lowQualScore : 33 111111111111111111 11111 1 222 111111111111 22222222222222222
lowQualScore : 1 44 11 2222 0 333333333333333333 44444 666666666666 555555 55 2 222 1 3 00000 444 2 22 2 3 2 777 888888888888 3 55555555555555555 55
lowQualScore : . .. .. .... . .................. ..... ............ ...... .. . ... . . ..... ... . .. . . . ... ............ . ................. ..
lowQualScore : 0 00 33 1111 9 777777777777777777 00000 111111111111 222222 88 4 333 3 8 22222 666 1 99 5 1 7 222 666666666666 3 55555555555555555 00
consensus : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-TT--G------------A-----TG-----T------AG------GA--AT-GC---T-TCATCG-CA----TTC--TT-A--ACTT-GTGAAAC-AACAACCACACTAACGAAAGGCAATTCCAACAAA------------CACCA-----------------TTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
Reference ( gi|158257 ) : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G-GAGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-TT--G------------A-----TG-----T------AG------GA--AT-GC---T-TCATCG-CA----CTC--TT-A--ACTT-GTGAAAC-AACACCCACACTAACGTAGGGCAATTCCAACAAA------------CACTA-----------------TTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
gi|158258 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAAAGAGA--AAG----AGAAAGAGAGAGA-G-TT--G------------A-----TG-----T------AG------GA--AT-GC---T-TCGTTG-CA----TTA--TT-A--ACTT-GTGAAAC-AACAACCACACTAACGAAAGGTAATTCCAACAAA------------CACCA-----------------TTCC--GATACCACGCGTGTTGTTAACAA
gi|158259 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-GAGAGAGAGACG--GAG----ACAGAGAGAGAAG-G-TT--G------------A-----TG-----T------AG------GA--AT-GC---T-TCTTC--CA----ATC--TT-A--ACAT-GTGAAAC-AACAACTACATTAACGAAAGGCAATCCCAATAAA------------CACCA-----------------TTCC--GATATCACACGTGTTATCACCAA
gi|158260 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-TT--G------------A-----TG-----T------AA------GA--AC-GC---T-TCGTCG-CA----TTC--TT-A--ACTT-GTGAAAC-AATAACTACACTAACGAAAGGCAATCCCAACAAACGATACCAATACCACTATATATCACAATATACCATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
gi|158261 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-TT--G------------A-----CG-----A------AG------GA--GT-GC---T-TCATCA-CA----TTC--AT-A--ACTT-GTGAAAC-TACAACCACACTAACGACAGGCAATTTAAACAAA------------CACTA-----------------TTCC--TATATCAAACGTGTTATCAACA
gi|158263 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--TGG----AGACACAGAGAGA-G-TT--G------------A-----TG-----T------AG------GA--AC-GC---T-TCATCG-CA----TT-----------TT-G---AAC-AACAACCACACTAACG---------------AAA------------CACCA-----------------TTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
gi|158268 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-GCTC--A------------A-----TG-----T------AGTTTAACAA--AC-GC---T-TCA----CA----CCA-----A--ATTTGGTGAAA
gi|158264 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-A-TT---------------A-----TG-----T------GT------GA--TT-GC---T-TAATC
gi|158266 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA---GAGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGATG-AT--G------------A-----TG-----T------AG------GA--AT-GC---T-ttacatccgtaa
gi|158272 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AAAGAGAGAGGGA-G-TG--GGGACGAGAGAGTA-----TG-----A------AG------GT--AT-GT---T-TCAAAG-CATATGTTG--TC-A--AATT-GT--AACTAACAC
gi|158271 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-GAGAGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-----G-------------------G-----G------AG------GAGTAT-AC---C-TCATCC-CA----TTagtca
gi|158265 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-AT--G------------A-----TG------------AT------GATGAT-GA---T-TAATC
gi|158278 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-AAGAGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGGGG-G-GT--G------------GGGTCTTG-----C------AT------GA--GT-GC---T-T-ATT--TA----TTA--TTGA--ATTT-ATCAAAC-atgttcatta
gi|158285 : GAGAAAGAGAGAGGGAG--G-GAGAGAGAGA--GTG----AGAGAGAGAGAGA-G--A--G------------A-----TG-----T------TG------AA------------TCAT---CA----CCC--TT-A--ATTT-
gi|158274 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G--A--G------------A-----TA-----T-------G------GA--TT-G----T-TGAT-G-TA----TTT--TT-A--
gi|158269 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-CT--GTGGGGAT-----A-----TG-----A------AG------GT--AT-GT---T-TCA
gi|158277 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-------G------------A-----TG-----G------AG------G----T-G-------AATCG-GA------------A--ACTT-GTGAAgagtatt
gi|158276 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGACAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-AT--GA-----------A-----TC-----T------A-------GA--AT-GT---TGCCATC
gi|158279 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-AG--A------------G-----CG-----TATCTAAAG------GA--AT--C---T-TCAT
gi|158280 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-TG--T------------A-----TA-----C------AGTA----GA--A---C---T-TC
gi|158293 : GAGAGAGAGAGAGAGAAA-G-G-GAGAGAGA--GAG----GGAGAGAGAGAGA-G-TT--C------------A-----TA-----TC-----AA------GAT-AT-ACAAAT-TCAT
gi|158288 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-GG--G------------AGAG--TG-----T------AG------GCT-AT-GC---T-
gi|158281 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGC-G-TT--G------------G-----TG-----T------A
gi|158290 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-NN--N------------N-----NNNNNNTT------AA------AA--AT-AC---T-T
gi|158292 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-TA--G------------A-----TG-----
gi|158283 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-TT--G------------T-----TG-----
gi|158291 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-AT--T------------A-----TG-----T------A
gi|158294 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-TT--T------------A-----T
gi|158296 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-AT---------------A-----TG-----T------A
gi|158295 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-TT--G------------
gi|158297 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-C-TT--GTACAATA-----A-----TG-----T------GG------GA--AT-
gi|158267 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-GT--G------------A-----
gi|158289 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGG--GAG----GGAGGGAGGGAGA-GATA--G------------A-----TA-----G------AG------AT--AT-G--------ATTA-CA----CTcactatatcaaatgacatgcacgcgtatttcatatgagagacacaacatactaa
gi|158270 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-A-TTTGG------------T-----TG-----T------TT------GA--AT-Gtacgttct
gi|158273 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-GAGAGAGAGAGA--GAG----AGGGAGAGAGAGA-T-CT--G------------A-----gtatttaaacgtcattttcaac
gi|158275 : gaGAGAGAGAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAAAGAGAGA-A-AT--G------------A-----aaacgcaacaccgggtttagaggggaatttcttggaaacgaaaacgtgacactaatg
gi|158262 : GAGAGAGAGAGAGAGACA-GAGACAGAGA--CAG----AGACAGAGACAGA-G-TT--G------------A-----TG-----T------AG------GA--AT-GC---T-TCATCG-CA----TTC--TT-A--ACTT-GTGAAA-------CCACACTAACA------AATGGCAACAAA------------CACCA-----------------TTCC--GATACCACACATGTTGTCACCAAaatgtgccatttacttcacctatgtaaaaaaaac
gi|158299 : AAAGAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-TT--G------------A-----TG-----T------AA------GA--AT-GC---T-TCATCG-TA----TTCTGTT-ATCACCA-TTGAAAC-AACA
gi|158300 : GAGAGAGAGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-AT--G------------A-----TG-----
gi|158298 : AGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-AG--A------------G-----AG-----A------AG------GA--ATGGG---T-TTAACGCCA----TTT--TC-A--ACatgatgattaatcatgttcatta
gi|158301 : AGA-G--AGAGAGAGA--GAG----AGAGAGAGAGAGA-G-AG--A------------G-----AG-----A------AG------GA--ATGGG---T-TTAACGCCA----TTT--TC-A--ACacatt
gi|158302 : AGAGAGAGACCGAGTCATAGAGAGAGAGAGA-G-TT--A------------A-----TG-----T------AG------GA--AT-GC---T-TCATTG-CA----TTC--TT-A--ACTT-GTGAAAC-AGCAACTACATTAGCAAACGACAATCCCAACAAA------------CACCA-----------------TTCC--GATACCACACGTGTTATTACCAA
gi|158303 : aaAAAGAGAGA-G-TT--G------------A-----TG-----T------AG------GA--AT-GC---T-TCTTTG-CT----ATC--TT-A--ACTT-GTGTAAC-AATAACCACACTTACGAAAGGCAATTCCAACAAA------------CAACA-----------------TTCC--GATGCCACAAGTGTTATCACCA
gi|158304 : AGAGAGA-G-TT--G------------A-----TA-----T------AG------GA--GT-GC---T-TCATCG-CA----TTC--TT-A--ACTT-GTGAAAC-TACAACCACACTAACGAAAGGCAATTTAAACAAA------------CACCA-----------------TTCT--TATATCACACGTGTTATCACCAA
gi|158305 : ------GA--AT-GC---T-TCATCG-CA----TTC--TT-A--ACTT-GTGAAAC-AACAACCACACTAACGAAAGGCAATTCCAACAAA------------CACCA-----------------TTCC--GATACTACACGTGTTATCACAAA
gi|158306 : ACACTAACAAAACGCAATTCCAACAAA------------CACCA-----------------TTCCATAACAACATACGTGTTATCGCCAA
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|158284 ): GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGAGCACTATCATTGGGTAATACTAAGTCAATCTTTTTAAACTGGAAATAA
Unaligned ( gi|158286 ): GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAAAGAAAGAGAAAGAGAGAGAGCGACCGCGAGGGAGAGACGATCAATATATTTATTCCTAATCCCAATGAAACGAACAACAACCAAAAGCGTTTAAAGGTAAACAAACA
Unaligned ( gi|158287 ): GAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGATGAAATTGTTATGGGTTTCTTCAGTCTTTTCTTATCT
Unaligned ( gi|158282 ): GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGATTCCATGCAATTGTTAAATTTTGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111 2222222222222222222 111111111
lowQualScore : 0 11 11 11 11 0 77777777777777777777777777777 555555555555555555555 1 44 1 44444444 222 1 1 2 88888888 1 2222 4444 1 11 8888888888 1 6666 1 33 555 3333333333333333333 0 222222222 3 44
lowQualScore : . .. .. .. .. . ............................. ..................... . .. . ........ ... . . . ........ . .... .... . .. .......... . .... . .. ... ................... . ......... . ..
lowQualScore : 9 22 22 22 22 8 88888888888888888888888888888 777777777777777777777 0 55 0 88888888 777 0 1 2 33333333 2 5555 6666 3 88 5555555555 7 4444 5 44 000 8888888888888888888 8 333333333 1 66
consensus : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACAAC--CACACTAACG---AAAGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
Reference ( family-487 ) : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACAAC--CACACTAACG---AAAGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
gi|158257 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----CT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACACC--CACACTAACG---TAGGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACTATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
gi|158258 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--AAGA--GA--A--AGAGAAAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-G-T---T--G-C-A----TT-A--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACAAC--CACACTAACG---AAAGGTA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACGCGTGTTGTTAACAA
gi|158259 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GACGG--AGACAGAGAGAGAAG-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-T-T---C----C-A----AT-C--TT-A--A----------CAT-GTGA----AACAACAAC--TACATTAACG---AAAGGCA-------------------ATCCCA---------ATAA-ACACCATTCC--GATATCACACGTGTTATCACCAA
gi|158260 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-A------G-A--AC-G---C----T---T-C-G-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAATAAC--TACACTAACG---AAAGGCAATCCCAACAAACGATACCAATACCACTATATATCACAATATACCATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
gi|158261 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----CG-----A------A-G------G-A--GT-G---C----T---T-C-A-T---C--A-C-A----TT-C--AT-A--A----------CTT-GTGA----AACTACAAC--CACACTAACG---ACAGGCA-------------------ATTTAA---------ACAA-ACACTATTCC--TATATCAAACGTGTTATCAACA
gi|158262 : GAGAGAGAGAGAGAGACAG-AGA--CAGA--GA--C--AGAGACAGAGACAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----------AAC--CACACTAACA---AATGG-------------------------CA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACACATGTTGTCACCAA
gi|158263 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--T--GGAGACACAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AC-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT----------------------TT-G-------AACAACAAC--CACACTAACG----------------------------------------------AA-ACACCATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
gi|158264 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-A-T-----T---------------A-----TG-----T------G-T------G-A--TT-G---C----T---T-A-A-T---CTTA-C-A----TC-C--GT-A--A----------
gi|158265 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----T--G------------A-----TG------------A-T------G-ATGAT-G---A----T---T-A-A-T---C--A-T-G----TT-CA-TT-A--
gi|158266 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGATG-A-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---
gi|158267 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-G-----T--G------------ACAC--TA-----T------ATC------A-A--AT-G---A----------C-A-TGCAC--G-C-G----TA-T--TT-C--A----------TAT-GAGA----GAC-ACAA---CATACTAA
gi|158268 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-GCT-----C--A------------A-----TG-----T------A-GTTTAACA-A--AC-G---C----T---T-C-A----------C-A-------C--CA-A--A----------TTTGGTGA----AA
gi|158269 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-C-----T--GTGGGGAT-----A-----TG-----A------A-G------G-T--AT-G---T----T---T-C-A-G---A--G-T-A----TT-
gi|158270 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-A-T-----TTGG------------T-----TG-----T------T-T------G-A--AT-GGTAT----T---T-A-A-A---C--GTC-A----TT-T--TC-A--A----------C
gi|158271 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----G--G-------------------G-----G------A-G------G-AGTAT-A---C----C---T-C-A-T---C--C-C-A----TT-
gi|158272 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAAAGAGAGAGGGA-G-T-----G--GGGACGAGAGAGTA-----TG-----A------A-G------G-T--AT-G---T----T---T-C-A-A---A--G-C-ATATGTT-G--TC-A--A----------ATT-GTAACT--AAC-ACAGT--CA
gi|158273 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGGGAGAGA-G-------A--G------------A-----TC-----T------G-A------A-A--AC-G---C----A---A-C-A-C---C--G-G-G----T-----TT-A--GAGGGGAATTTCTT-G-GA----AACGAAAACGTGACACTAATG---
gi|158274 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-------A--G------------A-----TA-----T--------G------G-A--TT-G--------T---T-G-A-T------G-T-A----TT-T--TT-A--
gi|158275 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAAAGAGAGA-A-A-----T--G------------A------------------------------A--AT-G---T----G---C-C-A-T---------------TTAC--TT-C--A----------CCT-ATGT----AAAAAAAAC--
gi|158276 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GACA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----T--GA-----------A-----TC-----T------A--------G-A--AT-G---T----TG--C-C-A-T---C--
gi|158277 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA------------G------------A-----TG-----G------A-G------G-----T-G--------------A-A-T---C--G-G-A-------------A--A----------CTT-GTGA----A
gi|158278 : GAGAGAGAGAGAGAGAAAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGGGG-G-G-----T--G------------GGGTCTTG-----C------A-T------G-A--GT-G---C----T---T---A-T---T----T-A----TT-A--TTGA--A----------TTT-ATCA----AAC
gi|158279 : gaGAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----G--A------------G-----CG-----TATCTAAA-G------G-A--AT-----C----T---T-C-A-T---
gi|158280 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----G--T------------A-----TA-----C------A-GTA----G-A--A------C----T---T-C-
gi|158281 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGC-G-T-----T--G------------G-----TG-----T------A-
gi|158282 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGAGTGAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAAAGA-G-------------------------------------------A-G------A-G--AT----------T---C-C-A-T------G-CAA----TT-G--TT-A--A----------ATT-TTGA----
gi|158283 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------T-----TG-----
gi|158284 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAG-GGGA-G-CACTA-T--C------------A-----T------T------G-G------GTA--AT-A---C----TAAGT-CAA-T---C-----------TT-T--TT-A--A----------ACT-G-GA----AATAA
gi|158285 : GAGAAAGAGAGAGGGAGGG-AGA--GAGA--GA--G--TGAGAGAGAGAGAGA-G-------A--G------------A-----TG-----T------T-G------A-A------------------T-C-A-T---C--A-C-------C-C--TT-A--A----------TTT-
gi|158286 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AAA--GAAA--GA--A--AGAGAAAGAGAGAGA-G-CGACCGC--G------------A-----GG-----G------A-G------A-G--AC-G---A----T---C-A-A-TATAT--T-T-A----TT-C--CT-A--ATC--------CCA-ATGAAACGAACAACAAC--CAAA--AGCGTTTAAAGGTA------------------------A---------ACAA-ACA
gi|158287 : GAGAGAGAGAGAGAGAGGG-AGA--GAGA--GA--G--AGGGAGAGAGATGAA-A-T-----T--G------------T-----TA-----T--------G------G-G--TT-T---C----T---T-C-AGT---C--T-T------TT-C--TT-A--T----------CT
gi|158288 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-G-----G--G------------AGAG--TG-----T------A-G------G-CT-AT-G---C----T---
gi|158289 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GG--G--AGGGAGGGAGGGAGA-GAT-----A--G------------A-----TA-----G------A-G------A-T--AT-G---A----T---TAC-ACT---T--A-C-G----TT-C--T
gi|158290 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-N-----N--N------------N-----NNNNNNTT------A-A------A-A--AT-A---C----T---T-
gi|158291 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----T--T------------A-----TG-----T------A-
gi|158292 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----A--G------------A-----TG-----
gi|158293 : GAGAGAGAGAGAGAGAAAG-GGA--GAGA--GA--G--AGGGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--C------------A-----TA-----TC-----A-A------G-AT-AT-A---CAAA-T---T-C-A-T---
gi|158294 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--T------------A-----T
gi|158295 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------
gi|158296 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----T---------------A-----TG-----T------A-
gi|158297 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-C-T-----T--GTACAATA-----A-----TG-----T------G-G------G-A--AT-
gi|158298 : AGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAAGGA-A-T-----G--G------------G-----TT-----T-----------------A--AC-G---CCATTT---T-C-A-A---C--A-C-A----TT-
gi|158299 : AAAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-A------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-T-A----TT-CTGTT-ATCA----------CCA-TTGA----AACAACA
gi|158300 : GAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----T--G------------A-----TG------------A-T------G----AT-G---A----T---T-A-A-T---C--A-T-G----TT-CA-TT-A--
gi|158301 : AGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----G--A------------G-----AG-----A------A-G------G-A--ATGG---G----T---T-T-A-A---C--GCC-A----TT-T--TC-A--A----------C
gi|158302 : AAAG-AGA--GAGACCGA--GTCATAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--A------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---T--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAGCAAC--TACATTAGCA---AACGACA-------------------ATCCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACACGTGTTATTACCAA
gi|158303 : AAAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-T-T---T--G-C-T----AT-C--TT-A--A----------CTT-GTGT----AACAATAAC--CACACTTACG---AAAGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACAACATTCC--GATGCCACAAGTGTTATCACCA
gi|158304 : AGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TA-----T------A-G------G-A--GT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACTACAAC--CACACTAACG---AAAGGCA-------------------ATTTAA---------ACAA-ACACCATTCT--TATATCACACGTGTTATCACCAA
gi|158305 : ------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACAAC--CACACTAACG---AAAGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACTACACGTGTTATCACAAA
gi|158306 : ACACTAACA---AAACGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCCATAACAACATACGTGTTATCGCCAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111 2222222222222222222 111111111
lowQualScore : 0 11 11 11 11 0 77777777777777777777777777777 555555555555555555555 1 44 1 44444444 222 1 1 2 88888888 1 2222 4444 1 11 8888888888 1 6666 1 33 555 3333333333333333333 0 222222222 3 44
lowQualScore : . .. .. .. .. . ............................. ..................... . .. . ........ ... . . . ........ . .... .... . .. .......... . .... . .. ... ................... . ......... . ..
lowQualScore : 9 22 22 22 22 8 88888888888888888888888888888 777777777777777777777 0 55 0 88888888 777 0 1 2 33333333 2 5555 6666 3 88 5555555555 7 4444 5 44 000 8888888888888888888 8 333333333 1 66
consensus : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACAAC--CACACTAACG---AAAGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
Reference ( family-487 ) : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACAAC--CACACTAACG---AAAGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
gi|158257 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----CT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACACC--CACACTAACG---TAGGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACTATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
gi|158258 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--AAGA--GA--A--AGAGAAAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-G-T---T--G-C-A----TT-A--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACAAC--CACACTAACG---AAAGGTA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACGCGTGTTGTTAACAA
gi|158259 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GACGG--AGACAGAGAGAGAAG-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-T-T---C----C-A----AT-C--TT-A--A----------CAT-GTGA----AACAACAAC--TACATTAACG---AAAGGCA-------------------ATCCCA---------ATAA-ACACCATTCC--GATATCACACGTGTTATCACCAA
gi|158260 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-A------G-A--AC-G---C----T---T-C-G-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAATAAC--TACACTAACG---AAAGGCAATCCCAACAAACGATACCAATACCACTATATATCACAATATACCATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
gi|158261 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----CG-----A------A-G------G-A--GT-G---C----T---T-C-A-T---C--A-C-A----TT-C--AT-A--A----------CTT-GTGA----AACTACAAC--CACACTAACG---ACAGGCA-------------------ATTTAA---------ACAA-ACACTATTCC--TATATCAAACGTGTTATCAACA
gi|158262 : GAGAGAGAGAGAGAGACAG-AGA--CAGA--GA--C--AGAGACAGAGACAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----------AAC--CACACTAACA---AATGG-------------------------CA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACACATGTTGTCACCAA
gi|158263 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--T--GGAGACACAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AC-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT----------------------TT-G-------AACAACAAC--CACACTAACG----------------------------------------------AA-ACACCATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
gi|158264 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-A-T-----T---------------A-----TG-----T------G-T------G-A--TT-G---C----T---T-A-A-T---CTTA-C-A----TC-C--GT-A--A----------
gi|158265 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----T--G------------A-----TG------------A-T------G-ATGAT-G---A----T---T-A-A-T---C--A-T-G----TT-CA-TT-A--
gi|158266 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGATG-A-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---
gi|158267 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-G-----T--G------------ACAC--TA-----T------ATC------A-A--AT-G---A----------C-A-TGCAC--G-C-G----TA-T--TT-C--A----------TAT-GAGA----GAC-ACAA---CATACTAA
gi|158268 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-GCT-----C--A------------A-----TG-----T------A-GTTTAACA-A--AC-G---C----T---T-C-A----------C-A-------C--CA-A--A----------TTTGGTGA----AA
gi|158269 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-C-----T--GTGGGGAT-----A-----TG-----A------A-G------G-T--AT-G---T----T---T-C-A-G---A--G-T-A----TT-
gi|158270 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-A-T-----TTGG------------T-----TG-----T------T-T------G-A--AT-GGTAT----T---T-A-A-A---C--GTC-A----TT-T--TC-A--A----------C
gi|158271 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----G--G-------------------G-----G------A-G------G-AGTAT-A---C----C---T-C-A-T---C--C-C-A----TT-
gi|158272 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAAAGAGAGAGGGA-G-T-----G--GGGACGAGAGAGTA-----TG-----A------A-G------G-T--AT-G---T----T---T-C-A-A---A--G-C-ATATGTT-G--TC-A--A----------ATT-GTAACT--AAC-ACAGT--CA
gi|158273 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGGGAGAGA-G-------A--G------------A-----TC-----T------G-A------A-A--AC-G---C----A---A-C-A-C---C--G-G-G----T-----TT-A--GAGGGGAATTTCTT-G-GA----AACGAAAACGTGACACTAATG---
gi|158274 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-------A--G------------A-----TA-----T--------G------G-A--TT-G--------T---T-G-A-T------G-T-A----TT-T--TT-A--
gi|158275 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAAAGAGAGA-A-A-----T--G------------A------------------------------A--AT-G---T----G---C-C-A-T---------------TTAC--TT-C--A----------CCT-ATGT----AAAAAAAAC--
gi|158276 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GACA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----T--GA-----------A-----TC-----T------A--------G-A--AT-G---T----TG--C-C-A-T---C--
gi|158277 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA------------G------------A-----TG-----G------A-G------G-----T-G--------------A-A-T---C--G-G-A-------------A--A----------CTT-GTGA----A
gi|158278 : GAGAGAGAGAGAGAGAAAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGGGG-G-G-----T--G------------GGGTCTTG-----C------A-T------G-A--GT-G---C----T---T---A-T---T----T-A----TT-A--TTGA--A----------TTT-ATCA----AAC
gi|158279 : gaGAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----G--A------------G-----CG-----TATCTAAA-G------G-A--AT-----C----T---T-C-A-T---
gi|158280 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----G--T------------A-----TA-----C------A-GTA----G-A--A------C----T---T-C-
gi|158281 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGC-G-T-----T--G------------G-----TG-----T------A-
gi|158282 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGAGTGAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAAAGA-G-------------------------------------------A-G------A-G--AT----------T---C-C-A-T------G-CAA----TT-G--TT-A--A----------ATT-TTGA----
gi|158283 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------T-----TG-----
gi|158284 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAG-GGGA-G-CACTA-T--C------------A-----T------T------G-G------GTA--AT-A---C----TAAGT-CAA-T---C-----------TT-T--TT-A--A----------ACT-G-GA----AATAA
gi|158285 : GAGAAAGAGAGAGGGAGGG-AGA--GAGA--GA--G--TGAGAGAGAGAGAGA-G-------A--G------------A-----TG-----T------T-G------A-A------------------T-C-A-T---C--A-C-------C-C--TT-A--A----------TTT-
gi|158286 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AAA--GAAA--GA--A--AGAGAAAGAGAGAGA-G-CGACCGC--G------------A-----GG-----G------A-G------A-G--AC-G---A----T---C-A-A-TATAT--T-T-A----TT-C--CT-A--ATC--------CCA-ATGAAACGAACAACAAC--CAAA--AGCGTTTAAAGGTA------------------------A---------ACAA-ACA
gi|158287 : GAGAGAGAGAGAGAGAGGG-AGA--GAGA--GA--G--AGGGAGAGAGATGAA-A-T-----T--G------------T-----TA-----T--------G------G-G--TT-T---C----T---T-C-AGT---C--T-T------TT-C--TT-A--T----------CT
gi|158288 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-G-----G--G------------AGAG--TG-----T------A-G------G-CT-AT-G---C----T---
gi|158289 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GG--G--AGGGAGGGAGGGAGA-GAT-----A--G------------A-----TA-----G------A-G------A-T--AT-G---A----T---TAC-ACT---T--A-C-G----TT-C--T
gi|158290 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-N-----N--N------------N-----NNNNNNTT------A-A------A-A--AT-A---C----T---T-
gi|158291 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----T--T------------A-----TG-----T------A-
gi|158292 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----A--G------------A-----TG-----
gi|158293 : GAGAGAGAGAGAGAGAAAG-GGA--GAGA--GA--G--AGGGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--C------------A-----TA-----TC-----A-A------G-AT-AT-A---CAAA-T---T-C-A-T---
gi|158294 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--T------------A-----T
gi|158295 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------
gi|158296 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----T---------------A-----TG-----T------A-
gi|158297 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-C-T-----T--GTACAATA-----A-----TG-----T------G-G------G-A--AT-
gi|158298 : AGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAAGGA-A-T-----G--G------------G-----TT-----T-----------------A--AC-G---CCATTT---T-C-A-A---C--A-C-A----TT-
gi|158299 : AAAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-A------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-T-A----TT-CTGTT-ATCA----------CCA-TTGA----AACAACA
gi|158300 : GAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----T--G------------A-----TG------------A-T------G----AT-G---A----T---T-A-A-T---C--A-T-G----TT-CA-TT-A--
gi|158301 : AGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----G--A------------G-----AG-----A------A-G------G-A--ATGG---G----T---T-T-A-A---C--GCC-A----TT-T--TC-A--A----------C
gi|158302 : AAAG-AGA--GAGACCGA--GTCATAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--A------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---T--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAGCAAC--TACATTAGCA---AACGACA-------------------ATCCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACACGTGTTATTACCAA
gi|158303 : AAAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-T-T---T--G-C-T----AT-C--TT-A--A----------CTT-GTGT----AACAATAAC--CACACTTACG---AAAGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACAACATTCC--GATGCCACAAGTGTTATCACCA
gi|158304 : AGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TA-----T------A-G------G-A--GT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACTACAAC--CACACTAACG---AAAGGCA-------------------ATTTAA---------ACAA-ACACCATTCT--TATATCACACGTGTTATCACCAA
gi|158305 : ------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACAAC--CACACTAACG---AAAGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACTACACGTGTTATCACAAA
gi|158306 : ACACTAACA---AAACGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCCATAACAACATACGTGTTATCGCCAA
blockSeqs : GT CC CG TC TGGGGACGAGAGAGTA TAGTTTAAC TG CCATT AAG A A G GCACG A TATG CTG G TC AGGGGAATTT G AACG A GT TTT ATCCCAACAAACGATACCA CTATATATC T AT
blockSeqs : . . . . CTGTGGGGATA TATCTAAAG GT GTAT G . . C ATATT . . CA . . TC . CT A . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTGTACAATAA NNNNTTAA T CAAA . . . . CTTA . . AC . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . GTGGGGTCT CAGTA T C . . . . CGT . . CA . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . CGACCGCGA TATC . C . . . . CGC . . A . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . CACTATCA TCAA . C . . . . TG . . C . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . GTGACAC TAG . C . . . . CG . . C . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . GGGAGAG TAG . C . . . . CA . . C . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTTGGT TAA . C . . . . CG . . C . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . CTCAA AAG . C . . . . CG . . C . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . ATGAA TAG . A . . . . CA . . T . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . ATAGA TAG . C . . . . AG . . C . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . TTGA TGT . A . . . . CC . . T . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . TTGA TAG . C . . . . AG . . G . . . . . A .
blockSeqs : . . . . TTGA AAG . T . . . . CG . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTGA TTT . C . . . . CG . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTGA GAG . T . . . . CA . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTGA AAG . C . . . . CT . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . ATGA TGA . T . . . . TA . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . ATGA GAG . T . . . . CA . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . ATGA CAT . C . . . . CG . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . AGAG TGG . C . . . . CA . . C . . . .
blockSeqs : . . . . TGTA TTG . C . . . . TG . . T . . .
blockSeqs : . . . . TTGG GAG . C . . . . TG . . C . . .
blockSeqs : . . . . TTGT TAG . A . . . . CG . . C . . .
blockSeqs : . . . . TTGT GAG . C . . . . CG . . C . . .
blockSeqs : . . . . NNNN TGG . C . . . . C . . C . .
blockSeqs : . . . . ATTA TAA . A . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . TAGA AAG . C . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . TTCA TAG . C . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . TTTA TAG . A . . . . C . .
blockSeqs : . . . . TGGG TAG . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTGA AT . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . ATGA TG . C . . . .
blockSeqs : . . . . AGAG TA . C . . . .
blockSeqs : . . . . TTAA AG . C . . . .
blockSeqs : . . . . TTGA TG . . . . .
blockSeqs : . . . . TTGA AT . . . .
blockSeqs : . . . . TTA T . . .
blockSeqs : . . . . AGG . . . .
blockSeqs : . . . . AGA .
blockSeqs : . . . . AGA
blockSeqs : . . . . AGA
blockSeqs : . . . . ATA
blockSeqs : . . . . GA
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACAAC--CACACTAACG---AAAGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
finalCons : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACAAC--CACACTAACG---AAAGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111 2222222222222222222 111111111
lowQualScore : 0 11 11 11 11 0 77777777777777777777777777777 555555555555555555555 1 44 1 44444444 222 1 1 2 88888888 1 2222 4444 1 11 8888888888 1 6666 1 33 555 3333333333333333333 0 222222222 3 44
lowQualScore : . .. .. .. .. . ............................. ..................... . .. . ........ ... . . . ........ . .... .... . .. .......... . .... . .. ... ................... . ......... . ..
lowQualScore : 9 22 22 22 22 8 88888888888888888888888888888 777777777777777777777 0 55 0 88888888 777 0 1 2 33333333 2 5555 6666 3 88 5555555555 7 4444 5 44 000 8888888888888888888 8 333333333 1 66
consensus : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACAAC--CACACTAACG---AAAGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
Reference ( family-487 ) : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACAAC--CACACTAACG---AAAGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
gi|158257 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----CT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACACC--CACACTAACG---TAGGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACTATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
gi|158258 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--AAGA--GA--A--AGAGAAAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-G-T---T--G-C-A----TT-A--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACAAC--CACACTAACG---AAAGGTA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACGCGTGTTGTTAACAA
gi|158259 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GACGG--AGACAGAGAGAGAAG-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-T-T---C----C-A----AT-C--TT-A--A----------CAT-GTGA----AACAACAAC--TACATTAACG---AAAGGCA-------------------ATCCCA---------ATAA-ACACCATTCC--GATATCACACGTGTTATCACCAA
gi|158260 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-A------G-A--AC-G---C----T---T-C-G-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAATAAC--TACACTAACG---AAAGGCAATCCCAACAAACGATACCAATACCACTATATATCACAATATACCATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
gi|158261 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----CG-----A------A-G------G-A--GT-G---C----T---T-C-A-T---C--A-C-A----TT-C--AT-A--A----------CTT-GTGA----AACTACAAC--CACACTAACG---ACAGGCA-------------------ATTTAA---------ACAA-ACACTATTCC--TATATCAAACGTGTTATCAACA
gi|158262 : GAGAGAGAGAGAGAGACAG-AGA--CAGA--GA--C--AGAGACAGAGACAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----------AAC--CACACTAACA---AATGG-------------------------CA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACACATGTTGTCACCAA
gi|158263 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--T--GGAGACACAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AC-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT----------------------TT-G-------AACAACAAC--CACACTAACG----------------------------------------------AA-ACACCATTCC--GATACCACACGTGTTATCACCAA
gi|158264 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-A-T-----T---------------A-----TG-----T------G-T------G-A--TT-G---C----T---T-A-A-T---CTTA-C-A----TC-C--GT-A--A----------
gi|158265 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----T--G------------A-----TG------------A-T------G-ATGAT-G---A----T---T-A-A-T---C--A-T-G----TT-CA-TT-A--
gi|158266 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGATG-A-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---
gi|158267 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-G-----T--G------------ACAC--TA-----T------ATC------A-A--AT-G---A----------C-A-TGCAC--G-C-G----TA-T--TT-C--A----------TAT-GAGA----GAC-ACAA---CATACTAA
gi|158268 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-GCT-----C--A------------A-----TG-----T------A-GTTTAACA-A--AC-G---C----T---T-C-A----------C-A-------C--CA-A--A----------TTTGGTGA----AA
gi|158269 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-C-----T--GTGGGGAT-----A-----TG-----A------A-G------G-T--AT-G---T----T---T-C-A-G---A--G-T-A----TT-
gi|158270 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-A-T-----TTGG------------T-----TG-----T------T-T------G-A--AT-GGTAT----T---T-A-A-A---C--GTC-A----TT-T--TC-A--A----------C
gi|158271 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----G--G-------------------G-----G------A-G------G-AGTAT-A---C----C---T-C-A-T---C--C-C-A----TT-
gi|158272 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAAAGAGAGAGGGA-G-T-----G--GGGACGAGAGAGTA-----TG-----A------A-G------G-T--AT-G---T----T---T-C-A-A---A--G-C-ATATGTT-G--TC-A--A----------ATT-GTAACT--AAC-ACAGT--CA
gi|158273 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGGGAGAGA-G-------A--G------------A-----TC-----T------G-A------A-A--AC-G---C----A---A-C-A-C---C--G-G-G----T-----TT-A--GAGGGGAATTTCTT-G-GA----AACGAAAACGTGACACTAATG---
gi|158274 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-------A--G------------A-----TA-----T--------G------G-A--TT-G--------T---T-G-A-T------G-T-A----TT-T--TT-A--
gi|158275 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAAAGAGAGA-A-A-----T--G------------A------------------------------A--AT-G---T----G---C-C-A-T---------------TTAC--TT-C--A----------CCT-ATGT----AAAAAAAAC--
gi|158276 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GACA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----T--GA-----------A-----TC-----T------A--------G-A--AT-G---T----TG--C-C-A-T---C--
gi|158277 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA------------G------------A-----TG-----G------A-G------G-----T-G--------------A-A-T---C--G-G-A-------------A--A----------CTT-GTGA----A
gi|158278 : GAGAGAGAGAGAGAGAAAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGGGG-G-G-----T--G------------GGGTCTTG-----C------A-T------G-A--GT-G---C----T---T---A-T---T----T-A----TT-A--TTGA--A----------TTT-ATCA----AAC
gi|158279 : gaGAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----G--A------------G-----CG-----TATCTAAA-G------G-A--AT-----C----T---T-C-A-T---
gi|158280 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----G--T------------A-----TA-----C------A-GTA----G-A--A------C----T---T-C-
gi|158281 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGC-G-T-----T--G------------G-----TG-----T------A-
gi|158282 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGAGTGAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAAAGA-G-------------------------------------------A-G------A-G--AT----------T---C-C-A-T------G-CAA----TT-G--TT-A--A----------ATT-TTGA----
gi|158283 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------T-----TG-----
gi|158284 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAG-GGGA-G-CACTA-T--C------------A-----T------T------G-G------GTA--AT-A---C----TAAGT-CAA-T---C-----------TT-T--TT-A--A----------ACT-G-GA----AATAA
gi|158285 : GAGAAAGAGAGAGGGAGGG-AGA--GAGA--GA--G--TGAGAGAGAGAGAGA-G-------A--G------------A-----TG-----T------T-G------A-A------------------T-C-A-T---C--A-C-------C-C--TT-A--A----------TTT-
gi|158286 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AAA--GAAA--GA--A--AGAGAAAGAGAGAGA-G-CGACCGC--G------------A-----GG-----G------A-G------A-G--AC-G---A----T---C-A-A-TATAT--T-T-A----TT-C--CT-A--ATC--------CCA-ATGAAACGAACAACAAC--CAAA--AGCGTTTAAAGGTA------------------------A---------ACAA-ACA
gi|158287 : GAGAGAGAGAGAGAGAGGG-AGA--GAGA--GA--G--AGGGAGAGAGATGAA-A-T-----T--G------------T-----TA-----T--------G------G-G--TT-T---C----T---T-C-AGT---C--T-T------TT-C--TT-A--T----------CT
gi|158288 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-G-----G--G------------AGAG--TG-----T------A-G------G-CT-AT-G---C----T---
gi|158289 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GG--G--AGGGAGGGAGGGAGA-GAT-----A--G------------A-----TA-----G------A-G------A-T--AT-G---A----T---TAC-ACT---T--A-C-G----TT-C--T
gi|158290 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-N-----N--N------------N-----NNNNNNTT------A-A------A-A--AT-A---C----T---T-
gi|158291 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----T--T------------A-----TG-----T------A-
gi|158292 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----A--G------------A-----TG-----
gi|158293 : GAGAGAGAGAGAGAGAAAG-GGA--GAGA--GA--G--AGGGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--C------------A-----TA-----TC-----A-A------G-AT-AT-A---CAAA-T---T-C-A-T---
gi|158294 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--T------------A-----T
gi|158295 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------
gi|158296 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----T---------------A-----TG-----T------A-
gi|158297 : GAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-C-T-----T--GTACAATA-----A-----TG-----T------G-G------G-A--AT-
gi|158298 : AGAGAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAAGGA-A-T-----G--G------------G-----TT-----T-----------------A--AC-G---CCATTT---T-C-A-A---C--A-C-A----TT-
gi|158299 : AAAGAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-A------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-T-A----TT-CTGTT-ATCA----------CCA-TTGA----AACAACA
gi|158300 : GAGAGAGAGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----T--G------------A-----TG------------A-T------G----AT-G---A----T---T-A-A-T---C--A-T-G----TT-CA-TT-A--
gi|158301 : AGAG-AGA--GAGA--GA--G--AGAGAGAGAGAGAGA-G-A-----G--A------------G-----AG-----A------A-G------G-A--ATGG---G----T---T-T-A-A---C--GCC-A----TT-T--TC-A--A----------C
gi|158302 : AAAG-AGA--GAGACCGA--GTCATAGAGAGAGAGAGA-G-T-----T--A------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---T--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAGCAAC--TACATTAGCA---AACGACA-------------------ATCCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACCACACGTGTTATTACCAA
gi|158303 : AAAGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TG-----T------A-G------G-A--AT-G---C----T---T-C-T-T---T--G-C-T----AT-C--TT-A--A----------CTT-GTGT----AACAATAAC--CACACTTACG---AAAGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACAACATTCC--GATGCCACAAGTGTTATCACCA
gi|158304 : AGAGAGA-G-T-----T--G------------A-----TA-----T------A-G------G-A--GT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACTACAAC--CACACTAACG---AAAGGCA-------------------ATTTAA---------ACAA-ACACCATTCT--TATATCACACGTGTTATCACCAA
gi|158305 : ------G-A--AT-G---C----T---T-C-A-T---C--G-C-A----TT-C--TT-A--A----------CTT-GTGA----AACAACAAC--CACACTAACG---AAAGGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCC--GATACTACACGTGTTATCACAAA
gi|158306 : ACACTAACA---AAACGCA-------------------ATTCCA---------ACAA-ACACCATTCCATAACAACATACGTGTTATCGCCAA