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lowQualScore                  :    .        ...              ..         ..    ...   .  .... . .     .      .. ....  .  ....... . .. ..... ..  ..  .... ............   . .. ..  .         ..... .  . . .  .   ......      .   .. . .. .   .      
lowQualScore                  :    5        888              44         44    888   2  2222 0 1     0      99 4444  1  5555555 1 55 77777 66  55  3333 555555555555   3 55 44  3         77777 8  6 1 4  2   222222      1   66 2 88 6   2      
consensus                     :   CAGGGCTCTT---GCTCGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGG--CCCCTG----A-C-TTTGG-GAAAAT-TA----GCGTT-------A-T--T-----T--TTA-AA----A------------GAAAT--T--GGGAAAATTACA-----TAGCAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATA--CGT--AACAATATATGT
Reference ( gi|109032 )       :   CGGGGCTCTT---GCTTGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGGA-CCCTTG----A-C-TTTGG-GAAAAT-TA----GCGTT-------A-T--T-----T--TTA-AA----A------------AAAAT--T--GGTAAAATTACA-----TGGCAC-ACGT-TCC------TTCAAT-ATA--CAT--AGCAAAATATGT
gi|109031                     :   CAGGGCTTTT---GCTCGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CAGGG--CCTCTG----A-C-TTTTG-GAAAAT-TA----GCGTT-------A-T--T-----T--GT--AA----A------------CAAAT--T--GGAAAAATTACA-----TAGCAC-AGGT-ACT------TTCAAT-ATA--CGT--CACAAAATGTGT
gi|109035                     :   CAGGACTCTT---GCTCGCACTCTTGG--GAATGGGGT--CGGG---CCCCTG----A-C-TTTGG-G--AAT-AA----GCGTT-------A-T--T-----T--TT--TA----A------------GAAAT--T--GGAAAAATTAAA-----AAGCAC-A-GT-TCC------TTCAAT-ATA--CGT--AACAATATATGT
gi|109033                     :   CAGGGCTCTT---GCTTGCACTTTTGG--GAATGGGGT--C-AGGA-CCCCTG----G-C-TCTGG-GAAAAT-TA----GCATT-------A-T--T-----T--TT--AA----A------------GAAAT--T--GGGAAAATAACA-----C----C-ACAT-TTC------TTCAGT-ATA--TGA--AACAATATATGT
gi|109036                     :   CAGGGCTCTT---GTTAGCACTTTTGG--GAATGGGGT--C-GGGA-CCCCTG----A-C-ATTGG-GAAAAT-AA----GTGCT-------A-T--T-----T--TC--AA----A------------GATAT--T--AGGAAAATTACA-----TAGCAC-AGGT-TCC------TTTCAT-ATA--TGT--AACAATATAT
gi|109034                     :   CAGGGTT-TT---GCTCACTCTTTTAG--GAATAAGAT--CAGGG--CCCCTG----A-C-TTGGG-GAAAAT-TA----GCGTT-------A-T--T-----T--T---AA----A------------GAAAT--T--GGGAAAATTGCA-----TATCAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATA--TAT--AACAATATATGT
gi|109041                     :   CGGGGCTCTT---GCTCACACTT--GG--GAATGGGGT--TGGGGGCCCCCCG----A-C-TTTGA-GGAAAT-AA----TCATT-------A-T--T-----T--TTA-AA----G------------AAACT--T--CA-AAAATTATA-----TAGCAC-AGGC-TCC------TTCAAT-ATA--CAT--AACGGTATATGT
gi|109040                     :   CAGGGCTCTT---GCTTGCACTTTTGA--GAATGGGGT--CGGG---CCCCTA----T-C-TTTGG-GAAAAT-AA----GCACT-------A-T--T-----T--TTA-GA----AATTTTATTTTTTAGAAT--TTGGGAAAAATTGCA-----CAGCAC-AGGT-TTC------TTCAAT-ATA--CAA--AACAATACGTGT
gi|109043                     :   CAGGGCTGTT---GCTTGCA-TGTGGG--GAATGGGGT--TGGAG--CCCTTG----A-C-TTTGG-GAAAAT-AA----GTGTA-------A-T--T-----T--TT--AA----A------------GAAAT--T--GGGAAAAGTATA-----TGGCCC-ATGG-TCC------TTCA---ACA--CATTGAACAATATATGT
gi|109039                     :   CAGGGCTCTT---GCTTACACTTCTGG--GAATTGGGT--CGGG-A-CCCTTG----G-C-TTCGG-GATAAT-TA----GCGCT-------A-----------------------A------------GAAAT--T--GGGAAAATTAAA-----TAGCAC-GGGT-TTCAATATATGTAAT-ATA--CGT--TACAATATATGT
gi|109046                     :   CAGGGCCCTT---GCTCTCACTTT-GG--GAATGGGGT--------------------------GG-GAAAAT-TA----GCTTT-------A-T--T-----T--TTT-AA----A------------GAAAT--T--AGGAAAATTACA-----TAGCAA-AGGT-TCC------TTCAGT-ATA--GGT--AACAATATA
gi|109045                     :   CAGAGCTCTT---GCTTGCACTTTTGG--G-----------------CCCATG----G-C-TTTTA-GAAAAT-TA----GCGTT-------A-G--T-----T--TT--AA----A------------GAAAT--T--GGGAAAATAACA-----AAGTAC-AGGT-TTC------TTCAAC-ATA--CGA--AACAATATA
gi|109047                     :   CAGGGCTCTT---GCCCACACTTTTTG--GAATGGGGT--CGGGG---CCT----------------GATAAT-TA----GCGTT-------A-T--T-----T--TT--AA----A------------GAAAT--T--GAGAAAAAAACA-------GCAC-AGAT-TCC------TCCACT-GTA--T-----GTAAAATAT
gi|109048                     :   CAGGGCTCTT---GCTTGCACCTTTGG--CAA-----------------CCTG----A-C-ATTGG-GAAAAT-AG----ACATT-------A-T--T-----T--TTA-AG----G------------AAAAT--A--GG-AAAATTACATACCGTAGCAC-AGAT-TCT------TTCAAT-ATA--TGT--A-CAAGATAtatgt
gi|109050                     :   CAGGGCTCTT---TCTTGCACTTTTGG--GAATTGGTT--TGAGGT-CCC-TG----A-CATTGGG-GAAAAT-AA----TTGTT-------A-T--T-----T--TT---A----A------------AAAATG-T--GGAGAAATTACA-----
gi|109049                     :   CAGGGCTCTT---GCTTGCACTTTTGA--GAATGGGGCCACAAAGC-CCCTCG----ATT-TTTGA-AAAAAT-TA----ATATT-------A-T--T-----T--TT--TA----A------------GAAAT--T--AAGGAAATTGCAT----TGACAT-A
gi|109055                     :   CAGGGCTTTT---GCCTGCATATTTGG--GAATGAGAT-------------TG----A-------A-AAAAAT-------GCCTT-------A-T--T-----TCCTTC-AA----A----------------T--T--TGAAAAATTACA-----TGACCC-AAGG-TTC------TTCAAC-ATA--CAT--AACAATATATGTtacaacatgatatatgt
gi|109053                     :   CAGGACTCTT---GCTTGCATATTTGA--GAATGAGGT--TGAAAA----------------------AAAAT-T-----TCATT-------T-T--T-----T--TTT-AA----G------------AAACT--G--AG--AAATAACA-----TGGCCA-AAGA-TCC------TTCAAC-ATA--CTT--AACAGTATATGT
gi|109054                     :   CAGGGTTCTT---GCTCACACTTTTGG--GAATGAGGT--CAGGG--CTCCTG----A-C-TTTGGTGAAA
gi|109052                     :   CAGAGCTCTT---GCTTTCAGGTTTGG--GACTGGTAT--CGGG---TCTCTG----A-T-TTTAG-GCTTAT-AA----ACGCT-------A-T--T-----TC-TTG-AAACAGA------------AAAAT--T--GGCAGAATTAC
gi|109051                     :   CAGGGCACTTAATGCTTGCATTTTTGA--GAACTTGTT--TAGAG--CTCCCG----A-C-TTTT-----AAT-TAGTTTGCATT-------ATT--T-----T--TTT-TA----A------------GAAAT--T--GCGAAAATAACA-----TGGCCT-AGGG-TCC------TTCAAC-Agaattgttccattgtcctcaactgtgtaacaatattatgt
gi|109056                     :   CAGGGCTCTT---GCTCGCACTTTTGG--GAATGAGGT--CAGGGgtgaaacaata
gi|109037                     :    GGGACTTTT---GCTCACACTTTTGG--GAATGCGAT--TAGGG--CCCCTG----A-C-TTTGG--AAAAT-TA----GCATTTATGCTTA-T--T-----T--TTA-AA----G------------AAA-T--T--GGGAAAAATACA-----TAACAC-AGGT-TCC------TTCAGT-ATA--TTT--AACAATATATGT
gi|109058                     :   caGGGTTCTT---GCTCGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGG--CCCCTG----A-C-TTTTG-G-AAAT-AA----GCATT-------A-T--G-----T--TT--AA----A------------GAAAT--T--AAGAAAATTACA-----TAGCAC-AGGT-TCT------ATCAAT-ATA--CAA--AACAATATGTGT
gi|109060                     :    aGGGCTCTT---GCTTTCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGTT-CCC-TG----G-C-TTTGG-GAAAAT-TT----GCGTT-------G-A--T-----T--AGA-AA----G------------AAATT--T--GG-AAAATTACA-----TAGCAC-AGGT-TTC------TTCAAT-ATA--
gi|109059                     :    aGGGCTCTT---GCTTTCACTTTTCG--GAATGGGGT--CGGGTT-CCC-TG----G-C-TTTGG-GAAAAT-AT----GCGTT-------A----------T--TTAGAA----A------------GAAAT--T--GGGAAAATTACA-----TAGCAC-AGGT-TTC------TTCAAT-ACA--tgtgtaatgtat
gi|109061                     :    aGGGCTCTT---GCTTGCACTTTTGG--GAATGAGTT--TGGAG--CCCTTG----A-C-TTT-G-GAAAATATA----TC-TT-------A----A-----T--TTA-AA----A------------GGAAA--T--GGGAAAATCACA-----TAGCCC-A-GTGTCC------TTCAAC-ATA--CAT--A--AGAATAtgtgtaatgtat
gi|109065                     :    aGGGTTTTT---GCTTACACTTTTTTTTGAATGGGGT--CGGGAA-----------A-C-TTTGG-GAAAAG-TA----GTGCT-------A-T--G-----T--TTA-AA----G------------AACA---T--GGGAAAATAACA-----TGAC-C-AGAG-TCC------TTCAAT-ATA--CAT--AACAAAATca
gi|109062                     :     GGGCTCTT---TGTTGCACATTTGG--GAATGAGTT--TGGAG--CCCTAG----A-C-TTTGG-AAAAAA-TA----TCTTT-------A-T--T-----T--T-A-AA----A------------GAAAT--T--GAGGAATTTACA-----TGGCCC-AGAG-ACC------TTCAAC-ATA--C
gi|109064                     :    aGGGCTCTT---GCTTGCACTTT--------TGGGAA--TGGGG---------------------------T-CA----GCGTT-------A-T--T-----T--TTA-AA----G------------AAA-T--T--GGGAAAATTACA-----TAGCAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATG--CGT--AACATTATATGT
gi|109063                     :     GGGCTCTT---GCTCTCACTTTTGG--GAATAGGGT--CGGG---CCCTTG----A-C-TTTGG-GAAAAT-T
gi|109066                     :     GGGATTTT---GCTTGCACTTTCAG--GAATGGGTT--CATTGT-TCCTT-----A-C-TTTGG-AAATTT-TA----GTGTT-------A-T--TTTTCAT--TTG-AT----A------------GAAATTAT--GG-AAAATAATA-----TGTCCC-AGAT-TCC------T--AAT-ATA--
gi|109030                     :      GGCTCTT---GCTTGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGG-A-CTTGTG----A-A-TTTGG-GAAAAT-TA----GCATT-------A-T--T-----T--TTA-AA----G------------AAA-T--T--GGGAATATTACA-----TAGCAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATA--TGT--AATAATAAATGTttatatacaataca
gi|109038                     :   caaGGCTCTT---GACCGCAGTTATGG--GGATGGG-T--TGGGG--CTCCTG----A-C-TTTGG-GAATAT-TA----TCATT-------A-T--T-----T--TTA-AA----G------------AAA-T--T--GGGAAAATTACA-----TAGCAC-AGGT-TCT------TTCAAT-ATATGCGT--AACAATGTATGT
gi|109042                     :   caaGGCTCTT---GCATATACATTCTG--GAATGGTAT--TGGAGG-CCCTAG------C-TTTGG-GCAAAT-TA----GTGTT-------G-T--T-----T--TTA-AA----G------------AAA-T--T--GGGAAAATTACA-----TAGCAC-AGGT-TTC------TTCAAT-ATA--TGA--AACAGTATGTGT
gi|109070                     :   caaGGCTCTT---GCT-GCACTTTGGG--GGAT
gi|109067                     :    caaGCTCTT---GCCCGCACTTTTGG--GAATGGAG-----------CCATG----A-C-TTTGG-GAAAAT-AA----GTGTT-------A-T--T-----T--TTA-AA----G------------AAA-T--T--GGGGAAATTACA-----TAGCAC-AGGC-TCC------TTCAAT-ATA--CAC--ATCAGTATATGTtagcattttttttaaagaaattgggaaatcacatagcataggttccttctatatgtgtagcaatttatgt
gi|109044                     :          CTT---GCTTGCATTTTTTG--GAATGGGGT--CAAGG--CCCCTG----G-C-TTTGG-GAAAAT-TA----GCAAT-------A-T--T-----T--TT--AA----C------------AAAAT--G--GGAAAAACAACA-----TGGCTCAAAGA-TCC------TTTAAT-ACA--CAT--AACA
gi|109057                     :     catggacT---GCTTGCATATTTGG--AAATGAC-T--CGA--------TG----A-G-GTTGA-AAAAAA-AAT---GCTTT-------A-TATT-----T--TTT-AA----G------------AAATT--T--GG-AAAATTAGA-----TGG---------TCT------TTCAAC-ATT--CAT--AACAATGTATGTtttatgt
gi|109068                     : cagggttattgc---GCTTGCACTTTTGG--GAACAGGGT--CGGGG--CACATC----A-CTTTTTG-GAAAAT-TA----GCAAT-------A-T--C-----T--TTA-AA----G------------AAATT--T--GA-AAAAGTAC------TAGC-C-AAGTGTCA------TTCAAT-ATA--CGT--A--AAAATAT
gi|109071                     :                    GCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGAA-a
gi|109069                     :                                            aGGGA-CCCCTG----A-C-TTTGG-GAAAAT-TA----GCGTT-------A-T--T-----T--TT--AA----A------------GAAAC--T--GTGAAAATTACA-----TAGCAA-AGAT-TTC------ATCAAT-ATA--aatgacatagcgcaggttccttcaataacctaacaaaacatgt
gi|109070                     :                                             tcGG-CTCTTGCTGCA-C-TTTGG-GGGA-T-TA----GCATT-------T-T--T-----T--TTA-AA----G------------AAA-T--T--GG-GAAATCACA-----TAGCAT-AGGT-TCC------TTCTAT-ATG--TGT--AGCAATTTATGTtgtgtaatgtat
gi|109071                     :                                                                                                                                     caaT--C--GGGAAAATGACA-----TAGCGC-AGGT-TCC------TTCAAT-A-A--CCT--AACAAAACATGT
gi|109073                     :                                                                                                                               agcacttttgggaatggggAAATAACA-----TAGCAC-AGGC-TCC------TTCAATCATA--CAT--AACAGTATATGT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|109072 ): TTGGGAAATAGGTTTTACATAGCACAGGTACCTTAAATATAAGTAACGATATATGT






Alignments
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lowQualScore                  :      .     ...   ....          ..         ....   ..     . .... . .     .      .. . ....    .......  . ..... ..  ...................     .  .  .   . ....    .. .....   ...   .    .   ......      .   ..    .   ..   .     
lowQualScore                  :      1     888   7777          44         0000   33     0 1111 0 0     0      99 1 2222    5555555  1 66666 55  7777777777777777777     0  0  0   0 1111    33 44444   888   0    0   999999      0   44    0   44   1     
consensus                     : CAGGG-CTCTT---GCT---CGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGG--CCCCT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATA--CGTA-ACA--ATA-TATGT
Reference ( family-525 )      : CAGGG-CTCTT---GCT---CGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGG--CCCCT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATA--CGTA-ACA--ATA-TATGT
gi|109030                     : CAAGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGA--CTTGT-G----A-A-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CATT-------AT-T-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAT-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATA--TGTA-ATA--ATA-AATGT
gi|109031                     : CAGGG-CTTTT---GCT---CGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CAGGG--CCTCT-G----A-C-TTTTG-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--GT--A-A-------------ACAAAT-TG-GA-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-ACT------TTCAAT-ATA--CGTC-ACA--AAA-TGTGT
gi|109032                     : CGGGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGGA-CCCTT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A-------------AAAAAT-TG-GT-AAA-A----TTAC--A-----TGG---CAC-ACGT-TCC------TTCAAT-ATA--CATA-GCA--AAA-TATGT
gi|109033                     : CAGGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CAGGA--CCCCT-G----G-C-TCTGG-GAAAAT-TA-G----CATT-------AT-T-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TAAC--A-----C-----CAC-A--T-TTC------TTCAGT-ATA--TGAA-ACA--ATA-TATGT
gi|109034                     : CAGGG-TT-TT---GCT---CACTCTTTTAG--GAATAAGAT--CAGGG--CCCCT-G----A-C-TTGGG-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--T---A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TTGC--A-----TAT---CAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATA--TATA-ACA--ATA-TATGT
gi|109035                     : CAGGA-CTCTT---GCT---CGCACTCTTGG--GAATGGGGT--C-GGG--CCCCT-G----A-C-TTTGG-G--AAT-AA-G----CGTT-------AT-T-----T--TT--T-A-------------AGAAAT-TG-GA-AAA-A----TTAA--A-----AAG---CAC-A-GT-TCC------TTCAAT-ATA--CGTA-ACA--ATA-TATGT
gi|109036                     : CAGGG-CTCTT---GTT---AGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGA--CCCCT-G----A-C-ATTGG-GAAAAT-AA-G----TGCT-------AT-T-----T--TC--A-A-------------AGATAT-TA-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCC------TTTCAT-ATA--TGTA-ACA--ATA-TAT
gi|109037                     : CAGGGACTTTT---GCT---CACACTTTTGG--GAATGCGAT--TAGGG--CCCCT-G----A-C-TTTGG--AAAAT-TA-G----CATTTATGCTTAT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-AAA-A----ATAC--A-----TAA---CAC-AGGT-TCC------TTCAGT-ATA--TTTA-ACA--ATA-TATGT
gi|109038                     : CAAGG-CTCTT---GAC---CGCAGTTATGG--GGATGGG-T--TGGGG--CTCCT-G----A-C-TTTGG-GAATAT-TA-T----CATT-------AT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCT------TTCAAT-ATATGCGTA-ACA--ATG-TATGT
gi|109039                     : CAGGG-CTCTT---GCT---TACACTTCTGG--GAATTGGGT--CGGGA--CCCTT-G----G-C-TTCGG-GATAAT-TA-G----CGCT-------------------------A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAA--A-----TAG---CAC-GGGT-TTCAATATATGTAAT-ATA--CGTT-ACA--ATA-TATGT
gi|109040                     : CAGGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGA--GAATGGGGT--C-GGG--CCCCT-A----T-C-TTTGG-GAAAAT-AA-G----CACT-------AT-T-----T--TTA-G-AAATTTTATTTTTTAGAATT-TG-GGAAAA-A----TTGC--A-----CAG---CAC-AGGT-TTC------TTCAAT-ATA--CAAA-ACA--ATA-CGTGT
gi|109041                     : CGGGG-CTCTT---GCT---CACACTT--GG--GAATGGGGT--TGGGGGCCCCCC-G----A-C-TTTGA-GGAAAT-AA-T----CATT-------AT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAC-TT-CA-AAA-A----TTAT--A-----TAG---CAC-AGGC-TCC------TTCAAT-ATA--CATA-ACG--GTA-TATGT
gi|109042                     : CAAGG-CTCTT---GCA---TATACATTCTG--GAATGGTAT--TGGAG--GCCCT-A----G-C-TTTGG-GCAAAT-TA-G----TGTT-------GT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TTC------TTCAAT-ATA--TGAA-ACA--GTA-TGTGT
gi|109043                     : CAGGG-CTGTT---GCT---TGCA-TGTGGG--GAATGGGGT--TGGAG--CCCTT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-AA-G----TGTA-------AT-T-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----GTAT--A-----TGG---CCC-ATGG-TCC------TTCAAC-ACA--TTGA-ACA--ATA-TATGT
gi|109044                     : CATGG-ACCTT---GCT---TGCATTTTTTG--GAATGGGGT--CAAGG--CCCCT-G----G-C-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CAAT-------AT-T-----T--TTA-A-C-------------A-AAAT-GG-GA-AAA-A----CAAC--A-----TGG---CTCAAAGA-TCC------TTTAAT-ACA--CATA-AC---ATT-TATGT
gi|109045                     : CAGAG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGG--G-----------------CCCAT-G----G-C-TTTTA-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AG-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-AAA-A----TAAC--A-----AAG---TAC-AGGT-TTC------TTCAAC-ATA--CGAA-ACA--ATA-TA
gi|109046                     : CAGGG-CCCTT---GCT---CTCACTTT-GG--GAATGGGGT---------------------------GG-GAAAAT-TA-G----CTTT-------AT-T-----T--TTT-A-A-------------AGAAAT-TA-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAA-AGGT-TCC------TTCAGT-ATA--GGTA-ACA--ATA-TA
gi|109047                     : CAGGG-CTCTT---GCC---CACACTTTTTG--GAATGGGGT--CGGGG----CCT-G----A-T----------AAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TG-AG-AAA-A------AA--A-----CAG---CAC-AGAT-TCC------TCCACT-GTA--TGTA-A-A--ATATTATGT
gi|109048                     : CAGGG-CTCTT---GCT---TGCACCTTTGG--CAA-----------------CCT-G----A-C-ATTGG-GAAAAT-AG-A----CATT-------AT-T-----T--TT--A-A-------------GGAAAA-TA-GG-AAA-A----TTAC--ATACCGTAG---CAC-AGAT-TCT------TTCAAT-ATA--TGT--ACA--AGA-TA
gi|109049                     : CAGGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGA--GAATGGGGCCACAAAG--CCCCTCG----ATT-TTTGA-AAAAAT-TA-A----TATT-------AT-T-----T--TT--T-A-------------AGAAAT-TA-AG-GAA-A----TTGC--A-----TTG----AC-------------------AT-ATA--C--A-ACATGATA-TATGT
gi|109050                     : CAGGG-CTCTT---TCT---TGCACTTTTGG--GAATTGGTT--TGAGG--TCCCT-G----A-CATTGGG-GAAAAT-AA-T----TGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A---------------AAATGTG-GA-GAA-A----TTAC--A-----
gi|109051                     : CAGGG-CACTTAATGCT---TGCATTTTTGA--GAACTTGTT--TAGAG--CTCCC-G----A-C-TTTT-----AAT-TA-GTTTGCATT-------AT-T-----T--TTT-TTA-------------AGAAAT-TG-CG-AAA-A----TAAC--A-----TGG---CCT-AGGG-TCC------TTCAAC-A-G--TGAA-ACA--ATA-
gi|109052                     : CAGAG-CTCTT---GCT---TTCAGGTTTGG--GACTGGTAT--C-GGG--TCTCT-G----A-T-TTTAG-GCTTAT-AA-A----CGCT-------AT-T-----TC-TTG-A-AACAG---------AAAAAT-TG-GC-AGA-A----TTACGAA-----TTGTTCCAT-TG---TCC-------TCAAC--TG--TGTA-ACA--ATATTATGT
gi|109053                     : CAGGA-CTCTT---GCT---TGCATATTTGA--GAATGAGGT-------------T-G----A------AA-AAAAAT-T--T----CATT-------TT-T-----T--TTT-A-A--------------GAAAC-TG-AG-AAA------TAAC--A-----TGG---CCA-AAGA-TCC------TTCAAC-ATA--CTTA-ACA--GTA-TATGT
gi|109054                     : CAGGG-TTCTT---GCT---CACACTTTTGG--GAATGAGGT--CAGGG--CTCCT-G----A-C-TTTGGTGAAA
gi|109055                     : CAGGG-CTTTT---GCC---TGCATATTTGG--GAATGAGAT-------------T-G----A-------A-AAAAAT----G----CCTT-------AT-T-----TCCTTC-A-A-------------A----T-TT-GA-AAA-A----TTAC--A-----TGA---CCC-AAGG-TTC------TTCAAC-ATA--CATA-ACA--ATA-TATGT
gi|109056                     : CAGGG-CTCTT---GCT---CGCACTTTTGG--GAATGAGGT--CAGGG--
gi|109057                     : CAGGG-TTATT---GCTGCTTGCATATTTGG--AAATGAC-T--CGA--------T-G----A-G-GTTGA-AAAAAA-AATG----CTTT-------ATAT-----T--TTT-T-A-------------AGAAAT-TT-GG-AAA-A----TTAG--A-----TGG------------TCT------TTCAAC-ATT--CATA-ACA--ATG-TATGT
gi|109058                     :  AGGG-TTCTT---GCT---CGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGG--CCCCT-G----A-C-TTTTG-G-AAAT-AA-G----CATT-------AT-G-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TA-AG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCT------ATCAAT-ATA--CAAA-ACA--ATA-TGTGT
gi|109059                     :  AGGG-CTCTT---GCT---TTCACTTTTCG--GAATGGGGT--CGGGT--TCCCT-G----G-C-TTTGG-GAAAAT-AT-G----CGTT-------A--------T--TTAGA-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TTC------TTCAAT-ACA--TGT--GTA--ATG-TAT
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gi|109061                     :  AGGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGG--GAATGAGTT--TGGAG--CCCTT-G----A-C-TTT-G-GAAAATATA-T----C-TT-------A--A-----T--TTA-A-A-------------AGGAAA-TG-GG-AAA-A----TCAC--A-----TAG---CCC-AGTG-TCC------TTCAAC-ATA--CATA-AGA--ATA-CA
gi|109062                     :  AGGG-CTCTT---TGT---TGCACATTTGG--GAATGAGTT--TGGAG--CCCTA-G----A-C-TTTGG-AAAAAA-TA-T----CTTT-------A--T-----T--TTA-A-A-------------AGAAAT-TG-AG-GAA-T----TTAC--A-----TGG---CCC-AGAG-ACC------TTCAAC-ATA--C
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gi|109064                     :   GGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGG--GAATGGGGT--C-----------------------------------A-G----CGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATG--CGTA-ACA--TTA-TATGT
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gi|109066                     :   GGG-ATTTT---GCT---TGCACTTTCAG--GAATGGGTT--CATTG--TTCCT-T----A-C-TTTGG-AAATTT-TA-G----TGTT-------AT-TTTTCAT--TTG-A-T-------------AGAAAT-TATGG-AAA-A----TAAT--A-----TGT---CCC-AGAT-TCC------T--AAT-ATAT-TATATACA--ATA-CA
gi|109067                     :     G-CTCTT---GCC---CGCACTTTTGG--GAATGGAG-----------CCAT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-AA-G----TGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-GAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGC-TCC------TTCAAT-ATA--CACA-TCA--GTA-TATGT
gi|109068                     :            ---GCT---TGCACTTTTGG--GAACAGGGT--CGGGG--CACAT-C----A-CTTTTTG-GAAAAT-TA-G----CAAT-------AT-C-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TT-GA-AAA-A----GTAC--------TAG---C-C-AAGTGTCA------TTCAAT-ATA--CGTA-AAA--ATA-TA
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Alignments
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lowQualScore                  :      .     ...   ....          ..         ....   ..     . .... . .     .      .. . ....    .......  . ..... ..  ...................     .  .  .   . ....    .. .....   ...   .    .   ......      .   ..    .   ..   .     
lowQualScore                  :      1     888   7777          44         0000   33     0 1111 0 0     0      99 1 2222    5555555  1 66666 55  7777777777777777777     0  0  0   0 1111    33 44444   888   0    0   999999      0   44    0   44   1     
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Reference ( family-525 )      : CAGGG-CTCTT---GCT---CGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGG--CCCCT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATA--CGTA-ACA--ATA-TATGT
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gi|109042                     : CAAGG-CTCTT---GCA---TATACATTCTG--GAATGGTAT--TGGAG--GCCCT-A----G-C-TTTGG-GCAAAT-TA-G----TGTT-------GT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TTC------TTCAAT-ATA--TGAA-ACA--GTA-TGTGT
gi|109043                     : CAGGG-CTGTT---GCT---TGCA-TGTGGG--GAATGGGGT--TGGAG--CCCTT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-AA-G----TGTA-------AT-T-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----GTAT--A-----TGG---CCC-ATGG-TCC------TTCAAC-ACA--TTGA-ACA--ATA-TATGT
gi|109044                     : CATGG-ACCTT---GCT---TGCATTTTTTG--GAATGGGGT--CAAGG--CCCCT-G----G-C-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CAAT-------AT-T-----T--TTA-A-C-------------A-AAAT-GG-GA-AAA-A----CAAC--A-----TGG---CTCAAAGA-TCC------TTTAAT-ACA--CATA-AC---ATT-TATGT
gi|109045                     : CAGAG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGG--G-----------------CCCAT-G----G-C-TTTTA-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AG-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-AAA-A----TAAC--A-----AAG---TAC-AGGT-TTC------TTCAAC-ATA--CGAA-ACA--ATA-TA
gi|109046                     : CAGGG-CCCTT---GCT---CTCACTTT-GG--GAATGGGGT---------------------------GG-GAAAAT-TA-G----CTTT-------AT-T-----T--TTT-A-A-------------AGAAAT-TA-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAA-AGGT-TCC------TTCAGT-ATA--GGTA-ACA--ATA-TA
gi|109047                     : CAGGG-CTCTT---GCC---CACACTTTTTG--GAATGGGGT--CGGGG----CCT-G----A-T----------AAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TG-AG-AAA-A------AA--A-----CAG---CAC-AGAT-TCC------TCCACT-GTA--TGTA-A-A--ATATTATGT
gi|109048                     : CAGGG-CTCTT---GCT---TGCACCTTTGG--CAA-----------------CCT-G----A-C-ATTGG-GAAAAT-AG-A----CATT-------AT-T-----T--TT--A-A-------------GGAAAA-TA-GG-AAA-A----TTAC--ATACCGTAG---CAC-AGAT-TCT------TTCAAT-ATA--TGT--ACA--AGA-TA
gi|109049                     : CAGGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGA--GAATGGGGCCACAAAG--CCCCTCG----ATT-TTTGA-AAAAAT-TA-A----TATT-------AT-T-----T--TT--T-A-------------AGAAAT-TA-AG-GAA-A----TTGC--A-----TTG----AC-------------------AT-ATA--C--A-ACATGATA-TATGT
gi|109050                     : CAGGG-CTCTT---TCT---TGCACTTTTGG--GAATTGGTT--TGAGG--TCCCT-G----A-CATTGGG-GAAAAT-AA-T----TGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A---------------AAATGTG-GA-GAA-A----TTAC--A-----
gi|109051                     : CAGGG-CACTTAATGCT---TGCATTTTTGA--GAACTTGTT--TAGAG--CTCCC-G----A-C-TTTT-----AAT-TA-GTTTGCATT-------AT-T-----T--TTT-TTA-------------AGAAAT-TG-CG-AAA-A----TAAC--A-----TGG---CCT-AGGG-TCC------TTCAAC-A-G--TGAA-ACA--ATA-
gi|109052                     : CAGAG-CTCTT---GCT---TTCAGGTTTGG--GACTGGTAT--C-GGG--TCTCT-G----A-T-TTTAG-GCTTAT-AA-A----CGCT-------AT-T-----TC-TTG-A-AACAG---------AAAAAT-TG-GC-AGA-A----TTACGAA-----TTGTTCCAT-TG---TCC-------TCAAC--TG--TGTA-ACA--ATATTATGT
gi|109053                     : CAGGA-CTCTT---GCT---TGCATATTTGA--GAATGAGGT-------------T-G----A------AA-AAAAAT-T--T----CATT-------TT-T-----T--TTT-A-A--------------GAAAC-TG-AG-AAA------TAAC--A-----TGG---CCA-AAGA-TCC------TTCAAC-ATA--CTTA-ACA--GTA-TATGT
gi|109054                     : CAGGG-TTCTT---GCT---CACACTTTTGG--GAATGAGGT--CAGGG--CTCCT-G----A-C-TTTGGTGAAA
gi|109055                     : CAGGG-CTTTT---GCC---TGCATATTTGG--GAATGAGAT-------------T-G----A-------A-AAAAAT----G----CCTT-------AT-T-----TCCTTC-A-A-------------A----T-TT-GA-AAA-A----TTAC--A-----TGA---CCC-AAGG-TTC------TTCAAC-ATA--CATA-ACA--ATA-TATGT
gi|109056                     : CAGGG-CTCTT---GCT---CGCACTTTTGG--GAATGAGGT--CAGGG--
gi|109057                     : CAGGG-TTATT---GCTGCTTGCATATTTGG--AAATGAC-T--CGA--------T-G----A-G-GTTGA-AAAAAA-AATG----CTTT-------ATAT-----T--TTT-T-A-------------AGAAAT-TT-GG-AAA-A----TTAG--A-----TGG------------TCT------TTCAAC-ATT--CATA-ACA--ATG-TATGT
gi|109058                     :  AGGG-TTCTT---GCT---CGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGG--CCCCT-G----A-C-TTTTG-G-AAAT-AA-G----CATT-------AT-G-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TA-AG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCT------ATCAAT-ATA--CAAA-ACA--ATA-TGTGT
gi|109059                     :  AGGG-CTCTT---GCT---TTCACTTTTCG--GAATGGGGT--CGGGT--TCCCT-G----G-C-TTTGG-GAAAAT-AT-G----CGTT-------A--------T--TTAGA-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TTC------TTCAAT-ACA--TGT--GTA--ATG-TAT
gi|109060                     :  AGGG-CTCTT---GCT---TTCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGT--TCCCT-G----G-C-TTTGG-GAAAAT-TT-G----CGTTG------A-----------TTAGA-A-------------AGAAAT-TT-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TTC------TTCAAT-ATA--TGT--GTA--ATG-TAT
gi|109061                     :  AGGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGG--GAATGAGTT--TGGAG--CCCTT-G----A-C-TTT-G-GAAAATATA-T----C-TT-------A--A-----T--TTA-A-A-------------AGGAAA-TG-GG-AAA-A----TCAC--A-----TAG---CCC-AGTG-TCC------TTCAAC-ATA--CATA-AGA--ATA-CA
gi|109062                     :  AGGG-CTCTT---TGT---TGCACATTTGG--GAATGAGTT--TGGAG--CCCTA-G----A-C-TTTGG-AAAAAA-TA-T----CTTT-------A--T-----T--TTA-A-A-------------AGAAAT-TG-AG-GAA-T----TTAC--A-----TGG---CCC-AGAG-ACC------TTCAAC-ATA--C
gi|109063                     :   GGG-CTCTT---GCT---CTCACTTTTGG--GAATAGGGT--C-GGG--CCCTT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-T
gi|109064                     :   GGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGG--GAATGGGGT--C-----------------------------------A-G----CGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATG--CGTA-ACA--TTA-TATGT
gi|109065                     :   GGG-TTTTT---GCT---TACACTTTTTTTTGAATGGGGT--CGGGA--------A----A-C-TTTGG-GAAAAG-TA-G----TGCT-------AT-G-----T--TT--A-A-------------AGAACA-TG-GG-AAA-A----TAAC--A-----TGA---C-C-AGAG-TCC------TTCAAT-ATA--CATA-ACA--AAA-
gi|109066                     :   GGG-ATTTT---GCT---TGCACTTTCAG--GAATGGGTT--CATTG--TTCCT-T----A-C-TTTGG-AAATTT-TA-G----TGTT-------AT-TTTTCAT--TTG-A-T-------------AGAAAT-TATGG-AAA-A----TAAT--A-----TGT---CCC-AGAT-TCC------T--AAT-ATAT-TATATACA--ATA-CA
gi|109067                     :     G-CTCTT---GCC---CGCACTTTTGG--GAATGGAG-----------CCAT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-AA-G----TGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-GAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGC-TCC------TTCAAT-ATA--CACA-TCA--GTA-TATGT
gi|109068                     :            ---GCT---TGCACTTTTGG--GAACAGGGT--CGGGG--CACAT-C----A-CTTTTTG-GAAAAT-TA-G----CAAT-------AT-C-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TT-GA-AAA-A----GTAC--------TAG---C-C-AAGTGTCA------TTCAAT-ATA--CGTA-AAA--ATA-TA
gi|109069                     :                                          T--CGGGA--CCCCT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--TT--A-A-------------AGAAAC-TG-TG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAA-AGAT-TTC------ATCAAT-ATA--TGT--GTA--ATG-TAT
gi|109070                     :                                                GG--CTCTT-GCTGCA-C-TTTGG-GGGA-T-TA-G----CATT-------TT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-AAA------TCAC--A-----TAG---CAT-AGGT-TCC------TTCTAT-ATG--TGTA-GCA--ATT-TATGT
gi|109071                     :                   caaGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGG
gi|109071                     :                                                                                                                                       aT-CG-GG-AAA-A----TGAC--A-----TAG---CGC-AGGT-TCC------TTCAAT-A-A--CCTA-ACA--AAA-CATGTaaaatgacatagcgcaggttccttcaataacctaacaaaacatgt
gi|109072                     :                                                                                                                     agcacttttgggaatggggT-TG-GG-AAATAGGTTTTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-ACC------TTAAAT-ATA--AGTA-ACG--ATA-TATGT
gi|109073                     :                                                                                                                                                 AA-A----TAAC--A-----TAG---CAC-AGGC-TCC------TTCAATCATA--CATA-ACA--GTA-TATGT


blockSeqs                     :      A     AAT   GCTT          TT         CACA   GC     C CTGC T A     T      AT T TTTG    TATGCTT  A TTTCA CC  AGAAATTTTATTTTTTA       G  T  A     GGTT    GA TACCG   TTC   A    G   AATATA      C   TG    T   TG   T
blockSeqs                     :      .     .     C             .          CA     A      . .    . T     .      T  . .       G        . .     C   GAAACAGA                .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   T     .   .    T
blockSeqs                     :      .     .     T             .          CG     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   TTTAA                   .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          CA     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   AGAAA                   .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     C             .          CA     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   AGAAA                   .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     C             .          CG     .      . .    . .     .      A  . .       .        . .     .   AAAA                    .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     A             .          TA     .      . .    . .     .      A  . .       .        . .     .   AACA                    .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     C             .          TG     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   TAAA                    .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     C             .          CG     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   CAAA                    .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          TG     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   TTAA                    .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          TG     .      . .    . .     .      A  . .       .        . .     .   AAAA                    .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     C             .          TG     .      . .    . .     .      A  . .       .        . .     .   AAAA                    .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          CA     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   GATA                    .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          CG     .      . .    . .     .      A  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          TG     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          TA     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     C             .          CA     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   TAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     C             .          CA     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          CG     .      . .    . .     .      A  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          CG     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          CG     .      . .    . .     .      A  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          CG     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          TG     .      . .    . .     .      A  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          TG     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     C             .          CG     .      . .    . .     .      A  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          CA     .      . .    . .     .      A  . .       .        . .     .   AAG                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     C             .          CG     .      . .    . .     .      A  . .       .        . .     .   TAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     C             .          CG     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          CG     .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   TAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          C      .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          C      .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          C      .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     C             .          C      .      . .    . .     .      A  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          C      .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          .      .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     T             .          .      .      . .    . .     .      T  . .       .        . .     .   AAA                     .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :      .     .     C             .          .      .      . .    . .     .      .  . .       .        . .     .   AA                      .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :            .     T             .          .      .      . .    . .     .      .                                                         .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .     .   .    .
blockSeqs                     :                                .          .      .      . .    . .     .                                                                .  .  .     .       .  .       .     .    .   .           .   .               
blockSeqs                     :                                           .      .                                                                                                  .       .  .                                                      


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CAGGG-CTCTT---GCT---CGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGG--CCCCT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATA--CGTA-ACA--ATA-TATGT
finalCons                     : CAGGG-CTCTT---GCT---CGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGG--CCCCT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATA--CGTA-ACA--ATA-TATGT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                 1111111111111111111                                                                                        
lowQualScore                  :      1     111   2222          11         4444   22     1 2222 1 2     1      11 1 2222    4444444  1 22222 22  5555555555555555555     1  1  1   1 2222    11 22222   111   1    1   222222      1   22    1   11   2     
lowQualScore                  :      .     ...   ....          ..         ....   ..     . .... . .     .      .. . ....    .......  . ..... ..  ...................     .  .  .   . ....    .. .....   ...   .    .   ......      .   ..    .   ..   .     
lowQualScore                  :      1     888   7777          44         0000   33     0 1111 0 0     0      99 1 2222    5555555  1 66666 55  7777777777777777777     0  0  0   0 1111    33 44444   888   0    0   999999      0   44    0   44   1     
consensus                     : CAGGG-CTCTT---GCT---CGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGG--CCCCT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATA--CGTA-ACA--ATA-TATGT
Reference ( family-525 )      : CAGGG-CTCTT---GCT---CGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGG--CCCCT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATA--CGTA-ACA--ATA-TATGT
gi|109030                     : CAAGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGA--CTTGT-G----A-A-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CATT-------AT-T-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAT-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATA--TGTA-ATA--ATA-AATGT
gi|109031                     : CAGGG-CTTTT---GCT---CGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CAGGG--CCTCT-G----A-C-TTTTG-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--GT--A-A-------------ACAAAT-TG-GA-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-ACT------TTCAAT-ATA--CGTC-ACA--AAA-TGTGT
gi|109032                     : CGGGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGGA-CCCTT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A-------------AAAAAT-TG-GT-AAA-A----TTAC--A-----TGG---CAC-ACGT-TCC------TTCAAT-ATA--CATA-GCA--AAA-TATGT
gi|109033                     : CAGGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CAGGA--CCCCT-G----G-C-TCTGG-GAAAAT-TA-G----CATT-------AT-T-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TAAC--A-----C-----CAC-A--T-TTC------TTCAGT-ATA--TGAA-ACA--ATA-TATGT
gi|109034                     : CAGGG-TT-TT---GCT---CACTCTTTTAG--GAATAAGAT--CAGGG--CCCCT-G----A-C-TTGGG-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--T---A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TTGC--A-----TAT---CAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATA--TATA-ACA--ATA-TATGT
gi|109035                     : CAGGA-CTCTT---GCT---CGCACTCTTGG--GAATGGGGT--C-GGG--CCCCT-G----A-C-TTTGG-G--AAT-AA-G----CGTT-------AT-T-----T--TT--T-A-------------AGAAAT-TG-GA-AAA-A----TTAA--A-----AAG---CAC-A-GT-TCC------TTCAAT-ATA--CGTA-ACA--ATA-TATGT
gi|109036                     : CAGGG-CTCTT---GTT---AGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGA--CCCCT-G----A-C-ATTGG-GAAAAT-AA-G----TGCT-------AT-T-----T--TC--A-A-------------AGATAT-TA-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCC------TTTCAT-ATA--TGTA-ACA--ATA-TAT
gi|109037                     : CAGGGACTTTT---GCT---CACACTTTTGG--GAATGCGAT--TAGGG--CCCCT-G----A-C-TTTGG--AAAAT-TA-G----CATTTATGCTTAT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-AAA-A----ATAC--A-----TAA---CAC-AGGT-TCC------TTCAGT-ATA--TTTA-ACA--ATA-TATGT
gi|109038                     : CAAGG-CTCTT---GAC---CGCAGTTATGG--GGATGGG-T--TGGGG--CTCCT-G----A-C-TTTGG-GAATAT-TA-T----CATT-------AT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCT------TTCAAT-ATATGCGTA-ACA--ATG-TATGT
gi|109039                     : CAGGG-CTCTT---GCT---TACACTTCTGG--GAATTGGGT--CGGGA--CCCTT-G----G-C-TTCGG-GATAAT-TA-G----CGCT-------------------------A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAA--A-----TAG---CAC-GGGT-TTCAATATATGTAAT-ATA--CGTT-ACA--ATA-TATGT
gi|109040                     : CAGGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGA--GAATGGGGT--C-GGG--CCCCT-A----T-C-TTTGG-GAAAAT-AA-G----CACT-------AT-T-----T--TTA-G-AAATTTTATTTTTTAGAATT-TG-GGAAAA-A----TTGC--A-----CAG---CAC-AGGT-TTC------TTCAAT-ATA--CAAA-ACA--ATA-CGTGT
gi|109041                     : CGGGG-CTCTT---GCT---CACACTT--GG--GAATGGGGT--TGGGGGCCCCCC-G----A-C-TTTGA-GGAAAT-AA-T----CATT-------AT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAC-TT-CA-AAA-A----TTAT--A-----TAG---CAC-AGGC-TCC------TTCAAT-ATA--CATA-ACG--GTA-TATGT
gi|109042                     : CAAGG-CTCTT---GCA---TATACATTCTG--GAATGGTAT--TGGAG--GCCCT-A----G-C-TTTGG-GCAAAT-TA-G----TGTT-------GT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TTC------TTCAAT-ATA--TGAA-ACA--GTA-TGTGT
gi|109043                     : CAGGG-CTGTT---GCT---TGCA-TGTGGG--GAATGGGGT--TGGAG--CCCTT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-AA-G----TGTA-------AT-T-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----GTAT--A-----TGG---CCC-ATGG-TCC------TTCAAC-ACA--TTGA-ACA--ATA-TATGT
gi|109044                     : CATGG-ACCTT---GCT---TGCATTTTTTG--GAATGGGGT--CAAGG--CCCCT-G----G-C-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CAAT-------AT-T-----T--TTA-A-C-------------A-AAAT-GG-GA-AAA-A----CAAC--A-----TGG---CTCAAAGA-TCC------TTTAAT-ACA--CATA-AC---ATT-TATGT
gi|109045                     : CAGAG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGG--G-----------------CCCAT-G----G-C-TTTTA-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AG-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-AAA-A----TAAC--A-----AAG---TAC-AGGT-TTC------TTCAAC-ATA--CGAA-ACA--ATA-TA
gi|109046                     : CAGGG-CCCTT---GCT---CTCACTTT-GG--GAATGGGGT---------------------------GG-GAAAAT-TA-G----CTTT-------AT-T-----T--TTT-A-A-------------AGAAAT-TA-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAA-AGGT-TCC------TTCAGT-ATA--GGTA-ACA--ATA-TA
gi|109047                     : CAGGG-CTCTT---GCC---CACACTTTTTG--GAATGGGGT--CGGGG----CCT-G----A-T----------AAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TG-AG-AAA-A------AA--A-----CAG---CAC-AGAT-TCC------TCCACT-GTA--TGTA-A-A--ATATTATGT
gi|109048                     : CAGGG-CTCTT---GCT---TGCACCTTTGG--CAA-----------------CCT-G----A-C-ATTGG-GAAAAT-AG-A----CATT-------AT-T-----T--TT--A-A-------------GGAAAA-TA-GG-AAA-A----TTAC--ATACCGTAG---CAC-AGAT-TCT------TTCAAT-ATA--TGT--ACA--AGA-TA
gi|109049                     : CAGGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGA--GAATGGGGCCACAAAG--CCCCTCG----ATT-TTTGA-AAAAAT-TA-A----TATT-------AT-T-----T--TT--T-A-------------AGAAAT-TA-AG-GAA-A----TTGC--A-----TTG----AC-------------------AT-ATA--C--A-ACATGATA-TATGT
gi|109050                     : CAGGG-CTCTT---TCT---TGCACTTTTGG--GAATTGGTT--TGAGG--TCCCT-G----A-CATTGGG-GAAAAT-AA-T----TGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A---------------AAATGTG-GA-GAA-A----TTAC--A-----
gi|109051                     : CAGGG-CACTTAATGCT---TGCATTTTTGA--GAACTTGTT--TAGAG--CTCCC-G----A-C-TTTT-----AAT-TA-GTTTGCATT-------AT-T-----T--TTT-TTA-------------AGAAAT-TG-CG-AAA-A----TAAC--A-----TGG---CCT-AGGG-TCC------TTCAAC-A-G--TGAA-ACA--ATA-
gi|109052                     : CAGAG-CTCTT---GCT---TTCAGGTTTGG--GACTGGTAT--C-GGG--TCTCT-G----A-T-TTTAG-GCTTAT-AA-A----CGCT-------AT-T-----TC-TTG-A-AACAG---------AAAAAT-TG-GC-AGA-A----TTACGAA-----TTGTTCCAT-TG---TCC-------TCAAC--TG--TGTA-ACA--ATATTATGT
gi|109053                     : CAGGA-CTCTT---GCT---TGCATATTTGA--GAATGAGGT-------------T-G----A------AA-AAAAAT-T--T----CATT-------TT-T-----T--TTT-A-A--------------GAAAC-TG-AG-AAA------TAAC--A-----TGG---CCA-AAGA-TCC------TTCAAC-ATA--CTTA-ACA--GTA-TATGT
gi|109054                     : CAGGG-TTCTT---GCT---CACACTTTTGG--GAATGAGGT--CAGGG--CTCCT-G----A-C-TTTGGTGAAA
gi|109055                     : CAGGG-CTTTT---GCC---TGCATATTTGG--GAATGAGAT-------------T-G----A-------A-AAAAAT----G----CCTT-------AT-T-----TCCTTC-A-A-------------A----T-TT-GA-AAA-A----TTAC--A-----TGA---CCC-AAGG-TTC------TTCAAC-ATA--CATA-ACA--ATA-TATGT
gi|109056                     : CAGGG-CTCTT---GCT---CGCACTTTTGG--GAATGAGGT--CAGGG--
gi|109057                     : CAGGG-TTATT---GCTGCTTGCATATTTGG--AAATGAC-T--CGA--------T-G----A-G-GTTGA-AAAAAA-AATG----CTTT-------ATAT-----T--TTT-T-A-------------AGAAAT-TT-GG-AAA-A----TTAG--A-----TGG------------TCT------TTCAAC-ATT--CATA-ACA--ATG-TATGT
gi|109058                     :  AGGG-TTCTT---GCT---CGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGG--CCCCT-G----A-C-TTTTG-G-AAAT-AA-G----CATT-------AT-G-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TA-AG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCT------ATCAAT-ATA--CAAA-ACA--ATA-TGTGT
gi|109059                     :  AGGG-CTCTT---GCT---TTCACTTTTCG--GAATGGGGT--CGGGT--TCCCT-G----G-C-TTTGG-GAAAAT-AT-G----CGTT-------A--------T--TTAGA-A-------------AGAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TTC------TTCAAT-ACA--TGT--GTA--ATG-TAT
gi|109060                     :  AGGG-CTCTT---GCT---TTCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGGT--TCCCT-G----G-C-TTTGG-GAAAAT-TT-G----CGTTG------A-----------TTAGA-A-------------AGAAAT-TT-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TTC------TTCAAT-ATA--TGT--GTA--ATG-TAT
gi|109061                     :  AGGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGG--GAATGAGTT--TGGAG--CCCTT-G----A-C-TTT-G-GAAAATATA-T----C-TT-------A--A-----T--TTA-A-A-------------AGGAAA-TG-GG-AAA-A----TCAC--A-----TAG---CCC-AGTG-TCC------TTCAAC-ATA--CATA-AGA--ATA-CA
gi|109062                     :  AGGG-CTCTT---TGT---TGCACATTTGG--GAATGAGTT--TGGAG--CCCTA-G----A-C-TTTGG-AAAAAA-TA-T----CTTT-------A--T-----T--TTA-A-A-------------AGAAAT-TG-AG-GAA-T----TTAC--A-----TGG---CCC-AGAG-ACC------TTCAAC-ATA--C
gi|109063                     :   GGG-CTCTT---GCT---CTCACTTTTGG--GAATAGGGT--C-GGG--CCCTT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-T
gi|109064                     :   GGG-CTCTT---GCT---TGCACTTTTGG--GAATGGGGT--C-----------------------------------A-G----CGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-TCC------TTCAAT-ATG--CGTA-ACA--TTA-TATGT
gi|109065                     :   GGG-TTTTT---GCT---TACACTTTTTTTTGAATGGGGT--CGGGA--------A----A-C-TTTGG-GAAAAG-TA-G----TGCT-------AT-G-----T--TT--A-A-------------AGAACA-TG-GG-AAA-A----TAAC--A-----TGA---C-C-AGAG-TCC------TTCAAT-ATA--CATA-ACA--AAA-
gi|109066                     :   GGG-ATTTT---GCT---TGCACTTTCAG--GAATGGGTT--CATTG--TTCCT-T----A-C-TTTGG-AAATTT-TA-G----TGTT-------AT-TTTTCAT--TTG-A-T-------------AGAAAT-TATGG-AAA-A----TAAT--A-----TGT---CCC-AGAT-TCC------T--AAT-ATAT-TATATACA--ATA-CA
gi|109067                     :     G-CTCTT---GCC---CGCACTTTTGG--GAATGGAG-----------CCAT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-AA-G----TGTT-------AT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-GAA-A----TTAC--A-----TAG---CAC-AGGC-TCC------TTCAAT-ATA--CACA-TCA--GTA-TATGT
gi|109068                     :            ---GCT---TGCACTTTTGG--GAACAGGGT--CGGGG--CACAT-C----A-CTTTTTG-GAAAAT-TA-G----CAAT-------AT-C-----T--TT--A-A-------------AGAAAT-TT-GA-AAA-A----GTAC--------TAG---C-C-AAGTGTCA------TTCAAT-ATA--CGTA-AAA--ATA-TA
gi|109069                     :                                          T--CGGGA--CCCCT-G----A-C-TTTGG-GAAAAT-TA-G----CGTT-------AT-T-----T--TT--A-A-------------AGAAAC-TG-TG-AAA-A----TTAC--A-----TAG---CAA-AGAT-TTC------ATCAAT-ATA--TGT--GTA--ATG-TAT
gi|109070                     :                                                GG--CTCTT-GCTGCA-C-TTTGG-GGGA-T-TA-G----CATT-------TT-T-----T--TTA-A-A--------------GAAAT-TG-GG-AAA------TCAC--A-----TAG---CAT-AGGT-TCC------TTCTAT-ATG--TGTA-GCA--ATT-TATGT
gi|109071                     :                   caaGCACTTTTGG--GAATGGGGT--CGGG
gi|109071                     :                                                                                                                                       aT-CG-GG-AAA-A----TGAC--A-----TAG---CGC-AGGT-TCC------TTCAAT-A-A--CCTA-ACA--AAA-CATGTaaaatgacatagcgcaggttccttcaataacctaacaaaacatgt
gi|109072                     :                                                                                                                     agcacttttgggaatggggT-TG-GG-AAATAGGTTTTAC--A-----TAG---CAC-AGGT-ACC------TTAAAT-ATA--AGTA-ACG--ATA-TATGT
gi|109073                     :                                                                                                                                                 AA-A----TAAC--A-----TAG---CAC-AGGC-TCC------TTCAATCATA--CATA-ACA--GTA-TATGT