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lowQualScore                  :        ...             .....    ..          .      .     .... ....  ..        ...  .....   .............   . .  ....................................................................... ..... ... ....... ....... .   . .............   .   ..             .  ........ ... ..  ...   ..........     ... . .....    ..  .  .                                      .         ..   ..         .   .. .       ....    .                                .                                 .       
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Reference ( gi|144540 )       : AATGTTA---GTGTACAGGCAGC-----ATTT--AGTTTAAACACTATTTTGTTCAC----A---GTAA-ACATGGTA---GT-----CAT-------------ACA-T-TC-------------A-----------AT-------------T------------A------C----------A-----A---G-------T-------G-AAA-A--A----------GAT-CCA-TAAGAAAGCTATAA-TA-----AT-T---T--AT---TAT----------CCGTT---T-TTT---ACTT--AT-AA-AGTACAAGCAACATTTCTGCTACAGACATAATATTTATCAAACTTTAAT-AGT--GATGAATAT-TGTC-A-TTTTTTT----GTCAAAACACAAACACAAGTATTGGTTTGTCTAATTTGAATACACACTGTGACAGGAAATGTTACTTTCTCAGAACATA
gi|144541                     : AATGTTA---GTTTACAGGCAGT-----ATTT--AGTTTAAACACTATTTTGTTCAC----A---GTAA-ACTTGGTA---GT-----CAT-------------ACA-T-TC-------------A-----------AT-------------T------------A------C----------A-----A---G-------T-------G-AAA-A--A----------GAT-TCA-TAAGAATGCTATAC-TA-----TC-T---T--AT---TAT----------CCGTT---T-TCT---ACTT--AT-AA-AGTACAAGCAACATTTCTGCTACAGACATAATATTTATTAAACTTTAAT-AGT--GATGAATAT-TGTC-A-TTTTTTT----GTCAAAACACAATGACAAGTATTGGTTTGTCTAATTTTAATACACACTGTGACAGGAAATGTTACTTTCTCGGAACATA
gi|144542                     : AATGTTA---GTGTACAGGCAGC-----ATTA--AGTTTAAACACTATTTTGTTCAC----A---GTAA-ACATGGTA---GT-----CAT-------------ACA-T-TC-------------A-----------AT-------------T------------A------C----------A-----A---G-------T-------G-AAA-A--A----------GAT-CAA-TAAGAAAGCTATAC-TA-----TC-T---T--AT---TAT----------CCGTT---T-TCT---ACTT--AT-AA-AGTACAAGCAACATTTCTGCTACAGACATAATATCTATCAAACTTTAAT-AGT--TTTGAATAT-TGTC-ATTTTTTTT----GTCAAAACACAAACACAAATATTGGTTTGTCTAATTTGAATACACACTGTGACAGAAAATGTGACTTTTTCGGAACA
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gi|144552                     :            TGTA---GCACC-----ACTA--AGTTTAAACAATATTTTATTCAC----A---ATAA-ACATGGTA---GT-----CAT-------------ACA-T-TCAGTATATACATTTA-----------AT-------------T------------A------C----------A-----A---G-------T-------G-AAA-A--G----------GAT-CAA-GAAGAAAGCTATAA-TA-----GC-T---T--A----TAT----------GTGTC---TGTTT---CCTT--GT-AACAGTA
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gi|144563                     :                              TTT--AGTTTAAGCAATATTTTATTCAT----A---ATAC-ACATGATA---GT-----CAT-------------AGA-T-TC-------------A-----------ATA------------T------------A------C----------A-----gttagataatactattaaattgttagatagtgacaacatgtttt
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gi|144574                     :                                T--AGTTTAAACAATAA---GTTCAC----A---ATAT-ACATGGTA---GC-----CAT-------------ACA-G-TT-------------A-----------ATA------------T------------A------C----------ATTC--A---G-------T-------A-ACA-AGTG----------GAT-TCA-GAAGAAATGTATTA-TA-----GC-T---TAAATG--TAT----------CTATT---T-CTT---A-TC--AT-AA-
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gi|144576                     :                                    GTTTAAACA-TCTTTCATTCCC----A---ATGA-ACGTAGTA---GT-----TAT-------------ACA-T-TCAATATACACATTAA-----------AT-------------T------------A------C----------A-----A---G-------T-------G-CAA-A--G----------GAC-CAA-TAAGAAAGCTGTAA-TACCTGCAT-TAAGT--AC---TAT----------TTGTT---T-
gi|144577                     :                                     TTTCAACAAGGTTTTATTCAC----A---ATAT-ACATGGTA---GT-----CAT-------------ACA-T-TC-------------A-----------ATAAACA--------TATTAAGCA----A------C----------A-----A---G-------C-------G-GAA-G--G----------GGT-TCA-GAAGAAAGCTATGA-TA-----GC-T---T--AA---TAT----------atct
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gi|144579                     :                                         AACACTGGTATATTCAT----A---ATAA-ACATAGCA---AT-----CGT-------------ACA-T-TC-------------A-----------ATA------------T------------A------CACATT-----A-----A---GTAACAACT-------G-AAA-A--G----------GAT-TCG-GAAGAAAGCTATAA-TA-----GC-T---T--ATATGCAC----------CTATT---T-CCC---ACTT--ccca
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Reference ( family-524 )      :                                                     AATGTTA---GTGTACAGGCAGC-----ATTT--AGTTTAAACANTATTTTA-TTCACAA----T-ANAC---ATGGTA---GT----CATACA-T-TCA---AT----A------------T------------A------------C----------A-------------A-----------GT-------GA-------AAA--G--GATCCA-GAAGAAA--GCTATAA-TAG-CT--------T--AT---T-A-----T----------CCGTTT-TCT-ACTT--AT-AA-AGT------ACAAGCAACATTTCTGCTACAGACATAATATTTATTAAACTTTAAT-AGT--GATGAATAT-TGTC-A-TTTTTTT----GTCAAAACACAAACACAAGTATTGGTTTGTCTAATTTGAATACACACTGTGACAGGAAATGTTACTTTCTCGGAACATA
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Reference ( family-524 )      :                                                     AATGTTA---GTGTACAGGCAGC-----ATTT--AGTTTAAACANTATTTTA-TTCACAA----T-ANAC---ATGGTA---GT----CATACA-T-TCA---AT----A------------T------------A------------C----------A-------------A-----------GT-------GA-------AAA--G--GATCCA-GAAGAAA--GCTATAA-TAG-CT--------T--AT---T-A-----T----------CCGTTT-TCT-ACTT--AT-AA-AGT------ACAAGCAACATTTCTGCTACAGACATAATATTTATTAAACTTTAAT-AGT--GATGAATAT-TGTC-A-TTTTTTT----GTCAAAACACAAACACAAGTATTGGTTTGTCTAATTTGAATACACACTGTGACAGGAAATGTTACTTTCTCGGAACATA
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blockSeqs                     :                                                            .               .        .           C               .      A  .        .    .         . .   .    ATAAACATTAAAAAATA                                                    .            .        .         A          T       .        .  T   .        .   ATG . .     .               .   .    .   .  .   .                                                  A    .          .    . .       .       .
blockSeqs                     :                                                            .               .        .           C               .      A  .        .    .         . .   .    ATACACATTAAATTACA                                                    .            .        .         A          T       .        .  T   .        .   A   . .     .               .   .    .   .  .   .                                                  T    .          .    . .       .       .
blockSeqs                     :                                                            .               .        .           C               .      A  .        .    .         . .   .    AAACATATTAAGCAACA                                                    .            .        .         A          T       .        .  T   .        .   A   . .     .               .   .    .   .  .   .                                                  T    .          .    . .       .       .
blockSeqs                     :                                                            .               .        .           C               .      A  .        .    .         . .   .    ATACATATATTACAA                                                      .            .        .         A          G       .        .  G   .        .   A   . .     .               .   .    .   .  .   .                                                  .    .          .                       
blockSeqs                     :                                                                            .        .           A               .      A  .        .    .         . .   .    ATACATAGTATTGAA                                                      .            .        .         G          A       .        .  G   .        .   G   . .     .               .   .    .   .  .   .                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                            .        .           A               .      T  .        .    .         . .   .    ATACACATTTCAAA                                                       .            .        .         G          A       .        .  G   .        .   .   . .     .               .   .    .   .  .   .                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                            .        .           A               .      T  .        .    .         . .   .    AAACATATTAGGCA                                                       .            .        .         G          A       .        .  G   .        .   .   . .     .               .   .    .   .  .   .                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                            .        .           A               .      A  .        .    .         . .   .    ATAAACATTTCA                                                         .            .        .         G          G       .        .  G   .        .   .   . .     .               .   .    .   .  .   .                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                            .        .           A               .      A  .        .    .         . .   .    ATTAAGTAACA                                                          .            .        .         G          A       .        .  G   .        .   .   . .     .               .   .    .   .  .                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                     .           T               .      T  .        .    .         . .   .    ATACCCACCA                                                           .            .        .         G          G       .        .  G   .        .   .   . .     .               .   .    .   .  .                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                     .           C               .      T  .        .    .         . .   .    AAACATATTA                                                           .            .        .         G          G       .        .  A   .        .   .   . .     .               .   .    .   .                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                     .           A               .      T  .        .    .         . .   .    ATACATATTG                                                           .            .        .         G          G       .        .  G   .        .   .   . .     .               .   .    .   .                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                     .           C               .      T  .        .    .         . .   .    ATACACATTA                                                           .            .        .         T          G       .        .  G   .        .   .   . .     .               .   .    .                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                     .           A               .      T  .        .    .         . .   .    ATACATTC                                                             .            .        .         G          G       .        .  A   .        .   .   . .     .               .   .    .                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                     .           A               .      T  .        .    .         . .   .    ATACA                                                                .            .        .         G          G       .        .  G   .        .   .   . .     .               .   .                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                     .           A               .      C  .        .    .         . .   .    ATACA                                                                .            .        .         A          G       .        .  T   .        .   .   . .     .               .   .                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                     .           A               .      T  .        .    .         . .   .    ATACA                                                                .            .        .         G          G       .        .  G   .        .   .   . .     .               .   .                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                     .           A               .      T  .        .    .         . .   .    ATACA                                                                .            .        .         T          G       .        .  G   .        .   .   . .     .               .   .                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                     .           A               .      A  .        .    .         . .   .    GTACA                                                                .            .        .         G          A       .        .  G   .        .   .   . .     .               .   .                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                     .           T               .      T  .        .    .         . .   .    TACA                                                                 .            .        .         C          G       .        .  C   .        .   .   . .     .               .                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                     .           A               .      A  .        .    .         . .   .    TACA                                                                 .            .        .         G          G       .        .  G   .        .   .   . .     .               .                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                     .           A               .      T  .        .    .         . .   .    TACA                                                                 .            .        .         G          G       .        .  G   .        .   .   . .     .                                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                     .           C               .      T  .        .    .         . .   .    TACA                                                                 .            .        .         T          T       .        .  G   .        .   .   . .     .                                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                     .           A               .      T  .        .    .         . .   .    TACA                                                                 .            .        .         G          G       .        .  A   .        .   .   . .                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                     .           A               .      T  .        .    .         . .   .    AACA                                                                 .            .        .         T          G       .        .  G   .        .   .                                                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                     .           A               .      T  .        .    .         . .   .    TACA                                                                 .            .        .         C          G       .        .  .   .        .   .                                                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                     .           A               .      T  .        .    .         . .   .    TACA                                                                 .            .        .         .          G       .        .                                                                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                     .           C               .      A  .        .    .         . .   .    TACA                                                                                                                    .                                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                 A               .      T  .        .    .         . .   .    TACA                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                 T               .      T  .        .    .         . .   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                 C               .      A  .        .    .         . .   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                 C               .      T  .                       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                                 .               .      .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  


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