lowQualScore : 0 0 22 33333 1 6666 2 2 222222 11 11 4444 11 0
lowQualScore : . . .. ..... . .... . . ...... .. .. .... .. .
lowQualScore : 9 9 99 00000 7 0000 3 4 222222 88 00 0000 11 8
consensus : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T-T--GCATTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---GCC--GAC-GCACTTCAAATGGAAGC
Reference ( gi|158430 ) : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T-T--GCGTTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---ACC--GAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158432 : TTTTTG-CATC-GG--ACAG----TTT-T-T--GCGTTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---ACC--GAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158431 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T-T--GCGTTATA-A------AA--C--CTCAAATGGGGGATTG---GCT--GAC-GCACTTCAAATGGAAGCa
gi|158429 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T-TTTGCATTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---ACC--GAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158437 : TTTTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T-T--GCGTTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---ACT--GAT-GTACTTCAAATGGAAGC
gi|158434 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTTAT-T--GCGTTATA-A------AA--C--CTCAAATGGACGGTTG---ACC--GAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158425 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T-T--GCATAATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---GCC--AAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158435 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T-TT-GCATTTTA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---ACC--GAC-GCACTTCAAATGTAAGC
gi|158436 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-TTT--GCGTTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---A-C--GAC-GCACTTCAAATGGAAAC
gi|158428 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T-T--GCATTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---GCC--AAT-GCACTTCAAATTGAAGC
gi|158450 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T-T--GCATTATA-A------AA--C--TTCAAATGGAAGATTG---GCC--AAC-GCACTTCAAATGGAAa
gi|158446 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T-T--GCATTATA-A------AA--C--ATCAAATGGAGGATTG---GCC--AAT-GTACTTCAAATGGAAGCcca
gi|158433 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T-T--GCATTATT-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTG---GCC--GAC-ACACTTCAAATGGAAGCa
gi|158426 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T-T--GCATTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGACTG---GCC--TAC-GCATATCAAATGGAAG
gi|158438 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T-T--GATTGATA-A------AG--C--CTCAAATGGAGGATTG---ACC--GAC-GCGCTTCAAATGGGAG
gi|158453 : TTTTTG-CATC-GGG-ACA-----TTT-T-T--GTGTTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATAG---GCC--TAC-GGACTTCAAATGGAAGC
gi|158441 : TTCTTG-AATC-GG--ACAGTTTTTTT-T-T--GCATTAGA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---ACC--GAC-GCATTTCAAATGGAAGC
gi|158440 : TTGTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T-T--GCATTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATCG---ACT--GAC-CCACTTCAAAGGGAAGC
gi|158455 : TTTTTG-CATC-GGG-ACA-----TTT-T-T--GCGTTATA-A------AA--C--TTCAAATGGAGGATAG----CC--TAC-GGACTTCAAATGGAAGCa
gi|158444 : TTCTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-TCT--GCGTTATA-A------AA--C--CTGTAATGGAGGATTG---ACC--GAC-GCAATTGAAATGGAAGC
gi|158452 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T-T--GCATTATA-ATTTATAAA--C--CTCAAATGGAGGATTG---GCT--GAC-CCGTTTCAAATGGAAGC
gi|158448 : TTTTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T-T--GCATTTTA-A------AA--C--CTCGAATGGAGGATTG---ACT--GAT-GCGCTTCAAATGACAGC
gi|158447 : TTTTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T-T--GCATTTTA-A------AA--C--CTCGAATGGAGGATTG---ACT--GAT-GCGCTTCAAATGACAGC
gi|158451 : TTTTTG-CACG-AG--ACA-----TTT-T-T--GCATTGTA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---GCC--AAT-GCACTTCTAGTGGAAGC
gi|158456 : TTTTTG-TGTC-GG--ACA-----TCT-T----GCACCATA-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTG---GCC--AAT-GCACTTCAAATGGAAGCa
gi|158454 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T-T--GCATTTTA-A------AA--C--CTCAAATGCAGGATAG---GCC--AAC-ATACTTCAAAAGCAAGC
gi|158439 : TTTTTG-CATC-GG--GCA-----TCT-T----GCATCATC-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTG---GCC--AAA-GCACTTCAAATGGAAGCa
gi|158443 : TTTTTG-CATC-GGGGACA-----TTT-T-T--GCATTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---GCC--AA---TACTTCAAAa
gi|158442 : TTTTTG-CATC-GG--GTA-----TTT-T-A--GCATCATA-A------AA--C--ATCAAATGGAGGATTG---GCC--AAA-GCAATTCAAATGGAA
gi|158458 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-----------ATA-A------AA--C--CTAAAATGATGGATTG---ACC--GAC-ACACTTCAAATGGAAGC
gi|158457 : TTTTTA-CATC-GG--TCC-----TTTAT-T--ACATTCTA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---GCT--GAA-GCACTTCAAATGAAAG
gi|158459 : TTTTTG-CATC-GG--ACA------TT-T-T--GCATCAT--A------AA--C--CT-AAATTGAAGATT----ACC--AAC-ACAATTCCAATAGAAGC
gi|158449 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T------GTAACATA------AA--C--CTAAAAT-GAAGATTG----CC--AAC-ACAATTCCAATAGAAGCa
gi|158460 : TTTTTG-CATCAGG--ACA-----TTT-T-T--GCGTTATA-A------AA--C--CTCAA
gi|158445 : TTTTTG-CATC-GG--ACA------TT-T-T--GCAACAT--A------AA--T--CT-AAATTGAAGATTG----CC--AAC-ATAATTCCAATAGAAGC
gi|158427 : TTTTTG-TATT-AG--ACA-----GTT-G----GCATTATA-A------AA--A--CTCAAATGGAGAATTGGGAATCATGACTGCACTTTA
gi|158462 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T-T--GCATTATA-A------AAA-C--CTCAAATGGAGGATTG---GCC--AAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158461 : TTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T-T--GCATTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---GCC--AAC-GCACTTCAAATGGAAG
gi|158463 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T----GCATTATA-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTG---GCC--AAC-GCACTTTAAATGGAAGC
gi|158465 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----CTT-T-T--GCATTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAAGATTG---GCC--AAC-GCACTTCATATAGAAGa
gi|158467 : TTTTT-CATC-GG--ACA-----TTT-TTT--GCGTTATA-A------AA--C--CTCAAGTTGAGGATTG---ACC--GAC-GCAATTCAAATGATAGC
gi|158466 : TTTTT-CATA-GG--ACA-----CTT-T-T--GCATTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---GTC--AAC-GCACTTCAAATAGAAAC
gi|158464 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----AAT-G----GTATTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---GCC--AAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158469 : TTG-CAAC-GG--ACA-----ATT-T-T--GCGTTATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTG---ACC--GAC-GCACTTCAAATGAAAGC
gi|158468 : TTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T----GCATTATA-A------AA--C--CTCAAATGGGAGATTG---GCC--AAC-GCACTTTAAATGGAAGCa
gi|158470 : TTGACGTC-GG--ACA-----TAT-T----GAATTAT----------------CT--AATGGAGGATTG---GCC--AAC-GCACTTCAAACGGAA
gi|158471 : TG-CATC-GG--ACA-----TAT-T----GCACCATA-A------A---T--TTAAAATGGAAGATTG---GCC--AAC-GCTCTTTAAATGAA
gi|158472 : TT-T-T--GCATTATA-A------TA--C--CTCAAATGGAGGATTG---GCC--AAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158475 : TTATACA------AG--C--CTCAAATGGAGGATTG---GCC--AAC-ACACTTCAGATGGA
gi|158473 : aTACA-A------AAGTC--CTCAAATGGATGCTTG---GCT--GAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158476 : tacataTATACA------AA--CTCCTCAAATGGAGGCTTG---TCT--GAC-GCACTTCAAATGGAAGa
gi|158477 : A-G------AA--C--CTCAAATGGAGGCTTG---ACT--GAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158474 : ------AA--C--CTTAAATGGAGGATTG---GCC--AAT-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158478 : attatt--C--CTCAAATGGAGACTTG---ACT--GAC-GCACTTCAAATGGAAGC
Alignments
lowQualScore : 0 0 22 33333 1 4444 0 0 1 222222 11 11 1111 0 0
lowQualScore : . . .. ..... . .... . . . ...... .. .. .... . .
lowQualScore : 9 9 99 00000 7 4444 8 8 5 222222 88 00 6666 8 8
consensus : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
Reference ( family-467 ) : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158425 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-A-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158426 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGACTGG----C-CTAC-GCATATCAAATGGAAG
gi|158427 : TTTTTG-TATT-AG--ACA-----GTT-G----GCAT-T-ATA-A------AA--A--CTCAAATGGAGAATTGGGAATCATGACTGCACTTTA
gi|158428 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAT-GCACTTCAAATTGAAGC
gi|158429 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-TTTT-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGCa
gi|158430 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158431 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGGGGATTGG----C-TGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158432 : TTTTTG-CATC-GG--ACAG----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158433 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATT-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CGAC-ACACTTCAAATGGAAGCa
gi|158434 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTTAT--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGACGGTTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158435 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--TTGCAT-T-TTA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGTAAGC
gi|158436 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--TTGCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA------CGAC-GCACTTCAAATGGAAAC
gi|158437 : TTTTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-TGAT-GTACTTCAAATGGAAGC
gi|158438 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-G-AT-TGATA-A------AG--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCGCTTCAAATGGGAG
gi|158439 : TTTTTG-CATC-GG--GCA-----TCT-T----GCAT-C-ATC-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAA-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158440 : TTGTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATCGA----C-TGAC-CCACTTCAAAGGGAAGCa
gi|158441 : TTCTTG-AATC-GG--ACAGTTTTTTT-T--T-GCAT-T-AGA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCATTTCAAATGGAAGCa
gi|158442 : TTTTTG-CATC-GG--GTA-----TTT-T--A-GCAT-C-ATA-A------AA--C--ATCAAATGGAGGATTGG----C-CAAA-GCAATTCAAATGGAA
gi|158443 : TTTTTG-CATC-GGGGACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAA---TACTTCAAA
gi|158444 : TTCTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-TC-T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTGTAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCAATTGAAATGGAAGC
gi|158445 : TTTTTG-CATC-GG--ACA------TT-T--T-GCAA-C-AT--A------AA--T--CT-AAATTGAAGATT-G----C-CAAC-ATAATTCCAATAGAAGC
gi|158446 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--ATCAAATGGAGGATTGG----C-CAAT-GTACTTCAAATGGAAGC
gi|158447 : TTTTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-TTA-A------AA--C--CTCGAATGGAGGATTGA----C-TGAT-GCGCTTCAAATGACAGCa
gi|158448 : TTTTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-TTA-A------AA--C--CTCGAATGGAGGATTGA----C-TGAT-GCGCTTCAAATGACAGC
gi|158449 : TTTTTG-CATC-AG--ACA------TT-T--T-GTAA-C-AT--A------AA--C--CTAAAAT-GAAGATT-G----C-CAAC-ACAATTCCAATAGAAGC
gi|158450 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--TTCAAATGGAAGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAA
gi|158451 : TTTTTG-CACG-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-GTA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAT-GCACTTCTAGTGGAAGCcca
gi|158452 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-ATTTATAAA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-TGAC-CCGTTTCAAATGGAAGCa
gi|158453 : TTTTTG-CATC-GGG-ACA-----TTT-T--T-GTGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATAGG----C-CTAC-GGACTTCAAATGGAAGC
gi|158454 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-TTA-A------AA--C--CTCAAATGCAGGATAGG----C-CAAC-ATACTTCAAAAGCAAGC
gi|158455 : TTTTTG-CATC-GGG-ACA-----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--TTCAAATGGAGGA-TAG----C-CTAC-GGACTTCAAATGGAAGCa
gi|158456 : TTTTTG-TGTC-GG--ACA-----TCT-T----GCAC-C-ATA-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAT-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158457 : TTTTTA-CATC-GG--TCC-----TTTAT--T-ACAT-T-CTA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-TGAA-GCACTTCAAATGAAAG
gi|158458 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-------------ATA-A------AA--C--CTAAAATGATGGATTGA----C-CGAC-ACACTTCAAATGGAAGC
gi|158459 : TTTTTG-CATC-GG--ACA------TT-T--T-GCAT-C-AT--A------AA--C--CT-AAATTGAAGATT-A----C-CAAC-ACAATTCCAATAGAAGC
gi|158460 : TTTTTG-CATCAGG--ACA-----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAa
gi|158461 : TTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAAG
gi|158462 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AAA-C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158463 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T----GCAT-T-ATA-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTTAAATGGAAGC
gi|158464 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----AAT-G----GTAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAAGCa
gi|158465 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----CTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAAGATTGG----C-CAAC-GCACTTCATATAGAAG
gi|158466 : TTTTT-CATA-GG--ACA-----CTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----T-CAAC-GCACTTCAAATAGAAAC
gi|158467 : TTTTT-CATC-GG--ACA-----TTT-T--TTGCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAGTTGAGGATTGA----C-CGAC-GCAATTCAAATGATAGC
gi|158468 : TTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T----GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGGAGATTGG----C-CAAC-GCACTTTAAATGGAAGC
gi|158469 : TTG-CAAC-GG--ACA-----ATT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGAAAGC
gi|158470 : TTGACGTC-GG--ACA-----TAT-T----GAAT-T-AT----------------CT--AATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAACGGAAa
gi|158471 : TG-CATC-GG--ACA-----TAT-T----GCAC-C-ATA-A------A---T--TTAAAATGGAAGATTGG----C-CAAC-GCTCTTTAAATGAA
gi|158472 : TT-T--T-GCAT-T-ATA-A------TA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158473 : --T-ACATAT-ACA-A------AAGTC--CTCAAATGGATGCTTGG----C-TGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158474 : AT-T-ATT-A------A---C--CTTAAATGGAGGATTGG----C-CAAT-GCACTTCAAATGGAAGCa
gi|158475 : AT-T-ATACA------AG--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-ACACTTCAGATGGA
gi|158476 : -T-ATACA------AA--CTCCTCAAATGGAGGCTTGT----C-TGAC-GCACTTCAAATGGAAG
gi|158477 : A-G------AA--C--CTCAAATGGAGGCTTGA----C-TGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158478 : --C--CTCAAATGGAGACTTGA----C-TGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
Alignments
lowQualScore : 0 0 22 33333 1 4444 0 0 1 222222 11 11 1111 0 0
lowQualScore : . . .. ..... . .... . . . ...... .. .. .... . .
lowQualScore : 9 9 99 00000 7 4444 8 8 5 222222 88 00 6666 8 8
consensus : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
Reference ( family-467 ) : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158425 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-A-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158426 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGACTGG----C-CTAC-GCATATCAAATGGAAG
gi|158427 : TTTTTG-TATT-AG--ACA-----GTT-G----GCAT-T-ATA-A------AA--A--CTCAAATGGAGAATTGGGAATCATGACTGCACTTTA
gi|158428 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAT-GCACTTCAAATTGAAGC
gi|158429 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-TTTT-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGCa
gi|158430 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158431 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGGGGATTGG----C-TGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158432 : TTTTTG-CATC-GG--ACAG----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158433 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATT-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CGAC-ACACTTCAAATGGAAGCa
gi|158434 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTTAT--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGACGGTTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158435 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--TTGCAT-T-TTA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGTAAGC
gi|158436 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--TTGCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA------CGAC-GCACTTCAAATGGAAAC
gi|158437 : TTTTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-TGAT-GTACTTCAAATGGAAGC
gi|158438 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-G-AT-TGATA-A------AG--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCGCTTCAAATGGGAG
gi|158439 : TTTTTG-CATC-GG--GCA-----TCT-T----GCAT-C-ATC-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAA-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158440 : TTGTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATCGA----C-TGAC-CCACTTCAAAGGGAAGCa
gi|158441 : TTCTTG-AATC-GG--ACAGTTTTTTT-T--T-GCAT-T-AGA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCATTTCAAATGGAAGCa
gi|158442 : TTTTTG-CATC-GG--GTA-----TTT-T--A-GCAT-C-ATA-A------AA--C--ATCAAATGGAGGATTGG----C-CAAA-GCAATTCAAATGGAA
gi|158443 : TTTTTG-CATC-GGGGACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAA---TACTTCAAA
gi|158444 : TTCTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-TC-T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTGTAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCAATTGAAATGGAAGC
gi|158445 : TTTTTG-CATC-GG--ACA------TT-T--T-GCAA-C-AT--A------AA--T--CT-AAATTGAAGATT-G----C-CAAC-ATAATTCCAATAGAAGC
gi|158446 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--ATCAAATGGAGGATTGG----C-CAAT-GTACTTCAAATGGAAGC
gi|158447 : TTTTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-TTA-A------AA--C--CTCGAATGGAGGATTGA----C-TGAT-GCGCTTCAAATGACAGCa
gi|158448 : TTTTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-TTA-A------AA--C--CTCGAATGGAGGATTGA----C-TGAT-GCGCTTCAAATGACAGC
gi|158449 : TTTTTG-CATC-AG--ACA------TT-T--T-GTAA-C-AT--A------AA--C--CTAAAAT-GAAGATT-G----C-CAAC-ACAATTCCAATAGAAGC
gi|158450 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--TTCAAATGGAAGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAA
gi|158451 : TTTTTG-CACG-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-GTA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAT-GCACTTCTAGTGGAAGCcca
gi|158452 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-ATTTATAAA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-TGAC-CCGTTTCAAATGGAAGCa
gi|158453 : TTTTTG-CATC-GGG-ACA-----TTT-T--T-GTGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATAGG----C-CTAC-GGACTTCAAATGGAAGC
gi|158454 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-TTA-A------AA--C--CTCAAATGCAGGATAGG----C-CAAC-ATACTTCAAAAGCAAGC
gi|158455 : TTTTTG-CATC-GGG-ACA-----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--TTCAAATGGAGGA-TAG----C-CTAC-GGACTTCAAATGGAAGCa
gi|158456 : TTTTTG-TGTC-GG--ACA-----TCT-T----GCAC-C-ATA-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAT-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158457 : TTTTTA-CATC-GG--TCC-----TTTAT--T-ACAT-T-CTA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-TGAA-GCACTTCAAATGAAAG
gi|158458 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-------------ATA-A------AA--C--CTAAAATGATGGATTGA----C-CGAC-ACACTTCAAATGGAAGC
gi|158459 : TTTTTG-CATC-GG--ACA------TT-T--T-GCAT-C-AT--A------AA--C--CT-AAATTGAAGATT-A----C-CAAC-ACAATTCCAATAGAAGC
gi|158460 : TTTTTG-CATCAGG--ACA-----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAa
gi|158461 : TTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAAG
gi|158462 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AAA-C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158463 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T----GCAT-T-ATA-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTTAAATGGAAGC
gi|158464 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----AAT-G----GTAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAAGCa
gi|158465 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----CTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAAGATTGG----C-CAAC-GCACTTCATATAGAAG
gi|158466 : TTTTT-CATA-GG--ACA-----CTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----T-CAAC-GCACTTCAAATAGAAAC
gi|158467 : TTTTT-CATC-GG--ACA-----TTT-T--TTGCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAGTTGAGGATTGA----C-CGAC-GCAATTCAAATGATAGC
gi|158468 : TTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T----GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGGAGATTGG----C-CAAC-GCACTTTAAATGGAAGC
gi|158469 : TTG-CAAC-GG--ACA-----ATT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGAAAGC
gi|158470 : TTGACGTC-GG--ACA-----TAT-T----GAAT-T-AT----------------CT--AATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAACGGAAa
gi|158471 : TG-CATC-GG--ACA-----TAT-T----GCAC-C-ATA-A------A---T--TTAAAATGGAAGATTGG----C-CAAC-GCTCTTTAAATGAA
gi|158472 : TT-T--T-GCAT-T-ATA-A------TA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158473 : --T-ACATAT-ACA-A------AAGTC--CTCAAATGGATGCTTGG----C-TGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158474 : AT-T-ATT-A------A---C--CTTAAATGGAGGATTGG----C-CAAT-GCACTTCAAATGGAAGCa
gi|158475 : AT-T-ATACA------AG--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-ACACTTCAGATGGA
gi|158476 : -T-ATACA------AA--CTCCTCAAATGGAGGCTTGT----C-TGAC-GCACTTCAAATGGAAG
gi|158477 : A-G------AA--C--CTCAAATGGAGGCTTGA----C-TGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158478 : --C--CTCAAATGGAGACTTGA----C-TGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
blockSeqs : GG GTTTT A TTT C TTTATA GT TC GAAT
blockSeqs : G G A TT C . A . .
blockSeqs : G . . TT . . . . .
blockSeqs : . . . CT . . . . .
blockSeqs : . . . TT . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
finalCons : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
Alignments
lowQualScore : 0 0 22 33333 1 4444 0 0 1 222222 11 11 1111 0 0
lowQualScore : . . .. ..... . .... . . . ...... .. .. .... . .
lowQualScore : 9 9 99 00000 7 4444 8 8 5 222222 88 00 6666 8 8
consensus : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
Reference ( family-467 ) : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158425 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-A-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158426 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGACTGG----C-CTAC-GCATATCAAATGGAAG
gi|158427 : TTTTTG-TATT-AG--ACA-----GTT-G----GCAT-T-ATA-A------AA--A--CTCAAATGGAGAATTGGGAATCATGACTGCACTTTA
gi|158428 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAT-GCACTTCAAATTGAAGC
gi|158429 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-TTTT-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGCa
gi|158430 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158431 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGGGGATTGG----C-TGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158432 : TTTTTG-CATC-GG--ACAG----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158433 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATT-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CGAC-ACACTTCAAATGGAAGCa
gi|158434 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTTAT--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGACGGTTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158435 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--TTGCAT-T-TTA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGTAAGC
gi|158436 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--TTGCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA------CGAC-GCACTTCAAATGGAAAC
gi|158437 : TTTTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-TGAT-GTACTTCAAATGGAAGC
gi|158438 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-G-AT-TGATA-A------AG--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCGCTTCAAATGGGAG
gi|158439 : TTTTTG-CATC-GG--GCA-----TCT-T----GCAT-C-ATC-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAA-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158440 : TTGTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATCGA----C-TGAC-CCACTTCAAAGGGAAGCa
gi|158441 : TTCTTG-AATC-GG--ACAGTTTTTTT-T--T-GCAT-T-AGA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCATTTCAAATGGAAGCa
gi|158442 : TTTTTG-CATC-GG--GTA-----TTT-T--A-GCAT-C-ATA-A------AA--C--ATCAAATGGAGGATTGG----C-CAAA-GCAATTCAAATGGAA
gi|158443 : TTTTTG-CATC-GGGGACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAA---TACTTCAAA
gi|158444 : TTCTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-TC-T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTGTAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCAATTGAAATGGAAGC
gi|158445 : TTTTTG-CATC-GG--ACA------TT-T--T-GCAA-C-AT--A------AA--T--CT-AAATTGAAGATT-G----C-CAAC-ATAATTCCAATAGAAGC
gi|158446 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--ATCAAATGGAGGATTGG----C-CAAT-GTACTTCAAATGGAAGC
gi|158447 : TTTTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-TTA-A------AA--C--CTCGAATGGAGGATTGA----C-TGAT-GCGCTTCAAATGACAGCa
gi|158448 : TTTTTG-CAAC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-TTA-A------AA--C--CTCGAATGGAGGATTGA----C-TGAT-GCGCTTCAAATGACAGC
gi|158449 : TTTTTG-CATC-AG--ACA------TT-T--T-GTAA-C-AT--A------AA--C--CTAAAAT-GAAGATT-G----C-CAAC-ACAATTCCAATAGAAGC
gi|158450 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--TTCAAATGGAAGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAA
gi|158451 : TTTTTG-CACG-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-GTA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAT-GCACTTCTAGTGGAAGCcca
gi|158452 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-ATTTATAAA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-TGAC-CCGTTTCAAATGGAAGCa
gi|158453 : TTTTTG-CATC-GGG-ACA-----TTT-T--T-GTGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATAGG----C-CTAC-GGACTTCAAATGGAAGC
gi|158454 : TTTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-TTA-A------AA--C--CTCAAATGCAGGATAGG----C-CAAC-ATACTTCAAAAGCAAGC
gi|158455 : TTTTTG-CATC-GGG-ACA-----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--TTCAAATGGAGGA-TAG----C-CTAC-GGACTTCAAATGGAAGCa
gi|158456 : TTTTTG-TGTC-GG--ACA-----TCT-T----GCAC-C-ATA-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAT-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158457 : TTTTTA-CATC-GG--TCC-----TTTAT--T-ACAT-T-CTA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-TGAA-GCACTTCAAATGAAAG
gi|158458 : TTTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-------------ATA-A------AA--C--CTAAAATGATGGATTGA----C-CGAC-ACACTTCAAATGGAAGC
gi|158459 : TTTTTG-CATC-GG--ACA------TT-T--T-GCAT-C-AT--A------AA--C--CT-AAATTGAAGATT-A----C-CAAC-ACAATTCCAATAGAAGC
gi|158460 : TTTTTG-CATCAGG--ACA-----TTT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAa
gi|158461 : TTTTG-CATC-AG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAAG
gi|158462 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AAA-C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158463 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T----GCAT-T-ATA-A------A---C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTTAAATGGAAGC
gi|158464 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----AAT-G----GTAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAAGCa
gi|158465 : TTTTG-CATC-GG--ACA-----CTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAAGATTGG----C-CAAC-GCACTTCATATAGAAG
gi|158466 : TTTTT-CATA-GG--ACA-----CTT-T--T-GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----T-CAAC-GCACTTCAAATAGAAAC
gi|158467 : TTTTT-CATC-GG--ACA-----TTT-T--TTGCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAGTTGAGGATTGA----C-CGAC-GCAATTCAAATGATAGC
gi|158468 : TTG-CATC-GG--ACA-----TTT-T----GCAT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGGAGATTGG----C-CAAC-GCACTTTAAATGGAAGC
gi|158469 : TTG-CAAC-GG--ACA-----ATT-T--T-GCGT-T-ATA-A------AA--C--CTCAAATGGAGGATTGA----C-CGAC-GCACTTCAAATGAAAGC
gi|158470 : TTGACGTC-GG--ACA-----TAT-T----GAAT-T-AT----------------CT--AATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAACGGAAa
gi|158471 : TG-CATC-GG--ACA-----TAT-T----GCAC-C-ATA-A------A---T--TTAAAATGGAAGATTGG----C-CAAC-GCTCTTTAAATGAA
gi|158472 : TT-T--T-GCAT-T-ATA-A------TA--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158473 : --T-ACATAT-ACA-A------AAGTC--CTCAAATGGATGCTTGG----C-TGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158474 : AT-T-ATT-A------A---C--CTTAAATGGAGGATTGG----C-CAAT-GCACTTCAAATGGAAGCa
gi|158475 : AT-T-ATACA------AG--C--CTCAAATGGAGGATTGG----C-CAAC-ACACTTCAGATGGA
gi|158476 : -T-ATACA------AA--CTCCTCAAATGGAGGCTTGT----C-TGAC-GCACTTCAAATGGAAG
gi|158477 : A-G------AA--C--CTCAAATGGAGGCTTGA----C-TGAC-GCACTTCAAATGGAAGC
gi|158478 : --C--CTCAAATGGAGACTTGA----C-TGAC-GCACTTCAAATGGAAGC