lowQualScore : 11 222222222222222222222222 111111111
lowQualScore : 2 333333 33333 1 99 00 1 6666666 2222 1 8888 444444444444444444444444 444444444 333333333 2222 1 11 33 77 11 2
lowQualScore : . ...... ..... . .. .. . ....... .... . .... ........................ ......... ......... .... . .. .. .. .. .
lowQualScore : 8 444444 77777 1 44 33 1 8888888 2222 0 1111 444444444444444444444444 000000000 000000000 1111 0 44 44 11 55 8
consensus : TTAATGTAAATNA------TTTTC-----AAAT-AAC-CATGTNTT-TA------AT----C-A---ATT---------A----T---------TA---------TGA---------TATGCTGAACC----CATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T--CA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
Reference ( gi|19547 ) : TTAATGTAAATAA------TTTTC-----AAAT-AAC-GATGCATT-TA------CT----C-A---GTT---------A----T---------TA---------TAA---------TATGCTGAACC----CATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T--TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19546 : TTAATGTAAATAA------TTTTC-----AAAT-AAC-GATGTATT-TA------CT----C-A---ATT---------A----T---------TA---------TAA---------TATGCTGAACC----CATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T--TA--AACAGC--TACAGTTGTTTAT
gi|19552 : TTAATGTAAATAA------TTTTC-----AAAT-AAC-GATGTATT-TA------CT----A-A---ATT---------A----T---------TA---------TAA---------TATGCTGAACC----CACAACAATA-AAAATAATAACAAAA--T--TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19536 : TTAATGTAAATAA------TTTTC-----AAAT-AAC-AATGTGTT-TA------CT----C-A---ATT---------A----T---------TA---------TAA---------TATGCTGAACC----GATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T--TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19553 : aatgTTAATGTAAATAA------TTTTC-----AAAT-AAA-GATGTATT-TA------CT----C-A---ATT---------A----T---------TA---------TAA---------TATGTTAAACC----CATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T--TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19555 : TTAATGTAAATAA------TTTTC-----AAAT-AAC-GATGTATT-TA------CT----C-A---ATT---------A----T---------TA---------TAA---------TATGCTGAACC----CATAACAATT-GAAATTATAACAAAA--T--TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19554 : TTAATGTAAATAA------TTTTC-----AATT-AAC-GATGTATT-TC------CT----C-A---ATT---------A----T---------TA---------TAA---------TATGCTGAACC----CATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T--TA--AATAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19548 : TTAATGTAAATAA------TTTTC-----AAAT-AAC-GATGTATT-TA------CT----C-A---ATT---------A----T---------TA---------TAA---------TATGCTCAACC----TATAACAATG-GAAATAAAAACAAAA--T--TA--AACAGC--TACAATTGTTTATT
gi|19540 : TTAATGTAAATAA------TTTTC-----AAAT-AAC---TCAATT-TA------CT----C-A---ATT---------A----T---------TA---------TAA---------TATGCTCAACC----CATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T--TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19550 : cgatTTAATGTTAATAA------TTTTC-----AAAT-AAC-CATGAATG-TA------CT----C-A---ATT---------A----T---------TA---------TAA---------TATGCTGAATT----CGTAACAATG-AAAAAAATAACAAAA--T--TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19549 : TTAATGTAAATAA------TTTTA-----AAAT-AAC-AAGGTAAT-TA------CT----C-A---ATT---------A----T---------TA---------TA------------TGCTGAACC----CATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T--TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19551 : TTAATGTAAATAA------TTTGC-----AAAT-AAC-GATGTATT-CA------CT----T-A---ATT---------A----T---------TA---------TAA---------TATGCTGAACC----CATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T--TA--A
gi|19545 : TTAATGTAAATCA------TTTTC-----AAAT-AAC-CATGTATT-TA------AT----C-A---ATT---------A----T---------TG---------TGA---------TATGCTGACCC----GATAACAATG-CAAATAAAAACAAAATCT--CA--AACATC--TTAAATTGTTTATT
gi|19538 : TTAATGTAAATCA------TTTTC-----AAAT-AAC-CATGTTTT-TAAAAAAACTGTTAC-A---GAG---------A----T---------TA---------TGA---------TATGCTGAACC----CATAACAATG-AAAA-AATAACAAAA--T--CA--AGAAGC--TATATTTTTT
gi|19537 : tgacaaaTTAATGTAGATCA------TTTAC-----AAAT-ATC-CAAGTTTT-AA------AT----C-A---ACTATTAAAAAGA----T---------TA---------TAA---------TATGCTGAACC----CATAATAATG-AAAATGATAACAAAT--T--CA--AGAAGC--TACAATTGTTTATT
gi|19544 : atggcaTTAATGTAAATCA------TTTTC-----AAAT-ACC-CATGTTTT-TA------AT----C-A---ACT---------A----T---------TA---------CAACGATCATGATATGCTAAACC----CAAAACATTG-AAAATAACACCATAG--TC-TA--TA-AGC--TGCAATTGTTTATT
gi|19539 : TTAATGTAAATCA------TTTTC-----AGAT-AAC-CACGTTCT-TA------AT----CGA---CTTACAAAG---A----T---------TA---------TGA---------TATG-TGAAAC----AATGACAATGAAAAATAAAAACAAAA--T--CA--AGAAGC--TACA-TTGTT
gi|19533 : tggagagTTAAAGTACATAC------TTTTC-----AAAT-GAC-CATGGTTT-TA------AT----C-A---ATT---------G----TCACAAAGTGTA---------TGA---------TATGCTGAACC----CATATCATTG-AAAATAATAACAAAA--A--CAATAATA----TATAATTGATTATT
gi|19535 : ttgacaggcaatTTAATGTAAATTA------TTCGC-----AAAT-AAC-CATGT-TT-TA------AT----C-A---ACTGTAAAAAG-A----T---------TG---------TGA---------TATGCTGAACCAACCCATAACGATG-AAAACAATAACA
gi|19532 : ttgcatggTTAAC-TATATCA------TTTGG-----AAAT-AAC-CATGGGGT-TA------AT----T-A---ATC---------A----T---------TC---------TGA---------TATGTTGAACC----TATAACAAAG-GAAATTATTA-AAAA--TA-TA--AATAGA--TATAATTATTTATTcattcaagagtctaaaatata
gi|19527 : tttgacagtcaaatTTAAAGTACATAA------TTTTCA----AAAT-GAT-CATGGTTT-TA------AT----C-A---ACT---------G----CCACAAAGGGTA---------TAG---------TATGTTGAACC----CATATCATTG-AAACTAATAATGAAA--A--CA--AGAAGA--AATATTTGTTTATT
gi|19530 : tttgacaggcaatTTAAAGTATATTC------TTTGT-----GATT-AAC-CATGGTTT-TA------AT----C-A---ATA---------C----T---------TA---------TAAAGTTTAAGATATGCTGAATT----TATAACAATG-GAAATAACGACAAAA--T--CAATAACA----TATAATTGTTTATT
gi|19534 : tttgaatgattatTTAAAGTATGTAA------TTATC-----AAATCAAT-GAC-CATGGTA------AT----C-A---TTT---------G----TCACAAAGAGTA---------TGA---------TCTGCTGAACC----CATATCATTG-AACATTAAAACAAAA--A--CA--AGAAGA--TATATTTTTTTATT
gi|19526 : ttgacaggcaatTAATTTAAATTA------TTTTTTTTGGAAAT-AAC-CATGGTTT-TA------AT----C-A---ATTCTTTC----AAAGTT---------TA---------AGA---------TATGCTGAATC----TATAACAATG-AAAATAACAACAAAA--T--CAATAACA----TATAATTGTTTATT
gi|19543 : tttgaatggAATTTAAATAA------TTTTC-----AAAT-AAC-GATGTATT-TA------CT----C-A---ATT---------A----T---------TA---------TAA---------TATGTTGAACC----CATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T--TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19556 : AATGTAAATCA------TTTTC-----AAAT-AAA-CATGTCTT-TA------AT----C-A---ATT---------A----T---------TA---------TGA---------TATGATGAACC----CATAACAATG-GAAATAAAAACAAAA--T--CA--AACCAC--TACAATTGTTAATT
gi|19542 : taAATGTAAAACA------TTTTC-----AAAA-AAC-TATGTTTT-TA------AC----T-A---ATT---------G----T---------TAGAAAGATAATGA---------TATGCTGAGCC----CATAACAATG-CAAATAATAACAAAA--T--CA--AGAAGC--T--AGTTGTTTTTT
gi|19528 : TGTAAATAACCATGGTTTT-------AAT-AA---ATTC--T-TA------CA----A-A---G-----------A----T---------TA---------AGA---------TATGCTGAATC----TATAACAATG-AAAATAAGAACAAAA--T--CAATAACA----TATATTTGTTTATT
gi|19557 : tttgaatggctatttaaagtatatttgtGTAAATCA------TTTTC-----AAAT-AAC-CATGTATT-TA------AT----C-A---ATT---------A----T---------TA---------TGA---------CATGCTGAACC----CATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T--CA--AGTAGC--TACAATTGCTTATT
gi|19561 : GTAAATCA------TTTTC-----AAAT-AAC-CACCTATT-TA------AT----C-------T---------A----T---------GA---------TGA---------TATGCTGAACC----CATAACAATG-GAAATAATAACAAAG--T--CA--AACAGC--TACATTTGTTTATT
gi|19559 : GTAAATCC------TTTTC-----AAAT-AAC-CACCTATT-TA------AT----C-------T---------A----T---------TA---------TGA---------TATGCTGAACC----CATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T--CA--AGCAGCTATACAATTGTTTATT
gi|19558 : GTAAATCA------TTTTC-----AAAT-AAC---TGTTTT-TA------AT----C-AACTGTT---------A----TAAATAT---TA---------TGA---------TATGCTGAACC----CATAACAATG-AAAATAGTAACATAA--T--TA--AGTAGC--TACAATTGTTTTTT
gi|19560 : GTAAATCA------TTTTC-----AAAT-AAC-CTTGTTTT-TA------AA----C-A---ATTGTAACAAG-A----T---------TA---------TGA---------TTTGCTGAACC----CTTAACAATG-AAAAAAATAACAAAA--T--T
gi|19541 : GTACGTAC------TTTAC-----AAAT-GAT-CATGGTTC-TA------AT----C-AAGAGTC---------A----CAAATGA---TA---------TGA---------TATGCTGAACC----CATATTATTG-AAAATAGTAACAAAA--A--CA--AGAAGA--TATAATTGTTTATTtatacaaaggacatatattt
gi|19563 : aattttaA------TTTTT-----AATC-AACTGTTACATG-TA------CA----A-A---G-----------A----A---------TA---------TGA---------TATGCTGAACC----CATAACAATG-GAAATCATTACAAAA--T--TA--AGAAGC--TACAATTGTATATT
gi|19565 : aaatactcat-----AAAT-AAC-AATGTATT-TA------CT----C-A---ATT---------A----T---------TA---------TAA---------TATGCTTAACC----CATTACAATG-AAAATAATAACAAAA--T--TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19562 : -----AAAT-AAC-GATGTATT-AA------CT----T-A---ATT---------A----T---------TA---------TAA---------TATGCTGAACC----TATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T--TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19564 : -----AAAT-AAC-CATGCATT-TA------AT----C-A---ATC---------A----T---------TA---------TTG---------TATGCTGAACC----CATAACAACA-GAAATAATAACAAAA--T--CA--AGCAGT--TACATTTGTTTATT
gi|19529 : -----AAAT-AAC-CATGGTTT-TA------AT----C-A---ATT---------C----T---------TA---------CAAAGATTAAGATATGCTGAATC----TATAACAATG-AAAATAACAACAAAA--T--CA--A
gi|19531 : tttgaatggctatttaaagtatattcgttgt-A---GTT---------A---------------A---------TGA---------TATGATGAATC----CATAACAATA-AAGATAATAACAAAA--T--AAATAACATC--T--AATTATTTATTtaatatatcaat
gi|19568 : ttcgaatggcgatttaaagtatatactttgaaaaatgtccatgggttaaatacattcttaaaa---------TA---------TAAGA-------TATGCTGAATC----ATTAATAATG-AGAATAACAACAAAA--TCGTT--AACA----TATAATTGTTTATT
gi|19567 : gAA---------TATGCTGATCC----CATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T--CA--AGAAGC--TACAATTGTTTATT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19566 ): AATAATCATGGTTTTAACCATTTGTTACAAAGCTTATGGTATTCTGAATCTATAACAAAAGAAAATCAAAATATATTGATACATGTACAAGACATAATTGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333333 111111111
lowQualScore : 2 22222 1 2222 111 1 2 3333 22222 666666666666666666666666666666 333333333 111111111 2222 1 11 1 88 11 2
lowQualScore : . ..... . .... ... . . .... ..... .............................. ......... ......... .... . .. . .. .. .
lowQualScore : 1 55555 0 1111 888 0 9 8888 44444 666666666666666666666666666666 888888888 444444444 0000 0 33 0 00 44 4
consensus : TTAATGTAAATNATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTNTTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-CA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
Reference ( family-533 ) : TTAATGTAAATNATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTNTTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-CA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19526 : TAATTTAAATTATTTTTTTTGGAAA-T----AA---C-CATGGTTTTAATCAA----T-----TCTTTCAA--AGT--T---------------T---------A---------AGATATGCTG----AATCTATAACAATG-AAAATAACAACAAAA--T-CAATAACA----TATAATTGTTTATT
gi|19527 : tttgaatggTTAAAGTACATAATTTTC-----AAAAT----GA---T-CATGGTTTTAATCAA----C-----T---------G----CCACAAAGGG------T---------A---------TAGTATGTTG----AACCCATATCATTG-AAACTAATAATGAAA--A-CA--AGAAGA--AATATTTGTTTATT
gi|19528 : tttgacaggcaatTTAAAGTATATTTGTTGT-----AAA-T----AA---C-CATGGTTTTAATAAA----T-----TCTTACAAAGA----T---------------T---------A---------AGATATGCTG----AATCTATAACAATG-AAAATAAGAACAAAA--T-CAATAACA----TATATTTGTTTATT
gi|19529 : tttgaatggctatTTAAAGTATATTCGTTGT-----AAA-T----AA---C-CATGGTTTTAATCAA----T-----TCTTACAAAGA----T---------------T---------A---------AGATATGCTG----AATCTATAACAATG-AAAATAACAACAAAA--T-CA--A
gi|19530 : tttgaatggctatTTAAAGTATATTCTTTGT-----GAT-T----AA---C-CATGGTTTTAATCAA----TACTTAT---------AAAGTT---------------T---------A---------AGATATGCTG----AATTTATAACAATG-GAAATAACGACAAAA--T-CAATAACA----TATAATTGTTTATTtaatatatcaat
gi|19531 : tttgaatgattatTTAAAGTATAT-ACTTTG-----AAA------AATGTC-CATGGGTTAAATACA----T-----T---------C----T---------------T---------AAAAAGTTAATGATATGATG----AATCCATAACAATA-AAGATAATAACAAAA--T-AAATAACATC--T--AATTATTTATT
gi|19532 : ttcgaatggcgatTTAAC-TATATCATTTGG-----AAA-T----AA---C-CATGGGGTTAATTAA----T-----C---------A----T---------------T---------C---------TGATATGTTG----AACCTATAACAAAG-GAAATTATTA-AAAA--TATA--AATAGA--TATAATTATTTATT
gi|19533 : tttgacagtcaaatTTAAAGTACATACTTTTC-----AAA-T----GA---C-CATGGTTTTAATCAA----T-----T---------G----TCACAAAGTG------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATATCATTG-AAAATAATAACAAAA--A-CAATAATA----TATAATTGATTATT
gi|19534 : ttgacaggcaatTTAAAGTATGTAATTATC-----AAA-TCAATGA---C-CATGG---TAATCAT----T-----T---------G----TCACAAAGAG------T---------A---------TGATCTGCTG----AACCCATATCATTG-AACATTAAAACAAAA--A-CA--AGAAGA--TATATTTTTTTATT
gi|19535 : ttgacaggcaatTTAATGTAAATTATTCGC-----AAA-T----AA---C-CATGT-TTTAATCAA----C-----TGTAAAAAG-A----T---------------T---------G---------TGATATGCTGAACCAACCCATAACGATG-AAAACAATAACACAT--T-CA--A
gi|19536 : ttgcatggTTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-AATGTGTTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCGATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATTgagtctaaaatata
gi|19537 : aatgTTAATGTAGATCATTTAC-----AAA-T----AT---C-CAAGTTTTAAATCAA----C-----T---------A----T---------------T---------AAAAAGATTATAATATGCTG----AACCCATAATAATG-AAAATGATAACAAAT--T-CA--AGAAGC--TACAATTGTTTATT
gi|19538 : atggcaTTAATGTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTTTTTAAAAAAACTGT-----TACAGAG---A----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAA-AATAACAAAA--T-CA--AGAAGC--TATATTTTTT
gi|19539 : tgacaaaTTAATGTAAATCATTTTC-----AGA-T----AA---C-CACGTTCTTAATCGA----C-----TTACAAAG--A----T---------------T---------A---------TGATATG-TG----AAACAATGACAATGAAAAATAAAAACAAAA--T-CA--AGAAGC--TACA-TTGTT
gi|19540 : tggagagTTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---CTCA---ATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTC----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19541 : cgatTTTAC-----AAA-T----GA---T-CATGGTTCTAATCAAGAG-T-----C---------A----CAAATGA---------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATATTATTG-AAAATAGTAACAAAA--A-CA--AGAAGA--TATAATTGTTTATT
gi|19542 : aattttagtacgtacAATGTAAAACATTTTC-----AAA-A----AA---C-TATGTTTTTAACTAA----T-----T---------G----T---------------T---------AGAAAGATAATGATATGCTG----AGCCCATAACAATG-CAAATAATAACAAAA--T-CA--AGAAGC--T--AGTTGTTTTTT
gi|19543 : AATTTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGTTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19544 : TTAATGTAAATCATTTTC-----AAA-T----AC---C-CATGTTTTTAATCAA----C-----T---------A----T---------------TACAACGATCA---------TGATATGCTA----AACCCAAAACATTG-AAAATAACACCATAG--T-CT--ATAAGC--TGCAATTGTTTATT
gi|19545 : TTAATGTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTATTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------G---------TGATATGCTG----ACCCGATAACAATG-CAAATAAAAACAAAATCT-CA--AACATC--TTAAATTGTTTATT
gi|19546 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTAT
gi|19547 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGCATTTACTCAG----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19548 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTC----AACCTATAACAATG-GAAATAAAAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAATTGTTTATT
gi|19549 : TTAATGTAAATAATTTTA-----AAA-T----AA---C-AAGGTAATTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------T---ATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19550 : TTAATGTTAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGAATGTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AATTCGTAACAATG-AAAAAAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19551 : TTAATGTAAATAATTTGC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTCACTTAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-TA--A
gi|19552 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTTACTAAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCACAACAATA-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19553 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---A-GATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGTTA----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19554 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAT-T----AA---C-GATGTATTTCCTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-TA--AATAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19555 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCATAACAATT-GAAATTATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19556 : AATGTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---A-CATGTCTTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TGATATGATG----AACCCATAACAATG-GAAATAAAAACAAAA--T-CA--AACCAC--TACAATTGTTAATT
gi|19557 : taGTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTATTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TGACATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-CA--AGTAGC--TACAATTGCTTATT
gi|19558 : GTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C---TGTTTTTAATCAA----C-----TGTTATAAATA----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAGTAACATAA--T-TA--AGTAGC--TACAATTGTTTTTT
gi|19559 : GTAAATCCTTTTC-----AAA-T----AA---C-CACCTATTTAATC------------T---------A----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-CA--AGCAGCTATACAATTGTTTATT
gi|19560 : GTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C-CTTGTTTTTAAACAA----T-----TGTAACAAG-A----T---------------T---------A---------TGATTTGCTG----AACCCTTAACAATG-AAAAAAATAACAAAA--T-
gi|19561 : GTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C-CACCTATTTAATC------------T---------A----T---------------G---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAG--T-CA--AACAGC--TACATTTGTTTATTttatacaaaggacatatattt
gi|19562 : -----AAA-T----AA---C-GATGTATTAACTTAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCTATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19563 : -----AAA-T----AC---T-CATATTTTTAATCAA----C-----T---------G----TTACATGTACAAAGAAT---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATCATTACAAAA--T-TA--AGAAGC--TACAATTGTATATT
gi|19564 : -----AAA-T----AA---C-CATGCATTTAATCAA----T-----C---------A----T---------------T---------A---------TTGTATGCTG----AACCCATAACAACA-GAAATAATAACAAAA--T-CA--AGCAGT--TACATTTGTTTATT
gi|19565 : -----AAA-T----AA---C-AATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTT----AACCCATTACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19567 : TTTAATGAA----A-----A---------A----T---------------C---------A----------AATATGCTG----ATCCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-CA--AGAAGC--TACAATTGTTTATT
gi|19568 : gt---------------T---------A---------AGATATGCTG----AATCATTAATAATG-AGAATAACAACAAAA--T-CGTTAACA----TATAATTGTTTATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19566 ): AATAATCATGGTTTTAACCATTTGTTACAAAGCTTATGGTATTCTGAATCTATAACAAAAGAAAATCAAAATATATTGATACATGTACAAGACATAATTGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333333 111111111
lowQualScore : 2 22222 1 2222 111 1 2 3333 22222 666666666666666666666666666666 333333333 111111111 2222 1 11 1 88 11 2
lowQualScore : . ..... . .... ... . . .... ..... .............................. ......... ......... .... . .. . .. .. .
lowQualScore : 1 55555 0 1111 888 0 9 8888 44444 666666666666666666666666666666 888888888 444444444 0000 0 33 0 00 44 4
consensus : TTAATGTAAATNATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTNTTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-CA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
Reference ( family-533 ) : TTAATGTAAATNATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTNTTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-CA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19526 : TAATTTAAATTATTTTTTTTGGAAA-T----AA---C-CATGGTTTTAATCAA----T-----TCTTTCAA--AGT--T---------------T---------A---------AGATATGCTG----AATCTATAACAATG-AAAATAACAACAAAA--T-CAATAACA----TATAATTGTTTATT
gi|19527 : tttgaatggTTAAAGTACATAATTTTC-----AAAAT----GA---T-CATGGTTTTAATCAA----C-----T---------G----CCACAAAGGG------T---------A---------TAGTATGTTG----AACCCATATCATTG-AAACTAATAATGAAA--A-CA--AGAAGA--AATATTTGTTTATT
gi|19528 : tttgacaggcaatTTAAAGTATATTTGTTGT-----AAA-T----AA---C-CATGGTTTTAATAAA----T-----TCTTACAAAGA----T---------------T---------A---------AGATATGCTG----AATCTATAACAATG-AAAATAAGAACAAAA--T-CAATAACA----TATATTTGTTTATT
gi|19529 : tttgaatggctatTTAAAGTATATTCGTTGT-----AAA-T----AA---C-CATGGTTTTAATCAA----T-----TCTTACAAAGA----T---------------T---------A---------AGATATGCTG----AATCTATAACAATG-AAAATAACAACAAAA--T-CA--A
gi|19530 : tttgaatggctatTTAAAGTATATTCTTTGT-----GAT-T----AA---C-CATGGTTTTAATCAA----TACTTAT---------AAAGTT---------------T---------A---------AGATATGCTG----AATTTATAACAATG-GAAATAACGACAAAA--T-CAATAACA----TATAATTGTTTATTtaatatatcaat
gi|19531 : tttgaatgattatTTAAAGTATAT-ACTTTG-----AAA------AATGTC-CATGGGTTAAATACA----T-----T---------C----T---------------T---------AAAAAGTTAATGATATGATG----AATCCATAACAATA-AAGATAATAACAAAA--T-AAATAACATC--T--AATTATTTATT
gi|19532 : ttcgaatggcgatTTAAC-TATATCATTTGG-----AAA-T----AA---C-CATGGGGTTAATTAA----T-----C---------A----T---------------T---------C---------TGATATGTTG----AACCTATAACAAAG-GAAATTATTA-AAAA--TATA--AATAGA--TATAATTATTTATT
gi|19533 : tttgacagtcaaatTTAAAGTACATACTTTTC-----AAA-T----GA---C-CATGGTTTTAATCAA----T-----T---------G----TCACAAAGTG------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATATCATTG-AAAATAATAACAAAA--A-CAATAATA----TATAATTGATTATT
gi|19534 : ttgacaggcaatTTAAAGTATGTAATTATC-----AAA-TCAATGA---C-CATGG---TAATCAT----T-----T---------G----TCACAAAGAG------T---------A---------TGATCTGCTG----AACCCATATCATTG-AACATTAAAACAAAA--A-CA--AGAAGA--TATATTTTTTTATT
gi|19535 : ttgacaggcaatTTAATGTAAATTATTCGC-----AAA-T----AA---C-CATGT-TTTAATCAA----C-----TGTAAAAAG-A----T---------------T---------G---------TGATATGCTGAACCAACCCATAACGATG-AAAACAATAACACAT--T-CA--A
gi|19536 : ttgcatggTTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-AATGTGTTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCGATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATTgagtctaaaatata
gi|19537 : aatgTTAATGTAGATCATTTAC-----AAA-T----AT---C-CAAGTTTTAAATCAA----C-----T---------A----T---------------T---------AAAAAGATTATAATATGCTG----AACCCATAATAATG-AAAATGATAACAAAT--T-CA--AGAAGC--TACAATTGTTTATT
gi|19538 : atggcaTTAATGTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTTTTTAAAAAAACTGT-----TACAGAG---A----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAA-AATAACAAAA--T-CA--AGAAGC--TATATTTTTT
gi|19539 : tgacaaaTTAATGTAAATCATTTTC-----AGA-T----AA---C-CACGTTCTTAATCGA----C-----TTACAAAG--A----T---------------T---------A---------TGATATG-TG----AAACAATGACAATGAAAAATAAAAACAAAA--T-CA--AGAAGC--TACA-TTGTT
gi|19540 : tggagagTTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---CTCA---ATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTC----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19541 : cgatTTTAC-----AAA-T----GA---T-CATGGTTCTAATCAAGAG-T-----C---------A----CAAATGA---------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATATTATTG-AAAATAGTAACAAAA--A-CA--AGAAGA--TATAATTGTTTATT
gi|19542 : aattttagtacgtacAATGTAAAACATTTTC-----AAA-A----AA---C-TATGTTTTTAACTAA----T-----T---------G----T---------------T---------AGAAAGATAATGATATGCTG----AGCCCATAACAATG-CAAATAATAACAAAA--T-CA--AGAAGC--T--AGTTGTTTTTT
gi|19543 : AATTTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGTTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19544 : TTAATGTAAATCATTTTC-----AAA-T----AC---C-CATGTTTTTAATCAA----C-----T---------A----T---------------TACAACGATCA---------TGATATGCTA----AACCCAAAACATTG-AAAATAACACCATAG--T-CT--ATAAGC--TGCAATTGTTTATT
gi|19545 : TTAATGTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTATTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------G---------TGATATGCTG----ACCCGATAACAATG-CAAATAAAAACAAAATCT-CA--AACATC--TTAAATTGTTTATT
gi|19546 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTAT
gi|19547 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGCATTTACTCAG----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19548 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTC----AACCTATAACAATG-GAAATAAAAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAATTGTTTATT
gi|19549 : TTAATGTAAATAATTTTA-----AAA-T----AA---C-AAGGTAATTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------T---ATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19550 : TTAATGTTAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGAATGTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AATTCGTAACAATG-AAAAAAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19551 : TTAATGTAAATAATTTGC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTCACTTAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-TA--A
gi|19552 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTTACTAAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCACAACAATA-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19553 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---A-GATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGTTA----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19554 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAT-T----AA---C-GATGTATTTCCTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-TA--AATAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19555 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCATAACAATT-GAAATTATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19556 : AATGTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---A-CATGTCTTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TGATATGATG----AACCCATAACAATG-GAAATAAAAACAAAA--T-CA--AACCAC--TACAATTGTTAATT
gi|19557 : taGTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTATTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TGACATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-CA--AGTAGC--TACAATTGCTTATT
gi|19558 : GTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C---TGTTTTTAATCAA----C-----TGTTATAAATA----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAGTAACATAA--T-TA--AGTAGC--TACAATTGTTTTTT
gi|19559 : GTAAATCCTTTTC-----AAA-T----AA---C-CACCTATTTAATC------------T---------A----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-CA--AGCAGCTATACAATTGTTTATT
gi|19560 : GTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C-CTTGTTTTTAAACAA----T-----TGTAACAAG-A----T---------------T---------A---------TGATTTGCTG----AACCCTTAACAATG-AAAAAAATAACAAAA--T-
gi|19561 : GTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C-CACCTATTTAATC------------T---------A----T---------------G---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAG--T-CA--AACAGC--TACATTTGTTTATTttatacaaaggacatatattt
gi|19562 : -----AAA-T----AA---C-GATGTATTAACTTAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCTATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19563 : -----AAA-T----AC---T-CATATTTTTAATCAA----C-----T---------G----TTACATGTACAAAGAAT---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATCATTACAAAA--T-TA--AGAAGC--TACAATTGTATATT
gi|19564 : -----AAA-T----AA---C-CATGCATTTAATCAA----T-----C---------A----T---------------T---------A---------TTGTATGCTG----AACCCATAACAACA-GAAATAATAACAAAA--T-CA--AGCAGT--TACATTTGTTTATT
gi|19565 : -----AAA-T----AA---C-AATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTT----AACCCATTACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19567 : TTTAATGAA----A-----A---------A----T---------------C---------A----------AATATGCTG----ATCCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-CA--AGAAGC--TACAATTGTTTATT
gi|19568 : gt---------------T---------A---------AGATATGCTG----AATCATTAATAATG-AGAATAACAACAAAA--T-CGTTAACA----TATAATTGTTTATT
blockSeqs : A . A CAAT TGT T T ACTG ACTTA GTTACATGTACAAAGAA ACAACGATC AAAAGTTAA AACC TC AT TA T
blockSeqs : T . . . . . T GAG . GCCACAAAGGG . AAAAGATTA . . AT . T
blockSeqs : T . . . . . T . . CTTACAAAGAT . GAAAGATAA . . AT . A
blockSeqs : T . . . . . T . . CTTACAAAGAT . . . . AT . A
blockSeqs : C . . . . . G . . GTCACAAAGTG . . . . TT . A
blockSeqs : A . . . . . G . . GTCACAAAGAG . . . . . . A
blockSeqs : A . . . . . T . . GTTATAAATAT . . . . . . T
blockSeqs : T . . . . . G . . GTAAAAAGAT . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . T . . GTAACAAGAT . . . . . . A
blockSeqs : C . . . . . T . . TACAAAGAT . . . . . . T
blockSeqs : C . . . . . T . . ACAGAGAT . . . . . . G
blockSeqs : C . . . . . A . . ACAAATGA . . . . . . A
blockSeqs : A . . . . . T . . AAAGTT . . . . . . G
blockSeqs : C . . . . . T . . CT . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . A . . AT . . . . . . A
blockSeqs : C . . . . . T . . AT . . . . . . A
blockSeqs : C . . . . . A . . AT . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . A . . AT . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . A . . GT . . . . . . A
blockSeqs : A . . . . . A . . AT . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . A . . AT . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . A . . AT . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . A . . AT . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . A . . AT . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . A . . AT . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . A . . AT . . . . . . A
blockSeqs : A . . . . . A . . AT . . . . . . A
blockSeqs : C . . . . . C . . AT . . . . . . A
blockSeqs : C . . . . . A . . AT . . . . . . A
blockSeqs : C . . . . . T . . AT . . . . . . T
blockSeqs : C . . . . . A . . AT . . . . . . G
blockSeqs : C . . . . . T . . AT . . . . . . A
blockSeqs : C . . . . . A . . AT . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . A . . AT . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . T . . AT . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . A . . AT . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . A . . AT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AT . . . . .
blockSeqs : . . AT . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ***** AT**************************** **
originalCons : TTAATGTAAATNATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTNTTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-CA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
finalCons : TTAATGTAAATNATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTNTTTAATCAA----T-----TAT----------------------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-CA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19566 ): AATAATCATGGTTTTAACCATTTGTTACAAAGCTTATGGTATTCTGAATCTATAACAAAAGAAAATCAAAATATATTGATACATGTACAAGACATAATTGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333333 111111111
lowQualScore : 2 22222 1 2222 111 1 2 3333 22222 666666666666666666666666666666 333333333 111111111 2222 1 11 1 88 11 2
lowQualScore : . ..... . .... ... . . .... ..... .............................. ......... ......... .... . .. . .. .. .
lowQualScore : 1 55555 0 1111 888 0 9 8888 44444 666666666666666666666666666666 888888888 444444444 0000 0 33 0 00 44 4
consensus : TTAATGTAAATNATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTNTTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-CA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
Reference ( family-533 ) : TTAATGTAAATNATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTNTTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-CA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19526 : TAATTTAAATTATTTTTTTTGGAAA-T----AA---C-CATGGTTTTAATCAA----T-----TCTTTCAA--AGT--T---------------T---------A---------AGATATGCTG----AATCTATAACAATG-AAAATAACAACAAAA--T-CAATAACA----TATAATTGTTTATT
gi|19527 : tttgaatggTTAAAGTACATAATTTTC-----AAAAT----GA---T-CATGGTTTTAATCAA----C-----T---------G----CCACAAAGGG------T---------A---------TAGTATGTTG----AACCCATATCATTG-AAACTAATAATGAAA--A-CA--AGAAGA--AATATTTGTTTATT
gi|19528 : tttgacaggcaatTTAAAGTATATTTGTTGT-----AAA-T----AA---C-CATGGTTTTAATAAA----T-----TCTTACAAAGA----T---------------T---------A---------AGATATGCTG----AATCTATAACAATG-AAAATAAGAACAAAA--T-CAATAACA----TATATTTGTTTATT
gi|19529 : tttgaatggctatTTAAAGTATATTCGTTGT-----AAA-T----AA---C-CATGGTTTTAATCAA----T-----TCTTACAAAGA----T---------------T---------A---------AGATATGCTG----AATCTATAACAATG-AAAATAACAACAAAA--T-CA--A
gi|19530 : tttgaatggctatTTAAAGTATATTCTTTGT-----GAT-T----AA---C-CATGGTTTTAATCAA----TACTTAT---------AAAGTT---------------T---------A---------AGATATGCTG----AATTTATAACAATG-GAAATAACGACAAAA--T-CAATAACA----TATAATTGTTTATTtaatatatcaat
gi|19531 : tttgaatgattatTTAAAGTATAT-ACTTTG-----AAA------AATGTC-CATGGGTTAAATACA----T-----T---------C----T---------------T---------AAAAAGTTAATGATATGATG----AATCCATAACAATA-AAGATAATAACAAAA--T-AAATAACATC--T--AATTATTTATT
gi|19532 : ttcgaatggcgatTTAAC-TATATCATTTGG-----AAA-T----AA---C-CATGGGGTTAATTAA----T-----C---------A----T---------------T---------C---------TGATATGTTG----AACCTATAACAAAG-GAAATTATTA-AAAA--TATA--AATAGA--TATAATTATTTATT
gi|19533 : tttgacagtcaaatTTAAAGTACATACTTTTC-----AAA-T----GA---C-CATGGTTTTAATCAA----T-----T---------G----TCACAAAGTG------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATATCATTG-AAAATAATAACAAAA--A-CAATAATA----TATAATTGATTATT
gi|19534 : ttgacaggcaatTTAAAGTATGTAATTATC-----AAA-TCAATGA---C-CATGG---TAATCAT----T-----T---------G----TCACAAAGAG------T---------A---------TGATCTGCTG----AACCCATATCATTG-AACATTAAAACAAAA--A-CA--AGAAGA--TATATTTTTTTATT
gi|19535 : ttgacaggcaatTTAATGTAAATTATTCGC-----AAA-T----AA---C-CATGT-TTTAATCAA----C-----TGTAAAAAG-A----T---------------T---------G---------TGATATGCTGAACCAACCCATAACGATG-AAAACAATAACACAT--T-CA--A
gi|19536 : ttgcatggTTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-AATGTGTTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCGATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATTgagtctaaaatata
gi|19537 : aatgTTAATGTAGATCATTTAC-----AAA-T----AT---C-CAAGTTTTAAATCAA----C-----T---------A----T---------------T---------AAAAAGATTATAATATGCTG----AACCCATAATAATG-AAAATGATAACAAAT--T-CA--AGAAGC--TACAATTGTTTATT
gi|19538 : atggcaTTAATGTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTTTTTAAAAAAACTGT-----TACAGAG---A----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAA-AATAACAAAA--T-CA--AGAAGC--TATATTTTTT
gi|19539 : tgacaaaTTAATGTAAATCATTTTC-----AGA-T----AA---C-CACGTTCTTAATCGA----C-----TTACAAAG--A----T---------------T---------A---------TGATATG-TG----AAACAATGACAATGAAAAATAAAAACAAAA--T-CA--AGAAGC--TACA-TTGTT
gi|19540 : tggagagTTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---CTCA---ATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTC----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19541 : cgatTTTAC-----AAA-T----GA---T-CATGGTTCTAATCAAGAG-T-----C---------A----CAAATGA---------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATATTATTG-AAAATAGTAACAAAA--A-CA--AGAAGA--TATAATTGTTTATT
gi|19542 : aattttagtacgtacAATGTAAAACATTTTC-----AAA-A----AA---C-TATGTTTTTAACTAA----T-----T---------G----T---------------T---------AGAAAGATAATGATATGCTG----AGCCCATAACAATG-CAAATAATAACAAAA--T-CA--AGAAGC--T--AGTTGTTTTTT
gi|19543 : AATTTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGTTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19544 : TTAATGTAAATCATTTTC-----AAA-T----AC---C-CATGTTTTTAATCAA----C-----T---------A----T---------------TACAACGATCA---------TGATATGCTA----AACCCAAAACATTG-AAAATAACACCATAG--T-CT--ATAAGC--TGCAATTGTTTATT
gi|19545 : TTAATGTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTATTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------G---------TGATATGCTG----ACCCGATAACAATG-CAAATAAAAACAAAATCT-CA--AACATC--TTAAATTGTTTATT
gi|19546 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTAT
gi|19547 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGCATTTACTCAG----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19548 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTC----AACCTATAACAATG-GAAATAAAAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAATTGTTTATT
gi|19549 : TTAATGTAAATAATTTTA-----AAA-T----AA---C-AAGGTAATTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------T---ATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19550 : TTAATGTTAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGAATGTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AATTCGTAACAATG-AAAAAAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19551 : TTAATGTAAATAATTTGC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTCACTTAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-TA--A
gi|19552 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTTACTAAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCACAACAATA-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19553 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---A-GATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGTTA----AACCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19554 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAT-T----AA---C-GATGTATTTCCTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-TA--AATAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19555 : TTAATGTAAATAATTTTC-----AAA-T----AA---C-GATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCCATAACAATT-GAAATTATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19556 : AATGTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---A-CATGTCTTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TGATATGATG----AACCCATAACAATG-GAAATAAAAACAAAA--T-CA--AACCAC--TACAATTGTTAATT
gi|19557 : taGTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C-CATGTATTTAATCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TGACATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-CA--AGTAGC--TACAATTGCTTATT
gi|19558 : GTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C---TGTTTTTAATCAA----C-----TGTTATAAATA----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-AAAATAGTAACATAA--T-TA--AGTAGC--TACAATTGTTTTTT
gi|19559 : GTAAATCCTTTTC-----AAA-T----AA---C-CACCTATTTAATC------------T---------A----T---------------T---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-CA--AGCAGCTATACAATTGTTTATT
gi|19560 : GTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C-CTTGTTTTTAAACAA----T-----TGTAACAAG-A----T---------------T---------A---------TGATTTGCTG----AACCCTTAACAATG-AAAAAAATAACAAAA--T-
gi|19561 : GTAAATCATTTTC-----AAA-T----AA---C-CACCTATTTAATC------------T---------A----T---------------G---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATAATAACAAAG--T-CA--AACAGC--TACATTTGTTTATTttatacaaaggacatatattt
gi|19562 : -----AAA-T----AA---C-GATGTATTAACTTAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTG----AACCTATAACAATG-GAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19563 : -----AAA-T----AC---T-CATATTTTTAATCAA----C-----T---------G----TTACATGTACAAAGAAT---------A---------TGATATGCTG----AACCCATAACAATG-GAAATCATTACAAAA--T-TA--AGAAGC--TACAATTGTATATT
gi|19564 : -----AAA-T----AA---C-CATGCATTTAATCAA----T-----C---------A----T---------------T---------A---------TTGTATGCTG----AACCCATAACAACA-GAAATAATAACAAAA--T-CA--AGCAGT--TACATTTGTTTATT
gi|19565 : -----AAA-T----AA---C-AATGTATTTACTCAA----T-----T---------A----T---------------T---------A---------TAATATGCTT----AACCCATTACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-TA--AACAGC--TACAGTTGTTTATT
gi|19567 : TTTAATGAA----A-----A---------A----T---------------C---------A----------AATATGCTG----ATCCCATAACAATG-AAAATAATAACAAAA--T-CA--AGAAGC--TACAATTGTTTATT
gi|19568 : gt---------------T---------A---------AGATATGCTG----AATCATTAATAATG-AGAATAACAACAAAA--T-CGTTAACA----TATAATTGTTTATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19566 ): AATAATCATGGTTTTAACCATTTGTTACAAAGCTTATGGTATTCTGAATCTATAACAAAAGAAAATCAAAATATATTGATACATGTACAAGACATAATTGTTTATT