lowQualScore : 11111 11111111111111111 11111 1
lowQualScore : 1111 44444 3 444444 0 0 0 111 44444444444444444 7777777777777 1 0 444 88888 0 0 222 77777777 11 0 0 22 6 0 00 0 7777 3
lowQualScore : .... ..... . ...... . . . ... ................. ............. . . ... ..... . . ... ........ .. . . .. . . .. . .... .
lowQualScore : 5555 55555 6 111111 8 8 8 333 99999999999999999 6666666666666 3 8 000 99999 8 8 222 11111111 11 8 8 00 7 5 99 6 7777 1
consensus : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGT----CATCCAA------CATA-A-A-AT---CA-----A------AGAA-CTATA--------T----ATAGACTACCA-T-T-TTAGC-AA--A-AAA-A---AN-------AT--T-A-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCA--GTGAAAATACCCGG--ATTATCTGCCGGACTA
Reference ( gi|17336 ) : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGT----AATCCGA------CATA-A-A-AT---CA-----A------ATAA-CTATA--------T----ATAGACTACCA-T-T-TTAGC-AA--A-AAA-A---AA-------AT--T-A-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCA--GCGAAAATACCCGG--ATTATCTGCCAGACTA
gi|17339 : TTTATTTAAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGT----CATCCGA------CATA-A-A-AT---CA-----A------ATAA-CTATA--------T----ATAGACTTCCA-T-T-TTAGC--C--A-AAA-A---TA-------AT--T-A-CTATACACTCCCATGCAAGGTTCA--GTGAAAATACCCGG--ATTATCTGCCGGACTA
gi|17342 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAGTGT----CATCTGA------CAAA-A-A-AT---CA-----A------AGAA-CTATA--------T----ATAGACTACCA-T-T-TTAGC--A--A-AAA-A---AC-------AT--T-A-CTATAAACTCTCATGCAAGGTTCA--GTGAAAATACCAGG--ATTATCTGCCAGACTA
gi|17350 : TTTATTTCAAAATGTTCA----ATGATGACAAAATGT----CATCCAA------CATA-A-A-AT---CA-----A------ATAA-TTAAA--------T----ATAGACTACCA-T-T-TAAGC-AC--A-AAA-A---AA-------AA--T-A-CTAAACACTTTCATGCAAGGTTCA--GTGAAAATACCCGG--ATTATCTGCCGGACTA
gi|17344 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGT----CATTCAA------CATA-A-A-AT---CA-----A------AGAA-CTATA--------T----ATAGACTACTA-T-T-TTAGC-AA--A-AAA-A---CA-------------A-CTATACACTCTCAAGCAAGGTTCA--ATGAAAATACCCGG--ATTATCTGCCGGACTA
gi|17347 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGT----CATCCGA------CGTA-A-A-AT---CA-----A------AGAA-CTATA--------T----AAAGACTACCA-T-T-TTAGC-----A-AAA-C---AA-------TT--T-A-CTATACATTCTCATGCAAGCTTCA--GTGAAAATACCCGG--ATTATTTGCCGGACTA
gi|17353 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGAAAAAGTTT----CATCCGA------GATA-A-A-AT---CA-----A------AGAA-CTATA--------T----ATAGACTACCG-T-T-ATAGC-AA--A-AAA-A---AA-------TA--T-A-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCA--GTGAAAATACCCGG--AGTATCTGCAAAACTA
gi|17348 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGAAGACAAAATGT----CATCCGA------CATA-A-A-AT---CA-----A------CGCA-CTATA--------G----ATAGACTGTCA-T-T-TTAGTAAA--A-AAA-A---AA-------AT--T-C-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCA--GTAAAAATATCCAG--ATTATCTGCCGGACTA
gi|17355 : TTTATT-CAAAATACTGA----ATGATGGCAAAATGT----CATCCGA------CATA-A-A-AT---CA-----A------AGTA-CTATA--------T----ATAGACTACTG-T-T-ATAGC-TA--A-AA------AA-------AT--T-A-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCA--ATGAAAATACCTGG--ATTATCTGCCAGACTA
gi|17358 : TTTTTTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAATGTGT----CATCCGG------CATA-A-A-AT---CA-----A------ACAA-ATATA--------T----ATAGACTACAA-T-T-TTAGC--A--A-AAA-A---AG-------AT--T-A-CTTTTCACTCTCGTGCAAGGTTTA--GTGAAAATACCTGG--ATTGTCTGCCGGACTA
gi|17359 : TTTATTTAAAAATGTTCA----ATGATGACAAAGTGT----CATCCGA------CATA-A-A-AT---CA------------------------------------TAGACTACCA-T-T-TTAGC-AA--A-AAA-A---AACAAAACAA-----A-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCA--GTGAAAATACTCGG--ATTATCTGCCAGTCT
gi|17362 : TTTAGTTTGAAATGCTCA----CGTTTGATATAATGT----CATCCAC------CATA-A-A-AT---CA-----A------A----CTATA--------T----ATGGACTACCA-T-T-TTAGC-TA--A-AA-------A-------AT--T-A-CTATACACTCTCATACGAGGTTCA--GTGAAAATACCAGG--ATTATATGCAGGACTA
gi|17363 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGT----CATCCAA------CATA-A-A-AT---GA-----A------ATAA-CTATA--------C----ATAGACTATCA-T-T-TTAGC--A--A-AAA-A---GT-------TT--T-A-CTATACACTCTCATGTA
gi|17356 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGT----CATCCAA------CATA-A-A-AT---CA-----A------AGAA-CTATA--------T----ATAGACTATCA-T-T-TTAGC--A--A-TAA-A---AT-------AT--T-A-CTATATACTATCATG
gi|17354 : TTTATTTCAAAATAGTCA----ATGATGACAAAATGT----AATCCAA------CATA-A-A-AT---CA-----A------AGAA-CTATA--------T----ATAGACTTTCA-T-T-TTAGC--A--A-TAA-A---AT-------AT--T-A-CTATACTCTCTCATG
gi|17366 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGATTAACTGT----CATCCAA------CAAA-A-A-GT---AA-----A------AAAAACTATT--------T----ATAGACTACTA--------------------------A-------AT--T-A-CTATACACTCTCATGCGAAG-TCA--GTG-AAATACCCGG--ATTATCTGCCGGTCTA
gi|17341 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ACGATGACAAAATGT----CATCCAA------CGAA-A-A-AT---CA-----A------ATCA-CTATA--------G----ATAGACTATCA-T-T-TTAGC--C--A-AAA-A---AG-------AT--T-A-CTATACATTCTCATG
gi|17352 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGT----AATCCAA------CATA-A-A-AT---TA-----A------AGAA-CTATA--------T----ATAGACTATCA-T-T-TTAGC--A--A-TCA-A---AT-------AT--T-A-CTATACACTCTAAT
gi|17340 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGT----CATCCAA------CATA-A-A-AT---TA-----A------AGAA-CTATA--------T----ATAAATTATCA-T-T-TTAGC--A--A-TAA-A---AT-------AT--T-A-CTAAACACTCTCATGatgtgaaaata
gi|17370 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAATATGT----CATCCAA------CAAA-A-T-AT---CA-----A------AGCA-CTATA--------G----ATAGACTATCA-T-T-TTAGC-AA--A-AAC-A---AA-------AT--T-A-CTCTACACTTTCATGTA
gi|17368 : TTTATTCTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGT----CACCCAA------CATA-A-A-AT---CA-----A------AGAA-CTATA--------T----ATAAACTATCA-T-T-TTAGC-----------A---AT-------AT--T-A-CTATACACTCTCAT
gi|17361 : TTTATTTAAGAATACTTA----ATGATGACAAAATGT----AATCCAA------CATA-A-A-AT---CA-----A------AGAA-CTATA--------T----ATAAACTAGCA-T-G-TTAGC-AA--T-AAA-C---TA-------A---T-A-CTATACACTCTCATG
gi|17338 : TTTATTTCAAAATACTCA----ATGACGACAAAATGT----CATCCAA------CATA-A-A-AT---CA-----A------AGAA-CTATC--------G----ATATACTATCA-T-T-TTAGC-AA--G-ACA-ATTTAT-------AT--T-A-CTATACACTTTCATGTGAG
gi|17337 : TTTATTTCAAAATATTCA----ATGATGACAAAATAT----CATCCGA------CATA-A-A-AT---CA-----A------AGAA-CTATACATACAATT----ATAGACTATCA-T-T-TTAGC--C--A-AAA-A---AT-------AT--A-A-CTATACACTTTCATG
gi|17357 : TTTATTTTAAAATGCTCA----ATAATGACAAAATGT----CATCCAA------CATA-A-A-AT---CA-----A------AGCA-CTATATATTAT--T----ATAGACTATCA-T-T-TTAG--AA--A-AAA-A---AA-------AT--T-A-ATATGCATTCTCGTGTA
gi|17349 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGAAGACAAAATGT----CATCTAA------CATA-A-A-AT---CA-----A------AGCA-CTATA--------G----ATAGACTATCA-T-C-TTAG---G--A-AAA-G---AT-------AT--T-A-CTATACACTCTCATGTA
gi|17360 : TTTATTTTAAAATGCTCA----ATGATGACAATATGT----CATCCAA------CATA-A-A-AT---CA-----A------AGCA-CTGCA--------A----ACAGACTATCA-T-T-TTAGC-AA--A-AAATAT--AT-------AT--T-G-CTATACACTTTCAGGTATGATT
gi|17343 : TTTATTTCAAAATAATCA----ATGATGAGAAAATGT----AATCCAA------AATA-A-A-AT---CA-----G------CGAA-CTATA--------T----ATAGACTATCA-T-T-TTAGT--A--A-TAA-A---CT-------AT--A-A-CTATACACTCTCATG
gi|17346 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGT----CATCCAA------CAAA-A-A-AT---TA-----A------ACCA-CTATA--------G----AAAAACTATCA-T-T-TTAGC--C--A-AAA-A---TG-------AT--T-A-TTATGTATTCTCATGTA
gi|17371 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGGCAATATGT----CATAAAA------CCTA-A-A-AT---CA-----A------AGAA-CTATA--------A----ATAGACTATCATT-T-TTAGC-CC--C-AAA-A---AA-------A---T-A-CTGTACACTATCATGTA
gi|17345 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGT----TATCCAA------TATA-A-A-AT---CA-----A------AGAA-CTATA--------T----AAAGACTATCA-T-
gi|17367 : TTTATTTCATTATGCTCA----ATAATGACAAA-TGT----CATCTAA------CATA-A-A-A------------------AGAA-CTATG--------C----ATAGACTATTG-T-C-TTAGC-AA--A-AAA-A---TA-----------T-A-TT-TACACTCTCAT
gi|17351 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGAC--AATGT----CATCCAA------CATA-A-A-AT---C-------------AT-------------------------ACTATTA-T-T-TTAGC--A--A-TAA-A---AT-------AT--A-A-CTAAACACTATCATG
gi|17369 : TCTATTTAAAACTGCTCA----ATGATGAC-AAATGT----CATCCGA------CAT
gi|17364 : TTTATTTCGAAATGCTCACTACATGATGACAAAATGT----CATCCAAGTTTGTCATA-A-ACAT---CA-----G------A
gi|17365 : TTTATTTTAAAATGCTCA----ATAATGGCAAAACGT----TATCC
gi|17373 : TCATTTAAAAATGCTTA----ATGATGACAG--TGT----TATCCGA------CAAA-A-A-AT---CA-----A------AGAA-CTATA--------T----ATCGACTACCA-T-T-TTAAC-AA--A-AAC-A---AA--------T--T-A-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCC--GTGAAAATACCCGG--ATTATCTGCCGGACTA
gi|17374 : TTATTTCAAAATAGTCA----ATGATGACAAAATAT----AATCCAA------CATA-A-A-ATAAAAA-----A------AAAA-CTATA--------T----ATAAACTATCA-T-T-TTAGC--A--T-AAC-A---CT-------AT--T-A-CTATACACTCTCATG
gi|17372 : TTATTTTAAAATGCTAA----ATGATGACAATATGT----CATCTAA------CAAA-A-A-AT---CA-----A------AGCA-CTTTA--------G----ATAGACTATCA-T-T-TTAGC--A--A-AAA-G---AA-------TT--T-A-CTTCACACTTTCATGTA
gi|17377 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGT----CATC------------A-A-G-CT---TATTTTTC------ATAAGCAATG--------C----CTAAACTAGCA-TAA-TCACC-----A-AAT-A---AA-------AT--T-A-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCA--GTG-------CTG-----TATCTGCCGGACTA
gi|17378 : TATTTCAAATTGCTCA----ATGATGACAAAATGT----CATCAAG------C-TG-A-T-TT---TG-----C------ATAAGCAATG--------C----CTAAAATACCA-TAA-TCACC-----A-ACA-A---AA-------AT--T-A-TTATACACTTCCATGCAAGGTTCA--GTG-------CTG-----TATCTGCCTGACTA
gi|17383 : TATTTCAAAAAGCTCA----ATGATGACGA--TGT----CATCAAG------C-TG-A-T-TT---TG-----C------ATAAGTTATG--------C----CTAAACGACCA-T-A-ATCAC-AA--AAAAA-A---AA-------ATAAT-A-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCA--GTG-------CTG-----TATCTGCTGGACTA
gi|17387 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACATGATGT----CATC------------A-A-G-CT---TATTTTTC------ATAAGCAATG--------C----CTAAACTACCA-T-AATCACC-AA--C-AAA-A---T---------T--T-A-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCA--GTG-------CTG-----TATCTGCCGGAC
gi|17381 : TATTTCAAAA-GCTCA----ATGATGACAAGATGT--------CAA------CA---A-G-CT---TATTTTTC------ATAAGCAATG--------C----CTAAACTACCA-T-----AAC-TACCA-AAA-T---AA-------TT--T-A-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCA--GTG------CT------TTATCTGCCGGACTA
gi|17385 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGT----CATCAAG------CTTA-ATT-TT---C-------------ATAAGCTATA--------TATGCATAGACTAGCA-TAA-TCACC-AA--G-AAT-T---A------------T-A-CTTTACACTTCCATGCAAGGTTCA--GTG
gi|17376 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTCTTCAAGCTGATTTTT-CATA-A-G------C------A------ATGC-CT-T------------------ACTACAA-T-A-ATCGC-----C-AAA-A---AA-------AT--T-G-CTATGCACTTCCATGCAAAATTCA--GTG-------TTG-----TATCTGCCGGACTActgtatctgtcgtacta
gi|17388 : TATTTCAAAATGCTCA----GTGGTGACAAGAT-------ATC------------------AT---CA-----A------G--G-CAATG--------C----CTAAACTAGCA-T-A-CT--C-AT--C-AAT-A---AA-------AT--G-A-CTATATATT-TCATGCAAGGTTCA--GTG--------CGG----TATCTGCCGGACTA
gi|17379 : TATTTCAAAATGCTTA----ATGATGACATGATGT----CATC------------A-A-G-CT---TATTTTTC------ATAAGCAATG--------C----CTAAACTAGCA-T-A---ATC-AC--A-AAA-A---AT-------AT--TTA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCA--GTG
gi|17382 : TATCTCAAAATACTCA----ATGATGACAAGATGT----CATC------------A-A-G-CT---TATTTTTC------ATAAGCAATG--------C----CTAAACTAGCA-TAA-TCACC-----A-AAA-A---AT-------TT--T-A-CTATACACTTCCATTCAAGGTTCA--GTG
gi|17375 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGTTAAGATGT----CGTC--------------A-A-GT---TT-----ACTTTTCATAAGCAATG--------C----TTAAACTAGCA-T-A---ATC-AC--C-AAA-A---CA-------AT--T-A-CTACACACATCCATGCAAGGTTCAGTGCGTATCTGCCCGATTATTATCTCCCctgtatctgctggaata
gi|17380 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGT----CATC------------A-A-G-CT---TATTTTTC------ATAAGCAATG--------C----CTAAGCTACCA-TAA-TCACC-----A-AAA-A---GA-------AT--T-A-CTAAACACTTCCATGCCGGG--CA--G-GAA
gi|17386 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGT----CATC
gi|17384 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAATATGT----CATCaagcttatttttcataagcaacgccttaactagcattatttactatacacttcaatgcaaggttcagtgctgtatctgccagacta
gi|17389 : TTTCAAATTACTCA----ATGATGACAAAATGT----CATCCAA------CATA-A-A-AT---CACT---A------TTTA-CTAT---------T----ATAGTCTATCA-T-T-TTAGC--A--A-AAA-A---AT-------AT--T-ACCTTTATATTCTCATG
gi|17390 : TTTTAAAATACTCA----TTGATGATAAAATGT----CATCCAA------AATCTA-A-AT---CA-----A------AGAC-TTATA--------T----ATATACTA
gi|17391 : TTA----ATGATGATAATATGT----CATCCAA------CATA-A-A-AT---CA-----A------AGCA-CTATA--------G----ATAGACTATCA-T-T-TTAGC-AA--A-AAA-A---ACT------AT--T-A-CTATTCACTTCCATGTAtaataattataataattgaataattgtatac
gi|17392 : TGTTGAAAAAATGC----CATCCAA------CATA-A-A-AT---CA-----A------AGCA-CTAAA--------G----ATAGACTTTTA-T-T-TTAGC--A--A-AAA-A---AT-------AT--T-A-CTAT
gi|17393 : ATA--------T----ATAGACTGCCA-T-T-TTAGC-AA--C-AAA-A---AA-------AA--T-A-CTATACATTCTCATGCAAGGTTCA--GTGAAAATACCTGG--ATTATCTGCCGCACTA
gi|17386 : T--T-A-CTATACACTTCAATGCAAGGTTCA--GTG-------CTG-----TATCTGCCAGACTA
Alignments
lowQualScore : 11 111111111111 1111111 111
lowQualScore : 1111 8888888888 11 11111 7777 0 3333 444 66 5 8888888888888 1 0 444 111 22 0 11 777777777777 11 0 0 5555555 0 111
lowQualScore : .... .......... .. ..... .... . .... ... .. . ............. . . ... ... .. . .. ............ .. . . ....... . ...
lowQualScore : 5555 2222222222 00 88888 0000 7 1111 111 99 2 1111111111111 3 8 444 333 55 8 88 333333333333 88 8 8 8888888 6 555
consensus : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T-T-TTAG---C-AAAAA-A--A---A-------TAT--T-A-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
Reference ( family-449 ) : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T-T-TTAG---C-AAAAA-A--A---A-------NAT--T-A-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17336 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTAATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AATAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T-T-TTAG---C-AAAAA-A--A---A-------AAT--T-A-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGCGAAAATACCCGGATTATCTGCCAGACTA
gi|17337 : TTTATTTCAAAATATTCA----ATGATGACAAAATATCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATACATACAATT----ATAGACTATCA-T-T-TTAG---C--CAAA-A--A---A-------TAT--A-A-CTATACACTTTCATG
gi|17338 : TTTATTTCAAAATACTCA----ATGACGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATC--------G----ATATACTATCA-T-T-TTAG---C-AAGAC-A--ATTTA-------TAT--T-A-CTATACACTTTCATGTGAG
gi|17339 : TTTATTTAAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AATAACTATA--------T----ATAGACTTCCA-T-T-TTAG---C-CAAAA-A--T---A--------AT--T-A-CTATACACTCCCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17340 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---TA--AAGAACTATA--------T----ATAAATTATCA-T-T-TTAG---C--AATA-A--A---A-------TAT--T-A-CTAAACACTCTCATG
gi|17341 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ACGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--GA-----A----AA-A----T---CA--AATCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T-T-TTAG---C--CAAA-A--A---A-------GAT--T-A-CTATACATTCTCATG
gi|17342 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAGTGTCATCTGA----------C--AA-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T-T-TTAG---C--AAAA-A--A---A-------CAT--T-A-CTATAAACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCAGGATTATCTGCCAGACTA
gi|17343 : TTTATTTCAAAATAATCA----ATGATGAGAAAATGTAATCCAA----------A--AT-----A----AA-A----T---CA--GCGAACTATA--------T----ATAGACTATCA-T-T-TTAG---T--AATA-A--A---C-------TAT--A-A-CTATACACTCTCATG
gi|17344 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATTCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACTA-T-T-TTAG---C--AAAA-A--A---A-------CA-----A-CTATACACTCTCAAGCAAGGTTCAATGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17345 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTTATCCAA----------T--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----AAAGACTATCA-T-
gi|17346 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AA-----A----AA-A----T---TA--AACCACTATA--------G----AAAAACTATCA-T-T-TTAG---C--CAAA-A--A---T-------GAT--T-A-TTATGTATTCTCATGTA
gi|17347 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCGA----------C--GT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----AAAGACTACCA-T-T-TTAG---C-AAAAC-A--A------------TT--T-A-CTATACATTCTCATGCAAGCTTCAGTGAAAATACCCGGATTATTTGCCGGACTA
gi|17348 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGAAGACAAAATGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--ACGCACTATA--------G----ATAGACTGTCA-T-T-TTAG---TAAAAAA-A--A---A-------AAT--T-C-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTAAAAATATCCAGATTATCTGCCGGACTA
gi|17349 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGAAGACAAAATGTCATCTAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T-C-TTAG------GAAA-A--G---A-------TAT--T-A-CTATACACTCTCATGTA
gi|17350 : TTTATTTCAAAATGTTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AATAATTAAA--------T----ATAGACTACCA-T-T-TAAG---C-ACAAA-A--A---A-------AAA--T-A-CTAAACACTTTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17351 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGAC--AATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--------T--------------------ACTATTA-T-T-TTAG---C--AATA-A--A---A-------TAT--A-A-CTAAACACTATCATG
gi|17352 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---TA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTATCA-T-T-TTAG---C--AATC-A--A---A-------TAT--T-A-CTATACACTCTAATAT--------GTGAAAATA
gi|17353 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGAAAAAGTTTCATCCGA----------G--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCG-T-T-ATAG---C-AAAAA-A--A---A--------ATA-T-A-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGAGTATCTGCAAAACTA
gi|17354 : TTTATTTCAAAATAGTCA----ATGATGACAAAATGTAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTTTCA-T-T-TTAG---C--AATA-A--A---A-------TAT--T-A-CTATACTCTCTCATG
gi|17355 : TTTATT-CAAAATACTGA----ATGATGGCAAAATGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGTACTATA--------T----ATAGACTACTG-T-T-ATAG---C-TAAAA-A--A------------AT--T-A-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAATGAAAATACCTGGATTATCTGCCAGACTA
gi|17356 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTATCA-T-T-TTAG---C--AATA-A--A---A-------TAT--T-A-CTATATACTATCATG
gi|17357 : TTTATTTTAAAATGCTCA----ATAATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTATATATTAT--T----ATAGACTATCA-T-T-TTAG-----AAAAA-A--A---A-------AAT--T-A-ATATGCATTCTCGTGTA
gi|17358 : TTTTTTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAATGTGTCATCCGG----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AACAAATATA--------T----ATAGACTACAA-T-T-TTAG---C--AAAA-A--A---A-------GAT--T-A-CTTTTCACTCTCGTGCAAGGTTTAGTGAAAATACCTGGATTGTCTGCCGGACTA
gi|17359 : TTTATTTAAAAATGTTCA----ATGATGACAAAGTGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---C--------------------------ATAGACTACCA-T-T-TTAG---C-AAAAA-A--A---AACAAAACAA-----A-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACTCGGATTATCTGCCAGTCT
gi|17360 : TTTATTTTAAAATGCTCA----ATGATGACAATATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTGCA--------A----ACAGACTATCA-T-T-TTAG---C-AAAAA-AT-AT--A-------TAT--T-G-CTATACACTTTCAGGTATGATT
gi|17361 : TTTATTTAAGAATACTTA----ATGATGACAAAATGTAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAAACTAGCA-T-G-TTAG---C-AATAA-ACTA---A------------T-A-CTATACACTCTCATG
gi|17362 : TTTAGTTTGAAATGCTCA----CGTTTGATATAATGTCATCCAC----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AA---CTATA--------T----ATGGACTACCA-T-T-TTAG---C-TAAAA-A--A-------------T--T-A-CTATACACTCTCATACGAGGTTCAGTGAAAATACCAGGATTATATGCAGGACTA
gi|17363 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---GA--AATAACTATA--------C----ATAGACTATCA-T-T-TTAG---C--AAAA-A--A---G-------TTT--T-A-CTATACACTCTCATGTA
gi|17364 : TTTATTTCGAAATGCTCACTACATGATGACAAAATGTCATCCAAGTTTGT----C--AT-----A----AACA----T---CA--GA
gi|17365 : TTTATTTTAAAATGCTCA----ATAATGGCAAAACGTTATCC
gi|17366 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGATTAACTGTCATCCAA----------C--AA-----A----AA-G----TA--AA--AAAAACTATT--------T----ATAGACTACT----------------------------A-------AAT--T-A-CTATACACTCTCATGCGAAG-TCAGTG-AAATACCCGGATTATCTGCCGGTCTA
gi|17367 : TTTATTTCATTATGCTCA----ATAATGACAAA-TGTCATCTAA----------C--AT-----A----AA-A-------------AGAACTATG--------C----ATAGACTATTG-T-C-TTAG---C-AAAAA-A--AT--A-------TAT--T------TACACTCTCAT
gi|17368 : TTTATTCTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTCACCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAAACTATCA-T-T-TTAG---C----------A---A-------TAT--T-A-CTATACACTCTCAT
gi|17369 : TCTATTTAAAACTGCTCA----ATGATGAC-AAATGTCATCCGA----------C--AT-----
gi|17370 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAATATGTCATCCAA----------C--AA-----A----AT-A----T---CA--AAGCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T-T-TTAG---C-AAAAA-C--A---A-------AAT--T-A-CTCTACACTTTCATGTA
gi|17371 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGGCAATATGTCATAAAA----------C--CT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------A----ATAGACTATCATT-T-TTAGCCCC-AAAAA-A--A----------------T-A-CTGTACACTATCATGTA
gi|17372 : TTATTTTAAAATGCTAA----ATGATGACAATATGTCATCTAA----------C--AA-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTTTA--------G----ATAGACTATCA-T-T-TTAG---C-AAAAA-G--A---A-------T-T--T-A-CTTCACACTTTCATGTA
gi|17373 : TCATTTAAAAATGCTTA----ATGATGACAG--TGTTATCCGA----------C--AA-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATCGACTACCA-T-T-TTAA---C-AAAAA-C--A---A--------AT--T-A-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCCGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17374 : TTATTTCAAAATAGTCA----ATGATGACAAAATATAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----TAAAAA--AAAAACTATA--------T----ATAAACTATCA-T-T-TTAG---C--ATAA-C--A---C-------TAT--T-A-CTATACACTCTCATG
gi|17375 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGTTAAGATGTCGTCAAGTTTACTTTT-C--AT-----A----AG----------CA--ATG--CT-----------------TAAACTAGCA-T-AATCAC---C-AAAAC-A--A-------------T--T-A-CTACACACATCCATGCAAGGTTCAGTG--------CG---TATCTGCCCGATTA
gi|17376 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTC-TTCAAGCTGATTTTTC--AT-----A----AG----------CA--ATG--CCTT------------------ACTACAA-T-A-ATCG---C-CAAAA-A--A------------AT--T-G-CTATGCACTTCCATGCAAAATTCAGTG-------TTG---TATCTGCCGGACTAttatctccc
gi|17377 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-T-AATCAC---C-AAATA-A--A---A---------T--T-A-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCGGACTA
gi|17378 : TATTTCAAATTGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCAAG----------C---T-----G----AT-T----TTG-CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAAATACCA-TAA-TCAC---C-AACAA-A--A------------AT--T-A-TTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCTGACTA
gi|17379 : TATTTCAAAATGCTTA----ATGATGACATGATGTCATCAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-T-A---AT---C-ACAAA-A--A---A-------TAT--TTA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG
gi|17380 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------C--TT-------------ATTTTT---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAGCTACCA-TAA-TCAC---C-AAAAA-G--A------------AT--T-A-CTAAACACTTCCATGCCGGG--CAG-GAA
gi|17381 : TATTTCAAAA-GCTCA----ATGATGACAAGATGTCAACAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTACCA-T-AACTAC---C-AAAAT-A--A---T---------T--T-A-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG------CT----TTATCTGCCGGACTA
gi|17382 : TATCTCAAAATACTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------C--TT-------------ATTTTT---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-TAA-TCAC---C---AAA-A--A---A-------TTT--T-A-CTATACACTTCCATTCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCTGGAATA
gi|17383 : TATTTCAAAAAGCTCA----ATGATGACGA--TGTCATCAAG----------C---T-----G----AT-T----TTG-CAT-AAG--TTATG--------C----CTAAACGACCA-T-A-ATCA---C-AAAAAAA--A---A-------AATAAT-A-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCTGGACTA
gi|17384 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAATATGTCATC
gi|17385 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------C--TT-----A----AT-T----T---TC--ATAAGCTATA--------TATGCATAGACTAGCA-TAA-TCAC---C-AAGAA-T--T---A------------T-A-CTTTACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGTCGTACTA
gi|17386 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------CTTATTTTTCA----TA-A----G---CA--ACG--CCTTA-----------------ACTAGCA-T-T-AT------------------------------T--T-A-CTATACACTTCAATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCAGACTA
gi|17387 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACATGATGTCATCAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTACCA-T-A-ATCA---C-CAACA-A--A---A-------T-T--T-A-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCGGAC
gi|17388 : TATTTCAAAATGCTCA----GTGGTGACAAGATATCATC-----------------------------------------A--AGGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-TAC-TCAT---C-AATAA-A--A-------------T--G-A-CTATATATT-TCATGCAAGGTTCAGTG--------CGG--TATCTGCCGGACTA
gi|17389 : TTTCAAATTACTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CACTATTTACTAT---------T----ATAGTCTATCA-T-T-TTAG---C--AAAA-A--A---A-------TAT--T-ACCTTTATATTCTCATG
gi|17390 : TTTTAAAATACTCA----TTGATGATAAAATGTCATCCAA----------A--AT-----CT---AA-A----T---CA--AAGACTTATA--------T----ATATACTA
gi|17391 : TTA----ATGATGATAATATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T-T-TTAG---C-AAAAA-A--A---AC------TAT--T-A-CTATTCACTTCCATGTAtaataattataataattgaataattgtatac
gi|17392 : TGTTGAAAAAATGCCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTAAA--------G----ATAGACTTTTA-T-T-TTAG---C--AAAA-A--A---A-------TAT--T-A-CTAT
gi|17393 : ATA--------T----ATAGACTGCCA-T-T-TTAG---C-AACAA-A--A---A-------AAA--T-A-CTATACATTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCTGGATTATCTGCCGCACTA
Alignments
lowQualScore : 11 1111111111 1111111 111
lowQualScore : 1111 8888888888 11 11111 7777 0 3333 444 66 5 8888888888888 1 0 44 1 0 111 33 0 1111111111 333333 0 5555555 0 111
lowQualScore : .... .......... .. ..... .... . .... ... .. . ............. . . .. . . ... .. . .......... ...... . ....... . ...
lowQualScore : 5555 2222222222 00 88888 0000 7 1111 111 99 2 1111111111111 3 8 11 5 8 333 55 8 6666666666 000000 8 8888888 6 555
consensus : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
Reference ( family-449 ) : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17336 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTAATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AATAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---A-A-A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGCGAAAATACCCGGATTATCTGCCAGACTA
gi|17337 : TTTATTTCAAAATATTCA----ATGATGACAAAATATCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATACATACAATT----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C--CAAAA-A---A-T-A--T------AA-CTATACACTTTCATG
gi|17338 : TTTATTTCAAAATACTCA----ATGACGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATC--------G----ATATACTATCA-T--T-T-TAG---C-AAGACA-ATTTA-T-A--T------TA-CTATACACTTTCATGTGAG
gi|17339 : TTTATTTAAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AATAACTATA--------T----ATAGACTTCCA-T--T-T-TAG---C-CAAAAA-T---A---A--T------TA-CTATACACTCCCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17340 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---TA--AAGAACTATA--------T----ATAAATTATCA-T--T-T-TAG---C--AATAA-A---A-T-A--T------TA-CTAAACACTCTCATG
gi|17341 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ACGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--GA-----A----AA-A----T---CA--AATCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C-CAAAAA-A---G---A--T------TA-CTATACATTCTCATG
gi|17342 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAGTGTCATCTGA----------C--AA-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C--AAAAA-A---A-C-A--T------TA-CTATAAACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCAGGATTATCTGCCAGACTA
gi|17343 : TTTATTTCAAAATAATCA----ATGATGAGAAAATGTAATCCAA----------A--AT-----A----AA-A----T---CA--GCGAACTATA--------T----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---T--AATAA-A---C-T-A--T------AA-CTATACACTCTCATG
gi|17344 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATTCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACTA-T--T-T-TAG---C--AAAAA-A---A-C-A----------A-CTATACACTCTCAAGCAAGGTTCAATGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17345 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTTATCCAA----------T--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----AAAGACTATCA-T--
gi|17346 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AA-----A----AA-A----T---TA--AACCACTATA--------G----AAAAACTATCA-T--T-T-TAG---C---CAAA-A---A-TGA--T------TA-TTATGTATTCTCATGTA
gi|17347 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCGA----------C--GT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----AAAGACTACCA-T--T-T-TAG---C--AAAAC-A---A-T----T------TA-CTATACATTCTCATGCAAGCTTCAGTGAAAATACCCGGATTATTTGCCGGACTA
gi|17348 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGAAGACAAAATGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--ACGCACTATA--------G----ATAGACTGTCA-T--T-T-TAG---TAAAAAAA-A---A-A-A--T------TC-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTAAAAATATCCAGATTATCTGCCGGACTA
gi|17349 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGAAGACAAAATGTCATCTAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T--C-T-TAG------GAAAA-G---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTCATGTA
gi|17350 : TTTATTTCAAAATGTTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AATAATTAAA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-AAG---C-ACAAAA-A---A-A-A--A------TA-CTAAACACTTTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17351 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGAC--AATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--------T--------------------ACTATTA-T--T-T-TAG---C--AATAA-A---A-T-A--T------AA-CTAAACACTATCATG
gi|17352 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---TA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C--AATCA-A---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTAATAT--------GTGAAAATA
gi|17353 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGAAAAAGTTTCATCCGA----------G--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCG-T--T-A-TAG---C-AAAAAA-A---A---A--TA-----TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGAGTATCTGCAAAACTA
gi|17354 : TTTATTTCAAAATAGTCA----ATGATGACAAAATGTAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTTTCA-T--T-T-TAG---C--AATAA-A---A-T-A--T------TA-CTATACTCTCTCATG
gi|17355 : TTTATT-CAAAATACTGA----ATGATGGCAAAATGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGTACTATA--------T----ATAGACTACTG-T--T-A-TAG---C-TAAAAA-A-------A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAATGAAAATACCTGGATTATCTGCCAGACTA
gi|17356 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C--AATAA-A---A-T-A--T------TA-CTATATACTATCATG
gi|17357 : TTTATTTTAAAATGCTCA----ATAATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTATATATTAT--T----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---A-AAAAAA-A---A---A--T------TA-ATATGCATTCTCGTGTA
gi|17358 : TTTTTTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAATGTGTCATCCGG----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AACAAATATA--------T----ATAGACTACAA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---G---A--T------TA-CTTTTCACTCTCGTGCAAGGTTTAGTGAAAATACCTGGATTGTCTGCCGGACTA
gi|17359 : TTTATTTAAAAATGTTCA----ATGATGACAAAGTGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---C--------------------------ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---A---A--CAAAACAAA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACTCGGATTATCTGCCAGTCT
gi|17360 : TTTATTTTAAAATGCTCA----ATGATGACAATATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTGCA--------A----ACAGACTATCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAATAT--A-T-A--T------TG-CTATACACTTTCAGGTATGATT
gi|17361 : TTTATTTAAGAATACTTA----ATGATGACAAAATGTAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAAACTAGCA-T--G-T-TAG---C--AATAA-A---C-T-A--A------TA-CTATACACTCTCATG
gi|17362 : TTTAGTTTGAAATGCTCA----CGTTTGATATAATGTCATCCAC----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AA---CTATA--------T----ATGGACTACCA-T--T-T-TAG---C-TAAAAA-A----------T------TA-CTATACACTCTCATACGAGGTTCAGTGAAAATACCAGGATTATATGCAGGACTA
gi|17363 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---GA--AATAACTATA--------C----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C--AAAAA-A---G-T-T--T------TA-CTATACACTCTCATGTA
gi|17364 : TTTATTTCGAAATGCTCACTACATGATGACAAAATGTCATCCAAGTTTGT----C--AT-----A----AACA----T---CA--GA
gi|17365 : TTTATTTTAAAATGCTCA----ATAATGGCAAAACGTTATCC
gi|17366 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGATTAACTGTCATCCAA----------C--AA-----A----AA-G----TA--AA--AAAAACTATT--------T----ATAGACTACTA---------A---------------------A--T------TA-CTATACACTCTCATGCGAAG-TCAGTG-AAATACCCGGATTATCTGCCGGTCTA
gi|17367 : TTTATTTCATTATGCTCA----ATAATGACAAA-TGTCATCTAA----------C--AT-----A----AA-A-------------AGAACTATG--------C----ATAGACTATTG-T--C-T-TAG---C-AAAAAA-AT--A-T-A--T------T-----TACACTCTCAT
gi|17368 : TTTATTCTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTCACCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAAACTATCA-T--T-T-TAG---C--------A---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTCAT
gi|17369 : TCTATTTAAAACTGCTCA----ATGATGAC-AAATGTCATCCGA----------C--AT-----
gi|17370 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAATATGTCATCCAA----------C--AA-----A----AT-A----T---CA--AAGCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAC-A---A-A-A--T------TA-CTCTACACTTTCATGTA
gi|17371 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGGCAATATGTCATAAAA----------C--CT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------A----ATAGACTATCATT--T-T-TAGCCCC-AAAAAA-A-----------------TA-CTGTACACTATCATGTA
gi|17372 : TTATTTTAAAATGCTAA----ATGATGACAATATGTCATCTAA----------C--AA-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTTTA--------G----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAG-A---A-T----T------TA-CTTCACACTTTCATGTA
gi|17373 : TCATTTAAAAATGCTTA----ATGATGACAG--TGTTATCCGA----------C--AA-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATCGACTACCA-T--T-T-TAA---C-AAAAAC-A---A---A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCCGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17374 : TTATTTCAAAATAGTCA----ATGATGACAAAATATAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----TAAAAA--AAAAACTATA--------T----ATAAACTATCA-T--T-T-TAG---C--ATAAC-A---C-T-A--T------TA-CTATACACTCTCATG
gi|17375 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGTTAAGATGTCGTCAAGTTTACTTTT-C--AT-----A----AG----------CA--ATG--CT-----------------TAAACTAGCA-T--AAT-CAC---C-AAAACA-A----------T------TA-CTACACACATCCATGCAAGGTTCAGTG--------CG---TATCTGCCCGATTA
gi|17376 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTC-TTCAAGCTGATTTTTC--AT-----A----AG----------CA--ATG--CCTT------------------ACTACAA-T--A-A-TCG---C-CAAAAA-A-------A--T------TG-CTATGCACTTCCATGCAAAATTCAGTG-------TTG---TATCTGCCGGACTAttatctccc
gi|17377 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-T--AAT-CAC---C-AAATAA-A---A-T-----------TA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCGGACTA
gi|17378 : TATTTCAAATTGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCAAG----------C---T-----G----AT-T----TTG-CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAAATACCA-TA-A-T-CAC---C-AACAAA-A-------A--T------TA-TTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCTGACTA
gi|17379 : TATTTCAAAATGCTTA----ATGATGACATGATGTCATCAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-T--A-A-TCA---C-AAAAAA-T---A-T----T------TA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG
gi|17380 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------C--TT-------------ATTTTT---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAGCTACCA-TA-A-T-CAC---C-AAAAAG-A-------A--T------TA-CTAAACACTTCCATGCCGGG--CAG-GAA
gi|17381 : TATTTCAAAA-GCTCA----ATGATGACAAGATGTCAACAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTACCA-T-------AA---C-TACCAA-A---A-T-AATT------TA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG------CT----TTATCTGCCGGACTA
gi|17382 : TATCTCAAAATACTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------C--TT-------------ATTTTT---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-TA-A-T-CAC---C---AAAA-A---A-T-T--T------TA-CTATACACTTCCATTCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCTGGAATA
gi|17383 : TATTTCAAAAAGCTCA----ATGATGACGA--TGTCATCAAG----------C---T-----G----AT-T----TTG-CAT-AAG--TTATG--------C----CTAAACGACCA-TAAT-CACAA---A-AAAAAA-A---A-T-A--A------TA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCTGGACTA
gi|17384 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAATATGTCATC
gi|17385 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------C--TT-----A----AT-T----T---TC--ATAAGCTATA--------TATGCATAGACTAGCA------T-AAT---C-ACCAAG-A---A-T-T--A------TA-CTTTACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGTCGTACTA
gi|17386 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------CTTATTTTTCA----TA-A----G---CA--ACG--CCTTA-----------------ACTAGCA-T--T----------------------A-T----T------TA-CTATACACTTCAATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCAGACTA
gi|17387 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACATGATGTCATCAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTACCA-T--A-A-TCA---C-CAACAA-A---A-T----T------TA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCGGAC
gi|17388 : TATTTCAAAATGCTCA----GTGGTGACAAGATATCATC-----------------------------------------A--AGGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-TA-C-T-CAT---C-AATAAA-A----------T------GA-CTATATATT-TCATGCAAGGTTCAGTG--------CGG--TATCTGCCGGACTA
gi|17389 : TTTCAAATTACTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CACTATTTACTAT---------T----ATAGTCTATCA-T--T-T-TAG---C--AAAAA-A---A-T-A--T------TACCTTTATATTCTCATG
gi|17390 : TTTTAAAATACTCA----TTGATGATAAAATGTCATCCAA----------A--AT-----CT---AA-A----T---CA--AAGACTTATA--------T----ATATACTA
gi|17391 : TTA----ATGATGATAATATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---ACT-A--T------TA-CTATTCACTTCCATGTAtaataattataataattgaataattgtatac
gi|17392 : TGTTGAAAAAATGCCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTAAA--------G----ATAGACTTTTA-T--T-T-TAG---C--AAAAA-A---A-T-A--T------TA-CTAT
gi|17393 : ATA--------T----ATAGACTGCCA-T--T-T-TAG---C-AACAAA-A---A-A-A--A------TA-CTATACATTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCTGGATTATCTGCCGCACTA
Alignments
lowQualScore : 11 1111111111 1111111 111
lowQualScore : 1111 8888888888 11 11111 7777 0 3333 444 66 5 8888888888888 1 0 44 1 0 111 33 0 1111111111 333333 0 5555555 0 111
lowQualScore : .... .......... .. ..... .... . .... ... .. . ............. . . .. . . ... .. . .......... ...... . ....... . ...
lowQualScore : 5555 2222222222 00 88888 0000 7 1111 111 99 2 1111111111111 3 8 11 5 8 333 55 8 6666666666 000000 8 8888888 6 555
consensus : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
Reference ( family-449 ) : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17336 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTAATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AATAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---A-A-A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGCGAAAATACCCGGATTATCTGCCAGACTA
gi|17337 : TTTATTTCAAAATATTCA----ATGATGACAAAATATCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATACATACAATT----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C--CAAAA-A---A-T-A--T------AA-CTATACACTTTCATG
gi|17338 : TTTATTTCAAAATACTCA----ATGACGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATC--------G----ATATACTATCA-T--T-T-TAG---C-AAGACA-ATTTA-T-A--T------TA-CTATACACTTTCATGTGAG
gi|17339 : TTTATTTAAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AATAACTATA--------T----ATAGACTTCCA-T--T-T-TAG---C-CAAAAA-T---A---A--T------TA-CTATACACTCCCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17340 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---TA--AAGAACTATA--------T----ATAAATTATCA-T--T-T-TAG---C--AATAA-A---A-T-A--T------TA-CTAAACACTCTCATG
gi|17341 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ACGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--GA-----A----AA-A----T---CA--AATCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C-CAAAAA-A---G---A--T------TA-CTATACATTCTCATG
gi|17342 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAGTGTCATCTGA----------C--AA-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C--AAAAA-A---A-C-A--T------TA-CTATAAACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCAGGATTATCTGCCAGACTA
gi|17343 : TTTATTTCAAAATAATCA----ATGATGAGAAAATGTAATCCAA----------A--AT-----A----AA-A----T---CA--GCGAACTATA--------T----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---T--AATAA-A---C-T-A--T------AA-CTATACACTCTCATG
gi|17344 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATTCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACTA-T--T-T-TAG---C--AAAAA-A---A-C-A----------A-CTATACACTCTCAAGCAAGGTTCAATGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17345 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTTATCCAA----------T--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----AAAGACTATCA-T--
gi|17346 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AA-----A----AA-A----T---TA--AACCACTATA--------G----AAAAACTATCA-T--T-T-TAG---C---CAAA-A---A-TGA--T------TA-TTATGTATTCTCATGTA
gi|17347 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCGA----------C--GT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----AAAGACTACCA-T--T-T-TAG---C--AAAAC-A---A-T----T------TA-CTATACATTCTCATGCAAGCTTCAGTGAAAATACCCGGATTATTTGCCGGACTA
gi|17348 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGAAGACAAAATGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--ACGCACTATA--------G----ATAGACTGTCA-T--T-T-TAG---TAAAAAAA-A---A-A-A--T------TC-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTAAAAATATCCAGATTATCTGCCGGACTA
gi|17349 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGAAGACAAAATGTCATCTAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T--C-T-TAG------GAAAA-G---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTCATGTA
gi|17350 : TTTATTTCAAAATGTTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AATAATTAAA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-AAG---C-ACAAAA-A---A-A-A--A------TA-CTAAACACTTTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17351 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGAC--AATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--------T--------------------ACTATTA-T--T-T-TAG---C--AATAA-A---A-T-A--T------AA-CTAAACACTATCATG
gi|17352 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---TA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C--AATCA-A---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTAATAT--------GTGAAAATA
gi|17353 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGAAAAAGTTTCATCCGA----------G--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCG-T--T-A-TAG---C-AAAAAA-A---A---A--TA-----TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGAGTATCTGCAAAACTA
gi|17354 : TTTATTTCAAAATAGTCA----ATGATGACAAAATGTAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTTTCA-T--T-T-TAG---C--AATAA-A---A-T-A--T------TA-CTATACTCTCTCATG
gi|17355 : TTTATT-CAAAATACTGA----ATGATGGCAAAATGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGTACTATA--------T----ATAGACTACTG-T--T-A-TAG---C-TAAAAA-A-------A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAATGAAAATACCTGGATTATCTGCCAGACTA
gi|17356 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C--AATAA-A---A-T-A--T------TA-CTATATACTATCATG
gi|17357 : TTTATTTTAAAATGCTCA----ATAATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTATATATTAT--T----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---A-AAAAAA-A---A---A--T------TA-ATATGCATTCTCGTGTA
gi|17358 : TTTTTTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAATGTGTCATCCGG----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AACAAATATA--------T----ATAGACTACAA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---G---A--T------TA-CTTTTCACTCTCGTGCAAGGTTTAGTGAAAATACCTGGATTGTCTGCCGGACTA
gi|17359 : TTTATTTAAAAATGTTCA----ATGATGACAAAGTGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---C--------------------------ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---A---A--CAAAACAAA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACTCGGATTATCTGCCAGTCT
gi|17360 : TTTATTTTAAAATGCTCA----ATGATGACAATATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTGCA--------A----ACAGACTATCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAATAT--A-T-A--T------TG-CTATACACTTTCAGGTATGATT
gi|17361 : TTTATTTAAGAATACTTA----ATGATGACAAAATGTAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAAACTAGCA-T--G-T-TAG---C--AATAA-A---C-T-A--A------TA-CTATACACTCTCATG
gi|17362 : TTTAGTTTGAAATGCTCA----CGTTTGATATAATGTCATCCAC----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AA---CTATA--------T----ATGGACTACCA-T--T-T-TAG---C-TAAAAA-A----------T------TA-CTATACACTCTCATACGAGGTTCAGTGAAAATACCAGGATTATATGCAGGACTA
gi|17363 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---GA--AATAACTATA--------C----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C--AAAAA-A---G-T-T--T------TA-CTATACACTCTCATGTA
gi|17364 : TTTATTTCGAAATGCTCACTACATGATGACAAAATGTCATCCAAGTTTGT----C--AT-----A----AACA----T---CA--GA
gi|17365 : TTTATTTTAAAATGCTCA----ATAATGGCAAAACGTTATCC
gi|17366 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGATTAACTGTCATCCAA----------C--AA-----A----AA-G----TA--AA--AAAAACTATT--------T----ATAGACTACTA---------A---------------------A--T------TA-CTATACACTCTCATGCGAAG-TCAGTG-AAATACCCGGATTATCTGCCGGTCTA
gi|17367 : TTTATTTCATTATGCTCA----ATAATGACAAA-TGTCATCTAA----------C--AT-----A----AA-A-------------AGAACTATG--------C----ATAGACTATTG-T--C-T-TAG---C-AAAAAA-AT--A-T-A--T------T-----TACACTCTCAT
gi|17368 : TTTATTCTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTCACCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAAACTATCA-T--T-T-TAG---C--------A---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTCAT
gi|17369 : TCTATTTAAAACTGCTCA----ATGATGAC-AAATGTCATCCGA----------C--AT-----
gi|17370 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAATATGTCATCCAA----------C--AA-----A----AT-A----T---CA--AAGCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAC-A---A-A-A--T------TA-CTCTACACTTTCATGTA
gi|17371 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGGCAATATGTCATAAAA----------C--CT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------A----ATAGACTATCATT--T-T-TAGCCCC-AAAAAA-A-----------------TA-CTGTACACTATCATGTA
gi|17372 : TTATTTTAAAATGCTAA----ATGATGACAATATGTCATCTAA----------C--AA-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTTTA--------G----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAG-A---A-T----T------TA-CTTCACACTTTCATGTA
gi|17373 : TCATTTAAAAATGCTTA----ATGATGACAG--TGTTATCCGA----------C--AA-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATCGACTACCA-T--T-T-TAA---C-AAAAAC-A---A---A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCCGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17374 : TTATTTCAAAATAGTCA----ATGATGACAAAATATAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----TAAAAA--AAAAACTATA--------T----ATAAACTATCA-T--T-T-TAG---C--ATAAC-A---C-T-A--T------TA-CTATACACTCTCATG
gi|17375 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGTTAAGATGTCGTCAAGTTTACTTTT-C--AT-----A----AG----------CA--ATG--CT-----------------TAAACTAGCA-T--AAT-CAC---C-AAAACA-A----------T------TA-CTACACACATCCATGCAAGGTTCAGTG--------CG---TATCTGCCCGATTA
gi|17376 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTC-TTCAAGCTGATTTTTC--AT-----A----AG----------CA--ATG--CCTT------------------ACTACAA-T--A-A-TCG---C-CAAAAA-A-------A--T------TG-CTATGCACTTCCATGCAAAATTCAGTG-------TTG---TATCTGCCGGACTAttatctccc
gi|17377 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-T--AAT-CAC---C-AAATAA-A---A-T-----------TA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCGGACTA
gi|17378 : TATTTCAAATTGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCAAG----------C---T-----G----AT-T----TTG-CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAAATACCA-TA-A-T-CAC---C-AACAAA-A-------A--T------TA-TTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCTGACTA
gi|17379 : TATTTCAAAATGCTTA----ATGATGACATGATGTCATCAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-T--A-A-TCA---C-AAAAAA-T---A-T----T------TA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG
gi|17380 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------C--TT-------------ATTTTT---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAGCTACCA-TA-A-T-CAC---C-AAAAAG-A-------A--T------TA-CTAAACACTTCCATGCCGGG--CAG-GAA
gi|17381 : TATTTCAAAA-GCTCA----ATGATGACAAGATGTCAACAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTACCA-T-------AA---C-TACCAA-A---A-T-AATT------TA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG------CT----TTATCTGCCGGACTA
gi|17382 : TATCTCAAAATACTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------C--TT-------------ATTTTT---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-TA-A-T-CAC---C---AAAA-A---A-T-T--T------TA-CTATACACTTCCATTCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCTGGAATA
gi|17383 : TATTTCAAAAAGCTCA----ATGATGACGA--TGTCATCAAG----------C---T-----G----AT-T----TTG-CAT-AAG--TTATG--------C----CTAAACGACCA-TAAT-CACAA---A-AAAAAA-A---A-T-A--A------TA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCTGGACTA
gi|17384 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAATATGTCATC
gi|17385 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------C--TT-----A----AT-T----T---TC--ATAAGCTATA--------TATGCATAGACTAGCA------T-AAT---C-ACCAAG-A---A-T-T--A------TA-CTTTACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGTCGTACTA
gi|17386 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------CTTATTTTTCA----TA-A----G---CA--ACG--CCTTA-----------------ACTAGCA-T--T----------------------A-T----T------TA-CTATACACTTCAATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCAGACTA
gi|17387 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACATGATGTCATCAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTACCA-T--A-A-TCA---C-CAACAA-A---A-T----T------TA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCGGAC
gi|17388 : TATTTCAAAATGCTCA----GTGGTGACAAGATATCATC-----------------------------------------A--AGGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-TA-C-T-CAT---C-AATAAA-A----------T------GA-CTATATATT-TCATGCAAGGTTCAGTG--------CGG--TATCTGCCGGACTA
gi|17389 : TTTCAAATTACTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CACTATTTACTAT---------T----ATAGTCTATCA-T--T-T-TAG---C--AAAAA-A---A-T-A--T------TACCTTTATATTCTCATG
gi|17390 : TTTTAAAATACTCA----TTGATGATAAAATGTCATCCAA----------A--AT-----CT---AA-A----T---CA--AAGACTTATA--------T----ATATACTA
gi|17391 : TTA----ATGATGATAATATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---ACT-A--T------TA-CTATTCACTTCCATGTAtaataattataataattgaataattgtatac
gi|17392 : TGTTGAAAAAATGCCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTAAA--------G----ATAGACTTTTA-T--T-T-TAG---C--AAAAA-A---A-T-A--T------TA-CTAT
gi|17393 : ATA--------T----ATAGACTGCCA-T--T-T-TAG---C-AACAAA-A---A-A-A--A------TA-CTATACATTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCTGGATTATCTGCCGCACTA
blockSeqs : CTAC GCTGATTTTT TT TTTTC TTTT TTTT AAA CT A CATACAATT T AA A CCC AA TTTATA AAAACA AAAATAC GAT
blockSeqs : . TTTACTTTT . . TTTT TTTT TG T A TATTATT T A A . A ATAAT A AAAATAC GAT
blockSeqs : . GTTTGT . . TTTT . TG T A TATGC C A . . C ATGA . AAAATAC GAT
blockSeqs : . . . . TTTT . A T A G T A . . C TATA . AAAATAC GAT
blockSeqs : . . . . T . . T C T T A . . A TATA . AAAATAT GAT
blockSeqs : . . . . . . . T A T C . . . A ACTA . AAAATAC GAT
blockSeqs : . . . . . . . T A G T . . . T ATA . AAAATAC GAG
blockSeqs : . . . . . . . T A T C . . . A ATA . AAAATAC GAT
blockSeqs : . . . . . . . T A T T . . . A ACA . AAAATAC GAT
blockSeqs : . . . . . . . . C T T . . . A CTA . AAAATAC GAT
blockSeqs : . . . . . . . . A T C . . . A ACA . AAAATAC GAT
blockSeqs : . . . . . . . . C G T . . . T AAA . AAAATAC GAT
blockSeqs : . . . . . . . . C T T . . . A ATA . AAAATAC GAT
blockSeqs : . . . . . . . . A G C . . . A AAA . AAATAC GAT
blockSeqs : . . . . . . . . A G T . . . A ATA . C T
blockSeqs : . . . . . . . . A T T . . . A ATA . . G
blockSeqs : . . . . . . . . A T C . . . A ATA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T T T . . . A ATA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A T C . . . C CTA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C T T . . . A GTT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A T T . . . A ATA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C T C . . . A AAA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A A C . . . A CTA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A T T . . . T ATT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A T G . . . A ATA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A C C . . . A ATT .
blockSeqs : . . . . . . . . A T T . . . C ATA .
blockSeqs : . . . . . . . . C C C . . . A ATA .
blockSeqs : . . . . . . . . A T T . . . A AAA .
blockSeqs : . . . . . . . . C G T . . . A AA .
blockSeqs : . . . . . . . . A A T . . . . GA .
blockSeqs : . . . . . . . . A G T . . . . AT .
blockSeqs : . . . . . . . . C T T . . . . AA .
blockSeqs : . . . . . . . . C T C . . . . AA .
blockSeqs : . . . . . . . . C C T . . . . GA .
blockSeqs : . . . . . . . . C C G . . . . AA .
blockSeqs : . . . . . . . . C C C . . . . AT .
blockSeqs : . . . . . . . . C C G . . . . AA .
blockSeqs : . . . . . . . . A C C . . . . AT .
blockSeqs : . . . . . . . . C C G . . . . AT .
blockSeqs : . . . . . . . . C C C . . . . AT .
blockSeqs : . . . . . . . . T C C . . . . AT .
blockSeqs : . . . . . . . . A C G . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . C T C . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . C T G . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . G G . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . G C . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . T G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
finalCons : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
Alignments
lowQualScore : 11 1111111111 1111111 111
lowQualScore : 1111 8888888888 11 11111 7777 0 3333 444 66 5 8888888888888 1 0 44 1 0 111 33 0 1111111111 333333 0 5555555 0 111
lowQualScore : .... .......... .. ..... .... . .... ... .. . ............. . . .. . . ... .. . .......... ...... . ....... . ...
lowQualScore : 5555 2222222222 00 88888 0000 7 1111 111 99 2 1111111111111 3 8 11 5 8 333 55 8 6666666666 000000 8 8888888 6 555
consensus : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
Reference ( family-449 ) : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17336 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTAATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AATAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---A-A-A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGCGAAAATACCCGGATTATCTGCCAGACTA
gi|17337 : TTTATTTCAAAATATTCA----ATGATGACAAAATATCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATACATACAATT----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C--CAAAA-A---A-T-A--T------AA-CTATACACTTTCATG
gi|17338 : TTTATTTCAAAATACTCA----ATGACGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATC--------G----ATATACTATCA-T--T-T-TAG---C-AAGACA-ATTTA-T-A--T------TA-CTATACACTTTCATGTGAG
gi|17339 : TTTATTTAAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AATAACTATA--------T----ATAGACTTCCA-T--T-T-TAG---C-CAAAAA-T---A---A--T------TA-CTATACACTCCCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17340 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---TA--AAGAACTATA--------T----ATAAATTATCA-T--T-T-TAG---C--AATAA-A---A-T-A--T------TA-CTAAACACTCTCATG
gi|17341 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ACGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--GA-----A----AA-A----T---CA--AATCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C-CAAAAA-A---G---A--T------TA-CTATACATTCTCATG
gi|17342 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAGTGTCATCTGA----------C--AA-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C--AAAAA-A---A-C-A--T------TA-CTATAAACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCAGGATTATCTGCCAGACTA
gi|17343 : TTTATTTCAAAATAATCA----ATGATGAGAAAATGTAATCCAA----------A--AT-----A----AA-A----T---CA--GCGAACTATA--------T----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---T--AATAA-A---C-T-A--T------AA-CTATACACTCTCATG
gi|17344 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATTCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACTA-T--T-T-TAG---C--AAAAA-A---A-C-A----------A-CTATACACTCTCAAGCAAGGTTCAATGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17345 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTTATCCAA----------T--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----AAAGACTATCA-T--
gi|17346 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AA-----A----AA-A----T---TA--AACCACTATA--------G----AAAAACTATCA-T--T-T-TAG---C---CAAA-A---A-TGA--T------TA-TTATGTATTCTCATGTA
gi|17347 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCGA----------C--GT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----AAAGACTACCA-T--T-T-TAG---C--AAAAC-A---A-T----T------TA-CTATACATTCTCATGCAAGCTTCAGTGAAAATACCCGGATTATTTGCCGGACTA
gi|17348 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGAAGACAAAATGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--ACGCACTATA--------G----ATAGACTGTCA-T--T-T-TAG---TAAAAAAA-A---A-A-A--T------TC-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTAAAAATATCCAGATTATCTGCCGGACTA
gi|17349 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGAAGACAAAATGTCATCTAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T--C-T-TAG------GAAAA-G---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTCATGTA
gi|17350 : TTTATTTCAAAATGTTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AATAATTAAA--------T----ATAGACTACCA-T--T-T-AAG---C-ACAAAA-A---A-A-A--A------TA-CTAAACACTTTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17351 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGAC--AATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--------T--------------------ACTATTA-T--T-T-TAG---C--AATAA-A---A-T-A--T------AA-CTAAACACTATCATG
gi|17352 : TTTATTTTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---TA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C--AATCA-A---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTAATAT--------GTGAAAATA
gi|17353 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGAAAAAGTTTCATCCGA----------G--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTACCG-T--T-A-TAG---C-AAAAAA-A---A---A--TA-----TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCCGGAGTATCTGCAAAACTA
gi|17354 : TTTATTTCAAAATAGTCA----ATGATGACAAAATGTAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTTTCA-T--T-T-TAG---C--AATAA-A---A-T-A--T------TA-CTATACTCTCTCATG
gi|17355 : TTTATT-CAAAATACTGA----ATGATGGCAAAATGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGTACTATA--------T----ATAGACTACTG-T--T-A-TAG---C-TAAAAA-A-------A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAATGAAAATACCTGGATTATCTGCCAGACTA
gi|17356 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C--AATAA-A---A-T-A--T------TA-CTATATACTATCATG
gi|17357 : TTTATTTTAAAATGCTCA----ATAATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTATATATTAT--T----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---A-AAAAAA-A---A---A--T------TA-ATATGCATTCTCGTGTA
gi|17358 : TTTTTTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAATGTGTCATCCGG----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AACAAATATA--------T----ATAGACTACAA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---G---A--T------TA-CTTTTCACTCTCGTGCAAGGTTTAGTGAAAATACCTGGATTGTCTGCCGGACTA
gi|17359 : TTTATTTAAAAATGTTCA----ATGATGACAAAGTGTCATCCGA----------C--AT-----A----AA-A----T---C--------------------------ATAGACTACCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---A---A--CAAAACAAA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACTCGGATTATCTGCCAGTCT
gi|17360 : TTTATTTTAAAATGCTCA----ATGATGACAATATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTGCA--------A----ACAGACTATCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAATAT--A-T-A--T------TG-CTATACACTTTCAGGTATGATT
gi|17361 : TTTATTTAAGAATACTTA----ATGATGACAAAATGTAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAAACTAGCA-T--G-T-TAG---C--AATAA-A---C-T-A--A------TA-CTATACACTCTCATG
gi|17362 : TTTAGTTTGAAATGCTCA----CGTTTGATATAATGTCATCCAC----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AA---CTATA--------T----ATGGACTACCA-T--T-T-TAG---C-TAAAAA-A----------T------TA-CTATACACTCTCATACGAGGTTCAGTGAAAATACCAGGATTATATGCAGGACTA
gi|17363 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---GA--AATAACTATA--------C----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C--AAAAA-A---G-T-T--T------TA-CTATACACTCTCATGTA
gi|17364 : TTTATTTCGAAATGCTCACTACATGATGACAAAATGTCATCCAAGTTTGT----C--AT-----A----AACA----T---CA--GA
gi|17365 : TTTATTTTAAAATGCTCA----ATAATGGCAAAACGTTATCC
gi|17366 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGATTAACTGTCATCCAA----------C--AA-----A----AA-G----TA--AA--AAAAACTATT--------T----ATAGACTACTA---------A---------------------A--T------TA-CTATACACTCTCATGCGAAG-TCAGTG-AAATACCCGGATTATCTGCCGGTCTA
gi|17367 : TTTATTTCATTATGCTCA----ATAATGACAAA-TGTCATCTAA----------C--AT-----A----AA-A-------------AGAACTATG--------C----ATAGACTATTG-T--C-T-TAG---C-AAAAAA-AT--A-T-A--T------T-----TACACTCTCAT
gi|17368 : TTTATTCTAAAATACTCA----ATGATGACAAAATGTCACCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATAAACTATCA-T--T-T-TAG---C--------A---A-T-A--T------TA-CTATACACTCTCAT
gi|17369 : TCTATTTAAAACTGCTCA----ATGATGAC-AAATGTCATCCGA----------C--AT-----
gi|17370 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAATATGTCATCCAA----------C--AA-----A----AT-A----T---CA--AAGCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAC-A---A-A-A--T------TA-CTCTACACTTTCATGTA
gi|17371 : TTTATTTCAAAATGCTCA----ATGATGGCAATATGTCATAAAA----------C--CT-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------A----ATAGACTATCATT--T-T-TAGCCCC-AAAAAA-A-----------------TA-CTGTACACTATCATGTA
gi|17372 : TTATTTTAAAATGCTAA----ATGATGACAATATGTCATCTAA----------C--AA-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTTTA--------G----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAG-A---A-T----T------TA-CTTCACACTTTCATGTA
gi|17373 : TCATTTAAAAATGCTTA----ATGATGACAG--TGTTATCCGA----------C--AA-----A----AA-A----T---CA--AAGAACTATA--------T----ATCGACTACCA-T--T-T-TAA---C-AAAAAC-A---A---A--T------TA-CTATACACTCTCATGCAAGGTTCCGTGAAAATACCCGGATTATCTGCCGGACTA
gi|17374 : TTATTTCAAAATAGTCA----ATGATGACAAAATATAATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----TAAAAA--AAAAACTATA--------T----ATAAACTATCA-T--T-T-TAG---C--ATAAC-A---C-T-A--T------TA-CTATACACTCTCATG
gi|17375 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGTTAAGATGTCGTCAAGTTTACTTTT-C--AT-----A----AG----------CA--ATG--CT-----------------TAAACTAGCA-T--AAT-CAC---C-AAAACA-A----------T------TA-CTACACACATCCATGCAAGGTTCAGTG--------CG---TATCTGCCCGATTA
gi|17376 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTC-TTCAAGCTGATTTTTC--AT-----A----AG----------CA--ATG--CCTT------------------ACTACAA-T--A-A-TCG---C-CAAAAA-A-------A--T------TG-CTATGCACTTCCATGCAAAATTCAGTG-------TTG---TATCTGCCGGACTAttatctccc
gi|17377 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-T--AAT-CAC---C-AAATAA-A---A-T-----------TA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCGGACTA
gi|17378 : TATTTCAAATTGCTCA----ATGATGACAAAATGTCATCAAG----------C---T-----G----AT-T----TTG-CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAAATACCA-TA-A-T-CAC---C-AACAAA-A-------A--T------TA-TTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCTGACTA
gi|17379 : TATTTCAAAATGCTTA----ATGATGACATGATGTCATCAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-T--A-A-TCA---C-AAAAAA-T---A-T----T------TA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG
gi|17380 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------C--TT-------------ATTTTT---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAGCTACCA-TA-A-T-CAC---C-AAAAAG-A-------A--T------TA-CTAAACACTTCCATGCCGGG--CAG-GAA
gi|17381 : TATTTCAAAA-GCTCA----ATGATGACAAGATGTCAACAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTACCA-T-------AA---C-TACCAA-A---A-T-AATT------TA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG------CT----TTATCTGCCGGACTA
gi|17382 : TATCTCAAAATACTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------C--TT-------------ATTTTT---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-TA-A-T-CAC---C---AAAA-A---A-T-T--T------TA-CTATACACTTCCATTCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCTGGAATA
gi|17383 : TATTTCAAAAAGCTCA----ATGATGACGA--TGTCATCAAG----------C---T-----G----AT-T----TTG-CAT-AAG--TTATG--------C----CTAAACGACCA-TAAT-CACAA---A-AAAAAA-A---A-T-A--A------TA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCTGGACTA
gi|17384 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAATATGTCATC
gi|17385 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------C--TT-----A----AT-T----T---TC--ATAAGCTATA--------TATGCATAGACTAGCA------T-AAT---C-ACCAAG-A---A-T-T--A------TA-CTTTACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGTCGTACTA
gi|17386 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACAAGATGTCATCAAG----------CTTATTTTTCA----TA-A----G---CA--ACG--CCTTA-----------------ACTAGCA-T--T----------------------A-T----T------TA-CTATACACTTCAATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCAGACTA
gi|17387 : TATTTCAAAATGCTCA----ATGATGACATGATGTCATCAAG----------C--TT-----ATTTT--------T---CAT-AAGCA--ATG--------C----CTAAACTACCA-T--A-A-TCA---C-CAACAA-A---A-T----T------TA-CTATACACTTCCATGCAAGGTTCAGTG-------CTG---TATCTGCCGGAC
gi|17388 : TATTTCAAAATGCTCA----GTGGTGACAAGATATCATC-----------------------------------------A--AGGCA--ATG--------C----CTAAACTAGCA-TA-C-T-CAT---C-AATAAA-A----------T------GA-CTATATATT-TCATGCAAGGTTCAGTG--------CGG--TATCTGCCGGACTA
gi|17389 : TTTCAAATTACTCA----ATGATGACAAAATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CACTATTTACTAT---------T----ATAGTCTATCA-T--T-T-TAG---C--AAAAA-A---A-T-A--T------TACCTTTATATTCTCATG
gi|17390 : TTTTAAAATACTCA----TTGATGATAAAATGTCATCCAA----------A--AT-----CT---AA-A----T---CA--AAGACTTATA--------T----ATATACTA
gi|17391 : TTA----ATGATGATAATATGTCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTATA--------G----ATAGACTATCA-T--T-T-TAG---C-AAAAAA-A---ACT-A--T------TA-CTATTCACTTCCATGTAtaataattataataattgaataattgtatac
gi|17392 : TGTTGAAAAAATGCCATCCAA----------C--AT-----A----AA-A----T---CA--AAGCACTAAA--------G----ATAGACTTTTA-T--T-T-TAG---C--AAAAA-A---A-T-A--T------TA-CTAT
gi|17393 : ATA--------T----ATAGACTGCCA-T--T-T-TAG---C-AACAAA-A---A-A-A--A------TA-CTATACATTCTCATGCAAGGTTCAGTGAAAATACCTGGATTATCTGCCGCACTA