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lowQualScore                  :        .. . .    ......     .   ..   .     . .........    ....                  ..         
lowQualScore                  :        77 4 0    555555     8   55   6     8 333333333    6666                  22         
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Reference ( gi|104162 )       : AATATAT--A-A-CATA-T----GCAAA-TGGA-TTGAACTAC-A---------AGTTA---TAACAACATTAGTTACAG--TTCTCTCCA
gi|104161                     : AATATAT--A-A-CATA-T----GCAAA-TGGA-TTGAACTAC-A---------AGTTA---TAACAACATTAGTTACAG--TTCTCTCCA
gi|104163                     : AATATAT--A-A-CATA-T----GCAAA-TGAA-TTGAACTAC-A---------AGTTA---TAACAACATTAGTTACAG--TTCTCTCCA
gi|104164                     : AATATAT--A-A-CATA-T----ACAAA-TGGA-TTGAACTAC-A---------AGTTA---TAACAACATTAGCTACAT--TTCTCTCCA
gi|104165                     : AACATAT--A-A-CATA-T----GCAAA-TGAA-TTGTACTAC-A---------AGTTA---TAACAATATTAGTTACAG--TTCTCTCCA
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gi|104197                     :    ACAT--A-A-CATA-A----GCAAA-TGG-------CTAC-A---------AGTTA---TTACAACATTAGTTTCAGCCTTCCCT
gi|104198                     :    ACAT--A-A-CATA-A----GCAAA-TGGG-TTGGGCTAC-A---------AGTTA---TTACAACATAAGT
gi|104199                     :    ACAT--A-A-CATA-A----GCAA--TGGA-TTGGGCTAC-T---------AGTTA---TAGCAAC-TTAGTTAC
gi|104200                     :     TAT--A-A-CATG-C----GCAAA-TTGA-TTGAACCAC-A---------AGTCA---TAACAACATTAGTTACAG--TTCTCTCCA
gi|104201                     :        --A-A-CAAA-G----GCAAA-TGGT-TTGGGCTAC-A---------AATTA---TTACAACATTAGATACAG--CCCTCCC
gi|104202                     :        --A-A-CA-A-T-----CAAC-TGGG-TTGGACTAC-A---------AGTTA---TTCCAACATTAGCTACAG--TCCT-TCCA
gi|104203                     :           -A-CATA------GCAAA-CGGG-TTGGGCCAC-A---------AGTTC---TAGCAACATTAGTTACGG--CCCTCCCC
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gi|104208                     :                         CAAA-TGGA-TTGTACTAC-A---------AGTTA---TAACAACATAAATTACAG--CCCCCTC
gi|104209                     :                          AAA-CGGG-TTGGGCCAC-A---------AGTTC---TAGCAACATTAGTTACGG--CCCTCCCC





Alignments
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lowQualScore                  :         77 000 777    222222     8   11         8 333333333    3333                 22          
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Reference ( family-493 )      :  AATATAT--A---A---CATA-C----GCAAA-TGGG-TTGGGCTAC-A---------AGTTA---TAACAACATTAGTTACA--GCCCTCCCCA
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gi|104195                     :    TACAT--A---A---T-TA------GCAAA-TGGG-TTGGGCCAC-A---------AGTTC---TAGCAACGTTAGTTACG--ACCCTCCCC
gi|104196                     :     ATAT--A---A---CATA-C----GCAAA-TAGA-TTTAACTAC-A---------AG--------ACAACATTAAACACATTGCTCTC
gi|104197                     :     ACAT--A---A---CATA-A----GCAAA-TGG-------CTAC-A---------AGTTA---TTACAACATTAGTTTCA--GCCTTCCC
gi|104198                     :     ACAT--A---A---CATA-A----GCAAA-TGGG-TTGGGCTAC-A---------AGTTA---TTACAACATAAGTt
gi|104199                     :     ACAT--A---A---CATA-A----GCAA--TGGA-TTGGGCTAC-T---------AGTTA---TAGCAAC-TTAGTTAC
gi|104200                     :      TAT--A---A---CATG-C----GCAAA-TTGA-TTGAACCAC-A---------AGTCA---TAACAACATTAGTTACA--GTTCTCTCCA
gi|104201                     :         --A---A---CAAA-G----GCAAA-TGGT-TTGGGCTAC-A---------AATTA---TTACAACATTAGATACA--GCCCTCCC
gi|104202                     :                              CAAC-TGGG-TTGGACTAC-A---------AGTTA---TTCCAACATTAGCTACA--GTCCTTCC
gi|104203                     :      aacaat---A---CATA------GCAAA-CGGG-TTGGGCCAC-A---------AGTTC---TAGCAACATTAGTTACG--GCCCTCCCCa
gi|104204                     :                    ATA-A----GCAAA-CGTG-TTGAGCCAC-A---------AGTTT---TAGCAACATTAGTTACG--GCCCTTCCC
gi|104205                     :                      A-T----GCAAA--GGG-TTGGACTAC-A---------AGTTT---TAACAACATTAGTTACA--GCCTTCCCCA
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gi|104207                     :                              CAAA-TGGA-TTGAGCT-C-G---------AGTTA---TAACCACATTAGTTACA--GTTCTC
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gi|104204                     :                    ATAA----GCAAACGTG-TTGAGCCAC-A---------AGTTT---TAGCAACATTAGTTACG--GCCCTTCCC
gi|104205                     :                      AT----GCAAA-GGG-TTGGACTAC-A---------AGTTT---TAACAACATTAGTTACA--GCCTTCCCCA
gi|104206                     :                        ----GCAATTAGG-TTGGACTAC-A---------AGTTA---TTCCAACATTAGTTACA--GTCCTTCCCA
gi|104207                     :                             CAAATGGA-TTGAGCT-C-G---------AGTTA---TAACCACATTAGTTACA--GTTCTC
gi|104208                     :                             CAAATGGA-TTGTACTAC-A---------AGTTA---TAACAACATAAATTACA--GCCCCCTCtgca
gi|104209                     :                              AAACGGG-TTGGGCCAC-A---------AGTTC---TAGCAACATTAGTTACG--GCCCTCCCC


blockSeqs                     :         TT CAT ATA    TAAAA        AA           TGTACGTGT    ACTA                 TT
blockSeqs                     :         TT CAT .      ATTA         A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  CAT .      GT           A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  CAT .      GT           A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  CAT .      GT           A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  T   .      GT           A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  T   .      GT           A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  T   .      T            G            .            T                    . 
blockSeqs                     :         .  T   .      T            G            .            T                    . 
blockSeqs                     :         .  T   .      T            A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  T   .      T            A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  T   .      T            A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      C            A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      A            A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      C            G            .            T                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      C            T            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      C            A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      C            A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      A            A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      T            G            .            C                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      T            G            .            A                    . 
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blockSeqs                     :         .  .   .      A            G            .            C                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      C            G            .            C                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      C            G            .            C                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      A            G            .            C                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      A            G            .            T                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      A            G            .            C                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      A            A            .            T                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      A            G            .            C                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      A            G            .            T                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      T            G            .            C                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      A            A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      T            G            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      C            A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      A            A            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      A            T            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      A            G            .            A                    . 
blockSeqs                     :         .  .   .      C            G            .            C                    . 
blockSeqs                     :            .   .      G            G            .            T                    . 
blockSeqs                     :            .   .      A            G            .            T                    . 
blockSeqs                     :                       T            G            .            A                    . 
blockSeqs                     :                       .            A            .            A                    . 
blockSeqs                     :                                    A            .            A                    . 
blockSeqs                     :                                    G            .            C                    . 
blockSeqs                     :                                    .            .            .                      
blockSeqs                     :                                    .            .            .                      
blockSeqs                     :                                    .            .                                   


blockSeqCons                  :  
originalCons                  :  AATATAT--A---A---CATAN----GCAAATGGG-TTGGGCTAC-A---------AGTTA---TAACAACATTAGTTACA--GCCCTCCCCA
finalCons                     :  AATATAT--A---A---CATAN----GCAAATGGG-TTGGGCTAC-A---------AGTTA---TAACAACATTAGTTACA--GCCCTCCCCA





Alignments
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lowQualScore                  :         .. ... ...    .....        ..         . .........    ....                 ..          
lowQualScore                  :         88 000 777    88888        11         8 333333333    3333                 22          
consensus                     :  AATATAT--A---A---CATAN----GCAAATGGG-TTGGGCTAC-A---------AGTTA---TAACAACATTAGTTACA--GCCCTCCCCA
Reference ( family-493 )      :  AATATAT--A---A---CATAN----GCAAATGGG-TTGGGCTAC-A---------AGTTA---TAACAACATTAGTTACA--GCCCTCCCCA
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gi|104181                     :   ATATAT--A---A---CATGC----GCAAA-----TTGAACTAC-A---------AGTT----------CACTAGTTACA--GTTCTCTCTA
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gi|104186                     : atATATAT--ACATA---TATAA----GCAAAAGGG-TTGGGCCAC-A---------AGTTC---TACCAACATTAGTTACG--GCCCTTCCC
gi|104187                     : atATATAT--ACATA---TATAA----GCAAAAGGG-TTGGGCCAC-A---------AGTTC---TACCAACATTAGTTACG--GCCCTTCCC
gi|104188                     : atATGTAT--AT--A---TATAA----GCAAAAGGG-TTGGGCCAC-A---------AGTTC---TACCAACATTAGTTACG--GCCCTTTCC
gi|104189                     :   ATATGT--AT--A---TATAGT---GCAAATGGG-TTGGGCTAC-A---------AGTTT---TAACACCATTAGCAACA--TCCCTCC
gi|104190                     :   ATATAT--A---AATATATAA----GCAAAAGGG-TTGGGCCAC-A---------AGTTC---TACCAACATTAGTTACG--GCCCTTCCCa
gi|104191                     :   ATATCT--AT--A---TATAGT---GCAAATAGG-TTGGGCTAC-A---------AGTTT---TAACAACATTAGCAACA--GACCTCCC
gi|104192                     :   ATATAT--A---A---CATAT----GCAAATGAA-TTGAACTAC-A---------A
gi|104193                     :   ATATAT--ACATA---TATAA----GCAAAAGAG-TTGGGCCAC-A---------AGTTC---TACCAACATTAGTTACG--GCCCTTCCC
gi|104194                     :  atTATAT--A---G-------T----GCAAATGGG-TCGGACTAC-A---------AGTTT---AAACAACATTAGCAACA--GCCCTCCCCA
gi|104195                     :            ---A---CATAATTA-GCAAATGGG-TTGGGCCAC-A---------AGTTC---TAGCAACGTTAGTTACG--ACCCTCCCC
gi|104196                     :    tATAT--A---A---CATAC----GCAAATAGA-TTTAACTAC-A---------AG--------ACAACATTAAACACATTGCTCTC
gi|104197                     :     ACAT--A---A---CATAA----GCAAATGG-------CTAC-A---------AGTTA---TTACAACATTAGTTTCA--GCCTTCCC
gi|104198                     :     ACAT--A---A---CATAA----GCAAATGGG-TTGGGCTAC-A---------AGTTA---TTACAACATAAGTt
gi|104199                     :     ACAT--A---A---CATAA----GCAA-TGGA-TTGGGCTAC-T---------AGTTA---TAGCAAC-TTAGTTAC
gi|104200                     :      TAT--A---A---CATGC----GCAAATTGA-TTGAACCAC-A---------AGTCA---TAACAACATTAGTTACA--GTTCTCTCCA
gi|104201                     :         --A---A---CAAAG----GCAAATGGT-TTGGGCTAC-A---------AATTA---TTACAACATTAGATACA--GCCCTCCC
gi|104202                     :                             CAACTGGG-TTGGACTAC-A---------AGTTA---TTCCAACATTAGCTACA--GTCCTTCC
gi|104203                     :      aacaat---A---CATA-----GCAAACGGG-TTGGGCCAC-A---------AGTTC---TAGCAACATTAGTTACG--GCCCTCCCCa
gi|104204                     :                    ATAA----GCAAACGTG-TTGAGCCAC-A---------AGTTT---TAGCAACATTAGTTACG--GCCCTTCCC
gi|104205                     :                      AT----GCAAA-GGG-TTGGACTAC-A---------AGTTT---TAACAACATTAGTTACA--GCCTTCCCCA
gi|104206                     :                        ----GCAATTAGG-TTGGACTAC-A---------AGTTA---TTCCAACATTAGTTACA--GTCCTTCCCA
gi|104207                     :                             CAAATGGA-TTGAGCT-C-G---------AGTTA---TAACCACATTAGTTACA--GTTCTC
gi|104208                     :                             CAAATGGA-TTGTACTAC-A---------AGTTA---TAACAACATAAATTACA--GCCCCCTCtgca
gi|104209                     :                              AAACGGG-TTGGGCCAC-A---------AGTTC---TAGCAACATTAGTTACG--GCCCTCCCC