lowQualScore : 1 11111 22222222222222222
lowQualScore : 2 333 2222 11 11 1 4 111 11 66666 333 55555555555555555 1
lowQualScore : . ... .... .. .. . . ... .. ..... ... ................. .
lowQualScore : 0 666 0000 33 33 0 0 666 33 00000 555 22222222222222222 1
consensus : ACTATTTTTT---TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT-CC--A---AAA--A-A--NT---AN---GTTCCAAC-AAA
Reference ( gi|6416 ) : ACTATATTTT---TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAATGGCTT---CTC--ATAT-CC--A---AAAT-A-A--CT---AT---GTTCCAAC-AAA
gi|6426 : ACTATTTTTT---TCCTAC----TG--TGCT--CCAC-AAATGGTTT---CTC--ATCT-CC------GTAC-A-A--TT---AT---GTTCCAAC-AA
gi|6427 : ACTATATTTT-----CGAC----AG--TGCT--CCAT-AAATGGTTT---CAC--ATAT-CC--A---TAA--A-A--TT---AG---GTTTCAAC-AAA
gi|6415 : ACTATTTTTA---TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACCACTT---CTC--ATAT-CT--A---ATA--A-A--AT---AG---GTTCCAAC-AAA
gi|6420 : ACTATTTTTT---TTCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGTTT---CTC--ATAT-CC--AT--AAAT-
gi|6418 : ACTGTTTTTT---TCCTGC----AG--GGCT--CCAT-AAACCGTTT---CTC--ATAT-CT--A---TAA--A-A--TT---AG---GTTCCGAC-AAAtttggttcagtcaaaaaa
gi|6417 : ACTATATTTT----CCTAC----AT--AGCT--CTAC-AAACGGATT---CTC--ATAT-AA--A---AAAT-A-T--AT---AT---ATTCCAAC-AAA
gi|6423 : ACTAT-TTTG---TCCCAC----AG--TGTT--CCAT-AAATGACTT---CTG--ATAT-AA--G---AAA--A-A--AT---AG---GTTCCAAC-AAA
gi|6429 : ACTATTTTTT---TCCTAC----AG--AACT--CCAT-AAACAGCTT---CTC--ATAA-TA--A---AAAA-ATA--TT---AT---TTTCCAAC-CAA
gi|6425 : ACTATTGTAT---TCCTAC----AT--TGCT--CCAT-AAGCCGCTT---CTC--ATAT-C-------AAAG-A-A--AT---GC---GTTCCAGC-AAA
gi|6434 : ACTAC-TTTT---TCCTAC----AG--TGCC--CGAT-AAAAGACTT---CTC--ATGT--C--A---AAA--A-A-------AT---GTTC
gi|6430 : ACTGTTTTTT---TCTTAT----AC--TGCT--CCAT-TAACAGCTT---TTC--ACAT-CC--C---A----A-A--CT---ATAG-GTTCCAACTAAA
gi|6435 : ATTATTTTTT---TCCTAC----AG--T----------AAACGGCTC---CTC--ATAT-CC--A---ATA--A-A--TC---AT---GTTGAAAC-AAA
gi|6431 : ACTATCTTTT---TCCTAC----AG--TACT--CCAT-AAACAACCT--------ATA------A---AAAT-A-G------------GTTCCAAA-AAA
gi|6436 : ACTATTTTTG---TCATAC----AG--TGCA--CCAT-AAACTGTTT---CTC--GTAC-CC--AT--AAA
gi|6433 : ACTATTTTTG---TCCTGT----TG--TGCT--CCAT-AGACAATTT---TTC--ATAT-TCATA---AAAT-A---------AG---GTTCCAAA-AAa
gi|6432 : ACTATTTTTTG--TCTTAT----GA--TGCT--CCAT-AAAATGTTTAGACTC--TTAT-CC--A---TAA--A-A--AT---AG---GTTCCA
gi|6438 : CTATTTTTT---TCTTACTTACAG--TGCT--CTAT-ATACGGTTT---CGT--ATAT--G--A---AAAC-A-A-------AG---GTTTCAAC-AA
gi|6439 : TAT-TTTT---TTCAAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT-CCA-A---AAAT-A-A---T---AG---GGTCCAAC-AAA
gi|6437 : TATTTTA--TCCTAC----AG--TGCTGTCTAT-AAACAGTTT---CTC--ATAT-CC--A---AAA--A-A--GT---AT---GTTCCAAC-AAA
gi|6422 : cTATTTT---TCCTAC----AG--TACT--CCAT-AAACGGCTT---ATC--ATAT-AA--A---AAA--A-A-------AT---GTTCCAAT-AAA
gi|6419 : acTATTTTCACTCCTAT----AG--TGCT--CCCC-AAACGGCTT---CTC--ATAT-CC--C---AAAT-A-A--A----AG---GTTCCAAC-AAA
gi|6428 : acTATTTT---TCCTAC----AG--TACT--CCAT-AAACAGCTT---CTT--AAATAAA--A---AAAA-A-A--AT---AC---GTTCCAAT-AAA
gi|6443 : acTATTTT---TCCTAC----AG--TTCT--CCAT--TACGGCAT---CTA--ATAT-----A---AAAG-A-A--TTA--AA---GTTCAAAC-AAA
gi|6451 : atTTTT---TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT-CC--AAATAAAA-A-A--AT---AA---TTTCCAAC-AAA
gi|6452 : TTTT---CCCTAC----GG--TACT--ACAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT-CC--G---AAAA-A-A--AG---AT---GTTCTAGC-AAA
gi|6449 : TTTT---TCTTGT----AA--TGCT--TCAT-AAACGGATT---CTC--ATAT-CCA-A---AAAT-AGA-------AT---GTTATAAC-AAA
gi|6453 : tTTTT---TCCTAC----AG--TACT--CCGT-AAACGGCTT---ATC--ATATAAA--A---AAAA-A-A--TT---CC---ATTCCAAT-AAA
gi|6454 : TTTT---TCCCAC----TG--TGCT--CCAT-AAACGAGTT---CTC--A-----------------A-A--TT---AT---GTTCCAAC-AAA
gi|6444 : TTTT---CCCTTC----AG--TGAT--CCAT-GAATGTTTT---CTC--ATAT-TC--A---TAAA-A-T--TT---AT----TTCCAAC-AAA
gi|6446 : ttTTTT---TCCTAT----AG--TGCT--CTAC-AAATGGCTT---CTG--ATAT---------AAAC-A-A--
gi|6447 : ttTTTT---TTCAAC----AG--TGTT--CCGT-AAACGGCTT---CTT--ATAT-----A---AAAT-A-AACCTCAGAA---G--CCAAC-AAAgaaaata
gi|6441 : ttTTTT---TCATAG----TG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTA--GTAT-----A---AAAA-A-ATCTT---AG---GTCCCAAC-AAA
gi|6445 : actTTTT---TCCTAC----GG--TGCT--CCAT-AACCTGTTT---CTC--ATAT-----A---AAAA-A-A--
gi|6450 : ttTTTT---TCTTAC----CG--TACT--CCACGAAACGGCTT---CTC--GTAT--C--A---CAAC-A-A--AT---ATTTGGTTCTATC-AAAaag
gi|6421 : tTTT---TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGACTT---ATT--ATAT-CC--A---TTAA-A-A--TT---AT---GTTCCAAC-AAA
gi|6455 : actgttaTTT---CCCTAC----AT--TGCG--CTAT-GAACGGCTT---CTC--ATAT-TC--A---AAATAA-A--AT---AT---GTTCCAAC-AAA
gi|6442 : TTT---ATCTAC----AG--TGCT--CCAC-AAATGGCTT---CTCATATAT-CC--A---AAGC-A-A--AA---AT---GTTCCATC-AAA
gi|6424 : actcTTT---TCCTAC----AG--TGCT--CTGT-AAATGACTT---CTC--ATGT-----A---AAA--A-A--AT---AG---GTTTCAAC-
gi|6440 : actagtgTTT---TCCTAC----AG--TGTT--CAAT-ACACGGCTT---CTA--ATA--AC--A---AAA--A-A---T---AG---ATTACAAC-AAA
gi|6456 : attaTTT---TCC-AC----AGAGTGTT--CCGT-AAACGGCTT---CTT--ATATAAA--A---AAAA-A-A--CTG--AG---ATTCGAAC-AAA
gi|6448 : TT---TCCTAT----GA--TGCT--CCAT-AAACAGTTT---CTC--ATAT-TCATA---AAAT-A---------AG---GTTCCAAC-AAA
gi|6457 : ttaTT---GCCAAC----AG--TAGT--CCAC-AAACGGCTT---CTC--ATAT-CC--A---AGA
gi|6458 : GGCTT---CTC--ATAT-CC--A---TAA--A-A--TT---AG---GTTCCAAC-AAAaa
Alignments
lowQualScore : 111111111
lowQualScore : 1 0 0 2222 11 11 0 111 22 333333333 0 0 22 0 44 777777777 1 1 111 1
lowQualScore : . . . .... .. .. . ... .. ......... . . .. . .. ......... . . ... .
lowQualScore : 0 9 9 0000 33 33 9 666 55 999999999 9 9 55 9 00 444444444 0 0 888 1
consensus : ACTATT-TTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-A--A---NT----ANG-TTC---CAAC-AAA
Reference ( family-527 ) : ACTATT-TTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-A--A---NT----ANG-TTC---CAAC-AAA
gi|6415 : ACTATT-TTT-A-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACCACTT---CTC--ATAT--C-T----A-A-T--A-A--A---AT----AGG-TTC---CAAC-AAA
gi|6416 : ACTATA-TTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAATGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--ATA--A---CT----ATG-TTC---CAAC-AAA
gi|6417 : ACTATA-TTT-T--CCTAC----AT--AGCT--CTAC-AAACGGATT---CTC--ATAT---------A-A-A--A-A--ATATAT----ATA-TTC---CAAC-AAA
gi|6418 : ACTGTT-TTT-T-TCCTGC----AG--GGCT--CCAT-AAACCGTTT---CTC--ATAT--C-T----A-T-A--A-A--A---TT----AGG-TTC---CGAC-AAA
gi|6419 : ACTATT-TTCAC-TCCTAT----AG--TGCT--CCCC-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----C-A-A--A-T--A---AA----AGG-TTC---CAAC-AAA
gi|6420 : ACTATT-TTT-T-TTCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGTTT---CTC--ATAT--C-C----A-T-A--A-A--T---TT----TGG-TTCAGTCAAA-AAA
gi|6421 : ACTGTT-ATT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGACTT---ATT--ATAT--C-C----ATT-A--A-A--A---TT----ATG-TTC---CAAC-AAA
gi|6422 : ACTATT-TT----TCCTAC----AG--TACT--CCAT-AAACGGCTT---ATC--ATAT---------A-A-A--A-A--A---AA----ATG-TTC---CAAT-AAA
gi|6423 : ACTATT-TTG-T-CCC-AC----AG--TGTT--CCAT-AAATGACTT---CTG--ATAT--A-A----G-A-A--A-A--A---AT----AGG-TTC---CAAC-AAA
gi|6424 : ACTAGT-GTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CTGT-AAATGACTT---CTC--ATGT---------A-A-A--A-A--A---AT----AGG-TTT---CAAC-
gi|6425 : ACTATT-GTA-T-TCCTAC----AT--TGCT--CCAT-AAGCCGCTT---CTC--ATAT----C----A-A-A--G-A--A---AT----GCG-TTC---CAGC-AAA
gi|6426 : ACTATT-TTT-T-TCCTAC----TG--TGCT--CCAC-AAATGGTTT---CTC--ATCT--C-C----G-T-A--C-A--A---TT----ATG-TTC---CAAC-AA
gi|6427 : ACTATA-TTT-T---CGAC----AG--TGCT--CCAT-AAATGGTTT---CAC--ATAT--C-C----A-T-A--A-A--A---TT----AGG-TTT---CAAC-AAA
gi|6428 : ACTATT-TT----TCCTAC----AG--TACT--CCAT-AAACAGCTT---CTTAAATAA--A-A----A-A-A--A-A--A---AT----ACG-TTC---CAAT-AAA
gi|6429 : ACTATT-TTT-T-TCCTAC----AG--AACT--CCAT-AAACAGCTT---CTC--ATAA--T-A----A-A-A--A-AATA---TT----ATT-TTC---CAAC-CAA
gi|6430 : ACTGTT-TTT-T-TCTTAT----AC--TGCT--CCAT-TAACAGCTT---TTC--ACAT--C-C----C-A-A--A-C--T---AT----AGG-TTC---CAACTAAA
gi|6431 : ACTATC-TTT-T-TCCTAC----AG--TACT--CCAT-AAACAACCT--------AT---------------A--A-A--A---AT----AGG-TTC---CAAA-AAA
gi|6432 : ACTATT-TTT-TGTCTTAT----GA--TGCT--CCAT-AAAATGTTTAGACTC--TTAT--C-C----A-T-A--A-A--A---AT----AGG-TTC---CA
gi|6433 : ACTATT-TTT-G-TCCTGT----TG--TGCT--CCAT-AGACAATTT---TTC--ATAT--T-C----A-T-A--A-A--A---TA----AGG-TTC---CAAA-AA
gi|6434 : ACTACT-TTT---TCCTAC----AG--TGCC--CGAT-AAAAGACTT---CTC--ATGT----C----A-A-A--A-A--A---------ATG-TTC---
gi|6435 : ATTATT-TTT-T-TCCTAC----AG--T----------AAACGGCTC---CTC--ATAT--C-C----A-A-T--A-A--A---TC----ATG-TTG---AAAC-AAA
gi|6436 : ACTATT-TTT-G-TCATAC----AG--TGCA--CCAT-AAACTGTTT---CTC--GTAC--C-C----A-T-A--A-A--A---
gi|6437 : CTATT-TTA-T--CCTAC----AG--TGCTGTCTAT-AAACAGTTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-A--A---GT----ATG-TTC---CAAC-AAA
gi|6438 : CTATT-TTT-T-TCTTACTTACAG--TGCT--CTAT-ATACGGTTT---CGT--ATAT--G-A----A-A-A--C-A--A---------AGG-TTT---CAAC-AA
gi|6439 : TATT-TTT-T-TCA-AC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-AT-A---AT----AGG-GTC---CAAC-AAA
gi|6440 : ATT-ATT-T-TCCTAC----AG--TGTT--CAAT-ACACGGCTT---CTA--ATAA--C--------A-A--A-A--A---AT----AGA-TTA---CAAC-AAA
gi|6441 : ACT-TTT-T-TCATAG----TG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTA--GTAT---------A-A-A--A-A--AATCTT----AGG-TCC---CAAC-AAA
gi|6442 : ACT-CTT-T-ATCTAC----AG--TGCT--CCAC-AAATGGCTT---CTCATATAT--C-C----A-A-AGCA-A--A---A-----ATG-TTC---CATC-AAA
gi|6443 : ATTATTT-T-TCCTAC----AG--TTCT--CCAT--TACGGCAT---CTA--ATAT---------A-A-A--A-G--A---ATTA--AAG-TTC---AAAC-AAA
gi|6444 : TT-TTT-T-CCCTTC----AG--TGAT--CCAT-GAATGTTTT---CTC--ATAT--T-C----A-T-A--A-A--A---TT----TAT-TTC---CAAC-AAA
gi|6445 : TT-TTT-T-TCCTAC----GG--TGCT--CCAT-AACCTGTTT---CTC--ATAT---------A-A-A--A-A--A---
gi|6446 : TT-TTT-T-TCCTAT----AG--TGCT--CTAC-AAATGGCTT---CTG--ATATAAA-C----A-A-G--A-A--A---AT----Aaaag
gi|6447 : TT-TTT-T-TTCAAC----AG--TGTT--CCGT-AAACGGCTT---CTT--ATAT--A-A----A-A-T--A-A--A---CCTCAGAAG---C---CAAC-AAA
gi|6448 : T-TAT-T-TCCTAT----GA--TGCT--CCAT-AAACAGTTT---CTC--ATAT--T-C----A-T-A--A-A--A---TA----AGG-TTC---CAAC-AAA
gi|6449 : T-TTT-T-TCTTGT----AA--TGCT--TCAT-AAACGGATT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-AT-A---GA----ATG-TTA---TAAC-AAA
gi|6450 : T-TTT-T-TCTTAC----CG--TACT--CCACGAAACGGCTT---CTC--GTAT--CAC----A-ACA--A-AT-A---TT----TGG-TTC---TATC-AAA
gi|6451 : -TTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-CAAATA-A-A--A-A--A---AT----AAT-TTC---CAAC-AAA
gi|6452 : -TTT-T-CCCTAC----GG--TACT--ACAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-CG---A-A-A--A-A--A---AG----ATG-TTC---TAGC-AAA
gi|6453 : -TTT-T-TCCTAC----AG--TACT--CCGT-AAACGGCTT---ATC--ATATAAA-A----A-A-A--A-A--A---TT----CCA-TTC---CAAT-AAA
gi|6454 : -TTT-T-TCCCAC----TG--TGCT--CCAT-AAACGAGTT---CTC----------------------A-A--A---TT----ATG-TTC---CAAC-AAA
gi|6455 : TT-T-CCCTAC----AT--TGCG--CTAT-GAACGGCTT---CTC--ATAT--T-C----A-A-AATA-A--A---AT----ATG-TTC---CAAC-AAA
gi|6456 : TT-T-TCC-AC----AGAGTGTT--CCGT-AAACGGCTT---CTT--ATATAAA-A----A-A-A--A-A--A---CT----GAGATTC---GAAC-AAA
gi|6457 : T-T-GCCAAC----AG--TAGT--CCAC-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-G--A-A--A---
gi|6458 : GGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-T-A--A-A--A---TT----AGG-TTC---CAAC-AAA
Alignments
lowQualScore : 111111111
lowQualScore : 1 0 0 2222 11 11 0 111 22 333333333 0 0 22 0 44 777777777 1 1 111 1
lowQualScore : . . . .... .. .. . ... .. ......... . . .. . .. ......... . . ... .
lowQualScore : 0 9 9 0000 33 33 9 666 55 999999999 9 9 55 9 00 444444444 0 0 888 1
consensus : ACTATT-TTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-A--A---NT----ANG-TTC---CAAC-AAA
Reference ( family-527 ) : ACTATT-TTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-A--A---NT----ANG-TTC---CAAC-AAA
gi|6415 : ACTATT-TTT-A-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACCACTT---CTC--ATAT--C-T----A-A-T--A-A--A---AT----AGG-TTC---CAAC-AAA
gi|6416 : ACTATA-TTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAATGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--ATA--A---CT----ATG-TTC---CAAC-AAA
gi|6417 : ACTATA-TTT-T--CCTAC----AT--AGCT--CTAC-AAACGGATT---CTC--ATAT---------A-A-A--A-A--ATATAT----ATA-TTC---CAAC-AAA
gi|6418 : ACTGTT-TTT-T-TCCTGC----AG--GGCT--CCAT-AAACCGTTT---CTC--ATAT--C-T----A-T-A--A-A--A---TT----AGG-TTC---CGAC-AAA
gi|6419 : ACTATT-TTCAC-TCCTAT----AG--TGCT--CCCC-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----C-A-A--A-T--A---AA----AGG-TTC---CAAC-AAA
gi|6420 : ACTATT-TTT-T-TTCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGTTT---CTC--ATAT--C-C----A-T-A--A-A--T---TT----TGG-TTCAGTCAAA-AAA
gi|6421 : ACTGTT-ATT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGACTT---ATT--ATAT--C-C----ATT-A--A-A--A---TT----ATG-TTC---CAAC-AAA
gi|6422 : ACTATT-TT----TCCTAC----AG--TACT--CCAT-AAACGGCTT---ATC--ATAT---------A-A-A--A-A--A---AA----ATG-TTC---CAAT-AAA
gi|6423 : ACTATT-TTG-T-CCC-AC----AG--TGTT--CCAT-AAATGACTT---CTG--ATAT--A-A----G-A-A--A-A--A---AT----AGG-TTC---CAAC-AAA
gi|6424 : ACTAGT-GTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CTGT-AAATGACTT---CTC--ATGT---------A-A-A--A-A--A---AT----AGG-TTT---CAAC-
gi|6425 : ACTATT-GTA-T-TCCTAC----AT--TGCT--CCAT-AAGCCGCTT---CTC--ATAT----C----A-A-A--G-A--A---AT----GCG-TTC---CAGC-AAA
gi|6426 : ACTATT-TTT-T-TCCTAC----TG--TGCT--CCAC-AAATGGTTT---CTC--ATCT--C-C----G-T-A--C-A--A---TT----ATG-TTC---CAAC-AA
gi|6427 : ACTATA-TTT-T---CGAC----AG--TGCT--CCAT-AAATGGTTT---CAC--ATAT--C-C----A-T-A--A-A--A---TT----AGG-TTT---CAAC-AAA
gi|6428 : ACTATT-TT----TCCTAC----AG--TACT--CCAT-AAACAGCTT---CTTAAATAA--A-A----A-A-A--A-A--A---AT----ACG-TTC---CAAT-AAA
gi|6429 : ACTATT-TTT-T-TCCTAC----AG--AACT--CCAT-AAACAGCTT---CTC--ATAA--T-A----A-A-A--A-AATA---TT----ATT-TTC---CAAC-CAA
gi|6430 : ACTGTT-TTT-T-TCTTAT----AC--TGCT--CCAT-TAACAGCTT---TTC--ACAT--C-C----C-A-A--A-C--T---AT----AGG-TTC---CAACTAAA
gi|6431 : ACTATC-TTT-T-TCCTAC----AG--TACT--CCAT-AAACAACCT--------AT---------------A--A-A--A---AT----AGG-TTC---CAAA-AAA
gi|6432 : ACTATT-TTT-TGTCTTAT----GA--TGCT--CCAT-AAAATGTTTAGACTC--TTAT--C-C----A-T-A--A-A--A---AT----AGG-TTC---CA
gi|6433 : ACTATT-TTT-G-TCCTGT----TG--TGCT--CCAT-AGACAATTT---TTC--ATAT--T-C----A-T-A--A-A--A---TA----AGG-TTC---CAAA-AA
gi|6434 : ACTACT-TTT---TCCTAC----AG--TGCC--CGAT-AAAAGACTT---CTC--ATGT----C----A-A-A--A-A--A---------ATG-TTC---
gi|6435 : ATTATT-TTT-T-TCCTAC----AG--T----------AAACGGCTC---CTC--ATAT--C-C----A-A-T--A-A--A---TC----ATG-TTG---AAAC-AAA
gi|6436 : ACTATT-TTT-G-TCATAC----AG--TGCA--CCAT-AAACTGTTT---CTC--GTAC--C-C----A-T-A--A-A--A---
gi|6437 : CTATT-TTA-T--CCTAC----AG--TGCTGTCTAT-AAACAGTTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-A--A---GT----ATG-TTC---CAAC-AAA
gi|6438 : CTATT-TTT-T-TCTTACTTACAG--TGCT--CTAT-ATACGGTTT---CGT--ATAT--G-A----A-A-A--C-A--A---------AGG-TTT---CAAC-AA
gi|6439 : TATT-TTT-T-TCA-AC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-AT-A---AT----AGG-GTC---CAAC-AAA
gi|6440 : ATT-ATT-T-TCCTAC----AG--TGTT--CAAT-ACACGGCTT---CTA--ATAA--C--------A-A--A-A--A---AT----AGA-TTA---CAAC-AAA
gi|6441 : ACT-TTT-T-TCATAG----TG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTA--GTAT---------A-A-A--A-A--AATCTT----AGG-TCC---CAAC-AAA
gi|6442 : ACT-CTT-T-ATCTAC----AG--TGCT--CCAC-AAATGGCTT---CTCATATAT--C-C----A-A-AGCA-A--A---A-----ATG-TTC---CATC-AAA
gi|6443 : ATTATTT-T-TCCTAC----AG--TTCT--CCAT--TACGGCAT---CTA--ATAT---------A-A-A--A-G--A---ATTA--AAG-TTC---AAAC-AAA
gi|6444 : TT-TTT-T-CCCTTC----AG--TGAT--CCAT-GAATGTTTT---CTC--ATAT--T-C----A-T-A--A-A--A---TT----TAT-TTC---CAAC-AAA
gi|6445 : TT-TTT-T-TCCTAC----GG--TGCT--CCAT-AACCTGTTT---CTC--ATAT---------A-A-A--A-A--A---
gi|6446 : TT-TTT-T-TCCTAT----AG--TGCT--CTAC-AAATGGCTT---CTG--ATATAAA-C----A-A-G--A-A--A---AT----Aaaag
gi|6447 : TT-TTT-T-TTCAAC----AG--TGTT--CCGT-AAACGGCTT---CTT--ATAT--A-A----A-A-T--A-A--A---CCTCAGAAG---C---CAAC-AAA
gi|6448 : T-TAT-T-TCCTAT----GA--TGCT--CCAT-AAACAGTTT---CTC--ATAT--T-C----A-T-A--A-A--A---TA----AGG-TTC---CAAC-AAA
gi|6449 : T-TTT-T-TCTTGT----AA--TGCT--TCAT-AAACGGATT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-AT-A---GA----ATG-TTA---TAAC-AAA
gi|6450 : T-TTT-T-TCTTAC----CG--TACT--CCACGAAACGGCTT---CTC--GTAT--CAC----A-ACA--A-AT-A---TT----TGG-TTC---TATC-AAA
gi|6451 : -TTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-CAAATA-A-A--A-A--A---AT----AAT-TTC---CAAC-AAA
gi|6452 : -TTT-T-CCCTAC----GG--TACT--ACAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-CG---A-A-A--A-A--A---AG----ATG-TTC---TAGC-AAA
gi|6453 : -TTT-T-TCCTAC----AG--TACT--CCGT-AAACGGCTT---ATC--ATATAAA-A----A-A-A--A-A--A---TT----CCA-TTC---CAAT-AAA
gi|6454 : -TTT-T-TCCCAC----TG--TGCT--CCAT-AAACGAGTT---CTC----------------------A-A--A---TT----ATG-TTC---CAAC-AAA
gi|6455 : TT-T-CCCTAC----AT--TGCG--CTAT-GAACGGCTT---CTC--ATAT--T-C----A-A-AATA-A--A---AT----ATG-TTC---CAAC-AAA
gi|6456 : TT-T-TCC-AC----AGAGTGTT--CCGT-AAACGGCTT---CTT--ATATAAA-A----A-A-A--A-A--A---CT----GAGATTC---GAAC-AAA
gi|6457 : T-T-GCCAAC----AG--TAGT--CCAC-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-G--A-A--A---
gi|6458 : GGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-T-A--A-A--A---TT----AGG-TTC---CAAC-AAA
blockSeqs : A TTAC AG GT AGA AA CCAAAT GC AT CCTCAG T A AGT T
blockSeqs : . . . . . AT AAAC AT T TATAT T . . .
blockSeqs : . . . . . . AAAA . T ATCTT G . . .
blockSeqs : . . . . . . AAAA . T ATTA G . . .
blockSeqs : . . . . . . CAC . . CT G . . .
blockSeqs : . . . . . . CCG . . TT T . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . AA T . . .
blockSeqs : . . . . . . CT . . TT G . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . TT G . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . AA C . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . AT T . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . . AT G . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . AT C . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . TT T . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . . TT G . . .
blockSeqs : . . . . . . TA . . AT G . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . TT G . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . AT G . . .
blockSeqs : . . . . . . TC . . AT T . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . AT T . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . TA T . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . TC G . . .
blockSeqs : . . . . . . GA . . GT G . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . AT G . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . AT G . . .
blockSeqs : . . . . . . TC . . TT T . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . . AT A . . .
blockSeqs : . . . . . . TC . . TA A . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . GA A . . .
blockSeqs : . . . . . . TC . . TT G . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . AT T . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . AG G . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . TT A . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . TT T . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . AT C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CT T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TT T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ACTATT-TTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-A--A---NT----ANG-TTC---CAAC-AAA
finalCons : ACTATT-TTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-A--A---NT----ANG-TTC---CAAC-AAA
Alignments
lowQualScore : 111111111
lowQualScore : 1 0 0 2222 11 11 0 111 22 333333333 0 0 22 0 44 777777777 1 1 111 1
lowQualScore : . . . .... .. .. . ... .. ......... . . .. . .. ......... . . ... .
lowQualScore : 0 9 9 0000 33 33 9 666 55 999999999 9 9 55 9 00 444444444 0 0 888 1
consensus : ACTATT-TTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-A--A---NT----ANG-TTC---CAAC-AAA
Reference ( family-527 ) : ACTATT-TTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-A--A---NT----ANG-TTC---CAAC-AAA
gi|6415 : ACTATT-TTT-A-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACCACTT---CTC--ATAT--C-T----A-A-T--A-A--A---AT----AGG-TTC---CAAC-AAA
gi|6416 : ACTATA-TTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAATGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--ATA--A---CT----ATG-TTC---CAAC-AAA
gi|6417 : ACTATA-TTT-T--CCTAC----AT--AGCT--CTAC-AAACGGATT---CTC--ATAT---------A-A-A--A-A--ATATAT----ATA-TTC---CAAC-AAA
gi|6418 : ACTGTT-TTT-T-TCCTGC----AG--GGCT--CCAT-AAACCGTTT---CTC--ATAT--C-T----A-T-A--A-A--A---TT----AGG-TTC---CGAC-AAA
gi|6419 : ACTATT-TTCAC-TCCTAT----AG--TGCT--CCCC-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----C-A-A--A-T--A---AA----AGG-TTC---CAAC-AAA
gi|6420 : ACTATT-TTT-T-TTCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGTTT---CTC--ATAT--C-C----A-T-A--A-A--T---TT----TGG-TTCAGTCAAA-AAA
gi|6421 : ACTGTT-ATT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGACTT---ATT--ATAT--C-C----ATT-A--A-A--A---TT----ATG-TTC---CAAC-AAA
gi|6422 : ACTATT-TT----TCCTAC----AG--TACT--CCAT-AAACGGCTT---ATC--ATAT---------A-A-A--A-A--A---AA----ATG-TTC---CAAT-AAA
gi|6423 : ACTATT-TTG-T-CCC-AC----AG--TGTT--CCAT-AAATGACTT---CTG--ATAT--A-A----G-A-A--A-A--A---AT----AGG-TTC---CAAC-AAA
gi|6424 : ACTAGT-GTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CTGT-AAATGACTT---CTC--ATGT---------A-A-A--A-A--A---AT----AGG-TTT---CAAC-
gi|6425 : ACTATT-GTA-T-TCCTAC----AT--TGCT--CCAT-AAGCCGCTT---CTC--ATAT----C----A-A-A--G-A--A---AT----GCG-TTC---CAGC-AAA
gi|6426 : ACTATT-TTT-T-TCCTAC----TG--TGCT--CCAC-AAATGGTTT---CTC--ATCT--C-C----G-T-A--C-A--A---TT----ATG-TTC---CAAC-AA
gi|6427 : ACTATA-TTT-T---CGAC----AG--TGCT--CCAT-AAATGGTTT---CAC--ATAT--C-C----A-T-A--A-A--A---TT----AGG-TTT---CAAC-AAA
gi|6428 : ACTATT-TT----TCCTAC----AG--TACT--CCAT-AAACAGCTT---CTTAAATAA--A-A----A-A-A--A-A--A---AT----ACG-TTC---CAAT-AAA
gi|6429 : ACTATT-TTT-T-TCCTAC----AG--AACT--CCAT-AAACAGCTT---CTC--ATAA--T-A----A-A-A--A-AATA---TT----ATT-TTC---CAAC-CAA
gi|6430 : ACTGTT-TTT-T-TCTTAT----AC--TGCT--CCAT-TAACAGCTT---TTC--ACAT--C-C----C-A-A--A-C--T---AT----AGG-TTC---CAACTAAA
gi|6431 : ACTATC-TTT-T-TCCTAC----AG--TACT--CCAT-AAACAACCT--------AT---------------A--A-A--A---AT----AGG-TTC---CAAA-AAA
gi|6432 : ACTATT-TTT-TGTCTTAT----GA--TGCT--CCAT-AAAATGTTTAGACTC--TTAT--C-C----A-T-A--A-A--A---AT----AGG-TTC---CA
gi|6433 : ACTATT-TTT-G-TCCTGT----TG--TGCT--CCAT-AGACAATTT---TTC--ATAT--T-C----A-T-A--A-A--A---TA----AGG-TTC---CAAA-AA
gi|6434 : ACTACT-TTT---TCCTAC----AG--TGCC--CGAT-AAAAGACTT---CTC--ATGT----C----A-A-A--A-A--A---------ATG-TTC---
gi|6435 : ATTATT-TTT-T-TCCTAC----AG--T----------AAACGGCTC---CTC--ATAT--C-C----A-A-T--A-A--A---TC----ATG-TTG---AAAC-AAA
gi|6436 : ACTATT-TTT-G-TCATAC----AG--TGCA--CCAT-AAACTGTTT---CTC--GTAC--C-C----A-T-A--A-A--A---
gi|6437 : CTATT-TTA-T--CCTAC----AG--TGCTGTCTAT-AAACAGTTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-A--A---GT----ATG-TTC---CAAC-AAA
gi|6438 : CTATT-TTT-T-TCTTACTTACAG--TGCT--CTAT-ATACGGTTT---CGT--ATAT--G-A----A-A-A--C-A--A---------AGG-TTT---CAAC-AA
gi|6439 : TATT-TTT-T-TCA-AC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-AT-A---AT----AGG-GTC---CAAC-AAA
gi|6440 : ATT-ATT-T-TCCTAC----AG--TGTT--CAAT-ACACGGCTT---CTA--ATAA--C--------A-A--A-A--A---AT----AGA-TTA---CAAC-AAA
gi|6441 : ACT-TTT-T-TCATAG----TG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTA--GTAT---------A-A-A--A-A--AATCTT----AGG-TCC---CAAC-AAA
gi|6442 : ACT-CTT-T-ATCTAC----AG--TGCT--CCAC-AAATGGCTT---CTCATATAT--C-C----A-A-AGCA-A--A---A-----ATG-TTC---CATC-AAA
gi|6443 : ATTATTT-T-TCCTAC----AG--TTCT--CCAT--TACGGCAT---CTA--ATAT---------A-A-A--A-G--A---ATTA--AAG-TTC---AAAC-AAA
gi|6444 : TT-TTT-T-CCCTTC----AG--TGAT--CCAT-GAATGTTTT---CTC--ATAT--T-C----A-T-A--A-A--A---TT----TAT-TTC---CAAC-AAA
gi|6445 : TT-TTT-T-TCCTAC----GG--TGCT--CCAT-AACCTGTTT---CTC--ATAT---------A-A-A--A-A--A---
gi|6446 : TT-TTT-T-TCCTAT----AG--TGCT--CTAC-AAATGGCTT---CTG--ATATAAA-C----A-A-G--A-A--A---AT----Aaaag
gi|6447 : TT-TTT-T-TTCAAC----AG--TGTT--CCGT-AAACGGCTT---CTT--ATAT--A-A----A-A-T--A-A--A---CCTCAGAAG---C---CAAC-AAA
gi|6448 : T-TAT-T-TCCTAT----GA--TGCT--CCAT-AAACAGTTT---CTC--ATAT--T-C----A-T-A--A-A--A---TA----AGG-TTC---CAAC-AAA
gi|6449 : T-TTT-T-TCTTGT----AA--TGCT--TCAT-AAACGGATT---CTC--ATAT--C-C----A-A-A--A-AT-A---GA----ATG-TTA---TAAC-AAA
gi|6450 : T-TTT-T-TCTTAC----CG--TACT--CCACGAAACGGCTT---CTC--GTAT--CAC----A-ACA--A-AT-A---TT----TGG-TTC---TATC-AAA
gi|6451 : -TTT-T-TCCTAC----AG--TGCT--CCAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-CAAATA-A-A--A-A--A---AT----AAT-TTC---CAAC-AAA
gi|6452 : -TTT-T-CCCTAC----GG--TACT--ACAT-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-CG---A-A-A--A-A--A---AG----ATG-TTC---TAGC-AAA
gi|6453 : -TTT-T-TCCTAC----AG--TACT--CCGT-AAACGGCTT---ATC--ATATAAA-A----A-A-A--A-A--A---TT----CCA-TTC---CAAT-AAA
gi|6454 : -TTT-T-TCCCAC----TG--TGCT--CCAT-AAACGAGTT---CTC----------------------A-A--A---TT----ATG-TTC---CAAC-AAA
gi|6455 : TT-T-CCCTAC----AT--TGCG--CTAT-GAACGGCTT---CTC--ATAT--T-C----A-A-AATA-A--A---AT----ATG-TTC---CAAC-AAA
gi|6456 : TT-T-TCC-AC----AGAGTGTT--CCGT-AAACGGCTT---CTT--ATATAAA-A----A-A-A--A-A--A---CT----GAGATTC---GAAC-AAA
gi|6457 : T-T-GCCAAC----AG--TAGT--CCAC-AAACGGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-A-G--A-A--A---
gi|6458 : GGCTT---CTC--ATAT--C-C----A-T-A--A-A--A---TT----AGG-TTC---CAAC-AAA