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gi|163191                     : AGTTTCAAGT---TT---C-AA-GT-TT-ATT-GGCA---TA-TCAGCA--AAAC---A---T---T-GCCTATGGCCAT----TTAC-----A--C-A---T-T---CAAATTA-AT----TT----A---A---A----T------ATGG-CA----TAGAC------AT-A-C-------A-AT--T-A-T---A----TGAA--AT-AC---A---A-ACA-AA---T---A-C-A---T-----AC---A-ATTATAT--GTAATACAA
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lowQualScore                  :         . ...  ...   .. .  .   .    .... .      ..  ............. .    .          ..  ..................................................        .....    ......  . . ....... . .   . .... ...... ....   ... ... ....  .  ... .......  .  .....   .       ..  ..       
lowQualScore                  :         8 777  555   11 9  9   6    3333 9      22  3333333333333 5    3          66  66666666666666666666666666666666666666666666666666        33333    555555  6 0 1111111 9 4   0 4444 444444 6666   888 888 2222  4  888 7777777  1  44444   2       99  44       
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Reference ( family-526 )      : AGTTTCAAGT---TT---CAA-GT-TT-ATT-GGCA---TA-TCGGCA--AAAC---A---T---T-GCCTTTGGCCATTTA--CA------A----T--T----CAA-A-T-TA-AT----TT----A---A---ATATGGCAA----AGAC------AT-A-C-------A-ATTAT-A----T----A-A--A-TAC---A---A----ACAAA---T-------AC-AT-----ACA-ATTACAT--GT--AATACAA
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lowQualScore                  :         8 777  555   11 9  9   6    3333 9      22  3333333333333 5    3          66  66666666666666666666666666666666666666666666666666        33333    555555  6 0 1111111 9 4   0 4444 444444 6666   888 888 2222  4  888 7777777  1  44444   2       99  44       
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Reference ( family-526 )      : AGTTTCAAGT---TT---CAA-GT-TT-ATT-GGCA---TA-TCGGCA--AAAC---A---T---T-GCCTTTGGCCATTTA--CA------A----T--T----CAA-A-T-TA-AT----TT----A---A---ATATGGCAA----AGAC------AT-A-C-------A-ATTAT-A----T----A-A--A-TAC---A---A----ACAAA---T-------AC-AT-----ACA-ATTACAT--GT--AATACAA
gi|163190                     : AGTTTCAAGT---TT---CAA-GT-TT-ATT-GGCA---TA-TCAGCA--AAAC---A---T---T-GCCTATGGCCATTTA--CAC-----A----T--T----CAA-A-T-TA-AT----TT----A---A---ATATGGCAT----AGAC------AT-A-C-------A-ATTAT-A----TG---A-A--A-TAC---A---A----ACAAA---T-------AC-AT-----ACA-ATTATAT--GT--AATACAA
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gi|163214                     :    TTCAA-T---TT---CAA-GT-TA-ATT-AGCA---AA-CCAGCA--AAAT---A---A---T-GCCTTTGGCCATTTA--CA------A----A--A----AAA-A-C-TA-ATAACATT----C---A---ACATGGCAA----AGAT------A--G-C-------A-A-TAT-A----T----A-T--A-TAT---A---T----ATATA---T-------AC-AT-----
gi|163215                     :     TCAAGT---TAA--CAA-GT-TT-ATT-GGCA---TA-TCAGCA--AAAC---A---T---T-GCCTATGGCCACTTA--CAC-----A----T--T----CAA-A-T-TA-AT----TT----A---A---ATATGGCAT----AGAC------AT-A-C-------A-ATAAT-A----TG---A-A--A-TAC---A---A----ACAAA---T-------AC-AT-----ACATATCACAT--AT--gaacacgaattttatcagtaa
gi|163216                     :     TTAAGT---TG---CAA-GT-TT-TTT-GCCA---AAATCAGAA--AAAT-------T---T-GCCTTTGGCCA-TTA--AA------A----T--------AA-A-CAAA-AT----AC----A---A---ATATGGCAA----AGAC------AT-
gi|163217                     :     TCAAAT--------CAA-GT-TTTATT-GGCAA--TT-TTGGCA--AA-C---A---T---TTGCCTTTGGCCATTTA--CA------AAGTTT--T----TAA-A-------------T----A---A---ATATGGCCA----AGAC---------A-C-------A-A-TAC-A----CAACAA-A--A-T-C---A---T----AAAAA---T--------C-AT-----TCT-ATTACAT--GT--TAT
gi|163218                     :      CAAGT---TTATACAG-TT-TT-ATT-GGCA---TA-TCAGC---AAAC---T---T---T-GCCTATGGCCATTTA--CAC-----A----T--T----AAA-A-T-TA-AT----TT----A---A---GTATGGTAT----AGAC------AC-A-C-------A-GTAAT-A----TG---A-A--A-TAC---A---A----GCAAA---T-------AC-AT-----ACATATCACATA-AT--AATATAA
gi|163219                     :      CATGT---TT---CAA-GT-TT-ATTCAGCA----A-TCAGCA--AATT-------T---T-GCCTTTGGCCATTTA--AA------AAGG-T--T----TA------TA-A------G----A---A---ATATGGCAA----AGACA-----AT-A-C-------ATATTGTAA----T----A-A--A-CATATAA---A----ACAAACATT-------AC-ACAAATAACA-ATCACAT--GT--
gi|163220                     :      CAAGT---TT---CAA-GT-TT-ATTCAGCA----A-TCGGC---AAAT---T---T---T-GCCTTTGACCATTTA--TA------A----TG-TTTTACAA-A---GA-AT-------------------TATGGCAA----AGACA-----AT-A-C-------A-TTTGT-A----T----C-A--A--AC---A---T----ATAAA-----------AC-AA-----AC--ATTACA
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gi|163222                     :      CAAGT---TT---CAA-GT-TT-ATTCAGCA----A-TCGGCA--AATT---A-------T-GCCTTTTGCCATTTA--CA------AAG--T--TTTA-CAA-A-------------G----A---A---ATATGGCAA----AGACA-----AT-A-C-------ATATTGT-A---------A-C--A-CAC---A---T----ATAAA-----------AC-A------AC--ATTACACAAGT--AACA
gi|163223                     :      CAAAT---TT---CAA-AT-TT-TTTTGGCAA--TT-TCGGCA--AA-C---A---T---TTGCCTTTGGCCATTTA--CA------AAGTTT--T----TAA-A-------------T----A---A---ATATGGCCA----AGAC---------A-C-------A-A-TAC-A----C----A-------AC---A---AAATCATAAA---TATCATTCAC-AT-----ACA-AGT-TAT--GT--ACTA
gi|163224                     :       AAGT---TT---TAG-TT-TT-ATT-GGTA---TA-ACGACA--AAAC---ACAAT---T-GCCTATGGCCATTTA--CAAAGAATA----T--T----CAA-A-------------C----A---A---ATATGGCAT----AGAC------AC-A-G-------A-A-TAT-A----T----A-A--A-CGT---A---G----ATTAA---T-------AC-
gi|163225                     :        AGT---TT---AAA-GT-TT-ATT-GGC------------------C---A---T---T-GACTATGGCCGTTAA--CA------A----A--A----CAA-AAT-TA-AT----TT----A---A---ATATGGCAATATTAAA-------AT-C-C-------A-GAAAT-A----T----A-A--AGTAC---A---A----
gi|163226                     :        AGTA--TT---AAA-GT-GT-ATT-AGCA---AC-TTAGCA--AGAC---A---T---TTGCCTTTTGCCATTTA--CA------A----T---------G-A-T-TACA------G----A---A---ATATGGCAA----ACAC------A--A-T-------A-AATAT-AGT--T----A-A--A-TAC---A---AT---GCAAA---T-------AA-AT-----ATA-
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gi|163228                     :          T---TT---CAA-AT-TTTATT-GGCAA--TT-TCGGCA--AA-C---A---T---TTGCCTTTGGTCATTTA--CA------A-------------AGTA-T-TA-A-----AT----A---A---ATATGGCCA----AGAC------AC-------------ATTAC-A----C----A-------AC---A---AAATCATAAA---TATCATTCAC-AT-----ACA-AGT-TAT--GT--ACTA
gi|163229                     :           ---TT---CAA-TT-TT-ATT-GGCAAACTA-TCAGCA--AA-C---A---TA--T-GCCTTTGATCATTTA--CA------A----T-----------A-T-T---T----CT----A---AATCATATGACAA----AGAC------ATGA-C-------A-ATAAC-A----T------A--T-TAC---A---A----TC--A---T-------AC-AT-----
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blockSeqs                     :         G .    A     AG    .   C    AACT        .   ACATAAT       T    A          .   CATTCAAATTAATTTAA                                         T        A       A   .       T T     .    GA     CA     .   .   T     A  .   TTA      .  TC      T       .   . 
blockSeqs                     :         G .    .     AG    .   C    AACT        .   ACACAAT       T    A          .   CATTCAAATTAATTTAT                                         T        A       G   .       T T     .    GA     A      .   .   T     A  .   .        .  TC      .       .   . 
blockSeqs                     :         G .    .     G     .   C    AACT        .   ACTCAAT       T    A          .   CATTCAAATTAATTTAA                                         T        A       A   .       . T     .    GA     A      .   .   .     A  .   .        .  CC      .       .   . 
blockSeqs                     :         G .    .     G     .   T    AACT        .   ACACAAT       T    A          .   CATTCAAATTAATTTAA                                         T        A       G   .       . T     .    AC     A      .   .   .     A  .   .        .  .       .       .   . 
blockSeqs                     :         G .    .     G     .   .    AACT        .   ACATT         T    A          .   CATTAAAATTAATTTAA                                         A        .       G   .       . T     .    AC     A      .   .   .     A  .   .        .  .       .       .   . 
blockSeqs                     :         G .    .     G     .   .    AACT        .   ACAAT         .    T          .   AAACAAAATTAATTTAA                                         A        .       A   .       . T     .    GA     A      .   .   .     A  .   .        .  .       .       .   . 
blockSeqs                     :         G .    .     T     .   .    AACT        .   ACAT          .    A          .   GAGAATATTTAAACAA                                          T        .       G   .       . T     .    GA     A      .   .   .     G  .   .        .  .       .       .   . 
blockSeqs                     :         G .    .     T     .   .    AACT        .   ACAT          .    T          .   GAGAATATTTAAACAA                                          A        .       .   .       . T     .    GA     A      .   .   .     A  .   .        .  .       .       .   . 
blockSeqs                     :         A .    .     T     .   .    AT          .   ACAT          .    T          .   AAGAATATTTAAACAA                                          A        .       .   .       . T     .    A      A      .   .   .     A  .   .        .  .       .       .   . 
blockSeqs                     :         G .    .     T     .   .    AT          .   ACAT          .    T          .   GAGAATATTTAAACAA                                          A        .       .   .       . T     .    A      A      .   .   .     C  .   .        .  .       .       .   . 
blockSeqs                     :         G .    .     G     .   .    AT          .   ACTT          .    T          .   ATGTTAATCTTATACA                                          A        .       .   .       . T     .    A      A      .   .   .     A  .   .        .  .       .       .   . 
blockSeqs                     :         T .    .     T     .   .    T           .   ACAT          .    T          .   ATGTTTTACAAAGAAT                                          A        .       .   .       . A     .    A      T      .   .   .     A  .   .        .  .       .       .   . 
blockSeqs                     :         G .    .     G     .   .    T           .   CATA          .    T          .   AAGAATATTCAAACAA                                          A        .       .   .       . T     .    A      T      .   .   .     T  .   .        .  .       .       .   . 
blockSeqs                     :         G .    .     A     .   .    T           .   AATA          .    T          .   ATGCATATGTATACAC                                          A        .       .   .       . T     .    G      T      .   .   .     A  .   .        .  .       .             
blockSeqs                     :         G .    .     T     .   .    T           .   AATA          .    T          .   ATTCAAATTATTTTAA                                          A        .       .   .       . T     .    A      A      .   .   .     A  .   .        .  .       .             
blockSeqs                     :         A .    .     T     .   .    T           .   ACAT          .    T          .   AAGTTTTACAAAGAA                                           A        .       .   .       . T     .    A      T      .   .   .     A  .   .        .  .       .             
blockSeqs                     :         G .    .     C     .   .    T           .   AATA          .    T          .   AAGTTTTACAAAGAA                                           A        .       .   .       . T     .    A      T      .   .   .     A  .   .        .  .       .             
blockSeqs                     :         G .    .     T     .   .    T           .   CATA          .    T          .   ATATTTTTTTAAATC                                           A        .       .   .       . T     .    C      T      .   .   .     A  .   .        .  .       .             
blockSeqs                     :         G .    .     T     .   .    A           .   ATAT          .    T          .   ATAAACAAAATACAA                                           A        .       .   .       . T     .    A      A      .   .   .     A  .   .        .  .       .             
blockSeqs                     :         T .    .     T     .   .    T           .   CATA          .    T          .   AAGTTTTACAAAGAA                                           T        .       .   .       . A     .    A      A      .   .   .     A  .   .        .  .       .             
blockSeqs                     :         G .    .     G     .   .    A           .   CATA          .    A          .   AAGTTTTTAAATAA                                            A        .       .   .       . A     .    A      A      .   .   .     A  .   .        .  .                     
blockSeqs                     :         A .    .     G     .   .    A           .   ATAA          .    T          .   AAGGTTTATAAGAA                                            T        .       .   .       . T     .    A      A      .   .   .     A  .   .        .  .                     
blockSeqs                     :         G .    .     G     .   .    A           .   ACAT          .    A          .   AAGTTTTTAAATAA                                            A        .       .   .       . T     .    A      A      .   .   .     T  .   .        .  .                     
blockSeqs                     :         G .    .     G     .   .    T           .   ACTT          .    T          .   CTATTTTTAAATC                                             A        .       .   .       . T     .    A      A      .   .   .     A  .   .        .  .                     
blockSeqs                     :         G .    .     G     .   .    A           .   ATTT          .    T          .   ATATTTTTAAATC                                             T        .       .   .       . T     .    A      A      .   .   .     A  .   .        .  .                     
blockSeqs                     :         . .    .     T     .   .    T           .   TCAT          .    A          .   ATATTTTTAAATC                                             A        .       .   .       . T     .    A      A      .   .   .     A  .   .        .  .                     
blockSeqs                     :         . .    .     G     .   .    A           .   ACAT          .    T          .   ATATTTTTAAATC                                             A        .       .   .       . T     .    .      A      .   .   .     A  .   .        .  .                     
blockSeqs                     :         . .    .     G     .   .    T           .   AATA          .    T          .   ATCTCTTTAAATC                                             A        .       .   .       . .     .    .      A      .   .   .     A  .   .        .  .                     
blockSeqs                     :         . .    .     G     .   .    A           .   CATA          .    A          .   ATATTTTTAAATC                                             A        .       .   .       . .     .    .      T      .   .   .     .  .   .        .  .                     
blockSeqs                     :         . .    .     G     .   .    T           .   ACGT          .    T          .   AAGTATTAAATAA                                             T        .       .   .       . .     .    .      T      .   .   .     .  .   .        .  .                     
blockSeqs                     :         . .    .     A     .   .    A           .   TTA           .    T          .   ATATTTCTAAATC                                             A        .       .   .       . .     .    .      A      .   .   .     .  .   .        .  .                     
blockSeqs                     :         . .    .     T     .   .    T           .   TTT           .    A          .   GTTTTACAAAGAA                                             A        .       .   .       . .     .    .      A      .   .   .     .  .   .        .                        
blockSeqs                     :         . .    .     G     .   .    T           .   ATT           .    A          .   ATGATTACAGAA                                              A        .       .   .       . .     .    .      .      .   .   .     .  .   .        .                        
blockSeqs                     :         . .    .     G     .   .    .           .   CAT           .    T          .   ATGATAACAAAA                                              A        .       .   .       . .     .    .      .      .   .   .     .  .   .        .                        
blockSeqs                     :           .    .     T     .   .    .           .   TTT           .    T          .   ATGATTATAGAA                                              T        .       .   .       . .     .    .      .      .   .   .     .  .   .                                 
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gi|163224                     :       AAGT---TT---TAG-TT-TT-ATT-GGTA---TA-ACGACA--AAACACAA---T---T-GCCTATGGCCATT----TA--CAAAGAA--T---A--T---T-C--AA-A-------C-A-A-----AT-ATGGCATAGAC------AC-A-G-------A-A-TAT-A----T----A-A--ACGT---A---G----ATTAA---T-------AC-
gi|163226                     :        AGTA--TT---AAA-GT-GT-ATT-AGCA---AC-TTAGCA--AGAC---A---T---TTGCCTTTTGCCATT----TA--CAATG-----------A---T-T--AC-A-------G-A-A-----AT-ATGGCAAACAC------A--A-T-------A-AATAT-AGT--T----A-A--ATAC---A---AT---GCAAA---T-------AA-AT-----ATA-
gi|163227                     :          T---TT---CAA-TT-TT-ATT-GGCAAACTA-TCAGCA--AAA----A---TA--T-GCCTTTGGCCATT----TA--CAATA----T---T--T---T-T--AA-A-------T---C-----AT-ATGGCAAAGAC------ATAA-A-------A-ATTAC-A----T------A--TTAC---A---A----TC-AA---T-------AC-AT-----
gi|163228                     :          T---TT---CAA-AT-TTTATT-GGCAA--TT-TCGGCA--AA-C---A---T---TTGCCTTTGGTCATT----TA--CAAAG--------T--A---T-T--AA-A-------T-A-A-----AT-ATGGCCAAGAC------AC-------------ATTAC-A----C----A------AC---A---AAATCATAAA---TATCATTCAC-AT-----ACA-AGT-TAT--GT--ACTA
gi|163229                     :           ---TT---CAA-TT-TT-ATT-GGCAAACTA-TCAGCA--AA-C---A---TA--T-GCCTTTGATCATT----TA--CAATA----T---T--T---C-T--AA-A-------T---C-----AT-ATGACAAAGAC------ATGA-C-------A-ATAAC-A----T------A--TTAC---A---A----TC--A---T-------AC-AT-----
gi|163230                     :           ---TT---CAG-TT-TT-ATA-GGCA---TA-ACGACACTACAC---AA--T---T-GCCTATGGCTATT----TA--CAATGCA--T---A--T---G-T--AT-A-------C-A-C-----AT-ATAGCATAGAC------AT-A-C-----------TAT-A----T----A-A--ACAT---A---G----GT-AA---T-------AC-A
gi|163231                     :               T---CAA-GT-TT-TTT-AGCA----A-TCGGCA--AGAT-------T---T-GCTTTTGGCCATT----TA--CCCAG----T---T--T---TAC--AA-A-------G-A-A-----AT-GTGGC-AATAC------AT-AGCGAAAAAAA-ATTAC-A----T----A-AC-ATAC---AT--A----ACACA---TTTA----ACAAT-----AC--ATTACAT--GT--
gi|163232                     :                ---CAA-GT-TT-ATT-GGCA---TA-TCACCA--AAAC---G---T---T-GCCTACGGCCATT----------AAA----T---TAAT---T-C--AA-ATTATTT-T-A-A-----AT-ATGGCATTGAC------AT-A-C-------A-ATAAT-A----TTATCA-ACCATAG---A---A----TCAAA---T-------AA-AG-----ATA-ATT
gi|163233                     :                                                                                                                   A-A-------T-T-A-----AT-ATGGCATAGAT------AA-A-C-------A-ATAAT-A----TG---A-A--ATAC---A---A----ACAAA---T-------AC-AC-----ACATATCACAT--AT--
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|163225 ): AGTTTAAAGTTTATTGGCCATTGACTATGGCCGTTAACAAAACAAAATTAATTTAAATATGGCAATATTAAAATCCAGAAATATAAAGTACAA