lowQualScore : 1 1111111 1
lowQualScore : 111 0 0 0 0 3333333333 22222 0 111 8888888 55555 666 111 111 1
lowQualScore : ... . . . . .......... ..... . ... ....... ..... ... ... ... .
lowQualScore : 555 9 6 9 9 7777777777 11111 9 555 3333333 22222 000 555 555 4
consensus : TTAA---TGGT-CAAAGGGAA-A-TA----------ACT-----CTTGTTC-AGT---T--AAA--AA----TGTT---ACT---TATA---GTCATTAAT
Reference ( gi|41257 ) : TTAA---TGGT-CAAATGGAA-A-TA----------ACT-----CTTGTTC-AGT---T--AGA--AA----TGTT---ACT---TATA---GTCAATAAT
gi|41262 : TTAA---TCGT-CAAAGGGAA-A-TA----------ACT-----GTTGTTC-AAT---T--A-A--AA----TGTT---ACT---TATA---GTCAATAAT
gi|41258 : TTAA---TGAT-CGACGGGAA-A-TA----------ACT-----CTTGTTC-AGT---T--AGA--AA----TATT---ACT---TATA---GTTATTAAT
gi|41266 : TTAA---TGGT-CAAATGGAA-A-TT----------ACT-----CTTGTTT-AGT---T--AGA--AA----TTTT---ACT---TATA---
gi|41260 : TTAA---TGGT-CAAAGGTAA-A-TA----------ACT-----CGTGTTC-AGT---T--AAA--AA----TGTT---ACT---TTTA---GTCA
gi|41261 : TTTA---TGGT-CAAAGGGAA-A-TA----------GCT-----CTAGTTC-AGT---T--AGA--AA----TGTT---ACT---TTTA---GTCAtttat
gi|41259 : TTAA---AGGT-CAAAGGGAA-A-TA----------ATT-----CTTGTTC-AGC---A--AAA--AA----TGTT---ACT---TATA---GTCATTAAtttat
gi|41263 : TTAA---TGGT-AAAAGGGAA-A-TA----------ACT-----CTTCTTC-AGT---T--AAAT-AA----TGTT---ACT---TACA---GTCA
gi|41267 : TTAA---CGGT-CAAATGGAA-A-TA----------ACT-----CTTGTTC-AGT---T--GAAT-AC----TGTT---GCG---TATA---GTTATTAATtttat
gi|41264 : TTAA---TGGC-CAAAGGGAA-A-TA----------ACC-----CGTGTTC-ATT---T--AAA--AA----TGAT---ACT---TGTA---GTCATTAAT
gi|41279 : TTAA---CGGT-CAAATGGAA-A-TA----------ACT-----CGAGTTC-AAT---T--AAATTAC----TGTT---ACT---TATA---GTT-ATAAT
gi|41269 : TTAA---CGGT-CAAATGGAA-A-TA----------ACT-----CTTGTTC-AGT---T---GATTTA----TGTT---TCG---TATA---GTTATTAA
gi|41265 : TTAA---CGGT-CGACGGAAA-A-TA----------ACT-----CTTGTTC-AGT---T--AGA--AC----TGTT---ACT---CAAA---GTGATTAAT
gi|41273 : TTAA---TGGT-CAAATGGAA-A-TA----------AAG-----CGTTTTC-ATG---T--AGA--AA----TGAT---ACT---TATA---ATCATTAAT
gi|41288 : TTAA---TGGT-CAAATGCCA-A-AA----------ACT-----CCTGTTC-AAA---T--AAA--AA----TGTT---ACT---TATA---
gi|41281 : TTAT---TGGT-CAAATGGAA-A-TA----------ACT-----CCAGTTC-AGT---T--GAATTAG----TGTT---ATG---TATA---TTCATTAAT
gi|41268 : TTAA---TGGT-CAAAGAGAA-A-TA----------ACT-----CGTGTTT-AGC---T--AAA--AG----TGAT---GCG---TATA---TTCATTAAT
gi|41271 : TTTA---CGGT-CAAAGGGAA-A-TA----------ACT-----ATTGTTC-AGT---T---GA--AT----TGTTGTGACT---GATA---GTC-ATAA
gi|41287 : TTAA---TGGC-CTAATGATA-A-TA----------ACG-----CTTGTT--GGT---T--AAA--AAA---TGTT---ACT---TATA---GTCATTAGTat
gi|41270 : TTAACACTGGT-CAAAGGGAA-A-CA----------ACT-----CTTGTTC-AGT---T--GAATTAT----TGTT---ACT---TTTA---GGCATTGAT
gi|41284 : TTAA---CGGT-CAAA-GGGA-A-TA----------ACT-----CGAGTTC-AGT---T--AAATTAC----TGTA---ACT---TATA---GTT-ATAAT
gi|41280 : TTAA---TATT-TAAAGAGAA-A-TA----------ACT-----CTTGTTC-AGT---T--GAATTAT----TGTT---ACG---TATA---GTT-ATAA
gi|41272 : TTTA---TGGT-TAAAGGGAA-G-TA----------ACT-----CTTGTTCAAAT---A--AAA--AA----CTTT---ACT---TATA---ATCGTTAATat
gi|41294 : TTAA---TGGG-CAAAGGGAA-A-CA----------ACT-----TTAGCTC-AGT---T---GA--AA----TATTATGACT---TATA---G
gi|41275 : TTAA---TGGT-AGAAGGGAA-A-AA----------AAC-----GTTGTTC-AGT---T--AAAT-GA----TGTT---ACT---TACA---GTCATTA
gi|41274 : TTAA---CGGT-CAAAGGGAA-A-TA----------ACT-----CCAGTTT-AGT---T--GAATTAT----TGTT---ACG---TATA---ATTATTAAT
gi|41285 : TTAA---AGGC-CAAAGGAAA-A-TA----------ACT-----GTTTTCC-AGT---TA-AAA--AA----TGTT---ACT---GATA---GT
gi|41276 : TTAA---TGGT-CAAAGGAAA-A-TT----------ACT-----CTTGTGC-AAT---T--GAATTAG----TATT---ACA---TATA---GTTATTAAT
gi|41282 : TTAA---TGGT-CAATGGGAA-A-TA----------AC--------TGTTC-AGT---T---GA--AT----TGTTGTGACT---GATA---GTC-ATAA
gi|41277 : TTAA---TGGT-CAAAGGGAA-A-TA----------AAT-----ATAGTTT-AGT---T---GA--AT----TGTT---ACG---CGTA---GTTATTAATat
gi|41283 : TTAA---TGGT-CAAAGGGAA-A-TA----------ACT-----TTTGTAC-A-----T--ATG--AATTATTGTT---ACG---TATA---GTT-ATAA
gi|41278 : TTTA---TAGT-CAAAGGGAA-A-CA----------ACT-----CCAGTTC-AAA---T--GGATAAG----TGTT---ACT---TAGA---GTCATTAATat
gi|41293 : TTAA---AGGT-AAAAGGCAA-A-TA----------ACT-----CAAGTTC-AGT---TA-AAA--AA----TGTA---AGT---TATA---GTC
gi|41289 : TTAA---TGGT-CAAAGAGAA-A-TA----------CTT-----CTAGTTC-AGT---T--GAATTAT----TGTT---ACG---TATATTTGTTAAtttaa
gi|41291 : TTAA---TGATACAA--GGAA-AGTA----------ACT-----CTTGTTT-AAA---T--AAA--AA----CTTT---ACT---TATA---TTCGTTAAT
gi|41286 : TTAA---TTGT-CAAAGGAAA-A-CA----------ATT-----CTTGTTC-AAT---T---GA--AT----TATT---ATTCCGTATA---GCTATTAAT
gi|41290 : TTAA---TGGT-CAAAGGTAA-A-TA----------ATT-----CCAGTTC-AGT---T--GAATTAT----TGTG---ACG---TATA---ATTATTAAT
gi|41292 : TTAA---CAGT-CAAAGGAAA-A-TA----------ACT-----CCTTTTC-AGT---T---GA--AT----TATTTTAACG---TATA---GTTATCAAT
gi|41295 : TAA---TTGT-CAAAAGGAA-A-TA----------ACT-----CTTGTTC-AGT---T--GAA--AA----TGTT---ACT---TAAA---GTCATTAA
gi|41296 : TAC---TGGT-CAAAGGGAA-A-CA----------ACT-----CTTGTTC-AGT---T--GAACTAT----TGTC---ACC---TATA---GTCATTA
gi|41297 : TAA---TGGT-CAAAGGGAA-A-TA----------ACT-----CAAGCTC-AGT---TGAATA--AT----TGTT---ACG---CATA---GTTATTAAT
gi|41298 : TAA---TGGT-TAAAAAGAA---TA----------ACT-----TTTATTC-AGT---T---GA--A-------TT---ACG---TATA---GTTATTAAT
gi|41299 : AA---TGAT-TACAAGGAA-A-TA----------ACC-----CTTGTTC-AGT---T--GGA--AA----TGTT---ACT---TATA---GTCATTAA
gi|41300 : AA---TGGT-CAA-TGGGATA-TG----------ACG-----CTTGTTC-ATT---T--AGA--AA----TGTT---ACT---TATA---ATCATTAAT
gi|41301 : AA---TGTT-GAAAGGGAA-A-CA----------ACG-----TTTGTTC-AGT---TA-AAA--AA----TGGT---ACT---TATA---GTCATTAAT
gi|41302 : AA---TGGT-CTAAGGGAA-A-TAGATCTTGTTCACTTGAATCTTGTTC-AGT---T--AGA--AA----TGAT---ACT---TATA---GTCA
gi|41303 : AA---TGTT-CGAATTGAA-A-TA----------ACT-----CCAGTTC-AAT---T--GAATTAT----TGTT---ACT---TATA---GTCATTAATtttat
gi|41304 : T-TAAAAGAAA-G-TA----------ACT-----CTTGTTC-AATAATT--A-A--AA----TGTT---ACT---TATA---GTCA
Alignments
lowQualScore : 22
lowQualScore : 111 3333333333 22222 0 55555 0 11 22 222
lowQualScore : ... .......... ..... . ..... . .. .. ...
lowQualScore : 555 6666666666 11111 8 11111 8 44 99 333
consensus : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATA----------ACT-----CTTGTTC-AGTT--G--A-AT-AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAAT
Reference ( family-502 ) : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATA----------ACT-----CTTGTTC-AGTT--A--A-A--AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAAT
gi|41257 : TTAA---TGGTCAAATGGAAATA----------ACT-----CTTGTTC-AGTT--A--G-A--AA-TGTT---ACTTATAGTCAATAAT
gi|41258 : TTAA---TGATCGACGGGAAATA----------ACT-----CTTGTTC-AGTT--A--G-A--AA-TATT---ACTTATAGTTATTAAT
gi|41259 : TTAA---AGGTCAAAGGGAAATA----------ATT-----CTTGTTC-AGCA--A--A-A--AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAA
gi|41260 : TTAA---TGGTCAAAGGTAAATA----------ACT-----CGTGTTC-AGTT--A--A-A--AA-TGTT---ACTTTTAGTCATTTAT
gi|41261 : TTTA---TGGTCAAAGGGAAATA----------GCT-----CTAGTTC-AGTT--A--G-A--AA-TGTT---ACTTTTAGTCATTTAT
gi|41262 : TTAA---TCGTCAAAGGGAAATA----------ACT-----GTTGTTC-AATT-----A-A--AA-TGTT---ACTTATAGTCAATAAT
gi|41263 : TTAA---TGGTAAAAGGGAAATA----------ACT-----CTTCTTC-AGTT--A--A-AT-AA-TGTT---ACTTACAGTCATTTAT
gi|41264 : TTAA---TGGCCAAAGGGAAATA----------ACC-----CGTGTTC-ATTT--A--A-A--AA-TGAT---ACTTGTAGTCATTAAT
gi|41265 : TTAA---CGGTCGACGGAAAATA----------ACT-----CTTGTTC-AGTT--A--G-A--AC-TGTT---ACTCAAAGTGATTAAT
gi|41266 : TTAA---TGGTCAAATGGAAATT----------ACT-----CTTGTTT-AGTT--A--G-A--AA-TTTT---ACTTATA
gi|41267 : TTAA---CGGTCAAATGGAAATA----------ACT-----CTTGTTC-AGTT--G--A-AT-AC-TGTT---GCGTATAGTTATTAAT
gi|41268 : TTAA---TGGTCAAAGAGAAATA----------ACT-----CGTGTTT-AGCT--A--A-A--AG-TGAT---GCGTATATTCATTAAT
gi|41269 : TTAA---CGGTCAAATGGAAATA----------ACT-----CTTGTTC-AGTT--G--ATT--TA-TGTT---TCGTATAGTTATTAA
gi|41270 : TTAACACTGGTCAAAGGGAAACA----------ACT-----CTTGTTC-AGTT--G--A-ATTAT-TGTT---ACTTTTAGGCATTGAT
gi|41271 : TTTA---CGGTCAAAGGGAAATA----------ACT-----ATTGTTC-AGTT--G--A-ATTGT-TGTG---ACTGATAGTCATAAAT
gi|41272 : TTTA---TGGTTAAAGGGAAGTA----------ACT-----CTTGTTCAAATA--A--A-A--AA-CTTT---ACTTATAATCGTTAAT
gi|41273 : TTAA---TGGTCAAATGGAAATA----------AAG-----CGTTTTC-ATGT--A--G-A--AA-TGAT---ACTTATAATCATTAAT
gi|41274 : TTAA---CGGTCAAAGGGAAATA----------ACT-----CCAGTTT-AGTT--G--A-ATTAT-TGTT---ACGTATAATTATTAAT
gi|41275 : TTAA---TGGTAGAAGGGAAAAA----------AAC-----GTTGTTC-AGTT--A--A-AT-GA-TGTT---ACTTACAGTCATTA
gi|41276 : TTAA---TGGTCAAAGGAAAATT----------ACT-----CTTGTGC-AATT--G--A-ATTAG-TATT---ACATATAGTTATTAAT
gi|41277 : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATA----------AAT-----ATAGTTT-AGTT-----G-A--AT-TGTT---ACGCGTAGTTATTAAT
gi|41278 : TTTA---TAGTCAAAGGGAAACA----------ACT-----CCAGTTC-AAATGGA--T-A--AG-TGTT---ACTTAGAGTCATTAAT
gi|41279 : TTAA---CGGTCAAATGGAAATA----------ACT-----CGAGTTC-AATT--A--A-ATTAC-TGTT---ACTTATAGTTA-TAAT
gi|41280 : TTAA---TATTTAAAGAGAAATA----------ACT-----CTTGTTC-AGTT--G--A-ATTAT-TGTT---ACGTATAGTTATAAAT
gi|41281 : TTAT---TGGTCAAATGGAAATA----------ACT-----CCAGTTC-AGTT--G--A-ATTAG-TGTT---ATGTATATTCATTAAT
gi|41282 : TTAA---TGGTCAATGGGAAATA----------AC--------TGTTC-AGTT--G--A-ATTGT-TGTG---ACTGATAGTCATAAAT
gi|41283 : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATA----------ACT-----TTTGTAC-ATAT--G--A-ATTAT-TGTT---ACGTATAGTTATAAAT
gi|41284 : TTAA---CGGTCAAAGGGAA-TA----------ACT-----CGAGTTC-AGTT--A--A-ATTAC-TGTA---ACTTATAGTTA-TAAT
gi|41285 : TTAA---AGGCCAAAGGAAAATA----------ACT-----GTTTTCC-AGTT--AA-A-A--AA-TGTT---ACTGATAGT
gi|41286 : TTAA---TTGTCAAAGGAAAACA----------ATT-----CTTGTTC-AATT--G--A-ATTAT-TATT---CCGTATAGCTATTAAT
gi|41287 : TTAA---TGGCCTAATGATAATA----------ACG-----CTTGTT--GGTT--A--A-A--AAATGTT---ACTTATAGTCATTAGT
gi|41288 : TTAA---TGGTCAAATGCCAAAA----------ACT-----CCTGTTC-AAAT--A--A-A--AA-TGTT---ACTTATA
gi|41289 : TTAA---TGGTCAAAGAGAAATA----------CTT-----CTAGTTC-AGTT--G--A-ATTAT-TGTT---ACGTATATTTGTTAAT
gi|41290 : TTAA---TGGTCAAAGGTAAATA----------ATT-----CCAGTTC-AGTT--G--A-ATTAT-TGTG---ACGTATAATTATTAAT
gi|41291 : TTAA---TGATACAAGGAAAGTA----------ACT-----CTTGTTT-AAAT--A--A-A--AA-CTTT---ACTTATATTCGTTAAT
gi|41292 : TTAA---CAGTCAAAGGAAAATA----------ACT-----CCTTTTC-AGTT--G--A-AT-TA-TTTTA--ACGTATAGTTATCAAT
gi|41293 : TTAA---AGGTAAAAGGCAAATA----------ACT-----CAAGTTC-AGTTA-A--A-A--AA-TGTA---AGTTATAGTCTTTAA
gi|41294 : TTAA---TGGGCAAAGGGAAACA----------ACT-----TTAGCTC-AGTT-----G-A--AA-TATTATGACTTATAG
gi|41295 : TAA---TTGTCAAAAGGAAATA----------ACT-----CTTGTTC-AGTT--G--A-A--AA-TGTT---ACTTAAAGTCATTAA
gi|41296 : TAC---TGGTCAAAGGGAAACA----------ACT-----CTTGTTC-AGTT--G--A-ACTAT-TGTC---ACCTATAGTCATTA
gi|41297 : TAA---TGGTCAAAGGGAAATA----------ACT-----CAAGCTC-AGTT--G--A-AT-AATTGTT---ACGCATAGTTATTAAT
gi|41298 : TAA---TGGTTAAAAAGAA-TA----------ACT-----TTTATTC-AGTT--G--A-A-------TT---ACGTATAGTTATTAAT
gi|41299 : AA---TGATTACAAGGAAATA----------ACC-----CTTGTTC-AGTT--G--G-A--AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAA
gi|41300 : AA---TGGTCAATGGGATATG----------ACG-----CTTGTTC-ATTT--A--G-A--AA-TGTT---ACTTATAATCATTAAT
gi|41301 : AA---TGTTGAAAGGGAAACA----------ACG-----TTTGTTC-AGTTA-A--A-A--AA-TGGT---ACTTATAGTCATTAAT
gi|41302 : AA---TGGTCTAAGGGAAATAGATCTTGTTCACTTGAATCTTGTTC-AGTT--A--G-A--AA-TGAT---ACTTATAGTCATTTAT
gi|41303 : AA---TGTTCGAATTGAAATA----------ACT-----CCAGTTC-AATT--G--A-ATTAT-TGTT---ACTTATAGTCATTAAT
gi|41304 : TTAAAAGAAAGTA----------ACT-----CTTGTTC-AATA--ATTA-A--AA-TGTT---ACTTATAGTCA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222
lowQualScore : 111 0 0 0 6666666666666666 33 333
lowQualScore : ... . . . ................ .. ...
lowQualScore : 555 8 8 8 0000000000000000 00 888
consensus : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AA-T--------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAAT
Reference ( family-502 ) : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AA-T--------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAAT
gi|41257 : TTAA---TGGTCAAATGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-A-GA----------------AA-TGTT---ACTTATAGTCAATAAT
gi|41258 : TTAA---TGATCGACGGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-A-GA----------------AA-TATT---ACTTATAGTTATTAAT
gi|41259 : TTAA---AGGTCAAAGGGAAATAATTCTTGTTCA-G-C-A-AA-A--------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAA
gi|41260 : TTAA---TGGTCAAAGGTAAATAACTCGTGTTCA-GTT-A-AA----------------AA-TGTT---ACTTTTAGTCATTTAT
gi|41261 : TTTA---TGGTCAAAGGGAAATAGCTCTAGTTCA-GTT-A-GA----------------AA-TGTT---ACTTTTAGTCATTTAT
gi|41262 : TTAA---TCGTCAAAGGGAAATAACTGTTGTTCA-ATT-A-A-----------------AA-TGTT---ACTTATAGTCAATAAT
gi|41263 : TTAA---TGGTAAAAGGGAAATAACTCTTCTTCA-GTT-A-AA-T--------------AA-TGTT---ACTTACAGTCATTTAT
gi|41264 : TTAA---TGGCCAAAGGGAAATAACCCGTGTTCA-TTT-A-AA----------------AA-TGAT---ACTTGTAGTCATTAAT
gi|41265 : TTAA---CGGTCGACGGAAAATAACTCTTGTTCA-GTTAG-AA-C-----------------TGTT---ACTCAAAGTGATTAAT
gi|41266 : TTAA---TGGTCAAATGGAAATTACTCTTGTTTA-GTT-A-GA----------------AA-TTTT---ACTTATA
gi|41267 : TTAA---CGGTCAAATGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AA-T--------------AC-TGTT---GCGTATAGTTATTAAT
gi|41268 : TTAA---TGGTCAAAGAGAAATAACTCGTGTTTA-GCT-A-AA----------------AG-TGAT---GCGTATATTCATTAAT
gi|41269 : TTAA---CGGTCAAATGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AT-T--------------TA-TGTT---TCGTATAGTTATTAA
gi|41270 : TTAACACTGGTCAAAGGGAAACAACTCTTGTTCA-GTT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACTTTTAGGCATTGAT
gi|41271 : TTTA---CGGTCAAAGGGAAATAACTATTGTTCA-GTT-G-AA-T-----------------TGTTGTGACTGATAGTCATAAAT
gi|41272 : TTTA---TGGTTAAAGGGAAGTAACTCTTGTTCA-AAT-A-AA-A--------------AA-CTTT---ACTTATAATCGTTAAT
gi|41273 : TTAA---TGGTCAAATGGAAATAAAGCGTTTTCATGTA-G-A-----------------AA-TGAT---ACTTATAATCATTAAT
gi|41274 : TTAA---CGGTCAAAGGGAAATAACTCCAGTTTA-GTT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACGTATAATTATTAAT
gi|41275 : TTAA---TGGTAGAAGGGAAAAAAACGTTGTTCA-GTT-A-AA-T--------------GA-TGTT---ACTTACAGTCATTA
gi|41276 : TTAA---TGGTCAAAGGAAAATTACTCTTGTGCA-ATT-G-AATT--------------AG-TATT---ACATATAGTTATTAAT
gi|41277 : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATAAATATAGTTTA-GTT-G-AA-T-----------------TGTT---ACGCGTAGTTATTAAT
gi|41278 : TTTA---TAGTCAAAGGGAAACAACTCCAGTTCA-AAT-G-GA-T--------------AAGTGTT---ACTTAGAGTCATTAAT
gi|41279 : TTAA---CGGTCAAATGGAAATAACTCGAGTTCA-ATT-A-AATT--------------AC-TGTT---ACTTATAGTTA-TAAT
gi|41280 : TTAA---TATTTAAAGAGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACGTATAGTTATAAAT
gi|41281 : TTAT---TGGTCAAATGGAAATAACTCCAGTTCA-GTT-G-AATT--------------AG-TGTT---ATGTATATTCATTAAT
gi|41282 : TTAA---TGGTCAATGGGAAATAAC---TGTTCA-GTT-G-AA-T-----------------TGTTGTGACTGATAGTCATAAAT
gi|41283 : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATAACTTTTGTACA-TAT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACGTATAGTTATAAAT
gi|41284 : TTAA---CGGTCAAAGGGAA-TAACTCGAGTTCA-GTT-A-AATT--------------AC-TGTA---ACTTATAGTTA-TAAT
gi|41285 : TTAA---AGGCCAAAGGAAAATAACTGTTTTCCA-GTT-A-AA-A--------------AA-TGTT---ACTGATAGT
gi|41286 : TTAA---TTGTCAAAGGAAAACAATTCTTGTTCA-ATT-G-AATT--------------AT-TATT---CCGTATAGCTATTAAT
gi|41287 : TTAA---TGGCCTAATGATAATAACGCTTGTT-G-GTT-A-AA-A--------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAGT
gi|41288 : TTAA---TGGTCAAATGCCAAAAACTCCTGTTCA-AAT-A-AA----------------AA-TGTT---ACTTATA
gi|41289 : TTAA---TGGTCAAAGAGAAATACTTCTAGTTCA-GTT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACGTATATTTGTTAAT
gi|41290 : TTAA---TGGTCAAAGGTAAATAATTCCAGTTCA-GTT-G-AATT--------------AT-TGTG---ACGTATAATTATTAAT
gi|41291 : TTAA---TGATACAAGGAAAGTAACTCTTGTTTA-AAT-A-AA----------------AA-CTTT---ACTTATATTCGTTAAT
gi|41292 : TTAA---CAGTCAAAGGAAAATAACTCCTTTTCA-GTT-G-AA-T--------------TA-TTTTA--ACGTATAGTTATCAAT
gi|41293 : TTAA---AGGTAAAAGGCAAATAACTCAAGTTCA-GTT-A-AA-A--------------AA-TGTA---AGTTATAGTCTTTAA
gi|41294 : TTAA---TGGGCAAAGGGAAACAACTTTAGCTCA-GTT-GAAA-T--------------AT-TATG---ACTTATAG
gi|41295 : TAA---TTGTCAAAAGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AA----------------AA-TGTT---ACTTAAAGTCATTAA
gi|41296 : TAC---TGGTCAAAGGGAAACAACTCTTGTTCA-GTT-G-AACT--------------AT-TGTC---ACCTATAGTCATTA
gi|41297 : TAA---TGGTCAAAGGGAAATAACTCAAGCTCA-GTT-G-AA-T--------------AATTGTT---ACGCATAGTTATTAAT
gi|41298 : TAA---TGGTTAAAAAGAA-TAACTTTTATTCA-GTT-G-AA---------------------TT---ACGTATAGTTATTAAT
gi|41299 : AA---TGATTACAAGGAAATAACCCTTGTTCA-GTT-G-GA----------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAA
gi|41300 : AA---TGGTCAATGGGATATGACGCTTGTTCA-TTT-A-GA----------------AA-TGTT---ACTTATAATCATTAAT
gi|41301 : AA---TGTTGAAAGGGAAACAACGTTTGTTCA-GTT-A-AA-A--------------AA-TGGT---ACTTATAGTCATTAAT
gi|41302 : AA---TGGTCTAAGGGAAATAGATCTTGTTCA-CTT-G-AA-TCTTGTTCAGTTAGAAA-TGAT---ACTTATAGTCATTTAT
gi|41303 : AA---TGTTCGAATTGAAATAACTCCAGTTCA-ATT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACTTATAGTCATTAAT
gi|41304 : TTAAAAGAAAGTAACTCTTGTTCA-AT----AA-TTAA-----------AA-TGTT---ACTTATAGTCA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222
lowQualScore : 111 0 0 0 6666666666666666 33 333
lowQualScore : ... . . . ................ .. ...
lowQualScore : 555 8 8 8 0000000000000000 00 888
consensus : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AA-T--------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAAT
Reference ( family-502 ) : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AA-T--------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAAT
gi|41257 : TTAA---TGGTCAAATGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-A-GA----------------AA-TGTT---ACTTATAGTCAATAAT
gi|41258 : TTAA---TGATCGACGGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-A-GA----------------AA-TATT---ACTTATAGTTATTAAT
gi|41259 : TTAA---AGGTCAAAGGGAAATAATTCTTGTTCA-G-C-A-AA-A--------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAA
gi|41260 : TTAA---TGGTCAAAGGTAAATAACTCGTGTTCA-GTT-A-AA----------------AA-TGTT---ACTTTTAGTCATTTAT
gi|41261 : TTTA---TGGTCAAAGGGAAATAGCTCTAGTTCA-GTT-A-GA----------------AA-TGTT---ACTTTTAGTCATTTAT
gi|41262 : TTAA---TCGTCAAAGGGAAATAACTGTTGTTCA-ATT-A-A-----------------AA-TGTT---ACTTATAGTCAATAAT
gi|41263 : TTAA---TGGTAAAAGGGAAATAACTCTTCTTCA-GTT-A-AA-T--------------AA-TGTT---ACTTACAGTCATTTAT
gi|41264 : TTAA---TGGCCAAAGGGAAATAACCCGTGTTCA-TTT-A-AA----------------AA-TGAT---ACTTGTAGTCATTAAT
gi|41265 : TTAA---CGGTCGACGGAAAATAACTCTTGTTCA-GTTAG-AA-C-----------------TGTT---ACTCAAAGTGATTAAT
gi|41266 : TTAA---TGGTCAAATGGAAATTACTCTTGTTTA-GTT-A-GA----------------AA-TTTT---ACTTATA
gi|41267 : TTAA---CGGTCAAATGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AA-T--------------AC-TGTT---GCGTATAGTTATTAAT
gi|41268 : TTAA---TGGTCAAAGAGAAATAACTCGTGTTTA-GCT-A-AA----------------AG-TGAT---GCGTATATTCATTAAT
gi|41269 : TTAA---CGGTCAAATGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AT-T--------------TA-TGTT---TCGTATAGTTATTAA
gi|41270 : TTAACACTGGTCAAAGGGAAACAACTCTTGTTCA-GTT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACTTTTAGGCATTGAT
gi|41271 : TTTA---CGGTCAAAGGGAAATAACTATTGTTCA-GTT-G-AA-T-----------------TGTTGTGACTGATAGTCATAAAT
gi|41272 : TTTA---TGGTTAAAGGGAAGTAACTCTTGTTCA-AAT-A-AA-A--------------AA-CTTT---ACTTATAATCGTTAAT
gi|41273 : TTAA---TGGTCAAATGGAAATAAAGCGTTTTCATGTA-G-A-----------------AA-TGAT---ACTTATAATCATTAAT
gi|41274 : TTAA---CGGTCAAAGGGAAATAACTCCAGTTTA-GTT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACGTATAATTATTAAT
gi|41275 : TTAA---TGGTAGAAGGGAAAAAAACGTTGTTCA-GTT-A-AA-T--------------GA-TGTT---ACTTACAGTCATTA
gi|41276 : TTAA---TGGTCAAAGGAAAATTACTCTTGTGCA-ATT-G-AATT--------------AG-TATT---ACATATAGTTATTAAT
gi|41277 : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATAAATATAGTTTA-GTT-G-AA-T-----------------TGTT---ACGCGTAGTTATTAAT
gi|41278 : TTTA---TAGTCAAAGGGAAACAACTCCAGTTCA-AAT-G-GA-T--------------AAGTGTT---ACTTAGAGTCATTAAT
gi|41279 : TTAA---CGGTCAAATGGAAATAACTCGAGTTCA-ATT-A-AATT--------------AC-TGTT---ACTTATAGTTA-TAAT
gi|41280 : TTAA---TATTTAAAGAGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACGTATAGTTATAAAT
gi|41281 : TTAT---TGGTCAAATGGAAATAACTCCAGTTCA-GTT-G-AATT--------------AG-TGTT---ATGTATATTCATTAAT
gi|41282 : TTAA---TGGTCAATGGGAAATAAC---TGTTCA-GTT-G-AA-T-----------------TGTTGTGACTGATAGTCATAAAT
gi|41283 : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATAACTTTTGTACA-TAT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACGTATAGTTATAAAT
gi|41284 : TTAA---CGGTCAAAGGGAA-TAACTCGAGTTCA-GTT-A-AATT--------------AC-TGTA---ACTTATAGTTA-TAAT
gi|41285 : TTAA---AGGCCAAAGGAAAATAACTGTTTTCCA-GTT-A-AA-A--------------AA-TGTT---ACTGATAGT
gi|41286 : TTAA---TTGTCAAAGGAAAACAATTCTTGTTCA-ATT-G-AATT--------------AT-TATT---CCGTATAGCTATTAAT
gi|41287 : TTAA---TGGCCTAATGATAATAACGCTTGTT-G-GTT-A-AA-A--------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAGT
gi|41288 : TTAA---TGGTCAAATGCCAAAAACTCCTGTTCA-AAT-A-AA----------------AA-TGTT---ACTTATA
gi|41289 : TTAA---TGGTCAAAGAGAAATACTTCTAGTTCA-GTT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACGTATATTTGTTAAT
gi|41290 : TTAA---TGGTCAAAGGTAAATAATTCCAGTTCA-GTT-G-AATT--------------AT-TGTG---ACGTATAATTATTAAT
gi|41291 : TTAA---TGATACAAGGAAAGTAACTCTTGTTTA-AAT-A-AA----------------AA-CTTT---ACTTATATTCGTTAAT
gi|41292 : TTAA---CAGTCAAAGGAAAATAACTCCTTTTCA-GTT-G-AA-T--------------TA-TTTTA--ACGTATAGTTATCAAT
gi|41293 : TTAA---AGGTAAAAGGCAAATAACTCAAGTTCA-GTT-A-AA-A--------------AA-TGTA---AGTTATAGTCTTTAA
gi|41294 : TTAA---TGGGCAAAGGGAAACAACTTTAGCTCA-GTT-GAAA-T--------------AT-TATG---ACTTATAG
gi|41295 : TAA---TTGTCAAAAGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AA----------------AA-TGTT---ACTTAAAGTCATTAA
gi|41296 : TAC---TGGTCAAAGGGAAACAACTCTTGTTCA-GTT-G-AACT--------------AT-TGTC---ACCTATAGTCATTA
gi|41297 : TAA---TGGTCAAAGGGAAATAACTCAAGCTCA-GTT-G-AA-T--------------AATTGTT---ACGCATAGTTATTAAT
gi|41298 : TAA---TGGTTAAAAAGAA-TAACTTTTATTCA-GTT-G-AA---------------------TT---ACGTATAGTTATTAAT
gi|41299 : AA---TGATTACAAGGAAATAACCCTTGTTCA-GTT-G-GA----------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAA
gi|41300 : AA---TGGTCAATGGGATATGACGCTTGTTCA-TTT-A-GA----------------AA-TGTT---ACTTATAATCATTAAT
gi|41301 : AA---TGTTGAAAGGGAAACAACGTTTGTTCA-GTT-A-AA-A--------------AA-TGGT---ACTTATAGTCATTAAT
gi|41302 : AA---TGGTCTAAGGGAAATAGATCTTGTTCA-CTT-G-AA-TCTTGTTCAGTTAGAAA-TGAT---ACTTATAGTCATTTAT
gi|41303 : AA---TGTTCGAATTGAAATAACTCCAGTTCA-ATT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACTTATAGTCATTAAT
gi|41304 : TTAAAAGAAAGTAACTCTTGTTCA-AT----AA-TTAA-----------AA-TGTT---ACTTATAGTCA
blockSeqs : CAC TCTTGTTCAGTTAGA AG GTG
blockSeqs : . TTAA AT GTG
blockSeqs : . TT A A
blockSeqs : . TT A .
blockSeqs : . TT A .
blockSeqs : . TT A .
blockSeqs : . TT A .
blockSeqs : . TT A .
blockSeqs : . TT A .
blockSeqs : . TT A .
blockSeqs : . TT C .
blockSeqs : . TT G .
blockSeqs : . TT A .
blockSeqs : . CT T .
blockSeqs : . TT A .
blockSeqs : . A A .
blockSeqs : . T T .
blockSeqs : . C A .
blockSeqs : . T G .
blockSeqs : . T C .
blockSeqs : . T T .
blockSeqs : . A G .
blockSeqs : . T T .
blockSeqs : . T C .
blockSeqs : . T A .
blockSeqs : . T T .
blockSeqs : . A A .
blockSeqs : . A A .
blockSeqs : . T T .
blockSeqs : . A T .
blockSeqs : . T A .
blockSeqs : . T A .
blockSeqs : . A A .
blockSeqs : . . T .
blockSeqs : . . A .
blockSeqs : . . T .
blockSeqs : . . A .
blockSeqs : . . A .
blockSeqs : . . A .
blockSeqs : . . A .
blockSeqs : . . T .
blockSeqs : . . A .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : T***************
originalCons : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AA-T--------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAAT
finalCons : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AAT---------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222
lowQualScore : 111 0 0 0 6666666666666666 33 333
lowQualScore : ... . . . ................ .. ...
lowQualScore : 555 8 8 8 0000000000000000 00 888
consensus : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AA-T--------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAAT
Reference ( family-502 ) : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AA-T--------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAAT
gi|41257 : TTAA---TGGTCAAATGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-A-GA----------------AA-TGTT---ACTTATAGTCAATAAT
gi|41258 : TTAA---TGATCGACGGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-A-GA----------------AA-TATT---ACTTATAGTTATTAAT
gi|41259 : TTAA---AGGTCAAAGGGAAATAATTCTTGTTCA-G-C-A-AA-A--------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAA
gi|41260 : TTAA---TGGTCAAAGGTAAATAACTCGTGTTCA-GTT-A-AA----------------AA-TGTT---ACTTTTAGTCATTTAT
gi|41261 : TTTA---TGGTCAAAGGGAAATAGCTCTAGTTCA-GTT-A-GA----------------AA-TGTT---ACTTTTAGTCATTTAT
gi|41262 : TTAA---TCGTCAAAGGGAAATAACTGTTGTTCA-ATT-A-A-----------------AA-TGTT---ACTTATAGTCAATAAT
gi|41263 : TTAA---TGGTAAAAGGGAAATAACTCTTCTTCA-GTT-A-AA-T--------------AA-TGTT---ACTTACAGTCATTTAT
gi|41264 : TTAA---TGGCCAAAGGGAAATAACCCGTGTTCA-TTT-A-AA----------------AA-TGAT---ACTTGTAGTCATTAAT
gi|41265 : TTAA---CGGTCGACGGAAAATAACTCTTGTTCA-GTTAG-AA-C-----------------TGTT---ACTCAAAGTGATTAAT
gi|41266 : TTAA---TGGTCAAATGGAAATTACTCTTGTTTA-GTT-A-GA----------------AA-TTTT---ACTTATA
gi|41267 : TTAA---CGGTCAAATGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AA-T--------------AC-TGTT---GCGTATAGTTATTAAT
gi|41268 : TTAA---TGGTCAAAGAGAAATAACTCGTGTTTA-GCT-A-AA----------------AG-TGAT---GCGTATATTCATTAAT
gi|41269 : TTAA---CGGTCAAATGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AT-T--------------TA-TGTT---TCGTATAGTTATTAA
gi|41270 : TTAACACTGGTCAAAGGGAAACAACTCTTGTTCA-GTT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACTTTTAGGCATTGAT
gi|41271 : TTTA---CGGTCAAAGGGAAATAACTATTGTTCA-GTT-G-AA-T-----------------TGTTGTGACTGATAGTCATAAAT
gi|41272 : TTTA---TGGTTAAAGGGAAGTAACTCTTGTTCA-AAT-A-AA-A--------------AA-CTTT---ACTTATAATCGTTAAT
gi|41273 : TTAA---TGGTCAAATGGAAATAAAGCGTTTTCATGTA-G-A-----------------AA-TGAT---ACTTATAATCATTAAT
gi|41274 : TTAA---CGGTCAAAGGGAAATAACTCCAGTTTA-GTT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACGTATAATTATTAAT
gi|41275 : TTAA---TGGTAGAAGGGAAAAAAACGTTGTTCA-GTT-A-AA-T--------------GA-TGTT---ACTTACAGTCATTA
gi|41276 : TTAA---TGGTCAAAGGAAAATTACTCTTGTGCA-ATT-G-AATT--------------AG-TATT---ACATATAGTTATTAAT
gi|41277 : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATAAATATAGTTTA-GTT-G-AA-T-----------------TGTT---ACGCGTAGTTATTAAT
gi|41278 : TTTA---TAGTCAAAGGGAAACAACTCCAGTTCA-AAT-G-GA-T--------------AAGTGTT---ACTTAGAGTCATTAAT
gi|41279 : TTAA---CGGTCAAATGGAAATAACTCGAGTTCA-ATT-A-AATT--------------AC-TGTT---ACTTATAGTTA-TAAT
gi|41280 : TTAA---TATTTAAAGAGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACGTATAGTTATAAAT
gi|41281 : TTAT---TGGTCAAATGGAAATAACTCCAGTTCA-GTT-G-AATT--------------AG-TGTT---ATGTATATTCATTAAT
gi|41282 : TTAA---TGGTCAATGGGAAATAAC---TGTTCA-GTT-G-AA-T-----------------TGTTGTGACTGATAGTCATAAAT
gi|41283 : TTAA---TGGTCAAAGGGAAATAACTTTTGTACA-TAT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACGTATAGTTATAAAT
gi|41284 : TTAA---CGGTCAAAGGGAA-TAACTCGAGTTCA-GTT-A-AATT--------------AC-TGTA---ACTTATAGTTA-TAAT
gi|41285 : TTAA---AGGCCAAAGGAAAATAACTGTTTTCCA-GTT-A-AA-A--------------AA-TGTT---ACTGATAGT
gi|41286 : TTAA---TTGTCAAAGGAAAACAATTCTTGTTCA-ATT-G-AATT--------------AT-TATT---CCGTATAGCTATTAAT
gi|41287 : TTAA---TGGCCTAATGATAATAACGCTTGTT-G-GTT-A-AA-A--------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAGT
gi|41288 : TTAA---TGGTCAAATGCCAAAAACTCCTGTTCA-AAT-A-AA----------------AA-TGTT---ACTTATA
gi|41289 : TTAA---TGGTCAAAGAGAAATACTTCTAGTTCA-GTT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACGTATATTTGTTAAT
gi|41290 : TTAA---TGGTCAAAGGTAAATAATTCCAGTTCA-GTT-G-AATT--------------AT-TGTG---ACGTATAATTATTAAT
gi|41291 : TTAA---TGATACAAGGAAAGTAACTCTTGTTTA-AAT-A-AA----------------AA-CTTT---ACTTATATTCGTTAAT
gi|41292 : TTAA---CAGTCAAAGGAAAATAACTCCTTTTCA-GTT-G-AA-T--------------TA-TTTTA--ACGTATAGTTATCAAT
gi|41293 : TTAA---AGGTAAAAGGCAAATAACTCAAGTTCA-GTT-A-AA-A--------------AA-TGTA---AGTTATAGTCTTTAA
gi|41294 : TTAA---TGGGCAAAGGGAAACAACTTTAGCTCA-GTT-GAAA-T--------------AT-TATG---ACTTATAG
gi|41295 : TAA---TTGTCAAAAGGAAATAACTCTTGTTCA-GTT-G-AA----------------AA-TGTT---ACTTAAAGTCATTAA
gi|41296 : TAC---TGGTCAAAGGGAAACAACTCTTGTTCA-GTT-G-AACT--------------AT-TGTC---ACCTATAGTCATTA
gi|41297 : TAA---TGGTCAAAGGGAAATAACTCAAGCTCA-GTT-G-AA-T--------------AATTGTT---ACGCATAGTTATTAAT
gi|41298 : TAA---TGGTTAAAAAGAA-TAACTTTTATTCA-GTT-G-AA---------------------TT---ACGTATAGTTATTAAT
gi|41299 : AA---TGATTACAAGGAAATAACCCTTGTTCA-GTT-G-GA----------------AA-TGTT---ACTTATAGTCATTAA
gi|41300 : AA---TGGTCAATGGGATATGACGCTTGTTCA-TTT-A-GA----------------AA-TGTT---ACTTATAATCATTAAT
gi|41301 : AA---TGTTGAAAGGGAAACAACGTTTGTTCA-GTT-A-AA-A--------------AA-TGGT---ACTTATAGTCATTAAT
gi|41302 : AA---TGGTCTAAGGGAAATAGATCTTGTTCA-CTT-G-AA-TCTTGTTCAGTTAGAAA-TGAT---ACTTATAGTCATTTAT
gi|41303 : AA---TGTTCGAATTGAAATAACTCCAGTTCA-ATT-G-AATT--------------AT-TGTT---ACTTATAGTCATTAAT
gi|41304 : TTAAAAGAAAGTAACTCTTGTTCA-AT----AA-TTAA-----------AA-TGTT---ACTTATAGTCA