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consensus                     :            TATAT-A---TATATATATG--------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------CTTGACT-G-ATACAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCCCGACCCTC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAATGGATCACTTT
Reference ( gi|7358 )         :            TATAT-A---TATATATATG--------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------CTTGACT-G-ATACAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCCCGACCCTC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAATGGATCACTTT
gi|7363                       :            TATAT-A---TATATATATG--------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------TTTGACT-G-ATATAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCCCGACCCTC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAATGGATCACTTT
gi|7361                       :          taTATAT-A---TATATATATG--------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------CTTGATT-G-ATATAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCCCGACCCTC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAATGGATCACTTT
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gi|7378                       :                T-A---TACAAATATGTTTTTCAAA--A---TGT-TGC-T--A-AA-------CTTG--T---ATACAT---GCT--A---T--TAT--T-----------GTGCGGTTTGCAGTGGGATGG----TCCTGGCCCCT-GC-AGACCCA-TTATGGGGTAAT
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gi|7381                       : tataaaacattatattatgtttgtATATATG--------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------CTTGACT-G-ATATAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCCCGACCCTC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAATGGATCACTTTa
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gi|7393                       :                                --------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------CTTGACC-G-ATATAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCCTGACCCTC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAA
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gi|7376                       :             atgttatacaaaattacaa--------A--A---TGT-TGT-T--A-AA-------CTTG--T---ATACAT---GCT--A---T--TAT--T-----------GTGCGGTTTGCAGTGGGATGG----CCCCGGCCCCT-GC-AGACCCA-TTACAGGGTAA-TAAACGGGCAACCTTcata
gi|7377                       :            tatgcaaatatgtttttcaa--------A--A---TGT-TGC-T--A-AA-------CTTG--T---ATACATGCTA-T--A---A--T----T-----------GTGCGGTTTGCAGCGGGATGGCCC----TGGCCCCT-GC-AGACCCA-TTACGGGGTAA-TAAACGGa
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gi|7402                       :                                                                            ac-ATATAT---G-T--A---C--TAGTAT-----------GTAAGGCTTGTGGAGGGATGGTCCTCTCCGACCGTC-AC-AAACCTA-TAGCGGGGTAATTAAATGGATCAC
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gi|7399                       :                                                    tgtgtttgagtgttgtgtagtgttttcataatt---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGTCCTTCCCGATCCCA-AC-AAACCTA-TTACGGGGTGAATAAAAAGGTCACTTTg
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gi|7401                       :                                                                                  atgtatgtcaat---T--T----T-----------GTACGGTTAATTGCGG-ATGGCCT----CGACCCCA-AT-AGACCTA-TGACGAGG-----AAATGAA
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gi|7394                       :                                                              atgttattgatataggtatatatgtttattttgaaa--T----T-----------GTAAGGTGTGTAGGGGGGTGGTCCTCCCCGACCCCC-GC-ACACCTA-GGACGGGAAGAATAAATGGg
gi|7397                       :                                                              atgttattgatataggtatatatgtttattttgaaa--T----T-----------GTAAGGTGTGTAGGGGGATGGTCCTCCCCGACCCCC-GC-ACACCTA-GGACAGGGg
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7355 ): TATATGACATTATATGTTTTGCAAAATGTGTTAAAATTCTATACATGCTATTATTGTGTGGGTTGGAACGGAATGACCCTGACCCCTGCAGACCCATTATGGGGTTATAAACAGGCCACCTTA
Unaligned ( gi|7356 ): TATATGACATTATATGTTCTGTTGATGTAAATTTTATTAAAATTCTTTACATGGTGTTATTGAGCGGTTTTCAGCGGGATGACGCCGGCACCTGCAAACCCGTTATGGGGTAATTAGCGGGC
Unaligned ( gi|7391 ): TTGCATGCATATTGTGTTGTATACATGCTATTATTGTGCGGTTTGCA






Alignments
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lowQualScore                  :                              3 333          11111111 11 111       1 11    3333333    0  222      111 5 22 111 11 9999 33333333333                        1           0  0       0           0               
lowQualScore                  :                              . ...          ........ .. ...       . ..    .......    .  ...      ... . .. ... .. .... ...........                        .           .  .       .           .               
lowQualScore                  :                              6 000          44444444 44 888       0 44    2222222    2  111      555 0 00 444 11 0000 77777777777                        8           8  8       8           9               
consensus                     :                         TATAT-A---TATATATATG--------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------CTTGACT-G-ATACAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCCCGACCCTC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAATGGATCACTTT
Reference ( family-465 )      :                         TATAT-A---TATATATATG--------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------CTTGACT-G-ATACAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCCCGACCCTC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAATGGATCACTTT
gi|7352                       :                         TATATGA---CA-ATATATGCTTTGCAAA--A---TGT-TGT-T--AAAA--------TTG-C----ATACAT---GCT--A---T--TAT--T-----------GTGTGGTTTGCAGCGGGATGGCCC-----GACCCCT-GC-AGACCCA-TTACGGGGTAA-TAAACGGGCAACCTT
gi|7353                       :                                       TATATG--------ACAA---TATATGT-TTTGCAAAATGCTGCTTAACTTGTATACAT---GCT--A---T--TAT--T-----------GTGCGGTTTGCAGCGGGATGGCCC----CGACCCCT-GC-AGATCCA-TTACGGGGTAA-TAAACGGGCAACCTTa
gi|7354                       :                         TATATGA---TA-ATACATGTTTTGCAAA--A---TGT-TGC-T--AAAA--------TTG--T---ATGCAT---GCT--A---T--TAT--T-----------GTGCGGTTTGCAGCAGGATGGTTC----CGTCTCCT-GC-AGACCCA-TTACGGGGTAA-TAAACGGA-CACCTTa
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gi|7358                       : tataaaacattatattatgtttgtTATAT-A---TATATATATG--------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------CTTGACT-G-ATACAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCCCGACCCTC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAATGGATCACTTTa
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gi|7392                       :            tgtgtttgagtgttgtgtagtgttttcataatt--------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------CTTGACT-G-ATATAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCCCGACTCTC-AC-AGACCTA-TTACAGGGTGATTAAATGGATCACTTTg
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gi|7395                       :                                                                           atgttattgatataggtatatatgtttattttgaaa--T----T-----------GTAAGGTGTGTAGGGGGGTGGTCCTCCCCGACCCCC-GC-ACACCTA-GGACGGGAAGAATAAATGGg
gi|7396                       :                                                     atgttattgatataggtatatatgtttattttgaaa-G-ATATAT---A-T--A---T--T----TATTTTGAAATTGTAAGGTGTGTAGGGGGATGGTCCTCCCCGACCCCC-GC-ACACCTA-GGACGGGGAGACTAAATGGg
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gi|7399                       :                                                                                                  ---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGTCCTTCCCGATCCCA-AC-AAACCTA-TTACGGGGTGAATAAAAAGGTCACTTT
gi|7400                       :                                          ttaagataattacaaacatataacc-T--ATAA-------CTGTACT-C-ATGCAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACTGTTTGTTGTGGGATGGCCCACTCTGACCCTC-AC-AAACCTA-TTACACGGTGATTAAATGGATCACTTT
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gi|7402                       :                                                                            aaatttatatgaaac-ATATAT---G-T--A---C--TAGTAT-----------GTAAGGCTTGTGGAGGGATGGTCCTCTCCGACCGTC-AC-AAACCTA-TAGCGGGGTAATTAAATGGATCAC
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gi|7397                       :                                                                                                 atgctattgatata--T----T-----------GTAAGGTGTGTAGGGGGATGGTCCTCCCCGACCCCC-GC-ACACCTA-GGACAGGGg
gi|7398                       :                           atgctattgatatattcatttattttgaaa---TGTGTGT-T--ACAA-------CTTGACT-A-ATACAT---A-T--A---T--C----T-----------GTAAGGTTTGTTGGGGGATGGCCTAACGCGATCCTC-AC-AGACCTG-TTACGGGGTGATTAAATGGaaaaaaa
gi|7399                       :                                                                                                  ---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGTCCTTCCCGATCCCA-AC-AAACCTA-TTACGGGGTGAATAAAAAGGTCACTTT
gi|7400                       :                                          ttaagataattacaaacatataacc-T--ATAA-------CTGTACT-C-ATGCAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACTGTTTGTTGTGGGATGGCCCACTCTGACCCTC-AC-AAACCTA-TTACACGGTGATTAAATGGATCACTTT
gi|7401                       :                                                                                                           ---T--T----T-----------GTACGGTTAATTGCGG-ATGGCCT----CGACCCCA-AT-AGACCTA-TGACGAGG-----AAATGAA
gi|7402                       :                                                                            aaatttatatgaaac-ATATAT---G-T--A---C--TAGTAT-----------GTAAGGCTTGTGGAGGGATGGTCCTCTCCGACCGTC-AC-AAACCTA-TAGCGGGGTAATTAAATGGATCAC
gi|7403                       :                                                                                                   att-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGGGGGATGGCCCACCCCGACCCCC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAAcatta
gi|7404                       :                                                                                 atgtatgtcaatTACAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAAGGATGGCCCACCCCAACCCTC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAATGGATCACTTT
gi|7405                       :                                                                                           -ATGCAT---A-T--A---T--T----T-----------GCATGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCGCGACCCTC-AC-AAACCTA-TTACGGGGTGATTAAA
gi|7406                       :                                                                                             acCAT---A-C------T--T----T-----------GTGCGGTTTAGTGTGGGATG-----TCTCGACCC-C-ACCAGACCTA-TTACGAG


blockSeqs                     :                              G ATT          TTTTGCAA CA ATT       A TT    AATGCTG       TGT      GCT C AT AAT AG AGTA ATTTTGAAATT                        A
blockSeqs                     :                              . .            TTTTTCAA .  .         . .     .             G        .   C T  .   .  AT   .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   C .  .   .  AT   .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   C .  .   .  AT   .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   C .  .   .  AT   .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  AT   .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  AT   .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             C        .   . .  .   .  .    .                                  T
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                              . .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                                .            .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                                             .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                                             .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                                             .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                                             .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                                             .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                                             .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                                             .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  G
blockSeqs                     :                                             .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                                             .        .  .         . .     .             G        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                                             .        .  .         . .     .             A        .   . .  .   .  .    .                                  T
blockSeqs                     :                                             .        .  .         . .     .             C        .   . .  .   .  .    .                                  T
blockSeqs                     :                                             .        .  .         . .     .             .        .   . .  .   .  .    .                                  T
blockSeqs                     :                                             .        .  .         . .     .             .        .   . .  .   .  .    .                                  T
blockSeqs                     :                                             .        .  .         . .     .             .        .   . .  .   .  .    .                                  A
blockSeqs                     :                                             .        .  .         . .     .             .        .   . .  .   .  .    .                                  T
blockSeqs                     :                                                         .         . .     .             .        .   . .  .   .  .    .                                  A
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7355 ): TATATGACATTATATGTTTTGCAAAATGTGTTAAAATTCTATACATGCTATTATTGTGTGGGTTGGAACGGAATGACCCTGACCCCTGCAGACCCATTATGGGGTTATAAACAGGCCACCTTA
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Reference ( family-465 )      :                         TATAT-A---TATATATATG--------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------CTTGACT-G-ATACAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCCCGACCCTC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAATGGATCACTTT
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gi|7358                       : tataaaacattatattatgtttgtTATAT-A---TATATATATG--------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------CTTGACT-G-ATACAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCCCGACCCTC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAATGGATCACTTTa
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gi|7384                       :                                    ATATATATA--------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------CTTGACT-G-ATATAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCCCGACCCTC-AC-AGACTTC-TTACGGGGTGATTAAATGG
gi|7385                       :                         TATAC-A---TACTTACA-A--------A--A---TATATATAT--AAAA-------CATGCAT-G--TAAAT-----T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGGGGGATGGCCCACCCCGACCCCC-TA-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAATGGGTCAC
gi|7386                       :                         TATAC-A---TACTTACA-A--------A--A---TATAT------ACAA-------AAAAAC----ATGCAT---G-T--AAATTAGT----T-----------GTACGGTTTGTTGGGGGATGGCCCACCCAGACCCCC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAATGGcata
gi|7387                       :                         TATAT-AATTTGTATATATG--------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------CTTGACT-G-ATACAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGACCCACCCCGACCCTC-AC-AGACCTC-TTACGGGGTGATTAAATGGATCACTTTg
gi|7388                       :                           TAT-A---CATACTTACA--------A--AATTTATATAT-C--AAAA-------CATGTAT-G-TCA-AT-----T--A---T--T----T-----------GTACTGTTTGTTGGGGGATGGCCCACCCCGACCCCC-AC-AGACCTA-TTACAGAGTGATTAAATGTGTCAC
gi|7389                       :                                             --------A--A---TATATAT-A--AAAA-------CATGCAT-G--TAAAT-----T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGGGGGATGGCCCACCCCAACCCCC-AC-AGACCTA-TTACAGGGTGATTAAATGGGTCACcata
gi|7390                       :                                                                             atgttatacaaaattacaaAT---G-T--T---T--T----T-----------GTGAGGTGTGCGGTGGGATGGTCCGACCCGACCCGCAAC-ACACCCATTTACGGGGAGAATAAATGGcata
gi|7392                       :            tgtgtttgagtgttgtgtagtgttttcataatt--------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------CTTGACT-G-ATATAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCCCGACTCTC-AC-AGACCTA-TTACAGGGTGATTAAATGGATCACTTTg
gi|7393                       :                                             --------A--A---TGTATGT-T--ACAA-------CTTGACC-G-ATATAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCCTGACCCTC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAA
gi|7394                       :                                                                                                               --T----T-----------GTAAGGTGTGTAGGGGGGTGGTCCTCCCCGACCCCC-GC-ACACCTA-GGACGGGAAGAATAAATGG
gi|7395                       :                                                                           atgttattgatataggtatatatgtttattttgaaa--T----T-----------GTAAGGTGTGTAGGGGGGTGGTCCTCCCCGACCCCC-GC-ACACCTA-GGACGGGAAGAATAAATGGg
gi|7396                       :                                                     atgttattgatataggtatatatgtttattttgaaa-G-ATATAT---A-T--A---T--T----TATTTTGAAATTGTAAGGTGTGTAGGGGGATGGTCCTCCCCGACCCCC-GC-ACACCTA-GGACGGGGAGACTAAATGGg
gi|7397                       :                                                                                                 atgctattgatata--T----T-----------GTAAGGTGTGTAGGGGGATGGTCCTCCCCGACCCCC-GC-ACACCTA-GGACAGGGg
gi|7398                       :                           atgctattgatatattcatttattttgaaa---TGTGTGT-T--ACAA-------CTTGACT-A-ATACAT---A-T--A---T--C----T-----------GTAAGGTTTGTTGGGGGATGGCCTAACGCGATCCTC-AC-AGACCTG-TTACGGGGTGATTAAATGGaaaaaaa
gi|7399                       :                                                                                                  ---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAGGGATGGTCCTTCCCGATCCCA-AC-AAACCTA-TTACGGGGTGAATAAAAAGGTCACTTT
gi|7400                       :                                          ttaagataattacaaacatataacc-T--ATAA-------CTGTACT-C-ATGCAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACTGTTTGTTGTGGGATGGCCCACTCTGACCCTC-AC-AAACCTA-TTACACGGTGATTAAATGGATCACTTT
gi|7401                       :                                                                                                           ---T--T----T-----------GTACGGTTAATTGCGG-ATGGCCT----CGACCCCA-AT-AGACCTA-TGACGAGG-----AAATGAA
gi|7402                       :                                                                            aaatttatatgaaac-ATATAT---G-T--A---C--TAGTAT-----------GTAAGGCTTGTGGAGGGATGGTCCTCTCCGACCGTC-AC-AAACCTA-TAGCGGGGTAATTAAATGGATCAC
gi|7403                       :                                                                                                   att-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGGGGGATGGCCCACCCCGACCCCC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAAcatta
gi|7404                       :                                                                                 atgtatgtcaatTACAT---A-T--A---T--T----T-----------GTACGGTTTGTTGAAGGATGGCCCACCCCAACCCTC-AC-AGACCTA-TTACGGGGTGATTAAATGGATCACTTT
gi|7405                       :                                                                                           -ATGCAT---A-T--A---T--T----T-----------GCATGGTTTGTTGAGGGATGGCCCACCGCGACCCTC-AC-AAACCTA-TTACGGGGTGATTAAA
gi|7406                       :                                                                                             acCAT---A-C------T--T----T-----------GTGCGGTTTAGTGTGGGATG-----TCTCGACCC-C-ACCAGACCTA-TTACGAG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7355 ): TATATGACATTATATGTTTTGCAAAATGTGTTAAAATTCTATACATGCTATTATTGTGTGGGTTGGAACGGAATGACCCTGACCCCTGCAGACCCATTATGGGGTTATAAACAGGCCACCTTA
Unaligned ( gi|7356 ): TATATGACATTATATGTTCTGTTGATGTAAATTTTATTAAAATTCTTTACATGGTGTTATTGAGCGGTTTTCAGCGGGATGACGCCGGCACCTGCAAACCCGTTATGGGGTAATTAGCGGGC
Unaligned ( gi|7391 ): TTGCATGCATATTGTGTTGTATACATGCTATTATTGTGCGGTTTGCA