------ATTATATCCAC-TCTGTATTAAT-CA--A-CTAT-TA
gi|157945 : -G-----CATGCTAGA-ATCAGAAAT-AA---C---TGCAGT-AA-TTTGAACAGAGA------TA--T-TTA--------------T-TT-A---A--A---A-----AT--A--A--T-CC-C-G-T-CT-G-C---ACT-TGTG-GA---T-A-T-TTGA------CT---GAAGATGCT-G--AGCACTA--CATTT-T----TAAATG--
gi|157946 : -----CATTCCAGG-TTAAGAAAT-AA---C---TGCAGT-TA-TATAAATAATGA------CC--T-ATA--TA--T-AACAA-T-CT-A------A---A-----AT--TC-A--C-CCCA-T-T-CT-G-T---AAA-TGCAGCG-----A-T-ACAG------TT---GAGGGCGCA-G--AACATTT--TTTCT-T----TAAATG---------T-TCC----ATTT--ATA-GAAAT---------CAA----A-GA----C--TG---A-TAT-TCTTT-C---A--A---T--CA---ACTAGATT------GTTTCACCCTC-TTAATGTTAAA-AA--A-CTAT-TATT-TGGCG--A--T----AAGAtgacttatatgtagcttgaagaattgaatt
gi|157947 : -----CATGCAAGA-CTCAGAAAC-AA---C---TGTAGT-AA-TCTAAATGCCGA------CC--T---A--CGAAGAAATCA-T-CT-G--------------------C--A--T-CC-A-T-C-ACCG-T----TC-TGTG-AG---T-A-T-CAAGAAATTATA---GAAGATGCT-G--AACACTA--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATAGCAAT----------CAA----A-GA----C--TC---G-TCT-TGTTT-C---A--AAC-A--AC---ACGAG--C------AATACATCCGT-TAAATATAAAT-AA--A-CTAT-T-TAGTG--G--AAGT----GTAAC-----TCT---AT-CTATA-AAAGTTA---ACA--TAAC-TATTGTTGAT-GC-T-GTACA-T-AC-TTTTCTTTA-------------------AAGAT--------------ACACAT-TAATAT-GGCTATAGTA
gi|157948 : -----CATGCTAGA-ATTAGAAAC-AA---T---TGCAGCGAA-CTTAA-TAAAGA------CC--T-TTT--TC--TTAATCA-C-TT-AA-GACCA---A-----ACGCT--A--T----------AT-G-T---GAT-TGTT-CA---A-A-C-GGAG------TA---GAAAATGCT-G--AACATTT--CTTTT-T----TCAATG--CA-----G-TCG----T------TA-CAGAAATC------TAA----A-AT----A--TT---C-ACT-T-TTC-C---A--A---T--CT---ACGAGAGA------ATTCTATCTGC-TTAATATTAAT-GT--A-TTAC-TATT-TG--GAAA--T----AAGA-----ATCTAAAAT-TGA-ATGAAAACATTCACA--T
gi|157949 : -----CATGCAAGG-CTTAGACAC-AA---C---TGTAGT-AA-TTTAAATGCCGA------TC--T-TTG--TA--GAAATCA-T-CT-G--------------------C--A--C-CC-A-T-C-AC-C-T---TTC-TGTG-AG---T-G-T-CAAGAGGTTATA---GAAGAT-CT-G--AACACTT--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATAGCAAT----------CAA----A-GA----T--TC---G-CCT-TGTTT-C---A--AAT-A--AC---ACGAG--C------ATTACATCCAT-TAAATATTAAT-TT--A-CTAC-TGAG-TG--G--AAGT----GAAACT---AT-----AT-CTATA-GCAGATA---ACA--TGAC-TATTGTAGAT-GT-T-GTCCATA-AC-TTT-ATTAAAGATACCCA
gi|157950 : -----CATGCACGT-TTAAGAAAT-GG---T---TACAGT-AA-CCTTAATTATGA----------T-TTATTTG--TCAACAA-A-TT-----A--A---A-----ATTGT--A--T-TC-A-A-C-TT-G-TGAAAAA-TGTG-GG---C-A-T-GAAA------GA---GAGGATGCC-A--AACACTA--TTTCA-T----GCAATGT-CC-----T-TCT----TTTT---TA--AA-----------CGA----T-CG----C--TT---T-GTC-TCTTT-C---A--T---GCTAC---ACGCCACC--------TTCATCCTG-TAAGTGTTAAA-AAC-C-CTGT-TACA-CG--G--G--A----AAGATG---ATA----TT-TCAGACGATGAAA---ATA--TTGC-TGTATTTAAC-AA-T-GTCCA-A-AC-TTATATT
gi|157951 : -----CATGCACGT-TTAAGAAAT-GG---T---TGTAGT-AA-CCTAAATTATGA----------T-TTATTTG--TTAACAA-A-TT-----A--A---A-----AC--T--ATTT-TC-A-A-C-TT-G-TGAAAAA-TGTG-GG---C-A-T-GAAA------AA---GAGGACGCC-G--AACACTA--TTTCA-T----GCAATGTTC------T-TCT----TTTT---TA--AA-----------TGAT---C-GA----C--TT---C-GTC-TCTTT-C---A--T---GCTAC---ACGTCATC------GT--CTTCCTT-TAAGTGTTAAA-AC--C-TTAT-TACA-CG--G--G--A----GTGATG---AT-----ATCTCAGACAATGAAA---ATA--TTAA-TATAGTTAAC-AA-T-GTCCA-A-AC-TTACATT
gi|157952 : -----CATGCTAGA-ATTAGAAAC-AA---T---TGCTGC-AAACTTAA-TAATGA------CC--T-TTT--TC--TTAATCA-A-TT-A--AG--ACC-A-----A------A--C-GC-T-T-T-AT-G-T---GAT-TGTT-TC---A-A-T-GGAG------TA---GAAAATGCT-G--AACATTT--CTTTT-T----CAA-TA--CA-----G-TCA----TT------A-CAG-----------AAATCTAA-GAT---A--TT---C-ACT-T-TTC-C---A--A---T--CT---ACGAGAGA------ATTTCATCTGC-TTAATATTAA---------TGT-------------A--T----TA--CT---AT------T-TCGAAAGAAGA-----ATC--TAAC-TTTGGACGAA-AG-T-ATTCA-A-ATATTTCA
gi|157953 : ATGCTAGA-TTATGAAAT-AA---T---TACAGC-AA-CCTAAATTAAAA------TC--T-ATA--TT--TAAATCA-C-CT-T------A---A-----AT--T--A--AACC-A-T-T-TT-G-T---AAC-TGTAGCG-----A-C-ACAA------CT---GAAGACGCT-G--AGCATTT--CTTTT-T----TAAATG--CC-----C-TAT----TTAT---TA-AAA-----------TGA----ACGA----A--TT---G-TCT-TATTC-C---A--
gi|157954 : TGCTAGG-TTAAGAAAT-AA---C---TGCAGT-CA-TTTAAATAATGA------CC--T-CT-------------A-T-AT-A--AA--C---A-----AT--T----------------CT-G-T---AAA-TGCA--G---CGA-T-ACAA------GT---GAGGACGCA-G--AACATTT--TTTCT-T----TAAATG---------T-TCC----AGTT---------------------AA----A-GA----A--ATCAAA-GGC-TGTTT-C---A--GTC-A--AC---TT--GATT------GTTTCACCCTC-TTGATGTT-AA-AA--G-CTAT-TATT-TG--G--A--
gi|157955 : GCAAGA-TTAAGAAGC-AAGTGTACATGTAGT-AA-TTTAAATAATCATGTGTTCC--T-TTA--C--------CA-T-ATCA--GA--ACTAATTCTTAT--T--A--T-CC-A-C-------------GC-TGTG--------G-T-GAAA------TT---GAAGATGCT-G--AGCATTA--TATTT-T----CAAA-----------------------T--GTA-CAACGAATAGAACCCAA----A-GA----T--TA---A-AAT-TATCT------------A--ACTCGACAAGAGT------ATTTCTCCTAC-TAAGTA-CACA-GT--G-CCGTCTATA-TG--G--A--
gi|157956 : ATCA-T-AT-T--GA--G---A-----AT--T--A--C-CC-A-A-C-AT-G-----AAC-T-----------------------------------TGC-----AACATTA--TTTTT-T----TAATTG--AA-----T-TCT----CTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAC-TATTT-TTAAA--A---A--AA---ACAAGGCT------GTTCCAACCAC-TTAAAGTCAAA-AA--T-CTGC-TATA-CG--G--C--T----CAGACG---ATC----AC-TCATATG-AGACAT--ACA--TAAA-C------------------------C-TTTTATTCACGA-ATCAAGAATCGGGCAAAGATT--------CGT-AA-A-AT-TAACTT-CGTAATGGTATTTTGTTTCTC
gi|157957 : --GA--G---A-----AT--T--A--T-CC-A-A-C-A--G-T---CACGTGTA-CA---C-A-T-GGAG------TG---GAAGAAGCA-G--AACGTTA--CATGT-T----TACATG--AA-----T-TATATATCTTT--GTA-GAA-----------CAA----A-AC----A--TT---A-AAC-TGTTT-C---A--A---A--AC---ATAAGACT------GTTCCATATAC-TTAGTG-GGAA-CA--G-TTGT-TATA-TG--G--A--
gi|157958 : T-G-T---GAT-TGTT-CC---A-A-T-GGAG------TA---GAAAATGCT-G--AACATTT--CTTTT-T----TCAATG--CA-----G-TCT----TTatcacac
gi|157959 : ataAGGTT------GTTCCATTAAC-TTAATGTCAAA-AAAAG-ACGG-TATA-TG--G--A--T----CAGCCG---TTC----AT-TCATACAAGGACA---ACA--TAAG-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCG-A-AC-TTTCATCTACGA-AT------------------T--------C-C-AACA-AT-TAATTT-CGATATAGTATTTTGTTTTTCTCTTCTGGCTCTGTAACATCTACCACAATATGACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAA
gi|157960 : aCAC-TCAATGTCAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CAGACG---ATC----AT-TCGTATGAAGACA---ACA--TAAA-TTTATTCGGA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTA-TGTTATAGTATTTTGATTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACACCATAACCGATCGCATGAATATCAGTGATCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACA-----TATGTGTATGTGTGTGTAT
gi|157961 : CG---ATC----AT-TCATATGAGGA-A---ATA--TAAA-CCT-TTATAA-AG-T-GTCCC-A-AT-TTTCATTCACGA-ATCAAG---------AAGATTGGATACAAC-TGAATA-CT-TAACTT-GGTAAAAGTATCTTGTTTCTCTTTCTTATCTCTGTCATATCTACTGTAGCAGGACCGATCGTGCGAATGACAATAACCAATCAGTCGTTAAAGA-TAGTAC-TTGTGTGCGAGCGTTA-ATGCGTGCGTATGTGT
gi|157962 : ACTGTAACATGACCGATCGCATGAATGTCAGTGACCAACC---------AGCTTTATA---TATATATG-----TACATGTGTGTGTGTGTGT
blockSeqs : GA AG GAAA AT C G A GT C ACAT AG A CA AAGTGTAT C C GTGTACA G A C TGTGTTC TG A CGAAGA C AT CAGAACTAATTCTTATTAT ACGCGA C A GGAGAA CCACATTGTGGTCATATT C GT TT A ACTC AATTATATATCTTTGTAGAA TCTA C ACGTA CAAAGG A A T TAA TT CTCA TCG A CTCAATTAAA C A T C AAAAAG C G GA CA TGTGAA GCAT CTAAA C T C TTC CT AT C CT CG AC GC G T T T A C C T GAATCGGGCA GGATACAACTGA ATC A A AGTCGTTAA T T AGCGT
blockSeqs : . . . . C . A . . A . G . TATAT . . T . . C T . G TTTGTC . AT AAGACCAAACGCTAT AGACC C . GAAAAA CCACATTGTGGTAATATT . . . . . TAAACGCTACGTTTTACAA TC . AAC ATCA . A . . . CTCA T A GTTG T G . C ATAAA . . GA AA TGAA G CT C T C T . A C CT CG A A . T T C . C C T G CGTA CAT . T . . T .
blockSeqs : . . . . G . . . . A . . . TATAT . . T . . T T . . TTTGTT . CT AGAAAATTAT CATTC . . GAAAAA GAGTGTCATGAGGTTATA . . . . . TGTACAACGAATAGAACC T . TA AAA . G . . . TGTA G T GTTG T A . A ATCGC . . GC . AGTG G C . T A . . A C CT CG A G . T T . . C C . G CCA AT . G . . T .
blockSeqs : . . . . C . . . . G . . . ACAG . . T . . C T . . CGTT . CT AGAAAATTAT AACA . . CACG GAGTATCAAGAAATTATA . . . . . TGACTTATATGTAGCTT . . TA AAA . A . . . ACA . A AATG C A . C GGATG . . . . AGTG G C . T C . . A A AG AG A G . A . . . A A . G CCA AC . A . . T .
blockSeqs : . . . . A . . . . G . . . ACAG . . T . . C T . . CGTT . A TAGATTAAGT AACA . . ATC GAGTGTCAAGAGGTTATA . . . . . CAGTCGTTACAGAAATC . . A GTC . A . . . GCT . A GTTG T T . A AAACC . . . . AGTG T C . T C . . T A TG TT A G . C . . . C A . A TGC AA . A . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . ACAC . . T . . A T . . TTTT . A AGAAATTTAT ATTT . . ATC CCTCATTGTGGCT . . . . . CATTCTTTTTGTACAA . . A AAA . G . . . ACA . A ATCA C C . G AAAG . . . . AGTG T C . T C . . C A TT AG T C . A . . . T A . T TTG AT . G . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . ACAG . . T . . T C . . CGTT . C TGAAAATTGC AACA . . AAT ACGCATGGAGTG . . . . . CATTCTTTTTGTACAA . . A ACA . A . . . ACA . A AATT T T . T AAAG . . . . TC G C . C A . . A A AT TG A A . C . . . T A . G TTT AT . G
blockSeqs : . T . . . . . . . . ACAT . . A . . C T . . CGTT . A AGAACTGATT AGCA . . ATC ACGCATGGAGTA . . . . . CATTATTTTTGTACAA . . T AAC . A . . . ATA . G ATCA A A . A AAAA . . . . TA G C . C T . . C A TG AG T C . C . . . C C . G CCA AT .
blockSeqs : . C . . . . . . . . ATAC . . T . . A C . . CATT . A GAGACAAAAC TACA . . TTC AGTAACACAGCT . . . . . CACAACATACAGAACC . . A GTC . G . . . GCT . G ACCT T T . A CAAA . . . . TC T A . T A . . C A TG TA T C . A . . . C C . . CCA CT .
blockSeqs : . T . . . . . . . . ACAG . . T . . A C . . CCTT . T AAAAAATTAT AACA . . GAC ACGCATTAAGTG . . . . . CACAACATACAGAACC . . A ATC . G . . . GCT . G ATTG C A . A TCTA . . . . TT T C . C T . . C A TG TA T T . C . . . T C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TATG . . A . . A C . . CCTT . A AGAACTGATT TTTT . . ATC AAACATAGAGTG . . . . . CAATCTTTTTAGGAAC . . A AAC . A . . . TCA . G ATAA T A . A GTTT . . . . AG G C . C T . . C G AT CG C A . C . . . C C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TATG . . A . . G C . . TAGA . T ACACGATGAC ATCA . . ACC GGTAGTGACATT . . . . . TCCTAGATATAGCAAT . . A GAT . G . . . AT . G ATTG T A . A AACC . . . . TA G C . A C . . A A AG CG C A . C . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . TTAT . . C . . A T . . TAAT . G AAAAAATAAT CGTC . . ACC ACGCATGTAGTG . . . . . CAATTTGTTTAGGGAC . . A GTC . C . . . A . T AGAA A A . A TCTA . . . . TA T C . T T . . C T GG CG A G . T . . . C
blockSeqs : . . . . . . TCTG . . T . . A T . . TTTA . C TGGAGATGAA TTTT . . ATT TCAAATTCTATA . . . . . TACTCATTATAGAAAC . . A GTC . A . . . A . G ATCG T T . T AAAA . . . . AA G . . C A . . A C CT AT A G . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . TATG . . C . . A T . . CCTT . C AAAACTATTT AACT . . ACT TCAAGTTCTATA . . . . . TCCTAGATATAGAAAT . . C GTC . A . . . T . A AGAA C C . C TTTG . . . . AG G . . T A . . G T AT C A G . T . . . .
blockSeqs : . . . . . AGAA . . A . . T G . . TGTT . T AAGGGATAGT ATTT . . ACT GGATATTTGACC . . . . . TCCCATTTATAGAATT . . C ATA . C . . . A . T ATTG A A . C TCAA . . . . TT G . . T C . . A C T . A G . C . . . .
blockSeqs : . . . . . TCAA . . T . . T T . . CCTT . C AAAATTCAGC GTTT . . ACG TCAAATTCTACA . . . . . TACTCGTTATAGAAAC . . A GTT . G . . . C . G AGTA T T . T AAAA . . . . TC G . . . C . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TTTG . . T . . G C . . TATT . T AAGGGAAGAT ATCA . . GTT GTGCATGAAAAA . . . . . TTCCATTTATAGAAAT . . A GTT . G . . . A . G GCTG A G . A TAAA . . . . TC . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . CATG . . T . . G T . . TAGA . C AAAATTGTAT ATTC . . TTC TCAAATTCTATT . . . . . TCCTAGATATAGCAAT . . C ATA . C . . . C . G ACTG C G . T TGTA . . . . TC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AATG . . C . . A T . . TATA . C AAAACTATTT GTTT . . AAA GGTAGTGAACTT . . . . . TCCTAGATATAGCAAT . . C GTC . C . . . A . G GTTG A A . A TTTA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . ACA . . C . . A C . . CTTT . C AAGACCAAAC GTTT . . ACA AGCGATACAATT . . . . . AATTCTCTTTGTACAA . . A CAC . A . . . T . G ATC T T . A AACC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . A C . . TCTT . C TGAGAATTAC CGTC . . ACG TCAAATTCTATT . . . . . TCCTTCTTTTTTAAA . . T GCC . G . . . T . G ACC T T . A AAAG . . . .
blockSeqs : . . T . . A C . . TCTT . T AGGGTAGAT ATCA . . ACT TTAAATTGTTTT . . . . . TTCTTCTTTTTTAAA . . C TGT . A . . . T . A CA T G . T AGTG . . . .
blockSeqs : . . C . . A T . . TAGA . C AGGGAAGAT ATCA . . AAA GGATATTTGACT . . . . . CCCTATTTATTAAAA . . C CGT . A . . . T . A AG T T . T AAAT . . . .
blockSeqs : . . C . . G C . . TCTT . C AAAAATAAT AACT . . GAT AGCGATACAGTT . . . . . TCCTTCTTTTTTT . . A CAC . G . . . A . A TA C A . A ACAG . . . .
blockSeqs : . . C . . A C . . TTTA . T AAAATTCAC AACT . . TTC TCAAACGGAGTA . . . . . TCTTATTTACAA . . A GTC . . . . . A . . AA C A . T AAAG .
blockSeqs : . . T . . G C . . CGT . C TAAATTAAA TTTA . . GAT GGGCATGAAAGA . . . . . TACCATGTACAG . . T AAA . . . . . A . . CA C A . T . .
blockSeqs : . . C . . T T . . CGT . T AAACAATT ATTT . . AAC GGGCATGAAAAA . . . . . CATTAAAGAAAC . . A AAA . . . . . CA . A . T
blockSeqs : . . T . . T C . . TAT . T AGTCAC AACA . . AAA TTCAATGGAGTA . . . . . CAGTCATTACAG . . A AAA . . . A . C
blockSeqs : . . T . . A T . . TA . T GCAC AACA . . AAC AGCGACACAACT . . . . . TTCCAGTT . . .
blockSeqs : . . T . . T C . . C . C TCGT CT . . GAT AGCGATACAAGT . . . . .
blockSeqs : . . T . . A . . . . . A GCAC TT . . TC ACACATGGAGTG . . . . .
blockSeqs : . . C . . A . . . . . A GCAT AC . . TC TCCAATGGAGTA . . . . .
blockSeqs : . A GCAC A . . GC GAGTGTTATA . . . . .
blockSeqs : C . . . GGTGAAATT . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATNATGA------CC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-NT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-N-C-NT-G-T---ANC-TGTN-CG---C-A-T-GNAG------TN---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAAATG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-NNT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACGAGATC------GTTCCATCCAC-TNAATGTTAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----NAGACG---ATC----AT-TCATACGAAGACA---ACA--TAAA-TNTNTTCGAA-AG-T-GTCCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCGCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACG-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
finalCons : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATNATGA------CC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-NT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-N-C-NT-G-T---ANC-TGTN-CG---C-A-T-GNAG------TN---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAAATG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-NNT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACGAGATC------GTTCCATCCAC-TNAATGTTAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----NAGACG---ATC----AT-TCATACGAAGACA---ACA--TAAA-TNTNTTCGAA-AG-T-GTCCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCGCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACG-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 11111111111 11111111 333333333333333333333333333333 1111111 2222222222222222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444 222222 1111111111 11111111 11111111 11111 1111111111 2222222222222 222222222 11111
lowQualScore : 77 77 0 2222 44 2 2 5 33 1 0000 22 3 22 66666666666 1 1 2222222 1 1 1 4444444 11 2 22222222 1 55 000000000000000000000000000000 66666666 2 1 2222222 1111111111111111111111111111 1 11 11 1 2222 666666666666666666666666666666666666666666 5555 1 6666666 5555555 1 5 1 222 11 333333 555 1 3333333333 2 1 1 1 0 22222222 1 1 66 44 22222222 4444 22222 3 9 3 555 22 33 3 55 22 33 22 2 1 6 4 2 5 0 1 6 0 5555555555 1111111111111 4444 4 1 222222222 5 1 44444 0
lowQualScore : .. .. . .... .. . . . .. . .... .. . .. ........... . . ....... . . . ....... .. . ........ . .. .............................. ........ . . ....... ............................ . .. .. . .... .......................................... .... . ....... ....... . . . ... .. ...... ... . .......... . . . . . ........ . . .. .. ........ .... ..... . . . ... .. .. . .. .. .. .. . . . . . . . . . . .......... ............. .... . . ......... . . ..... .
lowQualScore : 99 99 7 1111 22 3 9 7 44 9 7777 44 5 44 88888888888 2 2 1111111 2 2 0 6666666 66 4 33333333 1 66 666666666666666666666666666666 55555555 2 1 0000000 6666666666666666666666666666 1 55 66 1 4444 555555555555555555555555555555555555555555 8888 3 8888888 0000000 3 2 3 444 99 666666 444 6 5555555555 3 5 3 0 4 00000000 4 5 33 22 77777777 0000 66666 8 1 8 222 66 55 2 66 00 00 77 2 8 7 4 2 2 2 5 2 2 1111111111 0000000000000 2222 0 1 999999999 7 4 33333 1
consensus : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATNATGA------CC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-NT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-N-C-NT-G-T---ANC-TGTN-CG---C-A-T-GNAG------TN---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAAATG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-NNT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACGAGATC------GTTCCATCCAC-TNAATGTTAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----NAGACG---ATC----AT-TCATACGAAGACA---ACA--TAAA-TNTNTTCGAA-AG-T-GTCCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCGCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACG-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
Reference ( family-538 ) : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATNATGA------CC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-NT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-N-C-NT-G-T---ANC-TGTN-CG---C-A-T-GNAG------TN---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAAATG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-NNT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACGAGATC------GTTCCATCCAC-TNAATGTTAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----NAGACG---ATC----AT-TCATACGAAGACA---ACA--TAAA-TNTNTTCGAA-AG-T-GTCCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCGCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACG-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
gi|157921 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAACATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACTATGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAATA--T-AC---T---TGTAGT-AA-CTTAAATCATGA------TC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-AT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-A-C-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-GGAG------TG---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAACTG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACAAGGTT------GTTCAATCCAC-TCAATGTCAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CAGACG---ATC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAAATT-CGTTTTAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACA-----TATATGTGTGTGTGTGTGT
gi|157922 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAAAACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCCAAAACACT--TAAACTACGGT-A-TA--CGAATA-T----TTT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAATTCATGA------TC--T-TTG--CG--TTAATCA-T-AT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-A-C-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-GGAG------TG---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAACTG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACAAGGTT------GTTCCATCCAC-TCAATGTCAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CGTCTG---ATC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AA-T-ATTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGGCCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACA-----TATATATGTGTGTGTGTGT
gi|157923 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTCAGGGAAGCACCATCATTATCAATATATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTCAGAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTGAAATCATGA------TC--T-TTA--CG--TTAATAA-T-AT-A--GA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-A-C-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-GGAG------TA---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----TAACTG--CA-----T-TCT----TTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAT-TATTT-C---A--A---A--AC---ACAAGGTT------GTTTCATCCGC-TCAATGTCAAA-AA--G-ATGT-TATA-TG--G--A--T----AAGACG---AAC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCCG---------AAGATT--------C-C-AATA-AC-TAATTT-CGTTATAGTATTTTGTTTTTCTCCCCTGATTCTGTAACAGCTACCTCACCATAACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TAATACTTTATGTTTG-----TGTGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|157924 : CATTCCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCCTTATCAATACATAAACGAAACCTTATAAATACTTGTTTTCATC----CAGTTATAGTTGCAAAACACT--
gi|157925 : ATTCCATCAGGTGTCTTTTTATGGAATCAACTAGATCAT--CTGC---------------ATCTTTTTCAATTTTTAAACATAAC---ATGCGTA---GTCTGAATGGAAACAAACATA-TTCCTTTATATT--TTATGCATGGC-A-AA--CGATTT-G----TGT--C-TA--T-ACA-C-----CATGCTAGA-TTGCGAAAT-GA---T---TGCAGC-AA-CCTAAATTATGA------TC--T-TTA--TT--TTAATCA-T-CTTA--GA-------------T--T--AAGT-CC-A-T-T-TT-G-T---AAT-TGTA-GT---A-A-C-ACAG------CT---GAAGATGCT-T--AACATTT--CTTTT-T----TAAATG-----------TCT----TATT---TA-CAA-----------AAA----T-GAACGTA--TT---G-TCT-TGTTC-C---A--T---T--CT---ATTAGAAT------GTTTCACCCAT-TAAAT-TTAAATAA--A-CTGT-TGTG-TG--G-----------AGATGCATATC----TC-TCATTTCAACAAA---ACA--TA
gi|157926 : TTGCATCAACAGTTTCGTTGTGGAATAAACTA--TCAG--TTGCTTTAAGGGAAGCACCATCATGATCAATTTATAAACGAAACATTATAAATACTTGTTTTCATC----CATTTATAGTTCCAAAACACT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TG--C-ACA-G-----CATGCAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-CTTAAATCATGA------TC--T-TTA--CG--TTAATCA-T-AT-A--GA--A---A-----TT--T--A--T-CC-A-A-C-AT-G-T---ATC-TGTA-CG---C-A-T-TAAG------TG---GAAGATGCT-G--AACATTA--CATTT-T-----AACTG--CA-----T-TAT----TTTT--GTA-CAA-----------CAT----A-AA----A--TT---A-AAT-TATTT-----A--A---A--AC---CCAAGGTT------GTTCCATTCAC-TCGTTGTCAAA-AA--A-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CCGACG---ATC----AT-TCATATGAAGACA---ACA--TAAA-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT-------------------------T-CGTTATAGTATTTTGTTTTCCTCCCCCGACTCTGTAACAGCTACCGCCCCATAACCTATCGCGTGAATATCAGTGACCAACC---------AGA-TGATACTTTAAATACA-----TATATGTGT--GTAT
gi|157927 : ATCAACAGTTTCGTTATGGAATCAACTA--CCAGAGTAGTTTTAAGAGAAGCACCGTCATTAACAACAAATAAACGGAATCTCCTAAATACTTGTTTCCACC----CAGTTACTGTTCAAAATGACT--TGAAACACGGT-A-AA--CGAATA-T----T-T--T-TGCAC-ACA-T-----CATGCAAGA-TTAAAAACT-AA---T---TGTAGT-AA-TACAAAACATGA------TG--T-TTA--CG--TTAATCA-A-AT-T--GA--A---A-----AT--T--G--C-CG-A-G-C-AA-A-C---TTC-TAAA-AA---C-A-T-AGAG------TG---G-AGACGCTCGGTAACTTTA--ATTTCAT----TAA
gi|157928 : TTACAATACCTCAACACT--TTTATTATGGA-AATA---GAAAA-T----TGT--C-AG--TTATA-T-----TA-GCAAGA-TTAAAATAT-AA---T---TGTAGT-AA-TTTAAATAATGA------CT--TATTC--CG---TAACCA-TATT-A--GA--ACT-G-----AT--T--------------C-TT-G-T-------TGTC-CA---C-ATT-GTGGTCATA-TT---GAAGATGCT-G--AGCATTA--TTTTT-T----CAAATG--CA-----CAAC-----------ATA-CAGAACC-------CAA----A-GA----T--TA---A-CAT-TA-TT-C---A--A---C--TCT--ACAAGATC------ATTTCACCCTC-TAAGTA-CACA-TC--GCCTTC-TATA-CGGAG--A--TGA--AAGACT---ATC-------TCATGTTA--GCA---ATA--TTAT-TATAGTC-AA-AG-CGGTACA-ATAC-TAT-ATCAAAGA-ATCTAA---------ACGCTT--------T-G-CATA-ATCTTATTTATGTTTTCCTGTCTTGTTTTT
gi|157929 : GTCCCAAAATATTATTTAA--GTGGT-G-TA--AGAATT-T----CAT--C-AA--T-ATA-C-----CATGCTCGA-ATTAGAAAT-CA---A---TGTAGT-AA-TTTAAATTCAGA------TTTGT-TTA------TAAATCA-C-TTGA--GAC-A---A-----A------A--C-TC-T-A-C-AT-G-T---GAC-TGTG--G---T-AGT-GACA------TT---GAAGATGCA-G--AGCACTA--TTTTT-T----TAAGTG--TAAACGCT-ACG----TTT----TA-CAA------------AA----A-CA--------C---A-ACC-TGTTT-T---T--G---A--CT---ACAAGAAT------TTTCCATCCCT-TGAGCACAAAC-AA--A-CTAT-TGT
gi|157930 : AAAATATT--TTAACCACGGT-A-TA--CGAATA-T----TAT--C-TT--C-ACA-G-----CATACAAGA-CTAAGAAAT-AA---T---TGTAGA-AA-CTTAAATCATGA------CC--T-GTA--CA--TTAATCA-T-AT-A--AA--A---A-----AT--T--A--T-CC-A-A-C-AT-G-T---ATC-TCAA-CG---C-A-T-GTAG------TG---GAAAA
gi|157931 : ACACT--TTTATTATGGA-AATA---GAAAA-T----TTT--C-AG--TTATA-T-----TA-GCAAGA-TTAAGAAAT-AA---T---TGCAGT-AA-TTTAAATAATGA------CT--TGTTC--CG---TAACCG-TATT-A--GA--ACT-G-----AT--T--------------T-TT-G-T-------TGTC-CA---C-ATT-GTGGTAATA-TT---GAAGATGCT-G--AGCATTATTTTTTT-T----TAAATG--CA-----CAAC-----------ATA-CAGAACC-------CAA----A-G-----A--TT---ATCAT-TA-TT-C---A--A---C--TCG--ACAAGATC------ATTTCACCCTC-TTAA
gi|157932 : ACCCT--CTTACCATAGTGA-TGGTCAGATA-TA---TATAGC-TG--CTAT--G-----CATGCAAGA-TAGCGAACC-AA---A---TGTAAC-AA-CTTGAACAATGA------CC--T-TTA--CC--TTAATCACC-TT-A--G--------------T--C--A--C-CT-ACG-CGAT-GAC---ACC-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------TA---GAAGATGCT-G--ATAATTA--CCTTT-T----TAAATG--CA-----A-TCT----TT
gi|157933 : ACT--ATAGTTATGGT---CA--CAAATA-TA---TAT--C-TG--CTAT--G-----CATGCAAAA-TTGCGAACCCAA---A---TGGAGC-AA-CTTGAACAATGA------CC--T-TCA--CC--TTAATCA-T-GT-A--CA--C---G-----AT--G--A--C-CC-T-T-T-TT-G-T---ACC-TGTT-CA---A-G-T-TCTA------TA---GAAGATGCT-G--TTCATTA--CCTTT-T----TAGCTG--CA-----A-TCT----TTTT--AGG-AAC-----------CAG----A-GA----A--TT---G-TCT-TATTT-
gi|157934 : CATGGT-A-AA--CGA-TG-TG---TCT--C-AG--T-TTA-T-----CATGCAAGGCTTAAGAAAC-AA---C---TGTAGT-AA-TCTAAATGCCGA------TC--T-TTG--TA--GAAACCA-T-CT-G--------------------C--A--C-CC-A-T-C-ACCG-T----TC-TGTG-AG-------T-GTTA------TA---GAAGTTGCT-G--AACACTA--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATAGCAAT----------CAA----A-GA----AACTC---A-TCT-TGTTT-C---A--AAC-A--AC---ACGAG--C------ATTACATCCAT-TAAATATTAAT-CT--A-CTAT-TGAG-TG--G--AAGT----GAAACT---AT-----AT-CTATA-GAAGACA---ACA--TAAC-TATTGTAGAT-GC-T-GTCCATA-AC-TTT-ATT
gi|157935 : ACAGT-A-TG--CGA-TA-C----TAC--C-TG--C---------------TAGAA-TTA-GAAAT-AA---T---TGTAGT-AA-TTTAAACAATGA------TT--T-GTA--TA--ATAATCA-T-CT-------------------T--C--G--T-CA-A-GAC-CT-------ATT-TATC-CT---C-A-TTGTGG------CT---GAAGATGCT-G--AACATTA--CTTTT-T----CAAATG--TA-----C-CA--------T--GTA-CAG-----------AAATC--A-AAT---A--TT---A-ACCATGTTC-C---ATTA---A--AC---A--AGACC------TTTTCATCCTC-CAAGTACTAAG-TT--T-TTAT-TATA-TGGAG--A--TGTGAAAAAAG---A----------CATATGAAGAAA---ATA--TA
gi|157936 : A--CAGATACT----TAT--C-AA--C-TCT-G-----CATGCTAGA-ATCAGAAAT-AT---C---TGCAGT-AA-TTTGAATAGTGA------TA--T-GTA--TT--TAAACCA-T-TT-A--AA--A---A-----AT--A--A--T-CC-C-G-T-CT-G-T---ACT-TGTG-GA---T-A-T-TTGA------CC---GAAGATGCT-G--AGCACTA--CATTT-T----TAAATG--TG-----A-CTT----ATAT--GTAGCTT-----------C-A----A-GA----A--TT---G-ATT-T-TTT-T---A--GCTCA--AT---TAGAGCTCAATTAAATTCCACCCAA-TAGGT-TTAAG-GAT-G-ATAT-TATA-TG--GCAA--T----TCTA-----ATC----TT-GTATACGATGATA---ATACTTAAA-TATTT---AA-AGCT-GTACA-ACAC-TTTAAT
gi|157937 : --CGAATA-TACATTAT--C-TG--C--TATG-----CATGCAGGA-TTACGAAAC-AA---A---TGAAGC-AA-TTAGAATAATGA------GC--T-TTA--CC--TTAATCA-C-CA-T--GG--A---G-----AT--G--A--A-CC-T-T-T-TT-G-T---ACT-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------CA---GAGGATGCT-G--AGTATTA--CTTTT-T----TAGTTG--CA-----A-TTT----GTTTAGGGA-C-------------CAG----G-GA----A--CG---G-TCT-TATTT-----A--ACTCA--AC---TGGGGA--------GTTTCACCCAT-TAAA
gi|157938 : GGATA-T----AGT--C-TG--T-AGA-A-----CGAACACGT-TTAAGAAAT-GG---T---TGCAGT-AG-CCTAAATTATGA------TT--T-ATG--TG--TTAACAA-A-TT-----A--A---A-----AC--T--ATTT-TC-A-A-C-TT-G-TGGAGAA-TGTG-TG---C-A-T-GAAA------AA---GAGGACGCC-G--AACACTA--TTTCA-T----GCAATGT-CC-----T-TCT----TTTT--TT-----------------AA----A-TG----A--TC---G-TCC-C-TTT-C---A--T---GCTAC---ACGTCATC--------TTCAT-CACTTAAATGTTAAA-AC--C-TTAT-TACA-CG--G--G--A----GTGATG---AT-----ATCTCAGACAATGAAA---AAA--AAAATTATATTTTAACAA-T-GTCCA-A-AC-TTACATTAAAGA---CTA----------AACATT--------T-T-GATA-AA-CAAT
gi|157939 : ATA-TG---TGT--CATG--C-ACA-----------CAAGA-CTACGAAGC-AA---T---TGTAGC-AA-CCTAAATTATGA------CC--T-TTA--CC--TTAACCA-TCTT-A--GG--G---T-----A---G--A--T-CC-A-T-T-TT-G-C---ACG-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------TT---GAAAACACT-G--ATCATTA--CTTCT-T----TCACTG--TA-----C-TCA----TTAT--AGA-AAC-----------CAG----A-GA----A--CT---A-
gi|157940 : A-T----TAG--C-AG--T-TCA-A-----CATGCCCGT-TTAAGGAAT-GA---T---TGCAGT-AA-CTGAAATGGTGA------TC--T-ATA--TA--TTAACCA-C-CT-A--AG--G---G-----AT--A--G--T-CC-G-T-T-TT-G-T---GTT-TGTG--G---T-AGT-GAAC------TT---GAAGATGCA-G--AACATTgaatacaagcatacacaaagt
gi|157941 : -T----TAT--CGTG--C-A-A-GTGTATCATGCAAGG-CTTAGAAAT-AA---C---TGTAGT-AA-TTTAAATGCCGA------TC--T-TTG--TA--GAAATCA-T-CT-G--------------------C--A--C-CC-A-T-C-AC-C-T---TTC-TGTG-AGTGTC-A-T-GAGG------TTATAGAAGATGCT-G--AACACTA--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATA-GAAAT---------CAA----A-GA----C--TC---G-TCT-TGTTTTC---A--AAC-A--AC---ACGAG--T------ATTACATCCAT-TAAATATTAAT-CT--A-CTAC-TGAG-TG--G--AAGT----GAAACT---AT-----AT-CTATA-GCAGATA---ACA--TAAC-TATTGTAGAT-GC-T-GTCCATA-AC-TGT-ATTAAAGATACCCAT----------AGATT--------T-T-TATA----TAAT
gi|157942 : -T----TAT--C-TG--T-TTT-G-----CATGCTAAT-TTAAGAAAT-TA---C---TGCAGT-AA-TTTAAATAAAGA------CT--T-TTA--TA--TAAACAA-T-CT-----A--A---A-----AT--TCAG--C-CC-A-T-T-CT-G-T---AAA-TGCA--G---CGA-T-ACAA------TT---GAGAATGCA-G--AACACTT--TTTCT-T----TAAATG---------T-CCC----ATTT--ATA-GAATT---------CAA----A-GG----C--TT---A-TAC-TCTT------A--A---AT-AA---ACTATATT------GTTTCACCCTC-TTAATGTTCAA-AA--A-CAAT-TATT-TG--G--A--
gi|157943 : ----TAT--C-TG--T--CATG-----CACGCAAGA-CTAAGAAAC-AA---T---TGTAGC-AC-CCTAAATAATGA------CC--T-TTA--CT--TTAACCG-TCTT-A--GG--G---A-----A---G--A--T-CC-G-T-T-TT-G-T---ACA-TGTT-CA---A-A-T-TCTA------TT---GAAAACGCT-G--ATCATTA--CTCTT-T----C-GCTG--TA-----C-TCG----TTAT--AGA-AAC-----------CAG----A-GA----A--CT---G-TTT-TATTC-C---A--ATGTA--AT---TAGAGA--------ATTCCATCCCC-TCAATATTGAT-TT--G-CTTT-TATT-TG--G--A--
gi|157944 : ----TAT--C-TG--T-AAT-G-----CACGCAAGA-TTACGAAGC-AA---T---TGTTG--AA-CTTAA-TAATGA------CC--T-TCA--TC--TTAACCA-T-CT-AAGGG--A---A-----G------A--T-CC-G-T-T-TT-A-T---ACG-TGTT-TA---A-A-T-TGTT------TT---GAAAATGCT-G--AGCATTA--CTTCT-TACTCTGAACT--CA----------------TT--AAA-GAAAC---------CAG----A-GA----A--CT---G-TTT-GATTT-C---A--A---T--GT---AAAAGATA------ATTATATCCAC-TCTGTATTAAT-CA--A-CTAT-TA
gi|157945 : -G-----CATGCTAGA-ATCAGAAAT-AA---C---TGCAGT-AA-TTTGAACAGAGA------TA--T-TTA--------------T-TT-A---A--A---A-----AT--A--A--T-CC-C-G-T-CT-G-C---ACT-TGTG-GA---T-A-T-TTGA------CT---GAAGATGCT-G--AGCACTA--CATTT-T----TAAATG--
gi|157946 : -----CATTCCAGG-TTAAGAAAT-AA---C---TGCAGT-TA-TATAAATAATGA------CC--T-ATA--TA--T-AACAA-T-CT-A------A---A-----AT--TC-A--C-CCCA-T-T-CT-G-T---AAA-TGCAGCG-----A-T-ACAG------TT---GAGGGCGCA-G--AACATTT--TTTCT-T----TAAATG---------T-TCC----ATTT--ATA-GAAAT---------CAA----A-GA----C--TG---A-TAT-TCTTT-C---A--A---T--CA---ACTAGATT------GTTTCACCCTC-TTAATGTTAAA-AA--A-CTAT-TATT-TGGCG--A--T----AAGAtgacttatatgtagcttgaagaattgaatt
gi|157947 : -----CATGCAAGA-CTCAGAAAC-AA---C---TGTAGT-AA-TCTAAATGCCGA------CC--T---A--CGAAGAAATCA-T-CT-G--------------------C--A--T-CC-A-T-C-ACCG-T----TC-TGTG-AG---T-A-T-CAAGAAATTATA---GAAGATGCT-G--AACACTA--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATAGCAAT----------CAA----A-GA----C--TC---G-TCT-TGTTT-C---A--AAC-A--AC---ACGAG--C------AATACATCCGT-TAAATATAAAT-AA--A-CTAT-T-TAGTG--G--AAGT----GTAAC-----TCT---AT-CTATA-AAAGTTA---ACA--TAAC-TATTGTTGAT-GC-T-GTACA-T-AC-TTTTCTTTA-------------------AAGAT--------------ACACAT-TAATAT-GGCTATAGTA
gi|157948 : -----CATGCTAGA-ATTAGAAAC-AA---T---TGCAGCGAA-CTTAA-TAAAGA------CC--T-TTT--TC--TTAATCA-C-TT-AA-GACCA---A-----ACGCT--A--T----------AT-G-T---GAT-TGTT-CA---A-A-C-GGAG------TA---GAAAATGCT-G--AACATTT--CTTTT-T----TCAATG--CA-----G-TCG----T------TA-CAGAAATC------TAA----A-AT----A--TT---C-ACT-T-TTC-C---A--A---T--CT---ACGAGAGA------ATTCTATCTGC-TTAATATTAAT-GT--A-TTAC-TATT-TG--GAAA--T----AAGA-----ATCTAAAAT-TGA-ATGAAAACATTCACA--T
gi|157949 : -----CATGCAAGG-CTTAGACAC-AA---C---TGTAGT-AA-TTTAAATGCCGA------TC--T-TTG--TA--GAAATCA-T-CT-G--------------------C--A--C-CC-A-T-C-AC-C-T---TTC-TGTG-AG---T-G-T-CAAGAGGTTATA---GAAGAT-CT-G--AACACTT--CTTCT-T----TAAATG---------T-CCT----AGAT--ATAGCAAT----------CAA----A-GA----T--TC---G-CCT-TGTTT-C---A--AAT-A--AC---ACGAG--C------ATTACATCCAT-TAAATATTAAT-TT--A-CTAC-TGAG-TG--G--AAGT----GAAACT---AT-----AT-CTATA-GCAGATA---ACA--TGAC-TATTGTAGAT-GT-T-GTCCATA-AC-TTT-ATTAAAGATACCCA
gi|157950 : -----CATGCACGT-TTAAGAAAT-GG---T---TACAGT-AA-CCTTAATTATGA----------T-TTATTTG--TCAACAA-A-TT-----A--A---A-----ATTGT--A--T-TC-A-A-C-TT-G-TGAAAAA-TGTG-GG---C-A-T-GAAA------GA---GAGGATGCC-A--AACACTA--TTTCA-T----GCAATGT-CC-----T-TCT----TTTT---TA--AA-----------CGA----T-CG----C--TT---T-GTC-TCTTT-C---A--T---GCTAC---ACGCCACC--------TTCATCCTG-TAAGTGTTAAA-AAC-C-CTGT-TACA-CG--G--G--A----AAGATG---ATA----TT-TCAGACGATGAAA---ATA--TTGC-TGTATTTAAC-AA-T-GTCCA-A-AC-TTATATT
gi|157951 : -----CATGCACGT-TTAAGAAAT-GG---T---TGTAGT-AA-CCTAAATTATGA----------T-TTATTTG--TTAACAA-A-TT-----A--A---A-----AC--T--ATTT-TC-A-A-C-TT-G-TGAAAAA-TGTG-GG---C-A-T-GAAA------AA---GAGGACGCC-G--AACACTA--TTTCA-T----GCAATGTTC------T-TCT----TTTT---TA--AA-----------TGAT---C-GA----C--TT---C-GTC-TCTTT-C---A--T---GCTAC---ACGTCATC------GT--CTTCCTT-TAAGTGTTAAA-AC--C-TTAT-TACA-CG--G--G--A----GTGATG---AT-----ATCTCAGACAATGAAA---ATA--TTAA-TATAGTTAAC-AA-T-GTCCA-A-AC-TTACATT
gi|157952 : -----CATGCTAGA-ATTAGAAAC-AA---T---TGCTGC-AAACTTAA-TAATGA------CC--T-TTT--TC--TTAATCA-A-TT-A--AG--ACC-A-----A------A--C-GC-T-T-T-AT-G-T---GAT-TGTT-TC---A-A-T-GGAG------TA---GAAAATGCT-G--AACATTT--CTTTT-T----CAA-TA--CA-----G-TCA----TT------A-CAG-----------AAATCTAA-GAT---A--TT---C-ACT-T-TTC-C---A--A---T--CT---ACGAGAGA------ATTTCATCTGC-TTAATATTAA---------TGT-------------A--T----TA--CT---AT------T-TCGAAAGAAGA-----ATC--TAAC-TTTGGACGAA-AG-T-ATTCA-A-ATATTTCA
gi|157953 : ATGCTAGA-TTATGAAAT-AA---T---TACAGC-AA-CCTAAATTAAAA------TC--T-ATA--TT--TAAATCA-C-CT-T------A---A-----AT--T--A--AACC-A-T-T-TT-G-T---AAC-TGTAGCG-----A-C-ACAA------CT---GAAGACGCT-G--AGCATTT--CTTTT-T----TAAATG--CC-----C-TAT----TTAT---TA-AAA-----------TGA----ACGA----A--TT---G-TCT-TATTC-C---A--
gi|157954 : TGCTAGG-TTAAGAAAT-AA---C---TGCAGT-CA-TTTAAATAATGA------CC--T-CT-------------A-T-AT-A--AA--C---A-----AT--T----------------CT-G-T---AAA-TGCA--G---CGA-T-ACAA------GT---GAGGACGCA-G--AACATTT--TTTCT-T----TAAATG---------T-TCC----AGTT---------------------AA----A-GA----A--ATCAAA-GGC-TGTTT-C---A--GTC-A--AC---TT--GATT------GTTTCACCCTC-TTGATGTT-AA-AA--G-CTAT-TATT-TG--G--A--
gi|157955 : GCAAGA-TTAAGAAGC-AAGTGTACATGTAGT-AA-TTTAAATAATCATGTGTTCC--T-TTA--C--------CA-T-ATCA--GA--ACTAATTCTTAT--T--A--T-CC-A-C-------------GC-TGTG--------G-T-GAAA------TT---GAAGATGCT-G--AGCATTA--TATTT-T----CAAA-----------------------T--GTA-CAACGAATAGAACCCAA----A-GA----T--TA---A-AAT-TATCT------------A--ACTCGACAAGAGT------ATTTCTCCTAC-TAAGTA-CACA-GT--G-CCGTCTATA-TG--G--A--
gi|157956 : ATCA-T-AT-T--GA--G---A-----AT--T--A--C-CC-A-A-C-AT-G-----AAC-T-----------------------------------TGC-----AACATTA--TTTTT-T----TAATTG--AA-----T-TCT----CTTT--GTA-CAA-----------CAA----A-GA----A--TT---A-AAC-TATTT-TTAAA--A---A--AA---ACAAGGCT------GTTCCAACCAC-TTAAAGTCAAA-AA--T-CTGC-TATA-CG--G--C--T----CAGACG---ATC----AC-TCATATG-AGACAT--ACA--TAAA-C------------------------C-TTTTATTCACGA-ATCAAGAATCGGGCAAAGATT--------CGT-AA-A-AT-TAACTT-CGTAATGGTATTTTGTTTCTC
gi|157957 : --GA--G---A-----AT--T--A--T-CC-A-A-C-A--G-T---CACGTGTA-CA---C-A-T-GGAG------TG---GAAGAAGCA-G--AACGTTA--CATGT-T----TACATG--AA-----T-TATATATCTTT--GTA-GAA-----------CAA----A-AC----A--TT---A-AAC-TGTTT-C---A--A---A--AC---ATAAGACT------GTTCCATATAC-TTAGTG-GGAA-CA--G-TTGT-TATA-TG--G--A--
gi|157958 : T-G-T---GAT-TGTT-CC---A-A-T-GGAG------TA---GAAAATGCT-G--AACATTT--CTTTT-T----TCAATG--CA-----G-TCT----TTatcacac
gi|157959 : ataAGGTT------GTTCCATTAAC-TTAATGTCAAA-AAAAG-ACGG-TATA-TG--G--A--T----CAGCCG---TTC----AT-TCATACAAGGACA---ACA--TAAG-TCTCTTCGAA-AG-T-GTTCG-A-AC-TTTCATCTACGA-AT------------------T--------C-C-AACA-AT-TAATTT-CGATATAGTATTTTGTTTTTCTCTTCTGGCTCTGTAACATCTACCACAATATGACCGATCGCGTGAATATCAGTGACCAA
gi|157960 : aCAC-TCAATGTCAAA-AA--G-CTGT-TATA-TG--G--A--T----CAGACG---ATC----AT-TCGTATGAAGACA---ACA--TAAA-TTTATTCGGA-AG-T-GTTCA-A-AC-TTTCATTCACGA-ATCCAG---------AAGATT--------C-C-AATA-AT-TAATTA-TGTTATAGTATTTTGATTTTCTCCCCTGACTCTGTAACAGCTACCACACCATAACCGATCGCATGAATATCAGTGATCAACC---------AGA-TAATACTTTATATACA-----TATGTGTATGTGTGTGTAT
gi|157961 : CG---ATC----AT-TCATATGAGGA-A---ATA--TAAA-CCT-TTATAA-AG-T-GTCCC-A-AT-TTTCATTCACGA-ATCAAG---------AAGATTGGATACAAC-TGAATA-CT-TAACTT-GGTAAAAGTATCTTGTTTCTCTTTCTTATCTCTGTCATATCTACTGTAGCAGGACCGATCGTGCGAATGACAATAACCAATCAGTCGTTAAAGA-TAGTAC-TTGTGTGCGAGCGTTA-ATGCGTGCGTATGTGT
gi|157962 : ACTGTAACATGACCGATCGCATGAATGTCAGTGACCAACC---------AGCTTTATA---TATATATG-----TACATGTGTGTGTGTGTGT