lowQualScore : 1 2222222222222222222222 1 111 22222222222 11111111111 1 1111 11
lowQualScore : 2 2 4 1 333 333 9999999999999999999999 2 2 4 2 6 3 000 1 33 1 55555555555 11 22 5555 11 1 44444444444 1 111 1 111 44444 1 111 222222 2222 22 0 0 88888 5 0 1 0 0 5555 2 1 111 22 0 22 4444444 77
lowQualScore : . . . . ... ... ...................... . . . . . . ... . .. . ........... .. .. .... .. . ........... . ... . ... ..... . ... ...... .... .. . . ..... . . . . . .... . . ... .. . .. ....... ..
lowQualScore : 9 7 0 3 999 999 6666666666666666666666 1 1 2 1 0 4 777 7 88 5 99999999999 66 00 3333 99 4 88888888888 1 999 1 444 44444 9 777 777777 0000 66 9 9 44444 0 9 8 9 9 9999 6 7 555 44 9 99 6666666 22
consensus : TGCCTTTTG-AAGGGGGAAAAAT---GAG---CG-----------T----------TT-G-GG-G-GAATTTTAATAGGTCG-T-AA--AAT-AAAA-T--AAT---AA-AA--A-AGAA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CGTAAGT-----AT-GT---A------TA----T--TTAAA-ACAGT-TA----ACAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTTCA-TTGTT---TT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACC-------CCAC-TTAAA
Reference ( gi|17224 ) : TGGCTTTTG-AAGGGGAAAAAAT---GAG---CA-----------T----------TT-G-GG-G-GA-TTTTGATAGGTAA-T-AA--AAT-AAAA-T--AAT---AA-AA--A-AGAA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TA----T--TTAAA-ACAGT-TA----ACAGGTCAACATAC-CT-GT-TCTTCA-TTGTT---AT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACC-------CCAC-TTAAA
gi|17225 : TGCCTTTTG-AAGGGGGAAAAAT---GAG---TG-----------T----------TT-G-GG-G-GAATTTTAATAGGTCA-T-AA--AAT-GAAA-T--GA-----------A-AAAA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GTTGTA------TA----T--TTAAA-ACAGT-TA----ACAGGTCATCATCC-CT-GT-TCTTCA-TTGTT---TT-AA-AC---TG--T-T--AAACAGGAATTAATCC-------CCAC-TTAAA
gi|17229 : TGCCTTTTG-AAAGGGGAAAAAT---GAG---TG-----------T----------TT-G-GGCG-AA-TTTTAATAGGTTG-T-AA--AAT-AAAA-T--AA-----A-AA--A-AACA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-AT---A------TA----T--TTAAA-ACAG---------CAGGTCAACATTC-CT-GT-TTTTCA-TTGTT---AT--A-AC---TG--T-T--TAACTGGCATTCAACC-------CCAC-TTaa
gi|17226 : TGCCTTTTA-AAGGGGGAAAAAT---GAG---TA-----------T----------TT-A-AG-G-GAATTTTAGAAGGTCG-T-AA--AAT-AAAA-------------AA--A-AAAT--A-A-----A-----G-AA---A-T-CATAAAT-----AT-GT---A------TA----T--TTAAATACAGTATAC---ACAGGTCAACATTC-CT-GT-TCTTCA-TTGTT---TT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACC-------CCAC-TTAAA
gi|17228 : TGCCTTTTG-AAGGGGGAAAAAT---GAG---CA-----------T----------TT-G-GG-G-GAATTTTAATAGG-AC-T-AA--AAA-AAAA----AAT---AA-AC--A-AGGA--A-A-----A-----C-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---ACCGGTATA----T--TTAAA-ACA------------GGTCAACATCT-CA-GT-TCTTCA-TTGTT---TT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACA-------CCAC-TTAAAaa
gi|17227 : TGCCTTTTG-AAGGGGGAAAAATAATGAG---CG-----------T----------TTTG-GG-G-GA-ATTTTATAGGTCG-T-AA--AAT-AAAA-T--AA----AA-AA--A-AGAC--A-A-----A------------A-T--ATA--T-----AT-AT---A------TA----T--TTAAA-ACATT-TA----ACAGGTCAACATGC-CT-GT-TCTTCA-TTGTT---TT-AA-AC---TA--T-T--AAACTGACATTAAACA-------CCACTTTAAAaa
gi|17234 : TGCCTTTTG-AAGGGGAAAA--T---GAG---CA-----------TAAA-------T----AG-G-AA-TTTTAATTTGTGG-T-AA--AAT-AAAA-------------------AGCA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TG----T--TTAAA-ACAGT-TA----ACAGGTCAACATCC-TT-GT-CCTTTA-TTGTT----T-AAGAC---TG--T-A--AAACTGGCATTAAATC-------CTA--TTAAAaa
gi|17231 : TGCCTTTTA-TAGGGGGAAAA-T---AAG---CA-----------T----------TT-G-GG-A-GAATTTTAATAGGTCA-T-CA--AAT-GAAA-----AT---AA-AA--A-------------------------------------GT-----AT-AT---A------TA----TAATTAAA-ACAGT-TA----ACAGGTCAACATCT-AT-GT-TCTGCA-TTGTT---TT-AA-AT---TG--T-TA-AAACTGGCATTAGACC-------CCAC-TTAAAaa
gi|17235 : TGCCTTTTG-AAGGGAAAAAAAT---GAG---CG-----------TCAATTGGAGTTT-G-GG-G-AAATTTCAATAGGTGG-T-AA--AAT-AAA-------T---AA-AA--A-ACAA--A-A-----------G-AA---A-T-CATAAGT-----A--------------------------AA-ACAGT-AA----ACAGGTCAACATCT-CT--T-TCTTCA-TTGTT---TT-AT-AC---TG--T----AAACTGGCATTAAACCCCAAACCCCAT-TTAAA
gi|17232 : TGTCTTTTG-AAGGGGGAAAA-T---TAG---CA-----------TAAA-------TT-G-GA-G-----TTTGGCAG--AA-T-T-----T-TAAA-C--AGT---GGTAA--A-ATAA--A-AT----A-----G-AA---A-T----------------GT---A------TG----T--TTGAA-ACAGT-TA----ATAGGTCAACATCC-CT-GT-CCTTCA-TTGTT---TT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACaa
gi|17236 : TGCCTTTTG-AAGGGGGGAAAAT---GAG---CATAAATTGGGAGT----------TT-G-GG-GAAA-TTTTAAGAGGTGG-T-AA--AAT-CAAA-T----T---AA-AA--A---CA--A-A-----A-----G-AA---A-T-T----GT-----AT-GT---A------TG----T--TTAAA-ACTCT-AA----ACACGTTTACACCT-CT-GT-TTTT---TCATT---A----------TG--T-T--AAACTGGCATTAAACC-------CGAT-TT
gi|17238 : TGCCTTTTG-AAGGGGGGAAAAT---GAG---CA-----------T----------TT-G-GGCA-AA-ATTTAATAGGTCA-T-AA--AAT-AAAA-T---TT---AA---------AA--A-A-----A-----C-AA---A-T-CGTAAG-------T-GT---A------TA----T--TTAAA-ATAG
gi|17237 : GCCTTTATAAGGGGGAAAAAT---GAG---CA-----------T----------TT--------------TAAAAGGTCG-T-AA--AAT-AAAA-T--AA--------A--A-AGCA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CATAATT-----AT-GT---A------TA----T--TTAAA-ACATT-TA----ATAG-------------------TTCA------------AA-AC---TA--T-T--AAAATGGCATTAAACC-------CCATATTAAA
gi|17223 : tCTTTTG-AAGGGGGAAAAAT---GAA---CG-----------T----------TT-G-GG-G-GAATTTTAATAGGTCA-T-AA--AAT-AAAA-T--GG-----A-AA--A-AACA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-TT---A------TA----T--TTAAA-ACAGT-TA----ACAGATAAACATCC-CC-GT-TCTTCA-TTGTT---TT-AA-AC---TG--T-T---AACTGGCATTAAACC-------CCAC-TTAAaa
gi|17230 : tacTTTTG-AAGGGGGAAAA-T---GAG---CG-----------T----------TT-G-GG-G-GAATTTTGATAGGTCG-T-AA--AAT-AGAA-T--AA-----A-AA--A-AACA--A-A-----A-----G-AT---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TA----T--TTAAA-ACTGT-TA----ACAGATCAACATCC-CT-GT-ACTCCA-TTGTG---CT-AA-AT---TT--T-T--AAACTGGCATCAGCCA-------CCGC-TTAA
gi|17239 : tgctTTTTG-AGGGG-----AAT---GAGGGATA-----------T----------T----GT-G-AA-TGTTGA-AAATGA-TGAA--AAT-GGAG-G--GAA---AA-TC--A-AAAC--A-A-----A-----GCAA---A-T-CGTAAGTTAACAAT-GT---A------TG----T--TTAAA-AGAGT-TA----AGAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTTAA-CTGTT---TT-CA-AC---TG--T-T--AAAGTGGCATTCAATT-------CCA--TTAAAtaaa
gi|17240 : GGGGAAAGGGG---GGG---T------------T----------TT-G-GG-G-GAATTTTAATAGGTCG-T-AA--AAT-AAAA-G--AA-------AA--A-AGAA--A-A-----------G-AA---A-T-AATAAGT-----AT-GT---C------TA----T--CTAAA-ACAGT-TT----ACAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTTAA-TTGTT---TC-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACA-------CCAC-TTAAAaa
gi|17233 : gGGGGGAGGAAT---GAG---CAAAAGTTGGAG-T----------TT-GCAG-G-AA-TTTTAATAGGTCG-T-AA--AA-----A-TCAAAT---AA-AA--A-ACAA--A-A-----------G-AA---A-T-CGTAACT-----AT-GT---A------T-----T--TTAAA-GCAGT-TA----ACAGGTCAACATCC-CT-GT-TTTTCA-TTGTT----T-AA-AC---TA--T-T--AAACTGGTACTAAACC-------CCAT-TTAAAaa
gi|17241 : tgccttttgaagtgggggtgtggGGGGAAAGAT---GAA---AA-----------C-------------G-GG-G-GA-T---GGTGGTTA----------T-AATA-T--AAT--------------------------------G-AA---A-TTCATAAGT-----AT-GT---A------TG----T--TTTAT-ACAGT-TT----GCAGGTCATCTTCC-CT-AT-TCTTCA-TTGTT---TT-AA-AC---TG--G-T--AAACTGACATTAAACC-------CCA--TTAAA
gi|17243 : -G-GG-G-GA-TTTTAATAGGTCA-T-AA--AAT-AAAA-T--AA---------------GA--A-A-----A-----G-AA---A-------AG--------------A------TA---------------------------AGGTAAACATTC-CA-GT-TCTTCA-TTGTT---TT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGTATTaa
gi|17244 : g-TTTCAATAGGGAAGT-AATGAAG-AAAA-C--GGTTGGAA-AA--A-ATCA--A-A-----ATG---G-CACATA-T-CATGAGT-----AT-GT---A------TG----T--TTAAA-ACAGT-TT----ACAGGTCAACATCC-C-------------TATT---AT-AA-AC---TA--T-T--CAATTGGCATT
gi|17246 : ggggaaagtccTTTAATAGGTCA-T-AA--AAT-AAAAAT--AAT---AA-AA--T-AGAA--A-A-----ACATAAG-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TA----T--TC-AA-ACAGT-TA----ACAAGTCAACATCC-CT-GT-TCTTCA-TTGTT---GT-
gi|17245 : GTAA-T-GA--CA--AAAA-T--GGG---AA-AA--A-CAAA--ACA-----AT----G-AA---AGT-TGTAAAT-----AT-GT---A------TG----T--T-AAA-ACAGT-TT----ACAGGTCATCTTCC-CT-GT-TTTTTA-TTGTT---TT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGACATTAAATC-------CTA--TTAAAtttaa
gi|17242 : gggaaaatagcatcGTCA-T-AAT-AATGAAAA-T--GGG---AG-AA--A-AGCA--G-ACAAT-A-----T-AA---A-T-CATAAGC-----AT-GT---A------TA----A--T-AAA-CCAGT-TA----ACA--TC------C-CC-GC-T-TTCT-TTGTT---AT-AA-AC---AG--T-T--AAACAGGCATTAAACaa
gi|17248 : taggggaaaacagcA--AAT-AAAA-T--AA----AA-TA--A-AAAACTA-A-----A-----G-AA---A-T-TATAAGT-----AT-TT---A------TA----T--TTAAA-ACA--------------TC------C-CT-GT-TCTTCA-TTGTT---TT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACC-------CCAC-TTAAA
gi|17254 : A--AA--AAAA-C--AAC---AA-CA--A-TGAA--A-A--------------------T-CCTA---------T-GT----------TA----T--TT----------TA-----CAGGTCAACATCC-CTTGT-TCTTCA-TCGTT---TT-AA-AC---TT--T-T--AAAC-GCCATTAAAaa
gi|17250 : -AAAA-T--GGG---GA-AA--ACACAA--A-ACCATGA-----A-AA---A-T--GTAAATT----AT-GT---A------TA----T--TTAAA-ACAGT-TA----AAAGGTCAATATCC-CT-GT-TTTTCA-TTCTTAAGAC-AA-AT-------T-T--AAATTGGCATTAAAaacattaagaa
gi|17253 : --AAC---AA-AACAA-AGAA--A-A-----T-----G-GT---A---CAT--GT-----AT-GT---A------TG----T--TTAAA-ACAG------------ATCAACATTC-CT-GT--CTTCA-TTGTT---TT-AA-AC---TG--T-T--ATACTGGCAT
gi|17256 : AA--A-A-----A-----G-AA---T-T-T----GT-----AT-GT---A------TA----------GA-ACAGT-TT----ACAGGTAAACATCT-CT-TT-TCTTCA-TAATT---TT-AA-AC---------T--AA--TGGTATTAAACctccataaaaa
gi|17255 : A--A-A-----A-----A-AA---A-T-TGTAAGT-----AT-GT---A------TG----T--TTAAA-ACAGT-TAAC--ACAGGTCAACATCC-CT-GTCTTTTGA-TTGTT---TT-AA-AC---TG--T-T--AAATAGGTGTT
gi|17260 : -AA---A-T-CATAAGT-----CT-GT---A------TG----T--TTAAA-ACAGT-TG----ACAGGTCAACCTCC-AT-GT-TTTTCA-ATGTT---TT-TA-AA---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACC-------C
gi|17257 : -AA---G-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TG----T--TTAAA-ACAGT-GA----ACAGGTCAGGATCC-CT-GA-TATTTA-TTATT------------------T-T--AAACGGGCATTAAACC-------CCAT-TTa
gi|17247 : a-AA---A-T-CATAATT-----AT-GT---A------TA----T--TT-AA-ACAGT-TT----ACAGATCATCATTC-TT-GT-TCTT-A-TTGTT---TT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGTC-TT-AATG-------CCA--TTAAA
gi|17252 : gtcatgttgaaaatgggggaaattcaaaaatcaaaacaacgc-AA---A-T-TGTAAAT-----TTTGT---A------TA----T--TTAAA-ACAGT-TT----ATAGGTCAATATCC-CG-GT-TCTTTA-T--TC---ATCAG-AC---TGTTT-T--AAACTGGCATTAAaa
gi|17251 : atgaaaaagggggaacacaaaaccatga-AA---A-T-TGTAAAT-----TTTGT---A------TA----T--TTAAA-ACAGT-TT----ATAGGTCAATATCC-CG-GT-TCTTTA-T--TC---ATCAG-AC---TGTTT-T--AAATTGGCATTAAA
gi|17249 : aaaatgggggaacacaaaaccatga-AA---A-T-CGTAAATT----AT-GT---A------TA----TATTTGAA-ACAGT-TT----ATAGGTCAATATCC-GT-GT-GCTTCA-T--TC---AC-AAGAC---TG--T-TTAAAATTGGCATTAAA
gi|17259 : aaaaaggtgaaaacacaaaaccatga-AA---A-T-TATAAAT------T-TT---G------TG----T--TTAAA-ACCAT-TT----AGAGGTCATCATCC-TT-GT-TCTTCC-TTGTT---AT-AA-ACAATTG--T-T--
gi|17258 : a-AA---A-T-TGTAAAT-----AT-GT---A------TATATAT--TTAAA-ACAAT-TAATTTACAGGTTTTCTTCC-TT-TT-TCTTCA-TTGTT---TTAAA-AT---TA--TAT--AAAATACCATTAAA
gi|17261 : aTAAGT-----AT-GT---A------TG----T--TTAAG-ACAGT-TT----ACAGGTT-ATATTCACT-GT-TCTTTA-TTGTT----T-TA-AC---TG--T-T--AAAATGGCATTAAA-T-------CTAA-TTAAAaaacataattaaaaa
gi|17262 : GT-----AA-AT---A------TG----T--TTAAA-ACAGT-T--------TGTAAACATGC-CT-GT-TCTTCA-TTGTT---TT-AA-AC---TT--T-T--AGACTGGAATTAAACA-------CCA--TTAAA
gi|17263 : T-----AT-GT---A------CA----T--TTAAA-ACAGT-TC----ACATGTCAACATCC-TT-GT-TCTTTT-TTGTT---TT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTaa
gi|17264 : -----AT-AT---A------TT----T--TCAAA-ACAGT-TT----ACAGTTCAAGATCC-CT-GT-TCTTCACTTGTT---GT-AA-AC---GG--G-T--AA
gi|17265 : T-GT---A------TA----T--TTAAA-ACAGT-TT----TCAAGCTAAGATCC-CT-GT-TCTCCA-TTGTT---TT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAATC-------CCA---TAAA
gi|17266 : --TTAAA-ACAGT-TT----ACAGGTCAACATTC-TT-GA-CCTTTG-TTGTT---TT-AA-AC---TA--T-T--CAACTTGCATTAAACC-------CCA--TTAAAaa
gi|17267 : -ACACT-TA----CCAG--TGACATTT-CTTGT-T-TTCA-TTGTT---TT-AA-AC---TG--T-T--TAAATGGCATAAAATC-------CCA---TAAAa
gi|17268 : ----ACAGGTCAACATCC-CA-AT-TTTTCA-TGGTT------------------T-T--AAACTGGCATTAAGCaa
gi|17269 : AGGTCAACATTT-CT-GT-ATTTCA-TTGTT---TT-AT-AC---TG--T-TA-AAACTGGCATTAAACC-------CCA--TTAAAaacacaatttaa
gi|17270 : TCA-TTGTT----T-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACaa
gi|17271 : A-TTGTT---TT-AA-AC---TG--A-T--AAACTGGCATTAAACC-------CCA--TTAAAagcac
Alignments
lowQualScore : 111111111111 22222222222222222222222 22222222222222222222 11
lowQualScore : 111111111111 55555 333 4444 44444444444444444444444 2 1 44444 3 1 66 1 4444 88888888888888888888 33 1 99999999999 1 111 1 222 1 1 44444 1 111 222222 3333 0 0 666 1111 0 1 0 0 222 0 1 333 22 0 22 66
lowQualScore : ............ ..... ... .... ....................... . . ..... . . .. . .... .................... .. . ........... . ... . ... . . ..... . ... ...... .... . . ... .... . . . . ... . . ... .. . .. ..
lowQualScore : 444444444444 66666 999 7777 66666666666666666666666 0 8 55555 5 7 00 6 8888 66666666666666666666 22 3 44444444444 1 888 1 000 0 0 33333 9 666 777777 2222 9 9 111 9999 9 7 9 9 333 8 7 000 33 9 99 66
consensus : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA-T--AA----AAAAA--AGAA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CGTA-A-GT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TA--A----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
Reference ( family-494 ) : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA-T--AAT---AAAAA--AGAA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CGTA-A-GT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TA--A----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
gi|17223 : TACCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----AC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAA-T--GG-----AAAA--AACA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CATA-A-GT-----AT-TT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TA--A----CAGATAAACATCC-CC-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T---AACTGGCATTAAACCCCAC-TTAA
gi|17224 : TGGCTTTTGAAG------------GGGAAAAA-----AT---GA----GC-----------AT----------TT-GGGGGA-------TTTTGATAG-GTA-ATAA--AA-T----AAAA-T--AAT---AAAAA--AGAA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CATA-A-GT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TA--A----CAGGTCAACATAC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTAT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
gi|17225 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GT-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----GAAA-T--GA--------A--AAAA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CATA-A-GT-----AT-GTTGTA------TAT----TTAAA-ACAGT-TA--A----CAGGTCATCATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACAGGAATTAATCCCCAC-TTAAA
gi|17226 : TGCCTTTTAAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GT-----------AT----------TT-AAGGGA-A-----TTTTAGAAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA------------AAA--AAAT--A-A-----A-----G-AA---A-T-CATA-A-AT-----AT-GT---A------TAT----TTAAATACAGTATAC-A----CAGGTCAACATTC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAAaa
gi|17227 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----ATAATGA----GC-----------GT----------TTTGGGGGA-A-----TTTTA-TAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA-T--AA----AAAAA--AGAC--A-A-----A------------A-T--ATA----T-----AT-AT---A------TAT----TTAAA-ACATT-TA--A----CAGGTCAACATGC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TA--T-T--AAACTGACATTAAACACCACTTTAAAaa
gi|17228 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------AT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GAC--TAA--AA-A----AAAA----AAT---AAACA--AGGA--A-A-----A-----C-AA---A-T-CATA-A-GT-----AT-GT---ACCGGTATAT----TTAAA-ACA--------------GGTCAACATCT-CA-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACACCAC-TTAAAaa
gi|17229 : TGCCTTTTGAAA------------GGGGAAAA-----AT---GA----GT-----------GT----------TT-GGGCGA-A-----TTTTAATAG-GTT-GTAA--AA-T----AAAA-T--A-----AAAAA--AACA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CATA-A-GT-----AT-AT---A------TAT----TTAAA-ACAG-----------CAGGTCAACATTC-CT-GT-TTTT-CA---TTGTTAT--A-AC---TG--T-T--TAACTGGCATTCAACCCCAC-TTaa
gi|17230 : TGCTTTTTGAAG------------GGGGAAAA------T---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTGATAG-GTC-GTAA--AA-T----AGAA-T--AA-----AAAA--AACA--A-A-----A-----G-AT---A-T-CATA-A-GT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACTGT-TA--A----CAGATCAACATCC-CT-GT-ACTC-CA---TTGTGCT-AA-AT---TT--T-T--AAACTGGCATCAGCCACCGC-TTAA
gi|17231 : TGCCTTTTATAG------------GGGGAAAA------T---AA----GC-----------AT----------TT-GGGAGA-A-----TTTTAATAG-GTC-ATCA--AA-T----GAAA-----AT---AAAAA----------------------------------GTA----T-----AT-AT---A------TAA----TTAAA-ACAGT-TA--A----CAGGTCAACATCT-AT-GT-TCTG-CA---TTGTTTT-AA-AT---TG--T-TA-AAACTGGCATTAGACCCCAC-TTAAAtaaa
gi|17232 : TGTCTTTTGAAG------------GGGGAAAATTAGCAT---AAATTGGA-----------GT----------TT-GGCAGA-A-----TTTTAAACA-GTG-GTAA--AA-T----AAAA-T--A--------------------------------G-AA---A-T------------------GT---A------TGT----TTGAA-ACAGT-TA--A----TAGGTCAACATCC-CT-GT-CCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAAC
gi|17233 : TGCCTTTTGAAGTGGGGGTGTGGGGGGGAGGA-----AT---GA----GCAAAAGTTGGA-GT----------TT-GCAGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AAAT----CAAA-T--AA-------AA--AACA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CGTA-A-CT-----AT-GT---A------T-T----TTAAA-GCAGT-TA--A----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TTTT-CA---TTG-TTT-AA-AC---TA--T-T--AAACTGGTACTAAACCCCAT-TTAAA
gi|17234 : TGCCTTTTGAAG------------GGG--AAA-----AT---GA----GC-----------AT----------AA-ATAGGA-A-----TTTTAATTT-GTG-GTAA--AA-T----AAAA-----------------AGCA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CATA-A-GT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-TA--A----CAGGTCAACATCC-TT-GT-CCTT-TA---TTGTTTA-AG-AC---TG--T-A--AAACTGGCATTAAATCCTA--TTAAA
gi|17235 : TGCCTTTTGAAG------------GGAAAAAA-----AT---GA----GC-----------GTCAATTGGAGTTT-GGGGAA-A-----TTTCAATAG-GTG-GTAA--AA-T----A-------AAT---AAAAA--A-CA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CATA-A-G-----------------------------TAAA-ACAGT-AA--A----CAGGTCAACATCT-CT--T-TCTT-CA---TTGTTTT-AT-AC---TG----T--AAACTGGCATTAAACCCCAaa
gi|17236 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGGAAA-----AT---GA----GCATAAATTGGGAGT----------TT-GGGGAA-A-----TTTTAAGAG-GTG-GTAA--AA-T----CAAA-T----T---AAAAA--C--A--A-A-----A-----G-AA---A-T-TGTA-----------T-GT---A------TGT----TTAAA-ACTCT-AA--A----CACGTTTACACCT-CT-GT-TTTTTCA---TTAT-------------G--T-T--AAACTGGCATTAAACCCGAT-TTaaccccatttaaaaa
gi|17237 : TGCCTTTATAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC---------------------------------A-----TTTTAAAAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA-T--AA-------AA--AGCA--A-A-----A-----G-AA---A-T-CATA-A-TT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACATT-TA--A----TAG-------------------TT-CA-----------AA-AC---TA--T-T--AAAATGGCATTAAACCCCATATTAAA
gi|17238 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGGAAA-----AT---GA----GC-----------AT----------TT-GGGCAA-A-----ATTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAA-T---TT---AA-------AA--A-A-----A-----C-AA---A-T-CGTA-A-G-------T-GT---A------TAT----TTAAA-ATAGaa
gi|17239 : TTTTGA--------------GGGGAA--------------------------------------------T-GAGGGATA-----TTGTGA-AT-GTT-G-AA--AA-TGATGAAAA-TGGAGG---GAAAATCAAAAC-A-A-----A-----GCAA---A-T-CGTA-A-GTTAACAAT-GT---A------TGT----TTAAA-AGAGT-TA--A----GAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-AA---CTGTTTT-CA-AC---TG--T-T--AAAGTGGCATTCAATTCCA--TTAAA
gi|17240 : G------------GGGGAAAG-----GG---GG----GG-----------TT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA-G--AA------AAA--AGAA--A-A-----------G-AA---A-T-AATA-A-GT-----AT-GT---C------TAT----CTAAA-ACAGT-TT--A----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-AA---TTGTTTC-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACACCAC-TTAAAaa
gi|17241 : --A-A-----T-----G-AA---A-TTCATA-A-GT-----AT-GT---A------TGT----TTTAT-ACAGT-TT--G----CAGGTCATCTTCC-CT-AT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--G-T--AAACTGACATTAAACCCCA--TTAAAaa
gi|17242 : ggggaaagatgaaaacgggggatggtggttataatatT-AGGGGA-A---------AACAGCGTC-ATAAT-AA-TG---AAAA-T--GGG---AGAAA--AGCA--G-ACAAT-A-----T-AA---A-T-CATA-A-GC-----AT-GT---A------TAA----T-AAA-CCAGT-TA--A----CA--------TCC-CC-GC-T-TT-CT---TTGTTAT-AA-AC---AG--T-T--AAACAGGCATTAAACaa
gi|17243 : -GGGGGG-A-----TTTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAA-T--AA-------------GA--A-A-----A-----G-AA---A--------A-G--------------A------TA---------------------------AGGTAAACATTC-CA-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGTATT
gi|17244 : GGGGA-AAGTCCTTTCAATAG-GGAAGTAATGAA-G----AAAA-C--GGTTGGAAAAA--ATCA--A-A-----ATG---G-CACATA-T-CATG-A-GT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-TT--A----CAGGTCAACATCC-CT-AT-T-----A---------T-AA-AC---TA--T-T--CAATTGGCATT
gi|17245 : GGGA-A---------AATAGCATC-GTAATGAC-A----AAAA-T--GGG---AAAAA--CAAA--ACA-----AT----G-AA---AGT-TGTA-A-AT-----AT-GT---A------TGT----T-AAA-ACAGT-TT--A----CAGGTCATCTTCC-CT-GT-TTTT-TA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGACATTAAATCCTA--TTAAA
gi|17246 : TTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAAAT--AAT---AAAAT--AGAA--A-A-----ACATAAG-AA---A-T-CATA-A-GT-----AT-GT---A------TAT----TCAAA--CAGT-TA--A----CAAGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CATTGTTGTTTT-AA-aa
gi|17247 : -AA---A-T-CATA-A-TT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA--CAGT-TT--A----CAGATCATCATTC-TT-GT-TCTT--A---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGTC-TT-AATGCCA--TTAAA
gi|17248 : gtcatgttgaaaatgggggaaattcaaaaatcaaaacaacgcA--AA-T----AAAA-T--AA----AATAA--AAAACTA-A-----A-----G-AA---A-T-TATA-A-GT-----AT-TT---A------TAT----TTAAA-ACA----------------------TCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAAaa
gi|17249 : -AA---A-T-CGTA-A-ATT----AT-GT---A------TATAT--TTGAA-ACAGT-TT--A----TAGGTCAATATCC-GT-GT-GCTT-CA---T--TCAC-AAGAC---TG--T-TTAAAATTGGCATTAAAaa
gi|17250 : aaaaaggtgaaaacacaaaaccatga----AAAA-T--GGG---GAAAAC-ACAA--A-ACCATGA-----A-AA---A-T--GTA-A-ATT----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TA--A----AAGGTCAATATCC-CT-GT-TTTT-CA---T--TCTT-AAGACAAAT---T-T--AAATTGGCATTAAA
gi|17251 : -AA---A-T-TGTA-A-AT-----TTTGT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TT--A----TAGGTCAATATCC-CG-GT-TCTT-TA---TT-CATC-AG-AC---TGTTT-T--AAATTGGCATTAAA
gi|17252 : aaaatgggggaacacaaaaccatga-AA---A-T-TGTA-A-AT-----TTTGT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TT--A----TAGGTCAATATCC-CG-GT-TCTT-TA---TT-CATC-AG-AC---TGTTT-T--AAACTGGCATTAA
gi|17253 : atgaaaaagggggaacacaaaaccatgaAAA--ACAA--A-G-----A-------AA---A-T-GGTACATGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAG--------------ATCAACATTC-CT-GT--CTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--ATACTGGCAT
gi|17254 : aacA--AA------AAAA-C--AAC---AACAA--TGAA--A-A--------------------T-CCTA-----------T-GT----------TAT----TT----------TA-------CAGGTCAACATCC-CTTGT-TCTT-CA---TCGTTTT-AA-AC---TT--T-T--AAAC-GCCATTAAActccataaaaa
gi|17255 : A--A-A-----A-----A-AA---A-T-TGTA-A-GT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-TAACA----CAGGTCAACATCC-CT-GTCTTTT-GA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAATAGGTGTTaacattaagaa
gi|17256 : AA--A-A-----A-----G-AA---T-T-TGTA-----------T-GT---A------TA--------GA-ACAGT-TT--A----CAGGTAAACATCT-CT-TT-TCTT-CA---TAATTTT-AA-AC---------T--AA--TGGTATTAAAC
gi|17257 : -AA---G-T-CATA-A-GT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-GA--A----CAGGTCAGGATCC-CT-GA-TATT-TA---TTATTTT-AA-AC----G------------GGCATTAAACCCCAT-TT
gi|17258 : a-AA---A-T-TGTA-A-AT-----AT-GT---A------TATATATTTAAA-ACAAT-TA--ATTTACAGGTTTTCTTCC-TT-TT-TCTT-CA---TTGTTTTAAA-AT---TA--TAT--AAAATACCATTAAA
gi|17259 : a-AA---A-T-TATA-A-AT------T-TT---G------TGT----TTAAA-ACCAT-TT--A----GAGGTCATCATCC-TT-GT-TCTT-CC---TTGTTAT-AA-ACAATTG--T-T--aaacataattaaaaa
gi|17260 : a-AA---A-T-CATA-A-GT-----CT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-TG--A----CAGGTCAACCTCC-AT-GT-TTTT-CA---ATGTTTT-TA-AA---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCC
gi|17261 : TA-A-GT-----AT-GT---A------TGT----TTAAG-ACAGT-TT--A----CAGGTT-ATATTCACT-GT-TCTT-TA---TTGTTTT--A-AC---TG--T-T--AAAATGGCATTAAA-TCTAA-TTAAAa
gi|17262 : GTA-A-AT-----AT-GT-----------------TTAAA-ACAGT-T----------TGTAAACATGC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TT--T-T--AGACTGGAATTAAACACCA--TTAAA
gi|17263 : T-----AT-GT---A------CAT----TTAAA-ACAGT-TC--A----CATGTCAACATCC-TT-GT-TCTT-TT---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTaa
gi|17264 : -----AT-AT---A------TTT----TCAAA-ACAGT-TT--A----CAGTTCAAGATCC-CT-GT-TCTT-CAC--TTGTTGT-AA-AC---GG--G-T--AA
gi|17265 : T-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TT--T----CAAGCTAAGATCC-CT-GT-TCTC-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAATCCCA---TAAA
gi|17266 : ----TTAAA-ACAGT-TT--A----CAGGTCAACATTC-TT-GA-CCTT-TG---TTGTTTT-AA-AC---TA--T-T--CAACTTGCATTAAACCCCA--TTAAAaa
gi|17267 : -ACACT-TA--C----CAG--TGACATTT-CTTGT-T-TT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--TAAATGGCATAAAATCCCA---TAAAa
gi|17268 : --A----CAGGTCAACATCC-CA-AT-TTTT-CA---TGGTT---------------T-T--AAACTGGCATTAAGCaa
gi|17269 : AGGTCAACATTT-CT-GT-ATTT-CA---TTGTTTT-AT-AC---TG--T-TA-AAACTGGCATTAAACCCCA--TTAAAaacacaatttaa
gi|17270 : T-CA---TTGTTT--AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACaa
gi|17271 : A---TTGTTTT-AA-AC---TG--A-T--AAACTGGCATTAAACCCCA--TTAAAagcac
Alignments
lowQualScore : 111111111111 22222222222222222222222 11111111111 11
lowQualScore : 111111111111 55555 333 4444 44444444444444444444444 2 1 44444 3 1 66 1 9999 5555555555 222 99999999999 9999999999 111 1 1 0 44444 1 111 222222 3333 0 0 666 1111 0 1 0 0 222 0 1 333 22 0 22 66
lowQualScore : ............ ..... ... .... ....................... . . ..... . . .. . .... .......... ... ........... .......... ... . . . ..... . ... ...... .... . . ... .... . . . . ... . . ... .. . .. ..
lowQualScore : 444444444444 66666 999 7777 66666666666666666666666 0 8 55555 5 7 00 6 6666 4444444444 666 44444444444 9999999999 999 1 1 6 44444 9 777 777777 3333 9 9 777 9999 9 7 9 9 333 8 7 000 33 9 99 66
consensus : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AGAA--AA--A-----G-AA---A-T-CGTAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TN--A----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
Reference ( family-494 ) : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AGAA--AA--A-----G-AA---A-T-CGTAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TA--A----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
gi|17223 : TACCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----AC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAA----TG--G-A---AAA--A--ACAA--AA--------G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-TT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TA--A----CAGATAAACATCC-CC-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T---AACTGGCATTAAACCCCAC-TTAA
gi|17224 : TGGCTTTTGAAG------------GGGAAAAA-----AT---GA----GC-----------AT----------TT-GGGGG--A-----TTTTGATAG-GTA-ATAA--AA-T----AAAA----TA--ATA---AAA--A--AGAA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TA--A----CAGGTCAACATAC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTAT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
gi|17225 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GT-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----GAAA----TG--A-A---AAA--A--A------A--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GTTGTA------TAT----TTAAA-ACAGT-TA--A----CAGGTCATCATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACAGGAATTAATCCCCAC-TTAAA
gi|17226 : TGCCTTTTAAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GT-----------AT----------TT-AAGGGA-A-----TTTTAGAAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA---------------AA--A--AAAT--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAAT-----AT-GT---A------TAT----TTAAATACAGTATAC-A----CAGGTCAACATTC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAAaa
gi|17227 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----ATAATGA----GC-----------GT----------TTTGGGGGA-A-----TTTTA-TAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AGAC--AA--A------------A-T--ATA--T-----AT-AT---A------TAT----TTAAA-ACATT-TA--A----CAGGTCAACATGC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TA--T-T--AAACTGACATTAAACACCACTTTAAAaa
gi|17228 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------AT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GAC--TAA--AA-A----AAAA----AA--T-A---AAC--A--AGGA--AA--A-----C-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---ACCGGTATAT----TTAAA-ACA--------------GGTCAACATCT-CA-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACACCAC-TTAAAaa
gi|17229 : TGCCTTTTGAAA------------GGGGAAAA-----AT---GA----GT-----------GT----------TT-GGGCGA-A-----TTTTAATAG-GTT-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--A-CA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-AT---A------TAT----TTAAA-ACAG-----------CAGGTCAACATTC-CT-GT-TTTT-CA---TTGTTAT--A-AC---TG--T-T--TAACTGGCATTCAACCCCAC-TTaa
gi|17230 : TGCTTTTTGAAG------------GGGGAAAA------T---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTGATAG-GTC-GTAA--AA-T----AGAA----TA--A-A---AAA--A--ACAA--AA--------G-AT---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACTGT-TA--A----CAGATCAACATCC-CT-GT-ACTC-CA---TTGTGCT-AA-AT---TT--T-T--AAACTGGCATCAGCCACCGC-TTAA
gi|17231 : TGCCTTTTATAG------------GGGGAAAA------T---AA----GC-----------AT----------TT-GGGAGA-A-----TTTTAATAG-GTC-ATCA--AA-TG---AAAA----TA--A-A---AA----------------------------------GTA--T-----AT-AT---A------TAA----TTAAA-ACAGT-TA--A----CAGGTCAACATCT-AT-GT-TCTG-CA---TTGTTTT-AA-AT---TG--T-TA-AAACTGGCATTAGACCCCAC-TTAAAtaaa
gi|17232 : TGTCTTTTGAAG------------GGGGAAAATTAGCAT---AAATTGGA-----------GT----------TT-GGCAGA-A-----TTTTAAACA-GTG-GTAA--AA-T----AAAA----TA--G-A---AA----------------------------------------------T-GT---A------TGT----TTGAA-ACAGT-TA--A----TAGGTCAACATCC-CT-GT-CCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAAC
gi|17233 : TGCCTTTTGAAGTGGGGGTGTGGGGGGGAGGA-----AT---GA----GCAAAAGTTGGA-GT----------TT-GCAGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AAAT----CAAA----TA--A-A---AAA--C--A-----AA--A-----G-AA---A-T-CGTAACT-----AT-GT---A------T-T----TTAAA-GCAGT-TA--A----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TTTT-CA---TTG-TTT-AA-AC---TA--T-T--AAACTGGTACTAAACCCCAT-TTAAA
gi|17234 : TGCCTTTTGAAG------------GGG--AAA-----AT---GA----GC-----------AT----------AA-ATAGGA-A-----TTTTAATTT-GTG-GTAA--AA-T----AAAA----------------------AGCA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-TA--A----CAGGTCAACATCC-TT-GT-CCTT-TA---TTGTTTA-AG-AC---TG--T-A--AAACTGGCATTAAATCCTA--TTAAA
gi|17235 : TGCCTTTTGAAG------------GGAAAAAA-----AT---GA----GC-----------GTCAATTGGAGTTT-GGGGAA-A-----TTTCAATAG-GTG-GTAA--AA-T-----AAA----TA--A-A---AAA-------CA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAG-----------------------------TAAA-ACAGT-AA--A----CAGGTCAACATCT-CT--T-TCTT-CA---TTGTTTT-AT-AC---TG----T--AAACTGGCATTAAACCCCAaa
gi|17236 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGGAAA-----AT---GA----GCATAAATTGGGAGT----------TT-GGGGAA-A-----TTTTAAGAG-GTG-GTAA--AA-T----CAAA----TT--A-A---AAA--C--A-----AA--A-----G-AA---A-T-TGTA---------T-GT---A------TGT----TTAAA-ACTCT-AA--A----CACGTTTACACCT-CT-GT-TTTTTCA---TTAT-------------G--T-T--AAACTGGCATTAAACCCGAT-TTaaccccatttaaaaa
gi|17237 : TGCCTTTATAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC---------------------------------A-----TTTTAAAAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AA-------GCA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAATT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACATT-TA--A----TAG-------------------TT-CA-----------AA-AC---TA--T-T--AAAATGGCATTAAACCCCATATTAAA
gi|17238 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGGAAA-----AT---GA----GC-----------AT----------TT-GGGCAA-A-----ATTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAA----TT--T-A---A---------AA--AA--A-----C-AA---A-T-CGTAAG-------T-GT---A------TAT----TTAAA-ATAGaa
gi|17239 : TTTTGA--------------GGGGAA--------------------------------------------T-GAGGGATA-----TTGTGA-AT-GTT-G-AA--AA-TGATGAAAA----TG--G-AGGGAAA--ATCAAAAC-AA--A-----GCAA---A-T-CGTAAGTTAACAAT-GT---A------TGT----TTAAA-AGAGT-TA--A----GAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-AA---CTGTTTT-CA-AC---TG--T-T--AAAGTGGCATTCAATTCCA--TTAAA
gi|17240 : G------------GGGGAAAG-----GG---GG----GG-----------TT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA--------G-A---AAA--A--AGAA--AA--------G-AA---A-T-AATAAGT-----AT-GT---C------TAT----CTAAA-ACAGT-TT--A----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-AA---TTGTTTC-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACACCAC-TTAAAaa
gi|17241 : --AA--T-----G-AA---A-TTCATAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTTAT-ACAGT-TT--G----CAGGTCATCTTCC-CT-AT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--G-T--AAACTGACATTAAACCCCA--TTAAAaa
gi|17242 : ggggaaagatgaaaacgggggatggtggttataatatT-AGGGGA-A---------AACAGCGTC-ATAAT-AA-TG---AAAA----TGGGA-G---AAA--AGCAGAC--AAT-A-----T-AA---A-T-CATAAGC-----AT-GT---A------TAA----T-AAA-CCAGT-TA--A----CA--------TCC-CC-GC-T-TT-CT---TTGTTAT-AA-AC---AG--T-T--AAACAGGCATTAAACaa
gi|17243 : -GGGGGG-A-----TTTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAA----TA--A-G---AAA---------------A-----G-AA---A-------AG--------------A------TA---------------------------AGGTAAACATTC-CA-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGTATT
gi|17244 : GGGGA-AAGTCCTTTCAATAG-GGAAGTAATGAA-G----AAAACGGTTG--G-A---AAA--A--ATCA--AA--ATG---G-CACATA-T-CATGAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-TT--A----CAGGTCAACATCC-CT-AT-T-----A---------T-AA-AC---TA--T-T--CAATTGGCATT
gi|17245 : GGGA-A---------AATAGCATC-GTAATGAC-A----AAAA----TG--G-G---AAA--A--ACAA--AACAAT----G-AA---AGT-TGTAAAT-----AT-GT---A------TGT----T-AAA-ACAGT-TT--A----CAGGTCATCTTCC-CT-GT-TTTT-TA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGACATTAAATCCTA--TTAAA
gi|17246 : TTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAAA---TA--A-T---AAA--AT-AGAA--AA--ACATAAG-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TAT----TC-AA-ACAGT-TA--A----CAAGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CATTGTTGTTTT-AA-aa
gi|17247 : ----AAAT----TC--A-A---AAATCA--AAAC--AA--C-----GCAA---A-T-CATAATT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA--CAGT-TT--A----CAGATCATCATTC-TT-GT-TCTT--A---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGTC-TT-AATGCCA--TTAAA
gi|17248 : gtcatgttgaaaatgggggA--AA-T----AAAA----TA--A-A---ATA--A--AAAACTAA--A-----G-AA---A-T-TATAAGT-----AT-TT---A------TAT----TTAAA-ACA----------------------TCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAAaa
gi|17249 : -AA---A-T-CGTAAATT----AT-GT---A------TATAT--TTGAA-ACAGT-TT--A----TAGGTCAATATCC-GT-GT-GCTT-CA---T--TCAC-AAGAC---TG--T-TTAAAATTGGCATTAAAaa
gi|17250 : aaaaaggtgaaaacacaaaaccatgaAA--AA-TGGGGAAAA----CA--C-A---AAACCA--TGAA--AA--A----------------TGTAAATT----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TA--A----AAGGTCAATATCC-CT-GT-TTTT-CA---T--TCTT-AAGACAAAT---T-T--AAATTGGCATTAAA
gi|17251 : -AA---A-T-TGTAAAT-----TTTGT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TT--A----TAGGTCAATATCC-CG-GT-TCTT-TA---TT-CATC-AG-AC---TGTTT-T--AAATTGGCATTAAA
gi|17252 : aaaatgggggaacacaaaaccatga-AA---A-T-TGTAAAT-----TTTGT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TT--A----TAGGTCAATATCC-CG-GT-TCTT-TA---TT-CATC-AG-AC---TGTTT-T--AAACTGGCATTAA
gi|17253 : atgaaaaagggggaacacaaaaccatgaAA----CA--A-A---ACA--A--AGAA--AA--T-----G-GT---A---CAT--GT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAG--------------ATCAACATTC-CT-GT--CTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--ATACTGGCAT
gi|17254 : T-TT--A----CAGGTCAACATCC-CTTGT-TCTT-CA---TCGTTTT-AA-AC---TT--T-T--AAAC-GCCATTAAActccataaaaa
gi|17255 : aaaaaaacaacaacaatgaaaatcctatgttatA--AA--A-----A-AA---A-T-TGTAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-TAACA----CAGGTCAACATCC-CT-GTCTTTT-GA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAATAGGTGTTaacattaagaa
gi|17256 : AA--AA--A-----G-AA---T-T-TGTA---------T-GT---A------TA--------GA-ACAGT-TT--A----CAGGTAAACATCT-CT-TT-TCTT-CA---TAATTTT-AA-AC---------T--AA--TGGTATTAAAC
gi|17257 : -AA---G-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-GA--A----CAGGTCAGGATCC-CT-GA-TATT-TA---TTATTTT-AA-AC----G------------GGCATTAAACCCCAT-TT
gi|17258 : a-AA---A-T-TGTAAAT-----AT-GT---A------TATATATTTAAA-ACAAT-TA--ATTTACAGGTTTTCTTCC-TT-TT-TCTT-CA---TTGTTTTAAA-AT---TA--TAT--AAAATACCATTAAA
gi|17259 : a-AA---A-T-TATAAAT------T-TT---G------TGT----TTAAA-ACCAT-TT--A----GAGGTCATCATCC-TT-GT-TCTT-CC---TTGTTAT-AA-ACAATTG--T-T--aaacataattaaaaa
gi|17260 : a-AA---A-T-CATAAGT-----CT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-TG--A----CAGGTCAACCTCC-AT-GT-TTTT-CA---ATGTTTT-TA-AA---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCC
gi|17261 : TAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAG-ACAGT-TT--A----CAGGTT-ATATTCACT-GT-TCTT-TA---TTGTTTT--A-AC---TG--T-T--AAAATGGCATTAAA-TCTAA-TTAAAa
gi|17262 : GTAAAT-----AT-GT-----------------TTAAA-ACAGT-T----------TGTAAACATGC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TT--T-T--AGACTGGAATTAAACACCA--TTAAA
gi|17263 : T-----AT-GT---A------CAT----TTAAA-ACAGT-TC--A----CATGTCAACATCC-TT-GT-TCTT-TT---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTaa
gi|17264 : -----AT-AT---A------TTT----TCAAA-ACAGT-TT--A----CAGTTCAAGATCC-CT-GT-TCTT-CAC--TTGTTGT-AA-AC---GG--G-T--AA
gi|17265 : T-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-TT--T----CAAGCTAAGATCC-CT-GT-TCTC-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAATCCCA---TAAA
gi|17266 : ----TTAAA-ACAGT-TT--A----CAGGTCAACATTC-TT-GA-CCTT-TG---TTGTTTT-AA-AC---TA--T-T--CAACTTGCATTAAACCCCA--TTAAAaa
gi|17267 : -ACACT-TA--C----CAG--TGACATTT-CTTGT-T-TT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--TAAATGGCATAAAATCCCA---TAAAa
gi|17268 : --A----CAGGTCAACATCC-CA-AT-TTTT-CA---TGGTT---------------T-T--AAACTGGCATTAAGCaa
gi|17269 : AGGTCAACATTT-CT-GT-ATTT-CA---TTGTTTT-AT-AC---TG--T-TA-AAACTGGCATTAAACCCCA--TTAAAaacacaatttaa
gi|17270 : T-CA---TTGTTT--AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACaa
gi|17271 : A---TTGTTTT-AA-AC---TG--A-T--AAACTGGCATTAAACCCCA--TTAAAagcac
Alignments
lowQualScore : 111111111111 22222222222222222222222 11111111111 11
lowQualScore : 111111111111 55555 333 4444 44444444444444444444444 2 1 44444 3 1 66 1 9999 4444 22 1 222 99999999999 9999999999 111 1 1 0 44444 1 111 222222 3333 0 0 555 1111 0 1 0 0 222 0 1 333 22 0 22 66
lowQualScore : ............ ..... ... .... ....................... . . ..... . . .. . .... .... .. . ... ........... .......... ... . . . ..... . ... ...... .... . . ... .... . . . . ... . . ... .. . .. ..
lowQualScore : 444444444444 66666 999 7777 66666666666666666666666 0 8 55555 5 7 00 6 6666 6666 00 5 666 44444444444 9999999999 999 1 1 6 44444 9 777 777777 3333 9 9 666 9999 9 7 9 9 333 8 7 000 33 9 99 66
consensus : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AGAA--AA--A-----G-AA---A-T-CGTAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--NA----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
Reference ( family-494 ) : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AGAA--AA--A-----G-AA---A-T-CGTAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--NA----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
gi|17223 : TACCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----AC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAA----TG--G-A---AAA--A--ACAA--AA--------G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-TT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--AA----CAGATAAACATCC-CC-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T---AACTGGCATTAAACCCCAC-TTAA
gi|17224 : TGGCTTTTGAAG------------GGGAAAAA-----AT---GA----GC-----------AT----------TT-GGGGG--A-----TTTTGATAG-GTA-ATAA--AA-T----AAAA----TA--ATA---AAA--A--AGAA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--AA----CAGGTCAACATAC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTAT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
gi|17225 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GT-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----GAAA----TG--A-A---AAA--A--A------A--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GTTGTA------TAT----TTAAA-ACAGT-T--AA----CAGGTCATCATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACAGGAATTAATCCCCAC-TTAAA
gi|17226 : TGCCTTTTAAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GT-----------AT----------TT-AAGGGA-A-----TTTTAGAAG-GTC-G--------T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AAAT--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAAT-----AT-GT---A------TAT----TTAAATACAGTATA-CA----CAGGTCAACATTC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAAaa
gi|17227 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----ATAATGA----GC-----------GT----------TTTGGGGGA-A-----TTTTA-TAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AGAC--AA--A------------A-T--ATA--T-----AT-AT---A------TAT----TTAAA-ACATT-T--AA----CAGGTCAACATGC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TA--T-T--AAACTGACATTAAACACCACTTTAAAaa
gi|17228 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------AT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GAC--TAA--AA-A----AAAA----AA--T-A---AAC--A--AGGA--AA--A-----C-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---ACCGGTATAT----TTAAA-ACAG--------------GTCAACATCT-CA-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACACCAC-TTAAAaa
gi|17229 : TGCCTTTTGAAA------------GGGGAAAA-----AT---GA----GT-----------GT----------TT-GGGCGA-A-----TTTTAATAG-GTT-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--A-CA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-AT---A------TAT----TTAAA-ACAG-----------CAGGTCAACATTC-CT-GT-TTTT-CA---TTGTTAT--A-AC---TG--T-T--TAACTGGCATTCAACCCCAC-TTaa
gi|17230 : TGCTTTTTGAAG------------GGGGAAAA------T---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTGATAG-GTC-GTAA--AA-T----AGAA----TA--A-A---AAA--A--ACAA--AA--------G-AT---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACTGT-T--AA----CAGATCAACATCC-CT-GT-ACTC-CA---TTGTGCT-AA-AT---TT--T-T--AAACTGGCATCAGCCACCGC-TTAA
gi|17231 : TGCCTTTTATAG------------GGGGAAAA------T---AA----GC-----------AT----------TT-GGGAGA-A-----TTTTAATAG-GTC-ATCA--AA-TG---AAAA----TA--A-A---AA----------------------------------GTA--T-----AT-AT---A------TAA----TTAAA-ACAGT-T--AA----CAGGTCAACATCT-AT-GT-TCTG-CA---TTGTTTT-AA-AT---TG--T-TA-AAACTGGCATTAGACCCCAC-TTAAAtaaa
gi|17232 : TGTCTTTTGAAG------------GGGGAAAATTAGCAT---AAATTGGA-----------GT----------TT-GGCAGA-A-----TTTTAAACA-GTG-GTAA--AA-T----AAAA----TA--G-A---AA----------------------------------------------T-GT---A------TGT----TTGAA-ACAGT-T--AA----TAGGTCAACATCC-CT-GT-CCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAAC
gi|17233 : TGCCTTTTGAAGTGGGGGTGTGGGGGGGAGGA-----AT---GA----GCAAAAGTTGGA-GT----------TT-GCAGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AAAT----CAAA----TA--A-A---AAA--C--A-----AA--A-----G-AA---A-T-CGTAACT-----AT-GT---A------T-T----TTAAA-GCAGT-T--AA----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TTTT-CA---TTG-TTT-AA-AC---TA--T-T--AAACTGGTACTAAACCCCAT-TTAAA
gi|17234 : TGCCTTTTGAAG------------GGG--AAA-----AT---GA----GC-----------AT----------AA-ATAGGA-A-----TTTTAATTT-GTG-GTAA--AA-T----AAAA----------------------AGCA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-T--AA----CAGGTCAACATCC-TT-GT-CCTT-TA---TTGTTTA-AG-AC---TG--T-A--AAACTGGCATTAAATCCTA--TTAAA
gi|17235 : TGCCTTTTGAAG------------GGAAAAAA-----AT---GA----GC-----------GTCAATTGGAGTTT-GGGGAA-A-----TTTCAATAG-GTG-GTAA--AA-T-----AAA----TA--A-A---AAA-------CA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAG-----------------------------TAAA-ACAGT-A--AA----CAGGTCAACATCT-CT--T-TCTT-CA---TTGTTTT-AT-AC---TG----T--AAACTGGCATTAAACCCCAaa
gi|17236 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGGAAA-----AT---GA----GCATAAATTGGGAGT----------TT-GGGGAA-A-----TTTTAAGAG-GTG-GTAA--AA-T----CAAA----TT--A-A---AAA--C--A-----AA--A-----G-AA---A-T-TGTA---------T-GT---A------TGT----TTAAA-ACTCT-A--AA----CACGTTTACACCT-CT-GT-TTTTTCA---TTAT-------------G--T-T--AAACTGGCATTAAACCCGAT-TTaaccccatttaaaaa
gi|17237 : TGCCTTTATAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC---------------------------------A-----TTTTAAAAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AA-------GCA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAATT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACATT-T--AA----TAG-------------------TT-CA-----------AA-AC---TA--T-T--AAAATGGCATTAAACCCCATATTAAA
gi|17238 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGGAAA-----AT---GA----GC-----------AT----------TT-GGGCAA-A-----ATTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAA----TT--T-A---A---------AA--AA--A-----C-AA---A-T-CGTAAG-------T-GT---A------TAT----TTAAA-ATAGaa
gi|17239 : TTTTGA--------------GGGGAA--------------------------------------------T-GAGGGATA-----TTGTGA-AT-GTT-G-AA--AA-TGATGAAAA----TG--G-AGGGAAA--ATCAAAAC-AA--A-----GCAA---A-T-CGTAAGTTAACAAT-GT---A------TGT----TTAAA-AGAGT-T--AA----GAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-AA---CTGTTTT-CA-AC---TG--T-T--AAAGTGGCATTCAATTCCA--TTAAA
gi|17240 : G------------GGGGAAAG-----GG---GG----GG-----------TT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA--------G-A---AAA--A--AGAA--AA--------G-AA---A-T-AATAAGT-----AT-GT---C------TAT----CTAAA-ACAGT-T--TA----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-AA---TTGTTTC-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACACCAC-TTAAAaa
gi|17241 : --AA--T-----G-AA---A-TTCATAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTTAT-ACAGT-T--TG----CAGGTCATCTTCC-CT-AT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--G-T--AAACTGACATTAAACCCCA--TTAAAaa
gi|17242 : ggggaaagatgaaaacgggggatggtggttataatatT-AGGGGA-A---------AACAGCGTC-ATAAT-AA-TG---AAAA----TGGGA-G---AAA--AGCAGAC--AAT-A-----T-AA---A-T-CATAAGC-----AT-GT---A------TAA----T-AAA-CCAGT-T--------------AACATCC-CC-GC-T-TT-CT---TTGTTAT-AA-AC---AG--T-T--AAACAGGCATTAAACaa
gi|17243 : -GGGGGG-A-----TTTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAA----TA--A-G---AAA---------------A-----G-AA---A-------AG--------------A------TA---------------------------AGGTAAACATTC-CA-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGTATT
gi|17244 : GGGGA-AAGTCCTTTCAATAG-GGAAGTAATGAA-G----AAAACGGTTG--G-A---AAA--A--ATCA--AA--ATG---G-CACATA-T-CATGAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-T--TA----CAGGTCAACATCC-CT-AT-T-----A---------T-AA-AC---TA--T-T--CAATTGGCATT
gi|17245 : GGGA-A---------AATAGCATC-GTAATGAC-A----AAAA----TG--G-G---AAA--A--ACAA--AACAAT----G-AA---AGT-TGTAAAT-----AT-GT---A------TGT----T-AAA-ACAGT-T--TA----CAGGTCATCTTCC-CT-GT-TTTT-TA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGACATTAAATCCTA--TTAAA
gi|17246 : TTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAAA---TA--A-T---AAA--AT-AGAA--AA--ACATAAG-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TAT----TC-AA-ACAGT-T--AA----CAAGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CATTGTTGTTTT-AA-aa
gi|17247 : ----AAAT----TC--A-A---AAATCA--AAAC--AA--C-----GCAA---A-T-CATAATT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA--CAGT-T--TA----CAGATCATCATTC-TT-GT-TCTT--A---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGTC-TT-AATGCCA--TTAAA
gi|17248 : gtcatgttgaaaatgggggA--AA-T----AAAA----TA--A-A---ATA--A--AAAACTAA--A-----G-AA---A-T-TATAAGT-----AT-TT---A------TAT----TTAAA-ACA----------------------TCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAAaa
gi|17249 : -AA---A-T-CGTAAATT----AT-GT---A------TATAT--TTGAA-ACAGT-T--TA----TAGGTCAATATCC-GT-GT-GCTT-CA---T--TCAC-AAGAC---TG--T-TTAAAATTGGCATTAAAaa
gi|17250 : aaaaaggtgaaaacacaaaaccatgaAA--AA-TGGGGAAAA----CA--C-A---AAACCA--TGAA--AA--A----------------TGTAAATT----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--AA----AAGGTCAATATCC-CT-GT-TTTT-CA---T--TCTT-AAGACAAAT---T-T--AAATTGGCATTAAA
gi|17251 : -AA---A-T-TGTAAAT-----TTTGT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--TA----TAGGTCAATATCC-CG-GT-TCTT-TA---TT-CATC-AG-AC---TGTTT-T--AAATTGGCATTAAA
gi|17252 : aaaatgggggaacacaaaaccatga-AA---A-T-TGTAAAT-----TTTGT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--TA----TAGGTCAATATCC-CG-GT-TCTT-TA---TT-CATC-AG-AC---TGTTT-T--AAACTGGCATTAA
gi|17253 : atgaaaaagggggaacacaaaaccatgaAA----CA--A-A---ACA--A--AGAA--AA--T-----G-GT---A---CAT--GT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAG--------------ATCAACATTC-CT-GT--CTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--ATACTGGCAT
gi|17254 : T-T--TA----CAGGTCAACATCC-CTTGT-TCTT-CA---TCGTTTT-AA-AC---TT--T-T--AAAC-GCCATTAAActccataaaaa
gi|17255 : aaaaaaacaacaacaatgaaaatcctatgttatA--AA--A-----A-AA---A-T-TGTAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-TAACA----CAGGTCAACATCC-CT-GTCTTTT-GA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAATAGGTGTTaacattaagaa
gi|17256 : AA--AA--A-----G-AA---T-T-TGTA---------T-GT---A------TA--------GA-ACAGT-T--TA----CAGGTAAACATCT-CT-TT-TCTT-CA---TAATTTT-AA-AC---------T--AA--TGGTATTAAAC
gi|17257 : -AA---G-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-G--AA----CAGGTCAGGATCC-CT-GA-TATT-TA---TTATTTT-AA-AC----G------------GGCATTAAACCCCAT-TT
gi|17258 : a-AA---A-T-TGTAAAT-----AT-GT---A------TATATATTTAAA-ACAAT-T--AATTTACAGGTTTTCTTCC-TT-TT-TCTT-CA---TTGTTTTAAA-AT---TA--TAT--AAAATACCATTAAA
gi|17259 : a-AA---A-T-TATAAAT------T-TT---G------TGT----TTAAA-ACCAT-T--TA----GAGGTCATCATCC-TT-GT-TCTT-CC---TTGTTAT-AA-ACAATTG--T-T--aaacataattaaaaa
gi|17260 : a-AA---A-T-CATAAGT-----CT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-T--GA----CAGGTCAACCTCC-AT-GT-TTTT-CA---ATGTTTT-TA-AA---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCC
gi|17261 : TAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAG-ACAGT-T--TA----CAGGTT-ATATTCACT-GT-TCTT-TA---TTGTTTT--A-AC---TG--T-T--AAAATGGCATTAAA-TCTAA-TTAAAa
gi|17262 : GTAAAT-----AT-GT-----------------TTAAA-ACAGT-T--T--------GTAAACATGC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TT--T-T--AGACTGGAATTAAACACCA--TTAAA
gi|17263 : T-----AT-GT---A------CAT----TTAAA-ACAGT-T--CA----CATGTCAACATCC-TT-GT-TCTT-TT---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTaa
gi|17264 : -----AT-AT---A------TTT----TCAAA-ACAGT-T--TA----CAGTTCAAGATCC-CT-GT-TCTT-CAC--TTGTTGT-AA-AC---GG--G-T--AA
gi|17265 : T-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--TT----CAAGCTAAGATCC-CT-GT-TCTC-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAATCCCA---TAAA
gi|17266 : ----TTAAA-ACAGT-T--TA----CAGGTCAACATTC-TT-GA-CCTT-TG---TTGTTTT-AA-AC---TA--T-T--CAACTTGCATTAAACCCCA--TTAAAaa
gi|17267 : -ACACT-T--AC----CAG--TGACATTT-CTTGT-T-TT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--TAAATGGCATAAAATCCCA---TAAAa
gi|17268 : A----CAGGTCAACATCC-CA-AT-TTTT-CA---TGGTT---------------T-T--AAACTGGCATTAAGCaa
gi|17269 : AGGTCAACATTT-CT-GT-ATTT-CA---TTGTTTT-AT-AC---TG--T-TA-AAACTGGCATTAAACCCCA--TTAAAaacacaatttaa
gi|17270 : T-CA---TTGTTT--AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACaa
gi|17271 : A---TTGTTTT-AA-AC---TG--A-T--AAACTGGCATTAAACCCCA--TTAAAagcac
Alignments
lowQualScore : 111111111111 22222222222222222222222 11111111111 11
lowQualScore : 111111111111 55555 333 4444 44444444444444444444444 2 1 44444 3 1 66 1 9999 4444 22 1 222 99999999999 9999999999 111 1 1 0 44444 1 111 222222 3333 0 0 555 1111 0 1 0 0 222 0 1 333 22 0 22 66
lowQualScore : ............ ..... ... .... ....................... . . ..... . . .. . .... .... .. . ... ........... .......... ... . . . ..... . ... ...... .... . . ... .... . . . . ... . . ... .. . .. ..
lowQualScore : 444444444444 66666 999 7777 66666666666666666666666 0 8 55555 5 7 00 6 6666 6666 00 5 666 44444444444 9999999999 999 1 1 6 44444 9 777 777777 3333 9 9 666 9999 9 7 9 9 333 8 7 000 33 9 99 66
consensus : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AGAA--AA--A-----G-AA---A-T-CGTAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--NA----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
Reference ( family-494 ) : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AGAA--AA--A-----G-AA---A-T-CGTAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--NA----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
gi|17223 : TACCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----AC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAA----TG--G-A---AAA--A--ACAA--AA--------G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-TT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--AA----CAGATAAACATCC-CC-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T---AACTGGCATTAAACCCCAC-TTAA
gi|17224 : TGGCTTTTGAAG------------GGGAAAAA-----AT---GA----GC-----------AT----------TT-GGGGG--A-----TTTTGATAG-GTA-ATAA--AA-T----AAAA----TA--ATA---AAA--A--AGAA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--AA----CAGGTCAACATAC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTAT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
gi|17225 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GT-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----GAAA----TG--A-A---AAA--A--A------A--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GTTGTA------TAT----TTAAA-ACAGT-T--AA----CAGGTCATCATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACAGGAATTAATCCCCAC-TTAAA
gi|17226 : TGCCTTTTAAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GT-----------AT----------TT-AAGGGA-A-----TTTTAGAAG-GTC-G--------T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AAAT--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAAT-----AT-GT---A------TAT----TTAAATACAGTATA-CA----CAGGTCAACATTC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAAaa
gi|17227 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----ATAATGA----GC-----------GT----------TTTGGGGGA-A-----TTTTA-TAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AGAC--AA--A------------A-T--ATA--T-----AT-AT---A------TAT----TTAAA-ACATT-T--AA----CAGGTCAACATGC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TA--T-T--AAACTGACATTAAACACCACTTTAAAaa
gi|17228 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------AT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GAC--TAA--AA-A----AAAA----AA--T-A---AAC--A--AGGA--AA--A-----C-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---ACCGGTATAT----TTAAA-ACAG--------------GTCAACATCT-CA-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACACCAC-TTAAAaa
gi|17229 : TGCCTTTTGAAA------------GGGGAAAA-----AT---GA----GT-----------GT----------TT-GGGCGA-A-----TTTTAATAG-GTT-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--A-CA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-AT---A------TAT----TTAAA-ACAG-----------CAGGTCAACATTC-CT-GT-TTTT-CA---TTGTTAT--A-AC---TG--T-T--TAACTGGCATTCAACCCCAC-TTaa
gi|17230 : TGCTTTTTGAAG------------GGGGAAAA------T---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTGATAG-GTC-GTAA--AA-T----AGAA----TA--A-A---AAA--A--ACAA--AA--------G-AT---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACTGT-T--AA----CAGATCAACATCC-CT-GT-ACTC-CA---TTGTGCT-AA-AT---TT--T-T--AAACTGGCATCAGCCACCGC-TTAA
gi|17231 : TGCCTTTTATAG------------GGGGAAAA------T---AA----GC-----------AT----------TT-GGGAGA-A-----TTTTAATAG-GTC-ATCA--AA-TG---AAAA----TA--A-A---AA----------------------------------GTA--T-----AT-AT---A------TAA----TTAAA-ACAGT-T--AA----CAGGTCAACATCT-AT-GT-TCTG-CA---TTGTTTT-AA-AT---TG--T-TA-AAACTGGCATTAGACCCCAC-TTAAAtaaa
gi|17232 : TGTCTTTTGAAG------------GGGGAAAATTAGCAT---AAATTGGA-----------GT----------TT-GGCAGA-A-----TTTTAAACA-GTG-GTAA--AA-T----AAAA----TA--G-A---AA----------------------------------------------T-GT---A------TGT----TTGAA-ACAGT-T--AA----TAGGTCAACATCC-CT-GT-CCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAAC
gi|17233 : TGCCTTTTGAAGTGGGGGTGTGGGGGGGAGGA-----AT---GA----GCAAAAGTTGGA-GT----------TT-GCAGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AAAT----CAAA----TA--A-A---AAA--C--A-----AA--A-----G-AA---A-T-CGTAACT-----AT-GT---A------T-T----TTAAA-GCAGT-T--AA----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TTTT-CA---TTG-TTT-AA-AC---TA--T-T--AAACTGGTACTAAACCCCAT-TTAAA
gi|17234 : TGCCTTTTGAAG------------GGG--AAA-----AT---GA----GC-----------AT----------AA-ATAGGA-A-----TTTTAATTT-GTG-GTAA--AA-T----AAAA----------------------AGCA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-T--AA----CAGGTCAACATCC-TT-GT-CCTT-TA---TTGTTTA-AG-AC---TG--T-A--AAACTGGCATTAAATCCTA--TTAAA
gi|17235 : TGCCTTTTGAAG------------GGAAAAAA-----AT---GA----GC-----------GTCAATTGGAGTTT-GGGGAA-A-----TTTCAATAG-GTG-GTAA--AA-T-----AAA----TA--A-A---AAA-------CA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAG-----------------------------TAAA-ACAGT-A--AA----CAGGTCAACATCT-CT--T-TCTT-CA---TTGTTTT-AT-AC---TG----T--AAACTGGCATTAAACCCCAaa
gi|17236 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGGAAA-----AT---GA----GCATAAATTGGGAGT----------TT-GGGGAA-A-----TTTTAAGAG-GTG-GTAA--AA-T----CAAA----TT--A-A---AAA--C--A-----AA--A-----G-AA---A-T-TGTA---------T-GT---A------TGT----TTAAA-ACTCT-A--AA----CACGTTTACACCT-CT-GT-TTTTTCA---TTAT-------------G--T-T--AAACTGGCATTAAACCCGAT-TTaaccccatttaaaaa
gi|17237 : TGCCTTTATAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC---------------------------------A-----TTTTAAAAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AA-------GCA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAATT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACATT-T--AA----TAG-------------------TT-CA-----------AA-AC---TA--T-T--AAAATGGCATTAAACCCCATATTAAA
gi|17238 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGGAAA-----AT---GA----GC-----------AT----------TT-GGGCAA-A-----ATTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAA----TT--T-A---A---------AA--AA--A-----C-AA---A-T-CGTAAG-------T-GT---A------TAT----TTAAA-ATAGaa
gi|17239 : TTTTGA--------------GGGGAA--------------------------------------------T-GAGGGATA-----TTGTGA-AT-GTT-G-AA--AA-TGATGAAAA----TG--G-AGGGAAA--ATCAAAAC-AA--A-----GCAA---A-T-CGTAAGTTAACAAT-GT---A------TGT----TTAAA-AGAGT-T--AA----GAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-AA---CTGTTTT-CA-AC---TG--T-T--AAAGTGGCATTCAATTCCA--TTAAA
gi|17240 : G------------GGGGAAAG-----GG---GG----GG-----------TT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA--------G-A---AAA--A--AGAA--AA--------G-AA---A-T-AATAAGT-----AT-GT---C------TAT----CTAAA-ACAGT-T--TA----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-AA---TTGTTTC-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACACCAC-TTAAAaa
gi|17241 : --AA--T-----G-AA---A-TTCATAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTTAT-ACAGT-T--TG----CAGGTCATCTTCC-CT-AT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--G-T--AAACTGACATTAAACCCCA--TTAAAaa
gi|17242 : ggggaaagatgaaaacgggggatggtggttataatatT-AGGGGA-A---------AACAGCGTC-ATAAT-AA-TG---AAAA----TGGGA-G---AAA--AGCAGAC--AAT-A-----T-AA---A-T-CATAAGC-----AT-GT---A------TAA----T-AAA-CCAGT-T--------------AACATCC-CC-GC-T-TT-CT---TTGTTAT-AA-AC---AG--T-T--AAACAGGCATTAAACaa
gi|17243 : -GGGGGG-A-----TTTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAA----TA--A-G---AAA---------------A-----G-AA---A-------AG--------------A------TA---------------------------AGGTAAACATTC-CA-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGTATT
gi|17244 : GGGGA-AAGTCCTTTCAATAG-GGAAGTAATGAA-G----AAAACGGTTG--G-A---AAA--A--ATCA--AA--ATG---G-CACATA-T-CATGAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-T--TA----CAGGTCAACATCC-CT-AT-T-----A---------T-AA-AC---TA--T-T--CAATTGGCATT
gi|17245 : GGGA-A---------AATAGCATC-GTAATGAC-A----AAAA----TG--G-G---AAA--A--ACAA--AACAAT----G-AA---AGT-TGTAAAT-----AT-GT---A------TGT----T-AAA-ACAGT-T--TA----CAGGTCATCTTCC-CT-GT-TTTT-TA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGACATTAAATCCTA--TTAAA
gi|17246 : TTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAAA---TA--A-T---AAA--AT-AGAA--AA--ACATAAG-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TAT----TC-AA-ACAGT-T--AA----CAAGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CATTGTTGTTTT-AA-aa
gi|17247 : ----AAAT----TC--A-A---AAATCA--AAAC--AA--C-----GCAA---A-T-CATAATT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA--CAGT-T--TA----CAGATCATCATTC-TT-GT-TCTT--A---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGTC-TT-AATGCCA--TTAAA
gi|17248 : gtcatgttgaaaatgggggA--AA-T----AAAA----TA--A-A---ATA--A--AAAACTAA--A-----G-AA---A-T-TATAAGT-----AT-TT---A------TAT----TTAAA-ACA----------------------TCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAAaa
gi|17249 : -AA---A-T-CGTAAATT----AT-GT---A------TATAT--TTGAA-ACAGT-T--TA----TAGGTCAATATCC-GT-GT-GCTT-CA---T--TCAC-AAGAC---TG--T-TTAAAATTGGCATTAAAaa
gi|17250 : aaaaaggtgaaaacacaaaaccatgaAA--AA-TGGGGAAAA----CA--C-A---AAACCA--TGAA--AA--A----------------TGTAAATT----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--AA----AAGGTCAATATCC-CT-GT-TTTT-CA---T--TCTT-AAGACAAAT---T-T--AAATTGGCATTAAA
gi|17251 : -AA---A-T-TGTAAAT-----TTTGT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--TA----TAGGTCAATATCC-CG-GT-TCTT-TA---TT-CATC-AG-AC---TGTTT-T--AAATTGGCATTAAA
gi|17252 : aaaatgggggaacacaaaaccatga-AA---A-T-TGTAAAT-----TTTGT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--TA----TAGGTCAATATCC-CG-GT-TCTT-TA---TT-CATC-AG-AC---TGTTT-T--AAACTGGCATTAA
gi|17253 : atgaaaaagggggaacacaaaaccatgaAA----CA--A-A---ACA--A--AGAA--AA--T-----G-GT---A---CAT--GT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAG--------------ATCAACATTC-CT-GT--CTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--ATACTGGCAT
gi|17254 : T-T--TA----CAGGTCAACATCC-CTTGT-TCTT-CA---TCGTTTT-AA-AC---TT--T-T--AAAC-GCCATTAAActccataaaaa
gi|17255 : aaaaaaacaacaacaatgaaaatcctatgttatA--AA--A-----A-AA---A-T-TGTAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-TAACA----CAGGTCAACATCC-CT-GTCTTTT-GA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAATAGGTGTTaacattaagaa
gi|17256 : AA--AA--A-----G-AA---T-T-TGTA---------T-GT---A------TA--------GA-ACAGT-T--TA----CAGGTAAACATCT-CT-TT-TCTT-CA---TAATTTT-AA-AC---------T--AA--TGGTATTAAAC
gi|17257 : -AA---G-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-G--AA----CAGGTCAGGATCC-CT-GA-TATT-TA---TTATTTT-AA-AC----G------------GGCATTAAACCCCAT-TT
gi|17258 : a-AA---A-T-TGTAAAT-----AT-GT---A------TATATATTTAAA-ACAAT-T--AATTTACAGGTTTTCTTCC-TT-TT-TCTT-CA---TTGTTTTAAA-AT---TA--TAT--AAAATACCATTAAA
gi|17259 : a-AA---A-T-TATAAAT------T-TT---G------TGT----TTAAA-ACCAT-T--TA----GAGGTCATCATCC-TT-GT-TCTT-CC---TTGTTAT-AA-ACAATTG--T-T--aaacataattaaaaa
gi|17260 : a-AA---A-T-CATAAGT-----CT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-T--GA----CAGGTCAACCTCC-AT-GT-TTTT-CA---ATGTTTT-TA-AA---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCC
gi|17261 : TAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAG-ACAGT-T--TA----CAGGTT-ATATTCACT-GT-TCTT-TA---TTGTTTT--A-AC---TG--T-T--AAAATGGCATTAAA-TCTAA-TTAAAa
gi|17262 : GTAAAT-----AT-GT-----------------TTAAA-ACAGT-T--T--------GTAAACATGC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TT--T-T--AGACTGGAATTAAACACCA--TTAAA
gi|17263 : T-----AT-GT---A------CAT----TTAAA-ACAGT-T--CA----CATGTCAACATCC-TT-GT-TCTT-TT---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTaa
gi|17264 : -----AT-AT---A------TTT----TCAAA-ACAGT-T--TA----CAGTTCAAGATCC-CT-GT-TCTT-CAC--TTGTTGT-AA-AC---GG--G-T--AA
gi|17265 : T-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--TT----CAAGCTAAGATCC-CT-GT-TCTC-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAATCCCA---TAAA
gi|17266 : ----TTAAA-ACAGT-T--TA----CAGGTCAACATTC-TT-GA-CCTT-TG---TTGTTTT-AA-AC---TA--T-T--CAACTTGCATTAAACCCCA--TTAAAaa
gi|17267 : -ACACT-T--AC----CAG--TGACATTT-CTTGT-T-TT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--TAAATGGCATAAAATCCCA---TAAAa
gi|17268 : A----CAGGTCAACATCC-CA-AT-TTTT-CA---TGGTT---------------T-T--AAACTGGCATTAAGCaa
gi|17269 : AGGTCAACATTT-CT-GT-ATTT-CA---TTGTTTT-AT-AC---TG--T-TA-AAACTGGCATTAAACCCCA--TTAAAaacacaatttaa
gi|17270 : T-CA---TTGTTT--AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACaa
gi|17271 : A---TTGTTTT-AA-AC---TG--A-T--AAACTGGCATTAAACCCCA--TTAAAagcac
blockSeqs : TGGGGGTGTGGG TTAGC AAT ATTG ATAAATTGGGAGT T T AGTCC C A TG A GATG CGGT GG T GGG ATCAAAAC ACATAAG CAT G T TAACA T TGT CCGGTA ATAT AAC TTTA T TTG G AAA TT TA CT
blockSeqs : . . . . AAAAGTTGGAGT . . . C . TG . GGGG A . . . AGCAGAC CAATG . . . T T . . AT AC . T C G AAT TT A TA
blockSeqs : . . . . GTCAATTGGAGT . . . . . T . G . . . . TCAAAAC ATGG . . . T . . . . A . . . . . . A C
blockSeqs : . . . . AT . . . . . . . G . . . . AAAAACT AGC . . . . . . . . A . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . GT . . . . . . . . . . . . CCATGAA TAT . . . . . . . . A . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . AT . . . . . . . . . . . . ATAGAA CGC . . . . . . . . A . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . GT . . . . . . . . . . . . AAGAA AG . . . . . . . . A . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . AT . . . . . . . . . . . . AAAAT AG . . . . . . . . A . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . GT . . . . . . . . . . . . AAGAC AG . . . . . . . . A . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . GT . . . . . . . . . . . . AAGGA AC . . . . . . . . A . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . AT . . . . . . . . . . . . AACAA AG . . . . . . . . A . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . GT . . . . . . . . . . . . AAGAA AG . . . . . . . . A . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . AT . . . . . . . . . . . . AATCA AG . . . . . . . . A . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . AT . . . . . . . . . . . . AACAA AG . . . . . . . . A . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . TT . . . . . . . . . . . . AAGAA AG . . . . . . . . T . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . AACA AG . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . AGCA AC . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GCA TG . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AA AG . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CA AG . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CA TG . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CA AA . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AA AG . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : AG********
originalCons : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AGAA--AA--A-----G-AA---A-T-CGTAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--NA----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
finalCons : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AGAA--AAAG--------AA---A-T-CGTAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--NA----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111 22222222222222222222222 11111111111 11
lowQualScore : 111111111111 55555 333 4444 44444444444444444444444 2 1 44444 3 1 66 1 9999 4444 22 1 222 99999999999 9999999999 111 1 1 0 44444 1 111 222222 3333 0 0 555 1111 0 1 0 0 222 0 1 333 22 0 22 66
lowQualScore : ............ ..... ... .... ....................... . . ..... . . .. . .... .... .. . ... ........... .......... ... . . . ..... . ... ...... .... . . ... .... . . . . ... . . ... .. . .. ..
lowQualScore : 444444444444 66666 999 7777 66666666666666666666666 0 8 55555 5 7 00 6 6666 6666 00 5 666 44444444444 9999999999 999 1 1 6 44444 9 777 777777 3333 9 9 666 9999 9 7 9 9 333 8 7 000 33 9 99 66
consensus : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AGAA--AA--A-----G-AA---A-T-CGTAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--NA----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
Reference ( family-494 ) : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AGAA--AA--A-----G-AA---A-T-CGTAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--NA----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
gi|17223 : TACCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----AC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAA----TG--G-A---AAA--A--ACAA--AA--------G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-TT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--AA----CAGATAAACATCC-CC-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T---AACTGGCATTAAACCCCAC-TTAA
gi|17224 : TGGCTTTTGAAG------------GGGAAAAA-----AT---GA----GC-----------AT----------TT-GGGGG--A-----TTTTGATAG-GTA-ATAA--AA-T----AAAA----TA--ATA---AAA--A--AGAA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--AA----CAGGTCAACATAC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTAT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAA
gi|17225 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GT-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----GAAA----TG--A-A---AAA--A--A------A--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GTTGTA------TAT----TTAAA-ACAGT-T--AA----CAGGTCATCATCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACAGGAATTAATCCCCAC-TTAAA
gi|17226 : TGCCTTTTAAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GT-----------AT----------TT-AAGGGA-A-----TTTTAGAAG-GTC-G--------T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AAAT--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAAT-----AT-GT---A------TAT----TTAAATACAGTATA-CA----CAGGTCAACATTC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAAaa
gi|17227 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----ATAATGA----GC-----------GT----------TTTGGGGGA-A-----TTTTA-TAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--AGAC--AA--A------------A-T--ATA--T-----AT-AT---A------TAT----TTAAA-ACATT-T--AA----CAGGTCAACATGC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TA--T-T--AAACTGACATTAAACACCACTTTAAAaa
gi|17228 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC-----------AT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GAC--TAA--AA-A----AAAA----AA--T-A---AAC--A--AGGA--AA--A-----C-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---ACCGGTATAT----TTAAA-ACAG--------------GTCAACATCT-CA-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACACCAC-TTAAAaa
gi|17229 : TGCCTTTTGAAA------------GGGGAAAA-----AT---GA----GT-----------GT----------TT-GGGCGA-A-----TTTTAATAG-GTT-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AAA--A--A-CA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-AT---A------TAT----TTAAA-ACAG-----------CAGGTCAACATTC-CT-GT-TTTT-CA---TTGTTAT--A-AC---TG--T-T--TAACTGGCATTCAACCCCAC-TTaa
gi|17230 : TGCTTTTTGAAG------------GGGGAAAA------T---GA----GC-----------GT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTGATAG-GTC-GTAA--AA-T----AGAA----TA--A-A---AAA--A--ACAA--AA--------G-AT---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACTGT-T--AA----CAGATCAACATCC-CT-GT-ACTC-CA---TTGTGCT-AA-AT---TT--T-T--AAACTGGCATCAGCCACCGC-TTAA
gi|17231 : TGCCTTTTATAG------------GGGGAAAA------T---AA----GC-----------AT----------TT-GGGAGA-A-----TTTTAATAG-GTC-ATCA--AA-TG---AAAA----TA--A-A---AA----------------------------------GTA--T-----AT-AT---A------TAA----TTAAA-ACAGT-T--AA----CAGGTCAACATCT-AT-GT-TCTG-CA---TTGTTTT-AA-AT---TG--T-TA-AAACTGGCATTAGACCCCAC-TTAAAtaaa
gi|17232 : TGTCTTTTGAAG------------GGGGAAAATTAGCAT---AAATTGGA-----------GT----------TT-GGCAGA-A-----TTTTAAACA-GTG-GTAA--AA-T----AAAA----TA--G-A---AA----------------------------------------------T-GT---A------TGT----TTGAA-ACAGT-T--AA----TAGGTCAACATCC-CT-GT-CCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAAC
gi|17233 : TGCCTTTTGAAGTGGGGGTGTGGGGGGGAGGA-----AT---GA----GCAAAAGTTGGA-GT----------TT-GCAGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AAAT----CAAA----TA--A-A---AAA--C--A-----AA--A-----G-AA---A-T-CGTAACT-----AT-GT---A------T-T----TTAAA-GCAGT-T--AA----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TTTT-CA---TTG-TTT-AA-AC---TA--T-T--AAACTGGTACTAAACCCCAT-TTAAA
gi|17234 : TGCCTTTTGAAG------------GGG--AAA-----AT---GA----GC-----------AT----------AA-ATAGGA-A-----TTTTAATTT-GTG-GTAA--AA-T----AAAA----------------------AGCA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-T--AA----CAGGTCAACATCC-TT-GT-CCTT-TA---TTGTTTA-AG-AC---TG--T-A--AAACTGGCATTAAATCCTA--TTAAA
gi|17235 : TGCCTTTTGAAG------------GGAAAAAA-----AT---GA----GC-----------GTCAATTGGAGTTT-GGGGAA-A-----TTTCAATAG-GTG-GTAA--AA-T-----AAA----TA--A-A---AAA-------CA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAAG-----------------------------TAAA-ACAGT-A--AA----CAGGTCAACATCT-CT--T-TCTT-CA---TTGTTTT-AT-AC---TG----T--AAACTGGCATTAAACCCCAaa
gi|17236 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGGAAA-----AT---GA----GCATAAATTGGGAGT----------TT-GGGGAA-A-----TTTTAAGAG-GTG-GTAA--AA-T----CAAA----TT--A-A---AAA--C--A-----AA--A-----G-AA---A-T-TGTA---------T-GT---A------TGT----TTAAA-ACTCT-A--AA----CACGTTTACACCT-CT-GT-TTTTTCA---TTAT-------------G--T-T--AAACTGGCATTAAACCCGAT-TTaaccccatttaaaaa
gi|17237 : TGCCTTTATAAG------------GGGGAAAA-----AT---GA----GC---------------------------------A-----TTTTAAAAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA----TA--A-A---AA-------GCA--AA--A-----G-AA---A-T-CATAATT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACATT-T--AA----TAG-------------------TT-CA-----------AA-AC---TA--T-T--AAAATGGCATTAAACCCCATATTAAA
gi|17238 : TGCCTTTTGAAG------------GGGGGAAA-----AT---GA----GC-----------AT----------TT-GGGCAA-A-----ATTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAA----TT--T-A---A---------AA--AA--A-----C-AA---A-T-CGTAAG-------T-GT---A------TAT----TTAAA-ATAGaa
gi|17239 : TTTTGA--------------GGGGAA--------------------------------------------T-GAGGGATA-----TTGTGA-AT-GTT-G-AA--AA-TGATGAAAA----TG--G-AGGGAAA--ATCAAAAC-AA--A-----GCAA---A-T-CGTAAGTTAACAAT-GT---A------TGT----TTAAA-AGAGT-T--AA----GAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-AA---CTGTTTT-CA-AC---TG--T-T--AAAGTGGCATTCAATTCCA--TTAAA
gi|17240 : G------------GGGGAAAG-----GG---GG----GG-----------TT----------TT-GGGGGA-A-----TTTTAATAG-GTC-GTAA--AA-T----AAAA--------G-A---AAA--A--AGAA--AA--------G-AA---A-T-AATAAGT-----AT-GT---C------TAT----CTAAA-ACAGT-T--TA----CAGGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-AA---TTGTTTC-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACACCAC-TTAAAaa
gi|17241 : --AA--T-----G-AA---A-TTCATAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTTAT-ACAGT-T--TG----CAGGTCATCTTCC-CT-AT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--G-T--AAACTGACATTAAACCCCA--TTAAAaa
gi|17242 : ggggaaagatgaaaacgggggatggtggttataatatT-AGGGGA-A---------AACAGCGTC-ATAAT-AA-TG---AAAA----TGGGA-G---AAA--AGCAGAC--AAT-A-----T-AA---A-T-CATAAGC-----AT-GT---A------TAA----T-AAA-CCAGT-T--------------AACATCC-CC-GC-T-TT-CT---TTGTTAT-AA-AC---AG--T-T--AAACAGGCATTAAACaa
gi|17243 : -GGGGGG-A-----TTTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAA----TA--A-G---AAA---------------A-----G-AA---A-------AG--------------A------TA---------------------------AGGTAAACATTC-CA-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGTATT
gi|17244 : GGGGA-AAGTCCTTTCAATAG-GGAAGTAATGAA-G----AAAACGGTTG--G-A---AAA--A--ATCA--AA--ATG---G-CACATA-T-CATGAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-T--TA----CAGGTCAACATCC-CT-AT-T-----A---------T-AA-AC---TA--T-T--CAATTGGCATT
gi|17245 : GGGA-A---------AATAGCATC-GTAATGAC-A----AAAA----TG--G-G---AAA--A--ACAA--AACAAT----G-AA---AGT-TGTAAAT-----AT-GT---A------TGT----T-AAA-ACAGT-T--TA----CAGGTCATCTTCC-CT-GT-TTTT-TA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGACATTAAATCCTA--TTAAA
gi|17246 : TTTAATAG-GTC-ATAA--AA-T----AAAAA---TA--A-T---AAA--AT-AGAA--AA--ACATAAG-AA---A-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TAT----TC-AA-ACAGT-T--AA----CAAGTCAACATCC-CT-GT-TCTT-CATTGTTGTTTT-AA-aa
gi|17247 : ----AAAT----TC--A-A---AAATCA--AAAC--AA--C-----GCAA---A-T-CATAATT-----AT-GT---A------TAT----TTAAA--CAGT-T--TA----CAGATCATCATTC-TT-GT-TCTT--A---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGTC-TT-AATGCCA--TTAAA
gi|17248 : gtcatgttgaaaatgggggA--AA-T----AAAA----TA--A-A---ATA--A--AAAACTAA--A-----G-AA---A-T-TATAAGT-----AT-TT---A------TAT----TTAAA-ACA----------------------TCC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCCCAC-TTAAAaa
gi|17249 : -AA---A-T-CGTAAATT----AT-GT---A------TATAT--TTGAA-ACAGT-T--TA----TAGGTCAATATCC-GT-GT-GCTT-CA---T--TCAC-AAGAC---TG--T-TTAAAATTGGCATTAAAaa
gi|17250 : aaaaaggtgaaaacacaaaaccatgaAA--AA-TGGGGAAAA----CA--C-A---AAACCA--TGAA--AA--A----------------TGTAAATT----AT-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--AA----AAGGTCAATATCC-CT-GT-TTTT-CA---T--TCTT-AAGACAAAT---T-T--AAATTGGCATTAAA
gi|17251 : -AA---A-T-TGTAAAT-----TTTGT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--TA----TAGGTCAATATCC-CG-GT-TCTT-TA---TT-CATC-AG-AC---TGTTT-T--AAATTGGCATTAAA
gi|17252 : aaaatgggggaacacaaaaccatga-AA---A-T-TGTAAAT-----TTTGT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--TA----TAGGTCAATATCC-CG-GT-TCTT-TA---TT-CATC-AG-AC---TGTTT-T--AAACTGGCATTAA
gi|17253 : atgaaaaagggggaacacaaaaccatgaAA----CA--A-A---ACA--A--AGAA--AA--T-----G-GT---A---CAT--GT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAG--------------ATCAACATTC-CT-GT--CTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--ATACTGGCAT
gi|17254 : T-T--TA----CAGGTCAACATCC-CTTGT-TCTT-CA---TCGTTTT-AA-AC---TT--T-T--AAAC-GCCATTAAActccataaaaa
gi|17255 : aaaaaaacaacaacaatgaaaatcctatgttatA--AA--A-----A-AA---A-T-TGTAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-TAACA----CAGGTCAACATCC-CT-GTCTTTT-GA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAATAGGTGTTaacattaagaa
gi|17256 : AA--AA--A-----G-AA---T-T-TGTA---------T-GT---A------TA--------GA-ACAGT-T--TA----CAGGTAAACATCT-CT-TT-TCTT-CA---TAATTTT-AA-AC---------T--AA--TGGTATTAAAC
gi|17257 : -AA---G-T-CATAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-G--AA----CAGGTCAGGATCC-CT-GA-TATT-TA---TTATTTT-AA-AC----G------------GGCATTAAACCCCAT-TT
gi|17258 : a-AA---A-T-TGTAAAT-----AT-GT---A------TATATATTTAAA-ACAAT-T--AATTTACAGGTTTTCTTCC-TT-TT-TCTT-CA---TTGTTTTAAA-AT---TA--TAT--AAAATACCATTAAA
gi|17259 : a-AA---A-T-TATAAAT------T-TT---G------TGT----TTAAA-ACCAT-T--TA----GAGGTCATCATCC-TT-GT-TCTT-CC---TTGTTAT-AA-ACAATTG--T-T--aaacataattaaaaa
gi|17260 : a-AA---A-T-CATAAGT-----CT-GT---A------TGT----TTAAA-ACAGT-T--GA----CAGGTCAACCTCC-AT-GT-TTTT-CA---ATGTTTT-TA-AA---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACCC
gi|17261 : TAAGT-----AT-GT---A------TGT----TTAAG-ACAGT-T--TA----CAGGTT-ATATTCACT-GT-TCTT-TA---TTGTTTT--A-AC---TG--T-T--AAAATGGCATTAAA-TCTAA-TTAAAa
gi|17262 : GTAAAT-----AT-GT-----------------TTAAA-ACAGT-T--T--------GTAAACATGC-CT-GT-TCTT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TT--T-T--AGACTGGAATTAAACACCA--TTAAA
gi|17263 : T-----AT-GT---A------CAT----TTAAA-ACAGT-T--CA----CATGTCAACATCC-TT-GT-TCTT-TT---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTaa
gi|17264 : -----AT-AT---A------TTT----TCAAA-ACAGT-T--TA----CAGTTCAAGATCC-CT-GT-TCTT-CAC--TTGTTGT-AA-AC---GG--G-T--AA
gi|17265 : T-GT---A------TAT----TTAAA-ACAGT-T--TT----CAAGCTAAGATCC-CT-GT-TCTC-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAATCCCA---TAAA
gi|17266 : ----TTAAA-ACAGT-T--TA----CAGGTCAACATTC-TT-GA-CCTT-TG---TTGTTTT-AA-AC---TA--T-T--CAACTTGCATTAAACCCCA--TTAAAaa
gi|17267 : -ACACT-T--AC----CAG--TGACATTT-CTTGT-T-TT-CA---TTGTTTT-AA-AC---TG--T-T--TAAATGGCATAAAATCCCA---TAAAa
gi|17268 : A----CAGGTCAACATCC-CA-AT-TTTT-CA---TGGTT---------------T-T--AAACTGGCATTAAGCaa
gi|17269 : AGGTCAACATTT-CT-GT-ATTT-CA---TTGTTTT-AT-AC---TG--T-TA-AAACTGGCATTAAACCCCA--TTAAAaacacaatttaa
gi|17270 : T-CA---TTGTTT--AA-AC---TG--T-T--AAACTGGCATTAAACaa
gi|17271 : A---TTGTTTT-AA-AC---TG--A-T--AAACTGGCATTAAACCCCA--TTAAAagcac