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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|34753 ): CCGGGAATCGAACCGGGATCCTCTGGATCTTTGAACAAGCATGTAAAACACTATACTA
Unaligned ( gi|34750 ): CCACTGGAAATTGAAACAGGTTCCTCTGGATATTGGAACAAGAATGCTGACCGCTA






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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34754 ): CCAGGAATTGAACCAGGGGCCCCTAAGTCTTGATGCAAGTACTCTAAGCGCCAGAC






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blockSeqs                     :    .     .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            T  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            T  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            G  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            T  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            T  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :    .     .            T  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :          .            T  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :          .            T  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :          .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :          .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :          .            T  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :          .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :          .            A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :                       T  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :                       A  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :                       .  .               .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :                                          .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :                                          .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :                                          .    .        .              .                 . 
blockSeqs                     :                                          .    .        .              .                   
blockSeqs                     :                                          .    .        .                                  
blockSeqs                     :                                          .    .        .                                  


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAA-CCCCA-CCGGGA-ATCGANCC-G-GGG-ACCTCT-GG--GTC----TTGGA--GCAAGCATGC-TA-----------ACCACTA--G-ACCA
finalCons                     : AAA-CCCCA-CCGGGA-ATCGANCC-G-GGG-ACCTCT-GG--GTC----TTGGA--GCAAGCATGC-TA-----------ACCACTA--G-ACCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34754 ): CCAGGAATTGAACCAGGGGCCCCTAAGTCTTGATGCAAGTACTCTAAGCGCCAGAC






Alignments
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lowQualScore                  :    .     .      .     .  . .   .      .  ..   ....     ..          .  ...........       .. .    
lowQualScore                  :    0     7      8     3  6 8   8      7  00   5555     00          7  33333333333       88 8    
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Reference ( family-458 )      : AAA-CCCCA-CCGGGA-ATCGANCC-G-GGG-ACCTCT-GG--GTC----TTGGA--GCAAGCATGC-TA-----------ACCACTA--G-ACCA
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gi|34710                      : AAA-CCCCA-CCGGGA-ATTGACCA-G-GGG-ACCACT-GG--GTC----TTGGA--ACAAGCATGC-TA-----------ACAACTA--G-ACCA
gi|34711                      : AAA-CCTCA-CCAGGA-ATTGATCT-G-GGG-ACCTCT-CG--GTC----TTGGA--GCATGCATAC-TA-----------ACCACTA--G-ACCA
gi|34712                      : AAA-CCCCA-AAGGGA-ATCGATCCAG-GGG-ACCTCT-GG--GTC----TTAGA--GCAAGCATGC-TA-----------ACCGCTA--G-AC
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gi|34715                      : AAA-CCCCA-CCAAGA-ATCCATCC-A-GG--ACTTAT-GG--GTC----TTGGA--GCAAGCATGC-TG-----------ACCACTA--G-ACTA
gi|34716                      : AAA-CCCCA-CCGGGA-ATCAGTCC-A-AAG-ACCTTT-GT--GTC----TTGGA--GCAAGCATG--TA-----------ACCACTG--G-GCCA
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gi|34718                      : AAA-CCCCA-CCAGGA-AATGAACT-G-GGG-ACCTCT-GG--GTC----TTGGA--GTAAGCATGT-CT-----------ACCACTA--G-A
gi|34719                      : AGA-CCCCA-CCTGGA-ATCGAACT-T-TGG-ACCTCT-GG--GCT----TTGAA--GCAGGCATGC-TA-----------ACCACTG--G-GCCA
gi|34720                      : AAA-CCCCC-CCTGGATATTGGTCC-G-GGGGACCTCT-GG--GTC----TTAGA--GAAAGCATGC-TT-----------ACCATTA--G-ACCA
gi|34721                      : AAA-TCCC--CCGGGA-ATCGATCC-G-GGG-ATCGCT-GG--ATC----TTGGA--GAAAGAATGC-TA-----------ATCACTA--G-ATCA
gi|34722                      : AAA-CCCCA-ACAGGA-ATCGATTC-G-GGC-ACCTCT-GG--GTC----TTGGA--TCATGGATGC-TA-----------ACCACCA--G-ATCA
gi|34723                      : AAA-CCCCGTCCAGGA-ATCAAACC-G-GAG-ACTTCT-AG--GTC----TTCGA--GCAAATATAC-AA-----------ACCACTA--G-ACCA
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gi|34725                      : AAA-CCTCG-CCATGA-ATCCAACC-A-GGG-ACCTCT-GG--ATA----TTGGA--GCAAGCATGC-TG-----------ACGACCA--G-A
gi|34726                      : AAA-CCCCGTCCAGGA-ATCCAACC-G-GA--ACCTCT-TG--ATC----TTGGA--GCAAACATGG-TA-----------ACCACAA--A-ACCA
gi|34727                      : AAA-CCCCA-ACGGGA-ATAGAACT-T-GG--ACCTCA-GG--GTC----TTGGA--CCATGCATAC-TA-----------ACCACTT--G-ACCA
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gi|34733                      : AAA-CCCCA-TGGGAA-ATCGAA---GTGGG-ATCTCT-GG--GTC----TGGGA--ACAAGCGTGC-TA--------------ACTA--G-ACCA
gi|34734                      : AAA-CCACA-TCGGAA-ATCGAACC-G-AGG-ACCTCT-GT--GTG----TTGGA--GCAATCAAGC-TA-----------ACT-TTT--G-ACCA
gi|34735                      : AAA-CTCAA-CCAGAA-ATCCAGCA-G-GGG-ACCTCT-GG--TTC----TTGGA--GCAAGCATGC-T
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gi|34737                      : AAATCCCCA-CCAGGA-ATCCAACA-G-GGG-ACCTCT-GG--GTC----TTGGA--GCA
gi|34738                      :  AA-CCCCA-CCGGGA-ATCAATCC-G-GG--ACCTCC-GG--GTT----TTGGAAAGCAAGCATGC-TA-----------ACTACTA--G-ACC
gi|34739                      :  AG-CCCCG-CCGGGA-ATCAAACC-A-AAA-ACCTCT-TG--GTT----TTGGA--GCAAACATGC-TA-----------ACCACTA--A-ACC
gi|34740                      :  AA-ACCCA-CTGTAA-ATCAATCC-A-GGG-ACCTCT-AG--GTC----TAGGA--GCATGTATGCTTA-----------ACC-CTAGGG-ACCA
gi|34741                      :  AA-CGTCA-CTGGGA-ATCGAACC-A-GGG-ACCTCT-TG--GGC----TTATA--AAAAGCCTGC-TA-----------ACCATTA--A-ACTA
gi|34742                      :   A-CCTCA-CTAGGA-ATAGAAAC-A-GAG-ACGTCT-GG--GTC----ATGGA--GCAAACATGC-TA-----------ACCACTA--G-ACCA
gi|34743                      :   A-CACCA-CCGGGA-ATCGAACT-T-GGG-ACCTCT-GG--GCC----TTGAA--GCAGGCATGC-TA-----------ACCACTG--G-GCCA
gi|34744                      :   A-CTCCA-CATGGA-ATTAAACC-A-GGA-ACCTCC-GA--GTC----T-GAA--GCAAACATAT-TA-----------ACCACTA--G-ATCA
gi|34745                      :   A-CCCAA-CCAGGA-ATAAAACCAG-GGG-ACT--------GTCCACATTGGA--GCAAGTATGC-TA-----------ACCACTA--T-ACC
gi|34746                      :    -CCCCA-CATGGA-ATTGAACT-A-GGG-GTCTCTTGG--ATC----TTGGA--GCAGGCATGC-TT-----------ATCACTA--A-ACTA
gi|34747                      :      CCCA-CCGGGA-ATCGATCC-G-AGG-ATCTCT-GG--GTC----TTGGA--ACAAGCATAC-TA-----------ACAACTA--G-ATCA
gi|34748                      :       CCT-CCAGGA-ATCGATCA-G-GGG-ACAACT-GG--GTT----TTGGA--GCAAGCAAGC-TA-----------ACCACTA--G-ATCA
gi|34749                      :       CTA-CTGGGA-ATTGATCT-G-GGG-ACTTCT-TC--ATC----TTGTA--GCAAGCATGT-TA-----------ACTACAA--G-ACC
gi|34750                      :       CCA-CTGGAA-ATTGAAAC-A-GGT-TCCTCT-GG--ATA----TTGGA--ACAAGAATGC-TG-----------ACCGCTA--
gi|34751                      :        CA-CCGGAA-GTCGAAC----GGG-ACCTCT-GG--GTC----TTGGG--GCAAGCATGC-TA-----------ACTGCCA--G-
gi|34752                      :          -CTGGGA-ATCGATCT-G-GA--ACCTCT-TG--GTC----TTGGA--GCAATTATGC-TA-----------ACCGCTA--GAACCA
gi|34753                      :          -CCGGGA-ATCGAACC-G-GGA-TCCTCT-GG--ATC----TTTGA--ACAAGCATGT-AA-----------AACACTA--T-ACTA
gi|34755                      :             GGGA-ATTGAACC-G-GGG-ACCTCG-CG--GTC----CTGGA--GCAAGCATAA-TA-----------ATCACTG--G-ATCA
gi|34756                      :              GGA-ATCCATCT-G-AAG-ACTGCT-GG--GTC----TTAAA--GCAAGCATGT-TG-----------AGCACTA--G-ACC
gi|34757                      :               GA-ATTGAACC-T-GGG-ACCTCT-CG--ATC----TTGGA--TCAAGCATGC-TA-----------ACCACTA--G-ACCA
gi|34758                      :                              GG-ACCTCT-GG--GTC----TTGGA--GCAGGCATGC-TAATCAATATATCACCACTA--G-ACCA
gi|34759                      :                         ttgaaaG-AACTCT-GG--GTC----TTGGA--GCAGGCATGC-TA-----------ATCAATA--G-ATCA
gi|34760                      :                                -ACCTCT-AG--GTT----TTGGA--GCA----TGT-TA-----------ACCACTA--G-ACCA
gi|34761                      :                                   CTCT-GG--GTC----TTGGA--GCAAACCTGC-TA-----------GCCACTA--G-ACCA
gi|34762                      :                                    TCT-GG--GTC----TTGGA--GCAA-CATGC-TT-----------ACTACTA--G-ATCA
gi|34763                      :                                     CT-AG--GTC----TTGGA--GCATGCATGC-TA-----------ACCACTA--G-ATCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34754 ): CCAGGAATTGAACCAGGGGCCCCTAAGTCTTGATGCAAGTACTCTAAGCGCCAGAC