lowQualScore : 111111 1 1111
lowQualScore : 11 3 444444 1 88888888 0 111 333 444444 1 0 1 3 7 1 222 2 11 111 6 2 22 1 11 5555555555 1 11 22222 4444 1
lowQualScore : .. . ...... . ........ . ... ... ...... . . . . . . ... . .. ... . . .. . .. .......... . .. ..... .... .
lowQualScore : 66 4 888888 1 55555555 5 999 000 111111 1 8 1 9 3 0 888 1 44 888 3 1 55 1 44 7777777777 1 66 99999 8888 2
consensus : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAA----TGAAAAAT-A--------TAAAA---AA---TAA------TG-CTTCCGA-TACAAGTAAGAAAG-TC---ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAA--TGT----------A-TTTCTCAC--T-----A---TGTCCATTTTTCAGTT-TACATAAA
Reference ( gi|134660 ) : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAA----AGAAAAAT-A--------TAAAA---AA---TAA------TG-CTTCCGA-TAGAAGTGAGAAAG-TC---ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAA--TGT----------A-TTTCTCAC--T-----A---GGTCCATTTTTCAGTT-TACATAAA
gi|134661 : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAA----AGAAAAAT-A--------TAAAA---AA---TAA------TG-CTTCCGA-TAGAAGTGAGAAAG-TC---ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAA--TGT----------A-TTTCTCAC--T-----A---CGTCCAATTTTCATTT-TACATAAA
gi|134662 : ATTAACAAACAGTA--TCCAC-GTTGTCATTGAATGCAA----AGAAAAAT-A--------TCAAA---AA---TAA------TG-CTTCCGA-TAGAAGTGAGAAAG-TC---ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAA--TGT----------A-TTTCTCAC--T-----A---GGTCCATTTTTCAGTT-AACATAAA
gi|134663 : ATTTACAAATAGTA--TCCAT-GTGGTTATTGAATGAAA----TGAAAAAT-A--------TAAAA---AA-----A------TG-CTTCCGA-TACAAGTAAGAAAG-CC---ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAA--TGT----------A-TTTCTCAC--T-----A---TGTCCATTTTTCAGTT-TACATA
gi|134664 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-ATGGTCATTGAATGCAA----TGAAAAAC-A--------TAAAA---TG---TAA------TG-CTTCCTA-TACAAGTAAAAAAAATC---ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAA--TGT----------G-TTTTTCAC--T-----A---TGTCCATTTTTCAGTT-TACATAAA
gi|134666 : ATTTACAAAGAGCA--TCAAT-GTGGACATTGAATGCAA----TGAAAAAT-A--------TAAAAAAAAA---TAA------TG-CTTCTGA-TACAAGTAAGAACG-TC---ATT-TTA--T---GATACAGACTT-GA-AAA-AAA--TGT----------A-TTTCTCAC--T-----A---ATTTCCTTTTTCAGTT-TACTTAAA
gi|134665 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAA----TGAAAAAC-A--------TAAAA---CA---TAA------TA-CTTCCGA-TACAAGTAAGAATG-TC---ATT-TGA--T---TATACAGACCT-G---AA-AAA--TGT----------G-TTTCTCAC--T-----A---TTACCACTTTTT-GTT-TACATAA
gi|134669 : ATTTACAAACAGTA--TTTAC-GTTGTTACTAAATGCAA----TTAAAAAT-A--------TAAAA---AA-----A------GG-CTTCCGA-TATAAGTCAGAAAG-TC---ATT-CAT--T---GATACAGACCT-G---AA-AAA--TGT----------A-TTTCCCAC--T-----A---CGTCCATTTTTCAGTT-TAAATAAA
gi|134667 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-ATGGTCATTGAATACAA----AGAAAAAT-A--------TCAAA---AA---TAA------TG-ATTCCGC-T-------ACAAAG-TC---ATGATTA--T---GATACAGACCTAA--AAA-AAA--TGC----------A-TTTCTTAC--T-----A---TGTCCATTTTTCAGTT-TATTTAAA
gi|134668 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-ATGGTCACTTAATGCAA----------------------TGAAA---AA---CTA------TC-CCTCTGA-TACAGGTAAAAAAG-TC---ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAA--TGT----------C-TTTCTCAC--T-----A---TGTCTATTTTATAGTT-AACATAAA
gi|134670 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGTCAT----------------AAAAC-A--------TAAAA---AA---TAA------TG-CTTCGGA-TACAAGTAAGAAAG-TCATTATT-TTA---------ACAGACCT-G--AAA-AAA--TGT----------G-TTTTTCAC--T-----A---TGTCAACTTATTAGTT-TACATAAA
gi|134674 : ATTTACAAATTGTA--TTTAC-GTGGT-----------------GAAAAAT-T--------TAAAA---AA---TAA------TG-CTTCCTA-TATAAGTTATAAAG-GC---ATT-TTA--T---GATACAGACCA-G--AAA-AAA--AGT----------AGTTTCTCAC--T-----A---TGTCCATTTTTCAGTT-TACATAAA
gi|134672 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGCCATTGAATGCAA----TGAAAAAC-AACCCCCCCCAAAA---AA----AA------TG-CTTCCGA-TACGAGTAAAAAA---CA--ATT-TTA--T---GATACAAACCT-GAAAAA-AAA--TGT----------G-TTTCTCAC--A-----A---TGTCAATTTTTCAGTT-ACCGTAAA
gi|134671 : ATTTACAAACAGAA--TACAC-CTGGTCATTGAATGTAA----TGAACTAT-A--------TAA----------TAA------TA-CTGCCGA-TACAAGTAAGAAAG-TC---ATT-GTA--T---GATACAGACTT-G--AAA-AAA--TGTTACATATATAA-TTTCTCA---------A---TGTCTATTTTTCATTT-TACATAAA
gi|134673 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGGATGAAAT---AAAGAAAT-A--------TAAAA---AA---TAA------TG-CTTTCGA-TACGAGAAAGAAAG-TC---ATT-TTA--T---GATACAAACCT-G--AAA-AAA--TGT----------
gi|134675 : ATTTACAAACAGTA--GCCAC-ATGTTCATTGAATGCAT----AAAAAAATTA--------TCAAA---AA---TAA------TG-ATTCCTG-TGCAGGTAAGATAG-CC---ATT-TAA--T---GATACAGGCCT-G--GAA-AAG--TTT----------A-TTTCTCGC--T-----G---TG-CCTTTTTCCAGTT-TTCGTAAAt
gi|134676 : ATTTATAAACATTA--TCAAC-ATGGTCATTGAATACAA-----TAAAGAT-A--------TGAAA---GA---TAA------TG-CTTCTGA-TACAAGTAAGAAAG-TC---GTT-TTA--T---TAAATAGACCT-G--AAC-AAA--TTT----------A-TTTCTCAC--T-----
gi|134677 : ATTTACAAATAGAA--TCCAC-ATGGTCAATGAATGCAA----TGAAAAAT-G--------TAAAA---AAAAATAA------TG-CTTCTGA-----AGTAATAA-G-CA---ATT-TTA--T---GATACAGAATT-G--AAA-AAAAATGT----------A-T--------------------GTCTATTTTTCAGTT-TACATAAAgttttca
gi|134678 : ATTTACAAACACTA--TCCAC-------ATTGAATGCAA----TG-AACAT-A--------TAAAA---AAT--TTA------TG-CTTCCAA-TACAAGTAAAAAAG-AC---ATT-TTA--T---A----AAACCT-G--AAA-AAA--TGT----------A-------AC--T-----A---TGACCATTTTTCAGCT-TACATAAA
gi|134680 : ATTTACAAACAGAT--TCTTT-GTGGTCATTGAATGCAA----AGAAAAAA-A--------AAAAA---AA---AAAAAAAAATA-CTTCCCA-TACAAACTTGAAAG-TC---ATT-GTA--T---GATACATACAT-T--AAA-AAA--TGT----------A-TTTCTTACAGT-----ATTTGTTATATTTT----TT-TATATAAA
gi|134679 : ATTAACAAACAGTA--TCAAC-GTGGTCATTGAATGAAA----GGAAAAAC-A--------TAAAA---AA------------------------ACAAGTAAGAAAG-TC---CTT-TTA--T---GATACAAACCT-G--AAA-CAA--TAT----------
gi|134682 : ATTTACAACCTGAA--GCCACAGTG-TTATTGATCGTGA----A--AAAAT-AC-------TCACA---AA---CAA------TG-CTTCCCA-TACAGGTAACATCG-TC---ATT-TTG--T---TATACAAGCAT-G--AAA-AAA--CGT----------A-TTTCTCAC--T-----A---TTCCCATTTTCCGGTT-t
gi|134684 : ATTTACAACCAGAA--GCCAC-AATGTTATTGATCGTGA----A--AAAAT-AC-------TCACA---AA---CAA------TG-CTTCCCA-TACAGGTAACATCG-TC---ATT-TTG--T---TATACAAGCAT-G--AAC-AAA--CGT----------A-TTTCTCAC--T-----A---TTCCCATTTTCCGGTT-
gi|134681 : ATTTACAACCAGAA--GCCACAGTG-TTATTGATCGTGA----A--AAAAT-AC-------TCACA---AA---CAA------TG-CTTCCCA-TACAGGTAACATCG-TC---ATT-GTG--T---TATACAAGCAT-G--AAA-AAA--CGT----------G-TTTCTCAC--T-----A---TTCCCATTTTCCGGTT-
gi|134686 : ATTTACAAAAAGTA--TCCAC-GT---CATTGAATG--------GAAGAA-------------AAA---AA---TAA------TG-CTTCCAA-TACAAGCAAGAGAG-TC---ACT-TTA--T---
gi|134685 : ATTTATGAGCAGTA--TCCAT-GCATTCACTGAAT---------------T-A--------TCAAA---AA---TAA------AG-TTTCTAA-TACAGCC--------TT---ATT-TTA--T---GTTTCAGGCCT-G--AAA-AA---TGT----------C-TTTCTCAC--TTCACTA---TGTCCATTTTCCAGTT-GATATAAA
gi|134687 : ATATACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGACTGCAA----TTAAAAAT-G--------TAAAA---AA---TAA------TG-CTTCGAA-TGAAAACAAGTAA
gi|134683 : ATTTACAACCTGAA--GCCACAGTG-TTATTGATCGTGA----A--AAAAT-AC-------TCACA---AA---CAA------TG-CTTCCCA-TACAGGTAACATCG-TC---ATT-TTG--T---TATACAAGCAT-G--AAA-AAA--CGT----------A-TTTCTCAC--T-----A---TTCCCATT
gi|134688 : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GT---CATTGAATGCGA----TGAAAAAT-A--------TAAAA---------AA------TG-CTTATGA-TA
gi|134689 : TTTACAAGCAGTAAATATAT-GCATTCACTGAATGCAA----TGAAAATT-A--------TCAAA---AT---TTA------TG-CTTTCGA-TACAGGTAAAAAAT-TC---GTT-TTA--T---GACATAAGCTT-A--AAA-AAA--TGT----------A-TTTCTCAC--T-----A---TCTCCACTTTTCAGTT-TATATAAAcatgt
gi|134690 : TTTACAAATAGTA--TCTTC-GTGGTCACTGAATGCAA----TGAAAAAC-A--------TAAAA---AG---TAA------TGAC-----A-TA-------------TC---A---ATA--T---GATACAGAACT-G---AA-AAA--TGT----------G-TTTCTCAC--A-----A---TTTACATT-----GTTGTACATA
gi|134691 : TTACAAACAGTA--TCCAT-GTGGTCATTGAATGCGA----TAAAAAAT-G--------TAAAA---GA---TAA------TG-CTTCCAA-TA----TTAGAAAG-TC---ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-ATA--TGT----------A-TTTATCAC--T-----A---TGTCCATTTTTCAGTT-TACA
gi|134692 : ACAAACAGTA--TCAAT-GTGGTCATTGAATGCAA----TGAAAAAC-A----------------AA---TAAA-----TG-CTTCCGA-TACAAGTACGAAAG-TC---ATT-TTA--T---GATAAAGACCT-G--AAAGAAA--TGT----------T-TTTCTCAC--T-----A---TGTCCATCTTTCAGTT-TACGTAAA
gi|134693 : CAATA--TCCAT-GTGGACATTGAATGTAA----TGAAAAAT-A--------TAAAA---AA---TAA------TG-CTCATGA-TACCTGTTAGATAG-TC---A
gi|134694 : TA--GCCAC-ATATTTATTAAATGCAA----TGGAAAGT-A--------TCAAA---AA---TA----------TTTTTGG-TACAGATAAGAGTG-TC---ATT-TAA--T---GATACATACAT-G--AAA-AA----GT----------A-TTTCTCAC--T-----A---AGTCTATTTTACAGTT-TATATA
gi|134695 : AC-GTGGTCATTGAATGAAATAAAAAAAAAAC-A--------TAAAC---AA---TAA------TG-TTTCCAA-AACAAGTATCAAAG-AA---CTT-TTA--T---GATACAAACCT-G--AAA-GAA--TAT----------
gi|134696 : TCATAAAATGCGA----TGGAAATT-A--------TCAAA---AC---TAA------TG-CTCCCAAATACAGCTAGGAAAG-TC---ATTATTAAATAAAGATACAGGCCT-G--AAA-A----TGT----------A-TTTCTCAC--T-----A---TGTCCATTTTCCAGTT-TAt
gi|134697 : A---AA---TAA-------A-CTTTT-A-CAAAAAAAAGGAAG-TC---ATT-TAA--T---TATACAGACCTTA--AAA-AAA--TGT----------G-TTTCTCAC--T-----A---TGACCACTTT---GTT-TTCATAAA
gi|134698 : AA------TC-CTTCCGA-TACATATAAGAAAG-CC---ATT-GTA--T---AATACAGATGT-G---AA-AAG--TGTA---------A-TTTTTCGC--T-----A---TGACCA-TTTTCAGTT-TACTTAAA
gi|134685 : GAAGTGAGAAAG-AC---ATT-TT---T-------CAGGCCT-G--AAA-
gi|134699 : atttatgagcagtatccatgcattcactgaattatcaaaaataaagtttctaatacagccttattttatgGAAAG-TG---AAT---A--T---GATACAGACCT-T--AAA-AAA--TGT----------A-TTTCTCAC--T-----A---TGTCCATTTTTCAATT-TACATAactatgtccattttccagttgatataaa
gi|134700 : AAG-TC---ATT-TTA--T---GATACAGTCCT-G--AAA-A-A--TGT----------A-TTTCACAC--T-----A---TGTCCACTTTCCAGTT-TACA-AAA
gi|134701 : -TTA--T---GATACAGACCT-G--AAG-GAA--TGT----------G-TTTCTCAC--A-----A---AGTCCATTTTTCACTT-TACATAAA
gi|134702 : AG--TGT----------G-TTTCTCAC--T-----A---TGTCCATTTTTCAGTT-TCCATAAA
Alignments
lowQualScore : 11 3 3 1 3333 88888888 2222 111 1 444444 0 1 2222 1 1 2 11 111 2 22 1 5555555555 1 44444 1 11 1 1
lowQualScore : .. . . . .... ........ .... ... . ...... . . .... . . . .. ... . .. . .......... . ..... . .. . .
lowQualScore : 66 3 1 1 8888 22222222 4444 888 1 000000 6 0 2222 0 0 1 44 888 1 55 1 5555555555 1 33333 1 55 1 2
consensus : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAA
Reference ( family-534 ) : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAA
gi|134660 : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAAAGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----AGAAGTGAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--GGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAA
gi|134661 : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAAAGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----AGAAGTGAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--CGTC-CAATTTTCATTT-TACATAAA
gi|134662 : ATTAACAAACAGTA--TCCAC-GTTGTCATTGAATGCAAAGAA-AAA----TA--------T---CAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----AGAAGTGAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--GGTC-CATTTTTCAGTT-AACATAAA
gi|134663 : ATTTACAAATAGTA--TCCAT-GTGGTTATTGAATGAAATGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA---A------TGCTTCCGA-T----ACAAGTAAGAAAG-CC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATA
gi|134664 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-ATGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----CA--------T---AAAA---TG-TAA------TGCTTCCTA-T----ACAAGTAAAAAAAATC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------G-TTTTTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAA
gi|134665 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----CA--------T---AAAA---CA-TAA------TACTTCCGA-T----ACAAGTAAGAATG-TC-ATT-TGA--T---TATACAGACCT-G---AA-AAATGT----------G-TTTCTCAC-----T-A--TTAC-CACTTTTT-GTT-TACATAA
gi|134666 : ATTTACAAAGAGCA--TCAAT-GTGGACATTGAATGCAATGAA-AAA----TA--------T---AAAAAAAAA-TAA------TGCTTCTGA-T----ACAAGTAAGAACG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGACTT-GA-AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----TAA--TTTC-C-TTTTTCAGTT-TACTTAAA
gi|134667 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-ATGGTCATTGAATACAAAGAA-AAA----TA--------T---CAAA---AA-TAA------TGATTCCGC-T----AC-------AAAG-TC-ATGATTA--T---GATACAGACCTAA--AAA-AAATGC----------A-TTTCTTAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TATTTAAA
gi|134668 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-ATGGTCACTTAATGCAATGAA-AAA----C-----------------------TA-------TCCCTCTGA-T----ACAGGTAAAAAAG-TC-ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------C-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-TATTTTATAGTT-AACATAAA
gi|134669 : ATTTACAAACAGTA--TTTAC-GTTGTTACTAAATGCAATTAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA---A------GGCTTCCGA-T----ATAAGTCAGAAAG-TC-ATT-CAT--T---GATACAGACCT-G---AA-AAATGT----------A-TTTCCCAC-----T-A--CGTC-CATTTTTCAGTT-TAAATAAA
gi|134670 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGTCAT------------A-AAA----CA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCGGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-ATT-ATT--T---TA-ACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------G-TTTTTCAC-----T-A--TGTC-AACTTATTAGTT-TACATAAA
gi|134671 : ATTTACAAACAGAA--TACAC-CTGGTCATTGAATGTAATGAA-CTA----TA--------T---AA--------TAA------TACTGCCGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-ATT-GTA--T---GATACAGACTT-G--AAA-AAATGTTACATATATAA-TTTCTCA--------A--TGTC-TATTTTTCATTT-TACATAAA
gi|134672 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGCCATTGAATGCAATGAA-AAA----CAACCCCCCCC---AAAA---AA--AA------TGCTTCCGA-T----ACGAGTAAAAAA---CAATT-TTA--T---GATACAAACCT-GAAAAA-AAATGT----------G-TTTCTCAC-----A-A--TGTC-AATTTTTCAGTT-ACCGTAAA
gi|134673 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGGATGAAATAAAGAAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTTCGA-T----ACGAGAAAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAAACCT-G--AAA-AAATGT----------
gi|134674 : ATTTACAAATTGTA--TTTAC-GTGGT-------------GAA-AAA----TT--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCTA-T----ATAAGTTATAAAG-GC-ATT-TTA--T---GATACAGACCA-G--AAA-AAAAGT----------AGTTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAAt
gi|134675 : ATTTACAAACAGTA--GCCAC-ATGTTCATTGAATGCA-TAAA-AAAAT--TA--------T---CAAA---AA-TAA------TGATTCCTG-T----GCAGGTAAGATAG-CC-ATT-TAA--T---GATACAGGCCT-G--GAA-AAGTTT----------A-TTTCTCGC-----T-G--TG-C-CTTTTTCCAGTT-TTCGTAAA
gi|134676 : ATTTATAAACATTA--TCAAC-ATGGTCATTGAATACAAT-AA-AGA----TA--------T---GAAA---GA-TAA------TGCTTCTGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-GTT-TTA--T---TAAATAGACCT-G--AAC-AAATTT----------A-TTTCTCAC-----T-G--TTTT-CA
gi|134677 : ATTTACAAATAGAA--TCCAC-ATGGTCAATGAATGCAATGAA-AAA----TG--------TAAAAAAA---AA-TAA------TGCTTCTG---------AAGTAAT-AAG-CA-ATT-TTA--T---GATACAGAATT-G--AAA-AAAAAT----------G--------------T-A--TGTC-TATTTTTCAGTT-TACATAAA
gi|134678 : ATTTACAAACACTA--TCCAC-------ATTGAATGCAATG-A-ACA----TA--------T---AAAA---AATTTA------TGCTTCCAA-T----ACAAGTAAAAAAG-AC-ATT-TTA--T---A----AAACCT-G--AAA-AAATGT----------A-------AC-----T-A--TGAC-CATTTTTCAGCT-TACATAAA
gi|134679 : ATTAACAAACAGTA--TCAAC-GTGGTCATTGAATGAAAGGAA-AAA----CA--------T---AAAA---AA-------------------------ACAAGTAAGAAAG-TC-CTT-TTA--T---GATACAAACCT-G--AAA-CAATAT----------
gi|134680 : ATTTACAAACAGAT--TCTTT-GTGGTCATTGAATGCAAAGAA-AAA----AA--------A---AAAA---AA-AAAAAAAAATACTTCCCA-T----ACAAACTTGAAAG-TC-ATT-GTA--T---GATACATACAT-T--AAA-AAATGT----------A-TTTCTTACAG---T-ATTTGTTATATTTT----TT-TATATAAAt
gi|134681 : ATTTACAACCAGAA--GCCACAGTG-TTATTGATCGTGA--AA-AAA----TAC-------T---CACA---AA-CAA------TGCTTCCCA-T----ACAGGTAACATCG-TC-ATT-GTG--T---TATACAAGCAT-G--AAA-AAACGT----------G-TTTCTCAC-----T-A--TTCC-CATTTTCCGGTT-
gi|134682 : ATTTACAACCTGAA--GCCACAGTG-TTATTGATCGTGA--AA-AAA----TAC-------T---CACA---AA-CAA------TGCTTCCCA-T----ACAGGTAACATCG-TC-ATT-TTG--T---TATACAAGCAT-G--AAA-AAACGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TTCC-CATTTTCCGGTT-
gi|134683 : ATTTACAACCTGAA--GCCACAGTG-TTATTGATCGTGA--AA-AAA----TAC-------T---CACA---AA-CAA------TGCTTCCCA-T----ACAGGTAACATCG-TC-ATT-TTG--T---TATACAAGCAT-G--AAA-AAACGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TTCC-CATT
gi|134684 : ATTTACAACCAGAA--GCCAC-AATGTTATTGATCGTGA--AA-AAA----TAC-------T---CACA---AA-CAA------TGCTTCCCA-T----ACAGGTAACATCG-TC-ATT-TTG--T---TATACAAGCAT-G--AAC-AAACGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TTCC-CATTTTCCGGTT-
gi|134685 : ATTTATGAGCAGTA--TCCAT-GCATTCACTGAAT----------------TA--------T---CAAA---AA-TAA------AGTTTCTAA-T----ACAGCC--------TT-ATT-TTA--T---GTTTCAGGCCT-G--AAA-AA-TGT----------C-TTTCTCACTTCACT-A--TGTC-CATTTTCCAGTT-GATATAAA
gi|134686 : ATTTACAAAAAGTA--TCCAC-GT---CATTGAATG----GAA-GAA-------------------AAA---AA-TAA------TGCTTCCAA-T----ACAAGCAAGAGAG-TC-ACT-TTA--T---
gi|134687 : ATATACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGACTGCAATTAA-AAA----TG--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCGAA-TGAAAACAAGTAA
gi|134688 : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GT---CATTGAATGCGATGAA-AAA----TA--------T---AAAA-------AA------TGCTTATGA-T----ACATGT
gi|134689 : TTTACAAGCAGTAAATATAT-GCATTCACTGAATGCAATGAA-AAT----TA--------T---CAAA---AT-TTA------TGCTTTCGA-T----ACAGGTAAAAAAT-TC-GTT-TTA--T---GACATAAGCTT-A--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TCTC-CACTTTTCAGTT-TATATAAA
gi|134690 : TTTACAAATAGTA--TCTTC-GTGGTCACTGAATGCAATGAA-AAA----CA--------T---AAAA---AG-TAA------TG-------------ACA--TA-------TC-A---ATA--T---GATACAGAACT-G---AA-AAATGT----------G-TTTCTCAC-----A-A--TTTA-CATT-----GTTGTACATA
gi|134691 : TTACAAACAGTA--TCCAT-GTGGTCATTGAATGCGATAAA-AAA----TG--------T---AAAA---GA-TAA------TGCTTCCAA-T----A----TTAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-ATATGT----------A-TTTATCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACA
gi|134692 : ACAAACAGTA--TCAAT-GTGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----CA-------------------AA-TAAA-----TGCTTCCGA-T----ACAAGTACGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATAAAGACCT-G--AAAGAAATGT----------T-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATCTTTCAGTT-TACGTAAA
gi|134693 : CAATA--TCCAT-GTGGACATTGAATGTAATGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTCATGA-T----ACCTGTTAGATAG-TC-A
gi|134694 : TA--GCCAC-ATATTTATTAAATGCAATGGA-AAG----TA--------T---CAAA---AA-TA---------TTTTTGG-T----ACAGATAAGAGTG-TC-ATT-TAA--T---GATACATACAT-G--AAA-AA--GT----------A-TTTCTCAC-----T-A--AGTC-TATTTTACAGTT-TATATA
gi|134695 : AC-GTGGTCATTGAATGAAATAAA-AAAAAAACA--------T---AAAC---AA-TAA------TGTTTCCAA-A----ACAAGTATCAAAG-AA-CTT-TTA--T---GATACAAACCT-G--AAA-GAATAT----------
gi|134696 : TCATAAAATGCGATGGA-AAT----TA--------T---CAAA---AC-TAA------TGCTCCCAAAT----ACAGCTAGGAAAG-TC-ATTATTAAATAAAGATACAGGCCT-G--AAA-A--TGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTCCAGTT-TAt
gi|134697 : A---AA-TAA-------ACTTTT-A-C----AAAAAAAAGGAAG-TC-ATT-TAA--T---TATACAGACCTTA--AAA-AAATGT----------G-TTTCTCAC-----T-A--TGAC-CACTTT---GTT-TTCATAAA
gi|134698 : AA------TCCTTCCGA-T----ACATATAAGAAAG-CC-ATT-GTA--T---AATACAGATGT-G---AA-AAGTGTA---------A-TTTTTCGC-----T-A--TGAC-CA-TTTTCAGTT-TACTTAAA
gi|134699 : GAAAG-TG-AAT---A--T---GATACAGACCT-T--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAATT-TACATA
gi|134700 : AAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGTCCT-G--AAA-A-ATGT----------A-TTTCACAC-----T-A--TGTC-CACTTTCCAGTT-TACA-AAA
gi|134701 : -TTA--T---GATACAGACCT-G--AAG-GAATGT----------G-TTTCTCAC-----A-A--AGTC-CATTTTTCACTT-TACATAAA
gi|134702 : AGTGT----------G-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TCCATAAA
Alignments
lowQualScore : 11 3 3 1 3333 88888888 2222 111 1 444444 0 1 2222 1 1 2 11 111 2 22 1 5555555555 1 44444 1 11 1 1
lowQualScore : .. . . . .... ........ .... ... . ...... . . .... . . . .. ... . .. . .......... . ..... . .. . .
lowQualScore : 66 3 1 1 8888 22222222 4444 888 1 000000 6 0 2222 0 0 1 44 888 1 55 1 5555555555 1 33333 1 55 1 2
consensus : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAA
Reference ( family-534 ) : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAA
gi|134660 : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAAAGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----AGAAGTGAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--GGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAA
gi|134661 : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAAAGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----AGAAGTGAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--CGTC-CAATTTTCATTT-TACATAAA
gi|134662 : ATTAACAAACAGTA--TCCAC-GTTGTCATTGAATGCAAAGAA-AAA----TA--------T---CAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----AGAAGTGAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--GGTC-CATTTTTCAGTT-AACATAAA
gi|134663 : ATTTACAAATAGTA--TCCAT-GTGGTTATTGAATGAAATGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA---A------TGCTTCCGA-T----ACAAGTAAGAAAG-CC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATA
gi|134664 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-ATGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----CA--------T---AAAA---TG-TAA------TGCTTCCTA-T----ACAAGTAAAAAAAATC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------G-TTTTTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAA
gi|134665 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----CA--------T---AAAA---CA-TAA------TACTTCCGA-T----ACAAGTAAGAATG-TC-ATT-TGA--T---TATACAGACCT-G---AA-AAATGT----------G-TTTCTCAC-----T-A--TTAC-CACTTTTT-GTT-TACATAA
gi|134666 : ATTTACAAAGAGCA--TCAAT-GTGGACATTGAATGCAATGAA-AAA----TA--------T---AAAAAAAAA-TAA------TGCTTCTGA-T----ACAAGTAAGAACG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGACTT-GA-AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----TAA--TTTC-C-TTTTTCAGTT-TACTTAAA
gi|134667 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-ATGGTCATTGAATACAAAGAA-AAA----TA--------T---CAAA---AA-TAA------TGATTCCGC-T----AC-------AAAG-TC-ATGATTA--T---GATACAGACCTAA--AAA-AAATGC----------A-TTTCTTAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TATTTAAA
gi|134668 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-ATGGTCACTTAATGCAATGAA-AAA----C-----------------------TA-------TCCCTCTGA-T----ACAGGTAAAAAAG-TC-ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------C-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-TATTTTATAGTT-AACATAAA
gi|134669 : ATTTACAAACAGTA--TTTAC-GTTGTTACTAAATGCAATTAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA---A------GGCTTCCGA-T----ATAAGTCAGAAAG-TC-ATT-CAT--T---GATACAGACCT-G---AA-AAATGT----------A-TTTCCCAC-----T-A--CGTC-CATTTTTCAGTT-TAAATAAA
gi|134670 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGTCAT------------A-AAA----CA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCGGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-ATT-ATT--T---TA-ACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------G-TTTTTCAC-----T-A--TGTC-AACTTATTAGTT-TACATAAA
gi|134671 : ATTTACAAACAGAA--TACAC-CTGGTCATTGAATGTAATGAA-CTA----TA--------T---AA--------TAA------TACTGCCGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-ATT-GTA--T---GATACAGACTT-G--AAA-AAATGTTACATATATAA-TTTCTCA--------A--TGTC-TATTTTTCATTT-TACATAAA
gi|134672 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGCCATTGAATGCAATGAA-AAA----CAACCCCCCCC---AAAA---AA--AA------TGCTTCCGA-T----ACGAGTAAAAAA---CAATT-TTA--T---GATACAAACCT-GAAAAA-AAATGT----------G-TTTCTCAC-----A-A--TGTC-AATTTTTCAGTT-ACCGTAAA
gi|134673 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGGATGAAATAAAGAAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTTCGA-T----ACGAGAAAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAAACCT-G--AAA-AAATGT----------
gi|134674 : ATTTACAAATTGTA--TTTAC-GTGGT-------------GAA-AAA----TT--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCTA-T----ATAAGTTATAAAG-GC-ATT-TTA--T---GATACAGACCA-G--AAA-AAAAGT----------AGTTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAAt
gi|134675 : ATTTACAAACAGTA--GCCAC-ATGTTCATTGAATGCA-TAAA-AAAAT--TA--------T---CAAA---AA-TAA------TGATTCCTG-T----GCAGGTAAGATAG-CC-ATT-TAA--T---GATACAGGCCT-G--GAA-AAGTTT----------A-TTTCTCGC-----T-G--TG-C-CTTTTTCCAGTT-TTCGTAAA
gi|134676 : ATTTATAAACATTA--TCAAC-ATGGTCATTGAATACAAT-AA-AGA----TA--------T---GAAA---GA-TAA------TGCTTCTGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-GTT-TTA--T---TAAATAGACCT-G--AAC-AAATTT----------A-TTTCTCAC-----T-G--TTTT-CA
gi|134677 : ATTTACAAATAGAA--TCCAC-ATGGTCAATGAATGCAATGAA-AAA----TG--------TAAAAAAA---AA-TAA------TGCTTCTG---------AAGTAAT-AAG-CA-ATT-TTA--T---GATACAGAATT-G--AAA-AAAAAT----------G--------------T-A--TGTC-TATTTTTCAGTT-TACATAAA
gi|134678 : ATTTACAAACACTA--TCCAC-------ATTGAATGCAATG-A-ACA----TA--------T---AAAA---AATTTA------TGCTTCCAA-T----ACAAGTAAAAAAG-AC-ATT-TTA--T---A----AAACCT-G--AAA-AAATGT----------A-------AC-----T-A--TGAC-CATTTTTCAGCT-TACATAAA
gi|134679 : ATTAACAAACAGTA--TCAAC-GTGGTCATTGAATGAAAGGAA-AAA----CA--------T---AAAA---AA-------------------------ACAAGTAAGAAAG-TC-CTT-TTA--T---GATACAAACCT-G--AAA-CAATAT----------
gi|134680 : ATTTACAAACAGAT--TCTTT-GTGGTCATTGAATGCAAAGAA-AAA----AA--------A---AAAA---AA-AAAAAAAAATACTTCCCA-T----ACAAACTTGAAAG-TC-ATT-GTA--T---GATACATACAT-T--AAA-AAATGT----------A-TTTCTTACAG---T-ATTTGTTATATTTT----TT-TATATAAAt
gi|134681 : ATTTACAACCAGAA--GCCACAGTG-TTATTGATCGTGA--AA-AAA----TAC-------T---CACA---AA-CAA------TGCTTCCCA-T----ACAGGTAACATCG-TC-ATT-GTG--T---TATACAAGCAT-G--AAA-AAACGT----------G-TTTCTCAC-----T-A--TTCC-CATTTTCCGGTT-
gi|134682 : ATTTACAACCTGAA--GCCACAGTG-TTATTGATCGTGA--AA-AAA----TAC-------T---CACA---AA-CAA------TGCTTCCCA-T----ACAGGTAACATCG-TC-ATT-TTG--T---TATACAAGCAT-G--AAA-AAACGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TTCC-CATTTTCCGGTT-
gi|134683 : ATTTACAACCTGAA--GCCACAGTG-TTATTGATCGTGA--AA-AAA----TAC-------T---CACA---AA-CAA------TGCTTCCCA-T----ACAGGTAACATCG-TC-ATT-TTG--T---TATACAAGCAT-G--AAA-AAACGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TTCC-CATT
gi|134684 : ATTTACAACCAGAA--GCCAC-AATGTTATTGATCGTGA--AA-AAA----TAC-------T---CACA---AA-CAA------TGCTTCCCA-T----ACAGGTAACATCG-TC-ATT-TTG--T---TATACAAGCAT-G--AAC-AAACGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TTCC-CATTTTCCGGTT-
gi|134685 : ATTTATGAGCAGTA--TCCAT-GCATTCACTGAAT----------------TA--------T---CAAA---AA-TAA------AGTTTCTAA-T----ACAGCC--------TT-ATT-TTA--T---GTTTCAGGCCT-G--AAA-AA-TGT----------C-TTTCTCACTTCACT-A--TGTC-CATTTTCCAGTT-GATATAAA
gi|134686 : ATTTACAAAAAGTA--TCCAC-GT---CATTGAATG----GAA-GAA-------------------AAA---AA-TAA------TGCTTCCAA-T----ACAAGCAAGAGAG-TC-ACT-TTA--T---
gi|134687 : ATATACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGACTGCAATTAA-AAA----TG--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCGAA-TGAAAACAAGTAA
gi|134688 : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GT---CATTGAATGCGATGAA-AAA----TA--------T---AAAA-------AA------TGCTTATGA-T----ACATGT
gi|134689 : TTTACAAGCAGTAAATATAT-GCATTCACTGAATGCAATGAA-AAT----TA--------T---CAAA---AT-TTA------TGCTTTCGA-T----ACAGGTAAAAAAT-TC-GTT-TTA--T---GACATAAGCTT-A--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TCTC-CACTTTTCAGTT-TATATAAA
gi|134690 : TTTACAAATAGTA--TCTTC-GTGGTCACTGAATGCAATGAA-AAA----CA--------T---AAAA---AG-TAA------TG-------------ACA--TA-------TC-A---ATA--T---GATACAGAACT-G---AA-AAATGT----------G-TTTCTCAC-----A-A--TTTA-CATT-----GTTGTACATA
gi|134691 : TTACAAACAGTA--TCCAT-GTGGTCATTGAATGCGATAAA-AAA----TG--------T---AAAA---GA-TAA------TGCTTCCAA-T----A----TTAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-ATATGT----------A-TTTATCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACA
gi|134692 : ACAAACAGTA--TCAAT-GTGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----CA-------------------AA-TAAA-----TGCTTCCGA-T----ACAAGTACGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATAAAGACCT-G--AAAGAAATGT----------T-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATCTTTCAGTT-TACGTAAA
gi|134693 : CAATA--TCCAT-GTGGACATTGAATGTAATGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTCATGA-T----ACCTGTTAGATAG-TC-A
gi|134694 : TA--GCCAC-ATATTTATTAAATGCAATGGA-AAG----TA--------T---CAAA---AA-TA---------TTTTTGG-T----ACAGATAAGAGTG-TC-ATT-TAA--T---GATACATACAT-G--AAA-AA--GT----------A-TTTCTCAC-----T-A--AGTC-TATTTTACAGTT-TATATA
gi|134695 : AC-GTGGTCATTGAATGAAATAAA-AAAAAAACA--------T---AAAC---AA-TAA------TGTTTCCAA-A----ACAAGTATCAAAG-AA-CTT-TTA--T---GATACAAACCT-G--AAA-GAATAT----------
gi|134696 : TCATAAAATGCGATGGA-AAT----TA--------T---CAAA---AC-TAA------TGCTCCCAAAT----ACAGCTAGGAAAG-TC-ATTATTAAATAAAGATACAGGCCT-G--AAA-A--TGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTCCAGTT-TAt
gi|134697 : A---AA-TAA-------ACTTTT-A-C----AAAAAAAAGGAAG-TC-ATT-TAA--T---TATACAGACCTTA--AAA-AAATGT----------G-TTTCTCAC-----T-A--TGAC-CACTTT---GTT-TTCATAAA
gi|134698 : AA------TCCTTCCGA-T----ACATATAAGAAAG-CC-ATT-GTA--T---AATACAGATGT-G---AA-AAGTGTA---------A-TTTTTCGC-----T-A--TGAC-CA-TTTTCAGTT-TACTTAAA
gi|134699 : GAAAG-TG-AAT---A--T---GATACAGACCT-T--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAATT-TACATA
gi|134700 : AAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGTCCT-G--AAA-A-ATGT----------A-TTTCACAC-----T-A--TGTC-CACTTTCCAGTT-TACA-AAA
gi|134701 : -TTA--T---GATACAGACCT-G--AAG-GAATGT----------G-TTTCTCAC-----A-A--AGTC-CATTTTTCACTT-TACATAAA
gi|134702 : AGTGT----------G-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TCCATAAA
blockSeqs : AA A A G AAAA ACCCCCCC AAAA AAA T AAAAAA A GAAA A A A AA AAA A AA G TACATATATA G TTCAC A TT A G
blockSeqs : . A A . AT C A . . A . . . . A . . T A . A . AG . . . .
blockSeqs : . A T . . C C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAA
finalCons : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAA
Alignments
lowQualScore : 11 3 3 1 3333 88888888 2222 111 1 444444 0 1 2222 1 1 2 11 111 2 22 1 5555555555 1 44444 1 11 1 1
lowQualScore : .. . . . .... ........ .... ... . ...... . . .... . . . .. ... . .. . .......... . ..... . .. . .
lowQualScore : 66 3 1 1 8888 22222222 4444 888 1 000000 6 0 2222 0 0 1 44 888 1 55 1 5555555555 1 33333 1 55 1 2
consensus : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAA
Reference ( family-534 ) : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAA
gi|134660 : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAAAGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----AGAAGTGAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--GGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAA
gi|134661 : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAAAGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----AGAAGTGAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--CGTC-CAATTTTCATTT-TACATAAA
gi|134662 : ATTAACAAACAGTA--TCCAC-GTTGTCATTGAATGCAAAGAA-AAA----TA--------T---CAAA---AA-TAA------TGCTTCCGA-T----AGAAGTGAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--GGTC-CATTTTTCAGTT-AACATAAA
gi|134663 : ATTTACAAATAGTA--TCCAT-GTGGTTATTGAATGAAATGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA---A------TGCTTCCGA-T----ACAAGTAAGAAAG-CC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATA
gi|134664 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-ATGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----CA--------T---AAAA---TG-TAA------TGCTTCCTA-T----ACAAGTAAAAAAAATC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------G-TTTTTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAA
gi|134665 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----CA--------T---AAAA---CA-TAA------TACTTCCGA-T----ACAAGTAAGAATG-TC-ATT-TGA--T---TATACAGACCT-G---AA-AAATGT----------G-TTTCTCAC-----T-A--TTAC-CACTTTTT-GTT-TACATAA
gi|134666 : ATTTACAAAGAGCA--TCAAT-GTGGACATTGAATGCAATGAA-AAA----TA--------T---AAAAAAAAA-TAA------TGCTTCTGA-T----ACAAGTAAGAACG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGACTT-GA-AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----TAA--TTTC-C-TTTTTCAGTT-TACTTAAA
gi|134667 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-ATGGTCATTGAATACAAAGAA-AAA----TA--------T---CAAA---AA-TAA------TGATTCCGC-T----AC-------AAAG-TC-ATGATTA--T---GATACAGACCTAA--AAA-AAATGC----------A-TTTCTTAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TATTTAAA
gi|134668 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-ATGGTCACTTAATGCAATGAA-AAA----C-----------------------TA-------TCCCTCTGA-T----ACAGGTAAAAAAG-TC-ATT-TTA--T---GGTACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------C-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-TATTTTATAGTT-AACATAAA
gi|134669 : ATTTACAAACAGTA--TTTAC-GTTGTTACTAAATGCAATTAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA---A------GGCTTCCGA-T----ATAAGTCAGAAAG-TC-ATT-CAT--T---GATACAGACCT-G---AA-AAATGT----------A-TTTCCCAC-----T-A--CGTC-CATTTTTCAGTT-TAAATAAA
gi|134670 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGTCAT------------A-AAA----CA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCGGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-ATT-ATT--T---TA-ACAGACCT-G--AAA-AAATGT----------G-TTTTTCAC-----T-A--TGTC-AACTTATTAGTT-TACATAAA
gi|134671 : ATTTACAAACAGAA--TACAC-CTGGTCATTGAATGTAATGAA-CTA----TA--------T---AA--------TAA------TACTGCCGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-ATT-GTA--T---GATACAGACTT-G--AAA-AAATGTTACATATATAA-TTTCTCA--------A--TGTC-TATTTTTCATTT-TACATAAA
gi|134672 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGCCATTGAATGCAATGAA-AAA----CAACCCCCCCC---AAAA---AA--AA------TGCTTCCGA-T----ACGAGTAAAAAA---CAATT-TTA--T---GATACAAACCT-GAAAAA-AAATGT----------G-TTTCTCAC-----A-A--TGTC-AATTTTTCAGTT-ACCGTAAA
gi|134673 : ATTTACAAATAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGGATGAAATAAAGAAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTTCGA-T----ACGAGAAAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAAACCT-G--AAA-AAATGT----------
gi|134674 : ATTTACAAATTGTA--TTTAC-GTGGT-------------GAA-AAA----TT--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCCTA-T----ATAAGTTATAAAG-GC-ATT-TTA--T---GATACAGACCA-G--AAA-AAAAGT----------AGTTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACATAAAt
gi|134675 : ATTTACAAACAGTA--GCCAC-ATGTTCATTGAATGCA-TAAA-AAAAT--TA--------T---CAAA---AA-TAA------TGATTCCTG-T----GCAGGTAAGATAG-CC-ATT-TAA--T---GATACAGGCCT-G--GAA-AAGTTT----------A-TTTCTCGC-----T-G--TG-C-CTTTTTCCAGTT-TTCGTAAA
gi|134676 : ATTTATAAACATTA--TCAAC-ATGGTCATTGAATACAAT-AA-AGA----TA--------T---GAAA---GA-TAA------TGCTTCTGA-T----ACAAGTAAGAAAG-TC-GTT-TTA--T---TAAATAGACCT-G--AAC-AAATTT----------A-TTTCTCAC-----T-G--TTTT-CA
gi|134677 : ATTTACAAATAGAA--TCCAC-ATGGTCAATGAATGCAATGAA-AAA----TG--------TAAAAAAA---AA-TAA------TGCTTCTG---------AAGTAAT-AAG-CA-ATT-TTA--T---GATACAGAATT-G--AAA-AAAAAT----------G--------------T-A--TGTC-TATTTTTCAGTT-TACATAAA
gi|134678 : ATTTACAAACACTA--TCCAC-------ATTGAATGCAATG-A-ACA----TA--------T---AAAA---AATTTA------TGCTTCCAA-T----ACAAGTAAAAAAG-AC-ATT-TTA--T---A----AAACCT-G--AAA-AAATGT----------A-------AC-----T-A--TGAC-CATTTTTCAGCT-TACATAAA
gi|134679 : ATTAACAAACAGTA--TCAAC-GTGGTCATTGAATGAAAGGAA-AAA----CA--------T---AAAA---AA-------------------------ACAAGTAAGAAAG-TC-CTT-TTA--T---GATACAAACCT-G--AAA-CAATAT----------
gi|134680 : ATTTACAAACAGAT--TCTTT-GTGGTCATTGAATGCAAAGAA-AAA----AA--------A---AAAA---AA-AAAAAAAAATACTTCCCA-T----ACAAACTTGAAAG-TC-ATT-GTA--T---GATACATACAT-T--AAA-AAATGT----------A-TTTCTTACAG---T-ATTTGTTATATTTT----TT-TATATAAAt
gi|134681 : ATTTACAACCAGAA--GCCACAGTG-TTATTGATCGTGA--AA-AAA----TAC-------T---CACA---AA-CAA------TGCTTCCCA-T----ACAGGTAACATCG-TC-ATT-GTG--T---TATACAAGCAT-G--AAA-AAACGT----------G-TTTCTCAC-----T-A--TTCC-CATTTTCCGGTT-
gi|134682 : ATTTACAACCTGAA--GCCACAGTG-TTATTGATCGTGA--AA-AAA----TAC-------T---CACA---AA-CAA------TGCTTCCCA-T----ACAGGTAACATCG-TC-ATT-TTG--T---TATACAAGCAT-G--AAA-AAACGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TTCC-CATTTTCCGGTT-
gi|134683 : ATTTACAACCTGAA--GCCACAGTG-TTATTGATCGTGA--AA-AAA----TAC-------T---CACA---AA-CAA------TGCTTCCCA-T----ACAGGTAACATCG-TC-ATT-TTG--T---TATACAAGCAT-G--AAA-AAACGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TTCC-CATT
gi|134684 : ATTTACAACCAGAA--GCCAC-AATGTTATTGATCGTGA--AA-AAA----TAC-------T---CACA---AA-CAA------TGCTTCCCA-T----ACAGGTAACATCG-TC-ATT-TTG--T---TATACAAGCAT-G--AAC-AAACGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TTCC-CATTTTCCGGTT-
gi|134685 : ATTTATGAGCAGTA--TCCAT-GCATTCACTGAAT----------------TA--------T---CAAA---AA-TAA------AGTTTCTAA-T----ACAGCC--------TT-ATT-TTA--T---GTTTCAGGCCT-G--AAA-AA-TGT----------C-TTTCTCACTTCACT-A--TGTC-CATTTTCCAGTT-GATATAAA
gi|134686 : ATTTACAAAAAGTA--TCCAC-GT---CATTGAATG----GAA-GAA-------------------AAA---AA-TAA------TGCTTCCAA-T----ACAAGCAAGAGAG-TC-ACT-TTA--T---
gi|134687 : ATATACAAACAGTA--TCCAC-GTGGTCATTGACTGCAATTAA-AAA----TG--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTTCGAA-TGAAAACAAGTAA
gi|134688 : ATTTACAAACAGTA--TCCAC-GT---CATTGAATGCGATGAA-AAA----TA--------T---AAAA-------AA------TGCTTATGA-T----ACATGT
gi|134689 : TTTACAAGCAGTAAATATAT-GCATTCACTGAATGCAATGAA-AAT----TA--------T---CAAA---AT-TTA------TGCTTTCGA-T----ACAGGTAAAAAAT-TC-GTT-TTA--T---GACATAAGCTT-A--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TCTC-CACTTTTCAGTT-TATATAAA
gi|134690 : TTTACAAATAGTA--TCTTC-GTGGTCACTGAATGCAATGAA-AAA----CA--------T---AAAA---AG-TAA------TG-------------ACA--TA-------TC-A---ATA--T---GATACAGAACT-G---AA-AAATGT----------G-TTTCTCAC-----A-A--TTTA-CATT-----GTTGTACATA
gi|134691 : TTACAAACAGTA--TCCAT-GTGGTCATTGAATGCGATAAA-AAA----TG--------T---AAAA---GA-TAA------TGCTTCCAA-T----A----TTAGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGACCT-G--AAA-ATATGT----------A-TTTATCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TACA
gi|134692 : ACAAACAGTA--TCAAT-GTGGTCATTGAATGCAATGAA-AAA----CA-------------------AA-TAAA-----TGCTTCCGA-T----ACAAGTACGAAAG-TC-ATT-TTA--T---GATAAAGACCT-G--AAAGAAATGT----------T-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATCTTTCAGTT-TACGTAAA
gi|134693 : CAATA--TCCAT-GTGGACATTGAATGTAATGAA-AAA----TA--------T---AAAA---AA-TAA------TGCTCATGA-T----ACCTGTTAGATAG-TC-A
gi|134694 : TA--GCCAC-ATATTTATTAAATGCAATGGA-AAG----TA--------T---CAAA---AA-TA---------TTTTTGG-T----ACAGATAAGAGTG-TC-ATT-TAA--T---GATACATACAT-G--AAA-AA--GT----------A-TTTCTCAC-----T-A--AGTC-TATTTTACAGTT-TATATA
gi|134695 : AC-GTGGTCATTGAATGAAATAAA-AAAAAAACA--------T---AAAC---AA-TAA------TGTTTCCAA-A----ACAAGTATCAAAG-AA-CTT-TTA--T---GATACAAACCT-G--AAA-GAATAT----------
gi|134696 : TCATAAAATGCGATGGA-AAT----TA--------T---CAAA---AC-TAA------TGCTCCCAAAT----ACAGCTAGGAAAG-TC-ATTATTAAATAAAGATACAGGCCT-G--AAA-A--TGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTCCAGTT-TAt
gi|134697 : A---AA-TAA-------ACTTTT-A-C----AAAAAAAAGGAAG-TC-ATT-TAA--T---TATACAGACCTTA--AAA-AAATGT----------G-TTTCTCAC-----T-A--TGAC-CACTTT---GTT-TTCATAAA
gi|134698 : AA------TCCTTCCGA-T----ACATATAAGAAAG-CC-ATT-GTA--T---AATACAGATGT-G---AA-AAGTGTA---------A-TTTTTCGC-----T-A--TGAC-CA-TTTTCAGTT-TACTTAAA
gi|134699 : GAAAG-TG-AAT---A--T---GATACAGACCT-T--AAA-AAATGT----------A-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAATT-TACATA
gi|134700 : AAG-TC-ATT-TTA--T---GATACAGTCCT-G--AAA-A-ATGT----------A-TTTCACAC-----T-A--TGTC-CACTTTCCAGTT-TACA-AAA
gi|134701 : -TTA--T---GATACAGACCT-G--AAG-GAATGT----------G-TTTCTCAC-----A-A--AGTC-CATTTTTCACTT-TACATAAA
gi|134702 : AGTGT----------G-TTTCTCAC-----T-A--TGTC-CATTTTTCAGTT-TCCATAAA