lowQualScore : 22222222 1 111111 11 11111 111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111111111
lowQualScore : 22222222 2 111111 33 22 1 55555 1 2 66 77 8 2 777777 0 22 55555 66 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 0 333 1111 777777777777777777 2 222 11 333333333 11 2
lowQualScore : ........ . ...... .. .. . ..... . . .. .. . . ...... . .. ..... .. . ............................................................................................................... ... . ... .... .................. . ... .. ......... .. .
lowQualScore : 11111111 3 888888 88 99 9 33333 7 9 66 99 4 6 000000 7 66 00000 55 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333 7 333 5555 666666666666666666 0 999 22 555555555 33 1
consensus : AATTTATTN----N--GTAC-AAGACGTCTT-CGTA-TTGCA--T-TT--G--CTAGATTANGA-TTATCNTCACA-T--AG-CTTAAGGATTGAAAC----CGGNAGATA----C-G-C---A-A--------GA----A----CA-----GAN--T-AGA-G-----AG--ACATGA---ACGT---TT--TTG---T---CA----AA---T------AT---G-T---A----AC---TCTA-----AC---GATATNGAAGACGAAT--TTCATTT--T---G-----TTTTAATNTGT
Reference ( gi|38528 ) : AATTTATTT----A--GTAC-AAGACGTCTT-CGTA-TTGCA--T-TT--G--CTAGGTTACGG-TTGCCATCACA-T--AG-CTTAAGGATTGAAAC----CGGCAGATA----C-G-C---A-A--------GA----A----CA---C-GAG--T-AGA-G-----AG--ACATGA---ACGT---TT--TTG---T---CA----AA---G------AT---G-T---A----AT---TCTG-----GT---GATATAGAAGACGAAT--TTCATTT--T---A-----TTCTAATTTGT
gi|38529 : AATTTATTT----A--GTAC-AAGACGTCTT-CGTA-TTGCA--T-TT--G--CTAGGTTACGG-TTGTCGTCACA-T--AG-CTTAAGGATTGAAAC----AGGCAGTTA----C-G-C---A-A--------GA----A----CA---C-GAG--T-AGA-G-----AG--ACATGA---ACGT---TT--TTG---T---CA----AA---T------AT---G-T---A----AT---TCTG-----GT---GATATAGAAGACGAAT--TTCATTT--T---A-----TTCTA
gi|38530 : AATTTATTT----A--GTAC-AAGACGTGTT-CGTA-TTGCA--T-TT--T--TTAGGTTACGG-TTGTCATCACA-T--AG-CTTAAGGATTGAAAC----CGGCAGATA----C-G-G---A-A--------GA----A----CA---C-GAG--T-AGA-G-----AG--ACATGA---ACGT---TT--TTG---T---CA----AA---T------AT---G-T---A----AT---TCTG-----GT---GATATAAAAGACGAAT--TTCGTTT--T---A-----TTCTAATTTGT
gi|38531 : AATATGTTA----A--GTAC-CAGAAAGTTT-CGAAGTTGTA--T-T---A--CAAGATTACGC-ATATCTTCTCA-T--AA-TTTAAGAATTGAAAC----AGGAAGGTA----T-T-C---A-A--------GA----G----AA---A-GAC--T-TGA-A-----CG--ACATGA---AAGG---GT--TTG---C---CA---------G------AT---G-T---ATGACAG---TCC-------T---GAAATTGAAGACGAAT--TTCATTT--T---G-----T
gi|38533 : AATATGTTA----A--GCAC-CAGAAAGTTT-CGAAGTTGTA--T-T---A--CAAGATTACGC-ATACCTTCTCA-C--AA-TTTAAGAATTGAAAC----AGGATGGTA----T-T-C---A-A--------GA----G----AA---A-GAC--T-TGA-A-----CG--ACATGA---AAG----GT--TTG---C---CA----GA---T------GT---G-T---G----AC---AGTG-----CT---GAAATTGAAGACGAAT--TTCATTT--T---G-----T
gi|38534 : ATTTATTT----A--GTAC-AAGACGTCTT-CGTA-CTGCA--T-TT--G--CTAGGTTACGGGTTGTCATCACA-T--AG-CTTAAGGATTGAAAC----CGACAGATA----C-G-C---A-A--------GA----A----CA---C-GAG--T-AGA-A-----AG--ATATGA---ACGT---TT--TTA---T---CA----AA---T------AT---T-T---A----AT---TCTG-----GT---GATATAGAAGACGACT--TTCATTT--T---A-----TTCTAATTTGT
gi|38535 : ATTTATTG----T--GTACTAAAAC--CTAACGCA---GCT--T-TTTAA--CTAAATTACGA-CTTTCGTCTCA-TTCA--CTTA-GAATCGAAAC----TGGTAGATA----T-G-CC--A-G--------GG----A----CA-----GAT--T-AGA-T-----AA--AAACGA---ACGT---AA--ATG---C---CA----AA---T------TT---G-T---A----AC---AGTA-----AT---GATATTGAAGACGAAT--TTCATTT--T---G-----TTTTA--TTGT
gi|38537 : ATTTATTG----T--GTACTAAAAC--CTTACGCA---GCA--TGTT--AA-CTAGGTTACGA-CTGTCTTCTCATT--CA-CTT-AGAATCGACAC----TGGTAGATATT--C---C---A-A--------AA----A----CA-----GAT--T-AGA-T-----AG--AAACAA---A--------------------CA----AA---A------AT---GCC---A----AT---TTTGTAACAGTAACAATATTGAGGACGAGT--TTCATTT--T---G-----TTTTA--TTGT
gi|38536 : ATTTATTG----T--GTACTAAAACCTCA--CGCA---GCT--T-TTTAA--CGAAATTACGA-CTTTCTTCTCA-TTCA--CTTA-GAATCGAAAC----TGGTAGATATT--C---C---A-G--------GG----A----CA-----GAT--T-AGA-T-----AG--AAAGGA---ACGT---AA--ATG---C---CA----AA---T------TT---G-T---A----AC---AGTA-----AC---GATATTGAAGACGAGT--TTCATTT--T---G-----TTTTA--TTGT
gi|38538 : ATTTATTG----T--GTACTAAAAC--CTTACGTA---GCT--T-TTAAA--CTAAATAACGA-CTGTCTTCTCATT--CA-CTT-AGAATCGAAAC----TGGTAGATATT--C---C---A-G--------GG----A----CA-----GAT--T-AGA-T-----AG--AAACGA---ACGT---AA--TTG---C---CA----AA---T------TT---G-T---A----A
gi|38539 : ATTTGTTA----T--GTAC-TAAACAATTA-CGCA-GTGTT--T-TT--TACCTAA-TTAAGA-TTATCTTCACA-T--TC-ATTAAGAATTGAAAA----AGGGAGATA----T-G----------------------------------GGA--T-AGA-A-----AA--AAATGA---AAAA---CT--ATG---C---CA----GA---T------TT---G-T---A----AT---AATA-----AT---GATATTGAAGATGAGT--ATCACTT--T---G-----TTTTAA
gi|38540 : TTTATTTCATAACTGTAC-AGGACGTCTT-TATA-ATGCA--T-TT--G--CTAGGCTGCGA-TGGTCTTCAAA-C--AA-CTTTAGGATCAAAAT----CGACAGATA----C-G-C---A-A--------GA-----------------------AGA-G-----AT--AC-TGA---GCTT---AT--TCG---T---AA----AA---T------AT---A-T---A----AT---TCTA-----GC---GACATAGAATACGAAT--GTCATTT--C---A-----TCTTAATTTAT
gi|38541 : TTGTTC----T--GTAC-GAAGCGTCAG-CGTG-TCACA--T-TT--G--CTAGGTTAAGA-GTGTCTTCTCA-T--AG-CCTAAGGATCGAGAC----GGGCAGACA----T-T-C---T-A--------GA----A----TA------AA--TGAAA-G-----AG--ACTCGA---GCGA---CT--TTG---C---CAGACTAA---G-------T---G-T---C----ATA--TTTC-----A----GATATCGAAGATGAAT--TTCATTT--T---A-----TCTTAA
gi|38542 : --GTAC-GAAGCGTCAG-CGT---TACAAAC-TG--G--GTAGGCTAAGA-ATATCTTCTTA-T--AG-CCTGAGGATCGAGAC----AGGCAGATA----T-G-C---T-T--------GA----A----AT---A-GAT--T-AGA-G-----AG--ACACGA---GCGA---GT--TTG---C---CA----AA---T------AT---G-T---A----AC---TCTT-----CT---GATGTCGAAGATGAAT--TTTATTT--T---A-----T
gi|38543 : TT-CCTA-TGGCA-------------AGATTAAGA-TTATCTTCACA-TC-AG-TTGAAAG-TTGAAAC----CGGTCGTTA----T-G-C---ACA--------GA----A----CA-----GAA--T-TGA-A-----CGTAACTTG-----CGT---TA--TTGTACT---C----------T------AT---G-T---A----AC---TTTA-----AC---GACATAGAAGATGAAT--ACCATTT--T---G-----TGTTACTATGT
gi|38545 : -TTGCA--T-TT--T--CAAGATTACGC-ATATCGTCACA-T--AA-TTTAGCGATAGAAAC----AGGAAGATA----C-G-------A--------TA----A----CATACC-AAG----AGA-------AA--ACA-GA---A-------T--TTG---TA--CA----AA----------AT---G-CCA-A----ATGAACC-------------AAATCGAAAATGAAT--ATCATTT--C---C-----TTCTGGTGTGT
gi|38544 : -TTGCA--T-TT--T--CAAGATTACGC-ATATCGTCACA-T--AA-TTTAGCGATAGAAAC----AGGAAGATA----C-G-------A--------TA----A----CATACC-AAG----AGA-------AA--ACA-GA---A-------T--TTG---TA--CA----AA----------AT---G-CCA-A----ATGAACC-------------AAATCGAAAATGAAT--ATCATTT--C---C-----TTCTGGTGTGT
gi|38546 : TGCA--T-TG--A--CTAGATTGAG---TGTCCTCACA-T--AGACTTGAA-ATTGAAGC----TGGAAGGTGG---C-A-C---A-AACCTAACAGA----A----TA---C-CAG--C-AGA-------AG--ATA-GA---AAAT---------G---T---CA----AA---T------TT---G-----A----ATG--TCT---------------TAGAAGATGAAT--TTCATTT--T---A-----TTTTA
gi|38547 : --T-TT--G--TTTGGTTAAGA-GTATCTTCTCA-T--AG-CTTAAGGATAGAGAC----TGGCAGATA----T-G-C---T-A--------GA-----------------AA--T-AGATT-----AG--ACACGA---ATG----AT--TTA---C---AA----AA---T------AT---G-T---A----GT---TCTT-----TA---GATATGGAAGATGAAT--TTCATTT--T---A-----TCTTAA
gi|38548 : --T-TT--GT-CAAGATTAAAA-TTATCATCACATT--AG--TTAAAAATTAAAAC----CGGTTGTAA----T-G-C---ATA--------GA----A----CA---T-AAT--T-GAACG-----TA--ACTTG-----CGT---TA--TTGTACT---C----------T------AT---G-T---G----AC---TTTA-----AC---GACATAGAAGATGAAT--ACCATGT--T---AATATGTCCTAATT
gi|38549 : -TT--C--CTATGTCAAGA-TTATCTTCACA-TC-AG-TTGAAAG-TTGAAAC----TGGTCGTTA----T-G-C---ACA--------GA----A----CA-----GAA--T-TGA-A-----CGTAACTTG-----CGT---TA--TTG---TACTC----------T------AT---G-T---A----AC---TTTA-----AC---GACATAGAAGATGAAT--GCCATTT--T---G-----TGTTAATATGT
gi|38550 : -TT--G--CTAAAATACGG-TTATCATCACA-T--AA-ACTAGCTATAGAAAC----AGGACGACA----T---C---A-A--------AA----AATTGCA---A-GAGACC-AAA-G-----A--------A---ACTT---TT--TTA---T--------------G------TT---G-T---G----AC---TTAA-----AT---GACATCGAAGACGAAT--ACCATTT--C---G-----TACTTATTTG
gi|38551 : --G--CTAAAATATGG-TTATCATCACA-T--AA-ACTAGCTATAGAAACAGGACGACATATAAAATT-G-C---A-A--------GA----------------GAC--C-AAA-G-----AA--A--------ATGT---TT--ATG---T----------------------T---G-T---G----AC---TTAA-----AT---GACATCGAAGACGAAT--ACCATTT--C---A-----TACTAATCTG
gi|38552 : --CCAAATTGCGG-CTATCAGCTTA-T--AC-ACTCAGAATCGAAAC----TGGGAGATA----C-G-CT--C-A--------GA----A----TA-----GAA--T-TGC-A-----AG--AAATCA---AAGA---TA--TTG---T---AC----AA---T------TT---G-T---A----AT---TCAA-----GA---GATATAGATGATGAAT--TTCATTT--T---A-----TTCTGATCTGT
gi|38553 : TATGTTACGA-CTGCCTTCTCA-TTCA--CTTA-GAATCGAAAC----TGATAGATATT--C---C---A-G--------GG----A----CA-----GAT--T-AGA-T-----AG--AAACGA---ACGA---AA--ATG---C---CA----AA---T------TT---G-T---G----GC---AGTA-----AC---GATATTTAAGACGAGT--TTCATTT--T---G-----TTTTA--TTGT
gi|38555 : AGATTAAGA-TTATCATCACA-TC-AG--TTAAAAATTGAAAC----CGGTCGTTA----T-G-CT--C-A--------GA----A----CA-----GAA--T-GGA-----------ACGTAATTTGCAT---TA--TTG---T---------------------AT---T-T---T----AT---TTCA-----AC---GACAGAGAAGATGAAT--ATCATTT--T---G-----TGTTAATTTGT
gi|38556 : AGATTAAGA-TTATCTTCACA-TC-AG-TTGAAAG-TTGAAAC----CGGTCGTTA----T-G-C---ACA--------GA----A----CA-----GAA--T-TGA-A-----CGTAACTTG-----CGT---TA--TTGCACT---C----------T------AT---G-T---A----AC---TTTA-----AC---GACAAAGAAGATGAAT--ACCATTT--T---G-----T
gi|38557 : AGATTAAGA-TTATCTTCACA-TC-AG-TTGAAAG-CTGAAAC----CGGTCGTTA----T-G-C---ACA--------GA----A----CA-----GAA--T-TGA-A-----CGTAACTTG-----CGT---TA--TTG---TACTC----------T------AT---G-A---A----AC---TTTA-----AT---GATATAGAAGATGAATACTT--TTT--T---G-----TGTTAATATGT
gi|38561 : AGATTAAGA-TTATTTTCATA-TC-AG-TTGAAAG-TTGAAAC----CGGTTGTTA----T-G-C---ACA--------AA----A----CA-----GAA--T------------------TGA---ACGTAACTT--GCA---T---TA----AA---GCACTCTAT---G-T---A----AC---TTTA-----AC---AACATAGAAGATGCAT--ATCATTT--T---G-----TGTTAATATGT
gi|38559 : AGATTAAGA-TTATCTTCACA-TC-AG-TTGAAAG-TTGAAAC----CGGTCGTTA----T-G-C---ACA--------AA----A----CA-----GAA--T-TGA-A-----CGTAACTTG-----CGT---TA--TTGTACT---C----------T------AT---G-T---A----AC---TTTA-----AC---GACATCGAAGGTGAAT--ACCATTC--T---G-----TGTTAATATGT
gi|38560 : AGGCTAAGA-TTATCGTCACA-TC-AG--TTAAAAATTGAAAC----CAGTCGTTT----T-G-CT--C-A--------GA----A----CA-----GAA--T-GGA-----------ACGTAATTTGCGT---TA--TTG---T----------ATTTT------AT---G-T---C----AC---TTCA-----AC---GATATAGAAGATGAAT--ATAATTT--T---G-----TGTTAAT
gi|38554 : AGATTAAGA-TTATCTTCACA-TC-AG-TAGAAAG-TTGAAAC----CGGTCGTTA----T-G-C---ACG--------GA----A----CA-----GAA--T-AGA-A-----CGTAACTTG-----CGT---CA--TTG---T----------A---G-------TCTAG-T---A----AC---TTAA-----AC---GACATAGAAGATGAAT--ACCATTT--T---G-----TGTTGATATGT
gi|38558 : AGATTAAGA-TTATCGAAACA-TC-AG--TTAAAATTTGAAAC----TGGTCGTTA----T-G-C---ACA--------GA----A----CA-----GAA--T-GGA-A-----CGTAACTTG-----CGT---TA--TTG---T---TC----TT---T------AT---G-T---A----AC---TTTA-----AC---GACATAGAAGATGCAT--ACCATTT--T---G-----T
gi|38562 : GATTAAGA-TTATCTTCACA-TC-AG-TTGAAAG-TTGAAAC----TGGTCGTTA----T-G-C---ACA--------GA----T----CA-----GAA--T-TGA-A-----CGTAACTTG-----CGT---TA--TTG---TACTC----------T------AT---G-T---A----AC---ATTA-----AC---GACATAGAAGATGAAT--ACCATTT--T---G-----TGTTAATATGT
gi|38563 : TTAAGA-TTATCGTCACA-TG-AG-TTGAAAG-TTGAAAC----CGGTCGTTA----T-G-C---ACA--------GA----A----CA-----GAA--T-TGA-A-----CGTAACTTG-----CGT---TA--TTGTACT---C----------T------AT---G-T---A----AC---TTTA-----AC---GACATAGAAGATGAAT--ACCATTT--T---G-----TGTTACTATGT
gi|38564 : TACGT-TTATCAGCACG-T--AGACTTC-GTATTGAAAC----TGGACGATA----C-GGC---A-T--------AA----A----CA---G-GA---T-AGA-A-----AG--AAATGA---AAGA---CT----G---T---CA----TG---T------CT---G-T---G----CC---TCTG-----GT---GATATTGAAGATGAGT--TCCATTTCGT---A-----TT
gi|38565 : CGA-TTATC-TCACA-T--TC-ATTAAGAATACAAAC----AGGACGTTA----T-G-C---G-A--------GA----A-------------A--T-AGA-ACTCCTAG--AAATGA---ACGC---TT--CTG---T---CT----AA---A------TT---G-T---A----AT---TCGC-----AG---GATCTAGAAGATGAAT--TTTATTT--T---A-----TTTTGATATGT
gi|38566 : GA-TTATCTTCACA-T--AC-ATTAAGAATTGAAAC----AGGGTTATA----T-G-G---G-A--------TA----G----AA---A-GAG--T-AGA-A-----AG--AAATGA---AAGA---CT--TTG---C---CA----GA---T------TT---G-T---A----GT---AATA-----AT---GATATTGAAGATGAGT--TTCATTT--T---G-----TTTTAAT
gi|38567 : -TTATCATCACA-T--AG--------ATTGAAAT----TGGCAGATA----T-G-C---A-A--------GA----A----CA---C-GAG--C-AAA-G-----AG--GCATGA---ACGT---AT--TTG---T---CA----AA---T------AT---G-T---A----AT---TCTA-----GC---GATATAGAAGACGAAT--TTCACTT--T---A-----TTCTCAATTGT
gi|38568 : -TTATCAGCACG-T--AGACTTC-GTATTGAAAC----TGGACGATA----TGG-C---A-T--------AA----A----CA---G-GA---C-AGA-A-----AG--AAATGA---AAGA---CT--GTG---T---CA----AT---T------CT---G-T---G----TC---TCTG-----GG---GATATTGAAGACGAGT--TCCATT
gi|38570 : CAACACA-T--AG-TTTAAGAATAGAAAC----AGGGAGATA----T-A-T---G-A--------GAGAG-A----GA-----GAG--T-TGA-G-----AG--AAGCGA---GCGA---GT--TTG---T---CA----GA---T------AT---G-T---A----AA---TCAA-----AT---GATATAGAAGACGAGT---------------------TTTTAATTTGT
gi|38569 : tTCACA-TC-AG-TTGAAAG-TTGAAAC----CAGTCGCTA----T-G-C---ACA--------GA----A----CA-----AAA--T------------------TGA---ACGTAACTT--GTG---T---TA----TT---GTACTCTAT---G-T---A----AC---TTCA-----AT---AACATGGAAGATGAAT--ACCATTT--T---G-----TGTTAATTTGT
gi|38574 : ttatctCGCA-T--AA-TTTAGAAATTGAAAC----TGGGAGATA----C-A-C---A-A--------AT----G----TA---C-AA-----AGG-G-----AA--A-AT------CGT---TT--TTG---T----A----GA---GT-----AT---G-T---A----AT---
gi|38573 : CGCA-T--AA-TTTAGAAATTGAAAC----TGGGAGATA----C-A-C---A-A--------AT----G----TA---C-AA-----AGG-G-----AA--A-AT------CGT---TT--TTG---T----A----GA---GT-----AT---G-T---A----AT---
gi|38572 : CGCA-T--AA-TTTAGAAATTGAAAC----TGGGAGATA----C-A-C---A-A--------AT----G----TA---C-AA-----AGG-G-----AA--A-AT------CGT---TT--TTG---T----A----GA---GT-----AT---G-T---A----AT---
gi|38575 : ATA-T--TG-CTTACGAATCGAAAC----AGACAAATA----T-T-CTAAA-A--------AA----A----GA---C-GAG------A-A-----AG--ACACGG---ATAT---CT--TTG---T---CA----AA---T------AT---G-T---A----AT---TCTT-----TA---GATATTAAAGACGAAT--TTCATTT--T---A-----T
gi|38571 : CA-TC-AA-CTTA-GAATACACAC----TGGTAGATT----T-G-C---A-A--------AA----A-----A---CAGAA--T-ACA-T-----AG--AAATGA---ACGT---TA--TTA---T---CA----AT---G------GT---G-CACAA----A-------A-----GA---GATTTAGAAGACGAGT--TCCATTT--T---A-----TT
gi|38576 : tGATTGAGAC----AGATAGATA----T-A-C---T-A--------GA------------------T--T-AGA-C-----AG--ACATAA---GCGT---GT--TTG---C---CA----AA---T------GT---G-T---T----AT---TCTT-----TA---GATCTTGAAGATGAAT--TTCAGTT--TATCA-----TTCTA
gi|38532 : ATTGAAAC----TGGGAGATA----T-G-CT--C-A--------GA----A----TA-----GAA--T-TGC-A-----AG--AAATCA---AAGA---TT--TTG---T---AC----AA---T------TT---G-T---A----AT----CAA-----GA---GATATAGAAGATGAAT--TTCATTT--T---A-----TTCTGATTTGT
gi|38577 : aatgtgtttagatacgagatgtacttcaatatgttgccttttaaacaaagatcctttctgtccacattgcagctatcagggaatacactcaaaTTGAAAC----CGGAAGACA----C-A-CC--A-A--------TATACCA----TA---C-GAA--C-AAA-G-----A---ATATG-----C-T---TT--TT--------------------------AT---G-T---A----AC---TCTG-----GA---GAAATAGAGGACGAAT--TTCAT
gi|38578 : TTGAAAC----CGGAAGACA----C-A-CC--A-A--------TATACCA----TA---C-GAA--C-AAA-G-----A---ATATGA------T---TT--TT--------------------------AT---G-T---A----AC---TCTG-----GA---AAAATAGAGGACGAAT--TTCAT
gi|38579 : TTGAAAC----TGGAAGACA----C-A-CC--A-A--------TATACCA----TA---T-GAA--C-AAA-G-----A---ATATG-----C-T---TT--TT--------------------------AT---G-T---A----AC---TCTG-----GA---GAAATAGAGGACGAAT--TTCAT
gi|38580 : TGAGAC----AGACAGGTA----T-G-C---A-A--------GA----A----AT---A-GAT--T-AGA-G-----AT--ACACGG---GCGA---CT--TTG---C---CA----GA---T------AT---G-T---A----AC---TCTT-----AA---GGTATTGAAGATGAAT--CGCATTT--C---A-----T
gi|38582 : -GAT--T-AGA-A-----CG--AAATGA---ACGA---CT--ATG---T---CA----AA---T------AT---G-T---A----AT---AATT-----AT---GACATTGAAGACGAGT--TTCACTT--T---G-----TTTTAAT
gi|38583 : -GAG----AGA-G-----AG--AGA-GA---GAGT---TTGTTTGA--T---C------------------T---G-T---A----AA---TCGA-----AT---GATATAGAAGACGAGT--TTCATTT--C---A-----CTTTATTTTG
gi|38584 : -----AG--AAATGA---ACGC---TT--TTG---T---CT----AT---A------TT---G-T---A----AT---TCGC-----AG---GATTTAGATGATGAAT--TTCATTT--T---A-----TTTTGAT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|38581 ): TGAAACTTGAAGATACGCACAAAATAAAACTGCAAGAAACCAAAGATATTGAGCAATTTGTAATACAAAAGACATAGAAACTGAATTTCATTTTATTCTAATTTGT
Alignments
lowQualScore : 1 11 11111 1111111 1111111111111111 1111111111 2222222222222222222
lowQualScore : 99999999 2 0 888 77 444 11 22 1 55555 1 1 11 333 0 8888888 0 1 666666666666666 3 11 555555 4444444444444444 2 5 2 55555555 2222222222 55555555555 1111 555555 1111111111111111111 222 0 1 22 0 3 0 11 1 0 111 22 2
lowQualScore : ........ . . ... .. ... .. .. . ..... . . .. ... . ....... . . ............... . .. ...... ................ . . . ........ .......... ........... .... ...... ................... ... . . .. . . . .. . . ... .. .
lowQualScore : 77777777 7 7 333 88 444 33 66 7 33333 4 0 33 222 8 8888888 8 3 444444444444444 6 55 555555 7777777777777777 2 8 0 00000000 6666666666 77777777777 5555 111111 2222222222222222222 777 7 4 55 8 5 2 00 0 8 666 33 6
consensus : AATTTATTNN------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGATTANGA-T--TATCN--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGNAGATA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CA-GANT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------TA--T-G-TAAC--TCTAACGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTGTT-TTAATNTGT
Reference ( family-450 ) : AATTTATTNN------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGATTANGA-T--TATCN--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGNAGATA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CA-GANT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------TA--T-G-TAAC--TCTAACGATA--TNGAAGACGAA-T--TTCATTTTGTT-TTAATNTGT
gi|38528 : AATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGGTTACGG-T--TGCCA--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGCAGATA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CACGAGT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------GA--T-G-TAAT--TCTGGTGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTATT-CTAATTTGT
gi|38529 : AATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGGTTACGG-T--TGTCG--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACAGGCAGTTA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CACGAGT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------TA--T-G-TAAT--TCTGGTGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTATT-CTA
gi|38530 : AATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-GTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--T--TTAGGTTACGG-T--TGTCA--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGCAGATA--C-G-G-A-A--G---A-----A-CACGAGT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------TA--T-G-TAAT--TCTGGTGATA--TAAAAGACGAA-T--TTCGTTTTATT-CTAATTTGT
gi|38531 : AATATGTTAA------G-TAC-CAGAAAG-TTT-CG---AAGTTGTA--T-T---A--CAAGATTACGC-A--TATCT--TCTCA-T---AA-TT-TAAGA-------------ATTGAAACAGGAAGGTA--T-T-C-A-A--G---AG----A-AA-GACT-T------GAA-----CG--AC---ATGA---AA----GG---GTTTG---C---C-AG-A------TG--T-A-TGACAGTCC--TGAAA--TTGAAGACGAA-T--TTCATTTTGT
gi|38532 : AATGTGTTTA------GATAC-GAGATGTACTT-CAATATG-TTGCC--T-TT------TAAACAAAGA-TCCTTTCTGTCCACA-TTGCAG-CTATCAGGGAATACACTCAAAATTGAAACTGGGAGATA--T-G-CTC-A--G---A-----A-TA-GAAT-T------GCA-----AG--AA---ATCA---AA----GA---TTTTG---T---A-CA-A------TT--T-G-TAA---TCAAGAGATA--TAGAAGATGAA-T--TTCATTTTATT-CTGATTTGT
gi|38533 : AATATGTTAA------G-CAC-CAGAAAG-TTT-CG---AAGTTGTA--T-T---A--CAAGATTACGC-A--TACCT--TCTCA-C---AA-TT-TAAGA-------------ATTGAAACAGGATGGTA--T-T-C-A-A--G---AG----A-AA-GACT-T------GAA-----CG--AC---ATGA---AA----GG---TTT-G---C---C-AG-A------TG--T-G-TGAC--AGTGCTGAAA--TTGAAGACGAA-T--TTCATTTTGT
gi|38534 : ATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-CTGCA--T-TT--G--CTAGGTTACGGGT--TGTCA--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGACAGATA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CACGAGT-A------GAA-----AG--AT---ATGA---AC----GT---TTTTA---T---C-AA-A------TA--T-T-TAAT--TCTGGTGATA--TAGAAGACGAC-T--TTCATTTTATT-CTAATTTGT
gi|38535 : ATTTATTGT------G-TACTAAAAC---CTAACG---CA---GCT--T-TTTAA--CTAAATTACGA-C--TTTCG--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGAAACTGGTAGATA--T-G-CCA-G--G---G-----A-CA-GATT-A------GAT-----AA--AA---ACGA---AC----GT---AAATG---C---C-AA-A------TT--T-G-TAAC--AGTAATGATA--TTGAAGACGAA-T--TTCATTTTGTT-TTA
gi|38536 : ATTTATTGT------G-TACTAAAACCT-CA--CG---CA---GCT--T-TTTAA--CGAAATTACGA-C--TTTCT--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGAAACTGGTAGATATTC---C-A-G--G---G-----A-CA-GATT-A------GAT-----AG--AA---AGGA---AC----GT---AAATG---C---C-AA-A------TT--T-G-TAAC--AGTAACGATA--TTGAAGACGAG-T--TTCATTTTGTT-TTAttgt
gi|38537 : ATTTATTGT------G-TACTAAAAC---CTTACG---CA---GCA--TGTT--AA-CTAGGTTACGA-C--TGTCT--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGACACTGGTAGATATTC---C-A-A--A---A-----A-CA-GATT-A------GAT-----AG--AA---ACAA---AC----AA---AAATG---C---C-AA-T------TT--T-G-TAAC--AGTAACAATA--TTGAGGACGAG-T--TTCATTTTGTT-TTAttgt
gi|38538 : ATTTATTGT------G-TACTAAAAC---CTTACG---TA---GCT--T-TTAAA--CTAAATAACGA-C--TGTCT--TCTCATT---CA-CT-T-AGA-------------ATCGAAACTGGTAGATATTC---C-A-G--G---G-----A-CA-GATT-A------GAT-----AG--AA---ACGA---AC----GT---AATTG---C---C-AA-A------TT--T-G-TAAttgt
gi|38539 : ATTTGTTAT------G-TAC-TAAACAA-TTA-CG---CA-GTGTT--T-TT--TACCTA-ATTAAGA-T--TATCT--TCACA-T---TC-AT-TAAGA-------------ATTGAAAAAGGGAGATA--T-G-----------------------GGAT-A------GAA-----AA--AA---ATGA---AA----AA---CTATG---C---C-AG-A------TT--T-G-TAAT--AATAATGATA--TTGAAGATGAG-T--ATCACTTTGTT-TTAA
gi|38540 : TTTATTTCATAACTG-TAC-AGGACGT-CTT-TA---TA-ATGCA--T-TT--G--CTAGGCTGCGA-T--GGTCT--TCAAA-C---AA-CT-TTAGG-------------ATCAAAATCGACAGATA--C-G-C-A-A--G---A---------------A------GAG-----AT--AC----TGA---GC----TT---ATTCG---T---A-AA-A------TA--T-A-TAAT--TCTAGCGACA--TAGAATACGAA-T--GTCATTTCATC-TTAATTTAT
gi|38541 : TTGTTCT------G-TAC-GAAGCGT-CAG-CG---TG-TCACA--T-TT--G--CTAGGTTAAGA-G--TGTCT--TCTCA-T---AG-CC-TAAGG-------------ATCGAGACGGGCAGACA--T-T-C-T-A--G---A-----A-TA-AATG-A------AAG-----AG--AC---TCGA---GC----GA---CTTTG---C---C-AG-AC-----TAAGT-G-TCATA-TTTCA-GATA--TCGAAGATGAA-T--TTCATTTTATC-TTAA
gi|38542 : ------G-TAC-GAAGCGT-CAG-CG---T---TACAAAC-TG--G--GTAGGCTAAGA-A--TATCT--TCTTA-T---AG-CC-TGAGG-------------ATCGAGACAGGCAGATA--T-G-C-T-T--G---A-----AATA-GATT-A------GAG-----AG--AC---ACGA---GC----GA---GTTTG---C---C-AA-A------TA--T-G-TAAC--TCTTCTGATG--TCGAAGATGAA-T--TTTATTTTAT
gi|38543 : TT-CC---TA-TGGCA-------------AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------TA--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTACTATGT
gi|38544 : -TTGCA--T-TT--T--CAAGATTACGC-A--TATCG--TCACA-T---AA-TT-TAGCG-------------ATAGAAACAGGAAGATA--C-G-----A--T---A-----A-CA-TACCAA------GAGA----AA--AC---A-GA---A-----------TTTG---TA--C-AA-A-------A--T-GCCAAA--T-GAACCAAA--TCGAAAATGAA-T--ATCATTTCCTT-CTGGTGTGT
gi|38545 : -TTGCA--T-TT--T--CAAGATTACGC-A--TATCG--TCACA-T---AA-TT-TAGCG-------------ATAGAAACAGGAAGATA--C-G-----A--T---A-----A-CA-TACCAA------GAGA----AA--AC---A-GA---A-----------TTTG---TA--C-AA-A-------A--T-GCCAAA--T-GAACCAAA--TCGAAAATGAA-T--ATCATTTCCTT-CTGGTGTGT
gi|38546 : TGCA--T-TG--A--CTAGATT--GA-G--TGTCC--TCACA-T---AGACT-TGAA--------------ATTGAAGCTGGAAGGTGG-C-A-C-A-A--ACCTA-----A-CA-GAAT-ACCAGCAGA------AG--AT---A-GA---AA----AT-------G---T---C-AA-A------TT--T-G--AATG-TCT---------TAGAAGATGAA-T--TTCATTTTATT-TTA
gi|38547 : --T-TT--G--TTTGGTTAAGA-G--TATCT--TCTCA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATAGAGACTGGCAGATA--T-G-C-T-A--GA--A-----A-TA-GATT----------------AG--AC---ACGA---AT----G----ATTTA---C---A-AA-A------TA--T-G-TAGT--TCTTTAGATA--TGGAAGATGAA-T--TTCATTTTATC-TTAA
gi|38548 : --T-TT--GT-CAAGATTAAAA-T--TATCA--TCACA-TT--AG--T-TAAAA-------------ATTAAAACCGGTTGTAA--T-G-C-ATA--G---A-----A-CA-TAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTGTACT---C-----------TA--T-G-TGAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCA---TG---TTAATATGT
gi|38549 : -TT--C--CTATGTCAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACTGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------TA--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--GCCATTTTGTG-TTAATATGTcctaatt
gi|38550 : -TT--G--CTAAAATACGG-T--TATCA--TCACA-T---AA-AC-TAGCT-------------ATAGAAACAGGACGACA--T---C-A-A--A---A-----A-----ATT-GC-----AAG-----AG--ACCAAAGAA---AC----TT---TTTTA---T--------G------T---T-G-TGAC--TTAAATGACA--TCGAAGACGAA-T--ACCATTTCGTA-CTTATTTG
gi|38551 : --G--CTAAAATATGG-T--TATCA--TCACA-T---AA-AC-TAGCT-------------ATAGAAACAGGACGACA--T-A-T-A-A--A---ATTGCAA-GA-GACC-A------AAG-----AA--A-----------AT----GT---TTATG---T-------------------T-G-TGAC--TTAAATGACA--TCGAAGACGAA-T--ACCATTTCATA-CTAATCTG
gi|38552 : --CCAAATTGCGG-C--TATCA--GCTTA-T---AC-AC-TCAGA-------------ATCGAAACTGGGAGATA--C-G-CTC-A--G---A-----A-TA-GAAT-T------GCA-----AG--AA---ATCA---AA----GA---TATTG---T---A-CA-A------TT--T-G-TAAT--TCAAGAGATA--TAGATGATGAA-T--TTCATTTTATT-CTGATCTGT
gi|38553 : TTACGA-C--TGCCT--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGAAACTGATAGATATTC---C-A-G--G---G-----A-CA-GATT-A------GAT-----AG--AA---ACGA---AC----GA---AAATG---C---C-AA-A------TT--T-G-TGGC--AGTAACGATA--TTTAAGACGAG-T--TTCATTTTGTT-TTA
gi|38554 : tatgAGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TA-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACG--G---A-----A-CA-GAAT-A------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---CATTG---T------A-G------TC--TAG-TAAC--TTAAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTGATATGTttgt
gi|38555 : AGATTAAGA-T--TATCA--TCACA-TC--AG--T-TAAAA-------------ATTGAAACCGGTCGTTA--T-G-CTC-A--G---A-----A-CA-GAAT-G------GA----------AC---GTAATTTGC----AT---TATTG-------------------TA--T-T-TTAT--TTCAACGACA--GAGAAGATGAA-T--ATCATTTTGTG-TTAATTTGT
gi|38556 : AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTGCACT---C-----------TA--T-G-TAAC--TTTAACGACA--AAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGT
gi|38557 : AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------CTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTGTACT---C-----------TA--T-G-AAAC--TTTAATGATA--TAGAAGATGAA-TACTT--TTTTGTG-TTAATATGT
gi|38558 : AGATTAAGA-T--TATCG--AAACA-TC--AG--T-TAAAA-------------TTTGAAACTGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-G------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---T---T-CT-T------TA--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGCA-T--ACCATTTTGT
gi|38559 : AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACA--A---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------TA--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TCGAAGGTGAA-T--ACCATTCTGTG-TTAATATGT
gi|38560 : AGGCTAAGA-T--TATCG--TCACA-TC--AG--T-TAAAA-------------ATTGAAACCAGTCGTTT--T-G-CTC-A--G---A-----A-CA-GAAT-G------GA----------AC---GTAATTTGC----GT---TATTG---T--------ATTT---TA--T-G-TCAC--TTCAACGATA--TAGAAGATGAA-T--ATAATTTTGTG-TTAAT
gi|38561 : AGATTAAGA-T--TATTT--TCATA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTTGTTA--T-G-C-ACA--A---A-----A-CA-GAAT--------------------------TGA---AC----GTAACTTGCA---T---T-AA-AGCACTCTA--T-G-TAAC--TTTAACAACA--TAGAAGATGCA-T--ATCATTTTGTG-TTAATATGT
gi|38562 : GATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACTGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----T-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------TA--T-G-TAAC--ATTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTAATATGT
gi|38563 : TTAAGA-T--TATCG--TCACA-TG--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------TA--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTACTATGT
gi|38564 : TACGT-T--TATCA--GCACG-T---AGACT-TC-GT-------------ATTGAAACTGGACGATA--CGG-C-A-T--A---A-----A-CA-GGAT-A------GAA-----AG--AA---ATGA---AA----G-----ACTG---T---C-AT-G------TC--T-G-TGCC--TCTGGTGATA--TTGAAGATGAG-T--TCCATTTCGTA-TT
gi|38565 : GA-T--TATC---TCACA-T---TC-AT-TAAGA-------------ATACAAACAGGACGTTA--T-G-C-G-A--G---A-----------AAT-A------GAACTCCTAG--AA---ATGA---AC----GC---TTCTG---T---CTAA-A------T---T-G-TAAT--TCGCAGGATC--TAGAAGATGAA-T--TTTATTTTATT-TTGATATGT
gi|38566 : cGA-T--TATCT--TCACA-T---AC-AT-TAAGA-------------ATTGAAACAGGGTTATA--T-G-G-G-ATAG---A-----A--A-GAGT-A------GAA-----AG--AA---ATGA---AA----GA---CTTTG---C---C-AG-A------TT--T-G-TAGT--AATAATGATA--TTGAAGATGAG-T--TTCATTTTGTT-TTAAT
gi|38567 : -T--TATCA--TCACA-T---AG----------------------ATTGAAATTGGCAGATA--T-G-C-A-A--G---A-----A-CACGAGC-A------AAG-----AG--GC---ATGA---AC----GT---ATTTG---T---C-AA-A------TA--T-G-TAAT--TCTAGCGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCACTTTATTCTCAAT-TGT
gi|38568 : -T--TATCA--GCACG-T---AGACT-TC-GT-------------ATTGAAACTGGACGATA--T-GGC-A-T--A---A-----A-CA-GGAC-A------GAA-----AG--AA---ATGA---AA----GA---CTGTG---T---C-AA-T------TC--T-G-TGTC--TCTGGGGATA--TTGAAGACGAG-T--TCCATT
gi|38569 : -T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCAGTCGCTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-AAAT-T------GA----------AC---GT-A---ACTTGTGT---TATTG---TACTC-----------TA--T-G-TAAC--TTCAATAACA--TGGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTAATTTGT
gi|38570 : TCA--ACACA-T---AG-TT-TAAGA-------------ATAGAAACAGGGAGATA--T-A-T-G-A--G---AGAG--A-GA-GAGT-T------GAG-----AG--AA---GCGA---GC----GA---GTTTG---T---C-AG-A------TA--T-G-TAAA--TCAAATGATA--TAGAAGACGAGTT--TTTAATTTGT
gi|38571 : CA-TC--AA-CT-TA-GA-------------ATACACACTGGTAGATT--T-G-C-A-A--A---A-----AACA-GAAT-A------CAT-----AG--AA---ATGA---AC----GT---TATTA---T---C-AA-T------GG--T-G-CA-----CAAAAGAGATTTAGAAGACGAG-T--TCCATTTTATT-
gi|38572 : tCGCA-T---AA-TT-TAGAA-------------ATTGAAACTGGGAGATA--C-A-C-A-AATG---T-----A-CA-A----A------GGG-----AA--A----AT------C----GT---TTTTG---T---A-GA-G------TA--T-G-TAA
gi|38573 : CGCA-T---AA-TT-TAGAA-------------ATTGAAACTGGGAGATA--C-A-C-A-AATG---T-----A-CA-A----A------GGG-----AA--A----AT------C----GT---TTTTG---T---A-GA-G------TA--T-G-TAAt
gi|38574 : CGCA-T---AA-TT-TAGAA-------------ATTGAAACTGGGAGATA--C-A-C-A-AATG---T-----A-CA-A----A------GGG-----AA--A----AT------C----GT---TTTTG---T---A-GA-G------TA--T-G-TAAt
gi|38575 : ATA-T---TG-CT-TACGA-------------ATCGAAACAGACAAATA--T-T-CTA-A--A---A-----A-AA-GACG-A------GAA-----AG--AC---ACGG---AT----AT---CTTTG---T---C-AA-A------TA--T-G-TAAT--TCTTTAGATA--TTAAAGACGAA-T--TTCATTTTATt
gi|38576 : G-------------ATTGAGACAGATAGATA--T-A-C------------------TA-GATT-A------GAC-----AG--AC---ATAA---GC----GT---GTTTG---C---C-AA-A------TG--T-G-TTAT--TCTTTAGATC--TTGAAGATGAA-T--TTCAGTTTAT
gi|38577 : TTGAAACCGGAAGACA--C-A-CCA-A--T---ATACC-A-TACGAAC-A------AAG-----A--------AT-----AT----GC---TTTT--------------------TA--T-G-TAAC--TCTGGAGAAA--TAGAGGACGAA-T--TTCATcattcta
gi|38578 : TTGAAACCGGAAGACA--C-A-CCA-A--T---ATACC-A-TACGAAC-A------AAG-----A---AT---ATGA--------------TTTT--------------------TA--T-G-TAAC--TCTGGAAAAA--TAGAGGACGAA-T--TTCAT
gi|38579 : TTGAAACTGGAAGACA--C-A-CCA-A--T---ATACC-A-TATGAAC-A------AAG-----A--------AT-----AT----GC---TTTT--------------------TA--T-G-TAAC--TCTGGAGAAA--TAGAGGACGAA-T--TTCAT
gi|38580 : TGAGACAGACAGGTA--T-G-C-A-A--G---A-----AATA-GATT-A------GAG-----AT--AC---ACGG---GC----GA---CTTTG---C---C-AG-A------TA--T-G-TAAC--TCTTAAGGTA--TTGAAGATGAA-T--CGCATTT
gi|38581 : TGAAACTTGAAGATA--C-G-C-ACA--A---A-----A-TA-AAAC-T------GCA-----AG--AA---ACCA---AA----GA---TATTG---A---G-CA-A------TT--T-G-TAAT--ACAAAAGACA--TAGAAACTGAA-T--TTCATTTTATT-CTAATTTGTcat
gi|38582 : -GATT-A------GAA-----CG--AA---ATGA---AC----GA---CTATG---T---C-AA-A------TA--T-G-TAAT--AATTATGACA--TTGAAGACGAG-T--TTCACTTTGTT-TTAAT
gi|38583 : -A------GAG-----AG--AG---A-GA---GA----GT---TT--G---T---T-TG-A------TC--T-G-TAAA--TCGAATGATA--TAGAAGACGAG-T--TTCATTTCACT-TTATTTTG
gi|38584 : gag-----AG--AA---ATGA---AC----GC---TTTTG---T---C-TATA------T---T-G-TAAT--TCGCAGGATT--TAGATGATGAA-T--TTCATTTTATT-TTGAT
Alignments
lowQualScore : 1 11 11111 1111111 1111111111111111 1111111111 222222222222222
lowQualScore : 99999999 2 0 888 77 444 11 22 1 55555 1 1 11 333 0 8888888 0 1 666666666666666 3 11 555555 4444444444444444 2 5 2 55555555 2222222222 55555555555 1111 555555 111 111111111111111 333333 0 1 22 0 3 0 11 1 0 111 22 2
lowQualScore : ........ . . ... .. ... .. .. . ..... . . .. ... . ....... . . ............... . .. ...... ................ . . . ........ .......... ........... .... ...... ... ............... ...... . . .. . . . .. . . ... .. .
lowQualScore : 77777777 7 7 333 88 444 33 66 7 33333 4 0 33 222 8 8888888 8 3 444444444444444 6 55 555555 7777777777777777 2 8 0 00000000 6666666666 77777777777 5555 111111 222 555555555555555 999999 7 4 55 8 5 2 00 6 8 666 33 6
consensus : AATTTATTNN------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGATTANGA-T--TATCN--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGNAGATA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CA-GANT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAC--TCTAACGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTGTT-TTAATNTGT
Reference ( family-450 ) : AATTTATTNN------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGATTANGA-T--TATCN--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGNAGATA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CA-GANT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAC--TCTAACGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTGTT-TTAATNTGT
gi|38528 : AATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGGTTACGG-T--TGCCA--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGCAGATA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CACGAGT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------G---A--T-G-TAAT--TCTGGTGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTATT-CTAATTTGT
gi|38529 : AATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGGTTACGG-T--TGTCG--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACAGGCAGTTA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CACGAGT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAT--TCTGGTGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTATT-CTA
gi|38530 : AATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-GTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--T--TTAGGTTACGG-T--TGTCA--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGCAGATA--C-G-G-A-A--G---A-----A-CACGAGT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAT--TCTGGTGATA--TAAAAGACGAA-T--TTCGTTTTATT-CTAATTTGT
gi|38531 : AATATGTTAA------G-TAC-CAGAAAG-TTT-CG---AAGTTGTA--T-T---A--CAAGATTACGC-A--TATCT--TCTCA-T---AA-TT-TAAGA-------------ATTGAAACAGGAAGGTA--T-T-C-A-A--G---AG----A-AA-GACT-T------GAA-----CG--AC---ATGA---AA----GG---GTTTG---C---C-AG-A------T---G--T-A-TGACAGTCC--TGAAA--TTGAAGACGAA-T--TTCATTTTGT
gi|38532 : AATGTGTTTA------GATAC-GAGATGTACTT-CAATATG-TTGCC--T-TT------TAAACAAAGA-TCCTTTCTGTCCACA-TTGCAG-CTATCAGGGAATACACTCAAAATTGAAACTGGGAGATA--T-G-CTC-A--G---A-----A-TA-GAAT-T------GCA-----AG--AA---ATCA---AA----GA---TTTTG---T---A-CA-A------T---T--T-G-TAA---TCAAGAGATA--TAGAAGATGAA-T--TTCATTTTATT-CTGATTTGT
gi|38533 : AATATGTTAA------G-CAC-CAGAAAG-TTT-CG---AAGTTGTA--T-T---A--CAAGATTACGC-A--TACCT--TCTCA-C---AA-TT-TAAGA-------------ATTGAAACAGGATGGTA--T-T-C-A-A--G---AG----A-AA-GACT-T------GAA-----CG--AC---ATGA---AA----GG---TTT-G---C---C-AG-A------T---G--T-G-TGAC--AGTGCTGAAA--TTGAAGACGAA-T--TTCATTTTGT
gi|38534 : ATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-CTGCA--T-TT--G--CTAGGTTACGGGT--TGTCA--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGACAGATA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CACGAGT-A------GAA-----AG--AT---ATGA---AC----GT---TTTTA---T---C-AA-A------T---A--T-T-TAAT--TCTGGTGATA--TAGAAGACGAC-T--TTCATTTTATT-CTAATTTGT
gi|38535 : ATTTATTGT------G-TACTAAAAC---CTAACG---CA---GCT--T-TTTAA--CTAAATTACGA-C--TTTCG--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGAAACTGGTAGATA--T-G-CCA-G--G---G-----A-CA-GATT-A------GAT-----AA--AA---ACGA---AC----GT---AAATG---C---C-AA-A------T---T--T-G-TAAC--AGTAATGATA--TTGAAGACGAA-T--TTCATTTTGTT-TTA
gi|38536 : ATTTATTGT------G-TACTAAAACCT-CA--CG---CA---GCT--T-TTTAA--CGAAATTACGA-C--TTTCT--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGAAACTGGTAGATATTC---C-A-G--G---G-----A-CA-GATT-A------GAT-----AG--AA---AGGA---AC----GT---AAATG---C---C-AA-A------T---T--T-G-TAAC--AGTAACGATA--TTGAAGACGAG-T--TTCATTTTGTT-TTAttgt
gi|38537 : ATTTATTGT------G-TACTAAAAC---CTTACG---CA---GCA--TGTT--AA-CTAGGTTACGA-C--TGTCT--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGACACTGGTAGATATTC---C-A-A--A---A-----A-CA-GATT-A------GAT-----AG--AA---ACAA---AC----AA---AAATG---C---C-AA-T------T---T--T-G-TAAC--AGTAACAATA--TTGAGGACGAG-T--TTCATTTTGTT-TTAttgt
gi|38538 : ATTTATTGT------G-TACTAAAAC---CTTACG---TA---GCT--T-TTAAA--CTAAATAACGA-C--TGTCT--TCTCATT---CA-CT-T-AGA-------------ATCGAAACTGGTAGATATTC---C-A-G--G---G-----A-CA-GATT-A------GAT-----AG--AA---ACGA---AC----GT---AATTG---C---C-AA-A------T---T--T-G-TAAttgt
gi|38539 : ATTTGTTAT------G-TAC-TAAACAA-TTA-CG---CA-GTGTT--T-TT--TACCTA-ATTAAGA-T--TATCT--TCACA-T---TC-AT-TAAGA-------------ATTGAAAAAGGGAGATA--T-G-----------------------GGAT-A------GAA-----AA--AA---ATGA---AA----AA---CTATG---C---C-AG-A------T---T--T-G-TAAT--AATAATGATA--TTGAAGATGAG-T--ATCACTTTGTT-TTAA
gi|38540 : TTTATTTCATAACTG-TAC-AGGACGT-CTT-TA---TA-ATGCA--T-TT--G--CTAGGCTGCGA-T--GGTCT--TCAAA-C---AA-CT-TTAGG-------------ATCAAAATCGACAGATA--C-G-C-A-A--G---A---------------A------GAG-----AT--AC----TGA---GC----TT---ATTCG---T---A-AA-A------T---A--T-A-TAAT--TCTAGCGACA--TAGAATACGAA-T--GTCATTTCATC-TTAATTTAT
gi|38541 : TTGTTCT------G-TAC-GAAGCGT-CAG-CG---TG-TCACA--T-TT--G--CTAGGTTAAGA-G--TGTCT--TCTCA-T---AG-CC-TAAGG-------------ATCGAGACGGGCAGACA--T-T-C-T-A--G---A-----A-TA-AATG-A------AAG-----AG--AC---TCGA---GC----GA---CTTTG---C---C-AG-AC-----T---AAGT-G-TCATA-TTTCA-GATA--TCGAAGATGAA-T--TTCATTTTATC-TTAA
gi|38542 : ------G-TAC-GAAGCGT-CAG-CG---T---TACAAAC-TG--G--GTAGGCTAAGA-A--TATCT--TCTTA-T---AG-CC-TGAGG-------------ATCGAGACAGGCAGATA--T-G-C-T-T--G---A-----AATA-GATT-A------GAG-----AG--AC---ACGA---GC----GA---GTTTG---C---C-AA-A------T---A--T-G-TAAC--TCTTCTGATG--TCGAAGATGAA-T--TTTATTTTAT
gi|38543 : TT-CC---TA-TGGCA-------------AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTACTATGT
gi|38544 : -TTGCA--T-TT--T--CAAGATTACGC-A--TATCG--TCACA-T---AA-TT-TAGCG-------------ATAGAAACAGGAAGATA--C-G-----A--T---A-----A-CA-TACCAA------GAGA----AA--AC---A-GA---A-----------TTTG---TA--C-AA-A----------A--T-GCCAAA--T-GAACCAAA--TCGAAAATGAA-T--ATCATTTCCTT-CTGGTGTGT
gi|38545 : -TTGCA--T-TT--T--CAAGATTACGC-A--TATCG--TCACA-T---AA-TT-TAGCG-------------ATAGAAACAGGAAGATA--C-G-----A--T---A-----A-CA-TACCAA------GAGA----AA--AC---A-GA---A-----------TTTG---TA--C-AA-A----------A--T-GCCAAA--T-GAACCAAA--TCGAAAATGAA-T--ATCATTTCCTT-CTGGTGTGT
gi|38546 : TGCA--T-TG--A--CTAGATT--GA-G--TGTCC--TCACA-T---AGACT-TGAA--------------ATTGAAGCTGGAAGGTGG-C-A-C-A-A--ACCTA-----A-CA-GAAT-ACCAGCAGA------AG--AT---A-GA---AA----AT-------G---T---C-AA-A------T---T--T-G--AATG-TCT---------TAGAAGATGAA-T--TTCATTTTATT-TTA
gi|38547 : --T-TT--G--TTTGGTTAAGA-G--TATCT--TCTCA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATAGAGACTGGCAGATA--T-G-C-T-A--GA--A-----A-TA-GATT----------------AG--AC---ACGA---AT----G----ATTTA---C---A-AA-A------T---A--T-G-TAGT--TCTTTAGATA--TGGAAGATGAA-T--TTCATTTTATC-TTAA
gi|38548 : --T-TT--GT-CAAGATTAAAA-T--TATCA--TCACA-TT--AG--T-TAAAA-------------ATTAAAACCGGTTGTAA--T-G-C-ATA--G---A-----A-CA-TAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TGAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCA---TG---TTAATATGT
gi|38549 : -TT--C--CTATGTCAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACTGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--GCCATTTTGTG-TTAATATGTcctaatt
gi|38550 : -TT--G--CTAAAATACGG-T--TATCA--TCACA-T---AA-AC-TAGCT-------------ATAGAAACAGGACGACA--T---C-A-A--A---A-----A-----ATT-GC-----AAG-----AG--ACCAAAGAA---AC----TT---TTTTA---T--------G------T------T-G-TGAC--TTAAATGACA--TCGAAGACGAA-T--ACCATTTCGTA-CTTATTTG
gi|38551 : --G--CTAAAATATGG-T--TATCA--TCACA-T---AA-AC-TAGCT-------------ATAGAAACAGGACGACA--T-A-T-A-A--A---ATTGCAA-GA-GACC-A------AAG-----AA--A-----------AT----GT---TTATG---T----------------------T-G-TGAC--TTAAATGACA--TCGAAGACGAA-T--ACCATTTCATA-CTAATCTG
gi|38552 : --CCAAATTGCGG-C--TATCA--GCTTA-T---AC-AC-TCAGA-------------ATCGAAACTGGGAGATA--C-G-CTC-A--G---A-----A-TA-GAAT-T------GCA-----AG--AA---ATCA---AA----GA---TATTG---T---A-CA-A------T---T--T-G-TAAT--TCAAGAGATA--TAGATGATGAA-T--TTCATTTTATT-CTGATCTGT
gi|38553 : TTACGA-C--TGCCT--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGAAACTGATAGATATTC---C-A-G--G---G-----A-CA-GATT-A------GAT-----AG--AA---ACGA---AC----GA---AAATG---C---C-AA-A------T---T--T-G-TGGC--AGTAACGATA--TTTAAGACGAG-T--TTCATTTTGTT-TTA
gi|38554 : tatgAGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TA-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACG--G---A-----A-CA-GAAT-A------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---CATTG---T------A-G------T---C--TAG-TAAC--TTAAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTGATATGTttgt
gi|38555 : AGATTAAGA-T--TATCA--TCACA-TC--AG--T-TAAAA-------------ATTGAAACCGGTCGTTA--T-G-CTC-A--G---A-----A-CA-GAAT-G------GA----------AC---GTAATTTGC----AT---TATTG-------------------T---A--T-T-TTAT--TTCAACGACA--GAGAAGATGAA-T--ATCATTTTGTG-TTAATTTGT
gi|38556 : AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTGCACT---C-----------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--AAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGT
gi|38557 : AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------CTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-AAAC--TTTAATGATA--TAGAAGATGAA-TACTT--TTTTGTG-TTAATATGT
gi|38558 : AGATTAAGA-T--TATCG--AAACA-TC--AG--T-TAAAA-------------TTTGAAACTGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-G------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---T---T-CT-T------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGCA-T--ACCATTTTGT
gi|38559 : AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACA--A---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TCGAAGGTGAA-T--ACCATTCTGTG-TTAATATGT
gi|38560 : AGGCTAAGA-T--TATCG--TCACA-TC--AG--T-TAAAA-------------ATTGAAACCAGTCGTTT--T-G-CTC-A--G---A-----A-CA-GAAT-G------GA----------AC---GTAATTTGC----GT---TATTG---T--------A------TTTTA--T-G-TCAC--TTCAACGATA--TAGAAGATGAA-T--ATAATTTTGTG-TTAAT
gi|38561 : AGATTAAGA-T--TATTT--TCATA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTTGTTA--T-G-C-ACA--A---A-----A-CA-GAAT--------------------------TGA---AC----GTAACTTGCA---T---T-AA-AGCACTCT---A--T-G-TAAC--TTTAACAACA--TAGAAGATGCA-T--ATCATTTTGTG-TTAATATGT
gi|38562 : GATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACTGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----T-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TAAC--ATTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTAATATGT
gi|38563 : TTAAGA-T--TATCG--TCACA-TG--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTACTATGT
gi|38564 : TACGT-T--TATCA--GCACG-T---AGACT-TC-GT-------------ATTGAAACTGGACGATA--CGG-C-A-T--A---A-----A-CA-GGAT-A------GAA-----AG--AA---ATGA---AA----G-----ACTG---T---C-AT-G------T---C--T-G-TGCC--TCTGGTGATA--TTGAAGATGAG-T--TCCATTTCGTA-TT
gi|38565 : GA-T--TATC---TCACA-T---TC-AT-TAAGA-------------ATACAAACAGGACGTTA--T-G-C-G-A--G---A-----------AAT-A------GAACTCCTAG--AA---ATGA---AC----GC---TTCTG---T---CTAA-A------T------T-G-TAAT--TCGCAGGATC--TAGAAGATGAA-T--TTTATTTTATT-TTGATATGT
gi|38566 : cGA-T--TATCT--TCACA-T---AC-AT-TAAGA-------------ATTGAAACAGGGTTATA--T-G-G-G-ATAG---A-----A--A-GAGT-A------GAA-----AG--AA---ATGA---AA----GA---CTTTG---C---C-AG-A------T---T--T-G-TAGT--AATAATGATA--TTGAAGATGAG-T--TTCATTTTGTT-TTAAT
gi|38567 : -T--TATCA--TCACA-T---AG----------------------ATTGAAATTGGCAGATA--T-G-C-A-A--G---A-----A-CACGAGC-A------AAG-----AG--GC---ATGA---AC----GT---ATTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAT--TCTAGCGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCACTTTATTCTCAAT-TGT
gi|38568 : -T--TATCA--GCACG-T---AGACT-TC-GT-------------ATTGAAACTGGACGATA--T-GGC-A-T--A---A-----A-CA-GGAC-A------GAA-----AG--AA---ATGA---AA----GA---CTGTG---T---C-AA-T------T---C--T-G-TGTC--TCTGGGGATA--TTGAAGACGAG-T--TCCATT
gi|38569 : -T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCAGTCGCTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-AAAT-T------GA----------AC---GT-A---ACTTGTGT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TAAC--TTCAATAACA--TGGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTAATTTGT
gi|38570 : TCA--ACACA-T---AG-TT-TAAGA-------------ATAGAAACAGGGAGATA--T-A-T-G-A--G---AGAG--A-GA-GAGT-T------GAG-----AG--AA---GCGA---GC----GA---GTTTG---T---C-AG-A------T---A--T-G-TAAA--TCAAATGATA--TAGAAGACGAGTT--TTTAATTTGT
gi|38571 : CA-TC--AA-CT-TA-GA-------------ATACACACTGGTAGATT--T-G-C-A-A--A---A-----AACA-GAAT-A------CAT-----AG--AA---ATGA---AC----GT---TATTA---T---C-AA-T------G---G--T-G-CA-----CAAAAGAGATTTAGAAGACGAG-T--TCCATTTTATT-
gi|38572 : tCGCA-T---AA-TT-TAGAA-------------ATTGAAACTGGGAGATA--C-A-C-A-AATG---T-----A-CA-A----A------GGG-----AA--A----AT------C----GT---TTTTG---T---A-GA-G------T---A--T-G-TAA
gi|38573 : CGCA-T---AA-TT-TAGAA-------------ATTGAAACTGGGAGATA--C-A-C-A-AATG---T-----A-CA-A----A------GGG-----AA--A----AT------C----GT---TTTTG---T---A-GA-G------T---A--T-G-TAAt
gi|38574 : CGCA-T---AA-TT-TAGAA-------------ATTGAAACTGGGAGATA--C-A-C-A-AATG---T-----A-CA-A----A------GGG-----AA--A----AT------C----GT---TTTTG---T---A-GA-G------T---A--T-G-TAAt
gi|38575 : ATA-T---TG-CT-TACGA-------------ATCGAAACAGACAAATA--T-T-CTA-A--A---A-----A-AA-GACG-A------GAA-----AG--AC---ACGG---AT----AT---CTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAT--TCTTTAGATA--TTAAAGACGAA-T--TTCATTTTATt
gi|38576 : G-------------ATTGAGACAGATAGATA--T-A-C------------------TA-GATT-A------GAC-----AG--AC---ATAA---GC----GT---GTTTG---C---C-AA-A------T---G--T-G-TTAT--TCTTTAGATC--TTGAAGATGAA-T--TTCAGTTTAT
gi|38577 : TTGAAACCGGAAGACA--C-A-CCA-A--T---ATACC-A-TACGAAC-A------AAG-----A--------AT-----AT----GC---TTTT--------------------T---A--T-G-TAAC--TCTGGAGAAA--TAGAGGACGAA-T--TTCATcattcta
gi|38578 : TTGAAACCGGAAGACA--C-A-CCA-A--T---ATACC-A-TACGAAC-A------AAG-----A---AT---ATGA--------------TTTT--------------------T---A--T-G-TAAC--TCTGGAAAAA--TAGAGGACGAA-T--TTCAT
gi|38579 : TTGAAACTGGAAGACA--C-A-CCA-A--T---ATACC-A-TATGAAC-A------AAG-----A--------AT-----AT----GC---TTTT--------------------T---A--T-G-TAAC--TCTGGAGAAA--TAGAGGACGAA-T--TTCAT
gi|38580 : TGAGACAGACAGGTA--T-G-C-A-A--G---A-----AATA-GATT-A------GAG-----AT--AC---ACGG---GC----GA---CTTTG---C---C-AG-A------T---A--T-G-TAAC--TCTTAAGGTA--TTGAAGATGAA-T--CGCATTT
gi|38581 : TGAAACTTGAAGATA--C-G-C-ACA--A---A-----A-TA-AAAC-T------GCA-----AG--AA---ACCA---AA----GA---TATTG---A---G-CA-A------T---T--T-G-TAAT--ACAAAAGACA--TAGAAACTGAA-T--TTCATTTTATT-CTAATTTGTcat
gi|38582 : -GATT-A------GAA-----CG--AA---ATGA---AC----GA---CTATG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAT--AATTATGACA--TTGAAGACGAG-T--TTCACTTTGTT-TTAAT
gi|38583 : -A------GAG-----AG--AG---A-GA---GA----GT---TT--G---T---T-TG-A------T---C--T-G-TAAA--TCGAATGATA--TAGAAGACGAG-T--TTCATTTCACT-TTATTTTG
gi|38584 : gag-----AG--AA---ATGA---AC----GC---TTTTG---T---C-TATA------T------T-G-TAAT--TCGCAGGATT--TAGATGATGAA-T--TTCATTTTATT-TTGAT
Alignments
lowQualScore : 1 11 11111 1111111 1111111111111111 1111111111 222222222222222
lowQualScore : 99999999 2 0 888 77 444 11 22 1 55555 1 1 11 333 0 8888888 0 1 666666666666666 3 11 555555 4444444444444444 2 5 2 55555555 2222222222 55555555555 1111 555555 111 111111111111111 333333 0 1 22 0 3 0 11 1 0 111 22 2
lowQualScore : ........ . . ... .. ... .. .. . ..... . . .. ... . ....... . . ............... . .. ...... ................ . . . ........ .......... ........... .... ...... ... ............... ...... . . .. . . . .. . . ... .. .
lowQualScore : 77777777 7 7 333 88 444 33 66 7 33333 4 0 33 222 8 8888888 8 3 444444444444444 6 55 555555 7777777777777777 2 8 0 00000000 6666666666 77777777777 5555 111111 222 555555555555555 999999 7 4 55 8 5 2 00 6 8 666 33 6
consensus : AATTTATTNN------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGATTANGA-T--TATCN--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGNAGATA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CA-GANT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAC--TCTAACGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTGTT-TTAATNTGT
Reference ( family-450 ) : AATTTATTNN------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGATTANGA-T--TATCN--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGNAGATA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CA-GANT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAC--TCTAACGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTGTT-TTAATNTGT
gi|38528 : AATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGGTTACGG-T--TGCCA--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGCAGATA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CACGAGT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------G---A--T-G-TAAT--TCTGGTGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTATT-CTAATTTGT
gi|38529 : AATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGGTTACGG-T--TGTCG--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACAGGCAGTTA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CACGAGT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAT--TCTGGTGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTATT-CTA
gi|38530 : AATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-GTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--T--TTAGGTTACGG-T--TGTCA--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGCAGATA--C-G-G-A-A--G---A-----A-CACGAGT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAT--TCTGGTGATA--TAAAAGACGAA-T--TTCGTTTTATT-CTAATTTGT
gi|38531 : AATATGTTAA------G-TAC-CAGAAAG-TTT-CG---AAGTTGTA--T-T---A--CAAGATTACGC-A--TATCT--TCTCA-T---AA-TT-TAAGA-------------ATTGAAACAGGAAGGTA--T-T-C-A-A--G---AG----A-AA-GACT-T------GAA-----CG--AC---ATGA---AA----GG---GTTTG---C---C-AG-A------T---G--T-A-TGACAGTCC--TGAAA--TTGAAGACGAA-T--TTCATTTTGT
gi|38532 : AATGTGTTTA------GATAC-GAGATGTACTT-CAATATG-TTGCC--T-TT------TAAACAAAGA-TCCTTTCTGTCCACA-TTGCAG-CTATCAGGGAATACACTCAAAATTGAAACTGGGAGATA--T-G-CTC-A--G---A-----A-TA-GAAT-T------GCA-----AG--AA---ATCA---AA----GA---TTTTG---T---A-CA-A------T---T--T-G-TAA---TCAAGAGATA--TAGAAGATGAA-T--TTCATTTTATT-CTGATTTGT
gi|38533 : AATATGTTAA------G-CAC-CAGAAAG-TTT-CG---AAGTTGTA--T-T---A--CAAGATTACGC-A--TACCT--TCTCA-C---AA-TT-TAAGA-------------ATTGAAACAGGATGGTA--T-T-C-A-A--G---AG----A-AA-GACT-T------GAA-----CG--AC---ATGA---AA----GG---TTT-G---C---C-AG-A------T---G--T-G-TGAC--AGTGCTGAAA--TTGAAGACGAA-T--TTCATTTTGT
gi|38534 : ATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-CTGCA--T-TT--G--CTAGGTTACGGGT--TGTCA--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGACAGATA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CACGAGT-A------GAA-----AG--AT---ATGA---AC----GT---TTTTA---T---C-AA-A------T---A--T-T-TAAT--TCTGGTGATA--TAGAAGACGAC-T--TTCATTTTATT-CTAATTTGT
gi|38535 : ATTTATTGT------G-TACTAAAAC---CTAACG---CA---GCT--T-TTTAA--CTAAATTACGA-C--TTTCG--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGAAACTGGTAGATA--T-G-CCA-G--G---G-----A-CA-GATT-A------GAT-----AA--AA---ACGA---AC----GT---AAATG---C---C-AA-A------T---T--T-G-TAAC--AGTAATGATA--TTGAAGACGAA-T--TTCATTTTGTT-TTA
gi|38536 : ATTTATTGT------G-TACTAAAACCT-CA--CG---CA---GCT--T-TTTAA--CGAAATTACGA-C--TTTCT--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGAAACTGGTAGATATTC---C-A-G--G---G-----A-CA-GATT-A------GAT-----AG--AA---AGGA---AC----GT---AAATG---C---C-AA-A------T---T--T-G-TAAC--AGTAACGATA--TTGAAGACGAG-T--TTCATTTTGTT-TTAttgt
gi|38537 : ATTTATTGT------G-TACTAAAAC---CTTACG---CA---GCA--TGTT--AA-CTAGGTTACGA-C--TGTCT--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGACACTGGTAGATATTC---C-A-A--A---A-----A-CA-GATT-A------GAT-----AG--AA---ACAA---AC----AA---AAATG---C---C-AA-T------T---T--T-G-TAAC--AGTAACAATA--TTGAGGACGAG-T--TTCATTTTGTT-TTAttgt
gi|38538 : ATTTATTGT------G-TACTAAAAC---CTTACG---TA---GCT--T-TTAAA--CTAAATAACGA-C--TGTCT--TCTCATT---CA-CT-T-AGA-------------ATCGAAACTGGTAGATATTC---C-A-G--G---G-----A-CA-GATT-A------GAT-----AG--AA---ACGA---AC----GT---AATTG---C---C-AA-A------T---T--T-G-TAAttgt
gi|38539 : ATTTGTTAT------G-TAC-TAAACAA-TTA-CG---CA-GTGTT--T-TT--TACCTA-ATTAAGA-T--TATCT--TCACA-T---TC-AT-TAAGA-------------ATTGAAAAAGGGAGATA--T-G-----------------------GGAT-A------GAA-----AA--AA---ATGA---AA----AA---CTATG---C---C-AG-A------T---T--T-G-TAAT--AATAATGATA--TTGAAGATGAG-T--ATCACTTTGTT-TTAA
gi|38540 : TTTATTTCATAACTG-TAC-AGGACGT-CTT-TA---TA-ATGCA--T-TT--G--CTAGGCTGCGA-T--GGTCT--TCAAA-C---AA-CT-TTAGG-------------ATCAAAATCGACAGATA--C-G-C-A-A--G---A---------------A------GAG-----AT--AC----TGA---GC----TT---ATTCG---T---A-AA-A------T---A--T-A-TAAT--TCTAGCGACA--TAGAATACGAA-T--GTCATTTCATC-TTAATTTAT
gi|38541 : TTGTTCT------G-TAC-GAAGCGT-CAG-CG---TG-TCACA--T-TT--G--CTAGGTTAAGA-G--TGTCT--TCTCA-T---AG-CC-TAAGG-------------ATCGAGACGGGCAGACA--T-T-C-T-A--G---A-----A-TA-AATG-A------AAG-----AG--AC---TCGA---GC----GA---CTTTG---C---C-AG-AC-----T---AAGT-G-TCATA-TTTCA-GATA--TCGAAGATGAA-T--TTCATTTTATC-TTAA
gi|38542 : ------G-TAC-GAAGCGT-CAG-CG---T---TACAAAC-TG--G--GTAGGCTAAGA-A--TATCT--TCTTA-T---AG-CC-TGAGG-------------ATCGAGACAGGCAGATA--T-G-C-T-T--G---A-----AATA-GATT-A------GAG-----AG--AC---ACGA---GC----GA---GTTTG---C---C-AA-A------T---A--T-G-TAAC--TCTTCTGATG--TCGAAGATGAA-T--TTTATTTTAT
gi|38543 : TT-CC---TA-TGGCA-------------AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTACTATGT
gi|38544 : -TTGCA--T-TT--T--CAAGATTACGC-A--TATCG--TCACA-T---AA-TT-TAGCG-------------ATAGAAACAGGAAGATA--C-G-----A--T---A-----A-CA-TACCAA------GAGA----AA--AC---A-GA---A-----------TTTG---TA--C-AA-A----------A--T-GCCAAA--T-GAACCAAA--TCGAAAATGAA-T--ATCATTTCCTT-CTGGTGTGT
gi|38545 : -TTGCA--T-TT--T--CAAGATTACGC-A--TATCG--TCACA-T---AA-TT-TAGCG-------------ATAGAAACAGGAAGATA--C-G-----A--T---A-----A-CA-TACCAA------GAGA----AA--AC---A-GA---A-----------TTTG---TA--C-AA-A----------A--T-GCCAAA--T-GAACCAAA--TCGAAAATGAA-T--ATCATTTCCTT-CTGGTGTGT
gi|38546 : TGCA--T-TG--A--CTAGATT--GA-G--TGTCC--TCACA-T---AGACT-TGAA--------------ATTGAAGCTGGAAGGTGG-C-A-C-A-A--ACCTA-----A-CA-GAAT-ACCAGCAGA------AG--AT---A-GA---AA----AT-------G---T---C-AA-A------T---T--T-G--AATG-TCT---------TAGAAGATGAA-T--TTCATTTTATT-TTA
gi|38547 : --T-TT--G--TTTGGTTAAGA-G--TATCT--TCTCA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATAGAGACTGGCAGATA--T-G-C-T-A--GA--A-----A-TA-GATT----------------AG--AC---ACGA---AT----G----ATTTA---C---A-AA-A------T---A--T-G-TAGT--TCTTTAGATA--TGGAAGATGAA-T--TTCATTTTATC-TTAA
gi|38548 : --T-TT--GT-CAAGATTAAAA-T--TATCA--TCACA-TT--AG--T-TAAAA-------------ATTAAAACCGGTTGTAA--T-G-C-ATA--G---A-----A-CA-TAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TGAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCA---TG---TTAATATGT
gi|38549 : -TT--C--CTATGTCAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACTGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--GCCATTTTGTG-TTAATATGTcctaatt
gi|38550 : -TT--G--CTAAAATACGG-T--TATCA--TCACA-T---AA-AC-TAGCT-------------ATAGAAACAGGACGACA--T---C-A-A--A---A-----A-----ATT-GC-----AAG-----AG--ACCAAAGAA---AC----TT---TTTTA---T--------G------T------T-G-TGAC--TTAAATGACA--TCGAAGACGAA-T--ACCATTTCGTA-CTTATTTG
gi|38551 : --G--CTAAAATATGG-T--TATCA--TCACA-T---AA-AC-TAGCT-------------ATAGAAACAGGACGACA--T-A-T-A-A--A---ATTGCAA-GA-GACC-A------AAG-----AA--A-----------AT----GT---TTATG---T----------------------T-G-TGAC--TTAAATGACA--TCGAAGACGAA-T--ACCATTTCATA-CTAATCTG
gi|38552 : --CCAAATTGCGG-C--TATCA--GCTTA-T---AC-AC-TCAGA-------------ATCGAAACTGGGAGATA--C-G-CTC-A--G---A-----A-TA-GAAT-T------GCA-----AG--AA---ATCA---AA----GA---TATTG---T---A-CA-A------T---T--T-G-TAAT--TCAAGAGATA--TAGATGATGAA-T--TTCATTTTATT-CTGATCTGT
gi|38553 : TTACGA-C--TGCCT--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGAAACTGATAGATATTC---C-A-G--G---G-----A-CA-GATT-A------GAT-----AG--AA---ACGA---AC----GA---AAATG---C---C-AA-A------T---T--T-G-TGGC--AGTAACGATA--TTTAAGACGAG-T--TTCATTTTGTT-TTA
gi|38554 : tatgAGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TA-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACG--G---A-----A-CA-GAAT-A------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---CATTG---T------A-G------T---C--TAG-TAAC--TTAAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTGATATGTttgt
gi|38555 : AGATTAAGA-T--TATCA--TCACA-TC--AG--T-TAAAA-------------ATTGAAACCGGTCGTTA--T-G-CTC-A--G---A-----A-CA-GAAT-G------GA----------AC---GTAATTTGC----AT---TATTG-------------------T---A--T-T-TTAT--TTCAACGACA--GAGAAGATGAA-T--ATCATTTTGTG-TTAATTTGT
gi|38556 : AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTGCACT---C-----------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--AAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGT
gi|38557 : AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------CTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-AAAC--TTTAATGATA--TAGAAGATGAA-TACTT--TTTTGTG-TTAATATGT
gi|38558 : AGATTAAGA-T--TATCG--AAACA-TC--AG--T-TAAAA-------------TTTGAAACTGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-G------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---T---T-CT-T------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGCA-T--ACCATTTTGT
gi|38559 : AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACA--A---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TCGAAGGTGAA-T--ACCATTCTGTG-TTAATATGT
gi|38560 : AGGCTAAGA-T--TATCG--TCACA-TC--AG--T-TAAAA-------------ATTGAAACCAGTCGTTT--T-G-CTC-A--G---A-----A-CA-GAAT-G------GA----------AC---GTAATTTGC----GT---TATTG---T--------A------TTTTA--T-G-TCAC--TTCAACGATA--TAGAAGATGAA-T--ATAATTTTGTG-TTAAT
gi|38561 : AGATTAAGA-T--TATTT--TCATA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTTGTTA--T-G-C-ACA--A---A-----A-CA-GAAT--------------------------TGA---AC----GTAACTTGCA---T---T-AA-AGCACTCT---A--T-G-TAAC--TTTAACAACA--TAGAAGATGCA-T--ATCATTTTGTG-TTAATATGT
gi|38562 : GATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACTGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----T-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TAAC--ATTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTAATATGT
gi|38563 : TTAAGA-T--TATCG--TCACA-TG--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-GAAT-T------GAA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTACTATGT
gi|38564 : TACGT-T--TATCA--GCACG-T---AGACT-TC-GT-------------ATTGAAACTGGACGATA--CGG-C-A-T--A---A-----A-CA-GGAT-A------GAA-----AG--AA---ATGA---AA----G-----ACTG---T---C-AT-G------T---C--T-G-TGCC--TCTGGTGATA--TTGAAGATGAG-T--TCCATTTCGTA-TT
gi|38565 : GA-T--TATC---TCACA-T---TC-AT-TAAGA-------------ATACAAACAGGACGTTA--T-G-C-G-A--G---A-----------AAT-A------GAACTCCTAG--AA---ATGA---AC----GC---TTCTG---T---CTAA-A------T------T-G-TAAT--TCGCAGGATC--TAGAAGATGAA-T--TTTATTTTATT-TTGATATGT
gi|38566 : cGA-T--TATCT--TCACA-T---AC-AT-TAAGA-------------ATTGAAACAGGGTTATA--T-G-G-G-ATAG---A-----A--A-GAGT-A------GAA-----AG--AA---ATGA---AA----GA---CTTTG---C---C-AG-A------T---T--T-G-TAGT--AATAATGATA--TTGAAGATGAG-T--TTCATTTTGTT-TTAAT
gi|38567 : -T--TATCA--TCACA-T---AG----------------------ATTGAAATTGGCAGATA--T-G-C-A-A--G---A-----A-CACGAGC-A------AAG-----AG--GC---ATGA---AC----GT---ATTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAT--TCTAGCGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCACTTTATTCTCAAT-TGT
gi|38568 : -T--TATCA--GCACG-T---AGACT-TC-GT-------------ATTGAAACTGGACGATA--T-GGC-A-T--A---A-----A-CA-GGAC-A------GAA-----AG--AA---ATGA---AA----GA---CTGTG---T---C-AA-T------T---C--T-G-TGTC--TCTGGGGATA--TTGAAGACGAG-T--TCCATT
gi|38569 : -T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCAGTCGCTA--T-G-C-ACA--G---A-----A-CA-AAAT-T------GA----------AC---GT-A---ACTTGTGT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TAAC--TTCAATAACA--TGGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTAATTTGT
gi|38570 : TCA--ACACA-T---AG-TT-TAAGA-------------ATAGAAACAGGGAGATA--T-A-T-G-A--G---AGAG--A-GA-GAGT-T------GAG-----AG--AA---GCGA---GC----GA---GTTTG---T---C-AG-A------T---A--T-G-TAAA--TCAAATGATA--TAGAAGACGAGTT--TTTAATTTGT
gi|38571 : CA-TC--AA-CT-TA-GA-------------ATACACACTGGTAGATT--T-G-C-A-A--A---A-----AACA-GAAT-A------CAT-----AG--AA---ATGA---AC----GT---TATTA---T---C-AA-T------G---G--T-G-CA-----CAAAAGAGATTTAGAAGACGAG-T--TCCATTTTATT-
gi|38572 : tCGCA-T---AA-TT-TAGAA-------------ATTGAAACTGGGAGATA--C-A-C-A-AATG---T-----A-CA-A----A------GGG-----AA--A----AT------C----GT---TTTTG---T---A-GA-G------T---A--T-G-TAA
gi|38573 : CGCA-T---AA-TT-TAGAA-------------ATTGAAACTGGGAGATA--C-A-C-A-AATG---T-----A-CA-A----A------GGG-----AA--A----AT------C----GT---TTTTG---T---A-GA-G------T---A--T-G-TAAt
gi|38574 : CGCA-T---AA-TT-TAGAA-------------ATTGAAACTGGGAGATA--C-A-C-A-AATG---T-----A-CA-A----A------GGG-----AA--A----AT------C----GT---TTTTG---T---A-GA-G------T---A--T-G-TAAt
gi|38575 : ATA-T---TG-CT-TACGA-------------ATCGAAACAGACAAATA--T-T-CTA-A--A---A-----A-AA-GACG-A------GAA-----AG--AC---ACGG---AT----AT---CTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAT--TCTTTAGATA--TTAAAGACGAA-T--TTCATTTTATt
gi|38576 : G-------------ATTGAGACAGATAGATA--T-A-C------------------TA-GATT-A------GAC-----AG--AC---ATAA---GC----GT---GTTTG---C---C-AA-A------T---G--T-G-TTAT--TCTTTAGATC--TTGAAGATGAA-T--TTCAGTTTAT
gi|38577 : TTGAAACCGGAAGACA--C-A-CCA-A--T---ATACC-A-TACGAAC-A------AAG-----A--------AT-----AT----GC---TTTT--------------------T---A--T-G-TAAC--TCTGGAGAAA--TAGAGGACGAA-T--TTCATcattcta
gi|38578 : TTGAAACCGGAAGACA--C-A-CCA-A--T---ATACC-A-TACGAAC-A------AAG-----A---AT---ATGA--------------TTTT--------------------T---A--T-G-TAAC--TCTGGAAAAA--TAGAGGACGAA-T--TTCAT
gi|38579 : TTGAAACTGGAAGACA--C-A-CCA-A--T---ATACC-A-TATGAAC-A------AAG-----A--------AT-----AT----GC---TTTT--------------------T---A--T-G-TAAC--TCTGGAGAAA--TAGAGGACGAA-T--TTCAT
gi|38580 : TGAGACAGACAGGTA--T-G-C-A-A--G---A-----AATA-GATT-A------GAG-----AT--AC---ACGG---GC----GA---CTTTG---C---C-AG-A------T---A--T-G-TAAC--TCTTAAGGTA--TTGAAGATGAA-T--CGCATTT
gi|38581 : TGAAACTTGAAGATA--C-G-C-ACA--A---A-----A-TA-AAAC-T------GCA-----AG--AA---ACCA---AA----GA---TATTG---A---G-CA-A------T---T--T-G-TAAT--ACAAAAGACA--TAGAAACTGAA-T--TTCATTTTATT-CTAATTTGTcat
gi|38582 : -GATT-A------GAA-----CG--AA---ATGA---AC----GA---CTATG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAT--AATTATGACA--TTGAAGACGAG-T--TTCACTTTGTT-TTAAT
gi|38583 : -A------GAG-----AG--AG---A-GA---GA----GT---TT--G---T---T-TG-A------T---C--T-G-TAAA--TCGAATGATA--TAGAAGACGAG-T--TTCATTTCACT-TTATTTTG
gi|38584 : gag-----AG--AA---ATGA---AC----GC---TTTTG---T---C-TATA------T------T-G-TAAT--TCGCAGGATT--TAGATGATGAA-T--TTCATTTTATT-TTGAT
blockSeqs : TCATAACT A T GTA AA ATA GT AA G TAA C CC TGT TGCAGC A GGAATACACTCAAAA A CA TTC AAAATTGCA A C G ACCAGCA ACTCCTAG CCAAAGAA TTGT TAACTT CAC TAAAGCACTC TTTA C AG T TT A ACT TC T
blockSeqs : TA . T GT TA . GT . . TAA C . G TCAC A GA C CA TTC CAATATACC A C G AA ACGTA CGTAATTT . TTT . CAGAC AAG C A T . A T T T
blockSeqs : TA . T GT TA . T . . AAA C . A TCAC A GA A AA TTC CAATATACC A C C AA ACGTA CGTAATTT . TTT . ACAAA A . G T . T T T T
blockSeqs : AA . T AG T . T . . TAC A . T TCAC A AA T GA GCA CAATATACC . C A GC ACGTA CATGA . GGT . ACAAA A . . A . A T T T
blockSeqs : TA . . AG T . T . . AA C . T CAGT A AA A AT TTC AAACCTA . C C A ACGTA CATGA . ATT . CTAAA G . . T . T T T A
blockSeqs : AA . . GT T . C . . GT C . A AGAC A GA C CA CGG GAGAGAG . C G A ACGTA CATGA . GTT . CTATA T . . T . A T T G
blockSeqs : TA . . CT T . G . . G C . G CAGT A AA T TA TGG GATAGA . T T T ACGTA AATCA . TTT . CAAA G . . T . T T T G
blockSeqs : GT . . AA T . A . . T C . T TCAC A AA T TA CG AAATGT . . T T ACGTA CATGA . TAA . CAAA A . . C . T T T A
blockSeqs : GT . . GT T . T . . A C . T CAGT A AA T TA CG AAATGT . . T T ACGTA TATGA . TAA . CAGA T . . C . T T T A
blockSeqs : GT . . GT A . T . . A C . T CAGT A AA T TA TT AAATGT . . T A ACGTA AACGA . AAA . ACAA T . . T . T T C T
blockSeqs : GT . . GT T . T . . G A . T CAGT A AA A GA TG AAGAG . . A A ACGTA AAGGA . TAA . CAGA T . . C . A A C C
blockSeqs : AT . . . G . T . . G C . T CAGT A GA C CA TT TCAGA . . T A GAAA AACAA . ACT . CAAA T . . T . C G G C
blockSeqs : CT . . . G . . . . G A . T CAGT G GA G CA CG AAGAG . . T A GAAA AACGA . TAT . CAAA T . . C . C T T A
blockSeqs : . . . T . . . . G A . T CAGT G GA A CA TG CAGGG . . A A GAG AATGA . ACT . CAAA A . . C . A T T T
blockSeqs : . . . . . T A . T GAGT A GA C TC TG ACAGA . . C A GAG CTCGA . AGT . CAAT A . . C . C A T A
blockSeqs : . . . T C . G AGAC A GA A AA CG TAGAA . . C A ACG CACGA . TTA . CAAA A . . A . C A C A
blockSeqs : . . . A C . G AGAC A GA A AA TT ATAGA . . A A AAG CACGA . TTA . CAGA A . . C . A A G A
blockSeqs : . . G A . C CAGT A AA T AA TG ACAGA . . T A ACG AATCA . TTA . AAAA A . . C . G T A A
blockSeqs : . . C A . T CAAC G TA T CA TG TCAGA . . A T AAG AACGA . TTT . CAAA T . . T . A T A A
blockSeqs : . . G A . A AGC G TA C TT CG ACGGA . . A T TAA AATGA . TTT . ACTC A . . T . A A T A
blockSeqs : . G C . T AGC A AA T TC CG TCAGA . . T T TAG AATGA . ATA . CAAA A . . A . C G T T
blockSeqs : . . T . A AAT A AA A AC TG ACAGA . . C A TAG AATGA . AAA . AAAA A . . C . C A G T
blockSeqs : . C . A AAT A AA A AC TG ACAGA . . A T TAG CATGA . TCA . ACTC T . . C . A A G T
blockSeqs : C . A AGC A AT T GA TG ACAGA . . T A AAA AATGA . TTA . ACTC T . . C . T T G .
blockSeqs : A . T CAC A AA T TA TA ACAAA . . A A GAT AGCGA . TTA . ACAA C . . C . A T G
blockSeqs : A . T TCA A TA C TC CG TCAGA . . A G GAG AATGA . TTA . CAAA A . . T . A A G
blockSeqs : A . A AAC A AA C TC TG ACAAA . . A T GAG CACGG . TTA . ACTC A . . C . A A G
blockSeqs : A . T AGC A AA C TC TG ACAGA . . A T GAG CATAA . TTA . TCTT A . . C . A A G
blockSeqs : A . T AGC A TA C TC TG ACAGA . . A G GAA TATGA . TTA . ACTC A . . C . A A G
blockSeqs : A . G AAT A AA T TC TG ACAGA . . A T AAG CACGG . TTA . ACTC A . . C . C A A
blockSeqs : A . T AAT A AA C TC TG TAAAA . . A G TAG AACCA . TTA . ACTC A . . C . A A T
blockSeqs : A . G AGC A AA C TC TG ACAAA . . A T AAG AATGA . CTT . CATG A . . C . A A T
blockSeqs : A . T TAG A AA C TT TG AAGA . . A T AAG AATGA . ACT . CAGA A . . T . A A G
blockSeqs : A . T AAA A AA T TC TG AAGA . . A A GAG CTGA . TAT . CAAA C . . G . A A T
blockSeqs : C . G AAA A AA C TC TG AAGA . . A A AAG CTTG . ACT . CAAT T . . T . T T T
blockSeqs : . . A ACA G GA T AC TG AGGG . . A A GAG CAGA . TTA . ACTC A . . C . A T T
blockSeqs : . T CAG G G A AC TG AAAA . . G A TAG CAGA . AGT . CAGA C . . G . T T T
blockSeqs : . A CAG G A A GT TG AGGG . . G A GAA TAGA . TTA . CAAT A . . T . A T T
blockSeqs : . A CAG C G T CA TG AAGA . . A T GAA CTTG . TTT . AGAG A . . T . T T .
blockSeqs : . T TCA . G T AC TG TAGA . . A T GAA CTTG . TTT . AGAG G . . A . G A
blockSeqs : . A ACA . G C TC TA TTGA . . G A AAG CTTG . TTT . AGAG A . . A . A T
blockSeqs : . AGT . G A GA TG AAAA . . A A CAG CTTG . TCT . CAAA A . . A . A T
blockSeqs : AAT . G T TA CA AGGG . . C A GAT CTTG . TGT . CAAA A . . A . T T
blockSeqs : AAT . G T GA CA ATAA . . T A AAG CTTG . CTT . CAGA A . . A . T T
blockSeqs : AAT . G T GA CA GAGA . . A A ACG CTTG . CTT . GCAA G . . A . A T
blockSeqs : TGC . G T GA TT AAGA . . A A GAG CTTG . ACT . CAAA A . . A . A T
blockSeqs : AG . A A CA TA ATAA . . A A AG CTTG . ATA . TTGA A . . A . A T
blockSeqs : G A TA CA AAAA . . T A AG CGTA . ACT . AG A . . T . T C
blockSeqs : C AA CA AAGA . . A A GA GAGA . TTT . G A . . T . A T
blockSeqs : C AA CA ATA . . T A GA TGA . CTT . C T . . G . T T
blockSeqs : T AA TG ATA . . . T GA AT . AT . A A . . . . A T
blockSeqs : A CA CG . . . . A . AT . TT . . C . . . . A T
blockSeqs : T AA T . . . . A . AT . T . . . .
blockSeqs : . . . . AT . T . . . .
blockSeqs : . . AT . T . . . .
blockSeqs : . . A . . . .
blockSeqCons : ACAGA***********
originalCons : AATTTATTNN------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGATTANGA-T--TATCN--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGNAGATA--C-G-C-A-A--G---A-----A-CA-GANT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAC--TCTAACGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTGTT-TTAATNTGT
finalCons : AATTTATTNN------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGATTANGA-T--TATCN--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGNAGATA--C-G-CACAGA-----------A-CA-GANT-A------GAG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAC--TCTAACGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTGTT-TTAATNTGT
Alignments
lowQualScore : 1 11 11111 1111111 11111 1111111111 2222222222222222222
lowQualScore : 99999999 2 0 888 77 444 11 22 1 55555 1 1 11 333 0 8888888 0 1 666666666666666 3 11 33 55555 333333 4444 777 2 44444444 11 2222222222 55555555555 1111 555555 0000000000000000000 333333 0 1 22 0 3 0 11 1 0 111 22 2
lowQualScore : ........ . . ... .. ... .. .. . ..... . . .. ... . ....... . . ............... . .. .. ..... ...... .... ... . ........ .. .......... ........... .... ...... ................... ...... . . .. . . . .. . . ... .. .
lowQualScore : 77777777 7 7 333 88 444 33 66 7 33333 4 0 33 222 8 8888888 8 3 444444444444444 6 55 44 11111 666666 5555 555 0 55555555 00 6666666666 77777777777 5555 111111 0000000000000000000 999999 7 4 55 8 5 2 00 6 8 666 33 6
consensus : AATTTATTNN------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGATTANGA-T--TATCN--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGNAGATAC-GC--AC-A-G----A----ACA---GAAT-A------G--AG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAC--TCTAACGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTGTT-TTAATNTGT
Reference ( family-450 ) : AATTTATTNN------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGATTANGA-T--TATCN--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGNAGATAC-GC--AC-A-G----A----ACA---GANT-A------G--AG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAC--TCTAACGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTGTT-TTAATNTGT
gi|38528 : AATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGGTTACGG-T--TGCCA--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGCAGATAC-GC--A--A-G----A----ACAC--GAGT-A------G--AG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------G---A--T-G-TAAT--TCTGGTGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTATT-CTAATTTGT
gi|38529 : AATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--G--CTAGGTTACGG-T--TGTCG--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACAGGCAGTTAC-GC--A--A-G----A----ACAC--GAGT-A------G--AG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAT--TCTGGTGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCATTTTATT-CTA
gi|38530 : AATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-GTT-CG---TA-TTGCA--T-TT--T--TTAGGTTACGG-T--TGTCA--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGGCAGATAC-GG--A--A-G----A----ACAC--GAGT-A------G--AG-----AG--AC---ATGA---AC----GT---TTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAT--TCTGGTGATA--TAAAAGACGAA-T--TTCGTTTTATT-CTAATTTGT
gi|38531 : AATATGTTAA------G-TAC-CAGAAAG-TTT-CG---AAGTTGTA--T-T---A--CAAGATTACGC-A--TATCT--TCTCA-T---AA-TT-TAAGA-------------ATTGAAACAGGAAGGTAT-TC--AAGA-G----A----A-A---GACT-T------G--AA-----CG--AC---ATGA---AA----GG---GTTTG---C---C-AG-A------T---G--T-A-TGACAGTCC--TGAAA--TTGAAGACGAA-T--TTCATTTTGT
gi|38532 : AATGTGTTTA------GATAC-GAGATGTACTT-CAATATG-TTGCC--T-TT------TAAACAAAGA-TCCTTTCTGTCCACA-TTGCAG-CTATCAGGGAATACACTCAAAATTGAAACTGGGAGATAT-GC--TC-A-G----A----ATA---GAAT-T------G--CA-----AG--AA---ATCA---AA----GA---TTTTG---T---A-CA-A------T---T--T-G-TAA---TCAAGAGATA--TAGAAGATGAA-T--TTCATTTTATT-CTGATTTGT
gi|38533 : AATATGTTAA------G-CAC-CAGAAAG-TTT-CG---AAGTTGTA--T-T---A--CAAGATTACGC-A--TACCT--TCTCA-C---AA-TT-TAAGA-------------ATTGAAACAGGATGGTAT-TC--AAGA-G----A----A-A---GACT-T------G--AA-----CG--AC---ATGA---AA----GG---TTT-G---C---C-AG-A------T---G--T-G-TGAC--AGTGCTGAAA--TTGAAGACGAA-T--TTCATTTTGT
gi|38534 : ATTTATTTA------G-TAC-AAGACGT-CTT-CG---TA-CTGCA--T-TT--G--CTAGGTTACGGGT--TGTCA--TCACA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATTGAAACCGACAGATAC-GC--A--A-G----A----ACAC--GAGT-A------G--AA-----AG--AT---ATGA---AC----GT---TTTTA---T---C-AA-A------T---A--T-T-TAAT--TCTGGTGATA--TAGAAGACGAC-T--TTCATTTTATT-CTAATTTGT
gi|38535 : ATTTATTGT------G-TACTAAAAC---CTAACG---CA---GCT--T-TTTAA--CTAAATTACGA-C--TTTCG--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGAAACTGGTAGATAT-GC---C-A-G----GG---ACA---GATT-A------G--AT-----AA--AA---ACGA---AC----GT---AAATG---C---C-AA-A------T---T--T-G-TAAC--AGTAATGATA--TTGAAGACGAA-T--TTCATTTTGTT-TTA
gi|38536 : ATTTATTGT------G-TACTAAAACCT-CA--CG---CA---GCT--T-TTTAA--CGAAATTACGA-C--TTTCT--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGAAACTGGTAGATAT-TC---C-A-G----GG---ACA---GATT-A------G--AT-----AG--AA---AGGA---AC----GT---AAATG---C---C-AA-A------T---T--T-G-TAAC--AGTAACGATA--TTGAAGACGAG-T--TTCATTTTGTT-TTAttgt
gi|38537 : ATTTATTGT------G-TACTAAAAC---CTTACG---CA---GCA--TGTT--AA-CTAGGTTACGA-C--TGTCT--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGACACTGGTAGATAT-TC--CA-A-A----A----ACA---GATT-A------G--AT-----AG--AA---ACAA---AC----AA---AAATG---C---C-AA-T------T---T--T-G-TAAC--AGTAACAATA--TTGAGGACGAG-T--TTCATTTTGTT-TTAttgt
gi|38538 : ATTTATTGT------G-TACTAAAAC---CTTACG---TA---GCT--T-TTAAA--CTAAATAACGA-C--TGTCT--TCTCATT---CA-CT-T-AGA-------------ATCGAAACTGGTAGATAT-TC---C-AGG----G----ACA---GATT-A------G--AT-----AG--AA---ACGA---AC----GT---AATTG---C---C-AA-A------T---T--T-G-TAAttgt
gi|38539 : ATTTGTTAT------G-TAC-TAAACAA-TTA-CG---CA-GTGTT--T-TT--TACCTA-ATTAAGA-T--TATCT--TCACA-T---TC-AT-TAAGA-------------ATTGAAAAAGGGAGATAT-G------------------------GGAT-A------G--AA-----AA--AA---ATGA---AA----AA---CTATG---C---C-AG-A------T---T--T-G-TAAT--AATAATGATA--TTGAAGATGAG-T--ATCACTTTGTT-TTAA
gi|38540 : TTTATTTCATAACTG-TAC-AGGACGT-CTT-TA---TA-ATGCA--T-TT--G--CTAGGCTGCGA-T--GGTCT--TCAAA-C---AA-CT-TTAGG-------------ATCAAAATCGACAGATAC-GC--A--A-G----A---------------A------G--AG-----AT--AC----TGA---GC----TT---ATTCG---T---A-AA-A------T---A--T-A-TAAT--TCTAGCGACA--TAGAATACGAA-T--GTCATTTCATC-TTAATTTAT
gi|38541 : TTGTTCT------G-TAC-GAAGCGT-CAG-CG---TG-TCACA--T-TT--G--CTAGGTTAAGA-G--TGTCT--TCTCA-T---AG-CC-TAAGG-------------ATCGAGACGGGCAGACAT-TC---T-A-G----A----ATA---AATG-A------A--AG-----AG--AC---TCGA---GC----GA---CTTTG---C---C-AG-AC-----T---AAGT-G-TCATA-TTTCA-GATA--TCGAAGATGAA-T--TTCATTTTATC-TTAA
gi|38542 : ------G-TAC-GAAGCGT-CAG-CG---T---TACAAAC-TG--G--GTAGGCTAAGA-A--TATCT--TCTTA-T---AG-CC-TGAGG-------------ATCGAGACAGGCAGATAT-GC--TT-G-A----A----ATA---GATT-A------G--AG-----AG--AC---ACGA---GC----GA---GTTTG---C---C-AA-A------T---A--T-G-TAAC--TCTTCTGATG--TCGAAGATGAA-T--TTTATTTTAT
gi|38543 : TT-CC---TA-TGGCA-------------AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTAT-GC--AC-A-G----A----ACA---GAAT-T------G--AA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTGTACT---C-----------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTACTATGT
gi|38544 : -TTGCA--T-TT--T--CAAGATTACGC-A--TATCG--TCACA-T---AA-TT-TAGCG-------------ATAGAAACAGGAAGATAC-G------A-T----A----ACA---TACCAA------G--AGA----AA--AC---A-GA---A-----------TTTG---TA--C-AA-A----------A--T-GCCAAA--T-GAACCAAA--TCGAAAATGAA-T--ATCATTTCCTT-CTGGTGTGT
gi|38545 : -TTGCA--T-TT--T--CAAGATTACGC-A--TATCG--TCACA-T---AA-TT-TAGCG-------------ATAGAAACAGGAAGATAC-G------A-T----A----ACA---TACCAA------G--AGA----AA--AC---A-GA---A-----------TTTG---TA--C-AA-A----------A--T-GCCAAA--T-GAACCAAA--TCGAAAATGAA-T--ATCATTTCCTT-CTGGTGTGT
gi|38546 : TGCA--T-TG--A--CTAGATT--GA-G--TGTCC--TCACA-T---AGACT-TGAA--------------ATTGAAGCTGGAAGGTG--GC--AC-A-A----ACCTAACA---GAAT-ACCAGCAG--A------AG--AT---A-GA---AA----AT-------G---T---C-AA-A------T---T--T-G--AATG-TCT---------TAGAAGATGAA-T--TTCATTTTATT-TTA
gi|38547 : --T-TT--G--TTTGGTTAAGA-G--TATCT--TCTCA-T---AG-CT-TAAGG-------------ATAGAGACTGGCAGATAT-GC---T-A-GA---A----ATA---GATT------------------AG--AC---ACGA---AT----G----ATTTA---C---A-AA-A------T---A--T-G-TAGT--TCTTTAGATA--TGGAAGATGAA-T--TTCATTTTATC-TTAA
gi|38548 : --T-TT--GT-CAAGATTAAAA-T--TATCA--TCACA-TT--AG--T-TAAAA-------------ATTAAAACCGGTTGTAAT-GC--AT-A-G----A----ACA---TAAT-T------G--AA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TGAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCA---TG---TTAATATGT
gi|38549 : -TT--C--CTATGTCAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACTGGTCGTTAT-GC--AC-A-G----A----ACA---GAAT-T------G--AA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTGTACT---C-----------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--GCCATTTTGTG-TTAATATGTcctaatt
gi|38550 : -TT--G--CTAAAATACGG-T--TATCA--TCACA-T---AA-AC-TAGCT-------------ATAGAAACAGGACGACAT------C-A-A----A----A------AAT-T------GCAAG-----AG--ACCAAAGAA---AC----TT---TTTTA---T--------G------T------T-G-TGAC--TTAAATGACA--TCGAAGACGAA-T--ACCATTTCGTA-CTTATTTG
gi|38551 : --G--CTAAAATATGG-T--TATCA--TCACA-T---AA-AC-TAGCT-------------ATAGAAACAGGACGACAT-AT--AA-A-ATTGCA----AGA---GACC-A------A--AG-----AA--A-----------AT----GT---TTATG---T----------------------T-G-TGAC--TTAAATGACA--TCGAAGACGAA-T--ACCATTTCATA-CTAATCTG
gi|38552 : --CCAAATTGCGG-C--TATCA--GCTTA-T---AC-AC-TCAGA-------------ATCGAAACTGGGAGATAC-GC--TC-A-G----A----ATA---GAAT-T------G--CA-----AG--AA---ATCA---AA----GA---TATTG---T---A-CA-A------T---T--T-G-TAAT--TCAAGAGATA--TAGATGATGAA-T--TTCATTTTATT-CTGATCTGT
gi|38553 : TTACGA-C--TGCCT--TCTCA-TTC-A--CT-TA-GA-------------ATCGAAACTGATAGATAT-TC---C-A-G----GG---ACA---GATT-A------G--AT-----AG--AA---ACGA---AC----GA---AAATG---C---C-AA-A------T---T--T-G-TGGC--AGTAACGATA--TTTAAGACGAG-T--TTCATTTTGTT-TTA
gi|38554 : tatgAGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TA-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTAT-GC--AC-G-G----A----ACA---GAAT-A------G--AA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---CATTG---T------A-G------T---C--TAG-TAAC--TTAAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTGATATGTttgt
gi|38555 : AGATTAAGA-T--TATCA--TCACA-TC--AG--T-TAAAA-------------ATTGAAACCGGTCGTTAT-GC--TC-A-G----A----ACA---GAAT-G------G--A----------AC---GTAATTTGC----AT---TATTG-------------------T---A--T-T-TTAT--TTCAACGACA--GAGAAGATGAA-T--ATCATTTTGTG-TTAATTTGT
gi|38556 : AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTAT-GC--AC-A-G----A----ACA---GAAT-T------G--AA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTGCACT---C-----------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--AAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGT
gi|38557 : AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------CTGAAACCGGTCGTTAT-GC--AC-A-G----A----ACA---GAAT-T------G--AA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTGTACT---C-----------T---A--T-G-AAAC--TTTAATGATA--TAGAAGATGAA-TACTT--TTTTGTG-TTAATATGT
gi|38558 : AGATTAAGA-T--TATCG--AAACA-TC--AG--T-TAAAA-------------TTTGAAACTGGTCGTTAT-GC--AC-A-G----A----ACA---GAAT-G------G--AA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---T---T-CT-T------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGCA-T--ACCATTTTGT
gi|38559 : AGATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTAT-GC--AC-A-A----A----ACA---GAAT-T------G--AA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTGTACT---C-----------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TCGAAGGTGAA-T--ACCATTCTGTG-TTAATATGT
gi|38560 : AGGCTAAGA-T--TATCG--TCACA-TC--AG--T-TAAAA-------------ATTGAAACCAGTCGTTTT-GC--TC-A-G----A----ACA---GAAT-G------G--A----------AC---GTAATTTGC----GT---TATTG---T--------A------TTTTA--T-G-TCAC--TTCAACGATA--TAGAAGATGAA-T--ATAATTTTGTG-TTAAT
gi|38561 : AGATTAAGA-T--TATTT--TCATA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTTGTTAT-GC--AC-A-A----A----ACA---GAAT----------------------------TGA---AC----GTAACTTGCA---T---T-AA-AGCACTCT---A--T-G-TAAC--TTTAACAACA--TAGAAGATGCA-T--ATCATTTTGTG-TTAATATGT
gi|38562 : GATTAAGA-T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACTGGTCGTTAT-GC--AC-A-G----A----TCA---GAAT-T------G--AA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTG---TACTC-----------T---A--T-G-TAAC--ATTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTAATATGT
gi|38563 : TTAAGA-T--TATCG--TCACA-TG--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCGGTCGTTAT-GC--AC-A-G----A----ACA---GAAT-T------G--AA-----CGTAAC---TTG-----C----GT---TATTGTACT---C-----------T---A--T-G-TAAC--TTTAACGACA--TAGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTACTATGT
gi|38564 : TACGT-T--TATCA--GCACG-T---AGACT-TC-GT-------------ATTGAAACTGGACGATACGGC--AT-A------A----ACA---GGAT-A------G--AA-----AG--AA---ATGA---AA----G-----ACTG---T---C-AT-G------T---C--T-G-TGCC--TCTGGTGATA--TTGAAGATGAG-T--TCCATTTCGTA-TT
gi|38565 : GA-T--TATC---TCACA-T---TC-AT-TAAGA-------------ATACAAACAGGACGTTAT-GC--G--A-G----A----A-------AT-A------G--AACTCCTAG--AA---ATGA---AC----GC---TTCTG---T---CTAA-A------T------T-G-TAAT--TCGCAGGATC--TAGAAGATGAA-T--TTTATTTTATT-TTGATATGT
gi|38566 : cGA-T--TATCT--TCACA-T---AC-AT-TAAGA-------------ATTGAAACAGGGTTATAT-GGG-AT-A-G----A----A-A---GAGT-A------G--AA-----AG--AA---ATGA---AA----GA---CTTTG---C---C-AG-A------T---T--T-G-TAGT--AATAATGATA--TTGAAGATGAG-T--TTCATTTTGTT-TTAAT
gi|38567 : -T--TATCA--TCACA-T---AG----------------------ATTGAAATTGGCAGATAT-GC--A--A-G----A----ACAC--GAGC-A------A--AG-----AG--GC---ATGA---AC----GT---ATTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAT--TCTAGCGATA--TAGAAGACGAA-T--TTCACTTTATTCTCAAT-TGT
gi|38568 : -T--TATCA--GCACG-T---AGACT-TC-GT-------------ATTGAAACTGGACGATATGGC--AT-A------A----ACA---GGAC-A------G--AA-----AG--AA---ATGA---AA----GA---CTGTG---T---C-AA-T------T---C--T-G-TGTC--TCTGGGGATA--TTGAAGACGAG-T--TCCATT
gi|38569 : -T--TATCT--TCACA-TC--AG-TT-GAAAG--------------TTGAAACCAGTCGCTAT-GC--AC-A-G----A----ACA---AAAT-T------G--A----------AC---GT-A---ACTTGTGT---TATTGTACT---C-----------T---A--T-G-TAAC--TTCAATAACA--TGGAAGATGAA-T--ACCATTTTGTG-TTAATTTGT
gi|38570 : TCA--ACACA-T---AG-TT-TAAGA-------------ATAGAAACAGGGAGATAT-ATG-AG-A-G----AG---AGA---GAGT-T------G--AG-----AG--AA---GCGA---GC----GA---GTTTG---T---C-AG-A------T---A--T-G-TAAA--TCAAATGATA--TAGAAGACGAGTT--TTTAATTTGT
gi|38571 : CA-TC--AA-CT-TA-GA-------------ATACACACTGGTAGATTT-GC--AA-A-A----A----ACA---GAAT-A------C--AT-----AG--AA---ATGA---AC----GT---TATTA---T---C-AA-T------G---G--T-G-CA-----CAAAAGAGATTTAGAAGACGAG-T--TCCATTTTATT-
gi|38572 : tCGCA-T---AA-TT-TAGAA-------------ATTGAAACTGGGAGATAC-AC--AA-ATG----T----ACA---A----A------G--GG-----AA--A----AT------C----GT---TTTTG---T---A-GA-G------T---A--T-G-TAA
gi|38573 : CGCA-T---AA-TT-TAGAA-------------ATTGAAACTGGGAGATAC-AC--AA-ATG----T----ACA---A----A------G--GG-----AA--A----AT------C----GT---TTTTG---T---A-GA-G------T---A--T-G-TAAt
gi|38574 : CGCA-T---AA-TT-TAGAA-------------ATTGAAACTGGGAGATAC-AC--AA-ATG----T----ACA---A----A------G--GG-----AA--A----AT------C----GT---TTTTG---T---A-GA-G------T---A--T-G-TAAt
gi|38575 : ATA-T---TG-CT-TACGA-------------ATCGAAACAGACAAATAT-TC--TA-A-A----A----AAA---GACG-A------G--AA-----AG--AC---ACGG---AT----AT---CTTTG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAT--TCTTTAGATA--TTAAAGACGAA-T--TTCATTTTATt
gi|38576 : G-------------ATTGAGACAGATAGATAT-AC------------------TA---GATT-A------G--AC-----AG--AC---ATAA---GC----GT---GTTTG---C---C-AA-A------T---G--T-G-TTAT--TCTTTAGATC--TTGAAGATGAA-T--TTCAGTTTAT
gi|38577 : TTGAAACCGGAAGACAC-ACCAAT-A-T----A----CCATACGAAC-A------A--AG-----A--------AT-----AT----GC---TTTT--------------------T---A--T-G-TAAC--TCTGGAGAAA--TAGAGGACGAA-T--TTCATcattcta
gi|38578 : TTGAAACCGGAAGACAC-ACCAAT-A-T----A----CCATACGAAC-A------A--AG-----A---AT---ATGA--------------TTTT--------------------T---A--T-G-TAAC--TCTGGAAAAA--TAGAGGACGAA-T--TTCAT
gi|38579 : TTGAAACTGGAAGACAC-ACCAAT-A-T----A----CCATATGAAC-A------A--AG-----A--------AT-----AT----GC---TTTT--------------------T---A--T-G-TAAC--TCTGGAGAAA--TAGAGGACGAA-T--TTCAT
gi|38580 : TGAGACAGACAGGTAT-GC--AA-G-A----A----ATA---GATT-A------G--AG-----AT--AC---ACGG---GC----GA---CTTTG---C---C-AG-A------T---A--T-G-TAAC--TCTTAAGGTA--TTGAAGATGAA-T--CGCATTT
gi|38581 : TGAAACTTGAAGATAC-GC--AC-A-A----A----ATA---AAAC-T------G--CA-----AG--AA---ACCA---AA----GA---TATTG---A---G-CA-A------T---T--T-G-TAAT--ACAAAAGACA--TAGAAACTGAA-T--TTCATTTTATT-CTAATTTGTcat
gi|38582 : ---GATT-A------G--AA-----CG--AA---ATGA---AC----GA---CTATG---T---C-AA-A------T---A--T-G-TAAT--AATTATGACA--TTGAAGACGAG-T--TTCACTTTGTT-TTAAT
gi|38583 : -A------G--AG-----AG--AG---A-GA---GA----GT---TT--G---T---T-TG-A------T---C--T-G-TAAA--TCGAATGATA--TAGAAGACGAG-T--TTCATTTCACT-TTATTTTG
gi|38584 : gag-----AG--AA---ATGA---AC----GC---TTTTG---T---C-TATA------T------T-G-TAAT--TCGCAGGATT--TAGATGATGAA-T--TTCATTTTATT-TTGAT