lowQualScore : 1 11
lowQualScore : 1 3 1 1 2222 00 111 3333 0 222222 7777777777777 1
lowQualScore : . . . . .... .. ... .... . ...... ............. .
lowQualScore : 6 5 0 0 1111 99 555 0000 8 444444 9999999999999 9
consensus : ATTTAT-GAATG-A-A----T-ACGT---CATAGCGC---GAGG-ATT------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCATAGCGCGAGGA
Reference ( gi|108948 ) : ATTTAT-GTATG-A-A----T-GCGT---CATAGCAC---AAGG-ATT------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCGCGAGAA
gi|108958 : ATTTAT-GTATA-A-A----T-ACAT---CATAGCAC---AAGG-ATA------TTATGA-------------ATGGCATTATGTCACAGCATGAGAA
gi|108950 : ATTTAT-GAATG-A-A----T-ACTT---CACAGCAC---AAGA-ATT------TTATGA-------------ATGGCGTTATGTCATAGCGCGAGGA
gi|108951 : ATTTAT-GAATG-A-A----T-ACGT---CATAGAAC---GAAG-ATT------TTATGA-------------AAGGCGTTACTTCACAGCGCGAGAA
gi|108949 : ATTTAT-GAATG-G-A----T-ACGT---CACAGCAC---GAGG-ATT------GTATGC-------------ATGGCGTTACGTCATAGCGCAAGAA
gi|108952 : ATTTAT-GAATG-A-A----T-ACAT---CATAGCAT---GAAG-ATT------TTATGA-------------ATGGTGTTACATCATAGTGTGAGGA
gi|108953 : ATTTAT-GAATT-A-A----T-ATGC---CATAGTAT---GAGG-ATT------TTATGA-------------ATGGCGTTTTGTTACAGCGTGAGAA
gi|108954 : ATTTAT-GAATG-A-A----T-ATGT---AACAACAC---AAGG-ATT------TTATGA-------------AT-GCGTTACGTCATAGCCTGAGGA
gi|108957 : ATTTAT-GAATG-A-A----A-ACGT---CACAGCAC---GAGA-ATT------TTATGA-------------ATGGCTTTACGTCAATGAGCGAGGA
gi|108961 : ATTTAT-GAACG-A-T----T-ACGT---CATAGCGC---AAGG-ATT------TTATAA-------------ATGGCGC----TCATAGCGCAAGGA
gi|108959 : ATTTAT-AAATA-A-A----T-ACGT---CATGGCAT---GAGG-ATT------TTATGA-------------ATTGCGTTACGCAATAGCAAGAGGA
gi|108955 : ATCTAT-GAATA-A-A----T-ACGT---CATTGCGC---GAGT-ATT------TTATGA-------------ATGACGTTACGCCATACCACGAGGA
gi|108960 : ATTTAT-GAATG-A-A----T-ATGT---AATAGCAC---AAAA-ATT------TTATGA-------------AAGGCGTTAAGTCTTGACGTGAGGA
gi|108963 : ATTTAT-GAATG-G-A----T-ACGT---CACAGCAT---GAGGTATTCATTAATTATGAGTAAGTCAC----ATGGCATCATGTCAAAGCGCGAGGA
gi|108992 : TTTAT-GAATG-ACA----TTACGT---CATAGCAC---AA
gi|108970 : tgtcatagcatgagtgtTAT-GAATG-A-A----T-ACGT---CACAGCAC---GGGG-ATT------TTATAA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCG
gi|108965 : aTAT-GAATG-G-A----T-ACGT---CATAGCAC---GAGG-ATT------TTATGA-------------ATAGCGTTACGTCATATCGC
gi|108971 : taTAT-GAATG-A-A----A-AAGT---CATAGCAC---AAGG-ATT------TTATGA-------------ATGGCATTACTTCATAGTGCAAGAA
gi|108969 : aTATCGCATGTA-A----T-TTGT---CATAGCGC---GATA-ATT------TTGTGA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCGCGGGA
gi|108976 : aTAT-GAATG-A-A----T-ATCC---CATATCGC---AAGG-ATT------TTATGA-------------ATGTTGTTATGTCACAGCCTGAGGA
gi|108974 : TAT-GAATG-A-A----T-ACGT---TATAACGC---GAGG-TAT------TTATGG-------------ATGGCGTTACGTCTTAGTGAGAG
gi|108975 : TAT-GAATG-A-A----T-ACGC---CATAACGC---GAGG-TAT------CTATGG-------------ATGGCGTTACGTCTTAGTGAGAG
gi|108968 : TAT-ATATG-A-T----T-TTGT---CATAACGT---GATG-GTT------TTG-GA-------------ATGACGTTACGTCACAGCGTG
gi|108964 : TAT-G-ATG-A-A----T-ACGT---CATTGCGT---GAGC-ATT------TTATGA-------------ATGGTGTTATGT
gi|108962 : atagAT-ATATG-A-AATAAT-ACGC---CATAACGCGGAAATG-TTT------TCATGA-------------TTGACGTTACGTCATAGCGCGGGGA
gi|108956 : T-GAATG-A-A----T-ACGT---TATAGCAT---AAGG-GTT------TTACGA-------------ATGGCATCACGTCACAGCACAAGAA
gi|108973 : atgttTAAG-A-A----T-ACATACATATAGCAC---GAGG-ATT------TAATGA-------------ATAGCGTTAAGCCATAGCGCGAGGA
gi|108978 : ATG-G-A----T-TTGT---CATAGCGC---AAGG-AGT------TTATGA-------------ATGGCGTTACATCACAGTGTGAGAA
gi|108966 : ATA-A-A----T-ACGC---TATAGCTT---GAGG-ATT------TTATGA-------------ATGGCATTGCATCACAGCGTGAGAA
gi|108979 : tataaaaATG-A-A----T----------TAGT-C---AAGG-ATT------TTATGA-------------ATGGCATTACATCATAGTGCAA
gi|108977 : ATT-A-A----T-TTGT---CATAGAGT---GAGA-ATT------T-ATGA-------------ATGGCGTTACATCATCGTGTGAGGA
gi|108980 : atgcaG-A-A----T-TTGT---CATAGCAC---GAGG-ATT------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCGCGAGAA
gi|108981 : G-A-A----T-TTGT---CATAGCGC---GTGG-ATT------TTACGA-------------ATAGCGTTACGCCACAGCGCGAGAA
gi|108972 : G-A-A----T-TTGT---CATAGAGC---GAGG-ATT------TTATGA-------------ATGGTGTTACGTCATAGCGTGAGGA
gi|108984 : atatgcaagG-A-A----T-TTGT---CAAAGCAT---GAGA-ATT------TTATGA-------------ATAGTGTTACATCATAGCGCGAG
gi|108983 : G-A-A----T-TTGT---CATAGTAT---GAAG-ATT------TCATGC-------------ATTGCGTTACACCACAGCATGAGAA
gi|108986 : G-A-A----T-TTAT---CATAGAAC---TAGG-ATT------T-ATTA-------------ATTGCTTTACGTCACAGCGCGAG
gi|108985 : G-A-A----T-CTAC---CATAGAGC---GAGG-CTT------TTATGA-------------TTGGTGTAACGTCATAGCGCGAGA
gi|108982 : G-A-A----T-TTTT---CATAGTGT---GAGG-ATT------TTATGA-------------ATGGCATTATGTAAAAGTGTGAGGA
gi|108987 : -A-A----T-CTGT---CATAGCGC---AAGG-ATT------TTATAA-------------ATGGCATTTTGTCAGAGTGAGAGAA
gi|108988 : -A-A----T-TTGT---CAAAGCGT---GAGT-ATT------TTATGA-------------ACGTCGTTACGTTATAGTGCGAG
gi|108990 : -A----T-ATGT---CATAGCAC---AAGG-AAT------TTATGAATGAATATGTTGTATGACGTTACATCATAGGGCTAG
gi|108989 : GT---CATAGCAT---GAGG-ATT------TTATGA-------------ATGACGTTACATCATAGCATGAGGA
gi|108991 : atttGT---CACAGCGC---GAGG-ACT------GTATGA-------------ATGGTGTTACGTTATAGGGCGAGGA
gi|108992 : tGT---CATAGCAT---GAGT-GTT------TTATGA-------------ATGACATTACGTCATAGCACAA
gi|108993 : tGT---CCTAGCGC---GAGG-ATT------GTATGA-------------TTGGCGTTACGTCATAATGCGA
gi|108967 : tT---CATAGTCT---GAGG-ATT------TTATGA-------------ATAGCGTTAGGTCACAGCACGAGAA
gi|108994 : tataagaatgagatgcagatggaaaatT---CATAGCAC---AAGG-ATT------TTATGA-------------AGGGCATTAGGTCATAGCGAGA
gi|108995 : ---CATAGCAC---GAGA-ATT------TTATGA-------------ATTACATTACGTCATAGCGCGAGAA
gi|108996 : GG-ATT------TTATGA-------------TTGGCGTTACGTCAATGCGCGAGAA
Alignments
lowQualScore : 2 1 0 0 0 111 222222 7777777777777
lowQualScore : . . . . . ... ...... .............
lowQualScore : 9 0 4 2 8 444 333333 8888888888888
consensus : ATTTATG-AATG-AATACGTCATAGCGCGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCATAGCGCGAGGA
Reference ( family-499 ) : ATTTATG-AATG-AATACGTCATAGCGCGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCATAGCGCGAGGA
gi|108948 : ATTTATG-TATG-AATGCGTCATAGCACAAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCGCGAGAA
gi|108949 : ATTTATG-AATG-GATACGTCACAGCACGAGG-AT---T------GTATGC-------------ATGGCGTTACGTCATAGCGCAAGAA
gi|108950 : ATTTATG-AATG-AATACTTCACAGCACAAGA-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTATGTCATAGCGCGAGGA
gi|108951 : ATTTATG-AATG-AATACGTCATAGAACGAAG-AT---T------TTATGA-------------AAGGCGTTACTTCACAGCGCGAGAA
gi|108952 : ATTTATG-AATG-AATACATCATAGCATGAAG-AT---T------TTATGA-------------ATGGTGTTACATCATAGTGTGAGGA
gi|108953 : ATTTATG-AATT-AATATGCCATAGTATGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTTTGTTACAGCGTGAGAA
gi|108954 : ATTTATG-AATG-AATATGTAACAACACAAGG-AT---T------TTATGA-------------AT-GCGTTACGTCATAGCCTGAGGA
gi|108955 : ATCTATG-AATA-AATACGTCATTGCGCGAGT-AT---T------TTATGA-------------ATGACGTTACGCCATACCACGAGGA
gi|108956 : TG-AATG-AATACGTTATAGCATAAGG-GT---T------TTACGA-------------ATGGCATCACGTCACAGCACAAGAA
gi|108957 : atgttATTTATG-AATG-AAAACGTCACAGCACGAGA-AT---T------TTATGA-------------ATGGCTTTACGTCAATGAGCGAGGA
gi|108958 : ATTTATG-TATA-AATACATCATAGCACAAGG-AT---A------TTATGA-------------ATGGCATTATGTCACAGCATGAGAA
gi|108959 : ATTTATA-AATA-AATACGTCATGGCATGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATTGCGTTACGCAATAGCAAGAGGA
gi|108960 : ATTTATG-AATG-AATATGTAATAGCACAAAA-AT---T------TTATGA-------------AAGGCGTTAAGTCTTGACGTGAGGA
gi|108961 : ATTTATG-AACG-ATTACGTCATAGCGCAAGG-AT---T------TTATAA-------------ATGGCGC----TCATAGCGCAAGGA
gi|108962 : ATATATG-AAAT-AATACGCCATAACGCGGAA-ATGTTT------TCATGA-------------TTGACGTTACGTCATAGCGCGGGGA
gi|108963 : ATTTATG-AATG-GATACGTCACAGCATGAGGTAT---TCATTAATTATGAGTAAGTCAC----ATGGCATCATGTCAAAGCGCGAGGA
gi|108964 : TATG-A-TG-AATACGTCATTGCGTGAGC-AT---T------TTATGA-------------ATGGTGTTATGT
gi|108965 : atagTATG-AATG-GATACGTCATAGCACGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATAGCGTTACGTCATATCGC
gi|108966 : ta-AATA-AATACGCTATAGCTTGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCATTGCATCACAGCGTGAGAA
gi|108967 : tataaaTCATAGTCTGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATAGCGTTAGGTCACAGCACGAGAA
gi|108968 : tataagaatgagatgcagatggaaaatTATA-TATG-ATTTTGTCATAACGTGATG-GT---T------TTG-GA-------------ATGACGTTACGTCACAGCGTG
gi|108969 : ATGTAATTTGTCATAGCGCGATA-AT---T------TTGTGA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCGCGGG
gi|108970 : atatcgcTATG-AATG-AATACGTCACAGCACGGGG-AT---T------TTATAA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCGa
gi|108971 : aTATG-AATG-AAAAAGTCATAGCACAAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCATTACTTCATAGTGCAAGAA
gi|108972 : aTATGCAAGG-AATTTGTCATAGAGCGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGTGTTACGTCATAGCGTGAGGA
gi|108973 : aTAAG-AATA-CATACAT-ATAGCACGAGG-AT---T------TAATGA-------------ATAGCGTTAAGCCATAGCGCGAGGA
gi|108974 : TATG-AATG-AATACGTTATAACGCGAGG-TA---T------TTATGG-------------ATGGCGTTACGTCTTAGTGAGAG
gi|108975 : TATG-AATG-AATACGCCATAACGCGAGG-TA---T------CTATGG-------------ATGGCGTTACGTCTTAGTGAGAG
gi|108976 : TATG-AATG-AATATCCCATATCGCAAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGTTGTTATGTCACAGCCTGAGGA
gi|108977 : ATGCAATT-AATTTGTCATAGAGTGAGA-AT---T------T-ATGA-------------ATGGCGTTACATCATCGTGTGAGGA
gi|108978 : ATG-GATTTGTCATAGCGCAAGG-AG---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACATCACAGTGTGAGAA
gi|108979 : ATG-AATTAGTCA-------AGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCATTACATCATAGTGCAA
gi|108980 : G-AATTTGTCATAGCACGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCGCGAGAA
gi|108981 : G-AATTTGTCATAGCGCGTGG-AT---T------TTACGA-------------ATAGCGTTACGCCACAGCGCGAGAA
gi|108982 : TCATAGTGTGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCATTATGTAAAAGTGTGAGGA
gi|108983 : gaattttG-AATTTGTCATAGTATGAAG-AT---T------TCATGC-------------ATTGCGTTACACCACAGCATGAGAA
gi|108984 : G-AATTTGTCAAAGCATGAGA-AT---T------TTATGA-------------ATAGTGTTACATCATAGCGCGAG
gi|108985 : G-AATCTACCATAGAGCGAGG-CT---T------TTATGA-------------TTGGTGTAACGTCATAGCGCGAG
gi|108986 : G-AATTTATCATAGAACTAGG-AT---T------T-ATTA-------------ATTGCTTTACGTCACAGCGCGAGa
gi|108987 : -AATCTGTCATAGCGCAAGG-AT---T------TTATAA-------------ATGGCATTTTGTCAGAGTGAGAGAA
gi|108988 : -AATTTGTCAAAGCGTGAGT-AT---T------TTATGA-------------ACGTCGTTACGTTATAGTGCGAG
gi|108989 : GTCATAGCATGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGACGTTACATCATAGCATGAGGA
gi|108990 : atttATATGTCATAGCACAAGG-AA---T------TTATGAATGAATATGTTGTATGACGTTACATCATAGGGCTAG
gi|108991 : GTCACAGCGCGAGG-AC---T------GTATGA-------------ATGGTGTTACGTTATAGGGCGAGGA
gi|108992 : tGTCATAGCATGAGT-GT---T------TTATGA-------------ATGACATTACGTCATAGCACAA
gi|108993 : tGTCCTAGCGCGAGG-AT---T------GTATGA-------------TTGGCGTTACGTCATAATGCGA
gi|108994 : tTCATAGCACAAGG-AT---T------TTATGA-------------AGGGCATTAGGTCATAGCGAGA
gi|108995 : CATAGCACGAGA-AT---T------TTATGA-------------ATTACATTACGTCATAGCGCGAGAA
gi|108996 : CGTGG-AT---T------TTATGA-------------TTGGCGTTACGTCAATGCGCGAGAA
Alignments
lowQualScore : 2 1 0 0 0 111 222222 7777777777777
lowQualScore : . . . . . ... ...... .............
lowQualScore : 9 0 4 2 8 444 333333 8888888888888
consensus : ATTTATG-AATG-AATACGTCATAGCGCGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCATAGCGCGAGGA
Reference ( family-499 ) : ATTTATG-AATG-AATACGTCATAGCGCGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCATAGCGCGAGGA
gi|108948 : ATTTATG-TATG-AATGCGTCATAGCACAAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCGCGAGAA
gi|108949 : ATTTATG-AATG-GATACGTCACAGCACGAGG-AT---T------GTATGC-------------ATGGCGTTACGTCATAGCGCAAGAA
gi|108950 : ATTTATG-AATG-AATACTTCACAGCACAAGA-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTATGTCATAGCGCGAGGA
gi|108951 : ATTTATG-AATG-AATACGTCATAGAACGAAG-AT---T------TTATGA-------------AAGGCGTTACTTCACAGCGCGAGAA
gi|108952 : ATTTATG-AATG-AATACATCATAGCATGAAG-AT---T------TTATGA-------------ATGGTGTTACATCATAGTGTGAGGA
gi|108953 : ATTTATG-AATT-AATATGCCATAGTATGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTTTGTTACAGCGTGAGAA
gi|108954 : ATTTATG-AATG-AATATGTAACAACACAAGG-AT---T------TTATGA-------------AT-GCGTTACGTCATAGCCTGAGGA
gi|108955 : ATCTATG-AATA-AATACGTCATTGCGCGAGT-AT---T------TTATGA-------------ATGACGTTACGCCATACCACGAGGA
gi|108956 : TG-AATG-AATACGTTATAGCATAAGG-GT---T------TTACGA-------------ATGGCATCACGTCACAGCACAAGAA
gi|108957 : atgttATTTATG-AATG-AAAACGTCACAGCACGAGA-AT---T------TTATGA-------------ATGGCTTTACGTCAATGAGCGAGGA
gi|108958 : ATTTATG-TATA-AATACATCATAGCACAAGG-AT---A------TTATGA-------------ATGGCATTATGTCACAGCATGAGAA
gi|108959 : ATTTATA-AATA-AATACGTCATGGCATGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATTGCGTTACGCAATAGCAAGAGGA
gi|108960 : ATTTATG-AATG-AATATGTAATAGCACAAAA-AT---T------TTATGA-------------AAGGCGTTAAGTCTTGACGTGAGGA
gi|108961 : ATTTATG-AACG-ATTACGTCATAGCGCAAGG-AT---T------TTATAA-------------ATGGCGC----TCATAGCGCAAGGA
gi|108962 : ATATATG-AAAT-AATACGCCATAACGCGGAA-ATGTTT------TCATGA-------------TTGACGTTACGTCATAGCGCGGGGA
gi|108963 : ATTTATG-AATG-GATACGTCACAGCATGAGGTAT---TCATTAATTATGAGTAAGTCAC----ATGGCATCATGTCAAAGCGCGAGGA
gi|108964 : TATG-A-TG-AATACGTCATTGCGTGAGC-AT---T------TTATGA-------------ATGGTGTTATGT
gi|108965 : atagTATG-AATG-GATACGTCATAGCACGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATAGCGTTACGTCATATCGC
gi|108966 : ta-AATA-AATACGCTATAGCTTGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCATTGCATCACAGCGTGAGAA
gi|108967 : tataaaTCATAGTCTGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATAGCGTTAGGTCACAGCACGAGAA
gi|108968 : tataagaatgagatgcagatggaaaatTATA-TATG-ATTTTGTCATAACGTGATG-GT---T------TTG-GA-------------ATGACGTTACGTCACAGCGTG
gi|108969 : ATGTAATTTGTCATAGCGCGATA-AT---T------TTGTGA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCGCGGG
gi|108970 : atatcgcTATG-AATG-AATACGTCACAGCACGGGG-AT---T------TTATAA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCGa
gi|108971 : aTATG-AATG-AAAAAGTCATAGCACAAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCATTACTTCATAGTGCAAGAA
gi|108972 : aTATGCAAGG-AATTTGTCATAGAGCGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGTGTTACGTCATAGCGTGAGGA
gi|108973 : aTAAG-AATA-CATACAT-ATAGCACGAGG-AT---T------TAATGA-------------ATAGCGTTAAGCCATAGCGCGAGGA
gi|108974 : TATG-AATG-AATACGTTATAACGCGAGG-TA---T------TTATGG-------------ATGGCGTTACGTCTTAGTGAGAG
gi|108975 : TATG-AATG-AATACGCCATAACGCGAGG-TA---T------CTATGG-------------ATGGCGTTACGTCTTAGTGAGAG
gi|108976 : TATG-AATG-AATATCCCATATCGCAAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGTTGTTATGTCACAGCCTGAGGA
gi|108977 : ATGCAATT-AATTTGTCATAGAGTGAGA-AT---T------T-ATGA-------------ATGGCGTTACATCATCGTGTGAGGA
gi|108978 : ATG-GATTTGTCATAGCGCAAGG-AG---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACATCACAGTGTGAGAA
gi|108979 : ATG-AATTAGTCA-------AGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCATTACATCATAGTGCAA
gi|108980 : G-AATTTGTCATAGCACGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCGCGAGAA
gi|108981 : G-AATTTGTCATAGCGCGTGG-AT---T------TTACGA-------------ATAGCGTTACGCCACAGCGCGAGAA
gi|108982 : TCATAGTGTGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCATTATGTAAAAGTGTGAGGA
gi|108983 : gaattttG-AATTTGTCATAGTATGAAG-AT---T------TCATGC-------------ATTGCGTTACACCACAGCATGAGAA
gi|108984 : G-AATTTGTCAAAGCATGAGA-AT---T------TTATGA-------------ATAGTGTTACATCATAGCGCGAG
gi|108985 : G-AATCTACCATAGAGCGAGG-CT---T------TTATGA-------------TTGGTGTAACGTCATAGCGCGAG
gi|108986 : G-AATTTATCATAGAACTAGG-AT---T------T-ATTA-------------ATTGCTTTACGTCACAGCGCGAGa
gi|108987 : -AATCTGTCATAGCGCAAGG-AT---T------TTATAA-------------ATGGCATTTTGTCAGAGTGAGAGAA
gi|108988 : -AATTTGTCAAAGCGTGAGT-AT---T------TTATGA-------------ACGTCGTTACGTTATAGTGCGAG
gi|108989 : GTCATAGCATGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGACGTTACATCATAGCATGAGGA
gi|108990 : atttATATGTCATAGCACAAGG-AA---T------TTATGAATGAATATGTTGTATGACGTTACATCATAGGGCTAG
gi|108991 : GTCACAGCGCGAGG-AC---T------GTATGA-------------ATGGTGTTACGTTATAGGGCGAGGA
gi|108992 : tGTCATAGCATGAGT-GT---T------TTATGA-------------ATGACATTACGTCATAGCACAA
gi|108993 : tGTCCTAGCGCGAGG-AT---T------GTATGA-------------TTGGCGTTACGTCATAATGCGA
gi|108994 : tTCATAGCACAAGG-AT---T------TTATGA-------------AGGGCATTAGGTCATAGCGAGA
gi|108995 : CATAGCACGAGA-AT---T------TTATGA-------------ATTACATTACGTCATAGCGCGAGAA
gi|108996 : CGTGG-AT---T------TTATGA-------------TTGGCGTTACGTCAATGCGCGAGAA
blockSeqs : C T GTT CATTAA ATGAATATGTTGT
blockSeqs : C . . . GTAAGTCAC
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATTTATG-AATG-AATACGTCATAGCGCGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCATAGCGCGAGGA
finalCons : ATTTATG-AATG-AATACGTCATAGCGCGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCATAGCGCGAGGA
Alignments
lowQualScore : 2 1 0 0 0 111 222222 7777777777777
lowQualScore : . . . . . ... ...... .............
lowQualScore : 9 0 4 2 8 444 333333 8888888888888
consensus : ATTTATG-AATG-AATACGTCATAGCGCGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCATAGCGCGAGGA
Reference ( family-499 ) : ATTTATG-AATG-AATACGTCATAGCGCGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCATAGCGCGAGGA
gi|108948 : ATTTATG-TATG-AATGCGTCATAGCACAAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCGCGAGAA
gi|108949 : ATTTATG-AATG-GATACGTCACAGCACGAGG-AT---T------GTATGC-------------ATGGCGTTACGTCATAGCGCAAGAA
gi|108950 : ATTTATG-AATG-AATACTTCACAGCACAAGA-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTATGTCATAGCGCGAGGA
gi|108951 : ATTTATG-AATG-AATACGTCATAGAACGAAG-AT---T------TTATGA-------------AAGGCGTTACTTCACAGCGCGAGAA
gi|108952 : ATTTATG-AATG-AATACATCATAGCATGAAG-AT---T------TTATGA-------------ATGGTGTTACATCATAGTGTGAGGA
gi|108953 : ATTTATG-AATT-AATATGCCATAGTATGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTTTGTTACAGCGTGAGAA
gi|108954 : ATTTATG-AATG-AATATGTAACAACACAAGG-AT---T------TTATGA-------------AT-GCGTTACGTCATAGCCTGAGGA
gi|108955 : ATCTATG-AATA-AATACGTCATTGCGCGAGT-AT---T------TTATGA-------------ATGACGTTACGCCATACCACGAGGA
gi|108956 : TG-AATG-AATACGTTATAGCATAAGG-GT---T------TTACGA-------------ATGGCATCACGTCACAGCACAAGAA
gi|108957 : atgttATTTATG-AATG-AAAACGTCACAGCACGAGA-AT---T------TTATGA-------------ATGGCTTTACGTCAATGAGCGAGGA
gi|108958 : ATTTATG-TATA-AATACATCATAGCACAAGG-AT---A------TTATGA-------------ATGGCATTATGTCACAGCATGAGAA
gi|108959 : ATTTATA-AATA-AATACGTCATGGCATGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATTGCGTTACGCAATAGCAAGAGGA
gi|108960 : ATTTATG-AATG-AATATGTAATAGCACAAAA-AT---T------TTATGA-------------AAGGCGTTAAGTCTTGACGTGAGGA
gi|108961 : ATTTATG-AACG-ATTACGTCATAGCGCAAGG-AT---T------TTATAA-------------ATGGCGC----TCATAGCGCAAGGA
gi|108962 : ATATATG-AAAT-AATACGCCATAACGCGGAA-ATGTTT------TCATGA-------------TTGACGTTACGTCATAGCGCGGGGA
gi|108963 : ATTTATG-AATG-GATACGTCACAGCATGAGGTAT---TCATTAATTATGAGTAAGTCAC----ATGGCATCATGTCAAAGCGCGAGGA
gi|108964 : TATG-A-TG-AATACGTCATTGCGTGAGC-AT---T------TTATGA-------------ATGGTGTTATGT
gi|108965 : atagTATG-AATG-GATACGTCATAGCACGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATAGCGTTACGTCATATCGC
gi|108966 : ta-AATA-AATACGCTATAGCTTGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCATTGCATCACAGCGTGAGAA
gi|108967 : tataaaTCATAGTCTGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATAGCGTTAGGTCACAGCACGAGAA
gi|108968 : tataagaatgagatgcagatggaaaatTATA-TATG-ATTTTGTCATAACGTGATG-GT---T------TTG-GA-------------ATGACGTTACGTCACAGCGTG
gi|108969 : ATGTAATTTGTCATAGCGCGATA-AT---T------TTGTGA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCGCGGG
gi|108970 : atatcgcTATG-AATG-AATACGTCACAGCACGGGG-AT---T------TTATAA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCGa
gi|108971 : aTATG-AATG-AAAAAGTCATAGCACAAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCATTACTTCATAGTGCAAGAA
gi|108972 : aTATGCAAGG-AATTTGTCATAGAGCGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGTGTTACGTCATAGCGTGAGGA
gi|108973 : aTAAG-AATA-CATACAT-ATAGCACGAGG-AT---T------TAATGA-------------ATAGCGTTAAGCCATAGCGCGAGGA
gi|108974 : TATG-AATG-AATACGTTATAACGCGAGG-TA---T------TTATGG-------------ATGGCGTTACGTCTTAGTGAGAG
gi|108975 : TATG-AATG-AATACGCCATAACGCGAGG-TA---T------CTATGG-------------ATGGCGTTACGTCTTAGTGAGAG
gi|108976 : TATG-AATG-AATATCCCATATCGCAAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGTTGTTATGTCACAGCCTGAGGA
gi|108977 : ATGCAATT-AATTTGTCATAGAGTGAGA-AT---T------T-ATGA-------------ATGGCGTTACATCATCGTGTGAGGA
gi|108978 : ATG-GATTTGTCATAGCGCAAGG-AG---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACATCACAGTGTGAGAA
gi|108979 : ATG-AATTAGTCA-------AGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCATTACATCATAGTGCAA
gi|108980 : G-AATTTGTCATAGCACGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCGTTACGTCACAGCGCGAGAA
gi|108981 : G-AATTTGTCATAGCGCGTGG-AT---T------TTACGA-------------ATAGCGTTACGCCACAGCGCGAGAA
gi|108982 : TCATAGTGTGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGGCATTATGTAAAAGTGTGAGGA
gi|108983 : gaattttG-AATTTGTCATAGTATGAAG-AT---T------TCATGC-------------ATTGCGTTACACCACAGCATGAGAA
gi|108984 : G-AATTTGTCAAAGCATGAGA-AT---T------TTATGA-------------ATAGTGTTACATCATAGCGCGAG
gi|108985 : G-AATCTACCATAGAGCGAGG-CT---T------TTATGA-------------TTGGTGTAACGTCATAGCGCGAG
gi|108986 : G-AATTTATCATAGAACTAGG-AT---T------T-ATTA-------------ATTGCTTTACGTCACAGCGCGAGa
gi|108987 : -AATCTGTCATAGCGCAAGG-AT---T------TTATAA-------------ATGGCATTTTGTCAGAGTGAGAGAA
gi|108988 : -AATTTGTCAAAGCGTGAGT-AT---T------TTATGA-------------ACGTCGTTACGTTATAGTGCGAG
gi|108989 : GTCATAGCATGAGG-AT---T------TTATGA-------------ATGACGTTACATCATAGCATGAGGA
gi|108990 : atttATATGTCATAGCACAAGG-AA---T------TTATGAATGAATATGTTGTATGACGTTACATCATAGGGCTAG
gi|108991 : GTCACAGCGCGAGG-AC---T------GTATGA-------------ATGGTGTTACGTTATAGGGCGAGGA
gi|108992 : tGTCATAGCATGAGT-GT---T------TTATGA-------------ATGACATTACGTCATAGCACAA
gi|108993 : tGTCCTAGCGCGAGG-AT---T------GTATGA-------------TTGGCGTTACGTCATAATGCGA
gi|108994 : tTCATAGCACAAGG-AT---T------TTATGA-------------AGGGCATTAGGTCATAGCGAGA
gi|108995 : CATAGCACGAGA-AT---T------TTATGA-------------ATTACATTACGTCATAGCGCGAGAA
gi|108996 : CGTGG-AT---T------TTATGA-------------TTGGCGTTACGTCAATGCGCGAGAA