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lowQualScore                  :      222    1111 0 0 11 0 11 11 0 0       222   4  3                   11        1   0       
lowQualScore                  :      ...    .... . . .. . .. .. . .       ...   .  .                   ..        .   .       
lowQualScore                  :      111    6666 7 7 00 7 00 77 7 7       222   6  3                   00        5   8       
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Reference ( gi|107608 )       :  AAAAT-CATGT----A-T-T--T-A--A--A-C-TCGCTAT---TATTGCTGATATTTGAATTAGACCTG--ACCCGTGG-AAT-AACGTAA
gi|107609                     :  AAAA--CATGT----A-T-T--T-A--A--A-C-TCGCTAT---TGTCGCCGATATTTGAATTAGACCTG--ATCCGTGG-ACT-AACGT
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gi|107617                     :  AAAAT--ATGC----A-T-T--T-A--A--A-C-TCGCTAT---TATTACCGATTTTTTAATTAGACGTA--ACCCGTGG-AAT-AAAGTAA
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gi|107655                     :     aa-CATGT----A-T-T--T-A--A--A-A-TTGTTATAT-TATCGTCAATATTTATATAAGATCTG--ACCCATGG-ATT-AACATAA
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Alignments
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lowQualScore                  :             ...    .... . . .. . .. .. . .       .. ...                         ..        .   .       
lowQualScore                  :             222    6666 7 7 00 7 00 77 7 7       99 222                         00        5   8       
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Reference ( family-443 )      :         AAAAT-CATGT----A-T-T--T-A--A--A-C-TCGCTAT--T---ATCGCCGATATTTGAATTAGACCTG--ACCCGTGG-AAT-AACGTAA
gi|107608                     :         AAAAT-CATGT----A-T-T--T-A--A--A-C-TCGCTAT--T---ATTGCTGATATTTGAATTAGACCTG--ACCCGTGG-AAT-AACGTAA
gi|107609                     :         AAAA--CATGT----A-T-T--T-A--A--A-C-TCGCTAT--T---GTCGCCGATATTTGAATTAGACCTG--ATCCGTGG-ACT-AACGT
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Alignments
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lowQualScore                  :             222    6666 7 7 00 7 00 77 7 7       99 222                         00        5   8       
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Reference ( family-443 )      :         AAAAT-CATGT----A-T-T--T-A--A--A-C-TCGCTAT--T---ATCGCCGATATTTGAATTAGACCTG--ACCCGTGG-AAT-AACGTAA
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gi|107657                     :            aa-CATGG----A-T-T--T-A--A--A-C-TC--TAT--A---ATGACGAATATTTAAATTAGACCTA--CCCCGTGGAAAA-AACGT
gi|107658                     :            aa-CATGT----A-T-T--T-A--A--A-C---ACTAT--T---ATAGCCGAAATTTGAATTAAACCTG--ACCCGTGG-AAT-AACGTAA
gi|107659                     :             a-CATGT----A-T-T--T-A--A--A-T-TCACTGT--T---TTCCCCAATATTTAAATTAGAC
gi|107660                     :             a-CATGT----A-T-T--T-A--T--A-C-TCGCTAT--T---ATCACTGATATTTGAATTAGACCTG--ACCAGTGG-AATAAACGTAA
gi|107661                     :                ATGT----A-T-TAAT-A--T--A-C-TCGCCAT--T---ATCGTTGATATCTGAATTAAACCT
gi|107662                     :                         -T-T--T-A--A--A-A---GCAAA--T---ATCACCGATAGTTGAATTAGACCTG--ATGCGTGG-AAT-AACGT
gi|107663                     :                             --T-A--A--A-C-TCGCTAC--T---GGCGCCAATATTTTAATTAGATTTG--AACTGTAA-AAT-AATGCAA
gi|107664                     :                                     --A-C-TCACTTT--T---ATCGCTGATGATTGAATTAGAACTG--ATCCGTGG-AAT-AACGTAA
gi|107665                     :                                                 T--T---ATCGCCAATATTTGAATTAGACCTG--ACACGTGG-AAT-AACGTAA
gi|107666                     :                                                            CTGATATTTGAATTAGACCTG--ACCCGTGG-AAT-AACGTA


blockSeqs                     :             TAC    GTAA             CT              TAT                                   T
blockSeqs                     :             TAT    .                T               .                                     A
blockSeqs                     :             GC     .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             TA     .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             TC     .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             TC     .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             TC     .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             GC     .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             CC     .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             T      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             T      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             T      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             T      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             T      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             T      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             T      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             T      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             T      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             C      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             T      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             T      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :             .      .                .               .                                     .
blockSeqs                     :                    .                .               .                                     .
blockSeqs                     :                    .                .               .                                     .
blockSeqs                     :                    .                .               .                                     .
blockSeqs                     :                    .                .               .                                     .
blockSeqs                     :                    .                .               .                                     .
blockSeqs                     :                    .                .               .                                     .
blockSeqs                     :                    .                .               .                                     .
blockSeqs                     :                    .                .               .                                     .
blockSeqs                     :                    .                .               .                                     .
blockSeqs                     :                    .                .               .                                     .
blockSeqs                     :                    .                .               .                                     .
blockSeqs                     :                    .                .               .                                      
blockSeqs                     :                                     .               .                                      
blockSeqs                     :                                     .               .                                      
blockSeqs                     :                                     .               .                                      
blockSeqs                     :                                                     .                                      


blockSeqCons                  :             C**
originalCons                  :         AAAAT-CATGT----A-T-T--T-A--A--A-C-TCGCTAT--T---ATCGCCGATATTTGAATTAGACCTG--ACCCGTGG-AAT-AACGTAA
finalCons                     :         AAAAC--ATGT----A-T-T--T-A--A--A-C-TCGCTAT--T---ATCGCCGATATTTGAATTAGACCTG--ACCCGTGG-AAT-AACGTAA





Alignments
lowQualScore                  :    0 3  11   1111 0 22 11 0 11 11 0 0       00 111                         11        1   0       
lowQualScore                  :    . .  ..   .... . .. .. . .. .. . .       .. ...                         ..        .   .       
lowQualScore                  :    8 0  88   6666 7 55 00 7 00 77 7 7       99 222                         00        5   8       
consensus                     : AAA-A-CA--TGT----A-T--T--T-A--A--A-C-TCGCTAT--T---ATCGCCGATATTTGAATTAGACCTG--ACCCGTGG-AAT-AACGTAA
Reference ( family-443 )      : AAA-A-CA--TGT----A-T--T--T-A--A--A-C-TCGCTAT--T---ATCGCCGATATTTGAATTAGACCTG--ACCCGTGG-AAT-AACGTAA
gi|107608                     : AAA-ATCA--TGT----A-T--T--T-A--A--A-C-TCGCTAT--T---ATTGCTGATATTTGAATTAGACCTG--ACCCGTGG-AAT-AACGTAA
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